CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

Table of contents:

  1. Overview

  2. Performance Plots

  3. Performance of RNAwolf - scored higher in this pairwise comparison

  4. Performance of RSpredict(seed) - scored lower in this pairwise comparison

  5. Compile and download dataset for RNAwolf & RSpredict(seed) [.zip] - may take several seconds...


Overview

Metric RNAwolf RSpredict(seed)
MCC 0.372 > 0.045
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.368 ± 0.017 > 0.033 ± 0.008
Sensitivity 0.380 > 0.011
Positive Predictive Value 0.365 > 0.189
Total TP 11097 > 323
Total TN 17619687 < 17648345
Total FP 22776 > 1595
Total FP CONTRA 2786 > 115
Total FP INCONS 16488 > 1275
Total FP COMP 3502 > 205
Total FN 18085 < 28859
P-value 3.56938820447e-08

^top




Performance plots


  1. Comparison of performance of RNAwolf and RSpredict(seed). Positive Predictive Value (PPV) is plotted against sensitivity. Each dot represents a single test of each method. See tables below for raw data (individual counts for RNAwolf and RSpredict(seed)).

  2. Average Matthews Correlation Coefficients (MCC) with 95% confidence intervals (CIs) were plotted for different RNA families, for which at least 3 members were present in the benchmarking dataset. 'n' denotes the number of MCCs used to calculate the average and CI. See tables below for raw data (individual counts for RNAwolf and RSpredict(seed)).

  3. Comparison of average Matthews Correlation Coefficients (MCCs) for RNAwolf and RSpredict(seed). The whiskers correspond to 95% confidence intervals (CIs). 'n' denotes the number of MCCs used to calculate average MCCs and CIs. See tables below for raw data (individual counts for RNAwolf and RSpredict(seed)).

^top





Performance of RNAwolf - scored higher in this pairwise comparison

1. Total counts & total scores for RNAwolf

Total Base Pair Counts
Total TP 11097
Total TN 17619687
Total FP 22776
Total FP CONTRA 2786
Total FP INCONS 16488
Total FP COMP 3502
Total FN 18085
Total Scores
MCC 0.372
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.368 ± 0.017
Sensitivity 0.380
Positive Predictive Value 0.365
Nr of predictions 280

