RNA Secondary Structure Atlas - PDB - tRNA

RNA: 2MS1_B

			GGCUCGUUGGUCUAGGGGUAUGAUUCUCGCUUAGGGUGCGAGAGGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGACGAGCC
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((....((...........))((((((.......)))))).....((((.......))))...)))))
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((....((((.[.....))))((((((.......))))))...]((((((...)..)))))..)))))                     (                       )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.......(((.....(((((((.......)))))))..)))(((.......))).))))))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.............................................(.......).....))))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.......(((.....(((((((.......))))))).)))((((.......))))))))))))
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.......(((.....(((((((.......))))))).)))((((.......))))))))))))
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((................(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.......((((....(((((((.......)))))))))))((((.......))))))))))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.......(((.....(((((((.......)))))))..)))(((.......))).))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(.((...)).)..(((((((((.......)))))).)))(((((.......))))))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.......(((.....(((((((.......)))))))..)))(((.......))).))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...............(((((((.......)))))))....((((.......))))))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((((..((((.......)))).((((.........)))).....(((((.......))))))))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..............(((((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((................(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((([[[.{{{{{.{{{{{{{{{{)).<<<.}}}}}}}..>>>]]].}}}.}}}}}.))))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.........)).(((((((((.......)))))).)))(((((.......))))))))))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......((((.....(((((((.......))))))).))))(((.......))).))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..............(((((((((.......))))))).))((((((....).))))))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.................((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((................(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.......(((.....(((((((.......)))))))..)))(((.......))).))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.......(((.....(((((((.......)))))))..)))(((.......))).))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.......(((.....(((((((.......)))))))..)))(((.......))).))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((......).)).((((((.......))))))....(((((.((..))))))))))))))
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((.........)).((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((........((.....(((((((.......)))))))..)).(((.......))).))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.......(((.....(((((((.......)))))))..)))(((.......))).))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))

---

RNA: 2WRQ_Y

			GCUGAUAUAGCUCAGUUGGUAGAGCGCACCCUUGGUGAGGGUGAGGUCGGCAGUUCGAAUCUGCCUAUCAGCACCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	.((...(..(..............)..((((.......)))).......(.............).)...)).....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((.(.({<(...}....(..(>.)..((((.......))))...)...[...[.).].....].)..))).....            (          )                                                             (            )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	N/A
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((............................................................))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...)))).(((((((((((((((((((((...))))))))))))((((((...)..))))))))))))))..
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...))))...(((((((((.(.(((((((...))))))).).))(((((.......))))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))).))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).....))))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))).))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((((...)))))))......((((.......)))).)))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((...................................................................)).).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))...).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))).))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))).))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))).))))))....

---

RNA: 2WWQ_V

			CGGCACGUAGCGCAGCCUGGUAGCGCACCGUCAUGGGGUGUCGGGGGUCGGAGGUUCAAAUCCUCUCGUGCCGACCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((.(.......).))).....((.((.......)).)))))))))....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((.[[[[)(.......]]].((((.((....).).))))]..)((.(((...)..)).)))))))))....                                (        )                                                  (       )                                                                              (                       )                                        (               )
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.((...)).)))).(((.(((...))).))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.............................................................))))))....
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.((...)).)))).(((.(.......).))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.((...)).)))).(((.(.......).))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.((...)).)))).(((.((.....)).))).....(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((.(((...))).)))......((((.......)))).)))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.((...)).)))).(((.(((...))).))).....(((((.......))))))))))))....
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..(((..((((.((...)).))))..)))..))((.((.((.(((..(((..(..)..))).))).)).)).)).
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((...))))))))))))))))(((((((((((((.((((((..))))))))))))))))))).
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........))))..((((.......))))......(((((.......)))))))...))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((.(((...))).)))......((((.......)))).)))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((.........)))).((.....)).))))))..(((((((((.......)))(....))))))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.((...)).)))).(((.(((...))).))).....(((((.......))))))))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........))))(((................)))..((((.......)))).)))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.((...)).)))).(((.(((...))).))).....(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.((...)).)))).(((.(((...))).))).....(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.((...)).)))).(((.(((...))).))).....(((((.......))))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.(..........................................((.........(..)....(.).).)).)..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((.((.....)).))).....(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((.(((...))).))).....(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........))))(((.......)))...........((((.......)))).)))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........))))(((.......)))...........((((.......)))).)))))))....

---

RNA: 2XQD_Y

			AGGGGCGUAGUUCAAUUGGUAGAACACCGGUCUCCAAAACCGGGUGUUGGGAGUUCGAGUCUCUCCGCCCCUGCCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	((.((((..((((........))))((((((.......))))).)...(((((.......))))))))).))....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((({{.[)(......])}.(((((((.....))))))})..)(((((.......))))))))))))....            (          )                                                               (              )
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...............(((((((((.......))).))))))(((((.......))))))))))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...................(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((............................................................))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...............(((((((((.......))))).))))(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...............(((((((((.......))))).))))(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(........)(((((((((.......))))).))))(((((.......))))))))))))....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..[[[[..)))).(((((..]]]].))))).....(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((..))))))((((((((((((((((...)))))).))))))).))).))))))))))....
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.((..)).))).(((((.((((((.((...)).))).))).))).))..)).)))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).((.((.......))))......(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))((((((.......))))).)...((((((....).))))))))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...............(((((((((.......))).)))))).((((.......)))).)))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...............(((((((((.......))))).))))(((((.......))))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.(.........................................(..(..........(......).).)).)..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((................((((((((.......))))).))).(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))).)))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))).)))))))....

---

RNA: 2ZZM_B

			GCAGGGGUCGCCAAGCCUGGCCAAAGGCGCUGGGCCUAGGACCCAGUCCCGUAGGGGUUCCAGGGUUCAAAUCCCUGCCCCUGC
Reference structure (std)		[ sec struct ]	......(..(((.............)))((((((.......))))))(((....)))......((.......))...)......
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.(.(((((.[[[[){...<(.}a(]]]](((((((.....)))))))((((..))))A)...((((>).)..)))..))).).)               (                                            )                                      (         )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((..((((......))))....)))...((((((...(((....))).....))))))........))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....((((((.........))))))....)))))..........((((...((((.......))))))))))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((........................................................................))))))
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((.......)))))))....)))..............(...(((((.......))))))))))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((.......)))))))....)))..............(...(((((.......))))))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((((......))))((((((.......))))))(((....)))...(((((.......))))))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((..((((......))))....)))...((((((...(((....))).....))))))........))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((..((((...........)))).((.((.......)).))..............(((((.......))))))))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......(((((((.......)))))))...((((((..........))))))(((((.......))))))))))))
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((...........)))).(((((.(...).)))))..............(((((.......))))))))))))
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((....))))...((((.....)))).((((((..........))))))(((((.......))))))))))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((..((((......))))....)))...((((((...(((....))).....))))))........))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.............)))).((((((..((((((..........))))))...)))))).))))))))......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((..((((......))))....)))...((((((...(((....))).....))))))........))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((...((((......)))))).((((((.((((((..........))))))..))))))........))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((....))))....((..((((((....).)))))..))(((((((((..........)))))))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((............................................................................))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......((((......))))..........((((((..................))))))........))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((..((((......))))....)))...((((((...(((....))).....))))))........))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((....))))...((((.....)))).((((((..........))))))..(((.......))).))))))))
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((....))))...((((..[[[)))).((((((..........)))))).((((.]]]...)))).)))))))

