CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

Table of contents:

  1. Overview

  2. Performance Plots

  3. Performance of CRWrnafold - scored higher in this pairwise comparison

  4. Performance of RSpredict(seed) - scored lower in this pairwise comparison

  5. Compile and download dataset for CRWrnafold & RSpredict(seed) [.zip] - may take several seconds...


Overview

Metric CRWrnafold RSpredict(seed)
MCC 0.457 > 0.045
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.449 ± 0.019 > 0.033 ± 0.008
Sensitivity 0.449 > 0.011
Positive Predictive Value 0.467 > 0.189
Total TP 13108 > 323
Total TN 17622003 < 17648345
Total FP 16845 > 1595
Total FP CONTRA 1949 > 115
Total FP INCONS 12998 > 1275
Total FP COMP 1898 > 205
Total FN 16074 < 28859
P-value 3.56938820447e-08

^top




Performance plots


  1. Comparison of performance of CRWrnafold and RSpredict(seed). Positive Predictive Value (PPV) is plotted against sensitivity. Each dot represents a single test of each method. See tables below for raw data (individual counts for CRWrnafold and RSpredict(seed)).

  2. Average Matthews Correlation Coefficients (MCC) with 95% confidence intervals (CIs) were plotted for different RNA families, for which at least 3 members were present in the benchmarking dataset. 'n' denotes the number of MCCs used to calculate the average and CI. See tables below for raw data (individual counts for CRWrnafold and RSpredict(seed)).

  3. Comparison of average Matthews Correlation Coefficients (MCCs) for CRWrnafold and RSpredict(seed). The whiskers correspond to 95% confidence intervals (CIs). 'n' denotes the number of MCCs used to calculate average MCCs and CIs. See tables below for raw data (individual counts for CRWrnafold and RSpredict(seed)).

^top





Performance of CRWrnafold - scored higher in this pairwise comparison

1. Total counts & total scores for CRWrnafold

Total Base Pair Counts
Total TP 13108
Total TN 17622003
Total FP 16845
Total FP CONTRA 1949
Total FP INCONS 12998
Total FP COMP 1898
Total FN 16074
Total Scores
MCC 0.457
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.449 ± 0.019
Sensitivity 0.449
Positive Predictive Value 0.467
Nr of predictions 280

