CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
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Table of contents:

  1. Overview

  2. Performance Plots

  3. Performance of MXScarna(seed) - scored higher in this pairwise comparison

  4. Performance of RSpredict(seed) - scored lower in this pairwise comparison

  5. Compile and download dataset for MXScarna(seed) & RSpredict(seed) [.zip] - may take several seconds...


Overview

Metric MXScarna(seed) RSpredict(seed)
MCC 0.595 > 0.045
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.580 ± 0.023 > 0.033 ± 0.008
Sensitivity 0.475 > 0.011
Positive Predictive Value 0.746 > 0.189
Total TP 13811 > 323
Total TN 17591085 < 17607877
Total FP 5820 > 1593
Total FP CONTRA 638 > 115
Total FP INCONS 4054 > 1273
Total FP COMP 1128 > 205
Total FN 15289 < 28777
P-value 3.56938820447e-08

^top




Performance plots


  1. Comparison of performance of MXScarna(seed) and RSpredict(seed). Positive Predictive Value (PPV) is plotted against sensitivity. Each dot represents a single test of each method. See tables below for raw data (individual counts for MXScarna(seed) and RSpredict(seed)).

  2. Average Matthews Correlation Coefficients (MCC) with 95% confidence intervals (CIs) were plotted for different RNA families, for which at least 3 members were present in the benchmarking dataset. 'n' denotes the number of MCCs used to calculate the average and CI. See tables below for raw data (individual counts for MXScarna(seed) and RSpredict(seed)).

  3. Comparison of average Matthews Correlation Coefficients (MCCs) for MXScarna(seed) and RSpredict(seed). The whiskers correspond to 95% confidence intervals (CIs). 'n' denotes the number of MCCs used to calculate average MCCs and CIs. See tables below for raw data (individual counts for MXScarna(seed) and RSpredict(seed)).

^top





Performance of MXScarna(seed) - scored higher in this pairwise comparison

1. Total counts & total scores for MXScarna(seed)

Total Base Pair Counts
Total TP 13811
Total TN 17591085
Total FP 5820
Total FP CONTRA 638
Total FP INCONS 4054
Total FP COMP 1128
Total FN 15289
Total Scores
MCC 0.595
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.580 ± 0.023
Sensitivity 0.475
Positive Predictive Value 0.746
Nr of predictions 279

