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CGUACUCCCUUAAUUCCGGUUGAUCCUGCCGGAGGCCACUGCUAUGGGGGUCCGACUAAGCCAUGCGAGUCAAGGGGGCGUCCCUUCUGGGACGCCACCGGCGGACGGCUCAGUAACACGUCGGUAACCUACCCUCGGGAGGGGGAUAACCCCGGGAAACUGGGGCUAAUCCCCCAUAGGCCUGGGGUACUGGAAGGUCCCCAGGCCGAAAGGGAGCCGUAAGGCUCCGCCCGAGGAUGGGCCGGCGGCCGAUUAGGUAGUUGGUGGGGUAACGGCCCACCAAGCCGAAGAUCGGUACGGGCCGUGAGAGCGGGAGCCCGGAGAUGGACACUGAGACACGGGUCCAGGCCCUACGGGGCGCAGCAGGCGCGAAACCUCCGCAAUGCGGGAAACCGCGACGGGGGGACCCCCAGUGCCGUGCCUCUGGCACGGCUUUUCCGGAGUGUAAAAAGCUCCGGGAAUAAGGGCUGGGCAAGGCCGGUGGCAGCCGCCGCGGUAAUACCGGCGGCCCGAGUGGUGGCCACUAUUAUUGGGCCUAAAGCGGCCGUAGCCGGGCCCGUAAGUCCCUGGCGAAAUCCCACGGCUCAACCGUGGGGCUCGCUGGGGAUACUGCGGGCCUUGGGACCGGGAGAGGCCGGGGGUACCCCCGGGGUAGGGGUGAAAUCCUAUAAUCCCGGGGGGACCGCCAGUGGCGAAGGCGCCCGGCUGGAACGGGUCCGACGGUGAGGGCCGAAGGCCAGGGGAGCGAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCUGGCUGUAAAGGAUGCGGGCUAGGUGUCGGGCGAGCUUCGAGCUCGCCCGGUGCCGUAGGGAAGCCGUUAAGCCCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGGCGGGGGAGCACUACAAGGGGUGGAGCGUGCGGUUUAAUUGGAUUCAACGCCGGGAACCUCACCGGGGGCGACGGCAGGAUGAAGGCCAGGCUGAAGGUCUUGCCGGACGCGCCGAGAGGAGGUGCAUGGCCGCCGUCAGCUCGUACCGUGAGGCGUCCACUUAAGUGUGGUAACGAGCGAGACCCGCGCCCCCAGUUGCCAGUCCCUCCCGCUCGGGAGGGAGGCACUCUGGGGGGACUGCCGGCGAUAAGCCGGAGGAAGGGGCGGGCGACGGUAGGUCAGUAUGCCCCGAAACCCCCGGGCUACACGCGCGCUACAAUGGGCGGGACAAUGGGUGCCGACCCCGAAAGGGGGAGGUAAUCCCCUAAACCCGCCCUCAGUUCGGAUCGCGGGCUGCAACUCGCCCGCGUGAAGCUGGAAUCCCUAGUACCCGCGCGUCAUCAUCGCGCGGCGAAUACGUCCCUGCUCCUUGCACACACCGCCCGUCACUCCACCCGAGCGGGGCCUAGGUGAGGCCCGAUCUCCUUCGGGAGGUCGGGUCGAGCCUAGGCUCCGUGAGGGGGGAGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUACGGCUCGAUCACCUCCUAUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Alterna
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((((.......)))))))..........(((((((((....................(((((((((((....)))))))))))...................(((((((.......(((((((.(((((((.....................)))))))......................................................)))))))....)))))))..................................................((((((((....)))...)))))....(((((............))))).((((....))))............................................)))))))))........................................................(((((...(((((((................))))))).)))))........................................................................................................................(((((((((((((((((((((.................))))))))))))))................)))))))..........................................((((.........)))).....................(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((.............((((((((..............................(((((((...((((......((((((........)))))).........))))..........................................((((......))))..................(((((((.................................))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......))))))))...................................................................................................................(((((((.......)))))))............))))))))..............................................................................................................(((((((((....)))))))))............... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((.......))))).((((((((((.((((((.(((.....(((......(((..((....(((((....)))))....)))))................(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((.(((....)))))))))).......................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((((((...)))))))).(((.(((((.........))))).)))...(((((.......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((.....((((((.....))))))....))))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.((........))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((.....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......(.......(((((((....)))))))...((....))..)...((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((..(((..(((..............))))))...)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...))).....)))))))...........(((((((........)))))))..........))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((...(.((((..((((....)).)).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))............... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.(((((((..(((((((((((((.((.((..(((((((((......(((.(((..(((..((.((((((((....)))))))).)))))..(((((((.((....((((((...((((.(((((((.((((((((.((((((....)))))).).))))))).(.(((((((((.(((....)))))))))))).)...((((((....)))))).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))))))))))))...................(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..)).))))))))))))(((((((((((((((.......))))))))))....))))).................((((((..(.....)))))))(((((((((((()))))))..)))))(((....(((((...((((((((((((.(((((((((((..((((((((.....)))))))).)))))))))))..))))))))((.((((((.....((((((((((.((((((((((((((......))))...)))))))))).)))(((.........))).)))))))....).)))))))))))...))))).))).....)))...)))))))))).....(((((....)))))......(((..(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....)))))))..)))))))))))))(((....))).................((((((((((((.(((.(((((((.((((((((((......((........))....))....(((((((((.(((((((((...((((.))))....)))))))))..)))(((.......)))((((((((((((((.((((((.((......(((((((......))))..))).(((.....))).(((((((.((((..((((((((....))))))))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))..)).)))))))))))).)))))...)))........))))))......)))))))).))..(((((((.....(((((((..((((....))))..))))..))).....)))))))((((((.....(((((((........)))))))...))))))..))))).))).(((((((.......)))))))((....))....)))))))........)))))((.(.((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))))))..))).))))..).)).........(((((((((....)))))))))............... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....(((((<<..<<<..)))))((((((((((.(((((((((......(((.(((..(((..((.((((((((....)))))))).)))))......((((((....((((((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.(((....)))))))))))).....((((((....)))))).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))....{{{{{))))))......}}}}}.((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((...)))))))).((((((((((.......))))))))))...................((....[[[[[[[.......))]]]]]]]...)))))))))).............((....(((((...((((((((((((.(((((((((((..((((((((.....)))))))).)))))))))))..))))))))...(((((......((((((((((.((((((((((((((......)))))...))))))))).)))(((.........))).)))))))......)))))..))))...))))).))((((((>>>...>>((((.........)))).....)))))).....(((..(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...((....))....)))))))..)))))))))))))(((....)))...........((...(((((((((.......(((((((((((((((((((((....(((........)))..)))....(((((((...(((((((((................)))))))))...(((((.......))))).(((((((((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.(((((((.((((..((((((((....))))))))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))).)))))).))))).............)))))))......)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))))..))).....))))))).((((......(((((((........)))))))....)))).............(((((((.......)))))))...........))))))))))......)).)))))))((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).........)).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..((((..........((((...))........................................((.((..((((....))))..)).))...................(((((((..((.(.((((((((((((.(((.((((((....)))))).)).).)))).....(((((..((((....))).)))))).......((((((....)))))))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....))))))))..(((....)))..................((((...(((((....))))).))))..(((.((.(((.(((((((...)))))))..((((((((....(...)..))))))))...)))..)).(...(((((((((.((....)))))...))))))..)......))).......................(((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))))....((((((..((...((((.........))))))..)))))).(((........((((((.((((((((.((((.......)))).))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))).....(((.(....))))...........((((..((((...(...)))))))))................(((((((...(((...)))......((....))..))))))).................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((((..((((((.(((((((...............))).))))..))))))...((.(((((.....))))).))..)).))))))))..................................................((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....))))))............(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))..............((((((.((((...........((((.(((..(((((((((((((...(((((....(((..))).))...))..).)))))))))))))..))).))))..)).))..)))))).((((((((....)))))))).))))))..))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((.((((((...((.((((((((((.((((((.(((.....(((.(((....(..((..((.((((....)))).))..)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..)))))).............(((....))).............((.............)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).)))))).).....(((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((((((...))))))))..((((((((.........))))))...)).(((((.......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).)).......(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....))...(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....))))))).)))((...(((..((((....))))...))))).))))..((((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((........))))..)(....(((((((.(...((.......(((((((....)))))))...((....))..)))(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))(...)((((.(((((((...((..((.......(....)...))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((...((((((.(((((....)).)))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((.......))))).((((((((((.((((((.(((.....(((.(((....(..((.....((((....)))).....)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((((...((((((....))))))....)))))).............(((....))).............((.............)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((((((...)))))))).(((((((((.........)))))))))...(((((.......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(.((((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...))))))).....)....(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))).)(((((((((((....)))....(((.........(((((((((((((..((.(((((((.((((((((((....((((........))))(...)...(((((((.....((.......(((((((....)))))))...((....))..)).(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).)))))).....((((.(((((((.((((..((................))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))))))......)))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((...((((((.(((((....)).)))))))))...))))))))))))..))).)))).))))))).)..((((((((((((....))))))))).....)))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((((((((((.((((((((((((.((((((.(((.....(((.(((....(..((..((.((((....)))).))..)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..)))))).............(((....))).............((.............)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).)))))).).....((((((...((((....))))).))))))).))))))..((((((((...))))))))..((((((((.........))))))...)).(((((.......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)))(.(((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)))..(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))((...(((..((((....))))...))))).))))..(((((((((((((..((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((.(...((.......(((((((....)))))))...((....))..)))(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))(...)((((.(((((((.(.((..((................)))).)..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((...((((((.(((((....)).)))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((.......))))).((((((((((.((((((.(((.....(((.(((..(((..((.....((((....)))).....))))....)..(((.......(((((((..((...(((((((.((((((...((((((....))))))....)))))).............(((....))).............((.............)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((((((...)))))))).(((((((((.........)))))))))...(((((.......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....))))))))))))))(((((((((((....)))....(((.........(((((((((((((..((.(((((((.((((((((((....((((........))))(...)...(((((((.....((.......(((((((....)))))))...((....))..)).(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).)))))).....((((.(((((((.((((..((................))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))))))......)))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((...((((((.(((((....)).)))))))))...))))))))))))..))).)))).))))))).....(((((((((((....)))))))))).....))))).... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.....(((((((..((((...((.((((((..((.(((((((((......(((.(((.......(((((((((((....)))))))).((.((..(((((((.......((((((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.(((....)))))))))))).....((((((....)))))).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))))..)))))))....)).))..))).....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((...)))))))).((((((((((.......))))))))))........((((...(((((((...((((...))))..))))))).)))).))..)))))).)).......(((((....(((((...((((((((((((.(((((..((((..((((((((.....)))))))).))))..)))))..))))))))..((..(((.....(((((((.((.((((((((((..(((......)))...))))))))))...((((...))))...)).)))))))....)))..))..))))...))))).)))))..))))...)))))))....(((.(((((....))))).)))..(((..(((((((.((..((((((((((.....))))))))))..))...((....))....)))))))..))).)))))))))(((....)))..........((((..(((((((((.......((((((((((..((((..........((((((....(((((..((((....((.(((.(((((((((...(((...)))....)))))))))..))).))..)))).((.((((((((((((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.(((((((.((((..((((((((....))))))))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))).)))))).)))))...))).))......)))))(((.((((((.((......(((((((.....(((((((..((((....))))..))))..))).....))))))).(((..((.....))..)))......)).)))))).)))..)))))).......(((((((.......)))))))....))))..)).))))))))......)).)))))))((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))))))..))).))))............((((((((((((....)))))))))..)))...))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.((((((((.(((((((((((((.((.((.((((((((((((((..........))))...((((((((((....)))))))).))...................((((((...((((.(((((((.((((((((.((((((....)))))).).)))))))...(((((((((.(((....)))))))))))).....((((((....)))))).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))).((((.(((....)))....))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))))))))))).))).))))))))))).(((((((((((((((.......))))))))))....)))))(((...(((((((...((((...))))..))))))).)))......................(((((....(((((...((((((((((((.(((((((((((..((((((((.....)))))))).)))))))))))..)))))))).(.((((((.....(((((((....((((((((((((((.(...))))))...)))))))))...((((...))))......)))))))....).)))))).))))...))))).)))))..)))).).)))))))))).(((.(((((....))))).)))..(((.((((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...............))))))).))))))))))))))(((....)))..........((((..(((((((((((((.(((.((((((..((((((((((....(((....))).((((((..((((.......(((.(((((((((...(((...)))....)))))))))..))).....))))....((((((((((((((................(((((((......))))..))).(((.....))).(((((((.((((..((((((((....))))))))))))..))))))).....(((((.....))))).....[[[......)))))).)))))...)))]]]......)))).)).)).)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))))..))).....))))))).(((((((...(((((((........)))))))))).))))..)))))).))).((((((((....).)))))))............))))))............)))))))((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....)))))))... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((.......))))).((((((((((.((((((.((......(((.(((.......((....(((((....)))))....)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))...............(((....)))...............................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).)))))).......(((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((((((...)))))))).....(((((.........))))).......(((((.......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))....))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((..((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((.....((........((((((....))))))....((....))..)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((..............)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((((((((((.........)))))))...)))))...)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((...(.((((..((.........)).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....)))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((.......))))).((((((((((.((((((.(((.....(((.(((.......((....(((((....)))))....)).((......(((.......((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((..(((....))).))))))........................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((((((...)))))))).....(((((.........))))).......(((((.......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...)))).(((((..(((((((((((((..((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((..............(((((((....)))))))...((....)).....(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((..............)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((((((((((.........)))))))...)))))...)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((...(.((((..(((.....)..)).)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....)))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.....(((((((..((((...((.((((((..((.(((((((((......(((.(((.......(((((((((((....)))))))).((.((..(((((((.......((((((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.(((....)))))))))))).....((((((....)))))).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))))..)))))))....)).))..))).....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((...)))))))).((((((((((.......))))))))))........((((...(((((((...((((...))))..))))))).)))).))..)))))).)).......(((((....(((((.(.((((((((((((.(((((..((((..((((((((.....)))))))).))))..)))))..))))))))...(((((.(....(((((((.((.((((((((((..(((......)))...))))))))))...((((...))))...)).)))))))....).)))))..)))).).))))).)))))..))))...)))))))....(((.(((((....))))).)))..(((..(((((((.((..((((((((((.....))))))))))..))...((....))....)))))))..))).)))))))))(((....)))..........((((..(((((((((.......((((((((((..((((..........((((((....(((((..((((....((.(((.(((((((((...(((...)))....)))))))))..))).))..)))).((.((((((((((((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.(((((((.((((..((((((((....))))))))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))).)))))).)))))...))).))......)))))(((.((((((.((......(((((((.....(((((((..((((....))))..))))..))).....))))))).(((((((.....)))))))......)).)))))).)))..))))))......((((((((.......))))))).)..))))..)).))))))))......)).)))))))((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))))))..))).))))............((((((((((((....)))))))))..)))...))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................(((..((((.((....(....((...((.(......).))...)).......(......(..(....((...(.(.((...((.(.............)....)).....(...).............)).).)..))..)..)..((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))...)...............)..)......((((((....(((....))).).)))))...........((((..(....)...))))..((((((.(..........))))).))...(((((.......((((((..(.((....))).....)))))))))))..........).........)))).(.....((((...(((((((((((.(.(((((((((...((((((((.....)))))))).).))))))))...))))))))...((((((.....(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))....))).)))..))))...))))....).((((.(......((((.........)))).)...))))(((....(.((((((((((.(((((((((((...........)))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((.....((((((..((((((((((((...(((........))).)))))...(((((((...............(.((........)).)..................((.((((..(((((..((((.((((((..........(.((((......))))).))))))(...((....(((((((..(((...(................).)))...)))))))..((.(((((.....))))).....))...)).)))))...)))))...))))))....))))))).......)))))))((...(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))....)))....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((..((((((...(...).)))))).....)).....))))))............)))))))((((..(...(.......(.((....(...(...(..((..)).......).).....)....)).))..)...))))..))).).....)))(((((((((....)))))))))...))........). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....((((((((.((((....(.((((((..((.(((((((((......(((.(((.......(((((((((((....)))))))).((.((..(((((((.......((((((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.(((....)))))))))))).....((((((....)))))).))))))).))))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))))..)))))))....)).))..))).....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((((...)))))))).((((((((((.......))))))))))...((((((...................................)))))).))..)))))).)........(((((....(((((.(.((((((((((((.(((((..((((..((((((((.....)))))))).))))..)))))..))))))))...(((((.(....(((((((.((.((((((((((((((......)))))...)))))))))...((((...))))...)).)))))))....).)))))..)))).).))))).)))))..)))).).))))))).....((.(((((....))))).))...(((..(((((((.((..(((((((((((...)))))))))))..))...((....))....)))))))..)))))))))))))(((....)))..........((((...((((((((.......((((((((....((((..........((((((....(((((..((((....((.(((.(((((((((...(((...)))....)))))))))..))).))..)))).((.((((((((((((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((.(((((((.((((..((((((((....))))))))))))..)))))))..(..(((((.....)))))..).....))))).)))))).)))))...))).))......)))))(((.((((((.((......(((((((.....(((((((..((((....))))..))))..))).....))))))).(((..((.....))..)))......)).)))))).)))..)))))).......(((((((.......)))))))....)))).....))))))))......)).)))))).((((.(((..(((((((((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))........))))... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold4
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
|
|
UUUCAACGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGCGUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGAUGAUCCGGUGCUUGCACCGGGGAUUAGUGGCGAACGGGUGAGUAACACGUGAGUAACCUGCCCUUGACUCUGGGAUAAGCCUGGGAAACUGGGUCUAAUACCGGAUAUGACUCCUCAUCGCAUGGUGGGGGGUGGAAAGCUUUUUGUGGUUUUGGAUGGACUCGCGGCCUAUCAGCUUGUUGGUGAGGUAAUGGCUCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGCCUGAGAGGGUGACCGGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGCACAAUGGGCGAAAGCCUGAUGCAGCGACGCCGCGUGAGGGAUGACGGCCUUCGGGUUGUAAACCUCUUUCAGUAGGGAAGAAGCGAAAGUGACGGUACCUGCAGAAGAAGCGCCGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGGCGCAAGCGUUAUCCGGAAUUAUUGGGCGUAAAGAGCUCGUAGGCGGUUUGUCGCGUCUGCCGUGAAAGUCCGGGGCUCAACUCCGGAUCUGCGGUGGGUACGGGCAGACUAGAGUGAUGUAGGGGAGACUGGAAUUCCUGGUGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUAUCAGGAGGAACACCGAUGGCGAAGGCAGGUCUCUGGGCAUUAACUGACGCUGAGGAGCGAAAGCAUGGGGAGCGAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCAUGCCGUAAACGUUGGGCACUAGGUGUGGGGGACAUUCCACGUUUUCCGCGCCGUAGCUAACGCAUUAAGUGCCCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUAAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCAUGCGGAUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAAGGCUUGACAUGGACCGGACCGCCGCAGAAAUGUGGUUUCUCCUUUUGGGGCCGGUUCACAGGUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUCGUUCCAUGUUGCCAGCGCGUAAUGGCGGGGACUCAUGGGAGACUGCCGGGGUCAACUCGGAGGAAGGUGGGGACGACGUCAAAUCAUCAUGCCCCUUAUGUCUUGGGCUUCACGCAUGCUACAAUGGCCGGUACAAAGGGUUGCGAUACUGUGAGGUGGAGCUAAUCCCAAAAAGCCGGUCUCAGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACUCGACCCCAUGAAGUCGGAGUCGCUAGUAAUCGCAGAUCAGCAACGCUGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCAAGUCACGAAAGUUGGUAACACCCGAAGCCGGUGGCCUAACCCCUUGUGGGAGGGAGCCGUCGAAGGUGGGACUGGCGAUUGGGACUAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((((((...........................(((((((....)))))))..........................(((((((..............(((((...........................)))))......................................................))))))).............((((((((.......))))))))..............((((((((....)))...)))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..))))))).................................((((((((((.....................))))))))))..(((((......(((((((................)))))))))))).........................................((((((((..((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))...)))))))).............(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...............)))))))..............((((....))))....................((((((((............((((((((..............................(((((((......(((((((((((((((((....))))))...........))))))))))).........................................................................(((((((.........................))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......))))))))..................................................................................................................(((((((..........)))))))...........))))))))...................................((((......(((((((((...(((....)))))))))))).....))))....................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((......((((((....))))))......)).))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))...............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.....................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.......)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((.......((((.((((((.((((((.((....(((...........((......((((((....))))))......))...................(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))..............))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((......((((....)))).....))))..((.(((((.....................))))).))....(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((..(..........)...))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((...((((((.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((..(((..(((......))))))...)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(((.....))).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))........... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((..(((((((((..........((((((((((......................((.....(((((((....))))))).....))........................................(((((.(...((((((....))))))....).)))))....((((((((((....)))))))))).........................................((...((((((((.......)))))))).))...........(((((((......))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).)))).............(((....((((((....))))))...)))..(((.(((((...(..((....))..)....))))).)))..............(((((((((.((....)))))...)))))).........................((((.......))))......(((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))).).)))))))).....(((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))....................)))))))..)))))......((((....))))...(((((((...(...((((.........))))...))))))))......((((((.(....((((((((((((.......))))))))))))...)))))))....................((((..((((....))))...))))...................(((....))).((..((((.((((....))))))))..)).........................((((((((...((((((....))))))..............)))))))).......................((((((..............((......))....))))))................))))))))))...........................))))))))).))))...................................................................(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........(((((............))))).............((((((..((((......((((..(((...(((....))))))..)))).....))))..))))))........................((((((((((....))))))))))............... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((......(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((...((((((....))))))..))..)))))......(((.......(((((((..((...((..((((((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))..............))))..))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...(............)....))))).......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))).)))......(((.....(.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((.((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))..)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((.......))))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....))).....................(((((((......((((((((...((((((....))))))..((((....))))))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(.(((((...((..(((......)))))....))))))...((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....))))))).......))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((.....))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))............... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.((((((((((..........((((((((((((((.........)...(((..((.....(((((((....))))))).....)))))................(((((((..............(((((.((.(((((((....)))))).).)).)))))....((((((((((....))))))))))...((())).................)))))))........(((..((((((((.......)))))))))))((((((.....((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((.......))((((...(((((....))))).))))(((....)))..((((....((((((....))))))...))))((((.(((((...(..((....))..)....))))).))))..(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))....................((((.......))))......(((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))).).))))))))..((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).((.........))..)))))))..))))).)))..((((....))))...(((((((...(...((((.........))))...))))))))......((((((.(((..((((((((((((.......)))))))))))))).)))))))......(((((((((((...((((..((((....))))...))))..)))......))))....(((....)))(((..((((.(((((())))))))))..)))......((.......)).......((((((((...((((((....))))))..((((....))))))))))))........)))).))))))....(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).............)))))))))))))(......)......(((....)))...))))))))))))))...(((((((((((...................))).(((((.((((((((((..............(((((((.....(((((((..((((....))))..)).)).))).....)))))))...........(((((((........))))))).))))))(((..((......(((((((..........))))))).....)).)))(((((..((....))..)))))....(((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...(((....))))))..)))).)...))))..))))))..))).))))))).))))).....((((((((((....))))))))))...)))...))))). |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((...((.....(....(((((......)))))....)...)).................(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....((((((((((....))))))))))...............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(..((....))..)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...(((((((....))))))..)..((....))..))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((.......)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((({{.....................................................(((((((....)))))))..............((((.......((....)).....)))).....(((((.....((((((....))))))......)))))....((((((((((....))))))))))...............(((((((((......................((((((((.......))))))))(((..((.....((((((((((....)).............(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))............((((....((((((....))))))...)))).....(((((......((....)).......))))).........)))))))).[[[)).)))..................]]].((....))...)))))))))...............((((...(((((((((((.(((((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))..)))))))))).....(((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).......)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))........((((..((((....))))...))))........{{{{{{{{{{{{{....{{{{{{..{{{{{{{{......((((........))))........{{{{{{{......((((((((...((((((....))))))....((....))..))))))))..{{....{{{{{{{{{.{{{{.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))...........((((((...((..(((......))).))...))))))......{{{{{)))..}}}}}..............}}}}.}}}....}}}}}}.}}....}}}}}}}......}}}}}}}}.....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...........(((((((........)))))))..........}}}}}}....(((((((..........)))))))...........}}}}}}............}}}}}}}.(((......((((((..((((......((((..(((..((.......)))))..)))).....))))..))))))......)))................(((((((((....)))))))))}}.............. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(..((((((((...))...............(((((.......)))))..........(((.(((((........))))).))).....................((((((((..((.(.((((((((((((.(((.((((((....)))))).)).).))))...(.((((((((((....))))))))))..)...(.....).)))))))).))))))))))).......(((..((((((((.(...).)))))))))))........((.((((((((....))))...)))).))..((((.(((.....)))))))...(((....)))..................((((...(((((....))))).))))..((((((((((.(((....((((((....))))))...))).((((.(((((...(..((....))..)....))))).))))..)))).)))...(((((((((.((....)))))...))))))..(....).)))........................((((.(.((((.(((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))....((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..)))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((....(..(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...).)).......(((....)))....(((((((.((((..((((...(...))))))))).....((((((.......(((((((..(((((((....)))))).)..((....))..)))))))......(((((.((((.((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((((..((((((.((((((((.....)))).))))..))))))...((.(((((.....))))).))))...))))))))))))).).))))...........))))))........)))))))......((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....))))))......((((..(((((((........))))))).....))))...........(((((((..........))))))).............(((..((....))..))).....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((.....))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
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Mastr(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((..((.((((....)))).)).))..)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....))))............(((....)))............((.....)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((............).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.(....).))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((..(((....((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((..((.((((....)))).)).))..)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((....)))............((.....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((...(............)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.((((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...))))))).....)....(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))))))).))))....((((....)))).))))))((((((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))....(((...(((((((.((((..((........))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).(((((((((((........))))))))...)))))...)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((.......)).))))))))))...))))))))))))..))).))))..((....))..((((((((((((....))))))))).....))))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((..((.((((....)))).)).))..)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))............(((....)))............((.....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((............).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..(((..((.((..((.((((....)))).)).))..)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((....)))............((.....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(............)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).))))..((((....)))).))))))((((((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((.((((..((........))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((.......)).))))))))))...))))))))))))..))).))))..((....))..((((((((((((....))))))))).....))))))))).. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.((..(((((.((((..(((((..((((.((((((((((.......(((..(((....)))...((((((....)))))).(((((.((((....((((..((...((....)).))..))))..((((((((..((..(((((....)))))..))...((((((...((((((((((....)))))))))).((..((((((((.((..((((.....(((((((..((((.(((..((((((((.......)))))))))))........((((((.((((....)))).((((((((..(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....(((((....((((....))))..)))))....(((((((((((....((((((....))))))...)))).(((.(((((......((....)).......))))).)))...)))).)))...(((((.((.....(((.(((((((.(((((.((....)).)))..))..)))))))))).......)).)))))..(((((.(((((((((((((....((((((((.....)))))))).....((((((..((((..(((((..((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))))).(((.((((.....((....))......))))..)))...........))))).))))...((((.......(((((((.(((((((..(((.......)))..)))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).....))))..))))))....))))))).((((.((((....)))))))).)))))).)))))...(((((((......((((((((...((((((....))))))..((((....)))))))))))).(((.((.((((((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((...((..(((......))).))...)))))))..((.(((((.....))))).))..)).)))))))))).......))))))))))))..))))))).)))))))).))).....))))))))......)))))))))))))))))......)))).))))))))))...))...))))))..(((((((........))))))).....)))))))))))).))))))))....)))).))))))))))....))))).(((((..((....))..)))))...((((.(((..((..((..(((((((...((((..(((...(((....))))))..)))))))..))))..))..))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.((((((((((.............(((...............(((...(((....)))..(((((((....)))))))........((((..(((((..................))))).....(((((....(((((((....))))).))....)))))..(.((((((((((....))))))))))).((((((......))))))........))))...(((...(((..((((((((.(....))))))))))))..........((((......{{{{.....(((......(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((((((.....))))))....(((((....)))))............aaa..((((..(.((((((....)))))))..))))aaaa.aaaaa................)))..AAAAA.AAAA..{{{{{))))..(((((((((.((....)))))<<<))))))}}}}}..............>>>..(((((.......))))))))AAA(((((((.(((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))..))))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((.(.....))))..))))))))))....................)))))))..)))))).))..((((....))))...(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).....[[[[[[[..(((....)))(((..((((.((((....))))))))..)))....[[[[.((((...(((((...((((((((...((((((....))))))..((((}}}}))))))))))))))))))))))))]]]]....)))((((((.........(((.(((......))))))))))))....]]]]]]]((((((.......(((......)))......)))))).....)))))))))))))).((((..(((((.(((...)))...............(((((.((((((((((((.(((........((((.........))))........)))..)))))))...((((((...((((((((((.((((...(((((((.(.....)))))))).......((((.((.((...(((((((..........)))))))...))))))))(((((............))))).............((((......................))))(((((....)))))......))).).))))))))))..))))))))))).))))).....((((((((((....))))))))))..))))).))))... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.......(((((....))))).......)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((....)))......................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.....................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..............))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))..... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((................(((((....))))).......(((((...(((.((.......((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))......(((((.(((....))).)))))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......))))).)))((((....)))).....)))...(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.....................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).)))))).(((((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((.(((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....((((..(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((.....))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....))))))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.((..(((((.((((.((......(((((((.(((((.......)))))...(((.((.....(((((((....))))))).....))..))).((((((......((....)).(((....(((((((((((..((..((..(....)..))..))...)))))..(.((((((((((....)))))))))).)......(((..((((...((((((((..((.((((((.(((((..(((((((.......))))))).(((.(((...((((((((((((....((....)).(((...(((((.(((.....))))))))..(((....))))))....((((.(....(((((...(((((....))))).)))))...).))))..((((....((((((....))))))...)))).(((.(((((...(..((....))..)....))))).)))..)).))))))).))).))))))....(((.(((((((.(((((.((....)).)))..))..)))))))))).....))))).)))))).))..))).)))))))))..)))((((((((.....))))))))..((((((.((((((((...(((.(....).)))(((((.......((((((((((.(((........)))..))))))))))...(((((.(((((...((.(((((.(((..((((..((((.((((.((((...((((((((((((...((((((.....((((((((.((((.((((((.......(((((((.(((((((..(((.......)))..)))))))...((....))....)))))))(((((((.((((..((((....))))...))))...(((((.(((((.((((.((((.....(((..((((.((((....))))))))..)))................(((((...((((((((...((((((....))))))..((((....))))))))))))))))).))))..)))).))))).(((((((((....)))...(((......)))...)))))).........)))))......)))).)))..)))))).))))....((....))))))))))......((.((..(((((.(((...)))...)))))...))))....)))))).))))).).)))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))))....(((((((........))))))).....)))).)))).))))..))).))))).))..))))))))))......)))))..))).))))).))))))..))))))..((....)).)))..))))))..))))))).(((((.(((((....))))).((((((........))).)))..))))).)).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.(((...((.(((..((((....((....((((......))))...))...))))...((((.((((....((((((...((...((..(((.((((.(...((((((....)))))).)....)))).(...((((.(.(((....))))..)))).)....(.....)..)))..))..)).)))))).(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))))))).))....)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.((((...((...)).))))...)))).(((.(((((...(...............).)))))....)))(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....(((.((((((((.((((((((((((.......))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((.(...((((........)))).).))...(((((((......((((((((..(.....(....)..)................)))))))).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((...((...((......)).))....))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...))))))).......)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((..........)))))))....)).....))))))............)))))))((((..((..((((((..((((.(....((((...((..(((.....)))..)).)))).)...))))..))))))..))..))))..).))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))..) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(...(((((..............((((..(((((.(((........................(((((((....)))))))...............(((((((....(((((((...............((((..((..((..(....)..))..))...)))).....((((((((((....))))))))))..........................)))))))(((.(((((....)))))..)))....))))))).................(((..((((((.....((((((((..(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.(((..(......((.....((((....))))...))......(((.(((((((....((((((....))))))...))))((((.(((((...(..((....))..)....))))).))))..)))..)))...(((((.((.....(((.(((((((.(.(((.((....)).)))...)..)))))))))).......)).)))))..((((..(((((((((((((....((((((((.....)))))))).....(((((....((((((((...(((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..)))))).)...((((.....((....))......))))..((((.........))))..))))..)))).....(((((((((((.(((((((..(((.......)))..)))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))....))))....)))))....))))))).((((.((((....)))))))).))))))..))))...(((((((......((((((((...((((((....))))))..((((....))))))))))))..((.((.((((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..(((......))).))...))))))).....(((((.....)))))........)))))))))).......)))))))))))...))))))).)..))))).))).....))))))))..........((..((((....))))..)).................))))))..)))..(((((((........)))))))..............................)))..))))).))))...........((((..((....))..))))....((((.(((..((..((..((((......((((........(((....))).....)))).....))))..))..))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))).)))))..... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.((..(((((.((((..(((((..((((.((((((((((.......(((...............((((((....)))))).(((((.((((....((((..((...((....)).))..))))..((((((((..((..((..(....)..))..))...((((((...((((((((((....)))))))))).((..((((((((.((..((((.....(((((((..((((.(((..((((((((.......)))))))))))........((((((.((((....)))).((((((((..(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.(((..(....(((((....((((....))))..((((((..(((((((((.(((...((..((....))..))...((((..((((((((......((....)).......)))))......(((((..((...(((((((((.((....)))))...))))))...))..))))).(((.......(..((((......((((...(((((((((((.((((..((((....((((((((.....))))))))..))))..)..))))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))))).))..))))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((..(((.......)))..)))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))...)))..)))..))))))).)))..))))))..)).))))...........)))))..............(((((((......((((((((...((((((....))))))..((((....)))))))))))).(((.((.((((((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((...((..(((......))).))...)))))))..((.(((((.....)))))))...)).)))))))))).......))))))))))))..))))))).)..))))).))).....))))))))......)))))))))))))))))......)))).))))))))))...))...))))))..(((((((........))))))).....)))))))))))).))))))))....)))).))))))))))....))))).(((((..((....))..)))))...((((.(((..((..((..(((((((...((((..(((...(((....))))))..)))))))..))))..))..))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
GAAACGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGUAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGGUCUCUUCGGAGAUAGUGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGAGAAUCUAGCUUCAGGUCGGGGACAACCACUGGAAACGGUGGCUAAUACCGGAUGUGCCGAAAGGUGAAAGAUUUAUUGCCUGAAGAUGAGCUCGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGUGGUAAGAGCGCACCAAGGCGACGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCAAUACCGCGUGAGGGAGGAAGGCUCUUGGGUUGUAAACCUCUUUUCUCAGGGAAUAAAAAAAUGAAGGUACCUGAGGAAUAAGCAUCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUGAUUGGGCGUAAAGCGUCCGCAGGUGGCACUGUAAGUCUGCUGUUAAAGAGCAAGGCUCAACCUUGUAAAGGCAGUGGAAACUACAGAGCUAGAGUACGUUCGGGGCAGAGGGAAUUCCUGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCAGGAAGAACACCGGUGGCGAAAGCGCUCUGCUAGGCCGUAACUGACACUGAGGGACGAAAGCUAGGGGAGCGAAUGGGAUUAGAUACCCCAGUAGUCCUAGCCGUAAACGAUGGAUACUAGGCGUGGCUUGUAUCGACCCGAGCCGUGCCGGAGCCAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUACGCACGCAAGUGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGUAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAAGACUUGACAUGUCGCGAAUCUUCUUGAAAGGGAAGAGUGCCUUAGGGAGCGCGAACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUCGUUUUUAGUUGCCAGCAUUAAGUUGGGCACUCUAGAGAGACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUACGUCUUGGGCUACACACGUACUACAAUGCUACGGACAGAGGGCAGCAAGCUAGCGAUAGCAAGCAAAUCCCGUAAACCGUAGCUCAGUUCAGAUCGCAGGCUGCAACUCGCCUGCGUGAAGGAGGAAUCGCUAGUAAUUGCAGGUCAGCAUACUGCAGUGAAUUCGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGCAACGCCCGAAGUCAUUACUCCAACUUUUAGGAGAGGAGGAUGCCUAAGGCAGUGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGUGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((((((....)))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....(((....)))....((....)).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).{.(((((((...(..(....)..)....))))))..})..((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((...a.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........aaaaaa..(((((((((((........)))))))))))...aa..))AA.....AAAAAAA))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..(((....))).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....((((((..((((.((((.((((((.(((((((((((..(((.(((..((...)).((((((..((((...(((((...((((..(((...(((((((..((...(((((((((((......((((((....))))))......)))...(((((....))).....)).....))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..)))..)))).((......)).))))).(((((.(((.....)))))))).))))....)))))).)))))).(((....)))....(((((....)))))...))))).)))))).....(((((..((((....)))).....)))))(((((((((...................)))))))))...(((((......(((((((...((....)).....)))))))))))).)))))))))).(((((..(((((((...)))))))....((((..((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))..)))).....))))).))))..((....((((((((...(((........)))....))))))))..(((((((((((.....((((((.((((..(((..((.......))..)))....)))).))))))..((((((((..........))))))))(((((..(((((...((((.(((((((((((........)))))).((((((..(((..((((...(((((((.....)))).)))..))))..((((((..(.....((...(((((.(((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.(((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).)))))...)))))))..))))))...))))))).......))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))))))......))))))....(((((((((....)).)))))))......))...)))))))))).))..))....)))))))..)))...)))))))))))...((((((((((((..((....))...))))..((((...))))....))))))))..))))..))))).))..))).)))..)))....)))))..)))))))).))))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((((((.......................(((((....)))))...................................((((((((.............................................................)))))))).............................................................((((((((....)...)))))))....(((((............))))).............................(((((..................)))))..)))))))..........................................................................(((((......(((((((................))))))))))))........................................((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))))............(((((((....((((((((.....................))))))))....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((........(((((..(((((((....))))))).............)))))............................................................................(((((((.(((((((.....))))).))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((..........................................))))))).....................................................(((((((.........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((.........................................))))))))))))........................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((.(((((....))))).)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))..............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((.......((((..(((((.((((((.......(((...........((.(((((....))))).))..................((((((((.((...((((((((((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((....)).............))))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))....))))))..((((......((((....)))).....))))...(.(((((...................))))).).....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.((........))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...........(...((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))..((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..((......))))....)))))))...(.(((((.....))))).)............)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........))))))...............)...((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....((((((...(((.((((((((((((.(((((((((.......(((((.....((.(((((....))))).)).((((((...........(((((((..((...(((((((((((......((((((....))))))......)))....((((....))))...........))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.((.......))))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))..............................(.......)....(((((((((...................)))))))))..............((((((.((.((....))))....)))))).............................(.....)))))))...((((.(((((.((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))).))))............(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))....................)))))))............................(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...............)))))))...(....((((.(((((....)))))..))))...).........(((((((((....))))..........(((((..((((........))))))))).......((((((((..........(((((((....)))))))((((..............................((((....)))).................(((......)))...(((((.......))))).........(((((.....)))))))))..........((.(((((.....))))).))..............)))))))).....)))))..............................(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...........(((((((........))))))).....................)))))....))))))))))))))..))))).)).)))((((((......((((((((...........(((((((.((((...((.((((.((((..(((....))).)))))))).))..))).)))))))))))..)))))........)))))).(((((((((....))))))))))))))).))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((....))))).)))))......(((......(((((((..((...(((((((((((......((((((....))))))......))))....(((....))).............)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(...........)...))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))..........(((.....(.((((...(((.((.((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))).))...((((((.((..((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).))))))).)).))).)))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((........)))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((...(((((((....)))))))((.((....)).)))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((...(((((...((..((......))))....)))))....((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((((..(((....(.((((.((((..(((....))).)))))))).)...)))..)))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((...(((.((((((((((((.(((((((((...(.(.(((((.....((.(((((....))))).)).(((((((..........(((((((..((.(.(((((((((((......((((((....))))))......)))....((((....))))...........)))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((......(((((...(((((....))))).))))).....)))).....((((.....))...((((.....))))))(((((((((...................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))...(((...(...........)))).....)))))))...((((.(((((.((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))).))))..((((((((..((((((((...((((((((...(((........)))....)))))))).....)()...((....)).))))))).)).(((..(.........)..)))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))(((.......(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).......((((((((((....))))....(((...(((((..((((........))))))))).)))...((((((((..((((...((((((((....)))))))((((...........................(((((((....))))).))(((....)))((.(((......)))))((((((.......))))))........(((((.....))))))))).(......).((.(((((.....))))).))....).....)))))))))))).....)))))).))).............))))))..(...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...)((((...(((((((........))))))))))).................)))))))..))))))))))))))..)))).))).)))((((((((.(..((((((((...........(((((((.((((...((.((((.((((..(((....))).)))))))).))..))).)))))))))))..)))))..)..)).)))))).(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((............(((....)))........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((..)))..............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))..((......))..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((.((..((((....))))..))..)).))..(((.......(((((((.((...(((((((.((((((...((((((....))))))....)))))).....((....)).....((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((...(..........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.(((((((((((.((....))((.((((......))))))))))))....(((...(((((((..(((..((......))))..).)))))))..((.(((((.....)))))))......)))..))))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..((((.((..((((....))))..))..)).))..(((.......(((((((.((...(((((((.((((((...((((((....))))))....)))))).....((....)).....((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(..........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((((.(((((((..(((..((......))))..).)))))))..((.(((((.....))))).))..)).)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((...((((.((((((...)))))))))).)))(((((((((((..(((.(((..........(((((....))))).(((((.(((.(((.......(((((((..((...(((((((((((......((((((....))))))......))).....(((....)))............))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))...((......)).))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).(((....))).....((((....))))....))))).))))))..((((((((......((((...((...(((((.(((((((((...................)))))))))..(((((((((...((((.(((((((..(((.(((....((((.((((....)))).))))...(((.((((((.....(((((.(((.((((.(((((..((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...))))).)))).((((((.((..(((((((....((((((((...(((......)))......))))))))...........((....)).))))))).)).)))).))....)))..)))))...(((..((((((((((.......(((.((((.(((((((.((.((((..(((((((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).))))..((((((((((.......((.((((...((((....(((..(((...)))..)))....))))..)))).))...(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))......)))).((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.(((((((.....))))).))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).)).))))))..)))))))))).)).)))))))..............(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....((((...(((((((........))))))))))))).)).))).......(((((((.........)))))))..)))))))))).)))...........))))))))).))).)))..)))))))................((((........)))).))))..((((...))))..))))))).))))))).....))...)))).((((((((((....)))))))))).....)))))))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((((.((((((...))))))))))....(((((((((((......(((..((((....(((((....))))).....).)))..)))......(((((((..((.(.(((((((((((......((((((....))))))......)))....((((....))))...........)))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))..(((((....)))))...))))).))))))..[[[..............(((((...)))))..(((((((((...................))))))))).......(((((.(((((((((((((((((..((((...((((.((((....)))).)))).(((((((((((((..(((.((((..((((...(((((.((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))......((((((................((((((((.(.(((........))))...))))))))..........(((.....((((((.((((.((((..(((....).))..)))...))))).))))))...(((.........))).{{{{{{{....{{{{......{{{{{{{.(((((((((((........)))))))))))...))).........}}}}}}}..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))........(((((((((....))))(((.......(((((..((((.((...)))))))))))...))).((((((((((.((((((.(((((((....)))))))((((((...)).))))...(((.....)))((((((((....)))).)))))))))).))))))))))...((((((.(((((.......)))))((((((.(((((((.....)))).)))..))))))......(((((.....)))))......)))))).((((.....))))....))))).}}}}....}}}}}}}...)))))).....(((((((.....(((......((((....))))........))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))))))((((((((((((((((..(((......)))))))..))))).))).))))(((((............)))))...)))).)))).)))....)))))))..)))))).((((.............))))..))))...)))..))))))).)).)))))..)))))........((((((((((....))))))))))......))))]]] |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.(((((....))))).)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....))..............)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((.............))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((.((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((....((((((..))))))..))))......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....))..............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....((((..(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(.......)..))).)))).)...))))..))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((...((((.((((((...)))))))))).)))(((((((((((..(((.(((..........(((((....))))).(((((.(((.(((.......(((((((..((...(((((((((((......((((((....))))))......))).....(((....)))............))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))...((......)).))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).(((....))).....((((....))))....)))).)))))))..((((((((......((((...((...(((((.(((((((((...................)))))))))..(((((((((...((((.(((((((..(((.(((....((((.((((....)))).))))...((((.(((((.....(((((.(((.((((.(((((..((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...))))).)))).((((((..(..(((((((....((((((((.(.(((......)))....).))))))))...........((....)).))))))).)..))).)))....)))..)))))...(((..((((((((((.......(((.((((.(((((((.((.((((..(((((((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).))))..((((((((((.......((.((((...((((....(((..(((...)))..)))....))))..)))).))...(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))......)))).((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((.(.(((((((.(((((((.....))).))))..)))))))..((.(((((.....))))).))...).)))..))))).).)))))))..)))))))))).)).)))))))..............(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....((((...(((((((........))))))))))))).)).))).......(((((((.........)))))))..)))))))))).)))...........))))))))).))).)))..)))))))................((((........)))).))))..((((...))))..))))))).))))))).....))...)))).((((((((((....)))))))))).....)))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((..............................................................................................................................(.......).............((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.((...((...)).)).)...)))).(((..((((.....(.....).......))))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....(((....((((((.((((.(.(((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))...))))).))...((((((.(...((.(((.((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....))..))).))..).))).)))..))))...).))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((((........)))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((...(...(.................)...............)..)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(.(((.....))).).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((....(((((((........))))))).......)).)))))).(..(((((((...(...).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((...(((.(....((((...((..(......)...)).).))).)...)))...))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.(..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((.((...(((.(((..((((....................))))...(.((.((((....((((((..((...(((((((.(.((.(...((((((....)))))).)....)).).(....(.....).)...(......).)))))))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.((...((...)).)).)...)))).(((..((((.....(.....).......))))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....(((....((((((.((((.(.(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))).))...(((.((.(...((.(((.((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....))..))).))..).))..)))..))))...).))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((((........)))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....(((((((.(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((((.((..((.((((....)))).)).............)).)).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(.(((.....))).).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))....)(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((....(((((((........))))))).......))))))))).(..(((((((...(...).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((...(((....(.((((.((....((......))))..).))).)...)))...))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((.(((((.(((((((((((..(((((((((.....(((((........(.(((((....))))).)........((((((((...(((((((..((...(((((((((((......((((((....))))))......))).....(((....)))............))))))))..)).)))))))............((((((((.......))))))))..............((((...............)))).........((((.......((((...((((....))))......((((((....))))))...((((....))))...............((((((((.((((((.((....(((((...((((.(((((((((...................))))))))).......................................((((..(((....)))..))))...................(((..((...(((.(((((..((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...))))).))).....(((..(..(((((((....((((((((.(.(((........)))..).))))))))...........((....)).))))))).)..))).........))...)))........))))..(((((..(((((.((((.((....((((...((((.......(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))))))))((((....)))).)).)))).)))))..)))))..))))).....)).)))).))....((((....((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).).))))..((((.((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).))))))..........(((((((.(((((((.....)))).)))..)))))))..(..(((((.....)))))..)..........))))).).)))))))))..))))))))....)))).................(((((((.....(((..((..(((......)))..))....))).....))))))).)))).................)))))))))))))............................))))))))).))))..))))).)).))))).((.((...............................(((((..((((((.........................(((.....)))......)))))).))))).....))..))....(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((..(((((.(((((.(((((((((((.((((((((((....((.(((((((((....(((((....)))))..))))...(((((((((...(((((((..((...(((((((((((......((((((....))))))......))).....(((....)))............))))))))..)).))))))).....(((((..((((((((.......)))))))).....(((((.((.(((((((.........))))))).))....(((((((.....(((((((.((((....))))...((.(((((......)))))...((((....))))......))......(((((((((.((((((.(((((.((((((..((((.(((((((((...................)))))))))..(((.(((.....(((.(((..(((.(((((.......((((..(((....)))..))))........(((((.....)))))....))))).(((((..((..((((......((((((.....))))))....))))..))...))))).)))..((((((..(..(((((((((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....)).))))))).)..))).)))..))).)))...)))..))).))))..(((((..((..(.((((.(((...((((...((((.......(((((((.(((..((((((........))))))..)))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))))))))((((....))))))).)))).)..))..))))).)))))).).)))).)))).))...(((((.....(((((..((((((......))))))...((....))..)))))...))))).((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.(((((((.....))).))))..)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)))))))))..))))))))).)))))))................(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))))))))).)))))..)))))..))))))))).((((........))))......))))).)).))))))))))))))..))))).)).))))).....((((((..(((..(((((.((...((.(((..(((((..((((((..((((..(((....))).))))..((((...))))......)))))).)))))..)))))..)).)))....))..)))..))))))...)))))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
|
|
UGAACUGAAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGGAUGCUUUACACAUGCAAGUCGGACGGCAGCACGGGCUUCGGCCUGGUGGCGAGUGGCGAACGGGUGAGUAAUGUAUCGGAACGUGCCCAGUAGCGGGGGAUAACUACGCGAAAGCGUGGCUAAUACCGCAUACGCCCUACGGGGGAAAGCGGGGGACCUUCGGGCCUCGCACUAUUGGAGCGGCCGAUAUCGGAUUAGCUAGUUGGUGGGGUAACGGCCUACCAAGGCGACGAUCCGUAGCUGGUUUGAGAGGACGACCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUGGACAAUGGGGGCAACCCUGAUCCAGCCAUCCCGCGUGUGCGAUGAAGGCCUUCGGGUUGUAAAGCACUUUUGGCAGGAAAGAAACGGCACGGGCUAAUAUCCUGUGCAACUGACGGUACCUGCAGAAUAAGCACCGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGGUGCAAGCGUUAAUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGUGCGCAGGCGGUUCGGAAAGAAAGAUGUGAAAUCCCAGGGCUUAACCUUGGAACUGCAUUUUUAACUACCGGGCUAGAGUGUGUCAGAGGGAGGUGGAAUUCCGCGUGUAGCAGUGAAAUGCGUAGAUAUGCGGAGGAACACCGAUGGCGAAGGCAGCCUCCUGGGAUAACACUGACGCUCAUGCACGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCCUAAACGAUGUCAACUAGCUGUUGGGGCCUUCGGGCCUUGGUAGCGCAGCUAACGCGUGAAGUUGACCGCCUGGGGAGUACGGUCGCAAGAUUAAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGACCCGCACAAGCGGUGGAUGAUGUGGAUUAAUUCGAUGCAACGCGAAAAACCUUACCUACCCUUGACAUGUCUGGAAUCCCGAAGAGAUUUGGGAGUGCUCGCAAGAGAACCGGAACACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGUCAUUAGUUGCUACGAAAGGGCACUCUAAUGAGACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCCUCAUGGCCCUUAUGGGUAGGGCUUCACACGUCAUACAAUGGUCGGGACAGAGGGUCGCCAACCCGCGAGGGGGAGCCAAUCCCAGAAACCCGAUCGUAGUCCGGAUCGCAGUCUGCAACUCGACUGCGUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCAUGUCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGUCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGUUUUACCAGAAGUAGUUAGCCUAACCGCAAGGGGGGCGAUUACCACGGUAGGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...aaa.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((..(((((((....)))).))))).))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....)))).....(((....)))....((((((..((....)))))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).{.(((((((...(....((((((((.......)))))))).....)....))))))..})..((((((((...<<<<<.....<<.)))>>.......>>>>>))))).))))))))))..........(((((...[.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[..((((((((((((....))))))))))))...[[..))]].....]]]]]]]))).(((......((((....))))....)))...AAA..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....))))))).(((((....)))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((.(....)))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((..((((((.((((......((((((((((((..((((((((.........((((((.((.((.(((((....))))))).)).....((((.(((((.......(((((((..(((..((((((((((....((.((((((....)))))).))...)))).....(((....)))....((((((..((....))))))))..)))))).))).))))))).(((((.(((..((((((((.......)))))))).....((((((.(((((.(...(((..((((((.(((((..(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((..((((....(((((...(((((....))))).))))).....(((((..(((......((((....)))).....((((..(((((.((.........(((((((.......)))))))..(((.(((...))))))........)).)))))....))))..)))..)))))......(((((((....(((((.((((((....((..((((....((((((..((((((((((....(((((((((...(((.(((......))).)))..))))))))).....))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))).)))))..))))..))))))...))))..))......((((.........)))).((((((((.((((.......(((((((.((((..((((((....))))))..))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).......))))..((((....))))........)))))))).))))))..))))).....)))))))...)))).....(((((((..(((((((....)))))))...(((....)))..)))).)))....)))))).)))))))))))..)))..(((....)))..).))))).(((((((...........(((...(((((((.((((.(....)))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))).(((((((.(((((((....((((....)))))))))))...)))))))......).))))))...))))))....(((....)))..))).))))).....))))).)))).))))))...((((((........)))))))))))).))...)))))))..(((((((.........))))))).....)))))..((((..((....))..))))....((((..((..((((((((((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))))))))))..))..)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).)))...) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((((............................(((((....)))))...........................(((((((.......(((((((..........((((((....))))))....................................................))))))).....)))))))............................................................................(((((............))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).))))).))))))))................................................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).....))))))).............(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...............)))))))..............((((....))))....................((((((((............((((((((..............................(((((((...............(((((((....)))))))................................................................................................(((((((.((((.......))))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......))))))))...(((((((((..........................................)))))))))...................................................(((((((.........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((.......................................))))))))))))........................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((......((((((....))))).).....)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))...........................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.((((((.......(((...........((......((((((....))))).).....))...................(((((((.((...((((((((((((...(.((((((....)))))).)....)))).....(((....)))..........................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))....))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((.........................................)))))))))...(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))....)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)...((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((((((((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((........))))))))........................................(((((....))))).......................................((((((((((((....((.((((((....)))))).))...))))...(((((((((.......((((((..........))))))....................((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......(((((.....(((((....((((....))))..)))))....))))).........(((....)))...................(((((.........(((((((.......)))))))...........)))))...........................................))))))))).................)))))))).................(((((((....(((((((((...(.((((((.....)))))))..))))))))).....)))))))..((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))))...(((.......)))))))..))).))))).................((((((........((((.........)))).....))))))(((.......(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....))))))).....)))((((...(((....)))....))))..................((((....))))...............................................................(((((((....)))))))...(((....)))..((........)).........((((....))))(((..............(((......)))....)))............(((((((.((((.(....)))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).........(((((((.(((((((....((((....)))))))))))...))))))).(.(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....))))))))).)(((((..(((((((........))))))).....)))))...........((((((.........))))))((........(....).........))..........((((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(.((((((((........)))))))).)...((.......................(((((((((.(((((....)))))................((((..((...(((((((..(((..((((((((((....((.((((((....)))))).))...)))).....(((....)))....((((((..((....))))))))..)))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))(.(((((((.........))))))).)..(((((.(((.....)))))))).((((....))))((.((.((((((....(((((...(((((....))))).)))))...))))))..))))...((((()))))..........((...(((.(((((...(.....(((((((.......)))))))......)....))))).)))...))..........((((((((.((....)))))...)))))((((....(((((.((((..................((((((..((((((((((..(((((((((((...(.((((((.....)))))))..)))))))))..)).)))))))..((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))))...(((.......)))))))..))).)))))...)))..))))))...(((((((...(...((((.........))))...))))))))((((..((..(((((((.((((((((((((....))))))))))))((.((....))))..)))))))))..))))((((..((((....))))...))))..................((((....))))...................))))..))))).....)))).))..))))..(((()))).....(((((((....)))))))...(((....))).(((........)))........))))))))).(((((((((....)))((.(((......))))).))))))..........(((((((.((((.(....)))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).........(((((((.(((((((....((((....)))))))))))...))))))).(.(((((((((.....((((.((...(((....)))...))..).))).....))))))))).)(((((..(((((((........))))))).....)))))............(((((.........)))))(((..(((...((()))....)))..)))....))(..((((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))))))))))..))).)))))...........((((((((((((....))))))))))........))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..................(((....)))..............................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(......((...............)).......)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))).)))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))..(.(........).)))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((.((..))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.......(((........))).......)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)...(((((....)))..))....(...((....)).).....)))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(......((((((.......)))))).......)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((...(.((((((.....)))))).).)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((...((.(....)))....)))))))..((.(((((.....))))).))......)))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))........ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((..(((((((.((.(((........))))).)(((((.((((.(((....((((..((.((.(.(((((....)))))))).))..))))......))).)))).)))))((((((((.(((((.((((....((.((((((....)))))).))...)))).....(((....)))....((((((..((....))))))))..((((((.....)))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..)))))..((((..((((((.(((((..(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....(((((...(((((....))))).)))))...))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((.........(((((((.......)))))))...........))))).))).....((((.((...(((((....((.(((.(((((((.(((((.((....)).)))..))..))))))))))))...)))))...)).)))).(((....((((((((....(((.(((......))).)))...)))))))).....)))..(((((..((((((.((((.((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))))...(((.......))).((.(((.(((..(((..((((...((((....))))..))))...)))..)))....))).))((((((((.((((...(((((((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).))))..))))..((((....))))........)))))))).((((........))))............)))))))))).)))))..(((((((....)))))))...(((....))).(((........)))))))).)))))))))))..)))).(((((((.(((((((.......(((((.(((((.......)))))((((((.((((.......))))..))))))...((.(((((.....)))))))....))))).(((((((.(((((((....((((....)))))))))))...)))))))...(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))).((((........)))).))))))).)))))))...))))))))(((((..((....))..)))))((((.((..((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..)).)))))).((....)).....(((((((((....))))))))))))))).))).))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((..................................(((((....)))))...........................(((((((..(((..((((((((((.......((((((....))))))......)))).....(((....)))....((((((..((....))))))))..)))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......(((((.....(((((...(((((....))))).)))))....)))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........(((((((.......)))))))...........))))).......................................................(((.............((((((......(((((...((((((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).....))))))...(((((.((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))))....((....))....))))..))..)))))..))))...)))))...((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....))))))).)))))).((((..((((....))))...))))..................((((....))))..................{{.......)))}}.........................((((..(((((((....)))))))...(((....)))..))))...........................<<<<<.(((....)))...(((......)))))..>>>>>..........(((((((.((((.......))))..))))))).....(((((.....)))))........((..[[[[[[[.[[[[[[))...((((....)))).]]]]]]...]]]]]]]...(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))............((((...........))))......................................((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.((.(.((.(((....))..))))))..))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......((....))...................((....)))))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...))).....(((((.(((.....))))))))..(((....))).................(((((...(((((....))))).)))))....(((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(..((((((...............)))).))..)....)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...))))).....................................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((.......(((((((.(((((((((((......)))))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))..........(((((..((((...(...))))))))))...(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)).................(((((..(((((.((....)).(.((((......))))).))))).....(((....((((((.((((((.).)).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))))...................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........))))))).............(((..((....))..))).....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((..))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((..(((......(....(((((((((((.......))))........(..((..(((((((....))))).)).))..)...................((((((..(((..((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......(......).....((((((..((....)))))))))))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...))).....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))..((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(.(((((((((((.......)))))))))))..)....)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..((....))))).......................(((((...(((.((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))...)))...)))))....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((...(((..((((((.((((((((((((....))))))))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..)))))......((((....))))...........((((..((((...(...)))))))))..................((((((..(((((((....)))))))..(((......))).))))).)..................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.((((((..)).))))..))))))...((.(((((.....))))).)).....))))))))...............................................(((((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))))..(((((.((((((((........)))))))....)))))).)))))))..(((((((.........))))))).....)......((((..((....))..))))....((((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((..(((..))).))))))))))..)))))))))))))..))).)))).)))...........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((..((((((..((.(((........))))).....((.........))..((((..((.((.(.(((((....)))))))).))..))))...((((((..(.......((((((((........((((.......((((((....))))))......)))).....(((....)))....((((((..((....))))))))..((((((.....)))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.(......))))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....(((((...(((((....))))).)))))...))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........(((((((.......)))))))..(.....)..))))).......((...............))..(......)........(((((((....(((((.((((((....(((.(((.......))).)))..(((((((....((((((((....(((.((((.....)))))))...)))))))).....)))))))..((((((((..(((..((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))))...(((.......))).)))..))).)))))...((((...((((....))))..))))...((((.........)))).((((((((.((((...((..(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...))..))))..((((....))))........)))))))).))))))..))))).....))))))).(.((..(((((((.((((..(((((((....)))))))(((((((.......(((........))).(.(((((((((....)))).))))).).....(((.(((......)))))).)))))))...((...(((((((.((((.......))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))..(((((((.(((((((....((((....)))))))))))...)))))))...(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))).((((........)))).))))))))))).)).)...))))))).)............).))))))...((((..((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))..))))...............(((((((((....))))))))))))))).))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((..((.((((....))))..))))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((...(................................)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)))(((.((..((((((((.(((((((((((.((....))((.((((......))))))))))))....((((..(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).).))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((..((.((((....))))..))))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))))).(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((..((.((((....))))..))))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((...(................................)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).))))))).)))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)))(((.((..((((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))..))))).).))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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Pknots
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................(((.(..((.(.(.(......(((.(......(..(.(....).).........)..........(.((.(.......(..(.(.((...)..)............................).)..)............((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))).)))..........)...))).......((((((....(((....))).).)))))..)........((((.((((...((...)).))))...)))).(((.(((((...(.(...........................).....).))))).)))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).......................)((.....((((...((((((((((..(...(((((((...(.((((((.....)))))).).))))).).)...).))))))...(((.((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((((....))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((.(...((((........)))).).))...(((((((......(((((((...(((..(....)..)))................))))).)).(((.((((...((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((.......)))...))))))).(((.(.(((.....))).).....))))))).)))))...))))....)))))))...))))))).......)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(.......(...((..........)).)...)......))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))..))....)))). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((.((...(((.(((..((((.............((....))...........))))...(.((.((((....((((((..((...(((((((.(.((.(...((((((....)))))).)....)).).(...(.......).)...((..................)).)))))))..)).)))))).((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.((((...((...)).))))...)))).(((.(((((...(................................)....))))).)))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...((((((((((....(((((((((...(.((((((.....)))))).).))))))))).....))))))...(((.((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((((....))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....(((((((.(((((((((.(...((((........)))).).))...(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...............))))).)).(((.((((...((((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((..(((.......)))...))))))).(((.(.(((.....))).).....))))))).)))))...))))....)))))))...))))))).......)))))))....)(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....(((...((....(....)..))...))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((.((((......((((((((((((..((((((((.........((((((.((..(.(((((....))))))..)).....((((.(((((.......(((((((..(((..((((((((((....((.((((((....)))))).))...)))).....(((....)))....((((((..((....))))))))..)))))).))).))))))).(((((.(((..((((((((.......))))))))((((((..((..(((((....((((..(((((.((((((..(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((((((((....(((((....((((....))))..)))))...)))))).((((.....((((...(((((((((...((((.....(((((.........(((((((.......)))))))...........)))))......(((....)))......))))..)))))).)))......(((((((....(((((.((((((....((..((((....((((((..(((((..(((....((((((((....(((.(((......))).)))...)))))))).....)))..)...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))..))))))...))))..))......((((.........)))).((((((((.((((...(((((((((((.(((..(..((((....))))..)..)))...((....))....)))))))..(((...((((...(((....)))....))))..))).))))..))))..((((....))))........)))))))).))))))..))))).....)))))))....))))......(((((..(((((((....)))))))...(((....)))..))))).))))..)))))).)))))))))))..)))).(((....)))....))))).(((((((...........(((...(((((((.((((.......))))..)))))))..((.(((((.....)))))))......))).(((((((.(((((((....((((....)))))))))))...)))))))......).)))))).))..))))))..(((....)))..))).))))).....))))).)))).))))))...((((((........)))))))))))).))...)))))))..(((((((.........))))))).....))))).(((((..((....))..)))))...((((..((..(((..(..((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))..)..)))..))..)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
|
|
AAAUAACGAAGAGUUUGAUCCUGGCUUAGAACUAACGCUGGCAGUGCGUCUUAAGCAUGCAAGUCAAACGGGAUGUAGCAAUACAUUCAGUGGCGAACGGGUGAGUAACGCGUGGAUGAUCUACCUAUGAGAUGGGGAUAACUAUUAGAAAUAGUAGCUAAUACCGAAUAAGGUCAGUUAAUUUGUUAAUUGAUGAAAGGAAGCCUUUAAAGCUUCGCUUGUAGAUGAGUCUGCGUCUUAUUAGCUAGUUGGUAGGGUAAAUGCCUACCAAGGCAAUGAUAAGUAACCGGCCUGAGAGGGUGAACGGUCACACUGGAACUGAGAUACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGCUAAGAAUCUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCGACACUGCGUGAAUGAAGAAGGUCGAAAGAUUGUAAAAUUCUUUUAUAAAUGAGGAAUAAGCUUUGUAGGAAAUGACAAAGUGAUGACGUUAAUUUAUGAAUAAGCCCCGGCUAAUUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAAGGGGCGAGCGUUGUUCGGGAUUAUUGGGCGUAAAGGGUGAGUAGGCGGAUAUAUAAGUCUAUGCAUAAAAUACCACAGCUCAACUGUGGACCUAUGUUGGAAACUAUAUGUCUAGAGUCUGAUAGAGGAAGUUAGAAUUUCUGGUGUAAGGGUGGAAUCUGUUGAUAUCAGAAAGAAUACCGGAGGCGAAGGCGAACUUCUGGGUCAAGACUGACGCUGAGUCACGAAAGCGUAGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCUACGCUGUAAACGAUGCACACUUGGUGUUAACUAAAAGUUAGUACCGAAGCUAACGUGUUAAGUGUGCCGCCUGGGGAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGAUACGCGAGGAACCUUACCAGGGCUUGACAUAUAUAGGAUAUAGUUAGAGAUAAUUAUUCCCCGUUUGGGGUCUAUAUACAGGUGCUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGCUGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGUUAUCUGUUACCAGCAUGUAAUGGUGGGGACUCAGAUAAGACUGCCGGUGAUAAGUCGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAAUCAUCAUGGCCCUUAUGUCCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCCUGUACAAAGCGAAGCGAAACAGUGAUGUGAAGCAAAACGCAUAAAGCAGGUCUCAGUCCGGAUUGAAGUCUGAAACUCGACUUCAUGAAGUUGGAAUCGCUAGUAAUCGUAUAUCAGAAUGAUACGGUGAAUACGUUCUCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCACCCGAGUUGAGGAUACCCGAAGCUAUUAUUCUAACCCGUAAGGGAGGAAGGUAUUUAAGGUAUGUUUAGUGAGGGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAAGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((((((((....)))))))))))))......(((......((((((((..((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....)))).....(((((((((....)))))))))....(.((((.......))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).a.(((((((...(.....(((((((((....))))))))).....)....))))))..A)..((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((...{.((((.(.(((.(((((((.((((((.(((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{..((((((((((...))))))))))...{{..))}}.....}}}}}}}))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....(((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))))))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..(((....))).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((....(((...(((((((((((((((.((((.((((((.(((((((((((((.((.(((..((((....(((((((....)))))))..)))).....(((.(((((.(((..(((.((((((........(((...((.((((((....)))))).))...)))......(((((((((....)))))))))..((((((((.......))))).)))))))))..)))..))).))))).)))..((((((((.......)))))))).((........((.((((((((....))))...)))).))..((((.(((.....)))))))..((((....)))))).))))))))))....((((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((((.(.....(((((((........))))))).....).)).)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...........((((.....((((.(.((((((((((((..((((.(((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((..(((.....)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))).)))))..)))).).))))....))))...))))...)))))))))))...((((((((((.((((.........(((((((((((((((((.....)))))))))...((....))...))))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))..(((.(((((((((((((..((((((((((.(((.(((......))).))).((((.((.((....(((.(((((...(((((((...(((((((....))))))).((((....)))).)))))))))))).)))...)))).))))..)))).))))))...))).)))))....))))))))..))))...((((..((((.(((.....))).))))..).)))..........)))))))))).......))).((((.(((((..(((((............((((((.........)))))).....(((.(((((.((((((.....(((((.((...(((....)))...)).............((((..(((((....)))))..))))....(((((((....)))))))..))))).((((((((((.........)))))))...))).....))))))))))))))........((((.((.(((..((((((.(((((..(((.(((..((((..(((....)))))))..))))))..))))).))))))..))))))))).))))).......((((((((((....))))))))))..))))))))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((((........................(((((((....))))))).....................((((((((.......(((((((..........((((((....))))))............................................................)))))))....)))))))).................................................((((((((....))))...))))....(((((............))))).((((....))))...............................................))))))................................................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((.......(((((.....((((((.....))))))...))))).......))))))))).............(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))...........................((((((((.......((((.........))))....))))))))........(((((((((((((((((((...)))))))))))).......)).....)))))..............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((................(((((((....)))))))............................................((((((............................))))))..........(((((((.........................))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((...............(((....))).................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...........))))))))....................................................................................................................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((....((((((.((..((.......))..)).))))))......))))))).(((((((....))))))).((((...(((((((.(....((((((((.(((((((........((...((.((((((....)))))).))...))......)(((((((((....)))))))))..((((((((.......))))).)))))))))..))))))))((((((((((..((((((((.......)))))))))))..))))))).....((((((((((.((((....)))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((((........((((((...(((((....))))).))))).)...))))........((((((((....))))......))))(((((((((..(......(((((((.(....).))))))).....)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).........................................(((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))))..((((((((...(((((((.(..((((((((((..........((((.......))))....))))))))))......).)))))))..))).)))))(((.....))).....((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........((((((((((((((((((...))))))))))..............))))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).............((((....)))).(.((((((((.........((((((...((.....(((((((((.(((((...(((((((((.(((((((....))))))))((((....))))))))))))))))).))....((((((.....((((((..(((........(((......))))))))))))))))))....(((((((.(.(((.((.....)).))).)...)))))))..((.(((((.....))))).))..)))))))....))....)))))).((((((.........))))))..)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))..((((()))))((((((........))))))()...................(((((((..(.....)))))))).......)))))))))).....)....)))))))....))))....((((((.(((((...((.((((.((((..(((....))).))))))))))...))))).))))))(((((((((((..((.......))((((((((((....))))))))))..))))))))))) |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.............((((....)))).........................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......((((((((....))))))))........................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.......(................).......)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.((((((.(((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))).)))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((.((((....((((((....))))))..((........)).)))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((..(.(((.(((....))).))).)))))................(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((((((((....))))))))).......................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.......((...............))......)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.((((((.(((((...(.((((((.....)))))).).)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))).)))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((.((((....((((((....))))))...(........)..)))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((.......((((((((((...((((...(((((..((((....(((((((....)))))))..)))).....((((.....((((((((..........((((((((.((((..((((((....))))))(((............(((((((((....)))))))))..((((((((.......))))).))).)))....)))).))))))))(((((..((((((((.......))))))))..............((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).....))))).......)))))...((((....))))......))).)))))))))....)))).((((....)))).....(((((((.......)))))))..(((((((........))))))).....(((......)))......(((((....(((((((((..........(((((((..(((((((((..((((((..((((((.(((((((((.((((((.((((((..........)))))).)))......((((((.....)))))).))).((((((((((((((((((((.((((((((...(((((((.....(((((((((.....(((.(((....))).)))......))))))))).........)))))))..))).)))))...(((..((((....((((((((.......((((.........))))....)))))))).........((((((((((((((((((...))))))))))..(((......)))))))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...))))...)))((((....)))))))).)))))))))...))))))).)))))(((....))).))))((((..(((((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))))).....(((.(((((((((....)))).))))).)))..))))..)))).))))))))))))..)))..)))))).....))))))).)))))))))..)))))...........)))))))))).)))))))).......(((.[[[[[..)))..]]]]].((((((...[[[...))))))..........]]]..(((((((....[[[[[.(((..(((....))).........))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))).]]]]]..............((((((....[[[[....))))))(((((............)))))...]]]].......(((.[[[[[[[)))........((((..(((....))).))))]]]]]]]..............(((((((((((..............(((((((((....)))))))))...))))))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((..((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((((.((.(((..((((....(((((((....)))))))..)))).........(((((.((((((((.((((((((((...))))).....((((((....)))))).....(((......)))(((((((....)))))))....((((((((.......))))).))).)))))..)))))))).))))).(((..((((((((.......)))))))))))........((.((((((((....))))...)))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))))))....((((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((.........(((((((........)))))))..........)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))(((((..((.(((((((((.((.(((.((((((..........)))))).)))......((((((.....)))))).((......))...)).)))))))))..((((((.......)))))).((((((((((((.((......)).)).)))))))))).))..))))).((....))....)))))))))).((((.......)))).....((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).....((..((((((((((((((((((...))))))))))...((......)).))))))))))(((...((((.(((((....)))))..))))..)))......(((((((((((....))))((.((((((((.........((((((..(((.....(((((((.(.(((((...((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))))))))))).).(((((((((....)))).)))))...((((.((((.(((..((......)).))).)))))))).(((((((...(((.(((...))).))).....)))))))..((.((((.......))))))...)))))))....)))...)))))).((((((.........))))))..)))))))).))..(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))).(((((.(((.((((........))))))))))))....))))))).(((((((((.((((.(((.((((...........((((.(((((..(((.(((..((((..(((....))).)))).))))))..))))).)))))))).))))))).....)).)))))))(((((((((....))))))))))))))).))).))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................(((..((((((...(((..((......((((....(((((((....)))))))..))))...............((((((((.((((((.........((......((((((....))))))......)).......(((((((((....)))))))))...(((((((.......))))).)).))))))..))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)).))).....((((...(((((....))))).))))....))))))............((((....)))).....(((((((..bbbb.)))))))..(((((((........)))))))...........BBBB........((((..((..((((((((..........(((((.....((((((((..(((((..(((((((..((((((......((((.((cccccccccccc....)).(((((.....((((((.....))))))...))))).......CCCCCCCC...((((((((...(((((((....((((((((((.................)))))))))).....aa....((....)).)))))))AA))).)))))..CCCC...))))...((((((((.......((((.........))))....)))))))).........((((((((((((((((((...))))))))))...((....))...))))))))))))))..((((.(((((....)))))..))))...............<<<<<.((...........[[[[[[........(((........)))..............(((((...(((((((...(((((((....))))))).((((....)))).)))))))))))).................................))........))))))))))))..)))..))))).ddddddd))))).)))))))).)).))))...DDDDDDD......{{)))......}}.(((..(((((..((((.......))))...(((((.........)))))....]]]]]]......(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....))))))).....((....(((((((........))))))).......))...........(((((((.........)))))))............>>>>>...................((((.(((..((((((.(((((......((((.((((..(((....))))))).)))).....))))).))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))...))))).))).. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(..((((((((...)).......................................((.((.(((((..)))))))..))...................(((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......(((((.((....)).)))))......((.............)))))))))).))))))))))..(((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...)))))...((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).)))).....(((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(...((((((((..........)))))).))..)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...))))))....................................((((.(.((((((((((((.(((((.(((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((.......(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))..........(((((..((((...(...))))))))))....((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))))).................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((((.......)))).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))).....................((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))).............((((((........)))))).....................(((((((.........)))))))............((((..((....))..)))).....(((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((....))).))))))))))..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(..((((((((...)))......................................((.((.(.((....)).).)).))...................(((((((..((.(.((((((((((((.(((.((((((....)))))).)).).)))).....((((((((((..)))))))))).....(((((.......))))))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...)))).((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)).........((((...(((((....))))).)))).............(((....((((((....))))))...)))..(((.(((((...(..((.((.((..((.......)))))).))..)....))))).)))....((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))).................................(((.(.(((.((((((((.(((((.(((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).))).....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))...........((((((.(((((((((((.)))))))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..............(((....)))...........(((((..((((...(...))))))))))....((((((.......(((((((..(((((((....))))))).((((....)))))))))))..................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((...(((((((.(((((((.......))).))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................))))))....................(((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))...........(((((((.........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((..((.((((.((((..((......)))))).))))))..)))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((..((((((.(((...........))).(((.(((.......))))))..((((....(((((((....)))))))..))))..(((((((.((...((((((((.((((((((.......))......((((((....))))))......((......))((((((((....))))))))...((((((((.......))))).)))))))))..)))))))).(((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))(((...((((((((((.(((..(((((...(((((.(((.....)))))))).((((....))))((....)).........((((...(((((....))))).)))).((((.((.............))))))...)))))....(((((((.......)))))))..(((((((........)))))))..((((((((.(((((.......((((((((.(((((..(...(.....(((......)))((((((((..(((((..(((((((..((((((((.((.(((.((((((..........)))))).)))......((((((.....)))))).((......))...)).))))))))...((((((.......)))))).((((((((((...((......))....)))))))))).....((((((((....)....))))))).........(((.....))).....((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.((((((((((...))))))))))..(((......))).)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))..........(((((((((..(((((.((((.(((.(((......))).))).((((.(.(((....(((.(((((...(((((((...(((((((....))))))).((((....)))).)))))))))))).)))...)))).))))..))))..)))))...)))).))))).))))))))))))..)))..))))).(((((((...(((.(((...))).))).....)))))))..)..)..))))).)))))).))...)))))..))))))))........((((((.........))))))...............(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))).(((((.((.(((((........)))))))))))).))).))))))))))...)))..)))))))))..((((.(((..((((((.(((((..(((.((((.((((..(((....))).)))))))))))..))))).))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).))).)). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((((....)))).)).)))((......(((......((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((..)))...........((..............)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(................................)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.((((((.(((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((((....)))).)).)))((......(((......((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((..)))...........((..............)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(................................)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.((((((.(((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).))))))(...)((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((....((((((.....((((.......)))).))))))......))))))).(((((((....)))))))..((((...((((((.((.....(((((.(((((....((((((((.((((..((((((....))))))(((............(((((((((....)))))))))..((((((((.......))))).))).)))....)))).))))))))((((...((((((((.......)))))))).((........((.((((((((....))))...)))).)).((((.((((.....)))))))).((((....))))...)).))))))).)).)))))...((((....))))(((((.(((.......(((.((((.((.((((....)))).....(((((((.......)))))))..(((((((........)))))))..((((((((.(((....((...((((((((.(((....(((.((((..(((......)))((((((((..(((((..(((((((.(((((((......((((...((((((((((((..((((.(((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((......((((((((.....(((.(((....))).)))......)))))))).((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))...((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((((((((((((.....)))))))))...((....))...))))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............(((((((((..((((((((((.(((.(((......))).))).((((.((.((....(((.(((((...(((((((...(((((((....))))))).((((....)))).)))))))))))).)))...)))).))))..)))).))))))...)))).))))).))))))))))))..)))..))))).(((((((...(((.(((...))).))).....)))))))..)))).)))))).)))))).))...)).))).))))))))..)).)))).((((.........))))..)))..(((.(((((.((((((.((..(((((.((...(((....)))...)).............((((..(((((....)))))..))))....(((((((....)))))))..)))))....(((((((.........)))))))......))...))))))))))))))..))))))))..))))))))..(((((.(((((..(((.(((..((((..(((....)))))))..))))))..))))).))))).[[[[[[[[[[[.))))........((((((((((....))))))))))..]]]]]]]]]]] |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((..((((((.((((((....))).))).(((.(((.......))))))..((((....(((((((....)))))))..))))..(((((((.((...((((((((.((((((((((...))))..(((.((((((....)))))).)).)...........((((((((....))))))))...((((((((.(....)))))).)))))))))..)))))))).(((((((((..((((((((.(....))))))))))))..))))))(((...((((((((((.(((.((((((...(((((.(((.....)))))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))((((.((.[[[[........))))))...))))))...(((((((.......)))))))..(((((((........)))))))..((((((((.(((((.......((((((((.(((((......((((..(((......)))((((((((..(((((..(((((((.(((((((((....(((.((((((..........)))))).)))......((((((.....)))))).................)))))))))..((((((.......)))))).((((((((((((............)).)))))))))).....(((((((..........))))))).........(((.....))).....((((((((.......((((.........))))....)))))))).........((((((((((((((((((...))))))))))..(((......)))))))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..........(((((((((..((((((((((.(((.(((......))).))).((((.(.(((....(((.(((((...(((((((((.(((((((....))))))))((((....))))))))))))))))).)))...)))).))))..)))).))))))...)))).))))).))))))))))))..)))..))))).(((((((...(((.(((...))).))).....)))))))..))))..))))).)))))).))...)))))..))))))))........((((((.........))))))..]]]].........(((((((.....(((.......(((....))).........))).....)))))))....(((((.((((((((.((...)))))))))....)))))).(((((.((.(((((........)))))))))))).))).))))))))))...)))..)))))))))..((((.(((..((((((.(((((..(((.((((.((((..(((....))).)))))))))))..))))).))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).))).))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...(((((....)))))...)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((..)))..............................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((..(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((.............))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((......(((((....)))))....))))......(((.......(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....((((((.(((..))).)))))).......................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((...(((..(((((.....((((((.....))))))...))))).)))....)))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))..)(((((((((((....))))...........((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.........(((((...((.(((....))).))....((....))..)))))....(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(.......)..))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))......((((((((((....))))))))))......))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((...(((((((((((((((.((((.((((((.(((((((((((((.((.(((..((((....(((((((....)))))))..)))).....(((.(((((.(((..(((.((((((........(((...((.((((((....)))))).))...)))......(((((((((....)))))))))..((((((((.......))))).)))))))))..)))..))).))))).)))..((((((((.......)))))))).((........((.((((((((....))))...)))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))))))....((((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((((.(.....(((((((........))))))).....).)).)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...........((((.....((((.(.((((((((((((..((((.(((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((......((((((((.....(((.(((....))).)))......)))))))).((....)).)))))))..))).)))))..)))).).))))....))))...))))...)))))))))))...((((((((((..((((..((((..(((((((((((((((((.....)))))))))...((....))...))))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((..(((....((......)).((((((((((((((((....(....)..(((((((.((.(((((...(((((((...(((((((....))))))).((((....)))).)))))))))))).))(((((((((....)))).))))).))))))))))))))))))..)))))....)))...)))))))))..))))..))))......(((.(....))))....)))))))))).......))).((((.(((((..(((((............((((((.........)))))).....(((.(((((.((((((.((..(((((.((...(((....)))...)).............((((..(((((....)))))..))))....(((((((....)))))))..)))))....(((((((.........)))))))......))...))))))))))))))........((((.((.(((..((((((.(((((..(((.(((..((((..(((....)))))))..))))))..))))).))))))..))))))))).))))).......((((((((((....))))))))))..))))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................((..(.(.(((((.....((.(.(.(....(...((..(.(.....(...........).....).)...(.((....((...(.(..((.....(....)............(...)..).).)....)....))..((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).))......)....)).....)..)....((((((....(((....))).).)))))..).).))...((((.(.((...(.....).)).)...)))).(((..((((...(.(...........................).....).))))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))..))))).................((.....(((....(((((((((((.(.((((((..((.....((((((.....))))))...))))).)))...))))))))...(((.((((...(((((((.(..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....).....((....)).)))))))..))))..)))..))))....)))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((.....)))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.(........(.(((....)))....)..............)...)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((.(..(((((((...((...((......)).))....))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((....(..(((....)))..)..)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))).........)).)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................((.(....(.(..(.(((..((...((.(.(.(....(...((..........(((.......)))...........(..((..(((...((.(.....(..(.....)..)........(...).)........))....))..((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))..).))...)....)).....)..)....((((((....(((....))).).)))))..).).))...((((.(.((...(.....).)).)...)))).(((((((...(........................................))))))))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))..)))))...)..........).)((.....((((...((((((((((((..((((((..((.....((((((.....))))))...))))).)))...))))))))...(((.((((...(((((((.(..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....).....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((.....)))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((..........(.(((....)))....)..................)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((.(..(((((((...((...((......)).))....))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....(((...(((...((.....)).)))..))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))..........).)) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((.......................(((.......))).............(((((((....)))))))........(((((((.((...(((..(((.((((((.........((...((.((((((....)))))).))...)).......(((((((((....)))))))))...(((((((.......))))).)).))))))..)))..))).......(((..((((((((.......)))))))))))........(((...((((((((((.(((.....((...((((..(((((((..........((((....))))..............(((((((....((((....))))..))))).))..................((((....)))).....(((((((.......)))))))..(((((((........)))))))..((((((((.............((((((((..((..........................((((((((..(((((..(((((((...((((.......((((.(.((((((((((((..((((.(((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((.....(((((((((..(((.....)))....)))))))))............((....)).)))))))..))).)))))..)))).).))))...((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........((((((((((((.(((((...))))).))))...((....))...))))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...........)))).((((.((......)).))))........(.......(....)...((((((.((.(((((...((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))))))))))).))(((((((((....)))).))))).))))))....).....))))))))))))..)))..)))))..(((((....(((.((.....)).)))......)))))...........))..)))))).))..........))))))))........((((((.........))))))...........................(((..((...(((....)))...))....))).........))))))).))))..(((((((........))))))).))........(((((.((..((((........)))).))))))).))).))))))))))...)))..))))))))).......(((...(((((.(((((..(((.(((..((((..(((....)))))))..))))))..))))).)))))...)))....................(((((((((....))))))))))))))......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((((((.......((((((((((...((((...(((((..((((....(((((((....)))))))..)))).....((((.((..((.(((((.(((((..(((..((..((...((.((((((....)))))).))...)).......(((((((((....))))))))).....(((((.......))))).))..)))...((.((((..((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).)).))).)))))...((((....))))..))..))..)))))))))....))))..(((....)))...........(((((((((.........(((((((........)))))))..........)))))))))..(((((((.(((.((((((((..((....))(((((((..(((((((((..(((((..(((((((.(..((((......((((...((((((((((((..((((.(((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((..(((.....)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))).)))))..))))...))))...((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((((((..((((.....))))..)))...((....))...))))))))))))..).((((..((((....))))...))))....((((((((((....)))((((.((......)).))))..)))))))......((.(((...(((((((....(((((...(((((((...(((((((....))))))).((((....)))).))))))))))))...(((((((((....)))).))))).))))))).))).))..))))))))))))..)))..)))))).....))))))).)))))))))))))))).))........)))))))))).)))))))).((.((((((..(((((..........((.(((((....((((.(((((.((....)).......(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))..)))))))))(((((((........))))))).......((((.((.((...(((((((.........)))))))...)))))))).))))).))....((((.(((.((((.....((.......))(((((..(((.(((..((((..(((....)))))))..))))))..))))).....)))).)))))))..))))).......((((((((((....))))))))))..))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
