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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - bicoid_3



RNA: RFA_00820

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((..(((((((.((((((...((((((((((.................(((((((.((.((((((((....((((((((((((.((((...((((.(((...........))).)).))..)))).))))))))))))............)))))))).)).)))))))........................(((((((...((((((((((.((((.((((..((((((((.((((((((.(((.((.....((((((.....((((((((.(((((((.(((((...........))))))))..))))..))))))))...........))))))..........)).))).)).)))))).))))(.(((((.(((.........((((((((((((.......))))).))..)))))...............)))))))))..))))..))))....)))))))))))))).....)))))))..........................))))))))))...)))))).)))))))..))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((((.((((((...((((((((((.....(((((.......(((((((.((.((((((((.....(((((((((((.((((...((((.(((.(........)))).)).))..)))).)))))))))))((....)).....)))))))).)).))))))).....(((......((((((......))))))..((((((((((.(((((((((..((((.(((.((((((((.(((.((.....((((.......((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..))))))))...(((......)))...)))).....)).))).)).)))))).))).(.(((((.(((........((((((((((((((.....)))))).))..))))))((......))....)))))))))..))))..))))...)))))))))))))))......))).)))))...((((........))))....))))))))))...)))))).)))))))..))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((((..((((((...((((((((((.....(((((....((.(((((((.((..(((((((..((((((((((((((.((((...((...(((...........)))....))..)))).)))))))))))).....)).....)))))))..)).)))))))))...(((.....(((((((......))))))).((((((((((.(((((((((..(((...((.....(((....(((((.((..(((((.(((.(((((((..(((((((.((((((.........)))))))))..))))...))))))).......((((((......)))))).)))...........((((..((((((.............))))))..))))..)))))...)).))))).)))...(((((((.......)))))))..))..)))..))))...)))))))))))))))......))).)))))...((((........))))....))))))))))...))))))..))))))..))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................((((((((((((.((((.(...(((.....................)))))))).))))))))))))...........................................................................................(((((((((((..........................................((((((.........))))))........................................................)))))))))))....................((((((............................................)))))).......................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...(((((((((((((((((((((((((((.................(((((((((((((((((((....((((((((((((.((((.(((.((((((...........)))))).))).)))).))))))))))))............)))))))))))))))))))........................(((((((.(.((((((((((.((...((((.((((((((((((((((.........................((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..)))))))).....................................)))))))))))....................((((((((((((.......))))).))..)))))..........................))))).))))......)))))))))))).)...)))))))..........................)))))))))))))))))))))))))))...)))
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((((.((((((.(.((((((((((.................(((((((.((.((((((((....((((((((((((.((((.((.....(((...........))).....)).)))).))))))))))))............)))))))).)).)))))))........................(((((((.(.((((((.(((((((((((((..((((((((.((((((((.(((.((.....((((((.....((((((((.(((((((.((((((.........)))))).))).))))..))))))))...........))))))..........)).))).)).)))))).))))..(((((.((........(((((((((((((((.....)))))).))..)))))).).............)))))))...))))..))))...))))))))))))))).)...)))))))........((........))......)))))))))).).)))))).)))))))..))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((((.((((((...((((((((((.................(((((((.((.((((((((....((((((((((((.((((...((...(((..........))).....))..)))).))))))))))))............)))))))).)).)))))))...............(........(((((((...((((((((((.((((.((((..((((((((.((((((..............((((((.....((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..))))))))...........))))))..((...........))...)))))).))))(.(((((.(((........((((((((.(((((.....)))))..))..))))))..............)))))))))..))))..))))....)))))))))))))).....))))))).........)................))))))))))...)))))).)))))))..))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((((.((((((.(.((((((((((...........(..((.(((((((.((.((((((((....((((((((((((.((((.((.(((.(((...........))).)).))).)))).))))))))))))............)))))))).)).)))))))))..)(((........))).....(((((((.(.((((((.(((((((((((((..((((((((.((((((((.(((.((.....((((((.....((((((((.(((((((.((((((.........)))))).))).))))..))))))))...........))))))..........)).))).)).)))))).))))..(((((.(((......((((((((((((((((.....)))))).))..)))))).))..(.......)))))))))...))))..))))...))))))))))))))).)...)))))))......((((........))))....)))))))))).).)))))).)))))))..))))