^top



2. Individual counts for MXScarna(seed) [ download as .csv ]

RNA Chain Rfam family MCC SENS PPV TP TN FP FP CONTRA FP INCONS FP COMP FN
ASE_00001 0.67 0.51 0.88 38 34148 6 0 5 1 37
ASE_00002 0.68 0.53 0.87 39 35466 7 1 5 1 34
ASE_00004 0.52 0.41 0.65 40 47833 24 4 18 2 57
ASE_00005 0.72 0.57 0.92 67 57897 8 2 4 2 50
ASE_00006 0.51 0.41 0.63 38 47526 25 3 19 3 55
ASE_00007 0.82 0.75 0.90 83 59593 12 4 5 3 27
ASE_00009 0.68 0.57 0.81 38 26059 10 1 8 1 29
ASE_00012 0.64 0.55 0.75 68 73829 26 4 19 3 55
ASE_00014 0.67 0.52 0.87 55 54222 9 0 8 1 51
ASE_00017 0.49 0.41 0.59 26 50996 36 2 16 18 38
ASE_00018 0.77 0.64 0.91 86 80507 11 2 6 3 48
ASE_00020 0.50 0.36 0.71 45 73857 21 6 12 3 81
ASE_00021 0.49 0.36 0.66 57 104110 34 4 25 5 103
ASE_00022 0.66 0.58 0.75 72 82932 31 5 19 7 52
ASE_00023 0.27 0.20 0.37 25 84188 47 2 40 5 102
ASE_00025 0.53 0.42 0.67 30 78561 28 0 15 13 41
ASE_00026 0.74 0.65 0.85 72 59600 18 5 8 5 38
ASE_00028 0.69 0.60 0.78 76 84569 29 5 16 8 50
ASE_00029 0.24 0.18 0.32 22 82960 50 6 40 4 100
ASE_00030 0.65 0.46 0.91 67 85417 9 3 4 2 78
ASE_00031 0.31 0.23 0.43 29 86668 41 3 36 2 97
ASE_00032 0.20 0.15 0.28 18 80135 55 0 47 8 100
ASE_00033 0.77 0.67 0.89 81 64889 14 3 7 4 40
ASE_00035 0.75 0.66 0.86 78 70409 18 3 10 5 40
ASE_00036 0.60 0.50 0.73 66 75764 28 3 22 3 66
ASE_00037 0.86 0.79 0.94 87 59247 9 2 4 3 23
ASE_00038 0.69 0.56 0.84 57 53560 14 1 10 3 44
ASE_00040 0.69 0.59 0.80 78 78906 22 4 15 3 55
ASE_00041 0.80 0.72 0.90 78 57543 12 2 7 3 30
ASE_00042 0.68 0.52 0.87 76 90013 14 1 10 3 69
ASE_00044 0.85 0.78 0.93 82 54527 9 3 3 3 23
ASE_00046 0.76 0.66 0.87 68 50325 13 1 9 3 35
ASE_00047 0.74 0.60 0.92 78 74220 8 2 5 1 52
ASE_00052 0.64 0.55 0.75 62 61342 24 3 18 3 50
ASE_00053 0.60 0.47 0.76 63 79318 24 4 16 4 70
ASE_00057 0.71 0.57 0.88 77 82127 14 4 7 3 57
ASE_00064 0.82 0.71 0.94 63 45384 7 1 3 3 26
ASE_00066 0.71 0.57 0.88 74 72306 11 3 7 1 56
ASE_00068 0.67 0.52 0.88 44 37625 8 1 5 2 41
ASE_00069 0.62 0.49 0.79 69 82941 22 3 15 4 71
ASE_00074 0.81 0.70 0.94 83 67808 9 2 3 4 36
ASE_00075 0.49 0.35 0.69 56 108730 31 3 22 6 106
ASE_00076 0.42 0.32 0.55 38 68196 33 2 29 2 80
ASE_00077 0.77 0.70 0.85 60 45079 14 4 7 3 26