|
|
CCAACUUGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAGCGAACGCUGGCGGCAGGCUUAACACAUGCAAGUCGAGCGGGCGUAGCAAUACGUCAGCGGCAGACGGGUGAGUAACGCGUGGGAACGUACCUUUUGGUUCGGAACAACACAGGGAAACUUGUGCUAAUACCGGAUAAGCCCUUACGGGGAAAGAUUUAUCGCCGAAAGAUCGGCCCGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUAGGGUAACGGCCUACCAAGGCGACGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACAUUGGGACUGAGACACGGCCCAAACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGGACAAUGGGGGCAACCCUGAUCCAGCCAUGCCGCGUGAGUGAUGAAGGCCCUAGGGUUGUAAAGCUCUUUUGUGCGGGAAGAUAAUGACGGUACCGCAAGAAUAAGCCCCGGCUAACUUCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGAAGGGGGCUAGCGUUGCUCGGAAUCACUGGGCGUAAAGGGUGCGUAGGCGGGUCUUUAAGUCAGGGGUGAAAUCCUGGAGCUCAACUCCAGAACUGCCUUUGAUACUGAAGAUCUUGAGUUCGGGAGAGGUGAGUGGAACUGCGAGUGUAGAGGUGAAAUUCGUAGAUAUUCGCAAGAACACCAGUGGCGAAGGCGGCUCACUGGCCCGAUACUGACGCUGAGGCACGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGAAUGCCAGCCGUUAGUGGGUUUACUCACUAGUGGCGCAGCUAACGCUUUAAGCAUUCCGCCUGGGGAGUACGGUCGCAAGAUUAAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGACGCAACGCGCAGAACCUUACCAGCCCUUGACAUGUCCAGGACCGGUCGCAGAGAUGUGACCUUCUCUUCGGAGCCUGGAACACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGUCCUUAGUUGCUACCAUUUAGUUGAGCACUCUAAGGAGACUGCCGGUGAUAAGCCGCGAGGAAGGUGGGGAUGGCGUCAAGUCCUCAUGGCCCUUACGGGCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGGUGACAAUGGGAUGCUAAGGGGCGACCCUUCGCAAAUCUCAAAAAGCCGUCUCAGUUCGGAUUGGGCUCUGCAACUCGAGCCCAUGAAGUUGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGCACGCCACGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUUGGCUUUACCUGAAGACGGUGCGCUAACCAGCAAUGGAGGCAGCCGGCCACGGUAGGGUCAGCGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...aaa.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((((((....))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....)))).....(((....)))....((....)).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).[.(((((((...(.......)....))))))..])..((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).))))))))))..........(((((...<.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<..((((((((((((....))))))))))))...<<..))>>.....>>>>>>>))).(((......((((....))))....)))...AAA..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((....(((((((....))))))).((((....))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((((((((.....)))).)))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..(((....))).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Alterna
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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CMfinder(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((((((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((....((((((....))))))..))))...((((.((((...(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((((...))))...........))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))))))))).)).......))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))............((((((..(((((....(((((....(((((................)))))))....)))..)))))..(((((((...((....)).....))))))))))))))))))))))).......(((((((....((((((..((((((((((((..((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....((((((((...........))))))))...(((((.............)))))....)))))))..))))).)))...((((.((((.....((((((...((...((((.........))))...))))))))((....)).....)))).((((((((((((....)))))))))))).))))...)))))...))))))))))))).)))).)))......)))).))))))...((...(((((((((((((.((.((((((..((((((((.........(((((...((((.....(((((.((((((((.....((((((...(((((((....))))))).(((....))).)))))).)).))).)))(((((((((....))))).)))).))))).(((((((......))))..))).))))...((((((((((((.((((............))))..)))))))..((..((((.....))))...))....)))))...))))).(((((....(((((....))))))))))...)))))))).....((((((.....((((((((..((((....))))..))..))))))....)))))).(((((((...(((((((........))))))))))).)))..))))))....(((((((.........)))))))......))...))))))..((....))..)))))))..))..(((((.(((((((((((.....((((.((((.(((.((.......)).((((....))))..))).)))))))))))))))))))......((((((((((((....)))))))))..)))..))))).. |
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Carnac(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((.....................(((((((((....)))))))))..................(((((((.......((((((((.........((((((....))))))...............((((...))))...........)))))))).....)))))))............((((((((.......))))))))..............(((((((.........)))))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))...))))))......................................(((((................)))))......((((((......(((((((................)))))))))))))........................................(((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))..))))))))).............(((((((.....(((((((((.................))))))))).....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((..((((((((((((....))))))))))))................))))))..............((((....))))....................((((((((............((((((((..............................(((((((.................(((((((....)))))))..............................................................................................(((((((.((((............))))..)))))))............................................................)))))))......)))))))).....((((((.....((((((((((((((....)))))))))..)))))....))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((.................(((....)))..............))))))))))))........................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((...((((....))))...)))))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....))).............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((....(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....)))).).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((....)))))).)))))......(((......(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))))....(((....)))....((....)).)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...(.......)....))))).......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))..........(((.....(.((((.(.(((.((((((..(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)).))))))...((((((((...((((((((....(((((((...(((......)))......)))))))....).......((....)).)))))))..))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((....))))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....(.((........)).)........(((((((......((((((((...(((((((....)))))))..(((....))))))))).))..((.((((..((((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....)))).).)).....))))..)))).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...((((((......(((..((.(((((....))))).))....))).....))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(((....))).))).)))).)...))))))))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((((.(((((.(....).)))).).)))((((.........))))...((.((((((....)))))).))(((.((((((((.((((.((.((((((((((.......((((((.(...((((((....))))))....).))))))((((((....)))......)))...(((((....)))))..((..((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))(((((.........))))).....(((.((((((((((...((((...((((....))))...(((((((((..............(((....)))((((.(((((((((.((((..(((....((((.(.((((((((.(((.((.(((.(((((...(.......)..()))))).)))..((((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))).(((((((((((.....(((((((....((((((...((((((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((....((((((((...........))))))))...(((((.............)))))....)))))))..))))).)))...))(..........)(((((((...(...((((.........))))...)))))))))............(((..((((((((((((....)))))))))))))))((....)).....))))))))))))).((((..((((....))))...))))..................((((....))))..................)))).)))))))...))..)))).))))))).(((())))(.(((..(((((((....)))))))...)))..)).))))....)))..)))).)))))))))..))))(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....)))).(((((((.((((((......))..))))..))))))).)))))((((.....))))........((((((((........))))))))(((((....))))))))).........((.......))(((.....((((((((.(((((....))))).))..))))))....))))))))))))).)))(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...)))))))))).)).))..))....)))))))).((((.(((..((((((((((((((..(.((((..(((..(((....))).))).)))).))).))))))))))))..))).))))..))).........((((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((............((((....))))........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......(((..)))..............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.......)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((.....((((((....))))))..((......))..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....)))).).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.((((((.......(((.(((..(((..((.(..(((....)))..).)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......(((..)))..............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).)))))...))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...(.......)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((....((((((....))))))...((......)))))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....)))).).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.[[[[[.......)))))..]]]]](((...))).(((((......[[[)))))..]]]((((((....)))))).(((((.((((((((.........((((((((((.(((((.((((((.....((((((....))))))......))))))...(((....)))))))).(((((((((((....)))))..((((((((((.(((..((((((((.......))))))))))).(((((...((((..((((....))))..(((((.......((((((((((.((((((...((((....))))...(((((((((.......(((...((((....))))....((((((((((((....)))......(((..(((((((....(((((((((((((((............................((((((((..(((((((((.........)))...))))))..))))..((((((((((.....)))))).....((((((..(((((((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))..))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...........))))))))...(((....))).................)))))))..))))).)))...((((.((((.....(((((((.......((((.........))))....)))))))(((.....)))..)))).((((((((((((....)))))))))))).))))...)))))...))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))....))))))))))))))))))....)))))..((((.....(((..(((...)))..)))..))))))))))).......((((((...(((((((....)))))))..(((....))))))))).....)))...)))))))))..))).(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....)))).(((((((.((((............))))..))))))).))))).(((.....)))..((((...((((((((........))))))))...))))..))))))((((...(((.(((((...))))))))....((((((((.(((((....))))).)))..)))))...))))))))))))))....(((((((........)))))))....)))))....))))...))))).)))))).))))...))))))))))))))))..............)))))))).((((.(((..((((((((((((......((((..(((..(((....))).))).)))).....))))))))))))..))).))))..)))))........(((((((((....)))))))))(((.....)))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((..(((...)))...((((..((((..((.........))..))))))))((((((....)))))).(((((.((((((((.(((..((.((((((((((.......((((((.....((((((....))))))......)))))).(((((..(((.((...........(((((....))))))).)))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))((.(((.(((......(((((...(((((....))))).))))))))))).)).(((((((((..(((((.((((((....)))))).((.(((((................))))).))...(((....)))..(((((((((.((....)))))...)))))).)))))..)))))))))..((((((((..((...((((((((..(((((((((((.(((((((((....((.(((((.....)))))))...)))))))))..))))))((((........)))).(((((((...((((((((...........)))))))).))))))).......((((((((.......)).))))))(((((((((.(((((.((((......(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..((((((..((((((((((((....))))))))))))..(((....)))....)))))).)))).))((((..((((....))))...))))...(((..((.(((((((((((....)))).........((((....(((..(((...)))..)))....))))))))))).))..))).(((..(((((((....))))))).)))...(((.(((((.....))))).)))((((((((....)))).)))).))).)).)))))))......))))).....)))).))))...(((((((.((((..((......))))))..))))))).))..)))))))).(((((.((((...((((((((........))))))))...)))).).)))))))))....((..((......((((((.....((((((((.(((((....))))).)))..)))))....))))))...((((.((((((((((........)))))))....))).)))).))..)).(((((((.........)))))))...)))))))))).))....)))....)))))))).((((..((..((((((((((((((....((((..(((..(((....))).))).))))..)).))))))))))))..))..))))..)))))........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................((((((....)))))).......((((((((.((...((.((((((((((.(((....(((((.....((((((....))))))......)))))....(((.....)))...........bbbbb))).BBBBB......((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...))))).......((((((((((..........((((....))))........................(((((....)))))...(((((((((.((..((((((((....(((.....................(((((................)))))......dd....((((..<<<<<<<<<.<<))))>>>>>...>>>>>>.)))DD..)))))))).......(((((((..cccccc......ccc(((((((..((((((((((..{{.((((((aaa..))))))...))))))))))...)))))))....(((((((...(((((((....(((((((([[.........))))))))]]...................((....)).)))))))..))))).))..................((((((.AAA....((((}}.......)))).....))))))..........((((((..((((((((((((....))))))))))))..(((....)))....))))))))))))).((((..((((....))))...))))...................CCC....................................................CCCCCC......((((((...(((((((....)))))))..(((....)))))))))........)).)))))))))......(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((.((((............))))..))))))).......(((.....))).........((((((((........))))))))(((((....)))))................................((((((((.(((((....))))).)))..))))).......))))))))))....(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...)))))))))).)).....))....)))))))).((((.(((..((((((((((((((....((((((.((..(((....))))))).))))..)).))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.((((((....)))))).))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(.((....)).)...(......))))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))....((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(.......)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)...........................(((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))...))).).)))......((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.(((((((((((......)))))))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)).......(((....)))............((((..((((...(...)))))))))....(((((((......(((((((...((((((((....)))))))).((......)).))))).)).................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((((.....)))).)))..))))))...((.(((((.....)))).).)).....)))))))).......................)))))))...................(((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))...)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))............((((..((....))..)))).....(((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((....))).))))))))))..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((..((((.....)..................................((.(((.((....)).))).))....((((((((.(.....((((((..(((..((((((((((((.(((.((((((....)))))).)).).))))....(((......)))...((....)))))))))).))).)))))).(((..(((((..((((((((.(...).)))))))))))............(((((((....))))...))).....(((((.(((.....))))))))..(((....)))...))..))).........(((...(((((....))))).)))..............(((....((((((....))))))...))).((((((((((....(......)....))))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))....................(((((((.(((((.(.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))...))).).)..(....).(((((..((...((((.........))))))..)))))..(((...((((.((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).)))))))...(((.((....))..((.(((((.(.((((..((((...(...))))))))).......(.........(((((((.....((((((....))))))...(((....))).)))).))))).))))).)).)))..(((((..(((((.((....)).(.((((......))))).))))).....(((((..((((((.(((((((.....)))).)))..))))))...((.(((((.....))).)).))..)).))))))))...............))))))))))))......................(((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))...)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))..................((....)))))))))))..(((.(((..((((((((((((((..((((((.((((..(((...).)).)))))))))).))))))))))))))..))).)))..)))...........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((..(((...)))...((((..((((..((.........))..))))))))((((((....)))))).(((((.((((((((.(((..((.((((((((((.......((((((.....((((((....))))))......))))))...((((...))))...........(((((....)))))......((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....((.((((((((((..(((((...((((....))))...((..(((......(((((....((((....))))..)))))))).))....(((((((((..(((((.((((((....)))))).((.(((((................))))).))...(((....)))..(((((((((.((....)))))...)))))).)))))..)))))))))...(((((((..((...(((.((((..(((((((((((.(((((((((....(.((((((.....)))))))...)))))))))..)))))))).......((((....(((((((...((((((((...........)))))))).))))))).......((((((((.......)).))))))))))(((((.(((((.((((......(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........((((((..((((((((((((....))))))))))))..(((....)))....)))))).)))).))((((..((((....))))...))))...(((..((.(((((((((((....))))..........(((....(((..(((...)))..)))....))).))))))).))..)))......(((((((....)))))))..(((....)))((((.....)))).....((((((.(....).)).)))).))).)).)))..((......))))).....))))..)))...(((((((.((((..((......))))))..))))))).))..)))))))...............((((((((........)))))))).((((....)))).)))))...(((.((((.....)))))))....((((((((.(((((....))))).)))..))))).......)))))))))).)).(((((((........))))))).....................((((((.........))))))....)))))))))).))....)))....)))))))).((((..((..((((((((((((((....((((..(((..(((....))).))).))))..)).))))))))))))..))..))))..)))))........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Multilign(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Murlet(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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NanoFolder
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((....)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.......).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((....(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....)))).)))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....)))....((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.......).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...(((((((....(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....)))).).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((......((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))...((....)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).)))))).)))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((................))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((....(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....)))).).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....))))))).)..(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))((......)).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..(((..((......)).))).))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((....))))...)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....))).............)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.((((((..((((((((((((....))))))))))))...((....)).....)))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((.....((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....)))).).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((.............))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....(((((((((((..((((.((((((.((((((((.....(((.(((..((((....(((((((..)))))))..))))......(((.......((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....))).............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(.........)))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((.....((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....)))).).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((....))).))).)))).)...))))..))))))..))).)))).))))).........(((((((((....)))))))))))))))....))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................((.(.(.....(...(...(....(.(.((.....................(..(.(.(....((((........(.....).....()...................))).).((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..))....)....))...).).......((((((....(((....))).).)))))...........((((.((((...((...)).))))...)))).(((.(((((...(..........).))))).)))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).......)...............)((.....((((...(((((((((((.(.(((.(((((...(.((((((.....)))))).).))))).)))...))))))))...((((((((...(((((((((...(((((((((.(((......)))....)))))))))......))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....(((((((((((..((((((((((((....))))))))))))................))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...(.((........)).).)))).(.(((((((......((....(.......((((....))))...............)......)).(((.((((...((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(((((.....)))).).....))))))).)))))...))))....)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((.......(((..((..((((....))))..))....)))......)))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((.........)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((....(..((......))..)..)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))).).......)).)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....((((((..((((.(((((.((((((((((((..((...(((.(((..((((....(.....(.....).)...))))....(((...((....((((((..((...((((((((((((.(...((((((....)))))).)....)))).....(((....)))....((....))))))))))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....)))))))))).))).......)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))...))))))..((((.((((...((...)).))))...)))).((..(((((...(..........).))))).....))(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))))))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((...(((((((((.(((......)))....)))))))))......))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....(((((((((((..((((((...(.(......).).))))))................))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...(.((........)).).)))).(.(((((((......(((((((.......((((....))))................))))).)).(((.((((...((((..((((..((((((((((.......((((......))))..))).))))...((...(((((((..(((...(......).)))...)))))))..((.(((((.....)))).).))..)).)))...))))...))))....)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((.......(((..((...(((....)))...))....)))......)))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((.........)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((((((((.(....((((...(...(((....))).)...)))).)...))))))))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((.................................................((((((....)))))).(((((.((((((((.(((..((.((((((((((........(((((.....((((((....))))))......)))))....(((.....)))............(((......)))...((((((((((.(((..((((((((.......))))))))))).(((((.(.((((..((((....))))...((((....((.((((((((((.((((((...((((....))))...((((............(((...((((....))))....((((((((((((....))).....((((((.(((((.....(((((..(((((((.......................................(((((..((.((....)))).....)))))...............................................((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((...........))))))))....((....))...))....((....)).)))))))..))))).))).................(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..................((((((((((((....))))))))))))..............................((((..((((....))))...))))..................)))))))......)))))............((..(((...)))..))........)))))......((((((((...(((((((....)))))))..(((....))))))))).)).))).))))))))))))..))).((((((.((....)).(...............).))))))..........(((((((.((((............))))..)))))))..))))..............(((((...................)))))...........))))))((((...(((.(((((...))))))))....((((((((.(((((....))))).)))..)))))...)))))))))))))).)).(((((((........)))))))....)))).....)))).).))))).)))))).)))).........)))))))))).))....)))....)))))))).((((..((..((((((((((((((....((((..(((..(((....))).))).))))..)).))))))))))))..))..))))..)))))........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((..((((..(((....)))...(((..((.........))..))))))).((((((....)))))).(((((.((((((((.(((..((..((((((((........((((((.....((((((....))))))......))))))...(((.....)))....((((((((((((....)))))..(((((((((..((...((((((((.......))))))))(((((..(((.((.(((((((.........))))))).))....((((((((((.((((((...((((....))))...(((((((((.......(((...((((....))))....((((((((((((....))).....((((((.((((((....(((((((((((((((.......((.((....))))........((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))..)))...((((((((((.....)))))).......((((...((((((((((((.((((..(((......((((((.....))))))....)))..))))..))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((...........))))))))...(((....)))..))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))....))))..((((((..(((..(((((((....)))))))..)))..(((....)))....))))))..(((...((((...(((....)))....))))..)))......))))).))))))))))....)))))....(((.....((..(((...)))..)))))....))))))......((((((((...(((((((....)))))))..(((....)))))))).))).))).))))))))))))..))).(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....)))).(((((((.((((..((......))))))..))))))).)))))((((.....)))).((((...((((((((........))))))))...))))..))))))((((...(((.((((.....)))))))....((((((((.(((((....))))).)))..)))))...)))))))))))))).))).((((((........))))))............))))).......))..))))).))))...)))))))))))))))..))....)))....)))))))).((((..((..((((((..((((((....((((..(((..(((....))).))).))))..)).))))..))))))..))..))))..)))))........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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CGAACUAUAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAUGCUUUACACAUGCAAGUCGAACGGUAACAGGUCUUCGGAUGCUGACGAGUGGCGAACGGGUGAGUAAUACAUCGGAACGUGCCUAGUAGUGGGGGAUAACUACUCGAAAGAGUAGCUAAUACCGCAUGAGAUCUACGGAUGAAAGCAGGGGACCUUCGGGCCUUGUGCUACUAGAGCGGCUGAUGGCAGAUUAGGUAGUUGGUGGGGUAAAGGCUUACCAAGCCUGCGAUCUGUAGCUGGUCUGAGAGGACGACCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUGGACAAUGGGCGAAAGCCUGAUCCAGCAAUGCCGCGUGCAGGAUGAAGGCCCUCGGGUUGUAAACUGCUUUUGUACGGAACGAAAAGCCUGGGGCUAAUAUCCCCGGGUCAUGACGGUACCGUAAGAAUAAGCACCGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGGUGCAAGCGUUAAUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGUGCGCAGGCGGUUUUGUAAGACAGUGGUGAAAUCCCCGGGCUCAACCUGGGAACUGCCAUUGUGACUGCAAGGCUAGAGUGCGGCAGAGGGGGAUGGAAUUCCGCGUGUAGCAGUGAAAUGCGUAGAUAUGCGGAGGAACACCGAUGGCGAAGGCAAUCCCCUGGGCCUGCACUGACGCUCAUGCACGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCCUAAACGAUGUCAACUGGUUGUUGGGUCUUAACUGACUCAGUAACGAAGCUAACGCGUGAAGUUGACCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGACCCGCACAAGCGGUGGAUGAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAAAACCUUACCCACCUUUGACAUGGCAGGAACUUACCAGAGAUGGUUUGGUGCUCGAAAGAGAACCUGCACACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGCCAUUAGUUGCUACAUUCAGUUGAGCACUCUAAUGGGACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCCUCAUGGCCCUUAUAGGUGGGGCUACACACGUCAUACAAUGGCUGGUACAAAGGGUUGCCAACCCGCGAGGGGGAGCUAAUCCCAUAAAGCCAGUCGUAGUCCGGAUCGCAGUCUGCAACUCGACUGCGUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGAAUGUCACGGUGAAUACGUUCCCGGGUCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGCGGGUCUCGCCAGAAGUAGGUAGCCUAACCGUAAGGAGGGCGCUUACCACGGCGGGGUUCGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((..............................(((....))).............................((((((.......(((((((((((((....((((((....))))))..............................................))))))))))))).....))))))......................................................((((....))))...........(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..)))))))..((((.......................)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))).............(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((......)))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((........(((((....(((((((.....)))))))............)))))............................................................................(((((((.((((...........))))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......))))))))...(((((((((...............(((....))).................))))))))).........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...........))))))))......................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((..((((((....))).)))))..)))))......(((.......((((((..((...(((((((((.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))....((((((..((....))))))))))))))))..)).))))))((((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))).((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(...(((((...(....((((((((.......)))))))).....)....)))))...)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))).......((((((.....(.((((...(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))).)))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((........))))))))))...((....))....))))))))))))))((.....((((....))))....)).........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.......((((((..(..((((....))))..)...(((....)))..))))).)...((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((...........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))............... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(....)((((((((........))))))))((((.(((((((.......)))))....))..)))).......................((((((..(((.((.(((..((.((((((((((....((.(((.((..((.((((((....)))))).))...))((((..(((((((((......((((((..((....)))))))..)((((...(((((((.((((((..(((.(((((((((.(....(((((.....))))).....)(((.(((((((.........))))))).)))(((((.(((.....)))))))).((((....))))..((((((.........((((...(((((....))))).))))(((........)))........((((....))))....)))))).((.(((((.(((....((((((((.......)))))))).....)).).))))).)).....))))))))).)))).))))).))))))))))).....(((...................................((((((..((((((((((((.((((((((((...(.((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))))..((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).((.........))..)))))))..))).)))))...)))..))))))...(((((((...(...((((.........))))...))))))))(((...((..(((((((.(((((((((((......)))))))))))...((....))....)))))))))...)))((((.(((((....)))))..))))..................((((....))))..........(((((..((((........))))))))))))(((((((((.......(((......((((....))))...((((((....))).(((((....)))))........((((....))))(((((((....)))((.(((......))))).)))).)))........(((((((.((((.((......))))))..)))))))..)))(((((.....)))))..))))))))).(((((((..........(((((((.......)))))))...))))))).(.(((((((((.....(((((((...(((....)))...)).)).))).....))))))))).)(((((..(((((((........))))))).....)))))...........)))))))))...))))))).))...)))))))).))))..)..)).)))))..))))))(((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))))))))))..))).)))((...(.......).((((((((((....))))))))))..))........... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((...............(((((....))).))..........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)....((((....))))..........................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(......((...............)).......)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((......)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((((((....((((((....))))))..(.(........).).)))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((.((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.......((((....))).)......)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))............((....)).......)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...))))..((.(((((...(....((..((...........))..)).....)....))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((......)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))..(.((......))).))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((((.....).).))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((((((........((((.((.(((((((((((....................((((((....))).)))....................................((((((((((.........((((((....))))))........((.((...((((((......((((.(((.((....)))))..))))......(((((((.(((((...(((.(((((((((......(((((.....)))))......(((.((((((((....))...)))))).)))(((((.((.......))))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).))))).....................((((....))))........((....(((((..((....((((((((.......)))))))).....))...)))))......))))))))))).)))..))))).))))))).......))))))...)).))..........))))))))))))))))))))))).))))((((((((..(((((((((...((.(((((.....)))))))..)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))).)))))....(((((((......)))))))))))...))))))))))........................((..(((((((.(((((((((((......)))))))))))...((....))....)))))))))......((((.(((((....)))))..))))..(((....((((((...((((....))))..........(((((..((((........)))))))))...(((((((((......((........((((....)))).....[[((....))..[[[[))....]]]]........((((....))))....(((....)))...(((......))).......]]..........(((((((.((((.((......))))))..))))))).....(((((.....)))))..)))))))))...................((((((.......))))))..............(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))..........(((((((.........))))))).............................)))))).((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).........))).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.(((...(.((....))..)))..).))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......((....))...................((....)))))))))).))).))))))..(((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...)))))...((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).))))).((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(..((((((...............)))).))..)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........))).........................(((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))...))).).)))......((((((..((...((((.........))))))..))))))..((.......(((((((.(((((((((((......)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))...........((((..((((...(...))))))))).....((((((......(((((((..(((((((....))))).))..((......))..))))).))................((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.((((((.....).)).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))))......................))))))....................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))............((((((........)))))).....................(((((((.........))))))).............(((..((....))..))).....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((..))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((..((.(((....)))..))))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((.(((....)))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((..((.(((....)))..))))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((.(((((...(................................)....)))))....)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...)..(...)((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))....(((...(((((((...((.((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((.(((...(((....)))...)))...))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...)).....((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((..((.(((....)))..))))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))))).(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((.((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((..(.(.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((..((.(((....)))..))))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((.(((((...(................................)....)))))....)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).).....(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...)..(...)((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((.((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...)).....((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((((((((((((........((((.((.(((((((((((........((((..((....((((((....))).))).))..)))).....((((.......)))).......((((((((((....(((..((((((....)))))).......(((.((...((((((......((((.(((.((....)).))).))))......(((((((.(((((......(((((((((.((....(((((.....)))))((((((((..(((.((((....))))..((.(((...(((((.(((.....))))))))..(((....)))))).(((((((...((((((((....((((....))))..))))).))).)))).))).)).....)))...))))))))....(((((...(((((..((....((((((((.......)))))))).....))...))))).....))))))).))))))))).))))).))))))).......))))))...)).)))...)))...))))))))))))))))))))))).))))((((((((..(((((((((...((((.((......)).))))..)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))).)))))....(((((((......)))))))))))...))))))))))).(((((((..(((...(((((..((..(((((((.(((((((((((......)))))))))))...((....))....)))))))))..)))))....(((((....))))).........)))..(((((((((((((....((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((.(((.((((....))))..))).(((....)))..)))))....(((.(((((.((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((...(((((((.((((.((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))))))))))).))......))))))...))))))).......)))))))...(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((((((((((.........)))))))...))).....)))))).((....))...))))))).)))).))).(((..(((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...)))))))..)))((((.[[[[[[)))).........((((((((((....))))))))))..]]]]]]....... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((....(((((((((((((((........((((.((.(((((((((((...(((...(((..(((((.............))))).)))...)))......(((........)))<<<...((((((((((.........((((((....)))))).......(((......((((((......((((.(((.((....)))).).))))......(((((((.(((((...(((.(((((((((.((((.[[[[[)))).]]]]]......(((.(((((((.(......)))))))).)))(((((.(((.....)))))))).((((....)))).............((((((((...(((((....))))).))))).))).......((((......((((....)))).....)))).(((.(((((.(((....((((((((.......)))))))).....).)).))))).)))....))))))))).)))..))))).))))))).......))))))......))).........))))))))))))))))))))))).))))((((((((.((((((((((...(((.((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((((((......))).)..))))))))))....................)))))))..))).)))))....(((((((......)))))))))))...))))))))))).......))).......((((......(((((((.(((((((((((......)))))))))))...............)))))))....))))((((.(((((....)))))..))))((((((..((((((((((((((....))))...((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((((....(((((((.....((((....))))...(((((((.......(((((....)))))...(((((((((....)))).))))).......(((.(((......)))))).)))))))....)))))))((((.((((.((......))))))..)))).....((.(((((.....))))))))))))))))...(((.....)))....(((((((.......)))))))...)))))))...(((((((((.....(((((((...(((....)))...)).)).))).....)))))))))..(((((.((((((((.(.....))))))))....))))))..........((((((...........)))))).......>>>....))){{{.{{{.....)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((...........))))))))))...))))))))))))..))).))))...}.}}..}}}..((((((((((....)))))))))).......)))))).. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.......((((....))).)......)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((......))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))..... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((.((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((......(((((....))).)).....)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((.........................................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((......))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((...........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))..))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).)))...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................((.(..(.(.(..(....((.(..(..(((.((...((.(((.......((.......)).....)))....(....(((.(.............................................)........((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).))).....)..........)).))....((((((....(((....))).).)))))..)))...)..((((.((((...((...)).))))...)))).(((..(.((...(.(...........................).....).)).)..)))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))..).))....)..........).)((.....((((...(((((((((((.(.(((.(((((...(.((((((.....)))))).).))))).)))...))))))))...(((..(((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))...)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((((......)))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(((((((......(((....)))...................))))).)).(((.((((...((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((..(......).)))...))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...))))....)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...((..((....)).))..)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))).........).)..) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.......(((((((((((((((........(((..(((.((((((((((........((((..((....((((((....))).))).))..)))).....((((.......)))).......((((((((((..((.....((((((....))))))....(((((((((.......((.(..(((((((..(((((..(((((((((.((..((((.(((((....(((((((((((..(((((..(.......)..)))))))))..)))))))))))).))))..)).))..((.(((...(((((.(((.....))))))))..(((....)))))).(((.((.((.((((((((....((((....))))..))))).))).)).))))).))...)))))))..))))).....)))))))..).)).........((((((((.......)))))))))))).))))))).............(((..((((.....((..(((.(((((......))).)).)))..))))))..))).)))))))))))))))))))))))..)))(..(((((..((((((((....((((.((......)).))))...))))))))...)))))..)...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))).)))))....(((((((......)))))))))))...))))))))))).....(((..(((..(((....((((((((((((.(((..((((((......))))))..)))...((....))....)))))))..(((...((((.(..((....))..)..))))..)))...(((((((((((((....((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((.(((.((((....))))..))).(((....)))..)))))....(((.(((((.((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((...(((((((.((((.((......))))))..)))))))..((.(((((.....)))))))......))))))))))))).))......))))))...))))))).......)))))))...(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((((((((((.........)))))))...))).....)))))).((....))...)))))))((((..((..(((..(((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...)))))))..)))..))..))))..))))).....))).((((((((....)))))))).)))..)))....))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
|
|
AACACGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACUAACGCUGGCGGCGCGUCUUAAACAUGCAAGUCAAGCGGAGUAGCAAUACUCAGCGGCGAACGGGUGAGUAACACGUGGGUAAUCUUCCUCUGAGUCUGGGAUAACUUUCCGAAAGGGAAGCUAAUACUGGAUGGUCCCGAGAGAUCACAAGAUUUUUCGGGUAAAGAUUUAUUGCUCGGAGAUGAGCCCGCGUCCGAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAAAGGCUCACCAAGGCGACGAUCGGUAGCCGGCCUGAGAGGGUGUUCGGCCACAAUGGAACUGAGACACGGUCCAUACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAAGAAUCUUGCUCAAUGGGGGGAACCUGAAGCAGCGACGCCGCGUGAACGAUGAAGGUCUUCGGAUUGUAAAGUUCAGUAAGCAGGGAAAAAUAAGCAGCAAUGUGAUGAUGGUACCUGCCUAAAGCACCGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAUGGUGCAAGCGUUGUUCGGAAUCAUUGGGCGUAAAGGGUGCGUAGGCGGACAUGUAAGUCAGGUGUGAAAACUGCGGGCUCAACUCGCAGCCUGCACUUGAAACUAUGUGUCUGGAGUUUGGGAGAGGCAAGUGGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUCUGGAGGAACACCAGUGGCGAAGGCGACUUGCUGGCCUAAAACUGACGCUGAGGCACGAAAGCGUGGGUAGUGAACGGGAUUAGAUACCCCGGUAAUCCACGCCCUAAACGUUGUCUACCAGUUGUUGGGGGUUUUAACCCUCAGUAACGAACCUAACGGAUUAAGUAGACCGCCUGGGGACUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGUCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGAUACGCGAAAAACCUCACCUAGGCUUGACAUGGAGUGGAAUCAUGUAGAGAUACAUGAGCCUUCGGGCCGCUUCACAGGUGCUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUCACCUUAUGUUGCCAUCAUUCAGUUGGGCACUCGUAAGGAACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGCGGGGAUGACGUCAAAUCCUCAUGGCCUUUAUGUCUAGGGCAACACACGUGCUACAAUGGCCGGUACAAAGGGUAGCCAACUCGCGAGGGGGAGCUAAUCUCAAAAAUCCGGUCCCAGUUCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGACCUUGUACACACCGCCCGUCACACCACCUGAGUGGGGAGCACCCGAAGUGGUCUUUGCCAACCGCAAGGAAGCAGACUACUAAGGUGAAACUCGUGAAGGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((((.....................((((((((....))))))))..................((((((((.......((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((((((....)))))))))))............))))))))....))))))))............((((((((.......))))))))..............((((((((....)))...)))))....(((((............))))).............................(((((.....(((....)))..)))))...))))))..................................................................................((((((......((((((................))))))))))))........................................((((((((((..(((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))...))))))))))...((((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))..))))))....................((((((((......((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((....))))))))))))................)))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((......((((((((..(((((((....))))))).........)))))))).........................................................................(((((((.((((............))))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....((((((................(((....)))..................))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...........))))))))...................................((((........................................))))................................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((.(((((....))))).)).))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((.(((....))).))))))).............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.............................))))).....(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....))))))).((....))))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((...(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((....))))).)))))......(((......((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((((((....))))))))))).............)))))))..))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).......(.(((...((((.....)))).))))))).)))))).(((((......((((....)))).....)))))....(((((.........(((....)))..........))))).....(((((.......((((.....((....)).......)))).))))).))))))))))..........(((.....(.((((.(.(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))))..((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))...))))..))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((..(((((((((((......)))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.(((((((((((...((((........))))........(((((((......(((((((...(((((((....)))))))(((....))))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....(((..(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))......)))....)).).)))...))))))))....)))))))..))).)))))))).)...((((((......(((..((...(((....)))...))....)))......))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((...((((....(((((((...((........))....)))))))...))))...)))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((..(((((((((((((...............((((.......))))..(((..((.(((((....))))).)))))...............................)))))))).)))))))((((((....))))))...............(((((((((((....)))))))))))..............(((....)))(((.((..((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..)).)))((....)).............(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((.(........)..))......(((....)))......(((....))).(((((......((((....)))).....)))))....(((((.........(((....)))..........)))))................(((((((((....((((((......)))............................)))......)))))))))(((((((((((.((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))))).((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...))).....((....))...)))))..))).)))))....)............((((((((.((...((((.........)))))).))))))))(((....((.((((((..((((((((((((....))))))))))))...((....)).....)))))).))..))).....(((((....)))))..............(((((((((.((((....))))((((((.((.(((((..((((........))))))))).))....((((((.........((..(((((((....))))))).))..))))))))))))............((((((.....(((((((((....)))((.(((......))))).))))))))))))....(((((((.(((((.(.....).).))))..)))))))..((.(((((.....))))).))(((((((((((((()))..))))))...)))))..........((.........))......((((((......(((((((...(((()..)))...))))..)))......))))))...........(((((((........)))))))....(((((((.((.((...(((((((.........)))))))...)))))))).).))..........)).)))))))..((((....))))....((((...((((((((..((...((....))..))))))))))..))))...)))..(((((((((((..((.......))((((((((((....))))))))))..))))))))))) |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((............((......))........................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....((((...)))..)..........................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((.....(..................)....))))).....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((.((((....((((((....)))))).(........))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((...(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((..((((....))))..)))))................((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((.(((....))).))))))).............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))...(.(((((.............................))))).)...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....))))))).((....)))))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((...(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))........ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MCFold
(ext)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).............(((....)))............((....)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...((.....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(.((((((.(((....................).)).))))))..).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....))))))).((....))))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((......((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).............(((....)))............((....)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...(((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((...(....................)....))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....))))))).((....))))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......)))))))))))).....((((.(((((((..(((..((......))))..).)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....))))))).)..(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..((((...........))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).............(((....)))............((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...((.....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(.((((((.(((....................).)).))))))..).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....))))))).((....))))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((......((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).............(((....)))............((....)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...(((.....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(....................)....))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((((((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....))))))).((....))))))).)))(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((..(((..((......))))..).)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..((((...........))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.((((((..((((.((((((.....(((((.((((((((((((((...(((.......((.(((((....))))).))(((((((.(((.......((((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...)))).....(((((((((((....)))))))))))............))))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).((((....))))))))).))...((((.((((.....)))))))).((((....))))...))).))))))....((((.....(((....)))..)))).)).)))))).(((((......((((....)))).....)))))....(((((.........(((....)))..........))))).....((..((((...(((((..((....(((.((((.((.((.((..((....))..)).))..)).)))))))......))..))))).((((((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))...))))))))...)))))))))).((((((((...((((.(((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))).(((.((....)).)))))))..)))))).))...))))..)).....))))).(((.(((.((((.....(((.(((((.((((((...(((((...((.((((((..((((((((((((....))))))))))))...((....)).....)))))).)).))))).....((((....))))..........))).))).)))))))).......((((((.(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....))))))).((....)))))))))).((((....((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).)))....)))))))))....)))))))..))).))))))))((((.((((((.....((..((((...(((....)))...))))..)).......))))))...(((((...(((((((........))))))).......((((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))))))))).))))...))))))))))))))))..)))))).)))).((((...(((((((..(((...((....))..))))))))))..))))))))))..[[[[[[[[[[[..)))).......((((((((((....))))))))))..]]]]]]]]]]] |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((..(((((((((((((.....(((((((.(((...........)))..)))).)))(((((....))))).........................(((......))))))))))).)))))))))))))).((((..(((((((..((((((..(((((((((((....)))))))))))(((....)))..(((((....)))))...)))))))))))))..((((((((.(....)))))))))((((((((((((((((..(((((.((((...(((((((...(((((.(((.....)))))))).((((....)))).((((.(((.........(((((((((((....)))......(((((....(.(((((......((((....)))).....))))))...(((((.....(((.(((....)))..).))....)))))................[[[[[[[[[..............................))))).......))))))))......]]]]]]]]].((((((((((.((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))))).((((((((...((((.(((...((((((((((.(((.(.....))))..))))))))))...))).(((..........)))))))..))))).)))))))))).))).)))).((((((((......((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((....)))))))))))).((((....)).))..)))))).(((((((((.(((((((.((.((((...)))).........(((....)))(((....))).))))))))).(((((..((((.((...))))))))))))).)))))))................(((((((....)))))))............)))).)))))))))).)))))))))))(((((...(((((((.(((.(((......)))))).........(((((..(((((((.((((............))))..)))))))..((.(((((.....)))))))((((((((((((........))))))...)))))).((((...))))..((.((.((((...))))))))....)))))......)))))))....)))))....(((...((((((.......))))))(((((((.(.....)))))))))))..((((((.((.((.(.(((((((((....)).)))))))..)))))))).)))((((((((((((((.(((.((((.((((....)))).((((((....((((((((...................))))))))...)))...))))))).)))))))...).)).)))))))(((((((((....))))))))).........)))). |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.(((((....))))).)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))...............(((....))).....................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.............................))))).....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((...((((((....))))))..((....))))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((...(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((..((((.((((.((((((.((((((..(....(((.(((................................................................................................................................................(......)..............((((((.(((...(((((.(.......).))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...)))..)....((((((....((.....)).).)))))...))))))..((((.((((...((...)).))))...))))..((.(((((...(....(............).....).))))).))..(((((.......(((((.((.((....))))....))))).))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.((.((((((....(((((((.....)))))))..))))).)))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....(((.(((((((..((((((((((((....))))))))))))................))))))..(((...((.(..((((....))))...).))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).))))...(((((((......((.(((((..(....((....)).....)........)))).))).(((.((((...((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...(......).)))...)))))))..((.(.(((.....))).).....)).)))).)))))...))))....)))))))...))))))).......)))))))((...((((((......(((..((...(((....)))...))....)))......))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((......(((((...((((.(....((...(...(.........)..)....)).)...))))...)))))......))))..).))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((....((((((..((((.((((.((((((.((((((..(....(((.(((..(((......................)))...(.((.((((...(((((((...((...(((((((.(.((.(...((((((....)))))).)....)).).(....(((((..............)))).).)..((....)).)))))))..)).)))))))((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...)))..)....((((((....((.....)).).)))))...))))))..((((.((((...((...)).))))...))))..((..((((...(.(...............).....).))))..))..(((((.......(((((.((.((....))))....))))).))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....(((.(((((((..((((((((((((....))))))))))))................))))))..(((...((.(..((((....))))...).))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).))))...(((((((.((...(((((..(.....((((....)))..)..((...))..).))))).(((.((((...((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).))))))))).....((((.(((((((..(((...(......).)))...)))))))..((.(((((.....))))).....)).))))..))))...))))....))))))))).))))))).......)))))))((...((((((......(((..((...(((....)))...))....)))......))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((......(((((...((((.(....(((.........((....)).....).)).)...))))...)))))......))))..).))).....)))(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((..((((.((((((.....(((((.(((((((((((((..(.(((.......((.(((((....))))).))((.((((.(((.......((((((((..((...(((((((((..(...(.((((((....)))))).)....)..).....(((((((((((....)))))))))))............))))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).((((....))))))))..))...((((..(((.....))).)))).((((....))))...)))).)))))....((((...(.(((....))).))))).)).)))))).(((((......((((....)))).....)))))....(((((.........(((....)))..........))))).....((..((((...(((((..((........................................................))..))))).((((((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))...))))))))...)))))))))).((..((((...((((.(((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...)))..((.((....)).)).))))..))))...))...))))..)).....))))).(((.(((..(((.........(((((..(((((...(((((...(..((((((..((((((((((((....))))))))))))...((....)).....))))))..).))))).....((((....))))..........))).))..))))).................((((((((((....((((........))))........(((((((.((...((((((((..(((((((....))))))).((....))))))))))..(((.........(((.((((((((((((((....)))(..(((......))).).))))))..........(((((((.((((............))))..)))))))..(..(((((.....)))))..)..........))))).))).........)))..)).)))))))...)).))))))))....................((((...(((....)))...))))............................(((((((........))))))).............(......(((((((.........))))))).....)........................))).))))))..)))))).)))).((((...(((((((...((...((....))..)).)))))))..))))))))))...((((((((((.(......)....((((((((((....))))))))))..)))))))))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(.(((.(((((((((.((((((.((((((((((((((...(((.......((.(((((....))))).))(((((((.(((.......((((((((..((...(((((((((..(..((.((((((....)))))).))...)..).....(((((((((((....)))))))))))............))))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).((((....)))))))).)))...(((((.(((.....)))))))).((((....)))))))....))))))....((((.....(((....)))..)))).)).)))))).(((((..((...(((....)))..))..)))))....(((((.........(((....)))..........))))).....((((((......((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))........))))).....((((((.....((((((..((..((((((((.....(((((((.....)))))))...))))))))...))..)))))).((((((((...((((.(((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...))).(((.((....)).)))))))..))).)))))..((((.(((((((....))))(((.((((.(((.....(((.(((((..(((((...(((((..((..((((((..(((..(((((((....)))))))..)))...((....)).....))))))))..))))).....((((....))))..........)).)))..)))))))).......((((((.(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....))))))).((....)))))))))).((((....((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).)))....)))))))))....)))))))..))).))))))))((((.((((((.....((..((((...(((....)))...))))..)).......))))))...(((((...(((((((........))))))).......((((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))))))))).))))...)))))))))))))))).))).))))....))))))..((((((((..((...((....))..)))))))))).)))).))))))..(((((((((((.((....))....((((((((((....))))))))))..))))))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
UUUAUUUGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGACGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUUGAGCGCUGAAGGUUGGUACUUGUACCGACUGGAUGAGCAGCGAACGGGUGAGUAACGCGUGGGGAAUCUGCCUUUGAGCGGGGGACAACAUUUGGAAACGAAUGCUAAUACCGCAUAAAAACUUUAAACACAAGUUUUAAGUUUGAAAGAUGCAAUUGCAUCACUCAAAGAUGAUCCCGCGUUGUAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAAAGGCUCACCAAGGCGAUGAUACAUAGCCGACCUGAGAGGGUGAUCGGCCACAUUGGGACUGAGACACGGCCCAAACUCCUACGGGAGGCAGCAGUAGGGAAUCUUCGGCAAUGGACGAAAGUCUGACCGAGCAACGCCGCGUGAGUGAAGAAGGUUUUCGGAUCGUAAAACUCUGUUGGUAGAGAAGAACGUUGGUGAGAGUGGAAAGCUCAUCAAGUGACGGUAACUACCCAGAAAGGGACGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGUCCCGAGCGUUGUCCGGAUUUAUUGGGCGUAAAGCGAGCGCAGGUGGUUUAUUAAGUCUGGUGUAAAAGGCAGUGGCUCAACCAUUGUAUGCAUUGGAAACUGGUAGACUUGAGUGCAGGAGAGGAGAGUGGAAUUCCAUGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUAUGGAGGAACACCGGUGGCGAAAGCGGCUCUCUGGCCUGUAACUGACACUGAGGCUCGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGAGUGCUAGAUGUAGGGAGCUAUAAGUUCUCUGUAUCGCAGCUAACGCAAUAAGCACUCCGCCUGGGGAGUACGACCGCAAGGUUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGUCUUGACAUACUCGUGCUAUUCCUAGAGAUAGGAAGUUCCUUCGGGACACGGGAUACAGGUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCUAUUGUUAGUUGCCAUCAUUAAGUUGGGCACUCUAACGAGACUGCCGGUGAUAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAAUCAUCAUGCCCCUUAUGACCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGAUGGUACAACGAGUCGCGAGACAGUGAUGUUUAGCUAAUCUCUUAAAACCAUUCUCAGUUCGGAUUGUAGGCUGCAACUCGCCUACAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCACGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCACGGGAGUUGGGAGUACCCGAAGUAGGUUGCCUAACCGCAAGGAGGGCGCUUCCUAAGGUAAGACCGAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...aaa.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((....((((((((....))))))))....)))))))......(((......((((((((..((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....(((((((((((....)))))))))))....(((((....))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).<.(((((((...(.....((((((((.......)))))))).....)....))))))..>)..((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).))))))))))..........(((((...[.((((.(.(((.(((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[..((((((((((((.....))))))))))))...[[..))]].....]]]]]]]))).(((......((((....))))....)))...AAA..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((...(((((((....))))))).(((....))).))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....))))))))))................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(......(((((..((((((.((((..(((((..(((((.((((((((......((((.........(((((..((((((((....)))))))).......)))))...((((((((...(((((((..(((...((((((((((.......((((((....))))))......))))....((((((.((((....)))).))))))....(((((....)))))..))))))..)))))))))).......(((..((((((((.......)))))))))))...........((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((....(((....))).((((.((((....))))..((((((..((((((.((.(((.....((((..((.(((((.....((((..(((((.......(((((.(((((((.....)))).)))..)))))....))))))))).....(((((...(((((((((.((....)))))...))))))..(((..(((((((((((.....))))))......(((((.(((..(((((((((..((..(((((....(((((((.....))))))).)))))..))...)))))))))..((((((((...((((.(((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...))).(((.((....)).)))))))..))))).)))....)))..)))))..))))).)))........((((....(((....)))))))..)))))..)))))..(((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))....(((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))..))))))).)).))))))..(((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........((((((...((((((....))))))..(((....)))))))))....(((.((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).))....))))))))))))..))))))).......))))))......(((((((.....(((..((.(((((....))))).))....))).....)))))))...)))))).))))..))))).)))))))).))))......((.((((.(....).)))).)).)))))))))))))....)))))..((((..((....))..))))....((((.(((..(((((...((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..))))...)))))..))).)))).))))..........(((((((((....)))))))))))))))....))))).) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((............................((((((((....))))))))..........................((((((((.......(((((((..........((((((....))))))...........................................................)))))))....))))))))............((((((((.......))))))))..............((((((((....)))...)))))....(((((............))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))..)))))))..((((.......................))))....(((((.........((((((((.........))))))))..........)))))......(((((......(((((((................)))))))))))).................................................................(((((((.....)))))))..............................................((((((((((.................)))))))))).....................................................................((((.........)))).....................(((((((.(((((((((((((...)))))))))))))...............))))))).(((((((((...(((((....))))).......................................((((((((..............................(((((((........((((((...((((((....))))))............))))))............................................((((......))))..................(((((((.((((............))))..)))))))...........................................................)))))))......)))))))).....(((((((.............(((((....)))))...............)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........))))))).......))))))))).....................................................................................................................((((((((((....))))))))))................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((........((((((....))))))........)))))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))....................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..........................................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....)))))))..((....)).)))))..)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.((((((.(.....(((...........((.......(((((((....))))))).......))...................(((((((..((...((((((((((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((((((((((....))))))))))...................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).)))).)..))))))..((((......((((....)))).....))))..((.(((((..........................................))))).))....(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((...((((((((.....)))))))))))))))))....)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((..(........).....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((.......(((........))).........(((((((.........(((((..(((((((....)))))))..((....)).)))))......((.(((...((((.(.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((..((((.(((((..((((.(((((((((.............(((..(((((...((((((((....)))))))).....))).)).)))...........((((((((..((...((((((((((.......((((((....))))))......))))....((((((.((((....)))).))))))....(((((....)))))..))))))..))))))))))((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))....(((((......)................((((((((..............(((((...........)))))......((((....((((....))))..)))).........................................((((..(((((......((.((((((((.........))))))))))........)))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..............................(((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...)))))...(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((((...)))))))))))))...............)))))))........((((.(((((....)))))..))))..................((((....))))....(((....(((...((((........)))).)))....(((((((........((((((...((((((....))))))............))))))...........((((((.((.(((((((((((.((....)).(..(((......))).).)))))).....(....(((((((.(((((.(.....).).))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).......)..))))).)).....)))))).......)))))))..........))).......((((((.....(((..((.(((((....))))).))....))).....))))))))))))))....(((((((........)))))))....)))).......................)))))))))))))....)))))..))))(((((.......((((((......)))))....((((((.(((......((((....)))).......))).)))))).......................).........)))))..(((((((((....)))))))))))))))........... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(....)...(((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((.........((((((((....)))))))).......))))......(((......((((((((..((...((((((((((.......((((((....))))))......))).....((((((.((((....)))).))))))....(((((....))))).)))))))..))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)....((.(((...(((((....))))).))))))).))))))..(((.......((((....))))......)))....(((((....(....((((((((.........))))))))....).....)))))......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))))))).....(((.....((((((...(((.(((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...)))...)))))...((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((((...)))))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........((((((...((((((....))))))..(((....))))))))).....((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((.(((((....))))).))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((...((((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...))))...)))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Cylofold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((...................((((....))))...............................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......((((((((......)))))))).....................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(...(.(.....................)..)..)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((....((((((....))))))(.(........))))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))................ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.........(((((....))))).........)))))................(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).......((((((((....))))))))......................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.....((((((.((...).)..)))))).....)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((....((((((....))))))...(......)..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))......)))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..((((((.(((((.(((((..(((((.(((((((((((((.((((((((((((((((((..((((((((....)))))))).......(((((..((((........((((((((.((((....(((.((((.......((((((....))))))......)))).))).(((((.((((....)))).)))))(((..(((((....)))))..))).))))..)))))))).(((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))).((((((.(((....(((((((((..(((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).........((((((((((..(...((((....)))).((((.((......)).)).)))..))))))))))....(((....(((((....)))))....))).(((((((.........))))))).))).))))...)))))....)))..)))))).(((((((((.((....)))))...))))))..))))..))))).(((((((((.(((((.....((....)).....))))).))))))))).........)))).)))))))..))))))).))))).........(((((.((((((((((((....(((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...))).(((.((....)).)))))))..))))).)))....((.((((......(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((.(((((((((((((...)))))))))))))...((....))....))))))).)))).))((((.(((((....)))))..))))....(((((((.......((((....)))).(.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((......((((((((...((((((....))))))..(((....))))))))).)).(((.((.(((((((((.(((((((((((.........(((.(((......)))))))))))).....((((((.(((((.((((..((......))))))..)))))....((.(((((.....)))))))....)))))).))))).))....))))))))))))..)))))))......)))))))).)...(((((((.....(((..((.(((((....))))).))....))).....))))))))))))))....(((((((........)))))))..))))).((.((((........)))).)).)))))))))))))....)).))).))))).........((...((((((.((.(((..(((((...((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..))))...)))))..)))))))))...))......)).(((((((((....)))))))))))))))....))))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((.(((((...(((..((((.(((((((((...................(((((..((((((((....)))))))).......)))))...............((((((...((...((((((((((.......((((((....))))))......))))....((((((.((((....)))).))))))....(((((....)))))..))))))..)).))))))..(((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))...((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))........((....))..........................(((..(((((.........((((((((.........))))))))..........))))))))...............((((((((.....[[[[)))...)))))((((((.........((.......(((((((.....(((((.((.(((((((((((..(((((((((....(((((((.....))))))).)))))))))...)))))))).....((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))......((....))..))))))..)))))).....)))))..)))))...(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((((...)))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))...))........)))))).......]]]]....((((((.((....((((........))))..))....(((((((........((((((...((((((....))))))..(((....))))))))).....((.((..((((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((....(((((.((((............))))..)))))....((.(((((.....))))).)).....)))).))))).))).))...)))))))....))))))).......))))))......(((((((.....(((..((.(((((....))))).))....))).....)))))))...........(((((((........)))))))............(((........))).....)))))))))))))....)))....)))))...................((((.(((..(((((...((((.....((((..((((..((....)).))))....)))).))))...)))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))........... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...))........................................(.(((..(.(((.((....)).))).))..)).)....................(((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......(((((.(((....))).)))))......((..........)))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....))))))))..(((....)))..................((((...(((((....))))).)))).....(((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(...(((((................).)).))..)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...))))))....................................((((.(.((((((((((((.((((((((((...(.((((((.....))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.(((((((((((.......)))))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))...........((((..((((...(...)))))))))....(((((((.......(((((((..(((((((....)))))))..((....)).)))))).)..................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((((.....)))).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))))...................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........))))))).............(((..((....))..))).....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((..))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))...... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(..(((..((((((.((((...((((..(.......(((((.......))))).............((((((((((....))))))))...))......................(((((((..(((..((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((((((....)))))))))))....((((....)..))))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...))).(((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))).......(((((...(((((....))))).)))))....(((((((.(((....((((((....))))))...)))..((..(((((......((((((((((.........))))))).)...))...))))).))....))).))))...(((((((((.((....)))))...))))))....................................((((.(.((((((((((((.((((((((((...(.((((((.....))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))...........((((((..(((((((((((.....)))))))))))....((....))....))))))..((((...((((.(((((....)))))..))))..)))......)............................((.....(((..(((...)))..))))).......((((((((..(((((((..(.(((((....))))))...((....)).)))))).).................((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.((((((((...)))))).))..))))))...((.(((((.....))))).)).....))))))))))))))))).......................................((((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....))))))))..........(((((((........)))))))....................(((((((.........))))))))....))))...((((..((....))..))))....((((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((..(((..))).))))))))))..)))))))))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).))))...... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..((((((.(((((.(((((..((((.((((((((((((((.((((((((((((((((((..((((((((....)))))))).......(((((..((((........((((((((.((((...((((.((((.......((((((....))))))......)))).))))(((((.((((....)))).)))))(((..(((((....)))))..))).))))..)))))))).(((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))).((((((.(((....(((((((((..(((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).........((((((((((..(...((((....))))...((.((......)).))...)..))))))))))....((.....(((((....))))).....)).(((((((.........))))))).))).))))...)))))....)))..)))))).(((((((((.((....)))))...))))))..))))..))))).(((((((((.(((((.....((....)).....))))).))))))))).........)))).)))))))..))))))).))))).........((((....((((((...((((.(((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...))).(((.((....)).)))))))..)))))).((((.(((...((((....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((.(((((((((((((...)))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).........))))((((....)))).(.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((........((((((...((((((....))))))...((....)).)))))).....((.((.(((((((((.(((((((((((.((....)).(..(((......))).).)))))).....((((.(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).))....)))))))))))...)))))))......)))))))).)...(((((((.....(((..((.(((((....))))).))....))).....)))))))..)))))))..(((((((........)))))))...)))).((.((((........)))).)).)))))))))))))....))).)).))))).................(.(.(..(((..(((((...((((...((.(((.(((((..((....)).)))))))).))..))))...)))))..))).)).)...............(((((((((....)))))))))))))))....))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((....((.((((....)))).))...))..)))((......(((......((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((....)))............((..........)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((.(((((...(.................................)....)))))....)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....))))))).)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))..((....)).)))))..)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((((..(((.(((....(..((.((....((.((((....)))).))...))..)))((......(((......((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((....)))............((..........)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..))....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((.(((((...(.................................)....)))))....)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....))))))).)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))..((....)).)))))..)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Pknots
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.........(((((....))))).........)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))..))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((...((((((....))))))...((....)).)))))..)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))...... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..((((((.((((..(((((..(((((.((((((((.............((((.((((....(((((((.....((((((((.(((((((..(((...(((.......(((((((..(((...((((((((((.......((((((....))))))......))))....((((((.((((....)))).))))))....(((((....)))))..))))))..))))))))))((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..))).((((....))))..))).((((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).((((....(..(((((((.((...((((....))))......)).....(((....)))..)))))))..)...........(((((....)))))......))))......))))...))))))).)))..)))))....(((.....)))...)))))))..))))))))..(((((((.....(..((((((...((((.(((.......(..((((.....(((((.(((..(((((((((..((..(((((....(((((((.....))))))).)))))..))...)))))))))..((((((((...((((.(((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))).(((.((....)).)))))))..))))).)))....)))..)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))...)))...))))))))))..)...((((.((.((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........((((((...((((((....))))))..(((....)))))))))....(((.((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.((((..(.....)...))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).))....))))))))))))..))))))).......))))))).))..(((((((.....(((..((.(((((....))))).))....))).....)))))))...((((.((((((((((........)))))))....))).))))))))....)))))))....)))))))))))))....))))).(((((..((....))..)))))...((((.(((..(((((...((((.....((((.(((((..((....)).)))))...)))).))))...)))))..))).)))).))))..........(((((((((....)))))))))))))))....))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................((..(.((.((.((.......((.((..(..((..(.(....).).))..)............(.(..(.(....(((.........(((....(......)....................(...).....))).......)).).((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..).)...)....))...))........((((((....(((....))).).)))))..))..))...((((.(.((...(.....).)).)...))))(..((.(((....(.........(....................)..).....))))..).)..(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))........................((.....((((...(((((((((((.(.(((.(((((....(((((((.....))))))).))))).)))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((((.....))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.((.(......((((....)))).................).)))).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(.(((.....))).).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((.........)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...(((((...((((.(....((((...((..(......)..)).)))).)...))))...)))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))...))....).)).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((.(((...((.(((..((((........(.(......(.......).)).......))))...(.((.((((....((((((...((...(((((((.(.((.(...((((((....)))))).)....)).).....(((((...((....))...))))).....(............).)))))))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.((...((...)).)).)...))))..((..(((....(..............................)........))).....)).(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((...(((((((((....(((((((.....))))))).)))))))))....)))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((((.....))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..((((((((((((...(((........))).))))).(.(((((((......((.((.((...((((((....))))))..............)).)))).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(.(((.....))).).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((.........)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...(((((...((((....(.((((...((..((....))..)).)))).)...))))...)))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..((((((.........(((..((((.(((((((((......((((.........(((((..((((((((....)))))))).......)))))...((((((((...(((((((...((...((((((((((.......((((((....))))))......))))....((((((.((((....)))).))))))....(((((....)))))..))))))..)).))))))).(((((((((..((((((((.......)))))))))))..))))))...((((.(((....)))....))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((....................((((....))))..((((((........................................(((..(((((.........((((((((.........))))))))..........))))))))............................((((........(..((((((........(((.......(..(((......(((((.((((..((((((((..((..(((((....(((((((.....))))))).)))))..))...))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...)))..((.((....)).)))))))..)))))).))..).)))..)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((((...)))))))))))))...((....))....))))))).)))..).((((.(((((....)))))..))))...))).......))))))..)....)))).........................................(((((((........((((((...((((((....))))))..(((....))))))))).....((.((.(((((((((.((((((((((((((....)))(..(((......))).).))))))....((((..(((((((.((((............))))..)))))))..(..(((((.....)))))..).....)))).))))).))....)))))))))))...)))))))...................(((((((.....(((..((.(((((....))))).))....))).....)))))))...)))))).......))))).)))))))).))))......((..(((........)))..)).)))))))))))))....))).................................(((..(((((...((((......(((..((((..((....)).)))).))).....))))...)))))..)))....................(((((((((....)))))))))))))))....))))).. |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((((((.((((.((((((((.(((.(((.((.(((.(((..((((..(((((..((((((((....)))))))).......)))))....(((..(((..(((((((..(((...((((((((((.......((((((....))))))......))))....((((((.((((....)))).))))))....(((((....)))))..))))))..)))))))))).(((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))).((((((.(((....(((((((((..(((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).((((....(..(((((((.((...((((....))))......)).....(((....)))..)))))))..)...........(((((....)))))......)))).(((((((.....)))).))).))).))))...)))))....)))..))))))..)))..)))..)))).)))))).)).))).))))).))))))))))...........((((....(((((.(((..((((((..(..((..(((((....(((((((.....))))))).)))))..))...)..))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))))).))....)))..)))))...))))...))))...))))))))))......(((..(((..(((....((((((((((((.(((..(((((((.....)))))))..)))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...(((((((((.((((((.((((.((.((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........((((((...((((((....))))))..(((....)))))))))....(((.((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).))....))))))))))))..))))))).......))))))).))..(((((((.....(((..((.(((((....))))).))....))).....)))))))...((((.((((((((((........)))))))....))).)))))))).))....))))....(((.(((.(((.(((....)))))))))..))).....)).)))))))((((.(((..(((((...((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..))))...)))))..))).))))..))))).....))).((((((((....)))))))).)))..)))..))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
UUUUCUGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUUAACGCUGGCGGCAUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAUCGGAUGUAGCAAUACAUUAGAGGCGAACGGGUGAGUAACACGUAUCCAAUCUGCCUUAUAGUGGGGGAUAACUAGUCGAAAGAUUAGCUAAUACCGCAUAACAAGUUAACUAUCGCAUGAGAAUAACUUUAAAGAAGCAACUGCUUCGCUAUAAGAUGAGGGUGCGGCAUAUCAGCUAGUUGGUGAGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGAUGACGUGUAGUUAUGCUGAGAGGUAGAAUAACCACAAUGGGACUGAGACACGGCCCAUACUCCUACGGGAGGCAGCAGUAGGGAAUUUUUCACAAUGGACGAAAGUCUGAUGGAGCAAUGCCGCGUGAACGAUGAAGGUCUUUUUAGAUUGUAAAGUUCUUUUAUUUGGGAAGAACAGUUAGUAGAGUGGAAAGCUAUUAAUUUGACUGUACCAUUUGAAUAAGUAACGACUAACUAUGUGCCAGCAGUCGCGGUAAUACAUAGGUUGCAAGCGUUAUCCGGAUUUAUUGGGCGUAAAACAAGCGCAGGCGGAUUAGAAAGUCUGGUGUUAAAAGCAAUUGCUUAACGAUUGUAUGCAUUGGAAACUUCUAGUCUAGAGUUUGGUAGAGAGUCCUGGAACUCCAUGUGGAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUAUGGAAGAACACCAGAGGCGAAGGCGAGGACUUGGGCCAAUACUGACGCUUAGGCUUGAAAGUGUGGGGAGCAAAUAGGAUUAGAUACCCUAGUAGUCCACACUGUAAACGAUGGAUGUUAAGUGUCGGAGCGAAUACUUCGGUGCUGCAGUUAACACAUUAAACAUCCUGCCUGAGUAGUACAUUCGCAAGAAUGAAACUCAAACGGAAUUGACGGGGACCCGCACAAGUGGUGGAGCAUGUUGCUUAAUUCGACGGUACACGAAAAACCUUACCUAGACUUGACAUCUUGGGCGAAGCUAUAGAAAUAUAGUGGAGGUCAACCCAAUGACAGGUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCGUUAGUUACUUUGUCUAACGAGACUGCCAACGUAAGUUGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAAUCAUCAUGCCCCUUAUGUCUAGGGCUGCAAACGUGCUACAAUGGCCAAUACAAACAGUUGCAAAUCCGUAAGGUGGAGCUAAUCUGUAAAGUUGGUCUCAGUUCGGAUUGAGGGCUGCAAUUCGCCCUCAUGAAGUCGGAAUCACUAGUAAUCGCGAAUCAGCCAUGUCGCGGUGAAUACGUUCUCGGGUCUUGUACACACCGCCCGUCAAACUAUGAGAGCUGGUAAUAUCUAAAACCGUGUUGCUAACCGCAAGGAAGCGCAUGUCUAGGGUAGGGCCGGUGAUUGGAGUUAAGUCGUAACAAGGUACCCCUACGAGAACGUGGGGGUGGAUUACCUCCUUUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((((((....))))))))))))......(((......((((((((..((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....)))).....((((((.(((((....)))))))))))....(((((....))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((.((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......(((((....))))).....)))).a.(((((((...(.....((((((((.......)))))))).....)....))))))..A)..((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((...{.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....))))))).)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{..((((((((((......))))))))))...{{..))}}.....}}}}}}}))).(((......((((....))))....)))....>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((...(((((((....)))))))........))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((.........)))))))..((((((((....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....))))))))))...............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....(((((.(((((((((...)))))))))........(((((.......)))))...(((.((.((((((....)))))).))..)))..((((((((.((((...(((((((...((((((((.((((((..((((((....))))))....((((((.(((....)))....((((.(((((.((((((((.(((.(((((((.((((((.(((((((.(((((((((((....(((..(((((..((((....))))))))))))..((((.....))))(((((...(((......)))...(((((.(((.....)))))))).((((....)))).)))))...........(((.((.(((((....))))).)))))..)))))))..........(((((.(((((..........((((((((.....)))))))).(((((...(((((....)))))...)))))((((((..(((((((((((((......(((((((((.((....)))))...))))))..(((...(((((((((........((((......(((((..(((((((((((((..((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))...((((((((...(((((((.....((((((((..(((........)))...))))))))............((....)).)))))))..))))).)))..)))))..)))))..((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.(((((...(((...(((....))).....)))...))))).))))))).))))((((....(((((....)))))..))))...))))..)))))....(((((....)))).)..))).))))))).)))))).)))))).))))))))))......))))..)))))))))))))..((((....))))(((..(((((.(((...((((...((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).))....))))))).))...))))..)))..(((....))).....)))))..)))...)))))))....((....)).........))).)))))))).)))))((((.((((((((((........)))))))....))).))))...........))))............)))))).....))))))((((..((....))..)))).....)))))))).((((((..(((((.....(((((.(((..((....)).))))))))....)))))..))))))))))))).....)).)).))....((((((((((....))))))))))..)))))).)))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((((((.......................((((((....))))))......................(((((((.......((((((((((((.....((((((....))))))...............((((((...............))))))..............))))))))))))....))))))).............((((((............))))))..................((((....))))...........(((((............))))).((((....))))........................(((((....)))))........)))))))...................................................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))...))))))))).....(((((...(((((((.....((((((((...................)))))))).....................)))))))..)))))....................((((((((.......((((.........))))....)))))))).........(((((((.((((((((((......))))))))))...............))))))).............(((((....)))))....................((((((((............((((((((..............................(((((((.................((((((....))))))..........................................................................................(((((((.........))))))).....(((((....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((................((....)).................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........))))))))..................................................................................................................((((((((((....))))))))))............... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(.(((((((((...))))))))))((((((..(.(((((.(.((((((..(((..((.((((((....)))))).)))))...(.(((.(((((((((..................((((....((.((((((....)))))).))...))))((...((((((...............)))))).(..(((((....)))))..)...........))(((((((.((((((..((((((..(((....))))))))))))..))).))((.((((((((....)))...))))).)).(((((.(((.....))))))))..((((((.(.......).))))))......((.((.(((((....))))).)))).....)))))............(((((....))))).....((((((((.....))))))))(((((((((.........))))).....))))................(((((.....(((((((((.((....)))))...))))))........)))))..............((((.......))))....(((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..))))))))))..((((((((...(((((((....(((((()))))).((((.....((((....))))......)))).............)))))))..))))).))).((((((((((((...((((((((..((...((((.........))))))..))))))))...))....(((((((.((((((((((......)))))))))(())..........).))))))).)))))))).)).(((((....)))))..............(((((((((((((((....).......(((((................................(((((((..(.(...((((((...((((((....))))))...).....))))).).)(...((.(((((((((.(((((((((((.((....))(((.(((......))))))))))))....((((..(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).)).....)))).))))).))....))))))).))...))))))))........)))))......(((((((....((((.(((...(((....))...)))..).))))...)))))))......((...(((((((........)))))))......))............(((((((..((....)))))))))...........))))))..(....)....))))))))...........................))))))))).)))).........)))))).).)))))).))))))....((((...............(((((((((((....)))))))))).....)))))..... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((.....((((((....))))))...)))................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).......((((.((((......)))))))).....................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((.((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((......)))).)...)))).....(((((...(.........(.............).........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....))))))).)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((......))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))..........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((....((((((....)))))).........))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((.........)))))))..((.(((((....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((......((((..(((..((....)).))).)))).....))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(.((((....)))).).)))))................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......(((((.(((((....))))))))))....................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((.((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((......)))).)...))))..((.(((((...(..........(...............)......)....))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((.(...)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((....((((((....)))))).........))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((((...)))))))))(((((((....(((((...((((((...(((....((((((....)))))).....)))...(((.(((((((((............((((((((.((((((..((((((....))))))....((((((.(((....)))....((((.(((((.((((((((.....((((((((((((((.((((((((((..((((((((((.(((..((((((..(((....))))))))))))))).........((((((((...(((......)))...(((((.(((.....)))))))).((((....)))).)))).)))).......(((....(((((....)))))...)))..)))))))..........(((((................((((((((.....))))))))((((((...(((((....)))))...))))))(((((..((((((((((((((.....(((((((((.........)))...))))))..(((...(((((((((........((((......(((((..(((((((((((((...(((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))....))))))))...((((((((...(((((((.....((((((((..(((........)))...)))))))).....................)))))))..))))).)))..)))))..)))))..((((((((.......((((.........))))....)))))))).........(((((((..((((....(((..(((....))).))).....))))....))))))).))))((((....(((((....)))))..))))...))))..))))).....((((....))))....))))))))))).)))))).))))).......))))).)))........)))))))))))))))............(((..(((((.(((...((((......(((((((...((((((((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((.........))))))).(((.(((((....))))).....))))))).))))).......)))))))......))))..)))..(((....))).....)))))..)))....))))))...((((.....)))).........)))))))).)))))((((.((((((((((........)))))))....))).))))...........))))............)))))).....))))))((((............)))).....))))))))...(((......)))....))))))))).)))..........))))))...)))))..)))))))..........((((.....[[[[((((((((((....))))))))))))))....]]]]... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((....aaaaaaaa.))AAAAAAAA..((((((....(((((...((((((..........((((((....))))))...............(((((((((.............................((((((....))))))................((((.................)))).....(((((<<..)))))((((............((((((.....(((..((((((..((......)))))))))))...........((((.(((....)))....))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).....................((.(((((....))))).))......)))))).................................(((({{{{{{{{.))))((((((((...(((((....)))))...)))))))).....}}}}}}}}...........(((((((((.((....)))))...)))))).........................((((......(((((...((((((((((((.(((((((((.....((((((.......))))))..))))))))..)))))))))....(((((((...(((((((.....((((((((...((........))....))))))))............((....)).)))))))..))))).))...))))...)))))..((((((((.......((((.........))))....)))))))).........(((((((..((((....((...(((....)))..)).....))))....))))))).))))((((....(((((....)))))..))))................[[[[[.......))))...(((((>>..............................(((((((........(((((.((.((((((....)))))).....))..)))))...........(((((.(((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((.........))))))).....(((((....))))).............))))).))).....))))).......)))))))........)))))......(((((((....((((..((....((....))....))....))))...)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..((....)))))))))............]]]]]...............................................)))))))))..............))))))...)))))..))))))((..((((................((((((((((....))))))))))......))))..)). |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((((...)).......................................((.((.((((..))))))..))...................(((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......(((..((.(((....))).)))))......((..........)))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((.((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).)))).....(((((((.(((....((((((......))))))...))).((((((((((...(...(((((((.............))))).))..)....))))))))))..))).))))....((((((((.((....)))))...))))).....................................((((.(.((((((((((((.((((((((((...(.((((((.....))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.(((((((((((....)))))))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..).)).....))......((((....))))...........((((..((((...(...))))))))).....((((((.......(((((((..(((((((....))))))).......)))))).).................((((((..(((((.((....)).(.((((......))))).))))).....(((....((((((.....()..))))))...((.(((((....))))).)).....)))))))))......................)))))).....................((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))...)))))).............((((((........)))))).....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..)))).....(((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((..))).))))))))))..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.(..((((((((...))..................................(((..((.(((((.((.))))))).)))))................(((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......((.((.(((((....))))))).))...................))))))))..)))))))))..(((((.(((..((((((.((.(...).)))))))))))...)))))...((((((((....)))...))))).....((((.(((.....)))))))...(((....)))...................(((...(((((....))))).)))..(((((((((((.(((....((((((......))))))...)))..(((((((((...(..((((((..((.(.......))))))).))..)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........))))........................(((.(.(((.((((((((.((((((((((....(((((((.....))))))).))))))))))..))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))...))).).)))......((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........(((((((((((((((((((..))))))))))))....(....)....)))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))..........(((.((......)).)))..(((..((((...(...))))))))......((((((..(...(((((((....((((((....))))))..(....).))))).)))................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((...(((((((.(((.))).)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))).......................)))))).....................((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))...))))))......((.((((((((((........)))))))....)))))............((((((..........))))))..............(((..((....))..))).....((((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((..(((..))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))).))..... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((..((((((((...)))))))).(((((((.(((((.......)))))..(((((...((((((....)))))).(((((((..(((((.((...)).)))))..)).)))))...(((.((..((.((((((....)))))).))...)).)))...((((((....((....))...)))))).....((((((((((((((((((....((.(((.(((((((....(((..((((((.((.......)))))))))))..((((.....)))).((((...(((......)))...(((((.(((.....)))))))).((((....)))).))))....(((.....))).((.(((((....))))).)).....)))))))..((((......(((((....))))).....)))).((((..(((.....((((((((...(((((....)))))...)))))))).)))..))))....((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))....(((((((((.......((.((.........)).))...(((((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))...))))))))).((((.((((...(((((((....((((....)))).((((.....((((....))))......))))....((....)).)))))))..))))..(((...((((((((.....((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.((((((((((......)))))..............))))).))))))).))))))))))).(((((....)))))..))))...))))..)))))....))).))...))))))))))).)))))))...))))).............(((..(((((((.((.......((((...((((((....))))))....)....)))..((((.(((((((...((((((.....((((((.((....)).(..(((......))).).))))))))))))....(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).))..((.(((.((((..........)))).)))))...((.(((((((...((((((.......(((((((....((((..((...(((.......)))))....))))...)))))))...((((.((((((((((........)))))))....))).))))........(((((((..((....)))))))))...))))))....))))))).)).))))))).))))............(((((((((........)))))))))..(((......))))).)))))))..))))))))))......((((.....)))).(((((((((((((....))))))))).....)))).))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....))))..............(((....)))............((..........)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((.((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((......))))))...))))..((((((((.(((.................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((......))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..).)))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))........))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((.........)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.((((....)))).).)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))..............(((....)))............((..........)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((.((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((......)))).....))))((((((((((...(.................................)....))))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))..........(((((((.((((((((((......))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..).)))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))........))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))...))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.((((....)))).).)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))..............(((....)))............((..........)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((.((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((......))))))...)))).(((((((((...(.................................)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).))))))).)))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))..........(((((((.((((((((((......))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..).)))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((........)))).).(....(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))........))))).)))(((.((..((((((((((((..((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PPfold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((..((((((((...)))))))).(((.(((.(((((.......)))))..)))..((.((((((....)))))).)).)))...((((((((.((((...(((((((...((((((((.((((((..((((((....))))))....((((((......((....)).((((..((((.((((((((.(((.((((((((((((((.(((((((.(((((((((((.(((((...(((((..((((....)))))))))....(((((.....))))))))))..((.(((((..((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)).))..))))))).((.(((((....))))).)).....)))))))..........(((((.(((((..........((((((((.....)))))))).(((((...(((((....)))))...))))).(((((..(((((((((((((......(((((((((.((....)))))...))))))..(((...(((((((((........((((......(((((..(((((((((((((..((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))...((((((((...(((((((.....((((((((..(((......))).....))))))))............((....)).)))))))..))))).)))..)))))..)))))..((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.(((((...(((...(((....))).....)))...))))).))))))).))))((((....(((((....)))))..))))...))))..))))).....((((....))))....))).)))))))).))))).)))))..))))))))))......))))..)))))))))))))))............(((..(((((.(((...((((...((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).))....))))))).))...))))..)))..(((....))).....)))))..)))....))))))....((....)).........))).)))))))).)))).((((.((((((((((........)))))))....))).))))...........))))............)))))).....))))))((((..((....))..)))).....)))))))).((((((..(((((.....((((.((((..((....)).))))))))....)))))..))))))))))))).....)).)).))....((((((((((....))))))))))..)))))).))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((....))))...)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))................(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((.((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((......)))).....)))).....(((((..........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.((((......((((((.....))))))...)))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((......))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))............((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((....((((((....)))))).........))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((......((((..(((...........))).)))).....))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))..... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((....))))...)).((......(((.......((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((((....(((....)))...)))))...................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((.((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((......)))).....))))..((.(((((..........................................))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((......))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).)))))).....((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((....((.(((....))).)).........))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)).....((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((..((((((((...)))))))).(((.(((.(((((.......)))))..)))..((.((((((....)))))).)).)))...((((((((.((((...(((((((...((((((((.((((((..((((((....))))))....((((((......((....)).((((..((((.((((((((.(((.((((((((((((((.(((((((.(((((((((((.(((((...(((((..((((....)))))))))....(((((.....))))))))))..((.(((((..((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)).))..))))))).((.(((((....))))).)).....)))))))..........(((((.(((((..........((((((((.....)))))))).(((((...(((((....)))))...))))).(((((..(((((((((((((......(((((((((.((....)))))...))))))..(((...(((((((((........((((......(((((..(((((((((((((..((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))...((((((((...(((((((....((((....)))).((((...(.((((....)))).)....))))....((....)).)))))))..))))).)))..)))))..)))))..((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.(((((...(((...(((....))).....)))...))))).))))))).))))((((....(((((....)))))..))))...))))..)))))....(((((....)))).)..))).))))))).)))))).)))))..))))))))))......))))..)))))))))))))))............(((..(((((.(((...((((...((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).))....))))))).))...))))..)))..(((....))).....)))))..)))....))))))....((....)).........))).)))))))).)))).((((.((((((((((........)))))))....))).))))...........))))............)))))).....))))))((((..((....))..)))).....)))))))).((((((..(((((.....(((((.(((..((....)).))))))))....)))))..))))))))))))).....)).)).))....((((((((((....))))))))))..)))))).))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((.....(......................................................................(..........).......)...(...(..(......(....(..(..(..........((....).).............)....)..)..)......(...((.(((...(((((.((.......))))))).)))...))...)(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..).....)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.((((...(.......).))))...)))).((((..(((...(.(............................).....).)))..))))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((.((((.....(((((((.....)))))))..)))).)))...))))))))...((((((((...(((((((((...((((((((..(((......))).....))))))))......))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((......))))))))))...............)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...).))...(((((((((((((....((((((..(((((((.(.(...((((........)))).).)..(.(((((((......((..........(..((....))..)................)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((.........))))))).(((.(((((....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((....((....))....))....)))....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......((.....(....(.....)....)..)).....))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..(((........................)))...(.((.((((....((((((...((...(((((((.(.((.(...((((((....)))))).)....)).).....(..((.(.(.((....).).))))..)....((..........)).)))))))..)).)))))).(((.((.(((...(((((.((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...)))...)....(((((....(((....))).).))))))).))))))..((((.((((...(.......).))))...)))).((((..(((...(....(.........................)..)....)))..))))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))...((((((((...(((((((((...((((((((..(((......))).....))))))))......))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((......))))))))))...............)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...).))...(((((((((((((....((((((..(((((((.(.(...((((........)))).).)..(.(((((((......(((((((.....(..((....))..)..........))))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).))))))))).....((((.(((((((.........))))))).(((.(((((....))))).....)))))))..))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((....((....))....))....)))....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......((.(....(.........)...)...)).....))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((((...)))))))))...........(((((...((((((...(((.((.((((((....)))))).))..))).......(((((((((..........((((((((((..(((((..((((((....))))))....((((((...............((((.(((((.((((((((.(((.((((((((((((((.(((((((.(((((((((((....(((..(((((..((((....))))))))))))................((((...((........))...(((((.(((.....)))))))).((((....)))).))))................((..((((....))))..)).....)))))))...........((((................(((((((.......)))))))..(((((((.........)))))))......((((((..(((((.((((((((.....(((((((((.((....)))))...))))))...((...(((((((((.........(((......(((((...(((.((((((((..((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))......(((((...(((((((.....((((((((...................))))))))............((....)).)))))))..))))).......)))...)))))..((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((................((....))..................))))))).))).........(((((....))))).........))))..))))).....((((....))))....)).))))))))..))))).))))))......)))).......))))..)))))))))))))))((((....))))(((..(((((.(((...((((...((.(((((((((.((((((((((((((....)))(..(((......))).).))))))....((((..(((((((.........)))))))..(..(((((....)))))..).....)))).))))).))....))))))).))...))))..)))..(((....))).....)))))..)))....))))))....((.......))......))).)))))))).)))))((((.((((((((((........)))))))....))).))))...........))))............)))))).....))))).((((..((....))..)))).....)))))))).))................)))))))))..............))))))...)))))............((((................((((((((((....))))))))))......))))..... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((.(((((((((...)))))))))(((.(((.(((((.......)))))..)))..((..(((((....)))))..)).)))...((((((((.((((...(((((((...((((((((.((((((..((((((....))))))....((((((...(((.(((.....((((..((((..(((((((.(((.((((((((((((((...(((((.....(((((((.(((((...(((((..((((....)))))))))....(((((.....))))))))))..((.(((((..((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)).))..))))))).((..((((....))))..)).....)))))))..((((..((...((((....))))..))..)))).....(((((((((...((((((...(((((....)))))...))))))(((((..(((((((((((((......(((((((((.((....)))))...))))))..(((...(((((((((........((((......(((((..(((((((((((((..((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))...((((((((...(((((((.....((((((((..(((........)))...))))))))............((....)).)))))))..))))).)))..)))))..)))))..((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.(((((...(((...(((....))).....)))...))))).))))))).))))((((....(((((....)))))..))))...))))..))))).....((((.......)))).))).))))))).)))))).))))).........))).)))))).....)))))..))))))))............(((..(((((.(((...((((...((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.........)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).))....))))))).))...))))..)))..(((....))).....)))))..)))....))))))....((....)).........))).)))))))..)))).((((.((((((((((........)))))))....))).))))...........))))...)))..))).)))))).....))))))((((..((....))..)))).....)))))))).((((((..(((((.....(((((.(((..((....)).))))))))....)))))..))))))))))))).....)).)).))....((((((((((....))))))))))..)))))).))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
CGCAAUCAUGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUAAACGCUAGCUGUGUGCUUAAUACAUGCAUGUUGAACGGAAUAUUUUAGUUCGCUAAAAUAUUUAGUAGCAAAUGGGUGAGUAACACGUACCUAACCUACCUUUUGGACUGGGAUAACCAUUGGAAACAGUGGCUAAUACCAGAUAUGAUAAAAAUUUGCAUGAAUUUUUAUUCAAAGGAGCCUUCAAGCUUCACCAAGAAAUGGGGGUGCGCAACAUUAGUUAGUUGGUAGGGUAAAAGCCUACCAAGACGAUGAUGUUUAGCGGGGCCAAGAGGUUGUACCGCCACACUGGGAUUGAGAUACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUAAGGAAUAUUCCACAAUAAGCGAAAGCUUGAUGGAGCGACACAGCGUGCAGGAUGAAGUCUUUCGGGAUGUAAACUGCUGUUGUAAGGGAAGAAAAAACUAGAUAGGAAAUGCUCUAGUCUUGACGGUACCUUAUUAGAAAGCGACGGCAAACUAUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACAUAGGUCGCAAGCGUUAUCCGGAAUUAUUGGGCGUAAAGCGUCCGUAGGUUUUUUGUUAAGUUUAAAGUUAAAUGCUAAAGCUCAACUUUAGUCCGCUUUAGAUACUGGCAAAAUAGAAUUAUGAAGAGGUUAGCGGAAUUCCUAGUGGAGUGGUGGAAUACGUAGAUAUUAGGAAGAACACCAAUAGGCGAAGGCAGCUAACUGGUCAUAUAUUGACACUAAGGGACGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGAUCAUUAGUUGGUGGCAAAAGUCACUAACACAGCUAACGCGUUAAAUGAUCCGCCUGAGUAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGGAACCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUUGAAGAUACGCGUAGAACCUUACCCACUCUUGACAUUCUCGCAAAACUAUAGAGAUAUAGCCGAGGCUAACGAGAUCACAGAUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUAGGUUAAGUCCUGCAACGAGCGCAACCCUUUUCUUUAGUUGCUAACAUUUAGUUGAGAACCCUAAAGAUACUGCCGGCGCAAGCCGGAGGAAGGUGGGGACGACGUCAAAUCAUCAUGCCUCUUACGAGUGGGGCAACACACGUGCUACAAUGGCUACUACAAAGAGCAGCAAAACAGUGAUGUCAAGCUAAUCUCAAAAAAGUAGUCUCAGUUCGGAUUGAAGUCUGCAACUCGACUUCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGCAGGUCAGCUAUACUGCGGUGAAUACGUUCUCGGGUUUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUUGGUAAUGCCCAAAGUCGGUGAGUUAACUUCGGAGACCAUUGCCUAAGGCAGGACCGAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAUCCCUACGAGAACGUGGGGAUGGAACACCUCCUUUCUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...........(((((...{{{.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((((((((((((....)))))))))))))))))......(((......((((((((..((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....(((((((((((....)))))))))))....(((((......))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).<.(((((((...(.....(((((((((....))))))))).....)....))))))..>)..((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((...a.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(...((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........aaaaaa..(((((((((....)))))))))...aa..))AA.....AAAAAAA))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....(((((((...(((((((....)))))))........)))))..)).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((((((((....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..(....).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....))))))))))................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Alterna
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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CMfinder(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................(((((((.......................(((((((((((....)))))))))))......................(((((((........((((((.((((...........................))))...................................................)))))).....))))))).(((((((.....((((((((.......)))))))).....)))))))..((((((((....))))...))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..)))))))..((((.......................))))....((((((.........................................))))))......(((((......(((((((................))))))))))))..................(((((((.................((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))..............(((((((....(((((((((...................))))))))).....................)))))))............................(((((((............................)))))))..........(((((((.(((((((((....)))))))))...............))))))))))))))......(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((.......(((((.....(((((....)))))..........)))))............................................((((......))))..................(((((((.......................))))))).....(((((....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((...............(((....))).................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((.......(((((.................)))))...))))))))))))........................((((((((((....))))))))))................ |
|
CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((.......((((..(((((.(((((((((.....((...........((.....(((((((....))))))).....))...................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))......................)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)).........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((.........................................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((..(((((((((....((((((((.....)))))))).))))))))..).)))))))....(((((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))............((....)).)))))))..))))).))...))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(((((...(((((((....)))))))........))))).....((.(((..(((((.(.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((....))))).))...........)))).)..)))))...)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((..)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))............ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....)..))))...(.....((((.(((((..(((((((((....(((.(((.((((..((.(((((((((((....))))))))))).)))))).....(((.......(((((((..((....((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((((((((((....)))))))))))....(((((......))))).))))))...)))))))))........(((..((((((((.......)))))))))))...........((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....))))....((((((...(.....((((((..........)))))).....)....))))))......(((((......(((((.....((....)).......))))))))))..)))))))))....).....(((.....(.((((.(.(((.(((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))..((..(((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...)........((....)).)))))))..)))))..))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((....)))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.(((((((((((.......(((.............))).(((((((.......(((((.....(((((....)))))..........))))).....((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))).....)).).)))...))))))))....)))))))..))).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..((((((..((((....(.(((((.(((..(....).)))))))).)...))))..))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((.((((.((((((...)))))))))).))....(((((.......)))))((((...((.(((((((((((....))))))))))).)).))..))(((((.(.....).)))))...........((..((((.(((.((((((....)))))).).)).))))....(((((((((((....)))))))))))))(((((((......)))))(((.(((((.((((.(((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))((((((((..((((())))).((.(((((....))))).))..((......))............((((....))))....)))))))).((((((...(..((.((((((..(....)..)))))).))..)....)))))).....(((((((((.((((((((((((.(((((.((((.(((.............................(((((((...)))))))......((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))......(((((...(((((((.(..((((((......(((((.....(..........)......))))).))))..))..).)))))))..)))))...............(((...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))))).......(((((((.(((((((((....)))))))))((.((....))))..)))))))..(((((((....(((((....)))))..))))..))).............((((....))))..........(((((..................))))).................((((...........))))))).)))).))))............).)))))))))))))))))).)))((((((....)))...(((......)))...))).))))).)))))))))((((.....(((.....))).......)))).....((.(((((....))))).))..........................((((((........))))))................(((((((.....(((.(((...(((....)))...)))...))).....)))))))...(..(((((....)))))...)((((((((()))))))))((.((......(((((((..........))))))).....))))..(((((..((....))..))))).........((..((((((..((((....(.(((((.((...........))))))).)...))))..))))))..))..))).............((((((((((((....))))))))))........)))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((...............(((..(....)..)))...........................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......((((((((......)))))))).......................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(........((............))........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...)........((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((....((((((....)))))).........)).)..)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..(....).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))................ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((......((((.(....).))))......)))))................((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))......((((..............)))).......................)))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...))))..((.(((((...........((..............))............))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...)........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((((((....((((((....))))))..((....)))).)))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(.....)...))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((..)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))........... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((...[[[[[))))...]]]]].((((((.((((....(((((((((...(((...(((((....(((((((((((....)))))))))))..))))).)))..))))).)))).........(((.....))).((((.....((((((....))))))......))))....(((((((((((....)))))))))))..((((.(((.(((((((((.........(((.(((((..((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))......((((....))))))))).)))..(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((((((....(((((((....(((((....)))))...(((.(((....(((.....)))..))).))))))))))....)))))))))....)))).....((((((..........))))))))))).))).))))........(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).))))))))))....(((..[[[[[)))..]]]]].......((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))..............(((((((....(((((((((...[[[[[...........)))))))))...]]]]].............))))))).((((.....))))..............(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((....)))))))))..(((......))).)))))))..(((....(((.(((((....)))))..)))...)))..(((........[[[[.)))...]]]]((((((((.................(((.((((..(((....[[[[)))..)))))))........]]]]...((((....))))...........((((((.......(((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((....((((.....))))......))))))).(((.(((((....))))).....)))))))))))))....)))))).((((((........))))))...)))))))).....(((((((....(((..(((...(((....)))...)))..)))......)))))))(((.[[[[[..(((((((........))))))))))..]]]]].....((((.[[[[[[[....))))..]]]]]]]...((((....[[[....))))....]]](((((..[[[[)))))..((((......))))....]]]].(((....[[[[.)))...((((...))))...]]]].....((((((...........[[[.(((((((((....)))))))))....))))))...]]]. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((....((((((...))))))....(((((((((((.....))))).((((((((.((.(((((((((((....))))))))))).))........(((((.....((((......((((((((((...((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((((((((((....))))))))).)))..(((((......)))))..........((((((((((.((((((.....((((((((.......)))))))).....))))))...(((((((...((((((.(((.((....(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((((..(((....))).((.(((((....))))).))..((......)).((((...((((....))))...)))).)))))))).((((((......((.((((((((.....)).)))))).)).......))))))......(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))...((((((((...(((((((((((.....(((((.((((((.(((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))).......(((((...(((((((((..(((((((((..(((......))).....))))))))).....)).....((....)).)))))))..)))))....))).)))..)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))).)))))).(((((....))))).........)))..))))).(((((.(((...((......)).)))))))).............))))).)))))).......((((((((.(((((....(((((....))))).((((.((.(((((((((((.....))..))))).)))).))))))....)))))))))))))....))))))).....)))).)))))).(((((((...(((((.....))).))....))))))).....(((((....))))).))))))))))....))))....))))).((((((........)))))).)).))))))......(((((((.....(((.(((...(((....)))...)))...))).....)))))))...((((.((((((((((........)))))))....))).)))).)))))).(((((((..........)))))))...........(((((..((....))..)))))((((.((..((..((((((..((((...((.(((((.(((.........)))))))).))..))))..))))))..)).))))))..........(((((((((((((....))))))))).....)))).))))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((.((((((...)))))))))).((((.............................(((((((((((....))))))))))).((((((....(((((.....((((......((((((((.....((((.....((((((....))))))......))))....(((((((((((....)))))))))))....(((((......)))))....((((...((((((((((((((((.....((((((((.......)))))))).....)))))))..(((((((..........(((((.....(((((............))))).((((....))))((((((((.........((((...(((((....))))).))))......................................)))))))).aaaaaa.........((((((..........)))))).....)))))AAAAAA.....((((((((((.(((((((((((...(((.(((.........................................................(((((((..(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))...)))))))......(((((...(((((((....(((((((((....{{{{...........)))))))))...}}}}.....((....)).)))))))..))))).....................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....))))))).............(((((....)))))........................((((.[[[))))(((.......(((((..................)))))....)))...]]]............................))).)))...............)))))))))))))))))).)))..((((....)))).........))))))).....))))).)))).))))((((.......................))))........(((((....)))))...))))))))....))))....))))).((((((........)))))).......))))))...(((((((.....(((.(((...(((....)))...)))...))).....)))))))...........((((((........<<))))))......>>......))))..(((((((..........))))))).......(((((((((............)))))...((((.(((..((((((..((((...((.(((((.(((.........)))))))).))..))))..))))))..))).))))...............bbbbbbbbb))))BBBBBBBBB................. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.(..((((((((...)).......................................((.((.((((((((....)))))))).)).))...................(((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((((((....)))))))))).)...((............)))))))))).))))))))))..(((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...)))))...((((((((....))))...)))).....((((.(((.....)))))))..((((....))))..................(((...(((((....))))).)))...((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(..((.(((((............))))).))..)....)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..........))).........................(((.(.((((((((((((.((((((((((....(((((((.....))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))......(....)..)))))))..))))).)))...))).).))).....(((((((..((...((((.........))))))..))))))).((........((((((.(((((((((....)))))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)).......(((....)))....(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((((((.......((((((.(.((((((....)))))))..(..).)))))..).................((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((...(((((((.(((((((.....)))).)))..)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))......................))))))).......))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..((())).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))...... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.(..((((((..(((..((((..(((((.((((((((.......))))).......((.(((((((((((....))))))))))).))...................(((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((((((....)))))))))).)...................)))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...)))......((((.(((.....)))))))..((((....)))).................((((...(((((....))))).)))).......)))...(((....((((((....))))))...)))..(((.(((((...(..(((.(((((..........)))))).))..)....))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).))))....................((((((.((((((((((((.((((((((((...(.((((((.....))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))......(....)..)))))))..))))).)))...))).))))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))...........((((((.((((((((((..))))))))))....(....).....))))))...(((...((((..((((....))))...))))..)))....(((.....................(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((((((......((((((....((((((....))))))...(..)..))))..))............(((.((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((((.(((((.....))))).))..))))))...((.(((((....))))).)).....))))))))))))...................))))))).......)))))))......((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....)))))).......((...(((((((........)))))))))..................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))))).((((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((..((..)).)))))))).)).)))))))))))))..))).)))).)))...........(((((((((....))))))))))))))))))))...... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((....((((((...))))))...(((..(((((((.....))))).)).(((......(((((((((((....)))))))))))....)))..((((((.((...)).))))))...(.....((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((((((....)))))))))).)...(((((......))))).)))).....)(.(((.(((.((((((.....((((((((.......)))))))).....))))))...)))..(((....)))...))).)....(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((((..(((....))).((.(((((....))))).))..((......)).((((...(((......)))...)))).)))))))).((((((.........((((((..........))))))..........))))))......(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..)))....(....((((.((((((.....(((((.(((((.((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))......(((((...(((((((....(((((((((...................)))))))))............((....)).)))))))..))))).....)).)))..)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))).).))))..((((....))))...........)....((((((...((((....)))).(..(((((((.........((.((...(((.....(((((((....(((((((.((((((....(((((....))))).(((.(((.(((((((((((.....))..))))).)))).))))))....))))))))))))).........((.......))........(((((((...(((((.....)))).)....)))))))..(..(((((....))))).)...)))))))....)))....)).)).((((((........))))))...)))))))..)...(((((((.....(((.(((...(((....)))...)))...))).....)))))))...((((((((....))))).)))..(((((....))))).(((..(.((...(((((((..........)))))))...))).))).(((............))))))))).((((..((..((((((..((((...((.(((((.(((.........)))))))).))..))))..))))))..))..))))...........(((((((((((((....))))))))).....)))).))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Murlet(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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NanoFolder
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((..((.((((....)))).)).))..)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....))))............(((....)))............((............)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...((((((...(((((((....)))))))........)))))..))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((..)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).... |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((..((((((((.((((((.((((((((((...(((.(((....(..((.((..((.((((....)))).)).))..)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((....)))............((............)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))).......(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.........................................))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))((....))..(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((((((...(((((((....)))))))........)))))..))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((..)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((..((.((((....)))).)).))..)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))............(((....)))............((............)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((((((...(((((((....)))))))........)))))..))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((..)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((..(((.((((.((((((.((((((((((...(((.(((..(((..((.((..((.((((....)))).)).))..)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((....)))............((............)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))).......(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.........................................))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))((....))..(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((((((...(((((((....)))))))........)))))..))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....))))))...))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((.(((...(((....)))...)))...))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((..)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).... |
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PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((((((((((.((((.((((((.((.(((((((((...(((...(((((....(((((((((((....)))))))))))..))))).)))..)))))).)))..(((((....(((((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((((((((((....)))))))))).)).....(((..((..(((....)))...))..))).((((((((((.....((((((((.......)))))))).....)))))))..)))...)))))))))..((((((....(((((.(((.....))))))))..(((....)))(((...(((((((....((((.((.(((((....))))).))..(((((((((..((((...((((....))))...))))..))).))))))...))))......((((((((.....)).))))))..........))))))).....((...((((.......)))).)).))))))))).....))))).)).))))))))))...........((((....(((((.((((((((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))......(((((...(((((((....(((((((((..(((......))).....)))))))))............((....)).)))))))..)))))....))).)))..)))))...))))...))))...))))))))))......(((..(((..(((....((((((((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...)))...(((((((((((((....((((((..((((((((........(((.(((..((((....(((((((...(((..((..((((...........))))..((((...((((((.((((.(((.....)))...((((((.....(((((((((....)))..((((......))))..))))))))))))..)))).)))))))))).......))..)))............((.(((((....))))).))..)))))))...))))...))).)))((((((........))))))...)))))))).....(((((((....(((..(((...(((....)))...)))..)))......)))))))..(((((((((....))))).))))((((((....))))))..)))))).((((((((((..........)))))))...))).....))))))............)))))))((((..((..((((((..((((...((.(((((.(((.........)))))))).))..))))..))))))..))..))))..))))).....))).((((((((....)))))))).)))..)))..))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((.((((((...))))))))).......(((((.....)))))....(((......(((((((((((....)))))))))))....)))..((((((.........))))))........(((((.((((.(((.((((((....)))))).)).).))))...((((((((((((....)))))))))).))..(((((......))))).)))))....((((((((((((((((((((..((((((((.(....))))))))))))..)))))))..((((((((....)))..(((.......(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((((..(((....)))....(((((....)))))................((((((([[[[.)))]]]]...)))).)))))))).((((((.........((((((((.....)).))))))..........))))))......(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..............(((((((((((.....(((((.(((((.((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))....(((((((...(((((((....(((((((((...bbbbb...........)))))))))...BBBBB.............)))))))..))))).))..)).)))..)))))...(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((....)))))))))...............)))))))))))).)))))).(((((....)))))...............<<<......((((....))))....<<<<<<<<<......<<<.<<<<<<<)))...aaaaaaa....(((((((.((((((....(((((....)))))((((.(((.(((((((((...........))))).)))).)))))).)..)))))))))))))......))))).....))))).))))).(((((((((.(((((.....)))).)))..)))))))..((.(((((....)))))).)..AAAAAAA..>.>>>...>>>.>>>((((((........))))))>>.>>>>>>>......(((((((.....(((.(((...(((....)))...)))...))).....)))))))..((((((((.{{{{.)))).))))((((}}}}....))))....((.((...(((((((..........)))))))...)))).....((((............))))>>>.((((.(((..((((((..((((......(((((.(((.........)))))))).....))))..))))))..))).))))...........(((((((((((((....))))))))).....)))).))))).. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.......(((((....))))).......)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((....))).............................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((.(((((((.(((((.((((......((((((.....))))))...)))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...)........((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((((((....((((((....)))))).........)))))..).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((.........))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))...... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.(((((((((((((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.......(((((....))))).......)).((......(((.......((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))......(((((.(((....))).))))).......................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...........((((.....((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....)).....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))))...))))...))))))))))).....(((.((((..(((....((((((((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((((((...(((.(((....))).)))........)))))..).(((.(((....((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((..)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))).)))..))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.(..((.(((..((((.(((((.(((((.(((((((.(((...((.(((..((((...((.....(((((....)))))...).)..))))...(.((.((((....((((((...((....((((((.((((.(...((((((....)))))).)....)))).(...(.....(..(.....).....)..).)..((............)).))))))...)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(((....((...))..)))...))))(.....((((............(.................)..........))))....)...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((.(((((((.(.((.(((((.....(((((((.....)))))))..))))).))...))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((((..(((......))).....))))))))).....)).....((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((....)))))))))...............)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...)))...(((((((((((((....((((((..((((((((((((....((........))..))))).(.(((((((......((.............(....)...............).....).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((...((...(......).))....))))))).(((.(((((....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......(((...((...((..))..))..))).....))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))).))...)))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.((((((((((((((.(((((.(((((.((((((.((((..(((.(((..((((....(((((((((((....)))))))))))..))))..........................(((..((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((((((....)))))))))).)...(((((......))))).))))))..)))......(((((((((.....((((((((.......)))))))).....)))))))..)).........................(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).((......))....(((((....)))))...))))..)))))).......................................((((.........((((((..........))))))..........))))...................(((((((((.((....)))))...))))))......))))))))))...........((((....(((((.((((((((((((((.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))......(((((...(((((((....(((((((((..(((......))).....)))))))))............((....)).)))))))..)))))....))).)))..)))))...))))...))))...))))))))))......(((..(((..(((....((((((((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))..(((.........((((....)))).........)))...(((((((((((((....((((((..(((((((...............................(((((((........(((.................((((....))))..)))...................(((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))..........(((((((...(.(((.....)))..)....))))))).....(((((....)))))...........))))))).....................))))))).......))))))).....(((((((....(((..(((...(((....)))...)))..)))......)))))))...(((((((......)))).))).((((((....))))))..))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((..((..((((((..((((...((.(((((.(((..(....).)))))))).))..))))..))))))..))..))))..))))).....))).((((((((....)))))))).)))..)))...)))).. |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((((((((((.((((.((((((.(((((((((((..(((.(((.(((((....(((((((((((....)))))))))))..)))))..(((((..(((...((((((...((((..((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((((((....)))))))))))....(((((......))))).))))))..)))))))))).(((((((.....((((((((.......)))))))).....)))))))..((((.(((....)))....))))................))).)))))..((((....))))...)))))).(((....)))....(((((....)))))...)))).)))))))..((((......((((....)))).....))))....((((((......((.((((((((.....)).)))))).)).......))))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...........((((....(((((.(((((((((((..(.(((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))))..)..)))))......(((((...(((((((....(((((((((..(((......))).....)))))))))............((....)).)))))))..)))))....))).)))..)))))...))))...))))...))))))))))......(((..(((..(((....((((((((((((.(((((((((....)))))))))...((....))....)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...)))...(((((((((((((....((((((..((((((((.....((((((............((((....(((.((((((...(((((.....((....))...((((....)))).)))))))).)))))).....))))((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((...(((((.....))).))....)))))))..((.(((((....)))))))......))))))))).)))))).....((((((........))))))...)))))))).....(((((((....(((..(((...(((....)))...)))..)))......)))))))..(((((((((....))))).))))((((((....))))))..)))))).((((((((((..........)))))))...))).....))))))............)))))))((((..((..((((((..(((((((.(((..((((.....))))..)))..))).....))))..))))))..))..))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))..)))..))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Vsfold5
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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UGAACAUAAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAUGCUUUACACAUGCAAGUCGGACGGCAGCACAGGGAAGCUUGCUUCUCGGGUGGCGAGUGGCGAACGGGUGAGUAACAUAUCGGAACGUACCGGGUAGCGGGGGAUAACUGAUCGAAAGAUCAGCUAAUACCGCAUACGUCUUGAGAGGGAAAGCAGGGGACCUUCGGGCCUUGCGCUAUCCGAGCGGCCGAUAUCUGAUUAGCUGGUUGGCGGGGUAAAGGCCCACCAAGGCGACGAUCAGUAGCGGGUCUGAGAGGAUGAUCCGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUGGACAAUGGGCGCAAGCCUGAUCCAGCCAUGCCGCGUGUCUGAAGAAGGCCUUCGGGUUGUAAAGGACUUUUGUCAGGGAAGAAAAGGCUGUUGCCAAUAUCGGCGGCCGAUGACGGUACCUGAAGAAUAAGCACCGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGGUGCGAGCGUUAAUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGGGCGCAGACGGUUACUUAAGCAGGAUGUGAAAUCCCCGGGCUCAACCCGGGAACUGCGUUCUGAACUGGGUGACUCGAGUGUGUCAGAGGGAGGUGGAAUUCCACGUGUAGCAGUGAAAUGCGUAGAGAUGUGGAGGAAUACCGAUGGCGAAGGCAGCCUCCUGGGAUAACACUGACGUUCAUGUCCGAAAGCGUGGGUAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCCUAAACGAUGUCAAUUAGCUGUUGGGCAACUUGAUUGCUUGGUAGCGUAGCUAACGCGUGAAAUUGACCGCCUGGGGAGUACGGUCGCAAGAUUAAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGACCCGCACAAGCGGUGGAUGAUGUGGAUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGUUUUGACAUGUGCGGAAUCCUCCGGAGACGGAGGAGUGCCUUCGGGAGCCGUAACACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGUCAUUAGUUGCCAUCAUUCGGUUGGGCACUCUAAUGAGACUGCCGGUGACAAGCCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCCUCAUGGCCCUUAUGACCAGGGCUUCACACGUCAUACAAUGGUCGGUACAGAGGGUAGCCAAGCCGCGAGGCGGAGCCAAUCUCACAAAACCGAUCGUAGUCCGGAUUGCACUCUGCAACUCGAGUGCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGCAGGUCAGCAUACUGCGGUGAAUACGUUCCCGGGUCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGGGAUACCAGAAGUAGGUAGGGUAACCGCAAGGAGUCCGCUUACCACGGUAUGCUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((((((..............................((((((....)))))).............................(((((((.......(((((((((..........................................................................))))))))).....))))))).....................................................((((....))))...........(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).))))).))))))))................................................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))).............(((((((....((((((((.....................))))))))....................)))))))............................((((((((..........................))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...............)))))))..............((((....))))....................((((((((............((((((((..............................(((((((...............(((((((....)))))))..............................................................................................(((((((.((((............))))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......))))))))...(((((((((...............(((....))).................))))))))).........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((.......((((((..................))))))..))))))))))))........................((((((((((....))))))))))............... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.........)))..((((.((((((.((((((.((....(((............(.........((((((....)))))).........)....................(((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))..........................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).(((.(((((.........................................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..(((((((((......(((........))).........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))..((.(((..(((((.(.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((.......((......))......)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).)..)))))...)))))....)))))))....).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((........))))))))((((((.(((((.......)))))..)))))....)......((((((....))))))(.....)..((((((..............(((((((..(((..((((((((((....((.((((((....)))))).))...))........(((....)))...((((((..((....)))))))))))))))).))).)))))))((((((.(((..((((.(((.(....)))).)))))))...))))))(.(((((((.........))))))).)..(((((.(((.....)))))))).((((....)))).........................((((....))))(((.(((((((((.((((.((((((((((.((((.........)))).))))).)))))........((((((((.......))))))))....(((((.(((((((.....(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((((.(((((.((((............((((((...((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))))..((((((((...(((((((((.(((((((((...(((......)))......))))))))...).)).....(....)..)))))))..))).)))))...))...))))))...((((((((.((...((((.........)))))).))))))))(((...((..(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))...)))((((..((((....))))...))))..................((((....))))..............)))))))))..)))))...(((((......)))))..............(((((((....)))))))....))))))).))))).......)))).)))))))))..))).(((((((((....)))((.(((......))))).))))))..........(((((((.(((((((....)))..))))..)))))))..((.(((((.....))))).))...((((((((((()))..))))))))((((((.......))))))...........((.(((((((((...((((...((...(((....)))...))...)))).....))))))))).))((((..(((((((........))))))).....))))((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))....((..............))))))))(((.(((..((((((.(((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))).))))))..))).)))((.............((((((((((....))))))))))..))........... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((..(((((.((((((.((((.((((.(((.........))).))))..))))......((((((....)))))).(((((((((((((((..((((.(((...(((((((..(((..(((((((((.(((.((.((((((....)))))).))....((....)).(((((.(((............)))))))).))).))))))))).))).)))))))...))).(((.((((.(((((....((((((.((..(((((.....((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))((.(((.(((......(((((...(((((....))))).))))))))))).))..((((.....))))...(((((((.....(((....)))...........(((....))).....((((((((.(((.(((((((((........(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..((((...((((.....))))))))......((((((..((((((((((..((((((((....((((.(((.....)))))))...))))))))...)))))))).))..)))))).......((((...((((((((...(((......)))......))))))))...)))).((((((((((((.(((((..(((((((......))...)))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((((..((..(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))..))))((((..((((....))))...)))).......((..((((((.(((((((.(((.((.((...((......))...)).)).)))..((((((......))))))....)))))))..))).)))..)).)))))..)))))))....)))))....)))))))))))))))))))).))))))).)))))....)).))))))...))))))))).)))...)))))))))))...)))))))).))))))))))).(((....))).((.(((((.....)))))))....((((((((........)))))))).(((.(((((((...(((((((...(((..((.(((((((((...((((...((...(((....)))...))...)))).....))))))))).))...))).((((((........)))))).)))))))((((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))))(((((..((....))..)))))((((.((..((..((((((.(((((....((((((.(((...((....))..)))))))))...))))).))))))..)).)))))).)))))))...)))(((((((((....))))))))))))))).)))...... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((..(((.....(...(((((((.(((((.......)))))..))))).))........((((((....)))))).((((((((((((((...((((.......(((((((..(((..(((((((((........((((((....))))))................(((....)))......(((..((....)))))..))))))))).))).))))))).......(((..((..(((((.....((((..((..((........((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))..........................(((((.((.(((((.((((((((((((.((.((((.(((((((((.........)))).))))).)))).........(((....))).....(((...)))...(((((.(((((((.....((((..((.........))..(((.(((((......))).)).)))..((......(((.....)))...........((((((..((((((((((..((((((((....(.((((((.....)))))))...))))))))...)))))))).))..))))))...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...))))....((....))....))))..............)).....(((....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))......((..(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))......((((..((((....))))...))))..............))).(((((((.(((.((.(((.............).)).)).)))..((((((......))))))....)))))))..(((((((....)))))))))))))))))).)))))....)).)))..)))))))))..))))))).)))))))....))..))))....))))).))..)))...)))).))))))...))))))))....)....)))..((....))..((.(((((.....))))).))...((((((((........)))))))).(((((.......))))).........(...(.(((((((((...((((...((...(((....)))...))...)))).....))))))))).)....)..(((((((........))))))).......((((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))))(((((..((....))..))))).(((.((..((..((((((.(((((....((((((.(((...((....))..)))))))))...))))).))))))..)).)))))...............(((((((((....))))))))))))))).)))...... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..((((.((.((.....((.((((....)))).))....))..))..)).))..(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((.........................................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.(((..(((((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))...)))).).))))))...))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))..))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((.....((.((((....)))).))....))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((((..(((.(((..((((.((.((.....((.((((....)))).))....))..))..))).)..(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..))....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((.........................................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))))...))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))..))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((..(((........)))..))).(((((.(((((.......)))))..((((..((((((..(((((.(((((.((((((..(((((.....((.(((.(((.(((...(((((((..(((..((((((((.((...((.((((((....)))))).))...)).......((((....))))..((((((..((....)))))))))))))))).))).)))))))...))).))).))).)).((((....)))).....(((...((((........(((..(((......(((.((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))))))).)))..)))...((((....))))))))..)))..)))))..((((......((((....)))).....))))........))))))...)))))(((((......((((((((.(((.(((((((((........(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((((.((((((.(((((..((((....((((((..((((((((((((..((((((((......((((((.....))))))....))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))..))))))...)))).)))))....((((.........)))).((((((((.((((.......(((((((.((((..((((((.....))))))..))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).......))))..((((....))))........)))))))).))))))..)))))..((((((......))))))......(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))...))))))))))))))))))))...(((((((((....)))...(((......)))...))))))))))))))))(((((((.(((((((....)))..))))..)))))))..)))))).))))..)))))......((((((((........))))))))((((((.{{{{{.))))))......}}}}}...(((((((((...((((...((...(((....)))...))...)))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))...(((....[[[[[[[...)))...]]]]]]]...((((....(((((..((....))..)))))...((((..((..((((((.(((((....((((((.(((...((....))..)))))))))...))))).))))))..))..))))....))))...(((((((((((((....))))))))).....))))....... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..((((((.........((((..((((((.(((((.......)))))..))))).).........((((((....)))))).(((((((((((((((..((((.......(((((((..(((..(((((((((....(((.((((((....)))))).)).)..........((((....))))...(((((..........)))))))))))))).))).))))))).(((((.<<<.<<<..<<<<<....<<<<<<..........)))))...(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))[[[........................((((.....((((.((((((((((((...(((((.(((((((((.........)))).))))).)))))........(((....)))...(((((...))))).(((((.(((((((.....((((.(((.........))).(((.(((((......))).)).)))(((((((..((((.....))))..........((((((..((((((((((.((((((((((...((.(((((.....)))))))..)))))))))..))))))))).))..))))))...((((((((...((((((((.(((((......))).))...))))))))...))))................))))...........)))))))..........(((((((.......((((.........))))....)))))))((((......(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...............)))))))....))))((((..((((....))))...))))..................(((((((.(((....((((.((......)))).))....)))..((((((......))))))....)))))))..(((((((....)))))))))))))))))).))))).......)))..)))))))))..))))....))))..........>>>>>>...>>>>>.>>>.>>>...)))))))))))bbb))))))))..)))).........BBB.........(((((.....)))))......(((((((({{{{{...)))))))).(((((aaaaaa.)))))((((.}}}}}.....(((((((((...((((........(((....)))........)))).....))))))))).........(((((((]]].....)))))))))))...((((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))))(((((............)))))((((....(((..((((((.(((((....((((((.((((...........))))))))))...))))).))))))..)))..)))).AAAAAA.......(((((((((....))))))))))))))).))).))... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((..........(((((....)))))..........)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((...(((....)))..)))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))..... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..(((((..((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((..........(((((....)))))..........)).((......(((.......((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((.........................................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))).......((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..)))).......))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........(((((...((((((....))))))....((....))..)))))....(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))))...))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))..))))))..))).)))).)))).........((((((((((....))))))))))))))).)))...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((..((((.........((((.((((.(((.........))).))))..))))..(((.((((((....))))))..)))..))))(((..(((((((.((....(((.(((.....(((((.((((........((((((....))))))....(((((((..(((((((.(((((...........)))))(((((((..(((..((((.((((..((.....))..)))).))))...))).)))))))..))))))).((((.(.(((((..(((((..((((..(((.((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))))))...(((((...(((((....))))).)))))..(((..((((((.....((((.(((((((((..(..(((((((.....((((.......(((....))).....((((((((.(((.(((((((((........(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((((.((((((....(..((((.....((((((..((((((((((((..((((((((......((((((.....))))))....))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))).)))))..))))..))))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((..((((((.....))))))..))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...)))).....((((.(((.(..(((((....)))).)..)..))).))))..))))))..)))))..((((((......))))))......(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))...))))))))))))))))))))...(((((((((....)))...(((......)))...))))))....)))).((((((..(..((.((.(((((((.((((.(((....))).))))(....).))))))).)).))..).))))))...))))))).)..))))....))..))).)))))))))))))...(((((((((...((((...((...(((....)))...))...)))).....))))))))).))))....(((((((........))))))).....)))))..))))).).)))).............)))))))....))))))))).))).)))...)))))))))..((((..((..((((((.(((((.(..((((((.(((...((....))..)))))))))..)))))).))))))..))..))))..)))..........(((((((((....))))))))))))))).)))...... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................((.(.(..((..(((.((......(((.(.....((....(............)...))........(...(.(.......(..(.(...(.....)(...........)..(........)...).)..)............((.(((.(((...(((.(((.......))).))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))).)..).........)...))).......((((((....(((....))).).)))))..)).).....((((.(.((...((...)).)).)...)))).(((..((((...(.(...........................).....).))))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))....))................))((.....((((...(((((((((((.(.((.((((((...(.((((((.....)))))).).))))).)))...))))))))...(((.((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....((((((((((((.((((((((((((.....))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((.(...((((........)))).).))...(((((((......(....(....((.(((....))).))..............)......).(((.((((...((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...))))....)))))))...))))))).......)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((....(..........)....)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))).........)).)..) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((...............((((.((((.(((.........))).))))..))))......((((((....))))))...........................................((((((........((.((((((....)))))).))............((((....))))..((((....((....))..))))..))))))...............................................................................(((.((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))))))....((((....((((....))))..)))).............................((((..(..(((((((.....((((.......(((....))).....((((((((.(((.(((((((((........(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((((.((((((................((((((..(((.((((((((..((((((((......((((((.....))))))....))))))))...))))))))...((((.(((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..)))..))))...)))..)))))).................((((.........)))).((((((((.((((.......(((((((.((((..((((((.....))))))..))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).......)))).(((((....)))).)......)))))))).))))))..)))))..((((((......)))))).....((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).).))))))))))))))))))))...(((((((((....)))(..(((......))).).))))))....)))).((((((..(..((.((.(((((((.((((.((......)).))))(....).))))))).)).))..).))))))...))))))).)..))))............................(((((((((...((((...((...(((....)))...))...)))).....))))))))).........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))....................................((((..((..(((..(.(((((....((((((.(((...((....))..)))))))))...))))).)..)))..))..))))...............(((((((((....))))))))))))))).)))...... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((..((((.........((((.((((.(((.........))).))))..))))..(((.((((((....))))))..)))..))))(((..(((((((.((.(((..((((((((((...(((.((((....((.((((((....)))))).))...))))...(((((((.(((((...........)))))(((((((..(((..((((.((((..((.....))..)))).))))...))).)))))))..)))))))...)))..(((((..(((((..((((..(((.((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))))))...(((((....((((....))))..)))))..(((..((((((.....((((.(((((((((..(..(((((((.....((((.......(((....))).....((((((((.(((.(((((((((........(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((((.((((((.(((((..((((....((((((..(((((((((..(..((((((((......((((((.....))))))....))))))))...)..)))))...((((((((...(((((((((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....)).)))))))..))).)))))..))))..))))))...)))).)))))....((((.........)))).((((((((.((((...(((((((((((.(((..(..((((.....))))..)..)))...((....))....)))))))..(((...((((...(((....)))....))))..))).))))..))))..((((....))))........)))))))).))))))..)))))..((((((......))))))......(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))...))))))))))))))))))))...(((((((((....)))...(((......)))...))))))....)))).((((((..(..((.((.((((((((((((.(((....))).)))).....).))))))).)).))..).))))))...))))))).)..))))....))..))).)))))))))))))...(((((((((...((((...((...(((....)))...))...)))).....))))))))).))))....(((((((........))))))).....)))))..)))))...(((((((.........)))))))...)))))).))))....)))....)))))))))..((((..((..(((..(.(((((....((((((.(((...((....))..)))))))))...))))).)..)))..))..))))..)))..........(((((((((....))))))))))))))).)))...... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
|
|
CAAUUGAAGGGUUUGAUUCUGGCUCAGAAUGAACGUUGGCGGCAUGGAUUAGGCAUGCAAGUCCGCGCGAUAACUGAGAGCUCGAGGGGACAGCGGCGAAAGGGAGAGUAACAGGUGGUUUAUCUACCCUCGGGUUUGGGAUAGCGUCGGGAAACUGGCGGUAAUACCAAAUAACAUCUACGGAUCAAAGUUCCGGCGCCCGGGGAUGAGACUGCUCACUAUUAGCUUGUUGGUGGGGUAAUGGCCUACCAAGGCGACGAUGGUUAGCGGGCGUGAGAGCGUGGCCCGUCUCACUGGGACUGAGAUACUGCCCAGACACCUACGGGUGGCUGCAGUCGAGAAUCUUUGGCAAUGGGCGCAACGUGACCAAGCGAUGCCGCGUGCGGAUUAAGGCCUUCGGGUUGUAAACCGCUGUCAGAGGGGAAGAAAUUUUGACUGAUCCUCAGAGGAAGGACGGGCUAAGUUCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGACGAACCGUCGGAACGUUAUUCGGAAUUACUGGGCUUAAAGGGUGCGUAGGCGGCCCUACAAGUCAGGUGUGAAAUCCCACGGCUCAACCGUGGAACUGCGCUUGAAACUGAGGGCUUGAGGGAGAUAGGGGUGAGCGGAACUGAUGGUGGAGCGGUGAAAUGCGUUGAUAUCAUCAGGAACACCGGCGGCGAAGGCGGCUCACUGGGUCUCUACUGACGCUGAGGCACGAAAGCUAGGGGAGCGAACGGGAUUAGAUACCCCGGUAGUCCUAGCUGUAAACGAUGAGCACUGGAUCGAGGGGACUCCCACAUCUUCUCGGUCGUAGCGAAAGUGUUAAGUGCUCCGCCUGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUCAAAGAAAUUGACGGGGGCUCACACAAGCGGUGGAGGAUGUGGCUUAAUUCGAGGCUACGCGAAGAACCUUAUCCUAGUCUUGACAUGUUUAAGAAUCUCCCUGAAAGGGGAGAGUGCUCUUCGGAGAGCUUUUCACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUCGGGUUAAGUCCCUUAACGAGCGAAACCCCUAUCUCUAGUUGCCAGCGGUAAUGUCGGGGACUCUAGAGAGACUGCCGGUGUGAAACCGGAGGAAGGCGGGGAUGACGUCAAGUCCUCAUGGCCUUUAUGACUAGGGCUGCACACGUGCUACAAUGAGAGUAAGCAAAUCCCAGAAAACGCCUCAGUUCGGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGGUCAGCAUACCGCGGUGAAUAUGUUCCUGAGCCUUGUACACACCGCCCGUCAAGCCACGAAAGUGGGGUGCACGCGAAGUCGCUAAGCUAACUCGCAAGAGAGGCAGGCGCCGAACGUGAACUCCGCGAUUGGGACUAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((...(((.(((((..........))))).))))))......(((......((((((((..((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....)))).....(((....)))....((....)).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...((((.....)))).)))).)).))))))..((((.....((((....)))).....)))).a.(((((((...(..(...)..)...))))))..A)..((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).))))))))))..........(((((...[.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))..)))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[..(((((((((((........)))))))))))...[[..))]].....]]]]]]]))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........)))).........(((((((.....(((.(((((..(((((((....))))))).(((((....))))))))))))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(.((((................)))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((....((((((..(((..(((....))).))).))))))...))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....))))))))))...............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((((((..((((((.(((((((...((((((((((((((((.......)))))...((((.((...(((((((.((.((((((...(((.((.................)).)))......))))))..((((((((..((((((....))))))......((.((((((.((....)).....(((((((((.(((.((.((.....(((.((((((..(.(.((((((((.......)))))))).).)..)))))).))).(((....((((.((((((((((..((....(((((........(((.((((....)))).)))(((((((((.((((((((.(((.(.(((.(((......))).)))).)))((((.(((..(((....)))..))).)))).))))))))........)))))))))...))))).))..)))))))))).))))..)))..)).)).)))..........))))))))))))))).))..(((((...((((...((..(((..(((((((((....((((((((......((((((.....))))))....))))))))...((((((((....((((((((((((........(((((((((.((((........))))..)))))))))......(((((((.(..(((((.(.(((.(((((..........)))))..(((((((.((((((((..(((((((((...(((((.....(((((.((........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....))))))))).)))))((((..((((....))))...))))...........)))))............(((......((((((((......))))))))......))).....))))))))).............(((((((....))))))).))))))))....)))))))..)))).))))).).)))))))...(((((((((....)))...(((......)))...))))))...))))))))))))..(((((...)))))....(((((((.........((.(((((.....))))).))..((((.......)))).)))))))..))))))))....)))))))))..)))..))....)))))))))....))))))))....))))))))).....(((((((........)))))))....))))))..)))))...(((((((.........)))))))....)))))))))))))...(((((....((((.....((((....))))......((((.((((((........(((....))).(((....)))....))).))).))))..)))).....)).))).......(((((((((....)))))))))))))))...))))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((..((((((.((((.....(((.....(((((.....((.((((..(((...((((....(((((.((((....(((((...((.....((((((...((((..((((((..((...((((((((((((..((..(((((....)))))..))...))))..........((((.......))))..))))))))..))....((..((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..)).((((((((....((((((((((..(((((.........((((((..........))))))...(((((((((.(((((((((....((((..(((......))).....))))((((.((..((((....))))...)))))))))))))))........)))))))))...))))).....))))))))))..))))))))...)))))).....((((..(((((((.......(((.......((((((.......((((...(((((((((.((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....(((((((((..(((......))).....)))))))))........((.......)).)))))))..)))))).))..))))...))))...(((((((...((...((((.........))))...))))))))).........(((((((.(((((((((((........))))))))))).(((((....)))))))))))).)))))).((((..((((....))))...))))...))).)))))))...((((((((.((((((.....((((((((((.(((((((((.................))))))))).....)))))..(((((((....)))))))..(((((....)))))...)))))..))))))..(((((....)))))..))).))))).))))..))))..)))))).....))....)))))..)))))))))...))))...)))(((((((.((((...((...(((((......(((((...((((((((((.((((..((((((................))))))....))))(((((.......))).))..)))))......)))))...)))))..(((((((........)))))))....)))))..)).))))..(((((((((....)).)))))))......))))))).)))).)).....)))))..))))))).(((..(((((((....(((....(((...(((..(((....))).)))..))).....)))..)))))))..)))..(((..((....))..)))(((((((((....)))))))))))))))...)))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((((((....................(((........................)))..................((((((((............((((((.....((((((....))))))......))))))....................................)))))))).............((((((((.......))))))))..............((((((((....))))...))))....(((((............)))))(((((....)))))...............(((((.................)))))..))))))).....................................(((((.................)))))........((((......((((((..................))))))))))..........................................((((((.....(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).....))))))....((((((...(((((((....(((((((((...................)))))))))....................)))))))..))))))...................((((((((.......((((.........))))....)))))))).........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((..................................................((((((((................(((((((....)))))))...............................................................................................(((((((........................)))))))...........................................................))))))))....................................................................................................................................))))))))........................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((....((.....((((....)).))......)).))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....))).............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((.....((((....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((.(.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........)))).........(((((((.......(..((((..(((((((....))))))).....((....))..)))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(.(((.........))).........).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.........)))).((((.((((((.((((((.((....(((............((......(((....)).).......))...................(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))............))))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((((.....)))).))))))..))))))..((((.....((((....)))).....)))).(((.(((((.................))))).)))...(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((.(..((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))...))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((.......(((........)))..........(((((((.......(..((((..(((((((....))))))).....((....))..)))).)...((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((.(...)...))))........).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(((....))).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((((((((....(((.(((.(((.(((((.......)))))..))).))).....((((((((((((((((......................................))))))))))((((((.(((((((....)))))((((((.((.(((((((((....)))....(((((((((..(............(((.((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))).))))(((((..((((.((((((((((..((....(((((........(((.((((....)))).)))(((((((((.(((((((((....(((((.(((......))).))).))..((((.(((.((((....)))).))).)))))))))))))........)))))))))...))))).))..)))))))))).))))))))).((....)).((.......))))))))))))))))).)).))))))..((((...((((((((.((((((((((...((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...(((((((((((.((((((((((((..((((..(((((((((.((((........))))..))))))))).....))....................(((.((...((((((....((((((..((((((((...(...((((.........))))...))))))))).........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...(((....)))..)))))))(((.....((((.(((((....)))))..))))(.......)....................))).((((((.((.....((((.(....).))))...)).))))))..(((((.......))))).(((((((....)))))))..((((((()))))))..................(((((....)))))))))))......))))))....)).))).......))...))))))))))))..((.((..((((.(((((((((.(((....))).)).)))))))...))))..))..))((.......)))))))))))))............)))))))))).)))))))).)...)))..)..))..))))))........)))))))))...(((((((........))))))).).)))))))))))......(((((((.........)))))))........((.....((((((.................((..((..(((((((.((((....(.((((..(((..(((....))).))).)))).)...)))).)))))))..))))............))))))((((((((((....))))))))))))......))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((...............((((......))))..........................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)....((((....))))............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((...))))).))))))).))))))..((((...(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.........)...))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((.(((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))...........(((((((......((.(((((...((((((....))))))....((......))..))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((.....)................))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((...((......((...(....))).....)))))................((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....))).............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((...))))).))))))).))))))..((((...((((((....))))))...)))).....(((((...(..((.))..)...))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((.(((.(((((((((((...(.((((((.....)))))).).)))))))))..))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........)))).........(((((((......(((((((....((((((....))))))......(.....)...))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((...........))..........)....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..(((((((.((((....(.((((..(((..(((....))).))).)))).)...)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.((((((...))))))))))....((((((((.......)))))..[[[[.)))...................]]]]...((((..(((((((..(((.[[[[)))..))).))))...((((((.....((((((....))))))......))))))..]]]]...........((((((((.(((((...((((((.(((.((((((.((((..(((((((.......)))))))))))...)))))).)))(((((((....))).))))))))))))))).(((....[[[[[.))).((((....))))...]]]]]......(((((((((.....(((.[[[[[.....)))....]]]]]((((.(((..(((....)))..))).)))))))))))))((((....))))..(((.[[[[)))....]]]]..((((..[[[[[[[[[...))))..]]]...]]]]]].))))))))..............(((((((((...(((((((..(((((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...((((((((((((((((((...(((((((....(((((((((.((((........))))..)))))))))....................)))))))..)))))...((((((((.((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((.....(((((...........(((((((.(((((((((((........))))))))))).(((((....))))))))))))...)))))((((..((((....))))...))))...........))))).(((.(((.....))))))..((((((((......))))))))..........))).))))))).....))))......(((((((....))))))).))))))))....))))))).....)))))...)))).((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((...(((((((......(((....)))........))))))).....(((((.....)))))........)))))))))))))...))))).))))))))....)))))))))..)))))))..........)))).....)))))....))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))...(((....[[[[[[[...)))...]]]]]]]..............(((((((.(((.............((((....))))(((((..(((....)))...(((..(((....))).)))..)))))....)))..(((.[[[[[[)))....]]]]]].)))))))(((((((((....)))))))))................ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(...((.((....((....)).....))..)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...(((.....)))).))))))).))))))..((((...((((((....))))))...))))..((.(((((...(.........)...)))))....)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((.(.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....(((...((...)))...))......(((((((..(...((..((((..(((((((....))))))).....((....))..)))).)))(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))(...)((((.(((((((..(((..((.......)))))...)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(.(((.........))).........)...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..(((..((......)).))).))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(...((.((.((.((....))..)).))..)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....)))....((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...((.....)))).))))))).))))))..((((...((((((....))))))...))))..((((((((..((.........).).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((.(.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(.....(((((((..(...((..((((..(((((((....))))))).....((....))..)))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.(.((..((.......)))).)..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((.........))))........)...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((...((.(.((.((....((....)).....))..))..)))....(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...(((.....)))).))))))).))))))..((((...((((((....))))))...))))..((.(((((...(.........)...)))))....)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((.(.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((...(...))))).........(((((((..(...((..((((..(((((((....))))))).....((....))..)))).)))(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))(...)((((.(((((((.((((..((.......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((.........))))........)...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..(((..((......)).))).))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((..((((((.(((((((...((((((((((((((((.......)))))...((((.((...(((((((.((.((((((...(((.((.................)).)))......))))))..((((((((..((((((....))))))(((((.((.((((((.((....)).....(((((((((.(((.((.((.....(((.((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))).))).((((...((((.((((((((((..((....(((((........(((.((((....)))).)))(((((((((.((((((((.....(((((.(((......))).))).))..((((.(((..(((....)))..))).)))).))))))))........)))))))))...))))).))..)))))))))).)))).))))..)).)).)))..........))))))))))))))).)).)))))...(((((...((..(((..(((((((((....((((((((......((((((.....))))))....))))))))...((((((((....((((((((((((........(((((((((.((((........))))..)))))))))......(((((((....(((((...(((.(((((..........)))))..(((((((.(((((((...(((((((((...(((((.....(((((.((........(((((((.(((((((..((........))..)))))))...((....))....))))))))).)))))((((..((((....))))...))))...........))))).(((.(((.....))))))...(((((((......)))))))...............))))))))).............(((((((....)))))))..)))))))....)))))))..)))..)))))...)))))))...(((((((((....)))...(((......)))...))))))...)))))))))))).((((((...))))))...(((((((.........((.(((((.....))))).))..((((.......)))).)))))))..))))))))....)))))))))..)))..))..........)))))..))))))))....))))))))).....(((((((........)))))))....))))))..)))))...(((((((.........)))))))....))))))))))))).(((((((..((((.(((...((((....))))...((..(((....)))...))...(((....))).))).))))((((.((((.....)))).))))......)).))).))....(((((((((....)))))))))))))))...)))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((..(((((((((((((...........(((.(((((.......)))))..)))....(((..[[[[[[...)))..........((((..(((((((..(((.....)))..))).))))...((((((.....((((((....))))))......))))))........((((.......)))).))))..(((((.....(((((((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...)))))).....(((((..((((.((((((((((..(((((............))))).((((....))))....(((((((((.(((((((((....(((((.(((......))).))).))..((((.(((.((((....)))).))).)))))))))))))........))))))))).((((...)))).)))))))))).)))))))))...((((.((((((..((((.(((....)))...))))...)))))))))).....(((((((..(((((((((....(((((((((...(.((((((.....)))))))..))))))))).((((..(((.....((((((((((((........(((((((((.((((........))))..))))))))).............................(((((..........))))).....((((((((.......((((.........))))....))))))))......................((((((((((((((((((.((((((...((((.........(((((((......)))))))..))))..)))))).............(((((.(((((.((((.(((.(((..........(((((((((((((((....(((...)))....)))))))))...).)))))..(((((((....)))))))..(((((....)))))...............))).))))).)).))))).))))).))))))).)))...))))))))..........))))))))))))....)))..))))...((((....(((....)))....(((((.....)))))..((((((((((((........))))))...)))))).)))))))))))))..))))))).......))))).....))))).........]]]]]]......(((((((.(.....)))))))))).))))))))))).((.(.((((((((......).)))))))..))).........(((((((((....((((.......((((....)))).......(((....)))...(((..(((....))).))).))))((((.((((.....)))).))))(((...))))).)))))))(((((((((....))))))))).........)))))). |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((........((......(((....)).).......)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....))).............)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).)))))).......(((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((.....((((....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((.(.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))...........(((((((......((..((((...((((((....))))))......((....))..)))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(.(((.........))).........)....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((.............))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))..... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((........((......(((....)).).......)).((......(((.......((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....))).............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((.....((((....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((.(.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).)))))).(((((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........)))).........(((((((......((..((((...((((((....))))))......((....))..)))).)).(((.(((((.((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((...(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))))))))))).))......))))))...)))))))...)).)))))))).)...(.(((.........))).........)....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((.............))).)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....))))))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((..((((.(((((.(((((.((((((((..(..(((..((..(((........................(.....)))).....((.(.((....((((((...((...((((((((((((.(...((((((....)))))).)....))))...................((....))))))))))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(.(.....).)))))))).))).......))....)))...)....(((((.....(.....)..).)))).)).))))))..((((((.(...((...)).).))...))))..((.(((((.....(....)......)))))....))..((((......((((((.((.((....))))....))))))))))..)))))))))).........)))).(.....((((...(((((((((.(.(.(((((((((...(.((((((.....)))))).).)))))))))...)))))))...((.(((((...(((((((((..(((((((((..(((......))).....))))))))).....))....((....)).)))))))..)))))..))..))))...))))....).((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((((........)))))))))))...............)))))))...((...((((..((((....))))...))))..))....(((((((((((((....((((((..((.((((((.(...((((........)))).).)).(..(((((((......((....((....((..(.........).).)..............)).)).(((.((((...((((..((((.((((((.........((..((((...))))..))))))))(...((((..(((((((...((...((.....)).))....)))))))..((.(((((.....))))).....)).)))).)))))...))))....)))))))...)))))))...)...)))).))((...(.(.(.........).).........)...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((.(....(.((((((..((((.(....((((....(..((......))..)..)))).)...))))..))))))...)..).))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))..) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((..((((((.(((((((...((((((((((((((((.......)))))...((((.((...(((((((.((.....((((.....((........(((((((.((((((...(((..((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))..........((((.......))))..))))))))...)))..)).))))....(((..((((((((.......)))))))))))..((((((((.((.(((....((((.((((((((((..((....(((((........(((.((((....)))).)))(((((((((.((((((((.....(((((.(((......))).)).)))..((((.(((..(((....)))..))).)))).))))))))........)))))))))...))))).))..)))))))))).))))..))).)).((....))......))))))))....)))))))....(((((...((((...((..(((..(((((((((....((((((((......((((((.....))))))....))))))))...((((((((....((((((((((((..((....(((((((((.((((........))))..))))))))).......(((.((....)).)))....(((.((...((((((((..(((((((.(((((((...((...((((.........))))...)))))))))....(((((.(((....(((((((..((........))..)))))))((((((...(((..(((..((((....(..((((((((((....)))).((((...((((....((..(((.(((.(((.....))))))...(((((((......)))))))........)))..))....)))).....)))).....(((((((....)))))))))))))..)))))..)))..)))...))))))...))))))))....)))))))...)).))))))....)).))).......))...)))))))))))).((((((...))))))...(((((((.........((.(((((.....)))))))...((((.......)))).)))))))..))))))))....)))))))))..)))..))....)))))))))))...)))).......))))))))).....(((((((........)))))))....))))))..)))))...(((((((.........)))))))....))))))))))))).(((((((..((((.(((...((((....))))...((..(((....)))...))...(((....))).))).))))((((.((((.....)))).))))......)).)).)))....(((((((((....)))))))))))))))...)))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
|
|
AGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAUCGCUGGCGGCAGGCUUAACACAUGCAAGUCGAGCGGAACGAUGAUAGCUUGCUAUCAGGCGUCGAGCGGCGGACGGGUGAGUAAUACUUAGGAAUCUACCUAGUAGUGGGGGAUAGCUCGGGGAAACUCGAAUUAAUACCGCAUACGUCCUACGGGAGAAAGCAGGGGAUCAUUAGACCUUGCGCUAUUAGAUGAGCCUAAGUCGGAUUAGCUAGAUGGUGGGGUAAAGGCCUACCAUGGCGACGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACCGGGACUGAGACACGGCCCGGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGGACAAUGGGGGGAACCUGAUCCAGCCAUGCCGCGUGUGUGAAGAAGGCCUUUUGGUUGUAAAGCACUUUAAGCAGUGAAGAAGACUCUUCGGUUAAUACCCGGGGACGAUGACAUUAGCUGCAGAAUAAGCACCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACAGAGGGUGCAAGCGUUAAUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGAGCGUAGGUGGCUUGAUAAGUCAGAUGUGAAAUCCCCGGGCUUAACCUGGGAACUGCAUCUGAAACUGUUAGGCUAGAGUAGGUGAGAGGGAAGUAGAAUUUCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGAAGGAAUACCGAUGGCGAAGGCAGCUUCCUGGCAUCAUACUGACACUGAGGCUCGAAAGCGUGGGUAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGUCUACUAGUCGUUGGGUCCCUUGAGGACUUAGUGAUGCAGCUAACGCAAUAAGUAGACCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUUAAAACUCAAAUGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCCGGUCUUGACAUACACAGAAUCUUGUAGAGAUACGAGAGUGCCUUCGGGAAUUGUGAUACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGUCCUUAGUUACCAGCGGGUUAAGCCGGGAACUCUAAGGAUACUGCCAGUGACAAACUGGAGGAAGGCGGGGACCACGUCAAGUCAUCAUGGCCCUUACGACCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGUAGGUACAGAGGGCAGCUACACAGCGAUGUGAUGCGAAUCUCAAAAAGCCUAUCGUAGUCCAGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUAGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGAAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUUGAUUGCACCAGAAGUGGUUAGCCUAACUUAGUGAGGGCGAUCACCACGGUGUGGUCGAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCCGUAGGGGAAACCUGCGGCGGUUGGAUCACCUCCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(((((...aaa.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((.((...((((....))))....)))).))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....)))).....(((....)))....((((((..((....)))))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...((((.....)))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).<.(((((((...(..((((((((((.......))))))).)))..)....))))))..>)..((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((...{.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{..((((((((((((.....))))))))))))...{{..))}}.....}}}}}}}))).(((......((((....))))....)))...AAA..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..(.....).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))..).(((((.(((((.....))))))))))................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((..............................((((((....))))))..........................................(((((((((((((.....(((((....)))))...............................................))))))))))))).................................................................((((....))))...........(((((............))))).............................(((((.....(((....)))..)))))...))))))................................................................................................(((((......(((((((................))))))))))))........................................((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))))............(((((((....((((((((.....................))))))))....................)))))))............................((((((((......((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...............)))))))..............((((....))))....................((((((((............((((((((....................................................(((((((....))))))).............................................................................................................................................................................................................))))))))...(((((((((..........................................))))))))).........(((((((........)))))))......................................................)))))))).................................................................................................................(((((...................)))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((.......((((((....))))))........)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))...........................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((...)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((.((((((.....))))))...))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(...........)...((((..(((((.((((((.((.....((...........((......(((((((....))))))).......))...................(((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))..........................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)).........((((...((((.....)))).))))))..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((.........................................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))..)))))))))....(((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).))...))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...........((..((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((........(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).....((.(((...((((.(.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...........(((((((........)))))))..........))))))....(((((((.........)))))))...........))))))..............))...((((.(((..(((((((.((((....(.((((..(((..((...)).))).)))).)...)))).)))))))..))).))))...............(((.((((((.....))))))...))).............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((..((((((((......(((.((((((((..............................)))))))).))).............(((((......................................(((.(((((....))))).)))..........)))))...........((((((..((....))))))))...........................(((..((((((((.......)))))))))))..............))))))))...)))))))).....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).........................((((((....((((((((((..(((((((((((....((((((...........................(((((....))))).(.......)((((((((................................((((((.((.((....))))....))))))...................................(((((...(((((((((((.(((((((((((...(.((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))))..((((((((...(((((((.(..((((((((...(((........)))....))))))))..................).)))))))..)))).))))...)))...)))))...((((((((.((...((((.........)))))).))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))((.......))....)))))))........((((..((((....))))...))))..((((.((((((.((.(((((..................(((((..((((........))))))))).........................(((((((....)))))))((((((................))))))......((((....))))(((..............................)))..........(((((((((((.((.((.......)).)).))..)))))))))((.(((((.....))))).))...)))))..)).)))))).))))..(((((((.......)))))))...........(.(((((((((...((((...((..((((....))))..))...)))).....))))))))).).......(((((((........)))))))....................(((((((.........))))))).....))))))))))))))..))))))......((..(((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((..........))))))))))..)))))))))))))..))).))))).....................(((.....)))))))))))))))))))))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.......))))).((((.(.((((.(((((((((....(((.(((..(((..((...(((.((((((....))))))..)))...)))))......(((......(((((((..((...(((((((((.((....(.(((((....))))).).....)).).....(((....)))....((((((..........))))))))))))))..)).))))))).......(((..((((((((.......)))))))))))...........((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...((((.....)))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...(.(...(((((((.......)))))))...)..)....))))).......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))).))))).......((((((.....((((((.(.(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))...))))..)))))...((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((.....))))))))))))...((....)).....)))))))))))))((.....((((....))))....)).........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........((.((((........(((((..(((((((....))))))).(.((....)).)))))).....((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))....)).).)))...))))))))....)))).))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((....(((((((........))))))).......)))))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..((((((((((((....((((((.(((............)))))))))...))))))))))))..))).))))....))...)((((..(((.((.(((....))))))))(((......))).)))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((..(((((((((((((((((.((((((((............((((.......))))...)))))))).)))).)).....((..(((((.((.......((.((((......)))))).((((....(((.(((((....))))).)))...)))))).)))))..)).......((((((..((....))))))))....................((.....(((..((((((((.......)))))))))))..))))).......))))))))...))))))))((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))))...............((((((....((((((((((..((((((((((((...(((((((..............((........))(((((....)))))((.......))(((((((.....................(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((.............(((((((.....(((((...(((((((((((.(((((((((((...(.((((((.....)))))))..)))))))))..))))))))))..((((((((...(((((((.(..((((((((...(((........)))....)))))))).....((.........))).)))))))..)))).))))...)))...)))))...((((((((.((...((((.........)))))).))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))((.......))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))..((((.((((((.((.(((((...((.(((...((..(.(((((..((((........))))))))).........................(((((((....)))))))((((((................))))))..)...((((....))))(((((((....)))((.(((......))))).))))))...)))))(((((((((((.((.((.......)).)).))..)))))))))((.(((((.....))))).))...)))))..)).)))))).))))..(((((((.......))))))).......(((...(((((((((...((((...((..((((....))))..))...)))).....)))))))))))).(....(((((((........))))))).......)....))).....(((((((.........))))))).....)))))))))))))).)))))))....((((..(((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((.((...))..))))))))))..)))))))))))))..))).)))))...)).....((((..(((....)))..))))))))))))))))))))))))).. |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((..((((((((((((((((((...(((((((.(((.((...((((..((..(((.((((((....))))))..)))))..))))...)).)))......(((.(((......)))))).(((.((..(((.(((((....))))).)))...)).)))...(((....)))....((((((..........)))))).........)))))))..)))))....(((..((((((((.......)))))))))))..)))))).......)))))))...))))))).((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))))...............((((((....((((((((((..((.((((((((......(((((..(((((((((.((.(((((.....))))).....((((((((....).))))))).((((((....(((........))).((((.((((.....((..(((.((...((...))...)).)))..)))))).)))).....(((((((.....(((((...((((((((((((..((((((((....((((.(((.....)))))))...))))))))...))))))))...((((((((...(((((((......((((((...(((........)))....)))))).((....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((..((((((((.((.(((.(((((.((..(((.((((........))))...((......))((((((....(((....(((((((....))))))))))...))))))....)))..)).))))).))).))))).....((((((.........(((.(((......)))))))))))).........((((((((...((..(((......)))))....)))))))).((.(((((.....)))))))....)))))..)).))))).))))))...))..)))))))))))))))))))))))).((.(((((((((...((((...((..((((....))))..))...)))).....))))))))).))......(((((((........))))))).......((((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))))(((((..((....))..)))))((((.((..((..((((((((((((....((((((.((((.((...))..))))))))))...))))))))))))..)).)))))).(((((....((((..(((....)))..))))))))))))))))))))))))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((..((((((((..........((((((((..........................[[[[))))))))]]]]............................(((((((.......((((((((..........(((((....)))))................(((....)))....((((((..........)))))))))))))).....))))))).......(((..((((((((.......)))))))))))..............))))))))...))))))).((((.(((((.((.......))))))).((((....))))......))))...............((((((....((((((((((..(((((..(((((...((((((......................(((((..........((((((.......))))))<<<.........)))))..................(((((((((.((....)))))...)))))).......................(((((((.....(((((...((((((((((((..(((((((((...((.(((((.....)))))))..)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..))))...)))))...((((((((.((...((((.........)))))).))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))..((((.((((((((..(((((..................((((...((((........)))).)))).........................(((((((....)))))))...((....))....................((.((((....)))){{))(((....)))...(((......))).....}}...........((((((((...((..(((......)))))....))))))))....(((((.....)))))......)))))..)).)))))).))))..(((((((.......)))))))........((....((((((((...((((...((..((((....))))..))...)))).....)))))))).)).......(((((((........))))))).......(((..........(((((((.........))))))).....>>>)))..))))))...)))))....((...((((.(((..((((((((((((....(((((..((((..........)))).)))))...))))))))))))..))).))))....)).....((((..(((....)))..))))))))))))))))))))))))).. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(..((((((((...)).......................................((.((.(((...(((....)))...).))))..))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(.((....)).).................((....)))))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...)))).....((((.(((.....)))))))...(((....)))...................(((...(.(((....)))).))).....((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(..((.((((..............)))).))..)....)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..........)..........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.(((((((((((.......)))))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))....(((.((....))..((.((((...(((((..((((...(...))))))))))................(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))....)))).)).)))..(((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((....((((((.(((((((.......)))).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....))))))))..................................................((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))).............((((((........)))))).....................(((((((.........))))))).............(((..((....))..)))......(((.(((..(((((((((((((...((((((.((((.((...))..))))))))))..)))))))))))))..))).)))................(((.((((((.....))))))))...))))))))))..... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(..((((((((...))).................................(((..((.((.(((((((((....))))))).)).)).)))))................((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....((((....)))).........................))))))))..)).)))))).((((((((((..((((((((.(...).))))))))))))..))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......(((.....))).(((...((.((....)))).)))...((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((.(((((.(....(((.....................).))..)....))))).)))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..........)))........................((((......(((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))))).))))..(((((((.(((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....)).....(....)..)))))..(((((((......(((((.....(....).(((((..((...((((.........))))))..))))).((((.......(((((((.(((((((((.((......)))))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))).............)))))......)))))))..(((..(((...)))..))))))))))...(((((((..((((((..(((((((....)))))))...((....))..)))).)).................((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((...(((((((((.((((((.....)))))).))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))))))))).........................................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...........(((((..((....))..)))))....(((.(((..((((((((((((....((((((.((((.((...))..))))))))))...))))))))))))..))).)))...............((((.((((((.....))))))))...))))))))))..... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((..((((((((((((((((((...(((((((.(((..(...((((..((..(((.((((((....))))))..)))))..))))...)..)))......((.((((......)))))).(((.((..(((.(((((....))))).)))...)).)))...(((....)))....((((((..........)))))).........)))))))..)))))....(((..((((((((.......)))))))))))..)))))).......)))))))...))))))).((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))))...............((((((....((((((((((..(.(((((((((......(((((..(((((((((..(............).(((....)))(((((....))).))(...((((((.(((((((((..((..(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..((((...((((.....))))))))....(((((...((((((((((((..((((((((....((((.(((.....)))))))...))))))))...))))))))...((((((((...(((((((.....(((((((...(((........)))....)))))))((....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..))))))).....(((((........)))))(((((((.....)))))))))..)))))))))..(.....).............((((..((((....))))...))))........(((((((..(((((...(((.(((.(((((.((..(((..(((........)))((.(((......)))))..............(((((((....)))))))................)))..)).))))).))).))).......((((((.((....)).(..(((......))).).)))))).........((((((((...((..(((......)))))....)))))))).((.(((((.....))))).))...)))))..)).))))).))))))....)..)))))))))))))))))))))))).((.(((((((((...((((...((..((((....))))..))...)))).....))))))))).))......(((((((........))))))).......((((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))))(((((..((....))..))))).(((.((..((..((((((((((((....((((((.((((.((...))..))))))))))...))))))))))))..)).)))))..(((((....((((..(((....)))..))))))))))))))))))))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..(((((..(((...((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((....................................((((.......(((......((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)............(((....)))....................)))))))..)).)))))).....)))(((..((((((.(((....))))))))))))...........))))((((....)))))))..(((...(((((.(((.....))))))))..(((....)))))).))))))........((((...(((((...))))).))))))).))))))((((((......(((((..))))).....)))).(((.(((((.........................................))))).))).........))...(((((((((.((....)))))...))))))......))))))))))((.....(..(((((.....(((....(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))....)))....(((((((..((...((((.........))))))..))))))).....))...(((((((.((...(((((((.....)))))))...))...((....))....))))))).)))..).((((..((((....))))...))))........(((((.(((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((................((((((....)))))).......................(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))))...))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....((...((...(((....)))...)).....)).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))))))).))..)))))((.(.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((.))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))..).))........((((..(((((.....)))))....))))))))).))).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((...((.((((....)))).))...))..)))((......(((.......(((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))))....(((....)))....((..................)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...(((.....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((...(................................)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))((....))..(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((...)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((.((((((.....))))))...)))((....)).)))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.......)))))...(((.((((((((((..((((((((...(((..((((..((..(((.((((((....))))))..)))))..)))).....(((((.((...((((((.(((((....(((((((....(((.(((((....))))).)))...)))).))).(((....)))....((((((..........)))))).....)))))...))))))((((((((((((..(((((((.......)))))))((....)).....))))))))))))...((((.((..((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))).)).))))((((((.(((.......((((.(((((((((.(((..((((...((((((....((((.....((((.....((((((((((....))))).((((.....((....)).))))....)))))......(((....)))..(((((((((.((....)))))...)))))).))))..(((((.((((((....(((((((.....(((((...((((((((((((..(((((((((...((((.((......)).))))..)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((......)))......))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...((((((.(((...((((((.......)))).)).))))))))).))))))..)))))....))))......))))))......(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))))..))).)))))))))..))))(((((((((....)))...(((......)))...))))))....))))))))).)).))))).))).)))))))).((....)).......)))))))))))))...(((((...........(((.((.(((((((...((((((((.....((((((..(((..(((((...(((((((...((((...((..((((....))))..))...)))).....)))))))))))).....((((....(((((.(((((((((((.....((((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))))(((((..((....))..)))))......))))).)))))))))))))))..)))..))))))......))))))))....(((((...))))).))))))))).)))..(((((....((((..(((....)))..)))))))))..........)))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..(((((..((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((.................(((((....)))))............((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((.........................................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((........)))....))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........(((((...((((((....))))))....((....))..)))))....(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))))...))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..........))).)))).)...))))..))))))..))).)))).)))).........((((.((((((.....))))))...))))))))).))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.......)))))...(((.((((((((((..((((((((...(((..((((..((..(((.((((((....))))))..)))))..)))).....(((((.((...((((((.(((((....(((((((....(((.(((((....))))).)))...)))).))).(((....)))....((((((..........)))))).....)))))...))))))((((((((((((.((((((((.......))))))))(....)......))))))))))))...((((.((..((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))).)).))))((((((.(((..(.....(((.(((((((((.(((..((((...((((((....((((.(...((((.....((((((((((....))))).((((.....((....)).))))....)))))......(((....)))..(((((((((.((....)))))...)))))).))))..(((((.((((((....(..((((.....(((((.(.((((((((((((..(((((((((...((((.((......)).))))..)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((.(.(((......)))....).))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..)))).).)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))...((((((.(((...((((((.......)))).)).))))))))).))))))..)))))..).))))......))))))......(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))))..))).)))))))))..))).(((((((((....)))...(((......)))...)))))).)..))))))))).)).))))).))).)))))))).((....)).......)))))))))))))...(((((..(((((....).)))).(((((((...((((((((.....((((((..(((..(((((...(((((((...((((...((..((((....))))..))...)))).....)))))))))))).....((((....(((((.(((((((((((..((.((((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))))(((((..((....))..)))))..))..))).)))))))))))))))))..)))..))))))......))))))))....(((((...))))).)))))))..(((..(..(((....((((..(((....)))..))))...)))..)..))).)))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(..(((((...((((.((((.(.((((.((((((..((...(((.(((..................................................................................................................................................................................(..(((.(((...(((((((.......))))))).)))...)))..)(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...))).))....((((((....((.....)).).)))))...))))))..((((.(.((...(.....).)).)...)))).((..(((((...(.(...........................).....).)))))..))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))).))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((.(((((...(.((((((.....)))))).).))))).)))...))))))))...(((.((((...(((((((.(..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....).....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....((((((((((((.((((((((((((.....))))))))))))...............)))))))..(.(...((((..((((....))))...))))..).)...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.((.((((......(........(((..((....))..)))....................).(((.((((..(((((..(((..((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((...((...((......)).))....)))))))..((.(((((.....))))).....)).)))).).)))...)))))...)))))))...)))).))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((.(..(((((((........))))))).....).)).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(.......(...((..........)))......)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((.((((((.....))))))))...).)))))...))).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(..(((((...((((.((((.(.((((.(((((((((.(..(((.(((...(((..............................................((.(((.(.(....).)..))).))....))).((.(....(..(....(........(..(((.(....)....)).).................(.......)...).......)....)..).(..(((.(((...(((((.(.......).))))).)))...)))..)(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))).)).........)))...)))...)....(((((....((.....)).).))))))).))))))..((((.(.((...(.....).)).)...)))).((..(((((...(................................)....)))))..))...(((((.......(((((.((.((....))))....))))).))))).)))).))))).........))))((.....(((....(((((((((((.(.(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))...(((.((((...(((((((.(..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....).....((....)).)))))))..))))..)))..))))....)))....))((((........((((.........)))).....))))(((....((((((((((((.((((((((((((.....))))))))))))...............)))))))..(.(...((((..((((....))))...))))..).)...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.((.((((......((..(.(...((((((....))))))...............)..).)).(((.((((..(((((..(((..((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((...((...((......)).))....)))))))..((.(((((.....))))).....)).)))).).)))...)))))...)))))))...)))).))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((.(..(((((((........))))))).....).)).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((....(.((((((..((((....(((((...(((...(....).)))..)))))...))))..))))))...)..))))..))))).....)))(((.((((((.....))))))))...).)))))...))).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((.........................(((..((........))..))).......((((((....))))))........................................................((..(((((....)))))..))............(((....)))....((((((..........))))))...................((((((((((((.((((((((.......))))))))(....)......))))))))))))....))))))).((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))).........)))...((((((....((((((((((..((((((.(((((.(.((((((...........................(((((....)))))..........((((((((.......(((((((......(((....)))..(((((((((....(((.(((((((...((...............))...))))))))))......(((((.(.((((((((((((..((((((((....(((.((((.....)))))))...))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((.(.(((........)))..).))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..)))).).))))).........((((((..((((.........))))(((((((....(((((.....(((((((.((((.(((((((.....))))))).))))...((....))....))))))).(((((..((((..((((....))))...))))...(((.((((((((..(((((...(((.(((.(((((.((......................(..((......)).)........(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))...)).))))).))).))).......(((((((((....)))(..(((......))).).))))))........(((((((((...((.((.......)).)).....)))))))))...(((((.....)))))......)))))..)).)))))).))).)).)))..)))))....))))))).....)))))).......))))))))).)))))))...((((((....................(((..............(((((((........)))))))......))).))))))....(((((((.........))))))).....)))))))))))))).).))))))))......((((..((..((((((..((((....((((((.((((..........))))))))))...))))..))))))..))..))))............)))...((((((.......)))))).)))))))))))))))).. |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((..((((((((((((((((((...(((((((.(((......((((..((..(((.((((((....))))))..)))))..))))......)))....................(((((((.(.((..((..(((((....)))))..))...)).).....(((....)))....((((((..........)))))).))))))).)))))))..)))))....(((..((((((((.......)))))))))))..)))))).......)))))))...))))))).((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))).........)))...((((((....((((((((((.....((((((((......(((((..(((((((((.((.......((((((((((....)))))..........((....)).........))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..)).......((.....(..((((.....(((((...((((((((((((..((((((((....((((.((......)).))))...))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((......)))......))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((..(..((((.....))))..)..)))...((....))....)))))))))))..).((((...(((....)))....))))..((((.((((((((..(((((.......(((..((((.(((......)))))))..)))......((((((((((.((((((...(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).....(((((((...(((....((..(((((((((....)))...(((......)))...))))))...))....)))..))).)))).....))))))))))).....)))))...((.(((((.....)))))))....)))))..)).)))))).)))).....)).))))))))))))))))))))))(((((.(((((((((...((((...((..((((....))))..))...)))).....))))))))).((...((((((((((........))))))).......((((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))))(((((..((....))..)))))...((((..((..((((((..((((....(((((..((((..........))))....)))))))))..))))))..))..))))..)))...))...)))))(((((((.....))))))).)))))))))))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
|
|
UUUUAUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUCGAGCGAACGGACGAGAAGCUUGCUUCUCUGAUGUUAGCGGCGGACGGGUGAGUAACACGUGGAUAACCUACCUAUAAGACUGGGAUAACUUCGGGAAACCGGAGCUAAUACCGGAUAAUAUUUUGAACCGCAUGGUUCAAAAGUGAAAGACGGUCUUGCUGUCACUUAUAGAUGGAUCCGCGCUGCAUUAGCUAGUUGGUAAGGUAACGGCUUACCAAGGCAACGAUGCAUAGCCGACCUGAGAGGGUGAUCGGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUAGGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCAACGCCGCGUGAGUGAUGAAGGUCUUCGGAUCGUAAAACUCUGUUAUUAGGGAAGAACAUAUGUGUAAGUAACUGUGCACAUCUUGACGGUACCUAAUCAGAAAGCCACGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGUGGCAAGCGUUAUCCGGAAUUAUUGGGCGUAAAGCGCGCGUAGGCGGUUUUUUAAGUCUGAUGUGAAAGCCCACGGCUCAACCGUGGAGGGUCAUUGGAAACUGGAAAACUUGAGUGCAGAAGAGGAAAGUGGAAUUCCAUGUGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAGAUAUGGAGGAACACCAGUGGCGAAGGCGACUUUCUGGUCUGUAACUGACGCUGAUGUGCGAAAGCGUGGGGAUCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGAGUGCUAAGUGUUAGGGGGUUUCCGCCCCUUAGUGCUGCAGCUAACGCAUUAAGCACUCCGCCUGGGGAGUACGACCGCAAGGUUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGACCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAAAUCUUGACAUCCUUUGACAACUCUAGAGAUAGAGCCUUCCCCUUCGGGGGACAAAGUGACAGGUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAAGCUUAGUUGCCAUCAUUAAGUUGGGCACUCUAAGUUGACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACAUCAAAUCAUCAUGCCCCUUAUGAUUUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGACAAUACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGUCAAGCAAAUCCCAUAAAGUUGUUCUCAGUUCGGAUUGUAGUCUGCAACUCGACUACAUGAAGCUGGAAUCGCUAGUAAUCGUAGAUCAGCAUGCUACGGUGAAUACGUUCCCGGGUCUUGUACACACCGCCCGUCACACCACGAGAGUUUGUAACACCCGAAGCCGGUGGAGUAACCUUUUAGGAGCCAGCCGUCGAAGGUGGGACAAAUGAUUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((((....((((((....))))))....)))))))))......(((......((((((((..((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))......(((((((((....)))))))))......((((((...)))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.....((((((((......)))))))).....)....))))))..)...((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).))))))))))..........(((((.....((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[..(((((((((((((....)))))))))))))...[[..))]].....]]]]]].))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....)))))))..((((....)))).))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((...((((((((..((((((((((((....((((((..(((..(((...))).))).))))))...))))))))))))..))))))))....))..))....((((((((((....))))))))))...............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((((.(((((((((((...))))))...(((((((.(((((.......)))))..))).))))..)))))..((((....)))).....(((((.((((.((((((((.((.....((((.....)))).(((((((((.((....((((((....))))))......((((((((..(((((((((....)))))))))...............((((((((((((..((....(((((((((....((((((((((..(((((....)))))..(((.....(((...((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))).((((...((((((.....((((....))))(((((((...((.(((....))).))..((((....))))......))))))).....)))))).((.(((((((........)))))))..))......))))........)))...)))))))).))....)))).)))))..))..))))))))).))).)))))))).......(((((((...(((.(((((..(((((((((..((..(((.......((((((.....)))))).....)))..))...)))))))))..((((((((..((((..(((...((((((((.(.(((........)))..).))))))))...))).(((.((....)).)))))))..))))).)))...((((((.(((((....((((((..................((((.((((((((((((((.......(((((((.((..(((((((((....)))))))))..))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...((.(((....)))))...)))))).((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((....(((((....)))))...(((((....)))))))))).)).(((.((.((((((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((...(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))).......))))))))))))..))))))).......)))))))....)))))..)))..))))..((...(((....)))...))...))))))..(((.((((.(((((.....(((((((........)))))))...))))))))).))).....))))).))))))...))))))))..))))))))).)))))))))...)))))))))).((((.(((..((((((..(((((((...((((((.....((.....))..))).))))))..))))..))))))..))).))))..)))))))))...((((((((((....))))))))))......))))....) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((..............................((((((....)))))).............................(((((((.......(((((((.((((.....((((((....))))))......))))..................................................)))))))....))))))).((((((......((((((((.......))))))))......))))))..((((((((....)))...)))))....(((((............))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))..)))))))................................................................................................(((((....................................)))))..................................................................((((((.....))))))................................................((((((((.....................)))))))).....................................................................((((.........)))).....................(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((.................(((((....)))))..................................................................................................(((((((.((((............))))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((...............(((....))).................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((........................................))))))))))))........................((((((((((....))))))))))............... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((........((((((....))))))........)).))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))).)....................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((...((((((....))))))...)))).)))))......(((.......((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))......(((((((((....)))))))))......((((.......)))).)))))))..)).))))))........(((..((((((((.......)))))))))))...........((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)....((.(((...(((((....))))).))))))).))))))..(((.......((((....))))......)))....((((((...(.....(((((((........))))))).....)....))))))......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))..........(((.....(.((((.(.(((.(((((((.(((((((((.......((((((.....)))))).....)))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...))))..))))....((((((....(...((((.........))))...).))))))..........((((((..(((((((((((((....)))))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.................(((((....)))))....((((....))))...........((.((((..((((((..((..(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))...))..).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((...((..(((...))).))..)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))............... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.((((((...))))))))))..((((.(((((.......)))))..))).)((.((((...((((((....))))))...)))).))....((((((((.......................((((((((((.....((((((....)))))).((((.(((((((((.(((((((((....)))))))))...............((((((((((((.(.(....((((((((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))...((((((((((....))))....(((..............(..(((((((((((((((((.(.......).))))))....(((((...(((((....))))).))))).......((....)).......))))..)))))))....)((((..((((((...(..((.(((((((........)))))))..)).)....))))))))))..))).))))))...........))))).))))..)..))))))))))).))))))))))).))))............(((((((.(((((((((((.(((((((((..(....((((((.....))))))....))))))))..))))))))))..((((((((...((((((((...((((((((...(((........)))....))))))))...))......((....))..))))))..))))).)))...))).)))))))...(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))().((....))....)))))))((((((..((((.(((((....)))))..))))((((((..((.((((...((((....))))..........(((((..((((........))))))))).........)))).))))))))(....(((((....)))))...(((((....)))))).......))))))......((((((.....(((((((((....)))((.(((......))))).))))))))))))....(((((((.(((((.(.....).).))))..)))))))..((.(((((.....))))).))..((..(((((((.......)))))...))))..............................(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....))))))).(((((.....(((((((........)))))))...)))))(((.((......(((((((.........))))))).....))))))).))))))))......)))))))).((((.(((..((((((..(((((...(.((((((..(..((.....)).))).)))).))..))))..))))))..))).))))(..((.......))((((((((((....))))))))))..)............ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((...................(.((....)))................................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......((((((((......))))))))......................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(...(.(....................)..)..)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))...((........)).))))).)).(((.((((...((((((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))......(((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((......((((((........)))).).)....)))))................(((((((..((...(((((((((.((.....((((((....))))))......)).)......(((((((((....))))))))).....................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((....(.((((....)))).)...))))...(.(((((...(.......(................).......)....))))).).....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((..((((((....))))))...((.......))).))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.((((((...))))))))))...(((.[[[[)))......]]]]..(((.....[[[[)))((((((....))))))...]]]].(((((.((((((((........((((.....)))).(((((((((((((...((((((....))))))(((((((((((((((.(((((((((....)))))))))....((((...))))..((((((((((........(((((((((.........((((((((.......))))))))((((........((((((((((....))))....(((....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).......((((...((((((.....((((....))))(((((((......(((....))).....((((....))))......))))))).....))))))....(((((((........)))))))..........))))........))).))))))......)))).)))).)))))......))))))))))...)))))))))...))))))(((((.......(((((..(((((((((..(((((((.......((((((.....)))))).....)))))))...)))))))))....((((((........(((...((((((((...(((........)))....))))))))...))).(((..........)))......))))))......((((((.(((((....(((((((((......)))......((((....(((((((((((...(((((((((((.(((((((((((((....))))))))..............))))).)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).)))).(((....))).....)))))).((((((((((((..((((........))))))))....(((((((........(((((....(((((....)))))...(((((....))))))))))....(((....((((((((((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((.((((............))))..))))))).(((.(((((.....))))).....))))))))))))).......))))))).)))...)))))))......))))))))....))))).......)))).......(((....)))........))))))..(((.((((.(((((.....(((((((........)))))))...))))))))).))).....))))).))))))...))))).....))))))))).))))))))).....)))))))).((((.(((..((((((..(((((((...((((.......(((...))).....)))))))..))))..))))))..))).))))..)))))....(((((((((((((....))))))))).....))))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((..(.((((((...)))))).).(((((((.(((((.......)))))..))).))))((((...((((((....))))))...)))).(((((.((((((((.((.....((((.....)))).(((((((((.((....((((((....)))))).((((.(((((((((.(((((((((....))))))))).....(((...))).((((((((((((..((....(((((((((....(((..((((((((.......))))))))))).((..(((...((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))))))...)).((((.((((((((.(((((((....((....)).....)))).)))..)))..))))))))).((..((((....((((..((((((......((.(((((((........)))))))..))......)))))))))).(((....)))...))))..)).)))).)))))..))..))))))))).)))))))))))).))))..(((((((...(((.(((((.((((((((((..(((((((.......((((((.....)))))).....)))))))...))))))))...((((((((..((((..(((...((((((((...(((........)))....))))))))...))).(((.((....)).)))))))..))))).)))...((((((.(((((..((.(((.((((...((((.........))))...((((...((((...(((((((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).))))))))))))((((....))))((.((((((((((((......))))...((((..((((.(((((...((((...(((((((....(((((....)))))...(((((....)))))))))).)))))))))))...)))).)))).((((((.((((((((.....(((......)))(((((((((...........)))).)))))...((((((.(((((...))))).)))).))(((((.....)))))........(((.((((..........)))).))))))))))).))))))...)))))))).))..(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....))))))).(((((((...(((((((........))))))))).)))))).))).)))))..))))).)))))).))))))))))..))))))))).)))))))))...)))))))))).((((.(((..((((((..(((((((...((((((.....(((...)))..))).))))))..))))..))))))..))).))))..)))))....(((((((((((((....))))))))).....)))).)))))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....((((((..............((((....(((((.......)))))......)))).......((((((....)))))).........((((.((((((((.......(((((((.((........[[[..........((((((....))))))......(((((((((.(((((((((....)))))))))...............((((((((((((..((....(((((((((.........((((((((.......))))))))(((...........((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))........((....))......((((....)))).......((((..((((((.........(((((((........)))))))..........))))))))))...................))).))))).))))..))..)))))))))).))))))))))).................(((((((.(((((((((((...(((((((.......((((((.....)))))).....)))))))....)))))))......(((((...((((((((...((((((((...(((........)))....))))))))...)))..((.((....)).)))))))..)))))......)))).))))))).........(((((...{{{.....))).))}}})).)))))))...........((<((((.(((((((((((((....)))))))))))))...((....))....))).>)).(((((..((((.(((((....)))))..))))(((((...........aa((((....))))...aaaaaaa(((((..((((........)))))))))...aaaaaaa.......))))).....(((((....)))))...(((((....)))))........))))).......(((((......(((((((((....)))...(((......)))...)))))).)))))....(((((((..((..............)))..))))))).....(((((.....)))))............((((.......))))............AAAAAAA.......AAAAAAA.....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....))))))).((((......(((((((........)))))))....))))............(((((((.........)))))))..............AA]]]........)))))))).((((.(((..((((((..((((......((((((.....((.....))..)).)))).....))))..))))))..))).))))..)))).........(((((((((....))))))))))))))).))))..... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.((((.(.((((((....)))))..)))))).))...................(((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......(((((.(((....))).)))))......((...........))))))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))..................(((...(((((....))))).)))...((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(...(((((((............))))).))..)....)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..........)))........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)).......(((....)))....(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...(((....)))..))))).)..................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((((.....)))).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................))))))).......))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((...))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((.((((.................(((((.......))))).......((.(((((.(((((((....)))))))).)))).))..................((((((((..(((.((.((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((((((((((....)))))))))).)...((...))........)))))))).))))))))))).......(((..((((((((.(...).)))))))))))....((((((.((((((((....))))...))))....(((((.(((.....))))))))..(((....))).................(((((...(((((....))))).)))))....(((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((..((................................))...)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).....................................(((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).))).....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))...........((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))).(((((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))....................(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((((((.......((((((..(((((((....)))))))..((((....)))).))))).).............(((.((((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((...(((((((.((((((((...)))).))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))))))))))...................))))))).......)))))))......((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....))))))............(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))..................((....))..))))))..((((.(((..(((((((((((((...((((((..(((..(((...))).))).))))))..)))))))))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..(.((((((...)))))).).(((((((.(((((.......)))))..))).)))).......((((((....))))))...((((.(((((.((((((((.((.....((((.....)))).(((((((((.((....((((((....)))))).((((.(((((((((.(((((((((....))))))))).....(((...))).((((((((((((..((....(((((((((....((...((((((((.......)))))))).))...........((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).........(((.....)))(....((((....))))..)............(....).......((((....)))).......((((..((((((......((.(((((((........)))))))..))......))))))))))..(...((........))..)..)))).)))))..))..)))))))))).))))))))))).))))..(((((((...(((.(((((.(.((((((((..(((((((.......((((((.....)))))).....)))))))...))))))))...((((((((..((((..(((...((((((((...(((........)))....))))))))...))).(((.((....)).)))))))..)))))).))...((((((.(((((..((..((..(.....((((.........))))....(((...(((........(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))......)))))).((((....)))).(.((((((((((((......))))...((((..((((.(((((...((((....((((((....(((((....)))))...(((((....)))))))))).).)))))))))...)))).)))).((((((.((((((((.....(((......)))...................(((((((.((((............))))..)))))))..((.(((((.....)))))))......(((.((((..........)))).))))))))))).))))))...)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....))))))).(((((((...(((((((........))))))))).)))))...)..)).))..))))).))))))..)))))))))..))))))))).)))))))))...)))))))))).((((.(((..((((((..(((((((...((((((.....(((...)))..)).)))))))..))))..))))))..))).))))..)))))))))...((((((((((....)))))))))).....)))))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..(....((.((((....)))).))....)..)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((....)))............((...........)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(................................)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..))))))).(....)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((((((((((.........)))))))...)))))...)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..(((..((.....)).))).))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..(((..((..(....((.((((....)))).))....)..)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((....)))............((...........)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(................................)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..))))))).(....)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((......))..))))).)))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..(((..((.....)).))).))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.........(((((....))))).........)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((....)))............................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((.......((((((.....)))))).....))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((......))..))))).)).(((.(((....((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))......(((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((............))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))..... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.........(((((....))))).........)).((......(((.......(((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......))........((((.((((....)))).))))......................)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((.(.(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..)(((((((((((....))))...........((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........(((((..(((((((....)))))))...((......))..)))))....(((.(((((.((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))((...((((.(((((((...((..((......))))....)))))))......((((.....))))))))...))...)))))))))).))......))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((............))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))......((((((((((....))))))))))......))))..... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(((((((((((...))))))...(((((((.(((((.......)))))..))).))))..)))))((((((....))))))...(((((.((((.((((((((.((.....((((.....)))).(((((((((.((....((((((....)))))).((((.((((((((..(((((((((....)))))))))...............((((((((((((..((....(((((((((....((((((((((..(((..(((((...((.(....)..))...)))))..((((..((((.((((.((..((((...(((.(((...)))))).((((....))))....))))..))..((((((.....((((....))))(((((((...((.(((....))).))..((((....))))......))))))).....)))))).((.(((((((........)))))))..)).))))))))..))))...)))...)))))))).))....)))).)))))..))..))))))))).))).)))))))).))))..(((((((...(((.(((((..(((((((((..((..(((.......((((((.....)))))).....)))..))...)))))))))..((((((((..((((..(((...((((((((.(.(((........)))..).))))))))...))).(((.((....)).)))))))..))))).)))...((((((.(((((....((((((..................((((.((.(((((((((((.......(((((((.((..(((((((((....)))))))))..))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...((.(((....)))))...)))))).((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((....(((((....)))))...(((((....)))))))))).)).(((.((.((((((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((...(((((((.((((..(.....)...))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))).......))))))))))))..))))))).......)))))))....))))).))....))))..((...(((....)))...))...))))))..(((.((((.(((((.....(((((((........)))))))...))))))))).))).....))))).))))))...))))))))..))))))))).)))))))))...)))))))))).((((.(((..((((((..(((((((...((((((.....((.....))..))).))))))..))))..))))))..))).))))..)))))))))...((((((((((....))))))))))......))))..... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................((.(.(.(..(.......((.((.....(.......(............)....).....(.((.(.(....(((((...(...(((........................(...)...(....).....)))...).)))).).((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..)))...)....))...))........((((((....(((....))).).)))))..)).......((((.((((...((...)).))))...))))(.....((((...(................................)....))))....)...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))........)...............((.....((((...(((((((((((.(.((..(((.......((((((.....)))))).....)))..))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((((........)))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.........(.(((....))).).......................)).(((.((((..(((((...(((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(.(((.....))).).....))))))).))))....)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....(((....((...(......).))...))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))..........).)..) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((.((...(((.(((..((((....(............(..........)...)...))))...(.((.((((....((((((...((...(((((((.((((.(...((((((....)))))).)....)))).....(((....(.(.....).)....)))....(.............).)))))))..)).)))))).((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.((((...((...)).))))...))))..((.(((((....(..................................).)))))....)).(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((((((.......((((((.....)))))).....)))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((((......))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((((.((....(.(((....))).)...((((......)))))).)).)).(((.((((..(((((...(((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((...((...(......).))....))))))).(((.(.(((.....))).).....))))))).))))....)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((....(.((((((..((((.(....(((....((...(......).))...))).)...))))..))))))...)..))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((......(((((.....)))))...(((((((.(((((.......)))))..))).)))).......((((((....))))))...((((.(((((.((((((((.((.....((((.....)))).(((((((((((((...((((((....))))))......((((((((..(((((((((....)))))))))...............((((((((((((..((....(((((((((....................................................((((..((((...........((((..(((.....))).)))).((((....))))..............((((((.....((((....))))(((((((...(..(((....)))..)..((((....))))......))))))).....)))))).....((((((........))))))..........))))..))))........................)))).)))))..))..)))))))))).)).)))))))).........(((((...(((.(((((...((((((((..((..(((.......((((((.....)))))).....)))..))...))))))))...((((((((..((((..(((...((((((((.(.(((........)))..).))))))))...))).(((.((....)).)))))))..)))))).))...((((((.(((((.....((((...................((((.((((((((((((((.......(((((((.((..(((((((((....)))))))))..))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))......(((....))).....)))))).((((((((((....((((........))))..))....(((((((......(((((((....(((((....)))))...(((((....)))))))))).))..((.((.((((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))..........(((((((.((((............))))..)))))))..(..(((((.....)))))..)........))))))).......)))))))))))...)))))))......))))))))....)))))..)))..))))..((...(((....)))...))....))))...(((.((((.(((((((...(((((((........))))))))).))))))))).))).....))))).))))))...))))))))..))))))))).)))))))))...)))))))))).((((.(((..((((((..(((((((...((((((.....(((...)))..))).))))))..))))..))))))..))).))))..)))))))))....(((((((((....))))))))).......))))..... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.((.((((((...)))))).))(((((((.(((((.......)))))..))).))))...((..((((((....))))))...(((((.((((.((((((((.((.....((((.....)))).(((((((((((((...((((((....)))))).((((.((((((((..(((((((((....)))))))))...............((((((((((((..((....(((((((((....((((((((((..(((..(((((.......(((....)))..)))))..((((..((((.((((.((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)).))...((((((.....((((....))))(((((((......(((....))).....((((....))))......))))))).....)))))).((.(((((((........)))))))..)).))))))))..))))...)))...)))))))).))....)))).)))))..))..))))))))).))).)))))))).))))....(((((...(((.(((((..((((((..(..((..(((.......((((((.....)))))).....)))..))...)..))))))..((((((((..((((..(((...((((((((...(((........)))....))))))))...))).(((.((....)).)))))))..))))).)))...((((((.(((((..((...(((((................((((.((((((((((((((.......(((((((.((..(((((((((....)))))))))..))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...((.(((....)))))...)))))).((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((....(((((....)))))...(((((....)))))))))).)).(((.((.((((((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((...(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....)))))))......)))))))))).......))))))))))))..))))))).......)))))))....)))))..)))..))))..((...(((....)))...))..)))))....((..((((.(((((.....(((((((........)))))))...)))))))))..)).))..))))).))))))...))))))))..))))))))).)))))))))...)))))))))).((((.(((..((((((..(((((((...((((((.....((.....))..))).))))))..))))..))))))..))).))))..)))))))))...((((((((((....)))))))))).....))..)))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
AAUUAAAGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGACGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAUACAUGCAAGUAGAACGCUGAGAACUGGUGCUUGCACCGGUUCAAGGAGUUGCGAACGGGUGAGUAACGCGUAGGUAACCUACCUCAUAGCGGGGGAUAACUAUUGGAAACGAUAGCUAAUACCGCAUAAGAGAGACUAACGCAUGUUAGUAAUUUAAAAGGGGCAAUUGCUCCACUAUGAGAUGGACCUGCGUUGUAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAAAGGCUCACCAAGGCGACGAUACAUAGCCGACCUGAGAGGGUGAUCGGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUAGGGAAUCUUCGGCAAUGGGGGCAACCCUGACCGAGCAACGCCGCGUGAGUGAAGAAGGUUUUCGGAUCGUAAAGCUCUGUUGUUAGAGAAGAAUGAUGGUGGGAGUGGAAAAUCCACCAAGUGACGGUAACUAACCAGAAAGGGACGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGUCCCGAGCGUUGUCCGGAUUUAUUGGGCGUAAAGCGAGCGCAGGCGGUUUUUUAAGUCUGAAGUUAAAGGCAUUGGCUCAACCAAUGUACGCUUUGGAAACUGGAGAACUUGAGUGCAGAAGGGGAGAGUGGAAUUCCAUGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUAUGGAGGAACACCGGUGGCGAAAGCGGCUCUCUGGUCUGUAACUGACGCUGAGGCUCGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGAGUGCUAGGUGUUAGGCCCUUUCCGGGGCUUAGUGCCGGAGCUAACGCAUUAAGCACUCCGCCUGGGGAGUACGACCGCAAGGUUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGUCUUGACAUCCCGAUGCCCGCUCUAGAGAUAGAGUUUUACUUCGGUACAUCGGUGACAGGUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCUAUUGUUAGUUGCCAUCAUUAAGUUGGGCACUCUAGCGAGACUGCCGGUAAUAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAAUCAUCAUGCCCCUUAUGACCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGUUGGUACAACGAGUCGCAAGCCGGUGACGGCAAGCUAAUCUCUUAAAGCCAAUCUCAGUUCGGAUUGUAGGCUGCAACUCGCCUACAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCACGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCACGAGAGUUUGUAACACCCGAAGUCGGUGAGGUAACCUAUUAGGAGCCAGCCGCCUAAGGUGGGAUAGAUGAUUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAUCGGAAGGUGCGGCUGGUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...aaa.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((..(((((((((....)))))))))..))))))))......(((......((((((((..((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....(((((((((((....)))))))))))....(((((....))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).<.(((((((...(.....((((((((.......)))))))).....)....))))))..>)..((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).))))))))))..........(((((...[.((((.(.(((.(((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[..((((((((((((......))))))))))))...[[..))]].....]]]]]]]))).(((......((((....))))....)))...AAA..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((...(((((((....))))))).(((....))).))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....))))))))))............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Alterna
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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CMfinder(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((...........................(((((((((....))))))))).........................((((((((.......((((((((((((.....((((((....))))))...................((((((....))))))...................))))))))))))....))))))))............((((((((.......))))))))..............((((((((....)))...)))))....(((((............))))).((((....))))..............................................))))))).................................................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))...)))))))))....((((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))..))))))....................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...............))))))).............(((((....)))))................(((((((((..............((((((((..............................(((((((........((((((...((((((....))))))............))))))............................................................................(((((((.((((............))))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((..............((((....))))................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))............))))))))).................................................................................................................((((((((((....))))))))))............ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................((((.((((((.((((((.(.....(((......(((...(.......(((((((....))))))).......).)))................(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))...................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).)))).)..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..........................................)))))))))...(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((..(((((((((....((((((((.....)))))))).))))))))..).)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....)))))))..((....)).)))))..)...((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))......((...(((((((........)))))))......))..))))))....(((((((.........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((..((((.....)))).))))(((.(((((((((.................(((.((..(((((((((....)))))))))..)).))).................((((((((...(((.((((((((((....((.((((((....)))))).))...)))).........((((((....)))))).........(((((....)))))..)))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))...(((..(......).....)))........((((((((.....((((((..((((((...........))))))......(((....((((....))))..)))...............................................................(((((((.........))))))).((((.((((((((((.....(((.(((((..(((((((.(..((....)).)....))))).(......(((((((.(((((...............(((((...(((((((((((.((((((((((....((((((((.....))))))).)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...))......((....))..))))))..))))).)))..))))...)))))...(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...............)))))))........((((.(((((....)))))..))))..................((((....))))................)))))..)))))))......)............((.((..((((((.((((((((....)))))........)))..)))))))).))...........)).)))))..((((((.((....)).(..(((......))).).))))))......)))...)))))))))).))))......................((.(((((.....))))).))........(((((.......)))))..............))))))..................((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))))))))))....(((((((........)))))))...............................))))))))))))...........(((((............))))).............((((((..((((...((.((((..(((..((.....)).))).)))).))..))))..)))))).....((((((.............((((((((((....)))))))))).))))))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((........))..(((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((..(((((((((....)))))))))..)).)))))......(((......((((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).........((((((....)))))).........(((((....))))).)))))))..))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)....((.(((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((....(.....(((((((.........))))))).....).....)))))......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))))))).....(((.....((((((...(((.(((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...)))...)))))...((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((((....)))))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........((((((...((((((....))))))..(((....))))))))).....((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....))))))))).......))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((...))))))))))(((.(((((((((......(......)...(((.((..(((((((((....)))))))))..)).)))((..........))...((((((((...(((.((((((((((....((.((((((....)))))).))...)))).........((((((....)))))).........((((((()))))))..)))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...))))).......((((((((.((((((((((..((((((.(.......).))))))..(((((((((((((((....))))..(((((.......((....))..........))))).............))))))...)))))....(((((((.........)))))))(((((.((((((((((..((.(((((((((.(((((.((((((((....))(((.......((((.(...(((((((.((((((....((((......(((((...(((((((((((.((((((((((....((((((((.....))))))).)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...))((....((....))))))))))..))))).)))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...((....))....))))))).)(((...((((.(((((....)))))..))))..)))............))).((((.((......)).))))....))))))..)))))))...).)))).)))....((((.((..((((((.((((((((....)))))........)))..)))))))).)))))))))).))))))))))).((((((.((....))(((.(((......))))))))))))......))).)))))))))))).)))))............((....)).((.(((((.....))))).)).....((((((((.......)))))....))).......)))))))......)))........((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))))))))))....(((((((........)))))))............(((........))).....))))))))))))...........(((((..((....))..))))).........((..((((((..((((...((.((((..(((..(((...))).))).)))).))..))))..))))))..))(((((((..((.......))((((((((((....)))))))))).))))))).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.................((((((....)))))).............................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......((((((((......)))))))).....................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.....(.....................).....)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((.((((....((((((....))))))..(........).))))..)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((....(((((((....)))))))....)).)))))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))....................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))...(.(((((...(.....((...................)).....)....))))).).....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....))))))).)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))..(((...(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((...((((((....))))))....(....)..)))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((...))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))).......))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((...))))))))))...(((.[[[[)))......]]]].......((((...(((((((((....))))))))).[[[.(((((..........)))))))))......]]].(((....[[[[)))....((((((....))))))......]]]]...........(((((((.(((....((((....(((((....)))))......)))).))).))))))).....(((..[[[[[[[)))......]]]]]]](((..[[[[.....))).((((....)))).]]]](((...(((((.(((.....)))))))).((((....)))).........[[[[[[[[[[)))..(((((....)))))............(((....)))..]]]]]]]]]]..(((((....(((((....)))))........(((((((.........)))))))....))))).((((((((.........((((..[[[[[[[[[...))))..]]]...]]]]]]...(((.[[[[....))).........]]]]......(((((((...((((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))...)))))))).....((((((.((((((.(((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...)))...............))))))..)))))).))).))))...((((....[[[[[[[))))...((((.........))))....]]]]]]]..........(((((((.....(((((((..[[[[[[)))))))..]]]]]]...........)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..(((........[[[[.)))...]]]]((((((((((((..((((........))))))))....(((((((........((((((...((((((....))))))..(((....)))))))))....(((....(((((((...((((((((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((.((((............))))..))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).))))).......))))))).)))...)))))))......))))))))....)))))))).....(((......((((....))))..[[[...)))....]]].....(((.[[[[[..(((((((........))))))))))..]]]]]...(((....[[[[[[[...)))...]]]]]]]...((((....[[[[[..))))......]]]]]...((((.(((..((((((..((((......((((..(((..(((...))).))).)))).....))))..))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.(((((.(((((...)))))))))).)).(((((((((....(((......))).(((.((..(((((((((....)))))))))..)).)))......((((((((...((((((((...(((.((((((((((....((.((((((....)))))).))...)))..........((((((....)))))).........(((((....))))).))))))).))))))))))).(((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))...((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((..((((((.....((((....)))).((((.((..((((((.((.(((.....((((((((.(((((....(((((....)))))....)))))((((((.........)))))).((((.((((.((..((((((..(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..((..(((((((.....)))))))....))..((((....(((((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))...)))))))))...))))...........(((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...))).(((.((....)).))).))))))..)).)))).)))).((((......(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((..(((((((.....((((((.((...)).)))))))))))))....))))))).))))...((((.(((((....)))))..))))...........))))))))))).)).))))))..))...))))......((......)))))))).))))))((((((......((((((((.((((((((....)))))........)))..)))))).)).(((.((.(((((((((.(((((((((((.........(((.(((......)))))))))))).....((((((.(((((.((((..((......))))))..)))))....((.(((((.....)))))))....)))))).))))).))....))))))))))))..))))))..(((((..((.(((.....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))..))).))...)))))))))).))))))))...........((.((((........)))).)).)))))))))(((((.........(((((..((....))..)))))((((.((.(((..((((((..((((...((.((((..(((..(((...))).))).)))).))..))))..))))))..))))))))).............((((((((((....)))))))))).)))))...... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.(((((...))))))))))....(((.((((<<<<<<....................(((((((((....))))))))).........................((((((((..((...((((((((((.......((((((....))))))......)))..........((((((....)))))).........(((((....))))).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))..................(((...(((((....))))).)))........(((....))).............................................(((((((.........))))))).................................((....................................................((((((.....(((((...(((((((((((...((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))....))))))).....((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))).....((....))...)))))..)))))).....))))...)))))...(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...((....))....)))))))))))))..((((.(((((....)))))..)))).................................[[[[[[[))((...((((........)))).)).....(((((((........((((((...((((((....))))))..(((....)))))))))...........(((((.(((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((....(((((.((((............))))..))))).......(((((.....)))))........)))).))))).))).....))))).......))))))).......]]]]]]].....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...........(((((((........)))))))....................<<<<<<<.....))))>>>>>>>....................................{{{{.{{{..{{{{{{..{{{{...{{...((..(((.....>>>>>>.))).)))))}}..}}}}..}}}}}}..}}}.}}}}..............((((((((((....))))))))))............ |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..(((.((((...)).......................................((.((...(..(((((....)))))..))..)..))...................(((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......(((((.(((....))).)))))......((..........)))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).)))).....(((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(...((((((((...........)))))).))..)....)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...))))).....................................((((.(.((((((((((((.((((((((((...(.((((((.....))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))........((....)).....(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((((((.......(((((((..(((((((....)))))))..((....)).)))))).)..................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((((.....)))).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................))))))).......))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))............((((((........)))))).....................(((((((.........))))))).............(((..((....))..)))......(((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((...))).))))))))))..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....)))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..(((.((((...))................((((.......))))........((((.(((((((((((....))))))))))))).))..................((((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...)))).....((((((((((....)))))))))).....((..........))))))))))..)))))))))).......(((..((((((((.(...).)))))))))))....((((((.((((((((....))))...)))).)...((((.(((.....)))))))..((((....)))).................((((...(((((....))))).))))...(((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((......((((....((((.......))..))))....))...)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..........)).((((((.....))))))........(((.(.((((((((((((.((((((((((...(.((((((.....))))))).))))))))))..)))))))))...(((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).))....))).).)))......((((((..((...((((.........))))))..)))))).((....))...((((((.((((((((((((......))))))))))))....(....).....))))))..((((...((((.(((((....)))))..))))..)))......).....................(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((((((.......(((((((...((((((....))))))..(((....)))))))).)).............(((.((((((..(((((.((....)).(.((((......))))).))))).....(((...(((((((.((((..(((()..)))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))))))))))...................))))))).......)))))))......((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....))))))............(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...............(..((....))..))))))...(((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((...))).))))))))))..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....)))))))))))))))))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.(((((.(((((...)))))))))).)).(((((((((.....((......))......((..(((((((((....)))))))))..)).(((((..(((.((.....)).)))..)))))((..((((((((((....((.((((((....)))))).))...)))).........((((((....)))))).........(((((....)))))..))))))..)).........(((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))...((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))..................(((....((((....))))..))).(....((((......((.....(((((((...((((....(((((....)))))....)))).((((((.........)))))).......(((.....))).....((.(((........))).))..((((((((((....((((..((((.((((..(((((.......)))))......(((((...((((((((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))...))))))))...((((((((.(((((..(((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...)))..((.((....)).)))))))..)))))).))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((..(((((((.(....(((((.((...)).)))))))))))))....)))))))))).).)))).)))))))))..)))))..................)))))))))(....)))))(.((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......((((((((.((((((((....)))))........)))..)))))).)).(((.((.(((((((((.(((((((((((.((....)).(..(((......))).).)))))).....((((.(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).))....))))))))))))..))))))).......))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....)((.(..(((((((........)))))))......).)).((((........))))....)))))))))(((((.........(((((..((....))..))))).(((.((.(((..((((((..((((...((.((((..(((..(((...))).))).)))).))..))))..))))))..))))))))..............((((((((((....)))))))))).)))))...... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Multilign(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((....((.((((....)))).))...))..)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....))))............(((....)))............((..........)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))..((....)).)))))..)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((...)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((....((.((((....)))).))...))..)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))............(((....)))............((..........)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))..((....)).)))))..)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((...)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((..((((((..(...((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((....((.((((....)))).))...))..)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((....)))............((..........)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((...(.................................)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(.(((((......((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))..((....)).)))))..)))(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))...))((((.(((((((((....)))))))))((...)).)))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.(((((.(((((...)))))))))).)).(((((((((......((((...((((....((..(((((((((....)))))))))..))..))))....((((((((...((((((((..((...((((((((((....((.((((((....)))))).))...))))...(((...((((((....))))))..)))....(((((....)))))..))))))..))))))))))...(((((((..((((((((.......)))))))).(((((......((((((.(((.....(((.((((.((((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).........((((((((((.((...((((....))))......)).....(((....)))..))))))))))..(((((....(((((....)))))....))))).))))..((((.....)))).......)))).....))).....))).)))))).....((((((((.(((((........((.((((((...((((.(((.......(((((((.....(((((...((((((((((((..((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))...((((((((.((((((.(((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))).....((....))..))))))..)))))).))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((..(((((((((....)))))))))..))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))...)))...)))))))))).))....)))))..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......((((((((...((((((....))))))..(((....))))))))).)).(((.((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).))....))))))))))))..))))))).......)))))))......)))))))).....)))))..((((....)))).))))))).......(((((((((......)))))...))))...)))))))).))))......((.((((........)))).)).)))))))))(((((.((((....(((((..((....))..)))))...((((.(((..((((((..((((...((.((((..(((..((.....)).))).)))).))..))))..))))))..))).))))....))))......((((((((((....)))))))))).)))))...... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.........(((((....))))).........)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.((((......((((((.....))))))...)))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((...((((((....))))))...((....)).)))))..)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(.(.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((............))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))))....)))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.........(((((....))))).........)).((......(((.......(((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((((..(((....)))..)))))....................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).)))))).(((((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.........(((((...((((((....))))))...((....)).))))).....(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(......)..))).)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....)))))))))....)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.(((((.(((((...)))))))))).)).(((((((((......((((...((((....((..(((((((((....)))))))))..))..))))....((((((((...((((((((..((...((((((((((....((.((((((....)))))).))...))))...(((...((((((....))))))..)))....(((((....)))))..))))))..))))))))))...(((((((..((((((((.......)))))))).(((((......((((((.(((.....(((.((((.((((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).........(..(((((((.((...((((....))))......)).....(((....)))..)))))))..)..(((((....(((((....)))))....))))).))))..((((.....)))).......)))).....))).....))).)))))).....((((((((.(((((........(..((((((...((((.(((.......(..((((.....(((((...((((((((((((..((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))...((((((((.((((((.(((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))).....((....))..))))))..))))).)))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((..(((((((((....)))))))))..))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))...)))...))))))))))..)....)))))..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......((((((((...((((((....))))))..(((....))))))))).)).(((.((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.((((..(.....)...))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).))....))))))))))))..))))))).......)))))))......)))))))).....)))))..((((....)))).))))))).......(((((((((......)))))...))))...)))))))).))))......((.((((.(....).)))).)).)))))))))(((((.((((....(((((..((....))..)))))...((((.(((..((((((..((((...((.((((..(((..((.....)).))).)))).))..))))..))))))..))).))))....))))......((((((((((....)))))))))).)))))...... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................((((....((.(.(.(..(.(((((...(....((.....(.(...((.(.....(((..........)))....).))...(.((((...(...(.(.((.......(((....)).).....(...).)...).)..).......).((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).))).)...).....)...)...))....((((((....(((....))).).))))).....).....((((.(.((...(.....).)).)...))))(.....(((....(...(..........................)..).....)))....)...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))..))))..).)..........).)((.....((((...(((((((((((.(.((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((.((.......)))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(.............(((....))).......................).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((.........)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....(((.......................))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))).)).....)))) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..(((.((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((..((((.....(.......((((....)))).......)...))))...(.((.((((....((((((...((...(((...(..(((.(...((((((....)))))).)....)).).....(...(.((((....))).))..)......................)..)))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.((...((...)).)).)...))))(.(.(((((............................................))))).).)..(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((((......))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(.(....(....(((((....)))))........).........)..).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).))))))))).....((((.(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(((((.....))))).....)))))))..))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((.........)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...(...((.....))...).)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))))...))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.(((((.(((((...)))))))))).)).(((((((((.........................(((((((((....))))))))).........................((((((((..((...((((((((((....((.((((((....)))))).))...)))).........((((((....)))))).........(((((....)))))..))))))..))))))))))............((((((((.......)))))))).........................................(((((.(((.....)))))))).((((....)))).........(..((((...((....((((....))))..)).........(((....))).....))))..)...........(((((....)))))........(((((((.........)))))))...........................................................(..((((((........(((.......(..(((......(((((...((((((((((((..((..((((.....(((((((.....)))))))..))))..))...))))))))...((((((((.(((((..(((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...)))..((.((....)).)))))))..)))))).))..))))...)))))...(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((..(((((((((....)))))))))..))...((....))....))))))).)))..).((((.(((((....)))))..))))...))).......))))))..)...........(((((((.......((((........))))........(((((((......((((((((...((((((....))))))..(((....))))))))).))..((.((.(((((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).))))))....((((..(((((((.((((............))))..)))))))..(..(((((.....)))))..).....)))).))))).))....)))))))))))...))))))).......)))))))..........................((((....))))....................................................................(((........))).....)))))))))(((((..(((....(((((..((....))..)))))((((.((.(((..((((((..((((...((.((((..(((..(((...))).))).)))).))..))))..))))))..)))))))))...))).......((((((((((....)))))))))).)))))...... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold4
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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CAAAAUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGCGUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGGGCUCUUCGGAGCUAGUGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGAGAAUCUGCCUACAGGACGGGGACAACAGUUGGAAACGACUGCUAAUACCCGAUGUGCCGAGAGGUGAAACAUUUAUGGCCUGUAGAUGAGCUCGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGGGGUAAGGGCCUACCAAGGCGACGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGCAAGCGACGGAGCAACGCCGCGUGGGGGAGGAAGGUUUUUGGACUGUAAACCCCUUUUCUCAGGGAAGAAGAAAGUGACGGUACCUGAGGAAUAAGCCUCGGCUAAUUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGGAGAGGCAAGCGUUAUCCGGAAUUAUUGGGCGUAAAGCGCCUGCAGGCGGUUAAUCAAGUCUGUUGUCAAAGCGUGGGGCUCAACCUCAUACAGGCAAUGGAAACUGAUUGACUAGAGUAUGGUAGGGGUAGCGGGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUCUGGAAGAACACCAGCGGCGAAAGCGCGCUACUGGGCCAUAACUGACGCUCAUGGACGAAAGCUAGGGGAGCGAAAGGGAUUAGAUACCCCUGUAGUCCUAGCCGUAAACGAUGAACACUAGGUGUUGCGUGAAUCGACCCGCGCAGUGCCGUAGCCAACGCGUUAAGUGUUCCGCCUGGGGAGUACGCACGCAAGUUGGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGUAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGGUUUGACAUCCCCCGAAUCUCUUGGAAACGAGAGAGUGCCUUCGGGAGCGGGGAGACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCACGUUUUUAGUUGCCAUCAUUCAGUUGGGCACUCUAGAGAAACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGUGGACGACGUCAAGUCAUCAUGCCCCUUACAUCCUGGGCUACACACGUACUACAAUGCUCCGGACAGCGAGACGCGAAGCCGCGAGGUGAAGCAAAUCUCCCAAACCGGGGCUCAGUUCAGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGGCGGAAUCGCUAGUAAUCGCAGGUCAGCAUACUGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGAAGUUGGCCAUGCCCGAAGUCGUUACCCUAACCGUUCGCGGAGGGGGGCGCCGAAGGUAGGGCUGAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGUGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((.......................(((((....))))).....................(((((((.......(((((((...............................................................))))))).....))))))).................................................(((((((.........)))))))....(((((............))))).........................................................)))))))..........................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))).............(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...............)))))))..............................................((((((((............((((((((..............................(((((((........(((((..(((((((....))))))).............)))))..........................((((((............................))))))..........(((((((.((((............))))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((..........................................))))))).....................................................(((((((.........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((......(((((((((..(((....)))))))))))).....))))))))))))........................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((....))))).)))))......(((......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....))).............)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(..((....))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(..........)....))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))..........((((.....))))....(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).))).................((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((........)))))))))))...((....)).....)))))))))).(((........((....))......))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((...(((((...((..((......))))....)))))....((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..(((....))).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....((((((((((((((((((........((((.(((.........))).)))).((.(((((....))))).))..................(((((((..((.(.(((((((.((((.....((((((....))))))......))))(((((((....)))...))))......))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......(((((((())))))))....((((...((......))..))))....(((((.....((((....)))).....)))))(((((((((...(..........)....)))))))))...((....))((((((((.....((.((((........)......)))..))......)))))))).(((((((.....((((()))))(((((((((.((((((((((...(.((((((.....)))))).).)))))))))..))))))))))....((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..)))))))))).....)).(((.(....))))))))))..))))))....)))))))...(((...(((((((...(...((((.........))))...)))))))))))............((((((((((((((........))))))))))).)))(((((((((...(((((((......)))))))..))))..)))))...................((((.((((....))))..............(..((((........)))))(((((.....)))))......))(((((((((((((....))))))).....)))))).....(..(((((...........)))))..).(((((((((....)))((.(((......))))).))))))..(((...........)))((((.(.....).).))).(((())))...((.(((((.....))))).))..(((((((..(((.....))).)))))))))...))))))))))))...........(...(((((((...(.((((.((...(((....)))...))...)))).)...)))))))...)((((...(((((((........)))))))))))..(((((.((.((...(((((((.........)))))))...)))))))).).(((((((......((((((((...........(((((((.((((....(.((((.((((..(((....))))))).)))).)...)))).))))))))))..)))))........)))))))(((((((((....))))))))))))))).))))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((............(((....)))........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((..)))..............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((.....(((....))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((......(....).......))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))..(.(.....))..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((......(((.(((..(((..((.(((((....))))).)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)(((((((....))))...)))......)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...)))))).......(((((.....(((....))).)))))..)))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((......(....).......))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...((((((((((((.((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))........(((((((((((((....((((((..(((((((((.....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))..(((.....))).))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))....).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((((((((((((((.(((((.(((((((((((...........((((.((.(((((....))))).))((((((((.(((.....))).))....)))))).......((((.....((((((....))))))......)))).((((((.(((.((((..(((((((.....)))))))...)))).)))((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))).((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))....))))))..)))).)))).)))))))..(((((.....((((....)))).....))))).((((((((...................))))))))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))...............(((((...))))).((((((..........)))))).......(((((((((((..((((((((.((((((........)))).))...)))))..))).((.((((((.((((((((((.(((........)))..)))))))))).....((((.((((......)))).)))).......(((((((((((((((((..(((((((..(((...(((........))).)))..)))))))((....)).......((((((((((((((........))))))))))).)))(((((((((...(((((((......)))))))..))))..))))).............(((((((.((((.((((.....(((..((((.(((......)))))))..)))...(((((((...))))))).((.(((((((..(((((((....))))))).............))))).))...)).))))..)))).))))))).)))).))))))).))))))......)))))).))))))....))))))).(((((.((((..((......))))))..))))).......(((((.....)))))(((..(((((((..(((.....))).))))))))))..))))))))))))...............(((((((.....((((.((...(((....)))...))...)))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))))))..(((((.((.((...(((((((.........)))))))...)))))).))).(((((((((((..(((((.......(((((.......))))).....(((((((((((((.((.((((((........)).))))))))))).)))))))).)))))..)).)).)))))))(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....((((((((((((((((((.......((((((.(((....................(((((....))))).....................(((((((.......(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).((.(((....)))....)).......))))))).....)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...................bbb.....(([[..)).....)))..))))))...((((.....((((....)))).....)))).(((((((((...................)))))))))....................................................................(((((.....]])))))...BBB((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))...............(((((.....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....))..)))))..............(((((..........aaaaaa.)))))..((((.........)))).....AAAAAA..................(((((((((((........))))))))))).........................................................................((((....)))).................((((........))))(((((.......))))).............(((((((....)))))))...((....)).....................((((...((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((............(((............)))...............(((((.....))))).{{..{{{{{))..))))....))))..}}}}}}}...))))))))))))...............(((((((.....((((.((...(((....)))...))...)))).....)))))))...........(((((((........))))))).......((((.((......(((((((.........))))))).....)))))).(((<<<<<.........)))..........((..(((((((.((((......((((.((((..(((....))))))).)))).....)))).)))))))..))...............>>>>>.(((((((((....))))))))))))))).))))... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((....)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((.....((....))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((..........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(((((....))))).)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((....)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((.....((....))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((...(..........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.(((((((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......)))).))))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....((((.((...(((....)))...)))...))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...)).....((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....((....)).....((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((.....((....))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((..........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((..(.(.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(((((....))))).)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((....)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((.....((....))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(..........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).).....(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...)).....((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.(((((((((((..(((((((((.(((((((((........((((....(((((....)))))..)))).((..((((.((((((((((.........(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....))).............))))))).((.(((((...((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))......((((((..(((..(((((((.((((....))))......(((......(((((((..((.((.(((....((((..(((((.....(((((.....((((....)))).....)))))(((((((((...................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..))))).))))......))).)).))..((.(((((..(((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))))...))...))))).)).)))))))((((((((((.(((......)))....))))))))))...))).((((((....)).)))).)))))))....(((((((((((.((((..((((..((.(((.....(((((((((.(((((((..((((...((....)).(((...(((((..(((((((........)))))))..)).)))(((((((((...(((((((......)))))))..))))..)))))....))).))))....))))))).((((....))))...........))))))))).(((((.(((...((((((.....))))))....(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))...))).))))).))).))...))))..))))))))).))))))))).))))))....))))).))...))))).....)))))))))..)).)))))))))((....))..)))))))))........((((..(((((((..(((.....))).))))))))))).)))))))))))....(((.(((.....(((((((.....((((.((...(((....)))...))...)))).....)))))))........((((((.(((......((((((......))))))....))).))))))...(((((((.....((((((..((((((....)))...)))..))))))((((......))))..)))))))..((((..((((((((((((.(((.((((((........))).)))))))))).)))))))).))))..))))))........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.((((.(..((((((((((((((((((((((((.(((((((((((...................(((((....)))))....(((((.............[[[[[[..)))))(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).<<<(((....)))....<<<......)))))))>>>..]]]]]]..(((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...)))))...(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....)))))).......>>>.......)))).)))))))..(((((.....((((....)))).....)))))(((((((((...................)))))))))...(((((......(((((.(((.((....)))))....)))))))))).)))))).............((((((...))))))((((((..........)))))).....(((((((((((((.(((((((((.((((((........)))).))...)))))....)))).((((((.((((((((((.(((.(.....))))..)))))))))).....((((.((((......)))).))))....((((((((((((((((((((..(((((((..(((...(((((...)).))).)))..)))))))...............((((((((((((((........))))))))))).)))(((((((((...(((((((......)))))))..))))..))))).............(((((((.((((.((((.....(((..((((.((((...).)))))))..)))...(((((((...)))))))....(((((((..(((((((....))))))).............))))).))......))))..)))).))))))).)))).))))))).))))).))))..))))))...))))....)))))))))((((.((((............))))..))))........(((((.....)))))(((..(((((((..(((.....))).))))))))))..))))))))))))...............(((((((.....((((......(((....)))........)))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))))))(((({{{.))))....(((((((((....)).))))))).......}}}....(((((((((((..(((((.......(((((.......))))).....((((((((((((.(((.((((((........))).)))))))))).)))))))).)))))..)).)).)))))))(((((((((....)))))))))))))))))))))). |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.(((((....))))).)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....))..............)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((......((....))..))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((.............))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((......(((.(((.......((.(((((....))))).)).((......(((.......((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....((....))..............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).)))))).......(((((...(..((....))).)))))..)))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...((((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))))))..)(((((((((((....))))...........((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((....))).))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))......((((((((((....))))))))))......))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.((((.((((((...)))))))))).)).(((((((((((..(.(.(((..(((..((.(((((....))))).))...(..(.((((......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....))).............)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))..)))).)..)...)))...(((((..((((....))))......((((((....))))))..)))))))).).)...)))).)))))))..((((((((...(((....((((....(((((........(((.........(((((((...(((.(((((.(((....))).)))))....))).....(((((.....((((((......((((.((((((......(((((.....)))))(((...(((((((((..(((((((((...(..(((((.....)))))..).)))))))))...)))))))))..((((((..(((((((..((...((((((((((.(((......)))....)))))))))).....((((..(((......)))..)))).))....((..(((((.(((.(....))))...)))))..))........)))))))(((((((...((((....((((........(((((((((((((..(.((((((..((((((..(((((((((...(((((((......)))))))..))))..)))))..............((.(((....)))))...))))))..))..)))).)..)))).)))))))))...((((((.....))))))..)))).(((((((((((((....))))))).....)))))).))))(((...(((.(((..(((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.((((..(.....)...))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))))...))))))....))).)))))))...))))))....))))))))).))))....((...(((....)))...))...))))))....((((((((..((((...(((((((........)))))))))))...((((.((.((...(((((((.........)))))))...)))))))).)))))))).....))))))))))))..(((((.......))))))))..(((((((((((((.((.((((((........)).))))))))))).)))))))))))))..))))..)))....((((((((((....)))))))))).....)))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................((.(.(.(((((((....((.(((...(((..............)))....(.(..(.(....(.((.(...................................)...)).).((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..).)...)...)))...))........((((((.....((....))).)))))..)).......((((.(.(....((...))..).)...)))).(((..((((...(.(.....).....).))))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))..))))).................((.....(((....(((((((((((.(.(((.(((((...(.((((((.....)))))).).))))).)))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...)).)....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((..............))))))))...............)))))))..(((...((((....((....)).....))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(...((...(.................)...............))..).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((....(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(.(((.....))).).....)))..)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((....(((((((........))))))).......)).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...((..((......))...)))))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))).........)).)) |
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RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.(((((((((((..(((((((((.((((..(((........((((....(((((....)))))..)))).((..((((.((((((((((.........(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....))).............))))))).((.(((((...((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))......((((((..(((..(((((((.((((....))))......(((......(((((((.....((.(((....((((..(((((.....(((((.....((((....)))).....)))))(((((((((...................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..))))).))))......))).)).....((.(((((..(((((((((((..((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...)))))))))...))...))))).)).)))))))((((((((((.(((........)))..))))))))))...))).((((((....)).)))).)))))))....(..(((((((((.(((..((((..(..(((.....(((((((((.(((((((..((((...((....)).(((...(((((..(((((((........)))))))..)).)))(((((((((...((..(((......)))..))..))))..)))))....))).))))....))))))).((((....))))...........))))))))).(((((.(((...((((((.....))))))....(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))...))).))))).)))..)...))))..))))))))).)))..)))).))))))....))))).))...))))).....)))))))))..)).)))..))))((....))..)))))))))........((((..((..(((..(((.....))).)))..)))))).)))))))))))....(((((.(((...(((((((.....((((.((...(((....)))...))...)))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))))))((((....)))).)))(((((((.........)))))))...)))))......(((((((((((..(((((.......(((((.......))))).....(((((((((((((.((.((((((........)).))))))))))).)))))))).)))))..)).)).))))))).(((..(((....)))..))).)))))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
|
|
UAUAUGGAGGGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAACACAUGCAAGUCGAGCGGGGGAAACUCCCUUCGGGGAGGAGUACCCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACACGUGGGUAACCUGCCCUCCGGAGGGGGAUAACCAGGGGAAACCCUGGCUAAUACCCCAUACGCUCCAUCAACGCAAGUUGGUGGAGGAAAGGGGCGUUUGCCCCGCCGGAGGAGGGGCCCGCGGCCCAUCAGGUAGUUGGUGGGGUAACGGCCCACCAAGCCGACGACGGGUAGCCGGCCUGAGAGGGUGGUCGGCCACAGGGGCACUGAGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUCUUGGACAAUGGGGGAAACCCUGAUCCAGCGACGCCGCGUGCGGGACGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACCGCUGUGGCGGGGGAAGAAUAAGGUAGGGAGGAAAUGCCCUACCGAUGACGGUACCCCGCUAGAAAGCCCCGGCUAACUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGUAGGGGGCAAGCGUUACCCGGAUUUACUGGGCGUAAAGGGGGCGUAGGCGGCCUGGUGUGUCGGAUGUGAAAUCCCACGGCUCAACCGUGGGGCUGCAUCCGAAACUACCAGGCUUGGGGGCGGUAGAGGGAGACGGAACUGCCGGUGUAGGGGUGAAAUCCGUAGAUAUCGGCAGGAACGCCGGUGGGGAAGCCGGUCUCCUGGGCCGACCCCGACGCUGAGGCCCGAAAGCCAGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCUGGCUGUAAACGAUGCCCACUAGGUGUGGGGGGGUAAUCCCUCCGUGCUGAAGCUAACGCGUUAAGUGGGCCGCCUGGGGAGUACGCCCGCAAGGGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCGUGUGGUUUAAUUGGAUGCUAAGCCAAGAACCUUACCAGGGCUUGACAUGCCGGUGGUACCUCCCCGAAAGGGGUAGGGACCCAGUCCUUCGGGACUGGGAGCCGGCACAGGUGGUGCACGGCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCUGCCCCUAGUUGCCAGCGGUUCGGCCGGGCACUCUAGGGGGACUGCCGGCGACGAGCCGGAGGAAGGAGGGGAUGACGUCAGGUACUCGUGCCCCUUAUGCCCUGGGCGACACACGCGCUACAAUGGGCGGUACAAUGGGUUGCGACCCCGCGAGGGGGAGCCAAUCCCCAAAGCCGCCCUCAGUUCGGAUCGCAGGCUGCAACCCGCCUGCGUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCACCCGAGUCGGGGGCUCCCGAAGACACCUACCCCAACCCGAAAGGGAGGGGGGGUGUCGAGGGAGAACCUGGCGAGGGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((((....(((((....))))).....)))))))))......(((......((((((((..((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....)))).....((((((((((....))))))))))....(((((....))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).a.(((((((...(.....((((((((......)))))))).....)....))))))..A)..((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).))))))))))..........(((((...[.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[..((((((((((((...))))))))))))...[[..))]].....]]]]]]]))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....(((((((((...(((((((....)))).)))..((((((((....))))))))))))))))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((....(((((((.((((..(((....))).)))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....))))))))))...............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((((...((((((.......(((((..(((((((.(((((.......)))))..))).)))).......(((((....)))))...)))))..((((.((((((((.((.....((((((..(((..(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...)))).....((((((((((....))))))))))....(((((....))))).))))))).)))))))))(((((..((.((((((((((((((...((((.((((..((.....(((((.....)))))...)).)))).))))...(((((.(((.....)))))))).((((....)))).....(((((((.(((.((((...(((((....))))).))))....(((((((.((((......((((....)))).....)))))))))))............(((((((........)))))))......))).))))))).....))))).))))))))).))......(((((((((((((.(((.(((((..((((.(((((.....)))))........((((.(.(((((((((((((.(((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))).)).)))))))...((((((((...(((((......((((((((((..(((.....)))....))))))))))....((((((......)))))))))))..)))).))))..)))).).))))...((((((((..((...((((.........))))))..))))))))...)))).))))).))).)))).((((((....))))))(.(((((......(((((((.(((((((.((((..((((.(((((....)))))..))))...........)))))))))))...((((((((.(((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((....(((((((....)))).)))..((((((((....)))))))).))))))).(((.((.((((((((..((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..))))...)))...))))))))))..))))))).....)))))).))))...(((((((.....(((((((..((((....))))..).)))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))..))))..))).))))..)))))).)))))))))............)))))........)))))))))).((((.(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))).))))..)))).........(((((((((....))))))))))))))))))))....) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((((((..............................(((((....)))))......................................................................................................................................................................((((((((.......))))))))..................((((....))))...........(((((............)))))...........................................................)))))))................................................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((..(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))...)))))))))((((((((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))..))))))))))...............((((((((.......((((.........))))....)))))))).........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((......(((((((.......((((....))))...........................))))))).........................................((((......))))..................(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))...........................(((((....................)))))..)))))))......)))))))).....(((((((.........................................)))))))........................................................................................))))))))............................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((.......((((((....))))))........)))))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))...................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.((((....(((((((....)))).))).......................)))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((...(((..((......)).)))..)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((..(((((.((((((.(.....(((......(((..((......(((((((....))))))).......)))))................(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))..................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).)))).)..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((.........................................)))))))))...(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..((((((((.......(((........))).........(((((((......(((((((....(((((((....)))).))).......................)))))))..((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...)))....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..))))))....(((((((..........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((.(((((....(.((((...(((..((......)).)))..)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).))))........... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((.........................(.........)..........(((((.....(((((....))))).....))).))....(((((((........(((((((..(((..(((((((.((((...(.((((((....)))))).)(((.((((.....((((((((((....))))))))))....)))).)))..)))).))))))).))))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).(((((((.........))))))).....((((............))))(((.(......)........))).................(((....)))((((((.(((((((((((((((((...........((((((...........((((((((...(.....(((((((.(....).))))))).....)....))))))))....)))))).....(((((((((.((....)))))...))))))....................................((((...(((((((((((((.(((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))).)).)))))))((((((.((((...((((((((...((((((((((.((........))....))))))))))...))(((((......)))))))))))..)))).))))))))))...))))...((((((((...(...((((.........))))...))))))))).........(((((((.(((((((.((((....)))))))))))...............)))))))........((((.(((((....)))))..)))).................)))))))..))))))(.(((((((((((..((((........))))))))....(((((((.((...(((((((..(.(((((((....)))).))).)((((((((....)))))))).))))))).....((.(((((((((.((((((((((((((....)))(..(((......))).).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))....))))).))))).).)))...))))).)).)).)))))))....))))))).)......(((((((.....(((((((..((((....))))..)).))))).....))))))).....((((..(((((((.(....).))))))).....))))............)))))))))).........................................))))))).((((.(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((...(((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((....(((((....))))).....))).)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))....(((((....))))).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....))))....((((((...(.....(((((((........))))))).....)....))))))......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))).......((((((.....(.((((.(.(((.(((((((..((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..).)))))))...((((((((...((((((.....((((((((...(((......)))......)))))))).....(((((......)))))))))))..)))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((.....)))))))))))...((....)).....)))))))))))))......(((((....)))))..............(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((.....(((((((....)))).)))..((((((((....))))))))..))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..((((((..(((((...((((((..((((..(((....))).)))).))))))..)))))..))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....))))))))))))))...)))))... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((..................(((.(((((.......)))))..)))..(((((.....(((((....))))).....))).))(.(.((((((((.......(((((((..(((..(((((((.((((...(.((((((....)))))).)(((.((((...(.((((((((((....)))))))))))...)))).)))..)))).))))))).))))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....)...))))))).....((((.(((.....)))))))((((((....))).......)))((...............(((....)))((((((.(((((((((((((((((.(...((((((((((((.........(.((((((((...(.....(((((((.(....).))))))).....)....))))))))...))))))))....(((((((((.((....)))))...)))))))))))........(((((.....))))(((......((((...(((((((((((((.(((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))).)).)))))))((((((.((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...))(((((......)))))))))))..)))).))))))))))...))))...((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.(((((((.((((....)))))))))))......(((()))).))))))))))((...((((.(((((....)))))..))))..))..........)).)))))))..))))))(.(((((((((((..((((.(....).))))))))....(((((((.(((..(((((((..(.(((((((....)))).))).)((((((((....)))))))).))))))).....((.(((((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))....))))).))))).).)))...))))).))))).)))))))....))))))).)..(...(((((((.....(((((((..((((....))))..)).))))).....)))))))...)(((((..(((((((.(....).))))))).....)))))...........))))))))))......((()))...........))...............)))))))).((((.(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))).))))..).)..........(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.................(((((....)))))..............................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......((((((((......))))))))....................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.....((..................)).....)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((.....((((((....)))).)).......((........)).....))))))).(((.(((..(((((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((...(((..((......)).)))..)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(....((((.(......).))..))...).)))))................(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....((((((((((....))))))))))...................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((....((((((....))))))...)))).....(((((...(.....((..................)).....)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((((((((...((.((((....))))..)).......((......))).....))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))...))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((...(((..(((....))).)))..)))).)...))))..))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((.((((((...))))))))))...(((.[[[[)))......]]]]..((((...(((.....(((((....))))).....)))..))))....((((........(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))....(((((....))))).))))))).)))))))))))))).((((((..((((((((.......))))))))[[[[[[..(((....))))))))).......]]]]]]....(((((.[[[........))))).((((....)))).]]].(((((((....(((((...(((((....))))).)))))...(((((((.((((......((((....)))).....)))))))))))[[[[........(((((((........)))))))..........)))))))......]]]](((.........)))....(((((((((((((.(((.(((((..((((.(((((.....)))))........((((...((((((((((((..(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))...))))))))((((((.((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))......((((......)))))))))))..)))).))))))))))...))))...((((((((.......((((.........))))....))))))))...)))).))))).))).)))).((((((....))))))..(((((......((((....(((((((.((((..((((.(((((....)))))..))))...........)))))))))))...((((((((.(((((((((((..((((........))))))))....(((((((......(((((((....(((((((....)))).)))..((((((((....)))))))).))))))).(((....((((((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..))))))).....(((((.....))))).......))))).)))))...)))...))))).)))...)))))))....))))))).))))...(((((((.....((((((...((((....))))....)))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))..))))......))))..)))))..)))))))))...((((.....[[[[..))))......]]]]....((((.(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))).))))............((((((((((((....)))))))))..))).)))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((.................................................(((....(((((....))))).....))).......((((((((.......((((((([[[....(((((((.((.......((((((....))))))......<<)).....((((((((((....))))))))))....((>>........)).)))))))....))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))bb....)))..(((.((((....))))..BB)))....(((((.((.......))))))).((((....)))).......((........((((...(((((....))))).))))....((aa(({{((((......((((....)))).....)))).))aa))(((.........(((((((........)))))))..........)))))AA.....(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))....]]]...........(((((((......((((...(((((((((((((.(((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))).)).))))))).(((((.((((...((((((.....((((((((((.(((......)))....)))))))))).....(((((......)))))))))))..)))).))))).))))...))))...((((((((.......((((.........))))....)))))))).........(((((((.(((((((((((.....)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))...............((((((.}}.(((AA....(((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((....(((((((....)))).)))..((((((((....)))))))).)))))))..((.((..(((((((..((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))....))))).)))))...)))...))))))))....))))))).....))))))........(((((((.....(((((((..((((....))))..)).))))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))....)))....(((((((..........)))))))...........))))))..........)))))))).((((.(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((((...)).......................................((.((.(....((((....)))).....)))..))...................(((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......(((((.(((....))).))))).....(((........))))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...))).....(((((.(((.....))))))))..(((....)))...................(((...(((((....))))).)))....(((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(...((((((((..........)))))).))..)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)).........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.(((((((((((.....)))))))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))...........((((..((((...(...))))))))).....((((((.......((((((.(..(((((((....)))).))).........(....).......))))))).................((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((((......)))).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))))......................)))))).....................((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))...))))))............(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..)))).....(((.(((..(((((((((((((...((((((..((((..(((....))).)))).))))))..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((..(((.........................................((...(.((((((((....)))))..))..)).))...................(((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))...(.((((((((((....)))))))))))....(((......))).))))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...)))).....((((.(((.....)))))))..((((....))))..................(((...(((((....))))).)))..(((((((((((.(.(....((((((....))))))...).)..(((((((((......((.((((((..........)))))).....))...)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...))))))..(....).))))......................(((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))))....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((.......(((((((.(((((((((((.....)))))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))............................(((((..((((...(...))))))))))....((((((..(...(((((((.(..(((((((....)))).))).......(((....))).....)))))))))...((((((.((((.((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((((..((((((.(((((.(......).).))))..))))))...((.(((((.....))))).))))...))))))))))))).).)))))..........))))))..........(((.(((((..((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))...)))))).....(((((.((((((((........)))))))....))))))..........(((((((..........))))))).................))))))))...........((((.(((..(((((((((((((...((((((..((((..(((....))).)).))))))))..)))))))))))))..))).)))).)))...........(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((..(((((((((...(((((((.(((((.......)))))..))).))))((((....)))).(((((((((..(((.((.((((.((((.((.(((....(((((((..(((..(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...)))).....((((((((((....))))))))))....(((((....))))).)))))))))).)))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).(((((((........(((((...(((((....))))).)))))....((((((.((((......((((....)))).....))))))))))((((.........(((((((........)))))))..........))))))......(((.((((................)))).))).((((.(((.(((((..((((.(((((.....)))))........((((...(((((((((((((.(((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))).)).))))))).(((((.((((...((((((((...(((((((((((.(((.....))).)..))))))))))...))(((((......)))))))))))..)))).))))).))))...))))...((((((((..((...((((.........))))))..))))))))...)))).))))).))).))))(((((((...))))))).)))))..))).)).))))..(((((((.((((..((((.(((((....)))))..))))...........))))))))))).((((((((..(((((.((((...)))).)))))..))).....(((....))))))))....)))).)))))))))))))).((((((((((.((((((((....)))))))).((((((((.....)))).))))........(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....)))))))))).....((..(((((((((((.(((.(((....))).)))))))..)))))))..))...((((((((((.(.......))))).))))))..)))))))))......((.(((.....(((((((.....(((((((..((((....))))..)).))))).....)))))))..))).))...(((((((........))))))).....((((((.((.((...(((((((..........)))))))...))))))).))).((((((((((..(((((.........(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))))))))..)).)).))))))..((((((((....)))))))).)))))))))))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((...((.((((....)))).))...))..)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....))))............(((....)))...........((..........)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...((.((((....(((((((....)))).))).......................)))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..((((..((......)).)))).))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(...((((((..(.(.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((...((.((((....)))).))...))..)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))....((..........)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(................................)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).).....(.(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))(...)...(((((((..(...((.((((....(((((((....)))).))).......................)))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).)..(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)(((((((((..........)))))))...))..)...)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..((((..((......)).)))).))))))...))))).))))))..))).))))...))....)((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((...((.((((....)))).))...))..)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))............(((....)))...........((..........)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((.((((....(((((((....)))).))).......................)))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..((((..((......)).)))).))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..(...((((((..(...((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((...((.((((....)))).))...))..)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.(...((((((....))))))....).)))).....((((((((((....))))))))))....((..........)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(................................)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))(...)...(((((((..(...((.((((....(((((((....)))).))).......................)))).)))(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).)..(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..((((..((......)).)))).))))))...))))).))))))..))).))))...))....)..((((((((((((....)))))))))(...)))))))..... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((..(((..(((((..(((((((.(((((.......)))))..))).)))).......(((((....)))))...))))).(((((.((((((((.((.....((((((..(((..(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...)))).....((((((((((....))))))))))....(((((....))))).))))))).)))))))))(((((..((.((((((((((((((....(((..((..((((((..(((....)))((((....)))).))))))....(((((.(((.....))))))))........))..)))...(((((((.(((.((((....((((....))))..))))....(((((((.((((......((((....)))).....)))))))))))............(((((((........)))))))......))).))))))).....)))))).)))))))).))......(((((((((((((.(((.(((((..((((.(((((.....)))))........((((...(((((((((((((.((((((((....((((((((.....))))))))..)))))))).)).)))))))...((((((((...(((((......((((((((((.(((......)))....))))))))))....((((((......)))))))))))..)))).))))..))))...))))...((((((((..((...((((.........))))))..))))))))...)))).))))).))).)))).((((((....))))))..(((((......(((((((.(((((((.((((..((((.(((((....)))))..))))...........)))))))))))...((((((((.(((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((....(((((((....)))).)))..((((((((....)))))))).))))))).(((.((.((((((((..((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..))))...)))...))))))))))..))))))).....)))))).))))...(((((((.....(((((((..((((....))))..)).))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))..))))..))).))))..)))))..)))))))))............)))))........)))))))))).((((.(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))).))))..))))).....))).((((((((....)))))))).)))))))))))..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((..((((((((((..(((((((.(((((.......)))))..))).))))((((....))))((((((((((..(((.((.(((((((((....(((....(((((((..(((..(((((((.((((.(((.((((((....)))))).)).).)))).....((((((((((....))))))))))....(((((....))))).)))))))))).)))))))((((....(((..((((((((.(....))))))))))))......)))).(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).(((((.........((((((...(((((....))))).))))).).....(((.((((......((((....)))).....)))))))(((((((.........(((((((........)))))))..........))))))).....(((.(((((..............))))).))).((((.(((.(((((..((((.(((((.....)))))........((((...(((((((((((((.(((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))).)).)))))))((((((.((((...((((((.....((((((((((..((((...))))....)))))))))).....(((((......)))))))))))..)))).))))))))))...))))...((((((((.......((((.........))))....))))))))...)))).))))).))).))))(((((((...))))))).)))))..)))....))))..(((((((.((((..((((.(((((....)))))..))))...........))))))))))).((((((((..(((((.((((...)))).)))))..))).....(((....))))))))...))))).)))))))))))))))((((((((((.((((((((....)))))))).((((((((.....)))).))))........(((((((((....)))(.((((......))))).)))))).....)))))))))).........((((((((((......(((....))).....)))..))))))).......((((((((((.((.....)))))).)))))).)))))))))).........(((.....(((((((.....(((((((..((((....))))..)).))))).....)))))))..)))......(((((((.(.....)))))))).....((((((.((.((.(.(((((((..........)))))))..)))))))).)))(((((((((((..(((((.........(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))))))))..)).)).)))))))(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((........(((((....))))).........)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((....)))..........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((.((((.....((((((....)))).))........................)))).)).(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((...(((.............)))..)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))..... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((..(((..(((((..(((((((.(((((.......)))))..))).)))).......(((((....)))))...))))).(((((.((((((((.((.....((((((..(((..(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...)))).....((((((((((....))))))))))....(((((....))))).))))))).)))))))))(((((..((.((((((((((((((....(((..((..((((((..(((....)))((((....)))).))))))....(((((.(((.....))))))))........))..)))...(((((((.(((.((((...(((((....))))).)))).(..(((((((.((((......((((....)))).....)))))))))))..).........(((((((........)))))))......))).))))))).....))))).))))))))).))......(((((((((((((.(((.(((((..((((.(((((.....)))))........((((.(.(((((((((((((.(((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))).)).)))))))...((((((((...(((((......((((((((((.(((......)))....))))))))))....((((((......)))))))))))..)))).))))..)))).).))))...((((((((..((...((((.........))))))..))))))))...)))).))))).))).)))).((((((....))))))..(((((......(((((((.(((((((.((((..((((.(((((....)))))..))))...........)))))))))))...((((((((.(((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((....(((((((....)))).)))..((((((((....)))))))).))))))).(((.((.((((((((..((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..))))...)))...))))))))))..))))))).....)))))).))))...(((((((.....(((((((..((((....))))..).)))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))..))))..))).))))..)))))..)))))))))............)))))........)))))))))).((((.(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))).))))..))))).....))).((((((((....)))))))).)))))))))))..... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((................................................................................................................................................................(........................(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))...).........)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(((....((...))..)))...))))(.((..(((....(.(...........................).....).)))...)).)..(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((...(((.(((((...((((((((.....)))))))).))))).)))....)))))))...(((.((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((((...))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.(..((...(((.(((....)))..)))........................).)))).(((.((((....(((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...((.....)).)))...)))))))..((.(((((.....))))).....)).)))).)))))...))).....)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)).)...)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((.((...((..((......))..).).)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))..) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((..((.(...............................).)....)...(.((.((((....((((((...((...(((((((.((((.(...((((((....)))))).)....)))).(...((.(((((((....))))))).)))...(.(.......)..).)))))))..)).)))))).(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(((....((...))..)))...))))(.((((((((..........(((.........)))................)))))))).)..(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((...(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))....)))))))...(((.((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((((...))))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.(..((....(((.............))).......................).)))).(((.((((....(((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((..(((...((.....)).)))...)))))))..((.(((((.....))))).....)).)))).)))))...))).....)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..((..((((((..((((.(....((.(...(((...((.....)).)))...))).)...))))..))))))..))..))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((..((...(((((..(((((((.(((((.......)))))..))).)))).......(((((....)))))...))))).(((((.((((((((.((.....((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((....))))))))))....(((((....))))).))))))).)))))))))(((((..((.((((((((.(((((...((((.(((.....................(((....))).))).))))...(((((.(((.....)))))))).((((....)))).....(((((((.(((.((((....((((....))))..))))....(((((((.((((......((((....)))).....)))))))))))............(((((((........)))))))......))).))))))).....)))))..)))))))).))......(((((((((((((.(((.(((((..((((.(((((.....)))))........((((.(.(((((((((((((.((((((((....((((((((.....))))))))..)))))))).)).))))))).(((((.((((...((((((.....((((((((((..(((.....)))....)))))))))).....(((((......)))))))))))..)))).))))).)))).).))))...((((((((..((...((((.........))))))..))))))))...)))).))))).))).))))((.............))(.(((((......(((((((.(((((((.((((..((((.(((((....)))))..))))...........)))))))))))...((((((((.(((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((....(((((((....)))).)))..((((((((....)))))))).)))))))...(.((.((((((((..((((((((((((((....)))(..(((......))).).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..(..(((((.....)))))..)....))))).)))))...)))...))))))))....))))))).....)))))).))))...(((((((.....(((((((..((((....))))..)).))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))..))))..))).))))..)))))).)))))))))............)))))........)))))))))).((((.(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))).))))..)))))......))(((((((((....))))))))))))))))))))..... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((..(((..(((((..(((((((.(((((.......)))))..))).)))).......(((((....)))))...))))).(((((.((((((((.((.....((((((..(((..(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...)))).....((((((((((....))))))))))....(((((....))))).))))))).)))))))))(((((..((.((((((((((((((....(((..((..((((((..(((....)))((((....)))).))))))....(((((.(((.....))))))))........))..)))...(((((((.(((.((((....((((....))))..))))....(((((((.((((......((((....)))).....)))))))))))............(((((((........)))))))......))).))))))).....))))).))))))))).))......(((((((((((((.(((.(((((..((((.(((((.....)))))........((((...(((((((((((((.((((((((....((((((((.....))))))))..)))))))).)).)))))))...((((((((...(((((......((((((((((..(((.....)))....))))))))))....((((((......)))))))))))..)))).))))..))))...))))...((((((((..((...((((.........))))))..))))))))...)))).))))).))).))))(((((((...)))))))..(((((......(((((((.(((((((.((((..((((.(((((....)))))..))))...........)))))))))))...((((((((.(((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((....(((((((....)))).)))..((((((((....)))))))).))))))).(((.((.((((((((..((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((.....))))))).....)))))..))))...)))...))))))))))..))))))).....)))))).))))...(((((((.....(((((((..((((....))))..).)))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))..))))..))).))))..)))))..)))))))))............)))))........)))))))))).((((.(((..((((((..(((((...(((((((.((((..(((....))).)))))))))))..)))))..))))))..))).))))..))))).....))).((((((((....)))))))).)))))))))))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
AUGAUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACGAACGCUGGCGGUGCGUUUUAAGCAUGCAAGUCGAACGGCAAGGAAGCGAAUUUUCGUUUCUCUAGAGUGGCGGACUGGUGAGUAACGCGUGGGUAAUCUGCCUUUGAGAUGGGGAUAGCCUCUAGAAAUAGGGGGUAAUACCGAAUACGCUCUUUUGGACGUAGUCUUUGAGAGGAAAGGGGCUGCGGCCUCGCUCAGAGAUGAGCCUGCGACCCAUUAGCUUGUUGGUGGGGUAAUGGCCUACCAAGGCGUCGAUGGGUAUCCGACCUGAGAGGGUGACCGGACACACUGGGACUGAGAUACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGCUAAGAAUAUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCGACACCGCGUGGAUGAGGAAGGUCGAAAGAUUGUAAAGUUCUUUUGCCGACGAAGAAUGAGGACGGGAGGGAAUGCCCGUUUGAUGACGGUAGUCGUGCGAAUAAGCCCCGGCUAAUUACGUGCCAGCAGCCGCGGUAACACGUAAGGGGCGAGCGUUGUUCGGAAUUAUUGGGCGUAAAGGGCAUGCAGGCGGACUGGUAAGCCUGGUGUGAAAUCCCCGAGCUCAACUUGGGAACUGCACUGGGUACUGCUGGUCUAGAAUCACGGAGGGGAAACCGGAAUUCCAAGUGUAGGGGUGGAAUCUGUAGAUAUUUGGAAGAACACCGGUGGCGAAGGCGGGUUUCUGGCCGAUGAUUGACGCUGAGGUGCGAAGGUGUGGGGAGCGAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACACAGUAAACGAUGUACACUAGGUGUUGGGGCAUGAGUCUCGGCGCCGACGCGAACGCAUUAAGUGUACCGCCUGGGGAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGAUACGCGAGGAACCUUACCCGGGUUUGACAUCAAGAGGAGCGCCGUAGAAAUGCGGUGGCGUAGCGAUACGCCUCUUGACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCUACUGCCAGUUGCCAGCAAGUGGUGUUGGGGACUCUGGCGGAACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGGCCCUUAUGUCCGGGGCUACACACGUGCUACAAUGGUUGCUACAGAGCGAUGCGAGGUUGUGAAGUGGAGCAAACCGCAAAAAGGCAAUCGUAGUCCGGAUUGAAGUCUGAAACUCGACUUCAUGAAGUUGGAAUCGCUAGUAAUCGCACAUCAGCAUGGUGCGGUGAAUGUGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUCCGAGUUGGAGAUACCCGAAGUCACUAGCCUAACCCGCAAGGGAGGGCGGUGCCGAAGGUAUGUUUGGUAAGGAGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((....((((((((....))))))))....))))))......(((......((((((((..((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....)))).....(((((((((((...)))))))))))....(((((....))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).{.(((((((...(.....(((((((........))))))).....)....)))).))..})..((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((...a.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))).)))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........aaaaaa..(((((((((((....)))))))))))...aa..))AA.....AAAAAAA))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....(((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))))))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..(((....))).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....))))))))))..............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((((.((..(((((.(((..(((((...(((..((((((((((((..((.(((.((((...((.(((((((((((....))))))).))....)).)))))).))).))...(((.(((((.(((..(((((((.(((((.((.((((((....)))))).))...(((((........))))).((((((((((........)))))))))).))))))))))))...(((.(((.((((((..((.(.((((((((.......)))))))).).))..))))))..(((((((....))))...))).....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).))).))))))))...((((....))))...)))))).))))))))).........((((....)))).....)))))...)))..(((........((((((.((...........(((((...(((((((((......((((((.(((..(((((((((.((....))))...)))))))..)))....................((((((((.((((........((((..(((.(((..((((......((((((.....))))))....))))..)))..)))..))))....((((..(((((..(((((..((((((((((..(((.....)))....)))))))))).....))))).((((..((((((..(((..((((.((((.(((......)))...((((((...((...((((.........))))...))))))))......))))..(((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))....(((...((((..((((....))))...))))..))).)))).)))..))))))...(((.(((.(((((.((......((((........))))..((((.....))))......((((((((..(((((((....))))))).((((....)))))))))))))).))))).))).))).))))..(((((((((....)))...(((......)))...))))))....)))))..((((((((.((((((.....)))))).)))..)))))...((.(((((.....))))).))...)))).((((((.....))))))...))))))))))))))))))...)))).)))))...(((((((....((((((.(((..(((((((((.(((......((......))..........(((((....)))))...))).)))))))))..)))..)))))))))))))...)))))(((.(((.(((.(((....)))))).))).))).....)).)))))).((((.(((...(..((.(((((....(.((((.((((..(((....))).)))))))))....))))).))..)...))).))))...))).........(((((((((....))))))))))))))))))))...) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................((((((............................((((((((....))))))))........................................(((((((.(((((....((((((....))))))...............(((((((((((...)))))))))))..............))))))))))))...........(((((((......((((((((.......))))))))......))))))).((((((((....))))...))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))...)))))).......................................((((.........................................)))).........(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))..))))))))).............(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((......((((((((..(((((((....))))))).............)))))))).........................................((((......))))..................((((((((((((((((.....)))))))))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......))))))))...(((((((((..........................................))))))))).........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...........))))))))..................................(((((.........................................)))))...............................((((((((((....)))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((.......((((((....)))))).......)).))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((.....))))))))))...................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................)))).).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))............... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((.......((((..(((((.((((((.((....(((...........((......(((((((....)))))))......))..................((((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((.....))))))))))..................))))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((......((((....)))).....))))..((.(((((.........................................)))).).))....(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.........(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).....((.(((...((((.(.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))).......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((...........)))..................((.......))..................((((((((....)))))))).....(((((((...((((......................................((((((....))))))(((((.((((((((((((............................((((((.((((((((((....))))).....(((((((.(((..((((((((.......)))))))))..)).))))))).((((((((....))))...))))....(((((.(((.....))))))))..........))))).))))))........((((...(((((....))))).))))..........................((((((.........))))))..((((.........(((((((.(....).)))))))..........)))).........(((((......(((((((((.((....))))...)))))))))))))))))).)))))).)))))......................(((((((((.((((((((((...(.((((((.....)))))))..))))))))))..)))))))))....((.........(((((((..((((((((((.................)))))))))).....))))).............)).........))...................(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...............)))))))..((((((((((..((((....))))...))))..................((((....)))).........................................)))))).......(((((((...(((((((....)))))))(((((....)))))))))))).............((((....))))(((((((....)))...(((......)))...))))........(((.(((((((((.((((((.....)))))).))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))((((((.....))))))..((((((.......))))))................(((((((..........................................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))........................))))..)))))))..........(((((.(((((....(.((((.((((..(((....))).)))))))).)...))))).))))).(((((((.(((...(.......).((((((((((....))))))))))..)))))))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((.....((.(((..(((..((......(((((((....)))))))......)))))......(((.......(((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((((..((((...))))..)))))....(((((....))))).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))........(.(((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((...(.....(((((((........))))))).....)....)))).))))....(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))..........(((.....(.((((...(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((.(((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))..))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((....)))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....)))((((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((.....(((........))).........(((((((......(((((((....((((((....)))))).(((((....))))))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((.(((...(((....)))...))..).))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..((((((.(((((....(.(((..((((..(((....))).)))).))).)...))))).))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........)))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((...............(.(((((....))))).)...........................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......(((((((.(.....).)))))))....................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.......((..............)).......)....))).)).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))).)))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((..))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((....((((((....))))))...(........)..))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..(.......)..)).....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((......)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))).............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.....((((((((....)))))))).....)))))................((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((((..((((...))))..)))))...................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((.........((..................))..........))).)).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))).)))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...(((((((....)))))))..(((....)))..))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(........).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((...[[[[[)))....]]]]].(((..[[[[...((((.......)))).....)))..]]]]..((((((((....))))))))(((....[[[[[[...(((.....))).)))....]]]]]]...(((.(((......((((((....))))))......)))..[[[[))).......]]]](((((((((......(((((.[[[))))).))))))))).....]]].(((((((.((((..(((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................(((((..(((((....))))).[[[.(((....)))))))).(((((.((((....))))......)))))...]]]...........(((((((.[[[....))))))).(((((....)))))..........]]]((((..[[[[[[[.....)))).......]]]]]]].....((((...))))........(((((((((.((((........(((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))..)))))))))....((((..(((((..(((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)))))(((((..((((((..(((..((((...........(((((.....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...............))))))))))))...((((..((((....))))...))))......)))).)))..))))))...(((.(((.(((((...(((...((((........))))((((((.....))))))))).((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))))))...))))).))).))).))))).(((((((((....)))..((((......))))..))))))....))))).(((((((...((((((.....)))))).....))))))).....(((((.....)))))......)))).((((((.....))))))...))))))))))))).(((......[[[)))...]]].((((.....[[[[[[))))((((((...((((......))))......))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))]]]]]]....(((((((.........)))))))...(((((...[[[[[.....)))))..]]]]]...(((..((((...)))).(((((......((((.((((..(((....))).)))))))).....))))).......[[[[[[[)))...............(((((((((....)))))))))......]]]]]]].. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....((((((...................((((...............................(((((((....))))))).......aaaaaa.............(((((...........................((((((....))))))(((((.((((((((((((.......((((((((((........)))))))))).....(((((....)))))((((.(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....)))))))).............((((...(((((....))))).))))(((((((((.............(((({{..))))......(((((}}.......)))))...(((((((........))))))).....)))).)))))........(((((......(((((((((.((....))))...)))))))))))))))))).)))))).))))).((((((.........(((...(((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))..)))))))))...(((((((........((((..((((((((((.................)))))))))).....))))........<<<<<<<<<<<.))).)))).....((...(((((...((((((...((...((((.........))))...))))))))..........ddddd...(((((((((((....)))))))))))........)))))..))DDDDD..((....((((.(((((....)))))..))))...))......>>>>>>>>>>>..........................(((........))).((((((.....))))))....(((((((...(((((((....)))))))(((((....)))))))))))).......))).((((...((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((((.((((((.....)))))).))..))))))).....(((((.....)))))...........cc)))))....))))CC..[[[[[[.))))))]]]]]]...)))))........((((((......bbb..........((........)).............))))))...........(((((((........)))))))............BBB.....(((((((.........)))))))..........................))))AAAAAA((((.(((...(((((.(((((......((((.((((..(((....))).)))))))).....))))).)))))...))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).)))).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((((...))........................................(.((..(((((..........)))).)))..)....................(((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......((((((.(((...)))))).))).....((..........)))))))))).))))))))))..(((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...)))))...((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))..((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(...((((((((..........)))))).))..)....)))).)))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)))........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))...((((.((....))..((.(((((...((((..((((...(...))))))))).................((((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))))))...))))).)).)))).(((((.((((((.((....)).(.((((......))))).))))))....(((....((((((.((((((((.....))))).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))).................................................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))............((((..((....))..)))).....(((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((....))).))))))))))..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....)))))))))))))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((.((((.................(((((.......)))))...((..((.((.(((((((.(....)).)))).)))).)))).................(((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((((((.((((...)))))).))))))................))))))))..)))))))))..(((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...)))))....(((((((....))))...))).....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))....((((((((.(((....((((((....))))))...))).((((.(((((...(.((..((((((..........)))))).))..)....)))).).))))..))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)..........................((((.(.((((.(((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))....((((((((...(((((((.(..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....).....((....)).)))))))..))))).)))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))...........((((((.(((((((((((....)))))))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...............((....)).....(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((((((......((.(((((...((((((....))))))..(((....)..))))))).))................((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((...(((((((((.((((((.....)))))).))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))......................))))))).......))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))...........(((((((.........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..(((....))).))))))))))...))))))))))))..))).)))).))))..........(((((((((....)))))))))))))))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((..................(((((((.(..............((......))..((((((((....))))))))...((...(((((((((((((((.((((((.(((..((.((((......))))....((((((....)))))).((((.((((((((((((....((.((((((((((........)))))))))).))..(((((....)))))((((.(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))..........((((...(((((....))))).)))).(((((((((((..........((.(((((((.........)))))))))............(((((((........))))))).))).)))).)))).........(((((......(((((((((.((....))))...)))))))))))))))))).)))))).))))..(((((((.(((((....(((((((((((((.(((((((((....(.((((((.....)))))))...)))))))))..)))))))))...(((((((..((((.(((((..(((((((((((.(((.....))).)..)))))))))).....))))).((....))....))))..))).))))...(((......)))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....))))))).))))...((((..((((....))))...)))).........(((((.(((((((....)))(((.(((((.((.......(((........))).((((((.....))))))....((((((((..(((((((....))))))).((((....)))))))))))))).))))).))))))).))))).(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((...(((((((((.((((((.....)))))).)))..))))))..((.(((((.....))))).))...).)).((((((.....))))))...)))))))))))).))..))).)))))).))).(((((((((.((.(((........))).))..((((......)))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))).))))))))..))))...)).(((.(((.(((.(((....)))))).))).))).).))))))).....((((.(((...(((((.(((((....(.((((.((((..(((....))).)))))))))....))))).)))))...))).))))................((((((((....)))))))).))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((.(((...(((..((((((.(((((((((........(((.........................................(((...(((..........((((((...((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((.....)))..........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))...)))((((....)))).....)))...(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))...........((((...(((((....))))).))))))).))))))...(((......((((....)))).....)))......(((((.........................................)))))........(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))).)))((.....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.((((......((((((.....))))))....)))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((((((((((((((....)))))))))))...((....))..)).))))))))))..)...((((((((....)))).....................(((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........)))).........((((((..................(((((....))))).......................((((((......(((.((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))))))))))....)))).))........))))))....)).)))))))).)...(((((((......((..((...(((....)))...))....))......)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........))))))).))))...))))).....((((.(((..((((((..((((......((((......................)))).....))))..))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).)))..... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((..((.((((....)))).))..))..)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....))))............(((.....)))...........((..........)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).)))).))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.(....).))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((..(((.((((.((((((.((((((((((...(((.(((....(..((..(...((.((((....)))).))...)..)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(.......(((.....))).......)...((..........)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))).......(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(................................)....)))).))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.((((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((....)((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...))))))).....)....(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((((.((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))....(((...(((((((...((..((.(...)..))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))))..))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((.(((...(((....)))...)))...))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..(((..(........).))).))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((..((.((((....)))).))..))..)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))............(((.....)))...........((..........)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).)))).))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((......)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..(((.((((((....(.((((.((((((.((((((((((...(((.(((..(((..((..(...((.((((....)))).))...)..)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((.....)))...........((..........)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))).......(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(................................)....)))).))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).).....(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....)((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((((.((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))))..))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....((((((..(((..(........).))).))))))...))))..))))))..))).))))...))..)))..((((((((((((....))))))))).....)))))).... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Pknots
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((........(((((....)))))........)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((.....)))..........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................)))).).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((.............))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((.(((...((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((........(((((....)))))........)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).........((((((((.....)))))))).....................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................)))).).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))((.....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.((((......((((((.....))))))....)))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))))))..)...((((((((....))))....................((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((.(((((..(((.(((....))).)))...((....))..))))).)).(((.(((....((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........))))))))))))...))))).....((((.(((..((((((..((((......((((..(((..((......)).))).)))).....))))..))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).)))..... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((..(((((..(((.((((((..((....))...)))))).)))...........(((((..((((((((....))))))))...((..(((((.((((((.(((.((((((......(..(((((.....((((.((.((((((....)))))).))..........(((((....((((...(((((((((......(((((....))))).))))))))).(((.(((.((((((..((.(.((((((((.......)))))))).).))..)))))).((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))).(((((((.((((((((((...((.(((((((.........)))))))))............(((((((........)))))))..(((((..(((((((((..(((((((.......(((((((((.((....))))...))))))).(((..((.(((.(((((.(((((((((..((((..((((((....((((..(((.(((..((((......((((((.....))))))....))))..)))..)))..))))....((((.........(((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))))).((....((((((..(((..((((.....(((((..((((((...((((((...((...((((.........))))...))))))))......((.(((......(((((((((((....))))))))))).)))))..)))))).)))))....(((...((((..((((....))))...))))..))).)))).)))..))))))....)).)))).))))))..)))).))))))))).).)))).)))))..))))))))))...((((((((..(((((((....))))))).((((....)))))))))))).......)))))))))..))))).))))).))))).)))))))......))))......)))))...))))..(((((((((.((((((.....)))))).)))..)))))).....(((((.....)))))..)))))..).((((((.....)))))).(((((((.......)))))))..)))))).)))...(((((((....((((((.(((..(..((((((.(((......((......))..........(((((....)))))...))).))))))..)..)))..)))))))))))))...))))))((.(((.(((.(((....)))))).))).))......)))))..)).((((.(((...(..((.(((((....(.((((.((((..(((....))).)))))))).)...))))).))..)...))).))))..)))))........(((((((((....)))))))))))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((..((((.((((.((((((.((((((..((...(((.(((..(..(..................................................................................(.(..((..))..).).......)..)...(..(...((.........................(...)(......)....))..............(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))....)....)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))...))))))..((((.(.((...(.....).)).)...)))).(((((((((...(.(...........................).....).)))).)))))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((.(((((...(.((((((.....)))))).).))))).)))...))))))))...(((..(((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))...)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))((.....((((((((((((.(((((((((((....)))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.(.(((..(...(((....)))...).............))..)))).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((...((...((......)).))....))))))).(((.(.(((.....))).).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...((..((.....))..))..)))).)...))))..))))))..)...))))..)))))......))(((((((((....)))))))))))))))...))).)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((..((((.((((.((((((.((((((..(((...((.(((..((((..................................))))...(.((.((((....((((((...((...(((((((...((.(...((((((....)))))).)....))...(....(...................)....)..((..........)).)))))))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))...))))))..((((.(.((...(.....).)).)...)))).((..(((((...(.(...........................).....).)))).).....))(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))...))))))))...(((..(((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))...)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))((.....((((((((((((.(((((((((........)))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((((((((..(((..((....))..)))...(........))))))))).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((...((...((......)).))....))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....(((...(((...((.....)).)))..))).)...))))..))))))..)...))))..)))))......))(((((((((....)))))))))))))))...))).)) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((..................(((((((.((........(((..(((....)))...(((((((....))))))).........(((((((((((((((.((((((.(((....................((.((((((....)))))).))...((((((.((((...........................((((((((((..((((((.......((..(((.((((((..((.(.((((((((.......)))))))).).))..)))))).((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))).))................((((....))))....))))))..))))............((((....))))...........((((((((.........(((((((........)))))))..........)))).))))...)))))).(((..(((((((((.((....))))...)))))))..))).))))..)))))).......(((((((..((((........((((..(((.(((..((((......((((((.....))))))....))))..)))..)))..))))....((((..(((((..(((((..((((((((((..(((.....)))....)))))))))).....)))))(((((..((((((..(((..((((............(........((((((....(...((((.........))))...).))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))...)....((((..((((....))))...))))......)))).)))..))))))...(((.(((.(((((.((...........................................((((((((..(((((((....))))))).((((....)))))))))))))).))))).))).))).))))).(((((((((....)))(..(((......))).).))))))....))))).(((((((((.((((((.....)))))).)))..))))))..(..(((((.....)))))..)...)))).((((((.....))))))...)))).))))))).....))).)))))).)))..((((((((.......................((((......)))).....))))))))...(((((..(((((((........))))))).....))))).))))))))..))))......))).(((.(((.(((....)))))).)))....)).))))))).....((((.(((...(..((.(((((....(.((((.((((..(((....))).)))))))).)...))))).))..)...))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))))))).... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((..(((((..(((.((((((..((....))...)))))).)))...........(((((..((((((((....))))))))......((((((..(((((.(((.(((((((((..(((..(((((((.(((((.((.((((((....)))))).))...(((((........))))).(((((((..(........)..))))))).))))))))))))...(((.(((.((((((..((...((((((((.......))))))))...))..)))))).((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).)))...(((((....((((....))))..)))))..)).))))))).......((((((........((...(((((((.......)))))))....))....(((((..(..((((((((((....))))).))))).((((((((.........((((.((....))))))..((((((((((((..((((((..(((.(((...((((....((.(((((((..((((..(((.(((..((((......((((((.....))))))....))))..)))..)))..)))).(((((.(((.......(((((..((((((((((..(((.....)))....)))))))))).....))))).((....)).(((((((.((..((.((((((((((..(((((...((((((...((...((((.........))))...)))))))).((...((..(((((((.((((..(((((....)))))..))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))......))...)).)))))...)))))((((.....))))...))))).))..)).)))))))....))))))))....((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))))))......))))))).))..)))).(((((..((....))..).))))))).))).))))))..)))..(((((.(((((((...((((((.....)))))).....)))))))..((.(((((.....)))))))..))).)).((((((.....))))))....))))))))))))))))).(((.((..(((...((((((((((..((((((.(((..(..((((((.(((......((......))..........(((((....)))))...))).))))))..)..)))..)))))).)))...))).))))...)))..)))))...)..))))).)))))).))).))))).))))))((((.(((...(..((.(((((....(.((((.((((..(((....))).)))))))))....))))).))..)...))).))))..)))))........(((((((((....)))))))))))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
|
|
GUCAAUUUUAAAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUUAACGCUGGCGGCAUGCCUAAUACAUGCAAAUCGAACGAAGCCUUUUAGGCUUAGUGGUGAACGGGUGAGUAACACGUAUCCAAUCUACCCUUAAGUUGGGGAUAACUAGUCGAAAGAUUAGCUAAUACCGAAUAAUAACAUCAAUAUCGCAUGAGAAGAUGUAGAAAGUCGCUCUUUGUGGCGACGCUUUUGGAUGAGGGUGCGACGUAUCAGAUAGUUGGUGAGGUAAUGGCUCACCAAGUCAAUGACGCGUAGCUGUACUGAGAGGUAGAACAGCCACAAUGGGACUGAGACACGGCCCAUACUCCUACGGGAGGCAGCAGUAGGGAAUUUUUCACAAUGGGCGCAAGCCUUAUGAAGCAAUGCCGCGUGAACGAUGAAGGUCUUAUAGAUUGUAAAGUUCUUUUAUAUGGGAAGAAACGCUAAAAUAGGAAAUGAUUUUAGUUUGACUGUACCAUUUGAAUAAGUAUCGGCUAACUAUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACAUAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAUUUACUGGGCGUAAAACGAGCGCAGGCGGGUUUGUAAGUUUGGUAUUAAAUCUAGAUGCUUAACGUCUAGCUGUAUCAAAAACUGUAAACCUAGAGUGUAGUAGGGAGUUGGGGAACUCCAUGUGGAGCGGUAAAAUGCGUAGAUAUAUGGAAGAACACCGGUGGCGAAGGCGCCAACUUGGACUAUCACUGACGCUUAGGCUCGAAAGUGUGGGGAGCAAAUAGGAUUAGAUACCCUAGUAGUCCACACCGUAAACGAUCAUCAUUAAAUGUCGGCCCGAAUGGGUCGGUGUUGUAGCUAACGCAUUAAAUGAUGUGCCUGGGUAGUACAUUCGCAAGAAUGAAACUCAAACGGAAUUGACGGGGACCCGCACAAGUGGUGGAGCAUGUUGCUUAAUUUGACAAUACACGUAGAACCUUACCUAGGUUUGACAUCUAUUGCGAUGCUAUAGAAAUAUAGUUGAGGUUAACAAUAUGACAGGUGGUGCAUGGUUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCUUUCGUUAGUUACUUUUCUAGCGAUACUGCUACCGCAAGGUAGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAAUCAUCAUGCCCCUUAUAUCUAGGGCUGCAAACGUGCUACAAUGGCUAAUACAAACUGCUGCAAAAUCGUAAGAUGAAGCGAAACAGAAAAAGUUAGUCUCAGUUCGGAUAGAGGGCUGCAAUUCGUCCUCUUGAAGUUGGAAUCACUAGUAAUCGCGAAUCAGACAUGUCGCGGUGAAUACGUUCUCGGGUCUUGUACACACCGCCCGUCAAACUAUGGGAGCUGGUAAUAUCUAAAACCGCAAAGCUAACCUUUUGGAGGCAUGCGUCUAGGGUAGGAUCGGUGACUGGAGUUAAGUCGUAACAAGGUAUCCCUACGAGAACGUGGGGAUGGAUCACCUCCUUUCUUCGGAGUAAAUUUUUAAUUUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
............(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((((((...))))))))))))......(((......((((((((..((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....)))).....((((((..((((....)))).))))))....((((((......)))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......(((((...))))).....)))).a.(((((((...(.....(((((((((....))))))))).....)....))))))..A)..((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((...{.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....))))))).)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{..(((((((((((....)))))))))))...{{..))}}.....}}}}}}}))).(((......((((....))))....)))....>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((...(((((((....)))))))........))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((........)))))))..((((((((....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....)))))))))).....................................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((..(((.((((((((((((...))))))))).)))....((((((((.......((..........(((((.....))))).((((((((((.((((......(((((((......((((......))))....((((((....))))))......(((((.....(((((....((....))...))))).....((((((......))))))...)))))....)))))))..(..(((...(.((((((((.......)))))))).)...)))..)...((((((((....)))...)))))..((((.((((((((((...((.....((((....))))...(((((((.(((((((..(((((.(((....))).(((((..(.......((....))......)..))))).))))))))))))..(((.((((..((....((((((((........))))))))....))...)))).)))....((((..((((....(((((..(..(((.((((((......((((((....).)))))....)))))))))......)..)))))((((.(((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))).........((((((.....((((((..(((((....((((((((..(((........)))...))))))))....).)))).((((...((((((.((((..((((((((...((((((((......(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((..((((((....))))))..)))...((....))....))))))).))))))))....(((((....)))))...............((.(((....)))))..))))))))..(((((((.(((((((..(((((...((.((((((.....)))))).))...)))))....((((((....))))))..)))))))))))))).)))))))))).((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))...)))))))))).))))))..))))))).))))....))))..))))...)))))))...(((....)))...))..(((.......))).))))))))))....(((((((........)))))))....))))...)))).....(((((((..((....))))))))).....)))))..((((....(((.((...(((((......)))))...)))))..))))...)))))...))...((....)))))))))).(((..((.((((..(((((.....((((.....))))....((((((((((....))))))))))..)))))))))..))..))).....)))..)))).)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................(((((((.......................((((((...))))))......................(((((((........................((((((....))))))............................................................................))))))).............................................................................(((((............)))))......................................((((....)))).........)))))))........................................((((........((((((((........)))))))).........))))........(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))...))))))))).............(((((((.....((((((((...................)))))))).....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...............))))))).............(((((....)))))....................((((((((............((((((((..............................(((((((.................((((((....))))))..........................................................((((......))))..................(((((((........))))))).....(((((....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((...............(((....))).................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........))))))))..................................................................................................................((((((((((....))))))))))..................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((.........)))).((((..(((((.((((((.((..................((.((((((...)))))).))...................(((((((..((...((((((((((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((((((..((((....)))).))))))......................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((......((((.....)))).....)))).(((.(((((.........................................))))).)))...(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((..(((((((((....((((((((.....)))))))).)))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((..))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))..........(((((.((((((....((((((..((((((((.......(((........))).........(((((((.......((((((...(((((((....)))))))........))))).)...((.(((...((((.(.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((........)))))))..((.(((((....))))).))...........)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))...................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((.((((((((...)))))))))).......(((((.......))))).......((.((((((...)))))).))................................((((.......(....(.((((((....)))))).)....).........(((((...............))))).....((((((......))))))...........)))).((.((((.((((((..((((((((.......)))))))))))..))).)))).))......((((((..((((((((......((((((((((..........((((....))))((((((((.........((((....((((....))))..))))..........................................(((.....((((..((....((((((((.(....).))))))))....))...))))................................(((.((((((......(((((.......)))))....)))))))))(.........)......((((((((.((((((((((...(.(((((((.....))))))).))))))..)))))))))))))............((((((....))))))(((.......................)))...))).......(((((....)))))................................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.(((((((((((....))))))))((........))..))).))))))).............(((((....)))))...........................................................(((((...((.((((((.....)))))).))...)))))....((((((....)))))).................................(.(((((((((((.............(((......)))...)))))).....(....(((((((........)))))))..((.(((((....))))).)).......)..))))).)........................................................))))))))....((((........))))..............))))))))))........)))))...)))..))))))...................(((((((..((....)))))))))............(((..............))).................................(........................)................((((((.......)))).........((((((((((....))))))))))....)).(((.......)))((((((.....)))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(..(((((((((((...(((((....((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((.....))))).)))))......(((.......(((((((..((...((..(((((.((.....((((((....))))))......)).)......(((((...............))))).....(((((........)))))))))..))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)......((((....((((....))))..)))).)).))))))..((((......(((((...))))).....))))......((((...(....((((((((.(....).))))))))....)....))))........(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))).......)))))....))))..((....)).(((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((.......((((((((....(((((((...(((......)))......)))))))......))....((....))..)))))).......))))....(((((((......((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((....))))))((..........))))))).))))))).))))))).....(((((....)))))...............(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((.......(......).............(((((((......(((((((....((((((....)))))).........))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((........)))))))..((.(((((....))))).))..))..)).....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..((((((..(((((.....((((..(((..((....)).))).))))....)))))..))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....))))))))).......((((.......))))....)))))))..).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((.((((((((...))))))))))((())).(((((.......))))).......((.((((((...)))))).)).....(.((((...........)))).....((((((....(((...((.((((((....)))))).))...))).......(((((....((....))...))))).....((((((......))))))..........))))))((.((((.((((((..((((((((.......)))))))))))..))).)))).))....((((((((..((((((((.(.((.((((((((((..(((.....((((....))))((((((((.((..((.(((((....((((....))))..)))))..)).))....((((......((((.....)))).....)))).((((.((((..((....((((((((.(....).))))))))....))...)))).)))).........((.........(((.((.(((.((((((......((((((....).)))))....)))))))))((.......)))).(((((((((((.((((((((((...(.(((((((.....))))))).))))))..)))))))))))))..((((((((..((((((....))))))(((((..(((........)))...)))))...........(((((((....))))).))...)))).))))...)))(((((.(....(((((((..((...((((.........))))))..))))))).......)..(((((((.(((((((((((....)))))))(((((....))))))))).))))))).)))))(...((.(((((....)))))..)))..............((....))((....))....((((.....)))).(.....(((((...((.((((((.....)))))).))...)))))....((((((....)))))).....)................)))(((((((((.(((((((((((.((....))(((.(((......))))))))))))....(((((((((((((........)))))))..((.(((((....))))).))))...)))).))))).)).))))...)))((((.......))))...................))........))))))))....((((........))))..........))).))))))))))..)).)..)))))...)))..)))))))..)...............(((((((..((....)))))))))...........(((((...(....)...))))))...............(((...((((.....((((..(((..((....)).))).))))....))))...)))(((((((.......)))).........((((((((((....))))))))))....)))(((.......)))((((((.....)))))) |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.............(((...))).........................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......(((((.(((((....))))))))))........................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((.....)))).)...)))).....(((((...(.....(....................).....)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....))))))).)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))..........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((....((((((....)))))).(....)..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((......((((..(((..((....)).))).)))).....))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))..................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((...(.(.....).)...)))))................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......(((((((.(((....))))))))))........................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((.....)))).)...)))).....(((((...(.....((((((..........)))))).....)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....))))))).)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((.((....(((((....)))))..........))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((........)))))))..((.(((((....))))).))......)))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))..................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((((((((((...))))))).((.((((..((((((((...................((((((...)))))).(((((((((.((.((.((((.(((((((.((((.((((......))))....((((((....))))))................(((((....((....))...))))).((..((((((......))))))..))..))))..)))))))((((.(((.....((((((((.......)))))))).....))).)))).(((((.(((.....))).)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((((.((.....(((((....((((....))))..))))).....))....((((......(((((...))))).....)))).((((.((((..((....((((((((........))))))))....))...)))).))))...((((.(((((.(((((((((.((....)))))...))))))((((...((((((((((((((((((.(((((...((((((.((((((((((((..((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))..)))).))))))).(((((((((.((.((((.(((..((((....))))((((......((((....)))).......)))).(((((....))))).))).)))).))))).))))))..........(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((......((((((....))))))((((((....))))))....))))))).))))).)).((.(((((....)))))..))....((((..(((((((.((((.((((.....((....(((((((.((((((((.(((((...((.((((((.....)))))).))...)))))))).((((((....))))))....)))))))))))))).....))))..)))).))))))).)))).))))...))))).)).)))))))(((.....)))...(((((((((((((........)))))))..((.(((((....))))))).)))).))))))))))).....))))..((((.(.......))))).(((....))).....))))).))))..))))))))....((((........))))..........)))).)))).))))....(((((((........))))))).....(((((((.((((((.(((((((..((....)))))))))...........(((............)))(((((......))))).)))))).)).))))).)))))........((....))))))))))..)))).))..((((...((((.......))))..........(((((((((....))))))))).))))..((((.......)))).))))))))....... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((...)))))))).........((((((((...................((((((...))))))....................................((........)).....((((((....)))))).................((((...............))))......(((((........)))))...................((((.(((.....((((((((.......)))))))).....))).)))).((((((((....))))...)))).......((((((((((..........((((....))))((((((((.........((((....((((....))))..))))..................................................((((..((....((((((((........))))))))....))...)))).................................((.((((((......(((((.......)))))....)))))))).......(((((...(((((((((((.((((((((((.....((((((.......))))))..))))))))..)))))))))...((((((((....((((.......((((((((..((........)).....))))))))...........((((....))))))))...)))).))))..))))...)))))...((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....))))))).............(((((....)))))...........................................................(((((...((.((((((.....)))))).))...)))))....((((((....))))))............................((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((........))))))).....(((((....)))))........)))).))))).))).)))..................................................))))))))...(((....))).....................))))))))))....(((((((........)))))))....................(((((((..((....)))))))))...................................................................................))))))))..................((((.......)))).........((((((((((....))))))))))............((....))((((((.....)))))) |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((.(.(..((((((((...)).......................................((.(((((.....))))).))...................(((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(.(((((.(((((....)))))))))))....((..............)))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))...(((((((((.(((....((((((.....))))))...)))..(((((((((...(..((.(.(((............))).).))..)....)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..........))..........................(((.(.((((((((((((.((((((((((....(((((((.....))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))......((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.(((((((((((....)))))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..).)).....))......((((....))))..........(((((..((((...(...))))))))))...(((((((......(((((((....((((((....))))))(.(....))))))).)).................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(....).))))))...((.(((((....))))).)).....)))))))).......................)))))))...................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))............((((((........)))))).....................(((((((..........))))))).............(((..((....))..))).....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((..))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).))))........................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.(..((((((((...)))......................................((..(((((...)))))..))...................(((((((..((...((((.((.(.((..((.((((((....)))))).))...)))....((.(((((((.(((....)))))))))).))...(((((......)))))..)))).))..))))))))).((((((((((..((((((((.(...).)))))))))))..)))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).)))).....(((((((.(((....((((((.....))))))...)))..(((.(((((..((.((.((((((((........))))))))))..))...))))).)))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).....................................(((.(.((((((((((((.((((((((((....(((((((.....))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))......((((((..((...((((.........))))))..)))))).(((........((((((..(((((((((((..)))))))))))....((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..).)).....)))...(((.((....))..((.(((((.(.((((..((((...(...))))))))).................(((((.((...((((((....))))))..(....))))))..)).).))))).)).)))..(((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((....((((((........))))))...((.(((((....))))).)).....)))))))).............((((((.........))))))...............(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))............((((((........))))))......................((((((..........))))))............(((((..((....))..)))))...((((.(((..((((((((((((.(..((((((.((((..(((..))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))))))))))))........................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(...(((...((((((((...))))))))((.((((..((((((((..............(((((.(((((...))))).(.((((((.((.((.....)).))..((((((.((((((((.(((.((..((.((((((....)))))).))...)).)))....(((((....((....))...))))).....((((((......)))))).........))))))))..((((.(((.....((((((((.......)))))))).....))).)))).(((((.(((.....))).))))).......(((((((((...........((((....))))((((((((..(.....(((((....((((....))))..))))).....).....((((......(((((...))))).....)))).((((.((((..((....((((((((........))))))))....))...)))).))))...((((.(((((.(((((((((.((....)))))...))))))((((...((((((((((((((((((.(((((...((((((.((((((((((((..((((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))..))).))))))).(((((.(((.(..((((.(((...((((((((..(((........)))...))))))))..........(((((....))))).))).))))..))))..)))))..........(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((.((((.((((((....))))))..((((....)))).)))).))))))).))))).)).(..(((((....)))))...)....((((..(((((((.((((.((((.....((....(((((((.((((((.(.(((((...((.((((((.....)))))).))...))))))...((((((....))))))...))))))))))))))).....))))..)))).))))))).)))).))))...))))).))).))))))(((.....)))...(((((.(((((((........)))))))..((.(((((....)))))))..))).))))))))))).....))))..((((.(.......))))).(((....))).....))))).))))..))))))))....((((........)))).((.......))...)))))))))....(((((((........)))))))....)))))).)))))).).(((((((..((....))))))))).....))))).(((((...(....)...))))).............((.(((..........))).....))...((....))))))))))..)))).)).(((..(((((......................((((((((((....))))))))))..))))))))..)))...).((((((.....)))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((...)))))).)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....))))..............(((....)))............((..............)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((..))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..).)))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))........))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((........)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))......................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(...((((((...((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((...)))))).)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(.........(((....)))........)...((..............)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((.....)))).....))))..((.(((((...(................................)....)))))....)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...)..(...)((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...))))))).(....)...(((((((.((((((((((((..))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))..).)))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((.....(((......)).....)......(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))........))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))....(((...(((((((........)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).((((((((((..........)))))))...)))))...)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..(((..((....)).))).))))))...))))))))))))..))).))))...))....)((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))......................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((((((.((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((...)))))).)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))..............(((....)))............((..............)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((..))))))))))))...((....))....))))))))))))))).(((..((((....))))...))))..).)))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((........)))).).(....(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))........))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....(((((.((...(((....)))...)))...))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))......................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(...((((((....(.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((...)))))).)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(.........(((....)))........)...((..............)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((.(((((...(................................)....)))))....)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).).....(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))((....))..(((((((.((((((((((((..))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))..).)))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((......))..))........(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))........))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))....(((...(((((((........)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))....)((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))......................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(...((((((....(.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((...)))))).)))))......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(.........(((....)))........)...((..............)).)))))))..))))))))).(((((..((...((((((((.......)))))))).))....)))))..(((((((......))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((......((((.....)))).....))))..((.(((((.(((................................).)).)))))....)).(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).))))))))))..........((((......((((....((((((((((.(((((((((.......((((((.....))))))....)))))))..)))))))))...((((((((....(((((((....(((((((...((........))......)))))))....).((...))(....)..))))))...))))).)))..)))....))))....((((((........((((....(...))))).....))))))..........(((((((.((((((((((((..))))))))))))...((....))....))))))))))).)(...(...((((....))))....))...).)))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((......((......))............(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))........))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))((..(((......))).))))))))....(((...(((((((........))))))).....(((((....)))))........)))))))))....)).)..)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....((((...(((((((.(.....))))))))......)))))))))).)...((((((..........)))))))...........))))))..(....)....)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..(((..((....)).))).))))))...))))))))))))..))).))))...))....)((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))......................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..(((((.(((((((((...))))))))).....((((((((.((...................(((((.....))))).(((((..((.(((((......(((((((......((((......))))....((((((....))))))......(((((.....(((((....((....))...))))).....((((((......))))))...)))))....)))))))(((..(((.....((((((((.......)))))))).....)))..))).((((((((....)))...)))))..((((.((((((((((...((.....((((....))))((((((((..((((((((..(((((.(((....))).(((((.((.......((....))......)).))))).)))))))))))))((((.((((..((....((((((((........))))))))....))...)))).))))...((((..((((....(((((.....(((.((((((......((((((....)).))))....))))))))).........)))))((((.(((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))).........((((((.....((((((..((((.....((((((((..(((......))).....))))))))......)))).((((...(((((.(((((..((((((((...((((((((......(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((..(((((((....)))))))..))...((....))....))))))).))))))))....(((((....)))))...............((.(((....)))))..))))))))..(((((((.(((((((..(((((...((.((((((.....)))))).))...)))))....((((((....))))))..)))))))))))))).)))))))))).((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).))).)))...)))))))))).))))))..))))))).))))....))))..))))..))))))))...(((....)))...))..(((.......))).))))))))))....(((((((........)))))))....))))...))))).)).))))).....)).))))))))(((((.((((....(((((..((....))..)))))...((((..((..((((((..(((((.....((((..(((..((....)).))).))))....)))))..))))))..))..))))....))))......((((((((((....))))))))))..)))))....)))))..))))............... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((...((((((((...))))))))...((((..((((((((..............(((((((((((...))))))..(((((((((...........))).((((((.((((((((.(((....(((.((((((....)))))).)).)....)))....(((((...............))))).(((.((((((......))))))..)))....))))))))..((((.((((((..((((((((.(....))))))))))))..))).)))).(((((.(((.....))).)))))....(((((.((([[[[.)))))))).((((....))))((((((((.....((((((((....((((....))))..))))).))).......((((......(((((...))))).....)))).((((.((((.....((.(((((((((.....).)))))))))).......)))).))))...((((.(((((.(((((((((.((....)))))...))))))((((...((((((((((((((((((.(((((...((((...(((((((((((((.((((((((((.(...(((((((.....))))))).))))))))..))))))))))).(((((.(((.((.((((.(((...((((((((..(((........)))...))))))))..........(((((....))))).))).)))).)))))..)))))..........(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((.((((((....)))))).(((((....))))))))).))))))).)))))...(((.(((((....)))))..)))...((((..(((((((.((((.(((((..........(((((((.((((((((.(((((......((((((.....))))))......)))))))..((((((....))))))...))))))))))))).....).))))..)))).))))))).)))).))))...))))).))).))))))(((.....)))...(((((((((((((........)))))))..((.(((((....))))))).)))).))))))))))).....))))..(((.((.(....)))))).(((....))).....))))).))))..))))))))....((((........))))(((.......))).]]]]..........(((((((........)))))))....)))))).))))))...(((((((..........))))))).....))))).(((((............)))))..(((.......(((((((..........)))....)))).....)))..))))))))..))))...((((..(((((.....((((.....))))....((((((((((....))))))))))..))))))))).))))....(((((((...))))))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((...))))...)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))................(((....)))...............................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((.....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.((((......((((((.....))))))...)))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((..))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))............((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((....((((((....)))))).........))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((......((((..(((...........))).)))).....))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))........................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((....((((((...))))))..))))......(((.......((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).............((((....))))..............................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((....((((....))))..))))))).))))))..((((......((((.....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((..))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))............((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....(((...((...))...))).....(((((((........(((((....((((((....)))))).........)))))....(((.(((....((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((........)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))........................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..(((((..((((((((...))))))))((.((((..((((((((.......((..........(((((.....))))).((((((((((.((((......(((((((......((((......))))....((((((....))))))......(((((.....(((((....((....))...))))).....((((((......))))))...)))))....)))))))(((..(((...(.((((((((.......)))))))).)...)))..))).((((((((....)))...)))))..((((.((((((((((...((.....((((....))))((((((((..((((((((..(((((.(((....))).(((((..(.......((....))......)..))))).)))))))))))))((((.((((..((..(.((((((((........)))))))).)..))...)))).))))...((((..((((....(((((..(..(((.((((((......((((((....).)))))....)))))))))......)..)))))((((.(((((((..((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))).........((((((.....((((((..(((((....((((((((..(((........)))...))))))))....).)))).((((...((((((.((((..((((((((...((((((((......(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((..((((((....))))))..)))...((....))....))))))).))))))))....(((((....)))))...............((.(((....)))))..))))))))..(((((((.(((((((..(((((...((.((((((.....)))))).))...)))))....((((((....))))))..)))))))))))))).)))))))))).((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((........)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))...)))))))))).))))))..))))))).))))....))))..))))..))))))))...(((....)))...))..(((.......))).))))))))))....(((((((........)))))))....))))...)))).....(((((((..((....))))))))).....)))))..((((....(((.((.(.(((((......))))).).)))))..))))...)))))...))...((....))))))))))..)))).)).(((..(((((.....((((.....))))....((((((((((....))))))))))..)))))))).)))))..))))............... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................................(......((((...(((..(((..((....(..(..(.............)..)...((.(..(.(.....((.(..(((.............((((.....)))).....)))...)..))....).).(...((.(((...(((((((.......))))))).)))...))...)(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))).)......)...)...............(((((.....(((....)))...))))).....))....((((.((((...(......).))))...)))).((((.((((...(.(...........................).....).)))).))))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))................))).((.....((((...(((((((((((.(...(.((((.....(((((((.....)))))))..))))...)...))))))))...((((((((...(((((((((...((((((((..(((......))).....))))))))......))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((........)))))))))...............)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...).))...(((((((((((((....((((((..(((((((.(.(...(.((........)).).).)..(.(((((((......(...(((.(...(..((....))..)..........)..)).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((........))))))).(((.(((((....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......((.....((..((....)).))....)).....))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))......)........................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................(.......(.((.((((....((((((...((...((..(((.(.((.(...((((((....)))))).)....)).)......((((.....((....))....)))).....((..............)).)))..))..)).)))))).(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...................(((((.....(((....)))...)))))...........((((.((((...(......).))))...)))).((...((((......((..............................)).))))......))(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))........................((.....((((...(((((((((((...((((((((......((((((.....))))))...))))))))....)))))))...((((((((...(((((((((...((((((((..(((......))).....))))))))......))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((........)))))))))...............)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...).))...(((((((((((((....(((((((.(((((((.(.((....((........))..)).)..(.(((((((......((.((((....((((((....)))))).........))))..)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((........))))))).(((.(((((....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))....)(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......((((....(..((....))..)..)))).....))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))..........)........................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..((((...((((((((...))))))))((.(((((.((((((((...................((((((...))))))...................................((((..............((((((....))))))......((((......(((((...............))))).....((((((......))))))....))))...))))....(((..(((...(.((((((((.......)))))))).)...)))..))).........((((((..((((((((....(.((((((((((..........((((....))))((((((((..((((((((..(((((((((....))))(((((..(.......((....))......)..))))).))))))))))))).(((.((((..((..(.((((((((........)))))))).)..))...)))).)))....((((..((((.....((((.....(((.((((((......((((.(....)..))))....))))))))).........)))).((((.((((((...((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))).........((((((.......................(((((((...................)))))))............(((....(((((..((((..((((((((...((....))......(((((((.........(((................)))..............(((((((.((..(((((((....)))))))..))...((....))....))))))).....((((....(((((....)))))..))))..................))))))).))))))))..(((((((.((((((...(((((...((.((((((.....)))))).))...)))))....((((((....))))))...))))))))))))).)))).))))).(((.((.((((((((((((((....)))(..(((......))).).))))))....((((..(((((((........)))))))..(..(((((....)))))..).....)))).))))).))..)))....))).......))))))...)))))).))))....))))..))))..))))))))...(((....))).....................)))))))))).)......)))))...)))..))))))...................(((((((..(......))))))))...........................................................................(......)))))))))).)))).))((((..(((((.....((((.....))))....((((((((((....))))))))))..))))))))).))))..))))............... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((..(((((.(((((((((...))))))))).....((((((((.((...................(((((.....))))).(((((..((..((((......(((((((......((((......))))....((((((....))))))......(((((.....(((((....((....))...))))).....((((((......))))))...)))))....)))))))(((..(((.....((((((((.......)))))))).....)))..))).((((((((....)))...)))))..((((.((((((((((...((.....((((....))))((((((((..((((((((..(((((.(((....))).(((((..(.......((....))......)..))))).)))))))))))))((((.((((..((....((((((((........))))))))....))...)))).))))...((((..((((.......((((...(((.((((((......((((((....).)))))....)))))))))......(((((..(((((((((((....((((((((.....(((((((.....)))))))..)))))))).....))))))...((((((((...(((((((.....((((((((..(((........)))...))))))))............((....)).)))))))..)))).))))..)))))..)))))...(((((((.........((((((..........))))))...((((...((..(((((((.(((..((((((....))))))..)))...((....))....)))))))....(((((....(((((....)))))..)))))..))......))))...)))))))...))))..((((((((((.....(((.(((((...((..(((((.....)))))..))...)))))))).((..((((.((((.((((....)))).))))...(((.((.(((((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((........)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).))....))))))))))))...))))..)).)).))))))))....))))..))))..))))))))...(((....)))...))..(((.......))).))))))))))....(((((((........)))))))....))))...))))..)).))))).....)).))))))))(((((.((((....(((((..((....))..)))))...((((..((..((((((..(((((.....((((..(((..((....)).))).))))....)))))..))))))..))..))))....))))......((((((((((....))))))))))..)))))....)))))..))))............... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
UAUAAUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUUAACGCUGGCGGUAUGCCUAACACAUGCAAGUCGUACGAGAAUUUUAUUCUAGUGGCGGACGGGUGAGUAACACGUGAGAAUCUACCUCUAGGAGGGGGAUAACAGUUGGAAACGAUUGCUAAAACCCCAUAUGCCAUUAUUGGUGAAAAAGAUUUAUCUGCCUGGAGAUGAGCUCGCGGCUGAUUAGCUAGUUGGUAGGGUAAUGGCUUACCAAGGCAACGAUCAGUAGCUGGUCUUAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGAACUGAGAUACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCACAAUGGGCGAAAGCCUGAUGGAGCAAUACCGUGUGAGGGAUGAAGGCCUGUGGGUUGUAAACCUCUUUUUUCAGGAAAGAAACUUUGACGGUACCUGAAGAAUAAGCAUCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUCACUGGGCGUAAAGCGUCUGUAGGUGGUUUAUCAAGUCUGCUGUUAAAGCUUGAGGCUUAACCUCAAAAAAGCAGUGGAAACUGAUAGACUAGAGAAUGGUAGGGGCAGAGAGAAUUCUCAGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUUGAGAAGAAUACCGAUAGCGAAGGCGCUCUGCUGGGCCAUUACUGACACUCAGAGACGAAAGCUAGGGGAGCAAAUGGGAUUAGAUACCCCAGUAGUCCUAGCCGUAAACUAUGGAUACUAGAUGUUGUGUGAGUAAAAUUGUGCAGUAUCGAAGCUAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGAAGUACGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGACCCGCACAAGCGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGACUUGACAUGUUACUAAUUUCCUUGAAAGAGGAAAGUGCCUUUGGGAAAGUAAACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGUCUUUAGUUACCAUCAUUAAGUUGGGGACUCUAAAGAGACUGCCGGUGAUAAACCGGAGGAAGGUAAGGAUGAGGUCAAGUCAUCAUGCCCCUUAUGUCCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGUUAGGACAAUAAGUCGCAAAUUCGUGAGAACUAGCUAAUCUUAUAAACCUAAUCUCAGUACGGAUUGUAGGCUGCAACUCGCCUACAUGAAGACGGAAUCGCUAGUAAUCGCUGGUCAGCUACACAGCGGUGAAUACGUUCCCGGGUCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGCUGGCCAUGUCCGAAAUCAUUACUCUAACCUUAAUGGAGGAGGAUGCUUAAGGCAGGGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUUACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((((((...)))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....((((....)))).....(((....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((...{.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{..((((((((((((......))))))))))))...{{..))}}.....}}}}}}}))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((.((..((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....).))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Alterna
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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CMfinder(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((...(((((((((...))))))))).(((((((((.(((.........)))....(((((((.((((((((((((((..................((((((..((...(((((((.((((..((..(((((....)))))..))...))))...(((((....)))))....(((....))).)))))))..)).))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).(((((((.........)))))))..)))))))).))))))...(((((..((((....))))......((((((....))))))..)))))....(((((..(((((..(((((((((.(((.....((((....)))).....)))..(((((((((..................)))))))))..(((((((((...(((((((...((....)).....)))))))..(((.((((...((((...(((..(((((.....(((((...((((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..)))))).))..))))...)))))...((((((...((...((((.........))))...)))))))).(((..(((.(((((..((...(((.(((((.....(((((..((((((((...(((((((......(((((((((((.....(((((....)))))...)))..)))......))))).(((((....))).))...)))).)))...))))))))..))))).....))))))))((((((((..(((.....(((((((....))))))).(((((((.....(((....(((((.(((((.((((....))))(((((((((....)))..((((......))))..)))))))).))))))))((((((...((.(((......)))))...))))))..))).(((((.....)))))..)))))))..)))...)))))))).........))..)))))))).(((((..((((((.....(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))..))))))...)))))..)))....)))))...)))...))))..)))).)))...))))))..))).)))).))))).....)))))))))))))))))..))))))..((((.((.(((..(((((((....((..((.((((.((((..((.....)).)))))))).))..))...)))))))..)))))))))))).((((.....((((((((((....))))))))))..))))))))... |
