CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods

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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - DotKnot

1VX6_B	[ FASTA input ]	GACUCGUUCAUACUACAGUGGAUACACCAGAUCCCAUCAGAACUCUGAAGUUAAGCACUGUAAGGCUUGGCUAGUACUGAGGUGGGAGACCGCUCGGGAACACCAGGUGAUGAGUCAG
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2M12_A	[ FASTA input ]	GGGUGUAUUGGAAAUGAGCACCC
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2MF0_G	[ FASTA input ]	UGUCGACGGAUAGACACAGCCAUCAAGGACGAUGGUCAGGACAUCGCAGGAAGCGAUUCAUCAGGACGAUGA
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2MHI_A	[ FASTA input ]	GGAAACGCCGCGGUCAGCUCGGCUGCUGCGAAGAGUUCGUCUCUGUUGUUUCC
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2MI0_B	[ FASTA input ]	GCGGCAGUUGACUACUGUCGC
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2MIY_A	[ FASTA input ]	GCUUGGUGCUUAGCUUCUUUCACCAAGCAUAUUACACGCGGAUAACCGCCAAAGGAGAA
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2MS1_B	[ FASTA input ]	GGCUCGUUGGUCUAGGGGUAUGAUUCUCGCUUAGGGUGCGAGAGGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGACGAGCC
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2N0R_A	[ FASTA input ]	CUGAGCUCGAAAGAGCAAUGAUG
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2N1Q_A	[ FASTA input ]	GGUGCCCGUCUGUUGUGUGACUCUGGUGAGAGCCAGAGGAGAUCUCUCGACGCAGGACUCGGCUUGCUGGAGACGGCAAGAGGCGAGGGGCGGCGACUGGUGAGUACGCCAAAAAUUUUGACUAGCGGAGGCUAGAAGGAGAGAGAUGGGUGCCC
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2N2O_A	[ FASTA input ]	GCAUGUUUUCUGUGAAAACGGUU
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2N7M_X	[ FASTA input ]	GGCCUUAUGCACGGGAAAUACGCAUAUCAGUGAGGAUUCGUCCGAGAUUGUGUUUUUGCUGGUGUAAAUCAGCAGUUCCCCUGCAUAAGGCU
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2N8V_X	[ FASTA input ]	GGAACAGCUGUACUGGGCAGUUACAGCAGUCGUAUGGUAACACAUGCGGCGUUCCGAAAUACCAUGCCUG
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3J46_4	[ FASTA input ]	CUGAACAUUGAGCCUUGAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAAGUGUGGACGCCAGUCUGCAUGGAGCCGACCUUGAAAUACCACCCUUUAAUGUUUGAUGUUCUAA
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3J5B_1	[ FASTA input ]	GGGUGAUUAGCUCAGCUGGGAGAGCACCUCCCUUACAAGGAGGGGGUCGGCGGUUCGAUCCCGUCAUCACCCACCA
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3J6V_A	[ FASTA input ]	CAUAGGUUUGGUCCCAGCCUUCCUGUUAACUCUUAAUAAACUUACACAUGCAAGCAUCUACACCCCAGUGAGAAUGCCCUCUAGGUUAUUAAAACUAAGAGGAGCUGGCAUCAAGCACACACCCUGUAGCUCACGACGCCUUGCUUAACCACACCCCACGGGAAACAGCAGUGACAAAAAUUAAGCCAUAAACGAAAGUUUGACUAAGUUAUAUUAAUUAGGGUUGGUAAAUCUCGUGCCAGCCACCGCGGUCAUACGAUUAACCCAAGCUAACAGGAGUACGGCGUAAAACGUGUUAAAGCACCAUACCAAAUAGGGUUAAAUUCUAACUAAGCUGUAAAAAGCCAUGAUUAAAAUAAAAAUAAAUGACGAAAGUGACCCUACAAUAGCCGACGCACUAUAGCUAAGACCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCUUAGCCCUAAACACAGAUAAUUACAUAAACAAAAUUAUUCGCCAGAGUACUACUAGCAACAGCUUAAAACUCAAAGGACUUGGCGGUGCUUUAUAUCCUUCUAGAGGAGCCUGUUCUAUAAUCGAUAAACCCCGAUAAACCUCACCAAUUCUUGCUAAUACAGUCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAAACCCUAAAAAGGAAAAAAAGUAAGCGUAAUUAUGAUACAUAAAAACGUUAGGUCAAGGUGUAACCUAUGAAAUGGGAAGAAAUGGGCUACAUUCUCUACACCAAGAGAAUCAAGCACGAAAGUUAUUAUGAAACCAAUAACCAAAGGAGGAUUUAGCAGUAAACUAAGAAUAGAGUGCUUAGUUGAAUUAGGCCAUGAAGCACGCACACACCGCCCGUCACCCUCCUCAAAUAGAUUCAGUGCAUCUAACCCUAUUUAAACGCACUAGCUACAUGAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGGAUAAAU
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3J7A_7	[ FASTA input ]	GGGUAAUUGGCGCAGUUGGUUAGCGCGCGGGUCUCAUAAUCCCGAGGUCGUGAGUUCGAUCCUCACAUUACCCA
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3JB9_N	[ FASTA input ]	GAUCUUCGGAUCACUUUGGUCAAAUUGAAACGAUACAGAGAAGAUUAGCAUGGCCCCUGCACAAGGAUGACACUGCGACAUUGAGAGAAA
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3JB9_C	[ FASTA input ]	CGUCAAAGCACUUUGCAAAAGCUAACGUAUCUGUUUCUUGCCUUUUACCAGAAACAGCCGUUUGUAAGGUGUGCUAAUUUGACUGUAUAGUUUUUGUAAUCUUUU
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3WC1_P	[ FASTA input ]	GCCAUCAUAGUAUAGUGGUCAUUAUAAAUCGUUGUGGCCGAUUAGACCCAAGUUCGAUUCUUGGUGAUGGCAC
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3WQY_C	[ FASTA input ]	GGGCUCGUAGCUCAGCGGGAGAGCGCCGCCUUUGCGAGGCGGAGGCCGCGGGUUCAAAUCCCGCCGAGUCCACCA
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4BYQ_N	[ FASTA input ]	GUCGCGCCUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGUGAACCCCCGCCUCCGGGUGGGGGGGAGGCGCCGGUGAAAUACCACCCUGGCGCGG
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4CXG_1	[ FASTA input ]	CGCCCGUCGCUACUACCGAUUGGAUGGUUUAGUGAGGCCCUCGGAUCGGCCCCGCCGGGGUCGGCCCACGGCCCUGGCGGAGCGCUGAGAAGACGGUCGAACUUGACUAUCUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAA
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4KR7_X	[ FASTA input ]	GCCCGGAUAGUGUCCUUGGGAAACCAAGUCCGGGCACCA
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N/A - RNA 2D structure in Vienna format could not have been generated (most likely due to difficult to represent pseudoknot structure). Check secondary structure file for details.
std - standard base pair definition
ext - extended base pair definition