CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
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Table of contents:

  1. Overview

  2. Performance Plots

  3. Performance of ContextFold - scored higher in this pairwise comparison

  4. Performance of RSpredict(seed) - scored lower in this pairwise comparison

  5. Compile and download dataset for ContextFold & RSpredict(seed) [.zip] - may take several seconds...


Overview

Metric ContextFold RSpredict(seed)
MCC 0.813 > 0.045
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.801 ± 0.023 > 0.033 ± 0.008
Sensitivity 0.765 > 0.011
Positive Predictive Value 0.864 > 0.189
Total TP 22313 > 323
Total TN 17624243 < 17648345
Total FP 4753 > 1595
Total FP CONTRA 615 > 115
Total FP INCONS 2887 > 1275
Total FP COMP 1251 > 205
Total FN 6869 < 28859
P-value 3.56938820447e-08

^top




Performance plots


  1. Comparison of performance of ContextFold and RSpredict(seed). Positive Predictive Value (PPV) is plotted against sensitivity. Each dot represents a single test of each method. See tables below for raw data (individual counts for ContextFold and RSpredict(seed)).

  2. Average Matthews Correlation Coefficients (MCC) with 95% confidence intervals (CIs) were plotted for different RNA families, for which at least 3 members were present in the benchmarking dataset. 'n' denotes the number of MCCs used to calculate the average and CI. See tables below for raw data (individual counts for ContextFold and RSpredict(seed)).

  3. Comparison of average Matthews Correlation Coefficients (MCCs) for ContextFold and RSpredict(seed). The whiskers correspond to 95% confidence intervals (CIs). 'n' denotes the number of MCCs used to calculate average MCCs and CIs. See tables below for raw data (individual counts for ContextFold and RSpredict(seed)).

^top





Performance of ContextFold - scored higher in this pairwise comparison

1. Total counts & total scores for ContextFold

Total Base Pair Counts
Total TP 22313
Total TN 17624243
Total FP 4753
Total FP CONTRA 615
Total FP INCONS 2887
Total FP COMP 1251
Total FN 6869
Total Scores
MCC 0.813
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.801 ± 0.023
Sensitivity 0.765
Positive Predictive Value 0.864
Nr of predictions 280

