RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - Bacteria_large_SRP

RNA: SRP_00001

			GGUAGCCCUGCUGGUGGCUUCGCAAUUGUACUCUGUGAACCCCGCCAGGACCGGAAGGUAGCAACGGUAGCAGAUCUAUAAUGUGCCGAGGUUUUGCUAGUAGGGUUACCACCAUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((.((((((.(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))..)))))))...))))))..)))))))))))))))).......
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((((((((((.(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))..)))))).)).)))))))..))))))))))))).......))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................
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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((((((..(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))...))))).))).))))))..))))))))))))))).......
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NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................
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PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................
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PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((((....((..(((((....(((.(.((.(((..))).).)).))).))))).....))...)).)))))))..))))))))))))))).......
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RNA: SRP_00024

			UCUACCGUGCUAGACGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUAACCUGCAAUCCGCAAUAGCCCAGGUGUGAAUUCCUAUCCUAGGUUUUCUUAUGUGAGGCUGCCGUUGAUGGCGGCGGUGUUGAGGAGCGGGUCCUGUGCAACGCGAACCCAUGAACCUGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCAUAAGUGGAUCAUCGCGUGUGCCGCAGGGUAGCCUGCUCUGAGCUGCUACCAUAAGUAACGCUCGGAUAAGGAUUAUCGAAGAUAGGUGCACGGUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..((((((((.(.((((((.(.(...).).))))....(..(..............)..))).).....((((((...(((..((((((.((((..(((..((.((((.((((((.....(((((((((((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)..)))))))...))))))...)))))))))..)))))).)))))))))...)))).))))).)..)))...)))))).))))))))
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Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNA: SRP_00026

			UUUGCCGUGCUAAGCGGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUACUCGCAAUCCGCUCUAGCGAGGCUGAAUUCCUUUCUGAGGCUGGUAUCCUGUAGGGUCUGCCUUAAGUAAGUGGUGUUGACGUCCGGGUCCUGCGCAAUGGGAAUCCAUGAACCAUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAUUAAGUGGACACCCCCAUGUGCCGCAGGGUUACCUGGACUGAGCUAACUACUUAAGUAACGCUUAUGGGUGCCAGUCGACAGAAGGUGCACGGUA
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IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((..........................................................(((((((.((((((((.((((((((((....((((((((.(((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))..)).))))))))))))))))..))))))).))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((.........................................................((.(((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).))))))))))))))))....))))).))))))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((.........................................................(((.((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.(((..((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..))))))).)).))))))...))))))))))))))).))))))))))))).))))))))))))))))....))))).))))))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((..((((((.......(((((((...)))).)))..)))))).((((...)))).....(((((((.(((((((((((.(((((((.((.((((((((.(((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...)))).))))))))))))).))))))))))))))))..))))))).))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((.....[[[[...)))))).(((((...........))))).........(((((((.(((((((((((..((((((..))))))..((((((((......((((((((((((((..(((((....((((...))))....(((((..................)))))...)))))....))))))...)))))))).......)))))))).....]]]]...)))))))))))..))))))).))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(((((............)))))..(((((...........))))).........(((((((.(((((((((((.(((((((.(((.(((((((..((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))))))))).))))))))))))))))..))))))).........
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))..........................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..(((......(((.....(((....))).....)))....)))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((.((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))............(((((((.(((((((((((...((.((.((.((((((((..((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).))).)))))...))))))))...))))..)))))))))))).))...)))))))))))..))))))).))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((..((((((.......(((((((...)))).)))..)))))).((((...)))).....(((((((.(((((((((((.(((((((.((.((((((((.(((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...)))).))))))))))))).))))))))))))))))..))))))).))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((............)))))).(((((...........))))).........(((((((.(((((((((((..(((((....)))))..((((((((......((((((((...((((.(((((....((((...))))....(((((..................)))))...))))))))).........)))))))).......))))))))............)))))))))))..))))))).))))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................((((((((..........................................(((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....)))))...........................................))))))))..........................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................(((((.................)))))....................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((.((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))............(((((((.(((((((((((.(((((((.(((.(((((((.((...(((.(.(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))).)))..)))))))))))))).))))))))))))))))..))))))).))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(((((((((((.......(((((((...)))).)))..)))))).))))).)))..)).(((((((((.(((((((((((.(((((((.(((.(((((((..((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))))))))).))))))))))))))))..))))))).....))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((.((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))............(((((((.(((((((((((...((.((.((.(((((((.(((...(((.(.(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).))).)))))...))))))))).)))..)))))))))))))).))...)))))))))))..))))))).))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((.(.((...)).))))))).(..).....((((..))))(((((..)).)))((((((((((((((.((.((((((..(..(((((((.((((((..(...(((((((((((((((((((((.(((((.....(((((((((((((..)))))))))))).)..)))))...)))).))).))))))...))))))))..)))).))))))))))..)).))))))).))))))))).))))))))))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(.....(((.(.(.((((((.((.........))...))))).......)..)...))))(.(((..((((.(....(((((((......((((((((...(((......(((((((((((((((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))).))).)))))...))))))))...)))...)))))))).....))))).))...)))))...))))...).......
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((...((((.((...........)))))).(((((...........)))))........(((.(((..((((((....(((((((....(.(.((((((...(((......(((((((((((((((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))).))).)))))...))))))))...)))...)))))).)...).)))))).)..))))))...)))))).)))))...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((.((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))............(((((((.(((((((((((.(((((((.((.((((((((.((...(((.(.(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))).)))..)))))))))))))).))))))))))))))))..))))))).))))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
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UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((..(((.((..(((((((...)))).)))...)).)))..))............(((((((.(((((((((((.(((((((.(((.(((((((..((((......(((((((((((((((((((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))))))))).))))))))))))))))..))))))).))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.....))))....(((.((((....)))).(((((...........)))))((((..((((((((.(((((.((.((((....))))))))))).........((((..((......))...)))).((((...........)))).........)))))))).)))).....((((......))))..))).((((....))))..(((...........((((.....))))...(((((..((....)).))))).)))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..((((((.....[[[[[..)))))).(((((...]]]]]...))))).((((..{{{{{{{.....((((.((((....))))..(((..........)))........)))).((((.......))))...(((.....)))))))....}}}}}}}...))))....((((......))))..((((((((....))))...(((((................)))))...(((((..((....)).))))).)))).

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RNA: SRP_00027

			UUUCCGUGCUAGGUGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUCACUCGCAAUCCGCUAUAGCGAGGCUGAAUCCCUUCUAGAGGUUUUGUCACCGUAGGGUCUGCCCUAAGUAAGUGGUGUUGACGCUUGGGUUCUACGCAACGAAAACCCACGAACCCUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAGUAAGUGGCCCCUUUCGUGUGCCGUAGAGUCGCCUGGGCCGAGCUAACUGCUCAGGUAACGCCUAGGGUGGCAUGAUCGAAGGAAGGUGCACGGUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	...((((((..(((((((.(.(...).).))))....(((((...........)))))))).....((((((...((((.(((((((.((((...(((.((.(((.((((((......((((((((((((((((.(((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))))...))))))...))))))))...))).)))))).)))))...)))).))))))).))))...)))))).))))))...
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..((((((..((..(((...........)))..)).....((..((((....))).)..))....((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((..(((..(((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))..))).((((.....))))...)))))))...))))))).))))...)))))).))))))..)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................(((((...((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).....))))).....................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((..(((......((((((((((..........)))..)))))))......))).....((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((..((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).))))))...))))))).((((.....))))...)))))))...))))))).))))...)))))).))))))...
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................(((((...........))))).......................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................(((((((((((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......)))))...))))))))..........................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................((((...........))))...........................((..((((......(((((((....(((......((((((((((((((((((((((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...)))....))))))).....))))..))............................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((............................(((((...........)))))........((((((...((((.(((((((.(((((....)........((((.......))))..(((((((((((((((((..((((..(..((((....(((....)))....)))))..))))....)))))).)).)))))))))((((((((.(......).))))))))....)))).))))))).))))...)))))).))))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..........................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.....((((.(.(...).).))))....(((((...........)))))........((((((...((((.(((((((...((...((((....((.((((((......((((((((((((((((.(((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))))...))))))...))))))))...))).)))))...))))...))...))))))).))))...)))))).))))))...
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((..(((((((...........))))))).(((((.(.......).)))))........((((((...((((.(((((((.(((((....)..((....((((.......))))))(((((((((((((((((..((((..(..((((....(((....)))....)))))..))))....)))))).)).)))))))))((((((((.(......).))))))))....)))).))))))).))))...)))))).))))))...
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((.....((((...........))))....(((((...........))))).........((......(((..((.((((.((((....(.((((((...(((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...)))).)..)))))))....)))).)))).))..)))......))..)))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.....((((.....[[[[[[))))..]]].]]]....(((....)))..........((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((..(((..(((((((((..((((((..((((.....((((....(((....))).))))......))))....))))))....))))))...)))..))).((((.....))))...)))))))...))))))).))))...)))))).))))))...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((..((((((......((((((......))).)))..)))))).((((...))))....((((((...((((.(((((((.((((((.((((.(.((((..((((.(((..((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))))))))))..)))).))))))).)))).))))))).))))...)))))).))))))...
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((..(((((((...........))))))).(((((...........)))))........((((((...((((.(((((((.((((..................................((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...((((((((..........))))))))....)))).))))))).))))...)))))).))))))...
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.........................................................((((((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))))).))))))...)))))).))))))...
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.........................................................((((((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((..(..((((....(((....)))....)))))..)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).))))))))).)))))))...)))))).))))))...
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((..(((((...((((....))))...))))).((.....((....))...))......((((((...((((.(((((((.((((((..((.((.(((.............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..........))).)))).)).)))).))))))).))))...)))))).))))))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((..(((((((...[[[[[[..))))))).(((((...]]]]]]..)))))........((((((........(((((((.((((((..)))))).......((((((........(((((((((...........((((...(((...)))..(((((((..................))))))))))).)))))))))((((((((..........))))))))))))))...)))))))........)))))).))))))...
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................((((((...(((..(((((((.((((....(((..........(((.............(((((((..(((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)))))....))))))).............))).........)))....)))).)))))))..)))...))))))..........
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..........................................................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..........................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..........................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................(((((((.((((((((((((((..(((......(((.....(((....))).....)))....)))....)))))).)).))))))....)))))))..........................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((..((..(((...........)))..)).(((((...........)))))........((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((..(((..(((((((((((((((((..((((..((.((((....(((....))).))))..))..))))....)))))).))).)))))...)))..))).((((.....))))...)))))))...))))))).))))...)))))).))))))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((..(((((((.((((....)))))).))))).......(((....)))..........((((((...((((.(((((((.((((((.((.....((((.(((((.(((..((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))))))))).)))))....)))).)))).))))))).))))...)))))).))))))...
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((..(((((((...........))))))).(((((...........)))))........((((((........(((((((.((((...((((.....((((((.......))))))(((((((((..((((((..((((.....((((...............))))......))))....))))))....))))))))).........((((.....)))).))))...)))).)))))))........)))))).))))))...
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...(((((((((((((...((((....))))..)))....)))))).))))))).(((....((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((..(((..(((((((((((((((((..((((..((.((((....(((....))).))))..))..))))....)))))).)).))))))...)))..))).((((.....))))...)))))))...))))))).))))...))))))....)))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((..((..(((...........)))..)).(((((...........)))))........((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((.((((..(((((((((((((((((..((((..((.((((....(((....))).))))..))..))))....)))))).))).)))))...)))..))).((((.....)))).).)))))))...))))))).))))...)))))).))))))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((...................((((.....(((((...........)))))(((..)))(((((.....((.(((((((((((((.(....(((((((.(((......)))))))))).(((((((((((((((.((((.(...((((((((((((..))))))))))))..)))))...))))))).)).))))))(.((((((((..((...).)..))))))).))))))))))))))))))..)))))).)))))))))...
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((.(.((((((.((..........))...))))).......)..)...))).((.....((((...(..(((((((......(((.((((...(((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))...)))...)))).))).....))))...))).).))))...)..)......).....
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((.....(((((.....((...........(((((...........)))).).))..)))))(((...((((.(..((((.((((...((.(((.((((..(...(((...((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))..)))..).)))).)))))...)))).))))..).))))..))).....)).......
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.........................................................((((((...((((.(((((((.(((((....))))).......(((((((..(((..(((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))..))).((((.....))))...)))))))...))))))).))))...)))))).))))))...
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((..((((((......((((((......))).)))..))))))...((...))......((((((...((((.(((((((.((((...((.(((.((((..((((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...))))..)))).)))))...)))).))))))).))))...)))))).))))))...
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((..((..(((...........)))..)).(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((.(((((....))))).......(((((((..(((..(((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))..))).((((.....))))...)))))))...)))))))..)))...)))))).))))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((.(((((...((((....))))......(((((...........)))))...(((((.........)))))..)))))..((((....)))).))).((((.......)))).((((((........))..))))....((((((...((((.....................)))).((((((.....)).))))..((((((((..........))))))))......)))))).((((............)))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.....((((..[[[[[[[..))))....(((((...]]]]]]].)))))...(((..(((.....))).)))...(((.(((((....)))))....((((.<<<<<.)))).(((((.....>>>>>..))))).......(((({{{...{{{{{{{.....)))).....(((.}}}}}}}...)))..........}}}.(((((((.....))).(((.....)))....)))).............)))))))))...

