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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - RNASLOpt

1VX6_B	[ FASTA input ]	GACUCGUUCAUACUACAGUGGAUACACCAGAUCCCAUCAGAACUCUGAAGUUAAGCACUGUAAGGCUUGGCUAGUACUGAGGUGGGAGACCGCUCGGGAACACCAGGUGAUGAGUCAG
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2LC8_A	[ FASTA input ]	GGUCAGGGUCAGGAGCCCCCCCCUGAACCCAGGAUAACCCUCAAAGUCGGGGGGCA
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2LDL_A	[ FASTA input ]	GGAUCCAUUCGAUUAGUGAACGGAUCC
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2LHP_A	[ FASTA input ]	GGGUGAAAUGGAGGACUUCGGUCCUCAAAUUUCACCC
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2LK3_A	[ FASTA input ]	GGCUUAGAUCAGAAAUGAUCAGCC
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2LKR_A	[ FASTA input ]	GGCAAUACAGAGAUGAUCAGCAGUUCCCCUGCAUAAGGAUGAACCGUUUUACAAAGAGAUUUCUUCGGGAAUCUCUUUGCCUUUUGGCUUAGAUCAAGUGUAGUAUCUGUC
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2LQZ_A	[ FASTA input ]	GGACUUCCAUUGCUUCGGCAAAAGUCC
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2M58_A	[ FASTA input ]	GAAGAAAGGGCUUCGGCCACUCAAACUACAGAGACGCCAGUCACUCAGAUAUCCUGGU
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2MF0_G	[ FASTA input ]	UGUCGACGGAUAGACACAGCCAUCAAGGACGAUGGUCAGGACAUCGCAGGAAGCGAUUCAUCAGGACGAUGA
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2MHI_A	[ FASTA input ]	GGAAACGCCGCGGUCAGCUCGGCUGCUGCGAAGAGUUCGUCUCUGUUGUUUCC
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2MI0_B	[ FASTA input ]	GCGGCAGUUGACUACUGUCGC
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2MI0_A	[ FASTA input ]	GAGCAGCAUCGUCGGCUGCUCA
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2MQT_A	[ FASTA input ]	GGGCGAGGGUCUCCUCUGAGUGAUUGACUACCCGUCAGCGGGGGUCUUUCAUUUGGGGGCUCGUGCCC
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2MS1_B	[ FASTA input ]	GGCUCGUUGGUCUAGGGGUAUGAUUCUCGCUUAGGGUGCGAGAGGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGACGAGCC
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2MXL_A	[ FASTA input ]	GGAUUUGCAGGCCUACCAGAAACGGAUGGGAGUGCAGAU
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2N0R_A	[ FASTA input ]	CUGAGCUCGAAAGAGCAAUGAUG
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2N1Q_A	[ FASTA input ]	GGUGCCCGUCUGUUGUGUGACUCUGGUGAGAGCCAGAGGAGAUCUCUCGACGCAGGACUCGGCUUGCUGGAGACGGCAAGAGGCGAGGGGCGGCGACUGGUGAGUACGCCAAAAAUUUUGACUAGCGGAGGCUAGAAGGAGAGAGAUGGGUGCCC
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2N2O_A	[ FASTA input ]	GCAUGUUUUCUGUGAAAACGGUU
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2N6Q_A	[ FASTA input ]	AACCUUCACCAAUUAGGUUCAAAUAAGUGGU
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2N7M_X	[ FASTA input ]	GGCCUUAUGCACGGGAAAUACGCAUAUCAGUGAGGAUUCGUCCGAGAUUGUGUUUUUGCUGGUGUAAAUCAGCAGUUCCCCUGCAUAAGGCU
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2N8V_X	[ FASTA input ]	GGAACAGCUGUACUGGGCAGUUACAGCAGUCGUAUGGUAACACAUGCGGCGUUCCGAAAUACCAUGCCUG
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3J0L_h	[ FASTA input ]	CACCGCCCGUCGCUUGUAGUAACGAAUGGUCUGGUGAACCUUCUGGACUGCGACAGCAAUGUUGCGGAAAAAUAAGUAAACCCUACCAUUUGGAACAACAAGAAGUCGUAA