^top



2. Individual counts for ContextFold [ download as .csv ]

RNA Chain Rfam family MCC SENS PPV TP TN FP FP CONTRA FP INCONS FP COMP FN
ASE_00001 0.88 0.83 0.94 62 34125 7 0 4 3 13
ASE_00002 0.64 0.60 0.69 44 35447 25 4 16 5 29
ASE_00004 0.88 0.86 0.90 83 47803 9 1 8 0 14
ASE_00005 0.91 0.85 0.98 99 57869 2 0 2 0 18
ASE_00006 0.89 0.87 0.90 81 47496 9 1 8 0 12
ASE_00007 0.91 0.86 0.97 95 59587 3 0 3 0 15
ASE_00009 0.84 0.79 0.90 53 26047 6 0 6 0 14
ASE_00012 0.69 0.63 0.75 78 73816 29 3 23 3 45
ASE_00014 0.70 0.65 0.75 69 54193 26 1 22 3 37
ASE_00017 0.13 0.13 0.13 8 50979 71 12 41 18 56
ASE_00018 0.88 0.84 0.93 112 80480 9 0 9 0 22
ASE_00020 0.76 0.71 0.81 89 73810 21 1 20 0 37
ASE_00021 0.87 0.79 0.95 126 104064 10 0 6 4 34
ASE_00022 0.89 0.80 1.00 99 82929 5 0 0 5 25
ASE_00023 0.88 0.84 0.91 107 84138 13 0 10 3 20
ASE_00025 0.10 0.10 0.10 7 78537 101 11 51 39 64
ASE_00026 0.80 0.72 0.90 79 59597 13 1 8 4 31
ASE_00028 0.86 0.76 0.96 96 84566 8 1 3 4 30
ASE_00029 0.88 0.84 0.93 102 82918 9 2 6 1 20
ASE_00030 0.88 0.81 0.95 117 85368 6 2 4 0 28
ASE_00031 0.95 0.90 1.00 114 86622 5 0 0 5 12
ASE_00032 0.93 0.87 1.00 103 80097 3 0 0 3 15
ASE_00033 0.77 0.67 0.88 81 64888 11 0 11 0 40
ASE_00035 0.75 0.65 0.86 77 70410 15 1 12 2 41
ASE_00036 0.83 0.74 0.92 98 75749 9 1 7 1 34
ASE_00037 0.88 0.80 0.98 88 59250 2 0 2 0 22
ASE_00038 0.94 0.89 1.00 90 53538 0 0 0 0 11
ASE_00040 0.88 0.81 0.96 108 78891 7 0 4 3 25
ASE_00041 0.88 0.81 0.97 87 57540 5 0 3 2 21
ASE_00042 0.82 0.74 0.91 108 89981 14 1 10 3 37
ASE_00044 0.92 0.87 0.97 91 54521 6 0 3 3 14
ASE_00046 0.81 0.69 0.96 71 50329 3 0 3 0 32
ASE_00047 0.77 0.72 0.84 93 74194 18 0 18 0 37
ASE_00052 0.71 0.61 0.83 68 61343 15 0 14 1 44
ASE_00053 0.88 0.82 0.94 109 79285 7 4 3 0 24
ASE_00057 0.79 0.75 0.85 100 82097 20 5 13 2 34
ASE_00064 0.95 0.91 1.00 81 45370 1 0 0 1 8
ASE_00066 0.87 0.79 0.95 103 72282 5 0 5 0 27
ASE_00068 0.82 0.75 0.90 64 37604 7 0 7 0 21
ASE_00069 0.91 0.84 0.99 117 82910 2 0 1 1 23
ASE_00074 0.95 0.90 1.00 107 67789 0 0 0 0 12
ASE_00075 0.83 0.74 0.94 120 108683 12 1 7 4 42
ASE_00076 0.83 0.78 0.89 92 68162 11 0 11 0 26
ASE_00077 0.88 0.84 0.94 72 45073 5 1 4 0 14