^top



2. Individual counts for CRWrnafold [ download as .csv ]

RNA Chain Rfam family MCC SENS PPV TP TN FP FP CONTRA FP INCONS FP COMP FN
ASE_00001 0.61 0.57 0.64 43 34124 30 3 21 6 32
ASE_00002 0.59 0.56 0.63 41 35446 31 2 22 7 32
ASE_00004 0.69 0.68 0.69 66 47800 30 9 20 1 31
ASE_00005 0.50 0.48 0.52 56 57863 51 3 48 0 61
ASE_00006 0.29 0.29 0.30 27 47495 65 8 56 1 66
ASE_00007 0.34 0.33 0.36 36 59585 65 3 61 1 74
ASE_00009 0.68 0.67 0.69 45 26041 20 5 15 0 22
ASE_00012 0.42 0.41 0.43 51 73800 75 6 63 6 72
ASE_00014 0.47 0.47 0.47 50 54179 57 7 49 1 56
ASE_00017 0.25 0.28 0.22 18 50958 82 22 42 18 46
ASE_00018 0.53 0.51 0.56 68 80480 54 4 49 1 66
ASE_00020 0.63 0.60 0.68 75 73809 39 6 30 3 51
ASE_00021 0.59 0.55 0.62 88 104055 57 8 45 4 72
ASE_00022 0.49 0.46 0.51 57 82917 58 9 45 4 67
ASE_00023 0.47 0.47 0.48 60 84129 72 9 57 6 67
ASE_00025 0.29 0.30 0.28 21 78531 108 10 44 54 50
ASE_00026 0.30 0.30 0.30 33 59575 80 7 70 3 77
ASE_00028 0.57 0.55 0.59 69 84550 54 9 38 7 57
ASE_00029 0.50 0.48 0.51 59 82913 56 9 47 0 63
ASE_00030 0.64 0.61 0.67 89 85359 44 4 39 1 56
ASE_00031 0.39 0.38 0.39 48 86614 79 9 65 5 78
ASE_00032 0.49 0.47 0.51 56 80090 62 3 51 8 62
ASE_00033 0.35 0.34 0.36 41 64867 73 12 60 1 80
ASE_00035 0.12 0.12 0.13 14 70389 100 12 85 3 104
ASE_00036 0.60 0.58 0.62 77 75731 50 8 39 3 55
ASE_00037 0.41 0.39 0.43 43 59240 59 5 52 2 67
ASE_00038 0.55 0.53 0.57 54 53533 46 4 37 5 47
ASE_00040 0.45 0.43 0.48 57 78883 69 4 59 6 76
ASE_00041 0.39 0.36 0.41 39 57536 61 5 50 6 69
ASE_00042 0.42 0.40 0.45 58 89970 75 6 66 3 87
ASE_00044 0.78 0.76 0.79 80 54514 26 4 17 5 25
ASE_00046 0.46 0.44 0.49 45 50311 49 6 41 2 58
ASE_00047 0.34 0.32 0.36 42 74189 75 3 71 1 88
ASE_00052 0.38 0.36 0.40 40 61325 65 4 56 5 72
ASE_00053 0.45 0.44 0.46 59 79274 70 9 59 2 74
ASE_00057 0.53 0.51 0.55 68 82091 63 8 48 7 66
ASE_00064 0.35 0.35 0.35 31 45363 66 2 55 9 58
ASE_00066 0.37 0.35 0.39 45 72276 71 4 65 2 85
ASE_00068 0.21 0.20 0.22 17 37599 61 6 53 2 68
ASE_00069 0.56 0.53 0.59 74 82903 54 7 44 3 66
ASE_00074 0.50 0.49 0.51 58 67783 56 4 51 1 61
ASE_00075 0.64 0.60 0.68 97 108669 49 5 40 4 65
ASE_00076 0.57 0.54 0.61 64 68160 45 3 38 4 54
ASE_00077 0.32 0.30 0.33 26 45072 58 8 44 6 60
ASE_00078 0.12 0.12 0.12 10 42988 78 4 69 5 73
ASE_00079 0.50 0.46 0.53 46 55525 43 2 38 3 54
ASE_00080 0.35 0.33 0.36 41 71518 72 5 67 0 82
ASE_00081 0.32 0.30 0.35 29 49686 56 3 52 1 68
ASE_00082 0.45 0.41 0.49 48 70402 60 1 49 10 68
ASE_00083 0.75 0.71 0.79 78 62382 28 1 20 7 32
ASE_00084 0.39 0.38 0.40 38 53532 60 6 52 2 61
ASE_00087 0.58 0.54 0.62 78 88285 48 3 44 1 66
ASE_00090 0.61 0.61 0.61 62 55510 44 2 37 5 39
ASE_00092 0.56 0.55 0.56 62 63436 53 9 39 5 51
ASE_00096 0.35 0.35 0.36 40 63435 73 5 66 2 75
ASE_00099 0.64 0.63 0.65 75 64505 41 4 36 1 45
ASE_00100 0.24 0.25 0.24 19 82135 112 11 50 51 57
ASE_00102 0.24 0.23 0.25 38 117705 113 13 99 1 128
ASE_00104 0.46 0.44 0.48 52 64153 57 3 53 1 67
ASE_00105 0.47 0.46 0.49 51 64157 59 7 46 6 60
ASE_00107 0.66 0.64 0.69 81 73036 37 2 34 1 46
ASE_00108 0.40 0.43 0.37 27 46898 73 13 33 27 36
ASE_00111 0.26 0.33 0.20 19 49990 87 31 46 10 38
ASE_00112 0.60 0.59 0.61 69 75353 51 3 41 7 47
ASE_00115 0.66 0.63 0.69 64 54522 37 4 25 8 37
ASE_00116 0.04 0.05 0.05 3 31562 66 6 55 5 63
ASE_00118 0.49 0.47 0.51 48 60631 53 2 45 6 54
ASE_00119 0.86 0.84 0.88 91 62732 15 2 10 3 17
ASE_00120 0.58 0.55 0.60 52 46885 34 4 30 0 42
ASE_00121 0.43 0.42 0.43 39 45059 57 6 46 5 53
ASE_00122 0.26 0.25 0.28 22 43286 62 2 55 5 66
ASE_00123 0.35 0.33 0.37 28 38427 54 0 48 6 57
ASE_00125 0.51 0.50 0.52 44 39255 42 4 37 1 44
ASE_00126 0.38 0.37 0.39 30 40393 49 6 41 2 52
ASE_00128 0.62 0.60 0.65 60 53208 37 6 27 4 40
ASE_00129 0.64 0.60 0.67 67 62735 34 3 30 1 44
ASE_00131 0.51 0.48 0.55 41 39265 39 1 33 5 44
ASE_00132 0.22 0.22 0.23 21 50312 71 11 59 1 74
ASE_00134 0.42 0.42 0.43 40 50310 59 5 48 6 55
ASE_00135 0.46 0.46 0.46 50 63082 60 7 51 2 59
ASE_00136 0.45 0.45 0.45 41 48114 54 8 42 4 51
ASE_00137 0.37 0.37 0.37 36 48419 62 3 58 1 62
ASE_00138 0.24 0.23 0.25 19 40395 61 5 51 5 62
ASE_00139 0.61 0.58 0.64 60 54191 38 2 32 4 44
ASE_00140 0.64 0.59 0.69 74 70769 34 7 26 1 51
ASE_00142 0.70 0.66 0.73 81 67050 35 3 27 5 41
ASE_00145 0.36 0.35 0.36 39 70018 73 5 63 5 72
ASE_00146 0.49 0.47 0.52 58 70765 54 8 45 1 66
ASE_00148 0.48 0.47 0.50 72 112432 71 10 61 0 82
ASE_00151 0.41 0.39 0.43 38 51915 56 7 43 6 60
ASE_00153 0.68 0.68 0.67 50 57555 66 2 23 41 23
ASE_00154 0.44 0.43 0.45 46 65239 60 4 52 4 61
