CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
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Table of contents:

  1. Overview

  2. Performance Plots

  3. Performance of IPknot - scored higher in this pairwise comparison

  4. Performance of RSpredict(seed) - scored lower in this pairwise comparison

  5. Compile and download dataset for IPknot & RSpredict(seed) [.zip] - may take several seconds...


Overview

Metric IPknot RSpredict(seed)
MCC 0.640 > 0.045
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.633 ± 0.017 > 0.033 ± 0.008
Sensitivity 0.567 > 0.011
Positive Predictive Value 0.723 > 0.189
Total TP 16556 > 323
Total TN 17627154 < 17648345
Total FP 7735 > 1595
Total FP CONTRA 949 > 115
Total FP INCONS 5399 > 1275
Total FP COMP 1387 > 205
Total FN 12626 < 28859
P-value 3.56938820447e-08

^top




Performance plots


  1. Comparison of performance of IPknot and RSpredict(seed). Positive Predictive Value (PPV) is plotted against sensitivity. Each dot represents a single test of each method. See tables below for raw data (individual counts for IPknot and RSpredict(seed)).

  2. Average Matthews Correlation Coefficients (MCC) with 95% confidence intervals (CIs) were plotted for different RNA families, for which at least 3 members were present in the benchmarking dataset. 'n' denotes the number of MCCs used to calculate the average and CI. See tables below for raw data (individual counts for IPknot and RSpredict(seed)).

  3. Comparison of average Matthews Correlation Coefficients (MCCs) for IPknot and RSpredict(seed). The whiskers correspond to 95% confidence intervals (CIs). 'n' denotes the number of MCCs used to calculate average MCCs and CIs. See tables below for raw data (individual counts for IPknot and RSpredict(seed)).

^top





Performance of IPknot - scored higher in this pairwise comparison

1. Total counts & total scores for IPknot

Total Base Pair Counts
Total TP 16556
Total TN 17627154
Total FP 7735
Total FP CONTRA 949
Total FP INCONS 5399
Total FP COMP 1387
Total FN 12626
Total Scores
MCC 0.640
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.633 ± 0.017
Sensitivity 0.567
Positive Predictive Value 0.723
Nr of predictions 280

