CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
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Table of contents:

  1. Overview

  2. Performance Plots

  3. Performance of MaxExpect - scored higher in this pairwise comparison

  4. Performance of RSpredict(seed) - scored lower in this pairwise comparison

  5. Compile and download dataset for MaxExpect & RSpredict(seed) [.zip] - may take several seconds...


Overview

Metric MaxExpect RSpredict(seed)
MCC 0.589 > 0.045
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.582 ± 0.018 > 0.033 ± 0.008
Sensitivity 0.564 > 0.011
Positive Predictive Value 0.617 > 0.189
Total TP 16446 > 323
Total TN 17623388 < 17648345
Total FP 12493 > 1595
Total FP CONTRA 1296 > 115
Total FP INCONS 8928 > 1275
Total FP COMP 2269 > 205
Total FN 12736 < 28859
P-value 3.56938820447e-08

^top




Performance plots


  1. Comparison of performance of MaxExpect and RSpredict(seed). Positive Predictive Value (PPV) is plotted against sensitivity. Each dot represents a single test of each method. See tables below for raw data (individual counts for MaxExpect and RSpredict(seed)).

  2. Average Matthews Correlation Coefficients (MCC) with 95% confidence intervals (CIs) were plotted for different RNA families, for which at least 3 members were present in the benchmarking dataset. 'n' denotes the number of MCCs used to calculate the average and CI. See tables below for raw data (individual counts for MaxExpect and RSpredict(seed)).

  3. Comparison of average Matthews Correlation Coefficients (MCCs) for MaxExpect and RSpredict(seed). The whiskers correspond to 95% confidence intervals (CIs). 'n' denotes the number of MCCs used to calculate average MCCs and CIs. See tables below for raw data (individual counts for MaxExpect and RSpredict(seed)).

^top





Performance of MaxExpect - scored higher in this pairwise comparison

1. Total counts & total scores for MaxExpect

Total Base Pair Counts
Total TP 16446
Total TN 17623388
Total FP 12493
Total FP CONTRA 1296
Total FP INCONS 8928
Total FP COMP 2269
Total FN 12736
Total Scores
MCC 0.589
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.582 ± 0.018
Sensitivity 0.564
Positive Predictive Value 0.617
Nr of predictions 280

