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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - Metazoa_SRP



RNA: SRP_00002

GACUGGGAGCGUGGCGUCUCCUGUAACGUGGCUGCUCACGGGUCGGGUUACGGACUGAUUUGAGGUUGGGGUCCACUGUGUGCCGGGUAAGUCCAUGUUGACGGGACGUCCGCACUAAGCUGACCGUCAAUAUGGGUGCAAUGGGGGAGCCCGAUGCAUUCAGGUUGGCUAAAGAGAGAUGAACCGAGCGAGGGGUGAAAACCAGCAGCUAAAAGUCUCCGCGGUAAGCAGUAGUGGGAUCGCGUCCCGGAGUGGACUUCCGGUGCCAGCCUGACCAAUAUAGUCACACUGUAAUCUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((........)))))....(((........)))))))(((((((((..(((((...(((((((.....(((.((((((...((((((((.((..((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...)))))))))))))))))).)))))))))))))))).....)))))..)))))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((.((((........)))).)).)))).)))...(((((((((..(((((...(((..((.....(((.(..(((((..(((((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))))....(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))..))).)))..)))))))...))))))))..))))))))))))..))))))..))).....)))))..)))))))))..))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..(((((..((((........))))...)))))...)))).((((((((..(((((...(((((((.....(((.((((((((..(((((((.....(((((((((((((((..(((.((((((((..((((((((..(((....)))..))))))))..)))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))))).))))....))))))))..))))))))))))))))))))))))).....)))))..)))))))).....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((......)))).......((........))......((((......(((((...(((((((.....(((.(((((..((((((((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......)))).....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((((.((((........)))).)).))))...))))(((((((((..(((((...(((((((.....(((.(((((((..((((((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..)))).)))..)))))))...))))))))..))))))))))))))))))))))))).....)))))..)))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........))))).....(((......)))......((((((((..(((((...(((((((.....(((.(((((((..((((((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..)))).)))..)))))))...))))))))..))))))))))))))))))))))))).....)))))..)))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.(((((..((((........))))...))))).)))...(((((((((..(((((...(((((((.....(((.((((((...((((((((.((..((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...)))))))))))))))))).)))))))))))))))).....)))))..)))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((.((((........)))).)).)))).).))))(((((((((..(((((...(((((((.....(((.(((((((..((((((((..(..((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))).)))).)))..)))))))...))))))))).))))))))))))))))))))))))).....)))))..)))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((........)))).....(((........)))......(((.(....(((((((.(((((((.....(((.(((((((..((((((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..))))))))...))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))....).)))......
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((...((((........))))....))))...))))(((((((((..(((((...(((((((.....(((.((((((((..(((((((.....((((((((...(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))))......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))...))).)))..))))).....))))))))..))))))))))))))))))))))))).....)))))..)))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((((.((((........)))).)).))))...)))).((((((((..(((((...(((((((.....(((.((((((((..(((((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..))))))))))))))))))))))))).....)))))..)))))))).....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((((.((((........)))).)).))))...))))(((((((((..(((((...(((((((.....(((.(((((((..((((((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))))......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))...))).)))..)))))))...))))))))..))))))))))))))))))))))))).....)))))..)))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((........))))).....((........)).))).(((((((.(..(((((((.(((((((.....(((.(((((((..(.((((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...)))))))))))))))).)))))))))))))))))..)).)))))..)))))))).....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((.((((........)))).)).)))).).)))).((((((((..(((((...(((((((.....(((.((((((((..(((((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..))))))))))))))))))))))))).....)))))..)))))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((....((((((((........)))).[[[[[[))))(((((((((..(((((.............))))).....(((((((..((((((((.....((((((((...(((((((((((((.......((((((((.((((....)))).))))))))))))))))............((((.....((((........]]]]]].......)))).))))......))))).....))))))))..))))))))))))))).)))))))))....)))))................
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((......))))))....(((.(...)..)))))).((((((((...(((((...(((((((.....(((.(((((..((((((((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((......))))))....(((.(...)..)))))).((((((((...(((((...(((((((.....(((.(((((..((((((((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((((.((((........)))).)).))))...)))).((((((((..(((((...(((..((.....(((.((((((((..(((((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..))))))))))))))))))))..))).....)))))..)))))))).....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((.((((........)))).)).)))).).))))(((((((((..(((((((.(((((((.....(((.((((((((..(((((((.((..((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((((......(((((((((..(((((.............))))).....(((((((..((((((((.....((((((((((((.....((((...((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).)))))).............((((...((((......................))))..))))...)))).)))))....)))))))..))))))))))))))).)))))))))....)))))))..............
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((........))).....((((......(((((....((((((.................................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......)))).....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((.((((........)))).)).)))).).)))).((((((((..(((((...(((..((.....(((.(..(((((..(((((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))))....(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))..))).)))..)))))))...))))))))..))))))))))))..))))))..))).....)))))..)))))))).....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((((((.((((........)))).)).)))).((((((((........)))))))).(((((((.....(((.((((((((..(((((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..)))))))))))))))))))))))))....)))).((...)).........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((.((((........)))).)).)))).).))))(((((((((..(((((...(((..((.....(((.(..(((((..(((((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))))....(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))..))).)))..)))))))...))))))))..))))))))))))..))))))..))).....)))))..)))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(.(((((........)))))).)((((((((((((.(.(((((((....(((((.............))))).(((.(((((((..((((((((.....((((((((((.(((((..(((.(((((((((((((.(((..(((....)))..))).)))))))))........(((((....(.((((((((((...).))))))))))...))))).)))).)))...))))))))...)))))))..))))))))))))))))))))))))))))))))))))))(........)..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................((........))..(((.......)))......(.........(..(..((.....((.......((.(((((...(.(((((((((.(((((.....(((....))).....))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))).)....))))))).............))..................))..).........).........).....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((.((((........)))).)).)))).).))))(((((((((..(((((...(((..((.....(((.(..((((...(((((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..))))))).))))..))))))..))).....)))))..)))))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((((..(((........)))..)).))))...)))).((((((((..(((((...(((..((.....(((.(..(((((..(((((((.....((((((((((.(((((.(((.((((((((..((..((((..(((....)))..))))..))..)))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..))))))))))))..))))))..))).....)))))..)))))))).....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))....(((((....))))).....(((...(((((.............))))).....((((.(((...((((.((....)))))).)))))))...)))..((((....)))).((((..(((....)))..)))).((((((((((..................((((.(((....................)))((((...........))))..))))...((((((.....)))))).))))))))))....(((((.....)))))........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((...)).)))))[[[.(((((....))))).))).(((]]]..))).......(((.....(((.....<<<<.)))...((((.((....))))))....>>>>...)))..((((....)))).((((..(((....)))..)))).(((...aaaaa.........))).(((.....((((...........AAAAA.....)))).)))...(((((...((((..{{{))))((((.....))))..}}}.....((((.......)))).))))).........



RNA: SRP_00006

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Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((........)))))....(((........)))))))(((((((((..(((((...((.((((....(((.((((((...(((.((((.((..((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).)))).(...)..(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...)))))))))))))).))).))))))))))))).)).....)))))..))))))))).......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((.((.((((........)))).))..))).)))...(((((((((..(((((((..((((((....(((.(..((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..)))).)))))))..)))))))).))..)).)))))..))))))))).....))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................(.((......((.(...).))....))....).(((.((((...)))).)))....(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))).......(.(........(((....(((....)))....))).......).).)))).)))...........................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((........)))).....(((((....))))))))).((((((((..(((((((..((((((....(((.(((((((..((..((((.....((((((((...(((((.(((((..(((((..((((((((..(((....)))..))))))))..)))))............((((........))))....))))).(((....(((.....))).)))..))))).....))))))))..))))..)))))))))))))))).))..)).)))))..))))))))........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))...(((((....)))))....(((((((((.........................(((((((................................(((((((((.....(((((((((((((....))))))))))))).............(((((..................................))))).)))))))))..............................)))))))......................))))))))).......
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((......)))).......((........))......((((......(((((...(((((((....(((.(((((...(((((((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))......))))........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))....((((......)))).....((((((((..(((((...((.((((....(((.(((((....(((.((((.....(((.((((((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))).)))..)))).)))..)))))))))))).)).....)))))..))))))))........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........)))))..................))))(((((((((..(((((.(.((.((((....(((.(((((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).)))))....(..(((((.(....(((....(((....)))....)))..).)))))).)))).)))..))))))))...)))))))..)))).))))))))))))))))).))..)..)))))..))))))))).......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))....((((......)))).....((((((((..(((((...((.((((....(((.(((((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..)))).))))))))))))))))).)).....)))))..))))))))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........)))))....(((........)))))))(((((((((..(((......((((((....(((.((((((...(((.((((.((..((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).)))).....(((((.........(((....(((....)))....))).....)))))))))).)))..)))))))...)))))))))))))).))).))))))))))))).)).......)))..))))))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...)).)))))....(((((....)))))))))(((((((((..(((((((.((.((((....(((.(((((((..(((.((((..(..((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).)))))....(..(((((.(....(((....(((....)))....)))..).)))))).)))).)))..))))))))...)))))))).)))).))))))))))))))))).))..)).)))))..))))))))).......
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((........)))).....(((........))).....(((.((....(((((((.(((((((....(((.(((((((..((((((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..))))))))...))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))....)).)))........
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))....(((((....))))).....((((((((..(((((...((.((((....(((.(((((((..(((.((((.....(((.((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))).)))..)))).))))))))))))))))).)).....)))))..))))))))........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.[[[[[..)))))........]]]]].........(((((((((..(((((......((((....(((.(((((((..(((.((((.....((((((((...(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))))...(((((.........(((....(((....)))....))).....)))))..))).)))..))))).....))))))))..)))).)))))))))))))))))........)))))..))))))))).......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((.((.((((........)))).))..))).))).)).((((((((..(((((((..((((((....(((.(((((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..)))).))))))))))))))))).))..)).)))))..))))))))........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((([[[.[[.[[[[...))...]]]].]]..]]]...))))(((((((((..(((((((..((((((....(((.(((((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))))...((..((((......(((....(((....)))....)))....))))))..))).)))..)))))))...))))))))..)))).))))))))))))))))).))..)).)))))..))))))))).......
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((......)))))).....((........)).))).(((((((.(..(((((((.(((((((....(((.((((((((..(((((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..))))))))........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((..(.((((..((((((.(((((...))))).))))))...........)).))).((.....((.(((((((..((((((((.....((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).))).........(((((...(..(((....(((....)))....)))..).).)))))))))))))..)))))))...))))))))..)))))))))))))))))..(((((((...))))))).)).))))))....)))
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((.((.((((........)))).))..))).))).)).((((((((..(((((((..((((((....(((.(((((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.((((.((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..)))).)))..)))))))...))))))))..)))).))))))))))))))))).))..)).)))))..))))))))........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))...(((((....)))))(((((.....((((((......(((((....))))).(((((((...))).((((((((((((.(((..))).....[[[[[))))))))))))....))))....)))))).........(((((((......(((((.((((........))))....]]]]]........)))))........(((((..((((((...))))))......)))))....))))))))))))...(((((...)))))............
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((.((.(((..........))).))..))).)).))).((((((((..(((((((..((((((....(((.(((((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..)))).))))))))))))))))).))..)).)))))..))))))))........
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........))))).....((((....))))......((((((((..(((((...((.((((....(((.(((((((..(((.((((.....(((.((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))).)))..)))))))...)))).)))..)))).))))))))))))))))).)).....)))))..))))))))........
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((......))))))....(((.(...)..)))))).((((((((...(((((...(((((((....(((.(((((...(((((((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))...)))))))).......
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((........)))))....(((((....))))))))..((((((((..(((((...(((((((....(((.((((((...(((.((((.....((((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))...)))))))..)))).)))).))))))))))))))).....)))))..))))))))........
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((......))))))....(((.(...)..)))))).((((((((...(((((...(((((((....(((.(((((...(((((((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))...)))))))).......
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((........)))))....(((((....))))))))..((((((((..(((((...(((((((....(((.((((((...(((.((((.....((((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))))..)))).)))).))))))))))))))).....)))))..))))))))........
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..((((........)))).....((((......)))).))..((((((((..(((((...(((((((....(((.((((((.......(((......((((((((((.(((((.((((((((.((...(((((((((((((....)))))))))))))...))........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..))))))))...)))))))...)))....).))))))))))))))).....)))))..))))))))........
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.(((.((.((((........)))).))..))).)))...(((((((((..(((((((..((((((....(((.(((((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..)))).))))))))))))))))).))..)).)))))..))))))))).......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((....((((........)))).....))).)).)))(((((((((..(((((((..((((((....(((.(((((((..(((.((((.((..((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..)))).)))..))))))))...))))))))))))).))))))))))))))))).))..)).)))))..))))))))).......
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.(((((..(((((((((..(((((..((((...((((........))))......(((((....)))))...((((((....(((((......((((...))))........)))))((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))))............((((........))))....)))))).....))))..)))))....))))....)))))))))))))))(((((((((.....................))))).))))..............
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))...(((((....)))))....(((((((((..(((((......((((....(((.(((((((......((((.....((((((((...(((((.....(((((((((.((((((((..............)))))))).))))........(((((.............(((....)))...........))))).)))))......))))).....))))))))..))))....))))))))))))))........)))))..))))))))).......
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((........))).....((((......(((((....((((((................................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......))))........
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))....(((((....))))).....((((((((..(((((...((.((((....(((.(((((........((((.....(((.((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))).)))..)))))))...)))).)))..))))......)))))))))))).)).....)))))..))))))))........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((.((.((((........)))).))..))).).)))).((((((((..(((((((..((((((....(((.(..((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((.(....(((....(((....)))....)))..).))))).))))).)))..)))))))...))))))))..)))).)))))))..)))))))).))..)).)))))..))))))))........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((........)))))....(((((....)))))))).(((((((((((((...((..((((((....(((.(((((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..)))).))))))))))))))))).))..))))))....))))))))).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...)).)))))....(((((....)))))))))(((((((((..(((((((..((((((....(((.(..((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))))....(.(((((.(....(((....(((....)))....)))..).))))))..))).)))..)))))))...))))))))..)))).)))))))..)))))))).))..)).)))))..))))))))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))((((.((((((((..)).)))))).)))).((((((((((((.((...)).))((.(((((((..((((((((.....((((((((((.((((..((((((((((((((((((.(((.(...........)))).))))))))).....(((((..(((((((....)))))))((........))......))))))))))...)))))))))))...)))))))..)))))))))))))))))..(..).))))))))))((...))((........))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................(.....)....(((.......))).....(.(.(.........(.(..(...((...(...((.(((((.......(((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))).).......)))))))....)........))................)..).).....................).).)...
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((........))))......((........)).)))..((((((((..(((((...((.((((.....((.(((((....(((.((((.....((((((((((.((((..(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))).)))...))))))...))))))))..)))).)))..))))))).)))).)).....)))))..))))))))........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((.((.((((........)))).))..))).).))))(((((((((..(((((((..((((((....(((.(..((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.((((.((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..)))).)))..)))))))...))))))))..)))).)))))))..)))))))).))..)).)))))..))))))))).......
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((...)).))))))...((((......))))....(((((((((..(((((((..((((((....(((.(((((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.(((((((((.((((((((.((((....)))).)))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..)))).))))))))))))))))).))..)).)))))..))))))))).......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((((...)).)))).....(((((....))))))))).((((((((..(((((((..((((((....(((.(..((((..(((.((((.....((((((((((.(((((.(((.((((((((..((..((((.((((....)))).))))..))..)))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))).)))..)))))))...))))))))..)))).)))))))..)))))))).))..)).)))))..))))))))........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))...(((((....)))))((((((....((((........(((((....)))))...((((((....(((((.((((((((...((.........))...)))))))).((((((((.((((....)))).))))))))...)))))...........((((........))))....))))))..........)))).((((.(((((..(((((.....)))))......)))))...))))...))))))...((((.....))))............
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((...)).))))))....((((....)))).((((((....((((((...((.(((((....)))))..(((((...{{{)).)))aaaaa(((.....)))....))..AAA(((AA}}}......bbb.)))...)))))).BBB.......((((((..<<<<<....((((........)))).........))))))...>>>>>..((((.((((....((((.[[[.))))...]]]..))))...))))...))))))...((((.....))))............



RNA: SRP_00050

GCUGGGCGUGGUGGCGCGCGCCUGUAAUCCAGCUACCUGGAGGCUGGGGUUGGUGGACCGCUUGAGGCCGGGAGUUCUGCGGCGUGCUGUCCUAUGGCGAUCGGGCGUCCACGCUAAGUUCGGCAUCGAUAUGGUUACCCCGGGGGAGCCCAGGGCAACCAGGUCGUCUAAGGAGGGACGCACCGGCCCAGGUUGGAAACAAAGCAGGCAAAAGUCCCCGUGUCGAUCAGUAGCGGGAUCGCGCCCGUGAAUAGGCACUGCGUUUCAGCCCGGCCAAUAUAGUGGGACCCAACUCUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((.((((((.((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))((...)).(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))).)))))).)))))))))).....)))))...))))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................((.((((((((.(((((..((.(((....))).))..))))).)))).....((.(.(......)(.((....(((....)))....))).....).)).)))).))...((((.(...((((....)))).....).)))).......................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((((....)))))))).((((((((....(((((...(((((((....(((..((((((((((....)))...(((((((((.(((((...((((((..(((.(((((.(((.(((....))).))).)))))((((((((......))))).))).(((....(((....)))....)))....)))....))))))....)))))))...)))))))......))))).))....)))))))))).....)))))...))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...........(((((...))))).................(((((((...............................((((....))))....(((((((((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))........(((((.............(((....)))...........))))).)))))))..........................................))))))).........................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((........))......((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......)))).....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))......((((.......)))).((((.((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...)).)))).....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))......(((((.......)))))(((((((.(..(((((...(((((((....(((.((((((.((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))).)))))).)))))))))).....)))))..)))))))).....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))))...(((((....))))).))..(((((((.(..(((((...(((((((....(((.((((((.((.(((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...))))))).).))))))).)))))).)))))))))).....)))))..)))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((((....)))))))).((((((((....(((((...(((((((....(((.((((((.((.((((.......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))....)))))).)))))).)))))))))).....)))))...))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......)))))))).....(((((.......)))))(((((((.(..(((((...(((((((....(((.((((((.((.(((((..((..(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...))))))))).))))))).)))))).)))))))))).....)))))..)))))))).....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........)))).....(((........)))......(((.((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...)).)))......
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((......))))))))...((((......)))).)..(((((.((.(..(((((.(.(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..)..)))))..))).)))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((((....)))))))).((((((((....(((((...(((((((.........(((((....(((((......(((((((...(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....))))).....)))))))...)))))...))))).....))))))).....)))))...))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))((..(((((....))))).)).((((((((....(((((...(((((((....(((.((((((.((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...)))))))...))))))).)))))).)))))))))).....)))))...))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))....((((([[..)))))]]..((((((((....(((((...(((((((....(((.((((((.((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...)))))))...))))))).)))))).)))))))))).....)))))...))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((((....)))))))).((((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))).)...
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((......))).)))..(((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((..((..(((((((((.(((((.(.(((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((.((....))((((....(((....)))....))))....)))).))))))).)..))))))))...)))))))).)))))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))).....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))....(((((....)))))....((((((((....(((((...(((((((....(((.((((((.((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....))))))))...))))))...))))))).)))))).)))))))))).....)))))...))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......)))))))).....((((([[[[[[.)))))(((((((....(((((...(((((((......(((((..)))))(((((......(((((((...(((((...((((((...............((((((.(((...)))..]]]]]](((((......)))))..((((((..))))))..................))))))))))))....))))).....)))))))...)))))..(((.....)))))))))).....)))))...))))))).....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((....))))).((.....(((((((.......)))))))......)).(((((...(((((((....(((.((((((.((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((.((...)).))).................(((....)))...)))))))....)))))))...)))))))...))))))).)))))).)))))))))).....)))))...............
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((..........))))))...((((......))))................(((((...(((((((....(((...(((((((.((...))....(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))........)))))))...)))))))))).....)))))...............
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).(...)..(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).(...)..(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((..(......)..))).....(((........))))))..(((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((..((((......(((((((((.(((((.((((((((.((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).(...)..(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))))..))))))))...))))))...)))).)))))))))))))))))))).....)))))...))))))).....
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((((......)))))))....(((((....))))).)).((((((((....(((((...(((((((....(((..((((..((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...)))))))...)))))))..))))..)))))))))).....)))))...))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))....(((((....)))))....(((((((((...(((((((.(((((((....(((.((((((.((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))))...))))))))...))))))...))))))).)))))).))))))))))..)).))))).).))))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((....(((((...(((((((.....(((((........(((((......(((((((...(((((...((((((...............((((((((((..((((........(((((......))))).....)))).))))....................))))))))))))....))))).....)))))))...)))))..)))))......))))))).....)))))...))))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((............(((((((........((((((....(((((......(((((((...(((((...(((((((((((.(((((....................))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....))))).....)))))))...)))))...))))))....))))))).............))))))))....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((........))).....((((.......(((((....((((((..............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......)))).....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(......).)))))....(((........))))))..((((.......(((((...(((((((....(((((.((.((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...)))).)))).)).)))))))))))).....)))))......)))).....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((((......)))))))....(((((....))))).)).((((((((.(..(((((...(((((((....(((..((((..((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...)))))))...)))))))..))))..)))))))))).....)))))..)))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((......))))))......((((((.((........))))))))))).(((((...(((((((....(((..((((..((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...)))))))...)))))))..))))..)))))))))).....)))))...............
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((((....)))))))).((((((((.(..(((((...(((((((....(((..((((..((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...)))))))..))))..)))))))))).....)))))..)))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((((..)..)))))))))(..((((....))))..)..((((((((.(..(((((((.((((((..(..((((((((((.((.((((((.....(((((((((.(((((((..(((((.(((((((((((((((.(((...))))))))))))))))))(((..)))(((((.(.((.(((((((((((..)))))))))))).)))))))..)))))..).))))))))).))..))))..))))))))).))))))))))))))))...)))))))..)))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((...........................................(((...(......).)))....(..)..))...(.((..((.....((..(.....((.(((.((.(((((...((((((((((..(((((.(((.(((....))).))).)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))....)))).).....................)..)).........).)...))...)......
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((((((......))))))))...)..((((.......)))).(((.(((....(((((...(((((((.........(..(((.((.((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((.(((....))).))..))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...))))..)).)))..)...))))))).....)))))...)))..)))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((((......)))))))....(((((....))))).)).((((((((.(..(((((...(((((((....(((..((((..((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....))))))))...))))))...)))))))..))))..)))))))))).....)))))..)))))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))....(((((....)))))....((((((((....(((((...(((((((....(((.((((((.((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...)))))))...))))))).)))))).)))))))))).....)))))...))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((((......)))))))....(((((....))))).)).((((((((....(((((...(((((((....(((..((((..((.(((((......(((((((((.(((((...((((((((((..(((((.(((.(((....))).))).)))))..)))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...)))))))...)))))))..))))..)))))))))).....)))))...))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))....(((((....)))))..((((((((....))))..((((.((((((....)).))))..((((((....))).....((((....))))......))).))))...((((.((.....))))))........))))..(((((......)))))..(((((....))))).......((((((.......(((((...........))))).((((....))))....)).)))).......(((.((.......)))))..............
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....))))..((((((...(((((.{{{{{{..)))))((((....))))((((((.((((((....)).))))..((((((....)))<<<<<((((....))))......))).)))....(((..((....))..)))...)))..>>>>>}.((((......))))...(((((....))))).......)))))).......(((((..}}}}}....))))).((((....)))).....[[[[[.........))))).....]]]]](((......)))....



RNA: SRP_00053

GCCGGGCGUUGUGGCGAGCGCUUGUAAUCCAAGUGACUGGGAGGCAUGUGGUGGCGGAUGGAGUGAGAGGAGGAGUCCUGGCUGAUGCUUGGCGGUGGCGACCGAGCGUCCAGGCCAAGCGUGGCGUCGACAAGGUGUCGAGAUAGGAGUGUCAUCGGUACCUGGUCGCAUAAUGAGGGGCGUACGGCUCAGGGCCGAAAGGCAGCAGGCAAAAGUCCCCGCGUCAUGACAGUGGCCGGAUAGCGCUUGCGAGUCGUCGGUAUUAGUCAGCCUUGUCAAUACCUCCAGACCCAUCGCUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.........))))))...((((((....(((((...((.((((....(((((((((..(((...(.......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((((((.(((....)))..))))))))).))))((...)).(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...))))))).....)..))).))))))))))))).)).....)))))...)))))).....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((......)))).)))..(((((((....(((((......((((....(((((((((((.((((((...((..(((((((...(((((..((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....))))).....)))))))))..)))))))))))))))))))))........)))))...)))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((.........))......((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))).)))))))))))))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))((.....))................(((((((....(((((......(...((..((((((((((((.((((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)..))))))))...))))))...)))))))))))))))))).))........))))))...)))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((.........)))......((((((.(..(((((...((.((((....((((((((((((.((((((..((..(((((((((..((((.(((((((((((((.((((((((.((((....)))).).))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)..)))).)))...)))))))).)))))))))))))))))))))).)).....)))))..))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.........))))))..(((((((....(((((...((.((((....((((((((((((.((((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((((((.((......))..))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...))))))).).)))))))))))))))))))))).)).....)))))...)))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((......)))))))(.....)............))...(((((((.(..(((((......(..(((..((((((((((((.((((((..((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)..))))))))...)))))))).)))))))))))))))))).))).......))))))..))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........)))).........(((........)))...(((.......(((((((.(((((((....((((((((((((.((((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....)))).))).))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))......))).....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.[[[...)))).......]]]..(((..[[[....)))..]]](((((((....(((((......((((....((((((((((((.(((((.......(((((((...(((((..((((((((((((.((((..(((((((....)))).)))..)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....))))).....)))))))....)))))))))))))))))))))........)))))...)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......))))))......(((......)))..)))..(((((((....(((((((.((.((((....((((((((((((.......(((((((((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))).))..)).)))))...)))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))...................)))..(((((((....(((((..............(((((((((((..(((...(((...(((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...)))))))...)))))).)))))))))))............)))))...)))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....((.........)).))).((((((((.(..(((((((.(((((((....((((((((((((.((((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....)))).))))))))).)))......((((...(....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))).)..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))))...
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((......)))).)))..(((((((....(((((((.((.((((....((((((((((((.(((((...(...(((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....))))))))...))))))...)))))))))))))))))))))).))..)).)))))...)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((......))))......(((((((..............(((((....(((((((((((.......((((((((((((((...(((((..((((((((((((.(((((((((.............))))))))).))))........(((((...(((((...))))).................))))).))))))))....))))).....)))))))...))))))))))))))))))...........)))))....)))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((..(...)..))))))..(((((((....(((((...(((((((....((((((((.((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))).)))))))))).))))......(.(((((.....(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))...)))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((..(...)..))))))..(((((((....(((((...(((((((....((((((((.((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))).)))))))))).))))......(.(((((.....(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))...)))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((.((.(((....((((((.....)))))).))).)).))..[[[[[[[))).(((((...((.((((....(((((((((((.((((((...((..(((((((((.(((((..((((((((((((.((((..(((((((....)))).)))..)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...)))))))))..))))))))))))))))))))).)).....)))))...]]]]]]]....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....((((.(...))))).)))..(((((((....(((((((....((((....((((((((((((.(((((.......(((((((((.(((((..((((((((((((.(((((((((((((....)))).))))))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....))))))))...))))))....))))))))))))))))))))).....)).)))))...)))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((......))))......(((((((....(((((......((((....(((((((((((.......(((((((...((((((..((((....))))..((((.(((((((((((((....)))).))))))))).)))).........)))))).(((((...))))).......((((((....((((((((.........))))..))))...))))))..))))))))))))))))))))))........)))))...)))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((.........))).....((((.......(((((....((((((..............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))).)))..)))))..)))......(.(((((.....(((....(((....)))....)))....))))))))))))).....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......))))....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((......)))).)))..(((((((.(..(((((.(....((.(((..((((((((((((.((((((.((((.((...((((.(((((..((((((((((((.((((..(((((((....)))).)))..)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))))..)).)))).).))))))))))))))))).))).))....))))))..))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..((((((.(((.((.(((.....(((......)))))))).))).))))))..))).((((..(((((.((...(((((((...((.((..(((...(((((((((.(((((..((((((((((((.((((..(((((((....)))).)))..)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...)))))))...)))..)).))...)))))))......)).))))).......))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....((((......)))).)))..(((((((.(..(((((...((.((((....(((((((((((.(((((((.((((.((...((((.(((((..((((((((((((.((((..(((((((....)))).)))..)))).))))......(.(((((.....(((....(((....)))....)))....))))))))))))))....)))))))))..)).)))).).))))))))))))))))))))).)).....)))))..))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((..(((((.(........)).))))...(((((.(((((((........)))).))).)))))...)))))(((((((..(((.((.......).))))..).))).)))(((((((.(((((((((((((((....)))).(((((..((..))...)))))...((((..(((.(((((((....(((..)))..((((((.((...(((((((((..))).))))..)).))..)))))))))))))))).....))))))))))))..........)))))).))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(...........................................(....(........)....)...(............))....(.(....(((.((....(...(.(.......((.((((((..(.(...(((((..(......(..(....)..).).)))......(.(((((.....(((....(((....)))....)))....))))))))..........).)..)....)))))))....).).)....)...).................)))....)...).....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((......)))).)))..(((((((.(..(((((......((.(((..((((((((((((.(((((..((.....(((((((.(((((..((((((((((((.((((..(((((((....)))).)))..)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))))...))).))...))))))))))))))))).))).)).....)))))..))))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((......)))).)))..(((((((....(((((...((..(((....((((((((((((.(((((...((..(((((((((.(((((..((((((((((((.((((..(((((((....)))).)))..)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...)))))))))..))))))))))))))))))))..)).....)))))...)))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((......))))......(((((((....((((.....((((....)))).......((((((((....)).)))))).)))).((((....))))..((((.....)))).((((....)))).(((((.((((((((................)))).)))))))))......((((((....((((((((((....)).))))..))))...))))))........((((((.............)))))).......)))))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.{{{{..))))...((((((.....))))))(((.......}}}}))).((((.((((.....((((....))))<<<<<<<((((((((....)).)))))).)))).((((....)))).(((((.....)))))....(((.((((((((((.((((((((........[[[[[...)))).)))))))))..(((.((........))))).......)))))..(((((....]]]]]..)).)))...((((((.>>>>>>>.....))))))))).......))))....



