CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

Table of contents:

  1. Overview

  2. Performance Plots

  3. Performance of McQFold - scored higher in this pairwise comparison

  4. Performance of RSpredict(seed) - scored lower in this pairwise comparison

  5. Compile and download dataset for McQFold & RSpredict(seed) [.zip] - may take several seconds...


Overview

Metric McQFold RSpredict(seed)
MCC 0.479 > 0.045
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.479 ± 0.018 > 0.033 ± 0.008
Sensitivity 0.458 > 0.011
Positive Predictive Value 0.503 > 0.189
Total TP 13376 > 323
Total TN 17623443 < 17648345
Total FP 14961 > 1595
Total FP CONTRA 1684 > 115
Total FP INCONS 11555 > 1275
Total FP COMP 1722 > 205
Total FN 15806 < 28859
P-value 3.56938820447e-08

^top




Performance plots


  1. Comparison of performance of McQFold and RSpredict(seed). Positive Predictive Value (PPV) is plotted against sensitivity. Each dot represents a single test of each method. See tables below for raw data (individual counts for McQFold and RSpredict(seed)).

  2. Average Matthews Correlation Coefficients (MCC) with 95% confidence intervals (CIs) were plotted for different RNA families, for which at least 3 members were present in the benchmarking dataset. 'n' denotes the number of MCCs used to calculate the average and CI. See tables below for raw data (individual counts for McQFold and RSpredict(seed)).

  3. Comparison of average Matthews Correlation Coefficients (MCCs) for McQFold and RSpredict(seed). The whiskers correspond to 95% confidence intervals (CIs). 'n' denotes the number of MCCs used to calculate average MCCs and CIs. See tables below for raw data (individual counts for McQFold and RSpredict(seed)).

^top





Performance of McQFold - scored higher in this pairwise comparison

1. Total counts & total scores for McQFold

Total Base Pair Counts
Total TP 13376
Total TN 17623443
Total FP 14961
Total FP CONTRA 1684
Total FP INCONS 11555
Total FP COMP 1722
Total FN 15806
Total Scores
MCC 0.479
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.479 ± 0.018
Sensitivity 0.458
Positive Predictive Value 0.503
Nr of predictions 280