^top



2. Individual counts for MaxExpect [ download as .csv ]

RNA Chain Rfam family MCC SENS PPV TP TN FP FP CONTRA FP INCONS FP COMP FN
ASE_00001 0.63 0.61 0.66 46 34121 30 2 22 6 29
ASE_00002 0.71 0.67 0.74 49 35445 20 2 15 3 24
ASE_00004 0.71 0.69 0.74 67 47804 25 9 15 1 30
ASE_00005 0.66 0.57 0.75 67 57881 28 0 22 6 50
ASE_00006 0.55 0.55 0.55 51 47494 47 10 31 6 42
ASE_00007 0.73 0.68 0.79 75 59590 27 0 20 7 35
ASE_00009 0.36 0.34 0.38 23 26045 39 4 34 1 44
ASE_00012 0.50 0.44 0.57 54 73825 45 2 39 4 69
ASE_00014 0.42 0.42 0.44 44 54184 65 2 55 8 62
ASE_00017 0.18 0.20 0.16 13 50959 82 24 44 14 51
ASE_00018 0.54 0.51 0.57 69 80479 55 1 52 2 65
ASE_00020 0.60 0.57 0.64 72 73807 43 6 35 2 54
ASE_00021 0.60 0.54 0.68 86 104069 48 4 37 7 74
ASE_00022 0.49 0.45 0.54 56 82924 54 4 44 6 68
ASE_00023 0.66 0.65 0.68 82 84134 42 5 34 3 45
ASE_00025 0.28 0.30 0.27 21 78529 108 9 47 52 50
ASE_00026 0.56 0.52 0.60 57 59590 43 2 36 5 53
ASE_00028 0.72 0.69 0.76 87 84551 37 5 23 9 39
ASE_00029 0.60 0.56 0.64 68 82922 40 5 33 2 54
ASE_00030 0.64 0.60 0.69 87 85365 40 3 36 1 58
ASE_00031 0.72 0.68 0.76 86 86623 35 1 26 8 40
ASE_00032 0.56 0.55 0.57 65 80086 55 7 42 6 53
ASE_00033 0.33 0.30 0.38 36 64885 61 3 56 2 85
ASE_00035 0.39 0.36 0.42 42 70400 65 4 54 7 76
ASE_00036 0.51 0.48 0.53 64 75734 60 8 49 3 68
ASE_00037 0.45 0.40 0.50 44 59252 47 0 44 3 66
ASE_00038 0.75 0.70 0.81 71 53540 25 2 15 8 30
ASE_00040 0.53 0.50 0.56 66 78886 58 3 48 7 67
ASE_00041 0.45 0.42 0.48 45 57536 52 4 45 3 63
ASE_00042 0.48 0.46 0.52 66 89972 66 2 60 4 79
ASE_00044 0.74 0.73 0.74 77 54511 32 4 23 5 28
ASE_00046 0.66 0.57 0.76 59 50325 21 0 19 2 44
ASE_00047 0.59 0.56 0.61 73 74186 47 2 44 1 57
ASE_00052 0.59 0.52 0.67 58 61338 35 3 26 6 54
ASE_00053 0.63 0.59 0.68 79 79284 44 3 35 6 54
ASE_00057 0.61 0.60 0.61 81 82082 56 8 44 4 53
ASE_00064 0.39 0.39 0.38 35 45359 64 6 51 7 54
ASE_00066 0.54 0.52 0.58 67 72274 51 1 48 2 63
ASE_00068 0.62 0.56 0.69 48 37605 27 2 20 5 37
ASE_00069 0.66 0.62 0.70 87 82903 41 5 33 3 53
ASE_00074 0.52 0.51 0.54 61 67782 55 4 49 2 58
ASE_00075 0.69 0.63 0.75 102 108675 41 2 32 7 60
ASE_00076 0.51 0.49 0.53 58 68156 54 2 49 3 60
ASE_00077 0.56 0.53 0.58 46 45071 39 4 29 6 40