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RNA: SRP_00030

			UUUGCCGUGCUAAGCAGGCGAGGUAGCGGUGCCCCAUACCCGCAAUCCGCUCUAGGAGGGCCGAAUCCCUUCUCGAGGUUCGUUUACUGUAAGGUCUGCCUUAAGUAAGUGGCGUUGACGUCUGGGUCCUGCGCAAUGGGAAUUCAUGAACCAUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAUUAAGUGAAACCUCUCAUGUGCCGCAGGGUUGCCUGGGCUGAGCUAACUGCUUAAGUAACGCUUAGGGUAGCGAAUCGACAGAAGGAGCACGGUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..(((((((((..((.((.(.(.(...).).).))...((..(...........)..))))......((((((...((((((.(((((.((((...(((.((((((.((((((......((((((((((((((((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...))))))...))))))))...))).))))))))))))...)))).)))))))))))...)))))))))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...((((((......(((.((((..((....)).)))))))..((.((((.....)))).))...((((((...((((((((.(((.((((((.(((.(((((((..((((......(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..)))...))))..)))))))))))).)))).)))))))))))...))))))))))))).)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................(((.(((.......)))..)))...............(((....)))......................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((.....(((..((..((((..........))))...)).(((...))).))).....((((((...((((((((.(((...((((....(((((((.(((...(((...((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).))))))...)))))))..)))..))))))))))....))))..)))))))))))...)))))))))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................((((.................)))).................................................(((((((....(((......((((((((((((((((((((((..((((.....(((((((((((....)))))))))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...)))....))))))).......................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((.....((((.(((.((((..........)))).))))))).......((......))(((((...((((((((.(((.((((......(((((((.((((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))))...)))))))...))).)))))))))).....)))).)))))))))))...))))).)))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))........................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((......(((.....(((((.................)))))........))).....((((((...((((((((.(((.((((...(((.((((((.((((((......((((((((((((((((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...))))))...))))))))...))).))))))))))))...)))).)))))))))))...)))))).))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((.....((((.(((.((((..........)))).))))))).......((......))(((((...((((((((.(((.((((((....(((((((.((((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))))...)))))))...))).))))))))))..)).)))).)))))))))))...))))).)))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((..............((((((((.........)))..)))))..........................((((((................((((((...(((((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...)))).)..))))))..............))))))...........))))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((......(((.((((.....[[[[..)))))))..(((......)))]]]]......((((((...((((((((.(((.((((......((((((((..((((......((((((((((((((..((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))))....))))))...))))))))...))))..)))))))).....)))).)))))))))))...)))))))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((......(((.((((..((....)).)))))))..((.(((((...))))).))...((((((...((((((((.(((.((((((.(((.(((((((..((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))))))))).)))).)))))))))))...)))))))))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((......(((.(((.((((..........)))).)))))).................((((((...(((((((.((((.((((......((((((((..((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))))).....)))).)))))))))))...)))))))))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((.........................................................((((((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).))))))))))))))))...)))))).))))))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((.........................................................((((((...((((((((.((((((((((.((.((((((((.(((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...)))).))))))))))))).))))))))))))))))...)))))).))))))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((......(((.((((..((....)).)))))))..((.(((((...))))).))...((((((...(((((((.((((.((((((.((.((((((((..((((..(...((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))).).))))..)))))))))))).)))).)))))))))))...)))))))))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((.....((((.....((((..........))))....))))..(((((((......)))))))...((((((.............(((((((((.......((((((..((((((((((((((..(((((....((((...))))..((((.........................)))))))))....))))))...))))))))(((((.....)))))..))))))))))))))))))))).........)))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.......(((.((((..((....)).)))))))...(.((((.....)))).)....((((((...((((((((.(((.((((...(((.((((((.((((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))))...)))).)))))))))))...)))))).))))))))
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................(((((.................))))).....................................................................(((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))).........................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................(((((((.((((((((((((((..(((......(((.....(((....))).....)))....)))....)))))).)).))))))....)))))))........................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.......(((.((((..((....)).)))))))..((.((((.....)))).))...((((((...((((((.(((((.((((((.((.((((((((..((((......(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).)))))...)))..)))...))))..)))))))))))).)))).)))))))))))...)))))).))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((......(((.((((...........))))))).....(((((...)))))......((((((...(((((((.((((.((((((.((.((((((((.(((((.(((..((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))))))))).))))))))))))).)))).)))))))))))...)))))))))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((....(((((...((((...((((...((((....((((....(((((((......)))))))...(((((((......(((((....))))).......((((....))))....(((((.....)))))....)))))))..........))))........((((...((((......))))))))....)))).....))))...))))..)))))......((((......)))).............)))))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................((((....(((....)))....))))..............................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................(((((.................)))))....................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((......(((.((((..((....)).)))))))..((.((((.....)))).))...((((((...((((((((.(((.((((((.(((.(((((((..((((......(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..)))...))))..)))))))))))).)))).)))))))))))...)))))))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((...))))))))).((.((.(((.........((..(((......)))..))......((((((...((((((((.(((.((((((.(((.(((((((..((((......(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..)))...))))..)))))))))))).)))).)))))))))))...)))))).))))).))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((......(((.((((..((....)).)))))))..((.((((.....)))).))...((((((...((((((.(((((.((((((.((.((((((((..((((......(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).)))))...)))..)))...))))..)))))))))))).)))).)))))))))))...)))))))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((..(((.((((.((((...........)))))))))))(.(((..(((((((..)..))))))..))))(((((.((((((((((..(..(((((((.((((((((..)))))..((.((((.(((..((...(((..))))).))))))).))..(((((((((((....)))))))))))((.....((.((((....))))))..))....))))))))))..)).))))))))))))))(((..)))...).)))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((....(.((((((((.((.........))...)))))........)))...)...(.((...((((..((.(((.((((......((((((((....((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))...))....)))))))).....)))).)))))..))))...)).)...))......
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((......((.(.(.((((((.((.........))...))))).......)..)...))).((((...((((...(.(((.((((......((((((((....((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))...))....)))))))).....)))).))))...))))...))))...)))))...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((......(((.((((..((....)).)))))))..((.((((.....)))).))...((((((...(((((((.((((.((((((.((.((((((((..((((......(((..((((((((.((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))..)))))...)))..)))...))))..)))))))))))).)))).)))))))))))...)))))))))))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((...((..(((.((((..((....)).))))))).....)).................((((((...(((((((.((((.((((...((.((((((((..((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))...))))..))))))))))...)))).)))))))))))...)))))).))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.......(((.((((..((....)).)))))))..((.((((.....)))).))...((((((...((((((.((((..((((((.((.((((((((..((((......(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..)))...))))..)))))))))))).))))..))))))))))...)))))).))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.((.....)))))).(((.((((..........))))..((((....(((((((......)))))))...((((((.(((((.(((((....))))))))))..((((....)))).(((((((.......))).)))).))))))..........))))...............((((......))))..))).((((....)))).(((.(((.....))).(((.....))).....)))...(((............)))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((..(((.....)))..))).((((aaaaa.....)))).....((((..{{{))))......(((}}}..)))....(((bbb..)))....(((...BBB....))).......((((((....<<<<<((((...[[[[[...))))...<<.]]]]])...............)))))..>>....>>>>>..((((....))))...(((((.....))))).....((((......)))).((((......AA.AAA)))).