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...(((((((.((((((.(.((((((((((.................(((((((.((.((((((((....((((((((((((.((((.(((.((.(((...........))).)).))).)))).))))))))))))............)))))))).)).)))))))..........................(((((...(((((.((((((((((((((..(((.((((.((((((.........................((((((((.(((((((.((((((..(.....))))))))))..))))..)))))))).......((((((......))))))............)))))).))))..(((((.(((......((((((((((((((((.....)))))).))..)))))).))...........))))))))....)))..))))...))))))))))))))).....)))))............................)))))))))).).)))))).)))))))...)))
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((((.((((((...((((((((((.....(((((.......(((((((....((((((((....((((((((((((.((((.....((((((...........)))....))).)))).))))))))))))............))))))))....))))))).....(((.....(((((((......)))))))......(((((((((((((((..((((((((.((((((..............((((.......((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..))))))))...(((......)))...))))...............)))))).))))..(((((.(((........((((((..((((((.....)))))).....))))))..............))))))))...))))..))))...)))))))))))..........))).)))))...((((........))))....))))))))))...)))))).)))))))..))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((((.((((((...((((((((((.................(((((((.((.((((((((....((((((((((((.((((...((((.(((...........))).)).))..)))).))))))))))))............)))))))).)).))))))).(...(((........)))...).(((((((.((.(((((((((.(((((((((..((((..((.((((((...............(((...))).((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..)))))))).......((((((......))))))............)))))).)).(((((.(((.....))).))))).....((((((.....)))))).(((.(((.((((......))))...))).)))...))))..))))...))))))))))))))))....))))))).(((...)))................))))))))))...)))))).)))))))..))))
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((((.((((((...((((((((((.................(((((((.((.((((((((....((((((((((((.((((...((...(((...........)))....))..)))).))))))))))))............)))))))).)).)))))))........................(((((((...((((((.(((((((((((((..((((((((.((((((.........................((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..)))))))).........((..........))..............)))))).))))..(((((.(((........((((((((((((((.....)))))).))..))))))..............))))))))...))))..))))...))))))))))))))).....)))))))..........................))))))))))...)))))).)))))))..))))
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..(((((((((((((((((((((((((((.(....((((.(...((((((((((((((((((((((...(((((((((((((((((.((((((((((.(........))))))))))).)))))))))))))))))...........))))))))))))))))))))))..).((.......(((((......)))))...((((((((.(((((((((((.(((((.((((((((((((.(((.((.....((((.......((((((((.(((((((.(((((...........))))))))..))))..))))))))...(((......)))...)))).....)).))).)).)))))))))).(.(((((.(((((....((((((((((((((((.....)))))).))..)))))).)).........)))))))))))..))))).))))...)))))))))))))))......))..))))....((((........))))..).)))))))))))))))))))))))))))..))).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((((.((((((...((((((((((.................(((((((.((.((((((((....((((((((((((.((((...((((.(((...........))).)).))..)))).))))))))))))............)))))))).)).)))))))..............((((((......))))))(.(((((((.((((((((((((..((((.(((.((((((...............((.....)).((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..)))))))).....(......)......((.....)).........)))))).)))...(((((.((..........(((((((((((((.....)))))).))..)))))(((......)))....)))))))...))))..))))...)))))))))))))))).................((((........))))....))))))))))...)))))).)))))))..))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((((.((((((...((((((((((.....(((((.......(((((((....((((((((....((((((((((((.((((((((.....))))..[[[[[[............)))).)))))))))))).....]]]]]].))))))))....)))))))..((((.......(((((((......))))))).((((((((((....((((((.(((((((((.((((((..............((((((.....((((((((.........((((((.........))))))...........))))))))...........))))))....................)))))).........(((((..................((((((.....)))))).))))))))))))))...................(((((...))))).))))))))))))))))....))))..))))).......................))))))))))...)))))).)))))))..))))
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...((.((...((((((.(.(((((((((..................(((((.((((.((((((.....)).(((((((.((.((((.....((.(((...........))).)).....)))).)).)))))))..................)))).)).)))))))....................................................((..(((...((.((((((.........................((((((((.((((..............................))))..))))))))........(((((......))))).............)))))).)).....((((.(((..............((((((((.....)))))).))..((.....))...........))))))).....)))..))...........................................................))))))))).).))))))...)).))...)))
