|
|
|
GUUUCCGUGUCCAUCCUUGUUAAAACAAGAAAUUUUACGGAAUAACCCAUUUUGCCCGACCGAUCAUCCACGCAGCAAUGGCGUAAGACGUAUUGAUCUUUCAGGCAGUUAGCGGGCUGCGGGUUGCAGUCCUUACCGGUAGAUGGAAAUAUUUCUGGAGAGUAAUACCCAGUCUGUUUCUCUGAUAAUUGCGCUGUUUUUCCGCAUGAAAAACGGGCAACCGACACUCUGCGCCUCUUUGAGCUGACGAUAACCGUGAGGUUGGCGACGCGACUAGACACGAGGCCAUCGGUUCACACCCGGAAAGGCGUUACUUUGCCCGCAGCUUAGUCGUCAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(((((((.....(((((........))))).....)))))))........((((((((..((((....(((..((....))......)))...))))..)))))))).....(((((((((((........(((((((.....(((((....(((((..........)))))...)))))........(((.(((((((((.....))))))))))))(((((........(((((..........((((((((....))))))))..............)))))..)))))......)))))))...........))))))))))).........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..)).))))).....(((((((((((...(((((((.((((.....(((((((...((((..(....)..))))..))))))).(((....(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((((((..(((.((.(((((....))))).)).)).)..))))...)))))))))))))))...)))).))))....)))..)))))))))))........) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......)))))))..((.....(((((.((..(((((...(((................)))..)))))..)).)))))...(((((((((((((...(((......((((....(((((((...((((..........))))..)))))))........(((.(((((((((.....)))))))))))))))).......((((((((.((((((((.......((((.(((((......)))))...))))......)))))))).....))..)))))).)))..))))))))))).)).))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..........................)))))))...................(((((...........................)))))...............(((((((((((......(((((((((.................................................((((.(((((((((.....)))))))))))))............(((((.....((((((............))))))...............))))).............))))))))).........)))))))))))......... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((........))))).....)))))).........((((((((((((((((..(((................))).)))))))))))))))).....((((((((((((..(((..(((((((.....(((((....(((((..........)))))...)))))........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((........(((((..........((((((((....))))))))..............)))))..)))))......)))))))...)))....))))))))))))......... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.((..(((((...((((.......)))).........)))))..)).)))))...(((((((((((((...(((((((.((((.....(((((((...((((..........))))..)))))))........(((.(((((((((.....))))))))))))(((((........(((((.....((.(.((.(((((....))))).)).)))..........)))))..)))))......)))).))))....)))..))))))))))).))...... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......(((((....))))).......)))))).........(((((.((..(((((...(((((....).)))).........)))))..)).))))).....(((((((((((......((((.((((...............((((..........))))................((((.(((((((((.....)))))))))))))((((........(((((.....((...((.(((((....))))).))..))..........)))))..)))).......)))).)))).........)))))))))))......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((....(.((((......)))).)....))))))).........(((((.((..((((....(((..((....))......)))...))))..)).)))))......((((((((((....(.((((.((((......((((((..(.(((..........))))..))))))((((.....((((.........)))).......)))).((((((........(((((.....((....(.(((((....))))).)...))..........)))))..)))))).....)))).)))))........)))))))))).......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((....(.(((((....))))).)....))))))).........(((((.((..(((((.(.((((.......))))..)......)))))..)).)))))...(((((((((((((...(((((((.((((.((..(((((((...((((.(.......)))))..)))))))))......(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((.....((.(.((.(((((....))))).)).)))..........))))))))))))......)))).))))....)))..))))))))))).))...... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......((..........)).......)))))..........(((((((((..((((...(((((....).).......)))..))))..))))))))).....(((((((((((......(.(((((((......(((.....(((((..........)))))....))).........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((.....((.(((((.....((...((.(((((....))))).))..))..........))))))))))))......))))))).).........)))))))))))......... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......)))))))..........((((.((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..)).)))).((.(((((((((((((...(((((((.((((((((..((((((...((((..........))))..))))))))))......((.(((((((((.....))))))))))).(((((.....((.(((((((((.((.(.((.(((((....))))).)).)))...))))...))))))))))))......)))).))))....)))..))))))))))....))).)) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.((..(((((...((((.......)))).........)))))..)).))))).....(((((((((((......((((.((((.....((((((....((((..........))))...)))))).......((((.(((((((((.....)))))))))))))((((........(((((.....((...((.(((((....))))).))..))..........)))))..)))).......)))).)))).........)))))))))))......... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((...((((((((....))))...)))))))))))..........((((((((.(((((...(((((....))........)))..))))).))))))))....((((((((((((((((...((((((((((....(((((.((.(((((..........))))))))).)))..).....(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((.....((.(((((..(..((..(((.(((((....))))).)).))).)........))))))))))))......))))))))).))....).))))))))))).))...... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................(((((((...((((......((....)).............))))...)))))))......(((((((((((........(((((((.....((........(((..........)))........))........((((.((((...............))))))))((((.....((.(((((.....((((.((.(((((....))))).))...)))).......)))))))))))......)))))))............)))))))))))......... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..)).)))))......((((((((((...(((((((.((((.((..(((((((...((((..........))))..)))))))))......(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((.....((...((..((((....))))..))..))..........))))))))))))......)))).))))....)))..)))))))))).......... |