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3J0L_a	[ FASTA input ]	GGAGGGCAAGUCAUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUA
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3J0L_g	[ FASTA input ]	GAACCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGG
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3J0L_7	[ FASTA input ]	GCUUGUGGCAGUCAAGCGUUCAUAGCGACAUUGCUUUUUGAUUCUUCGAU
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3J16_L	[ FASTA input ]	UCCGUGAUAGUUUAAUGGUCAGAAUGGGCGCUUGUCGCGUGCCAGAUCGGGGUUCAAUUCCCCGUCGCGGAGCCA
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3J20_0	[ FASTA input ]	GCCGCCGUAGCUUAGCUGGUGGAGCGCCGGACUGUUAAUCCGGCGGUCCCCGGUUCGAAUCCGGGCGGCGGCGCCA
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3J2C_O	[ FASTA input ]	UGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGUUGCAAAAGAAGUAGGUAGCUUAACCUUCGGGAGGGCGCUUACCACUUUGUGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUCA
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3J2C_M	[ FASTA input ]	GCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGUCUUGACAUCCACGGAAGUUUUCAGAGAUGAGAAUGUGCCUUCGGGAACCGUGAGACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUUGUGAAAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCCUUUGUUGCCAGCGGUCCGGCCGGGAACUCAAAGGAGACUGCCAGUGAUAAACUGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGGCCCUUACGACCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGCAUACAAAGAGAAGCGACCUCGCGAGAGCAAGCGGACCUCAUAAAGUGCGUCGUAGUCCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGAAUGCCACGGUGAAUACGUUCCCGGGCCU
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3J2L_3	[ FASTA input ]	CGGCGGCCAUAGCGGGGGGGCCACACCCGGUCUCAUUUCGAACCCGGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAUCCCGGUUGUACUGCCCUCCGAGAGGGGGCGGGAAGCCGGGGACGCCGCCGGCCACUAUC
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3J3D_C	[ FASTA input ]	AGCAGAGUGGCGCAGCGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCGAUGGAUCGAAACCAUCCUCUGCUACCA
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3J3E_7	[ FASTA input ]	GCCAACGACCAUACCACGCUGAAUACAUCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAAUUAAGCAGCGUCGCGGGCGGUUAGUACUUAGAUGGGGGACCGCUUGGGAACACCGCGUGUUGUUGGCCU
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3J3E_8	[ FASTA input ]	AACUCUAAGCGGUGGAUCACUCGGCUCAUGGGUCGAUGAAGAACGCAGCAAACUGUGCGUCAUCGUGUGAACUGCAGGACACAUGAACAUCGACAUUUUGAACGCAUAUCGCAGUCCAUGCUG
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3J3F_8	[ FASTA input ]	CGACUCUUAGCGGUGGAUCACUCGGCUCGUGCGUCGAUGAAGAACGCAGCUAGCUGCGAGAAUUAAUGUGAAUUGCAGGACACAUUGAUCAUCGACACUUCGAACGCACUUGCGGCCCCGGGUUCCUCCCGGGGCUACGCCUGUCUGAGCGUCGCUU
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3J3F_7	[ FASTA input ]	GUCUACGGCCAUACCACCCUGAACGCGCCCGAUCUCGUCUGAUCUCGGAAGCUAAGCAGGGUCGGGCCUGGUUAGUACUUGGAUGGGAGACCGCCUGGGAAUACCGGGUGCUGUAGGCUUU
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3J3V_B	[ FASTA input ]	UUUGGUGGCGAUAGCGAAGAGGUCACACCCGUUCCCAUACCGAACACGGAAGUUAAGCUCUUCAGCGCCGAUGGUAGUCGGGGGUUUCCCCCUGUGAGAGUAGGACGCCGCCAAGCAAG
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3J45_4	[ FASTA input ]	CGGUGCCGGAAGGUUAAUUGAUGGGGUUAGCGCAAGCGAAGCUCUUGAUCGAAGCCCCGGU