^top



2. Individual counts for McQFold [ download as .csv ]

RNA Chain Rfam family MCC SENS PPV TP TN FP FP CONTRA FP INCONS FP COMP FN
ASE_00001 0.78 0.73 0.82 55 34124 17 7 5 5 20
ASE_00002 0.80 0.75 0.86 55 35447 12 4 5 3 18
ASE_00004 0.50 0.48 0.52 47 47805 48 9 34 5 50
ASE_00005 0.52 0.46 0.59 54 57878 40 0 38 2 63
ASE_00006 0.35 0.34 0.36 32 47498 60 6 50 4 61
ASE_00007 0.42 0.39 0.46 43 59591 55 2 49 4 67
ASE_00009 0.67 0.64 0.70 43 26045 18 3 15 0 24
ASE_00012 0.42 0.39 0.46 48 73816 61 3 53 5 75
ASE_00014 0.47 0.47 0.48 50 54180 56 9 46 1 56
ASE_00017 0.18 0.20 0.17 13 50963 78 25 39 14 51
ASE_00018 0.54 0.51 0.57 68 80482 52 2 49 1 66
ASE_00020 0.47 0.47 0.48 59 73797 64 9 55 0 67
ASE_00021 0.60 0.54 0.67 86 104068 47 2 40 5 74
ASE_00022 0.60 0.56 0.65 70 82920 45 5 33 7 54
ASE_00023 0.57 0.57 0.58 72 84131 57 6 46 5 55
ASE_00025 0.36 0.37 0.35 26 78531 92 6 43 43 45
ASE_00026 0.34 0.31 0.38 34 59595 58 7 49 2 76
ASE_00028 0.56 0.54 0.59 68 84550 50 11 37 2 58
ASE_00029 0.53 0.49 0.58 60 82924 48 3 41 4 62
ASE_00030 0.59 0.56 0.62 81 85360 51 6 44 1 64
ASE_00031 0.54 0.50 0.58 63 86627 56 5 41 10 63
ASE_00032 0.61 0.58 0.64 69 80093 39 12 26 1 49
ASE_00033 0.38 0.34 0.42 41 64883 57 3 53 1 80
ASE_00035 0.29 0.27 0.32 32 70401 71 9 58 4 86
ASE_00036 0.48 0.45 0.50 60 75736 64 8 51 5 72
ASE_00037 0.42 0.38 0.46 42 59248 50 5 45 0 68
ASE_00038 0.41 0.39 0.43 39 53538 53 3 48 2 62
ASE_00040 0.27 0.26 0.29 34 78886 88 9 74 5 99
ASE_00041 0.46 0.43 0.51 46 57539 48 6 39 3 62
ASE_00042 0.56 0.53 0.60 77 89972 53 4 47 2 68
ASE_00044 0.78 0.76 0.80 80 54515 25 4 16 5 25
ASE_00046 0.57 0.51 0.63 53 50319 32 3 28 1 50
ASE_00047 0.46 0.42 0.50 54 74198 54 3 50 1 76
ASE_00052 0.44 0.42 0.46 47 61323 59 9 46 4 65
ASE_00053 0.56 0.55 0.57 73 79274 62 9 45 8 60
ASE_00057 0.55 0.52 0.58 70 82095 57 13 37 7 64
ASE_00064 0.50 0.49 0.51 44 45364 46 5 38 3 45
ASE_00066 0.35 0.32 0.39 41 72286 64 3 60 1 89
ASE_00068 0.70 0.60 0.82 51 37613 16 2 9 5 34
ASE_00069 0.53 0.50 0.56 70 82902 60 6 50 4 70
ASE_00074 0.42 0.40 0.44 48 67786 62 3 59 0 71
ASE_00075 0.51 0.46 0.57 74 108681 62 4 52 6 88
ASE_00076 0.51 0.47 0.56 56 68165 46 2 42 2 62
ASE_00077 0.42 0.40 0.45 34 45075 47 5 36 6 52
ASE_00078 0.55 0.52 0.58 43 42997 38 2 29 7 40
ASE_00079 0.55 0.52 0.59 52 55523 39 5 31 3 48
ASE_00080 0.32 0.30 0.35 37 71524 71 6 64 1 86
ASE_00081 0.31 0.29 0.34 28 49688 56 5 49 2 69
ASE_00082 0.38 0.36 0.40 42 70396 73 2 60 11 74
ASE_00083 0.25 0.25 0.26 27 62379 75 6 69 0 83
ASE_00084 0.60 0.57 0.64 56 53540 36 2 30 4 43
ASE_00087 0.49 0.42 0.57 61 88303 52 2 44 6 83
ASE_00090 0.52 0.52 0.52 53 55510 52 6 42 4 48
ASE_00092 0.46 0.44 0.49 50 63444 55 6 46 3 63
ASE_00096 0.56 0.50 0.63 58 63454 35 2 32 1 57
ASE_00099 0.58 0.56 0.61 67 64510 44 4 39 1 53
ASE_00100 0.32 0.33 0.31 25 82134 111 7 49 55 51
ASE_00102 0.47 0.45 0.50 75 117705 78 5 70 3 91
ASE_00104 0.53 0.52 0.55 62 64148 52 8 43 1 57
ASE_00105 0.35 0.32 0.38 36 64165 64 2 58 4 75
ASE_00107 0.56 0.53 0.59 67 73039 48 1 46 1 60
ASE_00108 0.33 0.38 0.29 24 46888 72 19 40 13 39
ASE_00111 0.34 0.42 0.27 24 49998 74 33 31 10 33
ASE_00112 0.74 0.70 0.78 81 75362 33 2 21 10 35
ASE_00115 0.61 0.57 0.64 58 54525 40 4 28 8 43
ASE_00116 0.52 0.50 0.54 33 31565 32 3 25 4 33
ASE_00118 0.39 0.37 0.40 38 60632 60 3 53 4 64
ASE_00119 0.83 0.81 0.86 87 62734 14 2 12 0 21
ASE_00120 0.47 0.46 0.49 43 46883 45 4 41 0 51
ASE_00121 0.47 0.46 0.48 42 45063 47 7 38 2 50
ASE_00122 0.70 0.67 0.73 59 43284 25 1 21 3 29
ASE_00123 0.43 0.40 0.47 34 38430 45 0 39 6 51
ASE_00125 0.43 0.38 0.49 33 39272 38 2 33 3 55
ASE_00126 0.54 0.51 0.57 42 40396 33 3 29 1 40
ASE_00128 0.43 0.39 0.48 39 53219 47 3 40 4 61
ASE_00129 0.61 0.59 0.62 66 62729 42 3 37 2 45
ASE_00131 0.37 0.33 0.42 28 39274 43 3 35 5 57
ASE_00132 0.65 0.60 0.71 57 50323 24 4 19 1 38
ASE_00134 0.33 0.32 0.35 30 50317 57 7 49 1 65
ASE_00135 0.30 0.28 0.31 31 63090 74 3 66 5 78
ASE_00136 0.67 0.64 0.71 59 48122 32 1 23 8 33
ASE_00137 0.53 0.52 0.55 51 48423 45 5 37 3 47
ASE_00138 0.56 0.51 0.63 41 40405 25 4 20 1 40
ASE_00139 0.55 0.52 0.58 54 54192 42 1 38 3 50
ASE_00140 0.53 0.49 0.57 61 70769 47 7 39 1 64
ASE_00142 0.59 0.57 0.61 69 67048 47 5 39 3 53
ASE_00145 0.52 0.50 0.54 56 70022 50 2 45 3 55
ASE_00146 0.53 0.49 0.58 61 70770 48 1 44 3 63
ASE_00148 0.64 0.62 0.66 96 112430 49 4 45 0 58
ASE_00151 0.53 0.49 0.58 48 51920 39 9 26 4 50
ASE_00153 0.51 0.53 0.49 39 57550 72 9 32 31 34
ASE_00154 0.62 0.61 0.64 65 65239 37 1 36 0 42
