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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - PknotsRG

1VX6_B	[ FASTA input ]	GACUCGUUCAUACUACAGUGGAUACACCAGAUCCCAUCAGAACUCUGAAGUUAAGCACUGUAAGGCUUGGCUAGUACUGAGGUGGGAGACCGCUCGGGAACACCAGGUGAUGAGUCAG
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2WDL_A	[ FASTA input ]	AGAUGGUAAGGGCCCACGGUGGAUGCCUCGGCACCCGAGCCGAUGAAGGACGUGGCUACCUGCGAUAAGCCAGGGGGAGCCGGUAGCGGGCGUGGAUCCCUGGAUGUCCGAAUGGGGGAACCCGGCCGGCGGGAACGCCGGUCACCGCGCUUGCGCGGGGGGAACCUGGGGAACUGAAACAUCUCAGUACCCAGAGGAGAGGAAAGAGAAAUCGACUCCCUGAGUAGCGGCGAGCGAAAGGGGACCAGCCUAAACCGUCCGGCUUGUCCGGGCGGGGUCGGGGGCCCUCGGCCGAAUCCCCAGCCUAGCCGAAGCUGUUGGGAAGCAGCGCCAGAGAGGGUGAAAGCCCCGUAGGCGAAAGGUGGGGGGAUAGGUGAGGGUACCCGAGUACCCCGUGGUUCGUGGAGCCAUGGGGGAAUCUGGGCGGACCACCGCCUAAGGCUAAGUACUCCGGGUGACCGAUAGCGCACCAGUACCGUGAGGGAAAGGUGAAAAGAACCCCGGGAGGGGAGUGAAAUAGAGCCUGAAACCGUGGGCUUACAAGCAGUCACGGCCCCAAGGGGUUGUGGCGUGCCUAUUGAAGCAUGAGCCGGCGACUCACGGUCGUGGGCGAGCUUAAGCCGUUGAGGCGGAGGCGUAGGGAAACCGAGUCCGAACAGGGCGCGUCCGCGGCCGUGGACCCGAAACCGGGCGAGCUAGCCCUGGCCAGGGUGAAGCUGGGGUGAGACCCAGUGGAGGCCCGAACCGGUGGGGGAUGCAAACCCCUCGGAUGAGCUGGGGCUAGGAGUGAAAAGCUAACCGAGCCCGGAGAUAGCUGGUUCUCCCCGAAAUGACUUUAGGGUCAGCCUCAGGCGCUGACUGGGGCCUGUAGAGCACUGAUAGGGCUAGGGGGCCCACCAGCCUACCAAACCCUGUCAAACUCCGAAGGGUCCCAGGUGGAGCCUGGGAGUGAGGGCGCGAGCGAUAACGUCCGCGUCCGAGCGCGGGAACAACCGAGACCGCCAGCUAAGGCCCCCAAGUCUGGGCUAAGUGGUAAAGGAUGUGGCGCCGCGAAGACAGCCAGUCGAGUGGCGCCGCGCCGAAAAUGAUCGGGGCUUAAGCCCAGCGCCGAAGCUGCGGGUCUGGGGGAUGACCCCAGGCGGUAGGGGAGCGUUCCCGAUGCCGAUGAAGGCCGACCCGCGAGGGCGGCUGGAGGUAAGGGAAGUGCGAAUGCCGGCAUGAGUAACGAUAAAGAGGGUGAGAAUCCCUCUCGCCGUAAGCCCAAGGGUUCCUACGCAAUGGUCGUCAGCGUAGGGUUAGGCGGGACCUAAGGUGAAGCCGAAAGGCGUAGCCGAAGGGCAGCCGGUUAAUAUUCCGGCCCUUCCCGCAGGUGCGAUGGGGGGACGCUCUAGGCUAGGGGGACCGGAGCCAUGGACGAGCCCGGCCAGAAGCGCAGGGUGGGAGGUAGGCAAAUCCGCCUCCCAACAAGCUCUGCGUGGUGGGGAAGCCCGCAACCCCCCGAAGCCAGGGAGCCAAGAAAAGCCUCUAAGCACAACCUGCGGGAACCCGUACCGCAAACCGACACAGGUGGGCGGGUGCAAGAGCACUCAGGCGCGCGGGAGAACCCUCGCCAAGGAACUCUGCAAGUUGGCCCCGUAACUUCGGGAGAAGGGGUGCUCCCUGGGGUGAUGAGCCCCGGGGAGCCGCAGUGAACAGGCUCUGGCGACUGUUUACCAAAAACACAGCUCUCUGCGAACUCGUAAGAGGAGGUAUAGGGAGCGACGCUUGCCCGGUGCCGGAAGGUCAAGGGGAGGGGUGCAAGCCCCGAACCGAAGCCCCGGUGAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAAAGCGUAACGACCGGAGCGCUGUCUCGGCGAGGGACCCGGUGAAAUUGAACUGGCCGUGAAGAUGCGGCCUACCCGUGGCAGGACGAAAAGACCCCGUGGAGCUUUACUGCAGCCUGGUGUUGGCUCUUGGUCGCGCCUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGUGAACCCCCGCCUCCGGGUGGGGGGGAGGCGCCGGUGAAAUACCACCCUGGCGCGGCUGGGGGCCUAACCCUCGGAUGGGGGGACAGCGCUUGGCGGGCAGUUUGACUGGGGCGGUCGCCUCCUAAAAGGUAACGGAGGCGCCCAAAGGUCCCCUCAGGCGGGACGGAAAUCCGCCGGAGAGCGCAAGGGUAGAAGGGGGCCUGACUGCGAGGCCUGCAAGCCGAGCAGGGGCGAAAGCCGGGCCUAGUGAACCGGUGGUCCCGUGUGGAAGGGCCAUCGAUCAACGGAUAAAAGUUACCCCGGGGAUAACAGGCUGAUCUCCCCCGAGCGUCCACAGCGGCGGGGAGGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCGUCGCAUCCUGGGGCUGAAGAAGGUCCCAAGGGUUGGGCUGUUCGCCCAUUAAAGCGGCACGCGAGCUGGGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCUCUAUCCGCCACGGGCGCAGGAGGCUUGAGGGGGGCUCUUCCUAGUACGAGAGGACCGGAAGGGACGCACCUCUGGUUUCCCAGCUGUCCCUCCAGGGGCAUAAGCUGGGUAGCCAUGUGCGGAAGGGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCCGCCCCAAGAUGAGGCCUCCCACGGCGUCAAGCCGGUAAGGACCCGGGAAGACCACCCGGUGGAUGGGCCGGGGGUGUAAGCGCCGCGAGGCGUUGAGCCGACCGGUCCCAAUCGUCCGAGGUCU
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2WRQ_Y	[ FASTA input ]	GCUGAUAUAGCUCAGUUGGUAGAGCGCACCCUUGGUGAGGGUGAGGUCGGCAGUUCGAAUCUGCCUAUCAGCACCA
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2WW9_D	[ FASTA input ]	AGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUGAAUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAAUCUUUG
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	[ reference ext structure ]	(((({([<(.(.)..].}..)>((((((...(((..).))).......)..)).)).).)))) ( ) ( ) ( ) ( ) () ( ) ()
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2WW9_E	[ FASTA input ]	UGAAAAGAACUUUGAAAAGAGAGUGAAAAAGUAC
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2WW9_F	[ FASTA input ]	CCACGUCAACAGCAGUUGGACGUGG
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2WWQ_V	[ FASTA input ]	CGGCACGUAGCGCAGCCUGGUAGCGCACCGUCAUGGGGUGUCGGGGGUCGGAGGUUCAAAUCCUCUCGUGCCGACCA
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2XKV_B	[ FASTA input ]	CUCUGUUGGUUCUCUGUGCUCUGUGCUCUGUUUACCAGGUCAGGUCCGAAAGGAAGCAGCCAAGGCAGAGACGCAGAGCAGGCAGAUGUAGCUGGC
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2XQD_Y	[ FASTA input ]	AGGGGCGUAGUUCAAUUGGUAGAACACCGGUCUCCAAAACCGGGUGUUGGGAGUUCGAGUCUCUCCGCCCCUGCCA
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2XXA_G	[ FASTA input ]	GCAUUGCUGGUGCAGCGCAGCGCGGACGCCCGAACCUGGUCAGAGCCGGAAGGCAGCAGCCAUAAGGGAUGCUUUGCGGGUGCCGUUGCCUUCCGGCAAUGC
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2YIE_Z	[ FASTA input ]	GAUUGAUUUGGUGAAAUUCCAAAACCGACAGUAGAGUCUGGAUGAGAGAAGAUUCG
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2YIE_X	[ FASTA input ]	GAUCUUCGGGGCAGGGUGAAAUUCCCGACCGGUGGUAUAGUCCACGAAUCCAU