---

RNA: 2ZZN_D

			GCCGGGGUAGUCUAGGGGCUAGGCAGCGGACUGCAGAUCCGCCUUACGUGGGUUCAAAUCCCACCCCCGGC
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((..((([....(..]))).(((((.......))))).....(((((..)....))))))))))))
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((.[[[[)<.{(..]]]].((((((.....))))))....>((((((}).)..))))))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((...))))))..(((((....).))))......(((((.......))))))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((...)))))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...........................................................))))))
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((...)))))).((((((....).))))).....(((((.......))))))))))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((...)))))).((((((....).))))).....(((((.......))))))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((...)))))).((((((....).))))).....(((((.......))))))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((...)))))).((((((....).))))).....(((((.......))))))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((..))))))(((((((((((..)).)))).)))))((((((...)..))))))))))))
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((..))))))(..((((((((..)).)))).))..)(((((.......))))))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((...)))))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((.....))))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((...)))))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((...)))))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((...)))))).((((((....).))))).....(((((.......))))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((....)))))....(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((..(((((....((((....))))....)).))).))(((((.......))))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((................................................(...)..........))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((...)))))).((((((....).))))).....(((((.......))))))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((...)))))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((.....))))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((.....))))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))

---

RNA: 3A2K_C

			GGACCUUUAGCUCAGUUGGUUAGAGCAGACGGCUCAUAACCGUCCGGCCGUAGGUUCGAGUCCUACAAGGUCCACCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((..((([.....(...]))).(((((.......))))).....(((((..)....))))))))))))....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((.{{{)a...[(..A(}}}.(((((.......)))))..).(<<<<<(]).)).>>>>>)))))))....             (         )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	N/A
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((..(.((((((((((.....)))).)))))).).))).(((((.......))))))))))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....................(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.............................................................))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((..(.((((((((((.....)))).)))))).).))).(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((..(.((((((((((.....)))).)))))).).))).(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((..(.((((((((((.....)))).)))))).).))).(((((.......))))))))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(((....((((((((((.....)))).))))))...))).(((((.......))))).))))))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((((((((((((...))))).)))))))))))))((((((...)..))))))))))))....
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(.((.(.((((((((((.....)))).)))))).).)).)(((((.......))))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((.......)))..(.(((((((.......))))))).)..((((.......)))).)))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...............((.(.(((((.......))))).).))(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(((....((((((((((.....)))).))))))...))).(((((.......))))).))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((....((((((((((.....)))).))))))...))).(((((.......))))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(((....((((((((((.....)))).))))))...))).(((((.......))))).))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(((....((((((((((.....)))).))))))...))).(((((.......))))).))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((....((((((((((.....)))).))))))...)))..((((.......)))).)))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(((....((((((((((.....)))).))))))...))).(((((.......))))).))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((........................................................................)).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(((....((((((((((.....)))).))))))...))).(((((.......))))).))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(((....((((((((((.....)))).))))))...))).(((((.......))))).))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....

---

RNA: 3AKZ_H

			UGGGAGGUCGUCUAACGGUAGGACGGCGGACUCUGGAUCCGCUGGUGGAGGUUCGAGUCCUCCCCUCCCAGCCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	.((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))).....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((.[[[[)(.....]]]].((((((.....))))))...)((((((...)..))))))))))))....              (     )                                                              (                                    )                                                  (                       )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..((.(((((.......)))))..((((((..(.((((....))))..)..)))))).......))..)))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.......)))))).((((((.(((((((....)))..))))))))))...)))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..........................................................))))))....
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.......)))))).((((((....((((....)))).....))))))...)))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.......)))))).((((((....((((....)))).....))))))...)))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.......)))))).((((((.((((((((())))))..)))))))))...)))))))....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((....)))).((((((.........))))))..(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.......)))))(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.......)))))..((((((..(.((((....))))..)..))))))...)))))))....
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.(...).)))))(.((((((..((.((.((...)).)).)))))))).).)))))))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((...)))))))((((((((..((((((((...))))))))))))))))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.......)))))(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...)))).....(((((((.......)))))))..(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.(...).)))))....(((((.......))))))))))))....
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.......)))))(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.......)))))..((((((.(((((((....))))..)))))))))...)))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((((....).)))))((((([[[.[[[)))))....(((((]]]]]].))))))))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((...)))...((((((((((.......)))))))..(((........)))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.......)))))..((((((..(.((((....))))..)..))))))...)))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...)))).....(((((((.......)))))))..(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.......)))))))((((((....((((....)))).....))))))....))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(............................................(...................)....)..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.......)))))..((((((....((((....)))).....))))))...)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.......)))))..((((((..(.((((....))))..)..))))))...)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((.....))).....(((((((.......)))))))..(((((.......))))).))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......))))).))))))....

---

RNA: 3AMU_B

			GGGCCCGUAGCUUAGCCAGGUCAGAGCGCCCGGCUCAUAACCGGGCGGUCGAGGGUUCGAAUCCCUCCGGGCCCACCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((.(..((((..........)))).((((.........)))).....(((((.......)))))).)))))....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((({{.[)<....(...])}}.((((.........))))....>((((((.).)..))))))))))))....            (            )                                                                             (                       )                                            (        )
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((....))))..((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))....
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((....)))).....(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((................((((((((((.......))))))))))(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..............................................................))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((................((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((................((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((..........)))(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((......)))..((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((....)))).....(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((....))))..((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((................((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((................((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))....
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(..(.(((.(((.((((((..).)))).).))).))).).)(((((.......))))))))))))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(.(((((((((((((((((..).)))).)))))))))))))((((((...)..))))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..........))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..........))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....................(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((....))))..((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...................(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((....))))...(.(((((((.......))))))).).(((((.......))))).))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..........))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((................((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((....)))).....(((((((.......)))))))...((((((....).))))))))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..........))).(((.....(((((((.......))))))).....(((((((........)))))))))).
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((..........)))(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((................((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((................((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((................((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((........))..((((((((((..(...)))))))))))((((((...)..))))))))))))....
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((........))..((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.........................................................................)).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........................................(((((.......)))))))))))...).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((................((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((................((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((................((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((....)))).....(((((((.......)))))))...(((((.......))))).))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((....)))).....(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....