ASE_00078 0.72 0.66 0.79 55 43001 20 1 14 5 28
ASE_00079 0.54 0.51 0.57 51 55522 39 2 36 1 49
ASE_00080 0.57 0.54 0.60 66 71521 49 6 38 5 57
ASE_00081 0.79 0.71 0.87 69 49691 11 1 9 1 28
ASE_00082 0.80 0.73 0.88 85 70403 25 0 12 13 31
ASE_00083 0.73 0.68 0.78 75 62385 26 2 19 5 35
ASE_00084 0.78 0.75 0.82 74 53538 21 1 15 5 25
ASE_00087 0.70 0.65 0.77 93 88289 34 1 27 6 51
ASE_00090 0.67 0.67 0.67 68 55509 41 4 30 7 33
ASE_00092 0.76 0.71 0.81 80 63447 23 3 16 4 33
ASE_00096 0.47 0.45 0.50 52 63442 53 4 48 1 63
ASE_00099 0.77 0.70 0.86 84 64522 19 0 14 5 36
ASE_00100 0.32 0.32 0.32 24 82141 105 5 45 55 52
ASE_00102 0.56 0.51 0.62 85 117718 56 5 47 4 81
ASE_00104 0.70 0.66 0.76 78 64158 28 2 23 3 41
ASE_00105 0.44 0.41 0.47 45 64166 58 6 44 8 66
ASE_00107 0.74 0.69 0.79 88 73041 26 1 23 2 39
ASE_00108 0.49 0.49 0.49 31 46908 62 3 29 30 32
ASE_00111 0.26 0.28 0.25 16 50022 66 11 37 18 41
ASE_00112 0.74 0.72 0.77 83 75358 33 4 21 8 33
ASE_00115 0.70 0.68 0.72 69 54519 35 4 23 8 32
ASE_00116 0.32 0.30 0.34 20 31567 42 4 35 3 46
ASE_00118 0.49 0.47 0.51 48 60632 49 3 43 3 54
ASE_00119 0.82 0.81 0.83 87 62730 20 2 16 2 21
ASE_00120 0.59 0.54 0.65 51 46892 30 3 25 2 43
ASE_00121 0.25 0.25 0.25 23 45059 70 6 62 2 69
ASE_00122 0.69 0.64 0.76 56 43291 18 0 18 0 32
ASE_00123 0.53 0.51 0.56 43 38426 39 2 32 5 42
ASE_00125 0.72 0.66 0.79 58 39267 23 0 15 8 30
ASE_00126 0.82 0.80 0.84 66 40391 19 1 12 6 16
ASE_00128 0.75 0.71 0.80 71 53212 26 1 17 8 29
ASE_00129 0.72 0.69 0.75 77 62733 30 3 22 5 34
ASE_00131 0.63 0.59 0.67 50 39265 33 1 24 8 35
ASE_00132 0.68 0.64 0.72 61 50318 28 4 20 4 34
ASE_00134 0.40 0.41 0.40 39 50305 62 8 51 3 56
ASE_00135 0.66 0.63 0.68 69 63089 39 1 31 7 40
ASE_00136 0.80 0.76 0.83 70 48121 22 0 14 8 22
ASE_00137 0.65 0.62 0.67 61 48425 35 1 29 5 37
ASE_00138 0.62 0.59 0.64 48 40395 29 7 20 2 33
ASE_00139 0.63 0.58 0.69 60 54198 33 0 27 6 44
ASE_00140 0.69 0.64 0.75 80 70770 29 4 22 3 45
ASE_00142 0.69 0.65 0.74 79 67054 32 3 25 4 43
ASE_00145 0.58 0.57 0.59 63 70018 48 4 40 4 48
ASE_00146 0.63 0.57 0.69 71 70773 35 1 31 3 53
ASE_00148 0.71 0.69 0.72 107 112427 45 3 38 4 47
ASE_00151 0.71 0.66 0.76 65 51917 27 5 16 6 33
ASE_00153 0.57 0.59 0.54 43 57551 71 8 28 35 30
ASE_00154 0.58 0.58 0.58 62 65234 49 4 41 4 45