RNA: SRP_00060

ACCGGGUGUCGUGGCGGGCGCCUGUGAGUCAGCUUCUUGACGGUAGACAAGUGUGGAUGGAGUGAAGGGAGGAGUCCUGUGGGUGUUGUCGGCAACGGCGACCGAGCGUCCGUGCCAAGCGCUGCGUCGCCAGGGGUCUCCGGUCGGAAGGCUGGCGGUCCCGGGCGCAUAAGGAGUGGUGCACGGCUCAGGGCCGAAAGGCAGCAGGCAAAAGCCACCGCGCGGUGCAGUGGCCGGAUAGCGCUUGUGAGUUGUCGCUCGCCCACAGCCUCUCUGAUACCUUCAGACCACUUGUCAUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((..((..(((((..(...(((((((((..((((.(((((((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))(.....).(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))).))...))))))).).))))).)).)))))))))))))))).....)))))...))))))))...
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))).).(((((....)))))....((((((((.(..(((((...(((((((....(((((((((..(.(((((((..((..((((((((((.((((.(((((((((((((.(((..(.((((((....)))))).)..))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))))).)))))))).)))))))))))))))).....)))))..)))))))))..)
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((....(((((...(((((((....(((((((((....((((((..((((.((...(((((.(((..(((((((((.(((...(((((((....))).))))..((((((.((((((((........))))...)))).))))))...)))....(((....)))...)))))))))...))))))))..)).))))...))))))..)))))))))))))))).....)))))...))))))))...
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((........))......((((.......(((((...(((((((....((((((((..((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))......))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((......))))))))...(((((....))))).)..((((((((.(..(((((...(((((((....(((((((((..(.(((((((.(....((((((((((.((((.(((((((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((.....((.....(((....))).....))....))))).)))))))))..))))))))).))..))))..)))))))).)))))))))))))))).....)))))..)))))))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((......))))))))...((((......)))).)...(((((((.(..(((((...(((((((....(((((((((..(.(((((((..((..((((((((((.((((.(((((((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))...)))))))).)))))))).)))))))))))))))).....)))))..))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((.(((((((....))))))).(((((((((.((((.(((((((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))...............)))))))))))))).....)))))...))))))))...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))))...(((((....))))).)).((((((((.(..(((((...(((((((....(((((((((..(.(((((((.(....((((((((((.((((.(((((((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))).))..))))..)))))))).)))))))))))))))).....)))))..)))))))))...
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........)))).........(((.......)))...(((.......(((((((.(((((((....(((((((((.(((.((((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))......))).....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))....(((((....)))))....((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((((....)))))))((((((((((.((((.(((((((((((((.(((....((((((....))))))....))).))))..........((((....(((....(((....)))....)))......)))))))))))))..)))))))...))))))).((((....))))))))))))))))))).....)))))...))))))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((....(((((((.(((((((....(((((((((..(.(((((((....((.(((((((((.((((.(((((((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))))..)))))))).))))))))))))))))..)).)))))...))))))))...
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((......))))....((((((((....(((((...(((((((....((((((((((((([[[[[[[.)))))((((((((((.((((.(((((((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))...)))))).((]]]]]]].))))))))))))))))).....)))))...))))))))...
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....((........)).)))..(((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((.(((.((((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((....(((((((.(((((((....(((((((((..(.(((((((....(.((((((((((.((((.(((((((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).)))).........((((.....(((....(((....)))....)))....))))..)))))))))..))))))))...)))))))..)))))))).))))))))))))))))..)).)))))...))))))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((....(((((...(((((((....(((((((((....((((((((((((([[[[[[[[[[.[[[[.[[[[[[[)))))).((((((.((((((....)))))).)))))).............((((((..(((((...)))))...................))))))]]]]]]]..]]]]]]]]...]]]]]]...)))))))..)))))))))))))))).....)))))...))))))))...
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..))))))..(((((((....(((((...(((((((....((((((((..((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((.....(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))...)))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..))))))..(((((((....(((((...(((((((....((((((((..((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((.....(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))...)))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.[[[[.))))))))...]]]]..............((((((((....(((((...(((((((....(((((((((....(((((((..((..((((((((((.((((.(((((((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))))).)))))))..)))))))))))))))).....)))))...))))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((((...).)))))))))..(((((....))))).((.((((((((....(((((((.(((((((....(((((((((..(.(((((((..(.(.((((((((((.((((.(((((((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).)))).........................(((....)))....(((....)))...)))))))))..))))))))...)))))))).)))))))).))))))))))))))))..)).)))))...)))))))))).
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((....(((((...(((((((....(((((((((....(((((((((((.......(((((.((((...(((((..((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))................(((((...)))))....)))))..........((((....))))...)))))))))..)))).....)))))))..)))))))))))))))).....)))))...))))))))...
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((........))).....((((.......(((((....((((((...............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((.....(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......))))....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((.(..(((((...(((((((....(((((((((..(.(((((((..((..((((((((((.((((.(((((((((((((.(((..(.((((((....)))))).)..))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))))).)))))))).)))))))))))))))).....)))))..)))))))))...
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.(((((......)))))......(((.(((.......))).))).....))).(((..((((((..((((..(((((((((....(((((((..((..((((((((((.((((.(((((((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))))).)))))))..)))))))))...))))....))))))..))).........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((((....)))))))).((((((((.(..(((((...(((((((....(((((((((((((((....)))))))((((((((((.((((.(((((((((((((.(((..(.((((((....)))))).)..))).))))......((((.(....).)))).(((((....)))....(((....))).)))))))))))..)))))))...))))))).((((....))))))))))))))))))).....)))))..)))))))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((((..)..)))))))).)...(.(((((..)).))))((((((..(((.(.....(((((((((((..(((((((((.((.(((((((..(.(.((((((((((.((((..((((((((((((((..(...(((..)))...)))))))...(((........))).(((((...(.(((((((((((..))))))))))))...))))).))))))))...))))))))...)))))).))))))))))))))))))))...))))))..)))))..))))))))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.........................................(..((....))..)............))....(.(....(.........(............(..((..((((...(((((((((((..(((.((.................)).))).))))......(.(((((.....(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))).)).............)...................).............)......).).....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((..(.(((((((......((((((((((.((((.(((((((((((((.(((..(.((((((....)))))).)..))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))...))))))...)))))))).))))))))))))))))..)).)))))..)))))))))...
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((....(((((...(((((((....(((((((((..(.(((((((..((..((((((((((.((((.(((((((((((((.(((..(.((((((....)))))).)..))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))))).)))))))).)))))))))))))))).....)))))...))))))))...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((.............((((....))))...((((((((((....)))))))..(((((.........))))).....))).(((((..((((((....))))))..)))))..((((((.....)).)))).((((.....)))).........((((......((((....)))).(((.((......))))).((((((....)))))).....)))).(((((.....))))).))))))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...aaa))))))...(((.......)))..)))).((((((((.............((((....))))..(((((((((((....)))))))...((((.{{{.....)))).}}}.AAA...((((..((((((....)))))).....((((..((((....<<<<)))).((((.....)))).......[[[[[[......((((....))))......))))..(((]]]]]]..)))..>>>>.))))...)))).(((((.....))))).))))))))...



RNA: SRP_00061

ACCGAGCGUCGUGGCGGGCGCUUGUGAGUCAGCUUCUUGACGGUAGAUAAGUGUGGAUGGAGUGAGAGGAGGAGUCCUGUGUAUGUCGUUGUCUACGUCGACCGAGCGUCCGUGCCAAGCGCUACGUCACCAGGGGAUAACUGUCGGAAGGCGGUUAGUCCCGGGUGCAUAAGGAGUCGUGGAUGGUUCAGGACCGAAAGGUAGCAGACAAAAGCGACCGCGUGGUGCAGUGGCCGGACCGCGCUUGUGAGUUGACACACAUACGCAGCCUUCUCGAUACCUUCAGACCACUUAUCAUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((..((..((.((.((...(((((((((..((((.(((((((((((((.((((.((((((((....)))))))).)))).))))(.....).(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))).))...))))))).)))).)).)).)))))))))))))))).....)))))...))))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))).).(((((....)))))....((((((((.(..(((((...(((((((....((((((((((.((.(((.((.(((..((((((((((.((((.(((((((((((((.(((..((((((((....))))))))..))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))))...)))))))))).)))))))))))))))))))))).....)))))..)))))))))...)
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((....(((((...(((((((....((((((((((.((.......((((((((((((((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....)))))))).)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))...))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((........))......((((.......(((((...(((((((....((((((((.(.(((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))......)))).....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((.(..(((((...(((((((....((((((((((.(.((((.((.(((..((((((((((.((((.(((((((((((((.((((.((((((((....)))))))).)))).))))........(((((...((.(.....(((....))).....)))...))))).)))))))))..))))))))).))..)))))))).)))))))))))))))))))))).....)))))..)))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((......))))))))...((((......)))).)...(((((((.(..(((((...(((((((....((((((((((.(.((((.((..((..((((((((((.((((.(((((((((((((.((((.((((((((....)))))))).)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))...)))))))).)).)))))))))))))))))))))).....)))))..)))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((((....(((((...(((((((....((((((((((...((((.((.((...((((((((((.((((.(((((((((((((.((((.((((((((....)))))))).)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))).)))).)))).))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((.(..(((((...(((((((....((((((((((.(.((((.((.(((..((((((((((.((((.(((((((((((((.((((.((((((((....)))))))).)))).))))........(((((...((.((..(.(((....)))..).))))...))))).)))))))))..))))))))).))..)))))))).)))))))))))))))))))))).....)))))..)))))))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........)))).........(((.......)))...(((.......(((((((.(((((((....((((((((((.((.((((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))......)))......
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))....(((((....)))))....((((((((....(((((...(((((((....((((((((((...((((.........((((((((((.((((.(((((((((((((.((((.((((((((....)))))))).)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))......)))).))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((....(((((((.(((((((....((((((((((.((.(((.((.(((.....(((((((.((((.(((((((((((((.((((.((((((((....)))))))).)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))).))).....))))).))))))))))))))))))))))..)).)))))...))))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((......))))....((((((((....(((((...(((((((....((((((((((...((((.((.((...((((((((((.((((.(((((((((((((..((((((((((((....)))))))).)))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))))...))))).)))).)))).))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....((........)).)))..(((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((.(((.((((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))).....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((....(((((((.(((((((....((((((((((.(.((((.((.(((..((((((((((.((((.(((((((((((((.((((.((((((((....)))))))).)))).))))........(((((.(.....)....(((....)))...........))))).)))))))))..))))))))...))))))))))).))))))))))))))))))))))..)).)))))...))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((....(((((...(((((((....((((((((((..........((((((((((((((((.((((.(((((((((((((..((((((((((((....)))))))).)))).))))........(((((...(((((...))))).................))))).)))))))))..)))))))))...)))))...))))))..))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....((((((((.(.(((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((.....(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))...))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....((((((((.(.(((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((.....(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))...))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.[[[[.))))))))...]]]]..............((((((((....(((((...(((((((....((((((((((.((.(((.((.(((..((((((((((.((((.(((((((((((((.(((..((((((((....))))))))..))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))))...)))))))))).)))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((((...).)))))))))..(((((....))))).((.((((((((....(((((((.(((((((....((((((((((.(.((((.((.(((..((((((((((.((((.(((((((((((((.((((.((((((((....)))))))).)))).))))........(((((...(.((.....(((....))).....)))...))))).)))))))))..)))))))))...)))))))))).))))))))))))))))))))))..)).)))))...))))))))))..
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((....(((((...(((((((....((((((((((...((((..............(((((.((((.(((((((((.....((((.((((((((....)))))))).)))).............(((((...(((((...))))).................))))).)))))))))..)))))))))..............)))).))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((........))).....((((.......(((((....((((((...............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((.....(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......)))).....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((.(..(((((...(((((((....((((((((((.((.(((.((.(((..((((((((((.((((.(((((((((((((.(((..((((((((....))))))))..))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))))...)))))))))).)))))))))))))))))))))).....)))))..)))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...(((....))).((((((((..(((((....))))).....)))))))))).(((((...(((((((....((((((((((.((.(((.((.(((..((((((((((.((((.(((((((((((((.(((..((((((((....))))))))..))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))))...)))))))))).)))))))))))))))))))))).....)))))...............
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((((....)))))))).((((((((.(..(((((...(((((((....((((((((((.(.((((.((.(((..((((((((((.((((.(((((((((((((.(((..((((((((....))))))))..))).))))......(.(((((.....(((....(((....)))....)))....)))))))))))))))..)))))))))...)))))))))).)))))))))))))))))))))).....)))))..)))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(..((((((..(((..)))))))).)..)..).)))).((((((((.((((((((.(.(...(((((.(((((((((((..((((((..(.((.((((.(((((((((((..(((((.(.(((((((((((((((((((..))))))))))))))))))))..((..)))))))..)))))).)))).).)))).)))))))))(((((((((((......))))).(..).).)))))(((..(..))))))))))))))))))))....))))))))))))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.........................................(..((....))..)....(......)))..(........((.....(...............(((((..((((.....(((((((((..(((.((((.(((....)))).)))..))).))))......(.(((((.....(((....(((....)))....)))....)))))))))).).....)))).)).....)..))..........................)........).)...........)...
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((.(..((((((..(((((((....((((((((((.(.((((.((.(((..(((((.((((.((((.(((((((((((((.(((..((((((((....))))))))..))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))....)))))))))).))))))))))))))))))))))...).)))))..)))))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))....((((((((....(((((...(((((((....((((((((((.((.(((.((.(((..((((((((((.((((.(((((((((((((.(((..((((((((....))))))))..))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))))...)))))))))).)))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....))))).........((((.......((((.((((....))))......((((..........))))..(((((.........)))))...))))...((((((((((((....))))))).)))))....)))).(((.(((((...((((.....)))).................))))).(((((.....((((.....))))...((((......))))..)))))..)))....((((.............))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((..bbb.)))))...((((((((....)))))...(((((....(((.....aaaa.((((....))))......aaaa.)))))....AAAA..[[[[[)))......]]]]]...AAAA...((((((((((((....))))))).))))).<<<.........<<<<<...<<<<)))..>>>>..(((............>>>>>.{{{{{.....((((.....)))))))((((......))))..}}}}}.>>>.....((((BBB..........))))....



RNA: SRP_00066

GCCAGACGCGGUGGCACGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCGGGAGGAUCGCUUGAGCCCAGGAGUUCUGGGCUGUAGUGCGCUAUGCCGAUCGGGUGUCCACACUAAGUUCGGCAUCAAUAUGGUGACCUCCCGGGAGCGGGGGACCACCGGAUUGCCUAAGGAGGGGUGAACCGGCCCAGGUCAGAAAAAGAGCAGGUCAAAACUCCCAUGCUGAUCAGUAGUGGGAUUGCGCCUGUGAAUAGCCACAGCACUCCAGCCUGGGCAACAUAGCAGGCUCUCUCUUUAAAA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((.((((......)))).))....((((........)))))))(((((.(((((..(.(((...(((((((....(((((.(((.(((.(((((.(....(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))((...)).(((((.....((((....(........)....))))...))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))).))).)))))))))))).....))).).))))).)))))...
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................((.(...((((((.((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....((((....(........)....))))...))))).)))))))....)))))))....))))))......).))...........................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......))))....((((((.(((((.(((.(((((((((....((((.......((((..((((((((...))))))))..))))))))(((((((...((((....))))....)))))))...........))))))))))))..)))))...(((...((((......))))...)))((((((((..((......(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).)))))).....((....))..))..))))))))......)))))).............
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((........))))............................................................(((((((((((.......(((((((.....(((((((((((((....))))))))))))).............(((((..................................))))).)))))))......))))....))))))).....................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((..........))......((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......)))).....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((...........)).................((..........)).............(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...............
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......))))..(.((((((.(((((.(((.(((((((((...((((((.....)))))).(((((((.....)))))))..((....))(((((((.(.((((....))))..).)))))))...........))))))))))))..)))))...(((.((((((......)))))).)))((((((((..((......(((((((.....(((((((((....))).))))))..).)))))).....((....))..))..))))))))......)))))).)...........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((.((((......)))).)).......(((((........))))).....((.(..(.(((((.(((((((....(((((.(((.(((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))((........))......((((....(........)....)))).........))))))).)..))))))))...))))))...)))))))).))).))))))))))))..)).))).)..)))..........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((......)))).))....((((........))))))).((((.(((((....(((...(((((((....(((((.(((.(((.(((((.(....(((((((((..((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))((...)).(((((.....((((....((.......))...))))...))))).))))))).)..)))).))...))))))).).)))))))).))).)))))))))))).....)))...))))).))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......))))..(.((((((.(((((.(((.(((((((((...((((((.....)))))).((((((((...))))))))..(((())))(((((((.(.((((....))))..).)))))))...........))))))))))))..)))))...(((.((((((......)))))).)))((((((((..((......(((((((((...((((((((((())))).))))))))).)))))).....((....))..))..))))))))......)))))).)...........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......)))).....((....(((..((((........))))..)))....)).(((((.(.(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..)..)))))...............
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......)))).....((....(((..((((........))))..)))....)).(((((.(.(((((((....(((((.(((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))).))))))))))))..)..)))))...............
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((......[[[)))....]]].....((((((((........))))).[[[[)))....((((..((((((((...))))))))..))))]]]](((((((...((((....))))....))))))).....(((((..((((((....))))))..)))))..(((((......((((((....(((....))).........(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).))))))............))))))[[[[[[))))).....]]]]]]............
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......))))....((((((.(((((.(((.(((((((((...((((((.....)))))).(((((((.....)))))))......(((((((((((...((((....))))....)))))))......)))).))))))))))))..)))))...(((.((((((......)))))).)))((((((((..((......(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).)))))).....((....))..))..))))))))......)))))).............
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......))))....((((((.(((((.(((.(((((((((...((((((.....)))))).((((((((...))))))))..........(((((((...((((....))))....)))))))...........))))))))))))..)))))...(((.(((((........))))).)))((((((((..........((((((((....(((((((((....))).)))))).)).)))))).....((....))......))))))))......)))))).............
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((........))).))).((((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))).)))))...
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((........))).)))..((((.((.(..((....(.(((((((....(((((((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).)))).....((((..(....)..(((....(((....)))....))).....)))).)))))))))..)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))).......)))..)))))))......
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......))))....((((((.(((((.(((.(((((((((...((((((.....)))))).(((((((.....)))))))......(((((((((((...((((....))))....)))))))......)))).))))))))))))..)))))...(((.((((((......)))))).)))((((((((..((......(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).)))))).....((....))..))..))))))))......)))))).............
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((..))).....(((((.(((.(((((((((...((((((.....)))))).((((((((...)))))))).....[[[[.(((((((...(((((..)))))....)))))))...........))))))))))))..)))))))))).......((((((((((.......((((((((........(((...........((((((((((..))))).)))))..]]]](((((......)))))..)))..))))))))............))))))))))...
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.((((......)))).)))..(((.(((((........))))).)))(((((..(((((...(((((((....(((((.(((.(((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((......(((....((.......))...)))....))))).)))))))....)))))))...)))))))...)))))))).))).)))))))))))).....))).))..))))).......
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((.......((....(((..((((.(....).))))..)))....)).........(((((((....(((((.(((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...)))).))))))).))))))))))))..)))....................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((..(...)...)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......))))....((((.....(((.(...)..))))))).............(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))))))))))))..))))))))...)))))).).))))))))))))))))))))))))).....)))))...............
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(...))))))))....(((..(...)...)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......))))....((((.....((..(...)...)))))).............(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))))))))))))..)))))))...))))))).).)))))))))))).)))))))))))).....)))))...............
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.........)))....((((.....((..(...)...)))))).............(((((...(((((((....(((...(((((((..((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...)))).)))))))...)))))))))).....)))))...............
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....((.(((((....(((((..(((((.(((.(((((((((...((((((.....)))))).(((((((.....)))))))......(((((((((((...((((....))))....)))))))......)))).))))))))))))..)))))..((((.((((((......)))))).))))..)))))..........(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).)))))).....))))).)).....[[[[[[))).......]]]]]]............
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......))))....((((((.(((((.(((.(((((((((...((((((.....)))))).((((((((...))))))))......((((((((((((..((((....))))..).)))))))......)))).))))))))))))..)))))...(((.(((((([[[[[[)))))).)))((((((((..........(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).))))))...................))))))))......))))))...]]]]]]....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......))))..(((((((((((((.....((((....((((.((((((.....)))))).))))...))))...))))))))).)))).(((((((...((((....))))....)))))))((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))..((((((((((.......((((((((..........((((........((((((...........))))))))))..(((((......))))).......))))))))............))))))))))...
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((................)))...((((........))))........................(((((((....(((((.........(((((......(((((((...(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....((((..................))))...))))).)))))))....))))).....)))))))...)))))........)))))))))))).........................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((..........))).....((((.......(((((....((((((..............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......)))).....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.........))).....((....(((..((((........))))..)))....)).(((((...(((((((....(((((.(((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...)))).))))))).)))))))))))).....)))))...............
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......))))..((((((((((.(((((..((((..(.((((.((((((.....)))))).)))))..)))).))))))))))).)))).(((((((...((((....))))....)))))))((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))..((((((((((((.....((((((((..((......(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).)))))).....((....))..))..)))))))).......))...))))))))))...
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.....(((((((((((((((((((.(((((..((((....((((.((((((.....)))))).))))...)))).))))))))))).)))).(((((((...((((....))))....))))))).......)))..((((((....)))))).)))))).....(((....))))).((.((.((((((((..((......(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).)))))).....((....))..))..)))))))).........)).))...........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......))))..(.((((((.(((((.(((.((((((((((((((((((.....)))))).(((((((.....))))))).)))..(((((((((((...((((....))))....)))))))......)))).))))))))))))..)))))...(((.(..(((......)))..).)))((((((((..((......(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).)))))).....((....))..))..))))))))......)))))).)...........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((......)))((((..))))..(((((((((.((((((((.(((.(((((......).).)))))))))..))))))))))(......).))))(((((..((((((....))).)))..))))).((((((((((..(((((......)))))..)))))))))).((((((((((((((..((.(((((((....((...((((((((((....(((((((((..)))).))))).))).)))))))..))..............)))))))).)..)..))..))).))))))).).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.............................................((((.........))))...(...........))))...((....((...((...((.((((((.(((((...(((((((.((..(((((..((((((....))))))..)))))..)).......(.(((((......(((....(........)....)))....)))))))))))))....)))))))...))))).)........................)).......)).....).)..........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.........))).(...((.(((((....)))))...))..)..((((..........(((...(((((((.....((((.(((.(((...(((...(...((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((..(((.((.....(........).)).)))....)))))))))))))....)))))))...)))))).)..)))..))).))).)))).))))))).....)))........)))).....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......))))..((((((..((.(((((..((((..(.((((.((((((.....)))))).)))))..)))).)))))))..)).))))..((((((...((((....))))....)))))).......((((..((((((....))))))..)))).........((((((..........((((((((..((......(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).)))))).....((....))..))..))))))))...............))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.((((......)))).)))....(((((((........))))).)).(((((....(((...(((((((....(((((.(((.(((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....((((..................))))...))))).)))))))....)))))))...)))))))...)))))))).))).)))))))))))).....)))...))))).........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......))))....((((((.(((((.(((.(((((((((...((((((.....)))))).(((((((.....)))))))......(((((((((((...((((....))))....)))))))......)))).))))))))))))..)))))...(((.(..(((......)))..).)))((((((((..((......(((((((((...(((((((((....)))).)))))))).)))))).....((....))..))..))))))))......)))))).............
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((......))))...(((((....))))).(((....))).(((((.....)))))..(((((((.....))))))).(((....))).(((((...((((....))))....)))))..........((((((((((....)))).((((.((((...((((......))))...))))....))))...........))))))....(((((((((....)))).)))))......(((((......)))))......((((((..........))))))............
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......)))).((((((.(((.{{{{...)))..}}}})))..((((((.....)))))).(((((((.....))))))).(((....))).(((((...((((....))))....)))))..........((((((((((....)))).((((.((((...((((..[[[[))))...))))....))))...........))))))....(((((((((....)))).)))))..))).(((((......)))))......((((((..........))))))]]]]........



RNA: SRP_00086

GCCGGGCGUUGUGGCGUGCGCCUGUAAUCCAGUUACUUGGAGGCUUGGGUUGGAGGACGGCGUGAGAUUGGGAGCCCUGUGGCGCUCUGCCCUAUGUCGAUCGGGCGUCCGCGCUAAGCUCGGCGUCAAUAUGGACAUCCCGGGGGAGCUUGGGGUGGCCAGGUUGUCUAAGGAGGAACGAACCGGGCGAGGCCCGAAAGGGAGCAGUCAAAAGUUCCCACGUUGAUCAGUAGCGGGAUAGCGCCUGUGAAUAGGCGGAGUGUCACAGCCCAGUCAAUAUCGCAGGACCCGAUCCUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((........))))))..(((((((....(.(((...(((((((....(((((((((((((.(((((.(....(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))((...)).(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...))))))).).))))))))))))))))))))))))).....))).)...)))))))...
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((..((((((...(((((.((..((((...(((..(....)..)))))))..)))))))..(((((((....(((((((((((((((.(((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))))))....))))))..))))......)
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(((((((.(....).))))))).))).))))........((((.......(((....(((....)))....))).....)))).)))))))....)))))))...)))))))...................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........))))))).(((((((((.......)))).))))).((((((((.(((((((((((....(((((((((((((((.....(((..((((((((((((((....(((((((.....(((..((((((((....))))))))..)))..((((..........))))..(((((...)))))...((((((........)))))))))))))..))).))))....))))))))))...))))))))))))))))))))))....)))).....))).))))).
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................(((((((....(((((((((((((((............((((....))))....(((((((.....(((((((((((((....))))))))))))).............(((((.............(((....)))...........))))).)))))))...........................)))))))))))))))))))))).......................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((........))......((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......))))...
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................((.........)).............(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....))))).............
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))....(((......)))(((.(((((((......(.(((...(((((((....(((((((((((((((.(((.(((..((((((((..(((((.(.(((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).................(((((...)))))...((((((........))))))))))))).)..))))))....))))))))))))))))))))))))))))))))))).....))).)))))))).)))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((((....))))))))..(((((((.(..(((.(...(((((((....(((((((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))))))..).))).....))))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((........))))))..(((((((......(((...(((((((....(((((((((((((((.....(....(((((((((.(((((.(.((((((.((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..)))))).)..)))))))...))))))).)....)))))))))))))))))))))).....))).....)))))))...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))....((((....))))(((.(((((((......(.(((...(((((((....(((((((((((((((.(((.(((..(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).................(((((...)))))...((((((........))))))))))))).)..)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))).....))).)))))))).)))..
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......))))))).......((((.......))))............(((((...(((((((....(((((.((((((((.((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))).)))))))))))).....))))).............
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((............)))........((((.......))))..(((........((((...(((((((....(((((.((((((((.((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))).)))))))))))).....)))).......)))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..(((((((((...(((.((((((((((.......))).))))))).)))...))))..(((((((....(((((((((((((((.(((......(((((((...(((((...(((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))(((.....)))......(((((...)))))...((((((........)))))))))))))....))))).....)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))..)))).......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..(((((.(((.(((((.((((((((((.......))).))))))).))).)))))...(((((((....(((((((((((((((.(((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))(((.....)))......(((((...)))))...((((((........)))))))))))))....)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))).....)))))..)))).......
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((((....))))))))..(((((((......(((...(((((((....((((((((((((((.((((.((...(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))........((.......(([[[....[[))....]](((.]]]....))))).)))))))....)))))))...))))))).))))))))))))))))))))))))))).....))).....)))))))...
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((......))).)))...((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((......))).)))..(((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....((((.((....)).(((....(((....)))....))).....)))).)))))))))..)))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..))))))))...
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..(((((.(((.(((((.((((((((((.......))).))))))).))).)))))...(((((((....((((((((((((((.((((.(((..(((((((((.(((((...((((((.((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).((.....)).......(((((...)))))...((((((........)))))).))))))....)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))).....)))))..)))).......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((((....))))).....(((((((......(((...(((((((....(((((((((((((((..........(((((((((((.......(((((((.....(((.(((((((((....))))))))).)))......................(((((...)))))...((((((........)))))))))))))......)))))....))))))......)))))))))))))))))))))).....))).....)))))))...
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((......(((((((((...)))))....)))).....................(((((((....(((((.(((((((.((.........(((((((((.(((((...(((((((((((.(((....((((((....))))))....))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))......))))))))).))))))))))))..)))..................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(........((....))).....(((........)))))).............(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....))))).............
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((........)))))).............(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))))))))))))..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....))))).............
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.........(((....))).....(((........)))))).............(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....))))).............
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..(((((((((.(((((.((((((((((.......)))).)))))).))).))))))..(((((((....(((((((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))).....)))))..)))).......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..(((((((((.(((((.((((((((((.......))).))))))).))).))))))..(((((((....((((((((((((((.((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))(((.....)))......(((((...)))))...((((((........)))))))))))))....)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))).....)))))..)))).......
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((((....))))).....(((((((........(((((((((((....(((((((((((((((..(((((((...((((....))))....)))))))((((.....(((((((((....))))))))).....))))..........((((...(((((...)))))...((((((........)))))).))))........(((((......))))).....))))))))))))))))))))))....)))).....)))))))...
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((((....)))))..................(((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((...(((((...(((((((((((.(((....((((((....))))))....))).))))........(((((......(((..................)))....))))).)))))))....))))).....)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))...............
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((........))).....((((.......(((((....((((((..............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......))))...
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((.(...((.(((((...)))))..)).))))............(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).....))))).............
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((........))))).....(((((....))))))))..(((((((.(..(.(((...(((((((....(((((((((((((((.(((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))).....))).)..))))))))...
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((........))))((.((((((((............)))))))).))..))).(((((((((((....(((((((((((((((.(((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))))))....)))).(((.....)))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((((....))))))))..(((((((.(..(.(((...(((((((....(((((((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...((((((.((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).)...(..(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))))....)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))).....))).)..))))))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((((..))))..).)).))..(((........)))((((..))))(((((((((((((........))).(((((((((((((.(((((.((.(..((((((((.((((((.((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))(((..)))(((((.(..(.(((((((((((..))))))))))))..)))))).)))))))..)))))))))).))).))..))))))))))))))))))))).((.............))).)).)))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..............................................(((.......)))............))...((((..(......((......((...(.((((.(((((...(((((((((((.(((.((((((.((....)).)))))).))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....))))))).....)).)....))...................))...........)...)))..)....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((........)))))))...)..((((.......)))).(((((((....(.(((...(((((((.....((((((((((((..((((...(...((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(..((((((....))))))..).))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))).)..)))).)))))))))))).))))))).....))).)...)))))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((........))))).....((((......)))))))..(((((((.(..(.(((...(((((((....((((((((((((((.((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))).....))).)..))))))))...
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...((((......)))).....(((((((......(((...(((((((....(((((((((((((.(((((..(...(((((((((.(((((...((((((.((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).................(((((...)))))...((((((........)))))).))))))....)))))))...))))))).).))))))))))))))))))))))))).....))).....)))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..((((((...(((((.((..((((...(((..(....)..)))))))..)))))))..(((((((....(((((((((((((((.(((.(((..(((((((((.(((((...((..((((((..(((.((((((..(....)..)))))).)))..)))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))....)))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))))))....))))))..)))).......
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((((....)))))..(((..((((.....))))..)))..(((((((........)))).((((..........))))....(((((......))))).........(((((((((....))))))))).)))..((((((.....)).))))..((((.....))))...((((((........)))))).(((((.....)))))......((((((....))))))..((((.............))))...((((.....))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.<<<<..))))..>>>>......(((((....)))))....(((((((((...(((((((....(((.{{{.))).(((}}}..))).))))))).((((((.[[[(((((..aaaa))))).........(((((((((....)))))))))....((((((((.....)).))).)))AAAA...))))))..((((((........)))))).(((((.....)))))]]]...((((((....)))))).....)).)))))))...........((((.....))))..



