CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
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Table of contents:

  1. Overview

  2. Performance Plots

  3. Performance of Contrafold - scored higher in this pairwise comparison

  4. Performance of RSpredict(seed) - scored lower in this pairwise comparison

  5. Compile and download dataset for Contrafold & RSpredict(seed) [.zip] - may take several seconds...


Overview

Metric Contrafold RSpredict(seed)
MCC 0.604 > 0.045
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.596 ± 0.018 > 0.033 ± 0.008
Sensitivity 0.579 > 0.011
Positive Predictive Value 0.631 > 0.189
Total TP 16902 > 323
Total TN 17623270 < 17648345
Total FP 12207 > 1595
Total FP CONTRA 1361 > 115
Total FP INCONS 8525 > 1275
Total FP COMP 2321 > 205
Total FN 12280 < 28859
P-value 3.56938820447e-08

^top




Performance plots


  1. Comparison of performance of Contrafold and RSpredict(seed). Positive Predictive Value (PPV) is plotted against sensitivity. Each dot represents a single test of each method. See tables below for raw data (individual counts for Contrafold and RSpredict(seed)).

  2. Average Matthews Correlation Coefficients (MCC) with 95% confidence intervals (CIs) were plotted for different RNA families, for which at least 3 members were present in the benchmarking dataset. 'n' denotes the number of MCCs used to calculate the average and CI. See tables below for raw data (individual counts for Contrafold and RSpredict(seed)).

  3. Comparison of average Matthews Correlation Coefficients (MCCs) for Contrafold and RSpredict(seed). The whiskers correspond to 95% confidence intervals (CIs). 'n' denotes the number of MCCs used to calculate average MCCs and CIs. See tables below for raw data (individual counts for Contrafold and RSpredict(seed)).

^top





Performance of Contrafold - scored higher in this pairwise comparison

1. Total counts & total scores for Contrafold

Total Base Pair Counts
Total TP 16902
Total TN 17623270
Total FP 12207
Total FP CONTRA 1361
Total FP INCONS 8525
Total FP COMP 2321
Total FN 12280
Total Scores
MCC 0.604
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.596 ± 0.018
Sensitivity 0.579
Positive Predictive Value 0.631
Nr of predictions 280

