CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
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Table of contents:

  1. Overview

  2. Performance Plots

  3. Performance of CentroidFold - scored higher in this pairwise comparison

  4. Performance of RSpredict(seed) - scored lower in this pairwise comparison

  5. Compile and download dataset for CentroidFold & RSpredict(seed) [.zip] - may take several seconds...


Overview

Metric CentroidFold RSpredict(seed)
MCC 0.621 > 0.045
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.613 ± 0.018 > 0.033 ± 0.008
Sensitivity 0.553 > 0.011
Positive Predictive Value 0.698 > 0.189
Total TP 16147 > 323
Total TN 17626931 < 17648345
Total FP 8581 > 1595
Total FP CONTRA 971 > 115
Total FP INCONS 6009 > 1275
Total FP COMP 1601 > 205
Total FN 13035 < 28859
P-value 3.56938820447e-08

^top




Performance plots


  1. Comparison of performance of CentroidFold and RSpredict(seed). Positive Predictive Value (PPV) is plotted against sensitivity. Each dot represents a single test of each method. See tables below for raw data (individual counts for CentroidFold and RSpredict(seed)).

  2. Average Matthews Correlation Coefficients (MCC) with 95% confidence intervals (CIs) were plotted for different RNA families, for which at least 3 members were present in the benchmarking dataset. 'n' denotes the number of MCCs used to calculate the average and CI. See tables below for raw data (individual counts for CentroidFold and RSpredict(seed)).

  3. Comparison of average Matthews Correlation Coefficients (MCCs) for CentroidFold and RSpredict(seed). The whiskers correspond to 95% confidence intervals (CIs). 'n' denotes the number of MCCs used to calculate average MCCs and CIs. See tables below for raw data (individual counts for CentroidFold and RSpredict(seed)).

^top





Performance of CentroidFold - scored higher in this pairwise comparison

1. Total counts & total scores for CentroidFold

Total Base Pair Counts
Total TP 16147
Total TN 17626931
Total FP 8581
Total FP CONTRA 971
Total FP INCONS 6009
Total FP COMP 1601
Total FN 13035
Total Scores
MCC 0.621
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.613 ± 0.018
Sensitivity 0.553
Positive Predictive Value 0.698
Nr of predictions 280