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3AKZ_H	[ FASTA input ]	UGGGAGGUCGUCUAACGGUAGGACGGCGGACUCUGGAUCCGCUGGUGGAGGUUCGAGUCCUCCCCUCCCAGCCA
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3G4S_9	[ FASTA input ]	UUAGGCGGCCACAGCGGUGGGGUUGCCUCCCGUACCCAUCCCGAACACGGAAGAUAAGCCCACCAGCGUUCCAGGGAGUACUGGAGUGCGCGAGCCUCUGGGAAAUCCGGUUCGCCGCCACC
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3J0L_1	[ FASTA input ]	GAAUGAUUAGAGGUUCCGGGGUCGAAAUGACCUUGACCUAUUCUCAAACU
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3J0L_2	[ FASTA input ]	GCCCAGUGCUCUGAAUGUCAAAGUGAAGAAAUUCAACCAAGCGCGGGUAAACGGCGGGAGUAACUAUGACUCUCUUAAGGUAGCCAAAUGCCUCGUCAUCUAAUUAGUGACG
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3J0L_g	[ FASTA input ]	GAACCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGG
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3J0L_h	[ FASTA input ]	CACCGCCCGUCGCUUGUAGUAACGAAUGGUCUGGUGAACCUUCUGGACUGCGACAGCAAUGUUGCGGAAAAAUAAGUAAACCCUACCAUUUGGAACAACAAGAAGUCGUAA
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3J0L_a	[ FASTA input ]	GGAGGGCAAGUCAUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUA
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3J0L_8	[ FASTA input ]	GACCGUCGUGAGACAGGUUA
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3J16_L	[ FASTA input ]	UCCGUGAUAGUUUAAUGGUCAGAAUGGGCGCUUGUCGCGUGCCAGAUCGGGGUUCAAUUCCCCGUCGCGGAGCCA
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3J20_0	[ FASTA input ]	GCCGCCGUAGCUUAGCUGGUGGAGCGCCGGACUGUUAAUCCGGCGGUCCCCGGUUCGAAUCCGGGCGGCGGCGCCA
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3J2C_O	[ FASTA input ]	UGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGUUGCAAAAGAAGUAGGUAGCUUAACCUUCGGGAGGGCGCUUACCACUUUGUGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUCA
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3J2L_3	[ FASTA input ]	CGGCGGCCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGGUCUCAUUUCGAACCCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUCCCGGUUGUACUGCCCUCCGAGAGGGGGCGGGAAGCCGGGGACGCCGCCGGCCACUAUC
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3J3D_C	[ FASTA input ]	AGCAGAGUGGCGCAGCGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCGAUGGAUCGAAACCAUCCUCUGCUACCA
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3J3E_7	[ FASTA input ]	GCCAACGACCAUACCACGCUGAAUACAUCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAAUUAAGCAGCGUCGCGGGCGGUUAGUACUUAGAUGGGGGACCGCUUGGGAACACCGCGUGUUGUUGGCCU