^top



2. Individual counts for Contrafold [ download as .csv ]

RNA Chain Rfam family MCC SENS PPV TP TN FP FP CONTRA FP INCONS FP COMP FN
ASE_00001 0.80 0.77 0.83 58 34121 21 3 9 9 17
ASE_00002 0.59 0.56 0.61 41 35444 30 2 24 4 32
ASE_00004 0.70 0.68 0.72 66 47803 28 5 21 2 31
ASE_00005 0.62 0.56 0.69 65 57876 30 0 29 1 52
ASE_00006 0.52 0.52 0.53 48 47495 47 7 36 4 45
ASE_00007 0.53 0.49 0.57 54 59591 45 1 39 5 56
ASE_00009 0.66 0.64 0.68 43 26043 23 1 19 3 24
ASE_00012 0.54 0.50 0.58 61 73815 53 2 42 9 62
ASE_00014 0.53 0.53 0.53 56 54179 54 6 44 4 50
ASE_00017 0.12 0.14 0.11 9 50957 94 18 56 20 55
ASE_00018 0.62 0.59 0.66 79 80481 42 2 39 1 55
ASE_00020 0.68 0.62 0.74 78 73815 31 1 26 4 48
ASE_00021 0.65 0.61 0.69 97 104056 50 3 40 7 63
ASE_00022 0.33 0.31 0.35 39 82918 77 2 69 6 85
ASE_00023 0.68 0.68 0.68 86 84129 45 4 36 5 41
ASE_00025 0.35 0.38 0.32 27 78521 109 13 45 51 44
ASE_00026 0.55 0.52 0.59 57 59589 44 3 36 5 53
ASE_00028 0.69 0.66 0.72 83 84551 44 4 28 12 43
ASE_00029 0.64 0.61 0.68 75 82917 40 7 29 4 47
ASE_00030 0.72 0.66 0.77 96 85367 30 4 24 2 49
ASE_00031 0.58 0.56 0.61 70 86622 51 2 42 7 56
ASE_00032 0.55 0.52 0.59 61 80097 47 3 39 5 57
ASE_00033 0.52 0.46 0.60 56 64886 41 1 37 3 65
ASE_00035 0.40 0.36 0.43 43 70401 62 4 52 6 75
ASE_00036 0.62 0.58 0.67 76 75742 43 7 30 6 56
ASE_00037 0.60 0.53 0.69 58 59256 28 1 25 2 52
ASE_00038 0.54 0.50 0.58 51 53540 41 6 31 4 50
ASE_00040 0.14 0.14 0.15 19 78875 114 8 101 5 114
ASE_00041 0.67 0.61 0.73 66 57539 29 2 23 4 42
ASE_00042 0.57 0.54 0.60 79 89969 57 2 50 5 66
ASE_00044 0.68 0.67 0.69 70 54513 37 5 27 5 35
ASE_00046 0.64 0.55 0.73 57 50325 23 1 20 2 46
ASE_00047 0.56 0.50 0.62 65 74200 42 1 39 2 65
ASE_00052 0.63 0.55 0.71 62 61338 29 0 25 4 50
ASE_00053 0.69 0.65 0.72 87 79280 39 10 24 5 46
ASE_00057 0.69 0.66 0.72 89 82091 41 9 26 6 45
ASE_00064 0.60 0.56 0.65 50 45374 37 2 25 10 39
ASE_00066 0.62 0.58 0.66 75 72276 39 3 36 0 55
ASE_00068 0.69 0.61 0.79 52 37609 14 1 13 0 33
ASE_00069 0.63 0.59 0.67 83 82905 45 4 36 5 57
ASE_00074 0.49 0.49 0.50 58 67781 59 7 50 2 61
ASE_00075 0.74 0.69 0.80 111 108673 34 3 24 7 51
ASE_00076 0.47 0.44 0.50 52 68160 56 4 49 3 66
ASE_00077 0.73 0.67 0.78 58 45076 22 3 13 6 28