ASE_00078 0.79 0.72 0.87 60 43002 13 2 7 4 23
ASE_00079 0.41 0.33 0.52 33 55548 32 1 29 2 67
ASE_00080 0.37 0.30 0.47 37 71552 44 6 36 2 86
ASE_00081 0.76 0.67 0.87 65 49695 13 2 8 3 32
ASE_00082 0.35 0.24 0.50 28 70444 31 1 27 3 88
ASE_00083 0.71 0.56 0.89 62 62411 11 1 7 3 48
ASE_00084 0.71 0.59 0.85 58 53560 14 1 9 4 41
ASE_00087 0.31 0.21 0.46 30 88345 36 0 35 1 114
ASE_00090 0.66 0.54 0.81 55 55543 16 2 11 3 46
ASE_00092 0.56 0.43 0.73 49 63479 21 2 16 3 64
ASE_00096 0.41 0.30 0.55 35 63482 31 1 28 2 80
ASE_00099 0.83 0.73 0.96 87 64529 7 2 2 3 33
ASE_00100 0.54 0.41 0.70 31 82171 27 1 12 14 45
ASE_00102 0.47 0.34 0.63 57 117765 36 5 28 3 109
ASE_00104 0.82 0.73 0.93 87 64167 10 2 5 3 32
ASE_00105 0.51 0.38 0.70 42 64201 21 5 13 3 69
ASE_00107 0.78 0.68 0.91 86 73058 12 2 7 3 41
ASE_00108 0.54 0.43 0.68 27 46931 25 0 13 12 36
ASE_00111 0.68 0.54 0.86 31 50050 23 0 5 18 26
ASE_00112 0.32 0.25 0.42 29 75397 42 7 33 2 87
ASE_00115 0.54 0.43 0.68 43 54552 23 1 19 3 58
ASE_00116 0.35 0.27 0.46 18 31587 22 1 20 1 48
ASE_00118 0.39 0.30 0.50 31 60664 34 3 28 3 71
ASE_00119 0.30 0.24 0.38 26 62767 43 2 40 1 82
ASE_00120 0.72 0.57 0.92 54 46912 7 0 5 2 40
ASE_00121 0.77 0.63 0.94 58 45088 5 0 4 1 34
ASE_00122 0.66 0.58 0.75 51 43297 20 1 16 3 37
ASE_00123 0.67 0.53 0.85 45 38450 10 2 6 2 40
ASE_00125 0.68 0.51 0.90 45 39290 7 1 4 2 43
ASE_00128 0.66 0.54 0.82 54 53235 15 1 11 3 46
ASE_00129 0.68 0.53 0.88 59 62768 11 1 7 3 52
ASE_00131 0.63 0.47 0.83 40 39292 10 1 7 2 45
ASE_00132 0.48 0.40 0.57 38 50336 31 4 25 2 57
ASE_00134 0.73 0.62 0.86 59 50334 13 1 9 3 36
ASE_00135 0.40 0.32 0.51 35 63121 35 4 30 1 74
ASE_00136 0.78 0.67 0.91 62 48137 9 1 5 3 30
ASE_00137 0.53 0.43 0.66 42 48452 25 2 20 3 56
ASE_00138 0.73 0.63 0.85 51 40410 13 3 6 4 30
ASE_00139 0.48 0.35 0.67 36 54231 19 0 18 1 68
ASE_00140 0.47 0.34 0.65 42 70811 26 3 20 3 83
ASE_00142 0.79 0.70 0.89 86 67064 14 3 8 3 36
ASE_00145 0.58 0.40 0.85 44 70073 9 0 8 1 67
ASE_00146 0.78 0.66 0.92 82 70787 10 2 5 3 42
ASE_00148 0.47 0.28 0.80 43 112521 12 0 11 1 111
ASE_00151 0.79 0.71 0.88 70 51923 13 7 3 3 28
ASE_00153 0.60 0.48 0.76 35 57584 26 0 11 15 38
ASE_00154 0.61 0.50 0.76 53 65271 18 4 13 1 54