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Carnac(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((.......................(((((...)))))......................((((((.......(((((((..........((((((....)))))).............(((((....)))))...............))))))).....)))))).............((((((((.......))))))))..............(((((((.........)))))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..))))))).........................................................................(((((......(((((((................))))))))))))........................................((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))))...((((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))..))))))..................................((((.........)))).....................(((((((.((((((((((((......))))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((...........((((((((..............................(((((((...............(((((((....)))))))..............................................................................................................................................................................................)))))))......)))))))).....(((((((...............(((....))).................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((.................((((....))))...........))))))))))))........................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((.((((((.(((((((((....(((......((...((...(((...)))...)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....))).................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....(((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).).))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((.......((((.((((((.((((((.......(((......((...((...(((...)))...)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....))).................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))....))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((..................))))))))....(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))..)))))))))....(.(((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..)))))..)...))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))...........(...((((((....(((((..((((((((......((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))..((.(((..(((((.(.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).)..)))))...)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...))).....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..).))))....(((((((..........)))))))...........))))))...............)...((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(.(((((((((...))))))))))..........((.......)).............((((.....))))......................((((((.......(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....))))....((((....))))................))))))).....))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).(((((((.........)))))))....(((((.(.........)))))).((((....))))......((((((....))))))..(((((....))))).................((((......((((....)))).....)))).(((((((((..................)))))))))..............(((((((((.((....)))))...))))))...........................(((.....))).......((((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))))...((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))....................)))))))..))))))....................(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...............)))))))..........(..(((((....)))))...)........................(((.((.....)).))).(((...((((........)))).)))..........................(((((((....)))))))..................................((((....))))((((.............(((......)))...))))............(((((((((.(((.(.....).))).))..)))))))..((.(((((.....))))).))....................................................((((......(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...))))....(((((((........)))))))....((.((((.((......(((((((..........))))))).....))))))....))...................((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.(((((((((..(((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((...))))).)))))......(((.......((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))......((....))..)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((...(.........)....))))))))....(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))))))....((((((.....(.((((...(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))).....((((((...(((((((....((((((((...(((......)))......))))))))...........((....)).)))))))..))))))......)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((......))))))))))))...((....)).....)))))))))))))......(((((....)))))..............(((((.(((((((.((..(((((.((((((((((....((((........))))........(((((((...............(((((((....)))))))((((..........))..))...((.((((..((((((.(....(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))..))..........).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).))..(((((((....((((..((.(.(((....))).).))....))))....)))))))......(....(((((((........)))))))....).......))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((((.((((......((((.((((..((.....)).)))))))).....)))).)))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....))))))))))))))..)))).)) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(.(.(((((((((...)))))))))).)...(((((((.......)))))....))..(.((((.....)))).)((((((.(((..........((((((..((...(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))...(((((....))))).....((....))..)))))))..)).))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......(((((((())))))))..(((((....)))))..((.......))....((((......((((....)))).....)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))...........(.......)(((((.....)))))...((((((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))))...((((((...(((((((.(..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....((.........))).)))))))..)))))).......))......((...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))))........(((((((.((((((((((((......))))))))))))......(((()))).)))))))..((((...(((.(((((....)))))..))))..)))......(((....)))((((.((.....)).))))((((..((((........))))))))....(((((((.......(.......(((((((....)))))))..((((.((..........)).))))....)...((((....))))((((.((....))(((.(((......))))))))))........(((((((((((((.(((.(.....).))).))..)))))))..((.(((((.....))))).))....))))(((((.......)))))...........)))))))........((((((.....(((((((...(((((..((.(.(((....))).).))....)))))...)))))))..))))))...(((((((........)))))))..(((((((((.((.((...((((((((.......).)))))))...))))))))().))))).......))).))))))((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))))........))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((...........((((...)))).......................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)...((((......))))...............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(..(...)..)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....(((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))).))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((...((((..).))).)))))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))...............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(..((.))..)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))........(((((((((((((....(((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((..((((((....))))))...((......))))))).))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).).))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((....))..))).)))).)...))))..))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))........ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((...))))))))).)))(((.[[[[)))......]]]]...((((...(((((...)))))....))))(((.[[[[[[....)))..........(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))....(((....))).)))))))....]]]]]]((((((((((((..((((((((.......)))))))))))...((((((...))))))........)))))))))...(((((.(((.....)))))))).(((.[[[[[)))......((((((....))))))..(((((....)))))...........]]]]].((((......((((....)))).....)))).((((((((.((((...))))...[[[[[))))))))..(((....)))......]]]]](((.(((.((((....((((.((((....)))).)))).....)))))))......(((((.....((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))))...((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))....................)))))))..)))))).((((...)))))))))...))).((((......[[[[[[[[....))))..]]]]]]]]............(((((((.((((((((((((......)))))))))))).......[[[[....)))))))..(((....(((.(((((....)))))..)))...)))..(((.(((....)))..)))]]]]...((((..[[[[[..[[[[))))....]]]]]]]]]......(((((((((..........(((((((....)))))))(((((.....................))))).((((....))))[[[[[[(((....))).....)))))))))....]]]]]]....((((..[[[[[[[................))))...]]]]]]].....(((((.....)))))......((((((((((.......)))))..[[[[))))).....]]]]......((((((.....(((((((...(((((.......(((....))).........)))))...)))))))..))))))...(((((((........))))))).............(((....[[[[[[[...)))....]]]]]]]...((((....[[[[[..))))......]]]]]...((((.(((..(((((((.((((......((((.(((((.......)))))...)))).....)))).)))))))..))).)))).((((.....[[[[((((((((((....))))))))))))))....]]]]. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((((((((.((((((.((((((((((((..((.(((..(((((((.(((((...))))).)).)).)))..))).))....((((((..((...(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))....((((....)))).....(((....))).)))))))..)).))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))..(((((....))))).))).)).)))))))..((((..((..((((....)))).))..)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))..((((.((((((((..((..((.((((((((.((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))))...((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..)))))).((((...))))..(((...(((((((..((...((((.........))))))..))))))))))...)))))))).))......((.(((((.....(((((..((((((((.....(((((......((((((((..((.((.(((((....)))))..))))..)))......))))).(((((....))).))...)))))......))))))))..))))).....))))))).((((((((((.((((...(((((((....))))))).(((((.((..........)).)))))..(((((((((....)))).))))).)))).))))))))))..((..(((.....)))..)).....(((((((...((.(((......)))))...))))))).))..))))))))...))))(((..((((..(((((.......))))).)))))))...)))))))))).....((((((.....(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))..))))))...(((((((........))))))).......((((.((.((...(((((((..........)))))))...))))))))(((((..((....))..)))))((((.((..((..(((((((.((.((..((.((((.((((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))..)).))))))..((.......)).(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.....((bbb(({{{))bbb)).........................................................................(((((.......(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))...............))))))).....)))))(((((((..(((..((((((((.......)))))))))))....))))...((((((aa..aaaa...))))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......((.........[[[))..(((((....)))))..]]]......................((((....)))).....AAAA.(((((((((..................)))))))))..AA.....<<...<<<<<<<<<.<<.)))>>>>>...>>>>>>...>>.........................................(((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))))....((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))))....................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))).............(((((....))))).............................................((((...((((........)))).)))).........................(((((((....)))))))..................................((((....))))(((.(((....)))...(((......)))....)))............(((((((...(((.........))).....))))))).....(((((.....)))))........................................BBB..}}}......((((((.....(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))..))))))...(((((((........))))))).......(((..((......(((((((..........))))))).....)).))).........................((((.(((..(((((((.((((......((((.(((...........)))...)))).....)))).)))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))BBB....))))... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.(((((...))))).))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))...(.(........).).....((....))).))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....))))))))..(((....)))...................(((...(((((....))))).)))....(((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(......).......)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)).........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((.......(((((((.((((((((((((......))))))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)).......(((....)))...........((((..((((...(...))))))))).....((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).................(((((.((((((.((....)).(.((((......))))).))))))....(((...(((((((.(((((((.....)))).)))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))).....................((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....))))))............(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((...))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.((((.....)))).))....((((((((.(.....((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((((....)))).))..((....)).)))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))..((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((..((.........))...)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)))........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))...(((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..)))))).)....))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.((((((((((((......))))))))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))........((....))....(((((((.((((..((((...(...))))))))).....((((((..(...((((((((..((((((....))))))...(((....))))))))).))).((.((.((((((((.(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....((((...((((((.(((((((.....))).))))..))))))...((.(((((.....))))).))...).))))))))....)....)))))))))))...))))))........))))))).....(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...))).....)))))))............((((((........)))))).....................(((((((..........)))))))..................((....)))))))))))..(((.(((..((((((((((((...((.((((..(((..((.....)).))).)))).))..))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((((((((.((((((.((((((((((((..((.(((..(((((((.(((((...))))).)).))).))..))).))....((((((..((...(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))....((((....)))).....(((....))).)))))))..)).))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))...((((....))))..))).))).))))))..((((..((..((((....)))).))..)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))..((((.((((((((..(...((.((((((((.((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))))...((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..)))))).((((...))))..(((...(((((((..((...((((.........))))))..))))))))))...)))))))).)).......(.(((((.....(((((..((((((((.....((((.......((((((((..((.((.(((((....)))))..))))..)))......))))).(((((....))).))....))))......))))))))..))))).....))))))..((((((((((.((((...(((((((....))))))).(((((.((..........)).)))))..(((((((((....)))).))))).)))).))))))))))......(((.....))).........(((((((...((.(((......)))))...)))))))..)..))))))))...)))).((..((((..(((((.......))))).))))))....)))))))))).....((((((.....(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))..))))))...(((((((........))))))).......((((.((.((...((((((((.......).)))))))...))))))))(((((..((....))..))))).(((.((..((..(((((((.((.((..(..((((.((((..((.....)).))))))))..)..)))).)))))))..)).)))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((.(((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(((((...))))).)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....)))).....(((....)))......((......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))))))))))).(((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.(((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).))))))))((...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...))((((..(((((((.(.....)))))))).....)))).).)))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((.(((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(((((...))))).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....)))).....(((....)))......((......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))))))))))).(((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....)))))).)))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((..((.....((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.(((...))).).)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))......((......)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))).....((((....)))).))))))((((((..(((((((((((((.((.(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.(((..(((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((((((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....))))).))))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))).)))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))..((....))..((((((((((((....))))))))).....))))))))) |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((...(((((((((...))))))))).((.((((((.(((.........)))....((((((((...........(((((.(((.(((((......((((((..((...(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))....((((....))))................)))))))..)).))))))....((((((..(((((((.((...(((((..(((((((....(((.((.(((((((.........))))))).)).((((.((((.....)))))))).(((.(((((...((....((((((....))))))...((((....))))......))....))))).))).)))....)))).))).........((..(((((((((..................)))))))))..))....)))))...)).))))))).(((.((((.((.((((.((((....)))).))))..)).)))))))......((((((((((.(((((((((..((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...))))))))).(((...((.(((((((.......((((((((((.(((......)))....)))))))))).......(((.((....(((((((((.((((.....((((((((((((.(((...(((((((..((...((((.........))))))..))))))).(((......(((((((.(((((((..(((......)))..)))))))...((....))....)))))))((((((.......(((((....)))))...((((((((......(((....)))..((((((((..((((.(((......)))))))..)))).....(((....))).))))............(((((((....)))))))...))))))))..........)))))).)))..(((((....)))))))).)).)))).)))))).....)))).)))..))))))...(((..((((((.((.((.............((.(((....))).)).(((((.....))))).)).)).))))))..)))....)).))).))))))).....)).((.(((((..((((((.....(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))..))))))...))))).))....))).))))))....)))).....))))))..))))).))).)))))....(((.(((....))))))..))))))))..)))))).))..((((..((..(((((((.((.((..((.((((.(((((.......)))))...)))).))..)))).)))))))..))..))))..........((..((((((((((....))))))))))..))..))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((((((((((((((((((((.((((((((((((.....(((..(((((((.(((((...))))).)).))).))..))).......((((((..((.(.(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))....(((....))).))))))).))).))))))(((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))).(((((((((....)).)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))..(((((....))))).))).))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((((((...)))).......)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))(((((.((((((((.........((((((((.((((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))))...((((((...(((((((....((((((((((.(((.(.....))))..))))))))))....................)))))))..)))))).((((...))))..(((...(((((((.......((((.........))))....))))))))))...)))))))).........((.((((((....(((((..((((((((...(((((((....(.((((((((..((.((.(((((....)))))..))))..)))......))))))(((((....))).))...))))).))...))))))))..)))))...).))))))).((((((((((.((((...(((((((....))))))).(((((................)))))..(((((((((....)))).))))).)))).))))))))))......(((.....))).........(((((((...((.(((......)))))...))))))).....))))))))...)))))....((((..(((((.......))))).))))......)))))))))))....((((((.....(((((((...(((((.......(((....))).........)))))...)))))))..)))))).(.(((((((.(.....)))))))))......((((.((.((...(((((((((.....)).)))))))...))))))))(((((............)))))((((.((.(((..(((((((.((.((.....((((.((((............)))))))).....)))).)))))))..)))))))))..............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...(((...)))...)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....))).................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))).)))).)).(((((((..........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((............))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...(((...)))...)).((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....))).................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).)))))).(((((..(((((((((((((.((.(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((........(((((...((((((....))))))....((....))..)))))....(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))).)))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................((.(.(....((..........(.(.((.(..(........((..((....(.(..(.(....(.(..(...(.((.....))).........................)....).).((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..).)...)....))....)).......((((((....(((....))).).))))).....)..)..((((.((((...((...)).))))...)))).((((.((((...(.(....).....).)))).))))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)).).).................((.....((.....(((((((((((.(.((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...))))))))...((.(((((...((.((((.(..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....).....((....)).)))).))..)))))..))..))))....).)....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((.(((((((((.(((((((.((((......)))).)))))))...............)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...)))...(((((((((((((....(((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((..(((...(................)............)))...)).(((.((((..(((((..(.((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((.(..(((((((...((...(......).))....))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).))).)...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...)).((...(((((((........)))))))......))..).)))).((.(((((((..........)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....(((..(.((...(......).)).).))).)...))))..))))))..)...))))..)).)).....)))(((((((((....))))))))).).).....)).)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................(((((.(..(......(((.((..........(((.......))).............(.(..(.(....(.(..(........................................)....).).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..).)...)....))...))).......((((((....(((....))).).)))))..)).......((((.((((...((...)).))))...)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((.......(((((.((.((....))))....))))).)))))........)))...........))((.....((((...(((((((((((.(.((((.((((.....((((((.....))))))...)))).))))...))))))))...((.(((((...((.((((.(..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....).....((....)).)))).))..)))))..))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((.(((((((((.((((((((((((......))))))))))))...............)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...)))...(((((((((((((....(((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((..((....((((((....))))))...............))...)).(((.((((..(((((..(.((.((((((.........(((.((((...)))).))))))))).....((((.(((((((...((...(......).))....))))))).(((.(((((.....))))).....)))))))..)).)...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...)).((...(((((((........)))))))......))..).)))).((.(((((((..........)))))))....)).....))))))............)))))))((((..((..((((((..((((.(....(((....((...((....)).))...))).)...))))..))))))..))..))))..)).)).....)))(((((((((....))))))))).............. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....((((((((...)))))))).........................................((((..(....((..((((((((...................(((((((..((((..((.((((((....)))))).))...))))....((((....))))...............(((..(.(((..((.((((((((..........(((((((.......))))))).((((.((.....(((((((((((.((((.....(((((.(((......................((((....))))((....((((((....))))))...((((....))))......)).........................))))))))....)))).(((((((((..................))))))))).))).))))))))....))))))..))))))))))....((((..(((....)))..))))..))).)..)))......(((((.(..(((((((((((..((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...)))))))).....((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..)))))).....)))..).)))))....)))))))..........................(((((((((((.......(((((((.((((.(((..((......))..))).))))...((....))....))))))).(((..(((....(((((....)))))..................................................................................................(((((((....)))))))............................................((((((.((....)).(...............).))))))....................................................(((((.....)))))........................................)))..)))...............)))))))))))..((((..((...(((....)))...))....))))..............((((....(((((((........))))))).............(......(((((((..........))))))).....).............))))....))))))))...))..((..(((((((.((.((.....((((.((((..((.....)).)))))))).....)))).)))))))..)).)..))))............((((((((((....))))))))))......))))... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(((((((((((...))))))))).)).(((.(((((.......)))))..))).(((((...(((((..(((((((..((((((((.(((.((((((.....((.(((((((..((((..((.((((((....)))))).))...))))....((((....))))...............(((..(.(((..((.((((((((.........((((((((.......))))))))((((.((.....((((((((((((((((.....(((((.(((.((..((...(((((((.....((((....))))...((.(((((......)))))...((((....))))......))...)))))))..))........)).))))))))....)))).(((((((((..................))))))))))))).))))))))....))))))..))))))))))....((((..(((....)))..))))..))).)..)))......(((((...((((((((((((..((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..)))))).))..))))...)))))....)))))))))....((((.........))))(((((((...((((.......(((((((.(((..(((..((......))..)))..)))...((....))....)))))))..(((..((.((.(((((....)))))..))))..))).....))))((((.(((....))).((.(((((.(((((..((((........))))))))).......((((((((..........(((((((....))))))).(((((((.....(((....(((((.(((((..(((....))).(((((((((....)))...(((......)))...)))))))).))))))))((((((...((.(((......)))))...))))))..))).(((((.....)))))..)))))))........))))))))..))))).))....)))).))))))).)))))).)))...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...((((....(((((((........)))))))..(((((((((.((.((...(((((((((.....)).)))))))...))))))))...)))))))))....))))))))...))......(((((((.((.((..((.((((.((((..((.....)).)))))))).))..)))).))))))).)))))..))))))))))..((..((((((((((....))))))))))..))..))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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UUGAAAUGGAGAGGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGAUAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGAAUAUUAAGUUUUCUUAAAUUUGUAGAAAUUUAAUAUUAGUGGCGAACGGGUGAGUAACGCGUAAGAAUCUGCUUUUGGGUAAAGAAUAACAAUUGGAAACGAUUGCUAAUACUUUAUAGGCUGAGGAGUUAAAGGUUUUAUUUCCGCCCAGAAAUGAGCUUGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUAAGAUAAAAGCUUACCAAGGCAAUGAUCAGUAGUUGGUCUGAGAGGAUGAUCAACCACACUGGGACUGAGAUACGGCCCAGACCUUUACGGAGGGCAGCAGUGAGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCAAUAUCGCGUGAAGGAUGACGGCCUGUGGGUUGUAAACUUCUUUUCUUAAGAAAGAAUUCUGACGGUACUUAAGGAAUAAGCAUCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGAAAUUAUUGGGCGUAAAGAGUUUGUAGGUGGUUUUUUAAGUCUACUGUUAAAUAUCAGAGCUUAACUUUGAACAAGCAGUAUGAAACUAAUUAACUUGAGUUUGGUAGAGGCAGAGGGAACUCUCGAUGUAGUGGUGAAAUACGUAGAUAUCGGGGGGAACACCAGUAGCGAAAGCGCUCUGCUGGGCCAUAACUGACACUGAGAAACGAAAGCUAGGGGAGCAAAUAGGAUUAGAUACCCUAGUAGUCCUAGCUGUAAACGAUGGAUACUAAGUAUUGGGCUUUUUGAAGUUCAGUGUUGAAGCUAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUACGUUCGCAAGAAUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGAAUUGACAUACUCGUUGGUUUUUUAGAAAUAAAAAACUGUUAAAGAGAUACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGUCUUUAGUUGUUAUCUAGAGAGACUGCCGGUGAUAAACCGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUAAGUCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGGUAUAGACAAAGGGAAGCAAAUCUGCGAAGAGUAGCAAAUCUCAAAAACUAUAUCUCAGUUCGGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGCUGGUCAGCCAUACAGCGGUGAAUAUGUUCUCGGGCCUUGUACACACCGCCCAUCACGCUCGAGAAAUUGGAAAUACCCAAAGUCAUCAUUCUAACCAUAUUUUUUGGAAGAUAAUGCCAAAGGUAGAGCUAGUGACUCAAGCGAAGUUGUAACAAGGUAACCGUACUGGAAGGUGCGGUUGGAUCACCUCCUUA |
| Reference structure (ext) |
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Alterna
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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CMfinder(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidHomfold‑LAST
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MCFold
(ext)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(.(((((..(((((.(...).........(((((((((.(((.........)))...(((((.(((((((((((.(((.........)))))))))))))).(((((....(((((..((((((((..(..((((((((((.((((((.....((((((....))))))......)))))).((((....(((((..(((((((.................(((.....((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((((((((..((....((.(((...(((.(((.....)))))).))).))...))....)).))))))))...((((((....))))))....(((((((.....)))))))....((((((.((((((((((...((((.((..((((..(((.....(((.(((((((.((((.((((....)))).))))..)))))))))))))..))))..)).))))))))))))))...)))))).....((((((.....))))))...)))....)))))))...)))))..))))...)))))))))).....((((((((((....(((...)))....)))))))))).....(((((((((....))))..))))).........(((((((((.......((((((((..((...((((.........))))))..))))))))..........(((((...)))))...((......)))))))))))....)..))))))))..)))))((((((((((((.(((((....)))))..))))............((((((((((....)))).(..((((.(((......)))))))..)........(((((((.............(((...(((((((((....)))))))))......)))...((((.(((((.((((((....)))).))..........(((.(((......))))))......)).)))))))(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).))..))))))).((((.....))))....)))))).....))))))))........)))))...(((((((.....((((.((...(((....)))...))...)))).....)))))))...)))))...(((((((........)))))))..........))))))))).(((((((..........)))))))..............((..((..(....(((...((((((((..((..((((......))))..)).....(((....(.......)))).......(((...))).))))..)))).....))).....)...))..))(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((.(.((((.(((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..(.............((.((((....)))).))...)..)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((....)).....((........)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)))(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))..)).(((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))......))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.........)).))))))))))...))))).))))))..))).))))....)..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..(.............(((((((....)))))))...)..)))((......(((......((((((((.((...(((((((.((((((...((((((....))))))....)))))).....((....)).....((........)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).))))))).)))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))......))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))......(((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..(((..((.........)).))).))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..(.............((.((((....)))).))...)..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....((....)).....((........)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......))(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))......))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...((((((.((...(((....)))...)))...)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.........)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..(.............(((((((....)))))))...)..)))((......(((......((((((((.((...(((((((.((((((...((((((....))))))....)))))).....((....)).....((........)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....)))))).))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).))))))).)))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))(...)...(((((((..(...(((((((...(((((((....)))))))......))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))......(((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((((((..((((((.(((((....((((((..(((..((.........)).))).))))))...))))).))))))..))))))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((.(((((..(((((.((((((((((....(((((((((.(((((....(((((...(((.((.(((((((((((((..((....))..))))))))))))).))..)))..((((((((...(((((((..((...((((((((...((((((((((((....)))))).((((.(((((.....))))).))))......))))))..))))))))..)).))))))).....(((((..((((((((.......)))))))).(((((...((((.(((((((.........)))))))...))))(((((((((((..((((((..(((...((.(((((((.((((((....(((((....((((....))))..))))).....((((((((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..((....)).......)))))))))...(((((((..(((..(((((.....(((((.......((((.((((....)))).))))........((((.......((((...(((((((..(((..(((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))...)))..)))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))...((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).....((..(((((((...(((((..(((....)))..))))).....((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))...))))......)))))...)))))..)))....))))))).))))))....)))))).......((((...(((..((((((((((....)))))))))).....)))..............((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))))).))))....)))))))))).)))))).))))))).)))..))))))........((((((..((.......)).......(((....))).....))))))..............)))))))))))..))))).)))))..)))))))))))))))).))..))))))))).))).)))...)))).((((((...............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((...((((....((.(((.((((((.........))))))))).))......))))...)))))..))).))))..)))))).......(((((((((....))))))))))))))))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.(((((..(((((...............(((((((((.(((.........))).........(((((((((((.(((((....)).)))))))))))))).(((((...........((((((((.....((((((((((.((((((.(((.((((((....)))))).)).).)))))).((((...(((((((.((((((((.................((((...((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((((((((...........(((...(((............))).)))............)).)))))))).(.((((((....)))))))...(((((((.....)))))))...[[[[[[[[[[[[[[[[[[...[[[[....[[[[[..[[[.....[[[.[[[[[[[.[[[[..[[[))))]]]..]]]]..]]]]]]]]]]]]]..]]]]]....]]]]]]]]]]]]]]]..]]]]]]]....((((((.....)))))).........))))))))..))))))).))))...)))))))))).....((((((((((..(.(((...))))...)))))))))).....(((((((((....))))..))))).........(((((((((...(((.((((((((.......((((.........))))....)))))))).........{{{{{{{..........{{{.)))}}}))))))))).......))))))))}}}}}}}((((((((((((.(((((....)))))..))))............((((((((((....))))....((((.((((...).)))))))...........(((((((.............(((..((((((((((....)))))))))).....)))...((((.((((((((((((....)))).))))........(((.(((......)))))).......).)))))))(((((((.......))))))).....(((((.....))))).....))))))).((((.....))))....)))))).....))))))))........)))))...(((((((.....((((......(((....)))........)))).....)))))))...........(((((((........)))))))..........))))))))).(((((((..........))))))).......(((((...<<<<<<<<<<..<<<...<<<<<<<<))))).((((......)))).....((.((....(((.......)))))))...((((...))))>>>>..>>>>.....>>>..>.>>>.>>>>>>.(((((((((....))))))))))))))))))))).) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((...((...((((.((((((.(((((((((....(((.(((...........................(((((....)))))...........((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....))..................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))((.....(..((((......((((...(((((((((((.((....(((((.....((((((.....))))))...))))).......)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))..)...((((((((....))))....................((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((....((((((....)))))).......))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........))))))))))))...)))).((.(.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((................))).)))).)...))))..))))))..))).))))..).))........((((((((((....)))))))))))))))........ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((.((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((..........................((((((....))))))..........((......(((.......((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))..................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((....))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...(((((((....)))))))......))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(..........)..))).)))).)...))))..))))))..))).)))).))))..........(((((((((....)))))))))))))))........ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((.(((((..(((((.((((((((((....(((((((((.(((((....(((((...(((.((.(((((((((((((..((....))..))))))))))))).))..)))..((((((((...(((((((..((...((((((((...((((((((((((....)))))).((((.(((((.....))))).))))......))))))..))))))))..)).))))))).....(((((..((((((((.......)))))))).(((((...((((.(((((((.........)))))))...))))(((((((((((..((((((..(((...((.(((((((.((((((....(((((...(((((....))))).))))).....((((((((((....((((((....))))))...)))).((((((((((..(........)..).)))))))))...(((((((..(((..((((((....(((((.......((((.((((....)))).))))........((((.......((((.(.(((((((..(((..(((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))...)))..)))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..)))).).))))...((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).....((..(((((((...((((((((((....)))))))))).....((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))...))))......))))).).)))))..)))....))))))).))))))....)))))).......((((...(((..((((((((((....)))))))))).....)))..............((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))))).)))).)..)))))))))).)))))).))))))).)))..))))))........((((((..((.......)).......(((....))).....))))))..............)))))))))))..))))).)))))..)))))))))))))))).))..))))))))).))).)))...)))).((((((...............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((...((((....((.(((.((((((.........))))))))).))......))))...)))))..))).))))..)))))).......(((((((((....))))))))))))))))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................(.(....(.(..(.(((((.....(.(.....(....)....................(.(..(.(....(.(......((.(.....)...))..........................).).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..).)...).....)....)...)....((((((....(((....))).).)))))...........((((.((((...((...)).))))...)))).(((..((((...(.(...).....).)))).).))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))...))))...)..........).)((.....(((....(((((((..((.(.((...((((.....((((((.....))))))...))))....))...)))..)))...(((.((((...((.(((.((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....))..))).))..))))..)))..))))...).))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((..((.....)).))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((.(((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.((((((.......((..(.........(((....)))..............).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((.(..(((((((.......))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))....))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............))).)))((((......(((((...((((......(((.....(...(..........)...)..))).....))))...)))))......))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))..........).). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..(..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((.((...(((.(((..((((....(....(.((.....................)).)..)...))))(...(((...((....((((((..((...(((.((..((((.(...((((((....)))))).)....))))......(...).......(.........)..)).)).)..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.(((((((.........)))))))...)(((((.(((.....)))))))))).))).).....)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.((((...((...)).))))...)))).((..(((((.................))))).....))(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((..((.(.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))...)))..)))...(((.((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((((......)))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((.(((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.((((((.......(((((.(....((((((....)))))).......).))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).))))))))).....((((.(((((((.......))))))).(((.(((((.....))))).....)))))))..))))...)))))...)))))))....))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............))).)))((((......(((((...((((....(.(((...((...............)).....))).)...))))...)))))......))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..(((((((((((((((.((((((..((((((....((((((...........(((.((.((((((((((((.(...........))))))))))))).))..)))......((((..(.(((.((((.((..(((((((.((((((...((((((....)))))).......(((((((((((..........(((..((((((.((((((..............((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..(((((((.........)))))))....))))).).))))))..)))....((((((((((..((........((......)).....((((....))))......))....)).))))))))....)))))))))))........)))))).))))))).))..)))).)))).))))......)))))).(((......))).)))))).(((.(((((((.((((..(((....)))..))))..))))))))))............................(((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))..................((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))...........((....)).)))))))..))))..........................................................................(((((((...(((((..(((....)))..))))).....((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....................((((....(((((((((((....(((........))).........((((((.(((.....(((..((((((((((....)))))))))).....)))..........(((.((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....(((...(((......................(((((.....)))))...)))...))).))))).).)))))))).......))).))))))..))).)))))))).....(((((((.....((((.((...(((....)))...))...)))).....)))))))...........(((((((........)))))))............))))....(((((((..........)))))))..................................................................))))))...........(((((.........)))))....))))))).)).))))))...............((((((((((....))))))))))......))))... |
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TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((.(((((..(((((.((((((((((....(((((((((.(((((....(((((...(((.((.(((((((((((((..((....))..))))))))))))).))..)))..((((((((...(((((((..((...((((((((...((((((((((((....))))))......(((((...(((....))))))))...))))))..))))))))..)).))))))).....(((((..((((((((.......)))))))).(((((...((((.(((((((.........)))))))...))))(((((((((((..((((((..(((...((.(((((((.((((((....(((((....((((....))))..))))).....((((((((((....((..((....))..))...)))).(((((((((..((....)).......)))))))))...(((((((..(((..(((((.....(((((.......((((..(((....)))..))))........((((.......((((...(((((((..(((..(((((((((.....((((((.....))))))...))))))).))...)))..)))...((((((((...(((((((....((((((((((..((........))...))))))))))...........((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))...((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).....((..(((((((...(((((..(((....)))..))))).....((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))...))))......)))))...)))))..)))....))))))).))))))....)))))).......((((...(((...(((((((((....)))))))))......)))..............((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.......)))))))..((.(((((.....))))))).))))....)))))))))).)))))).))))))).)))..))))))........((((((....((....))........(((....))).....))))))..............)))))))))))..))))).)))))..)))))))))))))))).))..))))))))).))).)))...)))).((((((...............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((...((((....((.(((.((((((.........))))))))).))......))))...)))))..))).))))..)))))).......(((((((((....))))))))))))))))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
AUCCAUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGACGAACGCUGGCGGCAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGAGCAAAGCAAUUUGUGUAGUGGCGAACGGGUGCGUAACGCGUAAGAACCUACCUAUCGGAGGGGGAUAACAUUGGGAAACUGUUGCUAAUACCCCAUACAGCUGAGGAGUGAAAGGUGAAAAACCGCCGAUAGAGGGGCUUGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGGGGGUAACGGCCUCCCAAGGCCACGAGCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGAGGAAUUUUUCGCAAUGGGCGCAAGCGACGGAGCAAUGCCGCGUGCAGGAAGAAGGCCUGUGGGUCGUAAACUGCUUUUCUCAGAGAAGAAGUUCUGACGGUAUCUGAGGAAUAAGCACCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACAGAGGGUGCAAGCGUUGUCCGGAAUGAUUGGGCGUAAAGCGUCUGUAGGUGGCUCGUAAAGUCUAAUGUCAAAUACCAGGGCUCAACCUUGGACCGGCAUUGGAGUACUCACGAGCUUGAGUACGGUAGGGGCAGAGGGAAUUCCAUGUGGAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUAUGGAGGAACACCAGUGGCGAAGGCGCUCUGCUGGGCCGAAACUGACACUGAGAGACGAAAGCUGGGGGAGCGAAUAGGAUUAGAUACCCUAGUAGUCCCAGCCGUAAACUAUGGAGACUAAGUGCUGCCGCAAGCAGUGCUGUAGCUAACGCGUUAAGUCUCCCGCCUGGGGAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGACCGCACAAGCGGUGGAUUAUGUGGAUUAAUUCGAUACAACGCGAAGAACCUUACCAGGGUUUGACAUGUCAAGAACCUCUCAGAAAUGGGAGGGUGCCCUAACGGACUUGAACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGCUGUGAAGUGUAUAGUUAAGUCUCAUAACGAGCGCAACCCUCGUCUUUAGUUGCCAUUUGGUUCUCUAAAGAGACUGCCAGUGUAAGCUGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUACAUCCUGGGCUUCACACGUAAUACAAUGGUUGGGACAAUCAGAAGCGACUCGUGAGAGCUAGCGGCUCUGUUAAACCCAACCUCAGUUCGGAUUGUAGGCUGCAACUCGCCUACAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCCAGUCAGCUAUAUGGCGGUGAAUACGUUCCCGGGUCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUUCUGCUCCAAGUCGUUACCCUAACCUUCGGGAGGGGGGCGCCUAAAGCAGGGCUAGUGACUAGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGGGCUACUGGAAGGUGGCCCUGGCUCACCUCCUUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((((((....)))))).))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....)))).....(((....)))....(((.....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((.((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(..((....))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((...{.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))...)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{..((((((((.....))))))))...{{..))}}.....}}}}}}}))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....)))))))..(((.....)))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((....))....)))))))..((((((((....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((..(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((........))))))))......))...).)))))))).))....((.((.(.((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((((.(((((((((((((((.((((.((((((.(((((((((((.....(((((..(((.((..(((((....)))))...))..))).....)))))....(((.....(((..(((((((.((((..((.((..((....))..)).))...))))...................(((.....))).)))))))))).((((((((((.....(((...((((((((((....))))))....))))..)))....(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))...)))))))))).))))))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((......((....))....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......((.(((......(((((.(.((((((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))......))))))...(((.((((...(((((((....((((((((...(((......)))......))))))))...........((....)).)))))))..))))..)))..)))).).)))))...))).)).))))...)))))))))))...((.((.(((((((((((...((..(((((((.((..(((.(....))))..))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).......))..((((....))))...((((((((((....((((........))))........(((((((.(((..(((((((..(((((((....)))))))....((....)).)))).)))..((..((((.((((((.((((.((((((..((.((..((......))..)).))..)))))).....((((.(((((((..(((....)))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))))))..)).))).)))))))...)).))))))))...))))))))))).)).)).(((((((.((((..(((((((..((((.....((.(((....))).))..(((((((........)))))))......))))..)))))))..)))).)))).)))....(((((((..((((...........))))..)))))))..((((.((.(((..((((((((((((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..))))))))))))..)))))))))..........((.((((((((((....)))))))))).))...))))..) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(((((.......)))))..((((...((((((((((((((..((((((((..((.......))...)))...)))))...(((((..((((((((...))))....))))..........((((.......(((((...((((((((.....(((((...((((((((((....((((......)))).......(((((...(((...(((((((((((((((((((....))))))..((((((...((....)))))))).............)))).)))))..)))))))..)))))..))))))........)))).((((((....)))))).)))))....))))))))((((..(((((..(((((.......)))))(((((((..(((..((((((...)))))))))(((((.(((((((((.......(((((......(((((((...((....)).....))))))))))))..((..((((((.......))))))...(((((((...((((((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))......))))))...((..((((...(((((((((..((((((((...(((........)))....)))))))).....))....((....)).)))))))..))))...))..))))...))))....)))......))........)))))))))......(((((((((((...((..(((((((.((((((((.....))))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).......)).(((((....)))))..((((((((......((((........))))(((.....(((((((......(((((((..(((((((....)))))))....((....)).))))).)).(((.(((((.(((((..(((((((((((..(((((................))))))))))).....((((((((((((((((....((((((((....))))..))))..)).)))))))))....))))).)))))...)))))))..))))))...)))))))..))).))))))))...)))))))))))..))))).)))))))..........)))))..))))...)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))).)))))))).)).))).)))))).....(((((((..((((...........))))..)))))))))))...))))))).((((((((((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..))))))))))))((...((((((.((....))....((((((((((....))))))))))..))))))...)) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((........................(((((....))))).......................(((((((...............((((...........................))))...........................................)))))))..................................................((((((((....)...)))))))....(((((............))))).((((....))))............................................))))))).........................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))......))))))).............(((((((....((((((((.....................))))))))....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((.....))))))))...............))))))).............(((((....)))))................((((((((...................................................(((((((...............(((((((....))))))).......................................................................((((((.................(((((((...............))))))).........................))))))...........................))))))).....................................................................................(((((((........))))))).........................................................))))))))................................................................................................................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((...((((....))))....)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((.((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(..((....))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((.....))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((.(((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((....))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..(((....)))...))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........))).))..............)))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((......(((...........((...((((....))))....))..................((((((((.((...((((((((((((...(.((((((....)))))).)....)))).....(((....)))...............))))))))..))))))))))(((.((.(((..((((.((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(..((....))).))))...)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))).....)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((.....))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))..............(((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((....))....)))))))..((.(((((....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((..((..(((....)))...))....))))....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..))))))....(((((((..........)))))))...........))).))...................((((.(((..(((((((((((((...(.((((..(((..((....)).))).)))).)..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((..(((((....)))))...)))))......(((......(((((((..((...(((((((.((((.....((.(((....))).))......))))...................(((.....))).)))))))..)).)))))))(((....(((..((((.((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)................((....)).......)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))..........(((.....(.((((.(.(((.((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))......)))))).......((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))........))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((.....))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....)))........(((((((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((...............(((((((....)))))))(((.((....)).......))).((.((((..((((((.((...((((((..((.((..............)).))..)))))).....((((.(((((((...((....))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....((((.((..(((....)))...))...)))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...))).)))))).))....(..((...((((.(((..((((((((((((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...))))))))))))..))).))))....))...).((.((((((((((....)))))))))).)).......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(.(((((.(((((...)))))))))).).(((((((((.......)))))..((....(..(((((....)))))...)..))...((....))....(((((((..(((..(((((((.((((...(((...((....))))).......)))......(((....))).....((.....))).))))))))))..)))))))((.....((.....(((((((((....)))).))...)))....)).((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......(((((((..)))))))...))(.....((......))....))...((((((.......)))))).((((.....(((((((((((((......((....))....)))))))))..)))).))))...(((((((((.((....)))))...))))))(((....((((((((((.......)))(((.....)))........(((((((..(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)).)))))))....((((((.(((((((((....((((((((...(((........)))....))))))))............((....))))))...............................(((((((...(...........)...))))))).))))).))))))......((((((((((((((((.....)))))))).)....(((()))).)))))))(((((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))..(((((....)))))((((((.......))))))...))))))).....))).....((((((((((())))))...(((((((....)))))))..)))))......((((....))))..((((.((((((.(((((((((((..(((((.((..........)).))))))))))).....((((((((((((..(((....)))...))))))...((.(((((....))))).))...)))))).))))).).)))))))))..........(((..(((((((..((....((...(((((((...(.((((.(((.(((....))).).))...)))).)...)))))))...)).))...(((((((........))))))))))))))))).............)))(..........)(((((((..((((..((()))...))))..))))))).......))))))).((((((((((((...((.((((.((((..((....)))))).)))).))..)))))))))))).....((((((...........(.((((((((((....)))))))))).)))))))..... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((......(((((....))))).....)))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).(((.(((....))))...))..........)))))))..)).)))))).(((.((.(((..(((((((.(.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((.....(((....))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((...)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))...((......)).))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((....))....)))))))..((.(((((....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))).).............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((......(((.(((..(((..((.((((((....))))).).)))))................((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))...(.......)..)))))))..)).)))))).(((.((.(((..(((((((.(.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...)))))).......(((((.....(((....))).)))))..)))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((...)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))........(((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....)))))).....((....)).))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((....))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..(((....)))...))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........))).).............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(((..))).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((...(((((.(((((...))))))))))(((..((((.(((...[[[[[.))).))))....))).........]]]]]....(((...[[[[......)))......]]]]..(((((((.((((........(((....))).........)))).....(((....)))....(((.....))).)))))))....(((((((((((....(((...((((((((((....))))))....)))).........(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))..))).((((((....))))))..)))))))))))..(((.[[[...)))..]]]........(((..[[[[))).....]]]].(((((((((..(((...)))..[[[[.))))))))).....]]]].....(((((((((...[[[[[[)))...))))))..((((.(((((((((((.....))))))....))))).)))).]]]]]].......(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))(((((((......))))))).................((((((((.....[[[[............))))))))...]]]]...(((...[[[))).......]]]..........((((.........[[[[[[[............))))...]]]]]]].(((((((((((.......(((((((.((((((((.....)))))))).((((......)))))))))))..((((..((((.(((((.[[[)))))..)))).......]]].)))).(((((...[[[..[[[[[[)))))..]]]]]].......]]].............(((((........[[[[[..(((((((....)))))))..)))))......]]]]].((((...[[[(((((((((....)))).)))))))))..((((...((((.......))))..)))).]]]....(((((((((.....(((((((((....))))..)))))....)))))))))...(((((..((((.....))))....[[[[))))).....]]]]...............))))))))))).......(((((((.((((..(((((((..((((........(((....))).....(((((((........)))))))......))))..)))))))..)))).)))).)))....(((((((..((((...........))))..))))))).......))))))).((((((((((((......(((..((((..........))))..))).....))))))))))))((((.[[[[[[)))).........((((((((((....))))))))))..]]]]]]..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(((((((((((((((.((((((.((((.(((((((((((.((((((((...((....)).....)))...))))).((((((((((.((.....)).))).((..(((..(((((((.((((..((.((.(((....))).)).))...)))).....(((....)))....(((.....))).))))))))))..))..(((((..(((((((((((.((...((...(((((....)))))))...)).))))))).))))..))))).)).))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))).((...((((((....))))))..)).((....))....)))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((......((....))....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......((.(((......(((((...((((((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))......))))))...(((.((((...(((((((((..((((((((...(((........)))....)))))))).....))....((....)).)))))))..))))..)))..))))...)))))...))).)).))))...)))))))))))...((.((.(((((((((((.......(((((((.((((((((.....))))))))...((....))....))))))).((((((((.(((.((((....))))............((((.(((..(((((....)))))......))).))))...(((........))).(((((((...)))))))....(((((((..(((((((....)))))))....((....)).)))).))).(((.(((((.((((((.(((((((((((..((.((..((......))..)).))..)))))).....((((((((((((((..((((.(((((((....))))..)))))))..)))))))))....))))).))))).).)))))))..))))))))).))))))))...............))))))))))).)).)).(((((((.((((..((((((((.((((((...((.(((....))).))..(((((((........)))))))...)).)))).))))))))..)))).)))).)))....(((((((..((((...........))))..)))))))((...((((.(((..((((((((((((...((.((((.((((..((...))..)))))))).))..))))))))))))..))).))))....)).....((.((((((((((....)))))))))).))...))))... |
|
HotKnots
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MCFold
(ext)
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[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
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MXScarna(20)
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Mastr(seed)
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Mastr(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
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McQFold
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[ FASTA input ] |
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Multilign(seed)
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[ FASTA input ] |
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Multilign(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Murlet(seed)
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[ FASTA input ] |
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Murlet(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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NanoFolder
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[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((....))))))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((.((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((.....((....))).)))))).)))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(.........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((....(.((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))...)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..)))))))).........(((((((.((((((((.....))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))(...).(((.(((((((..(((....))..).)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..(((....)))...))....))).....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).))).)).((....))...).)))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PPfold(seed)
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[ FASTA input ] |
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PPfold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Pknots
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((...(((((.(((((...))))))))))(((.((((((.((((....................(((((....)))))...<<<<<<.......................(((..(((((((.((((........(((....))).........))))...(.(((....))))...(((.....))).)))))))))).(((((((((((.(..(((.(.((((((((((....))))))....))))).)))....(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....)))))).))))))))))))....))))..))))))..((((......((((aa.a)))).....)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))..(((((((.....)))))))........((((({{{(((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))......)))))))....)))))...............((((((((...(((........)))....)))))))).....(((((((((....))))..))))).(((....(((.}}}...........(((((((...................))))))).(((((((((((.......(((((((.((((((((.....))))))))...............)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..........(((((....)))))..((((((((((....((((........))))...(((((((......(((....)))....(((((((....)))))))..........((((((((((((.......(((((((((....)))).)))))[[[[..))))....))))))))]]]].((((.......)))).((((((((......((((((((....))))..)))).....))))))))...))))))).((((.....))))....((((..........)))).)).))))))))...))))))))))).......bbb...........bbbbbbbb.bbb.............)))...)))..(((((((.(.....)))))))).......BBB.BBBBBBBB...((((.((((BBB...))))))))..((((...AAA.....)))).........>>>>>>.))))))).((((((((((((......((((.((((...........)))))))).....)))))))))))).....(((((..............((((((((((....))))))))))...)))))..... |
|
RDfolder
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((....))))....)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((.((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((......((....))..))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))...)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((.....))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........((....)).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((....))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((......(((.(((.......((...((((....))))....)).((......(((.......((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((...((((....)))).)))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).)))))).......(((((...(..((....))).)))))..)))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((((..(((......))).....))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((.....))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((..(((((((((((.((.((((((((((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((....))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........))).)).((....))...).)))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(.....)..))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(((((((((((((((.((((.((((((.(((((((((((.....(((((.((((.((..(((((....)))))...))..)).))...)))))....(((.....(((..(((((((.((((..((.((..((....))..)).))...))))...................(((.....))).)))))))))).((((((((((.....(((..((.((((((((...(((((....))))).......((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))))))))))).)).)))....((((((....))))))...)))))))))).))))))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((......((....))....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......((.(((......(((((.(.((((((((((..(.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).)....))))))...(((.((((...(((((((....((((....)))).((((...(.((((....)))).)....))))....((....)).)))))))..))))..)))..)))).).)))))...))).)).))))...)))))))))))((((((((.(((((((((((.......(((((((.((..(((.(....))))..))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))..........(((((....)))))..((((((((((....((((........))))........(((((((.(((..(((((((..(((((((....)))))))....((....)).)))).)))..((..((((.((((((.((((.((((((..((.((..((......))..)).))..)))))).....((((.(((((((..(((....)))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))))))..)).))).)))))))...)).))))))))...)))))))))))..(((..(((((((.((((..(((((((..((((.....((.(((....))).))..(((((((........)))))))......))))..)))))))..)))).)))).)))....(((((((..((((..(....)...))))..)))))))..........)))..((((((((((((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))))))))))).))))))))............((.((((((((((....)))))))))).))...))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..(((((...((..((...((((.((((((.(((((((((((.....(((((..(((.((..(((((....)))))...))..))).....)))))....(((.....(((..(((((((.((((..((.((..((....))..)).))...))))...................(((.....))).)))))))))).((((((((((.....(((...((((((((((....))))))....))))..))).((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......(((((......)))))...)))))))))).))))))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((......((....))....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........((((((....((((....((((((((.((...(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))(((((((......)))))))..)).))))........((((((((...(((......)))......))))))))...))))...))))...)))))).))..))...)))))(((.((((.........(((((((...................))))))).(((((((((((.......(((((((.((..((((.....))))..))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))..........(((((....)))))..((((((((((....((((........))))........(((((((.(((..(((((((..(((((((....)))))))....((....)).)))).)))..((..((((.((((((.((((.((((((..((.((..((......))..)).))..)))))).....((((.(((((((..(((....)))...)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)))))))))..)).))).)))))))...)).))))))))...)))))))))))..)))).(((((((.((((..(((((((..((((.....((.(((....))).))..(((((((........)))))))......))))..)))))))..)))).)))).)))....(((((((..((((...........))))..))))))).)))...))))))).(((((..(((((...((.(((..((((..((....))))))..))).))..)))))..))))).....((((((.(((..........(((((((((....))))))))))))))))))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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|
|
UGCCUGCAGAGAGUUGGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGCAUGCUUAACACAUGCAAGUCGUACGCAUGCAAUUUGGCUUGCCAGAUUGCGAUGAGUGGCGGACGGGUGAGUAACACGUAAGAACCUACCUUUUGGAGAGGGAUAACCAUUGGAAACGAUGGCUAAUACCUCGUAUUGCUGAGAAGUGAAAGAUGAAAAUCGCCAAUAGAUGGGCUUGCGGCUGAUUAGCUUGUUGGUGAGGUAAUGGCUUACCAAGGCAAUGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGAGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGACAGCCUGACGGAGCAAUGCCGCGUGAAGGAUGAAGGCCUAUGGGUUGUAAACUUCUUUUCUCAGAGAAGAAGCAUUGACGGUAUCUGAGGAAUAAGCAUCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGACAGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUGAUUGGGCGUAAAGCGUCUGUAGGUGGCUUAAAAAGUCUCCUGUCAAAGAUCAGGGCUUAACCCUGGGCCGGCAGGAGAAACUCUUAGGCUAGAGUUUGGUAGGGGCAGAGGGAAUUCCCGGUGGAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCGGGAGGAACACCAAAGGCGAAAGCACUCUGCUGGGCCAUAACUGACACUGAGAGACGAAAGCGAGGGGAGCAAAAGGGAUUAGAUACCCCUGUAGUCCUCGCCGUAAACGAUGGAUACUAGAUGUUGGGUAGGUUAAAUCACUCAGUAUCGUAGCUAACGCGUGAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGACUUGACAUGCCACUUUUUCCCUGAAAGGGGAAGUUCCAGAGUGGACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCUUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGUUUUGAAUUGCCAGUAAUGGGAAAUUCAAAAGACUGCCGGUGACAAGCCGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUACGUCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGGCCGGGACAAAGAGAUGCAAACCCGCGAGGGCUAGCCAACCUCAAAAACCCGGUCUCAGUUCGGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGCAGGUCAGCCAUACUGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGCUGGCUAUGCCCAAAGUCGUUACCCCAACCUUUUAGGAGGGGGACGCCUAAGGCAGAGCUAGUGACUAGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGGGGGUGGAUCACCUCCUUG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((....)))..((((((((..((((.((((((.(((((((((((....(((((.........)))))...((.((((((((..(((((..((.(((((...((((..(((....((((((..((...((.((((.((((.((..((((((....))))))...)).))))...(((((....)))))..(((....))).)))).))..)).))))))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).)))..)))).((......)).))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))).)))))))..(((....)))......)))))..))).))..))))).))))))..((((.......(((....)))......)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...(((((.(((((.....(((((...(((((((((...(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))..)))))...((((((((...(((((((((..((((((((...(((........)))....)))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...)))))...((((((...((...((((.........))))...)))))))).((..((((.(((((((.((((((((((..........))))))))))...((....))....))))))).(((((((((((((..(((((...(((....(((.......)))....((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((((((((((....)))))).....)))))))....(((.(((((.(((((((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))...(((....((((((((..(((....)))...))))))))..((.(((((.....))))).))..)))...))))))....)))))))..))))))...))))))).......))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).))...))..))))...)))..)))))...)))).))))))))).))))..))..))))).((((.((.(((..(((((((.((((...((.(((..((((..(((...)))..))))))).))..)))).)))))))..))))))))).)))))........)))))....)))))))(((((((...)))))))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((((((.........................((((((((((....)))))))))).........................((((((............................................................................................))))))......................................................((((....))))...........(((((............))))).((((....))))................(((((..................)))))..))))))).........................................................................(((((......((((((..................)))))))))))........................................((((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).....))))))))............(((((((....((((((((.....................))))))))....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((..........))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((..............(((((((....))))))).......................................................................................(((((((((.(((....)))..))))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((..........................................)))))))........................................................................................))))))))......................................................................................................................(((((((....)))))))................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((.......((((((....))))))........)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))...............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((.(((((((....)))))))......))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.........)))..((((.((((((.((((((.(.....(((...........((......(((((((....))))))).......))...................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))...............)))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).)))).)..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))..).)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.((........))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......(((((((.(((((((....)))))))......))))).))..((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((......))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((((((((....))))))))).))).)))))......(((.......((((((..((...((.((((.((((.....((((((....))))))......))))......((....))................)))).))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))..........(((.....(.((((.(.(((.((((((..(((((((((((...(.((((((.....)))))).).)))))))))..)).))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((..........))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((((.(((((....)))))......))))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((((.(((....))).).))))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..(((...))).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)..)...(((.((((....))))..)))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((..((...((((((...)))))).((((((.((((((((.......)))))....(((((.((((((((((((....)))))))))).)).)).))).....((...................))((.((((.((((.(((.((((((....)))))).).)).))))...(((((....)))))..(((....))).)))).))..(((((.((.(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).)).)))))...................(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((.............(((((...(((((....))))).)))))...))))))..((((......(((((()))))).....)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))..(...........).......)).)))))))))...........(((((((((...(.((((((.....)))))).).)))))))))..(((((((.....((((((((...(((((((((..((((((((...(((........)))....)))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))....)))))))(((...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))))).......(((((((.((((((((((.(.......)))))))))))...((....))....)))))))((((((((((((.(((((....)))))..))))..........((((((((((((....))))......(((((((((..((((........))))))))).......(((((((...((((((((((((((....))))))).(((.....)))...)))))))..........(((((((((((.((....))(((.(((......)))))))))))).....(((..(((((((((.(((....)))..)))))))))..((.(((((.....))))).)).)))......)))))))))))).))))))))))...))))))))))................(((((((.....(((.(((.(.(((....))).).))..).))).....))))))).((((......(((((((........))))))).......((((.((.((...(((((((..........)))))))...))))))))((((((((((((((..(((((.........(((..(((((((.((((...((.((((.((((..(((...))).)))))))).))..)))).)))))))..))))))))..)).)).)))))))..))).))))......(((((((...)))))))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(...((((.(((....))).))))...)..)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).(((((((....))))..))).........)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((.((((..((((((....)))))).......))))..)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((...(.)))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((..((.((((....)))).))...))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((......)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(.........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((........)))).).(....(((((((..(...(((((((.(((((((....)))))))......))))).)))(((.(((..(((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))(...)((((.(((((((...((......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))))...)))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((.((((((.((((((...))))))....((..(((((.(((.........))).)))))..))...))))))(((.((((...(((((((...((((((.((((((.....(((((.....((..((....)).((((..((.((((((....)))))).))...)))).((((((((....(((...(((....))).((..(((((.((((....(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))))))).)))))...)).........))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))).)))))))).))....(((((....((((....))))..))))).......))))).......(((((((..(((.((((..(((((((((...)))))))))(((((.((((((((((........((((((....((((((.((.((.(((((.......((..((((((....)).))))....))...(((((.....)))))....)))))........(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))((((((......))))))..)).)).)))))).......))))))..(((((.....(((..(((((((((.((....))...(((....(((((((.((.((((((......(((((....(((...(((((((..(((...(((........))).)))..)))))))))).......(((((((.((((((((((.(((...)))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...((.(((....)))))....))))).(((((((((((...((((........))))........(((((((......(((((((((((((((....))))))).....)))))).))..((..((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((((.(((....)))..)))))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).)).))))))))..)).....)))))))..))).))))))))...)))))).))....)))).)))...(((....)))...)))...........))))))))).((((.((((((((((........)))))))....))).))))))).....)))))...))))..)))))))))))..))))..))))))))))...))).))).))))))((((.(((..(((((((.((((...((.(((..((((..((.....))..))))))).))..)))).)))))))..))).))))..)))))))...)))))))...)))..))))(((((((...)))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((((...))))))).(((((.(((((.(((((((((((..(((.(((..(((((((.((((((((((((....))))))))).))).)).))).))............((((((..((((....((((.((((.(((.((((((....)))))).)).).))))...(((((....)))))..(((....))).))))....))))))))))(((((((((((..((((((((.(....))))))))))))..)))))))).(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).(((....)))....(((((....)))))...))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).....................)))))))))...........(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..(((((((.....((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))....................)))))))..)))).))))....)))))))(((...(((((((..(((...(((((...)).))).)))..)))))))))).......(((((((.((((((((((.(((...)))))))))))))...............)))))))(((((((((.((((((((....)))))....((((.....)))).((((((((((....))))....((((.(((......)))))))...........(((((((.(((((((((..((((((((((((((....))))))).((((...))))...)))))))(((((((((....)))).))))).............)))))))))(((.....))).........(((((((((.(((....)))..))))))))).....(((((.....))))).....))))))).((((.....))))....))))))))).)))))))))....(((.(((((((.(((((((.....(((.(((...(((....)))...)).)..))).....)))))))...((((.((((((((((........)))))))....))).))))((.((...(((((((..........)))))))...))))....[[[[[.)))).......]]]]]...((((.(((..(((((((.((((......(((..((((..(((...)))..))))))).....)))).)))))))..))).))))...............))))))..........(((((((...)))))))... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
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RNASLOpt
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[ FASTA input ] |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((..((((((.((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((........(((((....))))).........)).((......(((.......(((((((.((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))...............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((.(((....))))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........(((((..((((((....))))))...(..))))))....(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(......)..))).)))).)...))))..))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................(.(.(..((.((...((......(((.(.........(.(....).)..................((..((.(....(.(.(...(.(........)........................).)..).).((((((.(((...(((((.(.......).))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))).)).)...).....)...))).......((((((....(((....))).).)))))..)).......((((.((((...((...)).))))...)))).(((..((((...(.(....).....).))))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))........).)...........))((.....((.....((((((((((..(.(((.(((((...(.((((((.....)))))).).))))).)))...).))))))...(((.((((...((..(..((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....))..)...))..))))..)))..))))....).)....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((((.......).))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((...((....((((....))))............)).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((.(..(((((((...((......))....))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......((((..(.(..((.....))..).))))).....))))..))))))..)...))))..))))).....)))(.((.((((....)))).)).).........)).). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(...(((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((..((((.....((.......................))...))))...(.((.((((....((((((..((...((.((((.(.((.(...((((((....)))))).)....)).).(.....(.....).)...((......)).)))).))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.((((...((...)).))))...)))).(((..((((...(............).)))).).))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...((((((((((..(.(((((((((...(.((((((.....)))))).).)))))))))...).))))))...(((.((((...(((((((((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((.(......).))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(....(((((((.((....)).)))).......).))..).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......)))))))))))).....((((.(((((((...((.......))...))))))).(((.(((((.....))))).....)))))))..))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......((((...((..((.....))..)).)))).....))))..))))))..)...))))..))))).....)))(.((.((((....)))).)).))))))....)))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................((((((.((.....................((.(((((((((....)))))))))..))...................................((..(((.((((..((.((((((....)))))).))...))))......((....)).....(((....))).)))..))...........(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..))))))))............................(((((.(((.....)))))))).((((....)))).........................((((....))))......))..)))))).............................((((((((.....))))))))........................................(((.(......))))..................................................................(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..............................................................(((((((((.((....))...(((....((((((..((.(((((......................(((((((..(((...(((........))).)))..)))))))..........(((((((.((((((((((.(((...)))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))............................(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((.((((((....))))))......)))))).)).......(((.((((((.(((((((((((.((....)).(..(((......))).).)))))).....(((...((((((((.(((....)))..))))))))...(..(((((.....)))))..)......))).))))).).))))))))..........)))))))..))).))))))))....))))).)).....))).)))...(((....)))...)))...........)))))))))..(((.((((((((((........)))))))....))).))).....................................................................((((.(((..(((((((.((((...((.(((..((((..(((...)))..))))))).))..)))).)))))))..))).))))...............................(((((((...)))))))... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((..(((..((((..(.(((((((((.((((.(((((((((((..(((.(((..(((((((.((((((((((((....))))))))).))).)).)).)))..(((.......((((((..((((.((.((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))...(..((....))..)..(((....))).)))).)).))))))))))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).(((((((.........)))))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).(((....))).....((((....))))....)))).)))))))......((((....(((....(..((...(((((((((...))))))))).....))..).....)))......)))).((...(((((((((.((....)))))...))))))...)).))))))))))....))))..)).))..))).)))))))))((((.......(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..(((((((.....((((((((...(((((((((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))....)))))))......(((((((..(((...(((........))).)))..))))))).....((((((((((((.(((..(((((.(((...))))))))..)))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((.((.((((.((.(((((((((((...((((........))))........(((((((......(((((((((((((((....)))))).....))))))).)).(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((((.(((....)))..)))))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).)).))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).))..(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...((((.((((((((((........)))))))....))).)))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..(((((((.((((...((.(((..((((..((.....))..))))))).))..)))).)))))))..))).))))..)))))........))))............(((((((...)))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
UGGAAAUGACGAGUUUGAUCCUUGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGUAUGCUUAACACAUGCAAGUUGAACGAAAUUACUAGCAAUAGUAAUUUAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUAUGUAAGAAUCUGCGCUUGGGCGAGGAAUAACAGAUGGAAACGUUUGCUAAUGCCUCAUAAUUUACUAGAUCUAUGUGAGUAGCUAGUUAAAGAGAAUUUCGCCUAGGCAUGAGCUUGCAUCUGAUUAGCUUGUUGGUGAGGUAAAGGCUUACCAAGGCGACGAUCAGUAGCUGAUUUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGAUUGAGAACGGAACAGACUUCUACGGAAGGCAGCAGUGAGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCAAUACCGCGUGAAGGAAGACGGCCUUUGGGUUGAAAACCUCUUUUCUCAAAGAAGAAGAAAUGACGGUAUUUGAGGAAUAAGCAUCGGCUAAUUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGGAGAUGCGAGCGUUAUCCGGAAUUAUUGGGCGUAAAGAGUUUGUAGGCGGUCAAGUGUGUUUAAUGUUAAAAGUCAAAGCUUAACUUUGGAAGGGCAUUAAAAACUGCUAGACUUGAGUAUGGUAGGGGUGAAGGGAAUUUCCAGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUUGGAAAGAACACCAAUGGCGAAGGCACUUUUCUAGGCCAAUACUGACGCUGAGAAACGAAAGCUGAGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGUAGUCUUGGCCGUAAACUAUGGAUACUAAGUGGUGCUGAAAGUGCACUGCUGUAGUUAACACGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUACGCUUGCACAAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACACGAAGAACCUUACCAGGAUUUGACAGGAUCUAGGAAGUUUGAAAGAACGCAGUACCUUCGGGUAUCUAGACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUUUUUUUAAUUAACGCUUGUCAUUUAGAAAUACUGCUGGUUAUUACCGGAGGAAGGUGAGGACGACGUCAAGUCAUCAUGCCCCUUAUAUCCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGUUAAGACAAUAAGUUGCAAUUUUGUGAAAAUGAGCUAAUCUUAAAACUUAGCCUAAGUUCGGAUUGUAGGCUGAAACUCGCCUACAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCCGGUCAGCUAUACGGCGGUGAAUACGUUCUCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGAAGUCGGCUGUGCCCGAAGUUAUUAUCUUGCCUGAAAAGAGGGAAAUACCUAAGGCCUGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGUGGCUGGAACAACUCC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..........(((((...{{{.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((((((((((....)))))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....(((...)))......(((((..((........)).))))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((.........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((.....((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))..))))))))..........<<<<<<..((((((((.......))))))))...<<..))>>.....>>>>>>.))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....(((.((((((..((((....))))....((((....))))))))))))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((....))...)))))))..((((((((....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))....((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))....((((((((((....))))))))))..........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.........(((((.(.(((.(((.(((.(....).))))))....(((..((((...(.(((...((.(((((((((....))))))))).))(((.((((((((.((...(((((((..((...((((((((((((.....((((((....)))))).......(((.......(((((..((((....)))))))))....)))..))))))))))))..)).)))))))..((((..(.(.((((((((.......)))))))).).)..)))).((.(((((((.........))))))).))((.(((.(((((((((..((...((((....))))......(((.((....(((((...(((((....))))).))))).....((.(((.((.........((((((((((....(((((.((((((......).))))).)).)))......(((((.(((....))).)))))((((.(((.(((.(((((((.((((.((((....)))).))))..))))))))))......(.(((.(((((((...(((((.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).)).)))..((((((.((((((((((.((.((((..((((((((((..(((((....((.((((.(((((........))))).((....)).....)))).))...))))))))))).)))).....(((.....)))...............)))).)).)))).)))))).....((...((((((..((((.......))))..)).))))...))..))))))...))))))).))).)..))).))))......))))))))))..)).))).))..)).))).((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.(((..((.(((((...((((....))))...(((((....)))))))))).....(((((((.((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((((((((((...((....))...))))))).....(((((....)))))..))))).)..)))))))))).).)))))).))..))).))))))).......))))))).....(((((((....((((..((.(((((...)))))..))....))))...)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))).....))))))))).))).))....))))))))))..(((.((.....(((((.(((((..((((((((.((.((((......(((......))).))))..)).)))))))).))))).)))))...)).))).)))..))).)...))))))).))).))))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((...(((..(((...(((((..(((((((((((((((.....(((((((((..((.(((((((((....))))))))).)).(((((.....................)))))((((((((((((.((..((((((....))))))...))..(((....((((((((..((((....)))))))).)))))))..))))))))))))...)))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))((((((((..((((((....((((((....(((((.................)))))..((((((........((....(((((...(((((....))))).))))).....)).(((........))))))))).))))))...))))))((((((((..................))))))))......)))))))).(((((((...((....)).....))))))).....))))))..(((((..((((((((((..((((((((...(((((((.((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))).)))...((((((((.(((..((((((..((((((((...(((........)))....)))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))...((((......(((((((((.........))))).(((((((((((..((((((..(((((((((((((.......)))))))).))).))...)))..))).(((((((((((.....(((((....)))))...)))..)))......)))))..((((....))))...((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.........(((((...((((....))))...(((((....))))))))))...(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))...(((....(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).))..)))...))))))....))))))...))))))...))))))).......)))))))...)))))))))))..............)))).......))))..)))).....(((((((((((....))).))))))))....)))))).))))..))))))))))))))..)))))....))).....(((((((..((((...........))))..))))))).((((((((.....(((((((((..(((..((((((((....((((......(((......))).)))).....))))))))))).....((....))....)))))).)))....)))))))).)))..))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((((((.......................(((((((((....))))))))).....................(((((((.......((((((((((((.......................................................................)))))))))))).....)))))))............((((((((.......))))))))..............(((((((.........)))))))..........................((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))..))))))).........................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))))........................((((((((.....................)))))))).......................................................(((((((......(((((.........)))))..)))))))..........(((((((.((((((((.......))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((.........((((((..((((....))))................))))))............................................................................................................(((((....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((.........................................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((.......................................))))))))))))........................((((((((((....)))))))))).......... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((....((((((....))))))....)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((...(((....))).)))))))............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))..))))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(..(((((..((((....))))......((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))........... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................((((..(((((.((((((.((....(((............(...(((((((....)))))))...)....................(((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((...(((....))).)))))))...........))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((..................))))).)))...(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))..).)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.((........))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))..))))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......((.((((((..((((....))))......((....))..))))))))..((.(((...((((.(.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((...((....))...)))))))...(.(((((....))))).)............)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))........... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................((.(((((((((....))))))))).))...................((((((.......(((((((((((......((((((....)))))).................(((((..((((....)))))))))..........))))))))))).....)))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))......................................................(((((...(((((....))))).))))).....................((((((.((((......(((((((((............................(((((.(((....))).))))).......(((((.................((.((((...(((((............................((((.(((((.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).)).))).))))........................((((((((...(((........)))....))))))))............................((((....................................(((((.........)))))......)))).........((((((((((((((((.......)))))))).)))).............))))........((((.(((((....)))))..))))..................((((....))))..........(((((..((((........)))))))))...((.((((((....)))))).))..((((....)))).....(((....)))........................((....))((((((..........(..(((......))).).))))))...........................................(((((....))))).................................................................(((((((....((((..((................))....))))...)))))))...........(((((((........))))))).....)))))..)))).)).(((((((..........))))))).................................................))))).......................))))))))).....)))))))))).................................(((((((((....)))))))))........... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Cylofold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((.(..((((((((...)).......................................((.((.((((((....))))))))..))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))........((.((((.....)))...).))......((....)))))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((....))))))))..(((....)))...................(((...(((((....))))).)))...((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(..(...)..)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)))........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..(....((((.........)))))..))))))..((........((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))........((....)).....(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((((((......((.((((((.(((((....))))..)...((....))..)))))))).................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((.)).))).))))))...((.(((((....))))).)).....)))))))).......................))))))).......))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))...)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((.(((((((...((((((.((((..(((..))).))))))))))..))))).)))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))))).. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((.(..((((((((...))...............(((((.......))))).......((.(((((((((....))))))))).))..................(((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(..(((((..((((....))))))))).)...........))))))))..)).)))))))..((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...)))).((.((((((((....)))...))))).)).(((((.(((....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))..((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(.........)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........))).........................(((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((.(..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....).....((....)).)))))))..)))).))))...))).).)))......((((((..(....((((.........)))))..))))))..((.......(((((((.((((((((.......))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)).............................(.....(((..(((...)))..))))....(((((((.......(..(((((..((((....)))).....(((....))).))))).)....(((((((.((((.((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((((..((((((.((((...).))).))))))...((.(((((....))))).))))...))))))))))))).).)))))).........)))))))...................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))...))))))).....((((.((((((((........)))))))....)))))............((((((..........)))))).............((((..((....))..)))).....(((.(((..(((((.((((((.(..((((((.((((..(((..))).))))))))))..))))).)))))))..))).)))................(((((((((....)))))))))))))))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.(.((.((((....)))).)))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...............(((....)))............((...)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((.....(((((....)))))....))))((((((((((...(.........)....))))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))...)))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((..(((((..((((....))))......((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......)))))))))))).....((((.(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))..((.(((((((((....)))))))))((....)).)) |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((.((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.((.((((....)))).)))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..))))))...............(((....)))............((...)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))..))))))))......)...(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....))))))))))))))).(((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...((..(((((..((((....))))......((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))..((.(((((((((....)))))))))((....)).)) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((((..(((.(((....(..((.(.((.((((....)))).)))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...............(((....)))............((...)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))..))....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))..))))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((..(((((..((((....))))......((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))......(((.(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))..((.(((((((((....)))))))))((....)).)) |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Pknots
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.....(((((....))))).....)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).................(((....)))....................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))...))))))).....((((.(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((..(((((..((((....))))......((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....))) |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..............(((((....))))).....(((((...(((.((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((((.....(((....)))...)))))............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).))))).)))((((....)))).....))))).(((((.(((....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((..................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..(....((((.........)))))..)))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).))))))...(((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.........((((((..((((....))))......((....))..))))))...(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((....))...)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))).......))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................(.(.....(.(..((....((.((.......(...((...............))....(.....((........(..((....((....((..))................)).....))..).....((.(((.(((...(((((.(.......).))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((...(((....)))..)))).)......)....)........))....((((((....(((....))).).)))))...........((.(...((...((...)).)).....).)).(((..((((...(.(....).....).)))).).))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))..)..)..))..............((.....(((....(((((((.(((.....(.(((((.....((((((.....))))))...)))))...)....))).)))...(((.((((...((.((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))).))..))))..)))..))))...).))....))((((.(......((((.........)))))...))))(((....((.(((((((((.((((((((.......))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((.......(...........................................)..(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((.(..(((((((...((....))...))))))).(((.(..(.......).).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((...(((.(....(((...((..(.......)..))..))).)...)))...))))))..)...))))..)).)).....)))(((((((((....)))))))))).)......)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................(((((...((...(..(.(((.......(.(((....)))..).....(.(..((.....(.((........((....(...(................)..................)....))........)).).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....)))...)))))...)(((...(((....)))..)))..)).)...)...)))...)..)......((((((....(((....))).).)))))..)).......((.(...((...((...)).)).....).)).(((((((((......(.........).)))))))))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))........)))...........))((.....((((...(((((((.(((..(.((.(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...)))).)))...(((.((((...((.((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))).))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))))...))))(((....((.(((((((((.((((((((.......))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((.......(.(((........(........)..........)).......).)..(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).))))))))).....((((.(((((((...((....))...))))))).(((.(..(.......).).....)))))))..))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((...(((.(....(((..(((...((....)).)))..))).)...)))...))))))..)...))))..)).)).....)))(((((((((....)))))))))........... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.............((.(....).))...............................(((((((((....))))))))).....................(((((((..((...(((((((((((......((((((....)))))).......(((.......(((((..((((....)))))))))....)))...)))))))))))..)).))))))).............(((((((.......)))))))................................................................((((....)))).........................((((....))))..................................................................................(((((.(((....))).))))).........(((.(((((((.(((..((((....))))..)))..))))))))))............................(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))........................................(((((...((((.....((.((((...(((........)))...((....)).....)))).))....)))).))))).....................................................................((..((((.......))))..)).........................(....((((.(((((....)))))..))))...).............................((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.(((.....(((((...((((....))))...(((((....)))))))))).....(((((((.((((.((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((..((((((...((....))...))))))......(((((....)))))...))))....)))))))))).).)))))).....))).))))))).......)))))))................................................................(((((..(((((((........))))))).....))))).........................................................................................((((..((((((((....(((.......(((......)))..))).....)))))))).))))............................................)))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((....(((((.((((((((.(((..((((((.((.........((((((..((((((((((((((....)))))))))..((((((..((.(((((...(((((((..((...(((((((((((......((((((....)))))).......(((.......(((((..((((....)))))))))....)))...)))))))))))..)).)))))))..((((((((..((((((((.......))))))...(((((.....((.(((((((.........))))))).))...(((((....((((.......((((....))))(((((((((........((((....((((....))))..))))..((((((((((..(((....(..((....))..)....))).((((((......)))))).))).)))))))...(((((.(((....))).)))))....((((((((.(..((((.(((..((((....))))..)))..))))..)))).......(((..((((((((((((....((((((((......((((((.....))))))....))))))))..((((((.((....)).))))))......((((..((((((((((..(((((....((.((((((((((........))))..((....))...)))))).))...))))))))))).)))).....(((.....)))...............)))).....)))))))))...)))..))).........)))))......)))))))))........))))....))))).(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..(((((......((((....))))((.((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.(((..((.(((((...((((....))))...(((((....)))))))))).....(((((((.((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((...((....))...))))))).....(((((....)))))..)))))....)))))))))).).)))))).))..))).))))))).......))))))).))...)))))........)))))...........))..)))))))).....))))).))....(((((..(((((((........))))))).....))))).))))))...(((((((..........))))))).....)))))......)))))))).)))))))))))).)).)))....(((((..((((..(((((..(.((.((((......(((......))).))))..)).)..))))).))))..)))))...)))))(((((..(((....)))..)))))....))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
UCUCAUGGAGAGUUCGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGCAUGCUUAACACAUGCAAGUUGAACGAGAAAUAGAACAACUAUUUCUAGUAGCGAACGGGUGCGUAAUUACAUAAGAACUUAUCCUUUUAAGAAGGAAAUAACAAAUAACAAAUGGAAACAUUUGCUAAUGUCCUAUAAGCUGAAAAGUAAAAGGAUUAAAUCCACUAAAGGUAAGGCUUAUGUCUAGUUAGUUGGUAAGGUAACAGCUUAACAAGACAAUGAUCAGUAAUUGGUCUGAGAGGAUGAUCAAUCACACUGGAACUGAGAUAAGGUCCAGACUCCUACGGGUGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCUGACGGGGCAAUGUUGCGUGAAGGCAGAAGGCCGAUAGGUUGUAAACUUCUUUUGUGAGAAAAUAAGGAAAAUGACAGUAUCUCAAGAAUAAGCAUCGGCUAACUUUGUGCCAGCAGCCGCGGUGAUACAGAGGAUGCGAGCAUUAUCCGGAAUUAUUGGGCGUAAAGUGUUUUAAGGUGGCUUUAUAAGUCUAUCGUUAAAUCUCAGAGCUUAACUCUGAUUAGGCGAUUGACUAUUAAGCUAGAGCUUUGAAUAAAGCAAGGGGAAUUUCUAAUGAAGCGGUUAAAUGCGUUGAGAUUGGAAAGAACACCAAGGGCGAAAGCACUCUGCUGGGCCAAAAUUGACACUGAUAAACGAAAGCUAGGGUAGCGAGAGGGAUUAGACACCCCAAUAGUCCUAGCUGUAAACAAUGGAUACUUAGCAUUACUAUAUGAAAAGAUAGCUAAGCUUAAAGCUAACGCAAUAAGUAUCCCGCCUGGGAAGUACGUUCGCAAGAAUGAAACUCAAAGGAAUUGGCGGGGGUUCACGCAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAAAGCGAAGAACCUUACCAGGGAUUGUAUGUCGUAAUCUUUCUGAAAAAGUAAGAUACGUAUUUAUUUAAUAAAUAAAUACGUAGACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCCCGUGCUGUCAAGCGUAGGGUUAACUCCCAUAACGGGCGCAACUCCCAUGUUUAGUUACCAAUUUAUGGUACUCUAAACAAACAGCUAAUGAUAAAUACUAAAUUAGAGGAAGGUGGGGAAGACGUCAAGUCAUCAUGCCCUUUAUACUCUGGGCUACACGCGUGCUACAAUGGCUGGGACAAAAUGUUGCAAUUCUGUAAAGAUAUAGCAAAACAUAAAACCCAGUCUCAGUUCGGAUUCGGGCUGCAACUCGCCCGCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGCUGGUCAGCAAUACAGCGGUGAAUAAGUCACCGGACCUUGUACACACCGCCCGUCACACUCAGGAAAUUGGUCAUGCCCUAACUCAUUUUAAUAUAAUGAUAAAGGUGAGGCUGGUAACUAGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((((((((.....))))))))))))))......(((.......((((((((.((...(((((..((.((((...........(((((((....))))))).....))))....(((....)))....(((.....))).)))))))..))))))))))((.(((..((((((((.......))))))))))).....)..)..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((.......))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(...........)....))))))..)...((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((...{.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..))))))))))))))))))...((.(((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{..(((.(((((((........)))).))))))....{{..))}}.....}}}}}}}))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((....(((((((.....)))))))(((((((((((((...)))))))))))))))))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...(((.....)))....)))))))..((((((((............)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))....))....)))....)))))))......(...(((((((........))))).))...).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((((((((((((....((((((.......))))))...))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((((.((..(((((.((((...((((...((((((.(((((.......)))))..((((....((((((((.....))))))))..))))...(.(((((.(((((((.((((..((((.(((((......(((............((((((....)))))).....(((((....(((....)))...)))))....)))...))))))))).))))(((((.((((((((.........)))).)))).))))).......))))))).(((((((...((.(((......(((((.((......)).)))))..((((.((.(..(((((.((((((....))))))....(((....)))......))..)))..).))...((((((((((....))).........))))))).........))))...)))))...)))).)))....))))).)..........))))))....((((((.((((.(((.(((........(((((..((((((((((...((((((......(((((.....((((.(((((..((..((((((.....))))))))..))))).))))....(((.((((((((....)))))..(((...((((((((..((((........))))...))))))))...).))....((....))..)))))).))))).....))))))..........(((((..(((((.((((((((((((((.....((((((((.(((.........(((((((((((.(((((((.(....).)))).))))).....((....))..)))))))))..(((..((..(.(((((....))))).)..))..)))....))).(((((((.((((.((......)).))))......((((........)))))))))))....)))))))).)))).))))))))))......((....(((((((((((((...)))))))))))))...))..(((.((.(((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((.(((((.....)))))..))))))......(((((............)))))......))))))..)))).).)))))))).((((..........))))..)))....)))))..)))))(((.....(((((((...(((....)))....)))..))))....)))(((..(((((((....)))))))..))))))))).))))..)))))...((((((....))))))..)))......((((((.....))))))..)))))))..)))))).)))).(((((.((..((..(((.((((.....(((((.......)))))....)))).)))..))..)).))))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))..) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(((((.((((((...))))))..((((..((.(((((.......)))))..(((..((.((((((((.....)))))))).))....)))..))))))..........))))).((((((((....((((........((..((((((....))))))...)).))))....(((....)))))))))))....))))..(((((...(((((...((((((((.(((......)))((((((.........(((((((((..((..(((((((((((((....)))..(((((............)))))..))))((((((((((((.((((((....))))))....(((((...(((((.((((....(((((((((.((....((((((.....(((....((((....(((((....................)))))))))...)))))))))..(((((((...((....)).....)))))))..(((((((..((((((...((((....(((..((((((((..(((((((((((.((((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))))...((((....))))...)))))))........((((((((..((((........))))...))))))))...))))...(((...((((...))))..)))..))..)))))).....)))..((((((((........(((........)))......))))))))))))....))))))(((((((((............))).))))))......)))..))))....)).(((((((((((.....(((((....)))))...))))........))))))).)))))))))..(((..((((((((((((..((((........)))))))))...((((((......((((...(((((...........)))))((((((((((((...)))))))))))).)))).(((.(((..((((((..((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((.(((((.....)))))..))))))......(((((............)))))......))))))..))))...))))))...))))))....)))))).......))))))).....(((((((.....(((((((...(((....)))....))..)))))....))))))).(((((((....)))))))..))).)))).......)))))..))))).......))))....((((.....((((((.....))))))....)))).....))))))))....)))))))))))))))))..(((...(((((.......)))))...)))..)))))).))))))))...)))))......(((((((((((((....))))))))).....))))))))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................((((((((.....))))))))......................(((((((.....................................................................................................))))))).............................................(((((((.........)))))))....(((((............)))))............................................................................................................................................(((((......(((((((................))))))))))))..................................................................((((((.....))))))...............................................((((((((.....................))))))))......................................................(((((((((.......(((.........)))....))))))))).........(((((((((...........................................))))))))).............(((((....))))).......................................((((((((..............................((((((.............(((((...........))))).......................................................((((((............................))))))..........(((((((.(((((.....)))))..)))))))...................................................................))))))......)))))))).....(((((((..........................................)))))))............(((((........)))))......................(((((((..........)))))))........................................................................................................................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.((((.((((((...)))))))))).))(((.(((((.......)))))..)))..((.((((((((.....)))))))).))......((....))........((((..((((.(((((......(((.........((.((((((....)))))).))..(((((....(((....)))...)))))....)))...))))))))).))))(((((.((((((((.........))))).))).)))))..........((((((((....)...)))))))....(((((.((......)).)))))...((((((..(((((((((((((((())))))))...((((....)((((((((((..(((..........((((((((((((.((.......))((.....(((((....................))))).))......)))))))...))).))(((((((((.(((((((.....(((((.......)))))...))))))))).....((((((((....((((((.((.((((.((((((.((..((((((.....)))))))).)))))).)))))).))))))..(((((....)))))..((....((((((((..((((........))))...)))))))).....)).......))))))))))))))).........................(((((((((.(...(.(((........))))..).))))))))).........(((((((((((.......(........)(((((........)))))..))..)))))))))(((((((...((.(((((....)))))..)))))........)))).((((((.((((.((......)).))))......((((........))))))))))..............((((....((((.((.....)).))))(((((((((((((...)))))))))))))))))........)))..))).)))))))))).))))))))..))))))(......).......(((.......))).(((((((.(((((.....)))))..)))))))......((((............))))((((((((...(((.(((.....))).))...))))))...))).......(((()))).......(((((((.....(((((((.(((((....))).)).))..)))))....))))))).((((((((()))))))))...............................(....)(((()........)))((((((.....))))))..((((((..........((.(.(((((.((..(((((((.((((.(...(((((.......)))))...))))).)))))))..)).)))))..).))..))))))((((((((((....))))))))))............. |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((.....(((((((.......)))))))...))).................((((((..((....((((.(((.(.((............((((((....))))))......)).).((((((....))))))...........).))))))...)).)))))).((.(((..((((((((.......)))))))))))...))......((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(.(((....)))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(...........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))))))))))...((((((((....((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))).)...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((.....((((((...((((((.....)))))).....((.................)).)).)))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((.......))....)))))))..((.(((((............))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))....))....)))....)))))))....(((((..((((((........))))).).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((......((((.......)))).....))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((..(((.....)))..))).))))).................((((((..((...(((((..((.(.((............((((((....))))))......)).)....((......))................)))))))..)).))))))(((.(((..((((((((.......)))))))))))...))).....((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(.(((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((.(((((.....(((.......).)).))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...((((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).))))))))...((((((((....((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))).)...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((.....(((((....((((((.....))))))........((...........)).....).)))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((.......))....)))))))..((.(((((............))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((...(((....)))....))....)))....)))))))...)..((...((((((........))))).)......))..))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.(((((.....))))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...))))(((((.(((((...)))))))))).......(((((.[[[[[.)))))..]]]]]...((((((((.....)))))))).((((...(((....)))..)))).......((((.(((((......(((............((((((....)))))).....(((((....(((....)))...)))))....)))...)))))))))(((..(((((.((((((((.........)))).)))).))))).[[[[[))).....((((....))))]]]]]..(((.(((((............)))))..[[[[[[..)))......]]]]]].((((((((((((.(((....))).....(((....((((......))))...))).....)))))......[[[...[[[[[......))))))).......]]]]].....]]]....(((...[[[[[[)))...............]]]]]]((((....))))............((((((........(((((((((((((....((((.((((((.....((((((.....))))))...)))))).))))...)))))...))))))))....((((((....((((((((..((((........))))...))))))))..........(((...((((...))))..)))..........(((((.......[[[[[[[[...........)))))............]]]]]]]].........(((((((((...............(((.[[[[[...)))..]]]]]......)))))))))..(((........(((((....))))).....[[[)))..]]](((....[[[[)))......]]]]((((..[[[[[..[[[[))))....]]]]]]]]].....((((((((..[[[[.))))))))..............(((((((((((((...)))))))))))))]]]]...(((((((((((((..((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((.(((((.....)))))..))))))...................(((...)))......))))))..))))...))))))...((((..........)))).......)))))))...(((((((.....(((((((...(((....)))....)))..))))....))))))).((((((.[[[[[)))))).....................]]]]](((.......[[[[...)))....]]]](((((.....)))))...))))))......))))))...(((((.......[[[[[.((((....((((((((..(((....)))))))))))...))))....)))))..............((((((((((....))))))))))]]]]]........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((((.((((((...))))))))))((((.((((.(((.........))).))))....((((((((.....)))))))).(((((..(((.(((.((....))........((((((((((....((((.....((..((.((((((....)))))).)).)))))).((((((...........((((...))))...........))))))(((((.((((((((.........)))).)))).)))))..(((((.....))))).)))))))))).........(((((.((......)).)))))((.((((((..((((((((((((((....))))))....(((....)))..(((((...((((((((...((((.((((((((((((((((....((((((.((......))))))))....)))..))))...........)))))))....)).)))).((.(((.(((((((.....(((((.......)))))...))))))))))))..((((((......((((((.(((.(((.((((((.((..((((((.....)))))))).)))))).)))))).))))))..(((((....)))))..((....((((((((..((((........))))...)))))))).....))...(((...((((...))))..)))......))))))..........(((((((...((....(((.........)))....)))))))))..............(((..(((......)))..))).(((((........)))))))))))))....)))))(((..((.((.(((((....)))))..))))..))).........(((((.(((..(((.(((...(((.(((((((.((((........))))...(((....)))(((.....)))...(((((.((.....)).))))).(((((((((((...)))))))))))))))).)).)))...))).)))..))).))))).))))))))..)))))))).....(((((...(((.......))).(((((((.(((((.....)))))..))))))).....(((((............)))))......)))))((.(((.....))).))..((((..........))))..))).))))))))...(((((((.....(((((((...(((....)))....)))..))))....)))))))...((((.(((((((((........))))).....)))).)))).((((((....))))))))))......((((((.(((((((....)).)))))...)))))).((...(((((((...(((((((.((((.(...(((((.......)))))...))))).)))))))..)).)))))....))........((((((((((....))))))))))......))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((((.((((((...)))))))))).......(((((.......)))))..........((((((((.....)))))))).......................((((((..((((.(((((......((.............((((((....)))))).....(((((....(((....)))...))))).....))...))))))))).))))))(((.(((.((((.........))))..))).))).............(((((((....))))...))).....(((((............)))))...((....))............................(((....))).............................((((((..........................................................))))))................................((((.........))))..............................(((((.((.((((.((((((.(((..(((((.....)))))))).)))))).)))))).))))).........................((((((((..((((........))))...))))))))...........((....))...................................((((((((........(((........)))......))))))))...........(((((((((...................))))).......((....)).....))))((((((.(((.....(((((....)))))...))).........)))))).........................((((...((((........)))).))))...((((((.......(((....((((.((.....)).))))((((((((((((.....)))))))))))))))...........(((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))......(((((((((((.(((((.....)))))..))))))).....(((((............))))).......))))...)))).)).)))))...[[........))))))]].................(((((((.....(((((((...(((....)))....)))..))))....)))))))............(((((........))))).......................((((((..........))))))((.......))..........................(((((.((..(((((((.((((.....(((((.......)))))....)))).)))))))..)).)))))...............(((((((((....))))))))).......))))... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.((((((((.....)))))))).))....................((((((..((.(.(((((..(((((((.........((.((((((....)))))).))...))))...................((......)))))))))).))).)))))).((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))......((((((((....))))...)))).....((((.(((.....)))))))..((((....)))).................((((...(.(((....)))).)))).....(((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(..((..).)..)....)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...))))).....................................((((.(.((((((((((((..(((((((((...(.((((((.....)))))))..))))))))).)))))))))..((((((((....(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.(((.((((((((......))))).)))))).....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))...........((((..((((...(...)))))))))....(((((((......(((((..(((((((.....)).......)))))..((.......)).....)..)))).................((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((.........)))..))))))...((.(((((............))))).)).....)))))))))......................)))))))...................(((((((....((((((((..((((....))).)..)))..)))))...)))))))...........((((((........))))).)....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((...((((((.......))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.((((..((.....))..)))).))....................((((((..(((..(((((..(((((((.........((.((((((....)))))).))...))))....(((....)))....((......).))))))))).))).)))))).((.....(((((((((.(...).)))))))..))...))......((((((((....))))...))))(((.(((((.(((.....))))))))..(((....))).......)))........((((...(.(((....)))).)))).............(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(..(.....)..)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))................................(((.(.((((((((((((..(((((((((...(.((((((.....)))))))..))))))))).)))))))))...(..((((....(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))..).))....))).).)))....((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((((((.(((((((........)))).))))))....((....))...))))))))...((...((((.(((((....)))))..))))..))...........((((.((....))..((.((((....((((..((((...(...)))))))))....(((.........(((((((.(((((((.....)))))))......(((((.......)))).)..))))))).))))))).)).))))...((((.(((((.((....))...((((......))))..))))).....((((...((((((.((((.......))))..))))))...((.(((((............))))).)).....)))).))))................................................(((((((....((((((((..((((....))).)..)))..)))))...))))))).....((((..((((((........))))).).....))))...........(((((((..........)))))))....................................((((.(((..(((((((((((((...((((((.......))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((((.((((((...)))))))))).....(.(((((.......)))))..........((((((((.....)))))))).(((((..(((.(((.................(((((((((.....((((............((((((....))))))......))))..(((((...........((((...))))...........))))).(((((.((((((((.........))))).))).)))))..(((((.....)))))..))))))))).........(((((.((......)).)))))...((((((..(((((((.((((((....))))))....(((....))).(((.((.....)).)))...((((.(((((((((..(........((((....(......)...))))..........).............)))))))....)).)))).((.(((.(.(((.......((((.........)))).....))).))))....((((((......((((((.((.((((.((((((.((..((((((.....)))))))).)))))).)))))).))))))..(((((....)))))..((....((((((((..((((........))))...)))))))).....))...(((...((((...))))..)))......))))))..........((((((((........(((........)))......)))))))).........(((((((((.(..........)......(((((........)))))......)))))))))..(((..((.((.(((((....)))))..))))..)))...(((..(((((((.((((.((......)).)))).......(((........))).))))))).))).................(((..((.....))..)))(((((((((((((...)))))))))))))............))..(((((....)))))...)))))))..))))))(......)((.....(((.......))).(((((((.(((((.....)))))..))))))).....(((((............)))))........))....(((.....))).....((((..........))))..))).))))))))...(((((((.....(((((((...(((....)))....)))..))))....)))))))...((((.(((((((((........))))).....)))).)))).)(((((....)))))...........((((((.((((.((....))..))))...))))))......(((((((...(((((((.((((.(...(((((.......)))))...))))).)))))))..)).)))))..............((((((((((....))))))))))......))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((.(((...(((..((((((.((((((........((.(((..((((................................................((((((..((...(((((..((..................(((((....)))))...............................((..))....)))))))..)).))))))....(((..((((((((.......)))))))))))..)))).....((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))).........((((...(((.(....)))).))))....))))))..((((......((((....)))).....))))..((.(((((....................))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))).)))((.....(..((((......(((..(((..(((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).)))))))))......((((....(((((((....((((((((.(.(((......)))....).))))))))...........((....)).)))))))..)))).........)))...)))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.....(((((((........)))))))........((....))....)))))))))))..)...((((((((....))))....................((((((((.((.((((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.......................(((((((....))))))).........................(((.((.....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.......))....))))))).....(((((............)))))........))))..)))).).))))......)))))...)))))))...)).)))))))......(((((((.....(((..((...(((.....)))...))....)))....)))))))....)))....((((((........)))).))..........)))))).)).(((((((..........)))))))...........))))))))))))...)))))((...((((.(((..((((((..((((....(.(((..(....).))).)...))))..))))))..))).))))....)).........(((((((((....)))))))))))))))........ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((.(((.....))).)))).)))((......(((..((....(((((((.((...(((((..((.((((.(........(.((((((....)))))).)..).)))).....((....)).....((.......)).)))))))..))))))))).((.(((..((((((((.......)))))))))))...)....)))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((....((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((...........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))))))))))...((.((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...((((((...((...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))....((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..(((((((((((...((((........))))..)(....(((((((..(..((.(((..(((((((.....))))))).......((...........))..)))....)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((..(((......))).))))))))(...)((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((............))))).)).....))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))).)..))....))))...)))))))...)(((((..((((((.(.....)))))).).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.......))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((...(((.....)))...)).)))((......(((.......(((((((..((...(((((..((.((((............((((((....))))))......)))).....((....)).....((.......)).)))))))..)).)))))))((.(((..((((((((.......)))))))))))...)....)..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...(.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((...(...........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))))))))))...((.((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))....((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(..((.(((..(((((((.....))))))).......((...........))..)))....)))(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))(...)((((.(((((((...((.......))....)))))))..(..(((((............)))))..).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((..((((....))).)..))....)))....)))))))...)(((((..((((((........))))).).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))..........)))))).((....))...)))))))((((((((..((((((((((((....((((((.......))))))...))))))))))))..))))))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((...(((.....)))...)).)))((......(((.......(((((((..((...(((((..((.((((............((((((....))))))......)))).....((....)).....((.......)).)))))))..)).)))))))((.(((..((((((((.......)))))))))))...)....)..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...(.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((....................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))))))))))...((.((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).(....)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))....((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(..((.(((..(((((((.....))))))).......((...........))..)))....)))(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))(...)((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((............))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))).)..))....)))....)))))))....(((((..((((((........))))).).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))..........)))))).((....))...)))))))((((((((..((((((((((((....((((((.......))))))...))))))))))))..))))))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((...((((...((((((.(((((.......))))).((((((...((((((((.....))))))))....((...((((((..(((((((.......((((.(((((......(((............((((((....)))))).....(((((....(((....)))...)))))....)))...))))))))).....(((((.((((((((.........))))).))).))))).......)))))))((((....)))).......))).)))....(((((((..(((.....((((((..((....)).)))))).((((((((((((.(((....))).....(((....((((......))))...))).....)))))....(((((....))))).....))))))))))..))))))).......)).))))))........))))))....((((((.((((.(((.(((........(((((..((((((((((...((((((....(((((((((((.((((.(((((..((..((((((.....))))))))..))))).))))...((((....))))...)))))))........((((((((..((((........))))...))))))))...))))...(((...(((.....)))..)))......)))))).....(((..((((((((((...((((((......((((((.((((((((.(((.........(((((((((((.(((((((........)))).))))).....((....))..)))))))))..(((..((.((.(((((....)))))..))))..)))....))).(((((((.((((.((......)).))))......((((........)))))))))))....)))))))).((((...(((((.((.....)).)))))(((((((((((.....))))))))))).))))..)).)))).(((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((.(((((.....)))))..))))))......(((((............)))))......))))))..)))).)).)))))....)))))).)))))))).)).....)))........(((((((.....(((((((...(((....)))....)))..))))....))))))).(((..((....))..))).....)))))).))))..)))))...((((((....))))))..)))......((((((.....))))))..)))))))..)))))).)))).(((((.((..((..(((.((((.....(((((.......)))))....)))).)))..))..)).))))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((((.((((((...)))))))))).......(((((.......))))).(((((....((((((((.....)))))))).(((((..(((.(((.................(((((((((((...(((.............((((((....)))))).......))).((((((...........((((...))))...........))))))(((((.((((((((.........))))).))).)))))..(((((.....)))))))))))))))).........(((((............)))))...((((((..(((((((.((((((....))))))....(((....))).(((.(((...))).)))...((((...(((((((....(((....(((((.(((bbbb..))))))))....)))...BBBB..........))))))).......)))).(((.((((.(((.......((((cccc.ccc.)))).................((((((......((((((.((.((((.((((((.....((((((.....))))))...)))))).)))))).))))))..(((((....)))))........((((((((..((((........))))...))))))))..........(((...((((...))))..)))...<<<))))))..........((((((((((...ddd(((........)))...)).)))))))).........(((((((((.(((......)))......(((((........)))))......)))))))))..(((..((.((.(((((....)))))..))))..)))...(((..(((((((.((((............))))......((((........))))))))))).)))aaaaaaaaCCCCCCC..((((...........))))(((((((((((((...)))))))))))))..)))..)))))))(((((((....))))).)))))))))..))))))...................AAAA.AAAA.(((((((.(((((.....)))))..))))))).....(((((............)))))..............(((.....))).....((((DDD.......))))..))).))))))))...(((((((.....(((((((.(((((....))).)).)))..))))....)))))))....[[[.[[[[[[[[[..))))).]]]]].....]]]].]]]..((((((....))))))....>>>.....(((..{{{{{{{))).}}}.}}}}...............(((((((...(((((((.((((.(...(((((.......)))))...))))).)))))))..)).)))))..............((((((((((....))))))))))......))))... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.....((((.....)))).....)).((......(((........((((((..((...(((((..((.................((((((....))))))...............((....)).................)))))))..)).)))))).(..(((..((((((((.......)))))))))))........)..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((....................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))))))))))).......(((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))))......))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))....((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((.....((.(((...((((((.....))))))........((...........))..)))....)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((............))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))....))....)))....)))))))....(((((..((((((........))))).).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((......((((.......)))).....))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((.((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.....((((.....)))).....)).((......(((........((((((..((...(((((..((.................((((((....))))))...............((....)).................)))))))..)).)))))).((.(((..((((((((.......)))))))))))...)....)..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((.(((((....................))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...((((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).))))))))...((...((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))...))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))....((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.....((.(((..(((((((.....))))))).......((...........))..)))....)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((............))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))....))....)))....)))))))....((((...((((((........))))).)......)))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((.......)))).)...))))..))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((...((((...((((((.(((((.......)))))..((((....((((((((.....))))))))..))))...(.(((((.(((((((.......((((.(((((......(((............((((((....)))))).....(((((....(((....)))...)))))....)))...))))))))).....(((((.((((((((.........)))).)))).))))).......))))))).(((((((...((.(((......(((((.((......)).)))))..((((.......(((((.((((((....))))))..(.(((....))).)...(((....((((......))))...))).....)))))....(((((....)))))....))))...)))))...)))).)))....))))).)..........))))))....((((((.((((.(((.(((........(((((..((((((((((...((((((......(((((.....((((.(((((..((..((((((.....))))))))..))))).))))....(((.((((((((....)))))..(((...((((((((..((((........))))...))))))))...).))....((....))..)))))).))))).....)))))).....(((..((((((((((...((((((......((((((.((((((((.(((.........(((((((((((.(((((((.(....).)))).))))).....((....))..)))))))))..(((..((..(.(((((....))))).)..))..)))....))).(((((((.((((.((......)).))))......((((........)))))))))))....)))))))).((((...(((((.((.....)).)))))(((((((((((.....))))))))))).))))..)).)))).(((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((.(((((.....)))))..))))))...(..(((((............)))))..)...))))))..)))).).))))))....)))))).)))))).)))).....)))........(((((((.....(((((((...(((....)))....)))..))))....))))))).(((((((....))))))).....)))))).))))..)))))...((((((....))))))..)))......((((((.....))))))..)))))))..)))))).)))).(((((.((..((..(((.((((.....(((((.......)))))....)))).)))..))..)).))))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................(.(.(.(.(.((((...(.(.(.......(.((.......))..).............(.(..((.....(.((....(..(((...((.(.....).......()........))..)))...)...)).).((.(((...((.((((.......)))).)).)))...)....)(.(((((((.........)))))))...)(((((.((.......))))))).).).)...).....).....)...)....(((((.....((....)).).))))..).)))..)..((((...((...(.....).)).....)))).(((..((((..(.........).......))))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))...).).........................((((...((((((((.(((..((.((((((.....((((((.....))))))...)))))).)).))).))))...((.((.(.....((((.((((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....)).)).))))...).))..))..))))...))))(...((((((.........(((.........)))......))))))..)(.((.(((((((((.(((.((..(.(......).)..)..).)).)...............)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...)))...((((((((((((.....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.((((((......((.((..(.(.............(...)..)..)..................))....)).(((.((((..(((((..((((.((((((..........((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((..(((.......)))...))))))).((..(..((.....)).........)......))))))..))))...)))))...)))))))....))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))).)..))....)))....)))))))...))((((..((((((........))))).).....)))).))))))..(.(((((((...(....).)))))))....).......)))))............)))))))((((..(...((((((..((((.....(((((.......)))))....))))..))))))..)...))))..)).)).......)(((((((((....)))))))))..........).). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((................................(((((.......)))))..........((((((((.....))))))))..........................(((..((((.(((((......(((............((((((....)))))).....(((((....(((....)))...)))))....)))...))))))))).)))..((((.(((.((((.........))))..))).))))...............................................................................((((((....))))))....(((....)))............................................................................................................................................................................((.((.(((((....((((.(((((..((..((((((.....))))))))..))))).))))...)))))....)).))................((((((((..((((........))))...))))))))...........((....)).......................................(((((.....(((((.........(((..................((..(((((((((((.(((((((.(....).)))).))))).....((....))..)))))))))..(((..((....(((((....)))))....))..)))...))......................................(((........)))......................(((....((((.((.....)).)))).((((((((((((...)))))))))))).)))........................(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((.(((((.....)))))..)))))))...................................)))...(((.....)))......)))))...))))).....................(((((((.....(((((((...(((....)))....)))..))))....)))))))........................................................................((((((.....)))))).......................(((((..(..((..(((..(((.....(((((.......)))))....)))..)))..))..)..)))))...............(((((((((....))))))))).......))))... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((...((((...((((((.(((((.......)))))..((((....((((((((.....))))))))..)))).....(((((.(((((((.((((..((((.(((((......(((............((((((....)))))).....(((((....(((....)))...)))))....)))...))))))))).))))(((((.((((((((.........)))).)))).))))).......))))))).(((((((...((.(((......(((((.((......)).)))))..((((.......(((((.(((((......)))))....(((....))).....(((....((((......))))...))).....)))))....(((((....)))))....))))...)))))...)))).)))....)))))............))))))....((((((.((((.(((.(((........(((((..((((((((((...((((((......(((((.....((((.(((((..((..((((((.....))))))))..))))).))))....(((.((((((((....)))))..((....((((((((..((((........))))...)))))))).....))....((....))..)))))).))))).....)))))).....(((..((((((((((....(((((......((((((.((((((((.(((.........(((((((((((.(((((((........)))).))))).....((....))..)))))))))..(((..((.((.(((((....)))))..))))..)))....)))..((((((.((((.((......)).))))......((((........)))))))))).....)))))))).((((...(((((.((.....)).)))))((((((((((((...)))))))))))).))))..)).)))).(((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((.(((((.....)))))..))))))......(((((............)))))......))))))..)))).).))))))....)))))..)))))))).)).....)))........(((((((.....(((((((...(((....)))....)))..))))....))))))).(((..((....))..))).....)))))).))))..)))))...((((((....))))))..)))......((((((.....))))))..)))))))..)))))).)))).(((((((...((..(((..(((.....(((((.......)))))....)))..)))..))..)).))))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
|
|
UUUUAGGAUAUAAUUGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGUAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGAGAGGUUUUUAAAGAUUUUUCUUAAAAAACUGAAAGUGGCGGACGGGUGAGUAACACGUGAGAAUCUGCCUUUAGGAAAGGGACAACAUUUGGAAACGAAUGCUAAUACCUUAUAUGCCUAUUAUAACUUGUAUAAUUAAUAGGUGAAAAGUUUUCUGCCUAGAGAGGAGCUCGCGGCUGAUUAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCUACCAAGGCGACGAUCAGUAACUGAUUUGAGAGGAUGAUCAGUCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCUGCAAUGGGCGAAAGCCUGACAGAGCAAUACCGCGUGAGGGAUGACAGUCCUAUGGAUUGUAAACCUCUUUUUUCAGGGAGGAAGUUCUGACGUUACCUGAAGAAUAAGCAUCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGAUGCAAGUGUUAUCCGGAAUCACUGGGCGUAAAGCGUCUGUAGGUGGUUUAAUGUGUCUGUUGUUAAAUCUUAAGGCUCAACCUUAAACCAGCAAUGGAAACUAUUAUGACUUGAGUGUGGUAGAGGUAGAGGGAAUUUCCAGUGGAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUUGGAAAGACCACCAAUGGCGAAGGCACUCUACUGGGCCAUUACUGACACUGAGAGACGAAAGCUAGGGGAGCAAAUGGGAUUAGAUACCCCAGUAGUCCUAGCUGUAAACGAUGGAUACUAGAUGUCGCAUGUAUCGACCCAUGCGGUAUUAUAGCUAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGAAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGGUUUGACAUAGUACGAAGUUUUUUGAAAAAAAAACCACCUUCGGGAACGUACAUACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGUAACCCUUGUUUUUAGUUGCCUUUCGAGGAUAUUUAGAAAGACUGCCGAUUAUAAAUCGGAGGAAGGUAAGGACGACGUCAAGUCAUCAUGCCCCUUACACUCUGGGCUACACACGUGCUACAUUGGGUAGAACAAUAAGUUGCUAAGUUGCGAAACCAAGCGAAUCUUCAAAUCUACUCUAAGUUCGGAUUGUAGGCUGCAACUCGCCUACAUAAAGAUGGAAUCGCUAGUAAUCGCUGGUCAGCUACACAGCGGUGAAUCGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUCACACCCAAAGUCGUUAUUCUAACCGUUUGGAGGAAGGCGCCUAAGGUAGGAUUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUAUAAAGGUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.................(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....((((((((.............))))))))....((....)).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((.....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((...{.((((.(.(((..((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))).))....(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{..(((((((((((........)))))))))))...{{..))}}.....}}}}}}}))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....)))))))..((....))..))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...(((....)))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((........)))))))).....))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....))))))))))......................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......(((((..(((.((..(((((.(((((.((((((..(((((((((.(((.........)))..((((((....(((((((.((((....)))).)))))))....(((((..(((.((((((....((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((((((.............)))))))).............))))))).))).))))))........(((..((((((((.......)))))))))))...((((((...))))))..((((..(((.(((((...(((((.(((.....))))))))..((((.((..(((((((.((((((....))))))...((((....))))....(((((...(((...((((....(((((((...)))))))...))))..((((((((......((....))....))))))))...(((((..((...(((((((((.((....)))))...))))))...))..)))))...)))..((.(..((((.....(((((.(.((((...((((((.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).)).)))).......((((((((...(((((((((..(((((((((..(((........)))...)))))))))..)).......((....)).)))))))..)))).))))..)))).).)))))..((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.(((..((((((........))))))..)))...((....))....)))))))))))..)))....)))))....(((.....))).((((...((((((.((((..((((.((......)).))))..........(((((.(((...((((((.....))))))......(((((..(((((((....)))))))..((....))..)))))......))).))))))))).))))))(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....)))).......)))))))..))))))..........)))))....................((((..((.(((.....))).)).))))..)))..))))..))).))).))))))))...(((((((........(((((..(((....)))..))))).........)))))))...))))))..(((((((........)))))))..........))))))))).(((((((((.....)).)))))))...))).))).)))))...(((..(((((((((......))))..)).)))..(((((..(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).))))).....))).......(((((((((....))))))))))))))))))).)))))......) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Carnac(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((...........((..........((((((....))))))..........))...................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((...((((....))))))))))..............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((.....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))).)))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))..((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))..........)))))).............))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))....................... |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................((((..(((((.((((((.((..................((.........(((((((....))))))).........))...................(((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((((((...((((....)))))))))).............))))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((......((((.....)))).....))))..((.(((((..................))))).))....(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))....)))).)))....(((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).))...))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...........(...((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))..((....))..))))).)...((.(((...((((.(.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((..(((......)))...)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))..........))))))...............)...((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))....................... |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidHomfold‑LAST
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(.((((.((((((...)))))))))).).(((((((((.......)))))(((((..((....(((((((.((((....)))).)))))))....))...................((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((((((.............)))))))))............))))))).))).))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((...((((((((...(((((....))))).))))).))).))))..((((....(((((((...)))))))...)))).(((((((((......((....))....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))............((((((((((((((...))))))...))))))))...((.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).))......)))))..(((((((...(((((((((..(((((((((..(((........)))...)))))))))..))................)))))))..)))).......)))...........((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((((((((((((((........))))))))))).).((....))....)))))))))))......(..(((((....)))))...)..........((((((((((((((....))))((.((((((((......((((........))))((((((.....))))))..............((((((....))))))((((((.((....)).......))))))....(...((....))(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((..........(((((((...........))))).((.((((((...)))))).))...))))))..(((.....))))....((((..........))))....)))))))).))..(((((((.....((((((((..(((....)))..)))))..)))....))))))).....((....(((((((........)))))))....)).(((..........((((((((.......).))))))).......)))...)))............))))))).((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((.((.((.(.....).)).))))).))).)))))))).)))))..............((((((((((....)))))))))).....(((........)))... |
|
Cylofold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..............(((((................)))))..........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......................................((...)).)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((.....)))).)...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))).)))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((..(.((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....(.....)..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((......).)...)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((..........)))))))..........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....))).)).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))...................... |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.....(((..(.(.((....)).).)..))).....)))))................((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((...((...(((....))))...))))....((....)).)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((....(.((((.....)))).)...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))).))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))...((.....)).))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))..........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))...................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..((((...))))..))))))).((.((((((.((((.(((((((((((...((.(((..(((..((....(((((((.((((....)))).)))))))....))....)))..))).))....((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((((((.............)))))))).............))))))).))).))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((((.(((...))).))))...((((....))))....)))).)))))))..((((....(((((((...)))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).)).....(((((((...))))))).((((((((.......(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).(((.(((((((((.((((((((...(((((((((..(((((((((..(((........)))...)))))))))..)).......((....)).)))))))..)))).))))................((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).....((..(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))))(((..((.((.(((((....)))))..))))..)))...(((((((((((((........(((.((((((((((....((((........))))...(((((((.(((((.(((((..(((((....((((....)))).(((((((.((....)).......))))))).((((((((....)))).)))))))))..)))))(((.....)))(((.....))).)))))..............(((((...........))))).((.((((((...)))))).))..)))))))..(((.....))).....((((..........)))).)).)))))))).))).(((((((........(((((..(((....)))..))))).........))))))).....((....(((((((........)))))))....)).((((.((......(((((((..........)))))))....))))))))))))............))))))).((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((......(((......)))..))).))).)))))))).))))))))))))))...)))(((((((((....))))))))).))))))))((((...))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((...............)))))............................((((...................(((((((.((((....)))).))))))).........................((((((...((..(((((((..(((.[[..((((((....))))))......)))....(((((((((.............)))))))))....]]......)))))))))...))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).(((((((.........)))))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...((............aaa))..(((((....)))))..AAA............((((....(((((((...)))))))...))))..((((((((..................)))))))).....((...((...(((((((((.((....)))))...))))))...))...))........((((((.(((((.....)))))....))))))..........((((((.....((((((.....)))))).<<))))))>>...........................(((((((((..(((((((((..((........)).....)))))))))..)).......((....)).)))))))...........................((((((((.......((((.........))))....)))))))).........{{{{{{{.(((((((((((........)))))))))))...((....))))))}}}}}}}.............(((((....)))))...............((((((((((((........(((.((((((((((....((((........))))..))....(((((((........(((((..(((((((....)))))))..((....))..))))).....((.(((..(((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((............(((((...........)))))....(((((.....)))))........))))..)))).)).)))))...)))))....)))))))......)))))))).))).(((((((......((.(((...(((....)))...)))...)).....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))..........))))))............))))))...................(((((..((((((((.(((.(((....((.........))...))).))).)))))))).)))))...............(((((((((....)))))))))....................... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.(..((((((((...))........................................(....(((.((.(..((....))...))).)))....)....................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...)))).....((...(((((.((....)).))))))).....((....)))))))))).))).))))))..(((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...)))))...((((((((....))))...))))....(((((.(((.....))))))))..(((....)))..................((((...(((((....))))).))))...(((((((((.(((....((((((.....))))))...)))..(((((((((...(..(...)..)....)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..........))..........................(((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))).))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))......((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))..........(((((..((((...(...))))))))))...(((((((.......((((((..(((((((....)))))))..((....))..))))).)..................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((...(((((((.(((.((..)).).)).)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))))....................((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))...))))))............(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............(((..((....))..))).....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((...........))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))............ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.(..((((((.((((.........................................((....(((((.(((((......))))).)))))....))...................((((((..((...((((((((((((.(((.((((((....)))))).)).).))))...(.(((((((...(((....)))))))))).)....(....).))))))))..)).))))))..(((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...)))))...((((((((....))))...)))).....((((.(((.....)))))))..((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))....(((((((.(((....((((((.....))))))...)))..(((.(((((..................))))).)))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).......((...((((((.....)))))).......)).(((.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))).))))...(((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).))....))).)))..(....)..((((..((...((((.........))))))..))))...(((...(((..((((((..(((((((((((......)))))))))))....((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..)))))).....((((....))))...(((((((.((((..((((...(...))))))))).....((((((.......((((((...((((((....)))))).((((....))))))))).)............((((.((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((((..((((((.(((((.(.)).)))).))))))...((.(((((.....))))).))))...)))))))))))))..................))))))........)))))))......((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))...))))))............(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........((((..((....))..))))....((((.(((..((((((((((((....((((((..(((...((...)).))).))))))...))))))))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))............ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..(((.....)))..))))))).((.(((((.(((((.(((((((((((...((.(((..(((..((....(((((((.((((....)))).)))))))....))....)))..))).))....((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((((((.............)))))))).............))))))).))).))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((((.(((...))).))))...((((....))))....))))).))))))..((((....(((((((...)))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))......((((((...))))))..((((((((....((.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).))..((((((((..((((((((...(((...........(((((((((((........))....((((((........))))))((....)).))))))))))))...))).)))))..........((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(.(..(..(...((((....))))....).)..).)...((((((((((((((....)))).(..(((((((((.....(((........)))....(((((((.(((((.(((((..((((.....((((....)))).(((((((.((....)).......))))))).((((((((....)))).)))).))))..)))))(((.....)))(((.....))).)))))...(((((((...(((....)))....)))))))..((.((((((...)))))).))..)))))))..(((.....))).....((((..........)))).)).)))))))..)...(((((((........(((((..(((....)))..))))).........)))))))......(....(((((((........)))))))....)..((((.(.......(((((((..........))))))).....)))))...)))............))))))).((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((......(((......)))..))).))).)))))))).))))).))))))))......(((((((((....))))))))).))))))))((((...))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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NanoFolder
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((......((.((((....)))).))...))....)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....))))...............(((....)))............((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))).)))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))..((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((......))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((...))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).......... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((.........((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..((((.((.((......((.((((....)))).))...))....))..)).))..(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(..........(((....)))........)...((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))).)))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))).).(....)((((....)))).)))))).(((((..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((...(...)))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))..((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))......(((.(((((((...((......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))...)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((..........)))))))......)...)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))..((....))..((((((((((((....))))))))).....)))))))).......... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((......((.((((....)))).))...))....)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))...............(((....)))............((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))).)))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))..((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((...))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).......... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((........(((.((((.((((((.(((((((((((..(((.(((..((((.((.((......((.((((....)))).))...))....))..))).)..(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(..........(((....)))........)...((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..))....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((((((((..((.........).)..))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(.(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))).)))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))).).)))...((((....)))).)))))).(((((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))..((....))..))))).)))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))......(((.(((((((...((......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))...)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))((.....)).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))..((....))..((((((((((((....))))))))).....)))))))).......... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((...((((..(((((.((((((...)))))).)).)))..))))..((((....((((..............(((((((.((((....)))).)))))))....(((((((.((((((.(((.((((((.........((((....((((.....((((((....))))))......))))....((((((((.............))))))))..))))......(((((((((((.((.....(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))))...((((((((.........(((((...((((.((((.....))))))))..((((.((..(((((((.((((((.((((..(((...((((....)))).....((((((((((((((.(((((((((((((...)))))))....((..(((((((((...((.((....)).)).)))))))))..))))))......(((((((((.((....)))))...))))))((((((.(((.((((..(((((((((((((.....)))))...))))))))...((((((((((((...........(((.(((.....(((....)))...(((((((.((....))))))))).))).)))....(((((((((...((((((...((.(((.((((((........))))))((....))......))).))..)))))).))))).))))....((((((((..((...((((.........))))))..))))))))...))))))))))))..)))).))).))))))..)))))))))))))...)))...)))..)))).))))))..(((...((((((((...(((.....)))....((.(((((((.((((..((((.((......)).))))..........(((((.(((...((((((.....))))))......(((((..(((((((....)))))))..((....))..)))))......))).))))))))).))))))).))..(((....)))...(((......)))....)))))))).))).........)))))))..))))))..........)))))(((((.....)))))..................))))))))....)).)))....))))))))....)))))).)))...(((((((........(((((..(((....)))..))))).........)))))))...((((((..(((((((........)))))))....(((...((((((.((....(((....)))...))))))))..)))....))))))......))).))).)))))))..)))).))))......(((((..((((..((.(((.(((......(((......)))..))).))).))..)))).)))))..))).))).((((.(((((((((....))))))))).....[[[[))))....]]]].. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((..((((...))))..)))))))....(((((.(((((.(((((((((((......(((..((((.......(((((((.((((....)))).)))))))........).)))..))).......((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((((((.............))))))))((((...))))..))))))).))).))))))(((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))).(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((((.(((...))).))))..(((((....)))))...))))).))))))..((((..(.(((((((...))))))))..)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........((((((...))))))..((((((((...(((.(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).)).)(((((((((.((((((((((............(((...((([[[................)))<<<))).....>>>............]]]..........))))).)))))..........((((((((.......((((.........))))....)))))))).........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...............)))))))..(((.....{{{.((((....)))).........)))...(((((((...((((....))))...((((((((......((((........))))...(((((((((((((.(((((..(((((...(((((....)))))(((((((................))))))).((((((((....)))).)))))))))..)))))(((.....)))(((.....))).))))))..((((((((.((((....))).)).))))))).....((((((...)))))).....)))))))..(((.....))).......................}}}.)))))))).....(((((((.....((((((((..(((....)))..)))))..)))....)))))))...........(((((((.(.....)))))))).......((((.((......(((((((((.....)).)))))))....))))))..................))))))).((((.......))))..(((((..((((((((.(((.(((.((...(((......)))))))).))).)))))))).)))))))))))))).....((((((((((....))))))))))))))))))((((...))))... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((....((........(((((....))))).....)).....))))......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).................(((....))).....................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((.....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))).)))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))...((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))..........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))............ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...........((((((..))))))...........)).((......(((.......((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))..............((((....))))....................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((.....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((.......((((((.....)))))).....)))))))..)))))).)))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).)))))).(((((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........(((((...((((((....))))))...((....))..)))))....(((.(((....((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))..........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....)))))))).......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((....((((..(((((.((((((...)))))).)).)))..))))..((((....((((..............(((((((.((((....)))).)))))))....(((((((.((((((.(((.((((((.........((((....((((.....((((((....))))))......))))....((((((((.............))))))))..))))......(((((((((((.((.....(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))))...((((((((.........(((((...(((((.(((.....))))))))..((((.((..(((((((.((((((.((((..(((...((((....)))).....((((((((((((((.(((((((((((((...)))))))....((..(((((((((...((.((....)).)).)))))))))..))))))......(((((((((.((....)))))...))))))((((((.(((.((((..(((((((((((((.....)))))...))))))))...((((((((((((...(((((..((((((.......(((....)))...(......)..))))))(((((...(((((((((..(((((((((..(((........)))...)))))))))..)).......((....)).)))))))..))))).........)))))......((((((((..((...((((.........))))))..))))))))...))))))))))))..)))).))).))))))..)))))))))))))...)))...)))..)))).))))))..(((...((((((((...(((.....)))....((.(((((((.((((..((((.((......)).))))..........(((((.(((...((((((.....))))))......(((((..(((((((....)))))))..((....))..)))))......))).))))))))).))))))).))..(((....)))...(((......)))....)))))))).))).........)))))))..))))))..........)))))(((((.....)))))..................))))))))....)).)))....))))))))....)))))).)))...(((((((........(((((..(((....)))..))))).........)))))))...((((((..(((((((........)))))))....(((...((((((.((....(((....)))...))))))))..)))....))))))......))).))).)))))))..)))).)))).((((.(((((..(((((..(.(((.(((......(((......)))..))).))).)..))))).)))))..............((((((((((....))))))))))))))...))))........... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((.(..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((.(((...((.(((..((((........(....(...(.......)...)...)......))))...((((.((((....((((((..((...(((((((.((((.(...((((((....)))))).)....)))).(...(....(.(.(.((....)).))...)).)....(.....).)))))))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....)))))))))))))).))....)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.((((...((....)).))))...)))).((..(((((...(.(....).....).))))).....))(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((...(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))....)))).)))...((((((((...(((((((((..(((((((((..(((......))).....))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((((........)))))))))))...............)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(((((((..(((..(........))))............))))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((.(..(((((((...(.......).....))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))...))(((...(((((((........)))))))......))).)))))).(..(((((((..........)))))))....).....))))))............)))))))((((....(.((((((...(((......((((....(..((....))..)..)))).....)))...))))))...)..))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))).........). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((((((.((((.(((((.(((((.((((((.((((................((....(((((((.((((....)))).)))))))....))...................((((((..(((..(((((((..........((((((....))))))..............((((((((.............)))))))).............))))))).))).))))))((((((..(((..((((((((.......)))))))))))....))))))............................((((..(((.....))).)))).((((....)))).........................((((....))))....))))..))))))..((((....(((((((...)))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...........((......(((((.(..(((...((((...((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))....)))).......(((.((((...(((((((((..(((((((((..((..........))...)))))))))..)).......((....)).)))))))..))))..)))..)))..).)))))...)).....))))....))))))))).(((((((((((((((.((.....(((.(((((((.(((..((((((........))))))..)))...((....))....)))))))..(((..((.((..((((....))))...))))..)))..)))..(((.(((....((((((((...(((((((......((((........))))........(((((((.((.....(((((..(((((((....)))))))..((....))..))))).....((......(((((...((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))..............................................((((((...))))))..............))))....)))))......)).)).)))))))......)))))))....((((((.....................((((.....(((((.(((.....((..(.....)....)).(((((((........))))))).......))).))))).....))))((..(((((.(.((...............(((((..((....))..)))))........))).)))))..)).)))))).............))))))))......))).))).)).)))))))....))))))))................(((((((((....)))))))))....................... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((............(((((((....((.(((........))))).(((((.......)))))..)))))))....(((((((.((((....)))).)))))))....(((((((.((((((.(((.((((((.......((((..((..(((((....((((((....))))))....((((((....((((((((.............))))))))....((((((((((((.((((((..((((((((......(((..((((((((.......)))))))))))...((((((...)))))).(((..(((((.(((((.(((((...(((.(((...)))))).((((....))))....)))))..(((((..(..((..((((....))))......((..(((((((((.(((...(((((((...)))))))...((((.(((((((((......((....))....)))))))))..(((((..((...(((((((((.((....)))))...))))))...))..))))).(((.......(..((((.....(((((...(((((((((((((.((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..)).)).)))).)))...((((((((...(((((((((..(((((((((..(((........)))...)))))))))..)).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...)))))..((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.(((..((((((........))))))..)))...((....))....)))))))))))..)..(((..((((....))))...)))....)))......)))).))).)))..))))))..)).))..)...))))).(((((.(((...((((((.....))))))......(((((..(((((((....)))))))..((....))..)))))......))).)))))))))))))))..)))..)))))))).....((((((.....(((.....))))))))).............)))))).))).....))).)))))).((((((...))))))...))))))..((.(((.....))).))....)))))...))..))))....)))))).)))...(((((((........(((((..(((....)))..))))).........)))))))...(..(((..(((((((........)))))))....(((...((((((.((....(((....)))...))))))))..)))....)))..)......))).))).))))))).))..((.((.(((((.(((((..(((((..(.((..(((......(((......)))..)))..)).)..))))).)))))..............((((((((((....))))))))))))))).))))............ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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|
|
UCUCAUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGCAUGCUUAACACAUGCAAGUCGUACGGGAAGGAUCCUAGUGGUGUUUCCAGUGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUAAGAACCUGCCCUUGGGAGGGGGACAACAGCUGGAAACGGUUGCUAAUACCCCAUAGGCUGAGGAGCAAAAGGAGGAAUCCGCCUAAGGAGGGGCUUGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAAUAGCUUACCAAGGCGACGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCUUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAACGUGACGGAGCAAUGCCGCGUGGAGGUAGAAGGCUCACGGGUCGUAAACUCCUUUUCUCAGAGAAGAUGCAAUGACGGUAUCUGAGGAAUAAGCAUCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGACAGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUGAUUGGGCGUAAAGCGUCUGUAGGUGGCUUUUUAAGUCCGCCGUCAAAUCCCAGGGCUCAACCCUGGACAGGCGGUGGAAACUACCAAGCUGGAGUACGGUAGGGGCAGAGGGAAUUUCCGGUGGAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCGGAAAGAACACCAAUGGCGAAAGCACUCUUCUGGGCCGACACUGACACUGAGAGACGAAAGCUAGGGGAGCAAAUGGGAUUAGAUACCCCAGUAGUCCUAGCCGUAAACGAUGGAUACUAAGCGCUGUGCUAUCGACCCGUGCAGUGCUGUAGCUAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUACGUUCGCAAGAAUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGGCUUGACAUGCCGUGAAUCUUUUUGAAAGAAAAGAGUGCCUUCGGGAACGCGGACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGCCGUAAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUCUUGUUUAGUUGCCAUCAUUAAGUUUGGAACCCUAAACAGACUGCCGGUGAUAAGCCGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUACGCCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGGCCGGGACAAAGGGUCGCGACCUCGCGAGAGAAAGCUAACCUCAAAAACCCGGCCUCAGUUCGGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCCGGUCAGCCAUACGGCGGUGAAUCCGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACUAUGGGAGCUGGCCAUGCCCGAAGUCGUUACUCUAACCGUAAGGAGGGGGGUGCCGAACAGGGGCUAGUGACUGGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((((.((..(((((.(((((.((((((.((((.(((((((((((....((((....((((.(((((((..(((((.((.(((((((.(((((.(((.(((.......(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))...((......)).))))).(((((.(((.....)))))))).........))))))).)).)))))..)))))))......))))..))))...)))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((.....((......))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......((((((((..(((..(((((((((((.......((((.(((((((.((((((((.....)))))..(((((((((....).)))....((...((((((.(((((........(((((((((...(((((....((.(((((...((........))....((....))....))))).))...))))).))))).)))).....(((.((((..................))))))).))))).))))))..))..(((((((.(((((((..(.........)..)))))))...((....))....))))))).)))))..((((.(((((....)))))..))))...))).)))))))))))........((((((.(((((((((((...((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...(((..........)))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))))))..))))))...)))))))..))).))))))))((((.((((((((....((((.((((.(((....)))..................(((((.(((........(((((((........)))))))))).)))))..)))).....(((((((..........)))))))..))))..)))).))))))))...))))))..))))).))))))..)))....))))))))..(((.((((((..((....))...)))))).)))....)))))...((((.......))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))..) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....((((((..(((..((((.((((((.(((((((((((..(((......(((.(((((((....)))).)))..(((.((((((.................(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))..)))))))))...)))...(((((..((((....))))......((((((....))))))..))))).....)))...))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...(((((((((((.....(((((...((((((((....(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))...)))).((.((.((((.(((..((((((..((((((((...(((........)))....)))))))).....))....((....)).)))))))..)))))).))..))))...)))))...((((((...((...((((.........))))...)))))))).((..((((.(((((((.((((((((((.........))))))))))...((....))....))))))).(((((((((((..((((....))))...)))).........((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))....(((.(((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...(((..........)))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).)))))...)))))))..))))))...))))))).......))))))).....(((((((.....((((((((....))))).((....))...))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).))...))..)))).(((....)))......))))))))))))).))))..))..))))))...((((..((..(((((((....((....(((..(((((..((....))...)))))..)))...)))))))))..))..))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))))).))))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((.......................(((((((((.....))))))))).....................(((((((.......((((((((((((.....((((((....))))))......)............................))))))))))).....)))))))............((((((((.......))))))))..................((((....))))...........(((((............))))).............................(((((.................)))))..)))))))............((((....)))).................................................(((((....................................)))))....................................................(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))............................((((....((((((((.....................))))))))....................))))...............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((.........))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((........(((((..(((((((....))))))).............)))))...........................................................................((((((((.......................))))))))....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((...............(((....))).................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........))))))))...........................(((((((................................................)))))))........................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((.....((((((....))))))....)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((....((....(.((((..(((..((....)).))).)))).).....)).))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.........)))..((((.((((((.(((((((((....(((......(((...(.((.(((((((....))))))))).).)))...............((((((((.((...((((((((((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((....))...............))))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((..................))))).)))...(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))....)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((...((((.(.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..(((((((...((....(.((((.((((..((....)).)))))))).).....)))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((..((((((...)))))).)))....((((((((.......))))....)))).....................................................................((((.....((((((....))))))......)))).(((((.............((....)).)))))...............((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))..................(((((((((..................((((((....))))))..........................((.......))...........................(((((((((..................)))))))))..............(((((((((.((....)))))...)))))).........................................................(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..(((((............)))))............((((((((...(((........)))....))))))))............(....)......)))))))))......................(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((.........))))))))))...............)))))))........((((.(((((....)))))..))))..................((((....))))..........(((((..((((........)))))))))...(((((((...............(((((((....)))))))............................(((.((((((.((((((((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((...(((..........)))....)))))))..((.(((((.....))))).))..........))))).).))))))))..........)))))))...................(((((((.....((((.((...(((....)))...))..))))......)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))..............................................((((((.....((....(((.((((((..((.......)))))))).)))...)).))))))((((.......)))).........((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....)))..(..(((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((.(((.....))).))))).)))))......(((......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...((.(.....).)).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))))))...)...(((.....(.((((.(.((((((((..(.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))..)))))..(((.((((...((.(((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))).))..))))..)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((.........))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((....(((((((....)))))))((.((....)).)).))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((..((((((...(((..........)))....))))))...((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((....(((...((...(((....)))...))...)))......)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((((................((((..((....)).))))....((.....)))))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(.((((.((((((...)))))))))).).(((((((((.......))))....)))).)((((....)))).......(((((((((((((.(((.........(((((((..(((..(((.....((((.....((((((....))))))......)))).(((((............(((....))))))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))(.(((((((.........))))))).)................(((((((((((((....))))......(((((((())))))))..((.......))............(((.......)))....((((....))))..........(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))....................(((((.....))))).................(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..(((((..((....))..))))).......((...((((((((...(((........)))....)))))))).....))....((....)).....)))))))))...(.........)...((...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))))........(((((((.((((((((((.........)))))))))).........()....)))))))..((....((((.(((((....)))))..))))...))...........((((((....))))...((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((...............(((((((....)))))))(((.((.((....)).)).))).((..((((.((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).))))))......(..((((((((...(((.(.....)..)))....)))))))).((.(((((.....))))).)).......)..))))).).)))))))))...))....))))))).......))))))).(...(((((((.....((((.((...(((....)))...))..))))......)))))))...).((((..(((((((........))))))).....))))...........(((((((..........)))))))....(((....)))))..........))).)))))))....))))))(((((....(((....(((.((((((..((.......)))))))).)))...))))))))(((((.......)))))........((((((((((....))))))))))............. |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((...........(...(.((....))))............................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)...((((....))))..............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((...))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((.......)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((..(.((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))..(.(......).)))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((...(.......)))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))...)).).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(.(((......((((..(((..((....))...)))..))))..)))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((...(((.(.(.....).).)))...)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......................((..)).)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((...))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((.(((((...(...(...).)....))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....))))))).(.((....)).)))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((...((....).)))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((......((((..(((..((....)).).))...)))).))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...))))((((.((((((...))))))))))....(((((((((((....((((....((((.(((((((..(((((....(((((((.(((((((((.(((.......(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))).............))))).(((((.(((.....)))))))).........)))))))....)))))..)))))))......))))..))))...)))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((...[[[[[..........)))))))))...]]]]]((((..[[[[[[[[[...))))..]]]...]]]]]].((((..[[[[[..((((.....))))))))..]]]]]........(((((......(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..[[[[[))))).......]]]]]...(((((((..((((((((.....[[[[............))))))))...]]]]..............)))))))..............((((...[[[...[[[[[[[.......[[[[.))))....]]]]....]]]]]]]]]]...(((((..[[[..[[[[[[[[[[)))))....]]]]]]]]]]]]]................((((.[[[[))))...(((((....)))))....((((.....))))]]]]...((((....))))....((((..[[[[[..[[[[))))....]]]]]]]]].....(((((........[[[[[..(((((((....)))))))..)))))......]]]]].(((.[[[[)))..((((....))))(((((((((....)))..((((......))))..))))))(((((...........)))))]]]].....((((((....))))))......(((((.....)))))......(((((..((((.....))))....[[[[))))).....]]]].................(((((((.....((((......(((....))).......))))......)))))))(((.[[[[[..(((((((........))))))))))..]]]]]...(((....[[[[[[[...)))....]]]]]]]......((((..((((............))))........[[[[))))...]]]]((((....(((.((((((......[[[[[[[)))))).)))....))))...(((((.......)))))......((((((((((((....)))))))))..))).]]]]]]]. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((((...)))..))).(((((.(((.........))).))))).((((((((((.((((((((...(((.((..((..(((((((((....((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....))))))...(((....(((...((((((..((((.......))))....)))).))...)))....))).(((((((((.....((......))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((..(((((((.(((..((((((...))))))...(((((.........(((((((((...(((.((((.....)))))))..)))))))))..))))).(((((.(((((.(((.(((((..((...((((((((...(((........)))....)))))))).....))..))((....)).....(((.((............)).))).(((...(((((((..((...((((.........))))))..))))))))))...((((((.(((........))))))))).))).))).))))).)))))..(((((...((....(((((((((.((((((((....)))))....((((.....)))).((((((.(((....)))(((..((((.(((......)))))))..)))......(((((((.((((((((((.((((((...((((((....)))))).(((((..((....)).)).)))........)))))))))))..)))))(((((((....(((.(((......))))))))).))))...(((((.(((((.(((((..((....((((((....))))))....))..)))))))))).)))))..))))))).((((.....))))....))))))))).)))))))))))..))))).......(((((((.....((((.((...(((....)))...))..))))......)))))))))).))))))))))..))))).)))))))))..))..)).)))))))))))..(((((((..........)))))))..)))).)))))).(((((((((((..((((((((((....(((.......))).((((....(((.((((((..((....))...)))))).)))....))))..))))).)).)))..)).)).)))))))(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((..............[[....))((..(((((((((((...........(((...(((((((..(((((.((.(((((((.....................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((......))....(((....))).))))))).))..)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).........))))))).)).)))))..))))))).....)))...........))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..................)))))))))..............(((((((((.((....)))))...)))))).......)).....]]...............................(((.......(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..{{{{{.)))........}}}}}............((((((((....((........)).....))))))))...........((....))....................................((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((.((((((((((.........))))))))))...((....))....)))))))........((((.(((((....)))))..))))...............((((((............(((((((((((...((((........)))).)))....(((((((........((((...(((((((....)))))))((.((....)).)))))).....((.(((((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...(((..........)))....))))))).....(((((.....)))))........)))).))))).)).)))))))..))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....((((.((...(((....)))...))..))))......))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))...........(((((((..........)))))))...........))))))..............................................(((.((((((..((....))...)))))).)))............((((.......))))..........(((((((((....))))))))).............. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.(((....((......))...))).))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...)))).....(......).....((......)))))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))..................(((...((((.....)))).)))...((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(..().....)....)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..........)))........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.(((((((((((......).))))))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))..........(((((..((((...(...))))))))))....((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).................(((((..(((((.((....)).(.((((......))))).))))).....(((....((((((.(((((((.....)))).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))).....................((((((....((((.(((..((((....))))..)))..))).)....))))))............(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..)))).....(((.(((..((((((((((.((...((((...((((..(((..)))...))))))))..))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((.((((..((((..(((((.((((((((.......))))).......((.(((...(((....)))....))).))...................((((((..((..(((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((....))))....((....)).))))))))).)).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...))).(((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))).......(((((...((((.....)))).)))))......)))...(((....((((((....))))))...))).((((.(((((...(..(...)..)....))))).))))...((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))..))))).)))).....................(((((.((((.(((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))....((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..)))).))))..)))).)))))....((((((((..((...((((.........))))))..))))))))..........(((((((.((((((((((.......))))))))))....((....))...)))))))....((...((((.(((((....)))))..))))..))............(((.((....))..((.(((((.((((((..((((...(...))))))))))................((((((((.(((((((....)))))))..(((....))))))))).)).).))))).)).)))..(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((...(((((((.(((((((.....))).))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))))))..............(((((.........)))))...............((((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....))))))))..........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))....................................((((.(((..(((((((((((.(....((((..((((..((....))..)))))...)))))))))))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((...(((((..(((((..(((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((.................................................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).............(.....).........)))))))..)).))))))........(((..((((((((.......)))))))))))..)))).....((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((...))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((..................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))..))....(..((((......((((...(((((((((((...(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))....))))))).......((((...(((((((....((((((((.(.(((......)))....).))))))))...........((....)).)))))))..)))).......))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((..((((((((.....))))))))..))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..................((((....)))).............................(((((.((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))......(((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))))))))))).))......)))......)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))......)))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))(((..(((..((((((..((((....(.(((...(((..((....)).)))..))).)..))))..))))))..)))..)))..))).........((((((((((....)))))))))))))))..)).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((.((((....)))).)))).)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((....)).....((......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...((.....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((....((....((((((.((((..((....)).)))))))))).....)).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.(((((((....))))))))).)))((......(((......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((......)).)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...(((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))((((((((((...(.........)....))))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...)..(...)((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((((((((((((....)))(.((((......))))).))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..(((((((...((....((((((.((((..((....)).)))))))))).....)))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((.((.((((....)))).)))).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....((....)).....((......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...((.....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((....((....((((((.((((..((....)).)))))))))).....)).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((.(((((((....))))))))).)))((......(((......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((......)).)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...(((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...)..(...)((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).))))))(...)((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).)...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..(((((((...((....((((((.((((..((....)).)))))))))).....)))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((((((((.(((((.(((((.(((((((((((....((((....((((.(((((((..(((((.((.(((((((.(((((.(((.(((.......(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))...((......)).))))).(((((.(((.....)))))))).........))))))).)).)))))..)))))))......))))..))))...))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((.....((......))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......((((((((..(((..(((((((((((.......((((.(((((((.((((((((.....)))))..((((((((((...)))))....((...((((((.(((((........(((((((((...(((((....((.(((((...((........))....((....))....))))).))...))))).))))).)))).....(((.((((..................))))))).))))).))))))..))..(((((((.((((((((((.........))))))))))...((....))....))))))).)))))..((((.(((((....)))))..))))...))).)))))))))))........((((((.(((((((((((...((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))..((..((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...(((..........)))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).)).))))))))..)).....)))))))..))).))))))))((((.((((((((....((((.((((.(((....)))..................(((((.(((........(((((((........)))))))))).)))))..)))).....(((((((..........)))))))..))))..)))))).))))))...))))))..))))).))))))..)))....))))))))..(((.((((((..((....))...)))))).)))....))))))).((((.......)))).........((((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((...................(((((.(((.........))).))))).((((((((((((((((((...((((.........(((((((((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)))))))((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....)))))).....((((..(((....((((..((((.......))))....)))))))..))))........(((((((((.....(((.......))))))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((..(((((((.(((.(((((((...)))))))..(((((.........(((((((((...(.((((((.....)))))))..)))))))))..))))).(((((.(((((.(((.(((.........((((((((...((([[[.....))){{{{))))))))......................}.}}}.......]]]............(((...(((((((.......((((.........))))....))))))))))...((((((.(((........))))))))).))).))).))))).)))))........................((((.(((((....)))))..)))).............(((((((((....))))....((((....<<<..<<<<))))....>>>>>>>(((((((.((((((((((.((((((..(((((((....)))))))(((................)))........)))))))))))..)))))(((((((....(((.(((......))))))))).))))...(((......................((((((....))))))......(((((.....))))))))..))))))).((((.....))))....)))))..............................(((((((.....((((......(((....))).......))))......)))))))))).))))))))))..))))).))))))))).........)))))))))))..((((((((.......).)))))))).)))).)))))).(((((((((((..((((((((((...((((.......))))((((...((((.((((((.............)))))).))).)..))))..))))).)).)))..)).)).)))))))(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((......(((((....))))).....)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((....((....(.((((..(((...........))).)))).).....)).))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..(((((..((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((......(((((....))))).....)).((......(((.......((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....((....))................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...((((.....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((..................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((...(((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))....)))))))...(((..(((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..)))...)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........(((((..(((.(((....))).)))...((....))..)))))....(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((....((....(.((((..(((..((....)).))).)))).).....)).))))))..))).)))).)))).........((((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.(((((.((((((.((((.(((((((((((....((((....((((.(((((((..(((((.((.(((((((.(((((.(((.(((.......(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))...((......)).))))).(((((.(((.....)))))))).........))))))).)).)))))..)))))))......))))..))))...)))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((.....((......))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......((((((((..(((..(((((((((((.......((((.(((((((.((((((((.....)))))..(((((((((....).)))....((...((((((.(((((........(((((((((...(((((....((.(((((...((........))....((....))....))))).))...))))).))))).)))).....(((.((((..................))))))).))))).))))))..))..(((((((.(((((((..(.........)..)))))))...((....))....))))))).)))))..((((.(((((....)))))..))))...))).)))))))))))........((((((.(((((((((((...((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))..((..((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...(((..........)))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))))))))..)).....)))))))..))).))))))))((((.((((((((....((((.((((.(((....)))..................(((((.(((........(((((((........)))))))))).)))))..)))).....(((((((..........)))))))..))))..)))).))))))))...))))))..))))).))))))..)))....))))))))..(((.((((((..((....))...)))))).)))....)))))...((((.......))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................((.(.(..(((......(((.(.....((..(.(....).).))...............(.(..(..(.(....(.((((((...........)).....................)))).).((.(((.(((...(((((.(.......).))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))).)).)...)...).....))).......((((((.....(.....)..).)))))..)).......((((...((...((...)).)).....)))).(((..((((...(............).))))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))......).)...............((.....((.....((((((((..(.(.(((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))...))..))))...(((.((((...((.(((.((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....))..)))).)..))))..)))..))))....).)....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((.((.........)).)))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.(.((..(.................)..............))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((.(..(((((((...((...(......).))....))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((....((.(....((((...((..((....))...)))))).).....)).))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))..........).)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..((((....(..(.(..(......)).)..)...))))...(.((.((((...(((((((..((...(((((((.((((.(...((((((....)))))).)....)))).(...(....)....)..((......)).)))))))..)).)))))))((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.(((((((.........)))))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...)))...)....(((((.....(.....)..).))))))).))))))..((((...((...((...)).)).....)))).(((((((((..................)))))))))...(((((.......(((((.((.((....))))....))))).))))).)))))))))).........))))((.....((((...((((((((..((..(((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))...))..))))...(((.((((...((.((((((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....)).)))).))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((.........))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....(((((((.(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((.((...((.(......(..................)..............).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......)))))))))))).....((((.(((((((...((...(......).))....))))))).(((.(((((.....))))).....)))))))..))))...)))))...))))))))).)))))))...)...)))))))....)(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...(((((((...((.....(((.(.(.(...((....)).)).....).)))...)))))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((.(((...(((((.(((((.(((((((((((....((((...(.....(((((((..(((((.((.(((((((.(((((...............(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)))))))(((((..(((..((((((((.......)))))))))))....))))).......................))))).(((((.(((.....)))))))).........))))))).)).)))))..))))))).......)....))))...)))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((...((((((.((............(((((((.....)).))))).....((((((..((((..((((((.(((............................................((((((((.....................))))))))...........((....)).......................))).....(....)))))))))))...)))))).....))))))))..)))..))).....(((.(((((((.(((((((..(.........)..)))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....(((((...........(((((...(((((((((((...((((........))))........(((((((.((...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).......(((.((((((.((((((((((((((....)))(..(((......))).).)))))).....((((.(((((((...(((..........)))....)))))))..(..(((((.....)))))..).....)))).))))).).)))))))).......)).)))))))..))).)))))))).....(((((((......((..((...(((....)))...))...)).......))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))..)))))....(((((((..........)))))))..............................))))).((((..((..((((((.....((....(((.((((((..((....))...)))))).)))...)).))))))..))..))))...))).........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
TurboFold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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TurboFold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((..((((((.((((.(((((((((((....((((....((((.(((((((..(((((.((.((..(((.(((((...((((..(((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..)))..)))).((......)).))))).(((((.(((.....)))))))).........)))..)).)).)))))..)))))))......))))..))))...)))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((.....((......))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))....((((.(((((.....(((((...((((((((......(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).......)))).((.((.((((..(((.((((((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....)).)))))))..)))))).))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..))))))).((..((((.(((((((.(((((((..(.........)..)))))))...((....))....))))))).(((((((((((.(((((....)))))..))))...(((..((.(((....)))))..((((((..(((((((((((...((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...(((..........)))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).....(((((((.....((((.((...(((....)))...))..))))......)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...)))...))))))).))))..))..)))))))))((((..((..(((((((....((....(((..(((((..((....))...)))))..)))...)))))))))..))..)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
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Vsfold4
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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UGCUAUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGCAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGGUGCUUAUGGCAAAGAUUCUUUCGAGGGUCGGCGCCAUCUGCAUAGUGGCGAACGGGUGAGGAACACGUAAGAACCUACCCUUUGGAGGGGGAUAACGUCUGGAAACAGUCGCUAAUACCCCGUAGGCUGAGGAGUGAAACGGGAAACCGGCCAAAGGAUGGGCUUGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGGGGUAAAAGCCUACCAAGGCGACGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCAAUGCCGCGUGGAGGAUGAAGGCCCAUGGGUUGUAAACUCCUUUUCUCAGAGACGAAGUUCUGACGGUAUCUGAGGAAGAAGCAUCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGACGGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUCAUUGGGCGUAAAGCGUUCGUAGGUGGUUCCGAAAGUCCGCUGUCAAAGCCCAGAGCUUAACUCUGGUCCGGCAGUAGAAACUUCGGGGCUUGAGUACGGUAGGGGCAGAGGGAAUUUCCGGUGUAACGGUGAAAUGUGCAGAUCUCGGGAAGAACCCCUAAGGCGAAAGCACUCUGCUGGGCCGUGACUGACACUCAUGAACGAAAGCUAGGGGAGCCAAUGGGAUUAGAUACCCCAGUAGUCCUAGCCGUAAACGAUGGAUACUAAGUGCUGUGCGGUUACCAUCGACCAGUACUGUAGCUAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGGCUUGACAUGCCGCGAAUUUUUCAGAAAUGAAGAAGUGCCUUCGGGAGCGCGGACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUCGUCUUUAGUUACGGAAGCUCUAAAGAGACUGCCGGUGAUAAACCGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUACGCCCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCCGGGACAAAGAGUCGCCACCUUGCGAAAGGGAGCUAAUCUCAAAAACCCGGCCUCAGUUCAGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGGCGGAAUCGCUAGUAAUCGCUGGUCAGCUAUACAGCGGUGAAUCCGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGCCAUGCCCAAAGUUGUUACUCUAACCCCUUCACCGGGGAGGGGAAUGCCAAAGGCAGGGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....((((((.((((..((((.((((((.(((((.((((.....((((..((((((...((((..(((((...((((((....))))))...)))))..))))....((......((.((((..(((((((..((...(((((((..((..((..((.(((....))).))...))..(((((..(((....)))...)))))...))..)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....))))))))..)))))).(((((((((.(((((..(((((((((...((((....))))..(((.......))).))))))))).....)))))..)))))...)))).(((((((((..((.........))...)))))))))...)).)))))).....))))..))))))))).(((..........))).))))))))))....(((((((......((((((((..(((((((((((.(((..((((((.....((((((.....))))))...))))))....))))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......))))))....)))))))...))).....((....))..))))))..))))).)))..))))..)))))....))).......))))))).......(((((((((....((((((.........(((((((.(((((((..((((....))))..)))))))...((....))....))))))).((((((.(((....)))...(((((((((((....((...(((((((((((((....(((((...((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))....(((.(((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...........)))))))..((.(((((.....))))).))....))))).)))))...)))))))..))))))...))))))).......))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...((((....(((((((........)))))))....((((....))))....(((((((..........))))))))))))))))..))))))..((....))..)))))))...(((((.......))))).))..)))).)))))))..(((((((.....)))))))....))..))))..))))))..))))))))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).))))... |
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Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((...............(............((((((....))))))............).......................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...........)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((..........)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((........((((..(((((.((((((.((...................(..(............((((((....))))))............)..)...................((((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((....))...............))))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((..................))))).)))...(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))..)))))))))....(((((((...(((((((....((((((((((..((........))...))))))))))...........((....)).)))))))..))))).))...))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((.......(((........))).........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((...((((.(.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((...........)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))...........(((((((........)))))))..........))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((.((((..((..(......))).)))))))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).))))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(.((((.((((((...)))))))))).).(((((((((.......)))))....((.((.((((..(((((...((((((....))))))...)))))..)))).))..))..............(((((((..((((.(((((((.((((.(((.((.(((....))).)).)).).)))).(..(((....)))...)(((....))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........))))))).....((((....((.((((((((((.(((((((...........((((((.().))))))..(((((....)))))((((((....((((.((((((......(((((()))))).....))))((((((((((.(((...(....))).).))))))))))..))..))))...))))))(((.((....)))))......((...((....))...))((((((((((((((((...))))))...))))))))))((.(((.((((((...(.((((((.....)))))).).)))))).))..)))...............)))))))(((((((..(((((((.......................)))))))....)).....((....)).))))))))))))))).))....))))....((...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))))........(((((((.(((((((..((((....))))..)))))))...((....))....)))))))))))....((((.(((((....)))))..))))...((...((((((((((((((....))))((.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.((...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).((((.((((.((((((.(((((((((((.((....))(((.(((......)))))))))))).....((((((((((((...(....)..))))))...((.(((((.....))))).))...)))))).))))).).))))))))))..))))).)))))))......)))))))).))..(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))))))((((((.(((.......((((((()........))))))))).)))))).....)))............)))))))((((.(((..(((((((.((((....((.(((.((((..((((......)))))))).)))))....)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))........))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(.(.((.(.(........(......)..).)..)..)...)..).)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)..(((((....))))...)..........)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((..(.((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((..((((((....))))))...((......)))))))..)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..))..)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((..........)))))..)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((..[[[[..))))))).......]]]]...(((.[[[[)))......]]]]..((((....((((..(((((...((((((....))))))...)))))..))))..))))..(((....[[[....))).....]]]..(((((((.((((........(((....))).........))))[[[[[[[...........(((....))).)))))))...]]]]]]].........(((..((((((((.......))))))))))).....(((...[[[[[[[)))......]]]]]]]....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.(((((..(((((((((..(((((....))))).(((.......))).))))))))).....)))))..))))).......((((((((((.....[[[[.........)))))))))).(((....)))]]]](((.........[[[))).....]]].(((((..[[[[.)))))(((((((((((((((...))))))...))))))))).......]]]]....(((.[[[[[[)))..]]]]]](((((.(((....)))))))).......((((((...(((((((.......(((.[[[[.))).......]]]]......(((......))).............)))))))..))))))........................((((......[[[[[[[[....))))..]]]]]]]]........((((((......[[[[[[[........))))))..]]]]]]].........(((........(((((((...((((.(((((....)))))..))))..)))......)))).[[[)))......]]]...((((..[[[[[..[[[[))))....]]]]]]]]]...(((((((........((((...(((((((....)))))))..............))))....(((..((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((.....(((...(((....))).)))(((((.....)))))..)))))))))).)))))...)))))))))...)))...)))))))...................(((((((...............[[[[[[[..((((.....)))).....)))))))..........]]]]]]].(((...[[[[[[)))...]]]]]].((((((.........[[[[[[[[[....))))))...(((((...(((((............))))).......)))))]]]]]]]]].((((....[[[[[[[.....(((((((.....)))))))..((((...))))))))....((((.......))))]]]]]]]...(((((((((....)))))))))(((.....)))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MCFold
(ext)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Multilign(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Multilign(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Murlet(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Murlet(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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NanoFolder
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((...(((.((..(..............((((....))))..............)..))..)))....(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((......)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...........)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((..........)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(seed)
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[ FASTA input ] |
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PPfold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Pknots
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((....((((....((((((((..(((((....(((((...(((.((.((((..(((((...((((((....))))))...)))))..)))).))..)))..(((((((....(((((((..((((.(((((((.((((..((.((.(((....))).)).))...))))..................(((....))).))))))).)))))))))))..((((((((..((((((((.......))))))))((((((......((((((((((..(((((....(((((...(((((.(((.....)))))))).((((....))))......(((((..(((((((((...((((....))))..(((.......))).))))))))).....))))).))))).....)))))((((((((..((.........))...))))))))...)).))))))))..((((.((((..((.((((((..(((((.((((((....))....(((((((((((..((.....))..))...)))))))))...)))).)))))..(((((((.((....(((((((((((((((.....(((..((((((..(((...(((((((.(((((..((.(((......))).))..(((((......(((((..(((((....(((...(((.....)))..)))......(((((((((((((((..(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((..((((....))))..)))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))..(((((((.((((.((((.....((.((((...((((....(((..(((...)))..)))....))))..)))).)).(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))......))))..)))).))))))).)))).))))))).)))))))))...)))))......))))).))))))))))))..)))..))))))..)))..))))))))......)))))))....((((((.((((.....)))).......)))))))).)))))))..)).))))))....)))))))).......)))))).((((....)))).)))))))).........((((((((((....)))).))))))...)))))))))))).)))))...)))))))).(((((((..........)))))))..))))....))..(((((((((((..((((((((((...((((.......))))((((................(((((((.....)))))))..((((...))))))))..)))))..)))))..)).))).)))))).((((((((....)))))))).)))))))))))... |
|
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((((((.(((((.(((((.(((((((((((..(((......(((.....((((..(((((...((((((....))))))...)))))..))))...)))......)))......(((((((..((((.(((((((.((((.(((....(((....)))....)).).))))....(((....)))....(((....))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))..(((((....)))))...))))).))))))..((((......((((....)))).....))))((((((((((.(((.........).)).))))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((((((((((((((...)))))))...))))))))........((((((...(.((((((.....)))))))..))))))................((((((((...(((((.......((((((((((.((((((...(((((((..(((((((....(((((..............((.(((((((((((.......))))).(((...(((((((.......((((.........))))....)))))))))).......(((((((.((((((((.((((....))))).)))))))...............))))))).))))))))(((.(((((....)))))..))).............))))).((((....))))...((((((((((((..((((.((...)))))))))))...(((((((......(((((((.((((((((....))))))).)...........))))).)).(((.(((((.((((((.(((((((((((..........(.((((......))))).)))))).....((((((((((.........(((((....))).)).(((((.....)))))..)))))))))).))))).).))))))))..)))))...))))))).......))))))).....(((((((.....((((.....((((....))))......).))).....)))))))....((((...(((((((.(.....)))))))))))).(((((.((((.......(((((..........))))))))).))))))))))))..)))))))...))).))).)))))..))))).......)))))....))).)))))...(((((((.....)))))))..((((...)))))))))))(((((.......))))).........(((((((((....))))))))).))))))))))... |
|
RDfolder
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.........................(((((....)))))...................((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...........)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((.................))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((.((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((.....(.............(((((....))))).............)...))))......(((.......((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((..................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((.(((....))).))....((....))..))))).)).(((.(((((.((((.((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))((...((((.(((((((...........)))))))......((((.....))))))))...))...)))))))))).))......))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))......)))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(...........)..))).)))).)...))))..))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((....((((....((((((((..(((((....(((((...(((.((.((((..(((((...((((((....))))))...)))))..)))).))..)))..(((((((....(((((((..((((.(((((((.((((..((.((.(((....))).)).))...))))..................(((....))).))))))).)))))))))))..((((((((..((((((((.......))))))))((((((......((((((((((..(((((....(((((...(((((.(((.....)))))))).((((....))))......(((((..(((((((((...((((....))))..((((....).))).))))))))).....))))).))))).....)))))((((((((..((.........))...))))))))...)).))))))))..((((.((((..(((.(((((..(((((.(((((....)......(((((((((((((((.....))))))...)))))))))...)))).)))))..(((((((.((....(((((((((((((((.....(((..((((((..(((.(.(((((((.(((((..((.(((......))).))..(((((......(((((..(((((....(((...(((.....)))..)))......(((((((((((((((..(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((..((((....))))..)))))))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))..(((((((.((((.((((.(.(.((.((((.(.((((....(((..(((...)))..)))....)))).))))).)).(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))..).).))))..)))).))))))).)))).))))))).)))))))))...)))))......))))).)))))))))))).))))..))))))..)))..))))))))......))))))).((((.(..(.((((.....)))).)...).))))..)).)))))))..)).))))))....)))))))).......)))))).((((....)))).)))))))).........((((((((((....)))).))))))...)))))))))))).)))))...)))))))).(((((((..........)))))))..))))....))..(((((((((((..((((((((((...((((.......))))((((................(((((((.....)))))))..((((...))))))))..)))))..)))))..)).)).))))))).((((((((....)))))))).)))))))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAsubopt
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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RNAwolf