^top



2. Individual counts for RNAwolf [ download as .csv ]

RNA Chain Rfam family MCC SENS PPV TP TN FP FP CONTRA FP INCONS FP COMP FN
ASE_00001 0.76 0.73 0.80 55 34122 33 1 13 19 20
ASE_00002 0.56 0.53 0.58 39 35444 45 2 26 17 34
ASE_00004 0.51 0.51 0.51 49 47799 61 8 39 14 48
ASE_00005 0.46 0.46 0.47 54 57854 68 12 50 6 63
ASE_00006 0.32 0.33 0.30 31 47484 83 10 61 12 62
ASE_00007 0.30 0.30 0.31 33 59577 81 11 64 6 77
ASE_00009 0.39 0.39 0.40 26 26041 48 4 35 9 41
ASE_00012 0.54 0.54 0.54 67 73797 68 5 51 12 56
ASE_00014 0.36 0.38 0.35 40 54171 80 16 58 6 66
ASE_00017 0.11 0.13 0.10 8 50962 92 14 56 22 56
ASE_00018 0.53 0.54 0.53 72 80465 72 4 60 8 62
ASE_00020 0.63 0.62 0.64 78 73799 56 6 37 13 48
ASE_00021 0.45 0.44 0.46 70 104045 94 7 74 13 90
ASE_00022 0.45 0.45 0.44 56 82901 79 9 62 8 68
ASE_00023 0.48 0.50 0.46 63 84117 87 12 63 12 64
ASE_00025 0.26 0.30 0.24 21 78517 111 23 45 43 50
ASE_00026 0.41 0.42 0.41 46 59573 75 6 60 9 64
ASE_00028 0.46 0.47 0.45 59 84536 90 9 62 19 67
ASE_00029 0.27 0.29 0.26 35 82894 112 15 84 13 87
ASE_00030 0.49 0.46 0.52 67 85361 72 6 57 9 78
ASE_00031 0.46 0.46 0.46 58 86609 81 8 61 12 68
ASE_00032 0.32 0.31 0.33 37 80087 93 2 74 17 81
ASE_00033 0.11 0.12 0.11 14 64857 111 8 101 2 107
ASE_00035 0.22 0.23 0.22 27 70375 102 22 76 4 91
ASE_00036 0.42 0.42 0.43 55 75728 79 4 68 7 77
ASE_00037 0.36 0.35 0.39 38 59242 67 8 52 7 72
ASE_00038 0.41 0.41 0.41 41 53529 66 7 51 8 60
ASE_00040 0.31 0.32 0.30 43 78860 110 16 84 10 90
ASE_00041 0.37 0.36 0.39 39 57530 71 7 54 10 69
ASE_00042 0.31 0.31 0.31 45 89957 109 9 89 11 100
ASE_00044 0.48 0.48 0.48 50 54511 71 5 49 17 55
ASE_00046 0.21 0.21 0.22 22 50301 81 6 74 1 81
ASE_00047 0.12 0.12 0.12 15 74178 121 5 107 9 115
ASE_00052 0.17 0.17 0.17 19 61315 94 14 77 3 93
ASE_00053 0.44 0.44 0.44 58 79269 85 12 62 11 75
ASE_00057 0.53 0.53 0.54 71 82083 73 6 55 12 63
ASE_00064 0.19 0.19 0.19 17 45361 82 13 60 9 72
ASE_00066 0.50 0.51 0.49 66 72254 74 7 63 4 64
ASE_00068 0.38 0.38 0.38 32 37591 57 8 44 5 53
ASE_00069 0.57 0.56 0.58 78 82893 67 8 49 10 62
ASE_00074 0.36 0.36 0.37 43 67779 81 9 65 7 76
ASE_00075 0.59 0.57 0.60 93 108656 77 7 55 15 69
ASE_00076 0.43 0.43 0.44 51 68148 77 10 56 11 67
ASE_00077 0.36 0.37 0.35 32 45059 70 15 44 11 54
ASE_00078 0.28 0.29 0.27 24 42983 71 8 56 7 59
ASE_00079 0.47 0.47 0.48 47 55513 64 7 44 13 53
ASE_00080 0.36 0.37 0.36 45 71507 88 5 74 9 78
ASE_00081 0.21 0.22 0.21 21 49668 87 9 72 6 76
ASE_00082 0.44 0.46 0.43 53 70377 86 8 62 16 63
ASE_00083 0.29 0.29 0.28 32 62368 94 11 70 13 78
ASE_00084 0.59 0.61 0.57 60 53523 55 7 38 10 39
ASE_00087 0.29 0.28 0.31 41 88276 102 8 85 9 103
ASE_00090 0.32 0.33 0.31 33 55504 91 4 70 17 68
ASE_00092 0.51 0.52 0.50 59 63428 75 11 48 16 54
ASE_00096 0.62 0.64 0.60 74 63422 58 13 37 8 41
ASE_00099 0.56 0.55 0.56 66 64503 67 3 48 16 54
ASE_00100 0.22 0.24 0.20 18 82127 121 13 57 51 58
ASE_00102 0.52 0.51 0.54 85 117697 89 7 66 16 81
ASE_00104 0.40 0.39 0.41 46 64148 80 2 65 13 73
ASE_00105 0.57 0.57 0.57 63 64151 57 10 37 10 48
ASE_00107 0.51 0.53 0.50 67 73020 74 9 57 8 60
ASE_00108 0.19 0.22 0.16 14 46885 92 14 58 20 49
ASE_00111 0.20 0.25 0.17 14 50002 85 25 45 15 43
ASE_00112 0.55 0.56 0.53 65 75344 66 4 53 9 51
ASE_00115 0.28 0.29 0.28 29 54512 85 6 68 11 72
ASE_00116 0.05 0.06 0.05 4 31549 79 14 59 6 62
ASE_00118 0.28 0.30 0.26 31 60607 93 9 79 5 71
ASE_00119 0.52 0.53 0.50 57 62722 71 10 46 15 51
ASE_00120 0.20 0.20 0.20 19 46877 79 15 60 4 75
ASE_00121 0.15 0.15 0.14 14 45052 88 10 74 4 78
ASE_00122 0.36 0.36 0.35 32 43274 62 12 47 3 56
ASE_00123 0.46 0.48 0.45 41 38412 58 9 41 8 44
ASE_00125 0.48 0.48 0.48 42 39252 53 12 34 7 46
ASE_00126 0.43 0.44 0.42 36 40385 59 9 40 10 46
ASE_00128 0.45 0.46 0.43 46 53195 70 6 54 10 54
ASE_00129 0.34 0.35 0.33 39 62716 87 8 72 7 72
ASE_00131 0.47 0.46 0.48 39 39258 54 10 33 11 46
ASE_00132 0.42 0.43 0.42 41 50305 63 13 44 6 54
ASE_00134 0.49 0.49 0.48 47 50305 59 8 43 8 48
ASE_00135 0.45 0.46 0.45 50 63078 74 12 50 12 59
ASE_00136 0.27 0.27 0.27 25 48112 84 4 64 16 67
ASE_00137 0.47 0.49 0.45 48 48410 75 3 55 17 50
ASE_00138 0.54 0.56 0.54 45 40386 55 6 33 16 36
ASE_00139 0.56 0.55 0.57 57 54185 52 7 36 9 47
ASE_00140 0.51 0.50 0.52 62 70757 67 7 50 10 63
ASE_00142 0.28 0.28 0.27 34 67037 95 13 77 5 88
ASE_00145 0.24 0.25 0.24 28 70006 101 8 83 10 83
ASE_00146 0.42 0.43 0.42 53 70749 81 12 62 7 71
ASE_00148 0.36 0.36 0.36 56 112419 106 14 86 6 98
ASE_00151 0.62 0.61 0.63 60 51908 47 9 26 12 38
ASE_00153 0.33 0.38 0.29 28 57534 96 15 53 28 45
ASE_00154 0.42 0.42 0.43 45 65236 73 8 52 13 62