ASE_00155 0.54 0.35 0.83 50 93468 12 0 10 2 92
ASE_00163 0.79 0.70 0.89 65 53228 11 2 6 3 28
ASE_00165 0.56 0.43 0.74 43 52917 19 1 14 4 58
ASE_00168 0.59 0.48 0.72 31 60683 27 0 12 15 33
ASE_00169 0.47 0.34 0.65 36 57236 22 1 18 3 71
ASE_00170 0.71 0.62 0.82 58 48757 16 2 11 3 35
ASE_00171 0.59 0.49 0.71 46 48451 22 1 18 3 48
ASE_00172 0.59 0.46 0.75 49 58931 19 4 12 3 57
ASE_00174 0.54 0.42 0.69 46 61008 24 3 18 3 63
ASE_00175 0.71 0.55 0.91 59 59966 9 1 5 3 48
ASE_00176 0.46 0.35 0.60 38 59968 27 1 24 2 72
ASE_00179 0.57 0.49 0.66 41 44191 24 4 17 3 43
ASE_00180 0.72 0.61 0.85 61 51288 14 2 9 3 39
ASE_00181 0.59 0.45 0.76 48 57567 19 3 12 4 58
ASE_00182 0.35 0.24 0.51 33 84190 33 3 29 1 103
ASE_00184 0.69 0.55 0.86 56 54550 12 0 9 3 46
ASE_00185 0.23 0.16 0.32 21 73470 46 8 37 1 107
ASE_00186 0.72 0.62 0.84 82 78905 21 2 14 5 50
ASE_00187 0.58 0.43 0.78 49 68572 17 1 13 3 66
ASE_00189 0.63 0.57 0.70 58 63107 35 5 20 10 44
ASE_00190 0.53 0.42 0.67 38 45394 23 5 14 4 52
ASE_00192 0.29 0.23 0.38 30 84588 51 6 42 3 103
ASE_00194 0.60 0.50 0.71 60 73452 32 5 19 8 59
ASE_00196 0.66 0.52 0.85 39 31580 9 0 7 2 36
ASE_00197 0.67 0.55 0.82 80 89156 20 2 15 3 65
ASE_00198 0.75 0.61 0.93 62 52583 8 1 4 3 40
ASE_00203 0.56 0.47 0.68 45 46599 24 1 20 3 51
ASE_00204 0.62 0.53 0.72 59 67814 30 6 17 7 53
ASE_00205 0.71 0.59 0.85 53 45994 12 0 9 3 37
ASE_00209 0.77 0.65 0.92 57 43009 7 0 5 2 31
ASE_00210 0.69 0.54 0.90 35 27222 5 0 4 1 30
ASE_00212 0.67 0.54 0.82 80 93864 20 2 15 3 68
ASE_00213 0.65 0.48 0.86 32 27224 6 0 5 1 34
ASE_00214 0.74 0.63 0.87 65 56205 13 2 8 3 38
ASE_00215 0.38 0.26 0.54 26 48468 23 2 20 1 73
ASE_00216 0.69 0.59 0.81 48 39281 14 3 8 3 34
ASE_00217 0.81 0.71 0.93 64 40401 8 2 3 3 26
ASE_00221 0.78 0.69 0.89 81 64529 13 2 8 3 36
ASE_00222 0.47 0.27 0.82 42 112050 10 0 9 1 115
ASE_00227 0.28 0.21 0.38 28 78930 47 1 44 2 105
ASE_00228 0.62 0.51 0.76 44 46913 18 2 12 4 42
ASE_00229 0.72 0.62 0.84 54 42422 13 1 9 3 33
ASE_00231 0.49 0.40 0.60 38 47832 27 5 20 2 58
ASE_00232 0.63 0.57 0.71 48 38435 23 4 16 3 36
ASE_00234 0.23 0.17 0.32 22 75398 48 3 43 2 107
ASE_00237 0.56 0.48 0.66 27 45712 30 2 12 16 29
ASE_00238 0.54 0.39 0.76 44 64203 17 3 11 3 70