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RNA: SRP_00031

			UUUGCCGUGCUAAGCGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUACUCGCAAUCCGCUCUAGCAGGCCGAAUUCCUUCUUGAGGUUAGCUCAUCUUAGGGCCUGCCUUAAGUAAGUGGUGUUGACGUUUGGGUCCUACGCAAUGGGAAUCUGUGAACCCUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAGUAAGCAGAACCUCUCAUGUGCCAUGGGGUCGCCUGAACCGAGCUAACUGCUUAAGUAACGCCUGGGGUGGCUAAUCGACAGAAGGUGCACGGUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..((((((((...((((((.(.(...).).))))...((.((...........))))))......((((((...((((((.((((((((((...(((.((((((.((((((......((((((((((((.(((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...).))))...))))))))...))).))))))))))))...))))))))))))))))...)))))).))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).))))))))......((((((...(((((((.(((((((((.(.(..((((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))..).)))))))))))))))))...)))))).....)).)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................(((((((...)))).))).....((....))......................................................................((((.(((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).).))))...................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((((((..((((....)))).(((....))).)))))).))))).((((....((((((...((((((((.(((((.((((....(((((((.((((((.(((..(((((((((((..(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))...))))...))))))))))))).))))))))))....)))))))))))))))))...))))))....)))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((.......................................................((((((...((((((..(((((((((......(((((((.............((((((((((((((((((((((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))..........))))))).....))))))))).))))))...)))))).))))))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((.(((((((((((......((((....))))........)))))).)))))))(((..(.((((((...(((((((.((((((.((((.(..(((((((.((((((...(..((((((((((((.(((((((((.(((((..(..((((....(((....)))....)))))..)))))...)))))).)))..)).))..)))))))))..))).))))))))))..).)))))))))))))))))...)))))).)..)))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).).))))...))))))))........................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((......(.(((((.................))))).).....))......((((((...(((((((.((((((.((((.....((((((.((((((......((((((((((((.(((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...).))))...))))))))...))).))))))))).....)))))))))))))))))...)))))).))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.((((((((((((((.(.((((....))))))))....)))))).)))))))(((..(.((((((...(((((((.((((((.((((.(..(((((((.((((((.(((..((((((((((((.(((((((((.(((((..(..((((....(((....)))....)))))..)))))...)))))).)))..)).))..)))))))))))))).))))))))))..).)))))))))))))))))...)))))).)..)))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((.............(((((.((.........))...)))))...............(((.((...((((.((.(((((((((......(((.((..((((((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...)))).)).)).))).....))))))))))).))))...)).))).))))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((..((((((..[[[.(((((((...)))).)))..)))))).......]]].....((((((...(((((((.(((((((((......((((((((..((((......((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....))).))))......)))))...)))))).)))..))))...))))))))...))))..)))))))).....))))))))))))))))...)))))).))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).))))))))((....((((((...(((((((.(((((((((...(((.(((((((..((((.(((..((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))))))))))))))..))))))))))...))))))))))))))))...))))))....))...
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.(((((((((((..........................)))))).)))))))(((....((((((...(((((((.((((((((.((....((((((((...(((......(((((((((((..(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))....)))..))))))))...)))...))))))))....)))))))))))))))))...))))))....)))).
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((.......................................................((((((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).))))))))))))))))...)))))).))))))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((.......................................................((((((...(((((((.(((((((((.(.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).)))))...)))))))))..)))).)))))))))))..)))))))))))))))))...)))))).))))))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).)))))))(((....((((((...(((((((.(((((((((...((.((((((((..((((.(((..((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))))))))))))))..))))))))))...))))))))))))))))...))))))....)))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((..((((((......(((((((...)))).)))..))))))...(((((((.....[[[[[[...[[[[[[[.[[[[[[[[)))))))((((((((............((((((............(((..........)))..((((((............................(((((((...)))))))..)))))).))))))....))))))))......]]]]]]]]]]]]]]]...]]]]]].))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((...................(((.(((.................))))))......((((((...(((((((.(((((((((...(((.(((((((..((((.(((..((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))))))))))))))..))))))))))...))))))))))))))))...)))))).))))))).
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................(((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))).........................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))........................................................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.....(((....))).....)))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))..........((((((...(((((((.(((((((.(((....((((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((..((.((((....(((....))).))))..))..)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))....)))))))))))))))))...)))))).))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).))))).........((((((.(.(((((((.(((((((((.(.((.((((((((.(((((.(((..((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...))))))))))))))).)))))))))))..)))))))))))))))))..)))))))......)))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((..((((((........(((((...))))).....))))))...............((((((...((((((((...(((((((....))))))).....(((((((..((((((((...............(((((.....((((...............))))......)))))...(((((((...)))))))..)))))))).((((.....))))...)))))))......))))))))...)))))).))))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................((((((((...................................................................(((....)))....................................................................))))))))..........................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((...((((((...........)))))).................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))................................................))))))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))..........((((((...(((((((.(((((((((.(.(..((((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((..((.((((....(((....))).))))..))..)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))..).)))))))))))))))))...)))))).))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).))))))).))).((((((((...(((((((.(((((((((...(((.(((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((..((.((((....(((....))).))))..))..)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))))...))))))))))))))))...)))))).....))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))..........((((((...(((((((.(((((((.(((.(..((((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((..((.((((....(((....))).))))..))..)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))..).)))))))))))))))))...)))))).))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((.((....)).)))......((((((...((.....))..)).))))(..)...(((((((....((((((.(.(((((((..(..(((((((.((((((((..))((((((((((........)).(..((((....(((((((((((((..)))))))))))).).))))...).((((((...))))))...))))))))...))).))))))))))..)).)))))).)))))))...).))))))..)))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(...(..(((.(..(((((.((.........))...))))).........)...))))((..(..((((..((.((((((((......((((((((...(((......((((((((((((.(((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)))..))))...))))))))...)))...)))))))).....))))))))))..))))...)).)...).......
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.....((((.((((((((.((.........))...))))).......)))...))))(..((..(((((.(.(((((((((......((((((((..(...(((...((((((((((((.(..((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))....).))))...))))))))..)))..).)))))))).....)))))))))).)))))...)).)...)))))...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))..........((((((...(((((((.((((((((.((....((((((((..((((......(((..(((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))..)))...))))..))))))))....)))))))))))))))))...)))))).))))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((.(((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).)))))....(....((((((...(((((((.(((((((((...((.((((((((..((((......((((((((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...))))))))...))))..))))))))))...))))))))))))))))...))))))....)))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((.((..(((((((...)))).)))...)).)))).))..........((((((...(((((((.((((..(.(((....((((((((..((((.(((..(((..(((((((.(((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)))..))))...)))..))))))))))..))))))))....))))..)))))))))))...)))))).))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.....))))..((((.((((((.....))).)))...(((((.....(((...........)))(((.....)))..(((((((....)))))))..))))).((((.........(((((.....))))).((((.((.((......))))))))......))))..........(((((...........))))).))))...((((((.....))).......(((((...................)))))..)))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((..((((((..((((.<<<))))......>>>...))))))........((((((.(((.....)))...((((..{{{{))))..(((.}}}}.....)))......)))))).(((((aaaa.)))))...AAAA....((([[[[[......................)))..(((.((((.....)))).((((]]]]]...((((.....))))......(((.....)))......))))...))).))))))).

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RNA: SRP_00037

			UUUGCCGUGCUAAGCGGGGAGGUAGCGGUGCCCUAUACUCGCAAUCCGCUCUAGCAGGCCGAAUCCCCUCUCGAGGUUAUGUUGCUGUAAGGUCUGCCUUAAGUAAGUGGUGUUGACGUUUGGGUCCUGCGCAACGGGACCCCGUGAACCUUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAAUAAGCGGGUCUUCUCGUGUGCCGCAGGAGUGCCUGAACCGAGCUAACUGCUUGCGUAACGCUUAUGGCUACGCAAUCGACAGAAGGUGCACGGUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..((((((((...((((((.(.(...).).))))...((.((...........))))))......((.(((...((((.(((.((((((((...(((..(((((.((((((......((((((((((((((((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...))))))...))))))))...))).)))))))).)))...)))))))).))).))))...))).)).))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((((((((((((((((.(....))))).)))....)))))).))))))))......((.(((...((((.(((.((((((((((.(((.....(((((..((......(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..))).......))..)))))))))).)))))))).))).))))...))).)).....)).)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................(((....(((....)))....)))................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.....((((((((((((((((.........)))..))))).......)))...)))))((((((((((((...((..(((((....))))).((((((((((((...((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).))))))...)))))))..)))..))))))))).....))..))))))......))))..))....))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....)))))))).........................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....)))))))).........................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((((((((.(((.......)))..)))....)))))).)).....................((((.(((.(((((((((....).....(((((((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))))...))))))).......)))))))))......)))))))).))).))))..........))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))).........................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((......(.(((((.................))))).).....))......((.(((...((((.(((.((((((((...((......(((((((((......((((((((((((((((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...))))))...)))))))).......)))))))))....)))))))))).))).))))...))).)).))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((((((((((((.((..)))))).)))....)))))).)).............(.((.(..((((.(((.(((((((((....).(((.(((((((((((...(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))))...))))))).).))..))))))))).)))..)))))))).))).)))))...)).)..))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(.............................................................................................................((((((((((((.((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))..)))))...)))))))...................................................)......
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...(((((.....[[[[[.........)))))...]]]]]...(((((((......(((....))).....[[[[[....)))))))....]]]]]...(((...[[[...[[[[[[[[)))..]]]]]]]]]]]...(((....)))(((....)))(((.(((....(((((....))))).))).[[[[...............)))..]]]](((((((..(((...))))))))))............))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.....((((((((((((((((.........)))..))))).......)))...)))))(((...((((.(((.((((((((((.(((.....(((((((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))).)).....)))))))))))))).)))))))).))).))))...)))....))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.....((((((((((((((((.........)))..))))).......)))...)))))......((((.(((.((((((((...........(((((((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))).......)))))))))......)))))))).))).))))..........))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((.......................................................((((((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).))))))))).)))))))...)))))).))))))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((....(.(..((((.((((....)))))))).....).).................((((((...(((((((.((((((((((..((.((((((((..((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..))))))).)).))))))...))))))))...))))..)))))))))).).))))))))))).)))))...)))))).))))))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.....((((((((((((((((.........)))..))))).......)))...)))))...(((.(((((.(((((.(((((....))))))))))))))).)))..((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).)))))...))))))))..(((.....)))((((((..(((...))))))))).............))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((....(((((.....[[[[[........[[[[....(((((...(((((((......((((..))))..............)))))))........))))).......[[[[[[[[[[[[[[..[[[[[[)))))...........(((((((..................)))))))]]]]]]....]]]]]]]...]]]]]]]]]]]...]]]]](((((((...........)))))))............))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................(((....(((((((((......((((((((((((((..((((((.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))...))))))....))))))...)))))))).......)))))))))...........)))...........................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).........................................................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).........................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).........................................................
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PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..(((......(((.....(((....))).....)))....)))....)))))).)).))))))...)))))))).........................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...(((((.(((..((...)))))...))))).....((((...(((((....((((((..(((((((...(((((.(((((....)))))))))).........(((...((((((((.....))))))))))).)))))))..)))(((....))).((.(((....(((((....))))).))).)).)))..)))))....))))...(((.(((((((..((.....)))))))))....))).....))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.....((((((((((((((((.........)))..))))).......)))...)))))..((((.(((((.(((((.(((((....))))))))))))))).))))(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))).)(((.....)))((((((..(((...))))))))).............))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.....(((((...(((((.................))))).............)))))..((((((((((((((((.(((((....))))))))))..(((((((..((((((((((((((..((((((.(((((..((((....))))....................)))))...))))))....)))))))...)))))))(((((.....)))))..))))))))))))))......))))........))))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...(((((...((((.(....))))).))))).....((((...(((((....((((((..((((((((..(..((.(((((....)))))....))..)..)..(((...((((((((.....))))))))))).)))))))..)))(((....))).((.(((....(((((....))))).))).)).)))..)))))....))))...(((((((((((..((.....)))))))))..).))).....))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.(((((((((((......((((((.....))).)))..)))))).))))))))..)).(((((((...((((.(((.((((((((((.(((.....(((((..((......(((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..))).......))..)))))))))).)))))))).))).))))...)).))).....))..
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((..(((.((....)).)))))))......(((((((((((((((((.(((((((((....((((..))))..((......)))))))))).)...))..))))).)))).))......(((((((((..(((((((.((....(((((((((((((..)))))))))))).).)))))))).).....)).)))))))((((((.(((..)))...(((((((((((((.(....))))))))))..).))).)))..)))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((.(..(((((.((.........))...))))).........)...)))..(((...((((...(.((((((((......(.((((((...(((......((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))...)))...)))))).).....)))))))).)...))))...)).)......)....
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.....(((((.....(......(..(....((.....))....)..)...)..)))))(((...((((...(((.((((((......(.((((((...(((......((((((((((((((..((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))....))))))...))))))))...)))...)))))).).....))))))..)).).))))...)))....)))))...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.....(((((...........................................)))))......(((...((.((..(((............(((((..((......(((..((((((((.((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))..))))))...))..))).......))..))))).......)))..)).))...)))..........))))))))
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.....))))...(((.((((((.....))).)))...(((((...(((.(((..............)))..))).(((.(((((....)))))))).))))).((((..(((.((((((((.....))))))))......((((.((......)))))).)))..))))..(((((....)))))..))).((((....))))..((((((.....))).(((((...........))))).................)))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.....))))...(((.((((((.....))).)))...(((((...(((.(((..............)))..))).(((.(((((....)))))))).))))).((((......((((((((.....))))))))......((((.((......))))))...)))).....(((((....)))))..))).((((....)))).(((.(((.....))).(((((.[[[[[.....)))))..........]]]]]...))).

