CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - MCFold
2K5Z_A (ext)
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2KZL_A (ext)
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2L94_A
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( )
( )
( )
( )
( )
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2LA5_A
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( )
( )
( )
( )
( )
( )
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2LC8_A
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( )
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2LDL_A
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2LI4_A
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( )
( )
( )
( )
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2LKR_A
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( )
( )
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2LUN_A
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2LV0_A
[ FASTA input ]
GGGCUAAUGUUGAAAAAUUAGCCC
[ reference std structure ]
(((((((..........)))))))
[ reference ext structure ]
(((((((.(......).)))))))
[ predicted structure ]
((((((((.((..)).))))))))
2LV0_A (ext)
[ FASTA input ]
GGGCUAAUGUUGAAAAAUUAGCCC
[ reference std structure ]
(((((((..........)))))))
[ reference ext structure ]
(((((((.(......).)))))))
[ predicted structure ]
(((((((((((..)))))))))))
2LWK_A (ext)
[ FASTA input ]
GAGUAGAAACAAGGCUUCGGCCUGCUUUUGCU
[ reference std structure ]
.(((((((.(..(((....))).).)))))))
[ reference ext structure ]
.((((((((((.(((....)))))))))))))
[ predicted structure ]
.(((((((((.(((((..))))))))))))))
2LWK_A
[ FASTA input ]
GAGUAGAAACAAGGCUUCGGCCUGCUUUUGCU
[ reference std structure ]
.(((((((.(..(((....))).).)))))))
[ reference ext structure ]
.((((((((((.(((....)))))))))))))
[ predicted structure ]
.(((((((.(.(((((..)))))).)))))))
2M12_A (ext)
[ FASTA input ]
GGGUGUAUUGGAAAUGAGCACCC
[ reference std structure ]
((((((...........))))))
[ reference ext structure ]
((((((...........))))))
[ predicted structure ]
((((((.((((..))))))))))
2M12_A
[ FASTA input ]
GGGUGUAUUGGAAAUGAGCACCC
[ reference std structure ]
((((((...........))))))
[ reference ext structure ]
((((((...........))))))
[ predicted structure ]
((((((.(((....)))))))))
2M58_A (ext)
[ FASTA input ]
GAAGAAAGGGCUUCGGCCACUCAAACUACAGAGACGCCAGUCACUCAGAUAUCCUGGU
[ reference std structure ]
...((...(((....)))..))........(((...[[[[...))).......]]]].
[ reference ext structure ]
((.((((.((((..)))))))).)).....(((...[[[[...))).......]]]].
[ predicted structure ]
((((((((((((..)))))))...)))))(((((((..)))))))((((...))))..
2M58_A
[ FASTA input ]
GAAGAAAGGGCUUCGGCCACUCAAACUACAGAGACGCCAGUCACUCAGAUAUCCUGGU
[ reference std structure ]
...((...(((....)))..))........(((...[[[[...))).......]]]].
[ reference ext structure ]
((.((((.((((..)))))))).)).....(((...[[[[...))).......]]]].
[ predicted structure ]
(.((.(..((((..))))..)....)).)((.(((....))).))(((.....)))..
2M8K_A
[ FASTA input ]
GGUUUCUUUUUAGUGAUUUUUCCAAACCCCUUUGUGCAAAAAUCAUUA
[ reference std structure ]
(((((......[[[[[[[[[[[[))))).....].].]]]]]]]]]].
[ reference ext structure ]
((((([{<abcddddd......d))))).....D.].}>ABCDDDDD.
( )
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
..........((((((((((((((((....)))).).)))))))))))
2M8K_A (ext)
[ FASTA input ]
GGUUUCUUUUUAGUGAUUUUUCCAAACCCCUUUGUGCAAAAAUCAUUA
[ reference std structure ]
(((((......[[[[[[[[[[[[))))).....].].]]]]]]]]]].
[ reference ext structure ]
((((([{<abcddddd......d))))).....D.].}>ABCDDDDD.
( )
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
..........(((((((((((((((((..))))).).)))))))))))
2MHI_A (ext)
[ FASTA input ]
GGAAACGCCGCGGUCAGCUCGGCUGCUGCGAAGAGUUCGUCUCUGUUGUUUCC
[ reference std structure ]
((((((((...((.((((...))))))..(...((.....)).)).)))))))
[ reference ext structure ]
((((((((..(((.((((...))))))).(..(((.....))))).)))))))
[ predicted structure ]
(((((((((((((.((((...))))))))).(((((...)))))).)))))))
2MHI_A
[ FASTA input ]
GGAAACGCCGCGGUCAGCUCGGCUGCUGCGAAGAGUUCGUCUCUGUUGUUUCC
[ reference std structure ]
((((((((...((.((((...))))))..(...((.....)).)).)))))))
[ reference ext structure ]
((((((((..(((.((((...))))))).(..(((.....))))).)))))))
[ predicted structure ]
(((((((((((((.((((...))))))))).((((.....))))).)))))))
2RP0_A
[ FASTA input ]
UCCGGUCGACUCCGGAGAAACAAAGUC
[ reference std structure ]
(((((..[.[.)))))........].]
[ reference ext structure ]
((([{<a(....])))......}>A.)
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((......)))))((.......))
2RP0_A (ext)
[ FASTA input ]
UCCGGUCGACUCCGGAGAAACAAAGUC
[ reference std structure ]
(((((..[.[.)))))........].]
[ reference ext structure ]
((([{<a(....])))......}>A.)
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((....))))))((((...))))
2RPT_A (ext)
[ FASTA input ]
GGCCCGCCGAAAGGCCGGCC
[ reference std structure ]
((((.(((....))).))))
[ reference ext structure ]
((((.(((....))).))))
[ predicted structure ]
(((((((((..)))))))))
2RPT_A
[ FASTA input ]
GGCCCGCCGAAAGGCCGGCC
[ reference std structure ]
((((.(((....))).))))
[ reference ext structure ]
((((.(((....))).))))
[ predicted structure ]
((((.(((....))).))))
2RRC_A
[ FASTA input ]
GGACCCACCACGGCGAGGUCCA
[ reference std structure ]
((((((.(....).).))))).
[ reference ext structure ]
(((((((((..)))).))))).
()
[ predicted structure ]
((((((.((..)).).))))).
2RRC_A (ext)
[ FASTA input ]
GGACCCACCACGGCGAGGUCCA
[ reference std structure ]
((((((.(....).).))))).
[ reference ext structure ]
(((((((((..)))).))))).
()
[ predicted structure ]
(((((((((..)))).))))).
2WRQ_Y (ext)
[ FASTA input ]
GCUGAUAUAGCUCAGUUGGUAGAGCGCACCCUUGGUGAGGGUGAGGUCGGCAGUUCGAAUCUGCCUAUCAGCACCA
[ reference std structure ]
.((...(..(..............)..((((.......)))).......(.............).)...)).....
[ reference ext structure ]
.((.(.({<(...}....(..(>.)..((((.......))))...)...[...[.).].....].)..))).....
( )
( )
[ predicted structure ]
((((...)))).(((((((((((((((((((((...))))))))))))((((((...)..))))))))))))))..
2WRQ_Y
[ FASTA input ]
GCUGAUAUAGCUCAGUUGGUAGAGCGCACCCUUGGUGAGGGUGAGGUCGGCAGUUCGAAUCUGCCUAUCAGCACCA
[ reference std structure ]
.((...(..(..............)..((((.......)))).......(.............).)...)).....
[ reference ext structure ]
.((.(.({<(...}....(..(>.)..((((.......))))...)...[...[.).].....].)..))).....
( )
( )
[ predicted structure ]
((((...))))...(((((((((.(.(((((((...))))))).).))(((((.......))))))))))))....
2WW9_F (ext)
[ FASTA input ]
CCACGUCAACAGCAGUUGGACGUGG
[ reference std structure ]
((((((...((.....)).))))))
[ reference ext structure ]
(((((((...(.....)).))))))
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((((....))).)))))))
2WW9_D
[ FASTA input ]
AGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUGAAUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAAUCUUUG
[ reference std structure ]
.((((............).....(.((....(((....)))..........))..)...))).
[ reference ext structure ]
(((({([<(.(.)..].}..)>((((((...(((..).))).......)..)).)).).))))
( )
( )
( )
( )
()
( )
()
[ predicted structure ]
(..(((.(.((.....)).).)))..)((((.((((.((..)).)))).))))((((..))))
2WW9_E
[ FASTA input ]
UGAAAAGAACUUUGAAAAGAGAGUGAAAAAGUAC
[ reference std structure ]
......(..((((....))))............)
[ reference ext structure ]
[(..])(.((((((..))))))({(..}.))..)
( )
( )
[ predicted structure ]
(..((((..))))..)..(.(..(....)..).)
2WW9_E (ext)
[ FASTA input ]
UGAAAAGAACUUUGAAAAGAGAGUGAAAAAGUAC
[ reference std structure ]
......(..((((....))))............)
[ reference ext structure ]
[(..])(.((((((..))))))({(..}.))..)
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((..)))))))..(((((((..)))))))
2WW9_F
[ FASTA input ]
CCACGUCAACAGCAGUUGGACGUGG
[ reference std structure ]
((((((...((.....)).))))))
[ reference ext structure ]
(((((((...(.....)).))))))
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((((....))).)))))))
2WW9_D (ext)
[ FASTA input ]
AGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUGAAUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAAUCUUUG
[ reference std structure ]
.((((............).....(.((....(((....)))..........))..)...))).
[ reference ext structure ]
(((({([<(.(.)..].}..)>((((((...(((..).))).......)..)).)).).))))
( )
( )
( )
( )
()
( )
()
[ predicted structure ]
((((((((((((...))))))))))))((((((((((((..))))))))))))((((..))))
2WWQ_V
[ FASTA input ]
CGGCACGUAGCGCAGCCUGGUAGCGCACCGUCAUGGGGUGUCGGGGGUCGGAGGUUCAAAUCCUCUCGUGCCGACCA
[ reference std structure ]
(((((((..((((.........)))).(((.(.......).))).....((.((.......)).)))))))))....
[ reference ext structure ]
((((((((.[[[[)(.......]]].((((.((....).).))))]..)((.(((...)..)).)))))))))....
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
((..(((..((((.((...)).))))..)))..))((.((.((.(((..(((..(..)..))).))).)).)).)).
2WWQ_V (ext)
[ FASTA input ]
CGGCACGUAGCGCAGCCUGGUAGCGCACCGUCAUGGGGUGUCGGGGGUCGGAGGUUCAAAUCCUCUCGUGCCGACCA
[ reference std structure ]
(((((((..((((.........)))).(((.(.......).))).....((.((.......)).)))))))))....
[ reference ext structure ]
((((((((.[[[[)(.......]]].((((.((....).).))))]..)((.(((...)..)).)))))))))....
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((((((((((...))))))))))))))))(((((((((((((.((((((..))))))))))))))))))).
2XKV_B
[ FASTA input ]
CUCUGUUGGUUCUCUGUGCUCUGUGCUCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGAAAGGAAGCAGCCAAGGCAGAGACGCAGAGCAGGCAGAUGUAGCUGGC
[ reference std structure ]
.........(....(....((.......(((......((.....((......)).....))...)))........).)......)....)......
[ reference ext structure ]
.........(...(((...(((.....((((......((....(((.(.)..)).)...))...))).).....)).).....)))...)......
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
.((.((((..(((.(.((((((((((((((.((....)).))).(((....)))..(.(((..))).))).))))))))).).)))..)))).)).
2XKV_B (ext)
[ FASTA input ]
CUCUGUUGGUUCUCUGUGCUCUGUGCUCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGAAAGGAAGCAGCCAAGGCAGAGACGCAGAGCAGGCAGAUGUAGCUGGC
[ reference std structure ]
.........(....(....((.......(((......((.....((......)).....))...)))........).)......)....)......
[ reference ext structure ]
.........(...(((...(((.....((((......((....(((.(.)..)).)...))...))).).....)).).....)))...)......
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
.((((((((((((((((((((((((((((((((....))))))(((((..))))).(((((..))))))).)))))))))))))))))))))))).
