CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods

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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - Afold

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	[ predicted structure ]	(((.(((..(((((..((((.((((((...((.((((..........((((((((((..........)))).(((((((((((((.((((((((..((((((.((.(((....(((....)))..((((((....))))))...(((((....)))))(((((.(((.(((.(((((......))))).)))..)))........((....))...)))))((((.((((.((((....((((((.(((((...((((((((.....))))))))..(((((..((((((.((..((((((.((((.(((...((((((....))))))......(.((((....)))))...)))...))))..)))))).))))))))..)))))...(((((((((((...))))))))))).....(((((((....))))))))))))..)).)))).(((((.((...((.((((....((....))....)))).......((((....)))).......(((((((((.((((.(((((((((..(((((((((((((....)))))))))).)))........((....(((((((..(((((((((((((((.((((..(((.....)))..))))...((....))..((((.....)))).)))))))))))))))..((....((((((...(((((((..(((.((((...((((((......))))))....))))...((((.((((........))))))))..).))..))))))).(((.....)))......))))))...((((((((((((((((...(((((....)))))..(((((((.((..(((((((((...(((...((((((((...((((((......)))).))...))))))))..)))....)))))))))..)).))))))).((..(((((((..((....))..)))))))..)).)))).......))))..)))))))).)).((((..(.(((((((((((..........((((((((((...(((.....)))..)))))))))).((((......)))).)))).)))))))).(((......)))((((((((.....))))))))....)))).((((((((..((((......(((((.(((....))))))))...)))).))))).)))...)))))))..............((((((.......)))))).)).)))))))))..))))....(((.((((..((((((((((((((..(((((.(((..(((...(((....)))...)))..)))...(((((........)))))...((((((((((....(((((((..((....((((.((....))..))))..((.(...(((.(((....((((((((((((((((.((.....))))))))).....)))))))))))).)))..))).))..)))))))..((.((((.((........))))))..))...)))))))))).)))))...((..(((......)))..))((((((....)))))).((((.(.((.....))).))))....))))))))..)))))).))))..((((....))))..((((((((((((((.....))))))))))).))).)))..)))))))))))...)).))))).........)))).))))..))))......))).)).))))))....)))..))))).))))))..((((..((...(((((....)))))...))....((((((.....((.((((((.......))))))))..((((((.....(((..((((((.....))))))...(((.....((((..((..((((...((((((((.((((((.((((((.((((((....((((((......))))))..(((((..((((.((......((((((...((......))..((.((.(((((((((..((((((((.((((...((((((....))))))...((((((((....))))))))....)))).((((......))))..))))))))..)))))).)))))..))))))))......))))))))))))))))).))))))..((.(((((((...........))))))).)).......))))).).))))))))...)))).))....))))............(((((...((((..(((......)))..)))).(((....))).))))).)))...((((((.(((........)))))))))......))).....))))))))))))......))))...)))))))..)))))).....(((((.(((((.....)))))....((((((((((((.((((((((((......)))))).)))).(((((.....))))).....)))....))))))))).....(((((((....))).)))).........))))).)))).)).((((((((.(..(((((((((((..((.(....).)).)))))))..((((...(((((.((((((((((((....)))))...))))))).))))).))))....(((....(((((...........)))))....))).))))....).))))))))...))))))..))))....)).)))......))).((((((((.((((((((.(((...((((((....))))))..)))..)))).)))).))).))).)))))
2WRQ_Y	[ FASTA input ]	GCUGAUAUAGCUCAGUUGGUAGAGCGCACCCUUGGUGAGGGUGAGGUCGGCAGUUCGAAUCUGCCUAUCAGCACCA
	[ reference std structure ]	.((...(..(..............)..((((.......)))).......(.............).)...)).....
	[ reference ext structure ]	.((.(.({<(...}....(..(>.)..((((.......))))...)...[...[.).].....].)..)))..... ( ) ( )
	[ predicted structure ]	.((...(..(..............)..((((.......)))).......(.............).)...)).....
2WW9_E	[ FASTA input ]	UGAAAAGAACUUUGAAAAGAGAGUGAAAAAGUAC
	[ reference std structure ]	......(..((((....))))............)
	[ reference ext structure ]	[(..])(.((((((..))))))({(..}.))..) ( ) ( )
	[ predicted structure ]	(........((((....))))............)
2WW9_D	[ FASTA input ]	AGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUGAAUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAAUCUUUG
	[ reference std structure ]	.((((............).....(.((....(((....)))..........))..)...))).
