CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
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Table of contents:

  1. Overview

  2. Performance Plots

  3. Performance of Sfold - scored higher in this pairwise comparison

  4. Performance of RSpredict(seed) - scored lower in this pairwise comparison

  5. Compile and download dataset for Sfold & RSpredict(seed) [.zip] - may take several seconds...


Overview

Metric Sfold RSpredict(seed)
MCC 0.585 > 0.045
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.579 ± 0.018 > 0.033 ± 0.008
Sensitivity 0.520 > 0.011
Positive Predictive Value 0.660 > 0.189
Total TP 15186 > 323
Total TN 17627046 < 17648345
Total FP 9497 > 1595
Total FP CONTRA 1005 > 115
Total FP INCONS 6821 > 1275
Total FP COMP 1671 > 205
Total FN 13996 < 28859
P-value 3.56938820447e-08

^top




Performance plots


  1. Comparison of performance of Sfold and RSpredict(seed). Positive Predictive Value (PPV) is plotted against sensitivity. Each dot represents a single test of each method. See tables below for raw data (individual counts for Sfold and RSpredict(seed)).

  2. Average Matthews Correlation Coefficients (MCC) with 95% confidence intervals (CIs) were plotted for different RNA families, for which at least 3 members were present in the benchmarking dataset. 'n' denotes the number of MCCs used to calculate the average and CI. See tables below for raw data (individual counts for Sfold and RSpredict(seed)).

  3. Comparison of average Matthews Correlation Coefficients (MCCs) for Sfold and RSpredict(seed). The whiskers correspond to 95% confidence intervals (CIs). 'n' denotes the number of MCCs used to calculate average MCCs and CIs. See tables below for raw data (individual counts for Sfold and RSpredict(seed)).

^top





Performance of Sfold - scored higher in this pairwise comparison

1. Total counts & total scores for Sfold

Total Base Pair Counts
Total TP 15186
Total TN 17627046
Total FP 9497
Total FP CONTRA 1005
Total FP INCONS 6821
Total FP COMP 1671
Total FN 13996
Total Scores
MCC 0.585
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.579 ± 0.018
Sensitivity 0.520
Positive Predictive Value 0.660
Nr of predictions 280