^top



2. Individual counts for IPknot [ download as .csv ]

RNA Chain Rfam family MCC SENS PPV TP TN FP FP CONTRA FP INCONS FP COMP FN
ASE_00001 0.76 0.73 0.80 55 34122 20 3 11 6 20
ASE_00002 0.68 0.62 0.75 45 35451 20 2 13 5 28
ASE_00004 0.75 0.66 0.85 64 47820 11 5 6 0 33
ASE_00005 0.59 0.51 0.69 60 57883 30 0 27 3 57
ASE_00006 0.60 0.52 0.70 48 47517 22 3 18 1 45
ASE_00007 0.63 0.55 0.72 60 59602 27 0 23 4 50
ASE_00009 0.71 0.67 0.75 45 26046 15 0 15 0 22
ASE_00012 0.66 0.56 0.78 69 73832 22 5 14 3 54
ASE_00014 0.56 0.50 0.63 53 54201 33 7 24 2 53
ASE_00017 0.28 0.31 0.26 20 50962 71 19 39 13 44
ASE_00018 0.70 0.64 0.77 86 80489 27 0 26 1 48
ASE_00020 0.67 0.58 0.77 73 73825 22 2 20 0 53
ASE_00021 0.70 0.57 0.85 91 104089 21 3 13 5 69
ASE_00022 0.69 0.52 0.93 64 82959 9 0 5 4 60
ASE_00023 0.69 0.59 0.82 75 84163 20 0 17 3 52
ASE_00025 0.39 0.35 0.43 25 78548 82 5 28 49 46
ASE_00026 0.56 0.50 0.63 55 59598 36 3 29 4 55
ASE_00028 0.70 0.60 0.81 76 84572 24 3 15 6 50
ASE_00029 0.68 0.57 0.81 70 82942 16 4 12 0 52
ASE_00030 0.78 0.70 0.87 102 85374 15 3 12 0 43
ASE_00031 0.62 0.54 0.71 68 86640 32 1 27 4 58
ASE_00032 0.68 0.58 0.78 69 80112 22 0 19 3 49
ASE_00033 0.71 0.57 0.88 69 64902 11 0 9 2 52
ASE_00035 0.44 0.30 0.66 35 70447 21 4 14 3 83
ASE_00036 0.58 0.52 0.66 68 75752 37 4 31 2 64
ASE_00037 0.47 0.39 0.57 43 59265 34 0 32 2 67
ASE_00038 0.59 0.53 0.66 54 53546 28 4 24 0 47
ASE_00040 0.51 0.42 0.62 56 78913 38 0 34 4 77
ASE_00041 0.69 0.50 0.96 54 57574 4 0 2 2 54
ASE_00042 0.60 0.51 0.70 74 89994 33 1 31 1 71
ASE_00044 0.70 0.70 0.72 73 54513 34 3 26 5 32
ASE_00046 0.67 0.45 1.00 46 50357 1 0 0 1 57
ASE_00047 0.69 0.52 0.93 67 74233 5 1 4 0 63
ASE_00052 0.61 0.51 0.72 57 61346 26 0 22 4 55
ASE_00053 0.67 0.62 0.74 82 79290 31 6 23 2 51
ASE_00057 0.69 0.59 0.80 79 82116 23 3 17 3 55
ASE_00064 0.68 0.60 0.77 53 45382 22 3 13 6 36
ASE_00066 0.78 0.63 0.95 82 72304 4 0 4 0 48
ASE_00068 0.75 0.60 0.94 51 37621 3 0 3 0 34
ASE_00069 0.65 0.56 0.76 78 82926 26 4 20 2 62
ASE_00074 0.49 0.45 0.54 53 67798 45 4 41 0 66
ASE_00075 0.71 0.61 0.83 99 108691 25 2 19 4 63
ASE_00076 0.60 0.53 0.68 63 68173 31 3 26 2 55
ASE_00077 0.68 0.53 0.87 46 45097 12 2 5 5 40
