RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - Telomerase-vert

RNA: RFA_00597

			UGUCAUUCCGGAGAGGGGCGUUUUCUUCUUUCUCUAACCCUAAUGUAUUGCUUGGGCAGCAGCUCUCUCGGUAUGCUCGCUGUUUUGCUGGCUAACUUUCAGCGAGCAGAGGGCGAAGUCGAAUUUCGGACAAGGGAGAAAAAAUGUUAGCCGGGGAACGCCCCUUUCCCGAAUGCCCGUGCCGUCCUUCCUCUCCUCUGGGCCCGUUGGCGAUAGCCCCCGGCCUCCCUCGCUCCUUAGGCCGCGGUCAGUCCGGGCCCUUGCUCUGGCAUGAGGUCCAUUGCUGCCGCGAAGAGUUCGUCUCUGUCAGCCUUGAGGUGGCCAGCAUGGAAUUGGCGGGCUUGUGGCGGCGCGCGGGAAAAAGCAAAUGGUGAACUAGGUGCGUGUUGUGGUCGUGUUCCUGAAGCGUGGAAUGUGCGAUCUGUGCGCUAGUUCAUACACAC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	...((((((((((((((((((((((....................................(((((.......(((((((((........[[[[[[[[[))))))))).)))))...........................]]].]]]]]]..)))))))))))))))).)))))(((((((................((((((((((((...........((((..(((((..........(((((.((((..(((...................)))...))))))))).((((.....))))........))))).)))).........)))))))))))).......)))))))..............(((((((((((.........(((((((((........))))..)))))...))))))))))))........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..(((((.(((((((((((((..((.......(((((.....(((..(((....))))))..((((((....(((((.((((((.(((((.......))))))))))).)))))..(((........)))..))))))......)))))..))..))))))))))))).)))))(((((((((((...((........))((((((((((....)))...((((..(((((......(((((((((.((((..((((((.(((....))).).)))))...))))))))).((((.....))))....))))))))).))))...........)))))))....))))))))).)).............((((((((((..((......(((((((((((........)))))..))))))))..).))))))))).....)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..(((((((((((((((((((((......(((..((((..(((.((((((..((((((((...........))).)))))((((((.(((.......))).))))))))))))..((((...)))))))))))))).............)))))))))))))))))........(((((((((..(((...((((.(((((((..(((((....((.((((((............)))))).)))).)))))))))).(((....))).))))((((.(((((((((..((((.....)))).(((....))).))))).))))))))......))).....)))))))))..))))...)))..(((((((((.((((((......(((((((((((........)))))..))))))..))))))))))))).))...
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.(((((((((((((((((..((((((....(((....................((((((......(((((((((.................)))))))))))))))((.........)).....)))))))))...........))))))))))))))))).)))))(((((((((((..............(((((((.(((....)))...(((((............)))))((((.(((...(((((..(((....)))...)))))....)))))))..((((.....))))..............................)))))))...))))))..)))))..........(((((((((((...(((((...(((((((((((........)))))..)))))).)))))))))))))).))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................(((((((((.................)))))))))...................................................................................................................................((((((((.((((...(.....................)....))))))))).((((.....))))....))).....................................................................................((((........))))..............................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((((((((..((..(.....(((.......(.(((.....))))((((((.......((((((((.................)))))))).))))))...................))).........)..))..))).))))))))))))).)))))((((((........((((.((...(((((((..(((....)))((((((((............)))))).))......))))))).......))...))))........((((((...(((((((((..(....(((.......))).........)..)))))))))...))))))))))))...........(((((((((((((((......(((((((((((........)))))..))))))))))).))))))))).)))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.(((((((((((((((((.(((((((....(((...(...((((.....))))((((((......(((((((((.................)))))))))))))))((((.....))))...).)))))))))........)..))))))))))))))))).)))))(((((((((((.............((((((((((((....)))...(((((............)))))((((.((((..((((((.(((....))).).)))))...))))))))..((((.....))))....(((....)...))..(.......).)))))))))..))))))..)))))..........(((((((((((...(((((...(((((((((((........)))))..)))))).)))))))))))))).))...
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((..................................................((((((......(((((((((.................))))))))))))))).....................................................)).........((............................((...((..(..(((....(((((.......((((((((.((((...((((..............)).))....))))))))).((((.....))))....))).)))))...))).).))...))...................)).................((((................((((.((((........))))...))))...........))))........
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((((((((((...........(((...[[[.......)))..]]](((.[[[[))).(((((((((.................)))))))))]]]].....(((...[[[[.)))......]]]]...........)))))))))))))))))........(((((((((...............((((((((((....)))...((((..(((((......(((((((((.((((..(((((..(((....)))...)))))...))))))))).((((.....))))....))))))))).))))...........)))))))....))))))))).........(((....[[[[[[[[[.))).......(((((((((((........)))))..))))))......]]]]]]]]]......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.((((((((((((((((((((((((..........(((((((...((((....))))...))))))).(((((.(((.(((.(((.......))).)))))).))))).(((........))).))))))).............))))))))))))))))).)))))(((((((((((....(((.((...(((((((..(((....)))((((((((............)))))).))......)))))))...(((......))).(((((.((((((((..((((.....)))).(((....))).)))).)))))))))...)).))).....))))))))).)).............((((((((((((((......(((((((((((........)))))..))))))))))).)))))))))......
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.(((((((((((((((((...................................((((((......(((((((((.................)))))))))))))))......................................))))))))))))))))).)))))(((((((((((.............(((((((..(((..........(((((............)))))[[[[.[[)))))))))).(((....)))...........<<]]]]]]..((({{{{{{{))).............................}}}}}}}....))))>>)))))))............(((((((((...(((((...(((((((((((........)))))..)))))).))))))))))))))......
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.((((((((((((((((((((((......(((.............))).....(((((((......((((((((...{{{{{{{.......)))))))))))))))....((((...))))..))))))))))).......[[[[[[[..))))))))))).)))))(((((((............((((.(((((((..(((((....]]]]]]].....))))).....((((..))))....))))))).((((..)))).))))......((((((((...(((((((((.......((((..)))).}}}}}}}.......))))))))))))))))))))))))............((((((((.(((((((....(((((((((((........))))..))))))))))))))))))))))......
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((.((((........((..(.......................(((((.......(((((((((........(....)...))))))))).)))))...(......)....................)..))....))))))))))))))))))...(((((((..................(((.(((((..........((((((..(((((.......((((((((.((((..(((.(..............)..)))...))))))))).((((.....))))....))).))))).))))))........))))).))).........))))))).....(......(.(((((((((((.........(((((((((........))))..)))))...)))).)))))))...)...)
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((((((((((((..((.......(((((.....(((..(((....))))))..((((((....(((((.(((.((((((((.......))))))))))).)))))..(((........)))..))))))......)))))..))..))))))))))))).)))))(((((((((((...((........))((((((((((....)))...((((..(((((......(((((((((.((((..(((((..(((....)))...)))))...))))))))).((((.....))))....))))))))).))))...........)))))))....))))))))).))......)))....((((((((((((((......(((((((((((........)))))..))))))))))).)))))))))......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.(((((((((((((((((..((((((....(((..(((((((...((((....))))...))))))).(((((..((((((.(((.......))).)))))).))))).(((((...)).))).)))))))))...........))))))))))))))))).)))))..(((((((((.............(((((((..(((....)))((((((((............)))))).))......))))))).(((....))).....((((.(((((((((..((((.....)))).(((....))).))))).))))))))..............)))))))))..............(((((((((((.((((......(((((((((((((...)).)))))..))))))..))))))))))))).))...
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((((((((.((((.................................................((((((((.................))))))))......................................((..))...)))))))))))))).......(((((((........................(((..........((((((..(((((.......((((((((.((((..(((...................)))...))))))))).((((.....))))....))).))))).))))))........)))(..)...........)))))))..............((((.((((((.........(((((((((........))))..)))))...)))).)).))))........
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((((((((((..((...........................................................................................((..........)).....................))..))))))))))))).)))))(((((((((((...............((((((.(((....)))...((((..(((((......(((((((((.((((..((((((.(((....))).).)))))...))))))))).((((.....))))....))))))))).))))............))))))....))))))))).))......)).....(((((((((...........(((((((((((........)))))..))))))......)))))))))......
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RNA: RFA_00598

			UUAAUUAGAGGGAUUGGAAGGUUCCGCUUAUGCUAACCCUAAUAUUGGGGGUCUGUUGAAAACCUCUUUAAGAUAUGCGUGUUGUUUUAUUGGCUGACUUUCAGCGCGCAUUGAGAGGAGUUGCUGCCCAGGACUAAAAAAUGUCAGCUGGGAGUCCUUCCUCUCCCUUAUUUCUGCCUCACAACCUGGACUCUUUAUUUAGCGGUGCCCCAUUUGUCGAGGCCGCAGUCAGUCUUGUUCUUAUACGCUGCUGUUGCGAAGAGUUCGUCUCUGUCAGCCUCCGGGGCAACGCCUUGAAUUUGGAGAGCCUGGGAAUGUAACAAGGGGUAGGGAAAAUAACGAGAGCUGAGUUGGCUUCUCCUGUGCUGUUCCUGAGCUGUGGAACUUGCAAUCGCAGUCGGCUCUGACACUU
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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((..((((((..............((((((....)))).))..........(((((.......((((((((((.................))))))))))..)))))....(((.((((((((........)))..))))))))))))))..)))))...((((((((((((.(((((.((((((((((((((.((((((.......(((((.((((..((.(..((((((...(((.......)))))))))..).))))))..))))).)))))).)))..)))))..)))))).)))))..))).....)))))))))...............(((((((((.....(..((.(((((........)))))..))).....)))))))))........