RNA: SRP_00102

GCCGGGCGCAGUGGCGUGCGCCUGUAAUCCAAGCUACUGGGAGGCUGAGGCUGGCGGACCGCUUGAGCUCAGGGGUUCUGGGCUGCAGUGGACUAUGCCGAUCGGGUGUCCGCACUAAGUUCGGUAUCGAUAUGGUGCUCCUGGGGGAGCCUUGGACUACCAGGUCGUCUAAGGAGGGGUGAACCGGCCCAGGUCGGAGACGGAGCAGGUCAAAGCCCCCGUGCCGAUCAGUAGUGGGAUCGCGCCUGUGAAUAGACACUGCAGUGCAGCCUGAGUAAUACAGCGGGACUCAGUCUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.........)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((.(((((((((..((((.(....(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))((...)).(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))).))))))))).)))))))))).....)))))...))))))))..
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................((((......(((((((((.((((....(((((.....)))))...))))..(((((....((((.(((((..((.(((....))).))..))))).))))(((....)))..)))))))))))))).((....)))))).............................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((......)))).))).((((((((....(((((...(((((((....((..(((((((((..((((((.((((((......((((((...(((....)))..))))))...((((((.(((((((....)))..((((((..((..((((......))))...))..))))))...)))).....))))))..)))))).))).)))..((((....)))).....)))))))))..))))))))).....)))))...))))))))..
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................(((((((....(((((((((((((..............((((....))))....(((((((((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))........(((((...(((((....))))).................))))).))))))).............................)))))))))))))))))))).......................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((.........))......((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......))))...
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................(((.(((((..((((.......))))..))))).))).........(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).......................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...............((((((((((.........(((((...(((((((....(((.(((((((((..((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((..(((.((.....(.....)....)).)))....))))).))))))).)..))))))))...))))))...)))).))))))))).)))))))))).....)))))..)))))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...(.(((((((.................))))))).).)))..((.(((..(..(((((((.(((((((....(((.(((((((((..((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........((((.(....((((....(((....)))....))))....)))))))))))).)..)))))))...))))))).).)))).))))))))).))))))))))..)).)))))..).))).))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.........)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((.(((((((((..((((.(....(((((((((.(((((.(.((((((.((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..)))))).)..)))))))...))))))).).)))).))))))))).)))))))))).....)))))...))))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))..............(((((((((((.(.......(((((...(((((((....(((.(((((((((..((((..((..(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((..(((.((((..(((...))))).)).)))....))))).))))))).)..))))))))...)))))))).)))).))))))))).)))))))))).....)))))).)))))))))))
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........))))..........(((.......)))...(((.......(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).))))).....).))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((....(((..((((.......))))..)))....))...((....(((((((....(((((.(((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))).))))))))))))......))...............
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))(((.[[[....)))..]]]....((((((((....(((((...(((((((....(((.(((((((((..((((.........((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((...(((((....))))).(((.......)))...))))).)))))))....)))))))).)))........)))).))))))))).)))))))))).....)))))...))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))....(((......))).((((((((.........(((((((.(((((((....(((.(((((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((..(((.((((..(((...))))).)).)))....))))).)))))))....)))))))...)))))))...)))).))))))))).))))))))))..)).)))))..))))))))...
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((......)))))))........[[.........))]]((((((((....(((((...(((((((....(((.(((((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((.(((.(((((((((....))))){{{{{{{.)))).)))}}}}}}}..(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....))))))))...))))))...)))).))))))))).)))))))))).....)))))...))))))))..
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....((.........)).)))...((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((.......))).)))..(((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((.(.(((((((.(((.(((((.(((((((....))))))).))))).)))......((((..(....)..(((....(((....)))....))).....)))).))))))).)..)))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..))))))))...
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))....(((......))).((((((((.........(((((((.(((((((....(((.(((((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((...(((((....))))).(((.......)))...))))).)))))))....))))))))...))))))...)))).))))))))).))))))))))..)).)))))..))))))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))..............(((((((((((((((((((((.......[[[[[[[....[[[.[[[[[[[[[....[[[[[[[......)))))).......]]]]]]]......(((((((((..)))))((((((((.........)))))))).(((((...((((((..)))))).(((.......)))...))))).....(((((........)))))))))..........]]]]]]]]].]]]]]]]]]]....))))....)))))))))))
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((...((....(((..((((.(...).))))..)))....))...))....(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))))))))))....)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).......................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((..(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.........)))....((((.....((.........))))))..............((((...(((((((....(((((((((((((.(((((..(...(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))((...)).(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....))))))))...)))))).).))))))))))))))))))))))))).....))))..............
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((..(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.........))).....(((.(((((.(((((.......))))).))))).)))..((((...(((((((....(((((((((((((.(((((..(...(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))((...)).(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....)))))))...))))))).).))))))))))))))))))))))))).....))))..............
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.........)))....((((.....((.........))))))...............(((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))((...)).(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))...............
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...(((((((.(((....)))......))))))).[[[[[[[[[.)))))...(((((...(((((((....(((.(((((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((...(((((....))))).(((.......)))...))))).)))))))....)))))))...)))))))...)))).))))))))).)))))))))).....)))))..]]]]]]]]]..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.(...)))))))))...((((......))))((((((((.........(((((((.(((((((....(((.(((((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((...(((((....))))).(((.......)))...))))).)))))))....))))))))...))))))...)))).))))))))).))))))))))..)).)))))..))))))))...
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...........((((((..((((((((((..(((((.((((....)))))))))...(((((((((..((((......(((((((...(((((...((((((...............((((((..((((((((.........)))))))).........(((((....)))))..................))))))))))))....))))).....)))))))...)))).))))))))).))))))........))))....)))))).....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((.........)))..(((....)))....(((((...(((((((........(((((((((..((((......(((((((...(((((...(((((((((((.(((((.....(((....))).....))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....))))).....)))))))...)))).)))))))))....))))))).....))))).............
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((.........))).....((((.......(((((....((((((..............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......))))...
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((..(((.((((.......)))).........)))..))....(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))))))))))....)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).......................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((......)))).))).((((((((.(..(((((...(((((((....(((.(((((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((...(((((....))))).(((.......)))...))))).)))))))....)))))))...)))))))...)))).))))))))).)))))))))).....)))))..)))))))))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((......))))))..............(((....(((.((((((..(((((.((((....)))))))))...(((((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((...(((((....))))).(((.......)))...))))).)))))))....)))))))...)))))))...)))).))))))))).)))))).)))....)))))).((...)).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....((((......)))).))).((((((((.(..(((((...(((((((....(((.(((((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))......(.(((((...(((((....))))).(((.......)))...)))))))))))))....)))))))...)))))))...)))).))))))))).)))))))))).....)))))..)))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((........))))))).)..((........))(((((((((.(...(..)((((.(((.(((((..(..(((((((((((((.(((((.(.((..((((((((.(((((((..(((((..((...).(((.(((((..(.(((..)).).)))))).(((((.............((((((..))))))))))).).))((((..)))).)..)))))..).))))))))).))).))..)))))))))))))))))))))))))))..)..)))))).))))))))))..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...........................................(..(.........)..)....(...........))))....(....(.....(...(((.(((((.(((((...((((((((((..(((((.(((..((....))..))).)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))).)........................)...........).....)........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((......))))((..((.((..((((.......))))..)).))..)).(((((...(((((((.....((.(((((((((..((((...(...((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((.(((....))).))..))))).))))......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))))))))))....)))))))...)))))).)..)))).))))))))).)).))))))).....))))).............
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((......)))).))).((((((((.(..(((((...(((((((....(((.(((((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((...(((((....))))).(((.......)))...))))).)))))))....))))))))...))))))...)))).))))))))).)))))))))).....)))))..)))))))))..
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......)))))))).......((((.......)))).(((((((....(((((((.(((((((....(((.(((((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((...(((((....))))).(((.......)))...))))).)))))))....)))))))...)))))))...)))).))))))))).))))))))))..)).)))))...)))))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((......)))).))).((((((((....(((((...(((((((....(((..((((((((..((((......(((((((((.(((((...((((((((((..((((..(((..((....))..)))..))))..)))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....)))))))...)))))))...)))).))))))))..)))))))))).....)))))...))))))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((.(((.......)))..((((.((....)))))).(((((((.....)))))))....))))...((((((...((((....))))....))))))..(((.....(((((....)))))..(((....))).))).(((......)))....(((((....))))).(((......(((.......((((.((......))..))))...((((.(((...........))))))).))).((((...........)))).)))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))....(((......))).((((((((...(((..<<<)))..(((((((.>>>.)))))))....(((((..{{{{{{...{{.)))))..}}....}}}}}}..(((.....(((((....)))))..(((....))).))).(((......)))....(((((....)))))..((((...............))))...(((([[[.[[..))))((((.(((......]]]]])))))))..((((..........)))).))))))))...



RNA: SRP_00103

GCCGGGCGCGGUGGCGCGCGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGAGGGAUCGCUUGAGCCCAGGAGUUCUGGGCUGCAGUGCGCUAUGCCGAUCGGGUGUCCGCACUAAGUUCGGCAUCAAUAUGGUGACCUCCCGGGAGCGGGGGACCACCAGGUUGCCUAAGGAGGGGUGAACCGGCCCAGGUCGGAAACGGAGCAGGUCAAAACUCUCGUGCUGAUCAGUAGUGGGAUCGCGCCUGUGAAUAGCCACUGUACUCCAGCCUGGGCAACAUAGCGAGACCCCGUCUCUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....((((........))))))).(((((.(.(...(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((.(....(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))((...)).(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))).)))))))))))).....)))))..).).)))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((......(((.(.(((....................))).).)))..(((((((((((((.....))))))).))).)))...((((((...((((....))))....)))))).((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))))........((......(((.....(((....))).....)))....))....................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((....))))).((((((((....)))))..))).))).(((((...((..(((((...(((((((....(((((..((((((.(((((.((((((((((.....((((....((((((((....(((((..((((((....))))))..)))))))).)))....))..)))).....)))).)))))).......((((((......(((((((((....)))).)))))....))))))..)))))))))))..)))))))))))).....)))))..))..)))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................(((((((....(((((((((((((..............((((....))))....(((((((.....(((((((((((((....))))))))))))).............(((((.............(((....)))...........))))).))))))).............................)))))))))))))))))))).........................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((..........))......((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......)))).....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((........))))...........((..........)).....................(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).........................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))......(((((........)))))((((...(((.(((((((.(((((((....(((((.(((((((.((((((((((.(.((((....))))..).)))))).((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....................................((((((......(((((((((....))).))))))....))))))...))))))))))).))))))))))))..)).)))))..))).)))).....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))......(((((........))))).(((.(..(..(((((((.(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))((........))......((((....(((....)))....)))).........))))))).)..))))))))...))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).)))))..).).)))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....((((........))))))).((((....(((.(((((...(((((((....(((((...(((((.(((((.(....(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))((...)).(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...))))))).).))))))))))...)))))))))))).....)))))..)))..))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))......(((((.((())).)))))((((.(.(((.(((((((.(((((((....(((((.(((((((.((((((((((.(.((((....))))..).)))))).((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))(((......)))....(((((....))))).......((((((......((((((((((())))).))))))....))))))...))))))))))).))))))))))))..)).)))))..)))))))).....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........)))).....(((..........))).....((.(.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......).)).....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((............))).........((((........))))...............(....(((((((....(((((((((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))))))))))))))))......)..................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((....)))))[[[[....((((........)))))))..]]]]...(((.(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((.........((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(((((.......((((....(((....)))....))))....))))))))))))....)))))))).)))........)))))))))))).)))))))))))).....)))))...))).........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((..((((((((((.(((((..((((....((((.((((.((....)))))).))))...)))).))))))))))).)))).(((((((...((((....))))....)))))))((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))((...))(((.((((.((.((...((((((..((((((..........))).))).))))))....)).)).)))).))).......))))))))......))))))((......))(((((...)))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((([[[[....))))]]]](((((...((..(((((((.(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..))))){{)))................}}((((....(((....)))....)))).........)))))))....))))))))...))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).)))))..))..)))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((........))).))).((((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((((....))))).)))..(((((((.(..(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))).....)))))..)))))))).....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((........))))....(((((...(((.(((((((.(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((...((((((.((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))(((......)))....(((((....))))).....(((.((.......))))).))))))....))))))))...))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).)))))..))).)))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((....[[[[[[))))))..(((((.(((.((((((((((((...)))......(((...((((((((...)))))))).....)))..(((((((.((((..))))........)))))))...........))))))))))))..)))))......((((((((..(((((.....((((((..))))))..................)))))..((((....(((((((...]]]]]].........)))))))....)))).)))))))).....(((((...)))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((..(((...(((.(((((........))))).)))...)))..)))....(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).........................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((...((.........((((.(....).)))).........))...))....(((((((....(((.((((((((...((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(.(((.(((....))).))).).))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...))))..)))))))).)))))))))).........................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((ffffffffffffffff(hhhhhh.(((((ggg..gggggggg(aaaaaaaaa.))))).jjjj.((((((((.dd)))))))))).)FFFFFF(((((((iii((((({{)))))JJJJ)))))))...(((((((.)GGGGGGGG.bbbbbb.DD)))))}}AAAAAAccccc((((((..(((eeeeeeee)))...III.HHHHHH......[[[[[[GGG..(((.<<<<<<.FFFFFFFFFF))).AAA>>>>>>)))))).EEEEEEEE....))]]]]]]BBBBBB.CCCCC.
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((..(...)...)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((.....((..(...)...))))))..........(..(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))))))))))))..))))))))...)))))).).))))))))))))))))))))))))).....)))))..)............
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((..(...)...)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((.....((..(...)...))))))..........(..(((((...(((((((....(((((((((((((..((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))))))))))))..)))))))...))))))).).)))).)))))))))))))))))))).....)))))..)............
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((.....((..........)))))).............(((((...(((((((....(((((((((((((..((((......(((((((((.(((((.((((((((.(((..(((.(.(((((((....))))))).).)))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))).))))))))..))))))))...))))))...)))).)))))))))))))))))))).....)))))...............
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((........))))))).(((((...((..(((((...(((((((....((((..(((((((.(((((......(((((((((.(((((...((((((.((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(((((.((.(((.((.....(((....))).)).)))))...))))).))))))....)))))))...)))))))...))))))))))))..))))))))))).....)))))..))..)))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((((...)).))))....(((((...(((.(((((((.(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))(((......)))....(((((....))))).....(((.((.(....)))))))))))))....))))))))...))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).)))))..))).)))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((........))))....(((((.......(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((...(((((...(((((((.....(((((..((((((....))))))..)))))..((((((......)))))).(((((....)))))....((((..........)))).)))))))....))))).....)))))))...)))))))))))).)))))))))))).....)))))......)))))....
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................((((........)))).....((((...............(((((((..........(((((((.(((((......(((((((...(((((...(((((((((((........((((((....))))))........))))........(((((.....((((..................))))...))))).)))))))....))))).....)))))))...))))))))))))......)))))))................)))).....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((..........))).....((((.......(((((....((((((..............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......)))).....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................((..(((.((((........)))).........)))..))....(((((((....(((.(((((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(.(((.(((....))).))).).))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...)))).))))))))).)))))))))).........................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((........))))))).(((((.(.((..(((((((.(((((((....((((..(((((((.(((((......(((((((((.(((((...((((((.((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(((((.(((.((.((.....(((....))).)).)))))...))))).))))))....)))))))...)))))))...))))))))))))..)))))))))))..)).)))))..))).)))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..((((....))))((((((((((.(((((..((((....((((.((((.((....)))))).))))...)))).))))))))))).)))).(((((((...((((....))))....)))))))((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....)).(((((......((((((((.(((.((((.((((((......(((((((((....)))).)))))....)))))).........))))..))).))))))))...........))))).........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....((((........))))))).(((((.(.((..(((((...(((((((....((((..(((((((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(((((.((.(((.((.....(((....))).)).)))))...))))))))))))....)))))))...)))))))...))))))))))))..))))))))))).....)))))..))).)))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((..)..)))))))).).((((........))))....(((((.(.((((((((((((((((((..(..((((((.((((((.(((((.(.((..((((((((.(((((((..(((((.((((((((((..(((((......)))))..))))))))))...((((((.((((.(((((((..))))))..((......))))))).)))))))))))..).))))))))).))).))..)))))))))))))))).)))))))))))).)).)))))).)))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((............................................(..(.........)..)....(...........)))).....((..(((.(.....((.(((((..(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....))))))....))))).).....................).))).........))................
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((((((......))))))))...)...((((........)))).((((.......(((((...(((((((.....((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...)))))))))))).)))).))))))).....)))))......)))).....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((........))))))).(((((.(.((..(((((...(((((((....((((..(((((((.(((((......(((((((((.(((((...((((((.((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))..................((((....(((....)))....))))..........))))))....))))))))...))))))...))))))))))))..))))))))))).....)))))..))).)))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((........))))....(((((...((..(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).....)))))..))..)))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((((........))))))).(((((...(((.(((((((.(((((((....((((..(((((((.(((((......(((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..))).....((((.((....))((((....(((....)))....))))....)))).)))))))....)))))))...)))))))...))))))))))))..)))))))))))..)).)))))..))).)))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((........)))).((((.(((.((....)))))..(((((((.....))))))).))))..((((((.(((...((((....))))....))).((((.....))))..((((((....))))))....(((((((((((......))))...(((((....)))))..(((.((.((.......)))))))(((....))).((((.(((((....))).))..))))........)))))))....)))))).(((.......)))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((..<<<<)))))).(((.{{{{...)))..}}}}.((((.(((.((....)))))..(((((((.....))))))).)))).>>>>.((((((...((((....))))....))))))....((((..(((((((((....))))..(((....))).((((...[[[))))...(((((....))))).........)))))......]]]..(((....))).((((..((((....))))....)))).....(((.....)))...))))..((((.....))))....



RNA: SRP_00117

GACUGGAAGGUUGGCAGCUUCUGUAAUCACGCUUCUGUGAGGUCCGAUUGUGGGAUGGCCUGAGGCUGGGAUUUACUGCGUAGCGGACCAGCUCAUGUUGACGGAACGUCCGCACUAAGCUUGCCAUCAAUAUGGGUGCCAUGGAGGAGUCCGUGGCAUUCAGGUUGGCUAAGGAGGGAUGAACCGGGCCAGGGGUGAAAACCAGCAGCCAAGAGUUCCCGUGGUAGGCAGUAGUGGGAUAGCGUACCGGAGUGGACUGCCGUUAUCAGCCCAACCAAUAUGGUUGGACCACAAUCUUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((.(....).)))))....(((........))))))).((((((((..(((((...((.((((.....(((.((((((...(((.((((.((..(((.((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).(...)..(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))).))))))))).))).))))))))))))).)).....)))))..))))))))......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((((((((.(((((((.((..(((((....))))).((((.......)))).))..)))))))((.....(((.(((((((..(((..(((.....(((.((((((.(((((.((((((((.((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........((((.......(((....(((....)))....)))......)))).))))))))..)))))))...)))).)))..)))..))))))))))))).((((((.....)))))).)).)))))))))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((((...))))..(((((....)))))(((((((((((....(((.....((((((........(((..((((.((.((((.((...(((....((((.((((..((((((((((((..(((((((((((((....)))))))))))))..)))).......((((.......(((....(((....)))....)))......)))).))))))))...))))))))..)))..)))))))).)))))))..))))))...)))..))))))))))).)))))))))..
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((....))))).......((........))......((((......(((((...(((((((.....(((.(((((...(((((((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))......))))......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(............).........................((((((((...........(((((..................))))).((......(((.((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........((((.......(((....(((....)))....)))......)))))))))))))..))))))))...))).)))...))................((((((.....)))))).))))))))......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))....((((......)))).....((((((((..(((((...((.((((.....(((.(((((((..(((.((((.....(((.((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))).)))..)))).))))))))))))))))).)).....)))))..))))))))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(....).)))))....(((........))))))).((((((((..(((((...((.((((.....(((.((((((...(((.((((.((..(((.((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))).))))))))).))).))))))))))))).)).....)))))..))))))))......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))....(((((....))))).....((((((((................(.....(((.(((((((..(((.((((.....(((.((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........((((....(..(((....(((....)))....)))....).)))))))))))))..))))))))...))).)))..)))).))))))))))))))(((((((...))))))).))))))))......
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((........)))).....(((........))).....(((.((....(((((((.(((((((.....(((.(((((((..((((((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..))))))))...))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))....)).)))......
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.[[[[[))).....]]]]].(((((.(((....)))[[[[[.)))))......]]]]]..((((((......((((...)))).))))))...(((..[[[)))..]]](((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........((((.......(((....(((....)))....)))......)))))))))))))..))))).(((((((.......[[[[.....)))))))...(((((((...))))))).]]]]..........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..(((..((....))..)))..)))))....)))).((((((((..(((((...((.((((.....(((.(((((((..(((.((((.....(((.((((((.(((((.((((((((.((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........((((.......(((....(((....)))....)))......)))).))))))))..)))))))...)))).)))..)))).))))))))))))))))).)).....)))))..))))))))......
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................((.[[[[[[[[..(((((...((.((((.....(((.(((((((..(((..(((.....(((.((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........((((.......(((....(((....)))....)))......)))))))))))))..)))))))...)))).)))..)))..))))))))))))))))).)).....)))))))]]]]]]]]......
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....((........)).))).(((((((.(..(((((((.(((((((.....(((.(((((((..(.((((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...)))))))))))))))).)))))))))))))))))..)).)))))..))))))))......
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..((((.(...).))...))..)))))....)))).((((((((...((((...))))........(((.(((((((..(((.((((.....(((.((((((.(((((.((((((((.((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........((((.......(((....(((....)))....)))......)))).))))))))..)))))))...)))).)))..)))).))))))))))))).(((((((...))))))).))))))))......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))...(((((....))))).))).((((((((((((((.....[[[[[....[[[[[[[..((((((((((....)))).......)))))).........))))))....(((((((((((((....)))))))))))))..((((((............(((........)))..........)))))).......]]]]]]]((((((.......................))))))....]]]]](((((((...))))))).))))))))......
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..[[[[[[[[[.((((((..((bbbb(eee(aa(ffffffffffff...ffffff(.iiiiii))aaaaaaa(cc.ccccc(..{{{{.{{{{{)))))).)CCCCC.ggg.ggggggggg}}}}}(((((((((((((....)))))))))))))..gggg((.ddddddddd....)IIIIIIhhh(<<....)))).))GGGG}}}})HHHGGGGGGGGG.)AAAAAAA..)FFFFCC)FFF.GGG.]]]]]])FFFFFFFF>>]]]..FFFAAEEEBBBB...DDDDDDDDD
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((....)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((...(((((...(((((((.....(((.(((((...(((((((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))...)))))))).....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((....)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((...(((((...(((((((.....(((.(((((...(((((((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))...)))))))).....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((...))))....)).)))))....)))).((((((((..(((((...((.((((.....(((.(((((((..(((..(((.....(((.((((((.(((((.((((((((.((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........((((.......(((....(((....)))....)))......)))).))))))))..)))))))...)))).)))..)))..))))))))))))))))).)).....)))))..))))))))......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((...)))).......)))))....)))).((((((((..(((((...))))).......(((.(((((((..(((.((((.....(((.((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....).)))).))))))))..)))))))...)))).)))..)))).))))))))))))).(((((((...))))))).))))))))......
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((..(((((((((....((((....(((((.((((....((((....))))....)))).))))).)))).)))))..)))).....((((((...((((((.........((((......(((((((((((((....)))))))))))))...))))..............((((((((((((.....................)))).)))).....................)))).))))))..)))))).....(((((((...)))))))....)))))))))..
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((........))).....((((......(((((....((((((.................................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......))))......
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((...))))....)).)))))....)))).((((((((..(((((...((.((((.....(((.(((((((..(((..(((.....(((.((((((.(((((.((((((((.((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........((((.......(((....(((....)))....)))......)))).))))))))..)))))))...)))).)))..)))..))))))))))))))))).)).....)))))..))))))))......
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((...(((((((((((((.....(((((....))))).((((.......)))).....))))))).......(((.(((((((..(((..(((.....(((.((((((.(((((.((((((((.((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........((((.......(((....(((....)))....)))......)))).))))))))..)))))))...)))).)))..)))..))))))))))))).))))))....)))).(((......))).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((((...))))..(((((....)))))((((((((..(.((.(((.((((((((((......((((...)))).)))))).....((((((...((((((((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........((((.......(((....(((....)))....)))......)))))))))))))..))))((.........))...))))))..)))))))))).))).))...)..)))))))).)))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..))..)))))....((((..(..))))))))).(((((((((((..(((......)))))...(((.(((((((..(((.(((...)))(..).(((((.(((((..(((((((.(((((((((.((((((((..)..))))))).))))))))).......(((((.(...(.((((.((.((..)).)).).).)))..).).)))))))))))...)))))))).)).....(.......)))))))))))))).(((((((...))))))))))))))))......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................(..(........)..).....................(....(..(.........((.......((.(((((....((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))).)....))))))).............))......................).........)...)............
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((........................(((......)))..))).((((((((..............(((.....(((.(((((((..(((..(((.....(((.(((.((.(((((.((((((((.((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........((((.......(((....(((....)))....)))......)))).))))))))..)))))))....))).)))..)))..))))))))))))))))................))))))))......
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((...))))....)).)))))....)))).((((((((..(..((...((.((((.....(((.(((((((..(((..(((.....(((.((((((.(((((.((((((((.(((..((..(((((((((....)))))))))..))..)))........((((.......(((....(((....)))....)))......)))).))))))))..)))))))...)))).)))..)))..))))))))))))))))).)).....))..)..))))))))......
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))....(((((....)))))..(((.......))).(((.....))).((((..(((((...((((((((((....)))).......))))))..........((((....)))).(((((((((....)))))))))....((((..((......))...))))..((((((((.....................)))).))))..))))).(((((((((((((((.....))..)).)))))))...((((((.....)))))).)))).)))).....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....)))).(((.....)))..(((((....))))).((((.......))))...((((.(((((......(((.....)))..((((....)))).(((.....))).(((..((((.((((....)))).(((((((((....)))))))))...)))).((((................))))...))).....))))).((((.....[[[[[)))).((((((..]]]]]................))))))....)))).((((((.....))))))...............



RNA: SRP_00123

GCUCGGAUAUUUUACGAAUAUCUGUGACCAUAAGGUUUGGGAGCUUAAAAAUUGGAAUUGGUGUUUUGAGAAGUAGAUGUGUUUGAGACUACCUCGAUCCAUAUCUUCGUUCAUCACUGCGAGUUUUUCGGAAGAGAGGCUUUUGGGGAUGGUAAGGAACAGGGUAAUGCGUCAGGCCGGCAACGGAGCAGCGAAAACCUGUCGACGAAUGAUAGACCUGGAACGAAAUGGAUGUCAAGUGUUUACCAAUCAAAAUGCUGGGACUGAUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((((...))))))))....(((.(...).)))))))...((((((((..((((((((((((...(((((((..(((((........(..(((((((.((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).(...).(((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))).))))))..)))....)))).......)....))))))))))))...))))))))))))..))))))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((...)))))))...((((....))))...))))...((((((((..((((((((((((...((((((....((((..(((..(((..((((((((((((.((((.((..(((((((((....)))))))))..)).)))).......((.((((....(((....(((....)))....)))...))))))..))))).))))....)))..)))..)))...))))..))))))...))))))))))))..))))))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((.....))))).......((.......).)........((.......(((((.((((((...(((((((........(((((((((.((((.(.(((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..).....)))).))...)))))))....)))))))...)))))).)))))......))..
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...))))))))).((((....))))....)))...((((((((..((((((((((((...((((((((..((((..((...(((.((((((((((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))))......(((((.....((......(((....)))....)).....)))))..))))).))))....)))).)))...))...))))))))))))...))))))))))))..))))))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((...(......)...))...........................((((((..(((((((((((....((................................(((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))....................................))....)))))))))))..))))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.......))))))....(((.......)))))))....(((((((..((((((((((((...(((((((..(((((.....(...(.(((((((.(((((.((((.((..(((((((((....)))))))))..)).)))).......(((((....(.(((....(((....)))....))).)..)))))..)))))..)))....)))).).....)....))))))))))))...))))))))))))..))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...))))))))).((((....))))....)))...((((((((..((((((((((((...((((((((..((((..(((..(((.((((((((((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))))......(((((.....((......(((....)))....)).....)))))..))))).))))....)))).)))..)))...))))))))))))...))))))))))))..))))))))
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.........))))..........(.........).....(((.(....(((((((((......((((.(((((((...((....(((((...(.(.(((.((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))).)))..)...)))))))....)))).).).....).))))......)))))))))....).))).
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...))))))))..((((....))))...))))...((((((((.....(((((((((...(((((((..(((((.......(((.((((((((((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).......(((((....(((......(((....)))....)))....))))).)))))).))))....)))).)))........))))))))))))...))))))))).....))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((...))))))))).((((....))))..........((((((((..((((((((((((...((((((...(((((..(((..(((.((((((((((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).......(((((....(((......(((....)))....)))....))))).)))))).))))....)))).)))..)))...))))).))))))...))))))))))))..))))))))
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....)))))))..(([[[.....))]]]))))...((((((((..((((((((((((...(((((((..(((((..((...(((.((((.(((((((..((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))...)))).))).....)))).)))...))...))))))))))))...))))))))))))..))))))))
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((.....)))))))....((.........)).)))....(((((((..(((((.((..(((((((((((((((((((.(((((.((..(((.((((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).))).....((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))).)))).....)))..)).))))))))))))))))))))))))..)).)))))..))))))).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...))))))))).((((....))))....)))...((((((((..((((((((((((...((((((...(((((..(((..(((.(((((((((((((.((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).....(.(((((....(((......(((....)))....)))....)))))).))))).))))....)))).)))..)))...))))).))))))...))))))))))))..))))))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...))))))))..((((....))))...))))...((((((((..((((((((((((...((((............))))....((((((...(((((((............((((((((((.....))))))))))[[[[[[....((((......((((...(((....))).((((.......)))).)))).........))))))))))))))))).........]]]]]].))))))))))))..))))))))
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((.....)))))))....(((.(...).).)))))....(((((....(((((.((((((...(((((((........(((((((((.((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).)).....)))).)))...))))))....)))))))...)))))).)))))...)))))..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((.....)))))))....(((.(...).).)))))....(((((....(((((.((((((...(((((((........(((((((((.((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).)).....)))).)))...))))))....)))))))...)))))).)))))...)))))..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((...)))))))...((((....))))...))))...((((((((..((((((((((((...((((((...(((((..(((..(((.((((((((((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).))))....)))).)))..)))...))))).))))))...))))))))))))..))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...))))))))).((((....))))....)))...((((((((..((((((((((((...(((((((..(((((..(((..(((.((((((((((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).....(.(((((.(..(((......(((....)))....)))...))))))))))))).))))....)))).)))..)))...))))))))))))...))))))))))))..))))))))
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((...))))))))).((((....))))..........((((((((..((((((((((((...((((((((..(((((.....)))))...((((((((((((....(((((((((((((....)))))))))((((.((((..................))))...)))).......)))).......((((((.....)))))).....)))))))...)))))...))))))))...))))))))))))..))))))))
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................((.......(((((.((((((...((((((.........(((((((((.((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))........)))).))...))))))).....))))))...)))))).)))))......))..
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((...)))))))...((((....))))...))))...(((((..(..(..(((((((((...(((((..(..((((.((((..(((.((((((((((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).))))....)))).)))..))).).)))))..)))))...)))))))))..)..)..)))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((((((.....(((..((((....))))..))).((((((((((......))).)))))))..))))).))))))))).(((..(((.((((((((((((((((((.(((..((((((((....))))))))..))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).))))....)))).)))..)))..(((.(((((((........)))))))..))).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...))))))))..((((....))))...))))...(((((..(..(..(((((((((...(((((..(..((((.((((..(((.((((((((((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))).))))....)))).)))..))).).)))))..)))))...)))))))))..)..)..)))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.((((((((.....))))))))..((((.......))))((((...((.(((..(((((.(...((..))((((.(...(...).)))))((((((((((.(((((...(((((((((((((((((((..)))))))))))))))))))........((......))...((((...(((.(((.((((.((..)))))).).).).)))....))))))).)).))))))..))))(..).))))))))).))....))))..)....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(..................................................................................(.(.(......).).).....(.........)..).(...............((..............(...............(((.(.(...((.................))..).)...................................)))............)..)).........)..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((...)))))))...((((....))))...))))...(((((..(..(..(((((((((...(((((.....((((.((((..(((.(((((((((((((.((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).......(((((.....((......(((....)))....)).....)))))..))))).))))....)))).)))..))).).))))...)))))...)))))))))..)..)..)))))
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((((((...)))))))...((((....))))...))))...(((((..(..(..(..((((((...(((((..(..((((..(((..(((.(((((((((((((.((((.((..(((..((((....))))..)))..)).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))))).))))....)))).)))..)))...)))))..)))))...))))))..)..)..)..)))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.....))))))))..(((....))).(((....)))....(((((((....)))))))......((((((.(((((.....)))))..)))))).((((........))))....(((......)))...((((..............)))).......(((((.((((((.....((((.......)))).((((..(((((..................)))))..))))............))))))..)))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....)))))))..((((....))))...))))......((({{{...)))((((........))))....(((((.....)))))}}}......((((..<<<.<<))))..(((((....))))).((((..>>>>>...))))....((((...aaaaa((([[[[[[...............))).((.......))...)))).(((((.....]]]]]....))))).....(((...]AAAAA...)))....



