|
|
|
AAUUGAAGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAACGGUAACAGGAAGAAGCUUGCUUCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGGGAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCUUCGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAGCUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGACCAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUUGUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGGAGUAAAGUUAAUACCUUUGCUCAUUGACGUUACCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGUGCAAGCGUUAAUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGCACGCAGGCGGUUUGUUAAGUCAGAUGUGAAAUCCCCGGGCUCAACCUGGGAACUGCAUCUGAUACUGGCAAGCUUGAGUCUCGUAGAGGGGGGUAGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGGAGGAAUACCGGUGGCGAAGGCGGCCCCCUGGACGAAGACUGACGCUCAGGUGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGUCGACUUGGAGGUUGUGCCCUUGAGGCGUGGCUUCCGGAGCUAACGCGUUAAGUCGACCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUUAAAACUCAAAUGAAUUGACGGGG |
Reference structure (std) |
|
[ sec struct ] |
.......((((..<.<<<..))))..((..(((((..(((((((((....(((.(((...(...((.((..(...(.((.(....).)).)....)))..)).).......(.(.......((((((..(....((((((..(.(......((((((....)))))).......).).....(((....)))....((.((...((....)).)).))..))))))...).)))))).(((....(((..(((((((.........))))))))))......)))..((((((((....))))...))))).).(((((............)))))..(((....)))....)))))).).....(.(((...(((((....)))).))))).)).))))))..(((.......((((....))))......)))...(.(((((...(....((((((..........)).)))).....)....)))))....)..((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}})))))..))))).))...........((..(...[.((.(...((..(((((((.((((..((((......((((((.....))))))....))))..))..)))))))))...((.(((((...(((((((.(..((((((((...((........))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))).).))....))...).))....(((((....((...(((...........)))...)).)))))...........[[[[[..((((.(((((((.....))))))).))))...[[..).]].....]]]]].].)).(((......((.(....).))....)))...>>>.>........
|
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(.....(((q(.uuuuu)(Q)))(((((.((((((.hhhhhh((v.((..(a((((..(..(iii)((..((((((((((....))))))).)))))..II.)...(.((((()..(()((((((((.(.w((((((((((((((((.((((((((c(.C)))))))))..)))))((().((((..)))).)).(((((()((()..()))))))))))))))))W.)))))))))((((mm((((.(tt)(<<<.<.....)>>>>..TT))))...)M)))).((((((((n.(N)))))...))).)))ssssssss)).S.S).SSSSSS((((.(..))))))..)))A)).V..).(()((((.)((((((..))))).)))))))))HHHHHH(.(((((j....(((((..))))).(J))))))bd.(((((((((((.(((((((((.(.(...)I))).)))))))..)).))))))).)BD)..((((pppp..)((((((...(((.PPP)))...)..)))))P.))).)))))))))).)....f..)fo{g..(O}.fffffffffffffffff(.)fffffffff....f.f.(((((...))))))FF...FFFFFFFF..F..FFFFFF..(((.(((((((([[[[[[[((((((((((((((((((l.k(L.))))...))))))))))))))....e[)(((..)))E]]]]]]]))))))).).))F.FFFFFFFFFF((..(((.(....((((((((..(.....)K))))))))).)).))..)..)....(((((((.(((]((((((((.)....))))))).)))()((((.G))))..).))))))...FF((((.().M(((((..)))))...)))).))UUUUU........ ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) () ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) () ( ) ( ) ( ) ( ) ( )
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((.....(((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.....((.((((....)))).))....))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......))((((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(....)(....)....)))))...))))...(...(())..).....((......))..(......).......(((....)))........................ |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((......((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..((((.((.((......(.((((....)))).).....))..))..))).)..(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((...(................................)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...)..(...)((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))................(....)....)))))...))))...(...(())..).....((......))..(......).......(((....)))........................ |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((.((((.((((((.((((((..((...(((.(((...................................................................................................................................................(.................................((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).........)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))...))))))..((((.(.((...((...)).)).)...))))((((.(((((...(.(...........................).....).))))).))))..(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((.(((((...(.((((((.....)))))).).))))).)))...))))))))...(((.((((...(((((((.(..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....).....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...)))).((...........................((.....))....................((......))................((((....)))).....................)) |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((.((((.((((((.((((((..(((...((.(((..((((...............................(.)....))))...(.((.((((....((((((..((...(((...((.(((.(...((((((....)))))).)....)).).....((......))....(........(....).)...)).....)))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))...))))))..((((.(.((...((...)).)).)...)))).(((.(((((......((..............................)).))))).)))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))...))))))))...((((((((...(((((((.(..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....).....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...)))).((...........................((.....))....(.(((())))).....((......))..(......).......(((....)))......................)) |