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((..((((((...........(..(((((((())))))).)..).......((((((......((((((((((.................)))))))))).))))))....(((.((((((((........)))..))))))))))))))..)))))).(((((((((((((.(((((.((((((((((((((.((((((.......(((((.((((..((.(..((((((...(((.......)))))))))..).))))))..))))).)))))).)))..)))))..)))))).)))))..))).....))))))))))............(.(((((((((.(...(..((.(((((........)))))..)))...).))))))))).)......
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DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((..((((((....((....))...(((((....))))).((....))...((((((......((((((((((.................)))))))))).)))))).....((.((((((((........)))..))))))).))))))..)))))).(((((((((((((.(((((.((((((((((((((.((((((.......((((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....))))).)))))).)))..)))))..)))))).)))))..))).....))))))))))........((((((((....((........(((.(((((........)))))..)))...))..)))))))).......
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Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((..((((((....((....))...(((((....))))).((....))...(((((.......((((((((((.................))))))))))..)))))....(((.((((((((........)))..))))))))))))))..)))))).(((((((((((((.(((((.((((((((((((((.((((((.......((((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....))))).)))))).)))..)))))..)))))).)))))..))).....))))))))))........((((((((....((.........)).(((((........))))).((......)).)))))))).......
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Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((..((((((....((....((..(((((.......)))))..))......((((((......((((((((((.................)))))))))).))))))....))..((((((((........)))..)))))...))))))..)))))).(((((((((((((.(((((.((((((((((((((.((((((.......((((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....))))).)))))).)))..)))))..)))))).)))))..))).....))))))))))...((((.[[[[[[[[))))..........(((.(((((........)))))..))).......]]]]]]]].......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((..((((((...............(((((....)))))........................((((((((((..(((.....)))....))))))))))...........(((.((((((((.(.....))))..))))))))))))))..)))))).(((((((((((((.(((((.((((((((((((((.((((((.......((((((((((.((((..(((......)))..)))))))))(((((.....)))).)..))))).)))))).)))..)))))..)))))).)))))..))).....))))))))))........((((((((..................(((((........)))))............)))))))).......
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((((((((.((((...................................................((((((((.................)))))))).................................((..))..))))..))))))))))......(((((((............(((...(((((((..(((((.........((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....)))...)))))....))))))).....)))(..)..............)))))))...........((((.((((.(.........(((((.((((........))))..)))))...))))).))))........
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((..((((((....((....((..(((((.......)))))..))......((((((......((((((((((.................)))))))))).))))))....))..((((((((........)))..)))))...))))))..)))))).(..((((((((((.((..(.((((((((((((((.((((((.......((((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....))))).)))))).)))..)))))..)))))).)..))..))).....)))))))..).......(((.((.(((((((((.(.....(((.(((((........)))))..)))...).))))))))).).).)))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((....((((((..(((((((((.((....))...(((((....))))).......)))..((((((......((((((((((.................)))))))))).))))))....(((.((((((((........)))..))))))))))))))..)))))).(((((((((((((.((.((.((((((((((((((.((((((.......((((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....))))).)))))).)))..)))))..)))))))).))...))).....)))))))))).......(((((((.....))).))))............)).((((....(((.((....)))))))))..........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(.(((((..(((((((((.(((((...(((((....)))))((((...((.....))....))))..)))))..........((((.(....((((((.....((((((((..(((.((((((((........)))..))))))))..))))))))((((((..((.....(((.((..(.((((((((((((((.((((((.......((((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....))))).)))))).)))..)))))..)))))).)..))..)))....))..))))))........(((((((.....)))).)))..))))))....).))))))))))))).))))).).((((....))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..))(((((((((((((((..((((.......(((((((..)))))))(((..)))...((((((..)...(((((((((((...............)))))))))).).)))))))).)..(((((((((........)))..)))))).)))))))))))))))......(((((((((((.((...(((((..))).))....)))))))).))))).((((.((((.............))))))))((.(((((((.((...(((((((.((..((((((((.(((((((..(.............)..)).))))))).((((((.....((..))...(((..))).))))))...))))))..))))).....(..).....)))).)))))))))))...
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................(....((......((......................).).......)).)..........................................................................................(.((.............((..(.......)..))....)).)........
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((..((((((...............((((......)))).........................(((((((((.................)))))))))............(((.((((((((........)))..))))))))))))))..)))))).(..((((((((((.((..(.((((((((((((((.((((((.......((((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....))))).)))))).)))..))))..))))))).)..))..))).....)))))))..)...............................((.(((((........)))))..)).......................
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((..((((((....((....((..(((((.......)))))..))......((((((......((((((((((.................)))))))))).))))))....))..((((((((........)))..)))))...))))))..)))))).(..((((((((((.((..(.(((((.((((((((.((((((.......((((((((((.((((..(((......)))..))))))))).((((.....))))....))))).)))))).)))..)))))...))))).)..))..))).....)))))))..)........((((((((....((........(((.(((((........)))))..)))...))..)))))))).......
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((......((((....))))......))).(((((....)))))....(((((...(((((.(((((((.......)))))))...((((.....))))........))))).(((.((....))))).........))))).(((((........)))))........(((((.......(((.......))).((((........)))).))))).((((.(((...............))))))).((((((((.....))))....((((.(((((.....)))))...(((..................))).))))............(((((((.....))).)))).(((...(((((........)))))..))).)))).((((....))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((....)))))).....(((...(((((....))))).(((....ddddd.......)))...)))....DDDDD....((((.cccc))))..(((...)))C.(((.{{{{......)))......CCC}}}}.(((((...<<<<<))))).....(((..bbbbbb....)))...........(((((........BBB.BBB)))))...(((eee...eeeee.......)))...(((EEE..)))((((.....ffff.(((((.....)))))...fff))))...EEEEE......FFF.FFFF.>>>>>...(((aaaa.....)))(((.AAAA....)))(((((.[[[[[[.))))).(((....)))..]]]]]]........

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RNA: RFA_00599

			GGCGGGUUGCGGGAGCUGCGAGCGGCCGUCUCGUCUAACCCUAAAGAGAAAGGCGUAGGUGCUUGGCCUUGGCGACUCGCCCGCUGUUUUUUGGCUGGCUUUCAGCGGGUGAAGAGGCCCAAGACCUACCGCCACCCACCGUCUAGUGUCUUAAGGGCACAAAGUCCUGCCCGCCACCCUUCGAGGAGCGAAACCCAAAAAAGUCAGCCCCUGGCCGCCUCUCGCCCUCUCGCAACCCGCCUCCGUCCCAGCCUCCAUCCCCGCCCCAGGCCGCGGUCGGUCCGGGCUUCUUCGGAAGUCCCGUUGCCGUCGCGAAGAGUUCGCCUCUGUCAGCCGCGGGGCUUGGGGCCAGGGACGGGACCCUGUCCGCAGGGAGAGAAACUGGAGCCGGGCCCUCCACGGUGCCUCCCCGAGCUGUGGGAUCUGCACCCGGGACUCGAACCCUACACUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	......(((((((((.((((((((((((.......................(((((((((.....(((((.......(((((((((.......[[[[[[[[[)))))))))..))))).....))))).)))).................................................................]]].]]]]]]...))))))...)))))))))))))))(((((..(((((((.(((((....(((((.......(((((.((((..(((.............)))...))))))))).((((.....)))).......)))))....)))))..)))))))..........)))))..........((((((.(((((......(((((((((........))))..)))))..)))))).)))))........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..(((((.(((((.(((.((..........((((..(((((((((.(((((((((......((((((((((......((....))..)))))))))).)))).)))))))))).))))...(((......)))))))..(((((........)))))..........)).)))))............(((((...))))).))).))))).)))))))))))))..((((((((.(((.(((.((((((....((((((((.((((.((((((((....)))).))))..))))))))).((((.....))))....)))))))))..))))))..)))))))).(((((....))))).........((...(((((((.....(((((.((((........))))...))))).))).))))...)).....))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................((((((.....((((.(((.(((.((...((((..((((......................................................................(((.......)))...(....).....(.(......................).).....(((...))).))))..)))).)).))).).))...((......))..))))..((((.....)))))))))).....................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...((((((((((.(((((............((((..(((((((((.(((((((((......((((((((((................)))))))))).)))))).))))))))).)))...(((......)))))))..(((((........))))).........))))).((((............)).))....))))))...))))..)))))))))))))).(((((((.(((((...((((((....((((((((.((((..(((((((....)))))))....))))))))).((((.....))))....)))))))))...)))))..)))))))..(((((....))))).(((.....((...(((((((.....(((((.((((........))))...))))).))).))))...))....)))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((((.((((((.(((((.................................................(((((((((................)))))))))....................................................................................................)))))....)))))))))))))).(((((....(((((.(((((....(((((....((.(((((.((((..((...............))...))))))))).((((.....)))).....)))))))....)))))..)))))............)))))..........(((((.((((((.....(((((.((((........))))...))))).)))))).)))))........
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((((.(((((..(((((.......................(((((((((....((((((.......(((((((((....(......)....)))))))))..))))))....))))).))))..............................................................................))))).....))))))))))))).((((((((.(((((.(.(((....(((((.......(((((.((((....(((........)))......))))))))).((((.....)))).......)))))....))).)..))))).)))........))))).........((((((.((((((......((((.((((........))))...))))..)))))).)))))).......