ASE_00078 0.88 0.88 0.89 73 42989 10 3 6 1 10
ASE_00079 0.72 0.68 0.76 68 55522 21 2 19 0 32
ASE_00080 0.79 0.74 0.84 91 71523 21 0 17 4 32
ASE_00081 0.92 0.86 1.00 83 49687 0 0 0 0 14
ASE_00082 0.93 0.86 1.00 100 70400 8 0 0 8 16
ASE_00083 0.80 0.77 0.83 85 62379 20 0 17 3 25
ASE_00084 0.93 0.89 0.97 88 53537 3 1 2 0 11
ASE_00087 0.89 0.81 0.98 116 88292 2 0 2 0 28
ASE_00090 0.84 0.83 0.86 84 55513 14 1 13 0 17
ASE_00092 0.94 0.91 0.97 103 63440 3 1 2 0 10
ASE_00096 0.79 0.74 0.85 85 63446 15 0 15 0 30
ASE_00099 0.92 0.85 1.00 102 64518 0 0 0 0 18
ASE_00100 0.25 0.25 0.25 19 82140 97 12 44 41 57
ASE_00102 0.87 0.79 0.95 131 117717 9 1 6 2 35
ASE_00104 0.92 0.85 1.00 101 64160 0 0 0 0 18
ASE_00105 0.74 0.65 0.84 72 64175 14 0 14 0 39
ASE_00107 0.93 0.87 1.00 111 73042 0 0 0 0 16
ASE_00108 0.23 0.27 0.20 17 46887 76 24 43 9 46
ASE_00111 0.00 0.00 0.00 0 50004 92 24 58 10 57
ASE_00112 0.95 0.90 1.00 104 75362 3 0 0 3 12
ASE_00115 0.96 0.93 0.99 94 54520 5 0 1 4 7
ASE_00116 0.90 0.85 0.97 56 31568 2 0 2 0 10
ASE_00118 0.80 0.76 0.85 78 60634 15 1 13 1 24
ASE_00119 0.89 0.87 0.90 94 62731 10 1 9 0 14
ASE_00120 0.82 0.73 0.92 69 46896 7 2 4 1 25
ASE_00121 0.85 0.77 0.95 71 45075 5 2 2 1 21
ASE_00122 0.92 0.86 0.97 76 43287 2 0 2 0 12
ASE_00123 0.88 0.81 0.96 69 38431 3 0 3 0 16
ASE_00125 0.92 0.86 0.99 76 39263 1 0 1 0 12
ASE_00126 0.94 0.89 0.99 73 40396 1 0 1 0 9
ASE_00128 0.93 0.86 1.00 86 53215 0 0 0 0 14
ASE_00129 0.72 0.68 0.77 76 62736 23 1 22 0 35
ASE_00131 0.90 0.82 0.99 70 39269 1 0 1 0 15
ASE_00132 0.90 0.82 0.99 78 50324 2 0 1 1 17
ASE_00134 0.92 0.89 0.96 85 50314 4 0 4 0 10
ASE_00135 0.95 0.91 0.99 99 63090 6 0 1 5 10
ASE_00136 0.95 0.91 0.99 84 48120 1 0 1 0 8
ASE_00137 0.91 0.88 0.95 86 48425 5 1 4 0 12
ASE_00138 0.93 0.89 0.97 72 40396 2 0 2 0 9
ASE_00139 0.94 0.88 1.00 91 54194 1 0 0 1 13
ASE_00140 0.91 0.84 0.98 105 70769 2 2 0 0 20
ASE_00142 0.90 0.83 0.97 101 67057 5 0 3 2 21
ASE_00145 0.80 0.78 0.81 87 70018 25 4 16 5 24
ASE_00146 0.84 0.75 0.94 93 70777 7 1 5 1 31
ASE_00148 0.85 0.80 0.90 123 112438 17 2 12 3 31
ASE_00151 0.86 0.82 0.90 80 51914 9 6 3 0 18
ASE_00153 0.51 0.51 0.51 37 57558 68 6 29 33 36