^top



2. Individual counts for CentroidFold [ download as .csv ]

RNA Chain Rfam family MCC SENS PPV TP TN FP FP CONTRA FP INCONS FP COMP FN
ASE_00001 0.80 0.76 0.84 57 34123 16 2 9 5 18
ASE_00002 0.59 0.55 0.63 40 35448 26 2 21 3 33
ASE_00004 0.68 0.63 0.73 61 47812 22 9 13 0 36
ASE_00005 0.66 0.54 0.81 63 57892 15 0 15 0 54
ASE_00006 0.52 0.48 0.56 45 47505 39 6 30 3 48
ASE_00007 0.57 0.46 0.70 51 59612 25 0 22 3 59
ASE_00009 0.69 0.64 0.74 43 26048 16 0 15 1 24
ASE_00012 0.54 0.44 0.68 54 73840 32 1 25 6 69
ASE_00014 0.56 0.53 0.60 56 54192 40 6 31 3 50
ASE_00017 0.13 0.14 0.13 9 50969 77 15 47 15 55
ASE_00018 0.65 0.58 0.74 78 80495 29 0 28 1 56
ASE_00020 0.68 0.60 0.78 75 73824 22 1 20 1 51
ASE_00021 0.70 0.60 0.81 96 104077 29 2 21 6 64
ASE_00022 0.32 0.27 0.38 34 82939 60 0 55 5 90
ASE_00023 0.71 0.65 0.78 82 84150 27 2 21 4 45
ASE_00025 0.38 0.38 0.38 27 78534 96 8 37 51 44
ASE_00026 0.57 0.47 0.69 52 59610 28 2 21 5 58
ASE_00028 0.70 0.65 0.76 82 84558 34 4 22 8 44
ASE_00029 0.68 0.60 0.78 73 82935 21 3 17 1 49
ASE_00030 0.74 0.66 0.82 96 85374 21 3 18 0 49
ASE_00031 0.58 0.52 0.65 65 86636 40 2 33 5 61
ASE_00032 0.51 0.43 0.61 51 80116 35 3 30 2 67
ASE_00033 0.60 0.45 0.79 55 64910 17 0 15 2 66
ASE_00035 0.40 0.32 0.50 38 70424 41 2 36 3 80
ASE_00036 0.62 0.55 0.71 72 75754 31 6 23 2 60
ASE_00037 0.48 0.35 0.67 38 59283 19 0 19 0 72
ASE_00038 0.55 0.47 0.65 47 53556 27 4 21 2 54
ASE_00040 0.15 0.14 0.17 18 78895 94 5 85 4 115
ASE_00041 0.67 0.53 0.86 57 57564 12 0 9 3 51
ASE_00042 0.59 0.53 0.66 77 89983 43 1 39 3 68
ASE_00044 0.69 0.67 0.72 70 54518 32 3 24 5 35
ASE_00046 0.64 0.46 0.89 47 50350 8 1 5 2 56
ASE_00047 0.58 0.49 0.70 64 74213 29 1 27 1 66
ASE_00052 0.68 0.55 0.83 62 61350 16 0 13 3 50
ASE_00053 0.69 0.62 0.77 82 79294 28 7 18 3 51
ASE_00057 0.70 0.64 0.75 86 82101 32 8 20 4 48
ASE_00064 0.66 0.57 0.77 51 45385 25 1 14 10 38
ASE_00066 0.65 0.56 0.74 73 72292 25 1 24 0 57
ASE_00068 0.68 0.53 0.87 45 37623 7 0 7 0 40
ASE_00069 0.64 0.57 0.71 80 82915 35 4 29 2 60
ASE_00074 0.51 0.49 0.54 58 67789 51 4 45 2 61
ASE_00075 0.76 0.67 0.86 109 108684 24 2 16 6 53
ASE_00076 0.50 0.42 0.58 50 68179 38 3 33 2 68
ASE_00077 0.48 0.34 0.69 29 45108 14 3 10 1 57