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RNA: SRP_00088

			GUGCUAGACGGGGAGUUAGCGGUGCCUUGUACCUGCAAUCCGCUGUAGCAGGGUUGAAUUCCUUGUUUGAGGCUAUAAUUUGUGGGGUUUGCCUCAUCUUGGUCAAUGUUGAGAAUUGGGUCCCACGCAACGGAAAUUCAUGAACUCCGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCGGUAAGUGAAAUCUUCCGUGUGCCGUGGAUAAAUCUGAUUUGAGUUGACCAGGUGAGUAACACUCAUAGAUUAUUGUCGAUUCAAGGUGCAC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((..(((((((.(((...))).))))...(((((...........)))))))).....(((((..(..(((.((((((((((((...((.(((((((.(((((((.....(((((((((.(((((((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...)))))....)))))))))..))))))))))))))...)))))))))))))).))).)..))))).))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((((...(((((...)))))..((((((((....)).))))))))))))))))))..(((.((((((((((((..((((.((((((.(((((((.....((((..(((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))..))))..)))))))))))))))))..)))))))))))).)))..........))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
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Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))....................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................(((((((((.........(((...............((((((((((((((((((((((..((((.....(((((((((((....)))))))))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))........))))))))).....................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((.....................(((((.........)))))...))(((((.....(((.(((((((((((((((.(.(((((.(((((((((.....(((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))))))))..)))))))))))))))))).)))))))))))).)))....))))).....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................(((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))))))))...................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....(((((...........)))))..(((((...........)))))........(((((.....(((.((((((((((((..((((.((((((.(((((((.....(((((((((.(((((((.(((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))))...)))))....)))))))))..)))))))))))))))))..)))))))))))).)))....))))).))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.((.....))))))(((((...)))))..((((((((....)).))))))....(((((.....(((.(((((((((((((((.(.(((((.(((((((((.....(((((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).)))))....)))))))))..)))))))))))))))))).)))))))))))).)))....))))).....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(........................................................................(..((((((.........(((((...............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))........))))))..)................)..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..............(((((.((.........))...)))))...............................(..(((.((.........((.((...............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)).))........)).)))..)................)).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((...(((((...)))))..((((((.........))))))))))))))))))).(((.((((((((((((..((((.....((((((((((.....(((((((((.(((((..((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))))....)))))....)))))))))..))))))))))...))))..)))))))))))).)))..........))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((((....(((((...)))))..((((((((....)).)))))).)))))))))))..(((.((((((((((((..((((.((((((.(((((((.....(((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))))))))..)))))))))))))))))..)))))))))))).)))..........))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...[[[[[..)))).((((((((..................((..........]]]]]))....(((.((((((((((((((.((.((((((.((((((((.....(((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))))))))..)))))))))))))))))).)))))))))))).)))....))))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.........................................................(.(.((...(((((((.((((((((((.((.((((((((.(.((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))).)))))))...)).))..))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((........................................................((((((....(((((((((((((((((...(.((((((((.(.((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))..).))))))))))))))))...)))))).))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((((...(((((...)))))..((((((((....)).))))))))))))))))))..(((.((((((((((((..(((.((((((.((((((((.....(((((((((.(((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).)))))....)))))))))..)))))))))))))))))..)))))))))))).)))..........))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((.......[[[[[..(((((...{{{{{{..)))))....))))))))))))).....((((((((((((......((((.((((((((((.....(((((((((.(((((..(((((...........)))))......(((((((...}}}}}}.........))))))).....)))))....)))))))))..)))))))))))))).....))))))))))))........]]]]].))))
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Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
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PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................((((((.(((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).)))))))...).)))))....................................................
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((..((((((...))))).)((((((((....)).))))))))))))))))))).(((.(((((((((((((.(((.((((((.((((((((.((..(((((((((.(((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).)))))....))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))).)))..........))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...((((((...........)))))).(((((...........)))))........(((((.((((....((((((((((((..((((.....((((((((((.....(((((((((.(((((..((((((.(((((.....((((..................))))...)))))...))))))....)))))....)))))))))..))))))))))...))))..))))))))))))..))))..))))).))))
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TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
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RNA: SRP_00089

			GCCGUGCUAGAUGGGGAGUUAGCGGUGCCCUGUAACCUGCAAUCCGCUACAGCAGGAUCGAAGUCCUCAUAGAGGCUCUAACUUGUGGAGUCUGCCCUAUGUAAGUGGUGUUGAGAGUUGGGCCCCACGCAAUGGAAACCUGUGAACCUCGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCGAUAAGCAGUCAUUUUCAUGUGCCGUGGAUACGUCUGGCUUGAGCUAACUGCAUAGGUAACGUUCAUAAGUUAUUGUCGAAGUGAGGUGCACGGUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((..(((((((.(((...))).))))....(((((...........)))))))).....((((((...(((..(((((((((((...((.(((((((.((((((.....(((((((((.(((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))))...)))))....)))))))))..))).))))))))))...)))))))))))))..)))...)))))).))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((..(.....)..))))))..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((.((((.((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).)))))).)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................((((...(((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))).....))))....................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((...(((((((((((((..........)))..))))))..))....))...))((((((...(((..(((((((((((((....(((((((.((((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))).))))....)))))))))..))).))))))))))..)).)))))))))))..)))...)))))).))))))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................(((((...........)))))....................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................((((((.............((((((((((((((((((((((..((((.....(((((..((((....))))..)))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..........))))))........................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((((...........))))....(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((....(((((((.((((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..))).))))))))))..)).)))))))))))..)))...)))))).))))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....))))))))........................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....((((...........))))....(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((...((.(((((((.((((((.....(((((((((.(((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))))...)))))....)))))))))..))).))))))))))...)))))))))))))..)))...)))))).))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((.(.......).)))))...(((((...........))))).)).....((((((...(((..(((((((((((((..(.(((((((.((((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..))).))))))))))).)).)))))))))))..)))...)))))).))))))).
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(....................................................................(...(..((((((.........(((((..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))........))))))..)...)............)......
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((...........................................................................(((.((((.......(((((..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))......)))).)))...................))))...
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((............((((((..........[[[[[...))))))..]]]]]........((((((...(((..(((((((((((......((((((((..((((.....((((..(((.(((((..(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))))....)))))....)))..))))..))))..)))))))).....)))))))))))..)))...)))))).))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(.((.((((..((...))..)))))).).((((((....)).))))......((((((...(((..(((((((((((((.((((.((((((..((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((......((((((((.(((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..)))).))))))))).....)))))))))))..)))...)))))).))))))).
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.........................................................((((((...(((((((.((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))).)))))))...)))))).))))))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.........................................................((((((...((((((((((((((((((.((.((((((((.(((((..(...((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))..))))).))))))))))))).))))))))))))))))...)))))).))))))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.....(.((.((((..((....)).)))))).)..(((((....)).))).......((((((...(((..((((((((((((..(((.(((((((.(((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..)))).))))))))))).).)))))))))))..)))...)))))).))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((((([[[[[[[....))))))..(((((...........)))))........((((((........(((((((((((......(((((((............(((((((((.(((((..(((((((((((..........))))(((....)))..................)))))))....)))))....)))))))))..]]]]]]]))))))).....)))))))))))........)))))).))))))).
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((........(((((((........((((....(((.......(((((.............(((...............................................................))).............)))))...........)))....))))..........))))))).....)))))))).........................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..(((......(((.....(((....))).....)))....)))....)))))).)).))))))...))))))))........................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((.((.((((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))).))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(.....((.((((.(((....)))))))))...((((((....)).))))......((((((...(((..(((((((((((((.(((.(((((((.(((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))))))..)))...)))))))))))))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........((((((........(((((((((((......((((((((...........(((((((((.(((((..(((((((.((((.....((((..................))))...))))...)))))))....)))))....)))))))))........)))))))).....)))))))))))........)))))).))))))).
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))........................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................(((((..................)))))...................................................................((((((((.(((((((.((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))..)).)))))....))))))))........................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...((((((.(....)....))))))..(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((.((((.((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((....(((((....(((((........))).))..))).))..)))))).(((....((((((...(((..(((((((((((((.((((.((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...))))))....)))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((((.(....)....))))....(((((...........)))))))).....((((((...(((..(((((((((((((.((.((((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))).))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((....)))))).((..))(((((.(((((...........))))).).)))).(((((..((((((((.((..))))))))).)(((((((.((((((.(..)((((((((((((((((((((((((.((((....(((((((((((((..)))))))))))).).))))...)))))).))).)))))..).)))))))))..))).))))))))))(((((......))))).........)))))..)))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((..(..(((((.((..........))...)))))..........)....)).((.....((........(((.........((((((((...(((......((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).))))....))))))))...)))...))))))))........)))........)).....))......)....
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((.(..(((((.((..........))...)))))..........)....)))((.....(((..(...((.((((......((((((((.((...(((...((((((((.(((((..((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))....)))))....))))))))..)))..)))))))))).....)))..)))..)..))).....))...........
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((...........))).....(((((...........)))))........((((((...(((..(((((((((((((.(((.(((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))))))..)))...)))))).))))))).
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Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((......(((...aaaaaa..)))(((.....)))..AAAAAA((((.((((....)))).......(((((((.....))))))).(((((.....)).)))))))...((((....<<<<<))))....(((((((..{{{)).)))))..(((((((.((..[[[[..))..)).))))).((((.]]]]}.))))..((((....))))........((((((........))))))}}>>.....>>>.))))))).

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RNA: SRP_00090

			CCGUGCUAGACGGGGAGUUAGCGGUGCCCUGUACCUGCAAUCCGCUAUAGCAGGGUUGAAUUCCUCGAUUUGAGGCUAUACUAUGUGGGGUCUGACCUAUAUAAGUGGCGUUGAGAAUUGGGUCCCACGCAACGGAAACUCAUGAAACCCGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCGGUAAGUGAUAAUUUUCGUGUGCCGUGGAUAAACCUGGUUUGAGUUAACUGUAUAGGUAACGUUCAUAUGCUAUAAGUCGAAACGGGGUGCACGG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((..(((((((.(((...))).))))...(((((...........)))))))).....(((((.((...((((..(.((((((((...((((((((((.((((((.....(((((((((.(((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))))...)))))....)))))))))..))).)))))))))))..)))))))))).)...)))).)).))))).))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((....(((((((((......(((((((....((.....))....)))))))..)))))))))......(((((((.((((((((.....(((((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))....)))))))).))).))))..........))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................((((...((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).....))))...................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((...........)))))).((((((((((((....)).))))))......(((((((..(((......(((((((.....((((((((.((((((.....(((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).))))....)))))))))..))).)))))))))))....))))))))))..)))))))..))))..))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....)))))))).......................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................((((((((.(((((((((((((..((((.....(((((...(((....)))...)))))...))))....)))))).)).)))))....)))))))).......................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((...........)))))).....((((((((....)).))))))....(((((......(((((((.((((((((.....((((((((.((((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..))).)))))))))))....)))))))).))).))))....))))).))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))......................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((...........))))...(((((...........)))))........(((((......(((((((.((((((((.....((((((((.((((((.....(((((((((.(((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))))...)))))....)))))))))..))).)))))))))))....)))))))).)))).)))....))))).))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((.(.......).)))))).....(((((((((()))).))))))....(((((.(((..(((((((.(((((((((..(.((((((((.((((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..))).))))))))))).)).)))))))).))).))))))).))))).))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(.........................................................................(..((((((.........(((((..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))........))))))..).................)....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((................................................................................................................((((((((((.((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))..)))))...)))))....................................................))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((((....((((((.[[[[[[[.........))))))..]]]]]]].......((((((.[[[[(((((..((((((((......)))))))).))))))))))).......(((........)))..]]]].....))))))...(((....)))....((((((..(((......)))..)))))).......((((.(((((.......(((((...........)))))......))))).))))..))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((....(((((((((......(((((((....((.....))....)))))))..))))))))).(((((.(((((..((((((((......)))))))).))))).)))))......((((.((((((((((((.((((...(((.((....(((....)))....)))))..))))...))))))).)).)))))))..((((.((((((.(((...(((((((......)).)))))..))).))).))).))))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((....((((.[[[[......[[))))..(((((...........)))))]]..]]]](((((......(((((((.((((((((.....(((((((((.(((((.....(((((((((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))))))))..)))).))))))))))....)))))))).))).))))....))))).))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((........................................................(((((.(....(((((((.((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))).))).))))...)))))).))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((........................................................(((((..(...(((((((.((((((((((.((.((((((((..((((.....((((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..))))..))))..)))))))))))).)))))))).))).))))...)))))).))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((....(((((((((......(((((((....((.....))....)))))))..))))))))).(((((.(((((..((((((((......)))))))).))))).)))))......((.((((((((((((((.((((...(.((((....(((....)))....)))))..))))...))))))).)).)))))))...(((.((((((.(((...(((((((......)).)))))..))).)))).)).))).))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((...[[[[[[..)))))).(((((...]]]]]]..))))).....(((((((((((((...((((((..((((((((((((......................)))))))))))).......((((((........(((((((.............((((((................))))))......))))))).))))))....)))))).................))))))))...)))))))))))
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Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).......................................................
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PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).......................................................
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RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
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RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((.(..(((((.((.........))...)))))..........)...))))((...(...((((.(...(..((((......(.((((((....((......((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).))))....))))))))...))....)))))).).....)))).....)..)))))..)..))...))))))
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Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((....(((((((((...................(((((.........))))).)))))))))......(((.(((.((((((((.....(((((((((..((((.....((((..(((.((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).)))))....)))..))))..))))..)))))))))....)))))))).)))..)))..........))))))
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UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((....(((((((((......(((((((....((.....))....)))))))..))))))))).((..(.(((((..((((((((......)))))))).))))).)..)).........((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))).....((((.(((((.(((...(((((((......)).)))))..))).))))).))))..))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((...........)))))).(((.((((((((....)).))))))....((((.....))))....((((((((((......))))))).))).(((.((............))))).((((.............)))).))).(((..........((((.((((....))))))))..((((.((.....)))))).(((.......(((((((......)).)))))......)))...)))...))))))
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((...........)))))).((((((((((((....)).))))))....((((.....))))....((((((((((......))))))).))).(((.((.....[[[[[..)))))..(((..]]]]]......))).))))..........((((((((((..(((......)))..))))))......{{{{((((......)))).(((.((......))))))))).............}}}}))))))