ASE_00155 0.41 0.42 0.41 59 93384 92 4 81 7 83
ASE_00163 0.40 0.40 0.40 37 53208 82 0 56 26 56
ASE_00165 0.17 0.18 0.17 18 52870 93 10 77 6 83
ASE_00168 0.08 0.09 0.07 6 60637 105 22 61 22 58
ASE_00169 0.51 0.50 0.51 54 57185 70 5 47 18 53
ASE_00170 0.35 0.37 0.34 34 48728 76 9 57 10 59
ASE_00171 0.57 0.60 0.55 56 48414 56 8 38 10 38
ASE_00172 0.39 0.41 0.37 43 58880 80 9 64 7 63
ASE_00174 0.48 0.50 0.47 55 60957 77 11 52 14 54
ASE_00175 0.55 0.56 0.54 60 59919 62 10 42 10 47
ASE_00176 0.41 0.43 0.41 47 59915 80 7 62 11 63
ASE_00179 0.26 0.27 0.25 23 44162 79 13 55 11 61
ASE_00180 0.43 0.43 0.43 43 51259 71 7 51 13 57
ASE_00181 0.39 0.41 0.37 43 57514 78 9 64 5 63
ASE_00182 0.43 0.43 0.44 58 84123 86 5 69 12 78
ASE_00184 0.44 0.46 0.42 47 54504 69 11 53 5 55
ASE_00185 0.49 0.49 0.49 63 73407 73 10 56 7 65
ASE_00186 0.43 0.42 0.44 55 78877 87 9 62 16 77
ASE_00187 0.28 0.29 0.28 33 68517 96 13 72 11 82
ASE_00189 0.34 0.35 0.34 36 63083 78 14 57 7 66
ASE_00190 0.56 0.54 0.57 49 45365 50 1 36 13 41
ASE_00192 0.51 0.51 0.51 68 84533 73 9 56 8 65
ASE_00194 0.41 0.41 0.42 49 73419 79 4 64 11 70
ASE_00196 0.57 0.59 0.55 44 31546 50 4 32 14 31
ASE_00197 0.31 0.32 0.31 46 89104 114 10 93 11 99
ASE_00198 0.28 0.27 0.28 28 52551 76 7 64 5 74
ASE_00203 0.54 0.55 0.52 53 46564 58 10 38 10 43
ASE_00204 0.51 0.53 0.49 59 67775 70 12 50 8 53
ASE_00205 0.17 0.19 0.16 17 45949 90 17 73 0 73
ASE_00209 0.30 0.30 0.31 26 42988 63 8 49 6 62
ASE_00210 0.62 0.63 0.61 41 27194 39 9 17 13 24
ASE_00212 0.29 0.29 0.28 43 93810 117 10 98 9 105
ASE_00213 0.68 0.65 0.70 43 27200 31 6 12 13 23
ASE_00214 0.44 0.46 0.43 47 56171 76 2 60 14 56
ASE_00215 0.28 0.28 0.29 28 48418 83 6 64 13 71
ASE_00216 0.25 0.26 0.25 21 39255 67 8 56 3 61
ASE_00217 0.34 0.33 0.35 30 40385 63 5 50 8 60
ASE_00221 0.36 0.37 0.35 43 64496 87 11 70 6 74
ASE_00222 0.30 0.32 0.29 50 111929 125 20 102 3 107
ASE_00227 0.21 0.20 0.21 27 78875 107 6 95 6 106
ASE_00228 0.36 0.40 0.32 34 46866 76 20 51 5 52
ASE_00229 0.09 0.10 0.09 9 42384 101 6 87 8 78
ASE_00231 0.56 0.58 0.53 56 47790 61 8 41 12 40
ASE_00232 0.37 0.39 0.36 33 38411 70 4 55 11 51
ASE_00234 0.54 0.54 0.55 70 75338 70 8 50 12 59
ASE_00237 0.00 0.00 0.00 0 45662 110 30 61 19 56
ASE_00238 0.56 0.57 0.56 65 64144 64 10 42 12 49
ASE_00240 0.31 0.31 0.32 29 46573 73 9 54 10 64
ASE_00241 0.62 0.64 0.59 56 43861 48 6 33 9 31
ASE_00242 0.42 0.41 0.44 46 60970 62 14 45 3 66
ASE_00246 0.07 0.07 0.06 5 48121 94 25 54 15 62
ASE_00247 0.10 0.13 0.08 8 54188 105 25 64 16 56
ASE_00248 0.32 0.31 0.33 35 62376 75 7 63 5 79
ASE_00250 0.37 0.36 0.38 47 78880 83 10 66 7 84
ASE_00252 0.30 0.30 0.31 50 115281 120 9 100 11 118
ASE_00254 0.36 0.39 0.34 32 36761 69 10 53 6 50
ASE_00255 0.46 0.47 0.45 61 74555 83 9 66 8 69
ASE_00257 0.56 0.57 0.56 55 50941 56 9 35 12 42
ASE_00259 0.35 0.35 0.36 42 73037 85 9 65 11 79
ASE_00263 0.15 0.16 0.15 19 70373 111 9 99 3 101
ASE_00264 0.43 0.44 0.43 44 49038 69 6 53 10 56
ASE_00267 0.36 0.35 0.37 31 45067 62 8 44 10 57
ASE_00270 0.51 0.50 0.52 64 72268 71 4 54 13 64
ASE_00274 0.30 0.29 0.30 30 55512 78 13 56 9 73
ASE_00277 0.28 0.30 0.26 27 48103 84 14 61 9 64
ASE_00279 0.29 0.29 0.29 29 53202 80 4 66 10 72
ASE_00280 0.20 0.20 0.20 20 51905 85 5 73 7 78
ASE_00281 0.33 0.34 0.32 30 44458 73 11 52 10 58
ASE_00282 0.23 0.24 0.24 30 77688 105 10 87 8 97
ASE_00283 0.46 0.48 0.45 51 61662 74 12 51 11 56
ASE_00284 0.08 0.08 0.08 9 58197 111 9 96 6 99
ASE_00285 0.27 0.28 0.27 34 68878 102 9 85 8 88
ASE_00286 0.57 0.54 0.61 50 46583 42 6 26 10 42
ASE_00287 0.30 0.30 0.30 31 54842 81 6 67 8 72
ASE_00288 0.27 0.27 0.28 25 45967 68 12 52 4 68
ASE_00289 0.67 0.66 0.68 104 100873 60 6 42 12 53
ASE_00292 0.38 0.38 0.39 52 81676 93 8 74 11 86
ASE_00294 0.38 0.37 0.38 63 114317 107 9 92 6 108
ASE_00295 0.49 0.49 0.50 64 73792 73 10 54 9 67
ASE_00296 0.31 0.30 0.32 44 91669 101 7 86 8 101
ASE_00297 0.41 0.42 0.40 41 52873 73 4 57 12 57
ASE_00298 0.29 0.29 0.30 33 67418 86 8 69 9 80
ASE_00299 0.45 0.47 0.43 47 49346 69 6 56 7 53
ASE_00313 0.11 0.11 0.11 10 62387 106 11 73 22 79
ASE_00316 0.30 0.34 0.27 33 107758 124 18 71 35 65
ASE_00318 0.41 0.42 0.40 49 80077 79 13 61 5 69
ASE_00327 0.44 0.48 0.40 43 57184 75 21 43 11 46
ASE_00328 0.51 0.49 0.53 55 72667 61 5 44 12 57
ASE_00330 0.40 0.42 0.38 38 56181 78 12 49 17 52
ASE_00332 0.23 0.23 0.24 32 81674 118 5 99 14 106
ASE_00335 0.58 0.57 0.58 66 75353 65 5 42 18 50
ASE_00337 0.45 0.44 0.47 31 39274 59 1 34 24 40
ASE_00338 0.35 0.37 0.34 36 66323 87 14 57 16 62
ASE_00339 0.51 0.52 0.50 62 80077 77 3 58 16 57