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((([[[[[[((((((..))))))......)))))))..............((((.(((((...((((.......)))).........)))))......(((((((..((((((((...))))))))...((((..]]]]]].......))))((((.................))))..)))))))((((((((((.....))))))(((((((..........((((((...((((((((.......((((.(((((......)))))...))))......)))))))).........))))))....)))))))))))...)))).... |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.((..(((((...((((.......)))).........)))))..)).))))).....(((((((((((....(.((((.(((((((...(((((....((((..........))))...))))).))).....(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((.....((.(.((.(((((....))))).)).)))..........))))))))))))......)))).)))))........)))))))))))......... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......((((..........))))......))))).........(((((((((..((((...(((..((....))......)))..))))..))))))))).....(((((((((((....((.(.((((((.....(((((....(((((..........)))))...)))))........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((.....((.(((((..........((.(((((....))))).))..............))))))))))))......))))))...)))......)))))))))))......... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......((((..........))))......)))))..........(((((((...((((...(((..((....))......)))..))))...)))))))......((((((((((..........((((((......((((....(((((..........)))))...)))).........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((........(((((..........((.(((((....))))).))..............)))))..)))))......)))))).............))))))))))......... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..)).))))).....(((((((((((...(((((((.((((.....(((((((...((((..........))))..))))))).(((....(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((((((.((...((.(((((....))))).))..))...))))...)))))))))))))))...)))).))))....)))..)))))))))))......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((....(.(((((....)))))).....))))))).........(((((.....(((((...(((((....).)))).........))))).....)))))...(((((((((((((...(((((((.(((((((..(((((((...((((..........))))..)))))))))).....(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((((((.((.(....(((((....)))))....)))...))))...))))))))))))......)))).))))....)))..))))))))))....)))... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.....(((((...((((.......)))).........))))).....))))).....(((((((((((......((((.((((.....(((((((...((((..........))))..))))))).......((((.(((((((((.....)))))))))))))...................((((((((.......((((.(((((......)))))...))))......))))))))...)))).)))).........)))))))))))......... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..........................))))))).........((((......(((((...........................)))))......)))).....(((((((((((...........((((..................................................(((.(((((((((.....))))))))))))(((((........(((((.(((.........(((((....)))))......)))........)))))..)))))......))))..............)))))))))))......... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((......(((((....)))))......))))))...(((.....((((.((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..)).))))......(((((((.....))))))).....))).)).(((((((...((((..........))))..))))))).(((..((((.(((((..(((((..((.....(((....)))..(((.((.(((((((((.((...((.(((((....))))).))..))...))))...)))))))..)))...))..))))).((((......)))).))))).))))..))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......)))))))...(((...(((((.((..(((((...(((((....)).(....).)))..)))))..)).)))))...).))(((((((((...(((((((.((((((((..((((((...((((..(....)..))))..))))))))))......((((.(((((((.....)))))))((....))........)))).....((((((((....((((....))))(((..((.(......).))..))).))))))))...)))).))))....)))..)))))))))........... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.(......((((......))))((..)).))))))....(((...)).(..).((...........))..)((((((((.((......).)(((((..((((......))))((((...((((.((.((......))(((((..)))))..)).(((((...((((((...))))))...)))))))))....))))..)))))..((((((((((((.(((.((((((((........).)).)).)))))))))))..((((((((..(((((.((((...)))))))))((..)))))))).)).)))))))....)))..))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.((..(((((...(((.(....)..))).........)))))..)).)))))......((((((((((...(((((((.((((.....(((((((...((((..(....)..))))..)))))))..(.....(((.(((((((((.....)))))))))))).((((.....((.(((((........(.((.(((((....))))).)).)............)))))))))))..)....)))).))))....)))..)))))))))).......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.((..(((((...((((.......)))).........)))))..)).))))).....(((((((((((......((((.((((.....(((((((...((((..........))))..))))))).........((.(((((((((.....))))))))))).(((((.....((.(((((.....((.(.((.(((((....))))).)).)))..........))))))))))))......)))).)))).........)))))))))))......... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..)).)))))...(((((((((((((...(((((((.((((.....(((((((...((((..........))))..))))))).(((....(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((((((.((.(.((..((((....))))..)).)))...))))...)))))))))))))))...)))).))))....)))..))))))))))....)))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......)))))))..........((((.............((((.......)))).........(((....)))))))......(((((((.....)))))))...((((.(((((....))))))))).(((..(((.......)))..))).(((...((((.........))))........((((..............))))...(((((((......(((....))).(((..................))).((((.......))))...((((......))))..)))))))...))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((......(((((....)))))......))))))).(((((...........[[[.......(((((....)).))).(((....{{{{))).}}}}.........[[[[[[[)))))]]]]]]]....]]]..((((....)))).((((.<<<......))))...(((.>>>.)))...(((.((((((((.aaaa..)))))))))))..........AAAA...........(((((((.(((....))).(((..................))).((((.......))))...((((......)))).........))))))). |
|
|
|