^top



2. Individual counts for Sfold [ download as .csv ]

RNA Chain Rfam family MCC SENS PPV TP TN FP FP CONTRA FP INCONS FP COMP FN
ASE_00001 0.64 0.61 0.67 46 34122 27 3 20 4 29
ASE_00002 0.69 0.60 0.80 44 35456 16 2 9 5 29
ASE_00004 0.74 0.66 0.83 64 47818 13 7 6 0 33
ASE_00005 0.69 0.58 0.83 68 57888 18 0 14 4 49
ASE_00006 0.73 0.62 0.85 58 47518 12 1 9 2 35
ASE_00007 0.59 0.55 0.62 61 59587 42 1 36 5 49
ASE_00009 0.78 0.75 0.82 50 26045 12 0 11 1 17
ASE_00012 0.66 0.54 0.80 66 73838 21 2 14 5 57
ASE_00014 0.25 0.25 0.26 26 54184 76 8 67 1 80
ASE_00017 0.27 0.25 0.29 16 50984 48 3 37 8 48
ASE_00018 0.81 0.73 0.91 98 80493 11 0 10 1 36
ASE_00020 0.58 0.52 0.66 65 73822 33 6 27 0 61
ASE_00021 0.66 0.51 0.86 82 104101 18 0 13 5 78
ASE_00022 0.50 0.46 0.54 57 82922 56 3 46 7 67
ASE_00023 0.69 0.60 0.80 76 84160 23 4 15 4 51
ASE_00025 0.36 0.30 0.45 21 78559 74 3 23 48 50
ASE_00026 0.63 0.53 0.74 58 59607 27 0 20 7 52
ASE_00028 0.61 0.55 0.67 69 84563 43 1 33 9 57
ASE_00029 0.58 0.49 0.67 60 82939 30 3 26 1 62
ASE_00030 0.66 0.57 0.75 83 85381 28 3 24 1 62
ASE_00031 0.71 0.61 0.84 77 86644 21 0 15 6 49
ASE_00032 0.61 0.55 0.68 65 80104 34 3 28 3 53
ASE_00033 0.49 0.40 0.60 48 64900 34 2 30 2 73
ASE_00035 0.35 0.28 0.45 33 70426 45 8 33 4 85
ASE_00036 0.55 0.46 0.66 61 75762 35 5 27 3 71
ASE_00037 0.55 0.49 0.61 54 59252 34 0 34 0 56
ASE_00038 0.54 0.53 0.55 54 53529 47 4 41 2 47
ASE_00040 0.63 0.51 0.78 68 78916 23 1 18 4 65
ASE_00041 0.56 0.52 0.62 56 57539 37 2 33 2 52
ASE_00042 0.58 0.52 0.64 75 89983 43 3 39 1 70
ASE_00044 0.73 0.70 0.78 73 54521 26 3 18 5 32
ASE_00046 0.65 0.54 0.79 56 50332 16 1 14 1 47
ASE_00047 0.40 0.38 0.43 49 74191 66 5 60 1 81
ASE_00052 0.57 0.47 0.69 53 61348 28 1 23 4 59
ASE_00053 0.55 0.48 0.64 64 79301 39 2 34 3 69
ASE_00057 0.70 0.60 0.83 80 82119 20 4 12 4 54
ASE_00064 0.52 0.44 0.61 39 45387 31 1 24 6 50
ASE_00066 0.72 0.61 0.85 79 72297 14 1 13 0 51
ASE_00068 0.48 0.39 0.59 33 37619 24 2 21 1 52
ASE_00069 0.68 0.65 0.71 91 82900 41 5 32 4 49
ASE_00074 0.60 0.57 0.64 68 67790 38 3 35 0 51
ASE_00075 0.73 0.64 0.84 103 108689 23 2 17 4 59
ASE_00076 0.65 0.57 0.74 67 68175 26 2 21 3 51
ASE_00077 0.57 0.49 0.66 42 45086 22 6 16 0 44