	[ reference ext structure ]	(((({([<(.(.)..].}..)>((((((...(((..).))).......)..)).)).).)))) ( ) ( ) ( ) ( ) () ( ) ()
	[ predicted structure ]	(...((((......))))....(((((....)))))...((((.(((...))).))))....)
2WW9_F	[ FASTA input ]	CCACGUCAACAGCAGUUGGACGUGG
	[ reference std structure ]	((((((...((.....)).))))))
	[ reference ext structure ]	(((((((...(.....)).)))))) ( ) ( )
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2XXA_G	[ FASTA input ]	GCAUUGCUGGUGCAGCGCAGCGCGGACGCCCGAACCUGGUCAGAGCCGGAAGGCAGCAGCCAUAAGGGAUGCUUUGCGGGUGCCGUUGCCUUCCGGCAAUGC
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	[ reference ext structure ]	((((((((((.((((((((((((((((((((((...((((...(((((..)))))...))))).))).))).))))))).)).))))))...)))))))))) ( )
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2YIE_X	[ FASTA input ]	GAUCUUCGGGGCAGGGUGAAAUUCCCGACCGGUGGUAUAGUCCACGAAUCCAU
	[ reference std structure ]	.............(((.......))).....((((......))))........
	[ reference ext structure ]	.........(.(.((((...)..))))..).(((((..)..))))........ ( )
	[ predicted structure ]	(.(..((((((...........))))))...((((......))))......))
2YIE_Z	[ FASTA input ]	GAUUGAUUUGGUGAAAUUCCAAAACCGACAGUAGAGUCUGGAUGAGAGAAGAUUCG
	[ reference std structure ]	......(((((.......))))).....(((......)))................
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	[ predicted structure ]	(((((..(((((...........))))))))).((((((..........)))))))
2ZY6_A	[ FASTA input ]	GCCCGGAUAGUGUCCUUGGGAAACCGAGUCCGGGCACC
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	[ reference ext structure ]	((((((((((.(......).....))).)))))))... ( )
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2ZZM_B	[ FASTA input ]	GCAGGGGUCGCCAAGCCUGGCCAAAGGCGCUGGGCCUAGGACCCAGUCCCGUAGGGGUUCCAGGGUUCAAAUCCCUGCCCCUGC
	[ reference std structure ]	......(..(((.............)))((((((.......))))))(((....)))......((.......))...)......
	[ reference ext structure ]	.(.(((((.[[[[){...<(.}a(]]]](((((((.....)))))))((((..))))A)...((((>).)..)))..))).).) ( ) ( )
	[ predicted structure ]	((((((((.(((..((((......))))....)))...((((((...(((....))).....))))))........))))))))
2ZZN_D	[ FASTA input ]	GCCGGGGUAGUCUAGGGGCUAGGCAGCGGACUGCAGAUCCGCCUUACGUGGGUUCAAAUCCCACCCCCGGC
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	[ reference ext structure ]	((((((((.{{{)a...[(..A(}}}.(((((.......)))))..).(<<<<<(]).)).>>>>>))))))).... ( )
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3A3A_A	[ FASTA input ]	GCCCGGAUGAUCCUCAGUGGUCUGGGGUGCAGGCUUCAAACCUGUAGCUGUCUAGCGACAGAGUGGUUCAAUUCCACCUUUCGGGC
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3ADB_C	[ FASTA input ]	GGCCGCCGCCACCGGGGUGGUCCCCGGGCCGGACUUCAGAUCCGGCGCGCCCCGAGUGGGGCGCGGGGUUCAAUUCCCCGCGGCGGCCGCCA
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3AKZ_H	[ FASTA input ]	UGGGAGGUCGUCUAACGGUAGGACGGCGGACUCUGGAUCCGCUGGUGGAGGUUCGAGUCCUCCCCUCCCAGCCA
	[ reference std structure ]	.((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))).....
	[ reference ext structure ]	((((((((.[[[[)(.....]]]].((((((.....))))))...)((((((...)..)))))))))))).... ( ) ( ) ( )
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3AM1_B	[ FASTA input ]	GGCGCGGGGUACCGGGCUUGGUAGCCCGGGGCUUCGGCCGAGGGCGAGAGCCCUCGGGGUUCGAUUCCCCCCCUGCGCCGC
	[ reference std structure ]	(((((((((..(((((((....)))))))(((....)))((((((....))))))((((.......)))))))))))))..
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3DW4_A	[ FASTA input ]	UGCUCCUAGUACGAGAGGACCGGAGUG
	[ reference std structure ]	.(((((.....(....)....))))).
	[ reference ext structure ]	.(((((..()(((..)))...))))). ( )
	[ predicted structure ]	(((.(..((.(....).))..).))).