AAUUCUACGUUGAUUCUCGUUAGACCAAGAGACUUGUGGAAUAAUAAACUUUGCCUGAUCACACAAAAACGCGGCAAUGGCGUAAGACGUAAUGUGAAAUCAAGCAAUUAGCGGGCUGCGGGUUGCAGCUUGGCCGGCAAGUGGGUAAAGCUCUGUUGUCUUAAAUUCAGAAGCUACCCUUUAUAUAAAAGCGCUGUUUUUCAGAACGAAACACAGGCUUACCGAAAUAAUGCGCCCCUAUGCAGGCGACAACCGUGAGGUUGACGGCUUAGCUAGAAGACUCGGGGCCAUCGGUUUACCCGGUCAUGAGGUUAUUUUGCCCGCAGUUCUAACGCCAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(((((((.....(((((........)))))....)))))))........((((((((...((((...(((..((....))......)))..))))...)))))))).....(((((((((((.......(((((((.....(((((....(((((..........)))))...)))))..........(((.(((((((((.....)))))))))))).(((((........(((((........((((((((....)))))))).................)))))..)))))....)))))))............))))))))))).........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..))))))))........(((((.................)))))((((((......((((((........))).)))..(((((((((((...(((((((((((.....((((..(((((((............)))).))))))).........((((.((((((((......)))).))))))))(((((........(((((...((((((..(((((....)))))...)))).))..((....)))))))..)))))....)))))))...)))).....)))))))))))..)))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((..........))))..................(((((((((((((.............................)))))..)))))))).....(((((((((((.......(((((((...................................................((((.(((((((((.....))))))))))))).............(((((...........(((((....)))))....................)))))...........)))))))............)))))))))))......... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.....(((((........)))))....)))))))........((((((((((((((((..(((................))).)))))))))))))))).....((((((((((((..(((((((((((.....(((((....(((((..........)))))...))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((........(((((........((((((((....)))))))).................)))))..)))))....)))))))...))))....))))))))))))......... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((......((((..........))))...)))))))........((((.((((..(((.............................)))..)))).)))).....(((((((((((....((((((((((.....((((..(((((((............)))).))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).)).))..))..........))))))))))))....)))))))...)))......)))))))))))......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((...........................)))))...........(((.((((.......................................)))).)))......(((((((((((....((.(((((((.....((((..(((((((............)))).))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((.((((.(((((....))))).)).).).))..........))))))))))))....)))))))....))......)))))))))))......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((......((((..........))))...))))))).........((((.................)))).(((((.....................((.....))(((((((((((.......(((((((.....(((((....((((............))))...))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((........(((((........((.(((((....))))).)).................)))))..)))))....)))))))............)))))))))))...))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..))))))))........((((.((((..((((...((((.......)))).........))))..)))).))))...(((((((((((((...(((((((((((.....((((..(((((((............)))).))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((((.((((.((.(((((....))))).)).))..))))........))))))))))))....)))))))...)))).....)))))))))))....))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.....((((..........))))....)))))..........((((.((((..((((...(((((....).).......)))..))))..)))).)))).....(((((((((((....((((((((((.....((((.....((((............))))....)))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((..((((((((.(((((....))))).))..)))))).........))))))))))))....)))))))...)))......)))))))))))......... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..))))))))........(((((...[[[[[.....[[[[)))))..]]]].........]]]]]...............(((((((((((...(((((((((((.....(((((..(((((((((...)))...))).)))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((........(((((.....((((..(((((....)))))...)))).............)))))..)))))....)))))))...)))).....)))))))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..)))))))).........((((.................)))).((((((.((.((((((((........)).))).))).(((((((((...(((((((((((.(((.((((..(((((((............))).))))))))))).......(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).)).))..))..........))))))))))))....)))))))...)))).....))))))))).)).)))))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..))))))))........(((((.................)))))((((((..........((........)).......(((((((((((....((((((((((.....((((..(((((((............))).)))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))((((.....(((.(((((...((((((..(((((....)))))...)))).))..........))))))))))))....)))))))...)))......)))))))))))..)))))). |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((...((((((((....))..)))))))))))))..........((((((((.(((((.......(....).((((...))))..))))).)))))))).(..(((((((((((((((.(((((((((((......(((..(((((((............)))).))))))...........(((.((((.((((.....)))).)))))))..((((.....((.(((((..((((((((.(((((....))))).)).).)))).)........))))))))))).....)))))))...))))..)).))))))))))).))..)... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((......(((............)))...))))))..........(((.((((.......................................)))).)))......(((((((((((.((....(((((((.....(((...(((((((............)))).))).))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).))...))))..........))))))))))))....)))))))....))......)))))))))))......... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................((((.((((..((((...((((.((....))....).)))..))))..)))).)))).....(((((((((((.......((((((....................................................((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((........(((((........((.(((((....))))).))....((........)).)))))..))))).....))))))............)))))))))))......... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......