---

RNA: 3J16_L

			UCCGUGAUAGUUUAAUGGUCAGAAUGGGCGCUUGUCGCGUGCCAGAUCGGGGUUCAAUUCCCCGUCGCGGAGCCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((<<.[)({.{...])>>((((((.(..)..))))))..)((((((}..)}.))))))))))))....            (          )                                                                          (                      )
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((........((((......(((((.......))))).))))((((.......))))))))))))....
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...........................................................))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.................(((((((.....)))).)))...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.................(((((((.....)))).)))...(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...................(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...................(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..........(((....(((((((.....)))).))))))(((((.......))))))))))))....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...................(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((........)))).(((((.......))))).....((((......)))).))))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((........((((....(((((((.....)))).)))))))((((......)))).))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...................(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((((((((((...)))))))))))))))..))))))))))))))))))....
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(...(.(((((.((.(.(((((.(...).))))).).)).))..))).)...).))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))..((((.......)))).....(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((................(((((((.....)))).)))....((((......)))).))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...................(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((({(([[[[..)})).((((())<<<..))))).>>>.((((.......))))))))))))]]]]
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.(...).)))))....(((((.......))))))))))))....
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........))))...(((((((.....)))).)))((.(((((.......))))))).))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...................(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((...[[[[.)))(((((((.....)))).)))]]]]((((......)))).))))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.........))))........(((......((((........(((((.......))))).))))..))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..................(((((.......))))).....((((......)))).))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...................(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.................(((((((.....)))).)))...(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((........((((....(((((((.....)))).)))))))((((.......))))))))))))....
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((........((((((...))...((..)).....))))...((((((.....)))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....))((((((...))...((..)).....))))...((((((.....)))))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................(.......................)...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((................(((((((.....)))).)))....((((......)))).))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((........((((....(((((((.....)))).)))))))((((......)))).))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))).)))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....((((.......)))).)))))))....

---

RNA: 3J20_0

			GCCGCCGUAGCUUAGCUGGUGGAGCGCCGGACUGUUAAUCCGGCGGUCCCCGGUUCGAAUCCGGGCGGCGGCGCCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((..((([.....(..]))).(((((.......))))).....((.((..)....)).)))))))))....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((.{{{{)<..[(..}}}}.((((((.....))))))....>((((((]).)..))))))))))))....          (                                  )                                       (            )                                                                             (                       )
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))........
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((............(((((((((((.......)))))))))))((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((............................................................))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((.(((((((.......))))))).))))))))).........))))))))....
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((((((((((.......))))))))))))))))).........))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.[[(({{{{{(aaaa.aaaaaa(.<<..)))AAAAAA.((.)}}}}}.)).AAAA.))))))))]]>>
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(.((((((.(((.(((((((.......))))))).)))))))))........)))))))))....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...))))......(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((.(((((((.......))))))).))))))))).........))))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((.(((((((.......))))))).))))))))).........))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((.(((((((.......))))))).))))))))).........))))))))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...))))..(((((((((((.((..)))))))))))))(((((...)..)))).)))))))....
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...))))..(((.(((((((.(....)))))))).)))((((.......)))).)))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))..((((.......)))).......((((.......)))).)))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((........)))..(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((.(((.(((((((.......))))))).)))))))).((....)).))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...))))......(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((...)))...(((.(((((((.......))))))).)))((((.......)))).)))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).....))))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((.(((((((.......))))))).)))))))))((....)).))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((.(((((((.......))))))).))))))))).........))))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.................(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((...))))......(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((........)))(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((.(((((((.......))))))).)))))))))((....)).))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((.(((((((.......))))))).)))))))))((....)).))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((.(((.(((((((.......))))))).))))))))(((....)))))))))))....
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(....(((((.(((.(((((((.......))))))).)))))))).......)..))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((.(((((((((((.......))))))))))))))))))).)..)).))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((.............................................(......)..............)).).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))...).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((.(((((((.......))))))).)))))))))((....)).))))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((...)).....((.(((((((.......))))))).))(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.....((((((.(((.(((((((.......))))))).)))))))))((....)).))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.....)))......(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....

---

RNA: 3J20_1

			GGGGCGGUAGCUCAGCCUGGGAGAGCACCGGACUGAAGAUCCGGGUGUCGGGGGUUCAAAUCCCCCCCGCCCCACCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	((((((...((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((.[[[[)........]]]].(((((.......))))).....((((((...)..))))))))))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....................(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.............................................................))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........))))((((((.......))))).)...(((((.......))))))))))))....
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((.........)))(((((((.......))))).))..(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..((())).))))((((((.......))))).)...(((((.......))))))))))))....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.[[[[[[[.)))).............]]]]]]]...(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..(....).)))).((((((....).))))).....(((((......))))).)))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((.........)))..(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....................(((((.......)))))........(((((.......)))))))))))).
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((......))))).)))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).......................(((((.......)))))))))...))).
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.[[[[[[[.))))....((({{....]]]]]]])))(((((((..))))))).)))))))..}}
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........))))((((((.......))))).)...((((((....)))))).)))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..(....).)))).((((((....).))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..(....).)))).((((((....).))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((((((((((.((((..)))).)))))))))))..(((((.((..))))))))))))))....
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......((((((((....((......))....))))))))..(((((.......))))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(..................................................(...).(.......)...).)).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..........................................(((((.......)))))))))))...).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).((((((....).))))).....(((((......))))).)))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((......))))).)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....((((((....)))))).)))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....((((((....)))))).)))))))....

---

RNA: 3J3D_C

			AGCAGAGUGGCGCAGCGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCGAUGGAUCGAAACCAUCCUCUGCUACCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((..(([.....(...])).(((((.......))))).......(((..)....)))..)))))))....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((({{..)(<a<..()}}((((((.......)))))).).)(((((A.>..>.))))))))))))....            (         )
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))).......
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...........................................................))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((((((......)))))))))...............(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((.((....)))))(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((.((....)))))(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((....))...(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.((....)))))(((((.......)))))...).(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((.(((((......))))).)))....(((....))).(((((.......))))))))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.((....))))))).(..((((.(((....)))..))))..).........)))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.((....)))))))....................(((((.......))))))))))))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((..))))))(((((((...))))))).(((((((..))))))))))..)))))))....
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((....)))))(((((.......)))))...(((((..)))))..)))..)))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((.(((((......))))).)))....(((....))).(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))......
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((..{{{..)))).<<<<<..))...>>>>>.[[[.(((((.}}}...))))))))))))]]].
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((....))))))))((((...........))))(((((.......))))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.((....)))))))(((.......))).......(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((......))))).))).)..(((....))).(((((.......))))))))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((..............(((((.......)))))..)))(((((.......))))))))))))....
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RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
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RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.(........................................(........(....)..........)).)..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.((....))))))......................................)))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.((....))))))).(..((((.(((....)))..))))..).........)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.((....))))))).((((...........)))).((((.......)))).)))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.((....)))))))(((.......))).......(((((.......))))))))))))....