ASE_00155 0.40 0.40 0.41 57 93388 86 10 73 3 85
ASE_00163 0.29 0.29 0.30 27 53210 73 5 59 9 66
ASE_00165 0.44 0.43 0.46 43 52882 50 6 44 0 58
ASE_00168 0.18 0.22 0.15 14 60632 96 24 56 16 50
ASE_00169 0.23 0.22 0.24 24 57192 78 4 71 3 83
ASE_00170 0.66 0.65 0.67 60 48739 34 6 23 5 33
ASE_00171 0.46 0.45 0.48 42 48429 45 5 40 0 52
ASE_00172 0.56 0.54 0.58 57 58897 43 3 39 1 49
ASE_00174 0.47 0.45 0.49 49 60976 53 4 46 3 60
ASE_00175 0.24 0.24 0.25 26 59926 86 2 77 7 81
ASE_00176 0.49 0.46 0.52 51 59932 49 9 39 1 59
ASE_00179 0.56 0.56 0.56 47 44169 39 7 30 2 37
ASE_00180 0.55 0.53 0.58 53 51268 40 8 31 1 47
ASE_00181 0.42 0.42 0.43 44 57527 64 2 57 5 62
ASE_00182 0.51 0.49 0.54 67 84130 58 4 54 0 69
ASE_00184 0.51 0.50 0.52 51 54516 49 4 44 1 51
ASE_00185 0.64 0.62 0.66 79 73417 44 5 35 4 49
ASE_00186 0.62 0.60 0.65 79 78882 47 4 38 5 53
ASE_00187 0.33 0.31 0.35 36 68531 71 6 62 3 79
ASE_00189 0.49 0.48 0.51 49 63094 51 3 44 4 53
ASE_00190 0.52 0.51 0.53 46 45365 46 7 33 6 44
ASE_00192 0.40 0.39 0.42 52 84542 78 11 61 6 81
ASE_00194 0.41 0.40 0.42 48 73423 69 6 59 4 71
ASE_00196 0.80 0.79 0.81 59 31553 20 2 12 6 16
ASE_00197 0.57 0.54 0.60 79 89122 56 5 47 4 66
ASE_00198 0.56 0.56 0.57 57 52550 43 7 36 0 45
ASE_00203 0.62 0.61 0.63 59 46572 39 5 29 5 37
ASE_00204 0.43 0.42 0.45 47 67791 63 7 51 5 65
ASE_00205 0.45 0.46 0.44 41 45963 55 8 44 3 49
ASE_00209 0.37 0.35 0.39 31 42992 50 4 44 2 57
ASE_00210 0.48 0.48 0.49 31 27198 38 3 29 6 34
ASE_00212 0.58 0.55 0.61 82 93826 57 4 49 4 66
ASE_00213 0.60 0.61 0.60 40 27194 28 6 21 1 26
ASE_00214 0.72 0.71 0.74 73 56181 37 4 22 11 30
ASE_00215 0.46 0.44 0.47 44 48422 51 4 46 1 55
ASE_00216 0.71 0.71 0.72 58 39259 23 7 16 0 24
ASE_00217 0.26 0.24 0.28 22 40391 58 3 54 1 68
ASE_00221 0.49 0.44 0.55 51 64527 45 1 41 3 66
ASE_00222 0.62 0.61 0.63 96 111949 60 4 52 4 61
ASE_00227 0.52 0.50 0.54 66 78881 56 4 52 0 67
ASE_00228 0.34 0.34 0.35 29 46887 61 9 46 6 57
ASE_00229 0.44 0.43 0.46 37 42405 47 5 39 3 50
ASE_00231 0.62 0.63 0.63 60 47799 37 7 29 1 36
ASE_00232 0.68 0.68 0.69 57 38420 27 8 18 1 27
ASE_00234 0.52 0.50 0.55 64 75350 55 4 48 3 65
ASE_00237 0.09 0.11 0.07 6 45672 87 25 50 12 50
ASE_00238 0.56 0.54 0.57 62 64152 51 3 44 4 52
ASE_00240 0.04 0.04 0.05 4 46581 84 5 75 4 89
ASE_00241 0.53 0.52 0.54 45 43873 46 2 36 8 42
ASE_00242 0.48 0.46 0.50 51 60973 54 3 48 3 61
ASE_00246 0.18 0.21 0.16 14 48118 79 29 44 6 53
ASE_00247 0.40 0.41 0.39 26 54219 80 1 39 40 38
ASE_00248 0.28 0.27 0.30 31 62378 72 7 65 0 83
ASE_00250 0.51 0.50 0.52 65 78878 65 11 49 5 66
ASE_00252 0.41 0.39 0.43 66 115288 91 6 80 5 102
ASE_00254 0.62 0.61 0.64 50 36778 34 3 25 6 32
ASE_00255 0.58 0.55 0.61 72 74573 52 4 42 6 58
ASE_00257 0.53 0.53 0.53 51 50944 49 6 39 4 46
ASE_00259 0.35 0.33 0.36 40 73043 72 7 63 2 81
ASE_00263 0.77 0.77 0.77 92 70380 29 6 22 1 28
ASE_00264 0.41 0.41 0.41 41 49040 65 6 54 5 59
ASE_00267 0.17 0.17 0.17 15 45064 77 8 63 6 73
ASE_00270 0.62 0.59 0.65 76 72273 41 7 34 0 52
ASE_00274 0.41 0.41 0.42 42 55512 57 10 47 0 61
ASE_00277 0.30 0.30 0.31 27 48117 61 8 53 0 64
ASE_00279 0.30 0.29 0.31 29 53208 64 10 54 0 72
ASE_00280 0.42 0.42 0.43 41 51907 56 5 50 1 57
ASE_00281 0.47 0.44 0.49 39 44472 41 1 39 1 49
ASE_00282 0.55 0.53 0.58 67 77699 54 7 42 5 60
ASE_00283 0.73 0.72 0.75 77 61673 30 3 23 4 30
ASE_00284 0.52 0.51 0.52 55 58206 52 7 43 2 53
ASE_00285 0.50 0.48 0.53 58 68897 54 7 44 3 64
ASE_00286 0.28 0.28 0.29 26 46574 70 8 57 5 66
ASE_00287 0.34 0.32 0.36 33 54854 63 5 54 4 70
ASE_00288 0.36 0.33 0.39 31 45976 53 4 45 4 62
ASE_00289 0.42 0.40 0.44 63 100883 83 7 72 4 94
ASE_00292 0.45 0.43 0.48 59 81687 65 5 59 1 79
ASE_00294 0.38 0.36 0.41 61 114334 89 2 84 3 110
ASE_00295 0.37 0.35 0.39 46 73803 74 4 67 3 85
ASE_00296 0.21 0.21 0.22 30 91671 105 6 99 0 115
ASE_00297 0.54 0.54 0.54 53 52877 48 5 40 3 45
ASE_00298 0.41 0.39 0.43 44 67425 66 1 58 7 69
ASE_00299 0.45 0.46 0.45 46 49353 64 7 49 8 54
ASE_00313 0.62 0.62 0.62 55 62392 56 5 29 22 34
ASE_00316 0.58 0.60 0.55 59 107773 85 13 35 37 39
ASE_00318 0.53 0.53 0.54 62 80086 56 11 41 4 56
ASE_00327 0.71 0.71 0.71 63 57202 43 4 22 17 26
ASE_00328 0.56 0.54 0.58 60 72668 47 7 36 4 52
ASE_00330 0.55 0.56 0.54 50 56188 56 6 36 14 40
ASE_00332 0.55 0.54 0.57 74 81680 58 5 51 2 64
ASE_00335 0.53 0.52 0.55 60 75356 56 10 40 6 56
ASE_00337 0.29 0.31 0.28 22 39262 66 11 45 10 49
ASE_00338 0.35 0.35 0.35 34 66332 80 7 57 16 64
ASE_00339 0.47 0.46 0.48 55 80086 67 15 44 8 64