ASE_00078 0.70 0.57 0.87 47 43017 7 1 6 0 36
ASE_00079 0.61 0.54 0.68 54 55532 25 2 23 0 46
ASE_00080 0.41 0.36 0.47 44 71537 54 5 45 4 79
ASE_00081 0.79 0.71 0.88 69 49692 10 1 8 1 28
ASE_00082 0.83 0.74 0.93 86 70408 18 0 6 12 30
ASE_00083 0.77 0.72 0.82 79 62385 22 0 17 5 31
ASE_00084 0.83 0.74 0.94 73 53550 8 1 4 3 26
ASE_00087 0.74 0.63 0.87 90 88306 14 2 12 0 54
ASE_00090 0.66 0.58 0.75 59 55532 20 1 19 0 42
ASE_00092 0.85 0.78 0.93 88 63451 9 1 6 2 25
ASE_00096 0.59 0.52 0.67 60 63456 30 3 27 0 55
ASE_00099 0.80 0.70 0.92 84 64529 7 0 7 0 36
ASE_00100 0.29 0.25 0.33 19 82158 85 2 36 47 57
ASE_00102 0.72 0.65 0.81 108 117721 29 5 21 3 58
ASE_00104 0.75 0.66 0.84 79 64167 15 2 13 0 40
ASE_00105 0.48 0.41 0.56 46 64179 39 6 30 3 65
ASE_00107 0.73 0.66 0.82 84 73050 19 1 18 0 43
ASE_00108 0.45 0.43 0.47 27 46913 62 5 26 31 36
ASE_00111 0.16 0.14 0.18 8 50041 46 12 25 9 49
ASE_00112 0.80 0.67 0.95 78 75384 10 1 3 6 38
ASE_00115 0.74 0.68 0.81 69 54530 23 4 12 7 32
ASE_00116 0.32 0.24 0.42 16 31588 25 1 21 3 50
ASE_00118 0.40 0.37 0.44 38 60639 50 3 46 1 64
ASE_00119 0.85 0.81 0.91 87 62739 9 1 8 0 21
ASE_00120 0.62 0.55 0.69 52 46896 23 7 16 0 42
ASE_00121 0.43 0.37 0.51 34 45083 34 4 29 1 58
ASE_00122 0.73 0.65 0.83 57 43296 12 0 12 0 31
ASE_00123 0.52 0.49 0.55 42 38427 38 2 32 4 43
ASE_00125 0.75 0.65 0.86 57 39274 11 0 9 2 31
ASE_00126 0.65 0.59 0.72 48 40403 25 1 18 6 34
ASE_00128 0.78 0.65 0.94 65 53232 7 0 4 3 35
ASE_00129 0.70 0.67 0.74 74 62735 27 5 21 1 37
ASE_00131 0.80 0.66 0.98 56 39283 5 0 1 4 29
ASE_00132 0.63 0.48 0.82 46 50347 11 1 9 1 49
ASE_00134 0.51 0.47 0.55 45 50321 37 4 33 0 50
ASE_00135 0.67 0.58 0.79 63 63110 22 1 16 5 46
ASE_00136 0.61 0.52 0.72 48 48138 28 1 18 9 44
ASE_00137 0.75 0.68 0.82 67 48434 15 0 15 0 31
ASE_00138 0.58 0.48 0.70 39 40414 17 1 16 0 42
ASE_00139 0.73 0.63 0.84 66 54206 15 0 13 2 38
ASE_00140 0.72 0.61 0.85 76 70787 14 3 10 1 49
ASE_00142 0.73 0.65 0.81 79 67064 19 4 14 1 43
ASE_00145 0.63 0.53 0.75 59 70046 24 5 15 4 52
ASE_00146 0.55 0.43 0.72 53 70802 22 5 16 1 71
ASE_00148 0.74 0.69 0.80 106 112443 26 3 23 0 48
ASE_00151 0.52 0.49 0.55 48 51916 41 9 30 2 50
ASE_00153 0.52 0.51 0.54 37 57562 60 6 25 29 36
ASE_00154 0.70 0.64 0.76 68 65252 24 2 19 3 39