---

RNA: 3J46_p

			GCGGGAAUAGCUCAGUUGGUAGAGCACGACCUUGCCAAGGUCGGGGUCGCGAGUUCGAGUCUCGUUUCCCGCUCCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((...((..........)).....(.........)........((((.........)))))))))))....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((.[[[..{.<...)<]]](((.((.......)).))).>.}aaaaaa..>A..AAAAA)))))))....               (                                           )                                           (                  )
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))).))......
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...................(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..............................................(.......).....))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((((((....).))))))))((((.......)))).)))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).((((((((.......))))))))((((.......)))).)))))))....
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Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...................(((((.......))))).....(((((.......)))))))))...))).
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((([[[[..{{{{))]]]].<<<<<<<<}}}}aa.>>>>>>>>((((((..)).)))).))))))).AA.
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
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PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))((((.(((((.............)))))........)))))))))))....
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RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((.((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))....)).).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))..((((((((....).))))))).((((.......)))).)))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))).))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((........)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))).))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((...[[[[[)))).{{{{{{]]]]]}}}}}}.....(((((.......))))).))))))....

---

RNA: 3J5B_1

			GGGUGAUUAGCUCAGCUGGGAGAGCACCUCCCUUACAAGGAGGGGGUCGGCGGUUCGAUCCCGUCAUCACCCACCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((.(..((((........))))...(((.......))).......(((((.......)))))).)))))....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((([{{.{)<..ab..}]}}((((((.......))))))...>ccccccAB.C..CCCCC)))))))....            (          )                                                                           (                       )
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....(((........))))))))(((((.....)))))....(((((.......)))))...........
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..............................................(.......).....))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......)))))(((((((....)))))))....)))))))....
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))..((((.......))))((((((((....))))))))...)))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))..((((.......))))((((((((....))))))))...)))))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((.....[[[[[)))..]]]]]..........((((((((....))))))))...)))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..(((...)))(((((.....))))).......((.((((((((....)))))))).)).))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...........(((((.....))))).......((.((((((((....)))))))).)).))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((....[[[.))))..{{]]]........}}.((((((({{..)))))))}}..)))))))....
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MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((...))))((.((.(.(((.((((..))))))).)(.(((.(.(..).).))).).)).)))))).
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MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
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---

RNA: 3J5N_W

			GGCUACGUAGCUCAGUUGGUUAGAGCACAUCACUCAUAAUGAUGGGGUCACAGGUUCGAAUCCCGUCGUAGCCACCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((..(((...........))).(((((.......)))))......(.((.......)).).)))))))....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((([{{..)<..ab...b]}}((((((.......)))))).B.>cc.cccAB.C..CC.CC)))))))....                                                   (              )                       (           )
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....((.((.......)).)))))))).....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......)))))......................)))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...............................................(.......).....))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......)))))(((..............)))..)))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......)))))((((...........))))...)))))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((...[[[[..))))..]]]]........((((((((...........))))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((.........))))))............(((((((((........).))))))))))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((.........))))..............(((((((((........).))))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........))))..((((.......))))((((.............))))..)))))))....
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McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((.........))))..............((((((((...........))))))))))))))....
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RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((.........))))..............(((((((((........)).)))))))))))))....
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TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....((.((.......)).)))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((.........))))..............(((((((((........).))))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.......)))))(((((........)).)))...)))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........))))...(((.......))).((((((........)).))))..)))))))....

---

RNA: 3J7A_7

			GGGUAAUUGGCGCAGUUGGUUAGCGCGCGGGUCUCAUAAUCCCGAGGUCGUGAGUUCGAUCCUCACAUUACCCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	.((......((...........))..(............)......(..(.........)..)....)).....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((.((.([{{..)..<...<]}}..(.(........).)...>..aa.aa>......AA.AA.))).))....   (                                                                )                  (         )                                                        (                                                              )
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...............................................(.......).....)))))).
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).((((.........))))((((((......))).)))...))))))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.(((....)))))))(((.........)))(((((((......))).))))..))))))).
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).((((.........)))).....(((((.......)))))))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.(((....)))))))(((.........)))(((((((......))).)))).)))))))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.(((....)))))))....((((.......[[[[[[[))))..]]].]]]]..))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.(((....)))))))(((........))).(((((((......))).)))).)))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........))))..(((........))).(((((((......))).))))..))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........))))..(((.........))).(((((([[....))).)))]].))))))).
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........))))..((((.......))))......(((((.......)))))))))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.((......))))))(((........))).(((((((......))).))))..))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).((((.........)))).....(((((.......)))))))))))).
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.[[[[[[[[)))).{{{{<<<))]]].}}}}>>>..<<<<<.]]]]].>>>>>))))))).
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......)))))))))))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......)))))))))))).
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.........)))).((((.........))))((((((......))).))))).))))))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........))))..((((......)))).(((((((......))).))))..))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.(((....)))))))((((......)))).(((((((......))).)))).)))))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........))))...((((((........))))))(((((.......)))))))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).((((.........)))).(((((......))))).....))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........))))..((((......)))).(((((((......))).))))..))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........))))..((((......)))).(((((((......))).))))..))))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((((.((......))))))(((.........)))(((((((......))).)))).)))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.((..))))))....((..))(((........)))...((((((...)..)))))))))))).
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((.((..))))).....((..))(((........)))...(((((.......)))))))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...............................................((................))))).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.(........)))))(((........))).(((((((......))).))))..))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........))))..(((........))).(((((((......))).))))..))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........))))..(((.........)))(((((((......))).))))..))))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).((((.[[[[....))))...{{{]]]]..}}}.......))))))).

---

RNA: 3JYV_7

			GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	.((((((..((([.....(..]))).((((.........)))).....(((((..)....))))))))))).....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((aa.{)(<.[<..})A.(((((((.....)))))))A..)((((((]>.)>.))))))))))))....            (          )                                                               (              )                                                                         (                       )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	N/A
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.(((((....))))).))........)))(((((.......))))))))))))..........
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..................(((((.......)))))......((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((............................................................))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((..........))..(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((..........))..(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((....(((.(((((....))))).))).........((((((.......))))))))))))..........
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((.(((((....))))).)))...((..((((.......))))..))))))))))..........
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(.(((((((.((.(..).)).)))))).).)(((..((((..(..)..))))..))))))))))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((((((((((((..))))))))))).)))((((((((((((..)))))))))))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(((((..((......))..)))))....(.........((((.......))))).))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(((..(((((....))))).........))).((((((.......))))))))))))..........
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))..((((.......))))......(((((.......)))))))))...))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((.(((((....))))).)))...((..((((.......))))..))))))))))..........
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((...((((((((.......))).)))))........)))))).(((..(((..........))))))..
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((.(((((....))))).)))...((..((((.......))))..))))))))))..........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((....))).((((.(((((..........))))).))))........))))))))..........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((.(((((....))))).))).).......((((((.......))))))))))))..........
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..(..........................................(...........(..)........))..).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))...).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((.(((((....))))).)))..........................))))))))..........
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(((((..((......))..)))))...((((..((((........))))..))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((....))))).....(((....))).(((.......))).))))))))..........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(((((....))))).....(((....))).(((.......))).))))))))..........