ASE_00340 0.14 0.15 0.14 13 45963 87 8 72 7 72
ASE_00342 0.50 0.50 0.50 58 62365 70 9 49 12 57
ASE_00343 0.51 0.50 0.53 56 83331 75 2 47 26 57
ASE_00346 0.26 0.26 0.27 25 48112 83 9 59 15 72
ASE_00353 0.19 0.21 0.19 22 57852 106 9 87 10 85
ASE_00359 0.16 0.18 0.15 14 42682 87 15 67 5 66
ASE_00360 0.25 0.28 0.23 18 29326 62 10 49 3 47
ASE_00361 0.36 0.37 0.35 47 75333 94 11 75 8 80
ASE_00362 0.43 0.44 0.42 40 48110 66 10 45 11 51
ASE_00363 0.29 0.31 0.27 29 51254 81 12 65 4 65
ASE_00364 0.38 0.39 0.38 41 54177 77 9 58 10 64
ASE_00366 0.19 0.20 0.17 20 58538 98 14 81 3 78
ASE_00367 0.26 0.27 0.25 23 42978 79 8 62 9 63
ASE_00369 0.34 0.36 0.33 38 55831 88 3 73 12 69
ASE_00370 0.29 0.30 0.28 25 41816 75 7 57 11 59
ASE_00372 0.21 0.22 0.21 22 51897 88 11 73 4 78
ASE_00374 0.48 0.48 0.48 42 44763 54 2 43 9 46
ASE_00375 0.34 0.32 0.37 35 60284 67 9 50 8 75
ASE_00376 0.45 0.46 0.44 48 56843 71 4 58 9 57
ASE_00377 0.65 0.65 0.64 70 57521 52 8 31 13 37
ASE_00379 0.25 0.26 0.25 23 45964 77 10 59 8 66
ASE_00380 0.28 0.28 0.29 28 54848 82 7 63 12 71
ASE_00382 0.36 0.37 0.35 31 41816 69 12 46 11 53
ASE_00383 0.44 0.43 0.45 45 54514 70 4 52 14 60
ASE_00384 0.27 0.28 0.27 26 48418 84 10 62 12 66
ASE_00385 0.52 0.52 0.53 42 41825 54 7 31 16 39
ASE_00386 0.39 0.40 0.38 38 50303 74 6 56 12 58
ASE_00387 0.47 0.47 0.47 49 55841 66 8 47 11 55
ASE_00388 0.29 0.30 0.28 27 45657 84 7 62 15 62
ASE_00390 0.38 0.40 0.36 34 42100 71 9 52 10 51
ASE_00393 0.27 0.28 0.27 26 47798 77 6 65 6 67
ASE_00394 0.29 0.29 0.30 27 46881 73 6 57 10 66
ASE_00395 0.54 0.56 0.52 47 41526 54 12 31 11 37
ASE_00396 0.28 0.30 0.27 25 41522 78 11 58 9 58
ASE_00397 0.43 0.43 0.42 45 54509 75 7 54 14 60
ASE_00398 0.35 0.36 0.35 37 55839 79 6 63 10 67
ASE_00400 0.63 0.64 0.62 68 57860 54 9 33 12 38
ASE_00401 0.39 0.40 0.38 51 76893 91 12 72 7 75
ASE_00402 0.44 0.45 0.44 38 42400 59 7 41 11 47
ASE_00403 0.24 0.23 0.24 25 55841 94 8 71 15 82
ASE_00404 0.25 0.28 0.23 24 42967 83 16 64 3 61
ASE_00406 0.33 0.32 0.34 30 48740 71 5 53 13 64
ASE_00411 0.39 0.40 0.39 36 49362 70 10 47 13 53
ASE_00412 0.25 0.25 0.25 26 58206 86 11 68 7 79
ASE_00413 0.60 0.62 0.59 50 44466 49 10 25 14 31
ASE_00414 0.34 0.34 0.34 32 46267 75 6 55 14 63
ASE_00415 0.47 0.48 0.46 49 54839 67 5 53 9 54
ASE_00416 0.32 0.32 0.32 41 77291 98 8 81 9 86
ASE_00417 0.42 0.44 0.40 44 54506 75 9 56 10 56
ASE_00418 0.17 0.19 0.16 14 38696 80 6 65 9 61
ASE_00419 0.51 0.52 0.49 54 54836 66 9 47 10 49
ASE_00422 0.24 0.24 0.24 23 46875 85 1 72 12 71
ASE_00423 0.36 0.38 0.34 41 56833 84 9 70 5 68
ASE_00426 0.31 0.33 0.29 36 60951 91 10 78 3 72
ASE_00428 0.29 0.30 0.29 37 76507 103 11 81 11 88
ASE_00430 0.52 0.53 0.52 51 46873 56 1 46 9 46
ASE_00431 0.54 0.54 0.54 51 46266 57 7 36 14 44
ASE_00434 0.63 0.64 0.63 70 68154 63 4 37 22 40
ASE_00437 0.30 0.30 0.31 41 79268 98 3 89 6 94
ASE_00438 0.32 0.34 0.30 39 65935 97 16 76 5 77
ASE_00441 0.45 0.46 0.45 51 64147 73 3 60 10 61
ASE_00447 0.61 0.59 0.62 69 60267 47 9 33 5 47
ASE_00448 0.45 0.43 0.48 48 64161 65 8 44 13 64
ASE_00451 0.48 0.49 0.47 61 70746 77 7 62 8 64
CRW_00013 0.03 0.03 0.03 4 103598 147 24 114 9 111
CRW_00016 0.24 0.23 0.24 28 77305 101 10 78 13 92
CRW_00610 0.52 0.52 0.52 42 36234 53 4 35 14 39
CRW_00613 0.60 0.62 0.59 48 34898 50 1 33 16 30
CRW_00614 0.09 0.12 0.07 7 121673 167 34 57 76 50
CRW_00618 0.01 0.02 0.01 1 56208 107 13 58 36 60
CRW_00619 0.27 0.32 0.24 23 164928 154 28 46 80 50
CRW_00620 0.31 0.33 0.28 21 150901 165 8 45 112 42
CRW_00621 0.26 0.30 0.23 21 153090 163 20 50 93 50
CRW_00623 0.11 0.13 0.10 11 129683 155 28 73 54 72
CRW_00633 0.29 0.29 0.30 31 63442 76 12 61 3 75
CRW_00634 0.19 0.22 0.17 21 64493 110 25 81 4 73
CRW_00670 0.35 0.35 0.35 42 70006 81 12 65 4 78
CRW_00671 0.13 0.13 0.13 15 62723 100 11 86 3 102
CRW_00672 0.06 0.06 0.06 7 72276 114 17 90 7 104
CRW_00674 0.28 0.28 0.28 35 83310 106 12 79 15 89
CRW_00676 0.16 0.17 0.16 19 93407 113 22 80 11 96
CRW_00692 0.18 0.19 0.18 17 68539 100 16 63 21 73
PDB_00827 0.58 0.58 0.57 47 26946 37 6 29 2 34
PDB_00919 0.48 0.46 0.51 47 44161 51 5 40 6 56
RFA_00597 0.41 0.44 0.39 48 97780 99 18 57 24 61
RFA_00598 0.18 0.20 0.17 20 84546 111 30 70 11 81
RFA_00599 0.31 0.34 0.28 38 101339 111 33 65 13 73
RFA_00600 0.06 0.08 0.05 8 120145 162 45 97 20 92
RFA_00601 0.37 0.42 0.33 48 99088 112 28 71 13 66
RFA_00602 0.32 0.35 0.30 41 101337 128 16 81 31 75
TMR_00173 0.16 0.19 0.14 8 42138 90 11 38 41 34
TMR_00357 0.29 0.33 0.26 30 82913 101 26 59 16 62
TMR_00601 0.32 0.36 0.28 15 58943 88 14 24 50 27
TMR_00696 0.24 0.25 0.24 28 84961 109 13 76 20 86