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((((((.((((((((((((.................((((((((((((((((((((...(((((((((((((((((..((.((.(((...........))).)).))..)))))))))))))))))...........)))))))))))))))))))).........................((((((.....((((((((.(((((((((.((((.(((((((((((......................(..((((((((.((((.((.((((((.........))))))))...))))..))))))))...)....(((((......))))).............)))))))))))(..(.(((.........((((((((((((((((.....)))))).))..)))))).))........))))..)........)))).))))...))))))))))))).......))))))...........................)))))))))))).))))))))))))))).))))
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((((((((((((((((((((((((.................((((((((((((((((((((...(((((((((((((((((..((.((.(((...........))).)).))..)))))))))))))))))(.....)....)))))))))))))))))))).........................((((((.....((((((((.(((((((((.((((.(((((((((((........(.......(.....)..((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..))))))))...)..........(((.(((.....)))))..)...)))))))))))(..(.(((.........((((((((((((((((.....)))))).))..))))).)))........))))..)........)))).))))...))))))))))))).......))))))...........................)))))))))))))))))))))))))))).))))
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((((.((((((...((((((((((.....(((((.......(((((((.((.((((((((.....(((((((((((.((((...((((.(((...........))).)).))..)))).)))))))))))((....)).....)))))))).)).))))))).....(((......((((((......))))))..((((.(((((((((((((((..((((((((.((((((((.(((.((.....((((.......((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..))))))))...(((......)))...)))).....)).))).)).)))))).))))..(((((.(((........((((((((((((((.....)))))).))..))))))((......))....))))))))...))))..))))...)))))))))))))))......))).)))))...((((........))))....))))))))))...)))))).)))))))..))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((((.((((((...((((((((((...............(((((((((....(((((((((...((((((((((((.((((.(.((((.(((...........))).)).))).)))).))))))))))))..........).))))))))....))))))).))...........((((((......))))))(.(((((((.((((((((((((..((((((((.((((((((.(((.........(((...))).((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..))))))))...(((.{{{{.)))...(((}}}}.))).))).)).)))))).))))((((.((([[[..))).))))((((((((((((.....)))))).))..))))((((......))))..]]]........))))..))))...)))))))))))))))).................((((........))))....))))))))))...)))))).)))))))..))))
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...(((.(((.((((((.(.((((((((((.................(((((.((((.((((((((.......((((((.((.((((.....((.(((...........))).)).....)))).)).))))))(.(......).)...)))))))).)).)))))))...........................((((...(((((((.((......((((..(((...((.((((((...............((.....)).((((((((.((((....(((((...........))))).....))))..)))))))).....................................)))))).))...........................(((((((.......))))).))..................................)))..))))........)).))))))).....)))).............................)))))))))).).)))))).))).)))...)))
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((((.((((((...((((((((((.....(((((.......(((((((.((.((((((((....((((((((((((.((((...((((.(((.(........)))).)).))..)))).))))))))))))(....)......)))))))).)).))))))).....(((......((((((......))))))..((((((((((.(((((((((..((((.(((.((((((((.(((.((.....((((.......((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..))))))))...(((......)))...)))).....)).))).)).)))))).))).(.(((((.(((........((((((((((((((.....)))))).))..))))))((......))....)))))))))..))))..))))...)))))))))))))))......))).)))))...((((........))))....))))))))))...)))))).)))))))..))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((...(((((((((..(((...(((((((.(..(((((((.(.((((((((....(((((((((((((((((((((((...((.(........))).).)).))))))))))))))))))).((..))..)...))))))))).).)))))).....)..((.......)))))))).)....))).((((((((((..((..((((((((((((((.............(((.((((.(((((.(((((((((.(((.((((((.((((((.........)))))))))..)))...))))))))...(((......)))(((...))).)))).))).......(((((((((((((((((...))))).((..)).)))..)))))).))))).))))))))))))))))............))))).((..))...(......).)).)))))))))).(((((..)))))(((...)))........(((..))).)))))))))...))))))))))))))))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...(((((((.((((((.(.((((((((((..................((((((.((.((((((((..(.((((((((((((.((((.((..((.(((...........))).))..)).)))).)))))))))))).....)......)))))))).)).)))))).....((.....(....(((...((.((((((...((((((((((.((((.((((..(((.((((.((((((((.(...((.(...((((.((((..(((((((..((((.((.(((((...........)))))))...))))...))))))).........)))).....)))).)...)).)...)).)))))).))))(((((((.(((..(.((..(((((.(((((((.......))))).))...)))))....))...)....))))))).))).)))..))))....)))))))))))))).....))))))...)).............)))..).)))))))))))).).)))))).)))))))...)))