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3J3F_7	[ FASTA input ]	GUCUACGGCCAUACCACCCUGAACGCGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCGGGUGCUGUAGGCUUU
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3J3F_8	[ FASTA input ]	CGACUCUUAGCGGUGGAUCACUCGGCUCGUGCGUCGAUGAAGAACGCAGCUAGCUGCGAGAAUUAAUGUGAAUUGCAGGACACAUUGAUCAUCGACACUUCGAACGCACUUGCGGCCCCGGGUUCCUCCCGGGGCUACGCCUGUCUGAGCGUCGCUU
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3J3V_B	[ FASTA input ]	UUUGGUGGCGAUAGCGAAGAGGUCACACCCGUUCCCAUACCGAACACGGAAGUUAAGCUCUUCAGCGCCGAUGGUAGUCGGGGGUUUCCCCCUGUGAGAGUAGGACGCCGCCAAGCAAG
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3J45_4	[ FASTA input ]	CGGUGCCGGAAGGUUAAUUGAUGGGGUUAGCGCAAGCGAAGCUCUUGAUCGAAGCCCCGGU
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3J46_2	[ FASTA input ]	AAGGGUUCCUGUCCAACGUUAAUCGGGGCAGGGUGA
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3J46_p	[ FASTA input ]	GCGGGAAUAGCUCAGUUGGUAGAGCACGACCUUGCCAAGGUCGGGGUCGCGAGUUCGAGUCUCGUUUCCCGCUCCA
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3J46_4	[ FASTA input ]	CUGAACAUUGAGCCUUGAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAAGUGUGGACGCCAGUCUGCAUGGAGCCGACCUUGAAAUACCACCCUUUAAUGUUUGAUGUUCUAA
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3J6V_A	[ FASTA input ]	CAUAGGUUUGGUCCCAGCCUUCCUGUUAACUCUUAAUAAACUUACACAUGCAAGCAUCUACACCCCAGUGAGAAUGCCCUCUAGGUUAUUAAAACUAAGAGGAGCUGGCAUCAAGCACACACCCUGUAGCUCACGACGCCUUGCUUAACCACACCCCACGGGAAACAGCAGUGACAAAAAUUAAGCCAUAAACGAAAGUUUGACUAAGUUAUAUUAAUUAGGGUUGGUAAAUCUCGUGCCAGCCACCGCGGUCAUACGAUUAACCCAAGCUAACAGGAGUACGGCGUAAAACGUGUUAAAGCACCAUACCAAAUAGGGUUAAAUUCUAACUAAGCUGUAAAAAGCCAUGAUUAAAAUAAAAAUAAAUGACGAAAGUGACCCUACAAUAGCCGACGCACUAUAGCUAAGACCCAAACUGGGAUUAGAUACCCCACUAUGCUUAGCCCUAAACACAGAUAAUUACAUAAACAAAAUUAUUCGCCAGAGUACUACUAGCAACAGCUUAAAACUCAAAGGACUUGGCGGUGCUUUAUAUCCUUCUAGAGGAGCCUGUUCUAUAAUCGAUAAACCCCGAUAAACCUCACCAAUUCUUGCUAAUACAGUCUAUAUACCGCCAUCUUCAGCAAACCCUAAAAAGGAAAAAAAGUAAGCGUAAUUAUGAUACAUAAAAACGUUAGGUCAAGGUGUAACCUAUGAAAUGGGAAGAAAUGGGCUACAUUCUCUACACCAAGAGAAUCAAGCACGAAAGUUAUUAUGAAACCAAUAACCAAAGGAGGAUUUAGCAGUAAACUAAGAAUAGAGUGCUUAGUUGAAUUAGGCCAUGAAGCACGCACACACCGCCCGUCACCCUCCUCAAAUAGAUUCAGUGCAUCUAACCCUAUUUAAACGCACUAGCUACAUGAGAGGAGACAAGUCGUAACAAGGUAAGCAUACUGGAAAGUGUGCUUGGAUAAAU
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3J7A_7	[ FASTA input ]	GGGUAAUUGGCGCAGUUGGUUAGCGCGCGGGUCUCAUAAUCCCGAGGUCGUGAGUUCGAUCCUCACAUUACCCA
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3JB9_N	[ FASTA input ]	GAUCUUCGGAUCACUUUGGUCAAAUUGAAACGAUACAGAGAAGAUUAGCAUGGCCCCUGCACAAGGAUGACACUGCGACAUUGAGAGAAA