^top



Performance of RSpredict(seed) - scored lower in this pairwise comparison

1. Total counts & total scores for RSpredict(seed)

Total Base Pair Counts
Total TP 323
Total TN 17648345
Total FP 1595
Total FP CONTRA 115
Total FP INCONS 1275
Total FP COMP 205
Total FN 28859
Total Scores
MCC 0.045
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.033 ± 0.008
Sensitivity 0.011
Positive Predictive Value 0.189
Nr of predictions 280

^top



2. Individual counts for RSpredict(seed) [ download as .csv ]

RNA Chain Rfam family MCC SENS PPV TP TN FP FP CONTRA FP INCONS FP COMP FN
ASE_00001 0.00 0.00 0.00 0 34191 0 0 0 0 75
ASE_00002 0.00 0.00 0.00 0 35511 0 0 0 0 73
ASE_00004 0.00 0.00 0.00 0 47894 2 0 1 1 97
ASE_00005 0.14 0.03 0.57 4 57963 3 0 3 0 113
ASE_00006 0.00 0.00 0.00 0 47583 3 0 3 0 93
ASE_00007 0.16 0.05 0.56 5 59676 4 0 4 0 105
ASE_00009 0.00 0.00 0.00 0 26106 0 0 0 0 67
ASE_00012 0.00 0.00 0.00 0 73914 6 0 6 0 123
ASE_00014 0.00 0.00 0.00 0 54285 0 0 0 0 106
ASE_00017 0.00 0.00 0.00 0 51038 2 0 2 0 64
ASE_00018 0.13 0.04 0.35 6 80584 11 0 11 0 128
ASE_00020 0.04 0.01 0.25 1 73916 3 0 3 0 125
ASE_00021 0.00 0.00 0.00 0 104189 7 1 6 0 160
ASE_00022 0.00 0.00 0.00 0 83008 21 3 17 1 124
ASE_00023 0.00 0.00 0.00 0 84246 9 0 9 0 127
ASE_00025 0.00 0.00 0.00 0 78605 1 0 1 0 71
ASE_00026 0.07 0.02 0.25 2 59677 6 1 5 0 108
ASE_00028 0.02 0.01 0.05 1 84646 22 5 14 3 125
ASE_00029 0.00 0.00 0.00 0 83024 4 0 4 0 122
ASE_00030 0.11 0.03 0.44 4 85482 5 0 5 0 141
ASE_00031 0.00 0.00 0.00 0 86724 12 2 10 0 126
ASE_00032 0.00 0.00 0.00 0 80196 5 0 4 1 118
ASE_00033 0.12 0.03 0.44 4 64971 5 0 5 0 117
ASE_00035 0.00 0.00 0.00 0 70496 6 0 4 2 118
ASE_00036 0.00 0.00 0.00 0 75845 10 0 10 0 132
ASE_00037 0.00 0.00 0.00 0 59335 5 0 5 0 110
ASE_00038 0.00 0.00 0.00 0 53623 5 0 5 0 101
ASE_00040 0.02 0.01 0.07 1 78989 13 0 13 0 132
ASE_00041 0.00 0.00 0.00 0 57624 6 0 6 0 108
ASE_00042 0.09 0.03 0.29 4 90086 10 0 10 0 141
ASE_00044 0.03 0.01 0.10 1 54605 9 0 9 0 104
ASE_00046 0.11 0.03 0.43 3 50396 4 0 4 0 100
ASE_00047 0.00 0.00 0.00 0 74303 2 0 2 0 130
ASE_00052 0.18 0.04 0.71 5 61418 2 0 2 0 107
ASE_00053 0.00 0.00 0.00 0 79398 3 0 3 0 133
ASE_00057 0.05 0.01 0.17 2 82203 11 0 10 1 132
ASE_00064 0.00 0.00 0.00 0 45448 3 0 3 0 89
ASE_00066 0.16 0.03 0.80 4 72385 1 0 1 0 126
ASE_00068 0.05 0.01 0.25 1 37671 3 0 3 0 84
ASE_00069 0.00 0.00 0.00 0 83022 6 1 5 0 140
ASE_00074 0.21 0.07 0.67 8 67884 4 0 4 0 111
ASE_00075 0.00 0.00 0.00 0 108804 8 0 7 1 162
ASE_00076 0.00 0.00 0.00 0 68256 9 0 9 0 118
ASE_00077 0.09 0.02 0.33 2 45144 4 1 3 0 84
ASE_00078 0.00 0.00 0.00 0 43071 0 0 0 0 83
ASE_00079 0.00 0.00 0.00 0 55606 5 0 5 0 100
ASE_00080 0.00 0.00 0.00 0 71623 9 2 6 1 123
ASE_00081 0.00 0.00 0.00 0 49768 2 0 2 0 97
ASE_00082 0.00 0.00 0.00 0 70494 6 0 6 0 116
ASE_00083 0.00 0.00 0.00 0 62477 5 0 4 1 110
ASE_00084 0.00 0.00 0.00 0 53625 4 0 3 1 99
ASE_00087 0.00 0.00 0.00 0 88406 4 0 4 0 144
ASE_00090 0.04 0.01 0.17 1 55605 5 0 5 0 100
ASE_00092 0.04 0.01 0.20 1 63541 4 0 4 0 112
ASE_00096 0.00 0.00 0.00 0 63542 4 0 4 0 115
ASE_00099 0.20 0.07 0.62 8 64607 5 0 5 0 112
ASE_00100 0.00 0.00 0.00 0 82213 2 1 1 0 76
ASE_00102 0.00 0.00 0.00 0 117845 10 0 10 0 166
ASE_00104 0.10 0.03 0.31 4 64248 9 0 9 0 115
ASE_00105 0.00 0.00 0.00 0 64254 7 0 7 0 111
ASE_00107 0.13 0.03 0.50 4 73145 4 0 4 0 123