ASE_00240 0.61 0.49 0.74 46 46603 19 1 15 3 47
ASE_00241 0.80 0.72 0.89 63 43885 11 2 6 3 24
ASE_00242 0.82 0.75 0.90 84 60982 12 2 7 3 28
ASE_00246 0.60 0.48 0.74 32 48162 25 0 11 14 35
ASE_00247 0.59 0.48 0.72 31 54242 28 0 12 16 33
ASE_00248 0.81 0.72 0.92 82 62392 11 2 5 4 32
ASE_00250 0.60 0.49 0.73 64 78915 25 4 20 1 67
ASE_00252 0.47 0.35 0.64 58 115350 37 4 28 5 110
ASE_00254 0.67 0.59 0.77 48 36794 17 1 13 3 34
ASE_00255 0.61 0.50 0.74 65 74603 26 5 18 3 65
ASE_00257 0.72 0.58 0.90 56 50978 9 4 2 3 41
ASE_00259 0.59 0.48 0.73 58 73073 28 1 21 6 63
ASE_00263 0.52 0.39 0.68 47 70431 25 3 19 3 73
ASE_00264 0.28 0.14 0.56 14 49116 15 0 11 4 86
ASE_00267 0.75 0.65 0.86 57 45084 12 2 7 3 31
ASE_00270 0.39 0.27 0.56 35 72328 32 0 27 5 93
ASE_00274 0.60 0.48 0.77 49 55547 18 1 14 3 54
ASE_00277 0.60 0.48 0.75 44 48146 19 1 14 4 47
ASE_00279 0.78 0.65 0.93 66 53230 8 2 3 3 35
ASE_00280 0.73 0.62 0.85 61 51931 14 1 10 3 37
ASE_00281 0.79 0.68 0.91 60 44485 9 2 4 3 28
ASE_00282 0.48 0.35 0.65 45 77746 26 3 21 2 82
ASE_00283 0.68 0.56 0.82 60 61703 16 2 11 3 47
ASE_00284 0.67 0.54 0.84 58 58242 14 2 9 3 50
ASE_00285 0.51 0.40 0.64 49 68930 30 2 25 3 73
ASE_00286 0.68 0.58 0.82 53 46600 15 1 11 3 39
ASE_00287 0.67 0.54 0.84 56 54879 14 2 9 3 47
ASE_00288 0.64 0.54 0.77 50 45991 18 2 13 3 43
ASE_00289 0.54 0.42 0.70 66 100931 31 3 25 3 91
ASE_00292 0.77 0.65 0.92 90 81712 11 3 5 3 48
ASE_00294 0.67 0.51 0.87 88 114380 16 2 11 3 83
ASE_00295 0.76 0.63 0.92 82 73831 10 2 5 3 49
ASE_00296 0.68 0.54 0.87 78 91716 15 3 9 3 67
ASE_00297 0.62 0.50 0.77 49 52911 18 0 15 3 49
ASE_00298 0.55 0.42 0.72 47 67463 21 4 14 3 66
ASE_00299 0.32 0.24 0.42 24 49398 34 1 32 1 76
ASE_00313 0.39 0.20 0.75 18 62457 17 0 6 11 71
ASE_00316 0.27 0.17 0.41 17 107839 35 3 21 11 81
ASE_00318 0.63 0.54 0.74 64 80113 37 6 17 14 54
ASE_00327 0.28 0.18 0.43 16 57254 24 1 20 3 73
ASE_00328 0.73 0.66 0.80 74 72679 31 5 13 13 38
ASE_00330 0.28 0.17 0.47 15 56248 24 0 17 7 75
ASE_00332 0.74 0.63 0.88 87 81711 15 2 10 3 51
ASE_00335 0.72 0.66 0.78 76 75369 33 6 15 12 40
ASE_00337 0.35 0.24 0.50 17 39306 24 2 15 7 54
ASE_00338 0.31 0.19 0.50 19 66392 21 2 17 2 79
ASE_00339 0.44 0.34 0.58 40 80131 37 3 26 8 79