((((..........)))).....))))).........(((((((((..((((...(((..((....))......)))..))))..))))))))).....(((((((((((...((((.((((((.....(((((..(((((((..........))))).)))))))..........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).))...))).).........))))))))))))....))))))....)))).....)))))))))))......... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......((((..........)))).....))))).........(((((((((..((((...(((..((....))......)))..))))..))))))))).....(((((((((((...((((.((((((.....(((((..(((((((..........))))).)))))))..........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((.....((.(((((....(((.((.(((((....))))).))...)))...........))))))))))))....))))))....)))).....)))))))))))......... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......((((..........)))).....))))).........((((((((...((((...(((..((....))......)))..))))...)))))))).....((((((((((......((.((((((......((((..(((((((..........))))).))))))...........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((........(((((........((.(((((....))))).)).................)))))..)))))....))))))....))........))))))))))......... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..))))))))........(((((.................)))))((((((.........(((........)))......(((((((((((...(((((((((((.....((((..(((((((............)))).))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).)).))..))..((....))))))))))))))....)))))))...)))).....)))))))))))..)))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((.((.....))))))..))))))))........(((((((............)).)))))((((((....((((((((........))).)).)))((((((((((...(((((((((((.(((.((((..(((((((............)))).))))))))))......((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((.(.(((((((.(((((....))))).)).))).))).........))))))))))))....)))))))...)))).....))))))))))...)))))). |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..))))))))........((((.((((..((((...((((.......)))).........))))..)))).)))).....(((((((((((...(((((((((((...((((((...((((((..(((((........(((((.............((((.((((.((((.....)))).))))))))..........((((......)))).....(((((....)))))..)))))......))))).)))))).....)))))))))))))...)))).....)))))))))))......... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((......((((..........))))...))))))..............((((.......................................))))..........(((((((((((.......(((((((.....(((((....((((............))))...)))))...................((((.....)))).........(((((........(((((.....(((...(((((....)))))....))).............)))))..)))))....)))))))............)))))))))))......... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((........)))))....)))))).........((((.((((..((((...((((.((....))....).)))..))))..)))).)))).....(((((((((((.......(((((((.....(((((....((((............))))...))))).........((((.(((..((((.....))))..)))))))(((((.....((.(((((........((.(((((....))))).))....((........)).))))))))))))....)))))))............)))))))))))......... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..))))))))........(((((.................)))))((((((.........(((........)))......(((((((((((.((..(.(((((((.....((((..(((((((............))).)))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).)).))..))..((....))))))))))))))....))))))).)..))......)))))))))))..)))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((...((((..........)))).(((((.......................))))).)))).)).))).((((.........(((........)))......(((((((((((...(((((((((((.....((((..(((((((............))).)))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).)).))..))..((....))))))))))))))....)))))))...)))).....)))))))))))..))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..))))))))........(((((.................)))))((((((....................((.....))(..((((((((.((..(.(((((((.....((((..(((((((............)))).))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).)).))..))..((....))))))))))))))....))))))).)..))......))))))))..)..)))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..)))))))).........((((.................)))).((((((..........((........)).......(.(((((((((...(((((((((((.....((((..(((((((............))).)))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((...((.(((((....))))).)).....))..........))))))))))))....)))))))...)))).....))))))))).)..)))))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.....((((..........))))..))))))))........(((((.................)))))((((((.........(((........)))......(..((((((((...(((((((((((.....((((..(((((((............))).)))))))).........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).)).))..))..((....))))))))))))))....)))))))...)))).....))))))))..)..)))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
|
|
CUUUCCGCGUUGAUUCUCGUUAAACAGGGAAAACGGUGGAAUUAUAAAAUUUGUCUGAUCGCGCAAAAACGCAGCAAUGGCGUAAGACGUAAUGCGAAAUCAAACAAUUAGCGGGCUGCGGGUUGCAGCUUGGCCGGCAAAUGGAAUCAGAUCUGUCGACGUAAAUCAGAGGCUAUUCCCCUAGUAAAAGUGCUGUCUUUCACAAAGAAAAGCAGGCUUACCGAGAUAAUGCGCCCCUAUGCAGGCGACAACCGUGAGGUUGACGACUUUGCGAGAAGACACGGGGCUUUCGGUUUAACUCCGGCCAUGAGGUUAUUUUGCCCGCAGCUUUGUCGAUAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(((((((.....(((((........)))))....)))))))........((((((((...((((...(((..((....))......)))..))))...)))))))).....(((((((((((.......(((((((.....(((((....((((...........))))....))))).........(((.(((((((((.....)))))))))))).(((((........(((((........((((((((....)))))))).................)))))..)))))......)))))))............))))))))))).........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((((..(((((........)))))))).))))))..........(((.((((.(((......))).(((...(((.....)))..)))...)))).)))((..(((((((((((((...(((((((((((.....(((((.((.((((...........))))..)))))))...(((..((((.(((..((((.....))))..)))))))(((((((......(((((..((((((((.(((((....))))).)).).))))).........))))))))))))...))))))))))...)))).....))))))))).))))..)).) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................