ASE_00154 0.69 0.66 0.72 71 65243 31 3 24 4 36
ASE_00155 0.87 0.80 0.94 114 93407 12 0 7 5 28
ASE_00163 0.85 0.84 0.87 78 53211 16 3 9 4 15
ASE_00165 0.84 0.80 0.89 81 52884 11 3 7 1 20
ASE_00168 0.26 0.30 0.23 19 60645 73 16 46 11 45
ASE_00169 0.85 0.79 0.91 85 57198 11 0 8 3 22
ASE_00170 0.91 0.87 0.95 81 48743 6 0 4 2 12
ASE_00171 0.86 0.79 0.95 74 48438 4 0 4 0 20
ASE_00172 0.86 0.83 0.90 88 58898 11 2 8 1 18
ASE_00174 0.91 0.85 0.97 93 60979 4 0 3 1 16
ASE_00175 0.94 0.90 0.98 96 59933 3 0 2 1 11
ASE_00176 0.64 0.56 0.73 62 59946 23 5 18 0 48
ASE_00179 0.82 0.76 0.89 64 44181 8 4 4 0 20
ASE_00180 0.93 0.87 1.00 87 51273 0 0 0 0 13
ASE_00181 0.93 0.90 0.96 95 57531 4 0 4 0 11
ASE_00182 0.91 0.85 0.97 116 84135 4 0 4 0 20
ASE_00184 0.96 0.93 0.99 95 54519 2 0 1 1 7
ASE_00185 0.92 0.87 0.98 111 73423 2 0 2 0 17
ASE_00186 0.89 0.86 0.93 113 78882 12 1 7 4 19
ASE_00187 0.78 0.71 0.85 82 68539 16 2 12 2 33
ASE_00189 0.91 0.87 0.96 89 63097 6 0 4 2 13
ASE_00190 0.86 0.81 0.91 73 45371 8 0 7 1 17
ASE_00192 0.73 0.62 0.86 82 84571 19 1 12 6 51
ASE_00194 0.79 0.71 0.88 84 73440 17 2 10 5 35
ASE_00196 0.78 0.75 0.82 56 31558 14 2 10 2 19
ASE_00197 0.77 0.73 0.82 106 89123 27 0 24 3 39
ASE_00198 0.95 0.90 1.00 92 52558 0 0 0 0 10
ASE_00203 0.94 0.90 0.99 86 46578 1 1 0 0 10
ASE_00204 0.84 0.72 0.98 81 67813 8 0 2 6 31
ASE_00205 0.64 0.61 0.68 55 45975 32 1 25 6 35
ASE_00209 0.59 0.55 0.63 48 42995 28 1 27 0 40
ASE_00210 0.70 0.69 0.71 45 27198 20 3 15 2 20
ASE_00212 0.86 0.82 0.90 122 93826 16 1 12 3 26
ASE_00213 0.87 0.82 0.93 54 27203 6 0 4 2 12
ASE_00214 0.95 0.91 0.99 94 56185 6 0 1 5 9
ASE_00215 0.92 0.85 1.00 84 48432 1 0 0 1 15
ASE_00216 0.91 0.88 0.94 72 39263 5 3 2 0 10
ASE_00217 0.83 0.74 0.93 67 40398 10 0 5 5 23
ASE_00221 0.76 0.68 0.84 80 64525 15 1 14 0 37
ASE_00222 0.75 0.69 0.82 108 111969 27 2 22 3 49
ASE_00227 0.62 0.54 0.71 72 78902 29 2 27 0 61
ASE_00228 0.85 0.83 0.87 71 46889 12 3 8 1 15
ASE_00229 0.91 0.87 0.94 76 42405 5 1 4 0 11
ASE_00231 0.94 0.92 0.97 88 47804 3 1 2 0 8
ASE_00232 0.96 0.93 1.00 78 38425 0 0 0 0 6
ASE_00234 0.78 0.73 0.83 94 75353 19 1 18 0 35
ASE_00237 0.08 0.09 0.07 5 45683 76 18 47 11 51
ASE_00238 0.94 0.90 0.98 103 64156 2 1 1 0 11