ASE_00108 0.00 0.00 0.00 0 46969 2 2 0 0 63
ASE_00111 0.00 0.00 0.00 0 50084 2 2 0 0 57
ASE_00112 0.00 0.00 0.00 0 75461 5 1 4 0 116
ASE_00115 0.00 0.00 0.00 0 54615 0 0 0 0 101
ASE_00116 0.00 0.00 0.00 0 31626 0 0 0 0 66
ASE_00118 0.00 0.00 0.00 0 60722 6 0 4 2 102
ASE_00119 0.00 0.00 0.00 0 62834 3 0 1 2 108
ASE_00120 0.00 0.00 0.00 0 46970 1 0 1 0 94
ASE_00121 0.00 0.00 0.00 0 45150 0 0 0 0 92
ASE_00122 0.00 0.00 0.00 0 43360 6 0 5 1 88
ASE_00123 0.00 0.00 0.00 0 38499 4 0 4 0 85
ASE_00125 0.00 0.00 0.00 0 39337 3 0 3 0 88
ASE_00126 0.00 0.00 0.00 0 40468 2 0 2 0 82
ASE_00128 0.00 0.00 0.00 0 53297 4 1 3 0 100
ASE_00129 0.00 0.00 0.00 0 62821 18 1 13 4 111
ASE_00131 0.30 0.15 0.59 13 39318 15 0 9 6 72
ASE_00132 0.00 0.00 0.00 0 50401 3 0 2 1 95
ASE_00134 0.00 0.00 0.00 0 50397 6 0 6 0 95
ASE_00135 0.00 0.00 0.00 0 63187 3 0 3 0 109
ASE_00136 0.00 0.00 0.00 0 48202 4 0 3 1 92
ASE_00137 0.00 0.00 0.00 0 48512 4 0 4 0 98
ASE_00138 0.00 0.00 0.00 0 40467 3 0 3 0 81
ASE_00139 0.00 0.00 0.00 0 54280 5 0 5 0 104
ASE_00140 0.04 0.01 0.20 1 70871 4 1 3 0 124
ASE_00142 0.06 0.02 0.25 2 67153 6 0 6 0 120
ASE_00145 0.00 0.00 0.00 0 70125 0 0 0 0 111
ASE_00146 0.09 0.02 0.38 3 70868 5 0 5 0 121
ASE_00148 0.00 0.00 0.00 0 112574 1 1 0 0 154
ASE_00151 0.00 0.00 0.00 0 52000 4 1 2 1 98
ASE_00153 0.00 0.00 0.00 0 57629 1 1 0 0 73
ASE_00154 0.00 0.00 0.00 0 65341 0 0 0 0 107
ASE_00155 0.00 0.00 0.00 0 93528 0 0 0 0 142
ASE_00163 0.00 0.00 0.00 0 53297 4 1 3 0 93
ASE_00165 0.11 0.02 0.67 2 52972 1 0 1 0 99
ASE_00168 0.00 0.00 0.00 0 60725 1 1 0 0 64
ASE_00169 0.00 0.00 0.00 0 57287 4 0 4 0 107
ASE_00170 0.04 0.01 0.17 1 48822 5 0 5 0 92
ASE_00171 0.00 0.00 0.00 0 48513 4 0 3 1 94
ASE_00172 0.00 0.00 0.00 0 58988 8 0 8 0 106
ASE_00174 0.00 0.00 0.00 0 61075 0 0 0 0 109
ASE_00175 0.05 0.02 0.14 2 60017 14 0 12 2 105
ASE_00176 0.00 0.00 0.00 0 60020 11 3 8 0 110
ASE_00179 0.09 0.04 0.23 3 44240 12 1 9 2 81
ASE_00180 0.00 0.00 0.00 0 51355 5 3 2 0 100
ASE_00181 0.00 0.00 0.00 0 57627 3 0 3 0 106
ASE_00182 0.00 0.00 0.00 0 84254 1 0 1 0 136
ASE_00184 0.09 0.03 0.30 3 54605 7 0 7 0 99
ASE_00185 0.00 0.00 0.00 0 73531 5 0 5 0 128
ASE_00186 0.00 0.00 0.00 0 78994 9 1 8 0 132
ASE_00187 0.00 0.00 0.00 0 68630 5 3 2 0 115
ASE_00189 0.00 0.00 0.00 0 63180 13 1 9 3 102
ASE_00190 0.00 0.00 0.00 0 45437 15 3 11 1 90
ASE_00192 0.00 0.00 0.00 0 84653 14 3 10 1 133
ASE_00194 0.00 0.00 0.00 0 73523 15 0 13 2 119
ASE_00196 0.00 0.00 0.00 0 31626 0 0 0 0 75
ASE_00197 0.03 0.01 0.13 1 89245 7 0 7 0 144
ASE_00198 0.15 0.04 0.57 4 52643 3 0 3 0 98
ASE_00203 0.00 0.00 0.00 0 46663 2 0 2 0 96
ASE_00204 0.06 0.03 0.13 3 67873 20 6 14 0 109
ASE_00205 0.00 0.00 0.00 0 46056 0 0 0 0 90
ASE_00209 0.00 0.00 0.00 0 43071 0 0 0 0 88
ASE_00210 0.00 0.00 0.00 0 27261 0 0 0 0 65
ASE_00212 0.00 0.00 0.00 0 93956 5 0 5 0 148
ASE_00213 0.00 0.00 0.00 0 27261 0 0 0 0 66
ASE_00214 0.00 0.00 0.00 0 56271 9 0 9 0 103
ASE_00215 0.00 0.00 0.00 0 48513 3 0 3 0 99
ASE_00216 0.00 0.00 0.00 0 39338 2 0 2 0 82
ASE_00217 0.16 0.04 0.57 4 40463 3 0 3 0 86
ASE_00221 0.00 0.00 0.00 0 64617 3 0 3 0 117
ASE_00222 0.00 0.00 0.00 0 112101 0 0 0 0 157
ASE_00227 0.00 0.00 0.00 0 78993 10 3 7 0 133
ASE_00228 0.00 0.00 0.00 0 46967 4 0 4 0 86
ASE_00229 0.00 0.00 0.00 0 42482 4 1 3 0 87
ASE_00231 0.07 0.02 0.22 2 47886 8 2 5 1 94