ASE_00078 0.72 0.59 0.88 49 43015 11 0 7 4 34
ASE_00079 0.55 0.49 0.63 49 55533 30 2 27 1 51
ASE_00080 0.61 0.50 0.74 61 71549 25 1 20 4 62
ASE_00081 0.63 0.58 0.68 56 49688 27 5 21 1 41
ASE_00082 0.79 0.69 0.91 80 70412 18 1 7 10 36
ASE_00083 0.74 0.64 0.85 70 62399 17 0 12 5 40
ASE_00084 0.76 0.66 0.88 65 53554 11 2 7 2 34
ASE_00087 0.76 0.70 0.82 101 88287 23 2 20 1 43
ASE_00090 0.62 0.59 0.64 60 55517 39 4 30 5 41
ASE_00092 0.83 0.74 0.92 84 63455 10 1 6 3 29
ASE_00096 0.72 0.59 0.88 68 63469 11 0 9 2 47
ASE_00099 0.51 0.47 0.55 56 64519 45 5 40 0 64
ASE_00100 0.25 0.25 0.24 19 82137 103 12 47 44 57
ASE_00102 0.50 0.40 0.63 67 117748 43 5 35 3 99
ASE_00104 0.75 0.68 0.84 81 64164 17 2 14 1 38
ASE_00105 0.56 0.48 0.65 53 64180 31 4 24 3 58
ASE_00107 0.77 0.69 0.86 87 73052 15 1 13 1 40
ASE_00108 0.53 0.51 0.56 32 46914 52 6 19 27 31
ASE_00111 0.21 0.21 0.21 12 50028 60 14 32 14 45
ASE_00112 0.82 0.71 0.94 82 75379 12 0 5 7 34
ASE_00115 0.72 0.68 0.75 69 54523 31 4 19 8 32
ASE_00116 0.42 0.32 0.55 21 31588 20 0 17 3 45
ASE_00118 0.66 0.59 0.75 60 60646 21 2 18 1 42
ASE_00119 0.75 0.72 0.77 78 62734 26 2 21 3 30
ASE_00120 0.66 0.55 0.79 52 46905 14 3 11 0 42
ASE_00121 0.29 0.26 0.32 24 45074 53 5 47 1 68
ASE_00122 0.75 0.65 0.88 57 43300 8 0 8 0 31
ASE_00123 0.58 0.52 0.65 44 38435 28 1 23 4 41
ASE_00125 0.78 0.66 0.94 58 39278 7 1 3 3 30
ASE_00126 0.61 0.56 0.66 46 40400 31 3 21 7 36
ASE_00128 0.72 0.60 0.87 60 53232 12 1 8 3 40
ASE_00129 0.72 0.64 0.82 71 62748 19 0 16 3 40
ASE_00131 0.76 0.64 0.90 54 39280 12 1 5 6 31
ASE_00132 0.56 0.45 0.69 43 50341 20 2 17 1 52
ASE_00134 0.46 0.38 0.56 36 50339 28 2 26 0 59
ASE_00135 0.60 0.51 0.70 56 63110 31 1 23 7 53
ASE_00136 0.61 0.53 0.70 49 48135 30 1 20 9 43
ASE_00137 0.80 0.74 0.86 73 48431 13 3 9 1 25
ASE_00138 0.62 0.49 0.77 40 40418 13 4 8 1 41
ASE_00139 0.62 0.49 0.80 51 54221 16 0 13 3 53
ASE_00140 0.73 0.62 0.86 77 70786 14 3 10 1 48
ASE_00142 0.62 0.57 0.68 70 67058 37 4 29 4 52
ASE_00145 0.58 0.56 0.61 62 70023 44 5 35 4 49
ASE_00146 0.56 0.48 0.66 59 70786 32 6 25 1 65
ASE_00148 0.81 0.74 0.88 114 112445 19 4 12 3 40
ASE_00151 0.46 0.44 0.49 43 51916 44 10 34 0 55
ASE_00153 0.46 0.42 0.51 31 57569 56 5 25 26 42