3G4S_9	[ FASTA input ]	UUAGGCGGCCACAGCGGUGGGGUUGCCUCCCGUACCCAUCCCGAACACGGAAGAUAAGCCCACCAGCGUUCCAGGGAGUACUGGAGUGCGCGAGCCUCUGGGAAAUCCGGUUCGCCGCCACC
	[ reference std structure ]	...((((((....((((.(........(.((((...(.....)...))))...)......).)).))....(..(......(((((.((....))))))).....)..)....))))))...
	[ reference ext structure ]	..([[[[[[.[..[[[[[[..[..)].((((((...({{...)}}.))).)....))...]]]].]]](((((((((.((((((((.(((..)))))))))))))))))))).]]]]]]... ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) () ( )
	[ predicted structure ]	(..((((((......((((((.(((.((.((((.............)))).)).))).))))))..........(((...(..(((.((....)))))..)....))).....))))))..)
3GCA_A	[ FASTA input ]	CUGGGUCGCAGUAACCCCAGUUAACAAAACAAG
	[ reference std structure ]	(((((...[.[....))))).........]..]
	[ reference ext structure ]	((((<((({{)....>)))).......)..)}} ( ) () ( ) ( ) ( ) ( ) ( )
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3HAY_E	[ FASTA input ]	GGCUGCCUGGGUCCGCCUUGAGUGCCCGGGUGAGAAGCAUGAUCCCGGGUAAUUAUGGCGGACCCACA
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3HJW_D	[ FASTA input ]	GGGCCACGGAAACCGCGCGCGGUGAUCAAUGAGCCGCGUUCGCUCCCGUGGCCCACAA
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3IAB_R	[ FASTA input ]	GGACUCAGUAAUAUGCUUUGGAAACGAAGCUUACAAAAUGGAGUCC
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3ID5_D	[ FASTA input ]	GGGGCGCCCUCUGAGCGUUCGCGCUGUGAUGA
	[ reference std structure ]	..........(...(((....)))......).
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	[ predicted structure ]	..........(...(((....)))......). ( )
3IVN_B	[ FASTA input ]	GGCCAGUAUAACCUCAAUGAUAUGGUUUGAGGGUGUCUACCAGGAACCGUAAAAUCCUGACUACUGGUC
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3IWN_A	[ FASTA input ]	CACGCACAGGGCAAACCAUUCGAAAGAGUGGGACGCAAAGCCUCCGGCCUAAACGGCAUUGCACUCCGCCGUAGGUAGCGGGGUUACCGAUGG
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3IYQ_A	[ FASTA input ]	GGGGGUGAAACGGUCUCGACGGGGGUCGCCGAGGGCGUGGCUGCGCGCCGAGGUGCGGGUGGCCUCGUAAAAACCCGCAACGGCAUAACUGCCAACACCAACUACGCUCUCGCGGCUUAAUGACCGCGACCUCGCCCGGUAGCCCUGCCGGGGGCUCACCGGAAGCGGGGACACAAACCCGGCUAGCCCGGGGCCACGCCCUCUAACCCCGGGCGAAGCUUGAAGGGGGCUCGCUCCUGGCCGCCCGUCCGCGGGCCAAGCCAGGAGGACACGCGAAACGCGGACUACGCGCGUAGAGGCCCGCCGUAGGGACCUUCGGACGGGGGUUCGACUCCCCCCACCUCCACCA
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	[ predicted structure ]	(((....................(((........(((.((((..(((((((...<<<<.<....))).....>.>>>>...............................((.((..........)).)).........(..((....aaa...))...)....................AAA....((.(((.....[.....[...))).))..........].....]....((.......(.....{{{..)........).).............}}}......)))).....))))))).......))).......(..((.......))..)....)))....