ASE_00340 0.51 0.45 0.59 38 45992 31 3 23 5 47
ASE_00342 0.81 0.72 0.91 83 62390 11 3 5 3 32
ASE_00343 0.27 0.20 0.35 23 83371 49 4 38 7 90
ASE_00346 0.61 0.49 0.75 48 48141 18 2 14 2 49
ASE_00353 0.69 0.56 0.86 60 57900 13 1 9 3 47
ASE_00359 0.37 0.26 0.51 21 42737 24 1 19 4 59
ASE_00360 0.78 0.63 0.98 41 29361 2 0 1 1 24
ASE_00361 0.66 0.46 0.94 59 75403 7 1 3 3 68
ASE_00362 0.76 0.66 0.88 60 48137 12 2 6 4 31
ASE_00363 0.77 0.63 0.94 59 51297 7 1 3 3 35
ASE_00364 0.70 0.57 0.87 60 54216 12 1 8 3 45
ASE_00366 0.58 0.48 0.70 47 58586 23 6 14 3 51
ASE_00367 0.79 0.71 0.88 61 43002 11 2 6 3 25
ASE_00369 0.71 0.58 0.86 62 55873 13 1 9 3 45
ASE_00370 0.81 0.71 0.92 60 41840 8 1 4 3 24
ASE_00372 0.57 0.45 0.71 45 51940 21 2 16 3 55
ASE_00374 0.79 0.68 0.91 60 44784 9 2 4 3 28
ASE_00375 0.50 0.39 0.64 43 60311 26 1 23 2 67
ASE_00376 0.65 0.55 0.76 58 56877 21 2 16 3 47
ASE_00377 0.72 0.58 0.89 62 57560 11 1 7 3 45
ASE_00379 0.76 0.66 0.87 59 45988 12 2 7 3 30
ASE_00380 0.51 0.40 0.65 40 54884 24 1 21 2 59
ASE_00382 0.79 0.71 0.88 60 41837 11 2 6 3 24
ASE_00383 0.78 0.67 0.91 70 54538 10 2 5 3 35
ASE_00384 0.72 0.61 0.85 56 48450 13 1 9 3 36
ASE_00385 0.55 0.47 0.64 38 41846 24 3 18 3 43
ASE_00386 0.75 0.61 0.92 59 50339 8 1 4 3 37
ASE_00387 0.60 0.50 0.71 52 55872 25 2 19 4 52
ASE_00388 0.74 0.64 0.85 57 45686 14 2 8 4 32
ASE_00390 0.78 0.68 0.89 58 42130 10 2 5 3 27
ASE_00393 0.68 0.57 0.82 53 47830 15 1 11 3 40
ASE_00394 0.73 0.62 0.87 58 46904 12 1 8 3 35
ASE_00395 0.82 0.71 0.94 60 41552 7 1 3 3 24
ASE_00396 0.75 0.66 0.85 55 41551 12 2 8 2 28
ASE_00397 0.74 0.61 0.90 64 54544 10 2 5 3 41
ASE_00398 0.65 0.52 0.82 54 55879 15 0 12 3 50
ASE_00400 0.45 0.37 0.56 39 57900 33 2 29 2 67
ASE_00401 0.55 0.40 0.76 51 76961 19 0 16 3 75
ASE_00402 0.83 0.74 0.94 63 42419 7 1 3 3 22
ASE_00403 0.71 0.57 0.90 61 55877 10 1 6 3 46
ASE_00404 0.78 0.67 0.90 57 43008 10 2 4 4 28
ASE_00406 0.79 0.68 0.93 64 48759 8 2 3 3 30
ASE_00411 0.59 0.48 0.72 43 49395 20 2 15 3 46
ASE_00412 0.55 0.42 0.72 44 58250 20 1 16 3 61
ASE_00413 0.68 0.57 0.82 46 44495 14 1 9 4 35
ASE_00414 0.19 0.16 0.24 15 46298 48 3 44 1 80
ASE_00415 0.39 0.31 0.48 32 54880 36 3 31 2 71
