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UCCCAACUGCAGACCGUACUCAUCACCGCAUCAGGUCCCCAAGCAUCGAAUGCUCUGGUAACAUAGAGAAAGGUACACUCAGGGAAGUCGGCAAAAUAGAUGCGUAAGUUCGCAAGAAGCAUUGGCUCUGAGGGCAAAGUGGGGGUCCACAGGAGGGCCAGUGUCCUUUGAAGGCUACCCUCCCGAGCCGUAUCUACUAACCUCCUUCUGGUGUGUUGUUUUUACGUCUCACUCCCGCGCAGGUGUUUUCGCUUCCUUUUUUUGGUUGCGCACCUACAAAUUGCCAACUCAGAACUGCUUACGGCGGGGAAUCCAACUGUAUAAUUAAAACAUAGGUUUGUGAUGCAUCCAAGUGGUGUAUGUCGCAAACUGAUUUCUGCCCAGUGCUCUGAAUGUCAACGUGAGAGAUUCACCGACGCGCGGGUAAACGGCGGGAGUAACUAUGACUCUCUUAAGGUAGCCAAAUGCCUCGUCUUCCAAUUAGAGACGCGCAUGAAUGGAUUAAUGAGAUUCCCUCUGUCCCGAGUUACUAUCUAGCGAAACGACAGUCAAGGGAACGGACUUGAAGGGCUAAGCGGGGAAAGAAGACCCUGUUGAGUUUGACUCCAGUCUGGCUCUGUGCGGCGACUUUGGAGGUGUAGUAUAGGUGGAAGCGCAAGCUCAAAUGAAAUACCACCACUCGGAACGUUGCUUCACUUAUCGAAUGAAGAGACCAAUGGUUGUUUUGCGCAGUCUUCGGGCUGUGCGCCGUCUAGGCUGGGCAUAAUUGUGGUGUUUCUUUCACCGCCACGGGAGGGGUGUUGGUUUUUUAUCCUCCUCUCCGUUUCUCCUUUUCUCUCUUUCUCCCUUUUUUUGGGCGUUUGAGGGUUGGUGACCCGUGGGCGCCCACGCGUGCGGAACUACUGCGCCAACGGGGUGGGAACUUUUCGUUUCUUCUCCGGAGUCUUGUUUCGAGACAUCUGCCAGAUGGGGAGUUUGGCUGGGGCGGCAUAUCUGUUACACGACAACGCAGGUGUCCUAAGGCGAGCUCAGUGGGAACAGAAAUCUCACGUGGAACACAAGCGUAAAUGCUUGCUUGAUUAACGAUUUCCAGUACGAAUCGAGACUGCGAAAGCAAGGCCAGCGAUCCUUUGCGAAGAACAGGAAAUAUGAACAAAUCAUACCAGAGGUGUCAGAAUAAUUACCACAGGGAUAACUGGCUUGUGGCGGCCAAGCGUUCAUAGCGACGUCGCUUUUUGAUCCUUCGAUGUCGGCUCUUCCUAACCUAGCGCCGCAGAAGACGCUAAGGGUUGGAUUGUUCACCCACUGACAGGGAACGUGAGCUGGGUUUAGACCGUCGUGAGACAGGUUGGUUUUACCCUACUUGGCUGGAGAUUGCGAGUAAAAGAUUAUCCGCGCAAAGCGGAGGCAGUCCGUUUUUUUCUGGGUCUGCCGUUCGGUGGCAUGUGCUUGGCGCUGCCAUCUC |
Reference structure (std) |
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.........................((......))......((((.....)))).........((((....((((..(((.((..(....(.......(((((....(....).....)))))((.(((((((((...((((((........((((....(((.((((..)))).)))))))..(((.((((...(.((.................)).)..)))).)))..))))))...((((....(((..((.......))..)))))).).......)))..)))))).))(.).......((((((((....((.........))...(..((((....((((.....))))......))))..)...(((.(((...((.((.....((....(((.......)))....))..)).)..).)))(((((.........)))))........((..........(((((.......)))))..)..)....))).....).))))))).)..))).))).)))).)))).........(..[[[[[......).]]]]]....(((((..(((.(........(((..((((...(((((.(((((((...((..(((.((.((.((........(...aaaa..((....))..........).AAAA...))).)..)).)))..))....((((.....((......(...((...((((((((....))))))))...).))..((.((((........((((.......))))..((((((..((......((.....))..)).((.((...((((.....(.(((...............))).)...))))...)).))))))))...))))....))...................((((.((((((.....)))))).)))).....))...))))........)))))))..)))))..(((.......)).)((((((...........))))))((.{...{{{{{{{.(.((((((.......))))))...).{{)(..((}}....}}}}}}}....(....(((<....(..>)))...)..((......)).}))..)......((((...............(((.......)))..)))).....)).....)))..).)))........(..(.(.((((((...((.......))...))))))...))...).......((((..((((((...((((((.(......).))))..))..(((.(.....).))).....)))))..)....)).))....(((((((....))).)))).....)..))).)))))........................(((((.....)))))(((((((((........)))).)))))....((((((..((((...)))).))))))..