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3J46_p	[ FASTA input ]	GCGGGAAUAGCUCAGUUGGUAGAGCACGACCUUGCCAAGGUCGGGGUCGCGAGUUCGAGUCUCGUUUCCCGCUCCA
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3J46_4	[ FASTA input ]	CUGAACAUUGAGCCUUGAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAAGUGUGGACGCCAGUCUGCAUGGAGCCGACCUUGAAAUACCACCCUUUAAUGUUUGAUGUUCUAA
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3J46_1	[ FASTA input ]	AAGGACGUGCUAAUCUGCGAUAAGCGUCGGUAAGGUGAUAUGAACCGUUAUAACCGGCGAUUU
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3UZL_B	[ FASTA input ]	GGUGGGGUUCCCGAGCGGCCAAAGGGAGCAGACUGUAAAUCUGCCGUCAUCGACUUCGAAGGUUCGAAUCCUUCCCCCACCACCA
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3W3S_B	[ FASTA input ]	GGGAGAGGUUGGCCGGCUGGUGCCGCCCCGGGACUUCAAAUCCCGUGGGAGGUCCCGCAAGGGAGCUCCGGAGGGUUCGAUUCCCUCCCUCUCCCGCC
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3WC1_P	[ FASTA input ]	GCCAUCAUAGUAUAGUGGUCAUUAUAAAUCGUUGUGGCCGAUUAGACCCAAGUUCGAUUCUUGGUGAUGGCAC
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3ZEX_D	[ FASTA input ]	GGGUACGACCAUACUUGGCCGAAUGCACCAUAUCCCGUCCGAUUUGUGAAGUUAAGCGGCCACAGGCCUCGUUAGUACGGCGAUCAGUGAUGGCGCUGGAACCCGGGGUGUUGUACUCU
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3ZEX_E	[ FASTA input ]	UGGAAAUGCGAAACACUUGCCAGGUGACCCAUCCAUCCUCCCACGGUGAGCUUUCUUUUCACCAUAAUCCACAUCUCCGGCCUUGCUGGGGCUUGGGCCUCUCGACUUCUCGCGUUACUCGGAGCGGGGGCUCAAGAUUGAAAAAUGCAGCUCACCCUACGUACUGUCCUUUGUUGUGAGUUCGGCGCAUUAAAGCAAAAACCUGGGGUG
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3ZEX_H	[ FASTA input ]	UUUUGUCCCUCUCCAAACGAGAGUACAUGCAUGGGCUGGCAUGAGCGGCACGCUCCACGACCGUGGGGCUCGAGGGGCACUUUACGUCCCGAGGCGCUGAACCUUGAUGCUUGGAAUUUCAUGCUCAGGGACUUU
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3ZEX_F	[ FASTA input ]	CGAAUCGCCACUUCUCUUAUCUGGGUGCUCUGCCCGCCCUUGUCGGCGCCCAGUACCUUCAUUUUCACAAGAU
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3ZEX_G	[ FASTA input ]	GUGAGAUUGUGAAGGGAUCUCGCAGGCAUCGUGAGGGAAGUAUGGGGUAGUACGAGAGGAACUCCCAUGCCGUGCCUCUGGUUUCUGGAGUUUGUCGAAGGGCAAGUGCUCCGACGCUAUCGCACGGUGGUUCUCGGCUGAACGCCUCUAAGCCAGAAACCAGUCCCAAGACCGGGUGCCCG
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3ZND_W	[ FASTA input ]	GGGCCCUUAGCUUAGUCUGGUUAAAGCGAUCGGCUCAUAACCGAUUGGGCGCUGGUUCGAAUCCGGCAGGGCCCACCA
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4A1C_2	[ FASTA input ]	AGAAAAUUUUCAACGGUGGAUAUCUAGGUUCCCGUGACGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGCAAUGCGAAUUGCAGAACCGCGAGUCAUCAGAUCUUUGAACGCAAGUGGUGGAGGUGUAAAAACCUUCAUGUUUGUUUCAGUGUGGAA
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4A1C_3	[ FASTA input ]	GUUGUCGGCCAUACUAAGGUGAAAACACCGGAUCCCAUUCGAACUCCGAAGUUAAGCGCCUUAAGGCUGGGUUAGUACUAAGGUGGGGGACCGCUUGGGAAGUCCCAGUGUCGAUAGCCU
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4A4U_A	[ FASTA input ]	GGACCCGGCUGACGCUGGGUCC
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4ATO_G	[ FASTA input ]	AAAUUGGUGUAACCUUACCGUAGUAGGUGCUAA
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4BW0_A	[ FASTA input ]	GGGGGAGCCGAAAGGCGAAGAACCCA
	[ reference std structure ]	(((...(((....)))......))).