ASE_00078 0.65 0.59 0.71 49 43002 21 1 19 1 34
ASE_00079 0.59 0.49 0.72 49 55543 19 2 17 0 51
ASE_00080 0.49 0.46 0.52 57 71521 56 5 48 3 66
ASE_00081 0.60 0.53 0.69 51 49696 24 0 23 1 46
ASE_00082 0.73 0.61 0.87 71 70418 23 0 11 12 45
ASE_00083 0.81 0.75 0.87 83 62386 17 0 12 5 27
ASE_00084 0.75 0.69 0.81 68 53544 19 3 13 3 31
ASE_00087 0.69 0.60 0.80 86 88303 22 3 18 1 58
ASE_00090 0.66 0.58 0.74 59 55531 22 1 20 1 42
ASE_00092 0.80 0.73 0.89 82 63454 12 3 7 2 31
ASE_00096 0.58 0.57 0.59 65 63436 47 3 42 2 50
ASE_00099 0.51 0.50 0.53 60 64506 56 6 48 2 60
ASE_00100 0.35 0.29 0.42 22 82162 73 3 28 42 54
ASE_00102 0.44 0.41 0.48 68 117714 76 7 66 3 98
ASE_00104 0.65 0.56 0.75 67 64172 24 2 20 2 52
ASE_00105 0.45 0.40 0.52 44 64176 44 5 36 3 67
ASE_00107 0.67 0.55 0.81 70 73067 17 0 16 1 57
ASE_00108 0.54 0.51 0.57 32 46915 55 6 18 31 31
ASE_00111 0.31 0.32 0.31 18 50028 45 15 25 5 39
ASE_00112 0.79 0.73 0.85 85 75366 22 5 10 7 31
ASE_00115 0.65 0.52 0.80 53 54549 19 0 13 6 48
ASE_00116 0.22 0.17 0.31 11 31590 28 0 25 3 55
ASE_00118 0.52 0.46 0.59 47 60647 34 3 29 2 55
ASE_00119 0.87 0.82 0.92 89 62738 9 1 7 1 19
ASE_00120 0.61 0.53 0.69 50 46899 22 4 18 0 44
ASE_00121 0.37 0.25 0.55 23 45108 19 2 17 0 69
ASE_00122 0.35 0.28 0.42 25 43306 34 0 34 0 63
ASE_00123 0.34 0.28 0.41 24 38444 39 3 32 4 61
ASE_00125 0.71 0.58 0.88 51 39282 7 0 7 0 37
ASE_00126 0.83 0.79 0.88 65 40396 13 1 8 4 17
ASE_00128 0.73 0.65 0.81 65 53221 21 1 14 6 35
ASE_00129 0.51 0.47 0.56 52 62742 44 2 39 3 59
ASE_00131 0.66 0.51 0.86 43 39290 16 0 7 9 42
ASE_00132 0.66 0.63 0.70 60 50317 28 4 22 2 35
ASE_00134 0.36 0.33 0.40 31 50326 46 5 41 0 64
ASE_00135 0.50 0.45 0.56 49 63103 42 0 38 4 60
ASE_00136 0.70 0.61 0.81 56 48136 18 0 13 5 36
ASE_00137 0.55 0.44 0.69 43 48454 22 1 18 3 55
ASE_00138 0.53 0.52 0.54 42 40392 38 4 32 2 39
ASE_00139 0.83 0.71 0.96 74 54208 6 0 3 3 30
ASE_00140 0.71 0.57 0.90 71 70797 8 2 6 0 54
ASE_00142 0.64 0.54 0.76 66 67074 23 3 18 2 56
ASE_00145 0.47 0.42 0.53 47 70036 48 4 38 6 64
ASE_00146 0.47 0.36 0.62 45 70803 29 1 27 1 79
ASE_00148 0.72 0.66 0.78 102 112445 30 1 27 2 52
ASE_00151 0.33 0.28 0.40 27 51935 41 5 36 0 71
ASE_00153 0.69 0.67 0.70 49 57560 61 2 19 40 24
ASE_00154 0.67 0.63 0.72 67 65248 29 2 24 3 40