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..((((((((((.((((.............))))..(((((((((.(((((((((......((((((((((................)))))))))).)))))).))))))))).)))............(((......(((((........)))))..)))..........((.................))....)))))...))))).)))))))))))))))((((((((.(((((.(.((((((....((((((((.((((.((((((((....)))))).))..))))))))).((((.....))))....)))))))))..))))))..)))))))).(((((....))))).........((((.......))))..(((((..((..........))....))))).....................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................(((((((((.((..(((((......((((((((((................)))))))))).)))))...)))))))).)))..............................................................................................................................(((((.......(((((.((((..(((((((....)))).)))...))))))))).((((.....)))).......)))))............................................(...............(((((.((((........))))...)))))............)........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..(((((.(((.(((..((((........)))....(((...((((..(((((((((...(((((((((((................))))))))...)))..))))).......))))..)))).....(((((.....)))))...)))..((((............)).))....................)..))).))).))))).)))))))))))))))...((.((((..(((.((((.(((((((.((((((((((((.(((((((....))))))).)..))))......((((.....))))....)))))))...)))))))..)))).))).(((((....))))).......))))..(((((.(.((((((((..........))))))))....)..)))))............))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..(((((((((((((((.............))))..(((((((((.(((((((((......((((((((((......(((())))..)))))))))).)))))).)))))))).))))............(((......(((((........)))))..))).......((.((.................)).))))))))...))))).)))))))))))))))((((((((.(((((.(.((((((....((((((((.((((.((((((((....))))))).)..))))))))).((((.....))))....)))))))))..))))))..)))))))).(((((....)))))........(((((.......))))).(((((.((((........))))...))))).(((.......))).......
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................((((((((.(...(((((......((((((((((....(.....).....))))))))).))))))....))))))).))............................................................................(((..........((((.........................(((((....(((((.......(((((.((((..(((((((....))))).))...))))))))).((((.....)))).......)))))....))))).................)))))))...........((((.............((((.((((........))))...))))..........))))........
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................((((((((.(...(((((......((((((((((....(.....).....))))))))).))))))....))))))).))...........................................................................((((..........(((((.....................................(.....).(((((.((((..(((((((....))))).))...))))))))).((((.....))))....)))))))))...........................................((((.............((((.((((........))))...))))..........))))........
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..(((((.(((...(((.............((((..(((((((((.(((((((((......((((((((((................)))))))))).)))).)))))))))).))))...(((......)))))))..(((((........))))).............)))..............(((((...))))).))).))))).)))))))))))))))((((((((.(((.(((.((((((....((((((((.((((.((((((((....)))).))))..))))))))).((((.....))))....)))))))))..))))))..)))))))).(((((....))))).(((....(((((.......))))).(((((.((((........))))...))))).[[[.)))...]]].......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..((((((((((.((((.............))))..(((((((((.(((((((((......((((((((((................)))))))))).)))).)))))))))).))))......((....(((......(((((........)))))..)))....)).((.((...((........))..)).)).))))))...)))).))))))))))))))).(((((((.(((.(((.((((((....((((((((.((((.((((((((....)))).))))..))))))))).((((.....))))....)))))))))..))))))..)))))))..(((((....))))).(((.....((...(((((((.....(((((.((((........))))...))))).))).))))...))....)))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..((((((((((........................(((((((((.(((((((((......((((((((((................)))))))))).))))).)))))))))).))).....................(((((........)))))........................................))))))...)))).)))))))))))))))((((((((.(((((...((((((....((((((((.((((.((((((((....)))).))))..))))))))).((((.....))))....)))))))))...)))))..)))))))).(((((....))))).........((...((((........(((((.((((........))))...))))).....))))...)).......
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(...((((.(....((.......................(((((((((..((.((((((.....((((((((((....((....))....))))))))))))))))..)).)))))).)))......................(((..........))).................)).............).)))))......((((.(((.......(((.((.(((.((....(((((.(((((((((....(((((((((.((((.((((((((....)))).))))..)))))))))..((((...)))).....))))))))))).))))))))))))))..)....))))))))).......((((.(((((((((.....((((((((((........)))))..))))).))).))))))))))......
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((...(((.(((((((.........................((((((((.(((.((((((.....((((((((((....((....))....))))))))))))))))..))))))))).)).......................((((........)))).............))).).............)).))))))......(((.(((((((..((.........(((....(((((.((((((((((....((((((((.((((.((((((((....)))).))))..))))))))).(((((...)))))....))))))))))).))))))))).)))...))...)))))))).........(((.((...((((.(...((((((((((........)))))..))))))))).)...))))).......
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..((((((((((.((((.............))))..(((((((((.(((((((((......((((((((((................)))))))))).))))).))))))))).))))...(((......)))......(((((........)))))............((.((....(........)...)).)).))))))...)))).))))))))))))))).(((((((.(((.(((.((((((....((((((((.((((.((((((((....)))).))))..))))))))).((((.....))))....)))))))))..))))))..)))))))..(((((....))))).........((...((((....((..(((((.(((((.....).))))...)))))..)).))))...)).......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..(((((((((((((((.............))))(((((...........)))))((((...))))...........((((((((((....(((((....[[[[[(((((......................)))))..(((((........)))))..)))))((((.....)))).......))))))))))..)))))))...)))).)))))))))))))))((((((((.............(((((((((((((((((((..((((((((..))))))))....))))..(((((...)))))........)))))))..))))))))..)))))))).((((((..))))))........(((((..]]]]]))))).(((((.((((........))))...))))).(((.......))).......
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..(((((((((((((((.((................(((((((((.(((((((((......((((((((((...((.....))....)))))))))).)))))).)))))))).)))).....................(((((........)))))..........)).)))....))..................))))))...)))).)))))))))))))))((((((((.(((.(((.((((((....(((.((((.((((.((((((((....)))).))))..))))))))..((((.....))))....)))))))))..))))))..))))))))........................((...((((...(((.((((((.((((........))))...)))).)))))))))...)).......
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................(((............((((((......(((((.......((.(((((...((.....))....))))).))..)))))......)))))).............................................................................((................(((((((((.............................(((...)))(((((.((((..(((((((....))))).))...))))))))).((((.....))))....)))))))))......))..)))..............................((((...(((.......(((..((((........))))....)))..))).....))))........
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(..((((((((.((((((((((((......((...............(((((((((.(..((((((.....(.(((.(((((....(......)....))))).))).)))))))...)))))).)))).............................................................(.......)..))....)))))..).)))))))))))))).((((((((.(((((.(((((....(((((....((((((((.((((..(((((((....))))).))...))))))))).((((.....))))....))))))))....)))))..))))).)))........)))))..........(((((.((((((.....(((((.((((........))))...))))).)))))).)))))...)....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((..((((.(.((((......((...............(((((((((.(..((((((......((((.(((((....(......)....))))).))).)))))))...)))))).)))).............................................................(.......)..))....))))...)..)))).)))))))..((((((((.(((((.(((((....(((((....((((((((.((((..(((((((....))))).))...))))))))).((((.....))))....))))))))....)))))..))))).)))........)))))..........(((((.((((((.....(((((.((((........))))...))))).)))))).)))))........
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(..((((((((.((((((((((((......((...............(((((((((.(..((((((.....(.(((.(((((....(......)....))))).))).)))))))...)))))).)))).............................................................(.......)..))....)))))..).)))))))))))))).((((((((.(((((.(((((....(((((....((((((((.((((..(((((((....))))).))...))))))))).((((.....))))....))))))))....)))))..))))).)))........)))))..........(((((.((((((.....(((((.((((........))))...))))).)))))).)))))...)....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((..((((.(.((((......((...............(((((((((.(..((((((......((((.(((((....(......)....))))).))).)))))))...)))))).)))).............................................................(.......)..))....))))...)..)))).)))))))..((((((((.(((((.(((((....(((((....((((((((.((((..(((((((....))))).))...))))))))).((((.....))))....))))))))....)))))..))))).)))........)))))..........(((((.((((((......((((.((((........))))...))))..)))))).)))))........
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((..((((...((((......((...............(((((((((.(..((((((......((((.(((((................))))).))).)))))))...)))))).))))........................................................................))....))))......))))).))))))..(((((.((.(((((.(((((....(((((....((((((((.((((..((.((((....))))..))...))))))))).((((.....))))....))))))))....)))))..))))).)).........)))))....(.....(((((.((((((......((((..(((........)))....))))..)))))).)))))...)....
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..(((((.(((((.(((.((..........((((..(((((((((.(((((((((......((((((((((......((....))..)))))))))).)))))).))))))))).)))...(((......)))))))..(((((........)))))..........)).)))))............(((((...))))).))).))))).))))))))))))))).(((((((.(((.(((.((((((....((((((((.((((.((((((((....)))).))))..))))))))).((((.....))))....)))))))))..))))))..)))))))..(((((....))))).(((....(((((.......))))).(((((.((((........))))...))))).[[[.)))...]]].......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..((((((((((.((((.............))))..(((((((((.(((((((((......((((((((((................)))))))))).))))).))))))))).))))...(((......)))......(((((........)))))...........(((.(((..............).)).)))))))))...)))).)))))))))))))))((((((((.(((.(((.((((((....((((((((.((((.((((((((....)))).))))..))))))))).((((.....))))....)))))))))..))))))..)))))))).(((((....))))).(((..........((((........(((((.((((((...)).))))...))))).....)))).........)))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((.((((((.(((((..................................................((((((((................))))))))............................................................................................((..))...)))))....)))))))))).....(((((......(((.(((((....(((((....((((((((.((((..((...............))...))))))))).((((.....))))....))))))))....)))))..)))(..)..........)))))..........((((..((((((......((((.((((........))))...))))..))))))..))))........
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((.((....(((...(((((.......................(((((((((.................................((((.....))))((((.......))))..))))).)))).....................................................................(....)...)))))......)))...)).))).(((((.((..((((...(((....(((((....((((((((.((((..((((((......)))).))...))))))))).((((.....))))....))))))))....)))....))))..)).........)))))..........(((((.(((.((......((((.((((........))))...))))..)).))).)))))........