RNA: SRP_00124

GUUCGGAUGACUAACGACCAUCUGUUACCUCAAGGUGAGGGAACUUAAGAAUUGGAAUUGGCUACUCGGAAUGUUUGAUCGUCUGAGACUACCCCAACCCAUAUCUUCGUGCAUCACUGUGUGUCUUUCGGAUGGAGGGCAACUGGGGAUGGUAAGGAACAGGGUACUGCGUGAGGCCGGCAACGGAGCAACGAAAACCUGUCCACGGAUGAUAGACCUGGGUUGAAAAGGAUGUCGAGAUCUUGCGGACCUUGUGGGUGGAACUGAUUCUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((..(...)..)))))....(((((...)))))))))..(((((((((..(((.((((..((..(((..(((..(.(((........(..(((((((.((((((((((.(((..((((((((....))))))))..))).)))).(...).(((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))).))))))..)))....)))).......)....))).))))..)))..))..)))).)))..))))))))).
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (..((((((.........))))))...((((.....))))......((((((..(.........((((((.((......)))))))).(((((((((((((..(((((((.((((.((...((((((((....))))))))...)).))))....(((.((((......(((....(((....)))....)))....)))))))....)))).)))..)))))))..((((.((.(((....)))))..))))..))))))..)..)))))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((.........))))..(((((....)))))..))))..(((((((((...(((...((((((...........)))))).)))..((.((((.((((((((.(((....))).((((((((....))))))))..)))))))).......(((((((.(((((......(((((......((((......(((((.......)))))......)))).......)))))......))))))))))))))))))..))))))))).
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.......))))......(((.......))).......(((.......(...(((((((((((((.(((((.......((((((((((((((.(.(((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..).....)))))))...)))))))...))))).....))))))))))))))......)))..
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.........)))))(((.((((.....)))).)))...(......(((((((((((((.....(((.((((......(((..((.(((((((((((((((((((((.((((.((((((((....)))))))))).)).)))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))).))))....)))))))....))..)))..)))).....))).....))))))..))))))))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((..............))....................................................................................................((((((......))))))....................(((......(((....(((....)))....)))....))).........................................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..(...)..)))))....((((.....))))))))..(((((((((......((((..((..(((..((((......(((...((((((((((((.((((((((((.(((..(((((((......)))))))..))).)))).......(((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))).))))))..)))....)))))))....))..)))..))))..)))..))..))))......))))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.........)))))(((.(((((...))))).)))..((......((((((((((((((.((.((((((((...(..(((..((.(((((((((((((((((((((.((((.((((((((....)))))))))).)).)))).....(.(((((.(....(((....(((....)))....)))...))))))))))))).))))....)))))))....))..))).)))))....)))).)).)))))))..))))))))).
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.........)))).........(.(......))......(((.(....(((.(..(.(((((.((.(((.(((((.(((((((..((((((.(.(.((((((((((.((((..(((((((....))))))).).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)......))))))..)))...)))))))))...))))).))))))))))....).)))...
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.[[[[[...)))...]]]]]....((((.[[[[))))..]]]](((((((((.........((((((...........)))))).((((((((((((((((((((((.((((.(((..((((((((....))))))))..))).))))....(((...((((....(((....(((....)))....)))...)))).)))))))).))))....)))))))..((((....(((....)))....))))..))))))..))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((.........)))).((..(((((...)))))..))....)))).(((((((((((((((.((.(((((...((((..(((..((.(((((((((((((((((((((.((...((((((((....))))))))....)))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).))))....)))))))....))..))).))))....))))).)).)))))))..))))))))..
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.........)))))....(((((...)))))......(((((((((......((((..((..(((..((((......(((.....((((((((((((((((.((((.(((..((((((((....))))))))..))).))))....((.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))).))))....)))))))........)))..))))..)))..))..))))......))))))))).
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......).))))).....((((...))))..))).....((((((..((((.(.....(((((((.((((((((..(..........(((.((((.((((..(((.((..(((((((((....)))))))).).)).))).....((((...(.....((((....(((....)))....))))...)))))..))))..)))).....))).)))))))))).))))).)....)..........))))..).)))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.........)))))((..(((((...)))))..))...((((((((......(((((((.((.(((((...((((..(((..((.((((((((((((((((.((((.((...((((((((....))))))))....))))))....((.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))).))))....)))))))....))..))).))))....))))).)).)))))))..))))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.........))))))...(((((...)))))......(((((((((.........((((((...........)))))).(((((((((((((...(((((((((...((((.(((((((((..))))))))).................)))).....)))))))))(((....)))............(((((.......)))))...)))))))..((((....((((..))))....))))..))))))..))))))))).
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................((((((........................(((..................((((.(((((..(((((())))))..))))).))))......(.((((.......(((....(((....)))....))).....)).)))................))).....................).)))))......................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((.......))))))....(((.......))).)))...((((((....(...(((((((((((((.(((((.......((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).)).....))))))))...))))))...))))).....))))))))))))))...))))))..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((.......))))))....(((.......))).)))...((((((....(...(((((((((((((.(((((.......((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).)).....))))))))...))))))...))))).....))))))))))))))...))))))..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((.........)))).....(((.......))).)))...(((.((....(...(((.((((((((...((((.......((((((((((((((.(((((((((((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).)).....))))))))...))))))...)))).......)))))))).))))...)).)))..
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.........))))))...(((((.[[)))))...]].(((((((((.........(((((.(((......)))))))).(((((((((((((..(((((((.((((.((...((((((((....))))))))...)).))))....((.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))....)))).)))..)))))))..((((.((.(((....)))))..))))..))))))..))))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.........)))))(((.(((((...))))).)))..(((((((((......(((((((....(((((...((((..(((.....((((((((((((((((.((((.((..(((((((((....)))))))).)..))))))....((.(((((.(....((((...(((....)))..).)))...))))))))))))).))))....)))))))........))).))))....)))))....)))))))..))))))))).
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.........))))))...(((((...)))))......(((((((((..((((...((((((...........))))))......)))).((((.........((((......((((((((....))))))))......)))).......(((((((.(((((......(((((......((((......(((((.......)))))......)))).......)))))......))))))))))))..))))..))))))))).
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((.......))).......(((.......(..(....)......................(((((((((((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))........)))))))...))))))...........................)......)))..
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(....)..))))))...((((.....))))......((((((..(......(((((((.((.(((((...((((..(((..((.(((((((..(((((((.((((.((...((((((((....))))))))...)).))))....(((.((((......(((....(((....)))....)))....)))))))....)))).)))..)))))))....))..))).))))....))))).)).)))))))..)..)))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((...((((((.(((((....))))).)))..........)))..))))....(((((...)))))))))))))).(((((((((((((((((((((..((((.((...((((((((....))))))))...)).))))....(((.((((......(((....(((....)))....)))....))))))).)))).))))....)))))))..((((.((.(((....)))))..))))..))))))............
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(....)..)))))....((((.....))))))))..((((((..(.........(((((.(((......)))))))).((((((((((((((((((((((.((((.((...((((((((....))))))))...)).))))....((.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))).))))....)))))))..((((.((.(((....)))))..))))..))))))..)..)))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((...))))))))....((((.....))))))))..((((((((((((..(((((((((.(.((...).).))))))(((..(.((((((((((((((((((((((((((.((((((........)))))))).)))))))).))..(((((((..((.(...))).(((((((..)))))))...)))))))(((..))))))))))))))))))..)))....((((.(((...))).))))))))..)))))))))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (...................................................................................(.......)...(.(.........)).).((...........................................((.(....((((...(((....(...........)....)))..........(...........((....).)..........)..))))....)))..........))......
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.(....)..)))))....((((.....))))......((((((..(......(((((((.((.(((((...((((..(((..((.(((((((..((((((..((((.((...((((((((....))))))))...)).))))....((.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))).....))).)))..)))))))....))..))).))))....))))).)).)))))))..)..)))))).
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.........))))))...((((.....))))......((((((..(.........((((((.((......)))))))).(((((((((((((..(((((((.((((.((...((((((((....))))))))...)).))))....(((.((((......(((....(((....)))....)))....)))))))....)))).)))..)))))))..((((.((.(((....)))))..))))..))))))..)..)))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.........))))))..(((....)))(((....))).............((((.((((((.((......))))))))....(((((..............(((....))).(((((((......)))))))..)))))..((((..........))))......)))).(((.(((............))).(((.((........))))).((((........)))).....))).............((((....))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................



RNA: SRP_00171

GCUGGAGGCGGUGGCACGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUUAGGAGGCUGAGGCGGGAGGAUUGCUUGAGCCCAGGAGUUCUGGUCUGUAGUGCACCAUGCCCGUUGGGUGCCUGCACAAAGUUCAGCAUCAAUAUGGUGACCUUCCGGGAGCAGGGGACCAGCAGGUUUCCUAAGAAGGGGUGAACCGGCGCAGGUUGGAAAAGGAGCAGGUCAAAACUUCCAUGCUGAUCAGUGGUGGGAUCACAUCUGUGAAUAGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCAACUUAUUGAGACCCCGUCUCUAAA
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((..(((......)))..))....(((..........)))))).((((((((....(((.(...(((((((....((((..(((((((..(.((.(....((((((.((.(((.(.(.(((((((.(((.((.((..((((.(....).))))..)).)).)))..(...)..(((((.....(((.....((......)).....)))...))))).))))))).)..).)))))....)))))).).)).).)))))))..))))))))))).....).)))...))))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((((.((((.((((((((((..((((..((((..(.((((.((((((.....)))))).)))))..)))).)))).)))))).))))..))))..((((.(.(((((.(.(((.(((.(((....))).))).)))...)..))))).).))))..((((((.((((....((....)).((.(((((((((.....((((((.........)).))))...(((((((....((((....))))...)))))))...))))))))).))..))))..))))))))))))))).)
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................((.((((.....)))).)).....(......(((.....)))..((.(((.(...(((((((.(((.((.((..((((.(....).))))..)).)).)))......((((.((....))(((.....((......)).....)))....)))).)))))))....).)))))......)........................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((.((......((((((((....)))))..)))..(((((((((((((((((.((((....))))))))))..))))).(((((...(((((...)))))..)))))....)))))).((((((.((((.(((((.......((((((((....))))))))..)))))..)..))).((.(((((((((.....((((((.........)).))))...(((((((....((((....))))...)))))))...))))))))).))....))))))..)))))))))))..
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..................................................................................(((((..................)))))....)))))).............(((((.............................)))))............................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((..........))......((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......)))).....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((....))))..(((...(((.(((((........))))).)))...))).(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((......((((((.((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))..................((((....(((....)))....)))).........))))))).)..)))))))....))))))...)))))))))))).)))))))))))).....)))))...............
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.....................(((((.........(...........)......((((.....))))............................((((...................................))))((((((....)))))))))))..................................................((....))........((((....))))...)))))))).)))))))..............(((((...)))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................(((((........))))).((((((....(((.(...(((((((....((((..(((((((..(.((((.........................)).......((.((..((((.(....).))))..)).)).....((........))..........................((((.......(((((.............))))).....))))...)).).)))))))..))))))))))).....).)))...))))))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(.....(((....))).....).))))).............((((((((......(.....(((((((....((((..(((((((.(((.(((((.......((((((...(((.(((.(((....))).))).)))((((.....(((((((....)))))))..............)))).)))))).......)).))))))............(((...(((..(((....)))..))).....))))))))))..)))))))))))...).........))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((())........((((.((((((((((..(((.((((((.....)))))).)))((((.....)))).........((((..........))))(((((....((.(((.(((....))).))).)).......)))))(((((....))))))))))).........(((......)))...........((((.........)).))(((())))))))))))((((....))))...)))))))).)))))))..............(((((...)))))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........)))).....(((..........))).....((((.(.....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))....).)))).....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((......))))(((...(((.(((((.(....).))))).)))...))).(((((((.(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))...........((.....((((....(((....)))....))))...))....))))))).)..))))))))...))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).)))))...............
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((........((((..[[[[))))......((((.((((((.....)))))).))))........]]]]..(((((.(((((......[[[[)))))))))).......]]]].......(((...[[[[))).....((((((((....))))))))...]]]].(((..[[[[)))...]]]]....(((...[[[[[.....)))....]]]]]...((((...[[[))))..]]]...)))))))).)))))))..(((.........[[[[)))..]]]]....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((.((((.((((((((((..((((..((((....((((.((((((.....)))))).))))...)))).)))).)))))).))))..)))).(((((...(((((...(((.(((.(((....))).))).)))......)))))...))))).((((((.((((..((......)).((.(((((((((.....((((((.........)).))))...(((((((....((((....))))...)))))))...))))))))).))..))))..)))))))))))))))..
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((bb(((({{((((..((((((((((....((..((((.....(((.((((((.....)))))).)))aa..)))).))AA.)))))).))))...........................(((..((.........((.............(((((((....)))))))....................<<<...<<.......<<.<<)).......>>))>>)))..[[........((((....))))...))))]])).))>>)))>>>............((((.}}))))BB...
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((((....))))).)))..(((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))....))))))))...
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((........))).)))..(((((((.(..(((((((.(((((((....(((((.(((((((.(((((..((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....((((..(....)..(((....(((....)))....))).....)))).)))))))....))))))))...)))))))).)))))))))))).))))))))))))..)).)))))..)))))))).....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((.((((.((((((((((..((((..((((....((((.((((((.....)))))).))))...)))).)))).)))))).))))..)))).(((((...(((((.....(.(((.(((....))).))).)........)))))...))))).((((((.((((..((......)).((.(((((((((.....((((((.........)).))))...(((((((....((((....))))...)))))))...))))))))).))..))))..)))))))))))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((.((((..)))).((((((((((((........)))))........)))))))....(((((((....((((..(((((.(((((..........))))))))))......(((((((........((((((.((((....((((((((....)))))))).............))))...................))))))........))))))).(((((((....(((((..)))))...)))))))....)))))))))))..............)))))))))..
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((.((((((....(((.(.(((.(((((.(....).))))).))).).)))..)))....(((((((....((((..(((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....((((.((....))((((....(((....)))....))))....)))).)))))))....)))))))...)))))))...)))).)))))))..)))))))))))..))).)).................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((..(...)...)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))))...((((........)))).)).(((((....((.(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((..(...(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....((((.((....))((((....(((....)))....))))....)))).)))))))....))))))))...)))))).).))))))))))))))))))))))))).....)))))..))..)))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(...))))))))....(((..(...)...)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....((((........))))))).(((((....((.(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((..(...(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....((((.((....))((((....(((....)))....))))....)))).)))))))....)))))))...))))))).).))))))))))))))))))))))))).....)))))..))..)))))....
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))....................................((((....(((((((....(((((((((((((..((...............(((.........)))...(((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))................(((((....)))))...........(......)................))........(....)........))))))))))))))))))))......))))(((...)))......
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((.((((.((((((((((..((((..((((....((((.((((((.....)))))).))))...)))).)))).)))))).))))..)))).(((((...(((((.......(((.(((....))).)))((....))..)))))...))))).((((((.((((....((....)).((.(((((((((.....((((((.........)).))))...(((((((....((((....))))...)))))))...))))))))).))..))))..)))))))))))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((.((((.((((((((((..((((..((((....((((.((((((.....)))))).))))...)))).)))).)))))).))))..)))).(((((...(((((...(((.(((.(((....))).))).)))......)))))...))))).((((((.((((................(((((((((.....((((((.........)).))))...(((((((...(((((....)))).).)))))))...))))))))).....))))..)))))))))))))))..
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((.((((.((((((((((..((((..((((....((((.((((((.....)))))).))))...)))).)))).)))))).))))..)))).((((...((((((......((((((.......((((..(((((.......((((((((....))))))))..))))).....))))......))))))......)))))).......((((.((((..(((((((....((((....))))...))))))).....)))).))))))))...........)))))))))..
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((......)))........(((..........)))................(((.....(((((((..........(((((((............((((((....(((.....(((((((.(((.((((...((((........))))))))....))).........(((((.....(((.....(((.........))))))...))))).)))))))......)))......))))))........)))))))......))))))).......)))...............
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((..........))).....((((.......(((((....((((((..............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......)))).....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((.(((.((((((....(((.(.(((.(((((.(....).))))).))).).)))..)))....(((((((....((((..(((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....((((.((....))((((....(((....)))....))))....)))).)))))))....)))))))...)))))))...)))).)))))))..)))))))))))..))).)))...))...........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((.((((.((((((((((..((((..((((..(.((((.((((((.....)))))).)))))..)))).)))).)))))).))))..)))).(((((.(.(((((.(.(((.(((.(((....))).))).)))...)..))))).).))))).((((((.((((....((....)).((.(((((((((.....((((((.........)).))))...(((((((....((((....))))...)))))))...))))))))).))..))))..)))))))))))))))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((...((((.((((((((((..((((..((((....((((.((((((.....)))))).))))...)))).)))).)))))).))))..)))).(((((...(((((.......(((.(((....))).)))((.....)).)))))...)))))..)))))).....)).((....)).((.(((((((((.....((((((.........)).))))...(((((((....((((....))))...)))))))...))))))))).))........(((((...)))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((.((((.((((((((((..((((..((((..(.((((.((((((.....)))))).)))))..)))).)))).)))))).))))..)))).(((((.(.(((((.(.(((.(((.(((....))).))).)))...)..))))).).))))).((((((.((((....((....)).((.(((((((((.....((((((.........)).))))...(((((((....((((....))))...)))))))...))))))))).))..))))..)))))))))))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((((((..)))).))))))))))).(((....)))..((((((((((..(((((..))(((((..(..((((.((((((.(((((((......))))))))))))).(((..(((((......)))))..)))((((((...(((((((....)))))))..)))))).((..))......(((((((((((((........)))).))))).))))(((((((((....((((....))))...))))))).)).)))))))))))))))(((..))).))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(.............................................(((((.......)))))...(...........)).)..(......(((.(.......((((.((.(((.(...(((((((.(((.((.((..(((..(....)..)))..)).)).)).)........(((((......((.....((......)).....))....))))).)))))))....).)))))....))).)......................).)))..................)........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((..((...(((....))).))..(((...((.(((((....)))))...)).)))(((.(...(((((((.....(((..(((((((....((....((.(((((.((.(((.(...(((((((.(((.((.((..((((.(....).))))..)).)).)))......(..(((.(((.((..(........)....))......)))...))).))))))))....).)))))..))).)).))..))...)))))))..))).))))))).....).)))....)))...)....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((.((((.((((((((((..((((..((((..(.((((.((((((.....)))))).)))))..)))).)))).)))))).))))..)))).(((((.(.(((((.......(((.((......)).)))..........))))).).))))).((((((.((((....((....)).((.(((((((((.....((((((.........)).))))...(((((((....((((....))))...)))))))...))))))))).))..))))..)))))))))))))))..
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((..(((......)))..)).....((..........)).....((((((((............(((((((....((((..(((((((............((((((....(((.....(((((((.(((.((.((..((((........))))..)).)).))).(((......)))....(((((....)))))....((((..........)))).)))))))......)))......))))))........)))))))..))))))))))).............))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((.((((.((((((..((..((((..((((....((((.(((((.......))))).))))...)))).)))).))..)).))))..)))).(((((...(((((.......(((.(((....))).)))((.....)).)))))...))))).((((((.((((....((....)).((.(((((((((.....((((((.........)).))))...(((((((....((((....))))...)))))))...))))))))).))..))))..)))))))))))))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((.((((........)))).(((((....))))).(((....))).(((((.....))))).....((((.....))))..(((((.(((((..........))))))))))..........((((.....))))....(((.......)))..))).(((((.((((.....))))....(((((....)))))....((((((((.........)).)))....(((((((....((((....))))...)))))))...))).)))))...........((((.....))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...((((........)))).(((((....))))).(((....))).(((((.....))))).((((......)))).((..{{{{{.{{.))..(((.....)))}}}}}}}..((((....((((.....)))).((((((.......))).(((....))).((((....)))).....(((((....)))))...)))[[[[[[.....))))]].]]]]...(((((((....((((....))))...)))))))...<<<)))..>>>.........((((.....))))....



RNA: SRP_00228

GCCGGGCAUUGUGGCGCAUGCCUGUAAUCCAGCUGCUUGGAGGCUAGAGAUGUUGAAUGGCUUGAGGUGUGGAUUCCUGAUGGCGGUCGUGCUAUGUCGAUCGGGUGUCCGCGCUAAGUCGGGCGUCAAUAUGGUGCCUUAAGAGGAGUCUCGAGUCACCAGGUUGGUUAAAGAGGAGCGUACCGGCCCAGGGUGGAAACACAGCAGGCAAAAGCUCCCGCGUUCGACAGUAGUGGGAUAGCACCUGUGAAUAGACGGCCGUCAACAGCCAUGCCAAGAUAGUCGAACUCAUCUCUCUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((........)))))).(((((((.....(((((...(((((((....(((.((((((((((......(....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).(...)..(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))).).....)))))))))).)))))))))).....)))))....)))))))......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................(((...(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((.....(.((....(((....)))....)))....))))).)))))))....)))))))...)))))))......)))..............................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((........))))).....(((((....)))))))).(((((((.....(((((...(((((((.((.....((((((((((.((((.(((..((((((((((((((..(((((((((........(((((...(((....)))...(((((.(((((((.............)))))))...))))).........))))).........)))))))))))).))))....))))))))))))))))))))))))..))))))))).....)))))....)))))))......
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........))))))).........................................(((((((....((((((((((((((...........(((((((.........(((((((((.....(((((((((............))))))))).............(((((.............(((....)))...........))))).)))))))))............))))))).......)))))))))))))))))))))...........................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((........))......((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......)))).......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))..(((.((((.......))))..))).......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....))))).................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...((((......))))....(((((((.....(((((...(((((((....(((.((((((((((.((((.(((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((.(((..(((....)))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))))))))))))))))))).)))))))))).....)))))....)))))))......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((((....))))).....((((((......((((...(((((((....(((.((((((((((.((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))).).)))))))))))))).)))))))))).....)))).....)))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((........)))))).(((((((......((((...(((((((....(((.(((((((((..((((.(....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))).).)))).))))))))).)))))))))).....)))).....)))))))......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(.....))))))))...(((((....))))).)).(((((((.....((((((..(((((((....(((.((((((((((.((((.(((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((.(((..(((....)))))).))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))))..)))))))...)))))))))))))))))))))))).))))))))))..)..)))))....)))))))......
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........)))).........(((.......)))..(((.((.....(((((((.(((((((....(((((((((((((..((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))).))))))))))))))))))))..)).)))))....)).))).......
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))....((((......))))................(((((...(((((((....(((((.((((((((.((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))).)))))))))))).....))))).................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((....(((....)))........[[[)))))))..]]](((((((.....(((((...(((((((....(((.((((((((((.((((......(((((((...(((((.(((((((((((((.(((((.....(((....))).....))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..))))).....)))))))...)))))))))))))).)))))))))).....)))))....)))))))......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((...))))))))....(((((....)))))))).(((((((.....(((((...(((((((....(((.((((((((((.((((.(((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))))))))))))))))))).)))))))))).....)))))....)))))))......
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))....((((......))))))).(((((((......((((...(((((((....(((.((((((((((.((((.((...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))).)))))))))))))))).)))))))))).....)))).....)))))))......
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....((........)).)))..(((((((.(..(((((((.(((((((....((((((((((((((.((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..))))))...))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((......))).)))..(((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))......(((..(....)..(((....(((....)))....))).....)))..)))))))))..)))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..))))))).....)..
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.((...)))))))))...((((......))))....(((((((.....(((((...(((((((....(((.((((((((((.((((.(((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))))))))))))))))))).)))))))))).....)))))....)))))))......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((((....)))))....(((((((.............(((((((....(((.((((((((((.............((((((((........)))))))).....(((((..........((((....(((((.(((((((.............)))))))...))))).........))))......(((((([[[[[[[....))))))..))))).........)))))))))).))))))))))......]]]]]]].)))))))......
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.((...)))))))))...((.((((.......)))).))..........((((...(((((((....(((.((((((((((.((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(.((......)))..................(((....)))...)))))))....)))))))...)))))))...)))))))))))))).)))))))))).....))))..................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))).((....(((.((((.(...).))))..)))....))...))))).(((((((....(((((.(((((((............(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(..((((((....))))))..).))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))........))))))).))))))))))))...........................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))......
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........))))))..........(..(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))..)..............
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))......
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........))))))..........(..(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))))))))))))..)))))))...))))))).).))))))))))))))))))))))))).....)))))..)..............
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((..........)))).....(((........)))))).............(((((...(((((((....(((((((((((((..((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.((((((...).(((....(((....)))....)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...)))).)))))))))))))))))))).....))))).................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.[[[[[..))))))).......]]]]]..(((((..(((((((.....(((((...(((((((....(((.((((((((((.((((.(((..(((((((((.(((((.((((..(((((((.(((((.((..(((....)))..)).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))))..)))))))...)))))))))))))))))))))))).)))))))))).....)))))....)))))))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.((...)))))))))...(((((....)))))....(((((((.....(((((...(((((((....(((.((((((((((.((((.(((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))))))))))))))))))).)))))))))).....)))))....)))))))......
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((((....)))))....(((((((.....(((((...(((((((........((((((((((.((((......(((((((...(((((.(((((((((........(((((................(((((.(((((((.............)))))))...))))).........))))).........)))))))))..))))).....)))))))...))))))))))))))....))))))).....)))))....)))))))......
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((((....)))))....(((((((.............(((((((........(((((((((..((((......(((((((...(((((...(((((((((((.(((((.....(((....))).....))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))....))))).....)))))))...)))).)))))))))....)))))))..............)))))))......
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((........))).....((((.......(((((....((((((..............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......)))).......
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......)))(((.....(((........))))))...............))))).(((((((....(((((.(((((((..((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(..((((((....))))))..).))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...)))).))))))).))))))))))))...........................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((.(.....)))))).....(((((....)))))))).(((((((.....(((((...(((((((....(((.((((((((((.((((.(((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((.((..(((....)))..)).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))))))))))))))))))).)))))))))).....)))))....)))))))......
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.........................))))))).((..(((((((((((....(((..(((((((....(((.((((((((((.((((.(((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((.((..(((....)))..)).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))))))))))))))))))).)))))))))))))....))))...)))))))...)).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((.....)))))))....(((((....)))))))).(((((((.....(((((...(((((((....(((.((((((((((.((((.(((..(((((((((.(((((.((((..(((((((.(((((.((..(((....)))..)).))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))..))))..)))))))...)))))))))))))))))))))))).)))))))))).....)))))....)))))))......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((.((((((......)).).))))))))))))(((..((((((((..((..(((..)))..)).((((((((((((((((((.((((.((.(..((.(((((.(((((.(((((((((((((((((((((((..))))..........))))))))))........(((((.(..(.(((((((((((..))))))))))))..)))))).)))))))))..))))))))...))))..)))))))))))))))))))))................)))))))))))))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(...............................................................).....(.......((((...((.....((.....((((..(((.(((((.....(((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))......)))))))...)).)).)..................))..)..)........)))).............)...
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((........)))))))...)..((((.......)))).(.(........(((((...(((((((.....((...(........((((...(...((((((((.(((((.....(((((((((.(((((..((.(((....))).))..))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))......)))))))...)))))).)..)))).).........)).))))))).....)))))..........).)....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((.(.....)))))).....(((((....)))))))).(((((((.....(((((...(((((((....(((.((((((((((.((((.(((..(((((((((.(((((.((((..(((((((.(((((.((..(((....)))..)).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))))..)))))))...)))))))))))))))))))))))).)))))))))).....)))))....)))))))......
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...((((......))))....(((((((.....(((((...(((((((....(((.((((((((((.((((.((...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))).)))))))))))))))).)))))))))).....)))))....)))))))......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((.(.....)))))).....(((((....)))))))).(((((((.....(((((...((..(((....(((.((((((((((.((((.(((..(((((((((.(((((.((((..((((((..(((((.((..(((....)))..)).)))))..)))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))))..)))))))...)))))))))))))))))))))))).))))))..)).....)))))....)))))))......
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((((....))))).((((...........)))).....((((.((((((((((...(((((........))))).((((....))))..))).((((((.....)))))).....))))))).....(((((.(((((((.............)))))))...)))))..))))....((((.....((((((...........))))))......((((((...........)).))))...)))).((((((.....)).))))........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.{{{{..))))..}}}}......(((((....))))).((((....aaaaa..))))..((((((..(((((((.((((.<<<<<..))))..>>>>>.((((....)))).....(((((((.....)))))))....))))))).(((.(((((.(((((((.............)))))))...))))).....AAAAA((((.....((((((..[[[.[[[..))))))......]]]]]].....................)))).......)))....)))))).......



