CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods

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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - Telomerase-cil

RNA: PDB_01051

			GAGACUAUCGACAUUUGAUACACUAUUUAUCAAUGGAUGUCUC
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RNA: RFA_00603

			UUAUACCCGCUUAAUUCAUUCAGAUCUGUAAUAGAACUGUCAUUCAACCCCAAAAAUCUAGUGCUGAUAUAACCUUCACCAAUUAGGUUCAAAUAAGUGGUAAUGCGGGACAAAAGACUAUCGACAUUUGAUACACUAUUUAUCAAUGGAUGUCUUAUUUUUUUU
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RNA: RFA_00604

			AGAUACCUCCUGUGGAUCCAUUCAGGAUUAAUGAAAUCCUGUCAUUCAACCCCAAAAAUCUUGUCAAAUUAUUGCCUCGUCUUUUGGGCACAAACAAAAGUCACGCAGGAGGUUCAGACAUUCGACAUAAGAUACACUAUUUAUCUUAUGGAAGGUCUAGUUUUU
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RNA: RFA_00605

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Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.......((((..((((....))))..)))).............................((..((((((((((((((...))))))))...))))))..))........))))))))))))...................(((((............)))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......((((..((((....))))..)))).............................((..((((((((((((((...))))))))...))))))..))........))))..))))))...................(((((............)))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((........((((..((((....))))..)))).............................((..(((((((((((((.....)))))))...))))))..)).........)))))))))))...................(((((............)))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((..((((.......(((((((......)).)...))))........................................(((((((...)))))))..................)..)..))..)))..))((((..(((.......))))..........))).......
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.......((((..((((....))))..)))).............((......))....((((..((((((((((((((...))))))))...))))))..)).)).....))))))))))))....................((((............)))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.......((((..((((....))))..))))..........((((...................((((((((((((((...))))))))...))))))))))........))))))))))))...................(((((............)))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((..........(((..................))).....................................((((((((.......))))))))..........))))).....(((((.(((...(((.(((((.........))))))))))))))))......
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((..........(((..................))).....................................((((((((.......))))))))..........))))).....(((((.(((...(((.(((((.........))))))))))))))))......
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.......((((..((((....))))..))))..........[[[[[..............((..((((((((((((((...))))))))...))))))..))........))))))))))))...]]]]]...........(((((............)))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.......((((..((((....))))..))))............((((....))).).(((((..((((((((((((((...))))))))...))))))..)).)))....))))))))))))((((((.((((........[[[[[)))))).)))).]]]]]
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.......((((..((((....))))..)))).................................((((((((((((((...))))))))...))))))............))))))))))))...................(((((............)))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((.......((((................)))).......................................(((((.........))))).....................))))).((((.........((((.....)))).......))))..........
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((..........(((..................)))......................................(((((((.......)))))))...........))))).....(((((.(((...(((.(((((.........))))))))))))))))......
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......((((..((((....))))..)))).............................((..((((((((((((((...))))))))...))))))..))........))))..))))))...................(((((............)))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.......((((..((((....))))..))))..........................(((((..((((((((((((((...))))))))...))))))..)).)))....)))))))))))).(((...(((((((......)).)))))...))).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......((((..((((....))))..)))).............................((..((((((((((((((...))))))))...))))))..))........))))..)))))).......((((.....))))((((............)))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((..))(((((((((..(((((((((((..))))))))))).....(((......................((..))..))).)))))))))..(((((.((((.(.(..)((((......)))).)))))(((..))).)))))......(((((((........)))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((..................................................((.....(....(......).....).....))..........................(..........).))..........(((......(...........).).))......
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......((((..((((....))))..)))).............................((..((((((((((((((...))))))))...))))))..))........))))..))))))............((......))...................
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......((((..((((....))))..)))).............................((..((((((((((((((...))))))))...))))))..))........))))..))))))...................(((((............)))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.....((((..((((....))))..))))..)))))................((((.....))))....((((....))))..((((....)))).(((((...((.......))..))))).....((((.....)))).(((............)))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((...[[[.....((((....)))).[[[....)))))...]]]]]].....(((..((((.....)))).((((....))))..((((....))))....(((((....))))).(((....)))..)))..........(((((............)))))