ASE_00240 0.77 0.73 0.81 68 46581 18 0 16 2 25
ASE_00241 0.96 0.93 0.99 81 43874 1 0 1 0 6
ASE_00242 0.92 0.89 0.95 100 60970 5 3 2 0 12
ASE_00246 0.14 0.15 0.13 10 48129 75 18 48 9 57
ASE_00247 0.06 0.06 0.07 4 54226 84 7 48 29 60
ASE_00248 0.93 0.87 0.99 99 62381 1 0 1 0 15
ASE_00250 0.88 0.80 0.96 105 78894 7 0 4 3 26
ASE_00252 0.77 0.68 0.88 115 115309 20 0 16 4 53
ASE_00254 0.90 0.85 0.95 70 36782 4 0 4 0 12
ASE_00255 0.81 0.75 0.89 97 74582 12 1 11 0 33
ASE_00257 0.96 0.93 1.00 90 50950 0 0 0 0 7
ASE_00259 0.63 0.54 0.75 65 73066 22 2 20 0 56
ASE_00263 0.88 0.85 0.92 102 70389 9 0 9 0 18
ASE_00264 0.87 0.82 0.93 82 49053 12 0 6 6 18
ASE_00267 0.96 0.92 1.00 81 45069 2 0 0 2 7
ASE_00270 0.91 0.86 0.96 110 72275 5 1 4 0 18
ASE_00274 0.89 0.83 0.96 86 55521 4 1 3 0 17
ASE_00277 0.81 0.78 0.85 71 48121 13 1 12 0 20
ASE_00279 0.92 0.86 0.98 87 53212 2 0 2 0 14
ASE_00280 0.86 0.82 0.90 80 51914 9 0 9 0 18
ASE_00281 0.95 0.91 1.00 80 44471 0 0 0 0 8
ASE_00282 0.88 0.83 0.95 105 77704 10 0 6 4 22
ASE_00283 0.90 0.86 0.95 92 61679 5 0 5 0 15
ASE_00284 0.95 0.91 1.00 98 58213 0 0 0 0 10
ASE_00285 0.86 0.80 0.92 97 68901 8 0 8 0 25
ASE_00286 0.88 0.85 0.92 78 46580 10 0 7 3 14
ASE_00287 0.93 0.86 1.00 89 54857 0 0 0 0 14
ASE_00288 0.78 0.68 0.90 63 45986 7 2 5 0 30
ASE_00289 0.89 0.81 0.98 127 100895 5 1 2 2 30
ASE_00292 0.71 0.66 0.76 91 81690 29 0 29 0 47
ASE_00294 0.90 0.83 0.97 142 114334 8 0 5 3 29
ASE_00295 0.85 0.76 0.96 99 73817 4 0 4 0 32
ASE_00296 0.84 0.79 0.90 115 91678 13 1 12 0 30
ASE_00297 0.87 0.84 0.90 82 52884 10 1 8 1 16
ASE_00298 0.72 0.68 0.76 77 67427 24 2 22 0 36
ASE_00299 0.76 0.71 0.82 71 49368 20 0 16 4 29
ASE_00313 0.62 0.60 0.65 53 62399 41 10 19 12 36
ASE_00316 0.89 0.80 0.99 78 107801 35 1 0 34 20
ASE_00318 0.76 0.68 0.86 80 80107 19 0 13 6 38
ASE_00327 0.87 0.80 0.96 71 57217 21 2 1 18 18
ASE_00328 0.91 0.86 0.97 96 72672 9 0 3 6 16
ASE_00330 0.83 0.79 0.88 71 56199 23 0 10 13 19
ASE_00332 0.65 0.62 0.69 85 81687 39 2 36 1 53
ASE_00335 0.82 0.74 0.91 86 75372 13 0 8 5 30
ASE_00337 0.59 0.56 0.63 40 39276 35 5 19 11 31
ASE_00338 0.76 0.71 0.81 70 66344 31 2 14 15 28
ASE_00339 0.95 0.91 1.00 108 80092 7 0 0 7 11