---

RNA: 3UZL_B

			GGUGGGGUUCCCGAGCGGCCAAAGGGAGCAGACUGUAAAUCUGCCGUCAUCGACUUCGAAGGUUCGAAUCCUUCCCCCACCACCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	((.((.(..(...............).(((((.......))))).((.....))...(..((.......))..)).)).))....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((..(((..(<[<..().)))(((((((.....)))))))(((...)))..)((((((]>.)>.))))))))))))....               (      )                                                                               (                                                    )                          (                )                                                             (                                                                            )                                                               (                )                          (  )
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((((((((...))...((((.......))))))))..))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....................................................................))))))....
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((...........))))(((((.......))))).............(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((...........))))(((((.......))))).............(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((...........))))(((((.......))))).............(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((...........))))(((((.......))))).............(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((...........))))(((((.......))))).(....)......(((((.......))))))))))))....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((..{{{{{....)))))).............}}}}}..((((....[[[[[.))))..]]]]].))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((...........))))(((((.......))))).(((...)))...(((((.......))))))))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((...........)))))).(((.(((....))).))).........(((((.......))))).))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((...........))))(((((.......))))).............(((((.......))))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........))))..((((.......)))........)......(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((...........))))(((((.......))))).(((...)))...(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((..)))....((((((((((.......))))).(((...)))((((((..))))))))))).)))))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((({{{{{{{{{..))))).(((.}}....)))}}}}}..}}((.(((((([[))))))....))))))))).]].
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.........)))).(((((.(...).))))).............(((((.......))))))))))))....
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((...........))))(((((.......))))).((.....))...(((((.......))))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((...........)))))).(((.(((....))).))).........(((((.......))))).))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((...........))))(((((.......))))).(((...)))((([[[[[...))).]]]]])))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......(((((.......................)))))..........(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((...........)))))).(((.(((....))).))).........(((((.......))))).))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....((((((((...(((..((.....))...))))))))..))).....(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((...........)))))).(((.(((....))).))).........(((((.......))))).))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.........)))))(((((((...)))))))(.......)....((((((...)..))))))))))))....
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((...........))))(((((.......))))).............(((((.......))))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..................................................((..))....................)))).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((...................................))).....(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((...........)))))).(((.(((....))).))).........(((((.......))))).))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((...........))).(((((.......))))).....((((((.....))).))).......)))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((......[[[)))...(((((((((.......)))))]]]..((((((.....)).)))).....))))....)))).

---

RNA: 3WC1_P

			GCCAUCAUAGUAUAGUGGUCAUUAUAAAUCGUUGUGGCCGAUUAGACCCAAGUUCGAUUCUUGGUGAUGGCAC
Reference structure (std)		[ sec struct ]	.((((((..((............))..(..(.......)..).....(((((.......)))))))))))...
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((((((.([[.(.({{<..)))]]..((.(..()...).)).....aaaaaa}>.A}.AAAAA))))))...
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.............................................(.......).....))))))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((.((((((((((.((.....)).))))))).))).))(((((.......))))))))))))..
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((........(((((((...........))))))).......(((((.......))))))))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........((((((...........))))))........(((((.......))))))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((.((((((((((.((.....)).))))))).))).))(((((.......))))))))))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((((((((((...........)))))).))))...(((((.......))))))))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((.((((((((((...........)))))).)))).))(((((.......))))))))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((.((((((((((.((.....)).)))))).)))).))(((((.......))))).))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........((((((...........))))))........(((((.......))))))))))))..
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((.((((((((((.((.....)).)))))).)))).))(((((.......))))))))))))..
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((((((((((.....))))))))).)))))))((((((...)..))))))))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))..((((.......))..))...(((((.......))))))))))))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((.((((((((((...........)))))).)))).))(((((.......))))))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((((..)))))))(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))..
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.[[[[[[[)))){{{{{..]]]]]]].)).((..<<<<))}}}}}>>>>))))))))..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.(...).)))))....(((((.......))))))))))))..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.(...).)))))....(((((.......))))))))))))..
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((....(((((((...........)))))))))))...(((((.......))))))))))))..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......((((((((((.((.....)).)))))).))))...(((((.......))))).))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((((((((((...........)))))).))))...(((((.......))))))))))))..
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((....))))))(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((........(((((((...........))))))).......(((((.......))))))))))))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......((((((((((.((.....)).)))))).))))...(((((.......))))).))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......((((((((((.((.....)).)))))).))))...(((((.......))))).))))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((.((((((((((.((.....)).)))))).)))).))(((((.......))))))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((..))))))))...(((..)))(......).((((((...)..))))))))))))..
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((.((..)).)))))...(((..))).........(((((.......))))))))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(..................................................................)...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((((((((.((.....)).)))))).)))....(((((.......))))))))))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......((((((((((...........)))))).))))...(((((.......))))).))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((((....))))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....(((((....))))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))..

---

RNA: 3WQY_C

			GGGCUCGUAGCUCAGCGGGAGAGCGCCGCCUUUGCGAGGCGGAGGCCGCGGGUUCAAAUCCCGCCGAGUCCACCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((..((((....[..)))).((((((.....)))))).....{{{{{..]....}}}}})))))))....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((([{{.{)<.ab..}]}}(((((((.....)))))))...>ccccccAB.C..CCCCC)))))))....                     (                       )                                          (         )
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))).....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.............................................(.......).....))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......(((((((((((((((((((((...))))))))))))..)))...)))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((((((((((((.((((((((...)))))))).))..))))...)))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((((((((((((.((((((((...)))))))).)))..)))...)))))))))))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.[[[[..)))).(((((((...)))))))...]]]]((((....))))...)))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((((((((((((.((((((((...)))))))).))..))))...)))))))))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((((((((((((.((((((((...)))))))).))..))))...)))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((((((((((...((((((((...)))))))).....))))...)))))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......))))..((((((...))))))......(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((((((((((((.((((((((...)))))))).))..))))...)))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......))))...((((((((...)))))))).(((((.......))))))))))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))...))).
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((((((((((((.((((((((...)))))))).))..))))...)))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......(((((((((....((((((((...))))))))......)))...)))))))))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((((((((((((.((((((((...)))))))).))..))))...)))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((((((((((((.((((((((...)))))))).))..))))...)))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((((((((((((.((((((((...)))))))).))..))))...)))))))))))))....
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......))))(((((((.....)))))))....(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..(...)))))(((((((.....)))))))....(((((.((..))))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((((((((((...((((((((...)))))))).....))))...)))))))))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((((((((((((.((((..((...))..)))).))..))))...)))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))).))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))))....