RNA: RFA_00606

			GGAUAUAGGGUAGUUCUCCAUUGACUAAUCCGUCAAAUCUGUCAAACAAAACCCCAAAACCGAUCAAUAGGUGCGUUUAGCUUGAUUACACCUCUUAAAUGAAAUCUUGCAAUUCUGGAGAGCUUGAGAGGUGAAACCCCCACAGUUAGGUCAAACAUAGUUUGAGAUUUGUAUCUCAUAUGCUCUAGCUGUCCUCUCAUCUUUUUG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((((........((((((........)))...))).........................................((((((((.........)))))))).....))))).........(((((..........((((((.(((((..........((((......))))...))))).)))))))))))..........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..........((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....)))))))))(((((((..........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))))))))).......)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................(..((......).)..).....................................................................................................(((..((.(.....)..((..(((((....)))))....)).))..)))................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((((((....((((..(((...((((((........................))))))))).))))...((((.((.........)).)))).........))))))))).(((((((((.......(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))....)))))))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.........(((((......)))))...................................................................................................))))....................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((........(((.................))).........................................((((((((.........)))))))).....))))).........(((((..........((((((.(((((...........................))))).)))))))))))..........
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((((((.(((((......)))))........................(........)((.................)).........................))))))).(((((((..........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).))))))))))))))))........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((((((.((((......))))............................................((..((((.((.........)).))))..)).....)))))))))(((((((..........(((((((((.(..........((((((....))))))...).))))))))))))))))........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((((((((((((...............))))).......................(((((...............)))))......................))))))))).((((((..........(((((((((............((((((....)))))).....))))))))))))))).........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((((((((((((......)))))................................(((((...............)))))......................)))))))))(((((((..........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).))))))))))))))))........
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((((((..........((((...).))).......................................(...........................).......)))))))....((((..........((((((..((.(..........((((......))))...).))..))))))))))...........
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................(((((......)))))....(((((...((((......(((........)))..))))...)))))..((((((((((..(((.[[[[....)))..]]]]..))))))))))..(((...[[[[[[[))).......(((.((((((....))))))...))).]]]]]]]...............
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((((((.((((......)))).....................((((..(((....)))..)))).((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).((((((..........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).))))))))))))))).........
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((((((((((((......))))).......................((........))........((..((((.((.........)).))))..)).....)))))))))(((((((..........(((((((((............((((((....)))))).....))))))))))))))))........
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(...(........((((((.(.......((((....))))......................................((((((((...............))))))))...).))))))))..((((((..((........(((((((.......((..(((((((....)))))).)).)))))))))))))))).........
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((((((.((((......))))......................(((..(((....)))..)))..((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).((((((..........(((((((((.....((.....((((((....))))))..)).))))))))))))))).........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((((((((((((........[[[[[[[))))).......................(((((...............)))))......................)))))))))(((((((..........(((((((((.(((((...)))))]]]]]]]............))))))))))))))))........
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
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Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((........(((.................))).........................................((((((((.........)))))))).....))))).........(((((..........((((((.(((((...........................))))).)))))))))))..........
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((........(((.................))).........................................((((((((.........)))))))).....))))).........(((((..........((((((.(((((...........................))))).)))))))))))..........
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.[[[[[[[[(((((......)))))..............))))....(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....]]]]]]]].(((((((..........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).))))))))))))))))........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((..((((((((((((((......)))))...(((...)))........(((..((((....))).).))).....((((...............)))).........)))))))))(((((((..........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).)))))))))))))))).)))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((........(((((......))))).........................((((..(((((.......)))))....((((((((((......((((.........))))..))))))))))...............))))..........((((((....))))))..)))))))..))))).............
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RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((........(((.................)))..........................................(((((((.........)))))))......))))).........(((((..........((((((.(((((...........................))))).)))))))))))..........
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RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((((((((((((......)))))......................(((........))).......((..((((.((.........)).))))..)).....)))))))))(((((((..........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).))))))))))))))))........
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RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((((((((((((((......)))))............((((......(((........)))..)))).((..((((.((.........)).))))..)).....))))))))).((((((..........(((((((((.....((((...((((((....)))))))))).))))))))))))))))))))....
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RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((........................................................................((.(.......).))....................(......(..........).........)..))........(.......(..(.(..(...)...........)..)).....)..........
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Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((((((.((((......)))).......................(((........))).......((..((((...............))))..)).....))))))))).((((((..........((((((((.............((((((....))))))......)))))))))))))).........
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...((((.........(((((......))))).........................(((((...(((.......)))))))).((((((((((......((((.((....))))))..))))))))))..))))..((((((((((.(((.....)))(((((....)))))....)).))))))))......)))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...[[[[.)))).....((((..]]]]))))...........((((...........((((((..{{{{(((((...)))))).}}}}....)))))...((((.((....))))))...(((((((..........((((((((((.(((.....)))(((((....)))))....)).)))))))))))))))....))))