ASE_00155 0.64 0.51 0.80 73 93437 21 3 15 3 69
ASE_00163 0.49 0.44 0.55 41 53226 43 5 29 9 52
ASE_00165 0.60 0.56 0.63 57 52885 34 9 24 1 44
ASE_00168 0.27 0.30 0.24 19 60648 76 18 41 17 45
ASE_00169 0.65 0.53 0.80 57 57220 15 0 14 1 50
ASE_00170 0.64 0.54 0.76 50 48762 19 2 14 3 43
ASE_00171 0.61 0.60 0.62 56 48426 36 7 27 2 38
ASE_00172 0.74 0.61 0.90 65 58924 7 2 5 0 41
ASE_00174 0.47 0.44 0.49 48 60978 51 3 46 2 61
ASE_00175 0.70 0.63 0.79 67 59946 22 3 15 4 40
ASE_00176 0.62 0.55 0.70 61 59944 29 4 22 3 49
ASE_00179 0.64 0.65 0.63 55 44166 33 7 25 1 29
ASE_00180 0.71 0.68 0.75 68 51269 29 2 21 6 32
ASE_00181 0.55 0.54 0.56 57 57528 51 3 42 6 49
ASE_00182 0.53 0.49 0.57 67 84137 51 3 48 0 69
ASE_00184 0.69 0.63 0.76 64 54531 21 3 17 1 38
ASE_00185 0.77 0.70 0.86 89 73432 21 3 12 6 39
ASE_00186 0.73 0.70 0.77 92 78884 33 3 24 6 40
ASE_00187 0.47 0.43 0.53 49 68542 48 5 39 4 66
ASE_00189 0.55 0.44 0.69 45 63125 24 2 18 4 57
ASE_00190 0.65 0.46 0.93 41 45407 5 0 3 2 49
ASE_00192 0.33 0.27 0.40 36 84575 61 6 49 6 97
ASE_00194 0.49 0.45 0.52 54 73433 53 7 42 4 65
ASE_00196 0.79 0.77 0.81 58 31554 17 2 12 3 17
ASE_00197 0.58 0.51 0.66 74 89141 44 1 37 6 71
ASE_00198 0.63 0.62 0.64 63 52552 35 6 29 0 39
ASE_00203 0.72 0.61 0.84 59 46595 11 4 7 0 37
ASE_00204 0.58 0.41 0.81 46 67839 17 0 11 6 66
ASE_00205 0.51 0.43 0.59 39 45990 30 2 25 3 51
ASE_00209 0.41 0.38 0.46 33 42999 39 5 34 0 55
ASE_00210 0.59 0.60 0.59 39 27195 27 6 21 0 26
ASE_00212 0.73 0.68 0.79 100 93835 30 2 24 4 48
ASE_00213 0.69 0.62 0.76 41 27207 13 1 12 0 25
ASE_00214 0.79 0.77 0.82 79 56184 22 3 14 5 24
ASE_00215 0.55 0.51 0.60 50 48432 37 4 30 3 49
ASE_00216 0.70 0.65 0.76 53 39270 17 5 12 0 29
ASE_00217 0.44 0.34 0.57 31 40416 26 1 22 3 59
ASE_00221 0.57 0.44 0.73 52 64549 22 1 18 3 65
ASE_00222 0.69 0.59 0.79 93 111984 24 3 21 0 64
ASE_00227 0.33 0.30 0.35 40 78890 73 6 67 0 93
ASE_00228 0.69 0.62 0.78 53 46903 15 11 4 0 33
ASE_00229 0.63 0.60 0.66 52 42407 28 8 19 1 35
ASE_00231 0.64 0.64 0.66 61 47802 33 5 27 1 35
ASE_00232 0.65 0.61 0.69 51 38429 25 3 20 2 33
ASE_00234 0.56 0.45 0.69 58 75382 30 1 25 4 71
ASE_00237 0.00 0.00 0.00 0 45703 67 18 32 17 56
ASE_00238 0.49 0.47 0.51 54 64155 56 1 51 4 60