---

RNA: 3ZND_W

			GGGCCCUUAGCUUAGUCUGGUUAAAGCGAUCGGCUCAUAACCGAUUGGGCGCUGGUUCGAAUCCGGCAGGGCCCACCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	..(........(.............)..(((...........))).......(((.......))).......).....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((((..(..{.{<(.......>)}}..(((([(.....])))))....)(((((.......)))))...))))....            (             )                                                                            (                       )                                         (               )
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((...(((..........)))(((((.(........))))))...(((((.......))))))))))).....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...................(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..............................................................))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..........))))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...................(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((.((....(((.....))).....))))))))))(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((.(((((.((((()).)))..)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((......))))))..(((((((.......)))))))...(((((.......))))).))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......))))).))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((.((((((((((..).)))).)))))))))))))((((((...)..))))))))))))....
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((.(((((.((((..).)))..)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..........))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((......))))..(.(((((((.......))))))).)..((((.......)))).)))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((....................(((((.......)))))...........((((.......))))))))))).
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((......)))))...(((((((.......)))))))...(((((.......))))).))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..........))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))...)).
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((({{{{[.((<<<<)].((aaaaaaa))..)}.AAAAAAA}}}(((((...)>..))))))))))))>>>)
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......))))).))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))((((((....).))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((.((((((..............)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((......)))))...(((((((.......)))))))...(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......))))).))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......))))).))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((........))))).(((((..(...)))))).....((((((...)..))))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.............................................(....(.....).............)..)).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...........................................(((((.......)))))))))))...).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((((.(((((.(((.....)))..)))))))))))))(((((.......))))).))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(((......))).....(((((((.......)))))))...(((((.......))))).))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((..((((.(((((.(((.....)))..)))))))))..))(((((.......))))).))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((......)))))...(((((((.......)))))))...(((((.......))))).))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((......)))))...(((((((.......)))))))...(((((.......))))).))))))....

---

RNA: 4CXG_Y

			GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCGGUCUCCAAAACCGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((..((.(.....[..).)).(((((.......))))).....{{{{{..]....}}}}})))))))....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((([{{.{)<a.ab..}]}}.((((((.....))))))....>ccccccAB.CA.CCCCC)))))))....            (          )                                                                           (                       )
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((....((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))..)).......
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..............................................(.......).....))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(...(((((((((.(((((((......))))).)).))))))..))).).))))))))....
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(..(((.((((((((((((((......))))).)))))))))..))).).))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......((..(((((((((.(((((((......))))).)).))))))..))))).))))))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((........((((.((((((...(((((......)))))....))))))..))))..))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((........((((.((((((.(((((((......))))).)).))))))..))))..))))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(......((((.((((((.(((((((......))))).)).))))))..))))).))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........((..((((((.(((((((......))))).)).))))))...))...))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))..((((.......).))).....(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))..((((.......))))......(((((......)))).)))))...))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((........))))).....(((((.......))))))))))))...
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(.((((.((((((.(((((((......))))).)).))))))..))))).))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))...(((((((......)))))))(((((.......))))))))))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))...)))).
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((.[[[[[[[)))).(((((....{{.))))).<<]]]]<<<}}.]]].>>>.)))))))).>>.
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((........))))...(((((((......))))).))((((.......))))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((....))).((((((.(((((((......))))).)).))))))........))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((......(.((((.((((((.(((((((......))))).)).))))))..))))).))))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))...(((((((......)))))))(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((........((((.((((((.(((((((......)))))))..))))))..))))..))))))))....
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(......((((.((((((.(((((((......))))).)).))))))..))))).))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((....))).((((((.(((((((......))))).)).))))))........))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(......((((.((((((.(((((((......))))).)).))))))..))))).))))))))....
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))((..))((((......))))...(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))((..))((((......))))...((((((...)..))))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..(..........................................(...........(..)........))..).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))...).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((........((((.((((((.(((((((......))))).)).))))))..))))..))))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..(((....))).((((((.(((((((......))))).)).))))))........))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((..[[[[..))))...{{{..]]]].}}}.......(((((.......))))))))))))....

---

RNA: 4KR2_C

			CGCCGCUGGUGUAGUGGUAUCAUGCAAGAUUCCCAUUCUUGCGACCCGGGUUCGAUUCCCGGGCGGCG
Reference structure (std)		[ sec struct ]	((((((..(((.....[...)))((((((.......))))))....{{{{..]....}}}}.))))))
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((.[[[[){.<a..]]]](((((((.....)))))))..}bbbbbb>A.B..BBBBB))))))                    (                       )                                     (     )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((......))))..((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((............................................(.......).....)))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.................(((((((.......))))))).((((((.......)))))))))))
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.......)........(((((((.......))))))).((((((.......)))))))))))
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...(((.........)))((((((.......))))))..((((((.......)))))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((((((....))))))(((((((.......))))))).((((((.......)))))))))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((......)))))(((((((.......)))))))..(((((.......)))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((......))))).((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((................(((((((.......)))))))..(((((.......)))))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.................((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((((......))))).((((((.......))))))..((((((.......)))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.................(((((((.......))))))).((((((.......)))))))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.(...).)))))....(((((.......)))))))))))
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.(...).)))))....(((((.......)))))))))))
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((......)))))(((((((.......)))))))..(((((.......)))))))))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.[[)))))))..]].((((((.......))))))..((((((.......)))))).....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((((......)))))((((((((....).))))))).((((((.......)))))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((...............((((((.......))))))..((((((.......)))))))))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((...)))))))....(((((((.......))))))).((((((.......)))))).....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((................(((((((.......)))))))..(((((.......)))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((................(((((((.......)))))))..(((((.......)))))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((......)))))(((((((.......)))))))..(((((.......)))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....(((((..))).))..(((((.......)))))...(((((((...)..)))))))))))
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)).))..(((((.......)))))...((((((.......)))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..............................................................)))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.................((((((.......))))))...(((((.......)))))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((......)))).(((((((.......)))))))..(((((.......)))))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.((((......)))).(((((((.......)))))))..(((((.......)))))))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.....))))))....(((((((.......))))))).((((((.......)))))).....