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..(((((.(((((.(((.((..........((((..(((((((((.(((((((((......((((((((((......((....))..)))))))))).)))).)))))))))).))))...(((......)))))))..(((((........)))))..........)).)))))............(((((...))))).))).))))).))))))))))))))).(((((((.(((.(((.((((((....((((((((.((((.((((((((....)))).))))..))))))))).((((.....))))....)))))))))..))))))..)))))))..(((((....))))).........((...(((((((.....(((((.((((........))))...))))).))).))))...)).......
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..(((((.(((((.(((.((..........((((..(((((((((.((((((((((....)((((((((((......((....))..)))))))))).)))))).))))))))).)))...(((......)))))))..(((((........)))))..........)).)))))............(((((...))))).))).))))).)))))))))))))))((((((((.(((.(((.((((((....((((((((.((((.((((((((....)))).))))..))))))))).((((.....))))....)))))))))..))))))..)))))))).(((((....))))).........((...(((((((.....(((((.((((........))))...))))).))).))))...)).......
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((...(((((((((.((((((..(((((.((((.(..(((((((((.(((((((((..(...(((((((((((..............)))))))))))))))).))))))))))).)))..)(((......))))))).))))..(........).)......(((...)))))))).))..................))))).)))..)..)))))))))))))))...((.((((((.((.((((((((((((((((((((.(((.(((((((((..))))).)))).((((......))))....))).......)))))))..)))))))).))))).))..((((((..))))))....)).)))).))((((.((.(((((((.(.......)))))))).((((.(....)))))...))))).).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................(..(.........((.(...(....(.......)....)...).)).).)..........................(...........)............(..(.....(.....(((((....((((((((.((((..((((((......)))).))...))))))))).((((.....))))....)))))))).......)..........).)..............(.(......(.....((.((......((((.((((........))))...))))...)).)).....)...)...)
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................(.(...(.((........(.(.(..............(.((..(..(....(......(((.................))).......)....)..)...))...)..............................).).).....)).)...).)...((.((.((...((..((((.....(((((....((((((((.((((..((((((......)))).))...))))))))).((((.....))))....)))))))).....))))..)).....))........)).))..(.(......(.....((.((......((((.((((........))))...))))...)).)).....)...)...)
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..(((((.(((.........................(((((((((.((((((((((....)((((((((((......((....))..)))))))))).))))).)))))))))).)))...(((......)))......(((((........)))))..............................((((.....)))).))).))))).))))))))))))))).(((((((.(((.(((.((((((....((((((((.((((.((((((((....)))).))))..))))))))).((((.....))))....)))))))))..))))))..)))))))..(((((....)))))..............((((........(((((.((((........))))...))))).....))))............
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((..((((((((((.((((.............))))..(((((((((.(((((((((......((((((((((................)))))))))).))))).)))))))))).))).....................(((((........)))))............((.((.................)).)).))))))...)))).)))))))))))))).((((((((.(((.(((.((((((....((((((((.((((.((((((((....)))).))))..))))))))).((((.....))))....)))))))))..))))))..)))))))).(((((....))))).........((...(((((((.....(((((.((((........))))...))))).))).))))...)).......
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..(((((.(((((.(((.((..........((((..(((((((((.(((((((((......((((((((((......((....))..)))))))))).)))).)))))))))).))))...(((......)))))))..(((((........)))))..........)).)))))............((((.....)))).))).))))).))))))))))))))).(((((((.(((.(((.((((((....((((((((.((((.((((((((....)))).))))..))))))))).((((.....))))....)))))))))..))))))..)))))))..(((((....))))).........((...(((((((.....(((((.((((........))))...))))).))).))))...)).......
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: RFA_00600

			GUCCAGCUGCGGGGAGAAAGUGUCGUUCUCUAACCCUAAUGCGAGGGCAAUGCGGGCCCUUUGUUUAAAGUCCCGUUGUCGCGCGAAGCGGGAGCCCUCGCUGUUUUCUUGGCUAACUUUCAGCGAUGGUGAAAGGGCCUAGCAAAGGUUGGGAAGCGUGAUUUAUUGUUGGUGGGCAGAGAGAAAAAAGUUUCAGCCGCGGCCUCCUCCCCGGCGGCCCAGGACCCCCUGUUGCAACGUGCGAAAUGGCGGCCUCGGCCCCCACCUUUGCUCGCAUGCCCAGCCGAGUAGGCCGCGGUCAGCGCCGGCUUCCACGCCAGUGUGGGGCUUGAUGCUGUCGCGAAGAGUUCGUCUCUGUCAGCCUGGCAGGGGGUGCUACGCAGGGUCGGGGUACGGGGGACAGGGAGAUUAAAUAGCUUGACCAGACGCUAUAACCUGUACUGCAUCUCCCAGAGCUGUGGGACCUGCAAAUCUGCGCUGGUCAUACAUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((((((((........................................(((((.................................(((((((((........[[[[[[[[[)))))))))...)))))................................................]]].]]]..]]].........))))))))))))...))))..((((((..................((((((((((............((((((((.((((.......(((((.((((..(((....................)))..))))))))).((((.....)))).......)))).))))))))......))))))))))......))))))...............((((((.(((............((((..((((........))))..)))).....)))))))))........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((.....((((((((((((..(((((..((((.(((((.((((((((((((........(((((((.........)))))))(((.((((((.................)))))).))).)))))))).(((((((((.(((..((...............(((((.((((........)))).((((.((.......)))))).)))))((.((.((..(((((...)))))...)).))))...))))).)))))))))))))))))).(((.....)))(((((.(((((..((((.(((((....)))))))))...))))))))))...(((...(((((((((...)))))))))..))).)))).....)))))...)))))).((..((.........))..)).))))))....)))))..((((..(((((......)))))..)))).......)))))..........
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((..........................................................................(((((((((.................))))))))).........................................................................))))))))))).)))..........(((((((......................(((((.............(((((((.((((....((.(((((.((((..(((...................)))...))))))))).((((.....)))).....)))))).))))))).......)))))..........)))))))...............((((((.(((..........((((((..((((........))))..))))))...)))))))))........
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((.....(((((...((((((...............((((((((((((........(((((((.((....)))))))))(((.((((((.................)))))).))).))))))))).)))..))))))...)).................(((.(..............).)))..)))...))))))).))))...)))).(((((((...................((((((((((.((((.(((..((((.(((.((((.((.((((((((.(((((.((((((((((....))).)))))).).)))))))))).((((.....))))))).)).)))).))).))))...))))))).))))).)))))))))))).............(((((((.(((............((((..(((((......)))))..)))).....)))))))))).......
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................((.((((((.................)))))).))................................................................................................................................................................(((((((((.((((...(((.................)))....))))))))).((((.....))))....)))).............................................................................((((..((((........))))..))))......................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((...(((.....((.......))....)))....))..))))......(((((((.........(((((((.........)))))))(((.((((((.................)))))).)))..))))))).((((((((.((((...((((.....((((....(((.............((.......))((((.((.....)).)))).......)))....))))..)))).......(((....))))))))))))))).(.(((.(((((...(((((..(((..(((((..(((((((((....))).))))))...))))).)))..((((.....))))..(((((((...((((((((...(((((.(...(((....((......(((.........)))..))....)))..).)))))...))))))))))).)))).....)))))........))))).))).)....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((..((.((((((.(((((((.....((....))..((((((((((((........(((((((.(((()))))))))))(((.((((((.................)))))).))).))))))))).)))..))))))).))).................(((.((((........)))).)))()))))).))))))).))))...)))).(((((((....(((........))).((((((((((.((((.(((..((((.(((.((((.((.((((((((.(((((.((((((((((....))).)))))).).)))))))))).((((.....))))))).)).)))).))).))))...))))))).))))).)))))))))))).............(((((((.(((............((((..(((((......)))))..)))).....)))))))))).......
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((...................................................((((.......((..................((((((((((.................))))))))))..))))))...........................................................))...............................((.................................(.(.(((.(((..(((.((......((((((((.((((...((((...............))))....))))))))).((((.....))))....)))..)).)))..))).).))..))..............))..................((((.................((((...((((........))))...)))).........))))........
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((.....((((((((((....(((((((((((((...(((((..((((....)))).)))))..((((.....))))..))))))))((((((((.((((..((((((.......)))))))))).(((....))))))))))).........))))).....)))))((((....))))....)))))...)))))).)))))...))))......((((..[[[))))....]]].(((((..(((((((((.....((((.(((.((((....((((((((.(((((..(((((((((....))).))))))...)))))))))).((((.....)))))))....)))).))).)))).....))))).))))..))))).(((((........(((((.[[[[[[[..)))))..)))))..((((..(((((......)))))..))))........]]]]]]].......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((.((((..((((.(((((((....(((....))).((((((((((((........(((((((.((....)))))))))(((.((((((.................)))))).))).))))))))).)))..))))))).))))..))))......(((((((.((((........)))).))).).)))..)))))).)))))...)))).(((((((......(((......))).((((((((((.(((((.((..((((.(((.(((....(((((((((.(((((.((((((((((....))).))))).)).)))))))))).((((.....))))....))))))).))).))))...))))))).))))).)))))))))))).............(((((((.(((............((((..(((((......)))))..)))).....)))))))))).......
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.((((.......................(((......(((((.((((((((((((........(((((((.........)))))))(((.((((((.................)))))).))).)))))))).(((((((((.(((..............................................................(((((([[.[[...))((((.....))))......]]]]..))))))))))))))))))))))))).{{....)))}}(((((.(((((..(((((((((....))).))))))...))))))))))........(((((...(((((((...((((((((...(((((................((((............))))..............)))))...))))))))))).)))).)))))........)))))))))..........