ASE_00416 0.69 0.60 0.80 76 77326 23 3 16 4 51
ASE_00417 0.78 0.63 0.95 63 54549 5 0 3 2 37
ASE_00418 0.71 0.55 0.91 41 38736 6 0 4 2 34
ASE_00419 0.59 0.49 0.72 50 54877 20 3 16 1 53
ASE_00422 0.58 0.49 0.69 46 46904 24 3 18 3 48
ASE_00423 0.81 0.72 0.90 79 56865 13 3 6 4 30
ASE_00426 0.42 0.36 0.48 39 60994 42 3 39 0 69
ASE_00428 0.69 0.60 0.80 75 76542 22 5 14 3 50
ASE_00430 0.55 0.45 0.68 44 46906 24 1 20 3 53
ASE_00431 0.27 0.22 0.34 21 46299 40 8 32 0 74
ASE_00434 0.62 0.55 0.71 60 68180 34 5 20 9 50
ASE_00437 0.58 0.50 0.69 67 79304 33 2 28 3 68
ASE_00438 0.41 0.32 0.54 37 65997 33 6 26 1 79
ASE_00441 0.32 0.24 0.43 27 64198 40 4 32 4 85
ASE_00447 0.80 0.72 0.90 83 60286 12 2 7 3 33
ASE_00448 0.80 0.72 0.88 81 64169 14 2 9 3 31
ASE_00451 0.77 0.66 0.88 83 70782 14 2 9 3 42
CRW_00013 0.33 0.21 0.53 24 103695 23 4 17 2 91
CRW_00016 0.31 0.19 0.51 23 77376 24 7 15 2 97
CRW_00610 0.16 0.09 0.32 7 36293 15 1 14 0 74
CRW_00613 0.00 0.00 0.00 0 34956 24 7 17 0 78
CRW_00614 0.00 0.00 0.00 0 121749 22 4 18 0 57
CRW_00618 0.18 0.10 0.32 6 56261 13 1 12 0 55
CRW_00619 0.00 0.00 0.00 0 165006 19 2 17 0 73
CRW_00620 0.00 0.00 0.00 0 150963 16 0 12 4 63
CRW_00621 0.00 0.00 0.00 0 153149 34 7 25 2 71
CRW_00623 0.00 0.00 0.00 0 129785 17 1 9 7 83
CRW_00633 0.45 0.27 0.74 29 63507 14 0 10 4 77
CRW_00634 0.47 0.30 0.74 28 64582 18 0 10 8 66
CRW_00670 0.47 0.26 0.86 31 70089 7 0 5 2 89
CRW_00671 0.56 0.37 0.84 43 62784 10 0 8 2 74
CRW_00672 0.43 0.28 0.67 31 72344 17 0 15 2 80
CRW_00674 0.22 0.14 0.37 17 83390 29 5 24 0 107
CRW_00676 0.03 0.02 0.07 2 93500 31 4 22 5 113
CRW_00692 0.03 0.01 0.06 1 68619 22 0 15 7 89
PDB_00827 0.00 0.00 0.00 0 27011 17 1 16 0 81
PDB_00919 0.27 0.21 0.35 22 44191 40 3 37 0 81
RFA_00597 0.71 0.66 0.76 72 97808 43 8 15 20 37
RFA_00598 0.72 0.68 0.77 69 84576 40 5 16 19 32
RFA_00599 0.54 0.51 0.57 57 101375 62 5 38 19 54
RFA_00600 0.53 0.49 0.57 49 120209 62 10 27 25 51
RFA_00601 0.74 0.73 0.75 83 99124 49 4 24 21 31
RFA_00602 0.69 0.68 0.69 79 101361 50 5 30 15 37
TMR_00173 0.41 0.31 0.54 13 42171 18 2 9 7 29
TMR_00357 0.19 0.13 0.28 12 82985 38 4 27 7 80
TMR_00601 0.67 0.62 0.72 26 58960 30 1 9 20 16
TMR_00696 0.35 0.25 0.51 28 85023 34 3 24 7 86