---

RNA: 4KR3_C

			CGCCGCUGGUGUAGUGGUAUCAUGCAAGAUUCCCAUUCUUGCGACCCGGGUUCGAUUCCCGGGCGGCGC
Reference structure (std)		[ sec struct ]	((((((..(((.....[...)))((((((.......))))))...{{{{{..]....}}}}})))))).                       (                   )
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((.[[[[){<<a..]]]](((((((.....)))))))..}bbbbbb>A.B>.BBBBB)))))).                       (                   )                                       (     )
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((............................................(.......).....))))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.................(((((((.......))))))).((((((.......))))))))))).
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.......)........(((((((.......))))))).((((((.......))))))))))).
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...(((.........)))((((((.......))))))..((((((.......))))))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((((((....))))))(((((((.......))))))).((((((.......))))))))))).
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Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((......))))).((((((.......))))))...(((((.......))))))))))).
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MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......))))..((((.......)))).....(((((.......))))))))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((((......))))).((((((.......))))))..((((((.......))))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.................(((((((.......))))))).((((((.......))))))))))).
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Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((......)))))(((((((.......)))))))..(((((.......))))))))))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.[[)))))))..]].((((((.......))))))..((((((.......))))))......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((((((....))))))((((((((....).))))))).((((((.......))))))))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((...............((((((.......))))))..((((((.......))))))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((...)))))))....(((((((.......))))))).((((((.......))))))......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((................(((((((.......)))))))..(((((.......))))))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((................(((((((.......)))))))..(((((.......))))))))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((......)))))(((((((.......)))))))..(((((.......))))))))))).
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....((((....)).))..(((((.......)))))...((((((.......))))))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((....(((((..))).))..(((((.......)))))...(((((((...)..))))))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..........................................(..................)))).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.................((((((.......))))))...(((((.......))))))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((......)))).(((((((.......)))))))..(((((.......))))))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((......)))).(((((((.......)))))))..(((((.......))))))))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.....))))))....(((((((.......))))))).((((((.......))))))......

---

RNA: 4MGN_B

			CGGAAGUAGUUCAGUGGUAGAACACCACCUUGCCAAGGUGGGGGUCGCGGGUUCGAGUCCCGUCUUCCGCU
Reference structure (std)		[ sec struct ]	((((((..((((....[..)))).(((((.......))))).....{{{{{..]....}}}}}))))))..
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((([{{.{)<.a().}]}}((((((.......))))))...>bbbbbbA..B..BBBBB))))))..                    (                       )                                            (                                    )                            (         )
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))...
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..................(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))..
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.............................................(.......).....)))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..................(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((.......)))).[[[[[[)))..]]]]]](((..[[[[[.......)))....]]]]].
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))......((((.......)))).))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))..
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MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.(...).)))).((((((.....))))))(((.(.(((..))).).)))..))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......))))..((((.......))))......(((((.......)))))))))))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......))))..((((((...))))))......(((((.......)))))))))))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))..
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))..
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))..
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..(((([[.[[[.)))).{{{{{{{]]]}}}}}}}.{{{{<<<<<]].}}..>>>>>))))))}}
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.(...).))))).....(((((.......)))))))))))..
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.(...).))))).....(((((.......)))))))))))..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....((((((....).)))))))))))..
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((.....))))).........(((((((...((((.......)))).))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))..
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..................(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))..
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).((((((.....))))))(((.(.((....)).).)))..))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......))))...((((((((..))))))))..((((((...)..)))))))))))..
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......))))...((((((((..))))))))..(((((.......)))))))))))..
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TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((..[[[[[)))).{{{{{{]]]]]}}}}}}.....(((((.......)))))))))))..

---

RNA: 4MGN_D

			CGGAAGUAGUUCAGUGGUAGAACACCACCUUGCCAAGGUGGGGGUCGCGGGUUCGAGUCCCGUCUUCCGCUC
Reference structure (std)		[ sec struct ]	((((((..((((....[..)))).(((((.......))))).....{{{{{..]....}}}}}))))))...
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((([{{.{)<.a().}]}}((((((.......))))))...>bbbbbbA..B..BBBBB))))))...                    (                       )                                             (                                    )                             (         )
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......))))))))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..................(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))...
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.............................................(.......).....)))))...
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CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..................(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))...
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))...
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))...
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))...
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))...
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((.......)))).[[[[[[)))..]]]]]](((..[[[[[.......)))....]]]]]..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))......((((.......)))).))))))...
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))...
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))...
MCFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.(...).)))).((((((.....))))))(((.(.(((..))).).)))..))))))...
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((...)))))))(((((((...)))))))(((((((((..))))))))).)))))))...
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......))))..((((.......))))......(((((.......)))))))))))...
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......))))..((((((...))))))......(((((.......)))))))))))...
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))...
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))...
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))...
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))).)..
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((([[[[...{{))]]]].((((((({{{))))))).}}}.<<<<<.}}aaa.>>>>>))))))AAA
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.(...).))))).....(((((.......)))))))))))...
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))...
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.(...).))))).....(((((.......)))))))))))...
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))...
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))...
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))...
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....((((((....).)))))))))))...
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((.....)))))......((((((((..(((......)))..))))))))......
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))...
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))...
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))...
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).((((((.....))))))(((.(.((....)).).)))..))))))...
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......))))...((((((((..))))))))..(((((.......)))))))))))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......))))...((((((((..))))))))..((((((...)..)))))))))))...
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(........................................(......................))....
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...)))))))......................))))))...
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))...
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).(((((((...))))))).....(((((.......)))))))))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((.......)))).((((((.....)))))).....(((((.......)))))))))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((..[[[[[)))).{{{{{{]]]]]}}}}}}.....(((((.......)))))))))))...

---

RNA: 4W28_6

			UGCCCGGUAGCCCCGAAGGUAGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGGGCACCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	.(.((((....(.(.[{....).)..((((.........)))).......<<.(...)]}.>.>..)))).)....                                                       (  )
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.(.((((....(.([{(.{).).).(((((.........)))))...]<.<<<<.}.>}.>>.>.>))))).....  (                                                                     )                                                        (          )                                                                    (  )                                   (                                          )                                                                                       ()
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((.((((....((.(((((((...)))))))))..)))))).(((....)))..)))))...))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..............................................(.......)......))))))...
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((....((((....((((((((((...))))))).)))))))...(((....))))))))))))...
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......((((...(((((((((((((...))))))).))))))...)))).........)))))))...
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((...................(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((.((.((((....((((((((((...))))))).))))))))).(((....))))))))))))...
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((..[[[)))..]]].((((.(((((((...)))))))[[[[[[...))))(((.....))).]]]]]]..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((.....))).((...(((((((...)))))))...))(((((.......))))).)))))))...
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((.((((....((.((((((.....))))))))..)))))).(((....)))..)))))))...
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((................(((((((((.....)))))).)))...(((.......)))...)))))))...
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..(((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))..)))...
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((.....)))...((((((((((...))))))).))).(((((.......))))).)))))))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...................(((((((...))))))).....(((((.......))))).)))))))...
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((.[[[[))).{{((((((((((...))))))).))).<<<<<]]]].}}>>>>>.)))))))...
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))).)))))))...
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))).)))))))...
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((.....)))...(((((((((.....)))))).))).(((((.......))))).)))))))...
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((.((((....((.((((((.....))))))))..)))))).(((....)))..)))))))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((.....))).(.((((((((((...))))))).))))(((((.......))))).)))))))...
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((............))))..................(((((.......))))).)))))))...
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...................(((((((...))))))).....(((((.......))))).)))))))...
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((.((((....((.((((((.....))))))))..)))))).(((....)))..)))))))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((.((((....((.(((((((...)))))))))..))))))((((....)))).)))))))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((.((((....((.((((((.....))))))))..))))))((((....)))).)))))))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((.((((..((((.(((((.......)))))))))))))))..((......)).)))))))...
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((.((((..((((.(((((.......)))))))))))))))..(........).)))))))...
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(...............................................(......)................)..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((.((((....((.(((((((...)))))))))..)))))).(((....)))..)))))))...
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((.((((....((.(((((((...)))))))))..)))))).(((....)))..)))))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((.(((....((.((((((.....))))))))..)))))).(((....)))..)))))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((.(((.......((((((.....))))))....)))))).(((....)))..)))))))...