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RNA: SRP_00106

			GGUAGCUAGGUCUAUGCAACAGAGAAUCACGAACUCCGCCAGGCCUGGAAGGGAGCAACGGUAGUGACACUCUCUGUGUGCGUAGGUUGCCUAGCUACCAUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.(.(.(((((.(.((..(...((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...)))))..........)).))))))......).)
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...))))))).)))))))...)))))))))....))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...))))))).))))))))...))))))))))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((....(((((..((((.....(((((((((((....)))))))))))..))))....))))).....)))))...))))))))......
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((.((((...((((.(((....)))...))))........))))...))))))).)))))))...)))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((((....((((.....(((.....(((....))).....)))..))))......)))).)))......................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((.(((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...)))))))..))))))...)))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((.((((...((((.((((()))))...))))........))))...))))))).)))))))...)))))))))))....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((.((((...((((.(((.[[[)))...))))....]]].))))...))))))).))))))))...))))))))))....
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))....)))))).)))))))...)))))))).......
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((.((((...((((.(((....)))...))))........))))...))))))).)))))))...)))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...))))))).)))))))...)))))))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...))))))).)))))))...)))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...))))))).)))))))...)))))))))))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...))))))))))..))))))))..)))))))).)))))))...)))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...((((((((((.((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).))))...))))))...))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...))))))).)))))))...)))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((.((((...((((.((((..))))...))))........))))...))))))).)))))))...)))))))))))....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((((((((((((((((..((((.....((((..(.(((....)))..).))))..))))....)))))).))))))))...))))))))......
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((.((((...((((.(((....)))...))))........))))...))))))).)))))))...)))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...))))))).)))))))...)))))))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.......(((((((.((((...((((..............))))........))))...)))))))...........)))))))))))....
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.((((....(((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))....))))).....))))....))))))))......
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((.((((...((((.(((....)))...))))........))))...))))))).)))))))...)))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((.((((...((((.(((....)))...))))........))))...))))))).)))))))...)))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((.((((...((((.(((....)))...))))........))))...))))))).)))))))...)))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((((.((((((....(((.((((((((..)))))))).))).))))))...)))))).)))))))...)))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((((((..(..(.(..((((.....(((.....(((....))).....)))..)))).....).).)...)))))...))))))......)..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...))))))).)))))))...)))))))))))....
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((.((((.....(((.....(((....))).....)))..))))...))))))).)))))))...)))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((...............((((..............))))..((((.((.......)))))).)))))))....))))))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...[[[))))...................((((....]]]))))..........((((((.((((.....))))...(((.....)))))))))....

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RNA: SRP_00134

			CUGAUAGCUGGGUCCCGCGCAACGGUAGGUUAUGAACCCCGCCAGAUCCGGAAGGAAGCAACGGUAGUAGCUGAUUCCGUGUGCCGCGGGGGAGCCCAGCUAUCAGUUGU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	...(...(((((((((.((((.(((.(.(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))...).))))).....)).)))).)))))........)..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................(((.((((.(.(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))...).)))))))...........................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....)))).))).))))))...))))))))))))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................(((....)))......................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))..)))).....))))......))))....)))))))).........
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((.(((((((((((((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))..)))))...)))))).)).)))))....)))))))).........
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....)))).)).))))))...)))))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....)))).))).)))))...)))))))).........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....)))))...))))))...)))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((.(((((((..(..(((.....(((....))).....)))).))))))..).)))).)).))))))...)))))))))))))....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((.....)))..((((((...[[[[[[....(((....)))....[[[[..))))))....]]]].....]]]]]]..)))))))))))))....
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))....)))))).)).))))))...)))))))).........
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))....)))))).)).)))))....))))))))....)....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((....(((.[[[.....)))..]]]...(((....)))(((.[[[[.....)))....]]]]....))))))...)))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))....)))).)).))))))...)))))))))))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))....)))).)).))))))...)))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....)))).)).))))))...)))))))))))))....
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((..((((...)))))))...((((((((((.((((((((..)))))))))))))).))))))))))))).))))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.....((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).)).))))))...)))))).....))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..(((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..)))))..))))))).)).))))))...)))))))))......).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((..((((((....(..(.....(((....)))..)...)...))))))....)))).))).)))))...)))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((...(((..((((...))))))).......(((((...(((..........)))..))))).....))))))...)))))))))))))....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))....)))).))).)))))...)))))))))))))....
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((((((((((((((((.((((.....((((..(.(((....)))..).))))..)))))...)))))).)).))))))...)))))))).........
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((..((.......))...)))((.....((((....(((....)))....))))..))..........................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((..((.......))...)))((.....((((....(((....)))....))))..))..........................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................(......(((.....(((....))).....)))...)..........................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((..((....)).(((.....)))((((....(((....))).(((((((.(((.....))))))).))).)))))))).))))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))....)))).))).)))))...)))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((((((..((((((.............(((....)))..........))))))....)))).))..)))))...)))))))))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((..((((..((((...)))).......................((((....))))...))))....)))))))...))))))))))))....
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((.................................(((....))).....................................)))))))).........
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))..)))).....))))......))))....)))))))).........
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))..))))....)))))).)).)))))....)))))))).........
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))....)))).)).))))))...)))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))....)))).)).))))))...)))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))....)))).))).)))))...)))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((.((((((.(....(((.((..((((..))))..)).))).).))))))...)))).)).)))..)))).))))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((((((((((((((.(..((((.....(((.....(((....))).....)))..))))....).)))).))).)))))...)))))))..........
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((.(((((..((((.(.(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))...).))))....)))))....)))))).).........
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((((((..((((((..(((..(.....(((....)))..)...))).))))))....)))).))..)))))...)))))))))))))....
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....)))).)).))))))...)))))))))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....)))).)).))))))...)))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((..((((((..(((..((....(((....))).))...))).))))))....)))).)).))))))...)))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((((((......((((.((........)))))).....((((....((((....)))).))))...)).))))))....))))))))))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((...((((.......(((.....))).......................((((....))))...[[[.))))..]]]....)))))))))))))....

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RNA: SRP_00173

			UUUGUCGUGCUAGACGGGGAGGUAGCGGCGCCCUGUAACCCGCAAUCCGCUCUAGCGGGGUUGAAUUCCUCAUUUGAGGCAUCGUAAUUGUUUGGUCUGCCCUUGACAAGUGGUGUUGAAGGUUGGGUCUUGCGCAAUGGGAACCUGUGAACCAUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAUUAAUCAGUGCUUCUCAUGUGCCGCGAGGUUGCCUGGCCCGAGCUAACUAUCAAGGUAACGCAGGUGAUUGCAUGUCGAGGUGAGGUGCGCGACACUAA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..((((((((..(((((((.(.(...).).))))....(((((...........)))))))).....(((((((...(((((..((((((((((...(((.(((((..((((((......((((((((((((((((.((((((.(((......((((....(((....)))....))))....)))...))))))))...))))))...))))))))...))).))).))))))).)..)))))))))).)))))..))))))).))))))))....
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Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................(((((((((((((((((..(((......((((....(((....)))....))))....)))....)))))).)).))))))...))).................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........(((((((...(((((.(((((((.....(((((((((((...(((((.(((..(((((((((((((((((((((((....(((...((((....(((....)))....))))...)))....))))))).))).))))))...))))))))))))).))..))))))....)))))))))))))))))..))))))).))))))))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................(((((...........)))))..........................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))............................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................(((((((((.......((((((.............((((((((((((((((((((((..((((.....(((((((((((....)))))))))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..........))))))......))))))))).............................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((.(.......).))))))..(((((...........)))))........((((((((..(((((.(((((((((((......((((((..((((((......(((((((((((((((((((((.(((((..........)))))((....))((((...((......))))))))))).)).)))))))...)))))))...))).))).)))))).....)))))))))))))))).)))))))).))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................((((((((((((((((((((((..(((......((((....(((....)))....))))....)))....)))))).)).))))))...))))))))............................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.....((((.(.(...).).))))....(((((...........)))))........(((((((...(((((.(((((((((((...(..((((((..((((((......((((((((((((((((.((((((.(((......((((....(((....)))....))))....)))...))))))))...))))))...))))))))...))).))).))))))..)..))))))))))))))))..))))))).))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((.(.......).)))))).((((((...........))))).)......((((((((..(((((.(((((((((((((..(.((((((..((((((.(((..(((((((((((((((((((((.(((((..........)))))((....))((((...(((....)))))))))))).)).)))))))...))))))))))))).))).))))))).)).)))))))))))))))).)))))))).))))))))....
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((....(((((...........)))))....((...............))...........(.(.....(((...(((((((((((.(....((((((..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........))))))....))))))))))))..)))....).)...))))))......
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((.....[[[[..))))))...]]]]..(((((....)))))........((((((((..(((((.(((((.......(((((((((((....((((......(((..(((((((((..(((((((((((..........))))(((....)))....(((((....))))))))))))....))))))...)))..)))...))))....))))))....)))))..)))))))))).)))))))).))))))))....
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HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................
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MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.........................................................(((((.(...(((((.(.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))))).)))))...)))))).))))).......
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((..((....)).))))))..(((((...........)))))........((((((((..(((((.(((((((((((((.(((.(((((..((((((.(((..((((((((((((((((((((((.((((..........)))).((....))....((((((....)))))))))))).)).))))))...))))))))))))))).)).)))))))))).)))))))))))))))).)))))))).))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((....[[[[[..))))))..(((((...]]]]]...)))))........((((((((..(((((.(((((((((((......((((((..............((((((((((((((..(((((((((((..........)))))............((((((....))))))))))))....))))))...))))))))...........)))))).....)))))))))))))))).)))))))).))))))))....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................(((((.....(((((.(((((.........(((.(((((....((((.............(((((((..(((((((....(((...........(((....)))...........)))....)))))))....))))))).............))))....)))))))).........))))))))))....))))).............
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((jjjjjjj(aaa(((((mmmm(.eeeeeee))))).(((((...((((((gg)))))).ii(()MM(((((ll)))))..iiiii(MM{{{{{{{{{(.cccccccc.cccc(.ddd(GG<<)))))ff(((kkkkk..LLkkkkkkk.)CCCCbbbbbbb.)}}}.hhhhhhh))))II.)>>DHHHHHHH.DDEEEEEEE))((((BBBBBBB}}}}}}.)))).))IIFF...KKKKKKK.KKKKK.CCCCCCCCIII...)AAAJJJJJJJ.
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................((((((((((((((((((((((..(((((...)(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))............................................................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))............................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................
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Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((..((....)).))))))..(((((...........)))))........((((((((..(((((.(((((..((((((.((.((((((....((((.(((..(((..(((((((((((((((((.((((..........))))(((....)))...((((((....)))))))))))).))).)))))...)))..))))))))))....)))))))))).))))..)))))))))).)))))))).))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((.(.((((((...........))))))..((((([[[........)))))]]].....((((((((..(((((.(((((((((((((.(((.(((((..((((((.(((..((((((((((((((((((((((.((((..........))))(((....)))...((((((....)))))))))))).)).))))))...))))))))))))))).)).)))))))))).)))))))))))))))).)))))))))))))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........((((((((..(((((.(((((((((((......(((((....(((((......((((((((...(((((......(((((..........)))))......(((((((...........)))))))..))))).........)))))))).......)))))))))).....)))))))))))))))).)))))))).))))))))....
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....))))))))............................................................
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RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((..((....)).))))))..(((((...........)))))........((((((((..(((((.(((((..((((((.((((.((((....((((.(((..(((..((((((((((((((((((((((......((((....(((....)))....))))....))).).))))))).)).))))))...)))..))))))))))....)))))))))).))))..)))))))))).)))))))).))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((........((((((..((....)).)))))).....)))).((((....)))).((((....((((((((..(((((.(((((..((((((.((((.((((....((((.(((..(((..(((((((((((((((((.((((..........))))(((....)))...((((((....)))))))))))).)).))))))...)))..))))))))))....)))))))))).))))..)))))))))).))))))))....)))).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((..((....)).))))))..(((((...........)))))........((((((((..(((((.(((((..((((((.((.((((((....((((.(((..(((..(((((((((((((((((.((((..........))))(((....)))...((((((....)))))))))))).))).)))))...)))..))))))))))....)))))))))).))))..)))))))))).)))))))).))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((((.((((((.(((......).))...).))))..(.(((((..))))).)((..))..)(((..)))((((.......))))))))((((((((((((.((...((..)).......((...((((..(((((.(((.....(((((((((((((..)))))))))))).)..)))...))))).))))....))((.((((((((((((........))..)).).).)))))).)))).))))))))))))....))))))(..)
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.......((.....((((.(..(((((.((..........))...)))))..........)...))))((..(...((.......(.(((((.......(.(.(.....(...(((...((((((((((((((((((((((..(((......((((....(((....)))....))))....)))....)))))).))).)))))...))))))))..))).)....).)..)......))))).)......))..))..)...)).........)
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(......(((.....(((((.....((...........(((((...........)))))..))..)))))(..(...((......(((((((........(.(.((....(...(((...((((((((((((((..((((((..(((......((((....(((....)))....))))....)))....))))))....))))))...))))))))..))).)..).).)..).......))))))).....))..))......)).....)...)
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((..((....)).))))))......(((...((....))....)))....((((((((..(((((.(((((..((((((.(((.(((((...(((((......(((..(((((((((((((((((.((((..........))))(((....)))....((((......)))).)))))).)).))))))...)))..)))...)))).)..)))))))))).))))..)))))))))).)))))))).))))))))....
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((...........))))))..(((((...........)))))........(((((((...(((((.(((((((((((...((.((((((....((((......(((((((((((((((((((((((.(((......((((....(((....)))....))))....)))...))))))).)).))))))...))))))))...))))....))))))))...))))))))))))))))..))))))).))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((...((((((..((....)).))))))..(((((...........)))))........(((((..(..(((((.((((((..(((((.((((.((((....((((.(((..(((..(((((((((((((((((.((((..........))))(((....)))...((((((....)))))))))))).)).))))))...)))..))))))))))....)))))))))).)))..))))))))))).)..))))).))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((......))).(((...........))).....(((.((((((((....))).)))))....((((....)))).((((........))))....((((((((.....)))).))))..))).((((((((.(((..(((((..........))))))))...((((((.((........))))))))....)).)))))).(((((((((....)))........)))))).((((....)))).(((((............)))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((..<<<<<<.))).((((..>>>>>>...))))....(((....)))((((......((((....)))).((((........))))..)))).))))).(((((..{{{.{{{....(((([[[[[..))))(((((...]]]]]..)))))............((((((....)))))).{{{.)))))...}}}...}}}.(((....))).....}}}.......((((....)))).(((((............)))))....