2XQD_Y
[ FASTA input ]
AGGGGCGUAGUUCAAUUGGUAGAACACCGGUCUCCAAAACCGGGUGUUGGGAGUUCGAGUCUCUCCGCCCCUGCCA
[ reference std structure ]
((.((((..((((........))))((((((.......))))).)...(((((.......))))))))).))....
[ reference ext structure ]
((((((((({{.[)(......])}.(((((((.....))))))})..)(((((.......))))))))))))....
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((.(((((.((..)).))).(((((.((((((.((...)).))).))).))).))..)).)))))))....
2XQD_Y (ext)
[ FASTA input ]
AGGGGCGUAGUUCAAUUGGUAGAACACCGGUCUCCAAAACCGGGUGUUGGGAGUUCGAGUCUCUCCGCCCCUGCCA
[ reference std structure ]
((.((((..((((........))))((((((.......))))).)...(((((.......))))))))).))....
[ reference ext structure ]
((((((((({{.[)(......])}.(((((((.....))))))})..)(((((.......))))))))))))....
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((((((((((..))))))((((((((((((((((...)))))).))))))).))).))))))))))....
2XXA_G
[ FASTA input ]
GCAUUGCUGGUGCAGCGCAGCGCGGACGCCCGAACCUGGUCAGAGCCGGAAGGCAGCAGCCAUAAGGGAUGCUUUGCGGGUGCCGUUGCCUUCCGGCAAUGC
[ reference std structure ]
(.((((((((.((((((((.(((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))))..)).))))))...)))))))).)
[ reference ext structure ]
((((((((((.((((((((((((((((((((((...((((...(((((..)))))...))))).))).))).))))))).)).))))))...))))))))))
( )
[ predicted structure ]
((((((((((...((.((((((.(..((((((...(((((....)))))((((((.(..((....))).)))))).))))))))))))))).))))))))))
2XXA_G (ext)
[ FASTA input ]
GCAUUGCUGGUGCAGCGCAGCGCGGACGCCCGAACCUGGUCAGAGCCGGAAGGCAGCAGCCAUAAGGGAUGCUUUGCGGGUGCCGUUGCCUUCCGGCAAUGC
[ reference std structure ]
(.((((((((.((((((((.(((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))).)).))))))..)).))))))...)))))))).)
[ reference ext structure ]
((((((((((.((((((((((((((((((((((...((((...(((((..)))))...))))).))).))).))))))).)).))))))...))))))))))
( )
[ predicted structure ]
(((((((((((..((.((((((.(..(((((((..(((((....)))))((((((((..((....)))))))))))))))))))))))))))))))))))))
2Y8W_B (ext)
[ FASTA input ]
UCCCCACGCGUGUGGGGAUG
[ reference std structure ]
.((((((....))))))...
[ reference ext structure ]
.((((((....))))))...
[ predicted structure ]
((((((((..))))))))..
2Y8W_B
[ FASTA input ]
UCCCCACGCGUGUGGGGAUG
[ reference std structure ]
.((((((....))))))...
[ reference ext structure ]
.((((((....))))))...
[ predicted structure ]
((((((((..))))))))..
2Y9C_V
[ FASTA input ]
GCCGUGACGACUGAAAAGUCGGCAUUGGCAAUUUUUGACAGUCUCUAUGGGUAACCUAAGGAGACUGG
[ reference std structure ]
((..((.(((((....))))).))..).)..........(((((((..((....))...)))))))..
[ reference ext structure ]
(((.(((((((((..))))))))).)).)..........((((((((.(((..))))..)))))))..
( )
[ predicted structure ]
.(((((.(((((....))))).)).((.(((...))).))((((((.((((...)))).)))))))))
2Y9C_V (ext)
[ FASTA input ]
GCCGUGACGACUGAAAAGUCGGCAUUGGCAAUUUUUGACAGUCUCUAUGGGUAACCUAAGGAGACUGG
[ reference std structure ]
((..((.(((((....))))).))..).)..........(((((((..((....))...)))))))..
[ reference ext structure ]
(((.(((((((((..))))))))).)).)..........((((((((.(((..))))..)))))))..
( )
[ predicted structure ]
.((((((((((((..))))))))).((((((...))))))(((((((((((...))))))))))))))
2YIE_X (ext)
[ FASTA input ]
GAUCUUCGGGGCAGGGUGAAAUUCCCGACCGGUGGUAUAGUCCACGAAUCCAU
[ reference std structure ]
.............(((.......))).....((((......))))........
[ reference ext structure ]
.........(.(.((((...)..))))..).(((((..)..))))........
( )
[ predicted structure ]
((((((((((((((((((..)))))))))))))))..((((..)))))))...
2YIE_Z (ext)
[ FASTA input ]
GAUUGAUUUGGUGAAAUUCCAAAACCGACAGUAGAGUCUGGAUGAGAGAAGAUUCG
[ reference std structure ]
......(((((.......))))).....(((......)))................
[ reference ext structure ]
....(.((((((...)..)))))..).(((((..)..))))...............
[ predicted structure ]
((((((((((((...)..)))))))))))((((((((((((...))))))))))))
2YIE_X
[ FASTA input ]
GAUCUUCGGGGCAGGGUGAAAUUCCCGACCGGUGGUAUAGUCCACGAAUCCAU
[ reference std structure ]
.............(((.......))).....((((......))))........
[ reference ext structure ]
.........(.(.((((...)..))))..).(((((..)..))))........
( )
[ predicted structure ]
(((((.(.((.(.(((......))).).)).).))..(.((..)).))))...
2YIE_Z
[ FASTA input ]
GAUUGAUUUGGUGAAAUUCCAAAACCGACAGUAGAGUCUGGAUGAGAGAAGAUUCG
[ reference std structure ]
......(((((.......))))).....(((......)))................
[ reference ext structure ]
....(.((((((...)..)))))..).(((((..)..))))...............
[ predicted structure ]
(.(.(.(((((.......))))).).).).(.(...(((.......)))...).).
2ZY6_A (ext)
[ FASTA input ]
GCCCGGAUAGUGUCCUUGGGAAACCGAGUCCGGGCACC
[ reference std structure ]
(((((((..(.(...........))...)))))))...
[ reference ext structure ]
((((((((((.(......).....))).)))))))...
( )
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(((((((((((((((...))))))..)))))))))...
2ZY6_A
[ FASTA input ]
GCCCGGAUAGUGUCCUUGGGAAACCGAGUCCGGGCACC
[ reference std structure ]
(((((((..(.(...........))...)))))))...
[ reference ext structure ]
((((((((((.(......).....))).)))))))...
( )
[ predicted structure ]
((((((((.((.(((...))).))...))))))))...
2ZZN_D
[ FASTA input ]
GCCGGGGUAGUCUAGGGGCUAGGCAGCGGACUGCAGAUCCGCCUUACGUGGGUUCAAAUCCCACCCCCGGC
[ reference std structure ]
(((((((..((([....(..]))).(((((.......))))).....(((((..)....))))))))))))
[ reference ext structure ]
((((((((.[[[[)<.{(..]]]].((((((.....))))))....>((((((}).)..))))))))))))
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2ZZN_D (ext)
[ FASTA input ]
GCCGGGGUAGUCUAGGGGCUAGGCAGCGGACUGCAGAUCCGCCUUACGUGGGUUCAAAUCCCACCCCCGGC
[ reference std structure ]
(((((((..((([....(..]))).(((((.......))))).....(((((..)....))))))))))))
[ reference ext structure ]
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(((((((((((((..))))))(((((((((((..)).)))).)))))((((((...)..))))))))))))
3A2K_C
[ FASTA input ]
GGACCUUUAGCUCAGUUGGUUAGAGCAGACGGCUCAUAACCGUCCGGCCGUAGGUUCGAGUCCUACAAGGUCCACCA
[ reference std structure ]
(((((((..((([.....(...]))).(((((.......))))).....(((((..)....))))))))))))....
[ reference ext structure ]
((((((((.{{{)a...[(..A(}}}.(((((.......)))))..).(<<<<<(]).)).>>>>>)))))))....
( )
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(((((((..(.((.(.((((((((((.....)))).)))))).).)).)(((((.......))))))))))))....
3A2K_C (ext)
[ FASTA input ]
GGACCUUUAGCUCAGUUGGUUAGAGCAGACGGCUCAUAACCGUCCGGCCGUAGGUUCGAGUCCUACAAGGUCCACCA
[ reference std structure ]
(((((((..((([.....(...]))).(((((.......))))).....(((((..)....))))))))))))....
[ reference ext structure ]
((((((((.{{{)a...[(..A(}}}.(((((.......)))))..).(<<<<<(]).)).>>>>>)))))))....
( )
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(((((((..((((((((((((((((((...))))).)))))))))))))((((((...)..))))))))))))....
3A3A_A
[ FASTA input ]
GCCCGGAUGAUCCUCAGUGGUCUGGGGUGCAGGCUUCAAACCUGUAGCUGUCUAGCGACAGAGUGGUUCAAUUCCACCUUUCGGGC
[ reference std structure ]
(((((((.(..((((([..(.])))))((((((.......)))))).(((((....))))).((((..)....))))).)))))))
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()
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3A3A_A (ext)
[ FASTA input ]
GCCCGGAUGAUCCUCAGUGGUCUGGGGUGCAGGCUUCAAACCUGUAGCUGUCUAGCGACAGAGUGGUUCAAUUCCACCUUUCGGGC
[ reference std structure ]
(((((((.(..((((([..(.])))))((((((.......)))))).(((((....))))).((((..)....))))).)))))))
[ reference ext structure ]
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()
[ predicted structure ]
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3AKZ_H
[ FASTA input ]
UGGGAGGUCGUCUAACGGUAGGACGGCGGACUCUGGAUCCGCUGGUGGAGGUUCGAGUCCUCCCCUCCCAGCCA
[ reference std structure ]
.((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))).....
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( )
( )
( )
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3AKZ_H (ext)
[ FASTA input ]
UGGGAGGUCGUCUAACGGUAGGACGGCGGACUCUGGAUCCGCUGGUGGAGGUUCGAGUCCUCCCCUCCCAGCCA
[ reference std structure ]
.((((((..((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))).....
[ reference ext structure ]
((((((((.[[[[)(.....]]]].((((((.....))))))...)((((((...)..))))))))))))....
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((((((((((...)))))))((((((((..((((((((...))))))))))))))))))))))))....
3AM1_B (ext)
[ FASTA input ]
GGCGCGGGGUACCGGGCUUGGUAGCCCGGGGCUUCGGCCGAGGGCGAGAGCCCUCGGGGUUCGAUUCCCCCCCUGCGCCGC
[ reference std structure ]
(((((((((..(((((((....)))))))(((....)))((((((....))))))((((.......)))))))))))))..
[ reference ext structure ]
(((((((((..((((((([[())))))))(((....)))(((((((..)))))))(((((]..)].)))))))))))))..
( )
[ predicted structure ]
(((((((((..((((((((..))))))))((((..))))(((((((..)))))))(((((...)..)))))))))))))..
3AM1_B
[ FASTA input ]
GGCGCGGGGUACCGGGCUUGGUAGCCCGGGGCUUCGGCCGAGGGCGAGAGCCCUCGGGGUUCGAUUCCCCCCCUGCGCCGC
[ reference std structure ]
(((((((((..(((((((....)))))))(((....)))((((((....))))))((((.......)))))))))))))..
[ reference ext structure ]
(((((((((..((((((([[())))))))(((....)))(((((((..)))))))(((((]..)].)))))))))))))..
( )
[ predicted structure ]
(((((((((..(((((((....)))))))((((..))))((((((....))))))((((.......)))))))))))))..
3AMU_B
[ FASTA input ]
GGGCCCGUAGCUUAGCCAGGUCAGAGCGCCCGGCUCAUAACCGGGCGGUCGAGGGUUCGAAUCCCUCCGGGCCCACCA
[ reference std structure ]
(((((.(..((((..........)))).((((.........)))).....(((((.......)))))).)))))....
[ reference ext structure ]
((((((((({{.[)<....(...])}}.((((.........))))....>((((((.).)..))))))))))))....
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((..(..(.(((.(((.((((((..).)))).).))).))).).)(((((.......))))))))))))....
3AMU_B (ext)
[ FASTA input ]
GGGCCCGUAGCUUAGCCAGGUCAGAGCGCCCGGCUCAUAACCGGGCGGUCGAGGGUUCGAAUCCCUCCGGGCCCACCA
[ reference std structure ]
(((((.(..((((..........)))).((((.........)))).....(((((.......)))))).)))))....