ASE_00340 0.79 0.75 0.82 64 45978 17 2 12 3 21
ASE_00342 0.91 0.86 0.96 99 62378 4 0 4 0 16
ASE_00343 0.89 0.83 0.95 94 83337 12 0 5 7 19
ASE_00346 0.61 0.58 0.64 56 48118 32 2 29 1 41
ASE_00353 0.95 0.92 0.99 98 57871 1 1 0 0 9
ASE_00359 0.73 0.69 0.79 55 42708 17 2 13 2 25
ASE_00360 0.73 0.65 0.82 42 29352 9 0 9 0 23
ASE_00361 0.94 0.88 1.00 112 75354 2 0 0 2 15
ASE_00362 0.88 0.86 0.90 78 48118 9 2 7 0 13
ASE_00363 0.95 0.91 0.98 86 51272 3 0 2 1 8
ASE_00364 0.90 0.86 0.95 90 54190 5 0 5 0 15
ASE_00366 0.79 0.77 0.81 75 58560 18 3 15 0 23
ASE_00367 0.90 0.84 0.96 72 42996 7 0 3 4 14
ASE_00369 0.96 0.93 1.00 99 55846 1 0 0 1 8
ASE_00370 0.94 0.90 0.99 76 41828 1 0 1 0 8
ASE_00372 0.84 0.81 0.88 81 51911 12 1 10 1 19
ASE_00374 0.88 0.88 0.90 77 44764 9 2 7 0 11
ASE_00375 0.94 0.88 1.00 97 60281 0 0 0 0 13
ASE_00376 0.88 0.85 0.92 89 56856 8 0 8 0 16
ASE_00377 0.95 0.93 0.98 99 57529 2 0 2 0 8
ASE_00379 0.90 0.87 0.94 77 45974 7 0 5 2 12
ASE_00380 0.92 0.84 1.00 83 54863 0 0 0 0 16
ASE_00382 0.96 0.93 0.99 78 41826 1 0 1 0 6
ASE_00383 0.93 0.87 1.00 91 54524 0 0 0 0 14
ASE_00384 0.95 0.90 1.00 83 48433 0 0 0 0 9
ASE_00385 0.79 0.75 0.82 61 41831 13 7 6 0 20
ASE_00386 0.85 0.81 0.90 78 50316 10 5 4 1 18
ASE_00387 0.89 0.86 0.93 89 55849 7 0 7 0 15
ASE_00388 0.94 0.89 1.00 79 45674 0 0 0 0 10
ASE_00390 0.93 0.89 0.97 76 42117 8 0 2 6 9
ASE_00393 0.89 0.84 0.94 78 47812 5 0 5 0 15
ASE_00394 0.96 0.91 1.00 85 46886 0 0 0 0 8
ASE_00395 0.98 0.95 1.00 80 41536 2 0 0 2 4
ASE_00396 0.91 0.88 0.95 73 41539 4 0 4 0 10
ASE_00397 0.94 0.89 0.99 93 54521 1 1 0 0 12
ASE_00398 0.72 0.65 0.80 68 55860 17 0 17 0 36
ASE_00400 0.85 0.79 0.91 84 57878 8 0 8 0 22
ASE_00401 0.85 0.81 0.90 102 76915 11 0 11 0 24
ASE_00402 0.90 0.87 0.94 74 42407 5 0 5 0 11
ASE_00403 0.85 0.79 0.90 85 55851 9 0 9 0 22
ASE_00404 0.90 0.86 0.95 73 42994 7 0 4 3 12
ASE_00406 0.97 0.94 1.00 88 48740 2 0 0 2 6
ASE_00411 0.82 0.81 0.83 72 49368 15 5 10 0 17
ASE_00412 0.87 0.81 0.94 85 58221 5 0 5 0 20
ASE_00413 0.90 0.90 0.90 73 44470 11 5 3 3 8
ASE_00414 0.79 0.72 0.88 68 46283 15 0 9 6 27
ASE_00415 0.89 0.85 0.93 88 54851 7 0 7 0 15
ASE_00416 0.92 0.88 0.96 112 77304 8 1 4 3 15