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Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(((.(((((((...........(((.....((..((((((((...))))).)))..))....(((..((((.((((.((((.((((..........((((......))))..(((((..(..(((((((((((.(((((((......((((((..(((.((....))..))).)))))).(((.((((...((.((((.((....)).).)))))...)))).))).)))))))..(((((....(((..((.......))..)))))))).....)))))..)))))).)))))).)))).(((((((((...............(((((((((((((((((((.....)))))..)))))))))..(((((((((...(((.(((..((((...(((((...))))).))))..))))))...)))))))))..)))))...............(((.((((..((((((.......)))))).))))...))).....)).)))))))....)))))))))))).))).)))......(((..(((((((((((((....(((((.(((((((........))))))).)))))..((((((((.((((((.(((((((..((((((((((.((((..(((((..((....))((....))....)))))...((...)).)))).))))).))))).((((((....(((..(((((.((((((((....))))))))(((((((((((..(..((..((((((((.((((..((((...((((((((((.(.(((....))).))))))).))))...((((.((((.................(((((((..(.(((((...))))).)..)))))))((((...(((....(((.(((..(((((.((((((.....)))))).))))).(((((((.((((...((((.....))))..(((((((.((((((((.(.....((((....)))).....).)))))).)).))))))).((((((.......)))))).(((((..((((((....)))))).(((.....))).)))))...)))).)))))))((....))..))))))...)))..)))).)))).))))..(((((.....))))).....))))..))))....))))))))..))..)..))))).)))))).)))))..)))..((((((((.............)))))))).)))))).........)))))))..))).))).(((((..((((....(((((((.((.(....))).)).)))))...(((((((....))).))))))))..)))))....))))))))..................(((((.....)))))...))))))))))))))))))))))).))).(((((((.((((...))))))))))).) |
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..................(((((...........((((.....))))...........(((((((........................((((((((......).............((((.......................(((((((....))))))..............).)))).))))))).............................(((.....(((((((.((((.....((..((.......))..))...................(((((.........(((((.(((((.....(...........)...((((((((((((((.(....)))))..))))))))))))))))))))......)))))..................))))...))))))).....)))((((((.......)))))).............((((..((((((.......)))))).))))................(((((((((((....((((.....)))).....)))))...))))))((((((.((.(((((.(((((((........))))))).)))))...)).))))))......................................(((....))).....((((((((((..........(((.(((((.........))))).))).............((((((((....))))))))......................))))))))))...........(.(((((((.................))))))))...............)))))))........((((((((((.((((.....)))).))))))))))....)))))..............(((((.((((((.....)))))).)))))..((((((...)))))).....(((((.......)))))............(((((((.((((((..........................((((((.......))))))........((((((....)))))).........(((((.........)))))...............((((((..(((((..................(((.......)))...........................)))))..))))))....................((((....))))........................(.(((((((((((.(......).)))))..))))))).........................................)))))).)))))))..........................................(((((.....)))))(((((.((...........)).)))))))).(((((((.((((...))))))))))).. |
CentroidFold
(ext)
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[ FASTA input ] |
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....(((((((((((..........................((((.....))))...............................................(((......)))......................................(((((((....)))))..............))..................................................(((((((.((((.....((..((.......))..)).).................(((((.........(((((.(((((.....................(((((((((((((((.....)))))..))))))))))))))))))))......)))))...................)))...)))))))........((((((.......)))))).............((((..((((((.......)))))).))))................(((((((((((......................)))))...))))))...........((((.(((((((........))))))).))))....((((((((((.........................................................................((.(((((.........))))).))..............((((((((....)))))))).....)))))))))).........((((.......))))...(((.((((((.................))))))))).............................