ASE_00155 0.58 0.52 0.64 74 93412 45 4 38 3 68
ASE_00163 0.39 0.35 0.43 33 53224 53 4 40 9 60
ASE_00165 0.65 0.55 0.77 56 52902 18 4 13 1 45
ASE_00168 0.28 0.31 0.26 20 60648 74 18 40 16 44
ASE_00169 0.52 0.44 0.62 47 57215 30 0 29 1 60
ASE_00170 0.63 0.55 0.73 51 48758 20 3 16 1 42
ASE_00171 0.71 0.67 0.76 63 48433 20 4 16 0 31
ASE_00172 0.81 0.71 0.94 75 58916 5 1 4 0 31
ASE_00174 0.63 0.60 0.66 65 60977 33 8 25 0 44
ASE_00175 0.62 0.55 0.70 59 59947 26 2 23 1 48
ASE_00176 0.45 0.42 0.49 46 59937 50 6 42 2 64
ASE_00179 0.65 0.56 0.75 47 44190 18 2 14 2 37
ASE_00180 0.69 0.56 0.85 56 51294 10 2 8 0 44
ASE_00181 0.60 0.53 0.67 56 57547 31 0 27 4 50
ASE_00182 0.57 0.53 0.62 72 84139 44 3 41 0 64
ASE_00184 0.71 0.70 0.73 71 54518 26 4 22 0 31
ASE_00185 0.79 0.69 0.92 88 73440 10 0 8 2 40
ASE_00186 0.74 0.68 0.81 90 78892 26 1 20 5 42
ASE_00187 0.53 0.43 0.65 49 68560 28 2 24 2 66
ASE_00189 0.72 0.58 0.91 59 63125 8 1 5 2 43
ASE_00190 0.75 0.58 0.98 52 45398 3 0 1 2 38
ASE_00192 0.71 0.62 0.80 83 84562 26 2 19 5 50
ASE_00194 0.53 0.45 0.64 53 73453 34 0 30 4 66
ASE_00196 0.76 0.75 0.78 56 31554 20 2 14 4 19
ASE_00197 0.67 0.57 0.78 83 89147 28 1 22 5 62
ASE_00198 0.72 0.63 0.83 64 52573 13 2 11 0 38
ASE_00203 0.77 0.69 0.87 66 46589 10 1 9 0 30
ASE_00204 0.64 0.45 0.93 50 67842 8 0 4 4 62
ASE_00205 0.53 0.49 0.59 44 45981 33 6 25 2 46
ASE_00209 0.53 0.49 0.58 43 42997 31 5 26 0 45
ASE_00210 0.58 0.58 0.58 38 27195 30 7 21 2 27
ASE_00212 0.73 0.68 0.79 101 93833 31 3 24 4 47
ASE_00213 0.77 0.67 0.90 44 27212 5 1 4 0 22
ASE_00214 0.80 0.78 0.83 80 56184 23 3 13 7 23
ASE_00215 0.48 0.41 0.56 41 48443 32 1 31 0 58
ASE_00216 0.66 0.62 0.70 51 39267 22 3 19 0 31
ASE_00217 0.34 0.29 0.41 26 40406 39 7 31 1 64
ASE_00221 0.61 0.46 0.82 54 64554 12 1 11 0 63
ASE_00222 0.66 0.62 0.70 98 111961 42 4 38 0 59
ASE_00227 0.33 0.29 0.37 39 78897 67 5 62 0 94
ASE_00228 0.78 0.74 0.82 64 46893 16 6 8 2 22
ASE_00229 0.73 0.63 0.83 55 42420 12 3 8 1 32
ASE_00231 0.74 0.66 0.83 63 47819 13 3 10 0 33
ASE_00232 0.80 0.77 0.82 65 38424 14 7 7 0 19
ASE_00234 0.58 0.49 0.70 63 75376 31 2 25 4 66
ASE_00237 0.00 0.00 0.00 0 45686 81 18 49 14 56
ASE_00238 0.64 0.54 0.75 62 64178 22 1 20 1 52