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((((.((((((...((((((((((.....(((((.......(((((((.((.((((((((....((((((((((((.((((...(((..(((.(........))))..).))..)))).))))))))))))............)))))))).)).)))))))..............((((((......))))))..(((((((.((((((((((((..((((.(((.(((((((..(((.((.....((((.......((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..))))))))...(((......)))...)))).....)).)))..).)))))).))).(.(((((.(((.........(((((((((((((.....)))))).))..)))))..(......).....)))))))))..))))..))))...)))))))))))))))..........)))))...((((........))))....))))))))))...)))))).)))))))..))))
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((((.((((((...((((((((((.....(((((.......(((((((.((.((((((((....((((((((((((.((((...((...(((...........)))....))..)))).))))))))))))(....)......)))))))).)).))))))).....(((.....(((((((......))))))).((((((((((.(((((((((..((((((((.((((((((.(((.((.....((((.......((((((((.(((((((.((((((.........)))))))))..))))..))))))))...(((......)))...)))).....)).))).)).)))))).))))..(((((.(((........((((((((((((((.....)))))).))..))))))((......))....))))))))...))))..))))...)))))))))))))))......))).)))))...((((........))))....))))))))))...)))))).)))))))..))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................



RNA: RFA_00830

GCUGCCGAGUUUUUUAAUGCAUUUUCUACUGACAUAAACUGAAGUGCCAUUAUUUGGAAACUUUAUUUGUAAAGCGUUCUUUGAUCUCAACGCUGUCUGGCUGGACAUUUGCCAAAGCCCAUGAAUGCCCAACCAGACACUGUUGAGACGAAUAUGGGCUUUAAUUGAACGCUUUACAGAAGAAGUUUAUAAAUACACAUAAAAUGCAUUUCUUUCUUAUAACUCAGGCCAACUGGCAUAGCAAGUAAAACUGUACUGAUCUAAAUGAAAAAUGUUUCUCUUCCUGAUAAUCGCACGUCCUUCUAUGGACAUUAUAUGCCAUUAUCAGUCGAAGAUCGAACGUUUAACCAAUAAUGUUCUUCAGAAUAUUUUUAAGCUUUGUUAUGCCACAGUUUGCAUGUUGCAAUUAAACAUUCUUCACGUGAGAAUUGUUUACAAAUUGUCUCUAAACACAUGUGAACCACAGGCCUCACUUAUCUAAACGAAAUCUGUACUUACUUUCAGAAUGUAAGAUAGUUUUAUCAAUUGAAAAUGCAUUCCAAAUAUGUAUCUC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((.(((((((..((((((...((((((((((..........................(((((((.((.((((((((....(((.(((((((((.((((...((((.(((..........))).)).))..)))).))))))))))))..................)))))))).)).)))))))...............((((((((((((((.((((.((((..((((((((.((((((((...(((.((.....((((((.....((((((((.(((((((.(((((.............................))))).)))..))))..))))))))...........))))))..........)).).)).)))))).))))(.((.(((......((((((((((((.......))))).))..)))))..............))).)))))..))))..))))..))))))))))))..))))))........................))))))))))...)))))).)))))))..))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((...((((...(((((((((((...(((...((((((((((((.((((((((.(((((((.((((((((((((((((((.((((((((.(((((((.(((.(((((((....))....))))).))).))))))).))))))))))))..............)))))))))))))).))))))).))))))........)))))))))..(((((((....(((((...(((((((((((((((((.(((.((((...................(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..(((((((........))))))).)))).))).)))))...))))))))))))..(((..(((((.((((((((((((((((.....))))).))))))...)))))........)))))..)))....))))).................((((..........)))).))))))).)))))..)))...)))))))))))..))))..)))...)