ASE_00155 0.59 0.56 0.62 80 93398 54 3 47 4 62
ASE_00163 0.41 0.40 0.42 37 53213 57 4 47 6 56
ASE_00165 0.40 0.39 0.42 39 52882 56 6 48 2 62
ASE_00168 0.32 0.38 0.28 24 60640 89 18 44 27 40
ASE_00169 0.43 0.38 0.48 41 57205 47 2 43 2 66
ASE_00170 0.72 0.69 0.74 64 48742 24 2 20 2 29
ASE_00171 0.52 0.50 0.55 47 48431 38 3 35 0 47
ASE_00172 0.50 0.47 0.54 50 58903 50 5 38 7 56
ASE_00174 0.44 0.41 0.46 45 60978 53 5 47 1 64
ASE_00175 0.22 0.21 0.23 23 59931 80 5 72 3 84
ASE_00176 0.65 0.59 0.71 65 59940 30 4 22 4 45
ASE_00179 0.54 0.52 0.56 44 44174 36 8 27 1 40
ASE_00180 0.42 0.41 0.42 41 51263 60 4 52 4 59
ASE_00181 0.53 0.54 0.53 57 57522 51 4 47 0 49
ASE_00182 0.45 0.40 0.50 55 84145 57 2 53 2 81
ASE_00184 0.52 0.51 0.54 52 54519 46 8 36 2 50
ASE_00185 0.29 0.28 0.31 36 73419 81 14 67 0 92
ASE_00186 0.55 0.51 0.59 67 78889 56 3 44 9 65
ASE_00187 0.51 0.48 0.56 55 68536 48 3 41 4 60
ASE_00189 0.54 0.54 0.55 55 63090 47 7 38 2 47
ASE_00190 0.55 0.52 0.57 47 45369 40 2 33 5 43
ASE_00192 0.47 0.45 0.49 60 84543 68 10 53 5 73
ASE_00194 0.40 0.39 0.42 47 73423 67 15 51 1 72
ASE_00196 0.78 0.75 0.81 56 31557 16 2 11 3 19
ASE_00197 0.42 0.39 0.45 56 89129 76 1 67 8 89
ASE_00198 0.50 0.46 0.55 47 52564 44 2 37 5 55
ASE_00203 0.54 0.55 0.53 53 46565 51 4 43 4 43
ASE_00204 0.53 0.49 0.58 55 67801 46 7 33 6 57
ASE_00205 0.52 0.52 0.53 47 45967 45 10 32 3 43
ASE_00209 0.62 0.58 0.66 51 42994 26 4 22 0 37
ASE_00210 0.57 0.55 0.58 36 27199 28 6 20 2 29
ASE_00212 0.43 0.40 0.46 59 93832 80 3 67 10 89
ASE_00213 0.71 0.70 0.73 46 27198 18 4 13 1 20
ASE_00214 0.66 0.63 0.70 65 56187 35 2 26 7 38
ASE_00215 0.30 0.28 0.32 28 48429 60 7 52 1 71
ASE_00216 0.65 0.62 0.67 51 39264 26 7 18 1 31
ASE_00217 0.21 0.19 0.25 17 40401 54 6 46 2 73
ASE_00221 0.32 0.29 0.35 34 64522 65 3 61 1 83
ASE_00222 0.52 0.50 0.55 78 111958 65 5 60 0 79
ASE_00227 0.32 0.29 0.36 38 78898 67 3 64 0 95
ASE_00228 0.38 0.37 0.40 32 46890 50 11 38 1 54
ASE_00229 0.52 0.53 0.52 46 42398 44 6 36 2 41
ASE_00231 0.63 0.60 0.67 58 47808 33 4 25 4 38
ASE_00232 0.70 0.70 0.69 59 38418 29 8 18 3 25
ASE_00234 0.31 0.28 0.34 36 75360 71 9 61 1 93
ASE_00237 0.11 0.13 0.09 7 45676 81 21 49 11 49
ASE_00238 0.47 0.44 0.51 50 64163 50 2 46 2 64
ASE_00240 0.26 0.26 0.27 24 46575 68 3 63 2 69
ASE_00241 0.20 0.18 0.23 16 43886 55 3 51 1 71
ASE_00242 0.63 0.59 0.67 66 60976 34 3 30 1 46
ASE_00246 0.29 0.28 0.30 19 48141 65 6 39 20 48
ASE_00247 0.60 0.63 0.57 40 54215 63 11 19 33 24
ASE_00248 0.19 0.18 0.20 20 62382 81 6 73 2 94
ASE_00250 0.61 0.57 0.64 75 78886 49 2 40 7 56
ASE_00252 0.48 0.45 0.51 76 115292 77 4 68 5 92
ASE_00254 0.38 0.37 0.40 30 36781 48 3 42 3 52
ASE_00255 0.55 0.53 0.58 69 74572 54 4 46 4 61
ASE_00257 0.50 0.48 0.53 47 50951 49 3 39 7 50
ASE_00259 0.44 0.39 0.50 47 73059 50 5 42 3 74
ASE_00263 0.62 0.59 0.65 71 70390 40 4 35 1 49
ASE_00264 0.43 0.43 0.44 43 49043 59 4 51 4 57
ASE_00267 0.21 0.19 0.23 17 45075 63 8 50 5 71
ASE_00270 0.45 0.42 0.49 54 72279 57 5 52 0 74
ASE_00274 0.49 0.44 0.55 45 55529 38 5 32 1 58
ASE_00277 0.39 0.37 0.40 34 48121 50 17 33 0 57
ASE_00279 0.16 0.15 0.17 15 53215 73 2 69 2 86
ASE_00280 0.40 0.40 0.41 39 51908 60 9 47 4 59
ASE_00281 0.74 0.66 0.84 58 44482 17 0 11 6 30
ASE_00282 0.55 0.50 0.60 64 77708 50 7 36 7 63
ASE_00283 0.54 0.52 0.55 56 61675 47 3 42 2 51
ASE_00284 0.21 0.20 0.22 22 58211 82 8 70 4 86
ASE_00285 0.54 0.52 0.57 63 68895 53 2 46 5 59
ASE_00286 0.38 0.35 0.42 32 46589 45 4 40 1 60
ASE_00287 0.28 0.27 0.30 28 54852 67 9 57 1 75
ASE_00288 0.68 0.60 0.78 56 45984 22 0 16 6 37
ASE_00289 0.71 0.65 0.78 102 100895 33 3 25 5 55
ASE_00292 0.42 0.38 0.48 52 81701 58 3 54 1 86
ASE_00294 0.43 0.41 0.45 70 114326 87 5 80 2 101
ASE_00295 0.46 0.41 0.52 54 73816 53 6 44 3 77
ASE_00296 0.15 0.14 0.17 21 91680 105 6 99 0 124
ASE_00297 0.34 0.33 0.36 32 52887 59 8 48 3 66
ASE_00298 0.21 0.21 0.22 24 67418 87 14 72 1 89
ASE_00299 0.48 0.45 0.51 45 49366 50 7 37 6 55
ASE_00313 0.60 0.57 0.62 51 62399 57 4 27 26 38
ASE_00316 0.45 0.48 0.42 47 107767 88 16 50 22 51
ASE_00318 0.64 0.62 0.66 73 80090 41 10 27 4 45
ASE_00327 0.78 0.75 0.82 67 57209 33 3 12 18 22
ASE_00328 0.61 0.60 0.63 67 72665 47 2 37 8 45
ASE_00330 0.64 0.67 0.63 60 56184 52 10 26 16 30
ASE_00332 0.41 0.40 0.43 55 81683 75 3 69 3 83
ASE_00335 0.62 0.58 0.68 67 75367 37 5 27 5 49
ASE_00337 0.54 0.56 0.52 40 39263 49 5 32 12 31
ASE_00338 0.44 0.43 0.45 42 66336 67 6 46 15 56
ASE_00339 0.50 0.50 0.51 59 80085 64 7 49 8 60