ASE_00240 0.59 0.54 0.64 50 46587 30 1 27 2 43
ASE_00241 0.72 0.60 0.87 52 43896 8 1 7 0 35
ASE_00242 0.73 0.59 0.92 66 61003 6 1 5 0 46
ASE_00246 0.38 0.34 0.43 23 48151 40 6 25 9 44
ASE_00247 0.27 0.30 0.25 19 54209 72 17 40 15 45
ASE_00248 0.71 0.61 0.84 69 62399 15 0 13 2 45
ASE_00250 0.67 0.53 0.85 69 78922 15 4 8 3 62
ASE_00252 0.77 0.64 0.92 108 115323 13 0 9 4 60
ASE_00254 0.76 0.68 0.85 56 36790 15 3 7 5 26
ASE_00255 0.72 0.62 0.85 80 74597 14 3 11 0 50
ASE_00257 0.76 0.63 0.91 61 50973 6 1 5 0 36
ASE_00259 0.60 0.45 0.80 55 73084 16 1 13 2 66
ASE_00263 0.70 0.62 0.80 74 70407 19 3 16 0 46
ASE_00264 0.53 0.49 0.57 49 49055 45 1 36 8 51
ASE_00267 0.54 0.42 0.70 37 45097 22 0 16 6 51
ASE_00270 0.76 0.73 0.79 93 72273 26 1 23 2 35
ASE_00274 0.64 0.55 0.75 57 55535 19 5 14 0 46
ASE_00277 0.59 0.53 0.66 48 48132 25 4 21 0 43
ASE_00279 0.73 0.62 0.86 63 53228 10 3 7 0 38
ASE_00280 0.70 0.61 0.81 60 51929 15 1 13 1 38
ASE_00281 0.82 0.74 0.90 65 44479 13 0 7 6 23
ASE_00282 0.55 0.51 0.60 65 77706 44 6 38 0 62
ASE_00283 0.77 0.72 0.83 77 61683 16 5 11 0 30
ASE_00284 0.69 0.68 0.72 73 58209 34 5 24 5 35
ASE_00285 0.80 0.75 0.86 91 68900 23 3 12 8 31
ASE_00286 0.67 0.57 0.80 52 46600 17 1 12 4 40
ASE_00287 0.72 0.69 0.76 71 54853 23 2 20 1 32
ASE_00288 0.77 0.59 1.00 55 46001 0 0 0 0 38
ASE_00289 0.79 0.69 0.90 109 100904 15 5 7 3 48
ASE_00292 0.68 0.60 0.76 83 81701 27 2 24 1 55
ASE_00294 0.78 0.68 0.90 117 114351 14 1 12 1 54
ASE_00295 0.72 0.63 0.84 82 73822 16 3 13 0 49
ASE_00296 0.48 0.43 0.53 63 91688 56 5 50 1 82
ASE_00297 0.68 0.62 0.74 61 52893 21 3 18 0 37
ASE_00298 0.57 0.51 0.64 58 67438 34 1 31 2 55
ASE_00299 0.63 0.56 0.72 56 49377 27 1 21 5 44
ASE_00313 0.69 0.66 0.71 59 62398 44 4 20 20 30
ASE_00316 0.78 0.63 0.97 62 107816 35 0 2 33 36
ASE_00318 0.52 0.43 0.64 51 80120 32 4 25 3 67
ASE_00327 0.74 0.72 0.76 64 57207 25 6 14 5 25
ASE_00328 0.70 0.60 0.83 67 72690 20 4 10 6 45
ASE_00330 0.75 0.71 0.79 64 56199 35 0 17 18 26
ASE_00332 0.55 0.50 0.60 69 81695 47 2 44 1 69
ASE_00335 0.68 0.59 0.78 68 75379 25 2 17 6 48
ASE_00337 0.60 0.59 0.62 42 39272 39 5 21 13 29
ASE_00338 0.77 0.68 0.87 67 66353 26 3 7 16 31
ASE_00339 0.72 0.63 0.82 75 80108 26 0 17 9 44