3IZ4_A	[ FASTA input ]	GGGGCUGAUUCUGGAUUCGACGGGAUUUGCGAAACCCAAGGUGCAUGCCGAGGGGCGGUUGGCCUCGUAAAAAGCCGCAAAAAAUAGUCGCAAACGACGAAAACUACCAUCAUCAUCAUCACAUGAGGAUCACCCAUGUAACGAUGAUGAUGCCUCUCUCCCUAGCCUCCGCUCUUAGGACGGGGAUCAAGAGAGGUCAAACCCAAAAGAGAUCGCGUGGAAGCCCUGCCUGGGGUUGAAGCGUUAAAACUUAAUCAGGCUAGUUUGUUAGUGGCGUGUCCGUCCGCAGCUGGCAAGCGAAUGUAAAGACUGACUAAGCAUGUAGUACCGAGGACGUAGGAAUUUCGGACGCGGGUUCAACUCCCGCCAGCUCCACC
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3IZF_C	[ FASTA input ]	GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUGUUAAGCUGGUAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
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	[ reference ext structure ]	(((((((((....((((((((....(((.(((...[(...].).)))...)))...)))))))).((((((((.()((((((((((..)))))))))).)))))))).))))))))). ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( )
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3J0L_1	[ FASTA input ]	GAAUGAUUAGAGGUUCCGGGGUCGAAAUGACCUUGACCUAUUCUCAAACU
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	[ reference ext structure ]	.((((((((.(((.(.(.(((((.....))))).))))).))))))..)) ( )
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3J0L_h	[ FASTA input ]	CACCGCCCGUCGCUUGUAGUAACGAAUGGUCUGGUGAACCUUCUGGACUGCGACAGCAAUGUUGCGGAAAAAUAAGUAAACCCUACCAUUUGGAACAACAAGAAGUCGUAA
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3J2C_O	[ FASTA input ]	UGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGUUGCAAAAGAAGUAGGUAGCUUAACCUUCGGGAGGGCGCUUACCACUUUGUGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUCA
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3J3E_8	[ FASTA input ]	AACUCUAAGCGGUGGAUCACUCGGCUCAUGGGUCGAUGAAGAACGCAGCAAACUGUGCGUCAUCGUGUGAACUGCAGGACACAUGAACAUCGACAUUUUGAACGCAUAUCGCAGUCCAUGCUG
	[ reference std structure ]	........................................((((((.[[.....))).....(.((((.....]]...........))))..)...)))....((.....))...........
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3J46_2	[ FASTA input ]	AAGGGUUCCUGUCCAACGUUAAUCGGGGCAGGGUGA
	[ reference std structure ]	.......((((((...((.....)).))))))....
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3J46_4	[ FASTA input ]	CUGAACAUUGAGCCUUGAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAAGUGUGGACGCCAGUCUGCAUGGAGCCGACCUUGAAAUACCACCCUUUAAUGUUUGAUGUUCUAA
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3J6V_A	[ FASTA input ]	CAUAGGUUUGGUCCCAGCCUUCCUGUUAACUCUUAAUAAACUUACACAUGCAAGCAUCUACACCCCAGUGAGAAUGCCCUCUAGGUUAUUAAAACUAAGAGGAGCUGGCAUCAAGCACACACCCUGUAGCUCACGACGCCUUGCUUAACCACACCCCACGGGAAACAGCAGUGACAAAAAUUAAGCCAUAAACGAAAGUUUGACUAAGUUAUAUUAAUUAGGGUUGGUAAAUCUCGUGCCAGCCACCGCGGUCAUACGAUUAACCCAAGCUAACAGGAGUACGGCGUAAAACGUGUUAAAGCACCAUACCAAAUAGGGUUAAAUUCUAACUAAGCUGUAAAAAGCCAUGAUUAAAAUAAAAAUAAAUGACGAAAGUGACCCUACAAUAGCCGACGCACUAUAGCUAAGACCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCUUAGCCCUAAACACAGAUAAUUACAUAAACAAAAUUAUUCGCCAGAGUACUACUAGCAACAGCUUAAAACUCAAAGGACUUGGCGGUGCUUUAUAUCCUUCUAGAGGAGCCUGUUCUAUAAUCGAUAAACCCCGAUAAACCUCACCAAUUCUUGCUAAUACAGUCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAAACCCUAAAAAGGAAAAAAAGUAAGCGUAAUUAUGAUACAUAAAAACGUUAGGUCAAGGUGUAACCUAUGAAAUGGGAAGAAAUGGGCUACAUUCUCUACACCAAGAGAAUCAAGCACGAAAGUUAUUAUGAAACCAAUAACCAAAGGAGGAUUUAGCAGUAAACUAAGAAUAGAGUGCUUAGUUGAAUUAGGCCAUGAAGCACGCACACACCGCCCGUCACCCUCCUCAAAUAGAUUCAGUGCAUCUAACCCUAUUUAAACGCACUAGCUACAUGAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGGAUAAAU
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3JB9_C	[ FASTA input ]	CGUCAAAGCACUUUGCAAAAGCUAACGUAUCUGUUUCUUGCCUUUUACCAGAAACAGCCGUUUGUAAGGUGUGCUAAUUUGACUGUAUAGUUUUUGUAAUCUUUU
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3JYV_7	[ FASTA input ]	GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA
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3JYX_5	[ FASTA input ]	GUUUGACCUCAAACAGGUAGGAGUACCCGCUGAACUUAAGCAUAUCAAUAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACCGGGAUUGCCUUAGUAACGGCGAGUGAAGCGGCAAAAGCUCAAAUUUGAAAUCUGGUACCUUCGGUGCCCGAGUUGUAAUUUGGAGAGGGCAACUUUGGGGCCGUUCCUUGUCUAUGUCCUUGGAACAGGACGUCAUAGGGGGUGAGAAUCCCGUGUGCGAGGAGUGCGGUUCUUUGUAAAGUGCCUUCGAAGAGUCGAGUUGUUUGGGAAUGCAGCUCUAAGUGGGUGGAAAUUCAUCUAAAGCUAAAUAUUGGCGAGAGACCGAUAGCGAACAAGUACAGUGAUGGAAAGAUGAAAAGAACUUUGAAAAGAGAGUGAAAAAGUACGUGAAAUUGUUGAAAGGGAAGGGCAUUUGAUCACAUGGUGUUUUGUGCCCUCUGCUCCUUGUGGGUAGGGGAAUCUCGCAUUUCACUGGGCCAGCAUCAGUUUUGGUGGCAGGAUAAACCCAUAGGAAUGUAGCUUGCCUCGGUAAGUAUUAUAGCCUGUGGGAAUACUGCCAGCUGGGACUGAGUGAAAUGACGUAAGUCAAGGAUGCUGGCAUAAUGGUUAUAUGCCGCCCGUCUUGAAACACGGACCAAGGAGUCUAACGUCUAUGCGAGUGUUUGGGUAAACCAUACGCGUAAUGAAAGUGAGCGUAGGUUGGGGCCUCGCAAGAGGUGCACAAUCGACCGAUCCUGAUGUCUUCGGAUGGAUUUGAGUAAGAGCAUAGCUGUUGGGACCCGAAAGAUGGUGAACUAUGCCUGAAUAGGGUGAAGCCAGAGGAAACUCUGGUGGAGGCUCGUAGCGGUUUGACGUGCAAAUCGAUCGUCGAAUUUGGGUAUAGGGGCGAAAGACUAAUCGAACCAUCUAGUAGCUGGUUCCUGCCGAAGUUUCCCUCAGGAUAGCACGAAGCUCGUUUUAUGAGGUAAGCAAUGAUUAGAGGUCGGGGUCGAAAGACCUUGACCUAUUCUCAAACUUUAAAUAUGUAAGAAGUCCUUGUUACUUAAUUGAACGUGGACAUUUGAAUGAGAGCUUUUAGUGGGCCAUUUUUGGUAAGCAGAACUGGCGAUGCGGGAUGAACCGAACGUAGAGUUAAGGUGCCGGAAUACACGCUCAUCAACAAAAGGUGUUAGUUCAUCUAGACAGCCGGACGGUGGCCAUGGAAGUCGGAAUCCGCUAAGGAGUGUGUAACAACUCACCGGCCGAAUGAACUAGCCCUGAAAAUGGAUGGCGCCAAGCGUGUUACCUAUACUCUACCGUCAGGGUGCCCUGACGAGUAGGCAGGCGUGGAGGUCGUGACGAAGCCUGACCGUAAGGUCGGGUCGAACGGCCUCUAGUGCAGAUCUUGGUGGUAGUAGCAAAUAUUCAAAUGAGAACUUUGAAGACUGAAGGGGGAAAGGUUCCACGUCAACAGCAGUUGGACGUGGGUUAGUCGAUCCUAAGAGAUGGGGAAGCUCCGUUUCAAAGGCCUGAUUUUAUGCAGGCCACCAUCGAAGGGAAUCCGGUUAAGAUUCCGGAACCUGGUGGUUCUUCACGGUAACGUAACUGAAUGUGGAGACGUCGCGAGCCCUGGGAGGAGUUAUCUUUUCUUCUUAACAGCUUAUCACCCGAAUUGGUUUAUCCGGAAUGGGGUCUUAUGGCUGGAAGAGGCCAGCACCUUUGCUGGCUCCGGUGCGCUUGACGGCCGUGAAAAUCCACAGGAAGGAAUAGUUUUCAUGCCAGGUCGUACUGAUAACCGCAGCAGGUCUCCAAGGUGAACAGCCUCUAGUUGAUAGAAUAAUGUGAUAAGGGAAGUCGGCAAAAUAGAUCCGUAACUUCGGGAUAAGGAUUGGCUCUAAGUUAGAACUGGUACGGACAAGGGGAAUCUGACUGUCUAAUUAAAACAUAGCAUUGCGAUGGUCAAAAGUGAUGUUGACGCAAUGUGAUUUCUGCCCAGUGCUCGAAUGUCAAAGUGAAGAAAUUCAACCAAGCGCGGGUAAACGGCGGGAGUAACUAUGACUCUCUUAAGGUAGCCAAAUGCCUCGUCAUCUAAUUAGUGACGCGCAUGAAUGGAUUAACGAGAUUCCCACUGUCCCUAUCUACUAUCUAGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCUUGGCAGAAUCAGCGGGGAAAGAAGACCCUGUUGAGCUUGACUCUAGUUUGACAUUGUGAAGAGACAUAGAGGGUGUAGAAUAAGUGGGAGCUUCGGCGCCAGUGAAAUACCACUACCUUUAUGUUUCUUUACUUAUUCAAUGAAGCGGAGCUGGAAUUAAUUUUCCACAUCCUUGUGUAUAGGGUCCCAUUCGGGGCUGAUCCGGGUUGAAGACAUUGUCAGGUGGGGAGUUUGGCUGGGGCGGCCAUCUGUUAAACGAUAACGCAGAUGUCCUAAGGGGGGCUCAUGGAGAACAGAAAUCUCCAGUAGAACAAAAGGGUAAAAGCCCCCUUGAUUUUGAUUUUCGUGUGAAUACAAACCAUGAAAGUGUGGCCUAUCGAUCCUUUAGCCUCGAAUUUGAGGCUAGAGGUGCCAGAAAAGUUACCACAGGGAUAACUGGCUUGUGGCAGUCAAGCGUUCAUAGCGACAUUGCUUUUUGAUUCUUCGAUGUCGGCUCUUCCUAUCAUACCGAAGCAGAAUUCGGUAAGCGUUGGAUUGUUCACCCACUAAUAGGGAACGUGAGCUGGGUUUAGACCGUCGUGAGACAGGUUAGUUUUACCCUACUGAUGAAUGUUACCGCAAUAGUAAUUGAACUUAGUACGAGAGGAACAGUUCAUUCGGAUAAUUGGUUUUUGCGGCUGUCUGAUCAGGCAUUGCCGCGAAGCUACAUCCGCUGGAUUAUGGCUGAACGCCUCUAAGUCAGAAUCCAUGCUAGAACGCGGUGAUUUCUUUGCUCCACACAAUAUGUACCUUUUGUAUAAUGGCGUCCUUGUGGCGUCUACCUUUUGUAUAAUGCUAGCAACGGUGCACUUGGCGGAAAGGCCUUGGGUGCUUGCUGGCGUGAAAUUGAACUAUUUUGCGUGGGGAAAAUCAUUUGUAUACGACUUAGAUGUACAAGGGGUAUUGUAAGCAGUAGAGUAGCCUUGUUGUUACGAUCUGCUGAGAUUACCUUUUGUCUGAUUUGU
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3KTW_C	[ FASTA input ]	AGAUAGUCGUGGGUUCCCUUUCUGGAGGGAGAGGGAAUUCCACGUUGACCGGGGGAACCGGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACCGUGCCCGGCUAUC
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3LA5_A	[ FASTA input ]	GGCUUCAUAUAAUCCGAAUGAUAUGGUUUCGGAGCUUCCACCAAGAGCCUUAAACUCUUGACUAUGGAGUC
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3NDB_M	[ FASTA input ]	GUCUCGUCCCGUGGGGCUCGGCGGUGGGGGAGCAUCUCCUGUAGGGGAGAUGUAACCCCCUUUACCUGCCGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAGGCAGGACGUCGGCGCUCACGGGGGUGCGGGAC
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3NKB_B	[ FASTA input ]	GGUCCGCAGCCUCCUCGCGGCGCAAGCUGGGCAACAUUCCGAAAGGUAAUGGCGAAUGCGGACC
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3NMU_E	[ FASTA input ]	GCCGUUGAAGCUCUGACCGAAAGGCGUGAUGAGC
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3NPB_A	[ FASTA input ]	GUUCUUAUCAAGAGAAGCAGAGGGACUGGCCCGACGAAGCUUCAGCAACCGGUGUAAUGGCGAAAGCCAUGACCAAGGUGCUAAAUCCAGCAAGCUCGAACAGCUUGGAAGAUAAGAAC
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3O58_2	[ FASTA input ]	GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
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3O58_3	[ FASTA input ]	AAACUUUCAACAACGGAUCUCUUGGUUCUCGCAUCGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUGAAUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAAUCUUUGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUGCCUGUUUGAGCGUCAUUU
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3OVS_D	[ FASTA input ]	GGAAGUAGAUGGUUCAAGUCCAUUUACUUCCACC
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3P22_G	[ FASTA input ]	GCUGGGUUUUUCCUUCGAAAGAAGGUUUUUAUCCCAGUC
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3RKF_A	[ FASTA input ]	GGCCAUAUAACUGCGUGGAUAUAGCACGCAGGUUUCUACCGGGCACUGUAAAUGUCCGACUAUGGUC