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3JB9_C	[ FASTA input ]	CGUCAAAGCACUUUGCAAAAGCUAACGUAUCUGUUUCUUGCCUUUUACCAGAAACAGCCGUUUGUAAGGUGUGCUAAUUUGACUGUAUAGUUUUUGUAAUCUUUU
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3JYX_4	[ FASTA input ]	AAACUUUCAACAACGGAUCUCUUGGUUCUCGCAUCGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUAGGUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAUCUUUGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUGCCUGUUUGAGCGUCAUUU
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3WQY_C	[ FASTA input ]	GGGCUCGUAGCUCAGCGGGAGAGCGCCGCCUUUGCGAGGCGGAGGCCGCGGGUUCAAAUCCCGCCGAGUCCACCA
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3ZEX_D	[ FASTA input ]	GGGUACGACCAUACUUGGCCGAAUGCACCAUAUCCCGUCCGAUUUGUGAAGUUAAGCGGCCACAGGCCUCGUUAGUACGGCGAUCAGUGAUGGCGCUGGAACCCGGGGUGUUGUACUCU
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3ZEX_F	[ FASTA input ]	CGAAUCGCCACUUCUCUUAUCUGGGUGCUCUGCCCGCCCUUGUCGGCGCCCAGUACCUUCAUUUUCACAAGAU
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3ZEX_E	[ FASTA input ]	UGGAAAUGCGAAACACUUGCCAGGUGACCCAUCCAUCCUCCCACGGUGAGCUUUCUUUUCACCAUAAUCCACAUCUCCGGCCUUGCUGGGGCUUGGGCCUCUCGACUUCUCGCGUUACUCGGAGCGGGGGCUCAAGAUUGAAAAAUGCAGCUCACCCUACGUACUGUCCUUUGUUGUGAGUUCGGCGCAUUAAAGCAAAAACCUGGGGUG
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3ZEX_G	[ FASTA input ]	GUGAGAUUGUGAAGGGAUCUCGCAGGCAUCGUGAGGGAAGUAUGGGGUAGUACGAGAGGAACUCCCAUGCCGUGCCUCUGGUUUCUGGAGUUUGUCGAAGGGCAAGUGCUCCGACGCUAUCGCACGGUGGUUCUCGGCUGAACGCCUCUAAGCCAGAAACCAGUCCCAAGACCGGGUGCCCG
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3ZEX_H	[ FASTA input ]	UUUUGUCCCUCUCCAAACGAGAGUACAUGCAUGGGCUGGCAUGAGCGGCACGCUCCACGACCGUGGGGCUCGAGGGGCACUUUACGUCCCGAGGCGCUGAACCUUGAUGCUUGGAAUUUCAUGCUCAGGGACUUU
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3ZEX_C	[ FASTA input ]	AACGUGUCGCGAUGGAUGACUUGGCUUCCUAUUUCGUUGAAGAACGCAGCAAAGUGCGAUAAGUGGUAUCAAUUGCAGAAUCAUUUCAUUGCCCAAUCUUUGAACGCAAACGGCGCAUGGGAGAAGCUCUCUCGAGCCAUCCCCGUGCAUGCCACAUUUCUCAGUGUCG
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3ZND_W	[ FASTA input ]	GGGCCCUUAGCUUAGUCUGGUUAAAGCGAUCGGCUCAUAACCGAUUGGGCGCUGGUUCGAAUCCGGCAGGGCCCACCA
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4A1C_3	[ FASTA input ]	GUUGUCGGCCAUACUAAGGUGAAAACACCGGAUCCCAUUCGAACUCCGAAGUUAAGCGCCUUAAGGCUGGGUUAGUACUAAGGUGGGGGACCGCUUGGGAAGUCCCAGUGUCGAUAGCCU
	[ reference std structure ]	(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((......(((((..((....)).))))).....)))))))))))))))..