ASE_00340 0.76 0.75 0.77 64 45973 25 8 11 6 21
ASE_00342 0.75 0.68 0.83 78 62387 17 1 15 1 37
ASE_00343 0.77 0.67 0.87 76 83349 21 0 11 10 37
ASE_00346 0.37 0.34 0.40 33 48123 51 3 46 2 64
ASE_00353 0.57 0.51 0.63 55 57882 35 4 29 2 52
ASE_00359 0.51 0.43 0.61 34 42722 22 3 19 0 46
ASE_00360 0.50 0.45 0.57 29 29352 22 3 19 0 36
ASE_00361 0.53 0.47 0.59 60 75364 45 9 33 3 67
ASE_00362 0.66 0.59 0.74 54 48132 20 2 17 1 37
ASE_00363 0.76 0.64 0.91 60 51294 7 0 6 1 34
ASE_00364 0.63 0.56 0.70 59 54201 25 3 22 0 46
ASE_00366 0.54 0.51 0.58 50 58567 36 5 31 0 48
ASE_00367 0.62 0.55 0.71 47 43005 23 5 14 4 39
ASE_00369 0.73 0.71 0.75 76 55843 27 0 26 1 31
ASE_00370 0.49 0.43 0.55 36 41840 29 1 28 0 48
ASE_00372 0.74 0.68 0.80 68 51918 20 3 14 3 32
ASE_00374 0.64 0.61 0.68 54 44770 26 5 21 0 34
ASE_00375 0.79 0.70 0.89 77 60291 10 1 9 0 33
ASE_00376 0.62 0.57 0.68 60 56865 30 5 23 2 45
ASE_00377 0.77 0.74 0.81 79 57532 24 3 16 5 28
ASE_00379 0.70 0.62 0.79 55 45986 16 5 10 1 34
ASE_00380 0.54 0.49 0.59 49 54863 35 4 30 1 50
ASE_00382 0.69 0.58 0.82 49 41845 14 5 6 3 35
ASE_00383 0.71 0.64 0.80 67 54531 19 5 12 2 38
ASE_00384 0.73 0.71 0.76 65 48430 25 1 20 4 27
ASE_00385 0.63 0.56 0.73 45 41843 17 7 10 0 36
ASE_00386 0.65 0.60 0.70 58 50320 30 1 24 5 38
ASE_00387 0.75 0.65 0.86 68 55866 13 1 10 2 36
ASE_00388 0.74 0.61 0.90 54 45693 7 0 6 1 35
ASE_00390 0.77 0.71 0.85 60 42124 18 0 11 7 25
ASE_00393 0.72 0.65 0.81 60 47821 15 0 14 1 33
ASE_00394 0.80 0.76 0.85 71 46887 14 3 10 1 22
ASE_00395 0.77 0.73 0.81 61 41541 14 2 12 0 23
ASE_00396 0.68 0.61 0.76 51 41549 18 5 11 2 32
ASE_00397 0.81 0.72 0.92 76 54532 7 2 5 0 29
ASE_00398 0.65 0.59 0.72 61 55860 25 1 23 1 43
ASE_00400 0.74 0.65 0.83 69 57887 15 1 13 1 37
ASE_00401 0.64 0.60 0.68 75 76918 35 5 30 0 51
ASE_00402 0.68 0.60 0.77 51 42420 15 4 11 0 34
ASE_00403 0.57 0.47 0.69 50 55873 22 0 22 0 57
ASE_00404 0.58 0.51 0.66 43 43006 22 1 21 0 42
ASE_00406 0.74 0.64 0.87 60 48759 11 0 9 2 34
ASE_00411 0.59 0.46 0.75 41 49400 15 5 9 1 48
ASE_00412 0.56 0.47 0.67 49 58238 24 7 17 0 56
ASE_00413 0.47 0.46 0.49 37 44475 42 5 34 3 44
ASE_00414 0.46 0.40 0.52 38 46287 42 2 33 7 57
ASE_00415 0.70 0.65 0.74 67 54856 28 1 22 5 36