(((.(((...((((...((((.......)).......))..))))...))).)))....((..(((((.....))))).......((......(((.((.((((...........))))..)))))..........((((.((((.((((.....)))).))))))))...........)).............((.(((((....))))).)).....))................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((........)))))....)))))).(((.....((((..(((..((((...(((................)))..))))..)))..))))...(((((((((((((...(((((((((((.....(((((.((.(((...((......))..))))))))))...(((..((((.((((..(((.....)))..))))))))(((((((......(((((..((((((((.(((((....))))).))..)))))).........))))))))))))...))))))))))...)))).....)))))))))).)))..))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........))))).................................................................................(((((((((((.......(((((((.......................................................(((((((((.....))))))))).................(((((..((((((......................)))))).........))))).............)))))))............)))))))))))......... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((........)))))....)))))).........((((((((((((((((..(((................))).)))))))))))))))).....((((((((((((..(((((((((((.....(((((....((((...........))))....)))))........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((........(((((....((..((((((((....))))))))....))...........)))))..)))))......)))))))...))))....))))))))))))......... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((..(((((........))))))))).)))))..........(((.((((..(((....((((.......))))..........)))..)))).))).....((((((((((((....((((((((((.....(((((....((((...........))))....)))))........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((((......(((((...((((.((.(((((....))))).)).)..)))..........))))))))))))......)))))))...)))......))))))))))).)....... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......(............)......))))))..........(((.(((...((((...(((.(....)..))).........))))...))).)))......(((((((((((.......(((((((......(........(((...........)))........)..........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((........(((((...(((..((.(((((....))))).))....)))..........)))))..)))))......)))))))............)))))))))))......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((..(((((........))))))))).))))).........((((.((((..((((...((((.......)))).........))))..)))).))))...(((((((((((((...(((((((((((.....(((((..(.((((...........))))..).)))))....(...((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((((......(((((..(((((.((.(((((....))))).)).)..)))).........))))))))))))....).)))))))...)))).....))))))))))).))...... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.....((((..........))))....)))))..........((((.((((..((((...(((((....).).......)))..))))..)))).)))).....(((((((((((....((((((((((.....((((.....((((...........)))).....))))........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((.....((.(((((..((((((((.(((((....))))).))..)))))).........))))))))))))......)))))))...)))......)))))))))))......... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((..(((((........)))))))).))))))..........(((((..[[[[......((((.......)))).)))))....]]]]...............(((((((((((...(((((((((((.....(((((....((((...........))))....)))))........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((((......(((((...((((....(((((....)))))......))))..........))))))))))))......)))))))...)))).....)))))))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((..(((((........))))))))).)))))...........((.((((..((((...((((.......)))).........))))..)))).)).(((.(((((((((((((...(((((((((((.....(((((.((.((((...........))))..))))))).........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((((......(((((..((((((((.(((((....))))).)).).))))).........))))))))))))......)))))))...)))).....))))))))).)))).))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((..(((((........)))))))).)))))).........((((.((((..((((...........................))))..)))).)))).....(((((((((((...(((((((((((.....(((((....((((...........))))....))))).........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((((......(((((...((((.((.(((((....))))).))...))))..........))))))))))))......)))))))...)))).....)))))))))))......... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((....((((..........)))))).)))))...........((((((((.(((((......((....))((((...))))..))))).)))))))).(..(((((((((((((((.(((((((((((......((((.(((((((...........)))).)))))))....(((..((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((((......(((((..((((((((.(((((....))))).)).).))))).........))))))))))))...))))))))))...))))..)).))))))))))).))..)... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((...........................))))))..........(((.((((..((((..............(((.....)))..))))..)))).)))......(((((((((((....(.((((((((.....((((.....((((...........)))).....))))........((((.((((..(((.....)))..))))))))(((((........(((((...((((.((.(((((....))))).))...))))..........)))))..)))))......)))))))...).)......)))))))))))......... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((..(((((........)))))))).)))))).........((((.((((..((((...((((.......)))).........))))..)))).))))...(((((((((((((...(((((((((((.....(((((.((.((((...........))))..))))))).........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((((......(((((..((((((((.(((((....))))).)).)).)))).........))))))))))))......)))))))...)))).....)))))))))).)))...... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((.(((((..........)))))......................(((((.....((((.......)))).........))))))))))).......))))(((((((((.......(((((((.....(((((....((((...........))))....)))))................(((((...))))).((((..))))(((((((......(((((........[[[[[[.(((((((((...))))))))).........))))))))))))......)))))))............))))))))).]]]]]].... |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((........)))))