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4A1C_2	[ FASTA input ]	AGAAAAUUUUCAACGGUGGAUAUCUAGGUUCCCGUGACGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGCAAUGCGAAUUGCAGAACCGCGAGUCAUCAGAUCUUUGAACGCAAGUGGUGGAGGUGUAAAAACCUUCAUGUUUGUUUCAGUGUGGAA
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4A4U_A	[ FASTA input ]	GGACCCGGCUGACGCUGGGUCC
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4AOB_A	[ FASTA input ]	GGCUUAUCAAGAGAGGGCAAGAGACUGGCUUGAUGACCCCCGGCAACCAAAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGAGGAAACGUUGAAAGAUGAGCCA
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4ATO_G	[ FASTA input ]	AAAUUGGUGUAACCUUACCGUAGUAGGUGCUAA
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4BW0_A	[ FASTA input ]	GGGGGAGCCGAAAGGCGAAGAACCCA
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4BY9_A	[ FASTA input ]	GCGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGAAAGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGC
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4BYQ_N	[ FASTA input ]	GUCGCGCCUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGUGAACCCCCGCCUCCGGGUGGGGGGGAGGCGCCGGUGAAAUACCACCCUGGCGCGG
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4C4Q_N	[ FASTA input ]	GACUAGCCGUAGUGGCGAGCUCCCUGGGUGGUCUAAGUCCUGAGUACAGGACAGUCGUCAGUAGUUCGACGUGAGCACUAGCCCACCUCGAGAUGCUACGUGGACGAGGGCAUGCCCAAGACACACCUUAACCCUGGCGGGGGUCGCUAGGGUGAAAUCACAUUAUGUGAUGGGGGUACGACCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUAGCAGGCUAGUAUAAAAAUCUCUGC
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4C4W_H	[ FASTA input ]	GAGCAAGAGCCAUUGCACUCCGGUUUGAUGACCUC
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4C7O_E	[ FASTA input ]	UGUUGGUUCUCCCGCAACGCGGAAGCGUGUGCCGGGAUGUAGCUGGCA
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4CXG_1	[ FASTA input ]	CGCCCGUCGCUACUACCGAUUGGAUGGUUUAGUGAGGCCCUCGGAUCGGCCCCGCCGGGGUCGGCCCACGGCCCUGGCGGAGCGCUGAGAAGACGGUCGAACUUGACUAUCUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAA
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4UN5_A	[ FASTA input ]	AUAACUCAAUUUGUAAAAAAGUUUUAGAGCUAGAAAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUG
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4UYJ_R	[ FASTA input ]	GGGGCUAGGCCGGGGGGUUCGGCGUCCCCUGUAACCGGAAACCGCCGAUAUGCCGGGGCCGAAGCCCGAGGGGCGGUUCCCGUAAGGGUUCCCACCCUCGGGCGUGCCU
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N/A - RNA 2D structure in Vienna format could not have been generated (most likely due to difficult to represent pseudoknot structure). Check secondary structure file for details.
std - standard base pair definition
ext - extended base pair definition