ASE_00416 0.71 0.60 0.84 76 77330 20 0 15 5 51
ASE_00417 0.43 0.41 0.46 41 54525 53 4 45 4 59
ASE_00418 0.20 0.19 0.21 14 38714 55 2 51 2 61
ASE_00419 0.78 0.74 0.83 76 54854 17 3 13 1 27
ASE_00422 0.69 0.65 0.74 61 46889 26 6 15 5 33
ASE_00423 0.65 0.64 0.66 70 56847 36 6 30 0 39
ASE_00426 0.59 0.52 0.68 56 60993 26 1 25 0 52
ASE_00428 0.65 0.59 0.72 74 76533 33 2 27 4 51
ASE_00430 0.76 0.68 0.85 66 46893 17 3 9 5 31
ASE_00431 0.71 0.61 0.82 58 46289 18 1 12 5 37
ASE_00434 0.70 0.60 0.81 66 68184 23 3 12 8 44
ASE_00437 0.55 0.41 0.74 56 79325 20 0 20 0 79
ASE_00438 0.69 0.59 0.79 69 65979 18 0 18 0 47
ASE_00441 0.79 0.72 0.86 81 64167 15 2 11 2 31
ASE_00447 0.67 0.59 0.77 68 60290 25 0 20 5 48
ASE_00448 0.53 0.42 0.66 47 64190 30 4 20 6 65
ASE_00451 0.75 0.66 0.85 82 70780 14 2 12 0 43
CRW_00013 0.33 0.26 0.42 30 103669 55 7 34 14 85
CRW_00016 0.75 0.67 0.83 80 77325 26 6 10 10 40
CRW_00610 0.61 0.54 0.68 44 36250 21 6 15 0 37
CRW_00613 0.86 0.78 0.94 61 34915 13 1 3 9 17
CRW_00614 0.13 0.14 0.13 8 121707 95 15 41 39 49
CRW_00618 0.25 0.25 0.26 15 56223 56 5 37 14 46
CRW_00619 0.42 0.30 0.58 22 164987 82 4 12 66 51
CRW_00620 0.20 0.21 0.19 13 150907 93 14 41 38 50
CRW_00621 0.35 0.31 0.39 22 153125 120 4 30 86 49
CRW_00623 0.30 0.23 0.39 19 129746 89 5 25 59 64
CRW_00633 0.64 0.58 0.72 61 63461 25 5 19 1 45
CRW_00634 0.60 0.56 0.65 53 64538 30 10 19 1 41
CRW_00670 0.83 0.78 0.87 94 70017 14 6 8 0 26
CRW_00671 0.82 0.74 0.92 86 62742 8 1 6 1 31
CRW_00672 0.76 0.72 0.80 80 72290 24 8 12 4 31
CRW_00674 0.75 0.69 0.83 85 83333 20 7 11 2 39
CRW_00676 0.47 0.44 0.51 51 93428 52 14 35 3 64
CRW_00692 0.56 0.47 0.68 42 68573 21 7 13 1 48
PDB_00827 0.79 0.65 0.95 53 26972 5 0 3 2 28
PDB_00919 0.53 0.47 0.62 48 44175 34 2 28 4 55
RFA_00597 0.52 0.50 0.55 54 97804 55 4 41 10 55
RFA_00598 0.49 0.48 0.51 48 84572 68 5 41 22 53
RFA_00599 0.75 0.73 0.77 81 101370 40 8 16 16 30
RFA_00600 0.22 0.22 0.21 22 120191 99 29 53 17 78
RFA_00601 0.45 0.46 0.43 53 99113 82 25 44 13 61
RFA_00602 0.42 0.43 0.40 50 101351 83 20 54 9 66
TMR_00173 0.50 0.40 0.63 17 42168 32 2 8 22 25
TMR_00357 0.52 0.49 0.56 45 82948 53 16 19 18 47
TMR_00601 0.61 0.48 0.77 20 58970 37 0 6 31 22
TMR_00696 0.51 0.50 0.53 57 84970 62 9 42 11 57