ASE_00340 0.34 0.35 0.33 30 45965 64 10 51 3 55
ASE_00342 0.68 0.63 0.73 73 62381 29 2 25 2 42
ASE_00343 0.69 0.69 0.69 78 83323 53 7 28 18 35
ASE_00346 0.38 0.36 0.41 35 48120 53 4 46 3 62
ASE_00353 0.61 0.60 0.62 64 57867 40 2 37 1 43
ASE_00359 0.11 0.10 0.12 8 42711 62 2 57 3 72
ASE_00360 0.40 0.37 0.44 24 29348 31 3 28 0 41
ASE_00361 0.43 0.40 0.47 51 75358 59 8 49 2 76
ASE_00362 0.53 0.53 0.53 48 48114 45 4 39 2 43
ASE_00363 0.49 0.48 0.51 45 51272 50 5 38 7 49
ASE_00364 0.55 0.51 0.59 54 54193 39 3 35 1 51
ASE_00366 0.40 0.40 0.40 39 58555 60 10 49 1 59
ASE_00367 0.44 0.43 0.45 37 42988 54 2 44 8 49
ASE_00369 0.57 0.55 0.60 59 55846 42 6 34 2 48
ASE_00370 0.43 0.40 0.47 34 41832 40 6 33 1 50
ASE_00372 0.56 0.55 0.58 55 51908 43 7 33 3 45
ASE_00374 0.56 0.56 0.56 49 44762 39 6 33 0 39
ASE_00375 0.56 0.51 0.61 56 60286 41 2 34 5 54
ASE_00376 0.55 0.51 0.60 54 56863 37 4 32 1 51
ASE_00377 0.76 0.71 0.81 76 57536 23 2 16 5 31
ASE_00379 0.46 0.44 0.49 39 45976 42 7 34 1 50
ASE_00380 0.44 0.41 0.46 41 54857 51 1 47 3 58
ASE_00382 0.73 0.68 0.78 57 41832 18 5 11 2 27
ASE_00383 0.39 0.36 0.43 38 54526 51 3 48 0 67
ASE_00384 0.32 0.30 0.35 28 48435 62 3 50 9 64
ASE_00385 0.58 0.56 0.61 45 41831 31 10 19 2 36
ASE_00386 0.58 0.56 0.60 54 50313 38 7 29 2 42
ASE_00387 0.49 0.48 0.50 50 55845 53 5 45 3 54
ASE_00388 0.51 0.49 0.54 44 45671 48 1 37 10 45
ASE_00390 0.53 0.51 0.55 43 42117 46 1 34 11 42
ASE_00393 0.37 0.34 0.41 32 47816 53 2 45 6 61
ASE_00394 0.57 0.55 0.59 51 46884 41 2 34 5 42
ASE_00395 0.71 0.67 0.76 56 41542 28 1 17 10 28
ASE_00396 0.47 0.46 0.48 38 41536 46 8 34 4 45
ASE_00397 0.51 0.47 0.55 49 54526 41 4 36 1 56
ASE_00398 0.39 0.38 0.40 39 55847 61 6 53 2 65
ASE_00400 0.54 0.53 0.54 56 57867 48 7 40 1 50
ASE_00401 0.54 0.52 0.56 65 76912 53 7 44 2 61
ASE_00402 0.59 0.55 0.64 47 42412 29 7 20 2 38
ASE_00403 0.24 0.22 0.27 24 55855 70 4 62 4 83
ASE_00404 0.17 0.16 0.18 14 42992 70 4 61 5 71
ASE_00406 0.56 0.54 0.57 51 48739 49 2 36 11 43
ASE_00411 0.27 0.27 0.27 24 49367 65 7 57 1 65
ASE_00412 0.26 0.25 0.27 26 58215 71 9 61 1 79
ASE_00413 0.48 0.48 0.49 39 44471 45 1 40 4 42
ASE_00414 0.24 0.23 0.26 22 46276 65 0 62 3 73
ASE_00415 0.62 0.59 0.65 61 54852 38 5 28 5 42
ASE_00416 0.52 0.50 0.54 63 77304 57 5 49 3 64
ASE_00417 0.36 0.37 0.36 37 54512 68 9 57 2 63
ASE_00418 0.12 0.12 0.12 9 38703 71 10 59 2 66
ASE_00419 0.75 0.71 0.78 73 54853 22 2 18 2 30
ASE_00422 0.63 0.61 0.65 57 46883 38 3 28 7 37
ASE_00423 0.36 0.35 0.38 38 56853 62 6 56 0 71
ASE_00426 0.50 0.51 0.50 55 60965 55 10 45 0 53
ASE_00428 0.54 0.51 0.57 64 76523 52 6 43 3 61
ASE_00430 0.64 0.62 0.67 60 46881 36 1 29 6 37
ASE_00431 0.58 0.52 0.64 49 46284 34 1 26 7 46
ASE_00434 0.78 0.71 0.85 78 68173 28 1 13 14 32
ASE_00437 0.45 0.42 0.48 57 79283 62 1 60 1 78
ASE_00438 0.42 0.39 0.46 45 65968 53 1 52 0 71
ASE_00441 0.73 0.65 0.81 73 64171 21 6 11 4 39
ASE_00447 0.70 0.65 0.75 75 60278 31 4 21 6 41
ASE_00448 0.37 0.34 0.40 38 64167 62 5 51 6 74
ASE_00451 0.37 0.35 0.40 44 70766 67 2 64 1 81
CRW_00013 0.10 0.10 0.11 11 103641 107 9 79 19 104
CRW_00016 0.66 0.61 0.72 73 77320 38 5 23 10 47
CRW_00610 0.50 0.48 0.51 39 36239 38 6 31 1 42
CRW_00613 0.81 0.73 0.89 57 34916 15 0 7 8 21
CRW_00614 0.07 0.09 0.06 5 121689 132 26 51 55 52
CRW_00618 0.37 0.39 0.34 24 56210 60 15 31 14 37
CRW_00619 0.00 0.00 0.00 0 164963 138 7 55 76 73
CRW_00620 0.19 0.21 0.18 13 150901 128 14 47 67 50
CRW_00621 0.28 0.25 0.30 18 153121 121 12 30 79 53
CRW_00623 0.12 0.13 0.11 11 129696 122 21 67 34 72
CRW_00633 0.74 0.72 0.77 76 63447 26 8 15 3 30
CRW_00634 0.44 0.41 0.47 39 64537 48 18 26 4 55
CRW_00670 0.54 0.53 0.55 63 70011 53 6 45 2 57
CRW_00671 0.66 0.59 0.74 69 62742 28 5 19 4 48
CRW_00672 0.52 0.50 0.56 55 72291 48 9 35 4 56
CRW_00674 0.43 0.42 0.44 52 83319 69 14 51 4 72
CRW_00676 0.30 0.30 0.31 35 93414 85 9 70 6 80
CRW_00692 0.26 0.27 0.25 24 68538 77 23 50 4 66
PDB_00827 0.68 0.59 0.79 48 26967 15 0 13 2 33
PDB_00919 0.53 0.49 0.59 50 44168 38 3 32 3 53
RFA_00597 0.34 0.37 0.31 40 97776 101 20 67 14 69
RFA_00598 0.35 0.36 0.35 36 84563 76 12 55 9 65
RFA_00599 0.39 0.40 0.38 44 101359 92 13 59 20 67
RFA_00600 0.18 0.21 0.16 21 120164 129 29 81 19 79
RFA_00601 0.09 0.10 0.08 11 99104 129 18 102 9 103
RFA_00602 0.41 0.44 0.39 51 101343 91 19 62 10 65
TMR_00173 0.34 0.40 0.29 17 42137 64 19 22 23 25
TMR_00357 0.57 0.62 0.53 57 82921 57 23 27 7 35
TMR_00601 0.79 0.71 0.88 30 58962 47 1 3 43 12
TMR_00696 0.47 0.44 0.50 50 84978 63 10 40 13 64