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3SIU_F	[ FASTA input ]	CUGUCCAAUGAGCGCAUAGUGAGGGCAG
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3U4M_B	[ FASTA input ]	GGGAUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGUGAACCCCCGCCUCCGGGUGGGGGGGAGGCGCCGGUGAAAUACCACCCUUCCC
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3VJR_D	[ FASTA input ]	GGGGGCUAAGCGGUUCGAUCCCGCUUAGCUCCACCA
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3W3S_B	[ FASTA input ]	GGGAGAGGUUGGCCGGCUGGUGCCGCCCCGGGACUUCAAAUCCCGUGGGAGGUCCCGCAAGGGAGCUCCGGAGGGUUCGAUUCCCUCCCUCUCCCGCC
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3ZEX_E	[ FASTA input ]	UGGAAAUGCGAAACACUUGCCAGGUGACCCAUCCAUCCUCCCACGGUGAGCUUUCUUUUCACCAUAAUCCACAUCUCCGGCCUUGCUGGGGCUUGGGCCUCUCGACUUCUCGCGUUACUCGGAGCGGGGGCUCAAGAUUGAAAAAUGCAGCUCACCCUACGUACUGUCCUUUGUUGUGAGUUCGGCGCAUUAAAGCAAAAACCUGGGGUG
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3ZEX_B	[ FASTA input ]	UCCCAACUGCAGACCGUACUCAUCACCGCAUCAGGUCCCCAAGCAUCGAAUGCUCUGGUAACAUAGAGAAAGGUACACUCAGGGAAGUCGGCAAAAUAGAUGCGUAAGUUCGCAAGAAGCAUUGGCUCUGAGGGCAAAGUGGGGGUCCACAGGAGGGCCAGUGUCCUUUGAAGGCUACCCUCCCGAGCCGUAUCUACUAACCUCCUUCUGGUGUGUUGUUUUUACGUCUCACUCCCGCGCAGGUGUUUUCGCUUCCUUUUUUUGGUUGCGCACCUACAAAUUGCCAACUCAGAACUGCUUACGGCGGGGAAUCCAACUGUAUAAUUAAAACAUAGGUUUGUGAUGCAUCCAAGUGGUGUAUGUCGCAAACUGAUUUCUGCCCAGUGCUCUGAAUGUCAACGUGAGAGAUUCACCGACGCGCGGGUAAACGGCGGGAGUAACUAUGACUCUCUUAAGGUAGCCAAAUGCCUCGUCUUCCAAUUAGAGACGCGCAUGAAUGGAUUAAUGAGAUUCCCUCUGUCCCGAGUUACUAUCUAGCGAAACGACAGUCAAGGGAACGGACUUGAAGGGCUAAGCGGGGAAAGAAGACCCUGUUGAGUUUGACUCCAGUCUGGCUCUGUGCGGCGACUUUGGAGGUGUAGUAUAGGUGGAAGCGCAAGCUCAAAUGAAAUACCACCACUCGGAACGUUGCUUCACUUAUCGAAUGAAGAGACCAAUGGUUGUUUUGCGCAGUCUUCGGGCUGUGCGCCGUCUAGGCUGGGCAUAAUUGUGGUGUUUCUUUCACCGCCACGGGAGGGGUGUUGGUUUUUUAUCCUCCUCUCCGUUUCUCCUUUUCUCUCUUUCUCCCUUUUUUUGGGCGUUUGAGGGUUGGUGACCCGUGGGCGCCCACGCGUGCGGAACUACUGCGCCAACGGGGUGGGAACUUUUCGUUUCUUCUCCGGAGUCUUGUUUCGAGACAUCUGCCAGAUGGGGAGUUUGGCUGGGGCGGCAUAUCUGUUACACGACAACGCAGGUGUCCUAAGGCGAGCUCAGUGGGAACAGAAAUCUCACGUGGAACACAAGCGUAAAUGCUUGCUUGAUUAACGAUUUCCAGUACGAAUCGAGACUGCGAAAGCAAGGCCAGCGAUCCUUUGCGAAGAACAGGAAAUAUGAACAAAUCAUACCAGAGGUGUCAGAAUAAUUACCACAGGGAUAACUGGCUUGUGGCGGCCAAGCGUUCAUAGCGACGUCGCUUUUUGAUCCUUCGAUGUCGGCUCUUCCUAACCUAGCGCCGCAGAAGACGCUAAGGGUUGGAUUGUUCACCCACUGACAGGGAACGUGAGCUGGGUUUAGACCGUCGUGAGACAGGUUGGUUUUACCCUACUUGGCUGGAGAUUGCGAGUAAAAGAUUAUCCGCGCAAAGCGGAGGCAGUCCGUUUUUUUCUGGGUCUGCCGUUCGGUGGCAUGUGCUUGGCGCUGCCAUCUC
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3ZEX_H	[ FASTA input ]	UUUUGUCCCUCUCCAAACGAGAGUACAUGCAUGGGCUGGCAUGAGCGGCACGCUCCACGACCGUGGGGCUCGAGGGGCACUUUACGUCCCGAGGCGCUGAACCUUGAUGCUUGGAAUUUCAUGCUCAGGGACUUU
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3ZEX_F	[ FASTA input ]	CGAAUCGCCACUUCUCUUAUCUGGGUGCUCUGCCCGCCCUUGUCGGCGCCCAGUACCUUCAUUUUCACAAGAU