((((((((((((((((...))))))))))))))))......(.........)......((((((((((((.....))))))))))))..((((((...))))))..................................((((((((((((((.......................(((((((((.......))))))........(((((......))))).........(((((.........)))))...............((((((((((((((........................................................))))))))))))))......................((((((((.............)))))))).......(((((((((((((......)))))))..)))))).............)))..........................))))))))))))))..........................................(((((.....)))))...................))))))))))).(((((((.((((...))))))))))).. |
ContextFold
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[ FASTA input ] |
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.(((.......(((((...............).)))).(((.(((.....)))..))).......................))).............(((((.((.(((......((((((((((((((....(..((((((((.......((((((.....((((......((((((((((((..(((((...................(((.(............).))).(((((((((((((.......................))))))............................((((.(((((.....................((((((((((.((((.....))))...))))))))))...............(((.............))).))))).))).))))))))...)))))))))).......((...))....)))))))......(.((((((.......)))))).).......))))..........))))))((.((((((((((((...............(((((........)))).)(((((.(((((((........))))))).)))))..((((((..(.(((......))).)..))))))..))))))..(((((..((....))............))))))))))).))....))))))))..)......)))).))))))....))))((((((((....)))))..))).......(((((((((......((((.......))))(((((((((((((.(............)))))))))...(....((((((((.(..(((((.......((((((((((.(((.......))).))))))))))((((...........(.((((..(((((.((((((.....)))))).)))))..((((.......)))).((.(((((((.....))))))).))...((((..(((((...........)))))))))....)))).).((((((((............((((.........)))).((((((((............((((.(((..........)))..))))(((((.((((..(((((..................((((.....)))).......(((.............))).)))))..))))))))...)...))))))))...((((((((((.............)))))))).))....((((((.((((..........))))...))))))........)))))))).......))))((((((((...(((((((....))).))))((......)).)))))))))))))..).))).)))))...)(((((.....)))))(((((.((..(.......))).))))).....)))))..))))))))))))))))))). |
Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((....((((..................)))).((((((((...))))).))).......(((((((((((((....(((((..((.....((((((((......)............(((((.((((((.........)))(...(((((((....)))))))...)(....))))..))))))))))))....))..))))).)))))..(......)(((.....(((((((.((((.((((((..((.......))..))(((.........)))((..(((((((((.....(((((.(((((....(((.........)))..(((((((((((((((.....)))))..))))))))))))))))))))))))..))))).)).........))))..))))...))))))).....)))((((((.......)))))).........((..((((..((((((.......)))))).))))....))..........(((((((((((....((((.....)))).....)))))...))))))((((((.((.(((((.(((((((........))))))).)))))...)).))))))................................((((..(((....))).....((((((((((..........(((.(((((.........))))).))).........((.(((((((((....))))))))(((.....))).....).))..))))))))))...))))...((.(((((((....((........)).))))))))).............))))))))........((((((((((.(((((...))))).))))))))))...((((((.....))))))...(((((.((((((.....)))))).)))))((((((((...)))))).)).(((((((.....)))))))..(((......(((((((.((((((......((...(..............((((((.......))))))........((((((....)))))).........((((((.......))))))(...(((....)))(((((((..((((((................(((((.....))))).....((..............))..))))))..)))))))...................(((((())))))..........)......((((((.(.(((((((((((.(......).)))))..)))))))..(((..(((.......))))))..)))))).)......)))))))).)))))))........)))...............................(((((.....)))))(((((.(((.......)..)).)))))))).(((((((.((((...))))))))))).. |