^top



Performance of RSpredict(seed) - scored lower in this pairwise comparison

1. Total counts & total scores for RSpredict(seed)

Total Base Pair Counts
Total TP 323
Total TN 17648345
Total FP 1595
Total FP CONTRA 115
Total FP INCONS 1275
Total FP COMP 205
Total FN 28859
Total Scores
MCC 0.045
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.033 ± 0.008
Sensitivity 0.011
Positive Predictive Value 0.189
Nr of predictions 280

^top



2. Individual counts for RSpredict(seed) [ download as .csv ]

RNA Chain Rfam family MCC SENS PPV TP TN FP FP CONTRA FP INCONS FP COMP FN
ASE_00001 0.00 0.00 0.00 0 34191 0 0 0 0 75
ASE_00002 0.00 0.00 0.00 0 35511 0 0 0 0 73
ASE_00004 0.00 0.00 0.00 0 47894 2 0 1 1 97
ASE_00005 0.14 0.03 0.57 4 57963 3 0 3 0 113
ASE_00006 0.00 0.00 0.00 0 47583 3 0 3 0 93
ASE_00007 0.16 0.05 0.56 5 59676 4 0 4 0 105
ASE_00009 0.00 0.00 0.00 0 26106 0 0 0 0 67
ASE_00012 0.00 0.00 0.00 0 73914 6 0 6 0 123
ASE_00014 0.00 0.00 0.00 0 54285 0 0 0 0 106
ASE_00017 0.00 0.00 0.00 0 51038 2 0 2 0 64
ASE_00018 0.13 0.04 0.35 6 80584 11 0 11 0 128
ASE_00020 0.04 0.01 0.25 1 73916 3 0 3 0 125
ASE_00021 0.00 0.00 0.00 0 104189 7 1 6 0 160
ASE_00022 0.00 0.00 0.00 0 83008 21 3 17 1 124
ASE_00023 0.00 0.00 0.00 0 84246 9 0 9 0 127
ASE_00025 0.00 0.00 0.00 0 78605 1 0 1 0 71
ASE_00026 0.07 0.02 0.25 2 59677 6 1 5 0 108
ASE_00028 0.02 0.01 0.05 1 84646 22 5 14 3 125
ASE_00029 0.00 0.00 0.00 0 83024 4 0 4 0 122
ASE_00030 0.11 0.03 0.44 4 85482 5 0 5 0 141
ASE_00031 0.00 0.00 0.00 0 86724 12 2 10 0 126
ASE_00032 0.00 0.00 0.00 0 80196 5 0 4 1 118
ASE_00033 0.12 0.03 0.44 4 64971 5 0 5 0 117
ASE_00035 0.00 0.00 0.00 0 70496 6 0 4 2 118
ASE_00036 0.00 0.00 0.00 0 75845 10 0 10 0 132
ASE_00037 0.00 0.00 0.00 0 59335 5 0 5 0 110
ASE_00038 0.00 0.00 0.00 0 53623 5 0 5 0 101
ASE_00040 0.02 0.01 0.07 1 78989 13 0 13 0 132
ASE_00041 0.00 0.00 0.00 0 57624 6 0 6 0 108
ASE_00042 0.09 0.03 0.29 4 90086 10 0 10 0 141
ASE_00044 0.03 0.01 0.10 1 54605 9 0 9 0 104
ASE_00046 0.11 0.03 0.43 3 50396 4 0 4 0 100
ASE_00047 0.00 0.00 0.00 0 74303 2 0 2 0 130
ASE_00052 0.18 0.04 0.71 5 61418 2 0 2 0 107
ASE_00053 0.00 0.00 0.00 0 79398 3 0 3 0 133
ASE_00057 0.05 0.01 0.17 2 82203 11 0 10 1 132
ASE_00064 0.00 0.00 0.00 0 45448 3 0 3 0 89
ASE_00066 0.16 0.03 0.80 4 72385 1 0 1 0 126
ASE_00068 0.05 0.01 0.25 1 37671 3 0 3 0 84
ASE_00069 0.00 0.00 0.00 0 83022 6 1 5 0 140
ASE_00074 0.21 0.07 0.67 8 67884 4 0 4 0 111
ASE_00075 0.00 0.00 0.00 0 108804 8 0 7 1 162
ASE_00076 0.00 0.00 0.00 0 68256 9 0 9 0 118
ASE_00077 0.09 0.02 0.33 2 45144 4 1 3 0 84
ASE_00078 0.00 0.00 0.00 0 43071 0 0 0 0 83
ASE_00079 0.00 0.00 0.00 0 55606 5 0 5 0 100
ASE_00080 0.00 0.00 0.00 0 71623 9 2 6 1 123
ASE_00081 0.00 0.00 0.00 0 49768 2 0 2 0 97
ASE_00082 0.00 0.00 0.00 0 70494 6 0 6 0 116
ASE_00083 0.00 0.00 0.00 0 62477 5 0 4 1 110
ASE_00084 0.00 0.00 0.00 0 53625 4 0 3 1 99
ASE_00087 0.00 0.00 0.00 0 88406 4 0 4 0 144
ASE_00090 0.04 0.01 0.17 1 55605 5 0 5 0 100
ASE_00092 0.04 0.01 0.20 1 63541 4 0 4 0 112
ASE_00096 0.00 0.00 0.00 0 63542 4 0 4 0 115
ASE_00099 0.20 0.07 0.62 8 64607 5 0 5 0 112
ASE_00100 0.00 0.00 0.00 0 82213 2 1 1 0 76
ASE_00102 0.00 0.00 0.00 0 117845 10 0 10 0 166
ASE_00104 0.10 0.03 0.31 4 64248 9 0 9 0 115
ASE_00105 0.00 0.00 0.00 0 64254 7 0 7 0 111
ASE_00107 0.13 0.03 0.50 4 73145 4 0 4 0 123