ASE_00155 0.53 0.51 0.54 73 93394 64 10 51 3 69
ASE_00163 0.32 0.30 0.33 28 53217 64 4 52 8 65
ASE_00165 0.45 0.45 0.46 45 52878 53 5 47 1 56
ASE_00168 0.18 0.22 0.15 14 60630 98 28 54 16 50
ASE_00169 0.47 0.40 0.54 43 57212 40 1 35 4 64
ASE_00170 0.72 0.68 0.77 63 48746 25 2 17 6 30
ASE_00171 0.72 0.70 0.74 66 48427 24 6 17 1 28
ASE_00172 0.73 0.69 0.78 73 58902 27 1 20 6 33
ASE_00174 0.50 0.49 0.51 53 60972 52 8 42 2 56
ASE_00175 0.70 0.66 0.73 71 59934 32 2 24 6 36
ASE_00176 0.61 0.55 0.68 61 59941 32 4 25 3 49
ASE_00179 0.58 0.57 0.59 48 44171 34 5 29 0 36
ASE_00180 0.70 0.68 0.73 68 51267 30 7 18 5 32
ASE_00181 0.70 0.64 0.76 68 57540 27 3 19 5 38
ASE_00182 0.60 0.58 0.61 79 84126 53 5 45 3 57
ASE_00184 0.72 0.71 0.73 72 54516 30 1 26 3 30
ASE_00185 0.75 0.70 0.81 90 73425 27 1 20 6 38
ASE_00186 0.67 0.62 0.72 82 78889 39 3 29 7 50
ASE_00187 0.40 0.38 0.43 44 68532 66 6 53 7 71
ASE_00189 0.67 0.65 0.69 66 63095 34 1 28 5 36
ASE_00190 0.60 0.57 0.63 51 45370 35 3 27 5 39
ASE_00192 0.51 0.47 0.55 63 84552 57 6 45 6 70
ASE_00194 0.48 0.45 0.50 54 73428 58 8 46 4 65
ASE_00196 0.78 0.77 0.79 58 31553 19 2 13 4 17
ASE_00197 0.60 0.57 0.64 82 89125 52 2 44 6 63
ASE_00198 0.84 0.77 0.91 79 52563 14 2 6 6 23
ASE_00203 0.72 0.70 0.75 67 46576 28 4 18 6 29
ASE_00204 0.66 0.62 0.70 69 67798 34 6 23 5 43
ASE_00205 0.62 0.62 0.62 56 45965 39 7 28 4 34
ASE_00209 0.40 0.39 0.43 34 42991 46 5 41 0 54
ASE_00210 0.65 0.66 0.64 43 27194 24 6 18 0 22
ASE_00212 0.61 0.57 0.65 84 93832 50 1 44 5 64
ASE_00213 0.72 0.71 0.73 47 27197 20 3 14 3 19
ASE_00214 0.80 0.78 0.82 80 56182 27 3 15 9 23
ASE_00215 0.60 0.58 0.63 57 48425 38 5 29 4 42
ASE_00216 0.55 0.54 0.56 44 39262 35 9 25 1 38
ASE_00217 0.38 0.34 0.41 31 40395 49 5 39 5 59
ASE_00221 0.63 0.56 0.71 65 64529 30 1 25 4 52
ASE_00222 0.58 0.56 0.60 88 111955 58 4 54 0 69
ASE_00227 0.56 0.54 0.58 72 78879 52 7 45 0 61
ASE_00228 0.53 0.53 0.53 46 46885 42 11 29 2 40
ASE_00229 0.73 0.69 0.78 60 42409 23 1 16 6 27
ASE_00231 0.62 0.59 0.64 57 47806 35 4 28 3 39
ASE_00232 0.65 0.65 0.65 55 38419 32 10 19 3 29
ASE_00234 0.60 0.55 0.66 71 75358 43 2 35 6 58
ASE_00237 0.00 0.00 0.00 0 45677 93 28 48 17 56
ASE_00238 0.71 0.66 0.77 75 64163 29 2 21 6 39