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4BY9_A	[ FASTA input ]	GCGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGAAAGAGCAAUGAUGAGUGAUGGGCGAACUGAGCUCGC
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4BYQ_N	[ FASTA input ]	GUCGCGCCUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGUGAACCCCCGCCUCCGGGUGGGGGGGAGGCGCCGGUGAAAUACCACCCUGGCGCGG
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4C4Q_N	[ FASTA input ]	GACUAGCCGUAGUGGCGAGCUCCCUGGGUGGUCUAAGUCCUGAGUACAGGACAGUCGUCAGUAGUUCGACGUGAGCACUAGCCCACCUCGAGAUGCUACGUGGACGAGGGCAUGCCCAAGACACACCUUAACCCUGGCGGGGGUCGCUAGGGUGAAAUCACAUUAUGUGAUGGGGGUACGACCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUAGCAGGCUAGUAUAAAAAUCUCUGC
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4C4W_H	[ FASTA input ]	GAGCAAGAGCCAUUGCACUCCGGUUUGAUGACCUC
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4CXG_1	[ FASTA input ]	CGCCCGUCGCUACUACCGAUUGGAUGGUUUAGUGAGGCCCUCGGAUCGGCCCCGCCGGGGUCGGCCCACGGCCCUGGCGGAGCGCUGAGAAGACGGUCGAACUUGACUAUCUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAA
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4ENB_A	[ FASTA input ]	GGCGAUGAGGCCCGCCCAAACUGCCCUGAAAAGGGCUGAUGGCCUCUACUG
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4ENC_A	[ FASTA input ]	GGGCGAUGAGGCCCGCCCAAACUGCCCUGAAAAGGGCUGAUGGCCUCUACUG
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4FRN_A	[ FASTA input ]	GGGCUAAAAGCAUGGUGGGAAAGUGACGUGUAAUUCGUCCACAUUACUUGAUACGGUUAUACUCCGAAUGCCACCUAGCCCAAAGUAGAGCAAGGAGACUCA
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4HXH_A	[ FASTA input ]	CCAAAGGCUCUUUUCAGAGCCACCCA
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4JF2_A	[ FASTA input ]	GAACCGCGAAAGCGGUUCCACGACGAUACUUAUUUCCUUUGAUCGUCGUUAUUACUGGCUUCGGCCACAAAGGAGA
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4K27_U	[ FASTA input ]	GCCCCUGCCUGCCUGCAGCUAAGGAUGAAAGUCUAUGCUGCCUGCCUGCCUGGGC
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4KR2_C	[ FASTA input ]	CGCCGCUGGUGUAGUGGUAUCAUGCAAGAUUCCCAUUCUUGCGACCCGGGUUCGAUUCCCGGGCGGCG
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4KR7_X	[ FASTA input ]	GCCCGGAUAGUGUCCUUGGGAAACCAAGUCCGGGCACCA
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4KZE_R	[ FASTA input ]	GACGCGACCGAAAUGGUGAAGGACGGGUCCAGUGCGAAACACGCACUGUUGAGUAGAGUGUGAGCUCCGUAACUGGUCGCGUC
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4L81_A	[ FASTA input ]	GGAUCACGAGGGGGAGACCCCGGCAACCUGGGACGGACACCCAAGGUGCUCACACCGGAGACGGUGGAUCCGGCCCGAGAGGGCAACGAAGUCCGU
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4LCK_F	[ FASTA input ]	GGGUGCGAUGAGAAGAAGAGUAUUAAGGAUUUACUAUGAUUAGCGACUCUAGGAUAGUGAAAGCUAGAGGAUAGUAACCUUAAGAAGGCACUUCGAGCACCC
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4M4O_B	[ FASTA input ]	GGGUUCAUCAGGGCUAAAGAGUGCAGAGUUACUUAGUUCACUGCAGACUUGACGAACCC
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4ZNP_A	[ FASTA input ]	GGGAUACAGGACUGGCGGAUUAGUGGGAAACCACGUGGACUGUAUCCGAAAAAAAGCCGACCGCCUGGGCAUC
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5CCB_N	[ FASTA input ]	GGCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAUCAGACUUUUAAUCUGAGGGUCCAGGGUUCAAGUCCCUGUUCGGGCGCCA
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5F9R_A	[ FASTA input ]	GCGCAUAAAGAUGAGACGCGUUUUAGAGCUAUGCUGUUUUGAAAAAAACAGCAUAGCAAGUUAAAAUAAGGCUAGUCCGUUAUCAACUUGAAAAAGUGGCACCGAGUCGGUGCUU
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5GAP_U	[ FASTA input ]	UUCUUGCCUUUUACCAGAAC
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	[ reference ext structure ]	(((((.........))))).
	[ predicted structure ]	....................
5HLF_E	[ FASTA input ]	UACCCCCCCUUCGGUGCUUUGCACCGAAGGGGGGG
	[ reference std structure ]	..(((((((((((((((...)))))))))))))))
	[ reference ext structure ]	..(((((((((((((((...)))))))))))))))
	[ predicted structure ]	..(((((((((((((((...)))))))))))))))

N/A - RNA 2D structure in Vienna format could not have been generated (most likely due to difficult to represent pseudoknot structure). Check secondary structure file for details.
std - standard base pair definition
ext - extended base pair definition