ASE_00108 0.00 0.00 0.00 0 46969 2 2 0 0 63
ASE_00111 0.00 0.00 0.00 0 50084 2 2 0 0 57
ASE_00112 0.00 0.00 0.00 0 75461 5 1 4 0 116
ASE_00115 0.00 0.00 0.00 0 54615 0 0 0 0 101
ASE_00116 0.00 0.00 0.00 0 31626 0 0 0 0 66
ASE_00118 0.00 0.00 0.00 0 60722 6 0 4 2 102
ASE_00119 0.00 0.00 0.00 0 62834 3 0 1 2 108
ASE_00120 0.00 0.00 0.00 0 46970 1 0 1 0 94
ASE_00121 0.00 0.00 0.00 0 45150 0 0 0 0 92
ASE_00122 0.00 0.00 0.00 0 43360 6 0 5 1 88
ASE_00123 0.00 0.00 0.00 0 38499 4 0 4 0 85
ASE_00125 0.00 0.00 0.00 0 39337 3 0 3 0 88
ASE_00126 0.00 0.00 0.00 0 40468 2 0 2 0 82
ASE_00128 0.00 0.00 0.00 0 53297 4 1 3 0 100
ASE_00129 0.00 0.00 0.00 0 62821 18 1 13 4 111
ASE_00131 0.30 0.15 0.59 13 39318 15 0 9 6 72
ASE_00132 0.00 0.00 0.00 0 50401 3 0 2 1 95
ASE_00134 0.00 0.00 0.00 0 50397 6 0 6 0 95
ASE_00135 0.00 0.00 0.00 0 63187 3 0 3 0 109
ASE_00136 0.00 0.00 0.00 0 48202 4 0 3 1 92
ASE_00137 0.00 0.00 0.00 0 48512 4 0 4 0 98
ASE_00138 0.00 0.00 0.00 0 40467 3 0 3 0 81
ASE_00139 0.00 0.00 0.00 0 54280 5 0 5 0 104
ASE_00140 0.04 0.01 0.20 1 70871 4 1 3 0 124
ASE_00142 0.06 0.02 0.25 2 67153 6 0 6 0 120
ASE_00145 0.00 0.00 0.00 0 70125 0 0 0 0 111
ASE_00146 0.09 0.02 0.38 3 70868 5 0 5 0 121
ASE_00148 0.00 0.00 0.00 0 112574 1 1 0 0 154
ASE_00151 0.00 0.00 0.00 0 52000 4 1 2 1 98
ASE_00153 0.00 0.00 0.00 0 57629 1 1 0 0 73
ASE_00154 0.00 0.00 0.00 0 65341 0 0 0 0 107
ASE_00155 0.00 0.00 0.00 0 93528 0 0 0 0 142
ASE_00163 0.00 0.00 0.00 0 53297 4 1 3 0 93
ASE_00165 0.11 0.02 0.67 2 52972 1 0 1 0 99
ASE_00168 0.00 0.00 0.00 0 60725 1 1 0 0 64
ASE_00169 0.00 0.00 0.00 0 57287 4 0 4 0 107
ASE_00170 0.04 0.01 0.17 1 48822 5 0 5 0 92
ASE_00171 0.00 0.00 0.00 0 48513 4 0 3 1 94
ASE_00172 0.00 0.00 0.00 0 58988 8 0 8 0 106
ASE_00174 0.00 0.00 0.00 0 61075 0 0 0 0 109
ASE_00175 0.05 0.02 0.14 2 60017 14 0 12 2 105
ASE_00176 0.00 0.00 0.00 0 60020 11 3 8 0 110
ASE_00179 0.09 0.04 0.23 3 44240 12 1 9 2 81
ASE_00180 0.00 0.00 0.00 0 51355 5 3 2 0 100
ASE_00181 0.00 0.00 0.00 0 57627 3 0 3 0 106
ASE_00182 0.00 0.00 0.00 0 84254 1 0 1 0 136
ASE_00184 0.09 0.03 0.30 3 54605 7 0 7 0 99
ASE_00185 0.00 0.00 0.00 0 73531 5 0 5 0 128
ASE_00186 0.00 0.00 0.00 0 78994 9 1 8 0 132
ASE_00187 0.00 0.00 0.00 0 68630 5 3 2 0 115
ASE_00189 0.00 0.00 0.00 0 63180 13 1 9 3 102
ASE_00190 0.00 0.00 0.00 0 45437 15 3 11 1 90
ASE_00192 0.00 0.00 0.00 0 84653 14 3 10 1 133
ASE_00194 0.00 0.00 0.00 0 73523 15 0 13 2 119
ASE_00196 0.00 0.00 0.00 0 31626 0 0 0 0 75
ASE_00197 0.03 0.01 0.13 1 89245 7 0 7 0 144
ASE_00198 0.15 0.04 0.57 4 52643 3 0 3 0 98
ASE_00203 0.00 0.00 0.00 0 46663 2 0 2 0 96
ASE_00204 0.06 0.03 0.13 3 67873 20 6 14 0 109
ASE_00205 0.00 0.00 0.00 0 46056 0 0 0 0 90
ASE_00209 0.00 0.00 0.00 0 43071 0 0 0 0 88
ASE_00210 0.00 0.00 0.00 0 27261 0 0 0 0 65
ASE_00212 0.00 0.00 0.00 0 93956 5 0 5 0 148
ASE_00213 0.00 0.00 0.00 0 27261 0 0 0 0 66
ASE_00214 0.00 0.00 0.00 0 56271 9 0 9 0 103
ASE_00215 0.00 0.00 0.00 0 48513 3 0 3 0 99
ASE_00216 0.00 0.00 0.00 0 39338 2 0 2 0 82
ASE_00217 0.16 0.04 0.57 4 40463 3 0 3 0 86
ASE_00221 0.00 0.00 0.00 0 64617 3 0 3 0 117
ASE_00222 0.00 0.00 0.00 0 112101 0 0 0 0 157
ASE_00227 0.00 0.00 0.00 0 78993 10 3 7 0 133
ASE_00228 0.00 0.00 0.00 0 46967 4 0 4 0 86
ASE_00229 0.00 0.00 0.00 0 42482 4 1 3 0 87
ASE_00231 0.07 0.02 0.22 2 47886 8 2 5 1 94