ASE_00240 0.68 0.65 0.72 60 46582 29 1 22 6 33
ASE_00241 0.57 0.54 0.61 47 43879 35 1 29 5 40
ASE_00242 0.63 0.60 0.67 67 60975 34 1 32 1 45
ASE_00246 0.36 0.37 0.36 25 48135 68 14 31 23 42
ASE_00247 0.62 0.63 0.63 40 54221 65 7 17 41 24
ASE_00248 0.40 0.36 0.44 41 62388 53 2 50 1 73
ASE_00250 0.64 0.58 0.70 76 78894 37 0 33 4 55
ASE_00252 0.60 0.57 0.63 95 115289 64 2 54 8 73
ASE_00254 0.38 0.35 0.41 29 36786 46 5 36 5 53
ASE_00255 0.56 0.54 0.59 70 74572 52 4 45 3 60
ASE_00257 0.58 0.56 0.61 54 50951 41 3 32 6 43
ASE_00259 0.49 0.42 0.57 51 73063 42 3 36 3 70
ASE_00263 0.69 0.68 0.71 81 70386 35 3 30 2 39
ASE_00264 0.54 0.51 0.58 51 49053 48 1 36 11 49
ASE_00267 0.66 0.61 0.70 54 45073 32 1 22 9 34
ASE_00270 0.81 0.78 0.84 100 72271 24 1 18 5 28
ASE_00274 0.62 0.57 0.68 59 55524 30 5 23 2 44
ASE_00277 0.43 0.43 0.42 39 48113 55 9 44 2 52
ASE_00279 0.49 0.48 0.51 48 53207 48 7 39 2 53
ASE_00280 0.51 0.49 0.54 48 51914 45 8 33 4 50
ASE_00281 0.73 0.69 0.76 61 44471 28 0 19 9 27
ASE_00282 0.44 0.44 0.45 56 77690 69 5 64 0 71
ASE_00283 0.75 0.72 0.79 77 61678 27 3 18 6 30
ASE_00284 0.68 0.66 0.71 71 58211 37 4 25 8 37
ASE_00285 0.80 0.75 0.86 92 68899 25 3 12 10 30
ASE_00286 0.40 0.38 0.42 35 46581 58 2 47 9 57
ASE_00287 0.72 0.68 0.76 70 54854 28 2 20 6 33
ASE_00288 0.32 0.31 0.33 29 45967 62 6 54 2 64
ASE_00289 0.60 0.54 0.66 85 100897 47 3 40 4 72
ASE_00292 0.47 0.43 0.52 60 81694 59 1 55 3 78
ASE_00294 0.73 0.66 0.81 113 114342 31 0 26 5 58
ASE_00295 0.62 0.54 0.70 71 73819 33 3 27 3 60
ASE_00296 0.44 0.41 0.47 59 91680 69 7 60 2 86
ASE_00297 0.75 0.72 0.77 71 52883 24 3 18 3 27
ASE_00298 0.52 0.50 0.54 56 67425 50 1 46 3 57
ASE_00299 0.55 0.54 0.57 54 49360 45 3 38 4 46
ASE_00313 0.66 0.67 0.64 60 62387 55 9 25 21 29
ASE_00316 0.57 0.54 0.60 53 107791 74 4 32 38 45
ASE_00318 0.64 0.63 0.65 74 80087 44 14 25 5 44
ASE_00327 0.79 0.76 0.82 68 57208 34 5 10 19 21
ASE_00328 0.67 0.63 0.73 70 72675 40 4 22 14 42
ASE_00330 0.64 0.66 0.62 59 56185 51 6 30 15 31
ASE_00332 0.51 0.49 0.54 68 81683 62 2 57 3 70
ASE_00335 0.62 0.58 0.66 67 75364 42 6 29 7 49
ASE_00337 0.39 0.41 0.38 29 39263 60 5 43 12 42
ASE_00338 0.68 0.63 0.74 62 66346 38 3 19 16 36
ASE_00339 0.64 0.59 0.70 70 80100 37 2 28 7 49