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((..((.((..........................((((((((..((..........(((...................((((((((((.....((....))....)))))))))).)).)....))))))))...).)......................((..((..........))..))....)).)))).))...).............((((((..................(.(((.(((.((.(......(((.(.(((((......(((((((((.((((.(((((..((((......))))).))))..)))))))))..((((...)))).....)))))..)))).).))))..)).)))).......)))))))))..............((((((((((............((((((((((((........))))))))))..))))..))))))))......
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((.((((..((((.(((((((....(((....))).((((((((((((........(((((((..(....).)))))))(((.((((((.................)))))).))).))))))))).)))..))))))).))))..))))......(((((((.((((........)))).))).).)))..)))))).)))))...)))).((((((.......(((......))).((((((((((.((((.(((..((((.(((.(((....(((((((((.(((((.((((((((((....))).)))))).).)))))))))).((((.....))))....))))))).))).))))...))))))).))))).))))).)))))).............(((((((.(((.((.....))..((((..(((((......)))))..)))).....)))))))))).......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((..(((((((.........((((((..(((....((((((((.[[[[....[[[[[[[[.....(((((((.(((..)))))))))))))))))).........((((..((((((.......)))))))))).]]]]]]]].......]]]]..............)))...))))))...........{{{{{{{{{.)))))))((((..((((..(((((((((((...))))).......((((((((((.(((((((((..(((((((((((((...}}}}}}}}}.......)))))..(((((..)))))))))...))))....))))))......(((((((((...)))))))))))).......)))))))))).))))))(((((........(((((..........)))))..)))))........(((((......))))))))).....)))))))))..........
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((.........((..(.....................(((((((......(.........................(((((((((........(....)...))))))))).))))))).........................)............................)..))......))))))))))).)))..........(((((((..................(((.(((((.............(((((((.((((....((((((((.((((..(((((..............)).)))...))))))))).((((.....))))....))))))).))))))).......))))).)))......)))))))....(.........(((((((.(((..........((((((..((((........))))..))))))...)))))))))...)...)
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((.........((..(......................((((((......(.........................(((((((((........(....)...))))))))).)))))))...(......................)...........................)..))......))))))))))).)))..........(((((((..................(((.(((((.............(((((((.((((....((((((((.((((..(((.(..............)..)))...))))))))).((((.....))))....))))))).))))))).......))))).)))......)))))))....(.........(((((((.(((...........(((((..((((........))))..)))))....)))))))))...)...)
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((.((((..((((..((((((....(((....))).((((((((((((........(((((((.((....)))))))))(((.((((((.................)))))).))).))))))))).)))..))))))..))))..))))......(((((((.((((........)))).))).)).))..))))))).))))...)))).(((((((.......((......))..(((((..((((..((((((..((((.(((.((((.((.((((((((.(((((.((((.((((((....)))))))).)).)))))))))).((((.....))))))).)).)))).))).))))...))))))..))))..)))))))))))).......(((((.[[[[[[[..))))).........((((..(((((......)))))..))))........]]]]]]].......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((.((((..((((.(((((((.(..(((....))).((((((((((((........(((((((.((....)))))))))(((.((((((.................)))))).))).))))))))).))).)))))))).))))..))))......(((((((.((((........)))).))).).)))..)))))).)))))...)))).(((((((......(((......))).((((((((((.((((.(((..((((.(((.(((....(((((((((.(((((.((((((((((....))).)))))).).)))))))))).((((.....))))....))))))).))).))))...))))))).))))).))))))))))))((.(.[[[[.)))(((((((.(((((((...)))).((((..(((((......)))))..)))).....))))))))))...]]]]
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((((((((...........................................................................((((((((.................))))))))...............................................................((..)).....))))))))))...............(((((((........................(((.............(((((((.((((....((((((((.((((..(((...................)))...))))))))).((((.....))))....))))))).))))))).......)))(..)........)))))))...............((((.(.(((...........(((((..((((........))))..)))))....)))).))))........
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((.((((..((((..((((((....(((....))).((((((((((((........(((((((.((....)))))))))(((.((((((.................)))))).))).))))))))).)))..))))))..))))..))))......(((((((.((((........)))).))).).)))..)))))).)))))...)))).(((((((.......((......))..((((((((((.(((((.((..((((.(((.((((.((.((((((((.((((((.((((.(((((....))))))))).).)))))))))).((((.....))))))).)).)))).))).))))...))))))).))))).))))))))))))..........(..(((((((.(((........(...((((..(((((......)))))..))))...).))))))))))..)....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((..((.((((((((((..(((((((((((((((...(((((..((((....)))).)))))(.((((.....)))).))))))))).((((((..((((..((((((.(...).))))))))))((((....))))))))))..........))))).))..)))))((((....))))....))))))).))))))).))))...)))).(((((((......(((......))).(((((..((((..((((((..((((.(((.((((.((.((((((((.((((((.(((.((((((....))))))))).).)))))))))).((((.....))))))).)).)))).))).))))...))))))..))))..))))))))))))..........(..(((((((.((((((.....))).((((..(((((......)))))..)))).....))))))))))..)....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..(((((((.((((..(((((((((..)).))(((((...).))))(((..........)))(((((..((((((...((((((((((((((...(((((((((((((((((((.(((((.........)))))..........))))))))))...................)))))))))..))))))))).).))))..(((((((((..(((((((.(.((((((((..(((..(((((.((((.((((..)).))))))((((((((((.((..))).))))))...(((.(.(((((((((((.((((((..)))))))))).))))))).)))))))(((..))).))).))..)))))))))))....).)..))))))))).).))))))).))))..))))).))))).(((((.(((........)))))).).))))))))))))..)(((((((........)))))))........
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................((.(........((..(............((........))..............................).))....).............))................(..(.....................)..)...................................(.(((................((.(...........).))..))))........
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((...(.(((((.((((..(((((..((((((((...(((((..(((......))).))))).................))))))))...............((((((.......))))))..................................))).))..)))).................))))))..)))))).)))))...)))).(((((((...................(((((..((((((((.(((..((((.(((.((((.((.((((((((.((((((.(((..(((((....))))).))).).)))))))))).((((.....))))))).)).)))).))).))))...))))))).))))..))))))))))))..........(..(((((((.(((.((.....))..((((..(((((......)))))..)))).....))))))))))..)....
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((.((((..((((..((((((....(((....))).((((((((((((........(((((((.((....)))))))))(((.((((((.................)))))).))).))))))))).)))..))))))..))))..))))......(((((((.((((........)))).))).).)))..))))))).))))...)))).(((((((.......((......))..((((((((((.(((((.((..(((..(((.(((....(((((((((.(((((..((((.(((((....)))))))))...)))))))))).((((.....))))....))))))).)))..)))...))))))).))))).)))))))))))).............(((((((.(((............((((..(((((......)))))..)))).....)))))))))).......
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: RFA_00601

			GGGUUGUGGAGGGUGGGCCUGGGAGGGGAAGCGGUCAGUUUUUGUCUAACCCUAACUGAGAAGGGCGUAGGCGCCGCGCUUUUGUUUCCCGCACGCUGUUUUUUUCGCUGACUUUCAGCGGGCGGAAAAGCCUCGGCCUACCGCCGUCCACCGUACAGUUUGGAGCAAACAAAAAAUGUCAGCUGCUGACUUGCUCGCCCCUCCCAGGACCCUGCGGUGGCUCGCCUCCUUAGCCCCCGCGUCCCGCCUAGAGGCCGCGGUCGGCCCGGGGCUUCUCCGGAGGCACCCAUUGCCGUCGCGAAGAGUUGGGCUCUGUCAGCCGCGGGUCCCUUGGGGGGGCCGAGGGCGAGGCUCUGACCGCAGGGAGAGAAACGGGAGCAGGUCCCCGCGCGCGGUGCGCUUCCCUGAGCUGUGGGACUUGCACCCGGGACUGGGCUCAGACACAU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.................((((((((((((((.(((((..........................(((((((((.....(((((.......(((((((((........[[[[[[[[[)))))))))..)))))....))))).))))............................]]].]]]]]]...)))))...))))))))))))))..(((((((......((((((((..((((((...(((((........(((((.((((..(((...............)))...))))))))).(((((...))))).......))))).....))))))......))).))))).....)))))))...........((((.((((((........((((((.((((........)))).))))))..))))))..))))........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...(((((.((((((((.(((((((((((((.((((((.............))))))....((((....)))).))))))).))))))....(((.(((..(((((((.....)))))))..))).)))...)))...))))).)))))......(((((((((((.........(((((...)))))))))))((((.((((....(((((((((.(...(((((....((((.((.(((((.((.((.(((((((((.(((((((..((((..((..((((.....))))..)).))))..)))))))......)))))))..)))).)).))))))).)))))))))..).)))))))))........(((.(((((((((((.((.(((.(......)))).)))).))))))))).)))))))..)))).))))).).)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................((((..((((.....(((((((.....))))))).......(((..(((.....))).....((................................((............((......)).....)))).)))...........(((...((.....)).....)))(((((.((((..((((((((....))))).)))...)))))))))..(((.....)))...)))).)))).........................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((..((((...(((((((((((..((((((((((.............))))))....(((((((((.....((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))....)))))).))).....))))........((((........((.(((((...))))))))))).))))))))))).((((((((((((((((((.....((((((.((.(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).(((((...)))))....)))))))).....)).))))))...)))))).)))...)))))))))..((...((((.(((((((((.....(((((.((......)).)))))))))))))).))))...))..))))...)))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................((((((((((((((.(((((....................................................(((((((((.................)))))))))..............................................................)))))...))))))))))))))..((((((((.........((((..(((((((..(((((.....((.(((((.((((..(((...............)))...))))))))).((((.....)))).....)))))))....))))))).....))))..........))))))))...........((((.((((((.......((((((..((((........))))..)))))).))))))..))))........