RNA: RFA_00607

			AGUUUCUCGAUAAUUGAUCUGUAGAAUCUGUCAAGCAAAACCCCAAAACCUUACACUGAGAGCAUUUAGCCUGAUUACUCUUUAAAUCAAAUCAGGCAAUAGAGAGAAACUCGAGAGGUGAAAACCCCACAGCAUUCUGAAAUGUAUUUGGGAGUAAUCUCAUAUUAGUUUGCUGUCCUCUCAUCUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((((........(((......)))......................................((((((((.............))))))))....))))).......(((((..........((((((.(((((.........((((....))))...))))).)))))))))))........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..((((((...((..(((((.((((((.(((.......................))).)).)))).((((((((.............)))))))).)))))..))...))))))............((((((..((((........(((((....)))))..))))..))))))...........))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................((......(.........))).........(((...(((.....(((....))).....(((((....))))).......)))..))).............................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...........(((......(((.(((..............))))))......)))....((((((((.............))))))))......)))))))).(((((((((....((((..(((((....)))))...))))(((((.((......)).)))))......)))))))))
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Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.....(((((...........))))).......................(((....))).((((((((.............))))))))......)))))))..((((((...((((......(((((....)))))...(((((....))))).....)))).....)))))).......
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RNA: RFA_00609

			AGCUGGUGGAAGUGCGUCAGUCAUAGCACUGUCAACAAAACCCCAAAACCGUAAACUCAGAGCAAUUCGCCUGGUUCCUCUUUAAAGCAAAACCAGGAGGUUCCGCCAGCUACCAGAGGACGAAGUGGGCUAAGUGAAAUGAAAAUUUGAGAGUUUCUCUCCAUCACUUAGCCCCGCCUCUCAUUCUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((((.......((((......)))).....................................((((((((..............))))))))...)))))........(((((......((((((.(((((...........((((.....))))..))))).))).)))))))).........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((..........)))))................((((.........(((...))).(((((((...((....))...))))))).))))))))))).....(((((.((....((((((((((((((....))).(((((...)))))..)))))))))))))))))).......))
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CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..........))))......................................(.(((((((...((....))...))))))).).)))))))))))...(((((.((....(((((((((((.((....))..(((((...)))))..)))))))))))))))))).........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((.....(.((((......)))).)....................................(((((((...((....))...)))))))....)))))))))....(((((.......(((((((((((...........(((((...)))))..)))))))))))..))))).........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..........))))........................................(((((((..............)))))))...)))))))))))....((((.......(((((((((((...........((((.....))))..)))))))))))....))))........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..........))))((..........................)).......((.(((((((...(((())))...))))))).)))))))))))))...(((((.((....((((((((((((((....))).(((((...)))))..)))))))))))))))))).........
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..........((((......))))......................................(..........................).......)))))))....((((......((((((..((.(...........((((.....))))..).))..)))))).))))..........
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..........)))))............................((((.......[[[[[[[.)))).........]]]]]]]....))))))))))...(((((.......((((((((((((((....))).(((((...)))))..)))))))))))..))))).........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((..........))))).......................(((.(((.((.....))))))))((((((............))))))..)))))))))...(((((.((....(((((((((((..((.......(((((...))))))))))))))))))))))))).........
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((..........)))))................((((...................(((((((..............))))))).)))))))))))))...(((((.......(((((((((((...........(((((...)))))..)))))))))))..))))).........
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Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.......(((........))).....................................((((((((..............))))))))...)))))........(((((......((((((.(((((..........................))))).))).)))))))).........
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................
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RNA: RFA_00610