ASE_00078 0.73 0.66 0.81 55 43003 20 0 13 7 28
ASE_00079 0.56 0.53 0.60 53 55522 39 3 33 3 47
ASE_00080 0.59 0.57 0.61 70 71517 49 6 38 5 53
ASE_00081 0.61 0.58 0.64 56 49682 34 5 27 2 41
ASE_00082 0.79 0.72 0.87 83 70405 24 1 11 12 33
ASE_00083 0.76 0.71 0.81 78 62385 25 0 18 7 32
ASE_00084 0.74 0.73 0.76 72 53533 30 2 21 7 27
ASE_00087 0.74 0.72 0.76 103 88275 33 4 28 1 41
ASE_00090 0.67 0.67 0.66 68 55508 43 4 31 8 33
ASE_00092 0.82 0.80 0.85 90 63440 23 6 10 7 23
ASE_00096 0.70 0.62 0.80 71 63457 20 0 18 2 44
ASE_00099 0.53 0.51 0.55 61 64510 51 5 44 2 59
ASE_00100 0.26 0.28 0.24 21 82127 115 15 52 48 55
ASE_00102 0.46 0.43 0.50 72 117711 76 7 65 4 94
ASE_00104 0.71 0.69 0.73 82 64148 33 4 27 2 37
ASE_00105 0.53 0.50 0.57 55 64165 49 7 34 8 56
ASE_00107 0.69 0.68 0.70 86 73030 38 4 33 1 41
ASE_00108 0.49 0.51 0.48 32 46904 72 10 25 37 31
ASE_00111 0.18 0.21 0.15 12 50008 84 20 46 18 45
ASE_00112 0.76 0.72 0.81 83 75364 29 4 15 10 33
ASE_00115 0.69 0.69 0.69 70 54513 40 6 26 8 31
ASE_00116 0.46 0.42 0.50 28 31570 31 0 28 3 38
ASE_00118 0.64 0.62 0.66 63 60631 35 4 28 3 39
ASE_00119 0.73 0.72 0.74 78 62729 31 3 25 3 30
ASE_00120 0.60 0.57 0.64 54 46886 31 6 25 0 40
ASE_00121 0.28 0.27 0.29 25 45063 64 6 56 2 67
ASE_00122 0.68 0.65 0.71 57 43285 25 1 22 2 31
ASE_00123 0.57 0.54 0.61 46 38427 34 4 26 4 39
ASE_00125 0.76 0.70 0.82 62 39264 22 3 11 8 26
ASE_00126 0.61 0.59 0.64 48 40395 34 2 25 7 34
ASE_00128 0.79 0.72 0.88 72 53219 16 1 9 6 28
ASE_00129 0.70 0.66 0.74 73 62737 30 1 24 5 38
ASE_00131 0.71 0.65 0.79 55 39270 25 1 14 10 30
ASE_00132 0.57 0.48 0.67 46 50334 25 2 21 2 49
ASE_00134 0.43 0.41 0.46 39 50318 50 3 43 4 56
ASE_00135 0.63 0.57 0.69 62 63100 35 1 27 7 47
ASE_00136 0.60 0.54 0.66 50 48129 37 1 25 11 42
ASE_00137 0.79 0.76 0.82 74 48426 20 4 12 4 24
ASE_00138 0.59 0.56 0.63 45 40399 27 7 19 1 36
ASE_00139 0.66 0.59 0.74 61 54203 25 0 21 4 43
ASE_00140 0.76 0.70 0.83 88 70770 19 3 15 1 37
ASE_00142 0.60 0.59 0.62 72 67045 50 5 39 6 50
ASE_00145 0.60 0.59 0.60 66 70015 50 7 37 6 45
ASE_00146 0.50 0.48 0.53 60 70762 55 7 47 1 64
ASE_00148 0.79 0.78 0.81 120 112426 34 5 24 5 34
ASE_00151 0.46 0.45 0.47 44 51909 52 11 39 2 54
ASE_00153 0.41 0.42 0.40 31 57553 80 7 39 34 42
