RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - Hammerhead_3

RNA: RFA_00389

			GAAAGGUCUGUGCUUAGCACACUGACGAGUUCCUGAAAUGGAACGAAACCUUUU
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---

RNA: RFA_00390

			GAUAAGUCUGUGCUAAGCACACUGAUGAGUCUCUGAAAUGAGACGAAACUUAUC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
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---

RNA: RFA_00391

			CAUAAGUCUAGGCUUAGCCCACUGAUGAGCCGUUGAGAUACGGCGAAACUUAUG
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RNA: RFA_00396

			UAAGAGUCUGUGCUAAGCACACUGAUGAAUCUCUGAAAUGAGACGAAACUCUUG
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Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...)))))........((((......))))....)))))))
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UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...)))))........((((......))))....)))))))
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Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((((.....))))........((((......)))).....))))).

---

RNA: RFA_00402

			GAUGAGUCUGUGCUAAGCACACUGAUGAGUCUAUGAAAUGAGACGAAACUCAUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
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---

RNA: RFA_00409

			CAUAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGCCGUUGAAAUACGGCGAAACUUUUG
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RNA: RFA_00416

			CAAAAGUUUGGGCUAAAGCCCACUGAUGAGCCGCUGAAAUGCGGCGAAACUUUUG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((((((.(((((....))))).......((((........))))...)))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....))))........(((((......))))).)))))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....))))........(((((......))))).)))))))))
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---

RNA: RFA_00425

			ACAGAGUCUGACAAACCGUCACUGAAGACGUUCAACUUGCGUUGAACAGAAACUCUGC
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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((.....))))........(((((((....)))))))....)))))))
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TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....))))........(((((((....)))))))....)))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....))))........(((((((....)))))))....)))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((.....))))........(((((((....)))))))....)))))).

---

RNA: RFA_00427

			UCACCGUCGGAAAGUGUGCGCUUUCCCUGAUGAGCCCGAAAGGGCGAAACGGUAC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((((((.(((((........))))).......((((....))))...)))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...))))).)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...)))))..
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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...)))))..
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DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...)))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...)))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...)))))..
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RNA: RFA_00433

			GAAGAGUCUGCGCUAAGCGCACUGAUGAGUCUUUGAAAUAAGACGAAACUCUUC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
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---

RNA: RFA_00434

			CAUAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGCCUUUGCGAUAAGGCGAAACUUAUG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
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---

RNA: RFA_00436

			CAUAAGUCUGGGCUUAGCCCACUGAUGAGUCGCUGCGAUGCGACGAAACUUAUG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
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---

RNA: RFA_00440

			GAAGAGUCCUGCGCUUAGCGCACUGACGAGUCUCUGAGAUGAGACGAAACUCUUC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((((((..(((((...))))).......((((........))))...)))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...(((((...))))).......(((((......)))))....))))))
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((...((((...))))........(((((......)))))...)))))..
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
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Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
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MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((...((((...))))........(((((......)))))...)))))).
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---

RNA: RFA_00442

			CAAAAGUCUGGGCUAAGCCCACUGAUGAGUUGCUGAAACGCAACGAAACUUUUG
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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
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---

RNA: RFA_00444

			ACGCUGUCUGUACUUGUAUCAGUACACUGACGAGUCCCUAAAGGACGAAACAGCGC
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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.((((((......)))))).......((((.....))))...)))))))
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---

RNA: RFA_00446

			CCGGUGUCUCAAGGUGCGUACCUUGACUGAUGAGUCCGAAAGGACGAAACACCAG
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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...))))).)
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TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...)))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...)))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...)))))..

---

RNA: RFA_00449

			CCGCUAUAUGGGGAUGUGUGUCCCUACUGACGAGUUCAAAAGAACGAAAUAGUUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((((((.(((((........))))).......((((....))))...)))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...))))).)
Alterna	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...)))))..
CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...)))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...)))))..
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CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...)))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((..(((((......)))))........((((....))))...)))))..
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Cylofold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....[[[[[[[))).]]]]]]].......((((....))))..........
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Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((....))))))).((((..((((....))))......))))
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Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................
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PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................
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PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................
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RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((((((......))))))........(((....))).....))))).
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...)))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...)))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...)))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((....)))))).(.(((((((((........))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((..........................((.............)).))..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...)))))..
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...)))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.((((((......)))))).......((((....))))...)))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((.(((((((....))))))).......((((....))))...)))))..

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