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3ZEX_D	[ FASTA input ]	GGGUACGACCAUACUUGGCCGAAUGCACCAUAUCCCGUCCGAUUUGUGAAGUUAAGCGGCCACAGGCCUCGUUAGUACGGCGAUCAGUGAUGGCGCUGGAACCCGGGGUGUUGUACUCU
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4A1C_2	[ FASTA input ]	AGAAAAUUUUCAACGGUGGAUAUCUAGGUUCCCGUGACGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGCAAUGCGAAUUGCAGAACCGCGAGUCAUCAGAUCUUUGAACGCAAGUGGUGGAGGUGUAAAAACCUUCAUGUUUGUUUCAGUGUGGAA
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4A4U_A	[ FASTA input ]	GGACCCGGCUGACGCUGGGUCC
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4ATO_G	[ FASTA input ]	AAAUUGGUGUAACCUUACCGUAGUAGGUGCUAA
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4BY9_A	[ FASTA input ]	GCGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGAAAGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGC
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	[ reference ext structure ]	((((((...((((.............(((((((((..)))))...)))).............)))))))))) ( )
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4BYQ_N	[ FASTA input ]	GUCGCGCCUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGUGAACCCCCGCCUCCGGGUGGGGGGGAGGCGCCGGUGAAAUACCACCCUGGCGCGG
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4C4Q_N	[ FASTA input ]	GACUAGCCGUAGUGGCGAGCUCCCUGGGUGGUCUAAGUCCUGAGUACAGGACAGUCGUCAGUAGUUCGACGUGAGCACUAGCCCACCUCGAGAUGCUACGUGGACGAGGGCAUGCCCAAGACACACCUUAACCCUGGCGGGGGUCGCUAGGGUGAAAUCACAUUAUGUGAUGGGGGUACGACCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUAGCAGGCUAGUAUAAAAAUCUCUGC
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4UYJ_R	[ FASTA input ]	GGGGCUAGGCCGGGGGGUUCGGCGUCCCCUGUAACCGGAAACCGCCGAUAUGCCGGGGCCGAAGCCCGAGGGGCGGUUCCCGUAAGGGUUCCCACCCUCGGGCGUGCCU
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4UYK_R	[ FASTA input ]	GGGGCUAGGCCGGGGGGUUCGGCGUCCCCUGUAACCGGAAACCGCCGAUAUGCCGGGGCCGAAGCCCGAGGGGCGGUUCCCGAAGCCGCCUCUGUAAGGAGGCGGUGGAGGGUUCCCACCCUCGGGCGUGCCU
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5AXW_B	[ FASTA input ]	GGAAAUUAGGUGCGCUUGGCGUUUUAGUACUCUGGAAACAGAAUCUACUAAAACAAGGCAAAAUGCCGUGUU
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5F9F_D	[ FASTA input ]	GAAUAUAAUAGUGAUAUUAUAUUC
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5F9R_A	[ FASTA input ]	GCGCAUAAAGAUGAGACGCGUUUUAGAGCUAUGCUGUUUUGAAAAAAACAGCAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUU
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5GAP_U	[ FASTA input ]	UUCUUGCCUUUUACCAGAAC
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5HLF_E	[ FASTA input ]	UACCCCCCCUUCGGUGCUUUGCACCGAAGGGGGGG
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	[ reference ext structure ]	..(((((((((((((((...)))))))))))))))
	[ predicted structure ]	(.((((((.((((((((...)))))))))))))))

N/A - RNA 2D structure in Vienna format could not have been generated (most likely due to difficult to represent pseudoknot structure). Check secondary structure file for details.
std - standard base pair definition
ext - extended base pair definition