ASE_00340 0.32 0.32 0.32 27 45971 62 10 48 4 58
ASE_00342 0.55 0.52 0.58 60 62378 47 2 41 4 55
ASE_00343 0.28 0.29 0.27 33 83312 97 13 78 6 80
ASE_00346 0.45 0.44 0.47 43 48113 53 5 44 4 54
ASE_00353 0.38 0.38 0.38 41 57863 70 3 63 4 66
ASE_00359 0.27 0.28 0.27 22 42695 61 8 53 0 58
ASE_00360 0.30 0.29 0.30 19 29340 46 10 34 2 46
ASE_00361 0.47 0.45 0.50 57 75352 61 9 48 4 70
ASE_00362 0.63 0.62 0.64 56 48117 36 4 28 4 35
ASE_00363 0.34 0.34 0.34 32 51267 68 4 57 7 62
ASE_00364 0.44 0.42 0.46 44 54189 58 4 48 6 61
ASE_00366 0.42 0.42 0.41 41 58554 62 13 45 4 57
ASE_00367 0.26 0.27 0.26 23 42982 69 8 58 3 63
ASE_00369 0.65 0.64 0.67 68 55844 38 4 29 5 39
ASE_00370 0.51 0.50 0.51 42 41823 47 4 36 7 42
ASE_00372 0.59 0.59 0.58 59 51902 44 8 34 2 41
ASE_00374 0.19 0.18 0.20 16 44769 65 13 52 0 72
ASE_00375 0.68 0.64 0.73 70 60282 30 1 25 4 40
ASE_00376 0.43 0.43 0.44 45 56851 57 3 54 0 60
ASE_00377 0.68 0.66 0.70 71 57529 36 4 26 6 36
ASE_00379 0.44 0.43 0.45 38 45971 53 6 41 6 51
ASE_00380 0.54 0.53 0.56 52 54853 45 7 34 4 47
ASE_00382 0.42 0.42 0.42 35 41822 52 7 41 4 49
ASE_00383 0.32 0.31 0.34 33 54517 65 4 61 0 72
ASE_00384 0.31 0.30 0.31 28 48427 61 3 58 0 64
ASE_00385 0.24 0.25 0.24 20 41822 64 10 53 1 61
ASE_00386 0.39 0.39 0.41 37 50312 58 7 47 4 59
ASE_00387 0.46 0.45 0.47 47 55844 57 5 49 3 57
ASE_00388 0.33 0.33 0.33 29 45665 65 5 54 6 60
ASE_00390 0.20 0.19 0.21 16 42119 67 2 58 7 69
ASE_00393 0.24 0.24 0.26 22 47809 71 4 60 7 71
ASE_00394 0.56 0.55 0.57 51 46882 39 3 35 1 42
ASE_00395 0.39 0.39 0.39 33 41532 58 4 47 7 51
ASE_00396 0.13 0.13 0.14 11 41535 72 4 66 2 72
ASE_00397 0.52 0.50 0.55 52 54520 47 3 40 4 53
ASE_00398 0.59 0.56 0.62 58 55851 45 3 33 9 46
ASE_00400 0.53 0.52 0.53 55 57867 49 4 44 1 51
ASE_00401 0.58 0.57 0.58 72 76904 52 11 41 0 54
ASE_00402 0.28 0.27 0.29 23 42408 56 2 53 1 62
ASE_00403 0.49 0.47 0.51 50 55847 52 3 45 4 57
ASE_00404 0.24 0.24 0.25 20 42991 65 4 56 5 65
ASE_00406 0.25 0.24 0.26 23 48739 73 5 61 7 71
ASE_00411 0.24 0.24 0.24 21 49369 71 5 60 6 68
ASE_00412 0.57 0.55 0.60 58 58214 42 6 33 3 47
ASE_00413 0.28 0.30 0.27 24 44462 65 14 51 0 57
ASE_00414 0.24 0.23 0.25 22 46273 70 5 60 5 73
ASE_00415 0.41 0.41 0.42 42 54845 61 9 50 2 61
ASE_00416 0.46 0.45 0.48 57 77301 69 8 55 6 70
ASE_00417 0.48 0.48 0.48 48 54515 54 8 44 2 52
ASE_00418 0.18 0.19 0.17 14 38699 70 7 61 2 61
ASE_00419 0.72 0.68 0.76 70 54854 27 3 19 5 33
ASE_00422 0.71 0.69 0.73 65 46882 30 2 22 6 29
ASE_00423 0.65 0.65 0.65 71 56844 39 9 29 1 38
ASE_00426 0.22 0.21 0.22 23 60972 80 7 73 0 85
ASE_00428 0.53 0.50 0.55 63 76522 55 8 43 4 62
ASE_00430 0.68 0.66 0.71 64 46881 32 3 23 6 33
ASE_00431 0.35 0.34 0.38 32 46275 56 5 48 3 63
ASE_00434 0.50 0.50 0.50 55 68154 64 10 46 8 55
ASE_00437 0.33 0.32 0.34 43 79274 84 6 78 0 92
ASE_00438 0.47 0.45 0.49 52 65959 55 5 50 0 64
ASE_00441 0.82 0.76 0.89 85 64166 20 1 9 10 27
ASE_00447 0.45 0.43 0.48 50 60273 59 1 54 4 66
ASE_00448 0.18 0.18 0.18 20 64148 99 6 87 6 92
ASE_00451 0.42 0.41 0.44 51 70759 66 3 63 0 74
CRW_00013 0.24 0.25 0.24 29 103617 106 20 74 12 86
CRW_00016 0.59 0.56 0.61 67 77312 55 6 36 13 53
CRW_00610 0.46 0.44 0.48 36 36240 39 7 32 0 45
CRW_00613 0.79 0.74 0.84 58 34911 19 0 11 8 20
CRW_00614 0.09 0.11 0.08 6 121691 140 26 48 66 51
CRW_00618 0.20 0.21 0.19 13 56212 77 12 43 22 48
CRW_00619 0.23 0.26 0.20 19 164932 156 20 54 82 54
CRW_00620 0.17 0.21 0.14 13 150882 154 25 55 74 50
CRW_00621 0.17 0.17 0.17 12 153109 150 13 47 90 59
CRW_00623 0.13 0.14 0.11 12 129686 140 24 73 43 71
CRW_00633 0.39 0.42 0.38 44 63429 73 15 58 0 62
CRW_00634 0.25 0.28 0.22 26 64504 92 23 67 2 68
CRW_00670 0.45 0.47 0.44 56 69999 70 9 61 0 64
CRW_00671 0.61 0.58 0.64 68 62728 44 7 32 5 49
CRW_00672 0.76 0.77 0.75 85 72276 39 6 23 10 26
CRW_00674 0.55 0.55 0.56 68 83314 58 12 42 4 56
CRW_00676 0.52 0.57 0.47 65 93390 78 24 49 5 50
CRW_00692 0.39 0.40 0.39 36 68542 75 10 47 18 54
PDB_00827 0.69 0.63 0.76 51 26961 18 0 16 2 30
PDB_00919 0.36 0.33 0.39 34 44165 56 6 48 2 69
RFA_00597 0.23 0.26 0.21 28 97771 118 29 75 14 81
RFA_00598 0.35 0.37 0.34 37 84557 94 11 61 22 64
RFA_00599 0.69 0.72 0.67 80 101355 60 17 23 20 31
RFA_00600 0.26 0.30 0.23 30 120165 121 30 70 21 70
RFA_00601 0.51 0.54 0.50 61 99112 81 10 52 19 53
RFA_00602 0.50 0.53 0.47 61 101346 90 13 55 22 55
TMR_00173 0.29 0.36 0.24 15 42133 75 20 27 28 27
TMR_00357 0.50 0.54 0.47 50 82921 72 21 36 15 42
TMR_00601 0.14 0.17 0.13 7 58940 96 11 38 47 35
TMR_00696 0.55 0.55 0.56 63 84965 68 9 41 18 51