ASE_00232 0.09 0.02 0.33 2 38497 4 0 4 0 82
ASE_00234 0.00 0.00 0.00 0 75463 3 1 2 0 129
ASE_00237 0.00 0.00 0.00 0 45751 2 0 2 0 56
ASE_00238 0.07 0.01 0.50 1 64259 1 0 1 0 113
ASE_00240 0.00 0.00 0.00 0 46660 5 0 5 0 93
ASE_00241 0.00 0.00 0.00 0 43954 2 0 2 0 87
ASE_00242 0.12 0.04 0.40 4 61065 6 0 6 0 108
ASE_00246 0.00 0.00 0.00 0 48202 3 0 3 0 67
ASE_00247 0.00 0.00 0.00 0 54284 1 1 0 0 64
ASE_00248 0.11 0.03 0.43 3 62474 4 0 4 0 111
ASE_00250 0.08 0.02 0.30 3 78993 7 0 7 0 128
ASE_00252 0.00 0.00 0.00 0 115437 4 0 3 1 168
ASE_00254 0.00 0.00 0.00 0 36850 6 1 5 0 82
ASE_00255 0.12 0.03 0.50 4 74683 4 0 4 0 126
ASE_00257 0.00 0.00 0.00 0 51035 5 0 5 0 97
ASE_00259 0.11 0.02 0.50 3 73147 3 0 3 0 118
ASE_00263 0.00 0.00 0.00 0 70490 10 0 10 0 120
ASE_00264 0.12 0.02 0.67 2 49138 3 0 1 2 98
ASE_00267 0.00 0.00 0.00 0 45145 6 0 5 1 88
ASE_00270 0.00 0.00 0.00 0 72388 3 0 2 1 128
ASE_00274 0.00 0.00 0.00 0 55608 3 0 3 0 103
ASE_00277 0.00 0.00 0.00 0 48203 2 0 2 0 91
ASE_00279 0.00 0.00 0.00 0 53299 2 0 2 0 101
ASE_00280 0.00 0.00 0.00 0 52001 2 0 2 0 98
ASE_00281 0.00 0.00 0.00 0 44548 3 0 3 0 88
ASE_00282 0.00 0.00 0.00 0 77811 4 0 4 0 127
ASE_00283 0.00 0.00 0.00 0 61769 7 0 7 0 107
ASE_00284 0.00 0.00 0.00 0 58309 2 1 1 0 108
ASE_00285 0.00 0.00 0.00 0 69000 6 0 6 0 122
ASE_00286 0.00 0.00 0.00 0 46659 6 0 6 0 92
ASE_00287 0.00 0.00 0.00 0 54939 7 0 7 0 103
ASE_00288 0.10 0.02 0.50 2 46052 2 0 2 0 91
ASE_00289 0.05 0.01 0.18 2 101014 10 1 8 1 155
ASE_00292 0.15 0.04 0.50 6 81798 6 0 6 0 132
ASE_00294 0.08 0.02 0.31 4 114468 9 0 9 0 167
ASE_00295 0.00 0.00 0.00 0 73909 11 0 11 0 131
ASE_00296 0.09 0.03 0.29 4 91792 10 1 9 0 141
ASE_00297 0.00 0.00 0.00 0 52972 3 0 3 0 98
ASE_00298 0.00 0.00 0.00 0 67525 3 1 2 0 113
ASE_00299 0.00 0.00 0.00 0 49451 5 0 4 1 100
ASE_00313 0.00 0.00 0.00 0 62479 4 0 2 2 89
ASE_00316 0.00 0.00 0.00 0 107880 0 0 0 0 98
ASE_00318 0.00 0.00 0.00 0 80184 21 0 16 5 118
ASE_00327 0.00 0.00 0.00 0 57285 6 1 5 0 89
ASE_00328 0.00 0.00 0.00 0 72760 15 0 11 4 112
ASE_00330 0.00 0.00 0.00 0 56277 3 0 3 0 90
ASE_00332 0.15 0.04 0.50 6 81798 6 0 6 0 132
ASE_00335 0.00 0.00 0.00 0 75451 19 1 14 4 116
ASE_00337 0.00 0.00 0.00 0 39340 2 0 0 2 71
ASE_00338 0.00 0.00 0.00 0 66427 3 0 3 0 98
ASE_00339 0.00 0.00 0.00 0 80192 8 0 8 0 119
ASE_00340 0.04 0.01 0.14 1 46049 6 0 6 0 84
ASE_00342 0.09 0.03 0.30 3 62471 7 0 7 0 112
ASE_00343 0.00 0.00 0.00 0 83429 8 1 6 1 113
ASE_00346 0.00 0.00 0.00 0 48205 0 0 0 0 97
ASE_00353 0.00 0.00 0.00 0 57968 2 0 2 0 107
ASE_00359 0.00 0.00 0.00 0 42778 0 0 0 0 80
ASE_00360 0.00 0.00 0.00 0 29403 0 0 0 0 65
ASE_00361 0.00 0.00 0.00 0 75463 3 0 3 0 127
ASE_00362 0.00 0.00 0.00 0 48200 5 0 5 0 91
ASE_00363 0.00 0.00 0.00 0 51354 6 0 6 0 94
ASE_00364 0.11 0.02 0.67 2 54282 1 0 1 0 103
ASE_00366 0.00 0.00 0.00 0 58652 1 0 1 0 98
ASE_00367 0.00 0.00 0.00 0 43067 5 0 4 1 86
ASE_00369 0.00 0.00 0.00 0 55939 6 1 5 0 107
ASE_00370 0.10 0.02 0.40 2 41900 3 0 3 0 82
ASE_00372 0.00 0.00 0.00 0 51997 6 0 6 0 100
ASE_00374 0.00 0.00 0.00 0 44843 7 0 7 0 88
ASE_00375 0.00 0.00 0.00 0 60373 5 0 5 0 110
ASE_00376 0.04 0.01 0.17 1 56947 5 0 5 0 104
ASE_00377 0.00 0.00 0.00 0 57628 2 0 2 0 107
ASE_00379 0.00 0.00 0.00 0 46050 7 0 6 1 89
ASE_00380 0.00 0.00 0.00 0 54942 4 2 2 0 99
ASE_00382 0.06 0.01 0.33 1 41902 3 0 2 1 83
ASE_00383 0.06 0.01 0.33 1 54612 2 0 2 0 104