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RNA: SRP_00174

			UGGGUUGAUGAGCGUGAAGCCUUCGCUCGGUUGGAUUUUUCUUCAUUGCUACUCUUGGCUUGCAGGAAUUCCUCAUUUGAGGCAUCGUAAUUGUUUGGUCUGCCCUUGACAAGUUGGUGUGAAGGUUGGGUCUUGCGCAAUGGGAACCUUGUGAACCAUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAUUAAGCAGUGUUCUCAUGUGCCGCGAGUCGCCUGGCCCGAGCUAACUAUCAGGGUAACGCAGAUGAUUGCAUGUCGAUGUGAGGUGCGCGACACUAA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.(.((((...(.(.((.(.((..(.....)..)).)...(...(.............)...))).)....((((((....(((((.(((((((((((...(((.(((((..(((((((.....((((((((((((((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))))...))))))..))))))))...))))))).))))))).)..))))))))))))))))...)))))))...)))).)...
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((((.........))))))........(((((.((..((((....)))).)).)))))..((((((....(((((.(((((..((((((.((((((.((..(((((((.....(((..(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..)))..)))...))))))).)))))))))).))))..))))))))))...))))))....)))).)).)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................(((.((((((((((..(.(((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)).)).)))......................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((((.........)))))).........(((((....((((....))))....)))))..((((((....(((((.(((((((((((...((((((.....(((((((.....((((((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).))).)))))..))))))))...)))))))...))))))...))))))))))))))))...))))))....)))).))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................((((((((.((((....((((....((((.....(((((((((((....)))))))))))...))))....))))......))))...))))))))............................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................(((((((((((((....((((....((((.....(((((((((((....)))))))))))...))))....))))......)))))..))))))))............................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.........))))))..................(((......)))...........((((((....(((((.((((((((((((..((((((.((..(((((((.((..((((((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..)))))))))).))))))).)))))))).).))))))))))))))))...)))))).............
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................((((((((((((((((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)).))))))..))))))))............................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((....(((((.........)))))..........(((((((..((........)).)).)))))..((((((....(((((.(((((((((((...((((((.((..((((((......((((((((((((((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))))...))))))..))))))))....)))))).))))))))...))))))))))))))))...))))))........)))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.........))))))..........(((.((..(((......))).)).)))....((((((....(((((.(((((((((((((.((((((.((..(((((((.((..((((((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..)))))))))).))))))).)))))))))).))))))))))))))))...)))))).............
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(............................................................................(....(..((((((.........(((((..............((((((((((((((((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)).))))))..))))))))...........)))))........))))))..)...)............)..........
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(.....................................................................................................................((((((((((((.((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))..)))))..)))))))....................................................)........
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((....[[[[[))))))...(((..(((((.....((((....))))....))))).)))......]]]]]...(((((((((((...((((((.....(((((((.....(((..(((((((((..((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).))))))))....))))))..)))..)))...)))))))...))))))...)))))))))))........(((.[[[[)))..]]]]..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((((.........)))))).........(((((((..((((....)))).)).)))))..((((((....(((((.(((((((((((((.((((((.((..(((((((.....((((((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..))))))))...))))))).)))))))))).))))))))))))))))...))))))....)))).))).
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.........)))))...................((........))...........((((((....(((((.(((((((((((((.((((((.((..(((((((.....((((((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..))))))))...))))))).)))))))))).))))))))))))))))...)))))).............
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.................................................................(((((.(...(((((.(.(((((((((((.((.((((((((.((.(((....(((((((((((((((((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)).))))))..)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))))).)))))...))))))......)).))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.....................................................................((((....((((((.((((((((((...((.((((((((..(.(((.....(((.((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)).))))))..)))).)))...))))..))))))))))...))))))))))))))))...)))))).............
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((((.........))))))............(.(...((((....))))..).)......((((((....(((((.(((((((((((((.(((((.(((..(((((((..(..((((((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..)))))))))..))))))).)))))))))).))))))))))))))))...))))))....)))).))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.........))))))...........(((((.......(((((.....)))))...(((((..)))))(((((..........((((((((((((..(((((((.......((((((((((((..((((((((((((..........))))(((....)))................))))))))....)))))[[[[[..)))))))))))))).))))))....))))))..........))))))))))...]]]]].....
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.........)))))..............((.((((............))))))...((((((....(((((.(((((((((((((.((((((.((..(((((((.....((((((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..))))))))...))))))).)))))))))).))))))))))))))))...)))))).............
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................((((((((((((((((((((((...((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))...)))))).)).))))))..))))))))............................................................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................((((((((((((((((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)).))))))..))))))))............................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................((((((((((((((((((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).)).))))))..))))))))............................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................(((((((.((((((((((((((...(((.(...)(((.(.(.(((....)))..).))))....)))...)))))).)).))))))...)))))))............................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((..[[[[[[...))))..]]]]]]((((....(((((.((..((((....)))).)).)))))..((((((....(((((.(((((..((((((.(((((.(((..(((((((.....(((..(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).))).)))))..)))..)))...))))))).)))))))))).))))..))))))))))...))))))....)))).....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((((.((....))))))))..................((((.[[[)))).....]]]...((((((((..(((((.(((((((((((((.(((((.(((..(((((((.....((((((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..))))))))...))))))).)))))))))).)))))))))))))))))).))))))....)))).))).
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.........))))))((((.....(((((....((((....))))....)))))..((((((....(((((.(((((((((((...((((((.....(((((((.....((((((((((((((..((((((((..........((((..................))))........))))))))....))))))..))))))))...)))))))...))))))...))))))))))))))))...))))))....)))).....
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................((((((((.((((....((((....((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))......))))...))))))))............................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................(((((.((.((((....((((....((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))......))))...)).)))))............................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((.........))))).........(((((.((..((((....)))).)).)))))..((((((....(((((.(((((..((((((.((((((.((..(((((((.....(((..(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..)))..)))...))))))).)))))))))).))))..))))))))))...))))))....)))).))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.(((((((((.........))))).)))).....((((.((..((((....)))).)).))))..))).(((....(((((.(((((..((((((.((((((.((..(((((((.....(((..(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..)))..)))...))))))).)))))))))).))))..))))))))))...))).((((.....))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.....((((((.........))))))((((....(((((.((..((((....)))).)).)))))..((((((....(((((.(((((..((((((.(((((.(((..(((((((.....(((..(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).))).)))))..)))..)))...))))))).)))))))))).))))..))))))))))...))))))....)))).))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(..)((.(((((.((((.(((((((...(((..)))((((((.((.(..((((.(...(((((....((((..))))................)))))..(..))))))..)))))))))...(((.(((((((((((((((((.(((....(((((((((((((..)))))))))))).).)))).))))))).))).)))))).).))(.(((((...........))))))..((((........))))))).)))))))))))))))(..)
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.((..........................................................................................(.((............(..(..(.....((((((((((((((((((((((..((.((.....((((....(((....)))....))))...))))...)))))).))).)))))..))))))))......))...).....................))....)........)).)).......
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..(........................(..((......)))........(............)......(((((....((((...((((((((((......((((((.(....(((.....((((((((((((((..((((((..((.((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))....))))))..))))))))...)))...).)))))).....))))))))))..))))...)))))......)...).).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((.........)))))...............((..((((....)))).))........((((((....(((((.(((((..((((((.((((((.((..(((((((.((..(((..(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..)))..))))).))))))).)))))))))).))))..))))))))))...))))))....)))).))).
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((................................((........))...........((((((....(((((.(((((((((((...(((((.(((..(((((((.....((((((((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)))))))).)).))))))..))))))))...))))))).))))))))...))))))))))))))))...)))))).))))........
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((.........))))).........(((((.((..((((....)))).)).)))))..((((((....(((((.(((((..((((((.(((((.(((..(((((((.....(((..(((((((((((((((((((..(((.....((((....(((....)))....))))...)))..)))))))).))).)))))..)))..)))...))))))).)))))))))).))))..))))))))))...))))))....)))).))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.........))))))..((((......))))..((((....))))..((((.....((((....))))..(((........))).))))...(((....))).((((((((.....)))).))))..(((..((((..((.((......))))...)))).....((((................)))).........))).((((((........)).))))..((((..((((.....)))).)))).((((.....))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................