ASE_00154 0.73 0.67 0.78 72 65249 25 2 18 5 35
ASE_00155 0.58 0.54 0.62 77 93403 51 6 42 3 65
ASE_00163 0.34 0.31 0.36 29 53221 60 4 47 9 64
ASE_00165 0.78 0.69 0.88 70 52895 11 1 9 1 31
ASE_00168 0.32 0.36 0.28 23 60645 74 16 42 16 41
ASE_00169 0.57 0.50 0.66 53 57211 29 0 27 2 54
ASE_00170 0.69 0.61 0.78 57 48755 16 3 13 0 36
ASE_00171 0.74 0.68 0.80 64 48436 16 3 13 0 30
ASE_00172 0.80 0.72 0.89 76 58911 10 2 7 1 30
ASE_00174 0.62 0.55 0.71 60 60990 26 6 19 1 49
ASE_00175 0.37 0.34 0.40 36 59942 55 1 52 2 71
ASE_00176 0.58 0.51 0.66 56 59946 32 4 25 3 54
ASE_00179 0.68 0.60 0.78 50 44189 15 3 11 1 34
ASE_00180 0.75 0.62 0.91 62 51292 11 0 6 5 38
ASE_00181 0.50 0.46 0.55 49 57541 41 2 38 1 57
ASE_00182 0.70 0.63 0.77 86 84144 25 1 24 0 50
ASE_00184 0.79 0.76 0.81 78 54519 20 3 15 2 24
ASE_00185 0.72 0.64 0.82 82 73436 21 1 17 3 46
ASE_00186 0.73 0.65 0.81 86 78897 28 2 18 8 46
ASE_00187 0.44 0.37 0.53 42 68556 39 1 36 2 73
ASE_00189 0.65 0.51 0.83 52 63127 14 0 11 3 50
ASE_00190 0.69 0.52 0.92 47 45400 8 0 4 4 43
ASE_00192 0.65 0.58 0.73 77 84560 35 3 26 6 56
ASE_00194 0.51 0.43 0.61 51 73453 36 1 31 4 68
ASE_00196 0.76 0.76 0.76 57 31551 21 2 16 3 18
ASE_00197 0.65 0.58 0.73 84 89138 37 2 29 6 61
ASE_00198 0.70 0.63 0.77 64 52567 20 4 15 1 38
ASE_00203 0.77 0.71 0.83 68 46583 18 4 10 4 28
ASE_00204 0.59 0.52 0.67 58 67809 33 3 26 4 54
ASE_00205 0.48 0.46 0.50 41 45974 44 7 34 3 49
ASE_00209 0.58 0.50 0.67 44 43005 22 2 20 0 44
ASE_00210 0.65 0.65 0.65 42 27196 23 7 16 0 23
ASE_00212 0.71 0.63 0.79 93 93844 29 2 22 5 55
ASE_00213 0.69 0.62 0.76 41 27207 13 4 9 0 25
ASE_00214 0.80 0.76 0.84 78 56187 20 3 12 5 25
ASE_00215 0.56 0.49 0.63 49 48438 30 2 27 1 50
ASE_00216 0.59 0.57 0.62 47 39264 29 7 22 0 35
ASE_00217 0.45 0.38 0.55 34 40408 29 2 26 1 56
ASE_00221 0.70 0.57 0.86 67 64542 14 0 11 3 50
ASE_00222 0.74 0.70 0.79 110 111961 31 5 25 1 47
ASE_00227 0.32 0.28 0.36 37 78900 66 6 60 0 96
ASE_00228 0.72 0.65 0.80 56 46901 16 7 7 2 30
ASE_00229 0.77 0.67 0.89 58 42421 7 1 6 0 29
ASE_00231 0.80 0.72 0.90 69 47818 9 1 7 1 27
ASE_00232 0.67 0.64 0.70 54 38426 23 10 13 0 30
ASE_00234 0.57 0.47 0.69 61 75378 30 1 26 3 68
ASE_00237 0.09 0.09 0.09 5 45698 62 11 39 12 51
ASE_00238 0.64 0.53 0.77 60 64183 19 0 18 1 54