ASE_00417 0.83 0.76 0.90 76 54531 11 0 8 3 24
ASE_00418 0.84 0.77 0.91 58 38717 9 0 6 3 17
ASE_00419 0.96 0.93 0.98 96 54848 3 1 1 1 7
ASE_00422 0.92 0.88 0.97 83 46885 9 0 3 6 11
ASE_00423 0.92 0.87 0.97 95 56855 4 2 1 1 14
ASE_00426 0.77 0.71 0.84 77 60983 15 1 14 0 31
ASE_00428 0.87 0.82 0.92 102 76525 10 1 8 1 23
ASE_00430 0.95 0.91 1.00 88 46883 3 0 0 3 9
ASE_00431 0.85 0.75 0.97 71 46287 9 0 2 7 24
ASE_00434 0.79 0.75 0.84 82 68167 26 3 13 10 28
ASE_00437 0.75 0.67 0.83 91 79292 18 0 18 0 44
ASE_00438 0.87 0.84 0.91 97 65959 10 0 10 0 19
ASE_00441 0.93 0.87 0.99 97 64163 4 0 1 3 15
ASE_00447 0.77 0.68 0.88 79 60288 11 0 11 0 37
ASE_00448 0.91 0.85 0.97 95 64163 8 0 3 5 17
ASE_00451 0.91 0.85 0.97 106 70767 3 1 2 0 19
CRW_00013 0.67 0.60 0.76 69 103649 34 4 18 12 46
CRW_00016 0.81 0.73 0.92 87 77326 14 3 5 6 33
CRW_00610 0.87 0.80 0.94 65 36246 7 1 3 3 16
CRW_00613 0.47 0.42 0.53 33 34918 36 3 26 7 45
CRW_00614 0.14 0.14 0.14 8 121715 98 13 35 50 49
CRW_00618 0.21 0.21 0.21 13 56218 64 9 40 15 48
CRW_00619 0.00 0.00 0.00 0 164974 131 8 43 80 73
CRW_00620 0.31 0.32 0.31 20 150910 112 14 31 67 43
CRW_00621 0.44 0.41 0.48 29 153121 120 6 25 89 42
CRW_00623 0.35 0.30 0.41 25 129734 101 6 30 65 58
CRW_00633 0.81 0.75 0.86 80 63453 15 4 9 2 26
CRW_00634 0.62 0.62 0.62 58 64526 36 9 27 0 36
CRW_00670 0.86 0.83 0.90 99 70015 11 4 7 0 21
CRW_00671 0.83 0.79 0.88 92 62731 12 3 9 0 25
CRW_00672 0.86 0.84 0.89 93 72285 13 4 8 1 18
CRW_00674 0.81 0.77 0.85 95 83324 19 1 16 2 29
CRW_00676 0.60 0.57 0.63 66 93424 41 9 29 3 49
CRW_00692 0.77 0.73 0.81 66 68554 24 6 9 9 24
PDB_00827 0.79 0.65 0.96 53 26973 3 0 2 1 28
PDB_00919 0.65 0.56 0.75 58 44176 24 1 18 5 45
RFA_00597 0.40 0.40 0.39 44 97791 79 14 54 11 65
RFA_00598 0.45 0.45 0.46 45 84568 67 11 42 14 56
RFA_00599 0.27 0.27 0.27 30 101365 98 14 66 18 81
RFA_00600 0.23 0.24 0.21 24 120183 108 34 54 20 76
RFA_00601 0.33 0.35 0.32 40 99109 96 28 58 10 74
RFA_00602 0.52 0.53 0.51 61 101356 72 21 37 14 55
TMR_00173 0.32 0.36 0.29 15 42144 55 13 23 19 27
TMR_00357 0.53 0.52 0.54 48 82939 55 17 24 14 44
TMR_00601 0.69 0.67 0.72 28 58957 55 1 10 44 14
TMR_00696 0.51 0.47 0.55 54 84980 55 7 37 11 60