ASE_00340 0.74 0.74 0.73 63 45970 27 7 16 4 22
ASE_00342 0.62 0.58 0.67 67 62381 34 1 32 1 48
ASE_00343 0.68 0.68 0.69 77 83324 49 8 27 14 36
ASE_00346 0.43 0.41 0.45 40 48117 56 4 44 8 57
ASE_00353 0.57 0.57 0.58 61 57864 49 4 41 4 46
ASE_00359 0.25 0.24 0.26 19 42704 55 5 50 0 61
ASE_00360 0.29 0.28 0.31 18 29344 46 9 32 5 47
ASE_00361 0.54 0.53 0.56 67 75347 55 10 42 3 60
ASE_00362 0.58 0.58 0.58 53 48114 41 2 36 3 38
ASE_00363 0.58 0.55 0.60 52 51274 41 2 32 7 42
ASE_00364 0.74 0.70 0.78 74 54190 29 1 20 8 31
ASE_00366 0.41 0.42 0.41 41 58553 60 6 53 1 57
ASE_00367 0.55 0.51 0.59 44 42997 38 1 29 8 42
ASE_00369 0.63 0.63 0.64 67 55841 39 1 36 2 40
ASE_00370 0.77 0.73 0.82 61 41831 22 1 12 9 23
ASE_00372 0.68 0.65 0.71 65 51911 33 5 22 6 35
ASE_00374 0.72 0.72 0.72 63 44763 26 3 21 2 25
ASE_00375 0.83 0.78 0.88 86 60280 19 1 11 7 24
ASE_00376 0.67 0.64 0.71 67 56858 30 1 27 2 38
ASE_00377 0.73 0.70 0.76 75 57531 30 3 21 6 32
ASE_00379 0.60 0.56 0.63 50 45977 39 3 26 10 39
ASE_00380 0.70 0.67 0.74 66 54857 28 6 17 5 33
ASE_00382 0.67 0.65 0.70 55 41826 29 6 18 5 29
ASE_00383 0.46 0.42 0.50 44 54527 47 3 41 3 61
ASE_00384 0.61 0.59 0.63 54 48430 37 2 30 5 38
ASE_00385 0.51 0.51 0.53 41 41827 41 12 25 4 40
ASE_00386 0.54 0.51 0.57 49 50317 39 7 30 2 47
ASE_00387 0.70 0.66 0.73 69 55851 30 1 24 5 35
ASE_00388 0.61 0.55 0.67 49 45680 34 1 23 10 40
ASE_00390 0.62 0.60 0.64 51 42115 39 0 29 10 34
ASE_00393 0.48 0.46 0.51 43 47810 49 2 40 7 50
ASE_00394 0.78 0.76 0.80 71 46882 23 2 16 5 22
ASE_00395 0.67 0.65 0.68 55 41535 32 2 24 6 29
ASE_00396 0.55 0.52 0.58 43 41542 36 2 29 5 40
ASE_00397 0.58 0.56 0.60 59 54517 43 4 35 4 46
ASE_00398 0.62 0.58 0.66 60 55854 39 1 30 8 44
ASE_00400 0.66 0.63 0.70 67 57874 34 1 28 5 39
ASE_00401 0.65 0.63 0.67 79 76910 40 5 34 1 47
ASE_00402 0.73 0.68 0.77 58 42411 22 2 15 5 27
ASE_00403 0.45 0.42 0.47 45 55850 54 1 49 4 62
ASE_00404 0.53 0.49 0.58 42 42998 39 1 30 8 43
ASE_00406 0.81 0.76 0.87 71 48746 21 0 11 10 23
ASE_00411 0.49 0.46 0.52 41 49376 45 5 33 7 48
ASE_00412 0.49 0.46 0.53 48 58220 47 5 38 4 57
ASE_00413 0.64 0.65 0.63 53 44467 33 10 21 2 28
ASE_00414 0.47 0.45 0.49 43 46273 51 2 42 7 52
ASE_00415 0.66 0.65 0.66 67 54845 36 6 28 2 36