ASE_00240 0.42 0.39 0.46 36 46587 43 1 41 1 57
ASE_00241 0.76 0.63 0.92 55 43896 6 0 5 1 32
ASE_00242 0.74 0.66 0.82 74 60985 19 4 12 3 38
ASE_00246 0.39 0.37 0.42 25 48145 45 8 27 10 42
ASE_00247 0.19 0.19 0.20 12 54225 67 14 34 19 52
ASE_00248 0.67 0.56 0.80 64 62401 17 1 15 1 50
ASE_00250 0.69 0.55 0.87 72 78920 14 0 11 3 59
ASE_00252 0.79 0.69 0.90 116 115311 19 2 11 6 52
ASE_00254 0.80 0.73 0.87 60 36787 15 4 5 6 22
ASE_00255 0.66 0.59 0.73 77 74586 29 3 25 1 53
ASE_00257 0.80 0.73 0.88 71 50959 12 0 10 2 26
ASE_00259 0.47 0.39 0.58 47 73072 36 5 29 2 74
ASE_00263 0.56 0.54 0.59 65 70389 46 3 43 0 55
ASE_00264 0.52 0.49 0.56 49 49054 44 3 35 6 51
ASE_00267 0.59 0.50 0.70 44 45087 23 1 18 4 44
ASE_00270 0.72 0.67 0.77 86 72278 27 3 23 1 42
ASE_00274 0.49 0.42 0.57 43 55535 33 3 30 0 60
ASE_00277 0.60 0.56 0.65 51 48126 28 5 23 0 40
ASE_00279 0.55 0.50 0.61 50 53219 32 3 29 0 51
ASE_00280 0.65 0.55 0.77 54 51933 18 2 14 2 44
ASE_00281 0.72 0.63 0.82 55 44484 18 1 11 6 33
ASE_00282 0.50 0.46 0.55 58 77710 47 8 39 0 69
ASE_00283 0.69 0.63 0.76 67 61688 22 4 17 1 40
ASE_00284 0.65 0.59 0.72 64 58222 27 5 20 2 44
ASE_00285 0.82 0.75 0.88 92 68902 17 3 9 5 30
ASE_00286 0.73 0.64 0.83 59 46594 16 1 11 4 33
ASE_00287 0.68 0.60 0.77 62 54865 20 1 18 1 41
ASE_00288 0.72 0.55 0.94 51 46002 4 0 3 1 42
ASE_00289 0.83 0.73 0.94 115 100903 11 1 6 4 42
ASE_00292 0.60 0.52 0.69 72 81706 34 1 31 2 66
ASE_00294 0.72 0.65 0.81 111 114344 28 1 25 2 60
ASE_00295 0.68 0.58 0.81 76 73826 18 1 17 0 55
ASE_00296 0.58 0.52 0.63 76 91686 45 4 40 1 69
ASE_00297 0.72 0.67 0.78 66 52890 20 3 16 1 32
ASE_00298 0.30 0.27 0.33 31 67435 65 7 55 3 82
ASE_00299 0.54 0.51 0.57 51 49366 40 3 35 2 49
ASE_00313 0.55 0.56 0.54 50 62389 59 9 33 17 39
ASE_00316 0.68 0.63 0.74 62 107796 65 3 19 43 36
ASE_00318 0.58 0.51 0.67 60 80111 33 9 20 4 58
ASE_00327 0.82 0.80 0.85 71 57207 24 3 10 11 18
ASE_00328 0.74 0.61 0.89 68 72695 13 1 7 5 44
ASE_00330 0.79 0.78 0.80 70 56192 38 1 17 20 20
ASE_00332 0.55 0.52 0.59 72 81687 53 2 49 2 66
ASE_00335 0.63 0.54 0.72 63 75379 29 2 22 5 53
ASE_00337 0.54 0.52 0.55 37 39273 44 5 25 14 34
ASE_00338 0.70 0.63 0.77 62 66349 36 3 16 17 36
ASE_00339 0.75 0.66 0.84 79 80106 24 0 15 9 40