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((...((((...(((((((((((...(((...((((((((((((.((((((((..((((((..(((((((((((((.(((.(((((((..(((((((.(((..((((............))))..))).)))))))..)))))))))).((.......))...)))))))))))))..))))))..))))))........)))))))))..(((((((....(((((...(((((((((((((..((..(((((((......((..(((((((..((((((((((((..(((.((((......))))......)))..)))))))..)))))...)))))))...))..........))))..)))..))..)))).)))))))))..((((((((((.((((((((((((((((.....)))))).)))))...)))))........))))))))))....))))).................((((..........)))).))))))).)))))..)))...)))))))))))..))))..)))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................((((((((((((((((.((((((((((..........)))))))))).)))))))))))))))).....................................................................................((((((((((((......................................((((((((((((.....................)))))))))))).................................................))))))))))))....................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...(((((((((((((((((((((((((((..........................(((((((((((((((((((...((((.(((((((((.((((((((.((((((..........)))))).)))))))).))))))))))))).................)))))))))))))))))))...............((((((((((((((.((...((((.((((.(((((((((((...........................((((((((.(((((((.((((((..............).............))))).)))..))))..))))))))...................................))))))))))).....................(((((.......)))))....................................)))).))))....))))))))))..))))))........................)))))))))))))))))))))))))))...)))
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((((((((.(.(((...((((((((((((...((((((.(((((((.((((((((((((((.(((.((((((((.(((((((.(((.((((((..........)))))).))).))))))).)))))))))))...............)))))))))))))).))))))).))))))..........)))))))......((((...(((((...(((((((((((((((((.(((.((((..........((((((((.(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..))))))))...............)))).))).))))..)).)))))))))))..((((((((((.(((((((((((((((.(....))))).))))))...)))))........))))))))))....)))))...))))................(((((.........)))))..)))))..))).).)))))))))))...............
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((...((.(((((((((((.........(((..((((((.((((.(.((.(((((((.((((((((((((((..(..((((((((.(((((((.(((.((((((..........)))))).))).))))))).))))))))...............)..)))))))))))))).))))))).........)).).)))))))))).............(((((...((((((((((((........................((((((((.((((.((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))...))))..)))))))).......((((((......)))))).......))))))))))))..((((((((((..(((((....(((((.......)))))........))))).........))))))))))....))))).......................(((((.........)))))....)))........)))))))))))...)).......)))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((((((((.(.(((...((((((((((((.((((((((.(((((((.((((((((((((((((((.((((((((.(((((((.(((.(((((((....)....)))))).))).))))))).))))))))))))..............)))))))))))))).))))))).))))))........)))))))))..(...((((...(((((...(((((((((((((((((.(((.((((..........((((((((.(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..))))))))...............)))).))).))))..)).)))))))))))..((((((((((.(((((((((((((((.((())))))).))))))...)))))........))))))))))....)))))...))))................(((((.........)))))).)))))..))).).)))))))))))...............
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((.(((.((((((.(.((((((((((..........................(((((((.((.((((((((....(.(((((((((((.((((.(((.((.(((..........))).)).))).)))).))))))))))))..................)))))))).)).)))))))..................(((.((((.((((.((.((((..(((.((((.((((((...........................((((((((.(((((((.((((((..(.....................))..))))).)))..))))..)))))))).......((((((......))))))..........)))))).))))((((((((...((((((((((((((((.....)))))).)))))..)).)))..........))))))))....)))..)))).)).)))).))).)..)))...........................)))))))))).).)))))).)))))))..)).)
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((((((((..............(((((((...((((((.(((((((.((((((((((((((((((.((((((((.(((((((.(((.(((((............))))).))).))))))).))))))))))))..............)))))))))))))).))))))).))))))..........)))))))..(((((((....(((((...((((((((((((..........((((.......((((....))))(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..(((((((........))))))).)))).............))))))))))))..((((((((((.((((((((((((((((.....))))).)))))...))))))........))))))))))....))))).................((((..........)))).)))))))..............)))))))))))...............