[ reference ext structure ]
((((((((({{.[)<....(...])}}.((((.........))))....>((((((.).)..))))))))))))....
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((..(.(((((((((((((((((..).)))).)))))))))))))((((((...)..))))))))))))....
3DW4_A (ext)
[ FASTA input ]
UGCUCCUAGUACGAGAGGACCGGAGUG
[ reference std structure ]
.(((((.....(....)....))))).
[ reference ext structure ]
.(((((..()(((..)))...))))).
( )
[ predicted structure ]
(((((((.(((((..))))))))))))
3DW4_A
[ FASTA input ]
UGCUCCUAGUACGAGAGGACCGGAGUG
[ reference std structure ]
.(((((.....(....)....))))).
[ reference ext structure ]
.(((((..()(((..)))...))))).
( )
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((((((..((.(....).)).))))))
3GCA_A
[ FASTA input ]
CUGGGUCGCAGUAACCCCAGUUAACAAAACAAG
[ reference std structure ]
(((((...[.[....))))).........]..]
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( )
()
( )
( )
( )
( )
( )
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((.(.(.....((((....))))....).).))
3GCA_A (ext)
[ FASTA input ]
CUGGGUCGCAGUAACCCCAGUUAACAAAACAAG
[ reference std structure ]
(((((...[.[....))))).........]..]
[ reference ext structure ]
((((<((({{)....>)))).......)..)}}
( )
()
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((((.((((....))))))))))))))
3GX2_A
[ FASTA input ]
GGCUUAUCAAGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCGACGAAACCCGGCAACCAGAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGCGGAAACGUUGAAAGAUGAGCCG
[ reference std structure ]
((((((((......(((...(((...[[)))......))).(((..(((....))).)))...(]]..(((((....)))))..))))))))).
[ reference ext structure ]
((((((((..({(.((((.((((.<<<<.))...).)))))(})..((((..))))...).).(>>>>((((((..))))))..))))))))).
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((..(.(((.(((.(((..(.((..).).)..)))..(.((((....)))))))).))))(.(((((....))))).).)))))))).
3GX2_A (ext)
[ FASTA input ]
GGCUUAUCAAGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCGACGAAACCCGGCAACCAGAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGCGGAAACGUUGAAAGAUGAGCCG
[ reference std structure ]
((((((((......(((...(((...[[)))......))).(((..(((....))).)))...(]]..(((((....)))))..))))))))).
[ reference ext structure ]
((((((((..({(.((((.((((.<<<<.))...).)))))(})..((((..))))...).).(>>>>((((((..))))))..))))))))).
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((((.(.(((((((((((((((((..).))))))))).(.(((((..))))))))))))))((((((((..))))))))))))))))).
3HAY_E
[ FASTA input ]
GGCUGCCUGGGUCCGCCUUGAGUGCCCGGGUGAGAAGCAUGAUCCCGGGUAAUUAUGGCGGACCCACA
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
........(((((((((.......(((((((((.......))))))))).......)))))))))...
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...((..((((((((((.(((.((((((((...(.....)...)))))))).))).))))))))))))
3HAY_E (ext)
[ FASTA input ]
GGCUGCCUGGGUCCGCCUUGAGUGCCCGGGUGAGAAGCAUGAUCCCGGGUAAUUAUGGCGGACCCACA
[ reference std structure ]
........(((((((.(.......((((((.............)))))).......).)))))))...
[ reference ext structure ]
........(((((((((.......(((((((((.......))))))))).......)))))))))...
[ predicted structure ]
...((..(((((((((((((((((((((((((((.....)))))))))))))))))))))))))))))
3HJW_D (ext)
[ FASTA input ]
GGGCCACGGAAACCGCGCGCGGUGAUCAAUGAGCCGCGUUCGCUCCCGUGGCCCACAA
[ reference std structure ]
(((((((((.......(((((((.........)))))))......)))))))))....
[ reference ext structure ]
(((((((((.......(((((((((.....)))))))))......)))))))))....
[ predicted structure ]
(((((((((.((((((((((((((((..)).)))))))))))))))))))))))....
3HJW_D
[ FASTA input ]
GGGCCACGGAAACCGCGCGCGGUGAUCAAUGAGCCGCGUUCGCUCCCGUGGCCCACAA
[ reference std structure ]
(((((((((.......(((((((.........)))))))......)))))))))....
[ reference ext structure ]
(((((((((.......(((((((((.....)))))))))......)))))))))....
[ predicted structure ]
(((((((((..(.((.(((((((.((..))..))))))).)).).)))))))))....
3IAB_R
[ FASTA input ]
GGACUCAGUAAUAUGCUUUGGAAACGAAGCUUACAAAAUGGAGUCC
[ reference std structure ]
((((((........((((((....))))))..........))))))
[ reference ext structure ]
((((((...(..).(((((((..)))))))..........))))))
[ predicted structure ]
((((((.((..((.((((((....)))))).))....)).))))))
3IAB_R (ext)
[ FASTA input ]
GGACUCAGUAAUAUGCUUUGGAAACGAAGCUUACAAAAUGGAGUCC
[ reference std structure ]
((((((........((((((....))))))..........))))))
[ reference ext structure ]
((((((...(..).(((((((..)))))))..........))))))
[ predicted structure ]
(((((((((((((((((((((..)))))))))))..))))))))))
3ID5_D (ext)
[ FASTA input ]
GGGGCGCCCUCUGAGCGUUCGCGCUGUGAUGA
[ reference std structure ]
..........(...(((....)))......).
[ reference ext structure ]
..........(((((((....)))...)))).
( )
( )
[ predicted structure ]
(((...)))(((((((((..)))))))))...
3ID5_D
[ FASTA input ]
GGGGCGCCCUCUGAGCGUUCGCGCUGUGAUGA
[ reference std structure ]
..........(...(((....)))......).
[ reference ext structure ]
..........(((((((....)))...)))).
( )
( )
[ predicted structure ]
(((...)))((..(((((..)))))..))...
3IVN_B
[ FASTA input ]
GGCCAGUAUAACCUCAAUGAUAUGGUUUGAGGGUGUCUACCAGGAACCGUAAAAUCCUGACUACUGGUC
[ reference std structure ]
(((((((({..((((((......[[.))))))(.....})(((((.]]......)))))..))))))))
[ reference ext structure ]
(((((((([(.(((((((.{{..{{)))))))).(...].(((((.}}().}}.))))).)))))))))
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((.....(((((..((((((((...((((..))))..))))))))..))..))).))))))))
3IVN_B (ext)
[ FASTA input ]
GGCCAGUAUAACCUCAAUGAUAUGGUUUGAGGGUGUCUACCAGGAACCGUAAAAUCCUGACUACUGGUC
[ reference std structure ]
(((((((({..((((((......[[.))))))(.....})(((((.]]......)))))..))))))))
[ reference ext structure ]
(((((((([(.(((((((.{{..{{)))))))).(...].(((((.}}().}}.))))).)))))))))
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((((....(((((((((((((((.((((((..))))))))))))))))))..))))))))))))
3IWN_A (ext)
[ FASTA input ]
CACGCACAGGGCAAACCAUUCGAAAGAGUGGGACGCAAAGCCUCCGGCCUAAACGGCAUUGCACUCCGCCGUAGGUAGCGGGGUUACCGAUGG
[ reference std structure ]
((((......([...((((((....))))))..(])...(((.((((((((..((((..........))))))))).)))))))...)).)).
[ reference ext structure ]
((((......({...(((((((..)))))))..(}).(.(((.([[(((((..((((..........)))))))))))]].))))..)).)).
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
...(((((((((((((((((((..)))))))(((((((((((...))))))).))))))))))))))))((((((((((...)))))))))).
3IWN_A
[ FASTA input ]
CACGCACAGGGCAAACCAUUCGAAAGAGUGGGACGCAAAGCCUCCGGCCUAAACGGCAUUGCACUCCGCCGUAGGUAGCGGGGUUACCGAUGG
[ reference std structure ]
((((......([...((((((....))))))..(])...(((.((((((((..((((..........))))))))).)))))))...)).)).
[ reference ext structure ]
((((......({...(((((((..)))))))..(}).(.(((.([[(((((..((((..........)))))))))))]].))))..)).)).
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
...((..((.((((.((((((....))))))(.((..(.(((...))).)...)).).)))).))..))(((.((((((...)))))).))).
3IZF_C
[ FASTA input ]
GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUGUUAAGCUGGUAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
[ reference std structure ]
(((((((((....(((((((......((.(((...(....)...)))...)).....))))))).(((((.......((((((((....)))))))).....))))).))))))))).
[ reference ext structure ]
(((((((((....((((((((....(((.(((...[(...].).)))...)))...)))))))).((((((((.()((((((((((..)))))))))).)))))))).))))))))).
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((((....((((((((..(((((.(((...((..))...))).)))))...))))))))((((((..(..(.((((((((....)))))))).)..)))))))))))))))).
3IZF_C (ext)
[ FASTA input ]
GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUGUUAAGCUGGUAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
[ reference std structure ]
(((((((((....(((((((......((.(((...(....)...)))...)).....))))))).(((((.......((((((((....)))))))).....))))).))))))))).
[ reference ext structure ]
(((((((((....((((((((....(((.(((...[(...].).)))...)))...)))))))).((((((((.()((((((((((..)))))))))).)))))))).))))))))).
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((((....(((((((((.((((((((((((((..))))))))))))))..)))))))))((((((..((.(((((((((((..)))))))))))).)))))))))))))))).
3J0L_7
[ FASTA input ]
GCUUGUGGCAGUCAAGCGUUCAUAGCGACAUUGCUUUUUGAUUCUUCGAU
[ reference std structure ]
(.(.(.((((.(...((.......))...).))))...)).)........
[ reference ext structure ]
(((.((((((.(.(((((.....)))))..)))))..)))))........
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((.......)))))..(((.(((((..))))).)..((....)))).
3J0L_g (ext)
[ FASTA input ]
GAACCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGG
[ reference std structure ]
.................((........))..
[ reference ext structure ]
......(.........[[[......).]].]
[ predicted structure ]
..(((((((((((((..)))))))))).)))
3J0L_2 (ext)
[ FASTA input ]
GCCCAGUGCUCUGAAUGUCAAAGUGAAGAAAUUCAACCAAGCGCGGGUAAACGGCGGGAGUAACUAUGACUCUCUUAAGGUAGCCAAAUGCCUCGUCAUCUAAUUAGUGACG
[ reference std structure ]
(((..((((((.(...((.....((((....)))).....)).)))))..))))).((((.........))).)....................(((((.......))))).
[ reference ext structure ]
((([.(.((((.(...((....((((((..))))))....)).)))))..]))))(((((.(....)..))).))..........(...().).(((((.......))))).
( )
( )
[ predicted structure ]
(((..).))(((((((((((((((((((..))))((((...((((((...))))))))).).)))))))))))))))(((((((..)))))))(((((.(((..))))))))
3J0L_1
[ FASTA input ]
GAAUGAUUAGAGGUUCCGGGGUCGAAAUGACCUUGACCUAUUCUCAAACU
[ reference std structure ]
....((..(.(((.(.(.(.(((.....))).).))))).)..)).....
[ reference ext structure ]
.((((((((.(((.(.(.(((((.....))))).))))).))))))..))
( )
[ predicted structure ]
(..(((..(.((((..(((((((.....))))))))))).)..)))..).
3J0L_8 (ext)
[ FASTA input ]
GACCGUCGUGAGACAGGUUA
[ reference std structure ]
(((((((....))).)))).
[ reference ext structure ]
((((((((..)))).)))).
[ predicted structure ]
((((((((..)))).)))).
3J0L_2
[ FASTA input ]
GCCCAGUGCUCUGAAUGUCAAAGUGAAGAAAUUCAACCAAGCGCGGGUAAACGGCGGGAGUAACUAUGACUCUCUUAAGGUAGCCAAAUGCCUCGUCAUCUAAUUAGUGACG
[ reference std structure ]
(((..((((((.(...((.....((((....)))).....)).)))))..))))).((((.........))).)....................(((((.......))))).