ASE_00416 0.70 0.67 0.73 85 77304 41 1 31 9 42
ASE_00417 0.36 0.37 0.35 37 54510 69 9 59 1 63
ASE_00418 0.19 0.20 0.19 15 38702 67 8 56 3 60
ASE_00419 0.82 0.80 0.85 82 54849 17 5 10 2 21
ASE_00422 0.78 0.77 0.79 72 46880 26 5 14 7 22
ASE_00423 0.58 0.58 0.58 63 56845 45 8 37 0 46
ASE_00426 0.44 0.42 0.46 45 60977 53 2 51 0 63
ASE_00428 0.78 0.75 0.81 94 76520 29 3 19 7 31
ASE_00430 0.75 0.74 0.76 72 46876 30 5 18 7 25
ASE_00431 0.65 0.57 0.74 54 46287 29 1 18 10 41
ASE_00434 0.61 0.59 0.63 65 68162 46 5 33 8 45
ASE_00437 0.44 0.41 0.49 55 79288 62 0 58 4 80
ASE_00438 0.50 0.47 0.52 55 65961 50 2 48 0 61
ASE_00441 0.79 0.74 0.84 83 64162 21 1 15 5 29
ASE_00447 0.77 0.72 0.82 83 60277 24 1 17 6 33
ASE_00448 0.22 0.22 0.22 25 64149 93 7 80 6 87
ASE_00451 0.64 0.60 0.68 75 70765 41 3 33 5 50
CRW_00013 0.42 0.37 0.47 43 103648 69 4 45 20 72
CRW_00016 0.51 0.47 0.57 56 77322 56 6 37 13 64
CRW_00610 0.46 0.46 0.47 37 36237 41 7 34 0 44
CRW_00613 0.85 0.82 0.89 64 34908 16 0 8 8 14
CRW_00614 0.14 0.16 0.12 9 121696 125 18 48 59 48
CRW_00618 0.19 0.20 0.19 12 56217 69 7 44 18 49
CRW_00619 0.36 0.37 0.35 27 164947 145 7 44 94 46
CRW_00620 0.18 0.21 0.15 13 150890 150 18 54 78 50
CRW_00621 0.38 0.35 0.42 25 153121 125 6 29 90 46
CRW_00623 0.32 0.29 0.35 24 129727 109 5 39 65 59
CRW_00633 0.62 0.57 0.67 60 63457 32 8 21 3 46
CRW_00634 0.48 0.47 0.49 44 64531 49 9 36 4 50
CRW_00670 0.56 0.58 0.56 69 70001 57 12 43 2 51
CRW_00671 0.80 0.76 0.85 89 62730 20 1 15 4 28
CRW_00672 0.78 0.77 0.78 86 72280 32 6 18 8 25
CRW_00674 0.63 0.61 0.64 76 83318 45 8 34 3 48
CRW_00676 0.60 0.60 0.60 69 93413 64 12 34 18 46
CRW_00692 0.33 0.34 0.32 31 68537 80 17 50 13 59
PDB_00827 0.77 0.65 0.91 53 26970 7 0 5 2 28
PDB_00919 0.53 0.48 0.58 49 44169 39 3 32 4 54
RFA_00597 0.24 0.26 0.23 28 97782 106 20 73 13 81
RFA_00598 0.66 0.63 0.68 64 84572 59 3 27 29 37
RFA_00599 0.72 0.72 0.71 80 101363 56 10 22 24 31
RFA_00600 0.62 0.69 0.55 69 120170 89 30 26 33 31
RFA_00601 0.49 0.52 0.46 59 99108 82 28 40 14 55
RFA_00602 0.66 0.68 0.64 79 101352 64 17 27 20 37
TMR_00173 0.36 0.36 0.36 15 42153 55 10 17 28 27
TMR_00357 0.40 0.37 0.44 34 82951 59 14 29 16 58
TMR_00601 0.31 0.29 0.33 12 58960 76 7 17 52 30
TMR_00696 0.16 0.16 0.17 18 84971 101 12 77 12 96