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................((((((((((((((.(((((..........................(((((((((.....((((((......(((((((((....((.....))....))))))))).))))))....))))).)))).........................................)))))...))))))))))))))..((((((((.....(((.((((..(.(((((..(((((........(((((.((((..((((((........))).)))...))))))))).((((.....)))).......)))))....))))).).....))))...)))....)))))))).........(.((((.((((((........((((((.((((........)))).))))))..))))))..))))).......
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((........((((((((((((.((((((((((((((((.....((.(((((....(((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))...))..)))))......))))).)).....))))))..........))))))).)))..))))))))))).(((((((((.....(((((....((((.((.(((((.(((((..((((((((.((((((...((((..(((.((((.....)))).))).))))...))))).....).)))))))...))).)))))))))).)))))))))....)))))))))...(...((((.(((((((((...((.(((.......))..).))...))))))))).))))...)....).....)))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((((((((..(((((((..........................(((((((((..(..((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...))))))).))).........................................))))).))...)))))))))))..((((((((.....((((.(((.(((((((...(((((((......(((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))...))..))))).....)))..))))...))).).)))....))))))))...........((((.((((((.......((((((..((((........))))..)))))).))))))..))))........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((..((((...(((((((((((..(.(((((((((((((.....((.((((..(..(((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))...))..)))))..)....)))).)).....))))))..........)))))))..)...))))))))))).(((((((((..((((((((....((((((.....((.....(((((((((((.(((((((((...)))))).((((.....)))).......((((.....))))))).)))))))...)))))))))))).))).)))))......))))))))).......((((.(((((((((.((....((........))...))...))))))))).)))).......))))...)))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.....(((((((((((((((.((((((((((((((((.....((.(((((.(..(((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))...))..)))))..)...))))).)).....))))))..........))))))).)))..))))))))))).(((((((((.(...(((((....((((.((.(((((.(((((.(((((((((.(((((((..((((..(((.((((.....)))).))).))))..)))))))......)))))))..)))).)))))))))).))))))))).)..)))))))))..((...((((.(((((((((.((((.(((.......))..).)).))))))))))).))))...))...))))..)))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................((((((.(((...................................(((((((((.(...((((((.....((((((((((....((.....))....))))))))))))))))...)))))).))))....................................................))).))))))...((((((((.....(((.((((.(((((.....(((((.....((((((((.((((..((((((........))).)))...))))))))).((((.....))))....)))))))).........)))))...))))..)))....))))))))...........((((...............(((....((((........))))....)))..........))))........
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................((((..(((....................................((((((((.(...((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))...))))))).)).....................................................)))..))))....((((((((.....(((.((((.(((((.(...(((((.....((((((((.((((..((((((........))).)))...))))))))).((((.....))))....)))))))).....)...)))))...))))..)))....))))))))...........((((..............((((((..((((........))))..)))))).........))))........
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..(((..((((((((((((((((((((((.((((((.............))))))....((((....)))).))))))).)))))))...(((.(((((((((((((...)))))))).))))))))...)))))))).)))...)))...((((...[[[[[[................))))..]]]]]]((((.((((....((((((((((((......(((..((((((....(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).(((((...)))))....))))))))........))))))..))).....)))...)))))))))........(((.(((((((((.((((...))))((((....))))...))))))))).)))))))..))))..........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((..((((...(((((((((((.((((((((((((((((.....((.(((((....(((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))...))..)))))......))))).)).....))))))..........)))))).))))..))))))))))).(((((((((.....(((((....((((.((.(((((.((.((.(((((((((((((..((((((((....))))).)))...))))....(((((((...))))).)).))))).)))).)).)).))))))).)))))))))....)))))))))..((...((((.(((((((((.((((.(((.........))).)).))))))))))).))))...))..))))...)))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.........(((((((((((.(((((((((((({{{......((.(((((.....((((((((..(((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..)))))))).)))..........))))).)).........)).....}}}..)))))).))))..))))))))))).(((((((((..((([[(..(((.dd((((..cc(((.bb.bb.....((((((((eee(((.((((..aa))))<<)))..>>))).AA.........EEE........))))))))...BB.BB))))CC.))))DD)))]]....))))))))).......((((.(((((((((...((..((.......))....))...))))))))).))))..............)))).
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................(((((((((((((((((............................(((((((((..((.((((((.....((((((((((....((.....))....))))))))))))))))..)))))))).)))...................(...((.......))...).....)).))).))))))))))))...((((((((.((((((((...((((((((((((((((.....(((((((((.((((.(((((((((....))))).))))..)))))))))..((((...)))).....))))))))).)).)..)))))))).)))))))).....))))))))........((.(((((((((((.......((((((((((((........)))))))))))).))))).))))))))......
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................((((((((((((((((((...........................(((((((((..((.((((((.....((((((((((....((.....))....))))))))))))))))..)))))))).)))...................((..(((.....)))..))....))).))).))))))))))))...((((((((((....((.((((((((((((.(((((((.....((((((((.((((.(((((((((....))))).))))..)))))))))..((((...)))).....))))))))))...)..)))))))..))))..))))...)))))))).........(.(((((((((((.(.....((((((((((((........))))))))))))))))))).)))))).......
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((..((((...(((((((((((.((((((((((...........((.(((((.....((((((((..(((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))))).))))..........))))).)).((..(((.....)))..)).)))))).))))..))))))))))).(((((((((.....(((((....((((.((.(((((.((.((.(((((((((.(((..((((((((....))))).)))...))).......(((((...)))))....))))))).)).)).)).))))))).)))))))))....))))))))).......((((.((((((((.(((((.(((.........))).)).))))))))))).)))).......))))...)))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.(((((...((((((((((((((((.((((((.............))))))....(((((..))))).)))))......[[[[[..(((((......((((((...))))))(((((.....{{{{{{{{..))))).........)))))...((((((.........(((((...))))))))))).))))))))))))))))((((((((..((((((..((((((.(((...))).....(((((....))))).)))))).....)))))).......))))))))......((((((((.(((((..]]]]]..(((((....}}}}}}}}.)))))..)))))..............((((.(((((((((.(((((...))))).............))))))))).)))).....)))))))).)))).
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((..................................)))))..........(((((((((..((.(((....((((.(((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))).))))............................................((((...........)))).(((((((((..((((((..(((.((((((.((.(((((((((((.((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))........)).))))...))..))))).....)).)))))).)))))))))......)))))))))..........((((.((((((.......((((((..((((........))))..)))))).))))))..))))........
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................((((.....)))).....(((.((..((((.......(((((.....))))).........(((..)))..........................................))))....................((....(((((((((...........................(((....)))(((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))....))))))))).....)).........................)).)))..........((((...(((.........(((.....(((........))).....)))..))).....))))........
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((((((((((((.((((........((................(((((((((.(...((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))...)))))).))))...................................))....))))..).))))))))))))))..((((((((.....(((.((((..(((((((..(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))....))))))))....))))))).....))))...)))....))))))))...........((((.((((((.......((((((..((((........))))..)))))).))))))..))))........
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................(((((..............((................(((((((((.(...((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))...)))))).))))...................................))............)))))...........((((((((.....(((.((((..((((((((.(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))....))))))))...)))))))).....))))...)))....))))))))....(......((((.((((((.......(((((((.((((........)))).))))))).))))))..)))).......)
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((((((((((((.((((........((................(((((((((.(...((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))...)))))).))))........................(.......)..))....))))..).))))))))))))))..((((((((.....(((.((((..(((((((..(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))....))))))))....))))))).....))))...)))....))))))))....(......((((.((((((.......((((((..((((........))))..)))))).))))))..)))).......)
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................(((((..............((................(((((((((.(...((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))...)))))).))))........................(.......)..))............)))))...........((((((((.....(((.((((..((((((((.(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))....))))))))...)))))))).....))))...)))....))))))))....(......((((.((((((.......(((((((.((((........)))).))))))).))))))..)))).......)
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................(((((..............((................(((((((((.....((((((.......((.(((((.....(.....).....))))).))..))))))....))))).))))...................................))............)))))...........((((((((.....(((.((((..(((((((..(((((.....((((((((.((((..(((.((((....))))..)))...))))))))).((((.....))))....))))))))....))))))).....))))...)))....))))))))....(......((((.((((((........((((.....((.........))....))))..))))))..)))).......)
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((..((((...(((((((((((.((((((((((...........((.(((((....(((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))...))..)))))......))))).)).((..(((.....)))..)).))))))).)))..))))))))))).((((((((((((((((..(((..((((((.((.(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))....)))))))).....)).))))))..)))))))).))...))))))))).......((((.(((((((((((.((.(((.........))).)))).))))))))).)))).......))))...)))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(.((((..((((...(((((((((((.(((((((((((((...........(((((.....(((.(((..((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..)))))))..)))..........)))))...[[[..[[[)))..]]]..]]])))))).))))..))))))))))).(((((((((((...(((((....((((.((.(((((.......(((((((((((((..((((((((....))))).)))...))))......(((((...)))))....))))))).)).......))))))).))))))))).)).))))))))).......((((.((((((((.(((((.(((.........))).)).))))))))))).)))).......))))...)))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................((((((((((.(((((.....................................................((((((((.................))))))))......................................................((..))...)))))...))))))))))......(((((((...........(((..(((((((..(((((.....((((((((.((((..(((...............)))...))))))))).((((.....))))....))))))))....))))))).....)))(...).......)))))))...........((((.((((((........(((((..((((........))))..)))))..))))))..))))........