[ reference ext structure ]
((([.(.((((.(...((....((((((..))))))....)).)))))..]))))(((((.(....)..))).))..........(...().).(((((.......))))).
( )
( )
[ predicted structure ]
(((..).))(..((..((((.((((((....)))(.((...(((.(.....).)))))..).))).))))..))..)(((((......)))))(((((.(((..))))))))
3J0L_1 (ext)
[ FASTA input ]
GAAUGAUUAGAGGUUCCGGGGUCGAAAUGACCUUGACCUAUUCUCAAACU
[ reference std structure ]
....((..(.(((.(.(.(.(((.....))).).))))).)..)).....
[ reference ext structure ]
.((((((((.(((.(.(.(((((.....))))).))))).))))))..))
( )
[ predicted structure ]
((.(((((((((((..((((((((..).))))))))))))))))))).).
3J0L_h (ext)
[ FASTA input ]
CACCGCCCGUCGCUUGUAGUAACGAAUGGUCUGGUGAACCUUCUGGACUGCGACAGCAAUGUUGCGGAAAAAUAAGUAAACCCUACCAUUUGGAACAACAAGAAGUCGUAA
[ reference std structure ]
.......((.(.(((((.....((((((((..(((..((.(..(...((((((((....))))))))...)..).))..)))..)))))))).....)))))..).))...
[ reference ext structure ]
.....((((.(((((((....(((((((((((((((((((((((...((((((((....))))))))...)))))))))))))))))))))))....)))))).).)).))
( )
[ predicted structure ]
....((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))
3J0L_g
[ FASTA input ]
GAACCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGG
[ reference std structure ]
.................((........))..
[ reference ext structure ]
......(.........[[[......).]].]
[ predicted structure ]
...((((..(..(.(..).)..)..)).)).
3J0L_h
[ FASTA input ]
CACCGCCCGUCGCUUGUAGUAACGAAUGGUCUGGUGAACCUUCUGGACUGCGACAGCAAUGUUGCGGAAAAAUAAGUAAACCCUACCAUUUGGAACAACAAGAAGUCGUAA
[ reference std structure ]
.......((.(.(((((.....((((((((..(((..((.(..(...((((((((....))))))))...)..).))..)))..)))))))).....)))))..).))...
[ reference ext structure ]
.....((((.(((((((....(((((((((((((((((((((((...((((((((....))))))))...)))))))))))))))))))))))....)))))).).)).))
( )
[ predicted structure ]
.......((.(.(((((.((..((((((((..(((..((.(..(...((((((((....))))))))...)..).))..)))..))))))))..)).)))))..).))...
3J0L_7 (ext)
[ FASTA input ]
GCUUGUGGCAGUCAAGCGUUCAUAGCGACAUUGCUUUUUGAUUCUUCGAU
[ reference std structure ]
(.(.(.((((.(...((.......))...).))))...)).)........
[ reference ext structure ]
(((.((((((.(.(((((.....)))))..)))))..)))))........
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((...)..))))).((((((((((..)))))))..(((..))))))
3J0L_a (ext)
[ FASTA input ]
GGAGGGCAAGUCAUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUA
[ reference std structure ]
.((((....[.[.[[[.....[[..))]].......]]]]])).....
[ reference ext structure ]
(([[[.())(.(.((((...(((..]])))...)..)))))].)....
( )
[ predicted structure ]
(((.((((.(.(.(((..)))))))))((((((..)))))))))....
3J0L_8
[ FASTA input ]
GACCGUCGUGAGACAGGUUA
[ reference std structure ]
(((((((....))).)))).
[ reference ext structure ]
((((((((..)))).)))).
[ predicted structure ]
(((((((....))).)))).
3J0L_a
[ FASTA input ]
GGAGGGCAAGUCAUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUA
[ reference std structure ]
.((((....[.[.[[[.....[[..))]].......]]]]])).....
[ reference ext structure ]
(([[[.())(.(.((((...(((..]])))...)..)))))].)....
( )
[ predicted structure ]
(((.(((..(.(.(((..))))).)))((.(.(..).).)))))....
3J16_L
[ FASTA input ]
UCCGUGAUAGUUUAAUGGUCAGAAUGGGCGCUUGUCGCGUGCCAGAUCGGGGUUCAAUUCCCCGUCGCGGAGCCA
[ reference std structure ]
(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
[ reference ext structure ]
(((((((((<<.[)({.{...])>>((((((.(..)..))))))..)((((((}..)}.))))))))))))....
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((.(...(.(((((.((.(.(((((.(...).))))).).)).))..))).)...).))))))))....
3J16_L (ext)
[ FASTA input ]
UCCGUGAUAGUUUAAUGGUCAGAAUGGGCGCUUGUCGCGUGCCAGAUCGGGGUUCAAUUCCCCGUCGCGGAGCCA
[ reference std structure ]
(((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
[ reference ext structure ]
(((((((((<<.[)({.{...])>>((((((.(..)..))))))..)((((((}..)}.))))))))))))....
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((((((((((((((((((((((((((((...)))))))))))))))..))))))))))))))))))....
3J20_0 (ext)
[ FASTA input ]
GCCGCCGUAGCUUAGCUGGUGGAGCGCCGGACUGUUAAUCCGGCGGUCCCCGGUUCGAAUCCGGGCGGCGGCGCCA
[ reference std structure ]
(((((((..((([.....(..]))).(((((.......))))).....((.((..)....)).)))))))))....
[ reference ext structure ]
((((((((.{{{{)<..[(..}}}}.((((((.....))))))....>((((((]).)..))))))))))))....
( )
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( )
[ predicted structure ]
(((((((((((...))))..(((((((((((.((..)))))))))))))(((((...)..)))).)))))))....
3J20_0
[ FASTA input ]
GCCGCCGUAGCUUAGCUGGUGGAGCGCCGGACUGUUAAUCCGGCGGUCCCCGGUUCGAAUCCGGGCGGCGGCGCCA
[ reference std structure ]
(((((((..((([.....(..]))).(((((.......))))).....((.((..)....)).)))))))))....
[ reference ext structure ]
((((((((.{{{{)<..[(..}}}}.((((((.....))))))....>((((((]).)..))))))))))))....
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((((((...))))..(((.(((((((.(....)))))))).)))((((.......)))).)))))))....
3J2L_3 (ext)
[ FASTA input ]
CGGCGGCCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGGUCUCAUUUCGAACCCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUCCCGGUUGUACUGCCCUCCGAGAGGGGGCGGGAAGCCGGGGACGCCGCCGGCCACUAUC
[ reference std structure ]
.((((((....(((.((((.....(.((((...(.....)...))))...)....)))).).))..(((((((....((((((.((....))))))))...)))))))..))))))..........
[ reference ext structure ]
.((((((.(..(((.(({(}...(((((((.).[.(...])...)))..))...)).)).).)))((((((((..((((((((.(((..))))))))))).)))))))).)))))).(.)......
( )
( )
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( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((((((((((((((((((((((((((((((...))))))))))))))..)))))))))))))(((((((.((((((((.(((..))))))))))))))))))..)))))))).........
3J2L_3
[ FASTA input ]
CGGCGGCCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGGUCUCAUUUCGAACCCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUCCCGGUUGUACUGCCCUCCGAGAGGGGGCGGGAAGCCGGGGACGCCGCCGGCCACUAUC
[ reference std structure ]
.((((((....(((.((((.....(.((((...(.....)...))))...)....)))).).))..(((((((....((((((.((....))))))))...)))))))..))))))..........
[ reference ext structure ]
.((((((.(..(((.(({(}...(((((((.).[.(...])...)))..))...)).)).).)))((((((((..((((((((.(((..))))))))))).)))))))).)))))).(.)......
( )
( )
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( )
[ predicted structure ]
(((((((.((.((.(((((((.((..((((..((.....))..))))..))...))))))).)).))(((((((.(.((((((.((....)))))))).))))))))...))))))).........
3J3D_C
[ FASTA input ]
AGCAGAGUGGCGCAGCGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCGAUGGAUCGAAACCAUCCUCUGCUACCA
[ reference std structure ]
(((((((..(([.....(...])).(((((.......))))).......(((..)....)))..)))))))....
[ reference ext structure ]
((((((((({{..)(<a<..()}}((((((.......)))))).).)(((((A.>..>.))))))))))))....
( )
[ predicted structure ]
(((((((((((((.((....)))))(((((.......)))))...(((((..)))))..)))..)))))))....
3J3D_C (ext)
[ FASTA input ]
AGCAGAGUGGCGCAGCGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCGAUGGAUCGAAACCAUCCUCUGCUACCA
[ reference std structure ]
(((((((..(([.....(...])).(((((.......))))).......(((..)....)))..)))))))....
[ reference ext structure ]
((((((((({{..)(<a<..()}}((((((.......)))))).).)(((((A.>..>.))))))))))))....
( )
[ predicted structure ]
(((((((((((((.(((..))))))(((((((...))))))).(((((((..))))))))))..)))))))....
3J3E_8
[ FASTA input ]
AACUCUAAGCGGUGGAUCACUCGGCUCAUGGGUCGAUGAAGAACGCAGCAAACUGUGCGUCAUCGUGUGAACUGCAGGACACAUGAACAUCGACAUUUUGAACGCAUAUCGCAGUCCAUGCUG
[ reference std structure ]
........................................((((((.[[.....))).....(.((((.....]]...........))))..)...)))....((.....))...........
[ reference ext structure ]
..................................().<((((((((.{{(.).{))).[.}(].(((..(((.}}).)......).).))....).))))>).((.....))...........
( )
( )
( )
( )
()
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( )
( )
[ predicted structure ]
.(((((.(((.(.(.....).).))).).))))((((((.(..(((((....)))))).)))))).(((..((..))..)))(((..)))(((.((.........)).)))((((....))))
3J3E_7 (ext)
[ FASTA input ]
GCCAACGACCAUACCACGCUGAAUACAUCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAAUUAAGCAGCGUCGCGGGCGGUUAGUACUUAGAUGGGGGACCGCUUGGGAACACCGCGUGUUGUUGGCCU
[ reference std structure ]
(((((((((.....(((((((.....(.((((...(....)...))))...)....)))))).).(.(((((.....((.((..((....)).)).))....))))).))))))))))..
[ reference ext structure ]
(([[[[[[(...)[[[[[[[[.)..(<(((((...{(...}..)))))...>.).)]]]]]].]](((((((((()(((((((.(((..)))))))))).))))))))).]]]]]].)..
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((((.......(((((((..(((((((((((..)))))))))))))))))).).)))(((((((((..(((((((((((((..)))))))))))))))))))))).))))))..
3J3E_8 (ext)
[ FASTA input ]
AACUCUAAGCGGUGGAUCACUCGGCUCAUGGGUCGAUGAAGAACGCAGCAAACUGUGCGUCAUCGUGUGAACUGCAGGACACAUGAACAUCGACAUUUUGAACGCAUAUCGCAGUCCAUGCUG
[ reference std structure ]
........................................((((((.[[.....))).....(.((((.....]]...........))))..)...)))....((.....))...........
[ reference ext structure ]
..................................().<((((((((.{{(.).{))).[.}(].(((..(((.}}).)......).).))....).))))>).((.....))...........
( )
( )
( )
( )
()
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( )
( )
( )
[ predicted structure ]
.((((((((((((((...)))))))))).))))((((((((..((((((..)))))))))))))).(((((((..)))))))(((..)))((((((((...)..)))))))((((....))))
3J3E_7
[ FASTA input ]
GCCAACGACCAUACCACGCUGAAUACAUCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAAUUAAGCAGCGUCGCGGGCGGUUAGUACUUAGAUGGGGGACCGCUUGGGAACACCGCGUGUUGUUGGCCU
[ reference std structure ]
(((((((((.....(((((((.....(.((((...(....)...))))...)....)))))).).(.(((((.....((.((..((....)).)).))....))))).))))))))))..
[ reference ext structure ]
(([[[[[[(...)[[[[[[[[.)..(<(((((...{(...}..)))))...>.).)]]]]]].]](((((((((()(((((((.(((..)))))))))).))))))))).]]]]]].)..
( )
( )
( )
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( )
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((((.......(((.(((...(((((..(((..)))..))))).))).))).).)))(((.(((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))).))).))))))..