^top



Performance of RSpredict(seed) - scored lower in this pairwise comparison

1. Total counts & total scores for RSpredict(seed)

Total Base Pair Counts
Total TP 323
Total TN 17648345
Total FP 1595
Total FP CONTRA 115
Total FP INCONS 1275
Total FP COMP 205
Total FN 28859
Total Scores
MCC 0.045
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.033 ± 0.008
Sensitivity 0.011
Positive Predictive Value 0.189
Nr of predictions 280

^top



2. Individual counts for RSpredict(seed) [ download as .csv ]

RNA Chain Rfam family MCC SENS PPV TP TN FP FP CONTRA FP INCONS FP COMP FN
ASE_00001 0.00 0.00 0.00 0 34191 0 0 0 0 75
ASE_00002 0.00 0.00 0.00 0 35511 0 0 0 0 73
ASE_00004 0.00 0.00 0.00 0 47894 2 0 1 1 97
ASE_00005 0.14 0.03 0.57 4 57963 3 0 3 0 113
ASE_00006 0.00 0.00 0.00 0 47583 3 0 3 0 93
ASE_00007 0.16 0.05 0.56 5 59676 4 0 4 0 105
ASE_00009 0.00 0.00 0.00 0 26106 0 0 0 0 67
ASE_00012 0.00 0.00 0.00 0 73914 6 0 6 0 123
ASE_00014 0.00 0.00 0.00 0 54285 0 0 0 0 106
ASE_00017 0.00 0.00 0.00 0 51038 2 0 2 0 64
ASE_00018 0.13 0.04 0.35 6 80584 11 0 11 0 128
ASE_00020 0.04 0.01 0.25 1 73916 3 0 3 0 125
ASE_00021 0.00 0.00 0.00 0 104189 7 1 6 0 160
ASE_00022 0.00 0.00 0.00 0 83008 21 3 17 1 124
ASE_00023 0.00 0.00 0.00 0 84246 9 0 9 0 127
ASE_00025 0.00 0.00 0.00 0 78605 1 0 1 0 71
ASE_00026 0.07 0.02 0.25 2 59677 6 1 5 0 108
ASE_00028 0.02 0.01 0.05 1 84646 22 5 14 3 125
ASE_00029 0.00 0.00 0.00 0 83024 4 0 4 0 122
ASE_00030 0.11 0.03 0.44 4 85482 5 0 5 0 141
ASE_00031 0.00 0.00 0.00 0 86724 12 2 10 0 126
ASE_00032 0.00 0.00 0.00 0 80196 5 0 4 1 118
ASE_00033 0.12 0.03 0.44 4 64971 5 0 5 0 117
ASE_00035 0.00 0.00 0.00 0 70496 6 0 4 2 118
ASE_00036 0.00 0.00 0.00 0 75845 10 0 10 0 132
ASE_00037 0.00 0.00 0.00 0 59335 5 0 5 0 110
ASE_00038 0.00 0.00 0.00 0 53623 5 0 5 0 101
ASE_00040 0.02 0.01 0.07 1 78989 13 0 13 0 132
ASE_00041 0.00 0.00 0.00 0 57624 6 0 6 0 108
ASE_00042 0.09 0.03 0.29 4 90086 10 0 10 0 141
ASE_00044 0.03 0.01 0.10 1 54605 9 0 9 0 104
ASE_00046 0.11 0.03 0.43 3 50396 4 0 4 0 100
ASE_00047 0.00 0.00 0.00 0 74303 2 0 2 0 130
ASE_00052 0.18 0.04 0.71 5 61418 2 0 2 0 107
ASE_00053 0.00 0.00 0.00 0 79398 3 0 3 0 133
ASE_00057 0.05 0.01 0.17 2 82203 11 0 10 1 132
ASE_00064 0.00 0.00 0.00 0 45448 3 0 3 0 89
ASE_00066 0.16 0.03 0.80 4 72385 1 0 1 0 126
ASE_00068 0.05 0.01 0.25 1 37671 3 0 3 0 84
ASE_00069 0.00 0.00 0.00 0 83022 6 1 5 0 140
ASE_00074 0.21 0.07 0.67 8 67884 4 0 4 0 111
ASE_00075 0.00 0.00 0.00 0 108804 8 0 7 1 162
ASE_00076 0.00 0.00 0.00 0 68256 9 0 9 0 118
ASE_00077 0.09 0.02 0.33 2 45144 4 1 3 0 84
ASE_00078 0.00 0.00 0.00 0 43071 0 0 0 0 83
ASE_00079 0.00 0.00 0.00 0 55606 5 0 5 0 100
ASE_00080 0.00 0.00 0.00 0 71623 9 2 6 1 123
ASE_00081 0.00 0.00 0.00 0 49768 2 0 2 0 97
ASE_00082 0.00 0.00 0.00 0 70494 6 0 6 0 116
ASE_00083 0.00 0.00 0.00 0 62477 5 0 4 1 110
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ASE_00087 0.00 0.00 0.00 0 88406 4 0 4 0 144
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Matthews Correlation Coeffient, Sensitivity and Positive Predictive Value have been calculated based on the paper by Gardener & Giegerich, 2004.