			AGUCGGCGGAAAUCAGUCAGUCAUAGCGCUGUCAACAAAACCCCAAAACCGUAAAAUUAGAGCAAUUCGCCUGGUUCCUCUUUAAAGCAAAACCAGGAGGCUCCGCCGACUCAGAGGGCACUGUGGGCUGAGCAAAAUGAAAAUUUGAGAGUUUCUCUCCAUUGCUUAGCCCUACCUCUAUCUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((((.......((((......)))).....................................((((((((..............))))))))...))))).......(((((.(((....(((.(((((...........((((.....))))..))))).)))))))))))........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.....(((.......((.(((..........................))).))......(((((((...((....))...))))))).)))))))))))...(((((.......((((((((((((((....))).(((((...)))))..)))))))))))..))))).....))
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.......(((........)))....................................(.(((((((...((....))...))))))).)..)))))))))).(((((.......(((((((((((..((.......(((((...))))))))))))))))))..))))).......
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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((.......((((......))))......................................(((((((..............)))))))....)))))))))...((((.......(((((((((((...........((((.....))))..)))))))))))..))))........
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Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................
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Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................
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Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................
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PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................
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RNA: RFA_00611

			UUAUACCCGCAUAUCAUUCAGACCCUUUAUGGAACUGUCAUUCAACCCCAAAAAUCUAGUGCAAAUAUUGUCUUAAUUACUUAGGCUAAAAGAAAUAAGUAUUAAAGCGGGACAAGGCAUCGACAUUUGAUACAAAUAUUGAUCAAUGGAUGUCUUAUUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((((........(((.(((.....))).)))......................................((((((((............))))))))...)))))..((((((((..(((.(((((........))))))))))))))))......
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((((........(((..((.....))..)))...................................(((((.(((((..((...))...)))))))))).)))))..((((((((.(...(((((.(((...))))))))).)))))))).....)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................(((..((.....))..))).........(((.........(............).....(..(((............)).).).......)))....((((((......((((..........))))...))))))........
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RNA: RFA_00613