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....))).((..(((((((((((...(((...((((((((((((.((((((((.(((((((.((((((((((((((((((.((((((((.(((((((.(((.(((((((....))....))))).))).))))))).))))))))))))..............)))))))))))))).))))))).))))))........)))))))))..(((((((....(((((...(((((((((((((((((.(((.((((.......((((....))))(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..(((((((........))))))).)))).))).)))))...))))))))))))..((((((((((.((((((((((((((((.....))))).))))))...)))))........))))))))))....))))).................((((..........)))).))))))).)))))..)))...)))))))))))..))...........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((((((((...(((...((((((((((((.((((((((.(((((((.((((((((((((((.....((((((((.(((((((.(((.((((((..........)))))).))).))))))).))))))))..................)))))))))))))).))))))).))))))........))))))))).......((....(((((...(((((((((((((((((.....((((..........((((((((.(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..)))))))).........[[[[..))))]]]].))))..)).)))))))))))..((((((((((.((((((((((((((((.....))))).))))))...)))))........))))))))))....)))))....))...........((((..{{{{{...))))..}}}}}..)))))..)))...)))))))))))...............
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((((((((((((((((((.(((((..((((..........(.((.(((.((((((((((((((((((((((.((.(((((((((((((((((.(((((((((.(........).))))))))).)))))))))))))))))))...............)))))))))))))))))))))).))).(......(..(....))..(((((....((((((((((.((((((((((((.(..(..((.....((((.......((((((((.(((((((.(((((.(((.((((......))))......))).))))))).)..))))..))))))))...(((......)))...)))).....)).)))).)))))))))).((((((((((.(((.((((((((((((.....)))))).))..)).))).))........))))))))))...))))))))))....))))).......)....)))..................))).)))).)))))))))))))))))))))))).)).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....))).....(((((((((((...(((........(((((((.((((((((.(((((((.((((((((((((((((((.((((((((.(((((((.(((.(((((((....))....))))).))).))))))).))))))))))))..............)))))))))))))).))))))).))))))........))))))))).............(((((...(((((((((((((((((.(((.((((.......(((......)))(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..(((((((........))))))).)))).))).))))..)).)))))))))))..((((((((((.((((((((((((((((.....))))).))))))...)))))........))))))))))....)))))..............(...((((.(((((.........)))))))))..)..)))...)))))))))))...............
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((......(((((((((((.........((((((((((((..........(((((((.((((((((((((((.....((((((((.(((((((.(((.((((((..........)))))).))).))))))).))))))))..................)))))))))))))).))))))).................)))))))..(((((((....(((((...((((((((((((......................((((((((((.(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..(((((((........)))))))....))))))))))....))))))))))))....(((((...)))))..........((((((((.....((((((...........)))))))))))))).....))))).................((((..........)))).))))))).)))))........)))))))))))............)))
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((.(.(((((((((...........................(((((.((((.(((((..........(((((((.((.((((.....((.(((..........))).)).....)))).)).))))))).(.......).............))))).)).))))))).........................................(((...((.((((((...........................((((((((.((((.................................................))))..))))))))........(((((......)))))...........)))))).))...(((((((...........((((((((.....)))))).))..((.....))..........))))))).....))).....................................................))))))))).).)))))...............
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((((((.((((((((((((..........................((((((((((((((((((((...(((.((((((((((((((..((.((.(((..........))).)).))..))))))))))))))))).................))))))))))))))))))))................(((((((((((((.((..(((((.((((.(((((((((((........................(..((((((((.((((.((.((((((..............).............))))).))...))))..))))))))...)....(((((......)))))...........)))))))))))(..((.........((((((((((((.......))))).))..)))))............).)...).......)))).))))...)))))))))))..))))).........................)))))))))))).))))))))))))))).))))
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((((((((((((((((((((((((..........................((((((((((((((((((((...(((.((((((((((((((..((.((.(((..........))).)).))..)))))))))))))))))(......).........))))))))))))))))))))................(((((((((((((.((..(((((.((((.(((((((((((..........(.......(.....)..((((((((.(((((((.((((((..............).............))))).)))..))))..))))))))...)..........(((.(((.....))))))...)))))))))))(..((.........((((((((((((.......))))).))..)))))............).)...).......)))).))))...)))))))))))..))))).........................)))))))))))))))))))))))))))).))))