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.((((((((((((..(((((......)))..((((((((...))))).))).........))..)))))...((((((.(((((..........(((......))).(((.(((((((.(((((((((((.((((((((.....((((((..(((.((....))..))).)))))).(((.((((...((..(((.......)))..))......)))).)))))))))))..(((((....(((..((.......))..)))))))).....)))))..))))))......(((((..((....))..))))).............(((((((((((((((.....)))))..)))))))))).........))))))))))((((.((.......)).)))).)))))((((((((((..(((((((((.......))))(((((...((((((.((((..((((((.......)))))).))))...))).))).))))).((((((((((....((((.....)))).....)))))...))))).((((((.((.(((((.(((((((........))))))).)))))...)).)))))).....(((.(((((((((.(((..((.((((..((...(((....)))...))...)))).))..))).))).)))))).))).....(((.((.((.((((.((((((...(((.((((((...(((.....)))....)))))).))))))))))))).)))).))).)))))((((((((((.((.........)).)))))).)))).....((((((((....(((((.......((((((((((.(((((...))))).))))))))))...((((((.....))))))...(((((.((((((.....)))))).)))))((((((((...)))))).)).(((((.(((((((((((.(((((((.....((((((...........))))))))))).)).))))))).((((((.......))))))(((((((.(((((......)))))(((((((.((........))...)))))))..(((....))).((((((..((((((.(.........((...(((((.....)))))))...((((..........)))).)))))))..))))))(((((((......)).))))).((((((((.............)))))))).......(((((((((((..........))))..))))))).......(((((((.((.......)).)).)))))...(((((((....))).)))).))))))))))).))))).)))))....))).))))).)))))))))).(((((((.....))))))).))))))))))))).))).(((((((.((((...))))))))))).. |
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((............................((((.....))))...............................................(((....aa)))...AA..((((...........................[[[[[[[))))]]]]]]]...(((((((......................................................(((((((.((((....(((..((.......)){{)))...........((..}}.(((((.........((((((.((((.....((.........))...(((((((((((((((.....)))))..))))))))))))))))))))......)))))....))............))))...)))))))...............................)))))))..((((..((((((.......)))))).))))................(((((((((((....(((.......))).....)))))...)))))).(((((....(((((.(((((((........))))))).)))))......))))).......................................(((....))).............................(((((.........))))).................((((((((....)))))))).......................(((((.......))))).....(((((((....((........)).)))))))...............................((((((((((.((((.....)))).)))))))))).....(((.......))).....(((((.((((((.....)))))).)))))..(((((.....)))))..................................((((((...........)))))).................((((((.......))))))........(((((......))))).................................((....))..........................................................................................((.................<<<<<<)).............>>>>>>.......((.((((.((((..........))))...))))))...............................((((...(((((((....))).))))......))))...............................(((((.....)))))bbbb..((...........))))BBBB....(((((((.((((...))))))))))).. |
MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.((((((((((((....(((......)))..((((((((...))))).))).............)))))...((((((.(((((.........((((......)))).(.((((((((((((((((((((.((((((((.....((((((..((...(........))).)))))).(((.((((...((..(((.......))).....))...)))).)))))))))))..(((((....(((..((.......))..)))))))).....)))))..))))))......(((((..((....))..))))).............(((((((((((((((.....)))))..)))))))))).......).))))))))).((((.((.......)).)))).)))))((((((((((.....((((((.......))))))....((((......)))).((((((.......)))))).(((((((.((((((..((((((...((((((((......((((((.((.............(((((.((((((.((.(((((.(((((((........))))))).)))))...)).)))))).....(((.(((((((((.(((..((.((((...(...(((....)))...)....)))).))..))).))).)))))).)))...............(((...))).....(((.((((((...(((.....)))....)))))).))).....((((((.......)))))).((((((((((...............)))))).))))...................))))).....((((((((((.(((((...))))).))))))))))...((((((.....))))))...(((((.((((((.....)))))).)))))..((((((...))))))....)).)))))).(((((((.(((((((.....((((((...........))))))))))).)).)))))))...)))).))))))))))..........(((((......)))))(((((((.((........))...)))))))..(((....))).((((((..((((((...........((...(((((.....)))))))...((((..........))))..))))))..))))))...((((((...((.......))...))))))...))))))))).)))).(((((.(((.(((((((((..........))))..)))))))).(((((.((........))))))).)))))((((...(((((((....))).))))......))))(((((..(........).))))).....)))))))))).(((((((.....))))))).))))))))))))).))).(((((((.((((...))))))))))).. |
McQFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((..........((((((..(((((((.....((((((((((.........(((((((((((((((....((((((((((.......))).((((((((.......((((((((((.........(((((..)))))...))))))))))((((((((.(((((((((((((..((((..................((((((.......)))))).....(((((((.(((((((((((.........(((({{{{{{............)))).(((((((((.....((((((((........................(((((((((((((((.....)))))))..))))))))..))))))))))))..)))))........)))))))...))))...)))))))...))))))))))..................)))))))..((((..((((((.......)))))).))))....(((..........)))..(((((......................))))))))))))).)))))))).((((((((((((((........)))))))......((((..)))))))))))......)))))))...)))))).....(((((((}}}}}}........((((((((((..(((((..((((((((((.........)))))....))))).......((((((((((..)))))))))).........))))).......))))))))))))))))).....((((((((...............))))))))........)))))))))................))))))))))))).....))))((((((..)))))).))))))..((((((((((..(((((.((((((.....)))))).)))))..............(((((((((((((((.........((((...)))).))))))............)))))))))....))))....))))))...((((((.....((((((...(((((((..)))))))((((.....((((((((((......(((((.........((((((.........))))))(((((........(((((((.....(((((...)))))...........(((((((.........)))))))..[[[[[[[))))))).((((((((.............))))))))..)))))(((((((((((..........)))))..))))))...((((((...............)))))).((((..((((((.............)))))).))))..)))))))))))))))))))..........)))))).((((((((.....))))))))))))))))))))).....(((((((...]]]]]]]..))))))).. |
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.(((((((...........(((.....((..((((((((...))))).)))..)).((((....((((.((((.((((.((((..........((((......))))..((((...((.(((((((((((.(((((((......((((((..(((.((....))..))).)))))).(((.((((...((..((..((....)).))...))...)))).))).)))))))..(((((....(((..((.......))..)))))))).....)))))..)))))).)))))).)))).(((((((((...............(((((((((((((((((((.....)))))..)))))))))..(((((((((...(((.(((..((((...(((((...))))).))))..))))))...)))))))))..)))))...............(((.((((..((((((.......)))))).))))...))).....)).)))))))....)))))))))))).)))))))......(((..(((((((((((((....(((((.(((((((........))))))).)))))..((((((((.((((((.(((((((..((((((((((.((((..(((((..((....))((....))....)))))...((...)).)))).))))).))))).((((((....(((..(((((.((((((((....))))))))((((((((((((((..((..((((((((.((((..((((......(((((((....((........)).))))))).....((((.((((.................(((((((((..(((((...)))))..)))))))))((((...(((....(((.(((..(((((..(((((.....)))))..))))).(((((((.((((...((((.....))))..(((((((.(((((((.....((((((...........))))))))))).)).))))))).((((((.......)))))).(((((..((((((....)))))).(((.....))).)))))...)))).)))))))((....))..))))))...)))..)))).)))).))))..(((((.....))))).....))))..))))....))))))))..))..)))))))).)))))).)))))..)))..((((((((.............)))))))).)))))).........)))))))..))).))).(((((..((((....(((((((.((.......)).)).)))))...(((((((....))).))))))))..)))))....))))))))..................(((((.....)))))...))))))))))))))))))))))).))).(((((((.((((...))))))))))).. |
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.((((((((((((....(((......)))..((((((((...))))).))).............)))))...((((((((((((.........((((......)))).(.((((((((((((((((((((.((((((((.....((((((.......(((....)))...)))))).(((.((((...((.((((.......)))....)))...)))).)))))))))))..(((((....(((...............)))))))).....)))))..))))))......(((((....aaaa....))))).............(((((((((((((((.....)))))..)))))))))).AAAA..).)))))))))(((((.............))))))))))((((((((((.....((((((.......))))))...(((((......)))))((((((.......)))))).(((((((.(((((((.((((((...((((.(((......((((((.(((...........((((((.((((((....(((((.(((((((........))))))).)))))......)))))).....(((.(((((((((.(((.....((((.....(.(((....)))).......)))).....))).))).)))))).)))..........((((((((...))))(((.(((.((((((..................)))))).))).))).((((((..bbb..)))))).((((((((((...............)))))).))))......<<<....))))..))))))....((((((((((.(((((...))))).))))))))))...((((((.....))))))...(((((.((((((.....)))))).)))))((((((((...)))))).))))).)))))).(((((((.(((((((.....((((((..{{{......))))))))))).)).)))))))...)))..))))))))))..........((((((....))))))(((((((......[[[.......)))))))..(((]]].)))(((((((..((((((.(..............(((((.....))))).....((((..BBB.....)))).)))))))..)))))))..((((((.................))))))..)))))))))).)))).(((((.(((.(((((((((..........))))..)))))))).(((((.((........))))))).)))))((((...(((((((}}}.))).))))......))))(((((.((........)))))))>>>..)))))))))).(((((((.....))))))))))))))))))))).))).(((((((.((((...))))))))))).. |