^top



Performance of RSpredict(seed) - scored lower in this pairwise comparison

1. Total counts & total scores for RSpredict(seed)

Total Base Pair Counts
Total TP 323
Total TN 17648345
Total FP 1595
Total FP CONTRA 115
Total FP INCONS 1275
Total FP COMP 205
Total FN 28859
Total Scores
MCC 0.045
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.033 ± 0.008
Sensitivity 0.011
Positive Predictive Value 0.189
Nr of predictions 280

^top



2. Individual counts for RSpredict(seed) [ download as .csv ]

RNA Chain Rfam family MCC SENS PPV TP TN FP FP CONTRA FP INCONS FP COMP FN
ASE_00001 0.00 0.00 0.00 0 34191 0 0 0 0 75
ASE_00002 0.00 0.00 0.00 0 35511 0 0 0 0 73
ASE_00004 0.00 0.00 0.00 0 47894 2 0 1 1 97
ASE_00005 0.14 0.03 0.57 4 57963 3 0 3 0 113
ASE_00006 0.00 0.00 0.00 0 47583 3 0 3 0 93
ASE_00007 0.16 0.05 0.56 5 59676 4 0 4 0 105
ASE_00009 0.00 0.00 0.00 0 26106 0 0 0 0 67
ASE_00012 0.00 0.00 0.00 0 73914 6 0 6 0 123
ASE_00014 0.00 0.00 0.00 0 54285 0 0 0 0 106
ASE_00017 0.00 0.00 0.00 0 51038 2 0 2 0 64
ASE_00018 0.13 0.04 0.35 6 80584 11 0 11 0 128
ASE_00020 0.04 0.01 0.25 1 73916 3 0 3 0 125
ASE_00021 0.00 0.00 0.00 0 104189 7 1 6 0 160
ASE_00022 0.00 0.00 0.00 0 83008 21 3 17 1 124
ASE_00023 0.00 0.00 0.00 0 84246 9 0 9 0 127
ASE_00025 0.00 0.00 0.00 0 78605 1 0 1 0 71
ASE_00026 0.07 0.02 0.25 2 59677 6 1 5 0 108
ASE_00028 0.02 0.01 0.05 1 84646 22 5 14 3 125
ASE_00029 0.00 0.00 0.00 0 83024 4 0 4 0 122
ASE_00030 0.11 0.03 0.44 4 85482 5 0 5 0 141
ASE_00031 0.00 0.00 0.00 0 86724 12 2 10 0 126
ASE_00032 0.00 0.00 0.00 0 80196 5 0 4 1 118
ASE_00033 0.12 0.03 0.44 4 64971 5 0 5 0 117
ASE_00035 0.00 0.00 0.00 0 70496 6 0 4 2 118
ASE_00036 0.00 0.00 0.00 0 75845 10 0 10 0 132
ASE_00037 0.00 0.00 0.00 0 59335 5 0 5 0 110
ASE_00038 0.00 0.00 0.00 0 53623 5 0 5 0 101
ASE_00040 0.02 0.01 0.07 1 78989 13 0 13 0 132
ASE_00041 0.00 0.00 0.00 0 57624 6 0 6 0 108
ASE_00042 0.09 0.03 0.29 4 90086 10 0 10 0 141
ASE_00044 0.03 0.01 0.10 1 54605 9 0 9 0 104
ASE_00046 0.11 0.03 0.43 3 50396 4 0 4 0 100
ASE_00047 0.00 0.00 0.00 0 74303 2 0 2 0 130
ASE_00052 0.18 0.04 0.71 5 61418 2 0 2 0 107
ASE_00053 0.00 0.00 0.00 0 79398 3 0 3 0 133
ASE_00057 0.05 0.01 0.17 2 82203 11 0 10 1 132
ASE_00064 0.00 0.00 0.00 0 45448 3 0 3 0 89
ASE_00066 0.16 0.03 0.80 4 72385 1 0 1 0 126
ASE_00068 0.05 0.01 0.25 1 37671 3 0 3 0 84
ASE_00069 0.00 0.00 0.00 0 83022 6 1 5 0 140
ASE_00074 0.21 0.07 0.67 8 67884 4 0 4 0 111
ASE_00075 0.00 0.00 0.00 0 108804 8 0 7 1 162
ASE_00076 0.00 0.00 0.00 0 68256 9 0 9 0 118
ASE_00077 0.09 0.02 0.33 2 45144 4 1 3 0 84
ASE_00078 0.00 0.00 0.00 0 43071 0 0 0 0 83
ASE_00079 0.00 0.00 0.00 0 55606 5 0 5 0 100
ASE_00080 0.00 0.00 0.00 0 71623 9 2 6 1 123
ASE_00081 0.00 0.00 0.00 0 49768 2 0 2 0 97
ASE_00082 0.00 0.00 0.00 0 70494 6 0 6 0 116
ASE_00083 0.00 0.00 0.00 0 62477 5 0 4 1 110
ASE_00084 0.00 0.00 0.00 0 53625 4 0 3 1 99
ASE_00087 0.00 0.00 0.00 0 88406 4 0 4 0 144
ASE_00090 0.04 0.01 0.17 1 55605 5 0 5 0 100
ASE_00092 0.04 0.01 0.20 1 63541 4 0 4 0 112
ASE_00096 0.00 0.00 0.00 0 63542 4 0 4 0 115
ASE_00099 0.20 0.07 0.62 8 64607 5 0 5 0 112
ASE_00100 0.00 0.00 0.00 0 82213 2 1 1 0 76
ASE_00102 0.00 0.00 0.00 0 117845 10 0 10 0 166
ASE_00104 0.10 0.03 0.31 4 64248 9 0 9 0 115
ASE_00105 0.00 0.00 0.00 0 64254 7 0 7 0 111
ASE_00107 0.13 0.03 0.50 4 73145 4 0 4 0 123