RNA: SRP_00247

GCUGGGAGUCGUGGCGUACUCCUGUCAUCCGGCGACUCGGAGGCUGAUGUGUGAGGAUGGCUGCGACCGGGAGCCAACCGGCACCUCUGCGCUCAUGGCGAUCGGGCGUCCGCACCGGGCUUGCCAUCAACAUGCGCCCUCUGGAGGAGUCCGGGCGGGUGCAGGUUGGCUAAGGAGGGGCGCACCGGGUCAGGGAGGCAACUCAGCAGCCAAAAGCUCCCGUGGCGAGCGGUGGUGGGAUCGCGCCCGAGAGUGAGGGCACGGUGCCGGCCCGGGUCGUCCAGCCAGACCGCCCAUCAAAACAUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((........)))))).......)))...(.((.(((.(.((.((((((.((.........(((.(((....))).)))......((.(.((..((((((((((.(((((.(((((((((((((.((..((.((((((....)))))).))...)).)))).(...)..(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))))..)).).))........)).))....)))).)).)......)))..)).)........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))(((.(((((....))))))))(((((.(((....((((((((((((((......((((((((...((.(((((.....((((((((...((((..(((((((((((((..((((((((((((....)))))).))))))..)))).....((((.((....)).(((....(((....)))....))).....)))).)))))))))...)))).....))))))))..))))).))..))))))))))))).))))..)))))...))).))))).........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((........))......((((.......(((((...((((((......((((((((..(((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....)))))).))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))).))).)))))))))))).)).....)))))......))))...........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(...(((((((...................)))))))....).(((((.((..((.((((((((((((((......((((((((..(((.(((((..(..((((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....)))))).))))))).))))........(((((.......(.....(((....))).....).....))))).)))))))))..)))))))...))))))))).))))).))).)))))))))))).))))..))))))..)))).))))).........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....((((......))))...........(....(((.......((((.......(((((((...((.(((((.....((((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....)))))).))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....)).))))))))))))..)))))))...))))))))..))))).))..))))))).))))..........)))...).................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........)))))).......)))...........(((((.(((....((((((.(((((((......((((((((..(((.(((((.....((((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....)))))).))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))))..))))).))).))))))))))))).))...))))))...))).))))).........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...)).))))))....(((((....))))))))(((((.((..((.((((((((((((((......((((((((..(((.(((((..(..((((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....)))))).))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))))).))))).))).)))))))))))).))))..))))))..)))).))))).........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........)))).....(((........))).....((((.(.....((((((.(((((((......(((((((((.(((..((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....)))))).).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))).).)))))))))))))))).))).)..)))))....).))))...........
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((..[[[[)))))..)))).....]]]]..(((((.(((....((((((((((((((......((((((((..(((.(((((.....((((((((...(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....)))))).))))))).)))).....((((.(((.............(((....)))....))).....)))).)))))))))..))))).....))))))))..))))).))).))))))))))).)))))..))))))...))).))))).........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((((((...((....))...)).)))))))...))).((((.(((....(((((((((((.((.(((....((((((..(((.(((((.....((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....)))))).))))))).)))((((...(((..((...((......))...))..)))...))))..........)))))))))..)))))))...))))))))..))))).))).))))))))))).)))))..))))))...))).))))..........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((([[......))))))(((.(((((]]..))))))))(((((.(((....((((((((((((((......((((((((..(((.(((((.....((((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....)))))).))))))).))))........(((..((....(((....(((....)))....)))....)).))))))))))))..)))))))...))))))))..))))).))).)))))))))))).))))..))))))...))).))))).........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....((........)).))).((((..((.(..((((((.(((((((......((((.((((.((.((((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....)))))).))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))))).))))))).)))))))).))..).)))))..)))).)))...........
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((((.((...((....))...))..))))))...))).((((.(((....(((((((((((.((.((....(((((((..(((.(((((.....((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....)))))).))))))).)))((((...(((..((...((......))...))..)))...))))..........)))))))))..)))))))...))))))))..))))).))).))))))))))).)))))..))))))...))).))))..........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........)))))........((((((((((.((((............{{{{{{{.......))))..((((((((....(((((.......((((((((...(((((.(((((((((.....((((((((.......((((.[[[[[[.........)))).....))))))))........(((((........}}}}}}}....))))))))))))))..))))).....))))))))))))).......)))))))).))))))))))))))....]]]]]].............
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((((...).))))))).((((((((....((((((..((((((......((((((((..(((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....)))))).))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))).))).)))))))))))).)))....)))))...))))))))..........
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....((((((..((((((......((((((((..(((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....)))))).))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))).))).)))))))))))).)))....)))))...))))))))..........
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((((((...((....))...))).))))))...))).((((.(((....(((((((((((.((.(((....((((((..(((.(((((.....((((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....)))))).))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))))..))))).))).))))))))))).)))))..))))))...))).))))..........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((((((..(((....)).).)).)))))))...)))(((((.(((....(((((((((((.((.((....(((((((..(((.(((((.....((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....)))))).))))))).)))((((...(((........................)))...))))..........)))))))))..)))))))...))))))))..))))).))).))))))))))).)))))..))))))...))).))))).........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.....((((.......((((((((((....)))))...))))).....(((((((.....(((((......((((((((......(((((.....((((((((((((.((((...((((.(((((.(((((((((((((....)))))).))))))).))))).........))))..))))(((((((((...................))))).))))..))))..........))))))))..))))).....)))))))))))))))))))).)))).....))))............
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((........))).....((((.......(((((....(((((.....(....).....................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))...)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))......................)))).)......)))))......))))...........
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((((.(.((((....)).)).).)))))))...))).((((.(((.(..(((((((((((.((.(((....((((((..(((.(((((.....((((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....)))))).))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))))..))))).))).))))))))))).)))))..))))))..)))).))))..........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((...)).)))))).((((.((((.........))))....)))))).(((((((((((.((.(((....((((((..(((.(((((.....((((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....)))))).))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))))..))))).))).))))))))))).)))))..)))))).....................
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((((.(.((((....)).)).).)))))))...)))(((((.(((.(..(((((((((((.((.(((....((((((..(((.(((((.....((((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....)))))).))))))).)))).....((((.(((((.((......))(((....))).)).))).....)))).)))))))))..)))))))...))))))))..))))).))).))))))))))).)))))..))))))..)))).))))).........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.(((((..((((((((((((....((((..))))....((..)))))))))..((......))(((((((((((((((((..........).))).........(((((((...((......))...((((..)))))))))))..)))))))))))))...)))))((((((.(((((((.((.((((......)))(((((...(((.((..)))))..))))).....((.(((((......))))).))..))))))))))).)))))))))))))).))))..((((..))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(.............................................(..((....))..)....(...).)......(.....(...(......(.....((((...((.(((((...(((((((((((.(.((.(((..(((....))))))....))..)))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))....).)).).................).......)........)......).................
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((((.....((....))......)))))))...)))(((((.(((.(..(((((((((((.((.((....(((((((..(((.(((((.....((((((((((.(((((.((((((((.((((.(((((((((((((....)))))).))))))).))))...................(((....(((....)))....)))...........))))))))..)))))))...))))))))..))))).))).))))))))))).)))))..))))))..)))).))))).........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((((((...((....))...)).)))))))...))).((((.(((....(((((((((((.((.(((....((((((..(((.(((((.....((((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....)))))).))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...))))))))..))))).))).))))))))))).)))))..))))))...))).))))..........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((..........)))))..((((.(((.........)))))))........(((((((..((((.......))))......(((((((.(((((.((((((....)).))))...))))).((((..((((((((((((....)))))).))))))..)))).........)))))))..((((..........)))).)))))))...((((.......))))..(((((((.((((........))))((((.((....)))))).((((.........)))).))))))).........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((bbbbbb...)))..BBBBBB(((....)))...(((.....)))..(((..((((((((....<<<<.))))).>>>>..(((((.(((.....))).((((((....)).))))....((((......(((((((((((((....)))))).)))))))...))))...)))))....((((((((..[[[[.[[.))))....((((...]]]]]].))))....{{{))))...((((}}}.....))))((((.((....)))))).aaaa.))).....AAAA..........)))....



RNA: SRP_00252

GCUGGGUUGGGUGGCGCCAACUUGUAACGGGUAUGCUUCUGCUCGGGUAGUAAGGUGUGAGGGUUGUGGCAUGCGUUGUGUUGUCACUAUCCCCAGGAUGUGGAAGGCGCGUCCAUCUCAAACCAGGAGUCGACAUUGGGACAUUGUCGUAAGACACUGUACCGAGGUCACUAAGGAAUGGUGAACUGCCCCAGGCUGGAUAACAGAGCAGGGAAAAGCCCUCGCUCUUGGUAGUGGGAGGAUCUCGUGCCAGAAUUCUGACGUGCUAACGCAUCGCUGCAAGCCGCAAUUCGAUCACCUUGCGAUUACAUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....((((((.(..).)))))))))......(..((.((((.((.(..((..(((((.((.......(....(((..(....((((((.((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..(...).(.(((....(.(((....(((.....)))....))).)..))).).)))))))))..)))))))....))))))..)..)))...)...........)).)))))..)).....).)).))))..))..).......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (...((((((......))))))(((((((((((......))))))....((((((((...((((((((((..(((.(((((((.(((..(((.(.....).))).(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........(((......(((....(((.....)))....)))....)))...)))))))))..))))))))...))))))...........))).))))))).))).....))))))))))...))))))))..)))))...)
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......))))))(((((((((((......))))))....((((((((...((((((((((..(((.((((((..(((.((((...))))..(((((((((((((.(((((..((((..(((((((.........))))....))).(((........(((((.......))))).......))).))))...(((((((((((.....)))).)))))..))..))))))))...))))))....))))...)))..)))))).))).....))))))))))...))))))))..)))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((............))......((((......(((((...(((((((..((((((((...(((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))))))))).....)))))))...)))))......))))............
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))....((((((......)))))).((.((((((((...((((((((((.((((.(((((((.(((......((((((......(((((((((.(((((.(((((((((.(.(.((((.(((.((((....)))).))).)))).)(((((.......))))).....(((...(((.....)))....))).........))))))))))..))))))))...))))))...))))))..))).))))))).)))...).))))))))))...)))))))).))........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......))))))).....((............)).......((((((...((((((((((....(.(((((((.(((.......((((.......((((((.((.(((((.(((((((((.(((...((.(((.((((....)))).))).))...)))..........................(((.....))).................)))))))))..)))))))....))))))....))))...))).))))))).).......))))))))))...)))))).............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((((......))))))(((.((((((((...((((((((((..(((.(((((.........(..((((((......((((((.((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........(((....(.(((....(((.....)))....))).)..)))...)))))))))..)))))))....))))))...))))))..).....))))).))).....))))))))))...)))))))).))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))....((((((......)))))).((.((((((((...((((((((((.((((.(((((((.(((......((((((......(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)((((((.....)))))).....(((.(.(((.....)))..).)))........)))))))))))..))))))))...))))))...))))))..))).))))))).)))...).))))))))))...)))))))).))........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........)))).......................((((.(..((((.(.((.(((.(.(..(...((.((((.(((.((...(..(((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).)))).......(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))..))).)))).))..).......)).))).))..)))))..)....))))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))(((.[[[[[[)))...]]]]]]....((((((((...((((((((((.((((.(((((((.((((((((...))))).(((((((((((((.(((((.(((((((((..........(((.((((....)))).)))...((((((((((.....))))))....(((....(((.....)))....)))......)))))))))))))..))))))))...))))))....))))...))).)))))))....)))).))))))))))...))))))))...........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......)))))).(((.((((((......))))))....((((((((...((((((((((..(((.(((((((.(((......((((((......(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).))).....((...(((.....)))))...(((.....)))...((((.....)))).)))))))))..))))))))...))))))...))))))..))).))))))).))).....))))))))))...))))))))...))).....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))....((((((......))))))....((((((((...((((((((((.((((.(((((((.(((.(((..[[[)))......(((((((((.(((((.(((((((((......(((.(((.((((....)))).))).)))...((((.........)))).........................((((.....)))).)))))))))..))))))))...))))))......]]]..))).))))))).))...)).))))))))))...))))))))...........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....((..(........))).)))....(((.....(((.((.((.(((...(((((((.(((.....(.(((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).))).....((((...(.....((((....(((.....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...)))))))))))))..)))).))))))))......))).)).)).))).....))..........)....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))....((((((......))))))....((((((((...((((((((((.((((.(((((((.(((.((((...))))......(((((((((.(((((.((((((((.((...((((.(((.((((....)))).))).))))..((((((.....))))))...........(((.....)))...((((.....))))))))))))))..))))))))...))))))...........))).)))))))...).))).))))))))))...))))))))...........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......))))))(((((((((((......))))))....((((((((...((((((((((((((((((...(((((.(((((...))))).....(((((((((.(((((.((((((((.(((((.........))))).............(((((((((((.....)))))).((((......(((.....))).))))........)))))))))))))..))))))))...)))))).......)))))...))))))))........))))))))))...))))))))..)))))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((....(...)...)))))).((((((((...((((((..(((((((..((((((((...(((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((.....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...)))))))))))))))))).....))))))))..)))))...))))))))...........
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((....(...)...)))))).((((((((...((((((..(((((((..((((((((...(((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((.....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...)))))))))))))))))).....))))))))..)))))...))))))))...........
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((.(......).)))).....(((....(...)...)))))).(((((.((...((((((..((.((((..(((.((((...((((...((((......(((((((((.(((((.((((((((.((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((.....)))..).)))....)))))).))))))))..))))))))...))))))...))))..)))))))).))).....)))).)))..)))))...)).)))))...........
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((((......)))))))....[[[[[[.))...]]]]]]....((((((((...((((((((((..(((.(((((((.(((..(((.((...)).))).(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........(((......(((....(((.....)))....)))....)))...)))))))))..))))))))...))))))...........))).))))))).))).....))))))))))...))))))))...........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((..[[[[)))))))....((((((]]]]..)))))).(((((((((((...((((((((((.(((..(((((((.(((.((((...))))..(((((((((((((.(((((.((((((((.((...((((.(((.((((....)))).))).))))..((((((.....))))))...........(((.....)))...((((.....))))))))))))))..))))))))...))))))....))))...))).))))))).....))).))))))))))...))))))))...))).....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((((......))))))....((((((((...((((((((((.((((..................((((((......((((((....(((((.(((((((((.....(((((....((((....))))...........((((((.....)))))).....)))))...............((((.....)))).)))))))))..)))))......))))))...))))))..((((....))))...)))).))))))))))...))))))))...........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((............))).....((((......(((((....((((((..(((((........((...((((......(((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..))).....(.(((((......(((....(((.....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...))))..)).....))))).....))))))....)))))......))))............
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......))))))(((((((((((......))))))....((((((((...((((((((((.((((.(((((((.(((..(((.(.....).))).(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........(((......(((....(((.....)))....)))....)))...)))))))))..))))))))...))))))...........))).)))))))....)))).))))))))))...))))))))..)))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.(((((......)))))......((((((......))))))..))).((((((...((((((((((..(((.(((((((.(((..(((.((...)).))).(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........(((......(((....(((.....)))....)))....)))...)))))))))..))))))))...))))))...........))).))))))).))).....))))))))))...)))))).............
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))((((((((((......))))))....((((((((...((((((((((..(((.(((((((.((((((((...))))).....(((((((((.(((((.(((((((((.......((.(((.((((....)))).))).))((((((((((.....)))))).((.(((....(((.....)))....)))...)).)))))))))))))..))))))))...))))))...........))).))))))).))).....))))))))))...))))))))..)))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((..)..))))))(((((((((((((((........))))).((.((..)).))..((((((..........)))))).).)))(((((((((..(((((..(((.(((((..(((((((((((..)))(((((((((((..))))))))).))(((((((((((..)).)))))))).)((((((((((...))))))).)))(((..)))..))))))))...))))))))........((((..)))).))).))..)))))).)))((((((........)..).))))..))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(................................................................................................................(((.......))))..............((((......(.(.......(....(.((......((......(............((..((..((((.(......))).)))...).........((...............))....))......)......))..))..))...)...)......)))).........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......)))))).(((.((((((......))))))....((((((((...((((((((((.(((..(((((((.((..(((.....)))......(((((((((.(((((.((((((((..(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........................(((.....)))..................))))))))..))))))))...))))))............)).))))))).....))).))))))))))...))))))))...))).....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......)))))).((((((((((......))))))....((((((((...(..(((((((..(((.(((((((.(((.((((...)))))))...(((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.((((....)))).))).)))).)))..........(((......(((....(((.....)))....)))....)))...)))))))))..))))))))...))))))...............))))))).))).....)))))))..)...))))))))..)))).....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))........((((((.((((....))))...)))))).((((.((((((.((.....)))))))).(((.....))).((((.......)))).(((...((((.........)))).....((((....)))).......))).((((((.....))))))...))))..((((.......(((((((((.....)))).)))))..((((((..(((((.((......)))))))....(((....))).)))))).)))).......((((.......)))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((..bbbb)))))).....((((((..[[[[))))))...))).......]]]]...((((((..BBBB....)))))).(((.....))).((((.{{{{..)))).(((...((((..aaa....)))).....((((....)))).......))).((((((.....))))))..AAA}...(((((((.....((((((((.....)))).)))).(((((.((((.....)))))))))....)))}}}((((....))))....<<<)))).......((((....>>>)))).......



RNA: SRP_00253

GCCGGGUUGGGUGGCGCCAACUUGUCACGGAUACGCUUCUGUCCGGGUAGUAAGGUGUGAGGGCUGUGGCAUGCGUGGUGGUGUCACUAUCCCCAGGAUGUGGAUGGCGCGUCCAUCUCAAACCAGGAGUCGACAUUGGGACAUUGUCGUAAGGGACUGUACCGAGGUCACUAAGGAAGGGUGUACCGCCCCAGGCUGGUUAACAGAGCAGGGAAAAACCCUCGCUCUUGGUAGUGGGAGGAUCUCGUGCCAGAAUUCUGAUGUGCCGCUACUACGCUGUAAGCCACAGUUCGAUCACCUUGCGUAACACCUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....((((((.(..).))))))))).....(.((((.(((..((.(..((..(.((((((.......(....(((..(...(((((((.((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.(.((....)).).))).)))).)))..(...).(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....))))))).)..)))...)...........)))))).)..)).....).))..)))..)))).).......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((((((......))))))))...((((((......))))))....((((((((...((((((((((..(((((((((((.(((......((((((.....((((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((..(((......)))))).)))).)))........(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))...)))))))..))))))..))).))))))))))).....))))))))))...))))))))...........)
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((((......))))))(((.((((((((...((((((((((..(((((((((((.(((......((((((.....((((((((((.(((((((((((.(((.(((.((.(((((..(((......)))))).)).))))))))......(((((...)))))....)))))).(((((((((((.....)))).)))))..))..))))))))...)))))))..))))))..))).))))))))))).....))))))))))...)))))))).....)))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......)))))......(((............)))........((((.......(((((...(((((((((((((((.(((...(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))))......)))))...................))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((((......))))))....((((((((...((((((((((..(((((((((((.(((.((...((((((.....((((((((((.(((((.((((((((((((((.((...)).))))).....((((.......)))).........((((.............(((.....)))...........))))..)))))))))..))))))))...)))))))..))))))))))).))))))))))).....))))))))))...))))))))............
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((((......)))))).....(((((((...((((((((((..(((((((((((.(((......((((((.....((((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.(.((....)).).))).)))).)))..........((.......(((....(((.....)))....))).....))...)))))))))..))))))))...)))))))..))))))..))).))))))))))).....))))))))))...))))))).............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((((........)))))))).((((((((...((((((((((..(((((((((((.(((........(((..(...(((((((.((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.(.((....)).).))).)))).))).........(((.......(((....(((.....)))....))).....)))..)))))))))..)))))))....))))))).)..)))...))).))))))))))).....))))))))))...))))))))............
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((......))))))))...((((((......)))))))...((((((((...((((((((((..(((((((((((.(((.((...((((((.(...((((((((((.(((((.((((((((((((((.((...)).)))))..((.((((.......)))).)).....(((((.......(((.(.(((.....)))..).)))....))))).)))))))))..))))))))...)))))))).))))))))))).))))))))))).....))))))))))...))))))))............
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........)))).....(((...........).))......(((.(....(((((..(((.((((((((((((.(...((....(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).)))).......(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))).))..).))))))))))).)...)))..)))))....).)))..............
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((((......))))))(((.((((((((...((((((((((..(((((((((((.(((......((((((.....((((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((..(((......)))))).)))).)))........(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))...)))))))..))))))..))).))))))))))).....))))))))))...)))))))).....)))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......)))))))).(.((((((......)))))))...((((((((...((((((((((..(((((((((((.(((.(((...(((((.....((((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((..(((......)))))).)))).)))........(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))...)))))))..))))))))))).))))))))))).....))))))))))...))))))))............
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((((......))))))....((((((((...((((((((((..(((((((((((.(((.((...((((((.....((((((((((.(((((.((((((((((((((.........))))).....((((.......))))........(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))...)))))))..))))))))))).))))))))))).....))))))))))...))))))))............
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....((..(........))).)))..((((((.(..(((((.((((((((.((.(((((.(((.....(((((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).))).....((((...(.....((((....(((.....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))))).)))).))))).)).)).))..)))).)))))..))).........))).)....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((((......))))))....((((((((...((((((((((..(((((((((((.(((.((...((((((.....((((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((..(((......)))))).)))).))).........(((((...)))))....(((.....)))...((((.....)))).)))))))))..))))))))...)))))))..))))))))))).))))))))))).....))))))))))...))))))))............
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((((......))))))(((.((((((((...((((((((((..(((((((((((.(((..(((([[[[[[.....[[[[[[[[[[.[[[[[.[[[[[[[[.(((((.........))))).............[[[[[...........(((((...)))))....(((.....)))....)))).....]]]]]]]]]]]]]..]]]]]]]]...]]]]]]]..]]]]]]..))).))))))))))).....))))))))))...)))))))).....)))....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((....(...)...))))))....((((((((....(((((...(((((((((((((((.(((...(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((.....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...)))))))))))))))))))))))......)))))................))))))))...
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((....(...)...))))))....((((((((....(((((...(((((((((((((((.(((...(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.((((((...).(((...((((.....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...)))))))))))))))))))))))......)))))................))))))))...
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((.(......).)))).....(((....(...)...))))))....(((((.((....(((((...(((((((((.(((((.((.....((((......(((((((((.(((((.((((((((.((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((.....)))..).)))....)))))).))))))))..))))))))...))))))...))))..))))))).)))))))))......)))))................)).)))))...
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((((......))))))....((((((((...((((((((((..(((((((((((.(((......((((((.....((((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((..(((......)))))).)))).)))........(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))...)))))))..))))))..))).))))))))))).....))))))))))...))))))))............
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.(...))))))))).(.((((((......))))))).(((((((((((..(((((((((((((((((((((((.(((.(((...(((((.....((((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((..(((......)))))).)))).))).........(((((...)))))....(((.....)))...((((.....)))).)))))))))..))))))))...)))))))..))))))))))).))))))))))).))..)))))))))).).)))))))).).)........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((((......))))))....((((((((...((((((((((..(((((((((((..........((((((.....(((((((...((((..((((((....(((((.........))))).....((((.......)))).........(((((...)))))....))))))...(((((((((.....)))).)))))...........))))..)))))))..))))))......))))))))))).....))))))))))...))))))))............
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((............)))...................(((((....((((((((((.....((.....((((......(((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..))).....(.(((((......(((....(((.....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...))))..))....)))))))))).......)))))...........................
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((((......))))))....((((((((...((((((((((..(((((((((((.(((......((((((.....((((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.(.((....)).).))).)))).)))........(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))...)))))))..))))))..))).))))))))))).....))))))))))...))))))))............
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.((((((......)))))).....((((((......)))))))).(((((((((...((((((((((..(((((((((((.(((.(((...(((((.....((((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((..(((......)))))).)))).)))........(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))...)))))))..))))))))))).))))))))))).....))))))))))...)))))))........))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((((((......)))))))).).((((((......))))))(((.((((((((...(..(((((((..(((((((((((.(((......((((((.....((((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.(.((....)).).))).)))).)))......(.(((((......(((....(((.....)))....)))....)))))))))))))))..))))))))...)))))))..))))))..))).))))))))))).....)))))))..)...)))))))).....)))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((..)..))))))))..(((((......)))))..((((.((((((((((((((((((((((...((.((((.(.(((.((((...))))))).(((((((((((.(((((..(((((((((((((.........))))).((((.((((.(....(((((((((..)).)))).)))...)))))))))....(...).(((((...))))).))))))))...))))))))........((((..))))).))))))).)))))))..).).))))))))))))))))))))...)).))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(......................................................................................................(.....)...(((.......))))........(......((...(.............(..((..(........(..(..(....(.(...(.....(.(....................).)...........(.................)..)..))..)...)..).......)..))..)...)........)).....).....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((((......))))))....((((((((...(..(((((((..(((((((((((.(((......((((((.....((((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((.(.((....)).).))).)))).)))........(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))...)))))))..))))))..))).))))))))))).....)))))))..)...))))))))............
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((......))))).....(((((......)))))))))...((((((((...(..(((((((..(((((((((((.(((......((((((.....((((((((((.(((((.(((((((((.(((.((((.(((..(((......)))))).)))).)))........(((((......(((....(((.....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))...)))))))..))))))..))).))))))))))).....)))))))..)...))))))))............
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((((......))))))........((((.(((....(((((((........))))))).(((.....))).(((((.....))))).))).(((((.....(((((.........))))).....((((.......)))).........((((.....)))).....)))))....((((((((.....)))).)))).(((((.((((.....)))))))))......(((.(((.......))).((((.....)))).....)))..........))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((...((((((...aaa))))))....(((((...[[[[.))).....))AAA..]]]].(((((((....{{{{)))))))((((.....)))).((((.....)))).((((((.........<<<<<))))))...>>>>>.((((((((.......))))......((.((((..bbb))))......BBB.....((((((((.....)))).)))).(((((.((((.....)))))))))....)).((((((.}}}}..))).((((.....))))....))).)))).......))))...



RNA: SRP_00257

AUCCGGCUGUAUGCUCCUCGGGGUAUGCAGCUGUAACCGUAAGGGGAAAGCAAAGUAAUUUGCGCAGCCUUUAAGGGAUGUUACUCAUGCCACGAGAAAUUCAAUAUAUAAGAGCUCUCGUCUAUUGCAAGAUAUAAGUUACUGAGCAUGUUAUGUUGGAAAGAUAACAUGCUGUAGUAAUAAUGAAUUGCGGAACGCCUUAGGCUGGAAACAGAGCAGGGUUAGCAAUCGCUUGUAUACGGUGCAAAGUUUGCGAUGAGCGAUUAGUAUAUCUCGAAUCUCGUCAAGCAUGGUAAGCACACCAAUUGGUUGUUUUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((((((((..))))))))))))).....(.((((((....(((((....)))))....)))))).)))))(((((.(((((.((((((..(((.((((((.((.((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..))))(...)..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).))......................
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (..(((((((((((((....)))))))))))))(((((.((((((....(((((....)))))....)))))).((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.((....)))))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...))))))).))))..))....))))).......)
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))((((((((((((....(((((....)))))....)))))).((..((((..((((((.((((((......((((((((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.........)))))))))).))))).......(((((.....(((((..(((........))))))))..))))).))))))))....))))).....)))).))))..))).)))))......))))))...))))))..))))..))...))))))........
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((..............)))))......((....))...((.......(((((..(....(((((((((((((.(((((..(........................(((((((((.(((((.(.((((((((((((((((((((((((.....)))))))))))).))))).......(((((......(((....(((....)))....)))...))))).)))))))..)..)))))))...)))).))).).))))).......)))))))))))))).............)))))......)).....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))...((.((((((....(((((....)))))....)))))).))..(((((.((((((.((((((..(((.((((((((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.........)))))))))).))))))).....(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).)))))...))))))....))))).....)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).))).(((....)))..........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))................(((((....))))).(((((..........(.....(((((.(((((....((.(((((.....((((((((...(((((..(((((((.(((((((((((((((.........)))))))))).))))).......(((((......((((...(((....)))...))))...)))))..)))))))....))))).....)))).))))......)))))...))..)))))...))))).....).........)))))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((....)))))))))))).....(.((((((....(((((....)))))....)))))).))))).((((.(((((.(((((.......((((((.((.((((.(((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.........))))))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....)))))))...)))..))))..)).)))))).......)))))...)))))))))(((.(((....)))))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((((..))))))))))))))...((.((((((....(((((....)))))....)))))).))..(((((.((((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((.((((((((((((((((((((((((.........)))))))))).)))))))...(.(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))))..)))))).)..)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).))).((((()))))..........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((..................))))..............((.(...............(((.(..(..(((.(((.((.((((..(((((...(..((((((......(.((((((((.((((.(.(((((((((((((((.((((((.........)))))).))).))))).......(((((......(((....(((....)))....)))...))))).)))))))..)..)))))))...)))))..).......)))))...)..))))))....))))))..)))).)))...).)))).))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((....)))))))))))).......[[[[[)))..(((((....))))).....]]]]].......((((.(((((.((((((......((((((....((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.........)))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....))))).....)))).)))).....))))))......))))))...)))))))))....(((....)))..........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))(((((.((((((....(((((....)))))....)))))).((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.((...)).)))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...))))))).))))..))....)))))........
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))...((....)).....(((((....)))))((((((.....((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.........)))))))))).))))))......(((((.....(((((...(((....)))...)))))..)))))..)))))))....))))).....)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).)))..))....)))))).......
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)..........)))))(......)..)))..(((.............((.........(((((((....(.(((.(((((...((((((.((.....((((((((((.(((((.(((((((...(((.((((((((((.((....))))))))))))..))).....((((...(.....((((....(((....)))....))))..))..))).)))))).)..))))))))...))).)))......))).))))..))))).)))...))).....)))))))........)))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....))))))))))))).((((.((((((....(((((....)))))....)))))).((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.((...)).)))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....))))).....)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).)))..))....)))).........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((((..))))))))))))))..((((((........(((((....)))))[[[[[[...............[[[[[[.[[[[[[................(((((......((((((.......(((((((((((((((((.........)))))))))).)))))))......))))))...(((...))).......))))).........[[[[[[[[[[.))))))((((...)))).]]]]]]]]]].............]]]]]]...]]]]]]..............]]]]]].......
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((..............)))))))....((....)))))(((((....(((((..(....(((((((((((((.(((((...........................(((((((((.(((((.(((((((((((((.((((((((((((.....))))))))))))..)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))...))))))))))))).))..))))))))...))).)))...))))).......)))))))))))))).............)))))...))))).....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((..............)))))))....((....)))))(((((....(((((..(....(((((((((((((.(((((...........................(((((((((.(((((.(((((((((((((.((((((((((((.....))))))))))))..)))).....(.((((((...).(((...((((....)))..).)))...))))))))))))).))..))))))))...))).)))...))))).......)))))))))))))).............)))))...))))).....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((.(..............).)))).....((....)))))((.((....(((((..(....(((.((((((((...((((...........................(((((((((.(((((.(.((((((.((((.(((.((((((((.....)))))))).)))..)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))...)))))).))))))..)..))))))))...))).)))...)))).........)))))))).)))).............)))))...)).)).....
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))(((((.((((((....(((((....)))))....)))))).((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.((....)))))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....)))))))...)))).))))..))).)))))...)))))))))...))))))))).))..))....)))))........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))((((((((((((....(((((....)))))....)))))).....((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.........)))))))))).))))).....(.(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))))))))))))....)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).))).......))))))........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))......((((((....(((((....)))))....)))))).....((((..((((((.((((((......((((((....(((((..((((((((((.......(((((((((((((((((.........)))))))))).)))))))......))))))............))))...))))).........((((((((((......(((((...))))))))))))))).))))))......))))))...))))))..)))).....................
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................................((....))...((.......(((((..(...(....)..........................................((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..(((((.....)))))..)))))..)))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))...))))))))))))).....)))))))...)))).)).............................).............)))))......)).....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))(((((.((((((....(((((....)))))....)))))).((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.((....)))))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...))))))).))))..))....)))))........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.(((((((((((....))))))))))).((..((....)).....(((((....)))))...)).......))).(((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.((....)))))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...))))))).)))..(((....)))..........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((....))))))))))))....((....)))))..(((((....)))))((((((.....((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.((....)))))))))))).))))).....(.(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))))))))))))....)))))))...)))).))))..))).)))))...)))))))))...))))))))).))..))....)))))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((((((..)))))))))))))).).((........)).(((((....)))))((((((.(((.((..((((((.((((((((((((((...(((((((((((((((((((((.(((((((.(((((.(((((((((((((((((((...)))))))))))))).)))))......((((((.(((.(((.(((((((..))))))))))))))))))).....))))).)))))))))...)))).))))))))).))))))...)))))))).).))))))))).))..)).))))))))).......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................(............)....((..........))....(.((...(.(.....((((.(....(..(....(.(........(..........(....((.(((................)))...))........(...(((..........(((....)))......)))..).).............)...).).......)..).).).)))......).)....)).)........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))(((((..(((((....(((((....)))))....)))))..((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.(.....).)))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....))))).....)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).)))..))....)))))........
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))....(......)..................((((((.....((..(((.((.(((((.((((((.......(((((((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.........)))))))))).))))).......(((((.....(((((...(((....)))...)))))..))))).))))))))....))))).....)))).))))..))).)))).......))))))...)))))))..)))..))....)))))).......
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((....)))))))))))))(((((.((((((....(((((....)))))....)))))).((..((((((.(((((.((((((..(((.((((((((..((((((((((.(((((..(((((((((((((((((((((((.((....)))))))))))).))))).......(((((..(((.(((....(((....)))...)))))).))))).))))))))....)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...))))))).))))..))....)))))........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.....(((((....((((..........)))).)))))..(((((....))))).)))))................(((((((.((((..................)))).(((......)))..........)).)))))...(((((......))))).(((...(((((.....))))).....((((..................))))..((((....))))..((((.(((.....)))..((((............))))....))))..))).((((......))))................
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((((((((....)))))))))))).................(((((....))))).aaaaaa.....((((............[[[[[[.)))).............]]]]]].((((....))))..........((((((((((.((....))))))))))))...(((((.....)))))))).......AAAAAA........(((((......{{{{{)))))..((((.(((.....)))..((((}}}}}.......))))....))))......((((.<<<<<))))....>>.>>>......