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.(((((((...........(((.....((..((((((((...))))).)))..)).((((....((((.((((.((((.((((..........((((......))))..(((((..(..(((((((((((.(((((((......((((((..(((.((....))..))).)))))).(((.((((...((.((((.((....)).).)))))...)))).))).)))))))..(((((....(((..((.......))..)))))))).....)))))..)))))).)))))).)))).(((((((((...............(((((((((((((((((((.....)))))..)))))))))..(((((((((...(((.(((..((((...(((((...))))).))))..))))))...)))))))))..)))))...............(((.((((..((((((.......)))))).))))...))).....)).)))))))....)))))))))))).)))))))......(((..(((((((((((((....(((((.(((((((........))))))).)))))..((((((((.((((((.(((((((..((((((((((.((((..(((((..((....))((....))....)))))...((...)).)))).))))).))))).((((((....(((..(((((.((((((((....))))))))(((((((((((..(..((..((((((((.((((..((((...((((((((((.(.(((....))).))))))).))))...((((.((((.................(((((((..(.(((((...))))).)..)))))))((((...(((....(((.(((..(((((.((((((.....)))))).))))).(((((((.((((...((((.....))))..(((((((.((((((((.(.....((((....)))).....).)))))).)).))))))).((((((.......)))))).(((((..((((((....)))))).(((.....))).)))))...)))).)))))))((....))..))))))...)))..)))).)))).))))..(((((.....))))).....))))..))))....))))))))..))..)..))))).)))))).)))))..)))..((((((((.............)))))))).)))))).........)))))))..))).))).(((((..((((....(((((((.((.(....))).)).)))))...(((((((....))).))))))))..)))))....))))))))..................(((((.....)))))...))))))))))))))))))))))).))).(((((((.((((...))))))))))).. |
RNAwolf
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..(((((((((((..((.......(((((...............)).)))..........))..)))))...(((((((.((.........)).((((((((.(.(((......)))).(((((((((((..(((((((.((((((((((.....(.((((..)))))..))))))....................(((..))))))).........((...(((..........)))....))...((.......))....)).))).))..)))))..))))))...))))))).)(((((((...........(((((..(((.((((((((..(((.............))))))))))).....(((..)))..............((..((((((.(((..(..((.................))..)..))).))))))..))....((...((..((((.((......)))))).)).)).)))..)))))...)))))))(((((......................))))).(..)..((((((((..(((((((((..(((((((.......(((((((((((((((((.(((...(((...).)).)))...)))))...................))))))))))))......((((((.(((((((..((((((.........)))))).(((...))))))))))(((((((....))))))).(((..(......))))......)))))))))))))((((.((......))))))))))))))).........((((((((...((((((((....(((((((......((((((((..(((((...)))))..)))))))).((((.((((.....(..(((((.((((((((((((.....))))))))))))..((((.......))))((((.(((..)))))))..)))).)..).((((...((((...........)))).))))((((..(.(..((((((((((((((((((.((..))...(((........)))(..)..........))))))(((............)))...(((((((.((((..(((((.((........(.......((.(((...(......)...))))).......)....)))))))..))))))))))).((((..((((........)))).((................)).))))....(((((((((((..........)))))..))))))..)))))..)))))))...............))..)))).)))))))))).(((((.(((...)))..)))))...)))))....))).)))))............))))))))..)))))))).)))))))))))))..))).))(((((.((.(..)..))))))).... |
RNAwolf