ASE_00232 0.09 0.02 0.33 2 38497 4 0 4 0 82
ASE_00234 0.00 0.00 0.00 0 75463 3 1 2 0 129
ASE_00237 0.00 0.00 0.00 0 45751 2 0 2 0 56
ASE_00238 0.07 0.01 0.50 1 64259 1 0 1 0 113
ASE_00240 0.00 0.00 0.00 0 46660 5 0 5 0 93
ASE_00241 0.00 0.00 0.00 0 43954 2 0 2 0 87
ASE_00242 0.12 0.04 0.40 4 61065 6 0 6 0 108
ASE_00246 0.00 0.00 0.00 0 48202 3 0 3 0 67
ASE_00247 0.00 0.00 0.00 0 54284 1 1 0 0 64
ASE_00248 0.11 0.03 0.43 3 62474 4 0 4 0 111
ASE_00250 0.08 0.02 0.30 3 78993 7 0 7 0 128
ASE_00252 0.00 0.00 0.00 0 115437 4 0 3 1 168
ASE_00254 0.00 0.00 0.00 0 36850 6 1 5 0 82
ASE_00255 0.12 0.03 0.50 4 74683 4 0 4 0 126
ASE_00257 0.00 0.00 0.00 0 51035 5 0 5 0 97
ASE_00259 0.11 0.02 0.50 3 73147 3 0 3 0 118
ASE_00263 0.00 0.00 0.00 0 70490 10 0 10 0 120
ASE_00264 0.12 0.02 0.67 2 49138 3 0 1 2 98
ASE_00267 0.00 0.00 0.00 0 45145 6 0 5 1 88
ASE_00270 0.00 0.00 0.00 0 72388 3 0 2 1 128
ASE_00274 0.00 0.00 0.00 0 55608 3 0 3 0 103
ASE_00277 0.00 0.00 0.00 0 48203 2 0 2 0 91
ASE_00279 0.00 0.00 0.00 0 53299 2 0 2 0 101
ASE_00280 0.00 0.00 0.00 0 52001 2 0 2 0 98
ASE_00281 0.00 0.00 0.00 0 44548 3 0 3 0 88
ASE_00282 0.00 0.00 0.00 0 77811 4 0 4 0 127
ASE_00283 0.00 0.00 0.00 0 61769 7 0 7 0 107
ASE_00284 0.00 0.00 0.00 0 58309 2 1 1 0 108
ASE_00285 0.00 0.00 0.00 0 69000 6 0 6 0 122
ASE_00286 0.00 0.00 0.00 0 46659 6 0 6 0 92
ASE_00287 0.00 0.00 0.00 0 54939 7 0 7 0 103
ASE_00288 0.10 0.02 0.50 2 46052 2 0 2 0 91
ASE_00289 0.05 0.01 0.18 2 101014 10 1 8 1 155
ASE_00292 0.15 0.04 0.50 6 81798 6 0 6 0 132
ASE_00294 0.08 0.02 0.31 4 114468 9 0 9 0 167
ASE_00295 0.00 0.00 0.00 0 73909 11 0 11 0 131
ASE_00296 0.09 0.03 0.29 4 91792 10 1 9 0 141
ASE_00297 0.00 0.00 0.00 0 52972 3 0 3 0 98
ASE_00298 0.00 0.00 0.00 0 67525 3 1 2 0 113
ASE_00299 0.00 0.00 0.00 0 49451 5 0 4 1 100
ASE_00313 0.00 0.00 0.00 0 62479 4 0 2 2 89
ASE_00316 0.00 0.00 0.00 0 107880 0 0 0 0 98
ASE_00318 0.00 0.00 0.00 0 80184 21 0 16 5 118
ASE_00327 0.00 0.00 0.00 0 57285 6 1 5 0 89
ASE_00328 0.00 0.00 0.00 0 72760 15 0 11 4 112
ASE_00330 0.00 0.00 0.00 0 56277 3 0 3 0 90
ASE_00332 0.15 0.04 0.50 6 81798 6 0 6 0 132
ASE_00335 0.00 0.00 0.00 0 75451 19 1 14 4 116
ASE_00337 0.00 0.00 0.00 0 39340 2 0 0 2 71
ASE_00338 0.00 0.00 0.00 0 66427 3 0 3 0 98
ASE_00339 0.00 0.00 0.00 0 80192 8 0 8 0 119
ASE_00340 0.04 0.01 0.14 1 46049 6 0 6 0 84
ASE_00342 0.09 0.03 0.30 3 62471 7 0 7 0 112
ASE_00343 0.00 0.00 0.00 0 83429 8 1 6 1 113
ASE_00346 0.00 0.00 0.00 0 48205 0 0 0 0 97
ASE_00353 0.00 0.00 0.00 0 57968 2 0 2 0 107
ASE_00359 0.00 0.00 0.00 0 42778 0 0 0 0 80
ASE_00360 0.00 0.00 0.00 0 29403 0 0 0 0 65
ASE_00361 0.00 0.00 0.00 0 75463 3 0 3 0 127
ASE_00362 0.00 0.00 0.00 0 48200 5 0 5 0 91
ASE_00363 0.00 0.00 0.00 0 51354 6 0 6 0 94
ASE_00364 0.11 0.02 0.67 2 54282 1 0 1 0 103
ASE_00366 0.00 0.00 0.00 0 58652 1 0 1 0 98
ASE_00367 0.00 0.00 0.00 0 43067 5 0 4 1 86
ASE_00369 0.00 0.00 0.00 0 55939 6 1 5 0 107
ASE_00370 0.10 0.02 0.40 2 41900 3 0 3 0 82
ASE_00372 0.00 0.00 0.00 0 51997 6 0 6 0 100
ASE_00374 0.00 0.00 0.00 0 44843 7 0 7 0 88
ASE_00375 0.00 0.00 0.00 0 60373 5 0 5 0 110
ASE_00376 0.04 0.01 0.17 1 56947 5 0 5 0 104
ASE_00377 0.00 0.00 0.00 0 57628 2 0 2 0 107
ASE_00379 0.00 0.00 0.00 0 46050 7 0 6 1 89
ASE_00380 0.00 0.00 0.00 0 54942 4 2 2 0 99
ASE_00382 0.06 0.01 0.33 1 41902 3 0 2 1 83
ASE_00383 0.06 0.01 0.33 1 54612 2 0 2 0 104