ASE_00154 0.74 0.72 0.76 77 65240 31 2 22 7 30
ASE_00155 0.60 0.58 0.61 83 93392 56 4 49 3 59
ASE_00163 0.34 0.32 0.37 30 53219 62 4 48 10 63
ASE_00165 0.71 0.66 0.77 67 52888 21 4 16 1 34
ASE_00168 0.32 0.38 0.27 24 60636 84 21 45 18 40
ASE_00169 0.54 0.50 0.58 53 57200 43 1 37 5 54
ASE_00170 0.65 0.61 0.70 57 48746 26 4 21 1 36
ASE_00171 0.74 0.71 0.77 67 48429 24 5 15 4 27
ASE_00172 0.83 0.77 0.88 82 58903 15 2 9 4 24
ASE_00174 0.62 0.58 0.66 63 60979 34 7 26 1 46
ASE_00175 0.35 0.34 0.36 36 59932 73 3 60 10 71
ASE_00176 0.56 0.51 0.62 56 59941 40 4 30 6 54
ASE_00179 0.75 0.69 0.81 58 44181 21 3 11 7 26
ASE_00180 0.77 0.71 0.85 71 51276 18 4 9 5 29
ASE_00181 0.44 0.42 0.46 45 57532 55 5 48 2 61
ASE_00182 0.66 0.63 0.70 86 84132 38 2 35 1 50
ASE_00184 0.76 0.77 0.75 79 54509 30 5 22 3 23
ASE_00185 0.74 0.69 0.80 88 73426 28 2 20 6 40
ASE_00186 0.75 0.72 0.79 95 78882 35 3 23 9 37
ASE_00187 0.38 0.37 0.40 42 68531 68 5 57 6 73
ASE_00189 0.59 0.53 0.66 54 63108 35 0 28 7 48
ASE_00190 0.53 0.46 0.61 41 45384 33 3 23 7 49
ASE_00192 0.65 0.61 0.70 81 84551 40 5 29 6 52
ASE_00194 0.48 0.45 0.50 54 73429 59 4 49 6 65
ASE_00196 0.75 0.76 0.74 57 31549 26 2 18 6 18
ASE_00197 0.62 0.59 0.66 85 89125 49 3 40 6 60
ASE_00198 0.71 0.69 0.73 70 52554 30 4 22 4 32
ASE_00203 0.78 0.74 0.82 71 46578 22 4 12 6 25
ASE_00204 0.57 0.54 0.61 60 67798 46 5 33 8 52
ASE_00205 0.45 0.46 0.45 41 45964 60 7 44 9 49
ASE_00209 0.56 0.51 0.61 45 42997 31 3 26 2 43
ASE_00210 0.58 0.60 0.57 39 27192 31 7 23 1 26
ASE_00212 0.68 0.64 0.71 95 93828 46 3 35 8 53
ASE_00213 0.58 0.58 0.58 38 27196 30 5 22 3 28
ASE_00214 0.80 0.78 0.82 80 56183 27 3 14 10 23
ASE_00215 0.54 0.51 0.57 50 48429 39 4 33 2 49
ASE_00216 0.58 0.59 0.58 48 39257 36 9 26 1 34
ASE_00217 0.42 0.39 0.46 35 40394 47 2 39 6 55
ASE_00221 0.66 0.60 0.72 70 64523 31 1 26 4 47
ASE_00222 0.72 0.71 0.74 111 111950 46 7 33 6 46
ASE_00227 0.31 0.29 0.34 39 78887 77 6 71 0 94
ASE_00228 0.79 0.78 0.80 67 46887 20 8 9 3 19
ASE_00229 0.67 0.64 0.71 56 42407 28 4 19 5 31
ASE_00231 0.77 0.75 0.79 72 47804 20 3 16 1 24
ASE_00232 0.64 0.64 0.64 54 38418 33 10 21 2 30
ASE_00234 0.55 0.50 0.60 64 75360 47 3 39 5 65
ASE_00237 0.08 0.09 0.07 5 45683 79 14 51 14 51
ASE_00238 0.68 0.62 0.75 71 64166 26 1 23 2 43