(ext)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..(((((((((((..((.(((((.(((((((..........)).)).))).).))..).)))..)))))...(((((((((((((...))))).((((((((((.(((......)))).(((((((((((..(((((((.((((((((((.(..((.((((..)))))))))))))..(((...........))).(((..))))))).........((...((((........))))....))...((.......))....)).))).))..)))))..)))))))..))))))).)(((((((..........((((((..(((.((((((((..(((.............))))))))))).(...(((..)))..)...........((((((((((((((..(.(((.(..............))).))..))))))))))))))....((...((.(((((.((......))))))))).)).)))..))))))..)))))))(((((((................).).))))).(..)..((((((((..(((((((((..(((((((..((..((((((((((((((((((.(((...(((...).)).)))...)))))...................)))))))))))).)..))((((((((((((((..((((((((.....)))))))).(((...))))))))))((((((((..)))))))).(((..(......))))...)..)))))))))))))((((.((.(...))))))))))))))))......((.(((((((((..((((((((..(((((((((.....((((((((((((((((...))))))))))))))))((((.((((..(..(((((((((((((((((((((.....))))))))))))..((((.......))))((((.(((..))))))).))))).)))).((((...((((.((......)))))).))))(((((((.((((((((((((((((((((((((..)).(.(((((....)))))(..)).......).))))))(((.((......)).)))...(((((((.(((((.(((((.(((....)(((((((..(((.((((..(......)..)))))))..)))))))..)))))))).))))))))))).(((((.((((........)))).(((.............).)))))))....(((((((((((.(.......))))))..))))))..)))))..))))))).))..(((...))).)))))))))))))))))))((((((((((...)))).))))).).)))))))..))).)))))...........)))))))))))))))))))))))))))))))))..))).))(((((.((((..)).))))))).... |
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.(((((((...........(((.....((..((((((((...))))).)))..)).........((((.((((.((((.....(((.....(((((.....(((....))))))))...(((((((((((.((((((((.....((((((..(((...........))).)))))).(((.((((...((.((((.((....)).).)))))...)))).)))))))))))..(((((....(((..((.......))..)))))))).....)))))..))))))..))).......((((((((((....................(((((((((((((.......))))..)))))))))...((((((((...(((...(..((((...((((.....)))).))))..)..)))...)))))))).......................(((.((((..((((((.......)))))).))))...))).....)).))))))))...)))))))))))).....)))......(((..(((((((((((((....(((((.(((((((........))))))).)))))..((((((((.((((((.(((((((.((.....((((.(((...(((((.(((....)))...........)))))............))).))))........((((((....(((..(((((.((((((((....))))))))(((((((((((..(..((..((((((((.((((..((((...((((((((((...............)))))).))))...((((.((((.................(((((((..(.(((((...))))).)..)))))))((((...(((....(((.(((..(((((.((((((.....)))))).))))).(((((((.((((...(((((...)))))..(((((((.(.((((((.......(((......))).......))))))..).))))))).((((((.......))))))..(((...(((((......)))))..............)))....)))).)))))))((....))..))))))...)))..)))).)))).))))..(((((.....))))).....))))..))))....))))))))..))..)..))))).)))))).)))))..)))..((((((((.............)))))))).)))))).......)))))))))..))).))).(((((..((((....(((((((.((.(....))).)).)))))...(((((((....))).))))))))..)))))....))))))))..................(((((.....)))))...))))))))))))))))))))))).))).(((((((.((((...))))))))))).. |
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.(((((((...........(((.....((..((((((((...))))).)))..))....(((..((((.((((.((((.((((..........((((......))))..(((((...(.(((((((((((.(((((((......((((((..(((.((....))..))).)))))).(((.((((...((.(((..((....))...)))))...)))).))).)))))))..(((((....(((..((.......))..)))))))).....)))))..)))))).)))))).)))).(((((((((...............(((((((((((((((((((.....)))))..)))))))))..(((((((((...(((.(((..((((...(((((...))))).))))..))))))...)))))))))..)))))...............(((.((((..((((((.......)))))).))))...))).....)).)))))))....)))))))))))).))).)))......(((..((..(((((((((....(..((.(((((((........))))))).))..)..((((((((.((((((.(((((((..((((((((((.((((..(((((.(((....)))...........)))))...((...)).)))).))))).))))).((((((....(((..(((((.((((((((....))))))))(((((((((((..(..((..((((((((.((((..((((...((((((((((..(.........)..)))))).))))...((((.((((.................((((((..(..(((((...)))))..)..))))))((((...(((....(((.(((..(((((..(((((.....)))))..))))).(((((((.((((...((((.....))))..(((((((.(((((((.....((((((...........))))))))))).)).))))))).((((((.......)))))).(((((..((((((....)))))).(((.....))).)))))...)))).)))))))((....))..))))))...)))..)))).)))).))))..(((((.....))))).....))))..))))....))))))))..))..)..))))).)))))).)))))..)))..((((((((.............)))))))).)))))).........)))))))..))).))).(((((..(((.....(((((((.((.......)).)).)))))...(((((((....))).)))).)))..)))))....))))))))..................(((((.....)))))...)))))))))..)))))))))))).))).(((((((.((((...))))))))))).. |