....)))))).........((((.((((..((((...((((.......)))).........))))..)))).))))...(((((((((((((....((((((((((.....((((.....((((...........)))).....)))).........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((((......(((((..((((((((.(((((....))))).)).))).))).........))))))))))))......)))))))...)))......))))))))))).))...... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......((((..........)))).....))))).........(((((((((..((((...(((..((....))......)))..))))..))))))))).....(((((((((((...((((.((((((.....(((((..((((((...........)))).)).))))).........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).))...))).).........))))))))))))......))))))....)))).....)))))))))))......... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......((((..........)))).....))))).........(((((((((..((((...(((..((....))......)))..))))..))))))))).....(((((((((((...((((.((((((.....(((((..((((((...........)))).)).))))).........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((.....((.(((((....(((.((.(((((....))))).))...)))...........))))))))))))......))))))....)))).....)))))))))))......... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......((((..........)))).....))))).........((((((((...((((...(((..((....))......)))..))))...)))))))).....((((((((((......((.((((((......((((....((((...........))))....))))..........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((........(((((........((.(((((....))))).)).................)))))..)))))......))))))....))........))))))))))......... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((..(((((........))))))))).)))))..........(((((..[[[[[.....((((.......)))).)))))...]]]]].........((..(((((((((((((...(((((((((((.....(((((.((.((((...........))))..)))))))...(((..((((.(((..((((.....))))..)))))))(((((((......(((((..((((((((.(((((....))))).)).))).))).........))))))))))))...))))))))))...)))).....))))))))))).))..)).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((..(((((((...)).)))))))).)))))).........((((.((((..((((...(((((....).)))).........))))..)))).))))...(((((((((((((...(((((((((((.....(((((.((.(((((........).))))..)))))))........((((.((((.((((.....)))).))))))))(((((((......((((((.((((((((.(((((....))))).)).)).)))))........))))))))))))......)))))))...)))).....)))))))))).)))...... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((........)))))....)))))).........((((.((((..((((...((((.......)))).........))))..)))).)))).....(((((((((((...(((((((((((.....(((((....((((...........))))....))))).............((((.((((.....)))).))))....(((((((......(((((...........(((((....)))))....((((....))))....))))))))))))......)))))))...)))).....)))))))))))......... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........)))))...................((((.........................((((...)))).............)))).....(((((((((((.......(((((((.....(((((....((((...........))))....)))))..................((((.....)))).........(((((((......(((((..((((((...(((((....))))).....)))))).........))))))))))))......)))))))............)))))))))))......... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((........)))))....)))))).........((((.((((..((((...((((.((....))....).)))..))))..)))).)))).....(((((((((((.......(((((((.....(((((....((((...........))))....)))))........((((.(((..((((.....))))..)))))))(((((........(((((........((.(((((....))))).))..(((......)))...)))))..)))))......)))))))............)))))))))))......... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((..(((((........)))))))).))))))..........(((.((((..((((...((((.((....))....).)))..))))..)))).)))((..(((((((((((((.((..(.(((((((.....(((((.((.((((...........))))..)))))))...(((..((((.(((..((((.....))))..)))))))(((((((......(((((..((((((((.(((((....))))).)).).))))).(....)..))))))))))))...)))))))))).)..))......))))))))).))))..)).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((..(((((........)))))))).))))).......((((.((.((((.(((......))).(((...((((...))))..)))...)))).)))))))).(((((((((((.((....(((((((.....(((((.((.((((...........))))..)))))))........((((.(((..((((.....))))..)))))))(((((((......(((((..((((((((.(((((....))))).)).)).)))).........))))))))))))......)))))))....))......)))))))))))......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((..(((((........))))))))).)))))..........(((.((((..((((......((....))(((.....)))..))))..)))).)))((..(((((((((((((.((..(.(((((((.....(((((.((.((((...........))))..)))))))...(((..((((.(((..((((.....))))..)))))))(((((((......(((((..((((((((.(((((....))))).)).))).))).(......)))))))))))))...)))))))))).)..))......))))))))))).))..)).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((..(((((........)))))))).))))))..........(((.((((..((((..............(((.....)))..))))..)))).))).(..(((((((((((((...(((((((((((.....(((((.((.((((...........))))..)))))))....((..((((.(((..((((.....))))..)))))))(((((((......(((((..((((((((.(((((....))))).)).)).)))).........))))))))))))...)).)))))))...)))).....)))))))))).)))..)... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((........)))))....)))))).........((((.((((..((((...((((.......)))).........))))..)))).)))).....(((((((((((...(((((((((((.....(((((....((((...........))))....))))).........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((((......(((((..((((((((.(((((....))))).)).).))))).........))))))))))))......)))))))...)))).....)))))))))))......... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((..(((((........)))))))).)))))).........((((.((((.(((......))).(((...(((.....)))..)))...)))).))))......((((((((((...(((((((((((.....(((((.((.((((...........))))..)))))))...(((..((((.(((..((((.....))))..)))))))(((((((......(((((..((((((((.(((((....))))).)).).))))).........))))))))))))...))))))))))...)))).....)))))))))).......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((...((((........)))).))).))))))........(((((........))))).((((.......))))......((((.............)))).((((((((.....))))))))..((((((...........((((...........)))).((((......)))).....((((.((((.....))))..)))).(((.............((((........)))).(((((....)))))....((((....)))).....((((..((((.......))))....(((.....)))))))..))).)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((...((((........)))).))).))))).(((.....<<<<<.))).(((>>>>>.(((((....)).))).......(((.............))).))).((((((((.((({{{{......)))...((((.....((((...........)))).aaaa))))..AAAA.....((((.((((.....))))..))))}}}}.[[[((((.....((((.....ccc)))).(((((....)))))....((((....))))....bbbb.CCC))))....BBBB.(((....))).......))))))))..]]]...... |