ASE_00240 0.41 0.39 0.43 36 46581 51 1 47 3 57
ASE_00241 0.79 0.74 0.85 64 43881 17 2 9 6 23
ASE_00242 0.76 0.72 0.79 81 60973 24 6 15 3 31
ASE_00246 0.36 0.37 0.34 25 48132 70 12 36 22 42
ASE_00247 0.16 0.19 0.14 12 54201 94 19 53 22 52
ASE_00248 0.62 0.58 0.67 66 62383 36 1 31 4 48
ASE_00250 0.61 0.57 0.66 75 78889 45 2 37 6 56
ASE_00252 0.74 0.70 0.80 117 115293 39 2 28 9 51
ASE_00254 0.77 0.73 0.81 60 36782 20 5 9 6 22
ASE_00255 0.64 0.62 0.67 80 74571 46 4 36 6 50
ASE_00257 0.77 0.74 0.81 72 50951 21 2 15 4 25
ASE_00259 0.46 0.41 0.51 50 73054 53 5 44 4 71
ASE_00263 0.56 0.56 0.57 67 70383 50 4 46 0 53
ASE_00264 0.43 0.43 0.43 43 49041 67 9 48 10 57
ASE_00267 0.49 0.47 0.52 41 45071 44 3 35 6 47
ASE_00270 0.72 0.70 0.75 89 72271 33 3 27 3 39
ASE_00274 0.48 0.47 0.51 48 55516 49 6 41 2 55
ASE_00277 0.61 0.59 0.63 54 48119 35 5 27 3 37
ASE_00279 0.52 0.51 0.53 52 53202 48 8 39 1 49
ASE_00280 0.61 0.58 0.64 57 51914 35 4 28 3 41
ASE_00281 0.70 0.65 0.75 57 44475 26 1 18 7 31
ASE_00282 0.49 0.47 0.51 60 77698 59 9 48 2 67
ASE_00283 0.64 0.63 0.66 67 61674 41 4 31 6 40
ASE_00284 0.65 0.63 0.67 68 58209 40 6 28 6 40
ASE_00285 0.83 0.79 0.87 96 68896 23 3 11 9 26
ASE_00286 0.73 0.70 0.77 64 46582 24 1 18 5 28
ASE_00287 0.68 0.65 0.72 67 54853 32 3 23 6 36
ASE_00288 0.61 0.55 0.69 51 45982 27 3 20 4 42
ASE_00289 0.80 0.74 0.87 116 100891 24 2 16 6 41
ASE_00292 0.59 0.53 0.66 73 81699 43 2 36 5 65
ASE_00294 0.73 0.68 0.78 116 114333 36 3 29 4 55
ASE_00295 0.66 0.62 0.70 81 73804 37 3 32 2 50
ASE_00296 0.55 0.54 0.57 78 91670 61 5 53 3 67
ASE_00297 0.68 0.67 0.68 66 52878 37 5 26 6 32
ASE_00298 0.28 0.27 0.29 31 67422 79 7 68 4 82
ASE_00299 0.51 0.51 0.52 51 49356 54 3 45 6 49
ASE_00313 0.54 0.56 0.52 50 62384 69 9 38 22 39
ASE_00316 0.66 0.64 0.68 63 107788 83 5 24 54 35
ASE_00318 0.63 0.60 0.66 71 80093 40 12 24 4 47
ASE_00327 0.81 0.80 0.83 71 57205 34 3 12 19 18
ASE_00328 0.63 0.59 0.67 66 72673 41 5 27 9 46
ASE_00330 0.78 0.78 0.78 70 56190 41 1 19 21 20
ASE_00332 0.56 0.55 0.58 76 81678 60 2 54 4 62
ASE_00335 0.62 0.57 0.68 66 75369 44 2 29 13 50
ASE_00337 0.52 0.54 0.51 38 39266 51 5 31 15 33
ASE_00338 0.68 0.66 0.71 65 66338 45 4 23 18 33
ASE_00339 0.74 0.71 0.78 84 80092 36 0 24 12 35