3J3F_8 (ext)
[ FASTA input ]
CGACUCUUAGCGGUGGAUCACUCGGCUCGUGCGUCGAUGAAGAACGCAGCUAGCUGCGAGAAUUAAUGUGAAUUGCAGGACACAUUGAUCAUCGACACUUCGAACGCACUUGCGGCCCCGGGUUCCUCCCGGGGCUACGCCUGUCUGAGCGUCGCUU
[ reference std structure ]
..........................................((.((.[[.....))......(.(((......]].............)))..)...)).....((....))(((((.((.......)).))))).....................
[ reference ext structure ]
....................................(.{(((((.((.[[....[))).(.].(((((.(((..]].)........)).)))).))...)))}))((....))(((((((((.....))))))))).....................
()
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..((((((((..))))))))..(((((((((((....))))))))))))))))))))).)))).((((..)))))))))))))))))))..((((...))))).))))))))))...
3J3F_8
[ FASTA input ]
CGACUCUUAGCGGUGGAUCACUCGGCUCGUGCGUCGAUGAAGAACGCAGCUAGCUGCGAGAAUUAAUGUGAAUUGCAGGACACAUUGAUCAUCGACACUUCGAACGCACUUGCGGCCCCGGGUUCCUCCCGGGGCUACGCCUGUCUGAGCGUCGCUU
[ reference std structure ]
..........................................((.((.[[.....))......(.(((......]].............)))..)...)).....((....))(((((.((.......)).))))).....................
[ reference ext structure ]
....................................(.{(((((.((.[[....[))).(.].(((((.(((..]].)........)).)))).))...)))}))((....))(((((((((.....))))))))).....................
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( )
( )
( )
[ predicted structure ]
((((.((((((((.(((.(.(..((((((.(.((((((((....((((((..))))))....((((((((..(....)..)))))))))))))))).)..))).((((..)))))))..).).))).))..((((...))))).))))).))))...
3J3F_7
[ FASTA input ]
GUCUACGGCCAUACCACCCUGAACGCGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCGGGUGCUGUAGGCUUU
[ reference std structure ]
(((((((((....((((((((.....(.((((...(....)...))))...)....)))))).))(((((((.....((.((..((....)).)).))....))))))))))))))))...
[ reference ext structure ]
((((((((((..)((((((((....(((((((...(....)...))))..))...))))))).))(((((((.(()(((.(((.(((..)))))).))).).))))))))))))))))...
( )
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((((.((.(.((((((.(.((..((((..(((..)))..))))..)))...)))))).).)((((((...(.((.((..((....)).)).)).)..))))))))))))))))...
3J3F_7 (ext)
[ FASTA input ]
GUCUACGGCCAUACCACCCUGAACGCGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCGGGUGCUGUAGGCUUU
[ reference std structure ]
(((((((((....((((((((.....(.((((...(....)...))))...)....)))))).))(((((((.....((.((..((....)).)).))....))))))))))))))))...
[ reference ext structure ]
((((((((((..)((((((((....(((((((...(....)...))))..))...))))))).))(((((((.(()(((.(((.(((..)))))).))).).))))))))))))))))...
( )
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((((.(((((((((((((.(((((((((((((..))))))))))))))..)))))))))))((((((((.((((((((.(((..)))))))))))))))))))))))))))))...
3J45_4
[ FASTA input ]
CGGUGCCGGAAGGUUAAUUGAUGGGGUUAGCGCAAGCGAAGCUCUUGAUCGAAGCCCCGGU
[ reference std structure ]
....(((((..(((........(((((..((....))...)))))........))))))))
( )
[ reference ext structure ]
....(((((..(((...(((((((((((((((..))))).))))))))))...))))))))
( )
[ predicted structure ]
(((.(((....))((...(.(.(((.((.((....)).)).))).).)...)).).)))..
3J45_4 (ext)
[ FASTA input ]
CGGUGCCGGAAGGUUAAUUGAUGGGGUUAGCGCAAGCGAAGCUCUUGAUCGAAGCCCCGGU
[ reference std structure ]
....(((((..(((........(((((..((....))...)))))........))))))))
( )
[ reference ext structure ]
....(((((..(((...(((((((((((((((..))))).))))))))))...))))))))
( )
[ predicted structure ]
((((((((..)))(((((((((((((((((((..))))))))))))))))))).)))))..
3J46_4 (ext)
[ FASTA input ]
CUGAACAUUGAGCCUUGAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAAGUGUGGACGCCAGUCUGCAUGGAGCCGACCUUGAAAUACCACCCUUUAAUGUUUGAUGUUCUAA
[ reference std structure ]
..(((((((((((.(.((.(...........(((...........(((.(((......))).)))..................)))..).)).).)))))))))))...
[ reference ext structure ]
..(((((((((((.((((((.(.([.{.).<.<<<.(.(...).((((.(((.....).)).))))....).......).]}>>>>..)))))).)))))))))))...
( )
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( )
( )
( )
( )
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( )
[ predicted structure ]
.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...(((((((((..)))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))..
3J46_p
[ FASTA input ]
GCGGGAAUAGCUCAGUUGGUAGAGCACGACCUUGCCAAGGUCGGGGUCGCGAGUUCGAGUCUCGUUUCCCGCUCCA
[ reference std structure ]
(((((((...((..........)).....(.........)........((((.........)))))))))))....
[ reference ext structure ]
((((((((.[[[..{.<...)<]]](((.((.......)).))).>.}aaaaaa..>A..AAAAA)))))))....
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((..((((.((..)).)))).((((((.....))))))(((.(.(((..))).).)))..)))))))....
3J46_1 (ext)
[ FASTA input ]
AAGGACGUGCUAAUCUGCGAUAAGCGUCGGUAAGGUGAUAUGAACCGUUAUAACCGGCGAUUU
[ reference std structure ]
....((((.[..[[[.))).....{{{{{{...{{{]]]..].}}}.......}}}}}}...)
[ reference ext structure ]
....(((([{..{{.{)))...}<<<<<<<<<<<<<]}}..}.>>>>....>>>>>>>>>..)
( )
( )
()
( )
[ predicted structure ]
.((((((((((((((...))))))))((((((((((((...)))))))....)))))))))))
3J46_4
[ FASTA input ]
CUGAACAUUGAGCCUUGAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAAGUGUGGACGCCAGUCUGCAUGGAGCCGACCUUGAAAUACCACCCUUUAAUGUUUGAUGUUCUAA
[ reference std structure ]
..(((((((((((.(.((.(...........(((...........(((.(((......))).)))..................)))..).)).).)))))))))))...
[ reference ext structure ]
..(((((((((((.((((((.(.([.{.).<.<<<.(.(...).((((.(((.....).)).))))....).......).]}>>>>..)))))).)))))))))))...
( )
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( )
( )
( )
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[ predicted structure ]
..(((((((((((.((((.(.((.(.((..(.((..((((((...((((((((....))))))))))))))..)).)...)).).)).).)))).)))))))))))...
3J46_2 (ext)
[ FASTA input ]
AAGGGUUCCUGUCCAACGUUAAUCGGGGCAGGGUGA
[ reference std structure ]
.......((((((...((.....)).))))))....
[ reference ext structure ]
.....(.(((((((...(.....)).)))))).)..
( )
( )
[ predicted structure ]
...(((((((((((..(((...))))))))))))))
3J46_2
[ FASTA input ]
AAGGGUUCCUGUCCAACGUUAAUCGGGGCAGGGUGA
[ reference std structure ]
.......((((((...((.....)).))))))....
[ reference ext structure ]
.....(.(((((((...(.....)).)))))).)..
( )
( )
[ predicted structure ]
......((((((((..((.....))))))))))...
3J46_p (ext)
[ FASTA input ]
GCGGGAAUAGCUCAGUUGGUAGAGCACGACCUUGCCAAGGUCGGGGUCGCGAGUUCGAGUCUCGUUUCCCGCUCCA
[ reference std structure ]
(((((((...((..........)).....(.........)........((((.........)))))))))))....
[ reference ext structure ]
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3J46_1
[ FASTA input ]
AAGGACGUGCUAAUCUGCGAUAAGCGUCGGUAAGGUGAUAUGAACCGUUAUAACCGGCGAUUU
[ reference std structure ]
....((((.[..[[[.))).....{{{{{{...{{{]]]..].}}}.......}}}}}}...)
[ reference ext structure ]
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3J5B_1 (ext)
[ FASTA input ]
GGGUGAUUAGCUCAGCUGGGAGAGCACCUCCCUUACAAGGAGGGGGUCGGCGGUUCGAUCCCGUCAUCACCCACCA
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
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3J5B_1
[ FASTA input ]
GGGUGAUUAGCUCAGCUGGGAGAGCACCUCCCUUACAAGGAGGGGGUCGGCGGUUCGAUCCCGUCAUCACCCACCA
[ reference std structure ]
(((((.(..((((........))))...(((.......))).......(((((.......)))))).)))))....
[ reference ext structure ]
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( )
( )
[ predicted structure ]
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3J5N_W
[ FASTA input ]
GGCUACGUAGCUCAGUUGGUUAGAGCACAUCACUCAUAAUGAUGGGGUCACAGGUUCGAAUCCCGUCGUAGCCACCA
[ reference std structure ]
(((((((..(((...........))).(((((.......)))))......(.((.......)).).)))))))....
[ reference ext structure ]
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( )
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[ predicted structure ]
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3J5N_W (ext)
[ FASTA input ]
GGCUACGUAGCUCAGUUGGUUAGAGCACAUCACUCAUAAUGAUGGGGUCACAGGUUCGAAUCCCGUCGUAGCCACCA
[ reference std structure ]
(((((((..(((...........))).(((((.......)))))......(.((.......)).).)))))))....
[ reference ext structure ]
(((((((([{{..)<..ab...b]}}((((((.......)))))).B.>cc.cccAB.C..CC.CC)))))))....
( )
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[ predicted structure ]
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3JYV_7 (ext)
[ FASTA input ]
GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA
[ reference std structure ]
.((((((..((([.....(..]))).((((.........)))).....(((((..)....))))))))))).....
[ reference ext structure ]
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3JYV_7
[ FASTA input ]
GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA
[ reference std structure ]
.((((((..((([.....(..]))).((((.........)))).....(((((..)....))))))))))).....
[ reference ext structure ]
(((((((((aa.{)(<.[<..})A.(((((((.....)))))))A..)((((((]>.)>.))))))))))))....
( )
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( )
[ predicted structure ]
(((((((.(.(((((((.((.(..).)).)))))).).)(((..((((..(..)..))))..))))))))))....
3JYX_3 (ext)
[ FASTA input ]
GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUGUUAAGCUGUAGAGCCGACAGUAGUGUAGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
[ reference std structure ]
(((((((......((..........(.........(....).........)..........)).(.........(..(..(...)..)..).........)....))))))).
[ reference ext structure ]
((((((((.....([.....((..)(((.......{(...})......)))...)....(.])((.......(((.((..(...)..)).))).......))).)))))))).
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[ predicted structure ]
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3JYX_4
[ FASTA input ]
AAACUUUCAACAACGGAUCUCUUGGUUCUCGCAUCGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUAGGUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAUCUUUGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUGCCUGUUUGAGCGUCAUUU
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
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3JYX_3
[ FASTA input ]
GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUGUUAAGCUGUAGAGCCGACAGUAGUGUAGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
[ reference std structure ]
(((((((......((..........(.........(....).........)..........)).(.........(..(..(...)..)..).........)....))))))).
[ reference ext structure ]
((((((((.....([.....((..)(((.......{(...})......)))...)....(.])((.......(((.((..(...)..)).))).......))).)))))))).
( )
[ predicted structure ]
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3JYX_4 (ext)
[ FASTA input ]
AAACUUUCAACAACGGAUCUCUUGGUUCUCGCAUCGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUAGGUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAUCUUUGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUGCCUGUUUGAGCGUCAUUU
[ reference std structure ]
..........................................(.(((........))).......(..........................)......)................(((((((....))))))).......................
[ reference ext structure ]
.(..)..............................().<((((({(([.....[.).}..)..(.(((.((..]].......))......))).)...))))>)...(....)...((((((((..)))))))).......................
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( )
[ predicted structure ]
.....(((((....((((((((((((((((((((((((((.....))))))..)))))..................))))..))))))......))))))))))((((((((((((((((((((..))))))))))..))))...))))))......