---

RNA: 4WJ4_B

			UCCGCGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAUGACUGUUAAUCAUUGGGUCCCUGGUUCGAGUCCAGGUCGCGGAGCCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	(((((((..((((.....[..)))).(((((.......))))).....{{{{{..]....}}}}})))))))....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((([{{.{)<..ab..}]}}(((((((.....)))))))...>ccccccAB.C..CCCCC)))))))....            (          )                                                                           (                       )
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.........................................((((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..............................................(.......).....))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((.............(((((.......))))))))..(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((.(((..((((......)))).)))))))))).(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((.(((..((((......)))).)))))))))).(((((.......))))))))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((.(((..((((......)))).)))))))))).(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((([[[[[...))))...]]]]]...............(((((.......))))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))..((((.......))))......(((((.......))))))))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((........)))..(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((.(((..((((......)))).)))))))))).(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((((((..........))))))..............(((((.......))))))))))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))...)))).
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((([[[[[[.{{{)))...]]]]]]}}}....(((((((..{{{{..)).)))))))))))))}}}}
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........))))....((((...........))))(((((.......))))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((.(((..((((......)))).)))))))))).(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((.(((..((((......)))).)))))))))).((((((....).))))))))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(((((............)))))..............(((((.......))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((......((((......))))....))))))).(((((.......))))))))))))....
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((.(((..((((......)))).)))))))))).(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((.(((..((((......)))).)))))))))).(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((.(((..((((......)))).)))))))))).(((((.......))))))))))))....
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....((((((...)..))))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((.(((..((((......)))).)))))))))).(((((.......))))))))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((.(((..((((......)))).)))))))))).(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((([[[[[...))))...]]]]].(((.....)))...(((((.......))))))))))))....

---

RNA: 4X0B_B

			GGGCCAGGUAGCUCAGUUGGUAGAGCACUGGACUGAAAAUCCAGGUGUCGGCGGUUCGAUUCCGCCCCUGGCCCACC
Reference structure (std)		[ sec struct ]	.((((..(..((((........)))).(...............).....(((((.......))))))..))))....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.(((((.(([{{.{)<...a..}]}}.(...............)....>bbbbbb.A.B..BBBBB).)))))....                       (                       )                                           (          )
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))).....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))))...
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....(((((([[[.[[[[[[[.)))))).{{{{..]]]]].<<<<<.]]}}}}>>>>>))))))))]]]
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((........)))).(((((.......)))))...).(((((.......))))))))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))))...
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..((((........)))).(((((.......)))))..(((.[[[[...))).]]]].))))))))...

---

RNA: 4YVI_C

			UGGGAGGUCGUCUAACGGUAGGACGGCGGACUCUGGAUCCGCUGGUGGAGGUUCGAGUCCUCCCCUCCCAG
Reference structure (std)		[ sec struct ]	.((((((..((((....[..))))((((((.......))))))...{{{{{..]....}}}}}))))))..
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((((((([{{.{)<.ab..}]}}(((((((.....)))))))..>ccccccAB.C..CCCCC))))))..              (     )                                                           (                                    )                                      (         )                                                                      (                       )

---

RNA: 4YVJ_C

			UGGGAGGUCGUCUAACGGUAGGACGGCGGACUCUUGAUCCGCUGGUGGAGGUUCGAGUCCUCCCCUCCCAG
Reference structure (std)		[ sec struct ]	..(((((..((((....[..))))((((((.......))))))...{{{{{..]....}}}}})))))...
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((((((([{{.{)<.ab..}]}}(((((((.....)))))))..>ccccccAB.C..CCCCC))))))..              (     )                                                           (                                    )                                      (         )                                                                      (                       )

---

RNA: 5CCB_N

			GGCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAUCAGACUUUUAAUCUGAGGGUCCAGGGUUCAAGUCCCUGUUCGGGCGCCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	.(((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((([{{.{).......}]}}((((((((...))))))))....(((((.......)))))))))))))...                       (                       )                                       (            )                                                                    (          )                                                      (                                                                          )   (                                                                         )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..((((........))))....(((((((.....)))))))(((((.......))))))))))))...)
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))...........
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((........)))..(((((.......)))))........((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.((((..............................................(.......).....))))...)).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)).
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))....((((((.......))))))(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((.(....).))))....(((((((.....)))))))(((((.......))))))))))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))....((((((((...))))))))(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.((((........))))))).((((((((...))))))))(((((.......)))))..)))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))....(((((((.....)))))))(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))..(((([[[[...))))]]]]..(((((.......))))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((..((((........))))..(((.........)))......(((((.......))))))).)))..)).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((..((((........))))..(((((.....)))))......(((((.......)))))))))...))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))....((((((((...))))))))(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))....((((((((...))))))))(((((.......))))))))))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))...)))).
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((..((.[[[.[[[[))..((((((((...))))))))..{{]]]].)).}}))))))))))]]].
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))...)).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))...)).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)).
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)).
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.((((........))))))).(((((((.....)))))))(((((.......)))))..)))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))....(((((((.....)))))))(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.((((........)))))...((((((((...))))))))((((((....).))))))))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((...(((((((.....))).))))...((((...........)))).......))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((........)))).(((((.......)))))..)))).)))))...((((......))))....
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))....(((((((.....)))))))(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))....(((((((.....)))))))(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))....(((((((.....)))))))(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((..)))................)))))))..(((((.((..)))))))))))))..)).
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((((((....))................)))))....(((((..(..).)))))))))))..)).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))....((((((((...))))))))(((((.......))))))))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.((((........)))).(((((.......)))))..)))).))))....((((......))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....((((........)))).(((((.......))))))))).((((([[[....)))))...]]].....

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