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((...((((...(((((((((((...(((...(((((((((((.(((((((((.(((((((.((((((((((((((((((.((((((((.(((((((.(((.(((((((....))....))))).))).))))))).))))))))))))..............)))))))))))))).))))))).))))))........)))))))))..(((((((....(((((...(((((((((((.(((((.(((.((((...................(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..(((((((........))))))).)))).))).)))))....)))))))))))..(((..(((((.((((((((((((((((.....)))))).)))))...)))))........)))))..)))....))))).................((((..........)))).))))))).)))))..)))...)))))))))))..))))..)))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((([[.[))).....(((((((((((.(.(((........(((((((.((((((((.(((((((.((((((((((((((((((.((((((((.(((((((.(((.(((((............))))).))).))))))).))))))))))))..............)))))))))))))).))))))).))))))........))))))))).............(((((...(((((((((((((((((.(((.((((.......((((....))))(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..(((((((.(.....)))))))).)))).))).))))..)).)))))))))))..((((((((((.((((((((((((((((.....))))).))))))...)))))........))))))))))....)))))..................((((.(((((.........))))))))).....)))..)))))))))))).......]]].....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((.(((..(((((.(.(((((((((...........................(((((.((((.((((((((........((((((.((.((((.....((.(((..........))).)).....)))).)).))))))(.(.......).)........)))))))).)).)))))))..................((((((((.((............(((...((.((((((.................((.....)).((((((((.((((....(((((.............................)))))......))))..))))))))...................................)))))).)).....................(((((((.......))))).)).................................)))............)).)))))..)))............................))))))))).).)))))..))).)))......
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((...((((...(((((((((((...(((...((((((((((((.((((((((.(((((((.((((((((((((((((((.((((((((.(((((((.(((.(((((((....))....))))).))).))))))).))))))))))))..............)))))))))))))).))))))).))))))........)))))))))..(((((((....(((((...(((((((((((((((((.(((.((((...................(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..(((((((........))))))).)))).))).)))))...))))))))))))..(((..(((((.((((((((((((((((.....))))).))))))...)))))........)))))..)))....))))).................((((..........)))).))))))).)))))..)))...)))))))))))..))))..)))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...((.....((((((((((((.(((((((((((((.((((.(((.....))).).))).(((((((((((((((((((.((((((((.(((((((..((.((..)).((((.......)))).))..)))))))).))))))).)))).............)))))))))))))))..)))))))..))))))).)))))))))))(...((........))..).))(((((((((((((((((((..........((.(((.(((((.(((.((((((((((((.(((.((((......))))......)).)))))))))..))))...)))))))).).)).))...((((..)))).)))))))..))).)))))))))))))(((((...))))).(((((((((.(((..)))))).))))))((...))....(((((((..)))(.((...)).)..((.(((((...(..(.(((((........))))).))..)))))))))))(((..)))((.(........).))........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (....((...(((..(((((((((((.(.(((..........................................................................................((((...........((.(...(.(..(.(..(..(................).......)...)..)...).)......).)).))).).........(.........(................(..(..(.((...(..(((..((((((.(.((((.(.((((.................................)))).)...))))...))))))).........)))..................................((.(.(((..(..(.((..(((((((.......))))).))....))......)....)...)))...)..))..)...)).)..........)..)..........).................)....))).).)))))))))))..)))..)).....)
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(.....(((((((((((...(((...((((((((((((.((((((((.(((((((.((((((((((((((.(((.((((((((.(((((((.(((.(((((((....))....))))).))).))))))).)))))))))))...............)))))))))))))).))))))).))))))........)))))))))..(((((((....(((((...((((((((((((.((((.(((.((((...................(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..(((((((........))))))).)))).))).))))...).)))))))))))..(((..(((((.((((((((((((((((.....))))).))))))...)))))........)))))..)))....))))).................((((..........)))).))))))).)))))..)))...)))))))))))....)..........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((...((((...(((((((((((...(((...(((((((((((.((((((((..((((((..((((((((((((((((((.(((((((..(((((((.(((.(((((((....))....))))).))).)))))))..)))))))))))..............))))))))))))))..))))))..)))))........)))))))))..(((((((....(((((...(((((((((((((((((.(((.((((...................(((((((((((((.(((.((((......))))......))).))))))))..)))))..(((((((........))))))).)))).))).)))))...))))))))))))..(((..(((((.((((((((((((((((.....))))).))))))...)))))........)))))..)))....))))).................((((..........)))).))))))).)))))..)))...)))))))))))..))))..)))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................



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