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RNA: SRP_00234

			AUACGUGCUAAGCGGGGAGGUAGCGGUGCCCUGUACUCGCAAUCCGCUAUAGCGGGGCCGAAUUCCCACUCGAGGUGGGACGACUUUAUGGUCUGACUUAAGGGAUUGGUGUUGACGCCCGGGUCCUGCGCAACAGGAACCCACGAAUCCUGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCAGUAAGUGGUUAUUCUUGUGUGCCGCAGGGAAGCCUAGGCCGAGCCAUGAACUUAUGUAGCGCAUAGGGUCGUUUCAUCGACAGUGGGUGCACGUAU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((...((((((.(.(...).).))))...(((((...........)))))))......((((((...((((((.((((((((((..(((...((((...(.(((......(((.((((((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)..)))))))...))))))...)))).)))...)))..)..))))..)))..)))))))))).))))))...)))))).))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....(((.......(((((((...)))).)))..(((((....))))).)))....((((((...((((..((((((((((((.(((...((((....((((.(((..(((..((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))..))))))))))....))))..)))).)))))))))))..))))...)))))).))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................(((....))).......................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((...........))))))..(((...(((((....)))))..)))...((((((...(((((((((((((((((..(((...((((....((((.(((..(((..((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))).))))))...))..))))))))))....))))..)))..)))))))))))))))))...)))))).))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....)))))))).........................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))).........................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((((...................)))))..(((((....)))))........((((((...(((((((((((((((((..((.((.((((....((((.(((..(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).))))))))))....)))).))))..)))))))))))))))))...)))))).))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................(((.((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))).))).........................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((.(.(...).).)))))).(((((...........)))))........((((((...(((((((((((((((((..(((...((((....((((......(((.((((((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)..)))))))...))))))...)))).)))...))))....))))..)))..)))))))))))))))))...)))))).))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((((..(((......))).....)))))..((((((()))))))........((((((...((((((((((((((((((.((.((.((((....((((.(((..(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).))))))))))....)))).))))).)))))))))))))))))...)))))).))))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(.......................................................................(...((((((.........(((((..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))........))))))...)................)......
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(..............................................................................................(..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)......................................)......
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((((..[[[.((((....)))).)))))..(((((....)))))]]].....((((((...(((((((((((((((((.((((((....((((((((((....)))).((((((((.....)))).))))...))))))))))))(((....))).......((((((((((.((((((((...))))))))))))..(((...)))....))))))......)))))))))))))))))...)))))).))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((...........))))))..(((...(((((....)))))..)))...((((((...(((((((((((((((((..(((.(.((((....((((.(((..(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).))))))))))....)))).))))..)))))))))))))))))...)))))).))))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...((((((...........))))......))..(((((....)))))........((((((...((((((((((((((((((.((.((.((((....((((......(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).)))...))))....)))).))))).)))))))))))))))))...)))))).))))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..((((........................................................((((((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).)))))))))).))))))...)))))).))))..).
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((...(((((...((......)))......))))..(((((....)))))........((((((...(((((((((((((((((..((.((.((((....((((.(((..(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).))))))))))....)))).))))..)))))))))))))))))...)))))).))))))).
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Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((..........(((.((((..........)))).))).(((.......)))......((((((...(((((((((((((((((..(((.(.((((....((((.(((..(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).))))))))))....)))).))))..)))))))))))))))))...)))))).))))))..
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((((((((((((.ee(.[[[[[[[[[[[[))))))).<<<<<<<<...)))))..(((.ddddddddddddddddd.ddd(aaa...(((]]](((((ff))))){{>>>>>>>>{{.{{{{{{.))).))).}}}}}}.((((.)DDDbbb..(((}}AAA..cccccc.cccccccc)))CCCCCCCC.)))).)EE}}CCCCCC...BBB.)))))))DDDDDDDDDDDDDDDDD..FF]]]]]]]]])))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).........................................................
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....(((.......(((((((...)))).)))..(((((....))))).)))....((((((...((((..(((((((((((((...((.((((....((((.(((..(((..((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))).)))))...)))..))))))))))....)))).)).)).)))))))))))..))))...)))))).))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(.(((((...................)))))..(((((....)))))........((((((...((((((((((((((((((.((.((.((((..(.((((.(((..(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).)))))))))))...)))).))))).)))))))))))))))))...)))))))))))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((((..((((....)))).....)))))..(((((....)))))........((((((...(((((((((((((((((........((((....((((.............(((((((..(((((((.((((.....((((...............))))......))))...)))))))....))))))).............))))....)))).......)))))))))))))))))...)))))).))))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................((((((((..........................................((((((..((((.............(((....)))...........))))....))))))...........................................))))))))...........................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....)))))))).........................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................((((((((.(((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).)))))....)))))))).........................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....(((.......(((((((...)))).)))..(((((....))))).)))....((((((...((((..((((((((((((.(((...((((....((((.(((..(((..((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))..))))))))))....))))..)))).)))))))))))..))))...)))))).))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.((.(((..((..((.((..(((((((...)))).)))...)).))...))..))))).)).((((((...((((..(((((((((((((...((.((((....((((.(((..(((..((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))..))))))))))....)))).)).)).)))))))))))..))))...)))))).........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....(((.......(((((((...)))).)))..(((((....))))).)))....((((((...((((..(((((((((((.((((((....((((((((((....)))).((((((((.....))))).)))...))))))))))))(((....))).((.(((.(((((((((.((((((((...))))))))))))..(((...)))....)))))))).)).)))))))))))..))))...)))))).))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((....)).)))((((.(((..((...((.....))..))..)))))))....(((((((.(((.(((((((((((((((.((.((((((((....(((((..))(((((((((((((((((((((((.(((((((...(((((((((((..))))))))))).)))))))...))))))).)).))))))))..)).))))...)))...).)))))))))).)))))))))))))).)))).))))))..)))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(.(..........(((.((((((((.((.........))...)))))........)))...)))...((...((((((...((((((((......(.((((.(..(...(((...(((.((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...)))).)))..))).))...)))).).....))))))))..)).))))...)).....).).....
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((.....(((((.....((..........(..((...........)))....))..)))))(((...((((((..(((((((((.....((...(.((...(((......(((.((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...)))).)))...)))......)).)))....))))))))).).)))))...)))....)))))..)
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..............(((((((...)))).)))..(((((....)))))........((((((...((((..((((((((((((.(((...((((....((((..((..(((..((((((((.(((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).))..)))))...)))..))))).))))....))))..)))).)))))))))))..))))...)))))).))))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((((((......(((((((...)))).)))..)))))).))))...........((((((...(((((((((((((((((..((.((.((((....((((......(((.(((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))).)))...))))....)))).))))..)))))))))))))))))...))))))...)))...
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((....(((.......(((((((...)))).)))..(((((....))))).)))....((((((...((((..(((((..(((((.(((...((((....((((.(((..(((..((((((((((((((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))))))).)).))))))...)))..))))))))))....))))..)))).))))..)))))..))))...)))))).))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((....(((((..((((....)))).....)))))...((((....))))((((....((((((.....)))))).((((....))))........(((((.((((....)))).((((((((.....)))).))))....)))))...((((.................(((....))).((((.((.....)))))).)))).))))...((((...((((((.....))))))((((......)))).))))...)))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((...{{{{{.))).((((((}}}}}))).)))...((((....))))((((....((((((.....)))))).((((....))))........(((((.((((....)))).((((((((.....)))).))))....)))))...((((....................(((((...[[[[....))))).]]]].)))).))))...((((...((((((.....))))))((((......)))).))))..........

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RNA: SRP_00308

			CCGUGCUAGGUGGGGAGGUAGCGGUUCCCUGUACUCGAAAUCCGCUUUAUGCGAGGCUUAAUUCCUUUGUUGAGGCCGUAUUUUUGCGAAGUCUGCCCAAAGCACGUAGUGUUUGAAGAUUUCGGUCCUAUGCAAUAUGAACCCAUGAACCAUGUCAGGUCCUGACGGAAGCAGCAUUAAGUGGAUCAUCAUAUGUGCCGUAGGGUAGCCGAGAUUUAGCUAACGACUUUGGUUACGUUCGUGAAUUACGUUCGAUGCUUAGGUGCACGG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((.((((((((((.(...).))))))...((((.(..........).))))))))....(((..((...((.(((...((((((((....((.(((((..((((((......((((((((((((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)..)))))))...))))))...)))))))))).))).))).)))))))....))))))))..))).))...))..))).))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(..(((((.......)))))..)..(((((....((((((.((((((........)))))))))))).(((..((..((((((....((((((..(((...(((...((((((((((((((((((((((((.....(((.((((....(((.(((.(....)))).)))..)))).))))))))).)).))))))...)))))))))))))..))).))))))..)).))))..)).))).))))).........))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(.((((((((..........................)))))).))..)......................................(....)...........................((.((((((((..((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))...)).))))))....))............................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((.......))))))....(((((....((((((.((((((........)))))))))))).((...(((((((.......((((((....((((......((((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).))))))...))))))))).))))....))))))......)))))))..)).))))).)))))...))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................((((..............))))...............................................................................((((((................................................))))))............................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....)))))))).......................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................((.((((.......((((((................((((((((.(((((((((((((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))))...)))))).)).)))))....))))))))...........))))))......)))).)).........................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((.......)))))).............(((((....((((.......))))....)))))((((..((((((((((....((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..((((......((((((...))))).........)....))))....)))))).))).)))))...)))))))))).))).))).))))))..)).)))))))).))))......)))))...))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).......................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((((.(...).))))))...((((.(..........).))))........(((..((...((.((((.((.((((((...((.((((((..(((((........(((((((((((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)..)))))))...))))))...)))))))))...))).)).)))))).))..)))))))).)))).))...))..))).))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((.......))))))....(((((....((((((.((((((.......)))).))))))))((((..((((((((((..(.((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..((((.....((((((((.)))))).........))...))))....)))))).))).)))))...)))))))))).))).))).)))))).))).)))))))).))))))))).)))))...))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(.........................................................................(...((((((.........(((((................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))........))))))..).................)....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(((((.(...........)...)))))...........................(((..((.(((((((((......((((((................((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))).....)))))))))))..))).................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((((..[[[[[))))))...........]]]]]......(((.[[[[[))).....]]]]]...(((....)))(((((((.....((((((...))))))..)))))))(((((..(((..((((....))))......(((((...)))))....)))[[[[.....))))).......]]]](((((.(((((((((..............)))))))))..[[[....)))))..]]].........))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((.......))))))....(((((...(((.....))).((((((((......))))).)))(((..((((((((....(((.((((..((((((.......(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))))..))).))).)))))))....)))))))).))).))))).)))))...))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((((...<<<<))))))...........>>>>...............................((((..((((((((......((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..(((({{...........((([[..)))..]].......)))).}}.)))))).))).)))))...)))))))))).)))).)).)))))).....)))))))).))))..............))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.........................................................(((.(((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.......(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).))))))))))))))))...))).))).))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((.((((.((((....))))))))....)))))).))..............(((.(((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((..(....(((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..))))))).)).))))))...))))))))).))))).))))))))))))).))))))))))))))))...)).)))).))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((.......))))))....(((((...(((.....))).((.(((((......)))))..))(((..((((((((....(.((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..((((......(((....(((....)))....)))....))))....)))))).))).)))))...)))))))))).))).))).)))))))....)))))))).))).))))).)))))...))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((((.......))))))))..(((((...(((.....))).(((((.............))))).........(((((((......((((((...))))))..((((((((((((((((..((((((..((((......((((((...)))))).............))))....))))))....))))))...)))))))))).......))))))).(((((..)))))......))))).........))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................(((((......((((((....((((........((((((((((((((((.(((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))..))).)))))...))))))))...))))....)))))).....)))))............................
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..(((((((((.cccccc))))))((((ffff({{{{{{{{{{{{{{.((((((((..dddd))).)))))))))((g(([[[[[[[[[[[[)G)aaaaa((eee)FFFFbbbbbbbbb(hhhh}}}}.}}hhh)))((((((()]((((((.CC))))))DDDD.<<<<<<}}}}}}}}..HHH))AAAAAiiii]]]]])HHHHBBBBB.CCCC((]]]]]])))BBB)))))))((.IIII)).>>>>>>BEEE.))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).......................................................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................((.............................................................................................................)).....(...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................((.............................................................................................................)).....(...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....)................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................((...................................................................................................(((...))).)).....(...((((.....(((.....(((....))).....)))...)))).....)................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((....(((..((((..(((((((((((((..((.((((((((.((((...(((....(((...(((..((((.........((((((((.....((((((...))))))..))))))))....((((...((((....))))...))))...))))..))))))))).)))).))))))))..))....))))...)))).)))))..))))..)))...((((.(((..((..((((...))))..))..))).))))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((.......))))))..(.(((((...(((.....)))..(((((((......))))).))((((..((((((((((..((.(((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..((([[[....(((....(((....)))....))).....))).]]])))))).)).))))))...)))))))))).))).))).))))))).)).)))))))).)))))))))))))))...))))))
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((((.......))))))))..(((((((((((((.((((...((((....((((....))))..((((.....((((((((.....((((((...))))))..)))))))).....))))..((((....)))).....((((((...)))))).)))).)))).)))))))).........((((....))))..((((...(((((((.....)))))))..)))).........))))).........))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................((((....(((....)))....)))).............................................................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))......))))....)))))))).......................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................((((((((.........)))..)))))........................................................................((((((((.(((((((.((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))..)).)))))....)))))))).......................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(..(((((.......)))))..)..(((((....((((((.((((((........)))))))))))).(((..((..((((((....((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((.....(((.((((....(((.(((.(....)))).)))..)))).))))))))).)).))))))...)))))))))).))).))).))))))..)).))))..)).))).))))).........))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((((((...((((....)))).)))....)))))))..)))).((((((((......))))).))).....((..((((((....((((((..((((((......((((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))))).))).))).))))))..)).))))..)).......((.(((......))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..(.(((..((((..(((((((((((((..((.((((((((.((((...(((....(((.((((..((((((((....)))(((((((.....((((((...))))))..))))))))).)))..))))((((....))))......(((((...))))))))))).)))).))))))))..))....))))...)))).)))))..))))..))).).((((.(((..((..((((...))))..))..))).))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((..((...))..)))).....((((((((((((.((........))...(((......))).((((....)))))))).....((((.(((...)))))))).)))))))..((((((((((((((..(((..((((......))))(((((..)).))).......)))....))))).)))).)))))(((((((((.(..........)))).))))))..((((.........)))).))))))...)))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......(((.(..(((((.((.........))...)))))...........)...))).(.......((.(...(..(.(.........(.((((((....(((........((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...))))))))...)))...).))))))......).)..).....).)).......)...))))))
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(((((..........((.(((....(.......).....))).)).....))))).......((.(...(..(.(.........((.(((((....(((........((((((((.(((((..((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....))))))....)))))....))))))))...)))...).))))))......).).)......).))...........))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((......(((((.(...).))))).....(((((....((((((.....................))))))((((..((..(((((.....((((((..((((((.......(((((((((((((((((((((((.....(((.((((.....((.(((.(....)))).))...)))).))))))))).)).))))))...)))))))))..))).))).))))))...).))))..)).))))))))).........))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((((..((((.(((....))))))).....)))))).................(((..((...((.((((..((((((((....(.((((((..((((((.......(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...)))))))))..)))).)).)))))))....)))))))).)))).))...))..))).))))))
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..((((((..((((.(((....))))))).....)))))).................(((..((...((.((((..((((((((....(.((((((..((((((.......(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))))..)))).)).)))))))....)))))))).)))).))...))..))).))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(..(((((.......)))))..)..(((((....((((((.((((((........)))))))))))).(((..((..((((((....((((((..(((...(((...((((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))))))))..))).))))))..)).))))..)).))).))))).........))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((.(((.(((..((((....)))).((((..............)))).)))....((((....)))).((((....)))).......)))...(((.....))).(((.....)))..)))......((((....)))).....(((((.....))))).(((((.......(((......)))...((((....))))..(((.....((((((.....)))))).(((.........))).))).)))))....))))))
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.(((.((((((..{{{{{))))))...((((....}}}}}.....)))).)))....((((....)))).((((....))))......(((..(((((.....))))).......(((((....(((..((((....))))[[[[[(((((.....)))))......)))....(((......)))....(((....))).)))))..........(((((..]]]]]..)).)))(((.....)))........)))))))))