3KTW_C
[ FASTA input ]
AGAUAGUCGUGGGUUCCCUUUCUGGAGGGAGAGGGAAUUCCACGUUGACCGGGGGAACCGGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACCGUGCCCGGCUAUC
[ reference std structure ]
.(((....((..((((.((((((....)))))).))))...))......((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...)))
[ reference ext structure ]
.((..((.(((<((((.((((([..{(]))))).))))(>))).)....(((((.(...((.(..(((....})))).)..))))))))))..).)
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[ predicted structure ]
.(((((.((((((((((((((((....))))))))))).)))))(((.((((.....)))).))).((.((.(.((.....)).).)).)))))))
3KTW_C (ext)
[ FASTA input ]
AGAUAGUCGUGGGUUCCCUUUCUGGAGGGAGAGGGAAUUCCACGUUGACCGGGGGAACCGGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACCGUGCCCGGCUAUC
[ reference std structure ]
.(((....((..((((.((((((....)))))).))))...))......((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...)))
[ reference ext structure ]
.((..((.(((<((((.((((([..{(]))))).))))(>))).)....(((((.(...((.(..(((....})))).)..))))))))))..).)
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[ predicted structure ]
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3LA5_A
[ FASTA input ]
GGCUUCAUAUAAUCCGAAUGAUAUGGUUUCGGAGCUUCCACCAAGAGCCUUAAACUCUUGACUAUGGAGUC
[ reference std structure ]
((((((((([..((((((......{{.))))))(.....])((((((}}.....))))))..)))))))))
[ reference ext structure ]
(((((((((((.(((((((.[[[.[[)))))))).....).((((((]]..]]]))))))..)))))))))
( )
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[ predicted structure ]
(((((((((...((.(.(...((.(((((.((.(....).)).).)))).))...).).)).)))))))))
3LA5_A (ext)
[ FASTA input ]
GGCUUCAUAUAAUCCGAAUGAUAUGGUUUCGGAGCUUCCACCAAGAGCCUUAAACUCUUGACUAUGGAGUC
[ reference std structure ]
((((((((([..((((((......{{.))))))(.....])((((((}}.....))))))..)))))))))
[ reference ext structure ]
(((((((((((.(((((((.[[[.[[)))))))).....).((((((]]..]]]))))))..)))))))))
( )
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[ predicted structure ]
((((((((((..((((((((((((((((((((((....)))))).))))))))))))))))))))))))))
3NDB_M (ext)
[ FASTA input ]
GUCUCGUCCCGUGGGGCUCGGCGGUGGGGGAGCAUCUCCUGUAGGGGAGAUGUAACCCCCUUUACCUGCCGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAGGCAGGACGUCGGCGCUCACGGGGGUGCGGGAC
[ reference std structure ]
.(((.(..(((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))))).))))))).....).))).
[ reference ext structure ]
.(((((.((((((((((.((((((((((([.((((((((({.(}))))))))).(])))))...((((((((....((((..((((...))))).).)))))))))))))))))))).)))))))....)))))).
( )
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[ predicted structure ]
((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))....))).)))))))))))))...(((((((((((.(((((((((..)))))))))))))))))))))).)))))))
3NDB_M
[ FASTA input ]
GUCUCGUCCCGUGGGGCUCGGCGGUGGGGGAGCAUCUCCUGUAGGGGAGAUGUAACCCCCUUUACCUGCCGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAGGCAGGACGUCGGCGCUCACGGGGGUGCGGGAC
[ reference std structure ]
.(((.(..(((((((((.(((((..(((((.(((((((((....)))))))))..)))))....((((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))).))))))).))))))).....).))).
[ reference ext structure ]
.(((((.((((((((((.((((((((((([.((((((((({.(}))))))))).(])))))...((((((((....((((..((((...))))).).)))))))))))))))))))).)))))))....)))))).
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[ predicted structure ]
(((((((((.((((((.((((((((((((..(((((((((....)))))))))..))))....))).))))).))))))....((((..((.(..(.(((.(......).))).).).))..)))))).)))))))
3NKB_B (ext)
[ FASTA input ]
GGUCCGCAGCCUCCUCGCGGCGCAAGCUGGGCAACAUUCCGAAAGGUAAUGGCGAAUGCGGACC
[ reference std structure ]
(((((((((((.[[....))).......]]....((((((....)).)))).....))))))))
[ reference ext structure ]
(((((((((((({{..).))).......}..[}(.((((((..))).)))])....))))))))
( )
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[ predicted structure ]
(((((((((((((.((((((((..))))))).).(((((((..))).)))))))))))))))))
3NKB_B
[ FASTA input ]
GGUCCGCAGCCUCCUCGCGGCGCAAGCUGGGCAACAUUCCGAAAGGUAAUGGCGAAUGCGGACC
[ reference std structure ]
(((((((((((.[[....))).......]]....((((((....)).)))).....))))))))
[ reference ext structure ]
(((((((((((({{..).))).......}..[}(.((((((..))).)))])....))))))))
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((..(.(.((.((((....)))).).).((((((....)).))))).)..))))))))
3NMU_E (ext)
[ FASTA input ]
GCCGUUGAAGCUCUGACCGAAAGGCGUGAUGAGC
[ reference std structure ]
............(...((....))......)...
[ reference ext structure ]
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((((((..)))((((((((..)))))))).).))
3NMU_E
[ FASTA input ]
GCCGUUGAAGCUCUGACCGAAAGGCGUGAUGAGC
[ reference std structure ]
............(...((....))......)...
[ reference ext structure ]
............((((((....))...))))...
[ predicted structure ]
((((((..)))((...((....))...)).).))
3O58_2
[ FASTA input ]
GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
[ reference std structure ]
(((((((((....((((((((.....((.......................))....)))))).)).(((((.......(((((..((....)).))))).....))))).))))))))).
[ reference ext structure ]
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( )
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3O58_3 (ext)
[ FASTA input ]
AAACUUUCAACAACGGAUCUCUUGGUUCUCGCAUCGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUGAAUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAAUCUUUGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUGCCUGUUUGAGCGUCAUUU
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
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3O58_3
[ FASTA input ]
AAACUUUCAACAACGGAUCUCUUGGUUCUCGCAUCGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUGAAUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAAUCUUUGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUGCCUGUUUGAGCGUCAUUU
[ reference std structure ]
.........................................((((([..(.....]))....((..((.........)............))...).).)))....(((...))).((((((((....))))))))......................
[ reference ext structure ]
....................................(.{((((([((.<<....<).]..)>((.(.(.........>.>..........))...))..))))}))(((...)))(((((((((....))))))))).....................
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[ predicted structure ]
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3O58_2 (ext)
[ FASTA input ]
GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
(((((((((....((((((((....({((........[...(.]..)....)}.).))))))).)).(((((......(((((((.((....)))))))))....))))).))))))))).
( )
[ predicted structure ]
((((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))).).)))))))))(((((....)))))((((.(.(((((((((((((..))))))))))))))))))))))))))).
3OVB_D
[ FASTA input ]
GGAAGUAGAUGGUUCAAGUCCAUUUACUUCCACCA
[ reference std structure ]
((((.(((((((.......))))))).))))....
[ reference ext structure ]
((((.(((((((.......))))))).))))....
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((((((((((((.......))))))))))))....
3OVB_D (ext)
[ FASTA input ]
GGAAGUAGAUGGUUCAAGUCCAUUUACUUCCACCA
[ reference std structure ]
((((.(((((((.......))))))).))))....
[ reference ext structure ]
((((.(((((((.......))))))).))))....
[ predicted structure ]
(((((((((((((...)..))))))))))))....
3OVS_D
[ FASTA input ]
GGAAGUAGAUGGUUCAAGUCCAUUUACUUCCACC
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
(((((((((((((...)..))))))))))))...
[ predicted structure ]
((((((((((((.......))))))))))))...
3OVS_D (ext)
[ FASTA input ]
GGAAGUAGAUGGUUCAAGUCCAUUUACUUCCACC
[ reference std structure ]
((((((((((((.......))))))))))))...
[ reference ext structure ]
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3P22_G (ext)
[ FASTA input ]
GCUGGGUUUUUCCUUCGAAAGAAGGUUUUUAUCCCAGUC
[ reference std structure ]
((((((.....(((((....))))).......)))))).
[ reference ext structure ]
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[ predicted structure ]
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3P22_G
[ FASTA input ]
GCUGGGUUUUUCCUUCGAAAGAAGGUUUUUAUCCCAGUC
[ reference std structure ]
((((((.....(((((....))))).......)))))).
[ reference ext structure ]
((((((.....((((((..)))))).......)))))).
[ predicted structure ]
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3PDR_A
[ FASTA input ]
GGGCUUCGUUAGGUGAGGCUCCUGUAUGGAGAUACGCUGCUGCCCAAAAAUGUCCAAAGACGCCAAUGGGUCAACAGAAAUCAUCGACAUAAGGUGAUUUUUAAUGCAGCUGGAUGCUUGUCCUAUGCCAUACAGUGCUAAAGCUCUACGAUUGAAGCCCA
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
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3PDR_A (ext)
[ FASTA input ]
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[ predicted structure ]
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3R4F_A
[ FASTA input ]
GGCGUGUAUGUGGGGAAACCCUGAUUGAGUUCAGCCCACAUACUUUGUUGAUGGUUGUCAAUCGCC
[ reference std structure ]
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3R4F_A (ext)
[ FASTA input ]
GGCGUGUAUGUGGGGAAACCCUGAUUGAGUUCAGCCCACAUACUUUGUUGAUGGUUGUCAAUCGCC
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3R9X_C
[ FASTA input ]
CAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUCACCUCCU
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
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( )
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3R9X_C (ext)
[ FASTA input ]
CAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUCACCUCCU
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
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( )
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3RKF_A
[ FASTA input ]
GGCCAUAUAACUGCGUGGAUAUAGCACGCAGGUUUCUACCGGGCACUGUAAAUGUCCGACUAUGGUC
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[ FASTA input ]
GGCCAUAUAACUGCGUGGAUAUAGCACGCAGGUUUCUACCGGGCACUGUAAAUGUCCGACUAUGGUC
[ reference std structure ]
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( )
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3SD1_A (ext)
[ FASTA input ]
GGAGAGUAGAUGAUUCGCGUUAAGUGUGUGUGAAUGGGAUGUCGUCACACAACGAAGCGAGAGCGCGGUGAAUCAUUGCAUCCGCUCCA
[ reference std structure ]
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( )
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3SD1_A
[ FASTA input ]
GGAGAGUAGAUGAUUCGCGUUAAGUGUGUGUGAAUGGGAUGUCGUCACACAACGAAGCGAGAGCGCGGUGAAUCAUUGCAUCCGCUCCA
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( )
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[ FASTA input ]
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CUGUCCAAUGAGCGCAUAGUGAGGGCAG
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[ FASTA input ]
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3SN2_B
[ FASTA input ]
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[ FASTA input ]
GGGCAGGGAUUUUGCCCGGAG
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3TRZ_Z
[ FASTA input ]
GGGCAGGGAUUUUGCCCGGAG
[ reference std structure ]
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3TS0_U
[ FASTA input ]
GGGGUAGUGAUUUUACCCUGGAG
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
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3TS0_U (ext)
[ FASTA input ]
GGGGUAGUGAUUUUACCCUGGAG
[ reference std structure ]
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3TS2_V (ext)
[ FASTA input ]
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3TS2_V
[ FASTA input ]
GGGGUCUAUGAUACCACCCCGGAG
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3U4M_B
[ FASTA input ]
GGGAUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGUGAACCCCCGCCUCCGGGUGGGGGGGAGGCGCCGGUGAAAUACCACCCUUCCC
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
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[ predicted structure ]
((((.(.((.(.((..((.((.((((.....(((((((((..)))))))))..)))).)).))...)).).)).).))))
3U4M_B (ext)
[ FASTA input ]
GGGAUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGUGAACCCCCGCCUCCGGGUGGGGGGGAGGCGCCGGUGAAAUACCACCCUUCCC
[ reference std structure ]
((((.(......(..[[[[[..(((......((((((((....))))))))...)))..........).]]]]]).))))