^top



Performance of RSpredict(seed) - scored lower in this pairwise comparison

1. Total counts & total scores for RSpredict(seed)

Total Base Pair Counts
Total TP 323
Total TN 17607877
Total FP 1593
Total FP CONTRA 115
Total FP INCONS 1273
Total FP COMP 205
Total FN 28777
Total Scores
MCC 0.045
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.033 ± 0.008
Sensitivity 0.011
Positive Predictive Value 0.189
Nr of predictions 279

^top



2. Individual counts for RSpredict(seed) [ download as .csv ]

RNA Chain Rfam family MCC SENS PPV TP TN FP FP CONTRA FP INCONS FP COMP FN
ASE_00001 0.00 0.00 0.00 0 34191 0 0 0 0 75
ASE_00002 0.00 0.00 0.00 0 35511 0 0 0 0 73
ASE_00004 0.00 0.00 0.00 0 47894 2 0 1 1 97
ASE_00005 0.14 0.03 0.57 4 57963 3 0 3 0 113
ASE_00006 0.00 0.00 0.00 0 47583 3 0 3 0 93
ASE_00007 0.16 0.05 0.56 5 59676 4 0 4 0 105
ASE_00009 0.00 0.00 0.00 0 26106 0 0 0 0 67
ASE_00012 0.00 0.00 0.00 0 73914 6 0 6 0 123
ASE_00014 0.00 0.00 0.00 0 54285 0 0 0 0 106
ASE_00017 0.00 0.00 0.00 0 51038 2 0 2 0 64
ASE_00018 0.13 0.04 0.35 6 80584 11 0 11 0 128
ASE_00020 0.04 0.01 0.25 1 73916 3 0 3 0 125
ASE_00021 0.00 0.00 0.00 0 104189 7 1 6 0 160
ASE_00022 0.00 0.00 0.00 0 83008 21 3 17 1 124
ASE_00023 0.00 0.00 0.00 0 84246 9 0 9 0 127
ASE_00025 0.00 0.00 0.00 0 78605 1 0 1 0 71
ASE_00026 0.07 0.02 0.25 2 59677 6 1 5 0 108
ASE_00028 0.02 0.01 0.05 1 84646 22 5 14 3 125
ASE_00029 0.00 0.00 0.00 0 83024 4 0 4 0 122
ASE_00030 0.11 0.03 0.44 4 85482 5 0 5 0 141
ASE_00031 0.00 0.00 0.00 0 86724 12 2 10 0 126
ASE_00032 0.00 0.00 0.00 0 80196 5 0 4 1 118
ASE_00033 0.12 0.03 0.44 4 64971 5 0 5 0 117
ASE_00035 0.00 0.00 0.00 0 70496 6 0 4 2 118
ASE_00036 0.00 0.00 0.00 0 75845 10 0 10 0 132
ASE_00037 0.00 0.00 0.00 0 59335 5 0 5 0 110
ASE_00038 0.00 0.00 0.00 0 53623 5 0 5 0 101
ASE_00040 0.02 0.01 0.07 1 78989 13 0 13 0 132
ASE_00041 0.00 0.00 0.00 0 57624 6 0 6 0 108
ASE_00042 0.09 0.03 0.29 4 90086 10 0 10 0 141
ASE_00044 0.03 0.01 0.10 1 54605 9 0 9 0 104
ASE_00046 0.11 0.03 0.43 3 50396 4 0 4 0 100
ASE_00047 0.00 0.00 0.00 0 74303 2 0 2 0 130
ASE_00052 0.18 0.04 0.71 5 61418 2 0 2 0 107
ASE_00053 0.00 0.00 0.00 0 79398 3 0 3 0 133
ASE_00057 0.05 0.01 0.17 2 82203 11 0 10 1 132
ASE_00064 0.00 0.00 0.00 0 45448 3 0 3 0 89
ASE_00066 0.16 0.03 0.80 4 72385 1 0 1 0 126
ASE_00068 0.05 0.01 0.25 1 37671 3 0 3 0 84
ASE_00069 0.00 0.00 0.00 0 83022 6 1 5 0 140
ASE_00074 0.21 0.07 0.67 8 67884 4 0 4 0 111
ASE_00075 0.00 0.00 0.00 0 108804 8 0 7 1 162
ASE_00076 0.00 0.00 0.00 0 68256 9 0 9 0 118
ASE_00077 0.09 0.02 0.33 2 45144 4 1 3 0 84
ASE_00078 0.00 0.00 0.00 0 43071 0 0 0 0 83
ASE_00079 0.00 0.00 0.00 0 55606 5 0 5 0 100
ASE_00080 0.00 0.00 0.00 0 71623 9 2 6 1 123
ASE_00081 0.00 0.00 0.00 0 49768 2 0 2 0 97
ASE_00082 0.00 0.00 0.00 0 70494 6 0 6 0 116
ASE_00083 0.00 0.00 0.00 0 62477 5 0 4 1 110
ASE_00084 0.00 0.00 0.00 0 53625 4 0 3 1 99
ASE_00087 0.00 0.00 0.00 0 88406 4 0 4 0 144
ASE_00090 0.04 0.01 0.17 1 55605 5 0 5 0 100
ASE_00092 0.04 0.01 0.20 1 63541 4 0 4 0 112
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Matthews Correlation Coeffient, Sensitivity and Positive Predictive Value have been calculated based on the paper by Gardener & Giegerich, 2004.