ASE_00340 0.47 0.44 0.51 37 45984 39 4 31 4 48
ASE_00342 0.72 0.64 0.80 74 62388 20 1 18 1 41
ASE_00343 0.71 0.65 0.78 73 83342 32 1 20 11 40
ASE_00346 0.36 0.34 0.38 33 48119 56 3 50 3 64
ASE_00353 0.79 0.72 0.87 77 57881 14 1 11 2 30
ASE_00359 0.50 0.45 0.55 36 42713 32 3 26 3 44
ASE_00360 0.33 0.31 0.36 20 29347 37 8 28 1 45
ASE_00361 0.56 0.50 0.63 63 75366 40 4 33 3 64
ASE_00362 0.63 0.58 0.68 53 48127 27 1 24 2 38
ASE_00363 0.75 0.63 0.89 59 51294 13 1 6 6 35
ASE_00364 0.74 0.65 0.84 68 54204 17 0 13 4 37
ASE_00366 0.45 0.40 0.51 39 58577 37 5 32 0 59
ASE_00367 0.49 0.47 0.51 40 42993 43 6 32 5 46
ASE_00369 0.72 0.63 0.84 67 55865 13 1 12 0 40
ASE_00370 0.70 0.67 0.74 56 41829 22 2 18 2 28
ASE_00372 0.69 0.64 0.74 64 51917 28 4 18 6 36
ASE_00374 0.75 0.72 0.79 63 44770 17 2 15 0 25
ASE_00375 0.86 0.74 1.00 81 60297 3 0 0 3 29
ASE_00376 0.67 0.61 0.74 64 56866 25 4 19 2 41
ASE_00377 0.77 0.70 0.85 75 57542 19 3 10 6 32
ASE_00379 0.62 0.56 0.68 50 45982 30 3 21 6 39
ASE_00380 0.66 0.57 0.77 56 54873 21 3 14 4 43
ASE_00382 0.59 0.54 0.65 45 41836 27 5 19 3 39
ASE_00383 0.76 0.70 0.84 73 54528 17 1 13 3 32
ASE_00384 0.78 0.73 0.83 67 48435 18 1 13 4 25
ASE_00385 0.64 0.57 0.73 46 41842 18 8 9 1 35
ASE_00386 0.69 0.66 0.73 63 50317 29 1 22 6 33
ASE_00387 0.70 0.63 0.78 66 55860 20 1 18 1 38
ASE_00388 0.70 0.61 0.82 54 45687 13 0 12 1 35
ASE_00390 0.58 0.55 0.60 47 42117 32 7 24 1 38
ASE_00393 0.73 0.66 0.82 61 47821 19 1 12 6 32
ASE_00394 0.83 0.80 0.86 74 46885 14 3 9 2 19
ASE_00395 0.72 0.67 0.78 56 41544 18 1 15 2 28
ASE_00396 0.58 0.54 0.62 45 41543 29 2 26 1 38
ASE_00397 0.75 0.70 0.80 73 54524 19 3 15 1 32
ASE_00398 0.66 0.59 0.73 61 55862 25 1 21 3 43
ASE_00400 0.68 0.58 0.78 62 57891 18 1 16 1 44
ASE_00401 0.65 0.60 0.70 76 76920 33 4 28 1 50
ASE_00402 0.72 0.62 0.84 53 42423 11 1 9 1 32
ASE_00403 0.47 0.37 0.59 40 55877 31 0 28 3 67
ASE_00404 0.62 0.52 0.75 44 43012 16 1 14 1 41
ASE_00406 0.76 0.72 0.79 68 48742 21 5 13 3 26
ASE_00411 0.55 0.46 0.65 41 49392 24 5 17 2 48
ASE_00412 0.66 0.56 0.79 59 58236 19 1 15 3 46
ASE_00413 0.56 0.48 0.66 39 44492 21 4 16 1 42
ASE_00414 0.49 0.45 0.53 43 46279 45 1 37 7 52
ASE_00415 0.56 0.49 0.66 50 54870 31 2 24 5 53