ASE_00384 0.05 0.01 0.20 1 48511 4 0 4 0 91
ASE_00385 0.00 0.00 0.00 0 41902 3 0 3 0 81
ASE_00386 0.10 0.03 0.33 3 50394 7 0 6 1 93
ASE_00387 0.00 0.00 0.00 0 55940 5 0 5 0 104
ASE_00388 0.00 0.00 0.00 0 45749 5 0 4 1 89
ASE_00390 0.00 0.00 0.00 0 42192 4 0 3 1 85
ASE_00393 0.00 0.00 0.00 0 47891 4 0 4 0 93
ASE_00394 0.03 0.01 0.07 1 46956 15 0 14 1 92
ASE_00395 0.00 0.00 0.00 0 41612 6 0 4 2 84
ASE_00396 0.15 0.04 0.60 3 41611 2 0 2 0 80
ASE_00397 0.04 0.01 0.17 1 54609 5 1 4 0 104
ASE_00398 0.00 0.00 0.00 0 55934 11 0 11 0 104
ASE_00400 0.08 0.02 0.33 2 57964 4 3 1 0 104
ASE_00401 0.00 0.00 0.00 0 77015 13 0 13 0 126
ASE_00402 0.05 0.01 0.25 1 42482 3 0 3 0 84
ASE_00403 0.00 0.00 0.00 0 55941 4 0 4 0 107
ASE_00404 0.00 0.00 0.00 0 43065 9 0 6 3 85
ASE_00406 0.00 0.00 0.00 0 48823 6 0 5 1 94
ASE_00411 0.11 0.02 0.50 2 49451 2 0 2 0 87
ASE_00412 0.04 0.01 0.17 1 58305 5 1 4 0 104
ASE_00413 0.00 0.00 0.00 0 44546 5 0 5 0 81
ASE_00414 0.00 0.00 0.00 0 46359 1 0 1 0 95
ASE_00415 0.00 0.00 0.00 0 54941 5 1 4 0 103
ASE_00416 0.00 0.00 0.00 0 77412 9 0 9 0 127
ASE_00417 0.00 0.00 0.00 0 54615 0 0 0 0 100
ASE_00418 0.00 0.00 0.00 0 38781 0 0 0 0 75
ASE_00419 0.10 0.03 0.33 3 54937 6 0 6 0 100
ASE_00422 0.05 0.02 0.12 2 46954 19 1 14 4 92
ASE_00423 0.14 0.04 0.50 4 56945 4 0 4 0 105
ASE_00426 0.11 0.04 0.31 4 61062 9 0 9 0 104
ASE_00428 0.00 0.00 0.00 0 76629 8 0 7 1 125
ASE_00430 0.07 0.02 0.25 2 46963 6 0 6 0 95
ASE_00431 0.00 0.00 0.00 0 46358 2 0 2 0 95
ASE_00434 0.04 0.02 0.11 2 68246 20 1 16 3 108
ASE_00437 0.00 0.00 0.00 0 79395 7 0 6 1 135
ASE_00438 0.02 0.01 0.07 1 66052 13 2 11 0 115
ASE_00441 0.00 0.00 0.00 0 64258 3 0 3 0 112
ASE_00447 0.15 0.03 0.67 4 60372 2 0 2 0 112
ASE_00448 0.04 0.01 0.14 1 64254 6 1 5 0 111
ASE_00451 0.11 0.03 0.36 4 70865 7 0 7 0 121
CRW_00013 0.00 0.00 0.00 0 103737 3 0 3 0 115
CRW_00016 0.00 0.00 0.00 0 77418 3 0 3 0 120
CRW_00610 0.00 0.00 0.00 0 36310 5 0 5 0 81
CRW_00613 0.00 0.00 0.00 0 34979 1 0 1 0 78
CRW_00614 0.00 0.00 0.00 0 121764 17 0 7 10 57
CRW_00618 0.00 0.00 0.00 0 56279 1 0 1 0 61
CRW_00619 0.00 0.00 0.00 0 165014 28 5 6 17 73
CRW_00620 0.00 0.00 0.00 0 150964 27 4 7 16 63
CRW_00621 0.00 0.00 0.00 0 153172 32 5 4 23 71
CRW_00623 0.00 0.00 0.00 0 129777 25 6 12 7 83
CRW_00633 0.00 0.00 0.00 0 63541 5 0 5 0 106
CRW_00634 0.00 0.00 0.00 0 64620 1 0 0 1 94
CRW_00670 0.00 0.00 0.00 0 70124 4 0 1 3 120
CRW_00671 0.00 0.00 0.00 0 62835 0 0 0 0 117
CRW_00672 0.00 0.00 0.00 0 72386 7 0 4 3 111
CRW_00674 0.00 0.00 0.00 0 83436 1 0 0 1 124
CRW_00676 0.00 0.00 0.00 0 93527 2 0 1 1 115
CRW_00692 0.00 0.00 0.00 0 68635 3 0 0 3 90
PDB_00827 0.00 0.00 0.00 0 27026 2 0 2 0 81
PDB_00919 0.00 0.00 0.00 0 44249 5 0 4 1 103
RFA_00597 0.00 0.00 0.00 0 97889 17 4 10 3 109
RFA_00598 0.00 0.00 0.00 0 84655 11 0 11 0 101
RFA_00599 0.43 0.25 0.74 28 101437 25 0 10 15 83
RFA_00600 0.00 0.00 0.00 0 120278 17 1 16 0 100
RFA_00601 0.57 0.38 0.86 43 99185 16 1 6 9 71
RFA_00602 0.09 0.02 0.50 2 101471 3 1 1 1 114
TMR_00173 0.30 0.17 0.54 7 42182 6 2 4 0 35
TMR_00357 0.25 0.09 0.73 8 83017 3 0 3 0 84
TMR_00601 0.30 0.19 0.47 8 58979 9 2 7 0 34
TMR_00696 0.24 0.07 0.80 8 85068 2 0 2 0 106

^top


Matthews Correlation Coeffient, Sensitivity and Positive Predictive Value have been calculated based on the paper by Gardener & Giegerich, 2004.