			UUAUACCCGCAUUUUCAUUCAGAUCUUUAAUGGAGCUGUCAUUCAACCCCAAAAAUCUAGUGCAACUACUGCCUUAACUACUUAGGCAAAAUAAGUCGUAAAGCGGGACAAGGCAUCGACAUUUGAUACAAAUAUUGAUCAAUGGAUAUCUUAUUUUUUAU
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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((((.........(((.(((.....))).)))......................(((.(((..(((((.........))))).....))).)))..)))))..(((..(((.(...(((((.(((...))))))))).)))..)))........)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((.(((.....))).))).........(((.........(............)....(..((((.......))))..)......)))....((.(((......((((..........))))...))).))...........
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.(((.((((.((((.(((..(((...............))))))))))))))..(((..(((((.........))))).....)))...))))))))..((((..((.....(((((..........)))))..))..)))).........
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((..(((((((.........)))))))...................................................................)))))......................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.........(((..(.......)..)))......................................((((((((.......))))))))...)))))..((((((((..(((.(((((........)))))))))))))))).........
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((...........................................................(((((.........)))))..............))))).................((............)).....................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.........(((.((.......)).)))...............................(((((.........)))))..............)))))...(((.(((..(((.((((..........)))))))))).)))..........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.........(((.((.......)).)))......................(((.((((.((((...........)))..).)).)).))..))))))..((((.(((..(((.(((............))))))))).)))).........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.....(((...........)))(.(.((.....)).).)........................(..((.(((((.......))))).))..))))))............((.(((((..........))))))).................
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.(((((.........(((.(.........).))).................................(.............)................)))))))((((((((..((.((((((........)))))))))))))))).........
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.........(((.(((.....))).)))...................((((........[[[[[..))))...]]]]]..............)))))..(((..(((.....(((((.(((...))))))))..)))..))).........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.........(((.(((.....))).)))...................((((...)))).(((((.........)))))..............)))))..((((.(((..((((.(((.(((...))))))))))))).)))).........
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MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((..((((.........((((((...............................(((((((((((((.......)))))))))))).).)))..)))......(((((...)))))...))))))))))...............
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MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.........(((.(((.....))).)))....................(((...)))..(((((.........)))))..............)))))..((((.(((..((.(((((.(((...))))))))))))).)))).........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((...[[[[[[..[[[[.....(((...............)))..................(((((.........)))))......[[[[....))))).........]]]](((((...)))))...]]]]]]]]]]...............
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.........(((.............)))......................................((((((((.......))))))))...)))))..((((((((..(((.(((((........)))))))))))))))).........
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................
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Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.........(((.(((.....))).)))......................(((.(((..(((((.........))))).....))).)))..)))))..(((..(((..((.(((((.((.....))))))))))))..))).........
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RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.....((((.((((......((((.......)))).........)))))))).......(((((.........)))))..............))))).......(((((.(((((...))))).)))))......................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.........(((.............)))...............................(((((.........)))))..............)))))..((((.........(((((..........)))))......)))).........
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.........(((.............))).......................................(((((((.......)))))))....)))))..((((((((..(((.(((((........)))))))))))))))).........
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.........(((.(((.....))).)))......................(((.(((..(((((.........))))).....))).)))..)))))..(((..(((.(...(((((.((.....)))))))).)))..))).........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.........(((.(((.....))).)))......................(((.(((..(((((.........))))).....))).)))..)))))...((..(((..((((.(((.(((...)))))))))))))..))..........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.........(((.(((.....))).)))......................(((.(((..(((((.........))))).....))).)))..)))))..(((..(((.(...(((((.((.....)))))))).)))..))).........
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...(((((((((.............)))))))))(((((((.((((((..((....(((...((((.(((.((..((((.......))))..)).)))))))...).))...))..))))..).)....))))...))).(((...)))..)))).
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RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((..........((((......(((.(.((.....)).).)))...))))...........(((((.........)))))..............)))))..(((..(((..((.(((((.(((...)))))))))))))..))).........
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.(((......)))...(((.((((.......))))..............(((....))).((((.........))))....)))........)))))..((((.((((.....)))).....((((....))))....)))).........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.((........)).......((((.......))))............(((.....))).(((((.....[[[[)))))....]]]]......)))))..((((.((((.....)))).....((((....))))....)))).........