ASE_00240 0.67 0.60 0.76 56 46591 23 0 18 5 37
ASE_00241 0.66 0.49 0.88 43 43907 7 0 6 1 44
ASE_00242 0.69 0.60 0.81 67 60992 18 0 16 2 45
ASE_00246 0.20 0.12 0.33 8 48181 20 5 11 4 59
ASE_00247 0.32 0.28 0.36 18 54235 68 4 28 36 46
ASE_00248 0.62 0.54 0.70 62 62393 30 1 25 4 52
ASE_00250 0.63 0.55 0.73 72 78905 31 7 19 5 59
ASE_00252 0.59 0.55 0.64 92 115296 57 4 48 5 76
ASE_00254 0.80 0.66 0.98 54 36801 1 0 1 0 28
ASE_00255 0.72 0.66 0.78 86 74581 25 3 21 1 44
ASE_00257 0.71 0.56 0.90 54 50980 6 0 6 0 43
ASE_00259 0.53 0.42 0.66 51 73076 28 4 22 2 70
ASE_00263 0.69 0.63 0.77 75 70403 23 5 17 1 45
ASE_00264 0.55 0.51 0.59 51 49054 41 1 35 5 49
ASE_00267 0.54 0.35 0.84 31 45113 10 0 6 4 57
ASE_00270 0.68 0.66 0.69 85 72267 40 6 32 2 43
ASE_00274 0.51 0.48 0.54 49 55521 41 8 33 0 54
ASE_00277 0.46 0.44 0.48 40 48121 44 8 36 0 51
ASE_00279 0.71 0.53 0.95 54 53244 4 0 3 1 47
ASE_00280 0.65 0.57 0.75 56 51928 20 2 17 1 42
ASE_00281 0.72 0.56 0.94 49 44499 9 0 3 6 39
ASE_00282 0.55 0.47 0.64 60 77721 35 1 33 1 67
ASE_00283 0.51 0.42 0.63 45 61704 30 3 24 3 62
ASE_00284 0.64 0.61 0.67 66 58213 39 2 30 7 42
ASE_00285 0.72 0.67 0.77 82 68900 32 0 24 8 40
ASE_00286 0.44 0.42 0.46 39 46580 52 3 43 6 53
ASE_00287 0.73 0.68 0.78 70 54856 26 2 18 6 33
ASE_00288 0.33 0.29 0.38 27 45984 46 3 42 1 66
ASE_00289 0.77 0.65 0.91 102 100913 14 2 8 4 55
ASE_00292 0.68 0.61 0.76 84 81699 30 2 25 3 54
ASE_00294 0.80 0.72 0.89 123 114343 17 2 13 2 48
ASE_00295 0.56 0.50 0.63 65 73817 40 4 34 2 66
ASE_00296 0.24 0.22 0.27 32 91686 89 8 80 1 113
ASE_00297 0.61 0.50 0.75 49 52910 16 1 15 0 49
ASE_00298 0.61 0.52 0.70 59 67444 27 4 21 2 54
ASE_00299 0.55 0.50 0.61 50 49373 37 5 27 5 50
ASE_00313 0.71 0.66 0.76 59 62403 36 4 15 17 30
ASE_00316 0.61 0.54 0.70 53 107804 52 4 19 29 45
ASE_00318 0.64 0.56 0.74 66 80111 27 7 16 4 52
ASE_00327 0.82 0.79 0.85 70 57209 27 3 9 15 19
ASE_00328 0.45 0.41 0.48 46 72676 54 3 46 5 66
ASE_00330 0.77 0.73 0.80 66 56198 33 0 16 17 24
ASE_00332 0.53 0.51 0.55 70 81683 58 2 55 1 68
ASE_00335 0.55 0.45 0.68 52 75390 30 3 21 6 64
ASE_00337 0.61 0.54 0.69 38 39285 29 0 17 12 33
ASE_00338 0.64 0.59 0.69 58 66346 42 5 21 16 40
ASE_00339 0.50 0.47 0.52 56 80093 63 3 48 12 63