|
|
|
GUUUCCGCACCGAAACUUGUUAAAACAAAAAGUUUAGCGGAAUAACCCAUUUUGUCUGACCGAUCAUCAACGCAGCAAUGGCGUAAGACGUAUUGAUUUUUCAGACAGUUAGCGGGCUGCGGGUUGCAGUCCUUACCGGUAGAUAGGAUCUUCUCUGGAGAGUAAUGCCCAGGCUGCUUCCCUGAUAAUUGCGCUGUGUUUCCGUAUGAAAUACAGGCAACCGACACUCUGCGCCUCUUUGAGCUGACGAUAACCGUGAGGUUGGCGACGCGAAAUAGUCACGAGGCCAUCGGUUCAUGCCCGGUAAGGCGUCACCAUGCCCGCAGCUUAGUCGUCAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..)))))))).....(((((((((((....(.(((((((((.....(((......((.((..((((..((....))))))..)).))...((((.(((((((((.....))))))))))))).............)))...((((((((....((((....))))(((..((.((.....)).))..))).))))))))...))))))))))........)))))))))))........) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((((....))))...)))..))))))..((.....((((((((..(((((...(((................)))..)))))..))))))))...(((((((((((((......(((((((((((((...(((..((((.((.(((((..((....))))))).)).(((..((((((((((((((.....)))))))))....(((((.(((.(((.....................)))))))))))...)))))....)))..))))..)))...)).)))).))))))).........))))))))))).)).))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........(((((((((((((((...........................))))))))))))))).....(((((((((((......(((((((((.................................................((((.(((((((((.....)))))))))))))............(((((.............(((((....)))))..................))))).............))))))))).........)))))))))))......... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((...........)))))..)))))).........((((((((((((((((..(((................))).)))))))))))))))).....((((((((((((..(((..(((((((.....(((((.((((((((..........)))))))))))))........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((........(((((..........((((((((....))))))))...............)))))..)))))......)))))))...)))....))))))))))))......... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....(((((((......)...)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......)))).........)))))..))))))))...(((((((((((((((..(.(((((((((..................(..........)((((.......))))....((((.(((((((((.....)))))))))))))((((........(((((.....((...((.(((((....))))).))..))...........)))))..)))).......)))))))))...)..)).))))))))))).))...... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((........((((....))))........)))))).........((((((((..(((((...(((((....).)))).........)))))..)))))))).....(((((((((((......(((((((((...............((((..........))))................((((.(((((((((.....)))))))))))))((((........(((((......(...((.(((((....))))).))..)............)))))..)))).......))))))))).........)))))))))))......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((...........)))))..)))))).........((((((((..((((....(((..((....))......)))...))))..))))))))......((((((((((....(.(((((((((.........((..(((.((((......(..((((.......)))).....(((.(((((((((.....)))))))))))).........).....))))..)))..))....(((((...((((.(.(((........))).)..))))..))))).....))))))))))........)))))))))).......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((((....))...)))))).)))))).........((((((((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..))))))))...(((((((((((((((..(.(((((((((............((((()))))...((...((((.......))))...))(((.(((((((((.....))))))))))))(((((........(((((.....((.(.((.(((((....))))).)).)))...........)))))..)))))......)))))))))...)..)).))))))))))).))...... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....((((.............))))..)))))).........((((.((((..((((...(((((....).).......)))..))))..)))).)))).....(((((((((((....(.(((((((((.....((((.....((((............))))...)))).........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((.....((.(((((..(..((...((.(((((....))))).))..)))..........))))))))))))......))))))).).))......)))))))))))......... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......)))).........)))))..)))))))).....(((((((((((.....((((..[[[[.....))))......]]]]..((((.....[[[[.))))..]]]]....((((.(((((((((.....)))))))))))))......(((...[[[[[...))).......(((((....)))))..(((........)))..]]]]].((((....[[[[[))))..]]]]]......)))))))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).))))))..........(((((((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..))))))).((.(((((((((((((((..(.(((((((((.((((...))))..((.((.(((((..((....))))))).)).)).....((.(((((((((.....))))))))))).(((((.....((.(((((.((((.((.(((.....))).)).)))).(((........)))..))))))))))))......))))))))))..))....))))))))))....))).)) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......)))).........)))))..)))))))).....(((((((((((......(((((((((...............((((..........))))................((((.(((((((((.....)))))))))))))(((.........(((((.............(((((....)))))..................)))))...))).......))))))))).........)))))))))))......... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((....((((((...........)))))).)))))...........((((((((.(((((...(((((....))........)))..))))).))))))))....(((((((((((((((.((((((((((((......((((.((.((((..........)..))))))))).........(.((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((..(..((..(((.(((((....))))).)).)))..)........))))))))))))......))))))))).)))..)).))))))))))).))...... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....(((((.............))))).))))))..........(((((((...((((...........................))))