RNA: RFA_00615

			UUAUACCCGCACAUUCACUCAAAUCUGUAAUAGACUUGUCAUUCAACCCCAAAAAUCUAGUGCAAAUAUUACCUUCGCCAAUUAGGUACAAUUAAUGGUUCUCGCGGGACAAAAGACUAUCGACAUUUGAUACAUUAUUUAUCAAUGGAUGUCUUAUUUUUCUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((((.........(((.(((.....))).)))......................................((((((((.......))))))))....)))))....(((((.(((..(((.(((((.......)))))))))))))))).........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((((...............((((.((((.((...............)).)))).)))).....(((((.........)))))...............)))))....(((((.(((.(...((((((.......))))))).))))))))........)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((.((((...)))).))).........(((.........(............).....(.((((........)))).).......)))......(((.(((......(((((.......)))))...))))))...........
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((....(((....(((.(((..((((.....................))))..))).....(((((.........)))))..)))..))).....)))))...(((((.....(((((((((((.......)))))...))))))...)))))...
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.............((((...)))).....................................................................)))))........................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((...........................................................(((((.........)))))...............)))))....(((((.(((..((.((((((.......)))))))))))))))).........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.........(((.((.......)).)))................................((((.........))))................))))).....((((.(((..(((.(((((.......)))))))))))))))..........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((............))).........................................((((...........))))...............)))))....(((((.(((..(((.(((((.......)))))))))))))))).........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.....................(((.....................)))...........(((((.........)))))...............)))))....(((((.(((..((.((((((.......)))))))))))))))).........
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((...............((((.((((.(((...........)))...)))).)))).....(((((..[[[[...))))).......]]]]....)))))....(((((.(((.....((((((.......))))))..)))))))).........
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HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((...............((((.((((.((...............)).)))).)))).....(((((.........)))))...............)))))....(((((.(((.(...((((((.......))))))).)))))))).........
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((............................................................((((..[[[..[[))))......]].]]]....)))))....(((((.(((..((.((((((.......)))))))))))))))).........
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MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...((((((........(((((((.....)))))))...............................(((((((...))..)))))..............))))))))(((((((.(((..((.(((((((....).)))))))))))))))))).......
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((...............((((.((((.....................)))).))))............(((....((......))...)))....)))))....(((((.(((..((.((((((.......)))))))))))))))).........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((......................(((..)))....((((.....................(((((.........)))))........))))...))))).............(((((((((((.......))))))...)))))...........
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Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................
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Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.........(((.............)))......................................((((.(((........)))))))....)))))....(((((.(((..(((.(((((.......)))))))))))))))).........
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((................((((((...(((.((((...............))))))).))))))....(((.(((((......))))))))....)))))....(((((.(((..((.((((((.......)))))))))))))))).........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((...............((((.((((.(((...........)))...)))).)))).....((((...[[[[.[[[))))....]]]]]]]....)))))..(((((((.(((..((.((((((.......)))))))))))))))).))......
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((...............((((.((((.....................)))).)))).....(((((.........)))))...............)))))....(((((.........((((((.......)))))).....))))).........
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RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((................((((((...(((.((((...............))))))).))))))....(((.(((((......))))))))....)))))....(((((.(((.(...((((((.......))))))).)))))))).........
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Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.............(((.....))).(((.(((.................))))))....(((((..[[[[...))))).......]]]]....)))))....(((((.((((.....)))).((((.......))))...))))).........

RNA: RFA_00620

			UGACAAUUGCUGUAUUCAUUCUCCUUUCUCGAUAGGAAUUGGAGUCAUACAACCCCAGAAACCAUCCUUAUACCUUGAGUAUGCUGAAUUCCGUUAGCGUAGCUCUUGGCUAUUCUCAUAGUGAUUGCAUAUUUGGAGUUACUUAUUCGUCAAUUCAAUUAAAAUUCAUGACGAACCUAAAAGUACUCUGAAUGGUUAUUUUUUAUAAUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((((..........(((...(((.....)))....)))...................................((((((((......)))))))).......))))).....((((((((....(((.(((((.........((((................))))............))))).))))))))))).........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.((((..((((.......((((.((((.....))))..))))............................((..(((((((((((......))))))).))))..))........))))..))))).((((..((((.((((.(((((((................))))))).....))))))))..))))...............)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................((((.((.....))...))))......................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((.....(((((((((....)))))..))))..))))......((((.....((.........(((((((((((......)))))))).)))..))...))))...))))))))..((((((((((.((((.(((((((................))))))).....))))))))))))))((((.......)))).
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TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.((((..((((.......((((.((((.....))))..))))............................((..(((((((((((......)))))))).)))..))........))))..))))).((((..((((.((((.(((((((................))))))).....))))))))..))))................
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((......((((........)))).((((............))))...........))))..((((...(((((......))))).((((.....))))..)))).((((((..((....))..))))))..(((((((................)))))))...(((((((..((....)).))))))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((......((((........)))).{{{{....)))))...}}}}...(((..((((.....))))...(((((......))))).((((.....)))).......((((((..((....))..))))))..(((((((.............[[[))))))).............]]].))).(((.....)))...