ASE_00340 0.47 0.45 0.49 38 45978 44 4 36 4 47
ASE_00342 0.67 0.64 0.70 74 62376 33 4 27 2 41
ASE_00343 0.70 0.65 0.75 73 83339 39 1 23 15 40
ASE_00346 0.34 0.34 0.35 33 48111 67 4 57 6 64
ASE_00353 0.77 0.75 0.78 80 57868 29 1 21 7 27
ASE_00359 0.49 0.48 0.51 38 42703 44 3 34 7 42
ASE_00360 0.31 0.31 0.32 20 29341 43 8 34 1 45
ASE_00361 0.64 0.61 0.67 77 75351 42 8 30 4 50
ASE_00362 0.60 0.59 0.60 54 48115 38 2 34 2 37
ASE_00363 0.78 0.77 0.80 72 51270 25 1 17 7 22
ASE_00364 0.74 0.71 0.77 75 54187 33 3 20 10 30
ASE_00366 0.37 0.38 0.36 37 58550 68 7 59 2 61
ASE_00367 0.50 0.50 0.50 43 42985 49 8 35 6 43
ASE_00369 0.75 0.72 0.78 77 55846 28 1 21 6 30
ASE_00370 0.63 0.63 0.62 53 41820 35 4 28 3 31
ASE_00372 0.70 0.68 0.72 68 51908 33 4 23 6 32
ASE_00374 0.74 0.73 0.74 64 44764 23 5 17 1 24
ASE_00375 0.85 0.77 0.93 85 60287 12 1 5 6 25
ASE_00376 0.61 0.60 0.63 63 56853 41 4 33 4 42
ASE_00377 0.77 0.76 0.78 81 57526 29 4 19 6 26
ASE_00379 0.60 0.58 0.63 52 45973 39 4 27 8 37
ASE_00380 0.61 0.57 0.67 56 54862 34 7 21 6 43
ASE_00382 0.58 0.56 0.59 47 41826 36 6 26 4 37
ASE_00383 0.74 0.72 0.75 76 54514 32 3 22 7 29
ASE_00384 0.78 0.76 0.80 70 48428 22 2 16 4 22
ASE_00385 0.59 0.58 0.59 47 41826 33 5 27 1 34
ASE_00386 0.67 0.66 0.68 63 50310 36 1 29 6 33
ASE_00387 0.69 0.65 0.73 68 55852 27 1 24 2 36
ASE_00388 0.72 0.67 0.78 60 45676 22 1 16 5 29
ASE_00390 0.65 0.64 0.67 54 42114 37 3 24 10 31
ASE_00393 0.72 0.68 0.77 63 47813 26 2 17 7 30
ASE_00394 0.80 0.80 0.81 74 46880 20 4 13 3 19
ASE_00395 0.68 0.68 0.69 57 41533 29 5 21 3 27
ASE_00396 0.56 0.54 0.58 45 41538 34 2 31 1 38
ASE_00397 0.64 0.64 0.65 67 54512 41 6 30 5 38
ASE_00398 0.68 0.63 0.74 65 55857 30 1 22 7 39
ASE_00400 0.66 0.63 0.70 67 57874 31 1 28 2 39
ASE_00401 0.63 0.63 0.64 79 76904 46 7 38 1 47
ASE_00402 0.78 0.74 0.83 63 42410 18 1 12 5 22
ASE_00403 0.39 0.36 0.41 39 55850 61 3 53 5 68
ASE_00404 0.54 0.53 0.55 45 42989 38 2 35 1 40
ASE_00406 0.72 0.71 0.74 67 48737 29 6 18 5 27
ASE_00411 0.56 0.53 0.59 47 49376 34 7 25 2 42
ASE_00412 0.63 0.59 0.67 62 58218 40 4 27 9 43
ASE_00413 0.49 0.48 0.50 39 44473 43 10 29 4 42
ASE_00414 0.47 0.45 0.49 43 46272 52 1 44 7 52
ASE_00415 0.54 0.52 0.56 54 54849 50 3 40 7 49