^top



Performance of RSpredict(seed) - scored lower in this pairwise comparison

1. Total counts & total scores for RSpredict(seed)

Total Base Pair Counts
Total TP 323
Total TN 17648345
Total FP 1595
Total FP CONTRA 115
Total FP INCONS 1275
Total FP COMP 205
Total FN 28859
Total Scores
MCC 0.045
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.033 ± 0.008
Sensitivity 0.011
Positive Predictive Value 0.189
Nr of predictions 280

^top



2. Individual counts for RSpredict(seed) [ download as .csv ]

RNA Chain Rfam family MCC SENS PPV TP TN FP FP CONTRA FP INCONS FP COMP FN
ASE_00001 0.00 0.00 0.00 0 34191 0 0 0 0 75
ASE_00002 0.00 0.00 0.00 0 35511 0 0 0 0 73
ASE_00004 0.00 0.00 0.00 0 47894 2 0 1 1 97
ASE_00005 0.14 0.03 0.57 4 57963 3 0 3 0 113
ASE_00006 0.00 0.00 0.00 0 47583 3 0 3 0 93
ASE_00007 0.16 0.05 0.56 5 59676 4 0 4 0 105
ASE_00009 0.00 0.00 0.00 0 26106 0 0 0 0 67
ASE_00012 0.00 0.00 0.00 0 73914 6 0 6 0 123
ASE_00014 0.00 0.00 0.00 0 54285 0 0 0 0 106
ASE_00017 0.00 0.00 0.00 0 51038 2 0 2 0 64
ASE_00018 0.13 0.04 0.35 6 80584 11 0 11 0 128
ASE_00020 0.04 0.01 0.25 1 73916 3 0 3 0 125
ASE_00021 0.00 0.00 0.00 0 104189 7 1 6 0 160
ASE_00022 0.00 0.00 0.00 0 83008 21 3 17 1 124
ASE_00023 0.00 0.00 0.00 0 84246 9 0 9 0 127
ASE_00025 0.00 0.00 0.00 0 78605 1 0 1 0 71
ASE_00026 0.07 0.02 0.25 2 59677 6 1 5 0 108
ASE_00028 0.02 0.01 0.05 1 84646 22 5 14 3 125
ASE_00029 0.00 0.00 0.00 0 83024 4 0 4 0 122
ASE_00030 0.11 0.03 0.44 4 85482 5 0 5 0 141
ASE_00031 0.00 0.00 0.00 0 86724 12 2 10 0 126
ASE_00032 0.00 0.00 0.00 0 80196 5 0 4 1 118
ASE_00033 0.12 0.03 0.44 4 64971 5 0 5 0 117
ASE_00035 0.00 0.00 0.00 0 70496 6 0 4 2 118
ASE_00036 0.00 0.00 0.00 0 75845 10 0 10 0 132
ASE_00037 0.00 0.00 0.00 0 59335 5 0 5 0 110
ASE_00038 0.00 0.00 0.00 0 53623 5 0 5 0 101
ASE_00040 0.02 0.01 0.07 1 78989 13 0 13 0 132
ASE_00041 0.00 0.00 0.00 0 57624 6 0 6 0 108
ASE_00042 0.09 0.03 0.29 4 90086 10 0 10 0 141
ASE_00044 0.03 0.01 0.10 1 54605 9 0 9 0 104
ASE_00046 0.11 0.03 0.43 3 50396 4 0 4 0 100
ASE_00047 0.00 0.00 0.00 0 74303 2 0 2 0 130
ASE_00052 0.18 0.04 0.71 5 61418 2 0 2 0 107
ASE_00053 0.00 0.00 0.00 0 79398 3 0 3 0 133
ASE_00057 0.05 0.01 0.17 2 82203 11 0 10 1 132
ASE_00064 0.00 0.00 0.00 0 45448 3 0 3 0 89
ASE_00066 0.16 0.03 0.80 4 72385 1 0 1 0 126
ASE_00068 0.05 0.01 0.25 1 37671 3 0 3 0 84
ASE_00069 0.00 0.00 0.00 0 83022 6 1 5 0 140
ASE_00074 0.21 0.07 0.67 8 67884 4 0 4 0 111
ASE_00075 0.00 0.00 0.00 0 108804 8 0 7 1 162
ASE_00076 0.00 0.00 0.00 0 68256 9 0 9 0 118
ASE_00077 0.09 0.02 0.33 2 45144 4 1 3 0 84
ASE_00078 0.00 0.00 0.00 0 43071 0 0 0 0 83
ASE_00079 0.00 0.00 0.00 0 55606 5 0 5 0 100
ASE_00080 0.00 0.00 0.00 0 71623 9 2 6 1 123
ASE_00081 0.00 0.00 0.00 0 49768 2 0 2 0 97
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ASE_00083 0.00 0.00 0.00 0 62477 5 0 4 1 110
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Matthews Correlation Coeffient, Sensitivity and Positive Predictive Value have been calculated based on the paper by Gardener & Giegerich, 2004.