...)))))))......(((((((((((.(....(.(((((((...............(((..........)))..................((((.((((.((((.....)))).))))))))((((........(((((...(..(...((.(((((....))))).))..))...........)))))..)))).......))))))).)...).....)))))))))))......... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..))))))))......((((((((((((..(.(((((((((((.............(.((.(((((..((....))))))).)).).....(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((.((((.((.(((.....))).)).)))).(((........)))..))))))))))))...)).))))))))))..))....)))))))))).......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......))))..[[[[...)))))..)))))))).....(((((((((((......(((((((((.........(((((...)))))(((((...((((.......))))...))))).(((((((((.....)))))))))..((((((........(((((.....((((((............))))))(((........)))..)))))..)))))).....)))))))))]]]].....)))))))))))......... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......)))).........)))))..)))))))).....(((((((((((((..(.(((((((((....(((((.....(((((..........))))).....).)))).....(((.(((((((((.....))))))))))))(((((.....((.(((((..(((((.(.((.(((((....))))).)).))).......))).))))))))))))......))))))))))..))....)))))))))))......... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................(((((((..((((...((((.((....))....).)))..))))..))))))).......(((((((((((.........(((((...................................................(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((........(((((..........((.(((((....))))).))....(.......)..)))))..))))).......)))))............)))))))))))......... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......((((.............))))...))))).........(((((((((..((((...(((..((....))......)))..))))..))))))))).....(((((((((((...(((.(.((((((.....(((((..(((((((..........))))))).)))))........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((.....((.(((((....((..(.((.(((((....))))).))...))).........))))))))))))......))))))...)))).....)))))))))))......... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......((((.............))))...))))).........((((((((...((((...(((..((....))......)))..))))...)))))))).....((((((((((..........((((((......((((....(((((..........)))))...)))).........(((.((((.((((.....)))).)))))))(((((........(((((..........((.(((((....))))).))...............)))))..)))))......)))))).............))))))))))......... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..)))))))).....(((((((((((......(((((((((.....(((......((.((..((((..((....))))))..)).))...((((.(((((((((.....))))))))))))).............)))...((((((((....((((....))))(((..((.((.....)).))..))).))))))))...))))))))).........)))))))))))......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......)))).........)))))..)))))))).....(((((((((((......(((((((((......(((((........(((((......((((.......))))....((((.(((((((((.....))))))))))))).....)))))..(((((.......((((..(((((....))))).............)))).)))))....)))))....))))))))).........)))))))))))......... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((...........))))))................((((((((..(((((..............((((...))))..)))))..)))))))).....(((((((((((........(((((((..................................................(((.(((((((((.....))))))))))))(((((........(((((((((.........(((((....)))))......))))........)))))..)))))......)))))))...........)))))))))))......... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((...........)))))..)))))).........(((((((((..((((...((((.((....))....).)))..))))..))))))))).....(((((((((((........(((((((......((((....(((((..........)))))...)))).........(((.(((..((((.....))))..))))))(((((.....((.(((((..........((.(((((....))))).))..((......))...))))))))))))......)))))))...........)))))))))))......... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.((....))....).)))..)))))..)))))))).....(((((((((((....(.(((((((((.....(((......((.((..((((..((....))))))..)).))...((((.(((((((((.....))))))))))))).............)))...((((((((....((((....))))(((..((.((.....)).))..))).))))))))...))))))))))........)))))))))))......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.(..((((((..........).))))))))))))..........((((((((((((((((.(((.(.............))))))))))))))))))))(...((((((((((((((((((.(((((((((...(((..)))..((((..))))......(((((.......))))((......))((((((........))).)))....)(((((.(((.((((((((........).)).)).)))))))))))....(((....)))((.(.((((...))))).)).)))))))))))..).)).))))))))))).))...).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................((((((((...((((...((((.((....))....).))).).)))...)))))))).....(((((((((((....((...((((((.(....(((.....(..(...........)..).....)))..)......(((.(((((((((.....))))))))))))(((((......(.(((((..(....((.((.(((((....))))).))...))..).......)))))).)))))......))))))....))......)))))))))))......... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((((.((((.......))))..)).....)))))..))))))))...(((((((((((((....(.(((((((((.....(((......((.((..((((..((....))))))..)).))...((((.(((((((((.....))))))))))))).............)))...((((((((....((((....))))(((..((.((.....)).))..))).))))))))...))))))))))........))))))))))....)))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((....((((((...........)))))).))))).(((......)))....((((.......((((.......))))........((((....)))).........(((((((.....)))))))....))))........((((.....))))........((((.......))))....((((.(((((((((.....))))))))))))).((((...(((((((((...............(((....))).(((...........)))..))))).(((((.......)))))..(((((....))))).))))....)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((......))))).(((....)))..((((..((((((((.....))).(((((((..........(((((....)).))).(((........))).))))))).(((..(((((((.....)))))))...((((.(((.....)))...))))[[[[))).<<<<<<<]]]])..>>>>....(((((..(((((((.....))))))).>>>.{{{{...))))..(((((..bbb(((((.....(((....))).aaa..)))))....AAA..)))))..BBB)))))....}}}}..(((((....)))))....))))......... |