RNA: SRP_00260

GUCCGGCUAUGUCCGUGCAAGUGCGGAUUUAGCUGUAACUUUCGAGGGGCAGCACUCUUGUGCAGAUAAAUGGGAUACUAUUAAGUUUAUGAGAAUUUCAAUAUUAUAUAUGUUCCCGUCUAUCACAAGACAUCAGUUACUGAGCAUAUUUUGCUGGAAAGGGAAUAUGCUGAAGUAAUGAUGAAUCAUGAACCGCCUCAGGCUGGAAACAGAGCAGGGUAAGUGGUCGCUGAUGUACGGUGUGAAGAUUACGGUUGAACAUUAAGAUAUUUCAGAAUUCUCGUAAACGUAAUAUGUACACCAUUUCUCC
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((.(((((((....))))))).)))))....(.((.(.....(.((((....)))).).).)).)))))(((((((.(((..((((((.(((.(.((..(...((.((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..))))(...)..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....)))))))...))))..))....)).)..)).)..))))))))).)).).))))).)).............
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((((((....))))))).))))))..........((((..((((....))))....((((((..(((((((..((((((((((((((..(((((....((((((((((...(((((..((((((((((((..(((((((((.........)))))))))...)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....))))).....))))..))))))...)))))....))))))))))))))..)))).)))..))))))))))
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((................))))).................................((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((.((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((.(((....))))))))))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))...))))).)))))))..)..)))))))...))))...))))))))))))))))))......))))))).....)))))......))))..
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((((((....))))))).))))))................((((....)))).((.((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((.(((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..))))).......((((...((..((....(((....)))))..))....))))...))))))).)..)))))))...))))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))).)).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.((((((......)))))).))))).................((((....))))....((((((...(((((((.((((((((((((((.((((((....(((((((((.((.(((((..(((((((((.(..((((((((((.((....))))))))))))...).).......(((((......(((....(((....)))....)))...))))).))))))))....)))))))....)))..))))))...))))))...)))))))))))))).))))).))...))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((((((....))))))).)))))....((....)))))).((((....)))).((.((((((..((((((((.((((((((((((((....(((....(((((((((....(((((..((((((((((((.(((((((((...........)))))))))..))))((((....))))....(((((....(((....)))....))))..).....))))))))....)))))......)))..))))))...)))......)))))))))))))).))))).)))..)))))).)).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((((((....))))))).))))))..........(.....((((....)))).((.((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((.(((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))))......(((((..(((..((....(((....)))))..)).)..)))))..))))))).)..)))))))...))))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))).)))
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.....))).........(((...........)))..((.((..(....(((((((.((..........................((.(((((...((((((...(((.((((((.(((((.(.((((((((((((((((.(((((.((....))))))).))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))...))))).)))))))..)..)))))))...))))...)))..))...)))).))).)).))))..))...)).))).....)..))))..
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((.(((((((....))))))).))))).........(((.....[[[)))...]]]....((((((...........((((((((((((((.((((((....((((((((((...(((((..((((((((((((.((((((((((.........))))))))))..))))((((....))))..((((((((...(((....)))....)))...))))).))))))))....))))).....))))..))))))...))))))...))))))))))))))............))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.((((((......)))))).)))))............)))).((((....)))).((.((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((..((((((((.(((.((((((((.(.((....)).)))))))))..))).((((....))))..((((((((..(((........))).)))...))))).))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))).)).
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((((((....))))))).))))))................((((....))))....((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((....((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))).................((((....(((....)))....))))........))))))))....)))))))...))))..))))))...))))))...)))))))))))))).))))).)))..))))))....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.........)))))...........((.........)).))).................((((((..(((.(((....(((....((((((((((((((((.((.((((((((.(((((.((((((.((.(((.(((((((((.(((....))))))))))))..))).....((((...(.....((((....(((....)))....))))..))))).)).)))).))..))))))))...)))..)).)))))))))))))..)))))....)))....)))..)).).))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.((((((......)))))).))))))................((((....)))).((.((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.(..((((((((((((.(((((..((((((((.(((.(((((((((..((....)).)))))))))..))).((((....))))..((((((((..(((........))).)))...))))).))))))))....))))))))...)))..)))))).).))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))).)).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.((((((((..)))))))).))))))..........((((..((((....))))....((((((...........((((((((((((((...........((((((((((...(((((..((((((((.....((((((((((.........))))))))))......(((((..)))))..((((((((............)))........))))).))))))))....))))).....))))..))))))............))))))))))))))............))))))))))
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................((((((.....................((.....))((((...(((........(((.((((.....(((((..(.((((....)))))..))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..)))........))).)))).............................).))))).........................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((((((................)))))))....(....................).)).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((.((((((.(((((.(((((((((((((((((((((((.(((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))...))))))))))))).))..))))))))...)))...))))))))))))))))))......))))))).....)))))...)))))))).
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((((((................)))))))....(....................).)).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((.((((((.(((((.(((((((((((((((((((((((.(((....))))))))))))).)))).....(.((((((...).(((...((((....)))..).)))...))))))))))))).))..))))))))...)))...))))))))))))))))))......))))))).....)))))...)))))))).
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((...((((.(................).)))).....(....................).)).(((((.((....(((((...(((((((....(((.((((((((...((((.((((((.(((((.(.((((((.((((((((((((((.(((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))...)))))).))))))..)..))))))))...)))...))))..)))))))).)))......))))))).....)))))...)).))))).
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((((((....))))))).))))))..........((((..((((....))))....((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..))))))))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((((((....))))))).))))))........[[[.))).((((.]]]))))....((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..))))((((....))))(.((((((((..(((........))).)))...))))))))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..))))))....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((((((....))))))).))))))..........((((..((((....))))....((((((.....(((((.((((((((((((((.((((((....((((((((((...(((((..((((((((.....((((((((((.........)))))))))).............(((((.....((((..................))))..))))).))))))))....))))).....))))..))))))...))))))...)))))))))))))).)))))......))))))))))
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................(....................).....((((.......(((((....((((((....(((((.....((...((((.((((((.(((((...((((((((((.(((((..(((.(((....))))))..)))))..))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))...))))))))))))).....)))))))...))))...))))..)).....)))))......))))))......)))))......))))..
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((((((....))))))).))))))..........((((..((((....))))....((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..))))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.(((((.(((((((....))))))).)))))((..((....))..))..(((....)))..)).((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((....((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....))))))))...)))..))))))...))))))...)))))))))))))).))))).)))..))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((((((....))))))).)))))....((....)))))).((((....)))).((.((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..))))((((....))))(.((((((((...(((....)))....)))...))))))))))))))....))))))))...)))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..)))))).)).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((..))))))))))))(((((.((....)).)))))(((....)))...(.((((((..(((((((((((((((((((((((((((((..((.((((((((((((.(((((((.(((((((((.(..(((((((.............)))))))..)....(((((..)))))..(((((((((((((((..)))))))))))).)..)))))))))))...))))))))))...)))..))))))))..)))))..))))))))))))))))))))).)))..))))))).))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................(.......).................................(.(..(..(.(...((.((........(....(.....(.(.(......(.......)......).).)..........((............)).)....)..............))....))..)..).)).....)...........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.(((((((....))))))).))))))................((((....))))....((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..))))...............((........(((....)))............))..))))))))....)))))))...))))..)))))))).))))))...)))))))))))))).))))).)))..))))))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((..(((((......)))))..))))))..........((((..((((....))))....((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((....((((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((...((....))..))))))))..)))).......(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....))))))))...)))..))))))...))))))...)))))))))))))).))))).)))..))))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((..(((((((....)))))))..)))))..........(((...((((....)))).....(((((....))))).(((((....)))))...((((.....)))).))).(((......))).((((((.(((.((((((((((.((....))))))))))))..))).((((....))))..(((((..........................))))).))))))....(((((...........(((((...........)))))......((((.......)))).)))))........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((..(((((((....)))))))...(((((.......<<<<<))))).>>>>>.........(((((....))))).)))...(((.....))).(((.....))).((((((((.{{{{.)))).(((.....)))(((.....)))......))))....(((......((((....)))).....((((....aaaaa.........)))).)))....((((.[[[.))))]]]A...(((((.bbb.))).BBB.....))AAA.......(((..A}}}})))...............



RNA: SRP_00267

ACGGAGUGUCGUGGCGGGCACUUGUGAGCCAGCUUCUAGGCCGUAGAUUAUGGUGGAGAGAGUGAGGGAGGGAUCCCUGGUCGGAAUUCGGUCUACGACGACCGGGCGUCCGUGCCAAGCGAUGCGUCACUAGGGGGUAAGACUCGGAAGGGUCUCUCUCCCGGGUGGAAAAGGACAACCGUAUGGCUCAGGCCCGAAAGGGAGCAGGCAAAAGGUUGCGCGCGUUGACAGUGGCCGGAUAGCGUCUGCGAGUAGAUCGACCUGAACAGCCCUUCUAAUACCUCUCGACCCAUAAUCGU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((.((((..((.(.(((((..(...(((((((((..((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))).))...))))))).).)))))).)).)))).)))))))))).....)))))...))))))))..
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((((......)))))))..(.(((........))))...(((((((((.(((((.(((.(((((((....(((.((((...(((((((((..((..((((((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...))))))))).))))))))).)))).))))))))))..)))))))).).))))))))))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))))))..(((........)))....((((((((..(((((.....(((((((......((((((...((((((......))))))(((((((.((((..(((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....))))))))).)).((((....)))))))))).......))))))).....)))))...))))))))..
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((........))......((((.......(((((...(((((((....((((((((...(((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...)))))))...))))).))).))))))))))))))).....)))))......))))...
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((......(.(((.(((.(....).))).))).)....)))..((((((((.(..(((((...(((((((....(((.((((...(((((((((..((..((((((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((...(.(((....(((....)))....))))...))))).))))))))....))))))))).))..))))).))))))))).)))).)))))))))).....)))))..)))))))))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.(((((((......)))))))....(((........))).)...(((((((.(..(((((...(((((((....(((.((((....((((((((..((..((((((((((.((((.(((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)..))))))))...)))))))).))))))))..)))).)))))))))).....)))))..))))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((........((((((((.......((((((((((.((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...)))))))....))))))))......)))))))))).....)))))...))))))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....(((.(((.(((.(....).))).))).)..)))))).((((((((.(..((((((..(((((((....(((.((((...(((((((((..((..((((((((((.((((.(((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((...(.(((..(.(((....)))..).))))...))))).)))))))).)..))))))))).))..))))).))))))))).)))).))))))))))...).)))))..)))))))))..
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........)))).........(((.......)))...(((.......(((((((.(((((((....(((((((((..(((((((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))......)))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.[[[[.)))))))....]]]](((....)))....((((((((..(((((.....(((((((....(((.((((...(((((((((......((((((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...)))))))...))))))))).)))).)))))))))).....)))))...))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......))))))).((.(((........)))))..(((((((((.(((((.(((.(((((((....(((.((((...(((((((((..((..((((((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((...((.((....(((....)))...)).))...))))).))))))))....)))))))...))))))))).))))))))).)))).))))))))))..)))))))).).))))))))..
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..[[[.)))))))....(((.]]]....)))))).((((((((..(((((.((..(((((((....(((.((((...(((((((((..((..((((((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....))))))))...)))))))).))))))))).)))).))))))))))...)))))))...))))))))..
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(..........).))).((((((((.(..(((((((.(((((((....((((((((((((..((((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))).)..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))))..
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......))))))).((.(((........)))))..(((((((((.(((((.(((.(((((((....(((.((((...(((((((((..((..((((((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((...((.((....(((....)))...)).))...))))).))))))))....))))))))...)))))))).))))))))).)))).))))))))))..)))))))).)).)))))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))..[[[[[[[.........)))).((((((((....(((((...(((((((....(((.((((...(((((((((......((((((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))).......(((((...]]]]]]]..(((....)))...........)))))..)))))))....))))))))...))))))...))))))))).)))).)))))))))).....)))))...))))))))..
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((b((gggggg({{{{{{([[[[[[[[[[(((((((dddd(..aaaaaaaa)))))..<<<(.eeeeeeeeeee(((((((..hhhhhhhhhhh..))))))))).))))).BGG..(((((((()>>>.ccccccc..((((((..EEEEEEEEEEE)))))).....ccc.((((()].]]]]]]].]]}}}.fffff.ffffff....))))).)))))))).}}})AAAA...(((.FFFFFF..HHHHHHHHHCCC..)G..FFFFF))).CCCCCCCGGG)AAAADDDDHH
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....((((((((...(((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((.....(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...))))))...))))).))).))))))))))))))).....)))))...))))))))..
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....((((((((...(((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((.....(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...))))))...))))).))).))))))))))))))).....)))))...))))))))..
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.[[[[.)))))))....]]]](((....)))....(((((((((.(((((.(((.(((((((....(((.((((...(((((((((..((..((((((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...))))))))).))))))))).)))).))))))))))..)))))))).))).))))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......))))))).((.(((((...)).)))))..(((((((((.(((((.(((.(((((((....(((.((((...(((((((((......((((((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((............(((....)))...........))))).))))))))....))))))))...))))))...))))))))).)))).))))))))))..)))))))).)).)))))))..
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......((((............)))).........)))).((((((((..(((((.....(((((((......(((((...(((((((......))))))).(((((.((((..((((((((.....(((((..((((((....))))))..))))).............(((((.....((((............))))........))))).))))))))....)))))))))...(((((....)))))))))).......))))))).....)))))...))))))))..
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((........))).....((((.......(((((....((((((...............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((.....(((....(((....)))....)))....))))))))))))).....)))))))...))))))..(.......)...........))))))......)))))......))))...
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((....(((.(((.(....).))).)))..))..)))).(((((((((.(((((.(((.(((((((....(((.((((...(((((((((..((..((((((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...))))))))).))))))))).)))).))))))))))..)))))))).).))))))))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).(((((((((.(((((.(((.(((((((....(((.((((...(((((((((..((..((((((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((.....(((....(((....)))....)))....))))))))))))))....)))))))...))))))))).))))))))).)))).))))))))))..)))))))).))).))))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(..)..(..((((((..(((..)))))))).)..).(......)(((((((((..((((..((.(.(((((....((((((((..(((((.(((((.((..((((((((((.((((.((((..((((((((((((((((((((((..)))))))))))))))))))........((((((((((.((((((((((..)))))))))))))))))))).)))..))).)..))))))))...))))))))))))).))))))))))))))))))).))...))))..).))))))))..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.............................................(.(........).)......(...........)))....(.(.....(((.......(...(.((......((((((.(..(((...((((.(....((.....))....)......).......(.(((((.....(((....(((....)))....)))....)))))))..)..).....)))..)....)))).))...)).)..)..........................))).....).)....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((........(((.(((........))).)))......)))).(((((((((.(((((.(((.(((((((....(((.((((...(((((((((..((..((((((((((.((((..((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....))))))))...)))))))).))))))))).)))).))))))))))..)))))))).)).)))))))..
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((....(((.(((........))).)))..))..)))).(((((((((.(((((.(((.(((((((....(((.((((...(((((((((..((..((((((((((.((((..(((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))........(((((.....(((....(((....)))....)))....))))).))))))))....)))))))...))))))))).))))))))).)))).))))))))))..)))))))).))).))))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))........((((((..(((((.....)))))..))).))).(((((....))))).((((......((((......)))).((((....))))...))))..((((...(((((..((((((....))))))..)))))...(((..........)))....((((............))))..((((....))))......)))).((((..(((.....))).((((.((..........................))))))..))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((.aaaa.))))).)))..AAAA........(((((.....)))))...((((....((((....)))).((((((....(((((......))))).(((((.((.....))))))).<<<<(.(((((..((((((....))))))..)))))...(((..........)))....((((........[[[[))))..((((....)))).{{{......]]]]).......}}}.(((....))).))))))........>>>>........)))).............



RNA: SRP_00282

ACUGGAAAGUGUAACGUCUUUCUGUAAGCAGAGUUGCAGUCUAUAAAAGGAUGAAUUCAUCUGUUGAUGGAAUCACGGUAUAUUCAACGCUUUGUCGAAAUUAGUGUCUUCCAGAGUCUAGUGUCAACAUUCUAGUUCGGGCGUAGGCCUGAGUUAGGAGGUUGUUCAAUACUGGGGAACCGCCCGAGGGUAGCAAUACAGCAGGGAAAACUCAGAGCACUGGCACGGCUGUAAGAUAGCACAAUGGAGAAGUGAUUGGAUAUACUACCAUUGCGGGUGGGAACUCCCUUUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((.(.....).............))(((...........((((.....((.(.((((.......((.((......)).)).....................(.(((((((.(((.(.(((((((.(..(((....(((.(((.((....)).))).))))))..)......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)...)).)))...)))).).........)))).).....)).....)).))...........))).....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((...(((....((..(((((....)))))..))..(((((....(((((....)))))....)))))..))).((((((((((((((((..((.......((((((.(((.(((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).))..))).))))))......))..)))))).))))))))))..)))....(((.(....).)))......)
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((...((((((.....((((....)))))))))).)))).((((((.....(((((((((.(((((......((((((((((((((((..(((.......((((((....((((..((((((...(((((((((((((....)))))))))))))...(((((.....((((......)))).((((..................)))).))))).))))))))))..))))))......)))..))))).))))))))))).)))))))))))))).....))))))...
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......)))))......(((....))).......((((.......(((((..(.((((((.....((((((((((((.(((((......(((.(((((((((((.(.(((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...)))))))...)))))..)))))))))))))))))))..)))))......))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))......................(((((.....(((((((((.(((((......(((((((((((((((((.((.......(((((((.(((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).))..))).))))).)).....)).)))))).))))))))))).)))))))))))))).....)))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........)))))).....................((((((.....(((((((((.(((((......(((((((((((((((((.((...(((.(((((((.(((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).))..))).)))))...))))))).)))))).))))))))))).)))))))))))))).....))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((....))((((((.....((((....))))))))))......(((.(((....((((((((.((((((......((((((((((.((((((......(((.(((((((.(((...(((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).....))).)))...)))))))...))))))..)))))))))).))))))))))))))...))).)))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))(....)...............((((((.....(((((((((.(((((......(((((((((((((((((.((...((..(((((((.(((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).))..))).))))).))...)))).)))))).))))))))))).)))))))))))))).....))))))...
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........))))...........((.......))...........((((((.((.(((((....(.((((.((((((((((((......(((.(((((((((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...)))))))...)))))).)))))).)))))))))))).))))))..............
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((...((((((.....((((....)))))))))).))))........(((.((((((....)))))).))).(((((((((((((((((...........((((((.(((...(((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).....))).))))))..........)))))).))))))))))).(((....[[[))).....]]].......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((...((((((.....((((....)))))))))).)))).((((((.(((.((((((....)))))).))).(((((((((((((((((.((........((((((.(((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).))..))).))))))........)))))))).))))))))))).(((((...)))))......))))))...
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.[[[[[..)))))).........]]]]].......((((((.....(((((((((.(((((......(((((((((((((((((......(((.(((((((.(((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).))..))).)))))...)))))...)))))).))))))))))).)))))))))))))).....))))))...
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))...............)))....(((((.(...((.(((.((.(((((....(.(((((((((.(((((((.((..((((.((((((.((((.((.((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......(((...(.....((((....(((....)))....))))...))).).))))))..))..))).))))...))))))))))))))).).))))))))))))))))).)).)))..)..)))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((...((((((.....((((....)))))))))).)))).((((((.(((.((((((....)))))).))).(((((((((((((((((.((........((((((.(((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).))..))).))))))........)))))))).))))))))))).((((.....))))......))))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.(((...(((((((((((((......)))))).......)))))))..((((((....))))))..)))..........(((((...........))))).))))))..((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))....))))))))...(((((((..........(((((([[[[[....((((....))))....))))))........((((((....................)))))))))))))....]]]]]......
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((....))))))...((((((((....(((((..(.((((((.....((((((((((((.(((((......(((.(((((((((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......((((((......(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...))))))...)))))..)))))))))))))))))))..)))))...))))))))...
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((....))))))...((((((((....(((((..(.((((((.....((((((((((((.(((((......(((.(((((((((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......((((((......(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...))))))...)))))..)))))))))))))))))))..)))))...))))))))...
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((...((((((.....((((....)))))))))).)))).((((((.....((((((((.((((((......(((((((((((((((((..((.......((((((.(((.(((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).))..))).))))))......))..)))))).))))))))))).)))))))))))))).....))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((...((((((.....((((....)))))))))).)))).((((((((((.(((((([[[.)))))).))).(((((((((((((((((.(((...((.(((((((.(((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).))..))).))))))...)))).)))))))).))))))))))).(((((]]])))))....).))))))...
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..(((((.....(((((....)))))))))).(((((....(((((....)))))....)))))...............(((((...........))))).))))))..((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))....))))))))...(((((((..(((((...((((((.........((((....))))....))))))........((((.........))))......)))))....)))))))...............
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((....))).......((((.......(((((....((((((..............................((.(((((((((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......((((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))).....)))))))...))))))..(........)...........))))))...)))))......))))....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((...(((....((..(((((....)))))..))..(((((....(((((....)))))....)))))..))).((((((((((((((((..((.......((((((.(((.(((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).))..))).))))))......))..)))))).))))))))))..)))....(((.(....).))).......
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((........))))))...........((((((...........(((.((((((....)))))).))).(((((((((((((((((..((.......((((((.(((.(((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).))..))).))))))......))..)))))).)))))))))))...)))))))).(((....))).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((...(((....((..(((((....)))))..))..(((((....(((((....)))))....)))))..)))(((((((((((((((((..((.......((((((.(((.(((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).))..))).))))))......))..)))))).))))))))))).)))....(((.(....).))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((.............((((..))))..)))))))....((((((((((.(((((((..))))))).))))(((((...((((.((.(((((..((((((((((...))))))))))..)))))..(((((((((((...).)))))))))).))))))....)))))((((((((.((((((((((....)))))))))))))))))).(((........)))(((......)))(((((((((.............))).)))))).(((......)))))))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(.............................................................................................(...........).............).....(..................(((..........(.(((....((.((.....(....(.....(.............((....)).................(.....).........).....).)......))...))..).)))..).))..........)....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((((....))))........(((......((((....))))......)))......(((((((((((((((((..(........((((((.(((.(((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).))..))).)))))).......)..)))))).)))))))))))........(((.(....).))).......
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((.(((....((..(((((....)))))..))..(((((....(((((....)))))....)))))..))).((((((((((((((((..((.......((((((.(((.(((((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).))..))).))))))......))..)))))).)))))))))).....)).)))..(((....))).......
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((....(((((.....((((....))))))))).((((......))))...((((((....))))))...........))).(((((...........)))))..(((.....((((..........)))).((((((....))))))....))).(((((....(((((((......)))...)))).....))))).((((....((((....))))....((((.....)))).((((.........))))......(((((......)))))....)))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((..(((bbbbbb..)))((((....))))BBBBBB.((((.....(((((....)))))ccccc))))....(((.....CCCCC..[[[[))).....(((((....]]]]..{{{{.....)))))}}}}.((((((....))))))..)))..((((..........<<<.)))).>>>.((((..........(((.((.....((((....))))....((((.....)))).((((......aaa))))....AAA..))..))).(((....)))))))......



RNA: SRP_00299

GCUGGGCGUGGUGGCGUGCGCCUGUAAUCUAGCUACUUGGAGGCCAGGGUGCGGGAUUUCGUGGGACCGGGAGUUCUGGCAUAUGGGUGCUCAUGUUGAUCGGGCGUCCACGCUAAGCACGGCGCCGAUAUGGAUGAGCUGUCGGAGGACGGGUUGUCCAGGUCGUCUAAGGAGGGGCGGACCGGCCCAGGGGGGAAACCCAGCAGGCAAAAGUCCCCGCGUGGUGCGGUAGCGGGAUAGCGCCUGUGAAUGGUGUCCAUGUGACAGCCCGGUUGGCGCGUGAAGACCGCCUCCUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((.((((..(((.....(((((((....(((.((((.((((..((((.((...(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))((...)).(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...))))))).)))))).)))).)))).)))))))))).......)))..)))).))))...
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (..(((.(((((..((((((((.(.(((((.((..(((((...)))))..)).))))).)....(((((((....(((.((((((((..(.(((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((..(.(((((....))))).)..)))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...))))..)))))))).))))))))))))))))))...))))).)))...)
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.....)))).....)))))).....((((((....((((((((((((.........)))))))).))))...(((..((((((((((((((((((..((((......))))...((((((((.....(((((.(((((...)))))...((((((......)))))).)))))(((..(((....))).((((((....(((((((((...)))).....)))))...))))))...))).))))))))))).)))))))))..))))))..)))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((........))......((((.......(((((..(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........)))))).............((((...))))((.((((.....((((.(((((((....(((.(((((((((((.(((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))........(((((......(((..(((......)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))))).))))))))))..))))......)))).)).....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....))))).......................(((((((....(((.(((((((((..((((.((...(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...))))))).)))))).))))))))).))))))))))........................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........)))))).......))).....((((((.........((....((((.(((((((....(((.(((((((((..((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))).))))))))).))))))))))..))))......))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((((......)))))))........))....(((...)))(((.((((..(((((((.(((((((....(((.(((((((((((.(((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))........(((((......((((.(((......))).)..)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))))).))))))))))..)))).)))..)))).)))....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........)))).........(((.......)))...(((......(((((((.(((((((....(((((((((((((((.(((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))......))).....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((((((....[[[[........))))))...]]]].((((.((((.....((((.(((((((....(((.((((((((....(((......(((((((...(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))(((....)))...((((..(((....(((....)))....)))....))))..)))).))))..))))).....)))))))...)))...)))))))).))))))))))..))))......)))).))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((((.....)))))))...)))))............((((.((((..(((((((.(((((((....(((.(((((((((((.(((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).)))).........((((......)))).(((((.....((....))......))))))))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))))).))))))))))..)))).)))..)))).))))...
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........((...((((((((...(((((.((..(((((...)))))..)).)))))......(((((((....(((.(((((((((((.(((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))..............(((..(((....(((....)))....)))....)))...)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))))).))))))))))))))))))....))..........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((.....))))))).....((........)).))).(((((((.(..(((((((.(((((((....(((.((.(((((.((((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...)))))))))))))))).)))))).))))))))))..)))).)))..))))))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))......................((((.((((..(((((((.(((((((....(((.(((((((((((.(((....(.(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).)))).........((((......)((....(((....)))....))......)))..)))).))))..))))))))...)))))))..)))))))))))))).))))))))))..)))).)))..)))).))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...[[[[[[[[[[[[[.............(((((...))))).((((((..)))))).[[[[[[[....[[[.[[[[[[[[[[[[.........[[[[[[[[[[[[[.....(((((.((((((.........)))))).(((((...)))))..)))))........((((......))))...[[[[[..)))))).........]]]]]]]]]]]...............]]]]]]].....]]]]]]]]]]]].]]]]]]]]]]]]]]]]]]....]]]]].......
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..))))))..(((((((....(((((..(((((((....((((((((.((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))...)))))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..))))))..(((((((....(((((..(((((((....((((((((.((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))).))))))))))))))).....)))))...)))))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.[[[[[..))))))........]]]]].........((((.((((..(((((((.(((((((....(((.(((((((..((.(((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))..))))))).))))))))))..)))).)))..)))).))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))......................((((.((((..(((((((.(((((((....(((.(((((((((((.(((....(.(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))...................(((....(((....)))....)))..........)))).))))..))))))))...)))))))..)))))))))))))).))))))))))..)))).)))..)))).))))...
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...((((.....)))).....))))))............((((.((((.....((((.(((((((........((((((((((((.........(((((((...(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).)))).........((((......))))..(((((..................))))))))).))))..))))).....))))))).....))))))))))))....)))))))..))))......)))).))))...
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((........))).....((((.......(((((...((((((..............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......))))....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.(((((..((((((((.(.(((((.((..(((((...)))))..)).))))).)....(((((((....(((.((((((((..(.(((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((..(.(((((....))))).)..)))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...))))..)))))))).))))))))))))))))))...))))).)))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.(((((........)))))((.(((((.((..(((((...)))))..)).))))).))..)).(((((....(((.(((((((..((.(((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.(((((((.(((((....))))).))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))..))))))).))))))))..((((.((....)))))).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.(((((..((((((((.(.(((((.((..(((((...)))))..)).))))).)....(((((((....(((.((((((((..(.(((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((..(.(((((....))))).)..)))).))))..........((.((((..(((....(((....)))....)))....)))))))))).))))..)))))))...)))))))...))))..)))))))).))))))))))))))))))...))))).)))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((........))))))))(((((((((((((((...)))))))))))))))....((((((...))))))..((..))...((((((((((..(((.((.((...........)))))))..))))))))))....(((((((((((((((((((((((((((..)))))).))))(((((((((((..)))))(((((((.((...((((((((...)))).)..))).))..)))))))..))).)))..)).))))))))))))(((((......).)))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((................................................(((......)))..........))...(...(...(..(.((........((.(((.((.(((((...((.(((.((((.(((...(((...(........))))..))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))).))).))....)))))))....)))).)........................)))).........)........).....
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((..(((((..((((((((.(.(((((.((..(((((...)))))..)).))))).)....(((((((....(((.((((((((..(.(((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((..(.(((((....))))).)..)))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...))))..)))))))).))))))))))))))))))...)))))..))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((..(((((..(..(((((.(.((((..((..(((((...)))))..))..)))).)....(((((((....(((.((((((((..(.(((......(((((((((.(((((.((((..((((((..((((..(.(((((....))))).)..))))..)))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))))..)))))))...)))))))...))))..)))))))).)))))))))))))))..)...)))))..))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((....))))..((((((.(((..((..((((.....))))..))..))).....(((.((((.....)))).((((((....)))))).....((((......(((......))).((((((.........)))))).((((.....)))).((((((((......)))).)))).))))..........))).))))))........((((.....))))...((((.....(((.......)))(((.....)))..))))...((((.((....)))))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((...aaaaa))))))....(((.<<<.((((..{{{))))..((((....))))))).((((.}}}.)))).((((((....))))))..(((((.((((.>>>AA......)))))))))...(((..[[[)))...((((.]]].)))).((((((((..ccc.)))).)))).CCC....(((((.................)))))bbb.bbbbb...)))......BBBBBBBB..(((.....)))..(((......)))((((.((....))))))AAA....