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((.((..((((((.(((((..........................(((((((((..................................((((.....))))((((......))))..))))).))))................................(....)...)))))...))))))..)).)))..((((((........((.((((....(((((..(((((.....((((((((.((((..(((...............)))...))))))))).((((.....))))....))))))))....))))).......))))...)).......))))))...........((((.(((.((........(((((...(((........)))...)))))..)).)))..))))........
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((..((((...(((((((((((.((((((((((...........((.(((((.(..(((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))...))..)))))..)...))))).)).((..(((.....)))..)).)))))).))))..))))))))))).((((((((((.((((((..((..((((((.((.(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))....)))))))).....)).))))))..)))))))).)....))))))))).......((((.(((((((((((.((.(((.(......)))).)))).))))))))).)))).......))))...)))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((((..((((((((.(((((((((((((.((((((...(.....)...))))))....((((....)))).))))))).))))))....(((.(((..(((((((.....)))))))..))).)))...)))))))).))).).))).....(((((((((((.........(((((...)))))))))))((((.((((....((((((((((.(((((..(((..((((((.((.(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))....)))))))).....)).))))))..)))))))).)....)))))))))........(((.((((((((((((((...))))((((....)))).).))))))))).)))))))..)))).)))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((.......)))...((.((.((((((.(((((..((((((((((..)..(((((((((((...............))))))))))).)))))).))))))))).))))))).))..((((.((..((((((...)))))))))))).))))).)))).))))))))))).)))(..((((((..))))))..))))))))))))))(.((.(((.((((.(.(((...(((((((((..)))))).)))....))).))))((((((...)))))).(((((.(((((((((..))))..(((......)))(((((.((..........).)).))))((((((((.((((.(..............))).)))))))))).))))))).))).)))))).)....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................((.((......................................................................................................................................................................(................)................))))....((.(((...(((((.....((((((((.((((..(((((((......)))).)))...))))))))).((((.....))))....)))))))).....)))))..............................(.(......((((.((((((........(((((..((((........))))..)))))..))))))..))))...)...)
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................((.((........................................................................................................................................................................................................))))...((((((....(((((.....((((((((.((((..(((((((......)))).)))...))))))))).((((.....))))....)))))))).......)))).............))..............(.(......((((.((((((.......((((((..((((........))))..)))))).))))))..))))...)...)
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((............((((((((..((.((((((..................................................................(((((.....)))))................................................................))))))..))...))))))))....(((((((((.....(((((....((((.((.(((((.........(((((((.................(..(((.......)))..).....................)))))))..........))))))).)))))))))....))))))))).......((((.(((((((((...((.(.............).))...))))))))).))))..............)))..
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((((((((.((((((((((........................(((((((((.....((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))....)))))).))).....(((.......))).((..(((.....)))..)).))))))).)))..))))))))))).(((((((((((((((((..(((.((((((.(..(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).(((((...)))))....))))))))......).)))))).))))))))).))...)))))))))..........((((.((((((.(.....((((((..((((........))))..)))))))))))))..))))........
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((..((((...(((((((((((.((((((((((...........((.(((((....(((((..((.((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))...))..)))))......))))).)).((..(((.....)))..)).)))))).))))..))))))))))).(((((((((((((((((..((..((((((.((.(((((.....((((((((.((((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))....)))))))).....)).))))))..))))))).)))...)))))))))..((...((((.(((((((((((.((.(((.........))).)))).))))))))).))))...))..))))...)))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((............))).((((((((..((((((((((.............))))))....((((....)))).............))))..(((((.......((((.....)))).(((......))).((((.....))))........)))))...(((((..........((((.....)))).))))).)))))))).((((...((((.((((.........)))).)))))))).((((...(((((....))))).(((.....)))..)))).((((.(((....))).((((.....))))...(((.(((((((((.....)))))).((((.....))))...))).((((.......((((.....)))).((((.....)))).))))...))).)))).......((((....))))...........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: RFA_00602

			GGGUUGCGGAGGGUGGGCCUGGGAGGGGUGGUGGCCAUUUUUUGUCUAACCCUAACUGAGAAGGGCGUAGGCGCCGUGCUUUUGCUCCCCGCGCGCUGUUUUUCUCGCUGACUUUCAGCGGGCGGAAAAGCCUCGGCCUGCCGCCUUCCACCGUUCAUUCUAGAGCAAACAAAAAAUGUCAGCUGCUGGCCCGUUCGCCCCUCCCGGGGACCUGCGGCGGGUCGCCUGCCCAGCCCCCGAACCCCGCCUGGAGGCCGCGGUCGGCCCGGGGCUUCUCCGGAGGCACCCACUGCCACCGCGAAGAGUUGGGCUCUGUCAGCCGCGGGUCUCUCGGGGGCGAGGGCGAGGUUCAGGCCUUUCAGGCCGCAGGAAGAGGAACGGAGCGAGUCCCCGCGCGCGGCGCGAUUCCCUGAGCUGUGGGACGUGCACCCAGGACUCGGCUCACACAUGC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.................((((((((((((((.(((((..........................(((((((((.....(((((.......(((((((((........[[[[[[[[[)))))))))..)))))....))))).))))............................]]].]]]]]]...)))))...))))))))))))))..(((((((......((((((((.((((((((..(((((........(((((.((((..(((...............)))...))))))))).(((((...))))).......)))))....))))))))..)))).))))..............)))))))..........(((((((((((........(((((..((((........)))))))))....))))))).))))........
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((......((.(.((((((((((.((((.(.((((.(((((((((...........((.(((((.((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))))))..((((......))))..))))))))))))).).(((.((((((((.((((....)))).(((((((((((((((((((((.((((((((((((((.((((....((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....)))).)))).)).))))...))))))))..)))).))))...))))).....)))))))).....)))))).)).))))))).......(((((..((((........))))))))).)))))).)))).))).....).)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................((((((.....((((........((....))...((((...........................................((.........((......))...)).((((((.....))))........))......(((....))).))))..(((..((((((((....))))).)))...))).))))..((((.....))))))))))...................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((..(((((((((((((.((((.((((((((((((((((................(((((((((((..(((((...........)))))..((((((((((((((...))))))...))))))))....)))))).))))).....((((......))))..))))))))))...)))))).((((((((.((((....)))).(((((((((((((((((((((.((((((((..(((((((((....((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).(((((...))))).))))..)))))....))))))))..)))).))))...))))).....)))))))).....)))))).))....)))).......(((((..((((........))))))))).)))))).))).)))).....)))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................((((((((((((((.(((((....................................................(((((((((.................)))))))))..............................................................)))))...))))))))))))))..((((((((........(((((..(((((((..(((((.....((.(((((.((((..(((...............)))...))))))))).((((.....)))).....)))))))....)))))))...))))).................))))))))..........(((((((((((.......((((((..((((........))))..)))))).))))))).))))........
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((.((((((((.(((((..........................(((((((((.....((((((......(((((((((....((.....))....))))))))).))))))....))))).)))).........................................)))))...)))))))).)))))..((((((((.....((((((((..(.(((((..(((((.....((((((((.((((..((((((........))).)))...))))))))).((((.....))))....))))))))....))))).)...))))).))).............)))))))).........((((((((((((........((((((.((((........)))).))))))..))))))).))))).......
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................((((((((((((((.(((((((((((((......(((((...(((.(((((((..((((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..))))))).)))))))....)))......)).....))))))))))..........)))...))))))))))))))..(((((((((((((((((((((.((((((((..(((((...........(((.((((((...((((..(((.((((.....)))).))).))))...))))))......))))))))....))))))))..)))).))))...))))).....))))))))..........(((((((((((((....)))((((..((((........))))))))......))))))).)))........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((((((((((((((((((...........................(((((((((..(..((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))...))))))).)))..........................................)))).)).)))))))))))))..((((((((.....((((((((.(((((((...(((((((......(((((..(((..((((((((....))))).)))...))).))))).((((.....))))...))..))))).....)))))))..))))).))).............))))))))..........((((((((((........((.(((..((((........))))..))).))..)))))).))))........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((....(((((.((((((((((((.(((.(.((((((((((..............(((((..(((((..(((.(.(((......((((.(((((.................))))).))))..))).).))))))))..)))))....((((......))))..)))))))))).).)))((......))...)))))))))))..(((((((((((((((((((((.(((((((...(((((.....(((.(((((....((((((...)))))).((((.....)))))))))..((((.....))))....)))))))).....)))))))..))))).)))...))))).....))))))))............(((.((....)).)))........((((........)))))...)))))......))))))........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((...((((((((((((((((((((((((((((....(.(((((.(.(((.(((((((..((((.((((((.....((((.((((((...........)....))))).))))))))))..))))))).)))))))..).)))......)).)...))))))))))...))))).........)))))))))))))..(((((((((((((((((((((.((((((((..(((((.........()(((.(((((((..((((..(((.((((.....)))).))).))))..)))))))......))))))))....))))))))..)))).))))...))))).....))))))))..........((((((((((((((()))))((((..((((........))))))))......))))))).)))))......
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................((......................................................((((((.....((((((((((.................)))))))))))))))).......................................................................)).........((.................(((.(((...(((((.....((((((((.((((...((((..........)).))....))))))))).((((.....))))....)))))))).....).)))))...........................)).............((((...............((((...((((........))))...))))..........))))........