^top



Performance of RSpredict(seed) - scored lower in this pairwise comparison

1. Total counts & total scores for RSpredict(seed)

Total Base Pair Counts
Total TP 323
Total TN 17648345
Total FP 1595
Total FP CONTRA 115
Total FP INCONS 1275
Total FP COMP 205
Total FN 28859
Total Scores
MCC 0.045
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.033 ± 0.008
Sensitivity 0.011
Positive Predictive Value 0.189
Nr of predictions 280

^top



2. Individual counts for RSpredict(seed) [ download as .csv ]

RNA Chain Rfam family MCC SENS PPV TP TN FP FP CONTRA FP INCONS FP COMP FN
ASE_00001 0.00 0.00 0.00 0 34191 0 0 0 0 75
ASE_00002 0.00 0.00 0.00 0 35511 0 0 0 0 73
ASE_00004 0.00 0.00 0.00 0 47894 2 0 1 1 97
ASE_00005 0.14 0.03 0.57 4 57963 3 0 3 0 113
ASE_00006 0.00 0.00 0.00 0 47583 3 0 3 0 93
ASE_00007 0.16 0.05 0.56 5 59676 4 0 4 0 105
ASE_00009 0.00 0.00 0.00 0 26106 0 0 0 0 67
ASE_00012 0.00 0.00 0.00 0 73914 6 0 6 0 123
ASE_00014 0.00 0.00 0.00 0 54285 0 0 0 0 106
ASE_00017 0.00 0.00 0.00 0 51038 2 0 2 0 64
ASE_00018 0.13 0.04 0.35 6 80584 11 0 11 0 128
ASE_00020 0.04 0.01 0.25 1 73916 3 0 3 0 125
ASE_00021 0.00 0.00 0.00 0 104189 7 1 6 0 160
ASE_00022 0.00 0.00 0.00 0 83008 21 3 17 1 124
ASE_00023 0.00 0.00 0.00 0 84246 9 0 9 0 127
ASE_00025 0.00 0.00 0.00 0 78605 1 0 1 0 71
ASE_00026 0.07 0.02 0.25 2 59677 6 1 5 0 108
ASE_00028 0.02 0.01 0.05 1 84646 22 5 14 3 125
ASE_00029 0.00 0.00 0.00 0 83024 4 0 4 0 122
ASE_00030 0.11 0.03 0.44 4 85482 5 0 5 0 141
ASE_00031 0.00 0.00 0.00 0 86724 12 2 10 0 126
ASE_00032 0.00 0.00 0.00 0 80196 5 0 4 1 118
ASE_00033 0.12 0.03 0.44 4 64971 5 0 5 0 117
ASE_00035 0.00 0.00 0.00 0 70496 6 0 4 2 118
ASE_00036 0.00 0.00 0.00 0 75845 10 0 10 0 132
ASE_00037 0.00 0.00 0.00 0 59335 5 0 5 0 110
ASE_00038 0.00 0.00 0.00 0 53623 5 0 5 0 101
ASE_00040 0.02 0.01 0.07 1 78989 13 0 13 0 132
ASE_00041 0.00 0.00 0.00 0 57624 6 0 6 0 108
ASE_00042 0.09 0.03 0.29 4 90086 10 0 10 0 141
ASE_00044 0.03 0.01 0.10 1 54605 9 0 9 0 104
ASE_00046 0.11 0.03 0.43 3 50396 4 0 4 0 100
ASE_00047 0.00 0.00 0.00 0 74303 2 0 2 0 130
ASE_00052 0.18 0.04 0.71 5 61418 2 0 2 0 107
ASE_00053 0.00 0.00 0.00 0 79398 3 0 3 0 133
ASE_00057 0.05 0.01 0.17 2 82203 11 0 10 1 132
ASE_00064 0.00 0.00 0.00 0 45448 3 0 3 0 89
ASE_00066 0.16 0.03 0.80 4 72385 1 0 1 0 126
ASE_00068 0.05 0.01 0.25 1 37671 3 0 3 0 84
ASE_00069 0.00 0.00 0.00 0 83022 6 1 5 0 140
ASE_00074 0.21 0.07 0.67 8 67884 4 0 4 0 111
ASE_00075 0.00 0.00 0.00 0 108804 8 0 7 1 162
ASE_00076 0.00 0.00 0.00 0 68256 9 0 9 0 118
ASE_00077 0.09 0.02 0.33 2 45144 4 1 3 0 84
ASE_00078 0.00 0.00 0.00 0 43071 0 0 0 0 83
ASE_00079 0.00 0.00 0.00 0 55606 5 0 5 0 100
ASE_00080 0.00 0.00 0.00 0 71623 9 2 6 1 123
ASE_00081 0.00 0.00 0.00 0 49768 2 0 2 0 97
ASE_00082 0.00 0.00 0.00 0 70494 6 0 6 0 116
ASE_00083 0.00 0.00 0.00 0 62477 5 0 4 1 110
ASE_00084 0.00 0.00 0.00 0 53625 4 0 3 1 99
ASE_00087 0.00 0.00 0.00 0 88406 4 0 4 0 144
ASE_00090 0.04 0.01 0.17 1 55605 5 0 5 0 100
ASE_00092 0.04 0.01 0.20 1 63541 4 0 4 0 112
ASE_00096 0.00 0.00 0.00 0 63542 4 0 4 0 115
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ASE_00100 0.00 0.00 0.00 0 82213 2 1 1 0 76
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Matthews Correlation Coeffient, Sensitivity and Positive Predictive Value have been calculated based on the paper by Gardener & Giegerich, 2004.