ASE_00108 0.00 0.00 0.00 0 46969 2 2 0 0 63
ASE_00111 0.00 0.00 0.00 0 50084 2 2 0 0 57
ASE_00112 0.00 0.00 0.00 0 75461 5 1 4 0 116
ASE_00115 0.00 0.00 0.00 0 54615 0 0 0 0 101
ASE_00116 0.00 0.00 0.00 0 31626 0 0 0 0 66
ASE_00118 0.00 0.00 0.00 0 60722 6 0 4 2 102
ASE_00119 0.00 0.00 0.00 0 62834 3 0 1 2 108
ASE_00120 0.00 0.00 0.00 0 46970 1 0 1 0 94
ASE_00121 0.00 0.00 0.00 0 45150 0 0 0 0 92
ASE_00122 0.00 0.00 0.00 0 43360 6 0 5 1 88
ASE_00123 0.00 0.00 0.00 0 38499 4 0 4 0 85
ASE_00125 0.00 0.00 0.00 0 39337 3 0 3 0 88
ASE_00126 0.00 0.00 0.00 0 40468 2 0 2 0 82
ASE_00128 0.00 0.00 0.00 0 53297 4 1 3 0 100
ASE_00129 0.00 0.00 0.00 0 62821 18 1 13 4 111
ASE_00131 0.30 0.15 0.59 13 39318 15 0 9 6 72
ASE_00132 0.00 0.00 0.00 0 50401 3 0 2 1 95
ASE_00134 0.00 0.00 0.00 0 50397 6 0 6 0 95
ASE_00135 0.00 0.00 0.00 0 63187 3 0 3 0 109
ASE_00136 0.00 0.00 0.00 0 48202 4 0 3 1 92
ASE_00137 0.00 0.00 0.00 0 48512 4 0 4 0 98
ASE_00138 0.00 0.00 0.00 0 40467 3 0 3 0 81
ASE_00139 0.00 0.00 0.00 0 54280 5 0 5 0 104
ASE_00140 0.04 0.01 0.20 1 70871 4 1 3 0 124
ASE_00142 0.06 0.02 0.25 2 67153 6 0 6 0 120
ASE_00145 0.00 0.00 0.00 0 70125 0 0 0 0 111
ASE_00146 0.09 0.02 0.38 3 70868 5 0 5 0 121
ASE_00148 0.00 0.00 0.00 0 112574 1 1 0 0 154
ASE_00151 0.00 0.00 0.00 0 52000 4 1 2 1 98
ASE_00153 0.00 0.00 0.00 0 57629 1 1 0 0 73
ASE_00154 0.00 0.00 0.00 0 65341 0 0 0 0 107
ASE_00155 0.00 0.00 0.00 0 93528 0 0 0 0 142
ASE_00163 0.00 0.00 0.00 0 53297 4 1 3 0 93
ASE_00165 0.11 0.02 0.67 2 52972 1 0 1 0 99
ASE_00168 0.00 0.00 0.00 0 60725 1 1 0 0 64
ASE_00169 0.00 0.00 0.00 0 57287 4 0 4 0 107
ASE_00170 0.04 0.01 0.17 1 48822 5 0 5 0 92
ASE_00171 0.00 0.00 0.00 0 48513 4 0 3 1 94
ASE_00172 0.00 0.00 0.00 0 58988 8 0 8 0 106
ASE_00174 0.00 0.00 0.00 0 61075 0 0 0 0 109
ASE_00175 0.05 0.02 0.14 2 60017 14 0 12 2 105
ASE_00176 0.00 0.00 0.00 0 60020 11 3 8 0 110
ASE_00179 0.09 0.04 0.23 3 44240 12 1 9 2 81
ASE_00180 0.00 0.00 0.00 0 51355 5 3 2 0 100
ASE_00181 0.00 0.00 0.00 0 57627 3 0 3 0 106
ASE_00182 0.00 0.00 0.00 0 84254 1 0 1 0 136
ASE_00184 0.09 0.03 0.30 3 54605 7 0 7 0 99
ASE_00185 0.00 0.00 0.00 0 73531 5 0 5 0 128
ASE_00186 0.00 0.00 0.00 0 78994 9 1 8 0 132
ASE_00187 0.00 0.00 0.00 0 68630 5 3 2 0 115
ASE_00189 0.00 0.00 0.00 0 63180 13 1 9 3 102
ASE_00190 0.00 0.00 0.00 0 45437 15 3 11 1 90
ASE_00192 0.00 0.00 0.00 0 84653 14 3 10 1 133
ASE_00194 0.00 0.00 0.00 0 73523 15 0 13 2 119
ASE_00196 0.00 0.00 0.00 0 31626 0 0 0 0 75
ASE_00197 0.03 0.01 0.13 1 89245 7 0 7 0 144
ASE_00198 0.15 0.04 0.57 4 52643 3 0 3 0 98
ASE_00203 0.00 0.00 0.00 0 46663 2 0 2 0 96
ASE_00204 0.06 0.03 0.13 3 67873 20 6 14 0 109
ASE_00205 0.00 0.00 0.00 0 46056 0 0 0 0 90
ASE_00209 0.00 0.00 0.00 0 43071 0 0 0 0 88
ASE_00210 0.00 0.00 0.00 0 27261 0 0 0 0 65
ASE_00212 0.00 0.00 0.00 0 93956 5 0 5 0 148
ASE_00213 0.00 0.00 0.00 0 27261 0 0 0 0 66
ASE_00214 0.00 0.00 0.00 0 56271 9 0 9 0 103
ASE_00215 0.00 0.00 0.00 0 48513 3 0 3 0 99
ASE_00216 0.00 0.00 0.00 0 39338 2 0 2 0 82
ASE_00217 0.16 0.04 0.57 4 40463 3 0 3 0 86
ASE_00221 0.00 0.00 0.00 0 64617 3 0 3 0 117
ASE_00222 0.00 0.00 0.00 0 112101 0 0 0 0 157
ASE_00227 0.00 0.00 0.00 0 78993 10 3 7 0 133
ASE_00228 0.00 0.00 0.00 0 46967 4 0 4 0 86
ASE_00229 0.00 0.00 0.00 0 42482 4 1 3 0 87
ASE_00231 0.07 0.02 0.22 2 47886 8 2 5 1 94