ASE_00340 0.75 0.73 0.77 62 45975 25 6 13 6 23
ASE_00342 0.66 0.57 0.78 65 62398 19 0 18 1 50
ASE_00343 0.49 0.44 0.55 50 83345 56 5 36 15 63
ASE_00346 0.36 0.33 0.40 32 48125 51 4 44 3 65
ASE_00353 0.59 0.48 0.74 51 57901 20 2 16 2 56
ASE_00359 0.50 0.49 0.52 39 42703 43 3 33 7 41
ASE_00360 0.35 0.29 0.41 19 29357 30 3 24 3 46
ASE_00361 0.50 0.47 0.53 60 75353 57 6 47 4 67
ASE_00362 0.66 0.60 0.71 55 48128 25 3 19 3 36
ASE_00363 0.57 0.54 0.60 51 51275 35 1 33 1 43
ASE_00364 0.38 0.33 0.43 35 54204 47 4 42 1 70
ASE_00366 0.58 0.59 0.57 58 58552 45 9 34 2 40
ASE_00367 0.43 0.38 0.49 33 43004 34 4 30 0 53
ASE_00369 0.75 0.68 0.82 73 55856 17 1 15 1 34
ASE_00370 0.68 0.63 0.74 53 41833 20 1 18 1 31
ASE_00372 0.73 0.69 0.77 69 51913 26 4 17 5 31
ASE_00374 0.39 0.38 0.42 33 44771 46 10 36 0 55
ASE_00375 0.71 0.54 0.95 59 60316 5 0 3 2 51
ASE_00376 0.57 0.54 0.60 57 56858 43 3 35 5 48
ASE_00377 0.70 0.67 0.73 72 57531 33 4 23 6 35
ASE_00379 0.67 0.55 0.82 49 45996 20 2 9 9 40
ASE_00380 0.53 0.40 0.69 40 54888 23 0 18 5 59
ASE_00382 0.58 0.54 0.63 45 41833 30 6 21 3 39
ASE_00383 0.58 0.53 0.63 56 54526 35 5 28 2 49
ASE_00384 0.64 0.43 0.93 40 48473 7 0 3 4 52
ASE_00385 0.53 0.43 0.65 35 41851 21 0 19 2 46
ASE_00386 0.57 0.53 0.61 51 50319 38 3 30 5 45
ASE_00387 0.60 0.46 0.79 48 55884 17 1 12 4 56
ASE_00388 0.72 0.67 0.78 60 45676 20 0 17 3 29
ASE_00390 0.71 0.58 0.88 49 42139 15 2 5 8 36
ASE_00393 0.50 0.41 0.60 38 47832 32 1 24 7 55
ASE_00394 0.80 0.77 0.84 72 46885 17 2 12 3 21
ASE_00395 0.81 0.70 0.94 59 41553 8 0 4 4 25
ASE_00396 0.47 0.37 0.60 31 41564 25 1 20 4 52
ASE_00397 0.46 0.41 0.52 43 54533 39 5 34 0 62
ASE_00398 0.69 0.64 0.74 67 55855 25 1 22 2 37
ASE_00400 0.74 0.67 0.82 71 57883 17 1 15 1 35
ASE_00401 0.54 0.56 0.53 70 76897 61 10 51 0 56
ASE_00402 0.64 0.45 0.90 38 42444 7 0 4 3 47
ASE_00403 0.57 0.45 0.73 48 55879 18 1 17 0 59
ASE_00404 0.62 0.54 0.71 46 43006 25 0 19 6 39
ASE_00406 0.73 0.67 0.79 63 48748 21 6 11 4 31
ASE_00411 0.29 0.27 0.32 24 49379 53 6 46 1 65
ASE_00412 0.56 0.50 0.62 53 58225 33 8 25 0 52
ASE_00413 0.43 0.42 0.44 34 44474 43 13 30 0 47
ASE_00414 0.31 0.26 0.37 25 46292 48 1 42 5 70
ASE_00415 0.60 0.53 0.68 55 54865 28 4 22 2 48