ASE_00416 0.62 0.56 0.68 71 77317 38 4 29 5 56
ASE_00417 0.52 0.47 0.57 47 54532 39 1 35 3 53
ASE_00418 0.07 0.07 0.08 5 38722 56 1 53 2 70
ASE_00419 0.80 0.75 0.87 77 54857 13 8 4 1 26
ASE_00422 0.69 0.66 0.73 62 46886 28 5 18 5 32
ASE_00423 0.65 0.61 0.71 66 56860 29 5 22 2 43
ASE_00426 0.60 0.53 0.68 57 60991 28 2 25 1 51
ASE_00428 0.70 0.62 0.79 77 76539 23 2 18 3 48
ASE_00430 0.72 0.67 0.76 65 46886 27 4 16 7 32
ASE_00431 0.57 0.46 0.70 44 46297 30 0 19 11 51
ASE_00434 0.68 0.59 0.79 65 68183 25 2 15 8 45
ASE_00437 0.50 0.40 0.64 54 79316 32 1 30 1 81
ASE_00438 0.62 0.53 0.71 62 65979 25 1 24 0 54
ASE_00441 0.84 0.74 0.94 83 64173 9 0 5 4 29
ASE_00447 0.74 0.68 0.81 79 60280 24 0 19 5 37
ASE_00448 0.46 0.37 0.57 41 64189 36 6 25 5 71
ASE_00451 0.75 0.69 0.82 86 70771 20 1 18 1 39
CRW_00013 0.45 0.32 0.63 37 103681 42 7 15 20 78
CRW_00016 0.74 0.66 0.84 79 77327 27 0 15 12 41
CRW_00610 0.57 0.52 0.63 42 36248 26 7 18 1 39
CRW_00613 0.78 0.72 0.85 56 34914 17 1 9 7 22
CRW_00614 0.23 0.23 0.24 13 121716 103 6 36 61 44
CRW_00618 0.23 0.21 0.24 13 56226 58 6 35 17 48
CRW_00619 0.51 0.40 0.64 29 164980 90 3 13 74 44
CRW_00620 0.21 0.22 0.21 14 150907 85 15 39 31 49
CRW_00621 0.38 0.34 0.43 24 153125 120 5 27 88 47
CRW_00623 0.27 0.18 0.41 15 129758 64 3 19 42 68
CRW_00633 0.65 0.56 0.77 59 63469 20 2 16 2 47
CRW_00634 0.53 0.47 0.59 44 64546 31 11 19 1 50
CRW_00670 0.77 0.63 0.93 76 70043 6 0 6 0 44
CRW_00671 0.71 0.64 0.78 75 62739 23 1 20 2 42
CRW_00672 0.58 0.49 0.70 54 72313 26 7 16 3 57
CRW_00674 0.71 0.63 0.80 78 83339 24 5 14 5 46
CRW_00676 0.47 0.46 0.48 53 93418 61 14 43 4 62
CRW_00692 0.49 0.44 0.53 40 68560 36 15 20 1 50
PDB_00827 0.71 0.54 0.94 44 26981 5 0 3 2 37
PDB_00919 0.56 0.50 0.62 52 44169 36 4 28 4 51
RFA_00597 0.60 0.59 0.61 64 97798 56 15 26 15 45
RFA_00598 0.48 0.47 0.51 47 84573 71 5 41 25 54
RFA_00599 0.73 0.70 0.76 78 101372 49 7 18 24 33
RFA_00600 0.68 0.72 0.64 72 120183 71 18 22 31 28
RFA_00601 0.34 0.36 0.32 41 99105 97 33 56 8 73
RFA_00602 0.67 0.71 0.64 82 101347 54 22 24 8 34
TMR_00173 0.42 0.36 0.50 15 42165 40 5 10 25 27
TMR_00357 0.36 0.29 0.45 27 82968 51 10 23 18 65
TMR_00601 0.37 0.24 0.59 10 58979 47 0 7 40 32
TMR_00696 0.29 0.25 0.34 28 84995 67 9 46 12 86