ASE_00416 0.61 0.58 0.63 74 77304 51 5 38 8 53
ASE_00417 0.47 0.47 0.47 47 54516 55 2 50 3 53
ASE_00418 0.06 0.07 0.07 5 38706 72 5 65 2 70
ASE_00419 0.77 0.77 0.78 79 54845 24 9 13 2 24
ASE_00422 0.68 0.67 0.68 63 46879 34 5 24 5 31
ASE_00423 0.67 0.66 0.68 72 56847 36 7 27 2 37
ASE_00426 0.57 0.53 0.63 57 60984 35 7 27 1 51
ASE_00428 0.67 0.62 0.73 78 76529 38 2 27 9 47
ASE_00430 0.69 0.68 0.70 66 46877 35 5 23 7 31
ASE_00431 0.54 0.51 0.58 48 46277 49 0 35 14 47
ASE_00434 0.67 0.63 0.71 69 68168 42 3 25 14 41
ASE_00437 0.46 0.41 0.52 55 79296 53 1 49 3 80
ASE_00438 0.66 0.61 0.71 71 65966 32 2 27 3 45
ASE_00441 0.82 0.76 0.89 85 64166 20 2 8 10 27
ASE_00447 0.73 0.68 0.79 79 60278 27 0 21 6 37
ASE_00448 0.40 0.38 0.42 42 64162 65 8 49 8 70
ASE_00451 0.74 0.69 0.79 86 70767 24 2 21 1 39
CRW_00013 0.43 0.39 0.47 45 103644 80 11 40 29 70
CRW_00016 0.73 0.68 0.79 81 77319 37 0 21 16 39
CRW_00610 0.50 0.49 0.51 40 36237 41 9 29 3 41
CRW_00613 0.79 0.77 0.81 60 34906 22 1 13 8 18
CRW_00614 0.24 0.25 0.23 14 121709 121 7 41 73 43
CRW_00618 0.20 0.21 0.19 13 56213 75 8 46 21 48
CRW_00619 0.45 0.40 0.52 29 164969 110 5 22 83 44
CRW_00620 0.18 0.22 0.15 14 150884 136 23 54 59 49
CRW_00621 0.37 0.35 0.38 25 153116 137 6 34 97 46
CRW_00623 0.25 0.20 0.31 17 129740 100 5 33 62 66
CRW_00633 0.58 0.55 0.62 58 63453 37 8 27 2 48
CRW_00634 0.58 0.59 0.57 55 64524 43 12 29 2 39
CRW_00670 0.76 0.71 0.83 85 70022 19 0 18 1 35
CRW_00671 0.73 0.70 0.77 82 62728 31 1 24 6 35
CRW_00672 0.53 0.52 0.55 58 72284 55 8 40 7 53
CRW_00674 0.70 0.66 0.74 82 83325 34 5 24 5 42
CRW_00676 0.42 0.44 0.40 51 93400 81 20 57 4 64
CRW_00692 0.45 0.44 0.47 40 68549 53 16 30 7 50
PDB_00827 0.77 0.65 0.90 53 26969 8 0 6 2 28
PDB_00919 0.56 0.52 0.59 54 44162 41 5 32 4 49
RFA_00597 0.60 0.61 0.59 67 97789 69 16 31 22 42
RFA_00598 0.47 0.47 0.48 47 84569 79 6 44 29 54
RFA_00599 0.71 0.73 0.70 81 101359 59 10 25 24 30
RFA_00600 0.67 0.72 0.62 72 120178 86 21 24 41 28
RFA_00601 0.33 0.36 0.30 41 99097 108 37 60 11 73
RFA_00602 0.63 0.67 0.58 78 101341 68 25 31 12 38
TMR_00173 0.32 0.36 0.29 15 42143 71 13 24 34 27
TMR_00357 0.37 0.35 0.39 32 82946 70 10 40 20 60
TMR_00601 0.32 0.31 0.34 13 58958 72 5 20 47 29
TMR_00696 0.27 0.25 0.29 29 84977 86 12 60 14 85