ASE_00232 0.09 0.02 0.33 2 38497 4 0 4 0 82
ASE_00234 0.00 0.00 0.00 0 75463 3 1 2 0 129
ASE_00237 0.00 0.00 0.00 0 45751 2 0 2 0 56
ASE_00238 0.07 0.01 0.50 1 64259 1 0 1 0 113
ASE_00240 0.00 0.00 0.00 0 46660 5 0 5 0 93
ASE_00241 0.00 0.00 0.00 0 43954 2 0 2 0 87
ASE_00242 0.12 0.04 0.40 4 61065 6 0 6 0 108
ASE_00246 0.00 0.00 0.00 0 48202 3 0 3 0 67
ASE_00247 0.00 0.00 0.00 0 54284 1 1 0 0 64
ASE_00248 0.11 0.03 0.43 3 62474 4 0 4 0 111
ASE_00250 0.08 0.02 0.30 3 78993 7 0 7 0 128
ASE_00252 0.00 0.00 0.00 0 115437 4 0 3 1 168
ASE_00254 0.00 0.00 0.00 0 36850 6 1 5 0 82
ASE_00255 0.12 0.03 0.50 4 74683 4 0 4 0 126
ASE_00257 0.00 0.00 0.00 0 51035 5 0 5 0 97
ASE_00259 0.11 0.02 0.50 3 73147 3 0 3 0 118
ASE_00263 0.00 0.00 0.00 0 70490 10 0 10 0 120
ASE_00264 0.12 0.02 0.67 2 49138 3 0 1 2 98
ASE_00267 0.00 0.00 0.00 0 45145 6 0 5 1 88
ASE_00270 0.00 0.00 0.00 0 72388 3 0 2 1 128
ASE_00274 0.00 0.00 0.00 0 55608 3 0 3 0 103
ASE_00277 0.00 0.00 0.00 0 48203 2 0 2 0 91
ASE_00279 0.00 0.00 0.00 0 53299 2 0 2 0 101
ASE_00280 0.00 0.00 0.00 0 52001 2 0 2 0 98
ASE_00281 0.00 0.00 0.00 0 44548 3 0 3 0 88
ASE_00282 0.00 0.00 0.00 0 77811 4 0 4 0 127
ASE_00283 0.00 0.00 0.00 0 61769 7 0 7 0 107
ASE_00284 0.00 0.00 0.00 0 58309 2 1 1 0 108
ASE_00285 0.00 0.00 0.00 0 69000 6 0 6 0 122
ASE_00286 0.00 0.00 0.00 0 46659 6 0 6 0 92
ASE_00287 0.00 0.00 0.00 0 54939 7 0 7 0 103
ASE_00288 0.10 0.02 0.50 2 46052 2 0 2 0 91
ASE_00289 0.05 0.01 0.18 2 101014 10 1 8 1 155
ASE_00292 0.15 0.04 0.50 6 81798 6 0 6 0 132
ASE_00294 0.08 0.02 0.31 4 114468 9 0 9 0 167
ASE_00295 0.00 0.00 0.00 0 73909 11 0 11 0 131
ASE_00296 0.09 0.03 0.29 4 91792 10 1 9 0 141
ASE_00297 0.00 0.00 0.00 0 52972 3 0 3 0 98
ASE_00298 0.00 0.00 0.00 0 67525 3 1 2 0 113
ASE_00299 0.00 0.00 0.00 0 49451 5 0 4 1 100
ASE_00313 0.00 0.00 0.00 0 62479 4 0 2 2 89
ASE_00316 0.00 0.00 0.00 0 107880 0 0 0 0 98
ASE_00318 0.00 0.00 0.00 0 80184 21 0 16 5 118
ASE_00327 0.00 0.00 0.00 0 57285 6 1 5 0 89
ASE_00328 0.00 0.00 0.00 0 72760 15 0 11 4 112
ASE_00330 0.00 0.00 0.00 0 56277 3 0 3 0 90
ASE_00332 0.15 0.04 0.50 6 81798 6 0 6 0 132
ASE_00335 0.00 0.00 0.00 0 75451 19 1 14 4 116
ASE_00337 0.00 0.00 0.00 0 39340 2 0 0 2 71
ASE_00338 0.00 0.00 0.00 0 66427 3 0 3 0 98
ASE_00339 0.00 0.00 0.00 0 80192 8 0 8 0 119
ASE_00340 0.04 0.01 0.14 1 46049 6 0 6 0 84
ASE_00342 0.09 0.03 0.30 3 62471 7 0 7 0 112
ASE_00343 0.00 0.00 0.00 0 83429 8 1 6 1 113
ASE_00346 0.00 0.00 0.00 0 48205 0 0 0 0 97
ASE_00353 0.00 0.00 0.00 0 57968 2 0 2 0 107
ASE_00359 0.00 0.00 0.00 0 42778 0 0 0 0 80
ASE_00360 0.00 0.00 0.00 0 29403 0 0 0 0 65
ASE_00361 0.00 0.00 0.00 0 75463 3 0 3 0 127
ASE_00362 0.00 0.00 0.00 0 48200 5 0 5 0 91
ASE_00363 0.00 0.00 0.00 0 51354 6 0 6 0 94
ASE_00364 0.11 0.02 0.67 2 54282 1 0 1 0 103
ASE_00366 0.00 0.00 0.00 0 58652 1 0 1 0 98
ASE_00367 0.00 0.00 0.00 0 43067 5 0 4 1 86
ASE_00369 0.00 0.00 0.00 0 55939 6 1 5 0 107
ASE_00370 0.10 0.02 0.40 2 41900 3 0 3 0 82
ASE_00372 0.00 0.00 0.00 0 51997 6 0 6 0 100
ASE_00374 0.00 0.00 0.00 0 44843 7 0 7 0 88
ASE_00375 0.00 0.00 0.00 0 60373 5 0 5 0 110
ASE_00376 0.04 0.01 0.17 1 56947 5 0 5 0 104
ASE_00377 0.00 0.00 0.00 0 57628 2 0 2 0 107
ASE_00379 0.00 0.00 0.00 0 46050 7 0 6 1 89
ASE_00380 0.00 0.00 0.00 0 54942 4 2 2 0 99
ASE_00382 0.06 0.01 0.33 1 41902 3 0 2 1 83
ASE_00383 0.06 0.01 0.33 1 54612 2 0 2 0 104