^top



Performance of RSpredict(seed) - scored lower in this pairwise comparison

1. Total counts & total scores for RSpredict(seed)

Total Base Pair Counts
Total TP 323
Total TN 17648345
Total FP 1595
Total FP CONTRA 115
Total FP INCONS 1275
Total FP COMP 205
Total FN 28859
Total Scores
MCC 0.045
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.033 ± 0.008
Sensitivity 0.011
Positive Predictive Value 0.189
Nr of predictions 280

^top



2. Individual counts for RSpredict(seed) [ download as .csv ]

RNA Chain Rfam family MCC SENS PPV TP TN FP FP CONTRA FP INCONS FP COMP FN
ASE_00001 0.00 0.00 0.00 0 34191 0 0 0 0 75
ASE_00002 0.00 0.00 0.00 0 35511 0 0 0 0 73
ASE_00004 0.00 0.00 0.00 0 47894 2 0 1 1 97
ASE_00005 0.14 0.03 0.57 4 57963 3 0 3 0 113
ASE_00006 0.00 0.00 0.00 0 47583 3 0 3 0 93
ASE_00007 0.16 0.05 0.56 5 59676 4 0 4 0 105
ASE_00009 0.00 0.00 0.00 0 26106 0 0 0 0 67
ASE_00012 0.00 0.00 0.00 0 73914 6 0 6 0 123
ASE_00014 0.00 0.00 0.00 0 54285 0 0 0 0 106
ASE_00017 0.00 0.00 0.00 0 51038 2 0 2 0 64
ASE_00018 0.13 0.04 0.35 6 80584 11 0 11 0 128
ASE_00020 0.04 0.01 0.25 1 73916 3 0 3 0 125
ASE_00021 0.00 0.00 0.00 0 104189 7 1 6 0 160
ASE_00022 0.00 0.00 0.00 0 83008 21 3 17 1 124
ASE_00023 0.00 0.00 0.00 0 84246 9 0 9 0 127
ASE_00025 0.00 0.00 0.00 0 78605 1 0 1 0 71
ASE_00026 0.07 0.02 0.25 2 59677 6 1 5 0 108
ASE_00028 0.02 0.01 0.05 1 84646 22 5 14 3 125
ASE_00029 0.00 0.00 0.00 0 83024 4 0 4 0 122
ASE_00030 0.11 0.03 0.44 4 85482 5 0 5 0 141
ASE_00031 0.00 0.00 0.00 0 86724 12 2 10 0 126
ASE_00032 0.00 0.00 0.00 0 80196 5 0 4 1 118
ASE_00033 0.12 0.03 0.44 4 64971 5 0 5 0 117
ASE_00035 0.00 0.00 0.00 0 70496 6 0 4 2 118
ASE_00036 0.00 0.00 0.00 0 75845 10 0 10 0 132
ASE_00037 0.00 0.00 0.00 0 59335 5 0 5 0 110
ASE_00038 0.00 0.00 0.00 0 53623 5 0 5 0 101
ASE_00040 0.02 0.01 0.07 1 78989 13 0 13 0 132
ASE_00041 0.00 0.00 0.00 0 57624 6 0 6 0 108
ASE_00042 0.09 0.03 0.29 4 90086 10 0 10 0 141
ASE_00044 0.03 0.01 0.10 1 54605 9 0 9 0 104
ASE_00046 0.11 0.03 0.43 3 50396 4 0 4 0 100
ASE_00047 0.00 0.00 0.00 0 74303 2 0 2 0 130
ASE_00052 0.18 0.04 0.71 5 61418 2 0 2 0 107
ASE_00053 0.00 0.00 0.00 0 79398 3 0 3 0 133
ASE_00057 0.05 0.01 0.17 2 82203 11 0 10 1 132
ASE_00064 0.00 0.00 0.00 0 45448 3 0 3 0 89
ASE_00066 0.16 0.03 0.80 4 72385 1 0 1 0 126
ASE_00068 0.05 0.01 0.25 1 37671 3 0 3 0 84
ASE_00069 0.00 0.00 0.00 0 83022 6 1 5 0 140
ASE_00074 0.21 0.07 0.67 8 67884 4 0 4 0 111
ASE_00075 0.00 0.00 0.00 0 108804 8 0 7 1 162
ASE_00076 0.00 0.00 0.00 0 68256 9 0 9 0 118
ASE_00077 0.09 0.02 0.33 2 45144 4 1 3 0 84
ASE_00078 0.00 0.00 0.00 0 43071 0 0 0 0 83
ASE_00079 0.00 0.00 0.00 0 55606 5 0 5 0 100
ASE_00080 0.00 0.00 0.00 0 71623 9 2 6 1 123
ASE_00081 0.00 0.00 0.00 0 49768 2 0 2 0 97
ASE_00082 0.00 0.00 0.00 0 70494 6 0 6 0 116
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ASE_00084 0.00 0.00 0.00 0 53625 4 0 3 1 99
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Matthews Correlation Coeffient, Sensitivity and Positive Predictive Value have been calculated based on the paper by Gardener & Giegerich, 2004.