ASE_00416 0.70 0.67 0.73 85 77305 35 3 28 4 42
ASE_00417 0.41 0.41 0.41 41 54516 61 7 51 3 59
ASE_00418 0.34 0.27 0.44 20 38736 27 2 23 2 55
ASE_00419 0.75 0.73 0.77 75 54849 26 4 18 4 28
ASE_00422 0.69 0.63 0.77 59 46894 25 0 18 7 35
ASE_00423 0.60 0.54 0.66 59 56864 32 4 26 2 50
ASE_00426 0.46 0.40 0.53 43 60994 38 2 36 0 65
ASE_00428 0.61 0.40 0.94 50 76583 4 0 3 1 75
ASE_00430 0.65 0.62 0.67 60 46882 35 5 24 6 37
ASE_00431 0.55 0.49 0.60 47 46282 36 6 25 5 48
ASE_00434 0.60 0.55 0.64 61 68170 42 5 29 8 49
ASE_00437 0.40 0.39 0.42 52 79277 73 5 67 1 83
ASE_00438 0.48 0.44 0.53 51 65970 45 0 45 0 65
ASE_00441 0.78 0.74 0.81 83 64159 25 3 16 6 29
ASE_00447 0.65 0.59 0.72 68 60283 32 1 26 5 48
ASE_00448 0.23 0.22 0.24 25 64155 87 6 75 6 87
ASE_00451 0.62 0.52 0.73 65 70787 24 2 22 0 60
CRW_00013 0.36 0.27 0.48 31 103675 57 8 26 23 84
CRW_00016 0.80 0.65 0.98 78 77341 14 0 2 12 42
CRW_00610 0.51 0.49 0.52 40 36238 37 9 28 0 41
CRW_00613 0.74 0.67 0.83 52 34917 19 0 11 8 26
CRW_00614 0.19 0.19 0.19 11 121713 102 12 35 55 46
CRW_00618 0.13 0.13 0.14 8 56223 68 13 36 19 53
CRW_00619 0.41 0.30 0.56 22 164986 76 2 15 59 51
CRW_00620 0.18 0.22 0.14 14 150874 138 30 57 51 49
CRW_00621 0.31 0.30 0.33 21 153118 131 6 36 89 50
CRW_00623 0.41 0.30 0.57 25 129751 78 2 17 59 58
CRW_00633 0.65 0.49 0.85 52 63485 11 2 7 2 54
CRW_00634 0.54 0.51 0.58 48 64537 40 6 29 5 46
CRW_00670 0.80 0.74 0.87 89 70023 15 6 7 2 31
CRW_00671 0.75 0.70 0.81 82 62734 23 5 14 4 35
CRW_00672 0.78 0.71 0.85 79 72297 20 6 8 6 32
CRW_00674 0.60 0.54 0.66 67 83335 36 6 28 2 57
CRW_00676 0.61 0.57 0.66 65 93430 48 9 24 15 50
CRW_00692 0.54 0.42 0.69 38 68580 27 6 11 10 52
PDB_00827 0.64 0.47 0.86 38 26984 8 0 6 2 43
PDB_00919 0.55 0.48 0.64 49 44176 30 3 25 2 54
RFA_00597 0.57 0.49 0.67 53 97824 46 4 22 20 56
RFA_00598 0.62 0.54 0.71 55 84589 43 2 20 21 46
RFA_00599 0.69 0.68 0.70 75 101368 52 8 24 20 36
RFA_00600 0.55 0.57 0.52 57 120186 79 15 37 27 43
RFA_00601 0.27 0.21 0.35 24 99167 52 9 35 8 90
RFA_00602 0.54 0.53 0.55 62 101363 68 16 34 18 54
TMR_00173 0.31 0.36 0.28 15 42141 56 15 24 17 27
TMR_00357 0.44 0.40 0.48 37 82951 54 13 27 14 55
TMR_00601 0.38 0.17 0.88 7 58988 33 0 1 32 35
TMR_00696 0.14 0.11 0.16 13 84999 75 15 51 9 101