[ reference ext structure ]
(((((((..(<.[[){{{{{{{{{{...{{{{{{{{{{....)]}}}}}}}}}}}}}}........>]}}}}}}))))))
( )
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[ predicted structure ]
((((((((((((((((((((((((((...(((((((((((..)))))))))))))))))))))).)))))))))))))))
3VJR_D
[ FASTA input ]
GGGGGCUAAGCGGUUCGAUCCCGCUUAGCUCCACCA
[ reference std structure ]
.((((((((((((.......))))))))))))....
[ reference ext structure ]
.(((((((((((((...)..))))))))))))....
[ predicted structure ]
(((((((((((((.......)))))))))))).)..
3VJR_D (ext)
[ FASTA input ]
GGGGGCUAAGCGGUUCGAUCCCGCUUAGCUCCACCA
[ reference std structure ]
.((((((((((((.......))))))))))))....
[ reference ext structure ]
.(((((((((((((...)..))))))))))))....
[ predicted structure ]
((((((((((((((...)..)))))))))))).)..
3WC1_P
[ FASTA input ]
GCCAUCAUAGUAUAGUGGUCAUUAUAAAUCGUUGUGGCCGAUUAGACCCAAGUUCGAUUCUUGGUGAUGGCAC
[ reference std structure ]
.((((((..((............))..(..(.......)..).....(((((.......)))))))))))...
[ reference ext structure ]
.((((((.([[.(.({{<..)))]]..((.(..()...).)).....aaaaaa}>.A}.AAAAA))))))...
[ predicted structure ]
(((((((..((.((((((((((.((.....)).)))))).)))).))(((((.......))))))))))))..
3WC1_P (ext)
[ FASTA input ]
GCCAUCAUAGUAUAGUGGUCAUUAUAAAUCGUUGUGGCCGAUUAGACCCAAGUUCGAUUCUUGGUGAUGGCAC
[ reference std structure ]
.((((((..((............))..(..(.......)..).....(((((.......)))))))))))...
[ reference ext structure ]
.((((((.([[.(.({{<..)))]]..((.(..()...).)).....aaaaaa}>.A}.AAAAA))))))...
[ predicted structure ]
(((((((..((((((((((((((((.....))))))))).)))))))((((((...)..))))))))))))..
3ZEX_D (ext)
[ FASTA input ]
GGGUACGACCAUACUUGGCCGAAUGCACCAUAUCCCGUCCGAUUUGUGAAGUUAAGCGGCCACAGGCCUCGUUAGUACGGCGAUCAGUGAUGGCGCUGGAACCCGGGGUGUUGUACUCU
[ reference std structure ]
(((((((((....((((((((.....((.(((...(....)...)))...))....)))))).))((((((......((....(((....)))...)).....))))))))))))))).
[ reference ext structure ]
(((((((((..[.((((((((.....((((((...{.(..})..)))..)))....)))))).))(.(((((.(.(((((((.((((..)))))))))))).)))))])))))))))).
( )
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( )
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((((((((((((((((((((((.(((((......))))))))))(((((((((((...)))))))))))))))))))..))).)))(((((((...)))))))))))))))).
3ZEX_C (ext)
[ FASTA input ]
AACGUGUCGCGAUGGAUGACUUGGCUUCCUAUUUCGUUGAAGAACGCAGCAAAGUGCGAUAAGUGGUAUCAAUUGCAGAAUCAUUUCAUUGCCCAAUCUUUGAACGCAAACGGCGCAUGGGAGAAGCUCUCUCGAGCCAUCCCCGUGCAUGCCACAUUUCUCAGUGUCG
[ reference std structure ]
.........................................((((((.[[.....)))....(((((((...(.]].).........).)))).).).)))....((.....))(((((.(.(..((((....))))..).).))))).....................
[ reference ext structure ]
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[ predicted structure ]
......((((........((((((((........((((....)))).))))))))))))...(((((((.....................(((..................)))(((((((.(((((((....)))).)))))))))))))))))..............
3ZEX_H (ext)
[ FASTA input ]
UUUUGUCCCUCUCCAAACGAGAGUACAUGCAUGGGCUGGCAUGAGCGGCACGCUCCACGACCGUGGGGCUCGAGGGGCACUUUACGUCCCGAGGCGCUGAACCUUGAUGCUUGGAAUUUCAUGCUCAGGGACUUU
[ reference std structure ]
.....(....(.......)......(.....(..(...(......(((...(((((((....))))))).......(...(...........)...)......))).....)......)...)....).).....
[ reference ext structure ]
...(((...[(](....))...(..(..((((.((...(.(...((((..((((((((....)))))))).(...((((.(...........).))))...).))))..).)......))..)))).)))).)..
( )
( )
( )
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[ predicted structure ]
....((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..)))))))..))))))))))))))))))))((((((...)))))).))))))))))))))))))))))))))...
3ZEX_G
[ FASTA input ]
GUGAGAUUGUGAAGGGAUCUCGCAGGCAUCGUGAGGGAAGUAUGGGGUAGUACGAGAGGAACUCCCAUGCCGUGCCUCUGGUUUCUGGAGUUUGUCGAAGGGCAAGUGCUCCGACGCUAUCGCACGGUGGUUCUCGGCUGAACGCCUCUAAGCCAGAAACCAGUCCCAAGACCGGGUGCCCG
[ reference std structure ]
...(((((.(...).)))))....((((((....(((..(..((((......(....).....))))..)((.((...((((....((((((((((....)))))..)))))...))))..)).)).((((....(.(.............).)....))))..))).......))))))..
[ reference ext structure ]
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[ predicted structure ]
..............................................................................((((((((((..(...........................................................).))))))))))(((....)))..........
3ZEX_D
[ FASTA input ]
GGGUACGACCAUACUUGGCCGAAUGCACCAUAUCCCGUCCGAUUUGUGAAGUUAAGCGGCCACAGGCCUCGUUAGUACGGCGAUCAGUGAUGGCGCUGGAACCCGGGGUGUUGUACUCU
[ reference std structure ]
(((((((((....((((((((.....((.(((...(....)...)))...))....)))))).))((((((......((....(((....)))...)).....))))))))))))))).
[ reference ext structure ]
(((((((((..[.((((((((.....((((((...{.(..})..)))..)))....)))))).))(.(((((.(.(((((((.((((..)))))))))))).)))))])))))))))).
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( )
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[ predicted structure ]
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3ZEX_H
[ FASTA input ]
UUUUGUCCCUCUCCAAACGAGAGUACAUGCAUGGGCUGGCAUGAGCGGCACGCUCCACGACCGUGGGGCUCGAGGGGCACUUUACGUCCCGAGGCGCUGAACCUUGAUGCUUGGAAUUUCAUGCUCAGGGACUUU
[ reference std structure ]
.....(....(.......)......(.....(..(...(......(((...(((((((....))))))).......(...(...........)...)......))).....)......)...)....).).....
[ reference ext structure ]
...(((...[(](....))...(..(..((((.((...(.(...((((..((((((((....)))))))).(...((((.(...........).))))...).))))..).)......))..)))).)))).)..
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[ predicted structure ]
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3ZEX_F
[ FASTA input ]
CGAAUCGCCACUUCUCUUAUCUGGGUGCUCUGCCCGCCCUUGUCGGCGCCCAGUACCUUCAUUUUCACAAGAU
[ reference std structure ]
..................................((((......)))).........................
[ reference ext structure ]
..................(..(.........[(((((((.().))))))].)..).)................
( )
[ predicted structure ]
.(((.......)))((((((..(((((((..(((((.(...).))).))..)))))))..))......)))).
3ZEX_C
[ FASTA input ]
AACGUGUCGCGAUGGAUGACUUGGCUUCCUAUUUCGUUGAAGAACGCAGCAAAGUGCGAUAAGUGGUAUCAAUUGCAGAAUCAUUUCAUUGCCCAAUCUUUGAACGCAAACGGCGCAUGGGAGAAGCUCUCUCGAGCCAUCCCCGUGCAUGCCACAUUUCUCAGUGUCG
[ reference std structure ]
.........................................((((((.[[.....)))....(((((((...(.]].).........).)))).).).)))....((.....))(((((.(.(..((((....))))..).).))))).....................
[ reference ext structure ]
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( )
[ predicted structure ]
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3ZEX_F (ext)
[ FASTA input ]
CGAAUCGCCACUUCUCUUAUCUGGGUGCUCUGCCCGCCCUUGUCGGCGCCCAGUACCUUCAUUUUCACAAGAU
[ reference std structure ]
..................................((((......)))).........................
[ reference ext structure ]
..................(..(.........[(((((((.().))))))].)..).)................
( )
[ predicted structure ]
.(((((...)))))((((((((((((((((((((((((...))))).)))))))))))))))......)))).
3ZEX_G (ext)
[ FASTA input ]
GUGAGAUUGUGAAGGGAUCUCGCAGGCAUCGUGAGGGAAGUAUGGGGUAGUACGAGAGGAACUCCCAUGCCGUGCCUCUGGUUUCUGGAGUUUGUCGAAGGGCAAGUGCUCCGACGCUAUCGCACGGUGGUUCUCGGCUGAACGCCUCUAAGCCAGAAACCAGUCCCAAGACCGGGUGCCCG
[ reference std structure ]
...(((((.(...).)))))....((((((....(((..(..((((......(....).....))))..)((.((...((((....((((((((((....)))))..)))))...))))..)).)).((((....(.(.............).)....))))..))).......))))))..
[ reference ext structure ]
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( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
..............................................................................(((((((((((.(...........................................................))))))))))))(((....)))..........
3ZND_W (ext)
[ FASTA input ]
GGGCCCUUAGCUUAGUCUGGUUAAAGCGAUCGGCUCAUAACCGAUUGGGCGCUGGUUCGAAUCCGGCAGGGCCCACCA
[ reference std structure ]
..(........(.............)..(((...........))).......(((.......))).......).....
[ reference ext structure ]
.((((..(..{.{<(.......>)}}..(((([(.....])))))....)(((((.......)))))...))))....
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((..((((((((.((((((((((..).)))).)))))))))))))((((((...)..))))))))))))....
3ZND_W
[ FASTA input ]
GGGCCCUUAGCUUAGUCUGGUUAAAGCGAUCGGCUCAUAACCGAUUGGGCGCUGGUUCGAAUCCGGCAGGGCCCACCA
[ reference std structure ]
..(........(.............)..(((...........))).......(((.......))).......).....
[ reference ext structure ]
.((((..(..{.{<(.......>)}}..(((([(.....])))))....)(((((.......)))))...))))....
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
(((((((..((((((((.(((((.((((..).)))..)))))))))))))(((((.......))))))))))))....
4A1C_2 (ext)
[ FASTA input ]
AGAAAAUUUUCAACGGUGGAUAUCUAGGUUCCCGUGACGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGCAAUGCGAAUUGCAGAACCGCGAGUCAUCAGAUCUUUGAACGCAAGUGGUGGAGGUGUAAAAACCUUCAUGUUUGUUUCAGUGUGGAA
[ reference std structure ]
............................................((((((.[[.....))).....(.((((.....]]..........).)))..)...)))....((.....))(((((........)))))....................
[ reference ext structure ]
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[ predicted structure ]
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4A1C_3
[ FASTA input ]
GUUGUCGGCCAUACUAAGGUGAAAACACCGGAUCCCAUUCGAACUCCGAAGUUAAGCGCCUUAAGGCUGGGUUAGUACUAAGGUGGGGGACCGCUUGGGAAGUCCCAGUGUCGAUAGCCU
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[ reference ext structure ]
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( )
( )
( )
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[ predicted structure ]
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4A1C_2
[ FASTA input ]
AGAAAAUUUUCAACGGUGGAUAUCUAGGUUCCCGUGACGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGCAAUGCGAAUUGCAGAACCGCGAGUCAUCAGAUCUUUGAACGCAAGUGGUGGAGGUGUAAAAACCUUCAUGUUUGUUUCAGUGUGGAA
[ reference std structure ]
............................................((((((.[[.....))).....(.((((.....]]..........).)))..)...)))....((.....))(((((........)))))....................
[ reference ext structure ]
.......................................(.<((((({((.[[....[).}..)](((((((.((..]]...)....).).)))).))..))))>))((.....))(((((........)))))....................