^top



Performance of RSpredict(seed) - scored lower in this pairwise comparison

1. Total counts & total scores for RSpredict(seed)

Total Base Pair Counts
Total TP 323
Total TN 17648345
Total FP 1595
Total FP CONTRA 115
Total FP INCONS 1275
Total FP COMP 205
Total FN 28859
Total Scores
MCC 0.045
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.033 ± 0.008
Sensitivity 0.011
Positive Predictive Value 0.189
Nr of predictions 280

^top



2. Individual counts for RSpredict(seed) [ download as .csv ]

RNA Chain Rfam family MCC SENS PPV TP TN FP FP CONTRA FP INCONS FP COMP FN
ASE_00001 0.00 0.00 0.00 0 34191 0 0 0 0 75
ASE_00002 0.00 0.00 0.00 0 35511 0 0 0 0 73
ASE_00004 0.00 0.00 0.00 0 47894 2 0 1 1 97
ASE_00005 0.14 0.03 0.57 4 57963 3 0 3 0 113
ASE_00006 0.00 0.00 0.00 0 47583 3 0 3 0 93
ASE_00007 0.16 0.05 0.56 5 59676 4 0 4 0 105
ASE_00009 0.00 0.00 0.00 0 26106 0 0 0 0 67
ASE_00012 0.00 0.00 0.00 0 73914 6 0 6 0 123
ASE_00014 0.00 0.00 0.00 0 54285 0 0 0 0 106
ASE_00017 0.00 0.00 0.00 0 51038 2 0 2 0 64
ASE_00018 0.13 0.04 0.35 6 80584 11 0 11 0 128
ASE_00020 0.04 0.01 0.25 1 73916 3 0 3 0 125
ASE_00021 0.00 0.00 0.00 0 104189 7 1 6 0 160
ASE_00022 0.00 0.00 0.00 0 83008 21 3 17 1 124
ASE_00023 0.00 0.00 0.00 0 84246 9 0 9 0 127
ASE_00025 0.00 0.00 0.00 0 78605 1 0 1 0 71
ASE_00026 0.07 0.02 0.25 2 59677 6 1 5 0 108
ASE_00028 0.02 0.01 0.05 1 84646 22 5 14 3 125
ASE_00029 0.00 0.00 0.00 0 83024 4 0 4 0 122
ASE_00030 0.11 0.03 0.44 4 85482 5 0 5 0 141
ASE_00031 0.00 0.00 0.00 0 86724 12 2 10 0 126
ASE_00032 0.00 0.00 0.00 0 80196 5 0 4 1 118
ASE_00033 0.12 0.03 0.44 4 64971 5 0 5 0 117
ASE_00035 0.00 0.00 0.00 0 70496 6 0 4 2 118
ASE_00036 0.00 0.00 0.00 0 75845 10 0 10 0 132
ASE_00037 0.00 0.00 0.00 0 59335 5 0 5 0 110
ASE_00038 0.00 0.00 0.00 0 53623 5 0 5 0 101
ASE_00040 0.02 0.01 0.07 1 78989 13 0 13 0 132
ASE_00041 0.00 0.00 0.00 0 57624 6 0 6 0 108
ASE_00042 0.09 0.03 0.29 4 90086 10 0 10 0 141
ASE_00044 0.03 0.01 0.10 1 54605 9 0 9 0 104
ASE_00046 0.11 0.03 0.43 3 50396 4 0 4 0 100
ASE_00047 0.00 0.00 0.00 0 74303 2 0 2 0 130
ASE_00052 0.18 0.04 0.71 5 61418 2 0 2 0 107
ASE_00053 0.00 0.00 0.00 0 79398 3 0 3 0 133
ASE_00057 0.05 0.01 0.17 2 82203 11 0 10 1 132
ASE_00064 0.00 0.00 0.00 0 45448 3 0 3 0 89
ASE_00066 0.16 0.03 0.80 4 72385 1 0 1 0 126
ASE_00068 0.05 0.01 0.25 1 37671 3 0 3 0 84
ASE_00069 0.00 0.00 0.00 0 83022 6 1 5 0 140
ASE_00074 0.21 0.07 0.67 8 67884 4 0 4 0 111
ASE_00075 0.00 0.00 0.00 0 108804 8 0 7 1 162
ASE_00076 0.00 0.00 0.00 0 68256 9 0 9 0 118
ASE_00077 0.09 0.02 0.33 2 45144 4 1 3 0 84
ASE_00078 0.00 0.00 0.00 0 43071 0 0 0 0 83
ASE_00079 0.00 0.00 0.00 0 55606 5 0 5 0 100
ASE_00080 0.00 0.00 0.00 0 71623 9 2 6 1 123
ASE_00081 0.00 0.00 0.00 0 49768 2 0 2 0 97
ASE_00082 0.00 0.00 0.00 0 70494 6 0 6 0 116
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Matthews Correlation Coeffient, Sensitivity and Positive Predictive Value have been calculated based on the paper by Gardener & Giegerich, 2004.