ASE_00384 0.05 0.01 0.20 1 48511 4 0 4 0 91
ASE_00385 0.00 0.00 0.00 0 41902 3 0 3 0 81
ASE_00386 0.10 0.03 0.33 3 50394 7 0 6 1 93
ASE_00387 0.00 0.00 0.00 0 55940 5 0 5 0 104
ASE_00388 0.00 0.00 0.00 0 45749 5 0 4 1 89
ASE_00390 0.00 0.00 0.00 0 42192 4 0 3 1 85
ASE_00393 0.00 0.00 0.00 0 47891 4 0 4 0 93
ASE_00394 0.03 0.01 0.07 1 46956 15 0 14 1 92
ASE_00395 0.00 0.00 0.00 0 41612 6 0 4 2 84
ASE_00396 0.15 0.04 0.60 3 41611 2 0 2 0 80
ASE_00397 0.04 0.01 0.17 1 54609 5 1 4 0 104
ASE_00398 0.00 0.00 0.00 0 55934 11 0 11 0 104
ASE_00400 0.08 0.02 0.33 2 57964 4 3 1 0 104
ASE_00401 0.00 0.00 0.00 0 77015 13 0 13 0 126
ASE_00402 0.05 0.01 0.25 1 42482 3 0 3 0 84
ASE_00403 0.00 0.00 0.00 0 55941 4 0 4 0 107
ASE_00404 0.00 0.00 0.00 0 43065 9 0 6 3 85
ASE_00406 0.00 0.00 0.00 0 48823 6 0 5 1 94
ASE_00411 0.11 0.02 0.50 2 49451 2 0 2 0 87
ASE_00412 0.04 0.01 0.17 1 58305 5 1 4 0 104
ASE_00413 0.00 0.00 0.00 0 44546 5 0 5 0 81
ASE_00414 0.00 0.00 0.00 0 46359 1 0 1 0 95
ASE_00415 0.00 0.00 0.00 0 54941 5 1 4 0 103
ASE_00416 0.00 0.00 0.00 0 77412 9 0 9 0 127
ASE_00417 0.00 0.00 0.00 0 54615 0 0 0 0 100
ASE_00418 0.00 0.00 0.00 0 38781 0 0 0 0 75
ASE_00419 0.10 0.03 0.33 3 54937 6 0 6 0 100
ASE_00422 0.05 0.02 0.12 2 46954 19 1 14 4 92
ASE_00423 0.14 0.04 0.50 4 56945 4 0 4 0 105
ASE_00426 0.11 0.04 0.31 4 61062 9 0 9 0 104
ASE_00428 0.00 0.00 0.00 0 76629 8 0 7 1 125
ASE_00430 0.07 0.02 0.25 2 46963 6 0 6 0 95
ASE_00431 0.00 0.00 0.00 0 46358 2 0 2 0 95
ASE_00434 0.04 0.02 0.11 2 68246 20 1 16 3 108
ASE_00437 0.00 0.00 0.00 0 79395 7 0 6 1 135
ASE_00438 0.02 0.01 0.07 1 66052 13 2 11 0 115
ASE_00441 0.00 0.00 0.00 0 64258 3 0 3 0 112
ASE_00447 0.15 0.03 0.67 4 60372 2 0 2 0 112
ASE_00448 0.04 0.01 0.14 1 64254 6 1 5 0 111
ASE_00451 0.11 0.03 0.36 4 70865 7 0 7 0 121
CRW_00013 0.00 0.00 0.00 0 103737 3 0 3 0 115
CRW_00016 0.00 0.00 0.00 0 77418 3 0 3 0 120
CRW_00610 0.00 0.00 0.00 0 36310 5 0 5 0 81
CRW_00613 0.00 0.00 0.00 0 34979 1 0 1 0 78
CRW_00614 0.00 0.00 0.00 0 121764 17 0 7 10 57
CRW_00618 0.00 0.00 0.00 0 56279 1 0 1 0 61
CRW_00619 0.00 0.00 0.00 0 165014 28 5 6 17 73
CRW_00620 0.00 0.00 0.00 0 150964 27 4 7 16 63
CRW_00621 0.00 0.00 0.00 0 153172 32 5 4 23 71
CRW_00623 0.00 0.00 0.00 0 129777 25 6 12 7 83
CRW_00633 0.00 0.00 0.00 0 63541 5 0 5 0 106
CRW_00634 0.00 0.00 0.00 0 64620 1 0 0 1 94
CRW_00670 0.00 0.00 0.00 0 70124 4 0 1 3 120
CRW_00671 0.00 0.00 0.00 0 62835 0 0 0 0 117
CRW_00672 0.00 0.00 0.00 0 72386 7 0 4 3 111
CRW_00674 0.00 0.00 0.00 0 83436 1 0 0 1 124
CRW_00676 0.00 0.00 0.00 0 93527 2 0 1 1 115
CRW_00692 0.00 0.00 0.00 0 68635 3 0 0 3 90
PDB_00827 0.00 0.00 0.00 0 27026 2 0 2 0 81
PDB_00919 0.00 0.00 0.00 0 44249 5 0 4 1 103
RFA_00597 0.00 0.00 0.00 0 97889 17 4 10 3 109
RFA_00598 0.00 0.00 0.00 0 84655 11 0 11 0 101
RFA_00599 0.43 0.25 0.74 28 101437 25 0 10 15 83
RFA_00600 0.00 0.00 0.00 0 120278 17 1 16 0 100
RFA_00601 0.57 0.38 0.86 43 99185 16 1 6 9 71
RFA_00602 0.09 0.02 0.50 2 101471 3 1 1 1 114
TMR_00173 0.30 0.17 0.54 7 42182 6 2 4 0 35
TMR_00357 0.25 0.09 0.73 8 83017 3 0 3 0 84
TMR_00601 0.30 0.19 0.47 8 58979 9 2 7 0 34
TMR_00696 0.24 0.07 0.80 8 85068 2 0 2 0 106

^top


Matthews Correlation Coeffient, Sensitivity and Positive Predictive Value have been calculated based on the paper by Gardener & Giegerich, 2004.