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................((....(...................................(((((((((.(...((((((.....((((.(((((.....(.....).....))))).))))))))))...)))))).))))....................................................)....))......(((((((......(((......(.((((....(((((.....((((((((.((((..((.(((((....))))).).)...))))))))).((((.....))))....))))))))......)))).)...)))...................)))))))..........((((..(............((((((.((((........)))).))))))......)...))))........
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((((.......[[[[.......)))))))))))....]]]]....(((...((((....))))[[[[.....)))...]]]](((......((((((((...)))))))).[[[[.)))...(((.....)))]]]]..............(((...........[[[[)))..]]]]((((((.((((....)))).(((((((((((((((((((((.((((((((..(((((((((....((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).(((((...))))).))))..)))))....))))))))..)))).))))...))))).....)))))))).....)))))).(((......[[[[)))..]]]].((((.[[[[[[[.))))...............]]]]]]].......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.((.(((..((((((((((((((((((.(((((((((((((...........((.(((((.((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))))))..((((......))))..))))))))..........)))))...))))))))))))))..(((((((((((((((((((((.((((((((((((((.((((....((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).(((((...))))).)))).)).))))...))))))))..)))).))))...))))).....))))))))............(((.(((((.((((.(((.........))).)).))))))).))).))))...))).))..))......
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((.....((((((((..(((.(((((((((((((((((..............(((.(((((((((..((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..)))))))).))))))....((((......))))..))))))))))...))))))).)))..((((((((((((((((((((((((.........(((((((.....................((((((.(((..((((((((....))))).)))...)))))))))....))))))).......)))))))))))).))))))...))))))...))))))))......)))))............((((((((((.........(((((..((((........))))))))).....))))))).)))........
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((((((((((.((((............................(((((((((..((.((((((.....((((((((((....((.....))....))))))))))))))))..)))))))).)))...................((..((.......))..)).....)..))).))))))))))).....((((((((((((((((...(.((((((((.(((((.....(((((((((.((((.(((((((((....))))).))))..)))))))))..((((...)))).....))))))))).))..))))))).))))))))).............))))))).........(((((((((((((.......((((((((((((........)))))))))))).))))).))))))))......
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((((((((((((((((...........................(((((((((..((.((((((.....((((((((((....((.....))....))))))))))))))))..)))))))).)))...................(...(((.....)))...)....))).))).))))))))))).....((((((((((((((((...(((((((((((((((((.....(((.((((.((((.(((((((((....))))).))))..))))))))..(((((...)))))....)))))))))))..))))))))))))))))........)).....))))))).........(((((((((((((.(.....((((((((((((........)))))))))))))))))).))))))))......
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((.(((..((((((((((((((((((.(((((((((((((...........((.((((.(((((((..(((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..)))))))).))))))))..((((......))))..)))))))))..........))))...))))))))))))))..(((((((((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).(((((...))))).))))..))))))...))))))))..)))).))))...))))).....))))))))............(((.(((((....(...)..................))))).))).))))...))).))..........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......((((((((((((((((((((((((((((((...................(((((..))))).....(((((((.[[[[[[[[.......((((((((...))))))))(((........((((..)))).......))).........))))))))))))))))...))))).........)))))))))))))..(((((((((((((((((((((.((((((((..(((((.....(((((((((....((((((...)))))).((((.....)))))))))).(((((...)))))....))))))))....))))))))..)))).))))...))))).....))))))))...................)))]]]]]]]]))))))))..(((((((((((.......)))).....))))))).......
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................((((.....))))......(((((..((((.......(((((.....)))))(((......)))...............................................))))..........................(((((((((...........................(((....)))(((((.((((...(((((((....))))).))....))))))))).((((.....))))....)))))))))......................................))................................(((....((((........))))....)))..))).................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................((((((((((((((..((((........((..(..........................(((((((.....((((((((((........(....)...))))))))))))))))..........................)...................)..))....))))....))))))))))))))..((((((((.....((((((((..((((((((((((((.....((((((((.((((..(((((..........)).)))...))))))))).((((.....))))....)))))))).)).)))))))...))))).))).............))))))))....(....((((((((((((.......((((((..((((........))))..)))))).))))))).))))...)...)
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................(((((..............((................(((((((((.....((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))....))))).))))...................................))............)))))...........((((((((.(...((((((((..(((((((..(((((.....((((((((.((((..(((((((......)))).)))...))))))))).((((.....))))....))))))))....)))))))...))))).)))...........).))))))))....(.....(((((((((((.......(((((((.((((........)))).))))))).))))))).))))...)....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................((((((((((((((..((((........((..(...........................((((((.....((((((((((........(....)...))))))))))))))))...(.......................)..................)..))....))))....))))))))))))))..((((((((.....((((((((..((((((((((((((.....((((((((.((((..(((.(..........)..)))...))))))))).((((.....))))....)))))))).)).)))))))...))))).))).............))))))))....(....((((((((((((........(((((..((((........))))..)))))..))))))).))))...)...)
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................(((((..............((................(((((((((.....((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))....))))).))))...................................))............)))))...........((((((((.....((((((((..(((((((..(((((.....((((((((.((((..(((((((......)))).)))...))))))))).((((.....))))....))))))))....)))))))...))))).))).............))))))))....(.....(((((((((((........((((((.((((........)))).))))))..))))))).))))...)....
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((((.[[[[[[[[[[[[[[.((((.......(((((.((((........))))..))))).....((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))...))))..)))))))))..........(((((((..(((.....)))..))).)))).....]]]]]]]]]]]]]]..(((((((((((((((((((((.((((((((((((((.((((....((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....)))).)))).)).))))...))))))))..)))).))))...))))).....))))))))..........((((((((((.((....))(((((..((((........))))))))).....))))))).)))........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((..((((((((((((((((((.(((((((((((((...........((.((((.(((((((..(((.((((((.....((((.(((((.................))))).))))))))))..)))))))).))))))))..((((......))))..)))))))))..........))))...))))))))))))))..(((((((((((((((((((((.(((((((((((.(((((((....((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).(((((...))))).))))..))))))...))))))))..)))).))))...))))).....))))))))............(((.(((((.((((.................)).))))))).))).))))...))).............
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................((((((((((.(((((.....................................................((((((((.................))))))))......................................................((..))...)))))...))))))))))......(((((((...........(((..(((((((..(((((.....((((((((.((((..(((...............)))...))))))))).((((.....))))....))))))))....)))))))...)))(..)................)))))))..........((((.((((((........(((((..((((........))))..)))))..))))))..))))........
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((.....(((.((.(((((..........................(((((((((..................................((((.....))))((((......))))..))))).))))................................(....)...)))))...)).))).....)))..((((((...................(((((......(((...((((((((.((((..(((...............)))...))))))))).((((.....))))....)))..)))....)))))......(......)...............))))))..........((((((((.((........(((((..((((........))))..)))))..)).)))).))))........
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((.(..((.((((((((((.((((.(.((((.(((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))))))).).(((.((((((((.((((....)))).(((((((((((((((((((((.((((((((((((((.((((....((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....)))).)))).)).))))...))))))))..)))).))))...))))).....)))))))).....)))))).)).))))))).......(((((..((((........))))))))).)))))).)))).))..).))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((....(((((((.((((((((.(.(((.((((((((((..............(.((((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))).)...((((......))))..))))))))))))).).(((.((((((((.((((....)))).(((((((((((((((((((((.((((((((..(((((.....(((((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....))))....))))))))....))))))))..)))).))))...))))).....)))))))).....)))))).)).)))))))((((...))))...)))).(((.(.((((.......)))).).))))))))))...)))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((((((((((((((((.(((((((((((......(..).((.((((((.(((((..((((((((((.(((((((................((((...)))))))))))))))).))))))))))).))))))).(((((......)))))).)))))))))))).))))((((((((((((((((..(((((.((((.((((((...)))))))))))))))(((((((.(((((...((((((.((...(((((((((..)))))).)))....)))))))).(((((...)))))))))).)).)))))....))))))))..))).))).))).))))))))))).))...)))))))).((((((((((.(..(.((.(((((..((((........)))))))))).)))))))))).))).((..)).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................(.....(.....))...............................................................(......................................................).........((........))...............................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................((.(...........................................................................................................................................................(...........(.((((.......)))))....)............).))..((((((....(((((.....((((((((..(((..(((((((......)))).)))...))).))))).((((.....))))....))))))))......).))..........))).......................(.(.....((((.(((((.........(.(((..((((........))))..))).)...)))))..))))...)...)
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(((((((((.((((.......((((((((((............(.(((.((((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..))))))))...((((......))))..))))))))))..........((((((((.((((....)))).((((((((((((((((.((((.((((((((.......(((.....((((((.(((..((((((((....))))).)))...)))))))))..(((.....)))...)))...........))))))))..))))..)))...))))).....)))))))).....)))))).))....)))).......(((((..((((........))))))))).)))))).))).............
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................((((((((((((((.(((((.........................((((((((((.....((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))....)))))).)))).................(((..(((.....)))..)))..)))))...))))))))))))))..(((((((((((((((((((((.((((((((..(((((.....(((((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).(((((...)))))....))))))))....))))))))..)))).))))...))))).....))))))))..........((((((((((........((.(((..((((........))))..))).))..)))))).))))........
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((((((((((.((((.((..((((((((((((...........((.(((((.((..((.((((.((((((.....((((.(((((....((.....))....))))).))))))))))..))))))..)))))))))..((((......))))..))))))))))...))..)).((((((((.((((....)))).(((((((((((((((((((((.((((((((((((((.((((....((((((.(((..((((((((....))))).)))...))))))))).((((.....)))).)))).)).))))...))))))))..)))).))))...))))).....)))))))).....)))))).))....)))).......(((((..((((........))))))))).)))))).)))).)))........
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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