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RNA: SRP_00335

			CCACGCUAGGCGGGGGGCUGGCGGUCCCCUGUACCCGAAAUCCGCCGUACGCGGGGCCGAAUUCCCACCCGAGGCUCUUCGGGUCGGGAAACGGCGUGACUCGGGGGCGAUGAAGACCGGGUCCCACGCAACGGAACCCUGUGAACCUGGUCAGGCCCGGGAGGGAGCAGCCAUAAGCAGGUGUUUCCGUGUGCCGUGGGGGAGCCCGGUUGGAGCCUUCCGAUCAUGCACGCCCCGGUCCGGAGAAGUCGACGGUGGGUGCGUGG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.............(((..(.(.(..(....)..).).)..))).............................((.(.(.((.(...((((......((..(......................(......(((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))).....).......)..)).........))))...).)).).).))...............................
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(((((((((.....))))))))).......(((((((((....((((......))))......((((((((((..((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).))))..)))))).)))).)))))))))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................((((((.................))))))...........................................................................((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).)))))..................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((((((...)))))))))).......(((((((((.....((((((..((((((((((((....))))))).)))))..((((((..((((((((......((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).))).))))))...)))))))...)))).)))).....)))))).)))))).((....)).)))))))))))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................(((....))).....................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....)))))))).......................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................(((((.(.(((((....(.((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....)).)......)))))....).))))).......................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((((((...)))))))))).........((((.....)))).........((((((...((((((((((((((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).))))))...))))))))...)))).)))))))))).)).))))))))))))).)))...)))))).))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))).......................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((((((((((.....)))))))...((((..............))))))).....((((((...((((((((((((((((...((((((((.(.((((((......((((((((((((((((.((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))))...))))))...))))))))...)))))).).)))))).)).)))))))))))).))))...)))))).))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..(((((((((((...))))))))))........(((((.....)))))..).....((((((...((((((((((((((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((..(.(((....)))..).))))...))))).).)))))).)).))))))...))))))))...)))).)))))))))).)).))))))))))))).)))...)))))).))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(........................................................................(...((((((.........(((.((............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))..........)))))........))))))...).................)....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((.......................................................(.......................................................((((((((((.(((((((...((((.....((((....(((....)))....))))...)))).....))))).))..)))))...)))))...................................)...)).................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((((((...)))))))))).......(((((((((...((((............)))).((((((((((..((((.....((((((.((((((((......((((((((((((((..((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))))....))))))...))))))))...))).)))))))))))....))))..)))))).)))).)))))))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((((((...))))))))))...((...(((((.....)))))..))....((((((...((((((((((((((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).)))))))))))).))))...)))))).))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(((((((((.....)))))))))........(((((.....)))))........((((((...((((((((((((((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)).))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).))))))))))))).)))...)))))).))))))
MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.........................................................((((((...(((((((.((.((((((..((.(((((.((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).).))))))))))..))))).)).))).))))...)))))).))))).
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..(((((((((((((((((..((((.....(((.................(((............................)))....)))................................................................................))))....)))))).)).))))))...)))..))).......................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((((((...))))))))))...((...(((((.....)))))..))....((((((...((((((((((((((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)).))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).))))))))))))).)))...)))))).))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((((((...)))))))))).......(((((((((.....((((((..(((((((((((((..)))))))).)))))..((((((..(((((((.......((((((((((((((..((((((.(((((...(((((......)))))...............)))))...))))))....))))))...)))))))).....))))))).....)))))).))))))..........)))))))))))))))
Multilign(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
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Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................((((((((((((((((((((((..((((.....(((.(.(.(((....)))..).))))...))))....)))))).)).))))))...)))))))).......................................................
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................((((....(((....)))....)))).............................................................................................
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................(((.....(((....))).....))).............................................................................................
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(((((((((.....)))))))))...((...(((((.....)))))..))....((((((...((((((((((..((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))).)))).))).)))))...))))))))...)))).)))))))))).)).))))..))))))).)))...)))))).))))))
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RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((((((...)))))))))).......(((((((((...((((((....((((((((((((....))))))).)))))...((((((.(((((((.......((((((((((((((..((((((.(((((...(((((......)))))...............)))))...))))))....)))))))...))))))).....)))))))))))))..))))))..............)))))))))))))))
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................((((....(((....)))....)))).............................................................................................
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RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(((((((((.....)))))))))...((...(((((.....)))))..))....((((((...((((((((((..((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).))))..)))))).))))...)))))).))))))
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((((((((...)))))))))..))......((((((..((((((((((.((((((((((((((..)))))))).)))))))))(((((((((((((.(.((((((((((((((((((((((((((((((((....((((((((((((...).)))))))))).).))))).))).)))).)).)))))..)).)))))))))))))))))))..)).)))))))).)).(((..)))...)))))))).))))))
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RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................(...........(((.....................))).....)......(..........(.....(..(......(.....((........((....)).........))...)......)...).......)........)..........
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((((((((...)))))))))).......(((((((((....((((......))))......((((((((((..((((...((((((((.((((.(((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)).))))).)).))))))...))))))))...)))..)))))))))).)).))))..)))))).)))).)))))))))))))))
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................
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UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(((((((((.....))))))))).......(((((((((....((((......))))......((((((((((..((((...((((((((.((((((((......((((((((((((((((((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...))))).).)))))).)).))))))...))))))))...))).))))))))))).)).))))..)))))).)))).)))))))))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((...(((((((((.....))))))))).(((((...((((.....)))).((((..((((((((((((....))))))).))))).)))).....))))).))).........((((((........)).))))......(((((......))))).(((((((.((.......)))))))))...(((...(((....))).(((((......)))))...)))(((((((..................)))).)))...
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RNA: SRP_00337

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((..(((((((.(.(...).).))))....(((((...........)))))))).....(((((..(..((((((.((((((((((...((((((((((.((((((.....(((((((((((((((((.((((..(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))....))))))...))))))...)))))))))..))).)))))))))))..)))))))))))))))))).)..))))).))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((.(.(((.((((.((......)))))).)))).))))..............(((((.((..((((((.(..(((((((.(...(((((((((..((((.....((((..(((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))..))))..))))..)))))))))...))))))))..)))))))..))))))).))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((....((((((....((((.((......)))))).((((((....)).))))....))))))((((..((((((.((((((((.(((...((((((((.((((((.....(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).))))))...))))))))..))).)))))))))))...)))))))))))))))))..))))....))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
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CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................((((((((.((((....((((...((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))).....))))......))))....))))))))......................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................((.((.....((((.((((((((((.(....((((((((.(.((.......((((((((((((((((((((((.(((((.....(((((((((((....)))))))))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))....))..)))))))))....))))))))))))))).....)))).........
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.........((((.((((....)))).))))...((((((....)).))))......(((.((((..((((((.((((((((((.(.(.((((((((.((((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((..(..((((....(((....)))....)))))..)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..))).))))))))))).).)))))))))))))))))..))))))).))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...))))))))......................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....((((.(.(...).).))))....(((((...........)))))........(((((.((..((((((.((((((((((...(.((((((((.((((((.....(((((((((((((((((.(((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))))...))))))...)))))))))..))).))))))))))).)..))))))))))))))))..))))))).))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.........((((.((((....)))).))))...(((((((()))).))))......(((.((((..((((((.((((((((((.(.(.((((((((.((((((.(...(((((((((((((((((((((((.(((((..(..((((....(((....)))....)))))..)))))...)))))).)).))))))...)))))))))).))).))))))))))).).)))))))))))))))))..))))))).))))))
Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(.........................................................................(...((((((.........(((((..............((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).)).))))))...))))))))...........)))))........))))))..)................)....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..............((((...........))))........................((((.((...((((((.((((((((((.(....(((((((...((((..((..((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))).))))...)))))))....)))))))))))))))))...)))))).))))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((....((((((.((((....[[[[[[[[[[)))).....]]]...]]]]]]]....))))))((((..((((((.((((((((((.....(((((((((..((((.....((((.....((((((..((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...))))))....))))))........))))..))))..)))))))))....))))))))))))))))..))))....))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..............((((.((......)))))).((((((....)).))))......(((((.((..((((((.((((((((((.(...(((((((((..((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..))))..)))))))))...)))))))))))))))))..))))))).))))))
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MCFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.........................................................(((.(((...(((((((.(((((((((((.((.((((((((.(((((.....(((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))...)))))).)).))))))...)))))))))..)))).))))))))))))).))))))))))))))))...)))))).))))).
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
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NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((....((.....(((((((.cccccc(aaaaaa....))))))).)AAAAAA....bbb(CCCCCC..[[[[[[.[[[[[[[[.[[[[[[[[[)).(((((({{{{{{{.{{{{{{{{{{{{{{{..{{{{{{))))))..((((]]]]]]]]]((...)BBB<<<.))(((((((..(((}}}}}}.>>>}}}}}}})))}}}}}}}}.dddd...))))))).}}}}}}}]]]]]]]]]]]]]]..DDDD))))))))))
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