RNA: SRP_00300

GCCGGACGUAGCGGUGUGCGUCUGUAAUCCAACUACUAGGAGGCCGGGUAUAUGAAUGGUUUGAGAUGAGGAGUUCUGUGAGCAUUGCGCCUAUGUAGAUCGGAUGUCCACAGUAAGCUUGGCGUCAACAUGGUUAUAUUGUCGGAGGAUAGAAUACCCAGGUUGUUUAAUGAGAGAGGUAACGGCUCAGGGGAGAAAUCCUGCAGGCAAAACUCUCCACGUCAUUCGGUAUUGGGAUAGCAUCUGUGAAUAGAGCAGUGUUGGCAGCCUCAUCAAUAUGACCAGACUCGUACCUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((..(..(((((...(((((((....((((.((((((((.(.....(....(((((((((.(((((.(..((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))(.....).(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))..)..)))))))...))))))).)....).)))))))).))))))))))).....)))))..)..))))))...
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....(((........)))))).((((((.....(((((...(((((((....((((..(((((((...(((((((((....(((((.(((((....((((((.(((((((.(((..((((....))))..))).)))...))))......(((((.(....(((...((((....))))...)))...)))))).)))))).....))))))))))..))))))..)))..)))))))..))))))))))).....))))).....))))))...
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((........))......((((......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))....((........)).....((((((.....(((((...(((((((....((((.((((((((..((((......(((((((((.(((((.(..((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((......((((((((......)))))..)))....))))).))))))..)..))))))))...))))))...)))).)))))))).))))))))))).....))))).....))))))...
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((........))))))...(.((..(..(((((...(((((((....((((.((((((((..((((......(((((((((.(((((.(..((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))..)..)))))))...)))))))...)))).)))))))).))))))))))).....)))))..)..)).).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((.....(((((...(((((((....((((.(((((((...((((.(....(((((((((.......(((.((((.((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))......(((((........(((....(((....)))....)))....)))))..)))...).)))....))...))))))).).))))..))))))).))))))))))).....))))).....))))))...
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))))...(((........))).)).((((((..(..(((((...(((((((....((((.((((((((..(((((.....(((((((((.(((((.(..((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((......((((((((......)))))..)))....))))).))))))..)..))))))))...)))))))..)))).)))))))).))))))))))).....)))))..)..))))))...
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........)))).........(((.......))).....(......(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))......).......
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((......)))))))(((.[[[...)))..]]]....((((((.....(((((...(((((((....((((.((((((((..((((.(((((....(((((.(((((....((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((......(((...((((....))))...)))....))))).)))))).....))))))))))..)))))...)))).)))))))).))))))))))).....))))).....))))))...
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((.....(((((...(((((((....((((.((((((((..((((......(((((((((.(((((....((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((......((((((((......)))))..)))....))))).)))))).....)))))))...)))))))...)))).)))))))).))))))))))).....))))).....))))))...
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((([[......))))))....(((..]]....)))))).((((((.....(((((...(((((((....((((.((((((((..((((......(((((((((.(((((....((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((......((((((((......)))))..)))....))))).)))))).....))))))))...))))))...)))).)))))))).))))))))))).....))))).....))))))...
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....((........)).)))..((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((.((.((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...)))))))))))))))).)))))))))))))))))..)).)))))..)).)))))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))))...(((........))).)).((((((.....(((((...(((((((....((((.((((((((..((((......(((((((((.(((((....((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((......((((((((......)))))..)))....))))).)))))).....))))))))...))))))...)))).)))))))).))))))))))).....))))).....))))))...
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......)))))))).............((((((.(((((.......(((((...(((((((....((((.((((((((..((((((......((((((............)))))).)))))).........((((......((((((..(((((((.............)))))))..((((((......(((..)))...)))))).........)))))).........))))........)))))))).))))))))))).....))))).)))))..))))))
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((...(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))...
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((...(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))...
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.[[[[[[[))....]]]]]]]....(((........)))....((((((.....(((((...(((((((....((((.((((((((..((((.(((((....(((((.(((((....((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((......(((...((((....))))...)))....))))).)))))).....))))))))))..)))))...)))).)))))))).))))))))))).....))))).....))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.(...)))))))))...(((........)))....((((((.....(((((((.(((((((....((((.((((((((..((((......(((((((((.(((((....((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))......(.(((((.(....((((((((......)))))..)))...))))))))))))).....))))))))...))))))...)))).)))))))).)))))))))))..)).))))).....))))))...
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......)))))))).....................((((((.....(((((...(((((((....((((.((((((((..((((......(((((((...(((((....((((((.............(((((....))))).....................(((((.........(((((......))))).........))))).)))))).....))))).....)))))))...)))).)))))))).))))))))))).....))))).....))))))...
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((........))).....((((......(((((....((((((...(....).....................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))......................))))))......)))))......))))....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....(((........)))))).((((((..(..(((((...(((((((....((((.((((((((..((((.(((((.(..(((((.(((((.(..((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((......(((...((((....))))...)))....))))).))))))..)..)))))))))).))))))...)))).)))))))).))))))))))).....)))))..)..))))))...
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.....((((.......))))..(((........)))..)))).(((.....(((((...(((((((....((((.((((((((..((((.(((((....(((((.(((((....((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((......(((...((((....))))...)))....))))).)))))).....))))))))))..)))))...)))).)))))))).))))))))))).....))))).....)))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((..(..(((((...(((((((....((((.((((((((..((((......(((((((((.(((((.(..((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))......(.(((((......(((...((((....))))...)))....))))))))))))..)..)))))))...)))))))...)))).)))))))).))))))))))).....)))))..)..))))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(..).((((((((...........).))).))))(((((((((((((((((..))......(((.(...).)))((((.(((((.(((........).))))))).)))).(((((.............)))))((((.((..))))))..)))))).)))))))))....((((((((..(.(...((((..))).)(((((((((.(((((((((((.((........))..(((..))))))).).)))))).)))))))))..(((......)))....))...))))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(..........................................(......)...(......))...(((...(......(.(..(....(.(..(...(((..((((.(((((......((((((((.((((..(.(.(((....)))).)..)).)).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))).)......)))))))...)).)).)...............).).).).)...).........)...).....))...
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((..(..(((((...(((((((....((((.((((((((..((((......(((((((((.(((((.(..((((((((((.(((.(((.(((((....))))).))).))).))))........(((((.......(((((((......))))).))......))))).))))))..)..))))))))...))))))...)))).)))))))).))))))))))).....)))))..)..))))))...
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....(((........)))))).((((((.....(((((...(((((((....(((..((((((((..((((......(((((((((.(((((....((((((((((.(((.(((..((((....))))..))).))).))))........(((((......((((((((......)))))..)))....))))).)))))).....)))))))...)))))))...)))).))))))))..)))))))))).....))))).....))))))...
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...............(((((.((((((..((((...............)))).(((.((((.......))))......((((((............))))))..))).......(((((....))))).))))))...(((((...((((...........)))).((((....))))...))))).....((((.............)))).(((((.((((.......)))))))))...))))).....(((((......)))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((..<<<.))))))))..........>>>...((((((..........))))))..(((((((.(((.....))).....((((..........(((((.((.((....)))))))))......[[[[(...((({{{{))).((((((....)).))))..aaaa....}}}})..AAAA.((((....))))..))))......]]]]..((((.(((....)))....(((.((((.......)))))))))))..)))))))..(((((......)))))......



RNA: SRP_00317

ACUGGGCGUUGUGGCGUGCGCCUGUAAUCCAGUUACUUGGAAGUCGGGGUUGGUGGAUCGUUUGAGAGCGGGAGUUCUGUAUGUCGUCGCUCUAUGGCGAUCGGGCGUCCAUGCUAAGCUCGGCAUCGAUAUGGUUGAUUGGUCGGAGGACUGGCCAACCAGGUCGUCUAAGGAGGGACGUACUGGCCCAGGGCGGAAACGCAGCAGGCAAAAGUCCCCGUGUGGAGCAGUAGUGGGAUAGCGCCUGUGAAUAGGCGGCGGCUUGCAGCCCGUUCAACAUAGUGAGACCCAAUCCUUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((........)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((.(((((((((..........(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))((...)).(((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))).)))).))))..)))))))...)))))))......))))))))).)))))))))))).....)))))...)))))))).....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (..((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((.(..(((..((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.(..(((....)))..).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..))...)))..)))))))))....)
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................(...(((((((((.(((((...((.((((((((.(((.((..(((((....)))))..)).))).))))........((((......(.((....(((....)))....))).....)))).)))).))....))))))))...))))))......)...............................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((....(((((...(((((((....(((((.(((((((((...(((....(((((((((.((((......)))).(((..((((....(((((((....)))))))))))..))).........)))))).)))..)))..(((....))).((((((....(((((..(((...))).....)))))...)))))).....))))))))).)))))))))))).....)))))...)))))))).....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........))))))).........................................(((((((...............................((((....))))...........(((((((((((.((((((....)))))).)))))))))))........(((((.............(((....)))...........)))))..................................................)))))))..........................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((........))......((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......))))......
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................(((((.......(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).....)))))......))))).....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......(((....))).....))))))............((((((((.(..(((((((.(((((((....(((((.((((((((.((((......((((((((((((((..((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))))).))))....)))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).)))))..))))))))).....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((((....))))).....(((((((.(..(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...))))))).).)))))))))))).)))))))))))).....)))))..))))))))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........))))).....(((........)))....((((((((....(((((...(((((((....(((((.((((((((.(((.......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))).)))).))))..)))))))...)))))))....))))))))))).)))))))))))).....)))))...)))))))).....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(...((((()))))....)))))))............((((((((.(..(((((((.(((((((....(((((.((((((((.((((..((..((((((((((((((..((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((..(.(((....)))..).)))....))))).)))).))))))).))))....))))))))).)))))))))))).))))))))))))..)).)))))..))))))))).....
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((............))).........(((.......)))...(((.((....(((((((.(((((((....((((((((((((((.((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..))))))))...))))))...)))))))))))))))))))))))))..)).)))))...)).))).......
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....((((......)))).....((((.......(((((((.(((((((....(((((.(((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))).))))))))))))..)).)))))......))))......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((...[[[..))))))....(((((....))))).]]]((((((((......((((..(((((((....(((((.((((((((.((((......((((((((((((((..((((.((((((((.((((((....(((....)))....)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).)))))))).)))....)))))))...)))))))))))).)))))))))))).........)))))))))))).....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((....(((((((.(((((((....(((((.((((((((.((((......((((((((((((((..((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).)))))))).)))....)))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).)))))...)))))))).....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((....(((((((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).)))))...)))))))).....
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((......))).))).((((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((..((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))).))))))))))))))))))))..)).)))))..))))))))....).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((......))).))).((((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((..((..(((((((((.(((((.(.(((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((..(....)..(((....(((....)))....))).....)))).))))))).)..))))))))...)))))))).)))))))))))))))))))))))))..)).)))))..))))))))).....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((....(((..((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((..((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))).))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..))...)))...)))))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.....((((..)))).....(((((....)))))....[[[[[[[[............[[[[[[[....[[[[[.[[[[[[[[[..........[[[[[[[[[[[[[......((((.......(((((....((((((....))))))))))).))))........[[[[[...[[[)))))).(((....)))..]]]......]]]]].]]]]]]]...............]]]]]]......]]]]]]]]].]]]]]]]]]]]].............]]]]]]]].....
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....)))))..((((((((....))))..))))(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..........................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((......)))))......(............)))).............(((((...(((((((....((((((((((.((..((((......(((((((((.(((((....((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))........(((........(((....(((....)))....))).......))))))))).....)))))))...)))))))...)))).))))))).)))))))))))).....)))))................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] (((aaaaaaaaa.aaaaaaaaaah((ggggggg.gggggg.)H).((((((((...((((((...{{{{{{{..{{{{{(fffffffffffffff))))))))AAAAA((((d()A.(((((((.ii(.eeee)))))((((((((....))))))))GGGGGG.bbb([[[[[(((((((GGGGGcccc..)}}}}}AAAA.))..<<<<..))))).))D))).)].FFFFCCCCAAAAAAAAA.)EEGG.FFFFFFFFF>>>>..}}}}}}}..EEIIFF.)]]]))))))))]BBB)
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...)))))))).....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...)))))))).....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...)))))))).....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).....)))))...)))))))).....
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((..........)))).....(((........))))))..(((((((....(((((...(((((((....((((..(((((((..((((......(((((((((.(((((.(..(((((.((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..)))))..)..))))))))...))))))...)))).)))))))..))))))))))).....)))))...)))))))......
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))...(((((...(((....))).[[[[[[[[))))).......(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((..(((((....)))))..)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).............]]]]]]]].....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((((...)).))))))))..(((((....)))))....(((((((((...(((((((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((....((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((....(.(((....(((....)))....))))...))))).)))).))))..))))......)))))))...)))))))))))).))))))))))))..)).))))).).)))))))).....
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((((((.(((((....(((((....))))).....((((((((.(((((((..(((((((...............)))))))..)))))))..(((((((((((......)))))((((.((((((.((((((....)))))).)))))).)))).........)))))))))))))).)))))...)))).((((((....(((((................)))))..((((((....))))))...))))))...........)))))))...))))..........
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((((....)))))........................(((((((..........(((((((.(((((......(((((((...(((((......((((((((........((((((....))))))........))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).......))))).....)))))))...))))))))))))......)))))))..........................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((........))).....((((.......(((((....((((((..............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......))))......
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((((......)))))......(((........))))))..((((.......(((((...(((((((....(((((.(((((((..((((......(((((((((.(((((....((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))).....)))))))...)))))))...)))).))))))).)))))))))))).....)))))......))))......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((.(..(((..((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.(..(((....)))..).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..))...)))..))))))))).....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((........)))))....(((((....((((.....)))).....))))).......(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((..(((((....)))))..)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))....))).(((........)))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((.(..(((..((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.(..(((....)))..).)))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..))...)))..))))))))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..)))))...........))))).((((..)))).(((((((..((.(((....((.(((((........))..))).)).(((((..(..((((((((((((((......)))).....((((((((((((((..)..)))))))))))).).(((((((..)))))))(((((((((((((.(((..(.(........))..)))))))).))).))))).))).(((((((((((..))))))).))))..)).)))))..)..)))))..)))))))).))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((...........................................((...((......)).))..........))...((..(.(((.....(..(.....((((...((.(((((...((.((((((((..(((((.(..(((....))).).).)))).).)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))).))....)))))))....).)).).....................)..)........).))....)..).).......
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((........)))))))...)...(((.......))).(((((.......(((((...(((((((.....((((..(..(.(.(((((...(...((((((((.(((((...((.((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))).))....)))))))...)))))).)..)))))))..)..).))).))))))).....)))))......))))).....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((.(..(((..((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((.(((((.((((.((((((((.((((((.(..(((....)))..).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))))))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..))...)))..))))))))).....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....((((......))))....((((((((....(((..((.(((((((....(((((.((((((((.((((......(((((((((..((((.((((.((((((((.((((((.((((((....)))))).)))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))))..)))).))...)))))))...)))))))))))).))))))))))))..))...)))...)))))))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....)))))....((((((((....(((..((.(((((((....(((((.((((((((.((((......((((((((((((((..((((..((((((..((((....(((((((....)))))))))))..)))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..)))))))).)))....)))))))...)))))))))))).))))))))))))..))...)))...)))))))).....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....)))))..(((....))).(((..(((..(((((....))))).......((((((....))))))..((((....))))..((((((..((((.....)))).(((((((....))))))).((((..(((((......)))))..)))).)).)))).....(((.((.((.........))))))).))).....((((....(((((......))))).(((........))).(((......)))..)))).)))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((........))))))....(((((....))))).....((((...((((.(((((((((((....)))))........(((((....))))).)))))))))).(((......))).((((.....)))).(((((((....))))))).((((..(((((......)))))..))))....((((.....(((.((.((.....[[[[)))))))..((((..((.]]]].))..))))...(((((....)))))..))))..(((......))).))))...........



RNA: SRP_00328

GCCAGGGUAGCAAUGCCUGUGACCUCGUGUGGCAUAAACAAUGUAGUUAGAAUAGUCAGAGUAUGAGAGUUUGAUGAGACAGUUUGCUAAGAGUGUGCCCGUUCCAAACAGUGAGUUGCUAUGGUGGAAACCUAGUAAUAGGACUUCACCAGGGCAUUAAAGAGCUGAGGAACCGCCUCAGGCUGGCAACAGAACAGGGAAAACUUGCCGCUUAUUGUGGUGGAAGGAUAACAUACUCAUUAACUGUCAAGCUAAUCGGUUCUGCUAUUCUGAUCAGACACU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((....)))))....(.(.).)))))..........(.((((.....(..((.(.(.....(((.(.(..(((((((.(....(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))((...))(.((((......(((....(((....)))....)))....)))).))))))))))..)))))))....))))))).).))))))).).).)))....).).))..).))))..).....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.............))))....))))........(((..((((((((((.((((......(((((.....((((((....((((((((((((..((((..(((((((((((((..((((((..((((....))))..))))))..))))......((((((((.....))))).)))(((((...............))))))))))))))...))))))....))))))).))))))))))))))......))))))))))))))....)))..
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(.........)..............................(((((.....(((((((((((((.(((((...............((((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...............).)))))))))))))))))).)))))....
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((.(((.....))).)))).....)))............((((((((((.((((((.(((.(((((.....(((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))......((((((((.....)))))).))(((((...............))))))))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..)))))))))))))))))))........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.(((((....)))))............)).......(.(((.((((((((((.((((((.....((((((.....((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).))))........((((((.....)))))).(((....))).................)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))....).)))))))))))))).)..))).)
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....))))).....(....)))))........(...((((((((((.((((..........(((((..(((((((.(....(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).)))).........((((......(((....(((....)))....)))....))))..)))))))))..)))))))....))))))).).)))))))......))))).))))))))))))))...)....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((.....))).))))....))))............((((((((((.((((((.(((.(((((.....(((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))......((((((((.....)))))).))(((((........(.....)))))))))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..)))))))))))))))))))........
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((....)))).....................(..((..(.(....(((((.((((.(((....(((((..(((((.........(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(..((((....))))..).))))).)))).......(((((.......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))......))))..))))))))))))))))))....).).)))....
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((....))))).........[[[)))....]]].....((((((((((.((((((.....((((((((.(((...))).....(((((((....(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))........((((((.....)))))).(((....)))..((((.....))))..)))))))))..)))))......))))))).......)))))))).....))))))))))))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((.....))).))))....))))........(((.((((((((((.(((((..(((.(((((.....(((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((.(((.(((((((..((((....))))..))))))).))).........((((((.....)))))).(((....)))..((((.....))))..)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..))).)))))))))))))))...)))..
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((....)))))...........................((((((((((.((((((.....((((((.....((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))........((((((.....)))))).(([[[[[.))............]]]]])))))))))..)))))))....)))))))...)))))))))))).....))))))))))))))))........
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.........))...........(...)))..........((..(.(..(((.((((..((((.....((.....(((((((.((...(((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).))).....((((....(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...)))))))).)))))))))......))).))))))))......)).))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((.....))).))))....))))........(((.((((((((((.(((((..(((.((((((.....((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((.(((.(((((((..((((....))))..))))))).))).........((((((.....)))))).(((....)))..((((.....))))..)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..))).)))))))))))))))...)))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((((((((.............)))))..........(((((....((((((.........))))))..(((((((......(((((((....(((((.((((((((.((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))........((((([[[[[[.)))))..((((((...............))))))))))))))..)))))......)))))))...)))))))...)))))]]]]]]))))))))))..........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................((.((((..................(((.....)))((((..(((.......(((.((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).....(.((.((.......(((....(((....)))....))).....))))).)))........))).))))..............................)))).))................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.........)))......(...).))).............(((((.....(((((((((((((.(((((................(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...)))))).................)))))))))))))))))).)))))....
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.........)))......(...).))).............(((((.....(((((((((((((.(((((................(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.((((((...).(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...)))))).................)))))))))))))))))).)))))....
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((.........)).......(...).))).............(((((.....(((.((((((((...((((................(((((((((.(((((.((((((((.((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))).))))))))..))))))))...)))))).................))))..)))))))).))).)))))....
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((....)))).........[[[))))............((((((((((.((((...(((.(((((.....(((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))........((((((.....)))))).(((....)))..((((.....))))..)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..)))..))))))))))))))....]]].
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((.....))).))))....))))........(((.((((((((((.((((((.(((.((((((.....((((((....(((((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))........((((((.....)))))).(((....)))..((((.....))))..)))))))))..)))))))....))))))).))))))))))))))..)))))))))))))))))))...)))..
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((....)))))........((((.((((.....)))).((((((((((.(((((.........(((((..(((((((......(((((((....(((((.((((((((.((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))........((((((.....))))))..((((((...............))))))))))))))..)))))......)))))))...)))))))......))))))))))))))))))))...)))).
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................(((((....(....)...............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))).....................................)))))....
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((.....))).))))....))))........(((.((((((((((.((((...(((.(((((.....(((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))........((((((.....)))))).(((....)))..((((.....))))..)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..)))..))))))))))))))...)))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(((.....))).))))....))).(((.....))).((((((((((.((((...(((.(((((.....(((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))........((((((.....)))))).(((....)))..((((.....))))..)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..)))..))))))))))))))........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((.....))).))))....))))........(((.((((((((((.((((...(((.(((((.....(((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))........((((((.....)))))).(((....)))..((((.....))))..)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..)))..))))))))))))))...)))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((.(((.......))).))))))(((...............(((((((((.((((..((((..(((.((((((((.(((.((.....((..))((.((((((.((((((...(((((((((((((((((....)))))))))))))))))....)).(((((((.(....)))))))).(((((.(.(.......).).)))))....))))..))))))))))))))).)))))))))..))))(((....)))))))))))))))).....))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(....................................................((.........)).((.......).))...............................((....((.....(.............((..(.((.(..(...((...........))....).....).))......(....(((.......(.(.....((.....))...).)......))).).)..).).............)....))..))...........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((..(.......)..))).....)))).........((.((((((((((.((((....(..(((((((.....(((((......(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))........((((((.....)))))).(((....)))..((((.....))))..)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))...)...))))))))))))))...))...
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.........))))...((......)).............((((((((((.(((((..(((.(((((.....(((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((.(((.(((((((..((((....))))..))))))).)))........((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..))).)))))))))))))))........
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..((.....))..))))....))))........(((.((((((((((.((((...(((.(((((.....(((((((......(((((((.((.(((((.((((((((((((..(((((((..((((....))))..)))))))..)))........((((((.....)))))).(((....)))..((((.....))))..)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..)))..))))))))))))))...)))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((....)))).(((.((......))))).(((...(((................)))....((((....)))).))).(((......((((((.(((........))).......((((((..((((....))))..)))))).)))))).....((((((((.....))))).))))))..(((((.(((.....))).((((.....)))).(((..((((..............))))..(((....))))))....)))))..........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....))))).(((([[[[[[..((((.....))))..........))))...]]]]]].((((....))))....(((.....))).((((.........(((.....)))..((((((..((((....))))..)))))).)))).........((((((.....))))))..))))..(((((.(((.....))).((((.....)))).(((..((((..............))))..(((....))))))....)))))..........



RNA: SRP_00329

GCCAGGGUAGCAAUACCUGUGUCUAUAUGUGGCAUAAACAAUGUAGGUUGUGAUAGAUAGGAUAUGAGAGUUUGAUGAGACAGUUUGCUAAGAGUGUGCCCGCUCCAAACAAUGAGUUGCUAUGGUGGUAACCUAGUAAUAGGACUCCACCAGGGCAUUAAAGAGCUAAGGAAACGCCUCAGGCUGGCAACAGAACAGGGAAAACUUGCCGCUUGUUGUGGUGGAAGGAUAACAUACUCAUUAACUGUCAAACUAAUCGGUUCUACUAUCAAAGCCAGACAUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((....)))))....(.....)))))......(...(.((((......(((((.(.(.....(((.(.(..(((((((.(....(((((((.((..((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).))))((...))(.((((......(((....(((....)))....)))....)))).))))))))))..)))).))....))))))).).))))))).).).)))....).).)))))..)))).)...).
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((....)))))(((((.((((((.......))).))).(((..((((((.((((((.....(((((.....((((((....((((((((((.....(((.........(((((((.(((....)))))))))).....(((((((((((...................))))(((((.(((((...............))))))))))...))))))).)))...))))))).)))))))))))))).....))))))))))))..))).))))).
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((....)))..............................((((.......(((((...((.((((((((.....(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...)))))))))))))..))..)))))......))))........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((....))))).....................(((((.((((.((((((.((((((.(((.(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).......((..(((.....)))...)).(((((...............))))))))))))))..)))).))....)))))))...))))))))))))..))))))))))))))).))))..)))))
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((....))))).....................(((((.((((.((((((.((((((.....((((((.....((((((......(((((((.....((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).))))........((.(((.....))).)).(((....))).................)))))))))..)))).......)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..)))))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....)))))...........))))......((((..((((.((((((.((((((.....((((((((.((..((........(((((((.((..((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).........((((......(((....(((....)))....)))....))))..)))))))))..)))).))....))))))).))..)))))))))).....)))))))))))).))))...))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(.(((((....))))))((((.......)))).....(((((.((((.((((((.((((((.(((.(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).))))......((((.(((.....)))..))))(((((........(.....)))))))))))))))..)))).))....)))))))...))))))))))))..))))))))))))))).))))..)))))
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((....))))..........((....)).....((((.(....(((((..(.((.(.((((((((((..((.....(..(.....((((((((..(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).)))).......(((((.......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..))))).)...)))))))....))))))..)))).))))).)).).)))))....)..)))).
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((....))))).........[[[)))....]]].....((((.((((((.((((((.....((((((((.(((...))).....(((((((.....((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).))))..........(((......(((....(((....)))....)))....)))...)))))))))..)))).......))))))).......)))))))).....)))))))))))).)))).......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....)))))...........))))......(((((.((((.((((((.((((((.(((.(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.(((((((((.(((.((((((...((((....))))...)))))).))).......((((.(((.....)))..))))(((((...............))))))))))))))..)))).))....)))))))...))))))))))))..))))))))))))))).))))..)))))
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((....))))).((((.......)))).....(((((.((((.((((((.((((((.....((((((.....((((((......(((((((.....((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).))))..........................((([[[[)))............]]]].)))))))))..)))).......)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..)))))
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((....))))).....((..........)).)...)).((....((((.((((((...((.((((........((((((.((...(((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((.(((((((((....))))))))).))).))).....((((....(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...)))))))).)))))...)))))))....))))))))))....)).......
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((....))))..((((.......)))).....(((((.((((.((((((.((((((..((.((((((.....((((((......(((((((.((..((((.(((((((((.(((.((((((...((((....))))...)))))).)))........(((.(((.....)))..))).((((........((.....)))))))))))))))..)))).))....)))))))...))))))))))))..)).)))))))))))).))))..)))))
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.[[[[[[..))))((((......((((.................((((((.((((((.....(((((.....(((((((......(((((((.(((((....((((((((]]]]]]((((((...((((....))))...))))))((((...................)))).....((((((...............)))))))))))))))))))........)))))))...)))))))))))).....))))))))))))..))))))))..
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................((((((...................(((.....)))((((..(((.......(((.((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).......(((.((......(((....(((....)))....)))....)))))..)))........))).))))..........................).)))))....................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((....)))))............)))............((((((((....(((((...((.((((((((.....(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...)))))))))))))..))..)))))...)))))))).......
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((....)))))............)))............((((((((....(((((...((.((((((((.....(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.((((((...).(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...)))))))))))))..))..)))))...)))))))).......
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((....)))).............)))............(((((.((....(((((...((.(((((((.......((((......(((((((((.(((((.((((((((.((((.(((.(((((((((....))))))))).))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))).))))))))..))))))))...))))))...))))..)))))))..))..)))))...)).))))).......
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....)))))...........))))......(((((.((((.((((((.((((((.....(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.((((..(((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).......((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..)))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((....)))))(((((.......)))))....(((((.((((.((((((.((((((.(((.((((((.....((((((....(((((((((.....((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).......(((.(((.....)))..))).((((.................)))))))))))))..)))).......))))))).))))))))))))))..))))))))))))))).))))..)))))
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....)))))...........))))......(((((.((((.((((((.((((((.....(((((((((.....(((((....(((((....)))))))))).......((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).................((((.((((.((((((...............))))))))))....))))......................))))))))).....)))))))))))).))))..)))))
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................((((.......(((((...((..........................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))...................))..)))))......))))........
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....)))))...........))))......(((((.((((.((((((.((((((.....(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.((((..(((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).......((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..)))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((.((....))))).((((.......))))........)).((((.((((((.((((((.....(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.((((..(((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).......((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).)))).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((....)))))((((((.......((((.....)))).((((.((((((.((((((.....(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.((((..(((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).....(((....(....)..))).(((((....)))..((((.....)))))))))..))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).)))))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((....))))))((((.......))))..).)(((((((((((((((((.(((((.((((..(((.((((((((.(((.((.....((..))(((.(((((.(((.((...((((((((((((.((((....)))).))))))))))))....))..((..)).((...)).(((((.(((((.(.(.......).).)))))))))))))..))))))))))))))).)))))))))..))))((..))...))))))))))))))))).)))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................(.(.......)...)..............(((............(.......(...(..(........(...........................)...........((((......(.(.....((.....))...).)....).)))......)...)...).)................)))........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((....)))))............))).......((((.((((.((((((.((((((.....(((((((.....(((((......(((((((.((..((((.((((..(((((((.((((((...((((....))))...)))))).)))).......((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..)))).
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.........)))).(((.......)))........(((.((((.((((((.((((((.....((((((.....((((((......(((((((.((..((((.(((((((((.(((.((((((...((((....))))...)))))).)))........((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..)))..
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....)))))...........))))......(((((.((((.((((((.((((((.....(((((.....(((((((......(((((((.((..((((.((((..((((((..((((((...((((....))))...))))))..))).......((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))..))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..)))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((....)))).(((((.......)))))..(((((....)))))..................((((....)))).(((((....(((((....)))))))))).....(((((((.(((((...((((....))))...))))).((((...................)))).....)))))))....((((.....))))(((((......)))))...((((..............)))).........(((............))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((....))))).(((((.(((.....))).(((((....)))))....(((((....((((.((((....))))....(((.....))).((((((((........))))......(((((...((((....))))...))))).)))).......[[[[..........))))]]]].((((((...((((.....)))){{{{.)))))).}}}}...((((..............)))).((((....))))...)))))......)))))..