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( )
( )
( )
[ predicted structure ]
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4A1C_3 (ext)
[ FASTA input ]
GUUGUCGGCCAUACUAAGGUGAAAACACCGGAUCCCAUUCGAACUCCGAAGUUAAGCGCCUUAAGGCUGGGUUAGUACUAAGGUGGGGGACCGCUUGGGAAGUCCCAGUGUCGAUAGCCU
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
((((((((({(.}((((((((....(<(((((...([[..)]].))))...>.).))))))).)))(((((..(.((((((((.(((..))))))))))))..))))).)))))))))..
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((((((..((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).)))))))))))((((((((.(((((((.((((..))))))))))))))))))).)))))))))..
4A4U_A (ext)
[ FASTA input ]
GGACCCGGCUGACGCUGGGUCC
[ reference std structure ]
(((((((((....)))))))))
[ reference ext structure ]
(((((((((....)))))))))
[ predicted structure ]
(((((((((....)))))))))
4A4U_A
[ FASTA input ]
GGACCCGGCUGACGCUGGGUCC
[ reference std structure ]
(((((((((....)))))))))
[ reference ext structure ]
(((((((((....)))))))))
[ predicted structure ]
(((((((((....)))))))))
4ATO_G (ext)
[ FASTA input ]
AAAUUGGUGUAACCUUACCGUAGUAGGUGCUAA
[ reference std structure ]
.....(((...[[[[.))).....]]]].....
[ reference ext structure ]
.....(((...[[[[[)))....]]]]].....
( )
()
[ predicted structure ]
...(((((...(((.(((....)))))))))))
4ATO_G
[ FASTA input ]
AAAUUGGUGUAACCUUACCGUAGUAGGUGCUAA
[ reference std structure ]
.....(((...[[[[.))).....]]]].....
[ reference ext structure ]
.....(((...[[[[[)))....]]]]].....
( )
()
[ predicted structure ]
...(((((...(((.(((....)))))))))))
4BW0_A
[ FASTA input ]
GGGGGAGCCGAAAGGCGAAGAACCCA
[ reference std structure ]
(((...(((....)))......))).
[ reference ext structure ]
((((((((((..)))))...))))).
( )
[ predicted structure ]
.(((..(((....)))......))).
4BW0_A (ext)
[ FASTA input ]
GGGGGAGCCGAAAGGCGAAGAACCCA
[ reference std structure ]
(((...(((....)))......))).
[ reference ext structure ]
((((((((((..)))))...))))).
( )
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((((((((((..)))))....)))))
4BY9_A
[ FASTA input ]
GCGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGAAAGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGC
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
((((((...((((.............(((((((((..)))))...)))).............))))))))))
( )
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4BY9_A (ext)
[ FASTA input ]
GCGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGAAAGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGC
[ reference std structure ]
((((((....................(...((((....))))......).................))))))
[ reference ext structure ]
((((((...((((.............(((((((((..)))))...)))).............))))))))))
( )
[ predicted structure ]
.((((((((((((((((((((((((((...)))))))).))))))))))))))))))((((((...))))))
4C7O_E (ext)
[ FASTA input ]
UGUUGGUUCUCCCGCAACGCGGAAGCGUGUGCCGGGAUGUAGCUGGCA
[ reference std structure ]
(((((((.((((((((((((....)))).))).)))).)..)))))))
[ reference ext structure ]
(((((((.(((((((((((((..))))).))).)))).)..)))))))
[ predicted structure ]
(((((((((((((((((((((..))))).))).)))).).))))))))
4C7O_E
[ FASTA input ]
UGUUGGUUCUCCCGCAACGCGGAAGCGUGUGCCGGGAUGUAGCUGGCA
[ reference std structure ]
(((((((.((((((((((((....)))).))).)))).)..)))))))
[ reference ext structure ]
(((((((.(((((((((((((..))))).))).)))).)..)))))))
[ predicted structure ]
((((((((((((((((((((....)))).))).)))).).))))))))
4ENB_A
[ FASTA input ]
GGCGAUGAGGCCCGCCCAAACUGCCCUGAAAAGGGCUGAUGGCCUCUACUG
[ reference std structure ]
((((..[[[[[[))))......(((((....)))))....]]]]]].....
[ reference ext structure ]
{((((.<<<<<<)).}...)..((((((..))))))).(.>>>>>>)....
( )
[ predicted structure ]
..((..((((((......(.(.(((((....))))).).)))))))..).)
4ENB_A (ext)
[ FASTA input ]
GGCGAUGAGGCCCGCCCAAACUGCCCUGAAAAGGGCUGAUGGCCUCUACUG
[ reference std structure ]
((((..[[[[[[))))......(((((....)))))....]]]]]].....
[ reference ext structure ]
{((((.<<<<<<)).}...)..((((((..))))))).(.>>>>>>)....
( )
[ predicted structure ]
..((((((((((......((((((((((..))))))))))))))))))).)
4ENC_A
[ FASTA input ]
GGGCGAUGAGGCCCGCCCAAACUGCCCUGAAAAGGGCUGAUGGCCUCUACUG
[ reference std structure ]
.((((..[[[[[[))))......(((((....)))))....]]]]]].....
[ reference ext structure ]
.{((((.<<<<<<)).}...)..((((((..))))))).(.>>>>>>)....
( )
[ predicted structure ]
((..((.(.(((..)))(.(.(.(((((....))))).).).)).))..)).
4ENC_A (ext)
[ FASTA input ]
GGGCGAUGAGGCCCGCCCAAACUGCCCUGAAAAGGGCUGAUGGCCUCUACUG
[ reference std structure ]
.((((..[[[[[[))))......(((((....)))))....]]]]]].....
[ reference ext structure ]
.{((((.<<<<<<)).}...)..((((((..))))))).(.>>>>>>)....
( )
[ predicted structure ]
((((((((.(((..)))((((((((((((..)))))))))))))))))))).
4FNJ_A (ext)
[ FASTA input ]
CUGCUGGCUAAGGCAUGAAAGUGCUAUGCCUGCUG
[ reference std structure ]
(.((.(((..((((((....))))).)))).)).)
[ reference ext structure ]
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( )
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((((((((.((((((((..))))))))))))))))
4FNJ_A
[ FASTA input ]
CUGCUGGCUAAGGCAUGAAAGUGCUAUGCCUGCUG
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
((((.((((()((((((..))))))).))).))))
( )
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(.((.(((.(.(((((....))))).)))).)).)
4FRG_B
[ FASTA input ]
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[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
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( )
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4FRG_B (ext)
[ FASTA input ]
GGCCUAAAAGCAUAGUGGGAAAGUGACGUGAAAUUCGUCCAGAUGCGAAAGCAUACGGUUAUACUCCGAAUGCCACCUAGGCCA
[ reference std structure ]
((((((........((((....(.((((.......)))))((((((....)))).[[[.....))]]]....)))).)))))).
[ reference ext structure ]
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( )
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4FRN_A (ext)
[ FASTA input ]
GGGCUAAAAGCAUGGUGGGAAAGUGACGUGUAAUUCGUCCACAUUACUUGAUACGGUUAUACUCCGAAUGCCACCUAGCCCAAAGUAGAGCAAGGAGACUCA
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
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( )
( )
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4FRN_A
[ FASTA input ]
GGGCUAAAAGCAUGGUGGGAAAGUGACGUGUAAUUCGUCCACAUUACUUGAUACGGUUAUACUCCGAAUGCCACCUAGCCCAAAGUAGAGCAAGGAGACUCA
[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
.(((((...{(.}(((((....(.(((([(..]..)))))(.(.<.<<<<).aaaa(.).).)AAAA..))))))))))).......(((>>>>...>))).
( )
( )
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((.((..(((.(..(((((..(((.((..)).)))..)))))..).)))(((.(((.......))).)).)..(((.((.(.(..).).)).))))).))..
4HXH_A (ext)
[ FASTA input ]
CCAAAGGCUCUUUUCAGAGCCACCCA
[ reference std structure ]
.....((((((....)))))).....
[ reference ext structure ]
.....((((((....)))))).....
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.((((((((((....)))))))))).
4HXH_A
[ FASTA input ]
CCAAAGGCUCUUUUCAGAGCCACCCA
[ reference std structure ]
.....((((((....)))))).....
[ reference ext structure ]
.....((((((....)))))).....
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.....((((((....)))))).....
4JF2_A
[ FASTA input ]
GAACCGCGAAAGCGGUUCCACGACGAUACUUAUUUCCUUUGAUCGUCGUUAUUACUGGCUUCGGCCACAAAGGAGA
[ reference std structure ]
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( )
( )
( )
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4JF2_A (ext)
[ FASTA input ]
GAACCGCGAAAGCGGUUCCACGACGAUACUUAUUUCCUUUGAUCGUCGUUAUUACUGGCUUCGGCCACAAAGGAGA
[ reference std structure ]
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( )
( )
( )
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4JRC_A (ext)
[ FASTA input ]
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[ reference std structure ]
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[ reference ext structure ]
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( )
( )
( )
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4JRC_A
[ FASTA input ]
GAACCCUCUCUUCCGAAGCGAGCCGGGGGCGGUGGGAGCCCGGUGAAGACGGUUCC
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( )
( )
( )
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4K27_U (ext)
[ FASTA input ]
GCCCCUGCCUGCCUGCAGCUAAGGAUGAAAGUCUAUGCUGCCUGCCUGCCUGGGC
[ reference std structure ]
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4K27_U
[ FASTA input ]
GCCCCUGCCUGCCUGCAGCUAAGGAUGAAAGUCUAUGCUGCCUGCCUGCCUGGGC
[ reference std structure ]
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4M4O_B
[ FASTA input ]
GGGUUCAUCAGGGCUAAAGAGUGCAGAGUUACUUAGUUCACUGCAGACUUGACGAACCC
[ reference std structure ]
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[ FASTA input ]
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( )
( )
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((((((((((((((((((((((((((((...))))))))))))))))))))))))))))
4M6D_L
[ FASTA input ]
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[ reference std structure ]
.(((..(.......((...(.(.[..)]..)...)))..))).
[ reference ext structure ]
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( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
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4M6D_D
[ FASTA input ]
GGCGGCUAAAGAGUGCAGAGUUACUUAGUUCACUGCAGACGC
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[ reference ext structure ]
.((((((...(..)((((.(.(.[..)]..).))))))))))
( )
( )
[ predicted structure ]
.(((.((..((.(.((.(((...))).)).).))..)).)))
4M6D_D (ext)
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.((((((...(..)((((.(.(.[..)]..).))))))))))
( )
( )
[ predicted structure ]
.(((((((((((((((((((...)))))))))))))))))))
4M6D_L (ext)
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( )
( )
( )
( )
[ predicted structure ]
((((((((((((((((((((...))))))))))))))))))))
4M6D_F (ext)
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..(.((.......((((.(.(.[..)]..).)))))).)..
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.(((((..(...)((((.(.(.[..)]..).)))))))).)
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4M6D_F
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..(.((.......((((.(.(.[..)]..).)))))).)..
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( )
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[ predicted structure ]
(((.((..((.(.((.(((...))).)).).))..)).)))
4MGN_B (ext)
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[ predicted structure ]
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4MGN_C
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[ predicted structure ]
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4MGN_B
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( )
( )
( )
[ predicted structure ]
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4MGN_D
[ FASTA input ]
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( )
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( )
[ predicted structure ]
((((((..((((.(...).)))).((((((.....))))))(((.(.(((..))).).)))..))))))...
4MGN_C (ext)
[ FASTA input ]
GAAUCAAUAGUAGUUAACCCUCUCUUCCGAAGCGAGCCGGGGGCGGUGGGAGCCCGGUGAAGACGGUUAAUGAAACGGCAGUUCC
[ reference std structure ]
(((.........(((((((...(((((.....(..[[[[[[..........)]]]]]]))))).)))))))..........))).
[ reference ext structure ]
(((.....(.(((((((((...(((((....([([{{{{{{....).]..)]}}}}}}))))).)))))))))).......))).
( )
[ predicted structure ]
(((((((((.(((((((((((((((((((..((..))))))))(((((((..))))))).))))))))))))))))))..)))).
N/A - RNA 2D structure in Vienna format could not have been generated (most likely due to difficult to represent pseudoknot structure). Check secondary structure file for details.
std - standard base pair definition
ext - extended base pair definition
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