ASE_00384 0.05 0.01 0.20 1 48511 4 0 4 0 91
ASE_00385 0.00 0.00 0.00 0 41902 3 0 3 0 81
ASE_00386 0.10 0.03 0.33 3 50394 7 0 6 1 93
ASE_00387 0.00 0.00 0.00 0 55940 5 0 5 0 104
ASE_00388 0.00 0.00 0.00 0 45749 5 0 4 1 89
ASE_00390 0.00 0.00 0.00 0 42192 4 0 3 1 85
ASE_00393 0.00 0.00 0.00 0 47891 4 0 4 0 93
ASE_00394 0.03 0.01 0.07 1 46956 15 0 14 1 92
ASE_00395 0.00 0.00 0.00 0 41612 6 0 4 2 84
ASE_00396 0.15 0.04 0.60 3 41611 2 0 2 0 80
ASE_00397 0.04 0.01 0.17 1 54609 5 1 4 0 104
ASE_00398 0.00 0.00 0.00 0 55934 11 0 11 0 104
ASE_00400 0.08 0.02 0.33 2 57964 4 3 1 0 104
ASE_00401 0.00 0.00 0.00 0 77015 13 0 13 0 126
ASE_00402 0.05 0.01 0.25 1 42482 3 0 3 0 84
ASE_00403 0.00 0.00 0.00 0 55941 4 0 4 0 107
ASE_00404 0.00 0.00 0.00 0 43065 9 0 6 3 85
ASE_00406 0.00 0.00 0.00 0 48823 6 0 5 1 94
ASE_00411 0.11 0.02 0.50 2 49451 2 0 2 0 87
ASE_00412 0.04 0.01 0.17 1 58305 5 1 4 0 104
ASE_00413 0.00 0.00 0.00 0 44546 5 0 5 0 81
ASE_00414 0.00 0.00 0.00 0 46359 1 0 1 0 95
ASE_00415 0.00 0.00 0.00 0 54941 5 1 4 0 103
ASE_00416 0.00 0.00 0.00 0 77412 9 0 9 0 127
ASE_00417 0.00 0.00 0.00 0 54615 0 0 0 0 100
ASE_00418 0.00 0.00 0.00 0 38781 0 0 0 0 75
ASE_00419 0.10 0.03 0.33 3 54937 6 0 6 0 100
ASE_00422 0.05 0.02 0.12 2 46954 19 1 14 4 92
ASE_00423 0.14 0.04 0.50 4 56945 4 0 4 0 105
ASE_00426 0.11 0.04 0.31 4 61062 9 0 9 0 104
ASE_00428 0.00 0.00 0.00 0 76629 8 0 7 1 125
ASE_00430 0.07 0.02 0.25 2 46963 6 0 6 0 95
ASE_00431 0.00 0.00 0.00 0 46358 2 0 2 0 95
ASE_00434 0.04 0.02 0.11 2 68246 20 1 16 3 108
ASE_00437 0.00 0.00 0.00 0 79395 7 0 6 1 135
ASE_00438 0.02 0.01 0.07 1 66052 13 2 11 0 115
ASE_00441 0.00 0.00 0.00 0 64258 3 0 3 0 112
ASE_00447 0.15 0.03 0.67 4 60372 2 0 2 0 112
ASE_00448 0.04 0.01 0.14 1 64254 6 1 5 0 111
ASE_00451 0.11 0.03 0.36 4 70865 7 0 7 0 121
CRW_00013 0.00 0.00 0.00 0 103737 3 0 3 0 115
CRW_00016 0.00 0.00 0.00 0 77418 3 0 3 0 120
CRW_00610 0.00 0.00 0.00 0 36310 5 0 5 0 81
CRW_00613 0.00 0.00 0.00 0 34979 1 0 1 0 78
CRW_00614 0.00 0.00 0.00 0 121764 17 0 7 10 57
CRW_00618 0.00 0.00 0.00 0 56279 1 0 1 0 61
CRW_00619 0.00 0.00 0.00 0 165014 28 5 6 17 73
CRW_00620 0.00 0.00 0.00 0 150964 27 4 7 16 63
CRW_00621 0.00 0.00 0.00 0 153172 32 5 4 23 71
CRW_00623 0.00 0.00 0.00 0 129777 25 6 12 7 83
CRW_00633 0.00 0.00 0.00 0 63541 5 0 5 0 106
CRW_00634 0.00 0.00 0.00 0 64620 1 0 0 1 94
CRW_00670 0.00 0.00 0.00 0 70124 4 0 1 3 120
CRW_00671 0.00 0.00 0.00 0 62835 0 0 0 0 117
CRW_00672 0.00 0.00 0.00 0 72386 7 0 4 3 111
CRW_00674 0.00 0.00 0.00 0 83436 1 0 0 1 124
CRW_00676 0.00 0.00 0.00 0 93527 2 0 1 1 115
CRW_00692 0.00 0.00 0.00 0 68635 3 0 0 3 90
PDB_00827 0.00 0.00 0.00 0 27026 2 0 2 0 81
PDB_00919 0.00 0.00 0.00 0 44249 5 0 4 1 103
RFA_00597 0.00 0.00 0.00 0 97889 17 4 10 3 109
RFA_00598 0.00 0.00 0.00 0 84655 11 0 11 0 101
RFA_00599 0.43 0.25 0.74 28 101437 25 0 10 15 83
RFA_00600 0.00 0.00 0.00 0 120278 17 1 16 0 100
RFA_00601 0.57 0.38 0.86 43 99185 16 1 6 9 71
RFA_00602 0.09 0.02 0.50 2 101471 3 1 1 1 114
TMR_00173 0.30 0.17 0.54 7 42182 6 2 4 0 35
TMR_00357 0.25 0.09 0.73 8 83017 3 0 3 0 84
TMR_00601 0.30 0.19 0.47 8 58979 9 2 7 0 34
TMR_00696 0.24 0.07 0.80 8 85068 2 0 2 0 106

^top


Matthews Correlation Coeffient, Sensitivity and Positive Predictive Value have been calculated based on the paper by Gardener & Giegerich, 2004.