RNA: SRP_00331

GCCUGGCUUAUUGCUGUAACUCCGGAGGCACGAGUGUGAACAUGAGGGGGUGUAUUAGUUCGCGGGUUAGCCGCGCCUGUCUGCUGGACGUCUGAGUCGAUUGCGGGCUCUAGUGUAAGCUUGAGCUCGCGGCCGGUGCGGUUCGGCGGAACGCUCCAGGCUGGUAACAGAGCAGAGAAAAGCCGACGCUUUGACUGGCCAGCAGACCGCAGGUGUAUCUCAACCCGUCCAGACUUCAAAUGCAUUGUACCCACCAGGACAUGCUCGUAUUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((.....)))....((..))))))(.((((((((.((((...(((((((.(.(...(((((((.(..(((((((((((((((..(((.((((((.((((((((((.(((....))).)))))))))).)).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).)))...)))))))...))))))))...).))))))).......).......).))))))).......)))).)))))))).).
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((....))))..))..))))(((((((((.......((((((((((((((..(((((((....(((((((((((((((..((((((((.....((((((((..((....))..)))))))).(((((......))))).....)))).)))).(((..((((((..............)))))))))..)))))))...)))))))).....)))))))....)))...))))))))...))).......))))))))).......
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((..)).....((((.......(((((..(((((((((((.(((((.......((((((((((((((.(.((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))........)))))...))))...))))))).....)).)))......)))).........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.....((......))........)))(((((((((..(.((.(((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((.((((.(((....((((((((((.(((....))).))))))))))((((.(((.(((....)))))).)).))(((....)))..................))).))).).))))))))...)))))))..)).)))))))...))))...))))))))...)))..)))..))))))))).......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(.......).....(....))))).((((((((.......(((..(((((..(....((((((....(((((((((((((((..(((.(((......((((((((.(((....))).))))))))..............((.(.....).))...(((....)))..................))).)))...))))))))...))))))).....))))))......).....))))).....))).......))))))))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.......................))).((((((((.......((((((((....(((.(((((((.(..(((((((((((((((.((((.((((.....((((((((.(((....))).)))))))).((((...))))(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))).).)))))))...))))))))...).)))))))...))).......)))))...))).......))))))))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(.((((....))))..)().))))(((((((((..(.((.(((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((.((((.((((((.((((((((((.(((....))).))))))))))((((.(((.(((....)))))).)).))(((....))).............)))..))).))).).))))))))...)))))))..)).)))))))...))))...))))))))...)))..)))..))))))))).......
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((.....))...............(.(....((.(((...(((((((..(((.((((.(...(((((.(((((((((((((..(.(((((((((((.(((((.((.(((....))).)).))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)...))))))...)))))))......))).))).).))))...))..))))...)))..).).)))....).).......
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....)))...[[[[...))))..]]]]..........(((.(((((((((((.(((((((....(((((((((((((((..(((....(((..(((((((((.(((....))).)))))))))..))).(((..(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))...)))...)))))))...)))))))).....)))))))...))))...)))))))....))).......................
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....)))..........))))(((((((((....((..((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((((......)))....((((((((.(((....))).)))))))).(((((((((..(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))....))))))))))))...))))))))..)).)))))))...))))...)))))))....)))..))...))))))))).......
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((....))))..))..))))(((((((((....((.(((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((..(((.........(((((((((.(((....))).)))))))))(((((..((...{{{{....))[[)).))).......(((((..]]....}}}}..))))))))...))))))))...)))))))..)).)))))))...))))...))))))))...)))..))...))))))))).......
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((.....)))...........)))..((((((.....((.((....((((...((...((.(......(((((((((..(((..((((((((.(((.((((((((((((....)))))))))))).))).....((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..))..))))...)))))).......)......))))......)))).......))..))....)))).....))....
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((....))))..))..))))(((((((((....((..((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((((......)))....((((((((.(((....))).)))))))).((((((((...(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))....)))))))))))))...)))))))..)).)))))))...))))...)))))))....)))..))...))))))))).......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.................[[[[))))(((((((((.........(((((((.......(((((((....(((((((((((((((.(((((((((((.((((((((((............))))))))))]]]]..))))))))....)))..((((........((((((..............)))))).)))))))))))))...)))))).....))))))).................))))))).......))))))))).......
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....)))..........)))).((((((((....((..((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((.((((.((((((.((((((((((.(((....))).)))))))))).)).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).))).).)))))))))...))))))..)).)))))))...))))...)))))))....)))..))...))))))))........
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.................((..))))).((((((((....(((((..(((((((((((.(((((.......((((((((((((((.(((((((((((((.((((((((((((....)))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))........)))))...))))...))))))).....)).)))...))))))))........
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.................((..))))).((((((((....(((((..(((((((((((.(((((.......((((((((((((((.(((((((((((((.((((((((((((....)))))))))))).)))).....(.((((((...).(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))........)))))...))))...))))))).....)).)))...))))))))........
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.................((..))))).(((((.((....(((((..((((((((((...((((.......((((((((((((((.((((((((.((((.((((((((((((....)))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))).))))))))..))))))))...))))))........)))).....)))...))))))).....)).)))...)).)))))........
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....)))..........))))(((((((((....((..((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((..(((....(((..(((((((((.(((....))).)))))))))..))).(((..(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))...)))...)))))))))...))))))..)).)))))))...))))...)))))))....)))..))...))))))))).......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...((((....))))......))))(((((((((........((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((((......)))...(((((((((.(((....))).)))))))))(((((((((..(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))....)))))))))))))...)))))))..)).)))))))...))))...)))))))....))).......))))))))).......
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.....................))))(((((((((.........(((((((......(((((.....)))))........(((((((..((((....((((((................((((.....(((((......))))).....))))...((((((..((((((..............))))))....))))))...))))))......))))...))))))).............))))))).......))))))))).......
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((..)).....((((.......(((((...((((((..................(((((((((((((...((((((((((..((((..((((((....))))))..))))..))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))........................))))))......)).)))......)))).........
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....)))..........))))(((((((((..(.((..((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((..(((....(((..(((((((((.(((....))).)))))))))..))).(((..(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))...)))...)))))))...))))))))..)).)))))))...))))...)))))))....)))..)))..))))))))).......
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.....................))).(((((((((.......(((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((..(((....(((..(((((((((.(((....))).)))))))))..))).(((..(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))...)))...)))))))...))))))))..)).)))))))...))))...))))))))...))).......))))))))).......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....)))....(....)))))(((((((((..(.((..((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((.(((......)))....((((((((.(((....))).))))))))((((((((((..(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))....))))))))))))))...))))))..)).)))))))...))))...)))))))....)))..)))..))))))))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((......((((.((((((.(((((((..))))))).).))))).((........))((((((((((.((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((...).)))))))))))))))).....(.((((((.(((.(((((((((((..))))))))))))))))))))))))))))).).))))))))...)))))))).)).))))))).))).)..((((...))))......))))).).(........)....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(..................................................................(......)............).)......(.........((...........((.(.(....((................(..(.(.........(................).....(.........((............).).....)..).)..).............)).....)).))...)).........).......
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...((((....))))......))))(((((((((..(.((..((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((..(((.....((..(((((((((.(((....))).)))))))))..)).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))......)))...))))))))...)))))))..)).)))))))...))))...)))))))....)))..)))..))))))))).......
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....)))..........)))).((((((((....((..((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((..(((.((((.....((((((((.(((....))).))))))))..((.....)).(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).)))...))))))))...)))))))..)).)))))))...))))...)))))))....)))..))...))))))))........
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....)))..........))))(((((..((....((..((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((..(((....(((..(((((((((.(((....))).)))))))))..))).(((..(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))...)))...)))))))))...))))))..)).)))))))...))))...)))))))....)))..))...))..))))).......
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.....)))...(((.((......)))))....((((......))))..(((..(((((.....)))))..((((.....)))).))).(((....((((((((............)))))))).(((.....)))..(((((...((((.............)))).((((..(((....)))(((.((....)))))............))))...)))))..))).......((((.((..((....))))))))...........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....)))...(((.((......)))))<<<<<<......))))......>>>>>>((((.....(((((.((([[[..))){{{{{.......(((((((((............))))))))){{{))))).((((}}}.))))((((}}}}}........)))).((((..(((....)))(((.((....)))))...]]]......)))).))))...............((((.((.((.....))))))))...........



RNA: SRP_00340

GGUGAGCGUAACGUCUCGCUGUCACCUGAGUGGGGGUCGUCCGUUGGUGGCAGGAGAAUCGCGCUUCCCUGCCUGGCACCGGGUACAAGUGACAAUCUGCCCCUUGCAAGGCCGCAGUCUCCGGUGGGAUGGGGACGGAGGUCCCCAUCUCUCGGGUGAUGAUGAGACGCGCAACGCCUCAGGCUGGAAACAGAGCAGGGAAAAGUGUCCGCUGUGGCGCAGAGCAGGGAUCACAGAGUGUCACCCCGGCUGAACAGGGCAGGUGGAGGAGCUCCUCACACCGCGUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((.((((..(..)..))))....((((..)))).)))..(.((..(.((........((((.......(.(.(....(((((.....((((((.((((.((((.((..((((((((((.((.(.(((((((((((....))))))))))).).)).)(...)..(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)...))))))....)))).)))))))))))....)..).)...)))).......)).)..)).).....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...))))))....((((..(((((((.....((((((.((((..((((((..(((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)...))))))....)))).))))))))))).))....)))).((((((((....)))).))))....))
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...))))...(((((((..(((((((.....(((((..((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....))))))))))))))))............((((....(((....(((....)))....)))....))))..)))))))).....))))))....))))..)))))))))).))....)))))))..((((....)))).))))......
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((......)))))......(((......))).....(((.......(((((...(...(((((((((((((.(((((...........(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...))))))).....))))))))))))))))))...).....)))))......)))...
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.((((((....((((.((((((((..((((((.....))))))))))))))))))...)))))).).((((((.(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((((((((.(((((((((((....)))))))))))))))).).......(((((......((.....(((....)))....)).....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))..)).))))((((((((....)))).))))......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................((((.....(((...(((.(((........((((..(((((....)))))..))))..............(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..))).))).....))).......))))...................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........))))..))))...((((((((..(((..........)))........(((.(((((((....(((((.....((((((.((((.(((.(((...((((((((..((.(.(((((((((((....))))))))))).).)).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).......)))))))..)))..))).))))).........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((....((((.((((((((..((((((.....))))))))))))))))))...)))))).))((((((.(((((((.....((((((.((((..((((((..(((((((((((((((.(((((((((((....)))))))))))))))).).......(((((......(((....(((....)))...))).....))))).)))))))).)...))))))....)))).))))))))))).))..)).))))(((((((((()))))).))))......
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((...)).)).........(((.........))).....((.((.(.......((((..((((((((((((((((((.....((..((.(((((.(((((((.(.(((((((((((((.(((.(((((((....))))))).)))))))).).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...))))).))..))))))).)).)))).))))).)).))..))..)).).))......
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))..(((((((....(((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).......)))))))..((((....)))).))))......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))).))..((((.(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))...))).....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))..))))((.((((((((....)))).))))))....
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((....((((.((((((((...(((((.....))))).))))))))))))...))))))..(((((((.(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))..)).)))))(((((((....)))).))).......
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((.....))))........(((..........))).))).((..((((.(((((((......(((((((((..((((.....((.((.((((((.(((((((.(((((((((.(((((..((((((((((....)))))))))).)).))).....((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))).)..))))))))...))))).)).))))))))).....)))))))))))))..)........)))))...
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))).)).(((((.(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......((....((((....))..)).)).....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))..))).)).((((((((....)))).))))......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((((.((((((((..((((((.....))))))))))))))))))...)))))..(((((((....(((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((.....(((...)))....................))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).......)))))))..(((((..))))).))))......
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........)))..)))))....((((.....)))).(((((..(((((..((...((((((((((((.(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))..)).)))))).)))))).)))))..))))).....
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................((.((((..........................((.....)).((((................((((.......(((((((....))......))))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....)))))..................))))...............................)))).))...................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......)))))))....(((......))).....((((((....(((((...(...(((((((((((((.(((((...........(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...)))))).....))))))))))))))))))...).....)))))...))))))...
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((......)))))))....(((......))).....((((((....(((((...(...(((((((((((((.(((((...........(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).....(.((((((...).(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...)))))).....))))))))))))))))))...).....)))))...))))))...
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((..........)))).....(((......))).....(((.(.....(((((...(...(((.((((((((...((((...........(((((((((.(((((.((((((((.((((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))).....(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))).)))))).))..))))))))...)))))).....))))..)))))))).)))...).....)))))....).)))...
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))..)).((((..(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))....)))).((((((((....)))).))))......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((...(((((.((((((((.((.((((.....)))))))))))))))))).).))))))...((((((.(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((((((((.(((((((((((....)))))))))))))))).)....((([[[[[........)))..(((....)))...........]]]]].)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))..))).)))((((((((....)))).))))......
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((....((((.((((((((..((((((.....))))))))))))))))))...))))))(((((.......(((((.....((((((.((((..((((((..((((......(((((.(((((((((((....))))))))))))))))......((((...........)))))))).........))))))......((((.((((........))))))))..)))).))))))))))).....)))))..((((((((....)))).))))......
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................(((......))).....(((.......(((((......(....)..........................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..))).....(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))).....)))))))...)))))).................................)))))......)))...
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))..)).((((..(((((((.....((((((.((((..((((((..(((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)...))))))....)))).))))))))))).))....)))).((((((((....)))).))))......
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))).))((((.....(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))..)))))).((((((((....)))).))))......
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))..))(((((..(((((((.....((((((.((((..((((((..(((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))).)...))))))....)))).))))))))))).))....)))))((((((((....)))).))))......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.(((((((((.((((.(((((((((.................))))))))))))))))))))))))(((((((((((((((.....((((((..(((..(((((...((((((((((((((((........)))))))((((.((((((......)).))))))))(((((((.(((((((((((..)))))))))))))).))))..)))))))).)....)))))....)))..))))))))))).))).)))).)))((((((((..))))).))).......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................................................(.(....).).............(.......(...(..(.....(((..(.((....(...((...(....((((.((.....))....))))...)......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))).......))......).))....)...))).....)..).).................................)...
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))..)).((((..(((((((.....((((((.((((..((((((..(((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)...))))))....)))).))))))))))).))....)))).((((((((....)))).))))......
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((........)))...)))).....(((.....)))...((((..(((((.......(((((((((((..(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))....))))))).))))...)))))..))))......
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................................................................................................................................................................................................................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((((....((((.((((((((....((((.....))))..))))))))))))...)))))..)).((((..(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))....)))).((((((((....)))).))))......
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((........)))).((((....))))..((((((....)))))).((((........)))).((((((....)))))).............((((..(((......)))...(((((.((((((((((......))))))))))))))).......(((...........))).((((((.......((((.............))))(((((.................)))))...)))))).....)))).((((((((....)))).))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.(((........)))...)))).....(((.{{{.)))...(((}}}......)))..(((.(((((((((....))))).((((........<<<<<))))..(((((((...[[[[.))))...((((((]]]])))))).bbbb..)))>>.....BBBB.........>>>..cccccc.........)))).......(((.((((aaaaa...))))))).......AAAAA...CCCCCC......))).((((((((....)))).))))......



RNA: SRP_00347

GCCGGGCGUUGUGGCGAGCGCUUGUAAUCCAGCUACUUGGAGGCUUGGACCAGUGGAUGUCUUGAGAGCGGGAGUUCUGUGCCUGGUUGUGCUCAUGUUGACCGAGCGUCCGCAUCAAGCAUGGCGUCAACAUGGUUGAUUCUGAGGAGUCAGAGCCGACCAGGUUCGUCAAAGAGGGUCGGACCGGCCGAGGGCGGAAACGCAGCAGGCAAAAGUCCCCGCGUCAGCGCAGUGAUGGGAUAGCGCUCGCGAAUAAGCCGCCGGGUACAGCCCGCUCAAGAAACUCAGACCUGGUCCUUACCUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........))))))..(((((((....((..((..(((((((....(((((((((..((..((.((.((...(((((((((.(((((.((.((((((.(((.((((((.((((((....)))))).)))))).)))..(...)..(((.(......(((....(((....)))....)))....).))).))))))..))..)))))))...))))))).)))).)).)).))))))))))))))))....))..))...))))))).........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((((((......))))))))...(((((....)))))((...(((((((.(..((((((((..(((((....(((((((((((.(.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((..(((((....)))))..))))))..................((((..(((....(((....)))....)))....))))..))))))..))..)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))))))....))..))))))))...))...)
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................((.(((...((...((.((((...(((((.....))))).)))))).....((.....(((.((((.(.((((((....)))))).).)))).)))..(......)...))...))(((....(((....)))....)))...))).)).......................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))((...(((((((..((..((((((..(((((....(((((((((((.(.(((..((((...(((((((...(((((....((((.......((((((..(((((....)))))..))))))((((((...........)))))).))))...(((...((((....(((....)))...))))...)))..))))).....)))))))..))))))))))))))))))))))))))))))...))....)))))))...))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......)))))))).........................................(((((((....(((((((((((...............(((((((............((((((.....((((((.((((((....)))))).))))))...............................(((....))).................))))))................)))))))..........)))))))))))))))))).............................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((........))......((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((..(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))..)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......)))).........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......)))))))).(((((((((.......)))).)))))......(((((...(((((((....(((((((((((((..(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).))..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...................
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...............((((...(((((((......((((..(((((((....(((((((((((...(((.........(((((((((.(((((.....((((......((((((.((((((....)))))).))))))((((((.(.......).)))))).(((....(((....)))....)))...........)))).......)))))))...)))))))......))).)))))))))))))))))))))).........)))))))...))))..
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((((....))))))))..(((((((.(..((..(...(((((((....(((((((((((.(.....((.(((..(((((((((.(((((.((.((((((.(((.((((((.((((((....)))))).)))))).))).........(((.(......(((....(((....)))....)))....).))).))))).).))..)))))))...))))))))))))...).)))))))))))))))))).....)..))..)))))))).........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((........))))))..(((((((....((..((..(((((((....(((((((((((.((.......((...(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((.((((((....)))))).))))))((((((.(.......).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))..))..)))))))...))))))).))....)).))))))))))))))))))....))..))...))))))).........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))......((....))(((((...(((((((....((((((..(((((((....(((((((((((.(.(((...((....(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((.((((((....)))))).))))))((((((.(.......).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))..))..)))))))...)))))))...)).))))))))))))))))))))))))))....))...)))))))...))))).
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((..........)))))....(((........))).....((((.......(((((((.(((((((....(((((((((((.(.((((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))..)..)))))))...))))))).).)))))))))))))))))))))))))..)).)))))......)))).........
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........))))....((((((((.......))))).))).......(((((...(((((((....(((((((((((.(.((((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).))))........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))).).)..)))))))...))))))).).))))))))))))))))))))))))).....)))))...................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((((....))))))))..(((((((......((((((..(((((....(((((((((((...(((.........(((((((...(((((....((((((.(((.((((((.((((((....)))))).)))))).)))..............((((..(((....(((....)))....)))....))))..))))))......))))).....)))))))......))).)))))))))))))))))))))).........))))))).........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))....((((....))))(((...((((((((.((.((.((..(((((((....(((((((((((.(.(((..((((...(((((((((.(((((.((.((((((..((.((((((.((((((....)))))).))))))((((((((......)).)))))).(((....(((....)))....)))....))....))))))..))..)))))))...)))))))..))))))))))))))))))))))))))..)).))))..).)))))))...)))...
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))....((........))(((...(((((((((....(((((..((((((....(((((((((((...(((.....((..(((((((((.(((((.((.((((((.((..((((((.((((((....)))))).))))))[[))((.......{{..))((]].(((....(((....)))....))).....))}}.))))))))....)))))))...)))))))))....))).))))))))))))))))))))))....))...)))))))...)))...
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((......))).))).((((((((.(..(((((((.(((((((....((((((((((.((.(((.((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).)))......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))).)))..))))))))...))))))))))).))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))).....)...
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....((((....)))).)))..(((((((.(..(((((((.(((((((....((((((((((.((.(((.((.(((..(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))).)))..)))))))...)))))))))))).))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))).........
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))....(((......))).((...(((((((..(...((((..(((((((....(((((((((((.(.(((...(((...(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((.((((((....)))))).))))))((((((((......)).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))..))..)))))))...)))))))..))).))))))))))))))))))))))))))....)....)))))))...))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((........{{{{{{{{(.....(((((....))))).....{{{{{{{.....{{{{...{{{{{{{....{{{{{{{{{{{..{{{{(((((((((...(((..)))............))))))))).((((((((..))))))))..((((((...............)))))).))))).....(((....)))}}}}(((....(((((.((((..))))......))))))}}}}}}}}......)))}}}}}}}}}}}}}}}}}}.........}}}}}}}}}}}.........
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......)))))......(((((((.......))).)))).........((((.((((((((.....(((((((((((.(.(((..((((...(((((((((.(((((....((((((.(((.((((((.((((((....)))))).)))))).))).........(((........(((....(((....)))....)))......))).))))))......)))))))...)))))))..))))))))))))))))))).)))))).......))))))................
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((....(((.((((.(...).))))..)))....)).(((((...(((((((....(((((.(((((((.((..((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(..((((((....))))))..).))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))).))....)))))))...)))))))...)).))))))))).)))))))))))).....)))))...................
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((..(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))........
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..........)))))....(((((...).)))))))..........(..(((((...(((((((....(((((((((((((..(((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).(...)(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))).))..))))))))...)))))).).))))))))))))))))))))))))).....)))))..)................
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((..(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....))))))))))))).))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))........
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..........)))))....(((.(...)..))))))..........(..(((((...(((((((....(((((((((((((..(((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).(...)(.(((((.....((((....(((....)))....))))...))))))))))))).))..)))))))...))))))).).))))))))))))))))))))))))).....)))))..)................
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((..........)))).....(((.(...)..))))))..........(..(((((...(((((((....(((((((((((((...((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).(...)(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))).))..))))))))...))))))...)))).)))))))))))))))))))).....)))))..)................
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((.[[[[.)))))))).......]]]]...(((((...(((((((..((..((((..(((((((....((((((((((.((.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((..(((((....)))))..))))))((((((((......)).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))))....)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))))))...))....)))))))...))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((((((...).)))))))))..(((((....))))).....(((((((((.(.(((((..(((((((....(((((((((((.(.(((..(((((..(((((((((.(((((....((((((.....((((((.((((((....)))))).))))))((((((((......)).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))......)))))))...)))))))).))))))))))))))))))))))))))))))..)))..).))))))).........
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))..............(((((...(((((((.....((((...(((((((....(((((((((((..((((..(((((......(((((..........(((((......((((((.((((((....)))))).))))))....))))).....(((((...)))))..)))))......)))))))))........((((..(((((............)))))))))........)))))))))))))))))).........)))))))))))...))))).
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((((....)))))........................(((((((....(((((((((((...(((.........(((((((...(((((....((((((.(((.((((((.((((((....)))))).)))))).))).........(((........(((....(((....)))....)))......))).))))))......))))).....)))))))......))).)))))))))))))))))).............................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((........))).....((((.......(((((....((((((...............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..)))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))).....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......)))).........
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((..........))).....(((.((((.......))))..))).......(((((...(((((((....(((((.(((((((..(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((.(..((((((....))))))..).))).))))......(.(((((......(((....(((....)))....)))....))))))))))))).....)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).....)))))...................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))((...(((((((.(..((((((((..(((((....(((((((((((.(.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((..(((((....)))))..))))))((((((((......)).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))))....)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))))))....))..))))))))...))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.((..(((....)))...)).((((....))))..)))))).(((((((...((((((..(((((....((((((((((.((.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((..(((((....)))))..))))))((((((((......)).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))))....)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))))))...)))...))))............
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((((....))))))))..(((((((.(..((((((..(((((((....((((((((((.((.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((..(((((....)))))..))))))((((((.(.......).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))))....)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))))))....))..)))))))).........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.......).)))))).).((((((..))))))((...((((((((((((..((((((..(((..(..((((((((((((((..(((...))).(((((((((.(((((..(.((((((..((.(((((((((((((..)..))))))))))))))..((((..))))((..(((((((((((((((((..)))))))))))).).))))))))))))).....))))))))...)))))).......))))))))))))))))))))))))..)))))...)))))))...))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((............................................((............))...........))...(((...(((...(..(..(..(.......(((..(((((....(.((((.(...((((((.(((..........))).))))))..)........(.(((.(......(((....(((....)))....)))....).))))))).).).....))))))......)).......)................)..)..)....).).).....).).)..........
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((((((......))))))))...)..((((.......)))).((((....((.((..(...(((((((.....(((((.(.(.((.(((.((...(...((((((((.(((((....((((((((((.((((((..(.(.........).).)))))).))).).....(.(((.(......(((....(((....)))....)))....).))))))))).).....)))))))...)))))).)..))).)))).).)))))).))))))).....)..))...)).)))).........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((......))))((...(((((((.(..(((((((..((((((....(((((((((((.(.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((..(((((....)))))..))))))((((((...........)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))..))..)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))))))....))..))))))))...))....
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...((((......)))).....(((((((....((......(((((((....(((((((((((.(.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.(((.((((((.((((((....)))))).)))))).))).........(((........(((....(((....)))....)))......))).))))))..))..)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))........))...))))))).........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((......)))))).....(((((....))))))))..(((((((..((..((((..(((((((....(((((((((((.(.(((....(((..(((((((((.(((((.((.((((((.....((((((..(((((....)))))..))))))((((((((......)).)))))).(((....(((....)))....)))..........))))))..))..)))))))...))))))))))...))))))))))))))))))))))))))...))....))))))).........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((((.......))).))))...((((((((....(((((....))))).....(((((..((....)).))))).))))))))......((((.......))))...(((((....))))).(((((.....)))))......((((.((((.....)))).(((((..((((.................)))).(((((............)))))..........)))))(((.....)))...........................))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((......))))))))...(((((....)))))(((..((((........))))..(((((....)))))..))).(((bbb((((.<<<<<<..))))(((....>>>.>>>.))).((((..[[[)))).(((((....)))))(((..]]])))...........((((aaaaa))))...(((((..((((.AAA.......{{{{{.))))..((((......}}}}}.))))...........)))))(((.....)))...............))).AABBB.........



RNA: SRP_00368

GCCGGGCGCUGUGGCGUGUGCCUGUAAUCCAGCUACUUGGAGGCUUGGGCUGUCGGAUCGCUUGAGUCCAGGAGUUCUGGGCUGCACUGAGCUAUGUCGAUCGGGUGUCCGCACUAAGUUCGGUAUCAAUAUGGUGUUCCUGGGGGAGCCUCGGAUCACCAGGUUGCUCUAAGGAGGGGUGAACCGGCCCAGGUCGGAAACGGAGCAGGUCAAAACCCCCGUGCCGAUCAGUAGUGGGAUCGCGCCUGUGAAUAGCCGGUGCAGAACAGCCUGAACAACACAGCGAGACACAGUUCU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((........))))))..(((((((....(((((...((.((((....(((..((((((((.(((((.(....(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).((...)).(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))))..))))))).)).....)))))...))))))).
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Alterna [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CMfinder(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................(((((((((.(.((.(..(((((.....))))).).)).)..(((((....((((.(((((..((.(((....))).))..))))).))))(.((....)))..))))))))))))))(((....)))..............................................................................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((........))))).....(((((....))))))))..(((((((....(((((...((.((((....(((..((((((((.(((((.(((..((((((((((((((....(((((((...........((((((((.(((((.((....))))))).)))).))))(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))..))).))))....)))))))))))))))))))))))..)))))))....))..)))))...))))))).
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))....................................................(((((((((((((..............((((....))))....(((((((.....(((((((.((((((...)))))))))))))..............(((((.............(((....)))...........))))).))))))).............................)))))))))))))............................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((......))))).......((........))......((((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......)))).
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................(((.((((.......))))..))).......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((..............(((((....)))))..(((((((.........)))))))..((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(((((..(((.((......((....))..)).)))....))))).))))))).)..))))))))...))))))))))))))))))))))..))))))).....)))))))............
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))..................)))...((((((.(..(((((((.((.((((....(((..((((((((.(((((.((...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(((((.....((((....(((....)))....))))...)).)))))))))).)..))))))))...)))))).)))))))))))))))..))))))).))..)).)))))..)))))))..
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((........))))))..(((((((....(((((...((.((((....(((..((((((((.(((((.(....(((((((((.(((((.(.((((((.((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).((....))(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))..)))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))))..))))))).)).....)))))...))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((..((..........(((((....)))))(((((((((.........)))))))))((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).((....))(((((..(((.(((.....((....))).)).)))....))))).))))))).)..))))))))...))))))))))))))))))))))..))))))).))..)))))))............
Cylofold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..........))))......(..........).......(((.......(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((.(((((((....))))))).))))).)))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...)))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))......)))..
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((........))((((....((((......)))).....)))).......(((((((.(((((((....(((((.(((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(.(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).))))))).)..)))))))...))))))).).)))))))))))).))))))))))))..)).)))))...........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..((((.[[[[[))))............]]]]].....)))..(((((((....(((((......((((....(((..((((((((.(((((.........((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(((.......((((....(((....)))....))))....)))..)))))))....)))))))).)))........)))))))))))))..)))))))........)))))...))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))......((((.......)))).(((((((....(((((((.((.((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))((....)).(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))))))))))))..))))))).))..)).)))))...))))))).
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.[[.....)))))).....((........)).)))(({{{{{{{....{{{{{.))((.((((....(((..((((((((.(((((.((...(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....))))))))...)))))).)))))))))))))))..))))))).))...]]}}}}}...}}}}}}}.
MCFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....(((......))).)))....(((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.((..((((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).))).......((((...(.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..))))))...
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......))))))).....((((....)))).)))..(((((((.(..(((((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((.(((((((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).))).......((((..(....)..(((....(((....)))....))).....)))).)))))))))..)))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))))))..)).)))))..)))))))).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...((((......)))).....(((((((....(((((((.((.((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).))))..(....).(((((......(((....((......))....)))....))))).)))))))....))))))))...))))))))))))))))))))))..))))))).))..)).)))))...))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((([[[[[[[......(((.....(((((....))))))))[[[[[[[[[.............((((((...))))))[[[[[[[[.[[[[[......[[[[[[[...[[[[[...[[[[[[......(((((...((((((...))))))..)))))..(((((((.............((((((..))))))....))))))).........))))]]]]]]....]]]]].....]]]]]]]...]]]]]]]]]]]]].]]]]]]]]]....]]]]]]]............
Multilign(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Multilign(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((..(((..((.(((.(((((((.......))).)))).))).))..)))....((.((((....(((..((((((((.((((..((((...((((....))))....))))........(((((.(((.(((....))).))).)))))(((((((((.....))))).))))...............(((.((.((........)).)).))).............((((....)))).))))))))))))..))))))).))..)))))).............
Murlet(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Murlet(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....................((....(((.((((.......))))..)))....)).(((((...(((((((....(((((.(((((((.((.((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((....((((((....))))))....))).)))).......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...)).))))))))).)))))))))))).....)))))...........
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((........)))(((.((.(((((((.......))))).)).)).)))..((((...(((((((....(((((((((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))..(...)..(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..))))))))...)))))).).))))))))))))))))))))))))).....))))............
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......)))))))....(((.(...)..)))))).((((((((....(((((...(((((((....(((((((((((((.(((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).)))).......(.(((((......(((...((((....)))..).)))....)))))))))))))))..))))))))...))))))...))))))))))))))))))))))))).....)))))...))))))))
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((....)..)))(((.((((((.(((.......))).).))))).)))..((((...(((((((....(((((((((((((.(((((..(...(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))..(...)..(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))))..)))))))...))))))).).))))))))))))))))))))))))).....))))............
PPfold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PPfold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((....((((......)))).(......((........)).)))..............((((...(((((((....(((((((((((((..((((......(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((((((....))))))))))))).))))..(...)..(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..))))))))...))))))...)))).)))))))))))))))))))).....))))............
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((........))))).....(((((....))))))))..(((((((....(((((((.((.((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))))))))))))..))))))).))..)).)))))...))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((...)).)))))))...(((((....))))).....(((((((....(((((((....((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(((((......((((...........)).))........))))).)))))))....))))))))...))))))))))))))))))))))..))))))).....)).)))))...))))))).
RDfolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((((....))))).....(((((((....(((((......((((.........((((((((.(((((......(((((((...(((((...(((((((.....(((((...((((((...))))))..)))))..............(((((...(((((....))))).................))))).)))))))....))))).....)))))))...))))))))))))).....))))........)))))...))))))).
RNASampler(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
RNASampler(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((((....)))))...........................((((.........((((((((.(((((......(((((((...(((((...(((((((((((...........(((....)))...........)))).........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....))))).....)))))))...))))))))))))).....))))........................
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((........))).....((((.......(((((....((((((..............................((((((((.(((((...((((((((((..(((((..((((((....))))))..)))))..))).......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))))..(......)............))))))......)))))......)))).
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((......))....(((.((((.......))))..))).......(((((...(((((((....(((((.(((((((.(((((......(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((((((....))))))..))))).)))).......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))))...)))))))))))).)))))))))))).....)))))...........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((........))))).....(((((....))))))))..(((((((.(..(((((((.((.((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))))))))))))..))))))).))..)).)))))..)))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((........))))...((..((((((.......))).)))..)))))).(((((((.((.((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))))))))))))..))))))).))..)).)))))...........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((........))))))....(((((....))))))))..(..((((.(..(((((((.((.((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).......(.(((((.....((((....(((....)))....))))...)))))))))))))....)))))))...)))))))))))))))))))))))..))))))).))..)).)))))..)))))..).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((((((....(((((((..))))))((((..))))..(..)).(((..))).(((..(..(((.(((((((((.(((((.((.(..((((((((.(((((((..(((((.((((((((((..((.((((...))))))..)))))))))).(((..)))(((((...((((((..))))))...(..)((......)))))))..)))))..).))))))))).))).))..))))))))))))))))).))))))))..).)))).).)).))))))...
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (.............................................(((.(.....).)..)).............)..((((((.......((.(.....((.((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((..((....))..))).))))).)))).......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...))))).).....................).))...........).....)))))..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((........)))))........((((.......)))).((((((.....(((((...((.((((.....((..((((((((.(((((...(...((((((((.(((((...(((((((((((.(((((..((.(((....))).))..))))).)))).......(.(((((......(((....(((....)))....)))....)))))))))))))....)))))))...)))))).)..)))))))))))))..)).)))).)).....)))))....)))).))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((........))))).....(((((....))))))))..(((((((.(..(((((((.((.((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....))))))))...))))))))))))))))))))))..))))))).))..)).)))))..)))))))).
TurboFold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................
TurboFold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...((((......)))).....(((((((....(((((((.((.((((....(((..((((((((.(((((.((...(((((((((.(((((...(((((((((((.(((((.(((.(((....))).))).))))).)))).........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....)))))))...))))))).)))))))))))))))..))))))).))..)).)))))...))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((........))))).....(((((....))))))))..(..((((....(((((((.((.((((....(((..((((((((.(((((.(((..(((((((((.(((((...((((((((((..(((((.(((..((....))..))).)))))..))).........(((((.....((((....(((....)))....))))...))))).)))))))....)))))))...)))))))))))))))))))))))..))))))).))..)).)))))...))))..).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((........)))))))...(((((....))))).(((.(((((....(((((.(((....))).(((((.((......)))))))....))))).((((....)))).)))))..((((.....)))).(((....))).(((.((....)))))..(((((.....)))))...(((((....)))))......))).(((.......((((.((......))..))))...(((((...........)))))......))).((((................)))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((.[[[[[..))))))).......]]]]].....((((..(((...<<<<..)))..(((((((.....)))))))...(((({{{{{.....))))(((}}}}))).........((((.....)))).(((((((.....))).((((....))))aaa...))))..(((...(((((....)))))...(((AAA............))).)))((((.}>>>>..))))(((((...........))))).....)))).((((................)))).



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