^top



Performance of RSpredict(seed) - scored lower in this pairwise comparison

1. Total counts & total scores for RSpredict(seed)

Total Base Pair Counts
Total TP 323
Total TN 17648345
Total FP 1595
Total FP CONTRA 115
Total FP INCONS 1275
Total FP COMP 205
Total FN 28859
Total Scores
MCC 0.045
Average MCC ± 95% Confidence Intervals 0.033 ± 0.008
Sensitivity 0.011
Positive Predictive Value 0.189
Nr of predictions 280

^top



2. Individual counts for RSpredict(seed) [ download as .csv ]

RNA Chain Rfam family MCC SENS PPV TP TN FP FP CONTRA FP INCONS FP COMP FN
ASE_00001 0.00 0.00 0.00 0 34191 0 0 0 0 75
ASE_00002 0.00 0.00 0.00 0 35511 0 0 0 0 73
ASE_00004 0.00 0.00 0.00 0 47894 2 0 1 1 97
ASE_00005 0.14 0.03 0.57 4 57963 3 0 3 0 113
ASE_00006 0.00 0.00 0.00 0 47583 3 0 3 0 93
ASE_00007 0.16 0.05 0.56 5 59676 4 0 4 0 105
ASE_00009 0.00 0.00 0.00 0 26106 0 0 0 0 67
ASE_00012 0.00 0.00 0.00 0 73914 6 0 6 0 123
ASE_00014 0.00 0.00 0.00 0 54285 0 0 0 0 106
ASE_00017 0.00 0.00 0.00 0 51038 2 0 2 0 64
ASE_00018 0.13 0.04 0.35 6 80584 11 0 11 0 128
ASE_00020 0.04 0.01 0.25 1 73916 3 0 3 0 125
ASE_00021 0.00 0.00 0.00 0 104189 7 1 6 0 160
ASE_00022 0.00 0.00 0.00 0 83008 21 3 17 1 124
ASE_00023 0.00 0.00 0.00 0 84246 9 0 9 0 127
ASE_00025 0.00 0.00 0.00 0 78605 1 0 1 0 71
ASE_00026 0.07 0.02 0.25 2 59677 6 1 5 0 108
ASE_00028 0.02 0.01 0.05 1 84646 22 5 14 3 125
ASE_00029 0.00 0.00 0.00 0 83024 4 0 4 0 122
ASE_00030 0.11 0.03 0.44 4 85482 5 0 5 0 141
ASE_00031 0.00 0.00 0.00 0 86724 12 2 10 0 126
ASE_00032 0.00 0.00 0.00 0 80196 5 0 4 1 118
ASE_00033 0.12 0.03 0.44 4 64971 5 0 5 0 117
ASE_00035 0.00 0.00 0.00 0 70496 6 0 4 2 118
ASE_00036 0.00 0.00 0.00 0 75845 10 0 10 0 132
ASE_00037 0.00 0.00 0.00 0 59335 5 0 5 0 110
ASE_00038 0.00 0.00 0.00 0 53623 5 0 5 0 101
ASE_00040 0.02 0.01 0.07 1 78989 13 0 13 0 132
ASE_00041 0.00 0.00 0.00 0 57624 6 0 6 0 108
ASE_00042 0.09 0.03 0.29 4 90086 10 0 10 0 141
ASE_00044 0.03 0.01 0.10 1 54605 9 0 9 0 104
ASE_00046 0.11 0.03 0.43 3 50396 4 0 4 0 100
ASE_00047 0.00 0.00 0.00 0 74303 2 0 2 0 130
ASE_00052 0.18 0.04 0.71 5 61418 2 0 2 0 107
ASE_00053 0.00 0.00 0.00 0 79398 3 0 3 0 133
ASE_00057 0.05 0.01 0.17 2 82203 11 0 10 1 132
ASE_00064 0.00 0.00 0.00 0 45448 3 0 3 0 89
ASE_00066 0.16 0.03 0.80 4 72385 1 0 1 0 126
ASE_00068 0.05 0.01 0.25 1 37671 3 0 3 0 84
ASE_00069 0.00 0.00 0.00 0 83022 6 1 5 0 140
ASE_00074 0.21 0.07 0.67 8 67884 4 0 4 0 111
ASE_00075 0.00 0.00 0.00 0 108804 8 0 7 1 162
ASE_00076 0.00 0.00 0.00 0 68256 9 0 9 0 118
ASE_00077 0.09 0.02 0.33 2 45144 4 1 3 0 84
ASE_00078 0.00 0.00 0.00 0 43071 0 0 0 0 83
ASE_00079 0.00 0.00 0.00 0 55606 5 0 5 0 100
ASE_00080 0.00 0.00 0.00 0 71623 9 2 6 1 123
ASE_00081 0.00 0.00 0.00 0 49768 2 0 2 0 97
ASE_00082 0.00 0.00 0.00 0 70494 6 0 6 0 116
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ASE_00084 0.00 0.00 0.00 0 53625 4 0 3 1 99
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Matthews Correlation Coeffient, Sensitivity and Positive Predictive Value have been calculated based on the paper by Gardener & Giegerich, 2004.