(ext)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................((.(..(.(.(..(...(((.(.........(.(....).)........(....((.....((.(....(.((.......((....)).....................))...)..).))..((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).).).....)...).....))).......((((((....(((....))).).)))))...........((((.((((...((...)).))))...))))((((..((((...(.(....).....).))))..))))..(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))..........)..........).)((.....((((...(((((((((((.(.((..(((((...(.((((((.....)))))).).)))))..))...))))))))...((((((((...((.(((.((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....))..))).))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((.((((......))).))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.(.((..(((.(((....))).)))...............))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((.(..(((((((...........))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((....(((((((........))))))).......)).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......((((...((..(((........)))..)).)))).....))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))).........).)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.(((...((.(((..((((..................(((.(......).)))................))))...(.((.(((.....((((((..((...((((((..((((.(...((.(((....))).)).)....))))...................(......)..).)))))..)).)))))).((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....)))))))).)))))...)...)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.((((...((...)).))))...))))((((((((((...(.(....).....).))))))))))..(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.((.((((((...(.((((((.....)))))).).)))))).))...))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((.((((......))).))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(((......(((.(((....))).)))................)..)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).))))))))).....((((.(((((((...........))))))).(((.(((((.....))))).....)))))))..))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((....(((((((........))))))).......)).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......((((...((..(((.......)))...)).)))).....))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.....(((((.(((((.(((((.(((((.((((((.((((.......((..........((((..(((((...((((((....))))))...)))))..)))).....................(((((((..((((.(((((((.((((...(.((.(((....))).)).)....)))).....(......).....(((....))).))))))).)))))))))))............((((((((.......)))))))).........................................(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)).((((((....))))))...((((....))))....))))..))))))..((((......((((....)))).....))))((((((((((..((.........))...))))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........(((......(((((((..((((..(((((..((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...)))))..)...((.(((((...((((((..(..((((((((((..((......)).)))....)))))))...).......((....))..))))))..)))))..))..)))..)))))))...)))....)))))............(((((((((....((((((.........(((((((.(((((((..((((....))))..)))))))...((....))....)))))))........((((..((((....))))...)))).................................(((((((((((...((((........)))).))))...(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).......(((.((((((.((((((((((((((....)))(..(((......))).).)))))).....((((.(((((((...(....)..))))))).....(((((.....)))))........)))).))))).).))))))))..........))))))).......))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...........(((((((........)))))))..........................((((((((.....................(((((..((....))..)))))............))))))))......................(((((((.....)))))))..............))))))..)))))))))...............(((((((((....))))))))))))))..))))... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(((((((((((((((.((((((.((((.(((((((((((......(((..((((....((((..(((((...((..((....))..))...)))))..))))..))))......(((......(((((((..((((.(((((((.((((..((.((.(((....))).)).))...))))..................(((....))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))(((((......)))))...((((....))))....)))).)))))))..((((..((...(((....)))..))..)))).(((((((((..((.........))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........(((......(((((((..((((..(((((..((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...)))))..)...((((((((...(((((((((..(((((((((((.((......))))))....)))))))...))).....((....))..))))))..))))).)))..)))..)))))))...)))....)))))...))))))))))((((((((....((((((.........(((((((.(((((((..((((....))))..)))))))...((....))....))))))).((((..((((((.((((....))))................(((..((((.......((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((..((((.........(((((....))).)).(((((.....)))))..))))..))))..)))).).)))))))..))))))...))))))).......))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....((((...(((((((........)))))))))))((((....))))....))))))((((((((....(((((.....)))))..(((((..((....))..)))))............))))))))..))))...)))..))))))..(((((((.....)))))))........))))..))))))..))))))))...............((((((((((....))))))))))......))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
UUAUAUUGCGAGUUUGAUCCUAGCUCAGAAUUAACGCUAGAAAUAUACAUUACACAUGCAAAUUAAUGAUAAUAUCAUAGUGUAUAGGUGAGGAUAUAUAAAUUUUUAAUUUUAAAUAGAUUAUAAAUUUUAUUAAAUAAUAAUCUAUAAGCGCAAAAAUAUAUGUACUAUAUUAAAAAUUAAUAUUAUUUAAAAUAAAAUUUAUAUUUGAUUAACUAGUUGGUAAUUUAAAAGACUACCAAGGUUAUUAUCAAAAAUUGGUUUGAAAGAAUGUACAAUCACAUUAGGAUUGAAAUAAAGCCUAAAUUUUUAUAAAAAAUCAGCAGUGAGGAAUAUUUUACAAUAAGUGUAAGCUUGAUAAAGUAAUAUUUCUUUUAGGAAGACAGUAUUAUUAAAAUAUUGUAAACUUUUUAUUUUAUUUUUAAAUAUUGAUAAAAAUAAAAAAUAGUAUUUGCUAUUUCUGUGCCAGCAGCAGCGGUAAUACAGAAAAUGCAAGCGUUAUUCAUUUUAUUAGGCGUAAAGCGUUUUAAGGUUUUAUAUUAAUUUUAUGUUUAAAUAUUUAAAUUAAAUUUAAAAUAAAUUAAUAAAUAAUAAUAUAAUAGAGUAUUAUAAAAGUAUUAAGAAUUUUUUGAGAAGUAGUGAAAUACAAUGAUACAAAAAAGAAUAUCAAAGGCGGAAGCAUAAUACUAUAUAAUUACUGACACUUAAAAACGAAAGCUAAGGUAGCAAAUAGGAUUAGAUACCCUAGUAGUCUUAGCUGUAAACUAUGAAUAUUUUAUAUUUAUAUUUUAUAAAUAUAAUAACUAACGUGAUAAAUAUUCCGCCUGAGUAGUAUAUUCGCAAGAAUGAAAUUCAAAGGAAUUGACGGGAGCUUAUACAAGUGGUGGAACAUGUGGCUUAAUUCGAUGCAACACGAUAAACCUUACCAAAAUUUAACAAUAUUUUUAAUAUUAAGAAAUUAAUAUUUUAAUAAAAUAUAUAGGUAGUGCAUGGCUGUCGUCAGUUCGUGCUGUGAAGUGUUAAUUUUAGUAUUAUAACGAACGUAACCUUUUAUAAAAAAAAUUUUUAUAAUAAAUAAUAAUAAAGAUUACGUCAAGUCAUUAUGCUCCUUAUAUUUUGGGCUGCUCACGUGUUACAUAAAAUAUUACAAUAUUUUAUUAUAUGUUAAAUAUAAUAAUUAAAAUAUAUUUAUAGUUCAGAUUAUAAAUUGAAACUCAUUUAUAUAAAGAUGGAAUCACUAGUAAUCGCUAAUCAGAAUUAUAGCGGUGAAUAAGUUCUUAAGCUUUGUACACACCGCCCGUCACAUCUAAAAAGUAUCAUAUUAUAUAAAAAUUAUUGUUAAAUAAUAAUAUAUAAUUAUAUAAUUUAGAUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUAAUAAAAUAAAUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((.(((((...))))))))......(((.....((((((((.((...(((((((.((((.....((((....))))....))))....(((((......)))))...(((((((...)))))))..)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((.....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((((.....)))))).....)))).(..((.(((...(........)...)))))..)...((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).)))))))))).........(((((.....((((..((((.(((((((.(((((((((((....(((((((......)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[..((((((((((...))))))))))...[[..))]].....]]]]]].))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....)))))))......))))))).).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...))))))).((.....))...))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..(((........))).....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))....((.((...((((((((..((((((((((((((....((((((....)))))).))))))))))))))..))))))))....))..))....((((((((((....))))))))))................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((((((.((((((.(((((...........))))).................((..((((.((((..((((....((((((((((((....((((((((((..((((((((((((((((..((((....)))).))))))....((..((........))..)).................))))))))))))))))))))......(((((..((((((.((.....)).)))))))))))...((((....((((((((((((((((....((((.(((((.((......)).)))))..((((....))))......))))...)))))))...(((((((((.((((((((((((...........(((((((((((((((.....))))))))...))))))).((((((((((........)))))))))).(((((..(((((..((((((((((.((....)))))...)))))))..)))))..))))).)))))))))))).((((((........))))))..((((((((((((((((...(((((((...)))))))..................(((((((((((((((.....(((.........((((((((...((((((.......(((((..........)))))...((....))..............))))))...))))))))....((((((((..((...((((.........))))))..))))))))....)))...((((((((((..((((((((...))))))))......(((((......(((((...(((((....(((((....)))))..)))))..)))))....((.((((((...(((((..(((.((((((((((.....(((((..(((........(((((............((((...((((((((....))))))))..)))).........))))).(((((((((....))).)))))).)))..)))))...................((((((.((((((((((((...))))))))............)))).)))))).)))))).)))).)))...))))))))))).))))))).....))))))))))..))))))))))))))).)))))))))).))))))..)))))))))..)))))))))....))))..))))))))))))..))))..)))).))))....))..))))))......((((((...(((((....)))))......))))))......((((((((..((((...((((((((...((((((....))))))..)))))))).))))..))))))))...)))))).....((((((((((....))))))))))...............) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((((.((((((..((((...(((((.((((((((..(((.(((((...........))))))))...)).))))))...(((((((..(((((((((((..((((((((((((((((..((((....)))).)))))))))....(((........)))...(((((((...)))))))...))))))))))))))))))((((((((((..((((((...........)))))))))))..)))))..(((((((......(((((......)))))...((((((...(((((....(((((((............)))))))...((((((.((..((((((((((.....((((((((((((((...))))).)))))))))..((((((((....(((...(((((((..........)))))))..)))..))))))))(((..((((((((...((....)).....))))))))..)))..(((((.((((.....(((.((((...((((((..(((.((((((((..((((((((((....(((((((...))))))).)))))..)))))...))))))))...((((((((...(((((((.....((((((....(((......)))..(((((..........)))))....))))))..)))))))..)))).))))...)))..))))))..(((((((...((...((((.........))))...)))))))))......))))......(((((((((((...)))))))))))...)))..)))).....(((((...(((((....(((((....)))))..)))))..)))))))))).))))))))))..)).)))))).....)))))..))))))..))).))))...)))))))..)))))........((..((((((((....))))))))..)).((((((((.(((.(((..((((((..(((..((((((..(((((................)))))))))))..................(((((((((...........))))))))))))...))))))...))))))))))))))((((((...((((((.(.(((((((((....))))))))))))))))((((((((..........)))))))))))))).((((((....(((...((((((......))))))..)))...))))))))))))))))......((((((...(((((....)))))......))))))......((((((((..((((....(((((((...((((((....))))))..)))))))..))))..))))))))...)))))).....((((((((((....)))))))))).........))))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((.((((((.(((((((((....(((......(((.((.........)))))...............(((((((.((...(((((((.((((......(((....))).....)))).......((((((((....))))))))...............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((.....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((.........)))).....)))).....(((((................)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))).)))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.(((((((((.....)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......(.(((((..(((((((....)))))))......))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........((..(((.....)))))...................)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..........)).....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((...(((((....(.((((....)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((((...........)))))........................................................((((((((((..((((((((((((((((...((......))..)))))))).........................................))))))))))))))))))(((((((((((..((((((.(.......).)))))))))))..))))))....................(((((.......)))))....................................(((((((((.......((((....))))........))))))))).........((((((((.....))))))))..........(((((((((((........)))))))))))((((((.(((((..((((((((((.((....)))))...)))))))..))))).))))))...................................(((((.........((((.............)))).......))))).....................................................................................((((((((.....................................(((((((((.((...((((.........)))))).)))))))))................(((((((((((...)))))))))))..................)))))))).........((((....))))...............((((((.......................................(.((((((..........(((((((..............((((((((....))))))))...............((.(((..(((((((....))).(((..............................)))((((((.((((((((((.......))))))............)))).))))))....))))...)))))....)))))))........)))))).)..(((((((....)))))))(((((((.....)))))))..............((((((((.(((((.............................................))))).))))))))((((((...(((((....)))))......))))))))))))((((((((..((((...((((((((...((((((....))))))..)))))))).))))..))))))))..............((((((((((....))))))))))................ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.(((((..(((((((((....(((.(((......(((((...))))).........((((....((((((((((....(((((((((((((((...............))))))))..........(((((.......)))))..............)))))))..))))))))))(((((.((((..((((((...........))))))))))...)))))...(((((((....))))...))))))).(((((............))))).................)))))).......(.(((...(((((....))))).))))))).))))))..........((((((((.....))))))))..........(((((((((((........))))))))))).......(.(((...(((((.....((....)).......)))))...)))))))))))))...(((.(((((.....(.(((((.((((....(((((((......(((((((...........)))))))....)))))))................(((((((((..(((((..(...((((((((...(((......))).....).)))))))...).......((....))...))))).))))).))))...)))).)))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((((((((((((((...)))))))))))..((....))....)))))))))))))..)))....(((....)))....((((....))))(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((.....(((........))).........((((((...........((..((((((((....))))))))..)).......((((((.((((..((((((.((...(((((.(((....)))..((((......))))...)))))........((((((((.....))))))))...................)).).)))...)))))).))))))))))))...)).)))))))).)...((((((.........(((((((((.....))))))))).......))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((((((.........(((((((.....(((((....)))))....))))))).......))))))))....))...)....((((((((((....))))))))))...(((.......))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((((...........)))))....((((.....((............(.......)...))))))...........((((((((((..((((((((((((((((..((((....)))).))))))))...........(((((.....)))))...............))))))))))))))))))(((((((((((..((((((.((.....)).)))))))))))..))))))....................(((((.......)))))...(((((((.....((.......)).........((((((((((...(..(((((....))))).....).))))))))))..((((((((((((((.....))))))))...)))))).(((((((((((........)))))))))))((((((.(((((..((((((((((.((....)))))...)))))))..))))).))))))..........((((.....))))....)))))))(((((((((.((.(((((((...........))))))))))))))))))....(((((((......)))))))................((((.........................))))...........((((((((.....................................(((((((((.((...((((.........)))))).)))))))))................(((((((((((...)))))))))))..................))))))))........(((((....)))))..((((....))))((((((..(((......))).......................(((.((((((..........(((((((.......((((((.((((((((....)))))))).....))))))((.(((.((((.(((((((....))).((((.......(((....)))...........))))((((((.(((((((((((.....)))))))............)))).))))))....))))..))))))))).)))))))........)))))).)))(((((((....)))))))(((((((.....)))))))..............((((((((.((((((((((........)))))...........................))))).))))))))((((((..((((((....))))).)....))))))))))))((((((((..((((...((((((((...((((((....))))))..)))))))).))))..))))))))..............((((((((((....))))))))))................ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((........(((...)))....................((((((.((....(((((((.(.((.....((.((...))))....)).).......(....((((........))))).............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....).)))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((.........)))).)...)))).....(((((...(.((.))..)...)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))......(((((((......((((...(((.(((((((.(((((((((((.....((((((....))))))...))))..)))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((.)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....)))))).......))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...))))))))).)..(..).....))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..(((.....)))..)))))....))))))).....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..(((((...(((((.....((((((....))))))....))))).)))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))................ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((..[[[[[)))))......]]]]]..(((((..((((..(((((..(((.((((...))))))))))))..))))...)))))..........((((((((....(((((((((((((((((((((...((((...(((........)))..))))...........))))))))..)))))))))))))(((((((((((..((((((...........)))))))))))..)))))).....)))))))).(((((.[[[[[)))))..]]]]]..(((((((((..((((((...)))))).....((((((....))))))...........((((((((((((..(((((....(((((((((((((((.....))))))))...))))))).((((((((((........)))))))))))))))...(((((..((((((((((.........)))...)))))))..)))))........)))))))))))).............)))))))))....((((((.((((((.........)))))).))))))...((((((....(((((((......))))))).....))))))....((((((((...((((((.......(((((..........)))))...........(((....)))....))))))...))))))))....((((((((......[[[[.(((((.....)))))..)))))))).....]]]].......(((((((((((...)))))))))))........(((......[[[[))).(((((....(((((....)))))..)))))...]]]]((((((((((.......(((((((((.((((((((((.....(((((..((((.......(((((...........(((((((.((((((((....)))))))).....)))))))...))))).(((((((((....))).))))))))))..)))))....(((......)))...((((((.((((((((((((...))))))))............)))).)))))).)))))).)))).)))(((((.(((((((((...((((((...(((((((((....))))))))).))))))((((((((..........))))))))))))))))).)))))........((((((......)))))).)))))).......)))..............(((((...(((((....)))))......))))))))))))((((((((..((((...((((((((...((((((....))))))..)))))))).))))..))))))))..............((((((((((....))))))))))................ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((.((.....(((((...........)))))........(((((.(((........)))..(((((((((((.(((((.(((((..(((((((((((..((((((.(((((((((..((((....)))).))))))))).((.(((........))).)).((((((...)))))).....))))))))))))))))).(((((((((..((((((.(((...))).)))))))))))..))))....((.((((...(((((((....((((.....((((...((((((.......))))))....))))....))))...)))))))....(((((((..((((((((((((...........(((((((((((((((.....))))))))...))))))).((((((((((........)))))))))).((((((.(((((..((((((((((.((....)))))...)))))))..))))).)))))).)))))))))))).((((((........))))))(((((((((....(((((((...........)))))))..)))))))))................(((((((((..(((((((...............(((......)))..(((((..........)))))...((....)).))))))).))))).)))).))))))).)))).)).((((.((((...............)))).))))..))))).))))).)))))).))))).((((((((((...)))))))))).........)))))....(((((...(((((....(((((....)))))..)))))..))))).(((((.(((...(((.(((((((((.((((((((((...(((........)))............((((........)))).(((((((((..(((((((((((((..................(((((((((....))).))))))..))))))))))))))))))))))......((((((.((((((((((((...))))))))............)))).)))))).)))))).)))).))).((((.(((((((((...((((((...(((((((((....))))))))).)))))).(((((((..........))))))).))))))))).)))).........((((((......)))))).)))))).)))...))).............((((((.(((((((....))).))))...))))))))))).((((((((..((((...((((((((...((((((....))))))..)))))))).))))..)))))))))).)))))).....((((((((((....))))))))))................ |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MCFold
(ext)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................................................................................................(....(.((((.((..((.....(..(.....................((....................(.......(....)....(...(......)......)....................)...(..(.......(((......))).....)..).(..((((....))))...)....))...................).........((....).))..................................(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).))..))))).............((.....((((...(((.(((((((.(.(((..(((......((((((.....))))))...)))....)))...))))))))...((((((((...(((((((.(..(((((((.(..(((......))).....).))))))).....).....((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....((.(((((((((.(((((((((.....)))))))))...............)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((.(....(((........)))..).)).(.(((((((......(...........((((....))))...............)..(((.((((..(((((..(((..((((((.........(((.(((......))))))))))))(...(.((.......((...))..................)).).).)))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...((((((......(.(..((..........))......).).....))))))...))(((...(((((((........)))))))......))).))))))..(.(((((((...(....).)))))))....)......))))))............)))))))((((..(...((.(.((....((((...............)......)))..)).).))..)...))))..)).)).....)))(((((((((....)))))))))...).).......)... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((.......((..(((((...............................................................................................((((((((((..(((((..........((..((........))..)).................)))))....)))))))))).(((((((((((..((((((.((.....)).)))))))))))..))))))..........................................................................(((.(..................((((((((((((............(.((((((((((((.....))))))))...)))).)..((((((((((........)))))))))).(((((..(((((..((((((((((.((....)))))...)))))))..)))))..))))).))))))))))))............................................................................................................................................................((....))...................................((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).................(((((((((.....)))))))))..................).)))...)))))....(((((....))))).........))....(((((.................(((.(((.(((((.........................((((...................((((((((....))))))))...............))))..(((((.(((....)))..)))))..............................((((((.(((.((((((((...)))))))).............))).))))))..)))))..))).))).((((.((((..((.....((((.....(((((((......)))))))...))))....(((..............)))....))..)))).))))..........((((........))))...............................((((((...((((......))))......))))))))))).((((((((..((((...((((((((...((((((....))))))..)))))))).))))..))))))))...)))))).....((((((((((....))))))))))................ |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((.((((((.(((((...........))))).................((..((((.((((..((((....((((((..((((...((((.((((((((((.....(((((((((..((((....)))).))))))))).((..((........))..))..)))))))))).))))............(((((((((((((((((((..((((((.((.....)).)))))))))))..)))))).....(((((((.((((((((((((.......)))))..(((((((((......................(((((......))))).....((....((((((((((((...........((..(((((((((((.....))))))))...)))..)).((((((((((........)))))))))).(((((..(((((..((((((((((.((....)))))...)))))))..)))))..))))).)))))))))))).....))......))))))))).((((((((((((((((...(((((((...)))))))..................(((((((((((((((.....(((.........((((((((...((((((.......(((((..........)))))...((....))..............))))))...))))))))....((((((((..((...((((.........))))))..))))))))....)))...((((((((((..((((((((...))))))))......(((((......(((((...(((((....(((((....)))))..)))))..)))))....((.(((..(...(((((..(((.((((((((((.....((..(..(((........(((((............((((...((((((((....))))))))..)))).........))))).(((((((((....))).)))))).)))..)..))...................((((((.((((((((((((...))))))))............)))).)))))).)))))).)))).)))...))))))..))).))))))).....))))))))))..))))))))))))))).)))))))))).))))))..)))))))....)))))))))))))))....))))..))))))..))))..)))).))))....))..))))))......((((((...(((((....)))))......))))))......((((((((..((((...((((((((...((((((....))))))..)))))))).))))..))))))))...)))))).....((((((((((....))))))))))................ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Vsfold5
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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AAACUAUCGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGUAUGCUUUACACAUGCAAGUCGUACGAAAGUGUUAAAACUUUAGUGGCGGACGGGUGAGUAACACGUGAGAAUUUACCUUUAGGAGGGGAAUAACAGUUGGAAAUGACUGCUAAUGCCGCAUAUCGUAAUUAUGAGACAUAUCAUAACUAUGAAAGAAGAAAUUCGCCUAAAGAAAAGCUUGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUAAGGGUAAAGGCUACAAGGCGACGAUCAGUAGCUGGUUUGAGAGGACGACCAGUCACACUGGACUGAGACACGGUCCAGACUACUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCUGCAAUGGGCGAAACUGAACAGAGCAAUACCGCGUGAGGGAAGAAAGCCCACAGGGUUGUAAACCUCUUUUGUCAAGGAAGAAGAUUCUGACGUUACUUGACGAAUAAGCAUCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGGACGGGGGAUGCAAGUGUUAUCCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGUUUGUAGGUGGUUUAGUAAGUCUAUUGUUAAAGCUUGAAGCUUAACUUCAAAAGUGUAAUAGAAACUACUAGACUUGAGGAUAGUAGGGGUAAAGGGAAUUUCCAGUGGAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUUGGAAGGACCACCGAUGGCGAAGGCACUUUACUGGGCUAUUUCUGACACUAAGAGACGAAAGCUAGGGUAGCAAAUGGGAUUAGAUACCCCAGUAGUCCUAGCUGUAAACGAUGAAUACUAGAUGUUGCGUGUAUCGAUCCAUGCAGUAUCGUAGCUAACGCGUUAAGUAUUCCGCCUGGGAACUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGACCCGCACAAGCGUGGCAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGGUUUGACAUUAUGUAAAUCUAUUUGAAAGAACAGAGUGCCCUCGGGAAUACAUAAACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGUUUCUAGUUGCUUUACAAAAGGAAUCUUGAAGACUGCCGGUUAUAAACCGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGCCCCUUAUACCCUGGGCUACACACGUGCUACAUUGGAUAAGACAAAAAGUUGCGAAUUUGUGAAAAUAAGCUAAUCUUUAAACUUAUUCCUAAGUUCGGAUUGAAGGCUGCAACUCGCCUUCAUGAAGAUGGAAUCGCUAGUAAUCGCUGGUCAGCUAUACAGCGGUGAAUCCGUUCCCGGGUCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGAAGCUGGUUAUACCCGAAGUCGUUUUCUUAACCUUUUUGGAGAGAGGCGCCUAAGGUAAGGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACGGGAACGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(seed)
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[ FASTA input ] |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(.((((.((((((...)))))))))).)...(((((((.......)))))....)).((.(((((......))))).))(((((.(((.........(((((((.......(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...)).....(((((.((((((......)))))).)))))..........)).))))))).....))))))).(((((.((..........................))...)))))((.(((((((.........))))))).)).((((((((.....))))))))................((((...........))))..(((((.............((......)).............)))))..((((.....))))..(((((((((((.......))........)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))....)))))))))))(((......(((.................((((.(((....(((((((((.(((((((((....((((((((.....))))))..))))))))))..)))))))))).......(((.(((((((((((..((((((((...(((........)))....)))))))).((((((.....(((.(((((((..........(((((.......)))))....(((((((((.((...((((.........)))))).)))))))))............((((((((((((((((.((())).))))))))))).)))....(()).....))((((...((((.....(((((....)))))...))))..))))....((((..))))((((.((......)).))))......((((........))))((((((.....)))))).............................))))))).)))..............)))))).......((....))((((((.((....))(((.(((......))))))))))))...........(((.((...((.......))....)).)))..((.((((((...)))))).))...((...((((((.....))))))..))))))).))))))..)))))).))))........(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...))))))).......(....(((((((........)))))))....)(((((.((.......(((((((()........))))))))).)))))...)))..))).......))).)))))....(..((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)).)))))))).))..)))).)))))))..)))((((((...(.......).((((((((((....))))))))))..))))))..... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((..................)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).............(((....))).......................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..(((.(((.(......))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....((((((((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((....(.((((.....)))).)...))))..((.(((((......((........)).))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))....))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((.(((....))).)))...((....))..)))))).).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((.(((((...(((......)))...))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(((...(((((((........)))))))......))).))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((..(((((.((((((...)))))).)).)))..))))).((.........))..(((((((.(((((......))))).)).)).))).(((((((...........)))))))...((((((((.....((((((....))))))......)).....(((((.((((((......)))))).))))).....((..((((((..(((.....))).(((((..(((((((((((.....(((....(((....)))....)))..))))))).))))..))))).((((((((.((((((((.....))))))))((.(((.((((..(((((.(((((...((((((...(((((.....((......)).....)).)))...))))))...)))))...)))))....((..(((((((((...................)))))))))..))...(((......))).((((((..(((.(((...((((((((.((((((....((((((...........(((..((((.(((((..(((((((((..(((((((.......((((((.....)))))).....)))))))...)))))))))(.(((.((..((((((((((((..((((((((...(((........)))....)))))))).((((((.....(((.((((((...(((..((.(((((.......)))))....((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).((((.(((...(((..(((((((((((((((((.....((.....(((.(((..((((((....(((((...((((......((((....))))....))))..))))).(.(((....))))...))))))..))))))..)).....))))))).))))....((((((...)))))).))))))..))).)))..))))..))..))))))))).)))..............))))))....(((((....))))).(((((((....(((.(((......)))))))))).)))..))))).((((.((((.((((...)))).)).)).)))).((.((((((...)))))))).........((((((.....)))))).)))))))..)).))).).))))).))))..))).(((.......)))......((..((((....))))..)).(((((...((((((....)))))).)))))((((((........)))))).....((((((.((((.......(((((..........))))))))).)))))).))))))))))))....)).))))))..))).)))..))))))....)))).))).)).(((((..((.....)).)))))..((((......))))..)))))))))))))).)).........((((((((((....)))))))))).....)))))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................(((((...))))).......................................(((((......))))).....((...............((((((.......(((((((...((.....((((((....))))))......)).....(((((.((((((......)))))).)))))..(((....))).))))))).....)))))).................................................((((((((....))...))))))....(((((((.......))))))).....................................................................................................((((((((...................)))))))).......................ffff.((gg.gg(((.cc((hh................))...)))....))..................(((((((...(((((((.......((((((.....)))))).....)))))))..ii)))))))...........II.............(((((ddddddddddd..............)))))....DDDDD...((....)).DDDDDD............................(((((((((.((...((((.........)))))).)))))))))...........((((..(((((((((((........)))))))))))...((....)).....))))....(((((((((..(((((....)))))............................(((.........((((((.......((((........))))((......eeeeeee))......(((.........((....)).......bb...........))).....((.(((...(((((..((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))...............((..................)).........((((((...))))))...........aa)))))...)))))AA..)))))....EEEEEEEBB.....)))))).......................{{.....)))........}}..............................(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))......)))))))))..............HH))CC...GG.GG...FFFF((....[[[..[[[((<<......<<<<<...<<.......))>>.>>>>>...)).>>..]]].]]].................(((((((((....))))))))).............. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(..((((((((...)).......................................((.((..((....))..)).))...................((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......((((((((((....)))))))))).....((......))))))))))..)).)))))).((((((.(((..(((.((.(..(...).)))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....((((((((.....)))))))).((((....))))..................(((...((((.....)))).)))...((((((((((.(((....((((((.....))))))...)))..(((((((((...(..........)....)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))....)))))..........)))........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.((((((((((((......))))))))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))...........((((..((((...(...)))))))))....(((((((.......((((((....(((((....)))))...((((....)))))))).))..................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((.((...)).).)).))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))))....................((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))...))))).).............((((((........)))))).....................(((((((..........))))))).............(((..((....))..))).....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..((.....)).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..(((((.(((....)))))).)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((......)))...........((......)).)))))))..))))))))).((((((.(((..(((.(..((.......)))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.((.....)).))))).((((....)))))).))))))........((((....(((.....)))..))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((((((((...(..........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))....))))))))))).)))))))))).))....(.(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))(...)...(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)(((((.((((((...((.......))....))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((.(((....)))))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..))))))............(((......)))...........((......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..(((.(..((.......)))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.((.....)).))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...(((.....)))).))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((((((((.(((..........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))....))))))))))).))))))))))(......))((((((.....((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((..((((((.(.((.......)).)..))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...)))))))....)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..(((..((.((.(((....)))))..)))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((......)))...........((......)).)))))))..))))))))))((((((.(((..(((.(..((.......)))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.((.....)).))))).((((....))))...))))))..).....((((....(((.....)))..))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((((((((...(..........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))....))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))(...)...(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.(((..(((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....(((((.((((((...((.......))....))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((..(((((.((((((...)))))).)).)))..)))))..((((((..((((((((..(((....)))......((((((..((((.((.(((.....))).))...(((..((((...))))..)))..(((((......)))))......))))...(((((.((((((......)))))).)))))..(((....)))..))))))....)))))))).....{{{{{.....)))))).....}}}}}....(((((..(((.(((((....((((((((((((...((...((((((((.....)))))))).........((((..(((.(((.((((((((((......((((((..........((......))..((((......(((((...))))).....)))).)))))).....))))))))))..((((....))))......)))..)))..))))..((((((..(((.(((...((((((((.((((((....((((((.....(((((((((..((((.(((((..(((((((((..(((((((.....((((((((.....)))))..))).)))))))...)))))))))...........(((((((((((..(((((.(((((((...(((((((.(((..(((((........))))).((....))......))).)).)))))....(((.((((((((.((((((((..((...((((.........))))))..))))))))....................(((((......(((((((((((.((((...((....)).....(((((((.(((..((.....((((....)))).....))..)))......(((((....((((..((((.(((....((......))....))).))))...((((((.....)))))).............(((.(((....))).))))))))))))))))))).......)))).)))))))..))))...(((((((((....)))...(((......)))...)))))))))))..))))))))))).)))))))....................(((((.....))))).))))).....((((((.....))))))....))))).))))))...))))).))))..)))...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...)))))))....))))))..(((((((........)))))))....((((((((((((.(((...(((....)))..)))))))))...)))))).))))))))))))....)).))))))..))).)))..)))))).......)).))))))))))))(((((...((.........)).)))))..))))).)))..[[[[[[[.))))).......((((((((((....))))))))))..]]]]]]].... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.....((....)).....)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((......)))......................)))))))..)).)))))).(((....(((..(((.(...(((....))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((...........))))).((((....)))))).))))))........((((.....((.....))...))))))).))))))..((((......((((.....)))).....)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))....))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((..((((((...((.......))....))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....))))))).....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((............))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((..(((((..(((...((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.....((....)).....)).((......(((.......((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)............(((......)))......................)))))))..)).)))))).(((....(((..(((.(..((.......)))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.((.....)).))))).((((....)))))).))))))........((((.....((.....))...))))))).))))))..((((......((((.....)))).....)))).(((.(((((...................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))....))))))))))).))))))))))((.....(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..)...((((((((....))))....................((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....(((((.((((((...((.......))....))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....))))))).....((((...(((((((........)))))))......)))))))))).)).(((((((..........)))))))...........))))))))))))...)))))((.(.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))..).))........((((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((..(((((.((((((...)))))).)).)))..))))).(((((((.......((((.(((....))).....(((((....((.(((.(((.(((...(((..((..(((..(((((((.(.((..((.(((((......))))).))...)).)...(((((.((((((......)))))).)))))..(((....))).))))))))))..))..)))...))).))).))).)).)))))...))))...(((((.(..((..(((..((.(((((((((((((...((...((((((((.....)))))))).........((((..(((.(((.((((((((((.(....((((((..........((......))..((((......(((((...))))).....)))).))))))...).))))))))))..((((....))))......)))..)))..))))..((((((..(((.(((...((((((((.((((((....((((((.....(((((((((..((((.(((((..(((((((((..(((((((.....((((((((.....)))))..))).)))))))...)))))))))...........(((((((((((..(((((.(((((((...(((((((.(((..(((((........))))).((....))......))).)).)))))....((((.(((((((.((((((((..((...((((.........))))))..))))))))....................(((((......(((((((((((.((((...((....)).....(((((((.(..(((.(((..((((....)))).....(((((.((((((((((....)))((((.((......)).))))..)))))))..((((.......((((((.....)))))).......))))......)))))........))).)))..)))))))).......)))).)))))))..))))...(((((((((....)))...(((......)))...)))))))))))..))))))))))).)))))))....................(((((.....))))).))))).....((((((.....))))))....))))).))))))...))))).))))..)))...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...)))))))....))))))..(((((((........)))))))....((((((((((((.(((...(((....)))..)))))))))...)))))).))))))))))))....)).))))))..))).)))..)))))).......)).))))))))))))).))..)))..))..).)))))...)))))))........(((((((.((....))....((((((((((....))))))))))..))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((((((...((.(((..((((....(............)....))))...(.((..(((....((((((..((...(((((((.(.((.(...((((((....)))))).)....)).).(...((......................)))...((......)).)))))))..)).)))))).((.(((.(((...((...((........)).)).)))...))).))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.((.....)).)))))))).))...)...)))...)).))......((((.....((.....))...))))))).))))))..((((.(.((...((....)).)).)...)))).(((..((((......((........)).))))..)))...(((((......((((((.((.((....)))).....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((...((((((((......((((((.....))))))....))))))))....)))))))...((((((((...(((((((((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....((((((((((((.(((((((((((........)))))))))))...............)))))))..(((....(.(..((((....))))...).)...)))...(((((((((((((....((((....(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.........(..((....).)..)....................)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......)))))))))))).....((((..(((.((...((.......))....)).))).(((.(((((.....))))).....)))))))..))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))).))...))(((...(((((((........)))))))......)))...)))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((....(.((((...((..((.....))..)).)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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TurboFold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((..(((((.((((((...)))))).)).)))..))))).(((...((.((((((((..(((....)))......((((((..((((..((((((((...........))))))))...............(((((......)))))......))))...(((((.((((((......)))))).)))))..(((....)))..))))))....)))))))).))...))).......((((((.....(((....)))...((((.((..((((((.........))))))..)).((((((((.....))))))))..(((.((.((((..(((.(((.((((((((((......((((((..........((......))..((((......(((((...))))).....)))).)))))).....))))))))))..((((....))))......)))..)))..))))..((((((..((..(((...((((((((.((((((....((((((.....(((..((((..((((.(((((..(((((((((..(((((((.......((((((.....)))))).....)))))))...)))))))))..(((.((..(((((((..((...((((((((...(((......)))......))))))))..))...((((((....(((((...(((...(((((((((((((..........((((((((..((...((((.........))))))..))))))))......(((...(((..(((((.(((((((((((.....((.....(((.(((..((((((....(((((...((((......((((....))))....))))..)))))((.(((....)))))..))))))..))))))..)).....))))))).))))...((((((.....)))))).)))))..))).)))...............))))...)))))))))......)))..))))).((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.((((.((...((((....))))...)).)))).((.((((((...)))))))).))))....)))))))))).)))))).)))))))..)).)))...))))).))))..)))...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))...)))))))....)..)))..(((((((........)))))))....((((((((((((.(((...(((....)))..)))))))))...)))))).))))))))))))....)).))))))..)))..))..))))))..(((((..((((..........((((((....)))))).((((......))))....)))).)))))..)).)))......((((((((((....))))))))))))))...)))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
|
|
AUUUUUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGUAUGCCUAACACAUGCAAGUCGAACUAGCUCUAGCGCAAGUUAGAGUGGGUGGCGGACGGGUGAGGAACACGUAAGAACCUACCCUUUGGAGGAGGAUAACUGUUGGAAACGGCAGCUAAUACUCCAUAUGCUGAGGAGUAAAAGGUCGAAAGGCCGCCAAGGGAUGGGCUUGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGAGGUAAAUGCUUACCAAGGCGACGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGAGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCAAUACCGCGUGAAGGAUGAAGGCCUGUGGGUUGUAAACUUCUUUUCUCAGAGACGAAUAAAUGACGGUAUCUGAGGAAUAAGCAUCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGACAGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUGAUUGGGCGUAAAGCGUCUGUAGGUGGCUUUCCAAGUCUUUUGUCAAAUCCCAGAGCUUAACUUUGGAUCGGCACGAGAAACUCGAGAGCUUGAGUAUGGUAGGGGCAGAGGGAAUUCCCGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCGGGAAGAACACCGAUGGCGAAAGCACUCUGCUGGGCCAUUACUGACACUGAGAGACGAAAGCUAAGGGAGCGAAUAGGAUUAGAUACCCUAGUAGUCUUAGCCGUAAACGAUGGAAACUAAGUGCUUGGGCCGCGAGUAAUCGCUGCUUGAGUCCUGUAGCUAACGCGUUAAGUUUCCCGCCUGGGAAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGGCUUGACAUGCCACUCUUUCGGGAGGUCAUGGUGAAAGCCAGUUUAGGACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUGUCUCUUGUUGCAACUUUGUUGUUAUCGAGAGAGACUGCCGGUGAUAAGUCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUACGCCCUGGGCAACACACGUGCUACAAUGGCCAGGACAAAGAGAUGCAACCUCGCAAGAGCAAGCCAACCUCAAAAACCUGGUCUCAGUUCGGAUUAGUCUCUGCAACCCGAGACUAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCUGGUCAGCUAUACAGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCACGGGAGCUGGCUAUGCCCAAAGUCGUUACCCCAACCGUUUGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGAGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...<<<.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((((((((((....)))))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....(((....)))....((((....)))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((...{.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{..((((((((((((((((....))))))))))))))))...{{..))}}.....}}}}}}}))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....(((((.((((....))))....((((....)))).....)).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((((...))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....((((((..(((..((((.((((((.(((((((.(((..(((.(((..(((..((..((((((((....))))))))..)))))......((.((((..(((((((..((...(((((((.((((.((..((((((....))))))...)).))))...((((....))))...((((....)))).)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....))))))))..))))))........)))))))))....(((((...(((((....))))).)))))..)))))))..((((.......(((....)))......)))).(((((((((..((.........))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...(((((.(((((...(((((((...((((((((((....(((..((((.....((((((.....))))))...))))..))).....))))))...((((((((...(((((((((..((((((((...(((........)))....)))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....)))..(((((((..((((((((..........))))))))(((((.....((((..(((.((((..((((((((((....))))..((((..((((...((....((((.....(((((....)))))..))))..))..((((...))))..)))).....)))))))))).((.((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........((.((((....))))....((((....)))).....))....(((.(((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((..(((((...)))))...)))))))..((.((((.......)))).)).....)))).)))))...)))))))..))))))...))))))).......))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).))...)))))))...))))...))))).....)))))))...............))))).((((.((.(((..(((((((.((((...((.(((..((((..((....))..))))))).))..)))).)))))))..))))))))).))))).....)))(((((((((....))))))))))))))).))))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((........................((((((((....))))))))......................(((((((..((((((((((((...................................................................))))))))))))))))))).................................................(((((((.........)))))))....(((((............))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))..))))))).........................................................................(((((......((((((..................))))))))))).........................................(((((((....(((((((((.....((((((.....))))))...))))))))).....))))))).....(((((...(((((((....((((((((.....................))))))))....................)))))))..))))).....................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((....(((((((((((((....)))))))))))))..................))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((...........................((((....)))).................................((((((............................)))))).....................................................................................................)))))))......)))))))).....(((((((..........................................))))))).....................................................(((((((..........)))))))...........))))))))..................................................................................................................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((....((((((....))))))....)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))..................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((............))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(((.....(((((....))..)))...((....))..)).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.........)))..((((..(((((.((((((.......(((...........((...(((((((....)))))))...))...................(((((((.((...((((((((((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((....)).................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))....))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((((..................))))))))....(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))....)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((............))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......((((.....(((((....))..)))...((....))..)).))..((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....((((((((....(((..((..((((....))))..))....)))....)))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((.((((((((....)))))))).))))))......(((......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))..................((((....)))).)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))..........(((.....(.((((.(.(((.((((((..((((((.((((.....((((((.....))))))...)))).))))..)).))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((.....((((((((.((((....)))).))))))))......((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.(((((((((((...((((........))))........(((((((...........((((....))))....((((....))))............((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((((...))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))..))).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(.((((.((((((...)))))))))).).....(((((.......)))))..(((..(((.((((((((....)))))))).)))))).((((((((......(((((((..((((.(((((((.......((.((((((....)))))).)).((((((.........))))))...((((....)))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))(.(((((((.........))))))).).....(((((((...........(.((((....)))).)........((.((((((((...(((((....))))).))))).))).))....((((......((((....)))).....)))).(((((((((.(((.........)).).)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))....................(((((.....))))).........((((...(((((.((((..((.((((((.....)))))))).))))((((...))))(....)..((((((((...((((((((...((((((((...(((........)))....)))))))).....).....((....)).)))))))..))))).)))........)))))))))(((((((..((...((((.........))))))..)))))))(.........)...(((.((.((((((((.((((....)))).)))))))).)).......((()))..)))(((((....)))))(..(((((....)))))...)....................((((....)))).(.((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((....(((((..((((....))))).))))((....))..((.......))((((.((((.((((((.(((((((((((.((....))(((.(((......))))))))))))....((((.(((((((((.(((((...))))).).)))))))..)(.(((((.....))))).)......)))).))))).).))))))))))..)))...))))))).......))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....))))))))))))))....(((((((.(....).)))))))....(((((((.((.((...(((((((..........)))))))...)))))).)))).)...........)))))))).((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))))........))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((..(((((.(......).)))))..)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)..(((((....))))...)............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((..(((((((.(((......))).)))))))..))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((.((..(((...(....)))).(......)..)....)..)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..(...)))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((..((.((((......)))).))..)))))................(((((((.((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)....(((....))).................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((.(.(.........)..).))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((.(((...((......))...)))).)))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..)))).((((...(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((.....(((....)))............(.))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...(((.....)))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..(((((((.((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))........)))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((...)))))).((((((.(((((((.(((..(((.(((.(((...))).((((((((....))))))))..(((((((((.(((.......(((((((..((((.(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...((((....))))...((((....)))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))).............))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))))).....((((...(((((....))))).))))...)))))))....(((..[[[[.)))............]]]].(((((((((..................)))))))))........((((..[[[[[[[[[...))))..]]]...]]]]]]......))))))(((.[[[[.))).((((((...))))))..........]]]]...((((.((((.....((((((.....))))))...)))).)))).((((((....))))))........(((((((....((((((((...(((......)))......)))))))).......[[[[[[.......)))))))..]]]]]]........................((((.....[[[[[[[[.....))))((((..(((((((((.....))))...)))))))))..(((.((((....)))).)))..]]]]]]]]...............(((((..[[[[)))))..(((((....)))))....((((.....))))]]]]...((((....))))....((((..[[[[[..[[[[))))....]]]]]]]]].......(((.[[[[..))).((((....))))]]]]..(((...[[[[........)))...]]]]...(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((..(((((...)))))...))))))).(((.((((.......)))).....))))))).)))))...)))))....(((........[[[[)))......(((......)))..]]]].....(((.......(((....)))...[[[[..))).......]]]].(((.[[[[[..(((((((........))))))))))..]]]]]......(((.[[[[[[[....)))...]]]]]]]...((((.....[[[[..))))......]]]]....((((.(((..(((((((................((((............)))).((((...)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....((((((.......((((...(((..((((((......................((.((((((((....)))))))).))...................(((((((..((((.(((((((.((((.....((((((....))))))....[[)))).............]]...((((....)))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))...))))))...(((......((((....)))).....)))..(((((((((..((.........))...)))))))))..............(((((((((.((....)))))...)))))).......)))..))))...............................((((((....((((.((((..(((.(((((.....)))))))).)))).)))).....))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).))).................((((((........((((.........)))).....))))))..........(((((((.((.((((((((.((((....)))).)))))))).))...((....))....))))))).............(((((....))))).....................(((((......((.....(((((((((((...((((........)))).)))....(((((((......((...(((......)))..))((((....))))............((.(((((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((..(((((...)))))...))))))).....(((((.....))))).............))))).)).)))))))..))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))....)).....(((((((..........)))))))............)))))...................((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((....)).)))))))).))..)))).)))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).))))... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((((((.(((((.(((((.(((((((.(((..(((.(((..(((..(((.((((((((....)))))))).)))....)))...........(((((((..((((.(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((....))))...((((....)))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))))))....(((((...(((((....))))).)))))..)))))))..((((..((..((((....)))).))..)))).(((((((((..(............)..)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..((((((((((((((.(((.(((((.((((((((((...((((((((((..((.((((((.....)))))))).(((.((((...))))...)))...(((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)).))))...))))))))))))............((((((((..........)))))))).((((.....))))...(..((.((((((((.((((....)))).)))))))).))...)...............((((....)))).(...((((....))))....)...........((((((.(.((((....)))).(.(((((((((.....((((........))))...)....(((((((.......(((..((....))..)).).((((....)))).((((.(((((((.(((((((....)).))))).)).))))).)))).....(((......)))((((((((.(((.....)))..))))))))(((...)))(....)...((...)).(((.........)))......(.((...((((.....)))).....))).....)))))))......)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))(..((.(....(((((((..........)))))))....))).)......).............)))))).))))))))).)))...))))))))..)))))).((((..((....))..))))..(((...))).))))))).((((.......))))..........(((((((((....))))))))).))))))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.((.((((....)))).)))..)))((......(((...(..((((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((....)).....((........)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((............))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...((((.....(((((....))..)))...((....))..)).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.(((((((....))))))))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((........)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(.........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))).........(((((((.((((((((((((............))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...((((.....(((((....))..)))...((....))..)).)))(((.((..((((((((.(((((((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).).))))...))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.((.((((....)))).)))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....((....)).....((........)).)))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((............))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...((((.....(((((....))..)))...((....))..)).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...((((((.((...(((....)))...)))...)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.(((((((....))))))))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((........)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((..((.........))...))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).))))))).)))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))).........(((((((.((((((((((((............))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...((((.....(((((....))..)))...((....))..)).)))(((.((..((((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).))))))(...)((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).).))))...))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...)).....((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((..........((.((((((.(((((..(((.(((..(((..(((.((((((((....)))))))).)))..(((((.(((.......(((((((..((((.(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((....))))...((((....)))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))))....))).....(((...(((((.(((.....))))))))..(((....)))))).)))))).((.((((((((....((((....))))..))))).))).))......)))...((((((((.((..((((..(((..(((((((((..((.........))...))))))))).)))..((((((..(((((((((.((....)))))...))))))..((((......(((((((.(((..((((((((...((((..((.((((((((((((((...((((.....((((((.....))))))...))))......((((((....)))))).((((((((.....(((....))).((((.(((.((((....(((((((((((........))))).((....)).)))))).(((((..............(((((....(((.....)))...((((.........))))...)))))..((((.......(((((((.((..((..(((.((((....)))).)))..))..))...((....))....)))))))..(((..((.((..((((....))))...))))..))).....)))).))))).((((.((......)).))))......)))).))).))))......)))))))).)))))).((((((.(((....))).)).))))..)))))))).))..))))...((..((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((..(((((...)))))...)))))))..((.((..(((....)))..)).))..))))..)))).)).))))))))..)).))))))))..((((.......)))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))).)))))))[[[[[[[))))....]]]]]]]...)))))).((((((.(((...(((....)))..)))))))))...))))..))))))))))...)).)))))).))..((((.(((..(((((((.((((...((.(((..((((..((....))..))))))).))..)))).)))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((((((.(((((.(((((.(((((((((((..(((.(((..((((.(((.((((((((....)))))))).)))..).)))..(((......(((((((..((((.(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...((((....))))...((((....)))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))))))....(((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((.(((.........).)).)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..((((((((((((((.(((.(((((.((((((((((...(((((((((((.((.((((((.....)))))))).(((.((((...))))...)))...(((((((...(((((((....((((((((.(.(((........))))...))))))))....................)))))))..))))).)))))))...))))))))))))............((((((((..........)))))))).((((.{{{.)))).........((((((((.((((....)))).))))))))..............}}}..........(((........(((((....)))))........)))...(((((((((.((((....))))...((((((((((((..((((........))))))))(((([[[[[[[......((((.(((....))).)).))((((....)))).((((.(((((((.(((((((....)).))))).)).))))).)))).....(((......))).(((((((.(((.....)))..)))))))((((...)))).(((............<<<)))......>>>.......))))..((((.....)))).............]]]]]]]......)))))))).....(((((((.....(((.(((...(((....)))...)).)..))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))((.((.((...(((((((..........)))))))...)))))).................)).)))))))))))))))).)))...))))))))..)))))).((((............)))).((((...)))))))))))(((((.......))))).........(((((((((....))))))))).))))))))))... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.....(((((....))))).....)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....))..................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((............))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((((......((((....))..))....((....))..)).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((....((((((....))))))....)).((......(((.......(((((((.((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....))..................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((..............)))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...)))).(((((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........((......((((....))..))....((....))..))....(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.......))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................(.(....(.(..(((((.(.....(..(..............................(.((((....(....(.(........................(..).....).)...)..)))...((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....)))))))).....)...)...)......)........((((((....(((....))).).))))).........(.((((.((((...((...)).))))...))))...)((((((..................))))))......(((((.......(((((.((.((....))))....))))).)))))..).))..)))..........).)((.....((((...((((((((((..(.((((.((((.....((((((.....))))))...)))).))))...).))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((.(((((((................))))))).))...............)))))))..(((....(((..((((....))))...)))...)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.(....(..(.(.......).).).............).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((.......)))...))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((....(.((((((..((((......((((...((..((....))..)).)))).....))))..))))))...)..))))..))))).....)))(((((((((....))))))))).......).).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((.......(((((.(((((.(((((((.(((..(((.(((.......(((.((((((((....)))))))).)))..................(((((((..((((.(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))...((((....))))...((((....)))).))))))).)))))))))))(((((..(((..((((((((.......)))))))))))....))))).............................(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))))).....((((....((((....))))..))))...)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..((.........))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((.....(((((.(.((((((((((....(((..((((..(((.(((((.....)))))))).))))..))).....))))))...(((.((((...(((((((....((((((((.(.(((........)))..).))))))))...........((....)).)))))))..))))..)))..)))).).)))))...((((((........((((.........)))).....)))))).....(((..(((((((.((..((..(((.((((....)))).)))..))..))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....))))..................(((....)))....(((((...((((((((((.....(((........))).........(((((((...........................((((....)))).................(((.((((((.((((((((((((((....)))(..(((......))).).))))))....((((..(((((((..(((((...)))))...))))))).....((((.......))))........)))).))))).).))))))))..........)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))).)))))....(((((((..........)))))))...))).)))))))))..)))......)))))....((((.(((..(((((((.((((...((.(((...(((..((....))..))).))).))..)))).)))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((..((((((.((((.(((((((.(((..(((.(((..((((.(((..(((((((....)))))))..)))..).)))..(((......(((((((..((((.(((((((.((((..((.(((..(....)..))).))...))))...((((....))))...((((....)))).))))))).)))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))))))....(((((....((((....))))..)))))..)))))))..((((..((...(((....)))..))..)))).(((((((((..((.........))...)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))....((((.(((((.....(((((...((((((((((....(((..((((.....((((((.....))))))...))))..))).....))))))...((((((((...(((((((((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...)))))...((((((...((...((((.........))))...)))))))).((..((((.(((((((.((..((..(((.((((....)))).)))..))..))...((....))....))))))).(((((((((((((((((....))))...............((.(((....)))))..((((((..(((((((((((...((((........))))........(((((((..(((..(((.(((....))).)))..((((....)))))))........(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((..(((((...)))))...)))))))..((.((..(((....)))..)).))..))))..)))).).)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))..)))).))))))))).))))..))..)))))))))((((.(((..(((((((.((((...((.(((..((((..((....))..))))))).))..)))).)))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
|
|
UGUGAAAACGAAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUAAACGCUGGCGGCAUGCUUAACACAUGCAAGUUGUACGAAGGUAUUUAUCUUUCGAGCUAAAUAUACUGAGUAGCGGACGGGUGAGUAACACGUAAGAAUCUACCUUUUGGAGAGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCUUAUAUUGCUGAGAAGUGAAAAAUGUAAAUUGCCAGAAGAUGAGCUUGCGCCUGAUUAGCUAGUUGGUGUGGUAACUGCAUACCAAGGCAAUGAUCAGUAGCUGUUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGAGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCAAUGCCGCGUGAAGGAUGACGGCCUAUGGGUUGUAAACUUCUUUUCUCAGAAAAGAUUAAUGACGGUAUCUGAGGAAUAAGCAUCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGACAGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUGAUUGGGCGUAAAGCGUCUGUAGGUUGUUUAAAAAGUAUUCUGUCAAAAAUUAGGGCUUAACCCUAUACAGGCAGAAUAAACUUUUAAGCUAGAGUUUGGUAGAGGCAGAGGGAAUUCCCGGUGGAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUCGGGAGGAACACCAAAGGCGAAGGCACUCUGCUGGGCCAAUACUGACACUGAGAGACGAAAGCGAGGGGAGCAAAUGGGAUUAGAUACCCCAGUAGUCCUCGCUGUAAACGAUGGAUACUAGGUGUUGGGUGUAUCAAAAACAUUCAGUAUCGUAGCUAACGCAUUAAGUUUCCCGCCUGGGGAGUAUGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGAACCCGCACAAUUGGUGGGGUACGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGAUUUGACAUGUCAUUUGUUUCUUCAACUUAAUACUUUAAUUUGUUUUAAGUAGAAACAUAAAAAAAUGAACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCUUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUUUUUUGAAUUGCUUGGGGCAUUAUAUGCCUUUUUACAGAGGAAAUUCAAAAGACUGCCGGUGAUAAGCCGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUAUAUCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGGACGUAACAAAGAGAAGCUACUUCGCGAGAACAAGCUAAUCUCAAAAAUACGUUCUCAGUUCGGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGUUGGAAUCAAUAGUAAUCGCAGGUCAGCCACACUGCGGUGAAUACGUUUCCGGGUUUUGCACACACCGCCCGUCACACCACGGAAAUUGGCUACGCCCUAAAUCAUUACCCUAACCAUUCUGUGGAGGGGGAUGCCUAAGGCGGGGCUGGUAACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
............(((((...{{{.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((((((((((((((....)))))))))).)))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....)))).....(((....)))....(((....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(........)....))))))..)...((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((...<.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<..((((((((((((.......))))))))))))...<<..))>>.....>>>>>>>))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((......(((((((....)))))))....((((((((....)))))))).))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((......(((((((...)))))))(((((...))))))))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((((((((((((....((((((.((((..(((.....))).))))))))))...))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..........(((..((((((..((((((((((......((.(((((((........(((..((((((((((..(((((((((.((..((((...........)))).)).))))))))).((((((.........(((((((.((((..((.((((((....)))))).))...))))...(..((....))..).............)))))))....(((((((((..(((((((..((((((((.......))))))))...........((.((((.(((....)))....)))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))..)))..((.(((....))).))..((((....))))..((((..(((((.((..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((.................)))))))))...))....((...(((((((((.((....)))))...))))))...))..))))).))))...))))..))))).))))((((.(.(((.((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....(((((((((..(((........)))...)))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))...))).).))))...((((((((..((...((((.........))))))..))))))))..((((....((((((..(((((.((....))...)))))..))))))...((....)).....))))((((((....((((..((((....))))...)))).....(((((.(((....)))..))))))))))).))))))......)))).))))))))).....(((((((.(((((((((....(((((((((((...((((((.((........)).)))))))))))))..............((((....(((((((((....)))).))))))))).))))....)))))))))...............((.(((((((((((.((((((((((...)))))))......)))..)))))))))))...(((((.....))))).))..))))))).((((.....)))))))))))))...))))))))))..(((...(((((....(((((((.....((((((((..(((....)))..))))..)))).....)))))))...((((.((((((((((........)))))))....))).))))...)))))..(((((((.....)).))))))))..((((....(((((..((....))..)))))...((((.(((..((..((..((((.((...(((..((((..((((...))))))))..)))..)).))))..))..))..))).))))....)))).......(((((((((....))))))))))))))).)))..)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................(((((((.....................((((((.......))))))....................................((((((.......(((((((..........((((((....))))))........(((((((..............)))))))....))))))).....)))))).............((((((((.......))))))))..............((((...............))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..)))))))........................................................................(((((....................................)))))..........................................((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))......(((((...(((((((....(((((((((...................)))))))))....................)))))))..)))))....................((((((((.......((((.........))))....)))))))).................((((((((((((.......))))))))))))...................................(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((.............(((((((...((((((..............)))))))))))))....................................................................................................(((((((...)))))))...............................................................................)))))))......)))))))).....(((((((..........................................)))))))...........(((((((........))))))).......................................................))))))))...........................((((((((((((......(((((((((..((((...))))))))))))).....))))))))))))........................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((........((((((....)))))).........)))))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))...............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((.........(((((((....)))))))...((.............))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((.........)))........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.......)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((........((((..(((((.((((((.......(((............(.......(((((((....)))))))........)...................((((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))..............))))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))....))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((.................)))))))))...(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))..).)))))))....(((((((...(((((((....((((((((((..((........))...))))))))))...........((....)).)))))))..))))).))...))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((.........(((((((....)))))))...((.............))..))))).)...((.(((...((((.(.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..(((.........)))........))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))...........(((((((........)))))))..........))))))....(((((((..........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(((.....))).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).))))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((((.....)))))...........(((((.......)))))........((((((.......)))))).....................(((((((..............................(((.....((((((....))))))......)))......(((....)))..............(((...((((..((((((((((((((.(((..((((((((.......)))))))))))..((((((..................))))))......(((((.((.......))))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))...........((((....((((((....))))))...)))).(((((((((.................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))................)))))))))).))))))))...))).(((((.(((((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..)))))))))....(((((((...(((((((....(((((((((..(((........)))...)))))))))....................)))))))..))))).)).................((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).............((..((((((((((((.......)))))))))))))).................(((((......((((.(((((....)))))..))))...........))))).(((((.......))))).(((((.(((...((((........)))).)))....(((((((...(....)(((((((((((...((((((.((........)).)))))))))))))......))))......((..((((.((((((.(((((((((((.((....))(((.(((......)))))))))))).....((((((((((((((.((((((((((...)))))))......)))..)))))))))))((.(((((.....))))).)).)))......))))).).)))))))))...))....))))))).......))))).......(((((((.....((((((((..(((....)))..))))..)))).....)))))))...........(((((((........))))))).......((((.........(((((((..........)))))))........))))................))))))).((((.(((..(((((((.((((.((...((((.((((..(((.....))))))).))))..)).)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....(...((((....(((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((...(((((..................)))))..)))))......(((.......((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))......((....))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((.(((....)))....))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(........)....))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))))))....((((((.....(.((((.(.(((.((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((.((..((((((((((((.......))))))))))))...((....)).....)).)))))))))).......((((....))))...))))...).......((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.............(((((((....(((((.((........)).))))).)))))))................((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((((.((.(((((((...)))))))........)).)))))))))..((.(((((.....))))).)))))).........)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))))))....(..((...((((.(((..(((((((.((((......((((.((((..((((...)))).)))))))).....)))).)))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))............. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(.((((.((((((...)))))))))).)..((.(((((.......)))))..)).((.((((((.......)))))).))...............(((((((((((............................((((.(((.((((((....)))))).)).).))))....((((....)))).............(((.(.((((..((((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))..((((((........(((....)))))))))......(((((.(((.....)))))))).((((....))))..........((.((((((((...(((((....))))).))))).))).))....((((....(((((((())))))))...)))).(((((((((...(........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))...............))))))))))).)))))))).).))).(((((.(((((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....(((((((((..(((........)))...)))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))....((..........((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).....((..((.(((..((((((((((((.......))))))))))))))).))..))........(((((((((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))))))(((((.(....))))))(((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.((((()))(((((((((((...((((((.((........)).)))))))))))))......)))).....(((.(((((.((((((.(((((((((((.((....))(((.(((......)))))))))))).....((((((((((((((.((((((((((...)))))))......)))..)))))))))))((.(((((.....))))).)).)))......))))).).)))))))))..)))))).))))))).......))))))......(((((((.....((((((((..(((....)))..))))..)))).....)))))))..)).......(((((((........))))))).....((((((.(.......((((((((.......).)))))))......).)))))).............)))))))).((((.(((..(((((((.((((.((...((((.((((..((((...)))))))).))))..)).)))).)))))))..))).))))....))).....((((((((((((....))))))))))........))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.............(((((..............)))))..........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)...(((((....))))....).........)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((...........(((....))...........).........)........)))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((....(..((...........))........).....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((.......)))))..)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((....))....((..((((((..((((.((((((......<<<<<<.<<....................<<<.....))))))>>>))))..................(((((((...............................((.....((((((....))))))......)).......(((....)))...................................((((..(((..((((((((.......)))))))))))....))))...((((.(((....)))....))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))>>..>>>>>>..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((.................)))))))))..............(((((((((.((....)))))...))))))...............................................(((((((.(((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..)))))))))....(((((((...(((((((....(((((((((..(((........)))...)))))))))...........((....)).)))))))..))))).)).....((((........((((((((.......((((.........))))....))))))))..............((.[[[[(({{{{{.......))}}}}}))]]]]...((....)).......(((((((((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))))))(((((.......)))))..((((((((...((((........)))).))))...(((((((.........(((((((((((...((((((.((........)).)))))))))))))......))))......((.(((((.((((((.(((((((((((.............(((......)))...)))))).........((((((((((.((.(((((((...)))))))........)).))))))))))....(((((.....))))).............))))).)).)))))))..))))....))))))).......))))........(((((((.....((((((((..(((....)))..))))..)))).....))))))))))).......(((((((........))))))).......((((.........(((((((..........)))))))........))))................))))))).((((.(((..(((((((.((((......((((.((((..(((.....))))))).)))).....)))).)))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).))..... |
|
MCFold
(ext)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.(..((((((((...))...((..((((.(((((((((..................((.(((((((((((....)....))))).))))).))...................((((((..((..(((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....((((....)))).............))))))))).)).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))..................(((...(((((....))))).)))..(((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((.................)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..........))))...........((((((((.(((((((((.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...((((.....(....)..((((..((...((((.........))))))..))))...(((.......((((((((((((((((((((.......))))))))))))...((....))...))))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))........(....)))))..(((((.(.((((..((((...(...))))))))).................(((((.((....(((...(((....))))))...(((.......)).......)..))))).)).).)))))...((((.((((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((.(..((((((((.(((...(((.....)))........))).))..))))))...((.(((((.....))))).)))....))))))))))))).))).)))).)))))))))))))....((((..............((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....)))))).............((((((........)))))).............(((........))))))).)).)))))))))))....)).....((((..((....))..))))....((((.(((..((((((((((((((..(.((((..(((..(((.....))).))).)))).).))))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((....(((((((....)))))))....))..)))((......(((......((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((......)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((...(........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...(((((((.........(((((((....)))))))...((.............))..))))).)))(((.((((.(((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((.........)))........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).)).))))))..))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((.......)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((....))...(((..((((((..((((((((((......((.(((((((........(((..((((((((((..(((((((((.((..((((...........)))).)).))))))))).((((((....((((((..(((....(((....((((((....))))))......((((((..(((((....(((......((((...((((.....)).))))))..((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..((((.(((....)))....))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))).)))))))))))...((((((((((((((....))))..((((..(((((.((..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((.................)))))))))...))....((...(((((((((.((....)))))...))))))...))..))))).))))......(((((((.....(((((.(((...((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....(((((((((..(((......))).....)))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))....)))..)))))..((((((((..((...((((.........))))))..))))))))..((((....((((((..(((((.((....))...)))))..))))))...((....)).....))))..))))))).((((..((((....))))...))))......)))).)))))))))...)))..)))))).))))))......)))).))))))))).....(((((((.(((((((((....(((((((((((...((((((.((........)).)))))))))))))..............((((....(((((((((....)))).))))))))).))))....)))))))))(((.....)))...((..(((((((((((.((((((((((...)))))))......)))..)))))))))))...(((((.....))))).))..)))))))..(((.....))).)))))))))...))))))))))(((....((((......(((((((.....((((((((..(((....)))..))))..)))).....)))))))..((..((((.(((((((..[[[[[.)))))))...]]]]].........((((((((((((.....)).)))))))...)))...))))..))..))))..........((((.((.(((..((..((..((((.((...(((..((((..((((...))))))))..)))..)).))))..))..))..))))))))).)))..........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....)))(((((..((((((((((((((((((((.(((..((((((((.........)))...))).))..))).))))))))..)))))).....(((.....(((((((((((.((.....(((..((((((((((((((.((((.(((.((((((....)))))).)).).))))...(((((....)))))..(((....))).)))))))..((((((((((((((((......((((((((.(....)))))))))(((..((((((..................)))))))))...(((((.(((.....)))))))).((((....))))..........(((....)))....(((((....))))).((((..(((((.....((((..(.((((((....)))))))..)))).(((((((((....(((......))).)))))))))(.((([[[.)))).(((((((((.((....)))))...))))))]]]....))))).))))....))))))))))).))).)).)))))))(((((((.(((((((((((....(.(((((.....))))))...)))))))))..))))))))).....((((((...(((((((....(((((((((..(((........)))...)))))))))....................)))))))..))))).)((((.(((((((......((((((((.......((((.........))))....)))))))).(((......((((((.((((((............)))))).))))))..................(((((((((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))))))(((((.......))))){{{{{{{{{))).((((.((...))))))...(((((((.(((((((((.((((((((((((((...((((((..............)))))))))))))......))))).))((((....(((((((((....)))).))))))))).........)))))))))(((.....))).......(((((((((((.((((((((((...)))))))......)))..)))))))))))...(((((.....))))).....))))))).((((.....))))...(((((..........)))))}}.}}}}}}}........(((((.....((((((((..(((....)))..))))..)))).....))))))))))))))))..(((((((.(.....)))))))).(((.((((((.........(((((((((.....)).)))))))........)))))).))))))....)))))))))).((((.(((..(((((((.((((.((...((((.((((..((((...)))))))).))))..).))))).)))))))..))).))))....))).....)))(((((((((....))))))))))))))).))).)). |
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RDfolder
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.........(((((....)))))..........)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))...............)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((.(((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((.......))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((..........((((((....))))))....((.............))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.........................))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((......((((..(((..............))).)))).....))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((.((((..((((.((((((.(((((((......(((.(((..................(((((....))))).............((......(((.......(((((((.((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))...............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).)))))).......(((((...(((((....))))).)))))..)))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))..))))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((..((((((((.......))))))))..))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..........((((((....))))))....((.............))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.........................))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(((.....))).))).)))).)...))))..))))))..))).)))).))))..........(((((((((....)))))))))))))))........ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................(.(((.((...((......(((.(.....(...(.(....).).......)..........(((..(.(....(.(.....(.(........).(.....)................)....).).((((((.(((...(((((.(.......).))))).)))...))))))(.((((.(((....)))....))))...)(((((.(((.....))))))))).).))...).....)...))).......((((((....(((....))).).)))))..)).......((((.((((...((...)).))))...)))).(((..((((...(...........).))))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))........).)...........))((.....((.....(((.(((((((.(.(..((((((......(((((.....)))))....))))).).)...))))))))...((((((((...((..(.(((..(((((((((..(((......))).....))))))))).....))....((....)).)..).))..))))).)))...)))....).)....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((.(((.(((((((((.............)))))))))...............))).)))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(((...........(..............(..)..............)........).....)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((.(..(((((((...((....(.................)..))....))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((..........)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......((((...((...(........)...)))))).....))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))...).....).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.(..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((.((...(((.(((..((((......(.(...(.(.....).)...).....)....))))...(.((.((((....((((((..((...(((((((..(((.(...((((((....)))))).)....)).).(...(((....))))...((......)).)))))))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((.(((....)))....))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((...(...........).)))))))))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((.....(((.(((((((.(((.(((((((......(((((.....)))))....)))))))...))))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((((..(((......))).....))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))...)))....).)....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((.(((.((((((((((((.......))))))))))))...............))).)))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((.((...(((.((..(....(..(.........)..)..................))).).........)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).))))))))).....((((.(((((((...((....(.................)..))....))))))).(((.(((((.....))))).....)))))))..))))...)))))...))))))))).)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((..........)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......(((...(((...(........).)))..))).....))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((....))...(((..((((((.......(((((.(((((.((((((.(((...(((................................((...............)).............................(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....))))...(..((....))..).............)))))))............((((((.((...((((((((.......)))))))).))...)))))).............................(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))................((((....)))).....)))..))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((.................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((....(((((((((....((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))......(((((...(((((((....(((((((((...................)))))))))...........((....)).)))))))..)))))..((((.(((((((......((((((((..((...((((.........))))))..))))))))..........((((((..(((((............)))))..))))))....................(((((((...((((..((((....))))...))))..)))......))))........................................................(((((((.((....(((((((((((((...((((((.((........)).)))))))))))))......))))).)........(((.((((((.(((((((((((.((....)).((.(((......))))).)))))).........((((((((((.((((((((((...)))))))......)))..))))))))))....(((((.....))))).............))))).).)))))))).......)).)))))))...............................((((((((...((....))...))))..))))..........)))))))))))..))))))).)).........(((.(((.((((((.........((((((((.......).)))))))........)))))).))))))......)))))....((((.(((..((..((..((((.((...(((..((((..((((...))))))))..)))..)).))))..))..))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((....))...(((..((((((..((((((((((......((.(((((((.........((..((((((((((..((((((((..((..((((...........)))).))..)))))))).((((((....((((((..(((....(((....((((((....))))))......((((((..(((((....(((......((((...((((.....)).))))))..((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..((((.(((....)))....))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))).)))))))))))...((((((((((((((....))))..((((..(((((.((..((((....((..((....))..))...)))).(((((((((.................)))))))))...))....((...(((((((((.((....)))))...))))))...))..))))).))))......(..((((.....(((((.(((((.((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((((..(((........)))...))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).))).)).)))..)))))..((((((((..((...((((.........))))))..))))))))..((((....((((((..(((((.((....))...)))))..))))))...((....)).....))))..))))..).((((..((((....))))...))))......)))).)))))))))...)))..)))))).))))))......)))).))))))))......(((((((.(((((((((....(((.(((((((...((((((.((........)).)))))))))))))..............((((....(((((((((....)))).)))))))))..)))....)))))))))(((.....)))....((.(((((((((((.((((((((((...)))))).....)).))..)))))))))))...(((((.....))))).))..)))))))..(((.....))).)))))))))...))))))))))(((....((((......(((((((.....((((((((..(((....)))..))))..)))).....)))))))..((..((((.(((((((........)))))))....((((....)))).((((((((((((.....)).)))))))...)))...))))..))..))))..........((((.((.(((..((..((..((((.((...(((..((((..((((...))))))))..)))..)).))))..))..))..))))))))).)))..........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
AAAUUAUUACGAGUUUGAUCCUGGCUCCGGAAGAACGCAAGAGAUGUGCUUAACACAUGCUAAUUGAAUGGUAUUAAUAUAUCAUAGUGUAAUAGUGAGUAAUGUAUGAGAAUUUAUUUUUAGAAUAUAAUAAAAAUUUAAUAAUUUAUAAUAAACGCAAUAGUGUUUUAAAAGAUAAUUAUUGUCUAAAAAAAAGCUCAUAUCUAAUUAGCUAGUUGGUGAAGUAAUAGUUUUACCAAGGCGAAGAUUAGUAGCUGCCUUGAGAGGGGAAACAGCCACAUAGAGAUUGAAAUACAGCUCUAACUCCUAAGGGGGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCUGCCAAUAAGCGCAAGCUUGACAGAGCGUCAUCACAUGAAGGAGGAAGGCCUAUAAAGGUUGUAAACUUCUUUUGCUUAAAAAAAUAAUACUGACGUUUAAGUUUAAAAAGUAUCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUCAUACGGGGGAUACAAGCGUUUUCCAAAAUUACUGGGCGUAAAGUGUAUGUAGGUGGAUUGGUAUGUUCUUCCUUAAAUACUAUUUGAUAAAUUUAGAAAAAGGAAGAAAACUAUUAAUCUUGAGUUCGAUAAGGGUAAGAGGAAUUUUUUGAGGAGUAGUGAAAUGCGAAGAUACAAAAAAGAAGAUCAACAGCGAAAGCAUCUUACUGGGUCGAUACUGACACUGAGAUACGAAAGUUAAGGUAGCAAAUGGGAUUAGAUACCCCAGUAGUCUUAACUGUAAACAAUGGAUACUCGGUACUGGAGACAUUAAAUAUAUAAAUUCAGUACCCUAGCUAACGCGUUAAGUAUUCCGCCUGAGUAGUACGCUCGCAAGGGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCUCGUACAAGCGGUGGAGCACGUAAUUUAAUUCGAUGUAACGCGAUAAACCUUACCAGAACUAGACUAAAUUUAUUUUAAAUUAUUAAUAUUAAUUAAUAAAAAAUUUACAGGAGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCUACGAGCGCUACCCUUAUUUAAAGUUUUUUAUAUCUUUAAAAACAGACUAUAUAAAUUUUUGUACUAAAUUAGUAGGAAGGAGAGGAAAACGUCAAGUCUUUAUGCCCUUUAUGUUCUGGGCUACAUACGUGCUACAAUAGAUGGUACAAUAAUUUUUAAAAAUAAAUACAAUAUCAAUUUAUUUUUAAUUUAUUUGUGAAAAUAAAUGUAAUAAUUGAAAACCAUUUUUAGUUCGGAACAUAAACUGCAAUUUGUUUAUGUAAAGUUGGAAUCGCUAGUAAUCGCCGGUCAGCAUUACGGCGGUGAAUAAGUCUUCGAGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCACGGAAAUUGAUUAUUUUUUAAAACUUUUGAUAAAAGGAUAAAUAAUAAUAAAUAACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACUGGAAGGUGCUGCUGGAUAAUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..........(((((...{{{.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((((....))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((....)))))....))))...(((...)))......(((....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((........))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((....(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((......)))).....)))).(..(((((....(..........)...)))))...)...((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]]))))).))))))))))..........(((((...<.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<..(((((((((...((.......))...)))))))))...<<..))>>.....>>>>>>>))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....(((((((.(((...(((((((....)))).)))))))))))))..((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.((((.(((((((((((....)))))).)))))...))))(((((((((((...))))))))))).))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.((((....((((...(((((((.(((...............)))))))))).....)))).......))))...)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((((((((((((...((((((((...))))))))..))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(((.((((..(.((((.......(((...(((((((((.......((((((((.(((((((....)))))))..................(((((((......((((((((..(((((..(((((....))))).....((((((....)))))).........)))))..))))))))....))))))).))))))))...(((((((((......)))))))))((((((((((....((((((((....)))......(((...(((((.(((.....)))))))).((((...))))))).)))))....))))))).)))..(((((....)))))...))))).))))....(((((((...(((((....))))).....))))))))))...............(((((..............((((((((...(((((((((.((....)))))...))))))..(((.((((..((((((..((((.((((((((((..(((((((..(((((((((..(((((((((.....(((...........)))...)))))))))...)))))))))...(((...((((((((.((((((((((.(((((.((((((...............................((....))..((((....((((....))))..))))..((....))....(((((....((((((....((((.....((((((.(((((((...(((......(((((((((.................)))))))))........(((((((.((.(((((((.((((....(((((....)))))..)))).......(((((((....)))).)))..))))))).))...(((......))).)))))))..........)))........................((((((((....))))))))....))))))).....(((((((((....)))).)))))..))))))...))))..)))))))))))...)))))))))))...)))))))))).))))))))..)))...)))))))..(((((.(((((...))))).))))).((.(....).))....)))))))))).(((((((((((((((.....((...))...(((((((.((((.....((((((((((((.........))))))))))))..(((((((....))))))).....))))...))))))).)))))))))))))))................))))..)))))).)))).)))...))))))..)).....(((((((.(((((.(.....).)))))...)))))))))))).....)))).....((((((.((((...(((((....))))).)))).))))))......)..))))))).)))))......((((.(((((....))))).)))).))))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((...((((.(((((..((((.((((.((((...((((((((.(((.((((((((..(((((((....)))))))..(((..((((.(((...(((((((..(((.(((((((..(((((...............)))))......((((((((((((....)))).)))))))))))))))))).)))))))...))).)))).(((((((((......))))))))).)))..))))))))((((((((...(((((....(((....................)))....)))))....)))))))).))).(((....))).....))))))))..))))...((((((((......((((((((..(((((....))))).....))))))))..(((......)))...))))))))..))))....(((....)))...)))).))))).....(((((..(((((((..(((.((((...(((((..((((.((((((((((.((((...((((((((((((..(((((((((.....(((...........)))...)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((.....((((((....((..(((........................)))))..))))))..)))))))..))))).)))..))))...))))...(((((((...((...((((.........))))...))))))))).........(((((((.(((((((((.................)))))))))...((....))....)))))))..(((((((....(((((....)))))..))))..)))..((((((...(((((((...((((..((........(((((((((((((..(((((((.(((((...(((..((((..........))))..((((((((....))))))))....)))....)))))....(((((....)))))..)))))))..)))))))))))))))))))))))))).((..((((....((((((...(((((((........))).))))..))))))..(((((...)))))..))))..)).....))))))..)))))))))).(((((((((((((((.....((((((.......))))))..(((((.((((((((((((.........))))))))))))..(((((((....)))))))....)))))...........)))))))))))))))................))))..)))))..)))).)))(((((((..........)))))))...............)))))))...)))))..))))((((.(((..(((.((((((........(((((....)))))......)))))).)))..))).))))...)))))......((((.(((((....))))).)))).))))))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((.((((....)))).)))))................(((((((.((...(((((((((((.....(..)......)))).....((((((....))))))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((........)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((....(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((......)))).....)))).....(((((.................)))))........(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.(((((((((....(((......))).)))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.....(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))..((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(......)..))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((......(((..((.................................((((....))))...))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((.....)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))......... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).................((((.....))))..........(((((((....)))))))..................(((((((..((..((((((((..(((((.....................((((((....)))))).........)))))..)))))))).)).)))))))............((((((((((....))))))))))(((((((((.....((((((((...(((((....(((....................)))....)))))....))))))))........)))))).)))...((((....)))).......((((........((((((...(((((....))))).....))))))....................))))................................((((((((...........((..(((((.((((..((((((..((((.((((((((((...........(((((((((..(((((((((.....(((...........)))...)))))))))...)))))))))...(((((((...(((((((.............................................................)))))))..))))).)).................(((((((((.((...((((.........)))))).))))))))).................(((((((((.................)))))))))..................(((((...(((((....(((((....)))))..)))))..)))))........(((((((...((((...........((((((((((((((..((((((..((((..............(((((((.........(((((((....)))))))..)))))))....))))....(((((....)))))...))))))..)))))))))))))).)))))))))))...........((((((..........)))))).......................((.......))........................))))))))))((((((((((((((((................((((((..((......((((((((((((.........))))))))))))(((((((....)))))))........))....))))))..))))))))))))))))...............))))..)))))).)))).))).)).))(..........)(((((((.(((((.(.....).)))))...)))))))..((((.(..(((..(((.((((((.((((...((((.....))))..)))).)))))).)))..)))).))))....................(((....)))))))))))....... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((((....)))).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((((((...(.(..).)....))))........(((....))).......((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((........)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((.((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((......))))))...))))..((((((((...(..........)..))))))....)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((.(..((((((((((.(((......)))....))))))))))(....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.(((((((((....(((......))).)))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))))).(....(((((((.....(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.(.((............)).)..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(.((((..((..................................(((....)))....))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.....))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((...(((((((((....)))))))))......)). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.(((.(((((((.((((.......(((...(((((((((.......((((((((.(((((((....)))))))..................(((((((......((((((((..(((((..(((((....))))).....((((((....)))))).........)))))..))))))))....))))))).))))))))...(((((((((......)))))))))((((((((((....((((((((....)))......(((...(((((.(((.....)))))))).((((...))))))).)))))....))))))).)))..(((((....)))))...))))).))))....(((((((...(((((....))))).....))))))))))...............(((((..............((((((((...(((((((((.((....)))))...))))))..(((.((((..((((((..((((.((((((((((..(((((((..(((((((((..(((((((((.....(((...........)))...)))))))))...)))))))))...(((...((((((((.((((((((((.(((((.((((((.....((........................((....)).(((((....((((....))))..)))))..)).........(((((....((((((....((((.....((((((.(((((((...(((......(((((((((.................)))))))))........(((((((...(((((...(((((....(((((....)))))..)))))..)))))..(((...((((.(((.....))))))).)))..............)))))))..........)))........................((((((((....))))))))....))))))).....(((((((((....)))).)))))..))))))...))))..)))))))))))...)))))))))))...)))))))))).))))))))..)))...)))))))..(((((.(((((...))))).))))).................)))))))))).((((((((((..(((.....((...))...(((((((.((((.....((((((((((((.........))))))))))))..(((((((....))))))).....))))...))))))).)))..))))))))))................))))..)))))).)))).)))...))))))..)).....(((((((.(((((.((...)).)))))...)))))))))))).....)))).....((((((.((((...(((((....))))).)))).))))))......)))))))))).)))))).....((((.(((((....))))).))))........ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.........................(((.(((((((.....))))).))..))).(((((((....)))))))..................(((((((..(((.((((((((..(((((..(((((....))))).....((((((....)))))).........)))))..))))))))))).)))))))((((((.(((..((((((((((....)))))))))))))...))))))..((((((((...(((((...........(((((.(((.....)))))))).)))))....)))))))).((((((....))))))...(((((....)))))...((((((((....(.(((((((...(((((....))))).....)))))))).................))))))))..............(((((...(((((((((.((....)))))...))))))(((((.((((..((((((..((((.((((((((((..(((((((..(((((((((.((((((((((.....((((((...)))..)))...)))))))))..)))))))))).........((((((((.((((((((((.(((((.((((((.........(((............)))....................((((((....)))).))..........(((((((((......((((.........))))...)))))))))............((((.(((((((((...((.(....)))...)))))))))...............))))((((...(((((....(((((....)))))..)))))..))))...((((...[[[[[...[[[[[...........[[[[[[[[[[[[[[..[[[[[...(((((........((((.{{{{)))).}}}}..((((((((....))))))))...........))))).[[[[[[[[))))]]]].]]]]]]]]]..]]]]]]]]]]]]]].]]]]]]]]]])))))))))))...)))))))))).))))))))........)))))))..(((((.(((((...))))).))))).................)))))))))).(((((((((((((((...............(((((((.((((.(((.((((((((((((.........)))))))))))).((((((....))))))....))).))))...))))))).)))))))))))))))................))))..)))))).)))).))).)))))))........(((((((((.(((((.........)))))...))))))).))(((....(((..(((.((((((.((((...(((((....))))).)))).)))))).)))..)))..)))...)))))).....((((.(((((....))))).))))..)))))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.(((.((((..(.((((.......(((...(((((((((.......((((((((.(((((((....)))))))..................(((((((......((((((((..(((((..(((((....))))).....((((((....)))))).........)))))..))))))))....))))))).))))))))...(((((((((......)))))))))((((((((((....(((((((....(((((...........(((((.(((.....)))))))).))))).....))))))).......))))))).)))..(((((....)))))...))))).))))....(((((((....((((....))))......))))))))))...............(((((..............((((((((...(((((((((.((....)))))...))))))..(((.((((..((((((..((((.((((((((((.((((...((((((((..((..(((((((((.....(((...........)))...)))))))))...))..))))...((((((((...(((((((....(((((((....(((......))).......)))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))...((((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.(((((((((.................)))))))))...((....))....)))))))..(((((((....(((((....)))))..))))..)))..((((((((.((((((...(((((.(.....)...((((((..(((..(..(((((...(((((.............((((.....))))..((((((((....))))))))...........))))).((((((((....)))).)))))))))..)..)))..)))))).))))))))))).))..((((.(((((((..........)))))))................(((..(((((...)))))..)))..))))....))))))..)))))))))).((((((((((..(((.....(.....)...(((((((.((((.....((((((((((((.........))))))))))))..(((((((....))))))).....))))...))))))).)))..))))))))))................))))..)))))).)))).)))...))))))..)).....(((((((.(((((.(.....).)))))...)))))))))))).....)))).....((((((.((((...(((((....))))).)))).))))))......)..))))))).)))))).....((((.(((((....))))).))))........ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
|
|
UACCAUGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGUAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGAAGAUCGCAAGAUCUUAGUGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGAGAAUCUACCCUUAGGAGGGGGACAACAGUUGGAAACGACUGCUAAUACCCCAUAUGCCAUUCGUGGUGAAAAGAGUAAUCUGCCUGAGGAAGAGCUCGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGGGGUAAAGGCCUACCAAGGCGACGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGAUACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCCUGACGGAGCAAUACCGCGUGAGGGAAGACGGCCUGUGGGUUGUAAACCUCUUUUCUUAGGGAAGAAUCAAUGACGGUACCUAAGGAAUAAGCAUCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUCAUUGGGCGUAAAGAGUUCGUAGGUGGCUAAGCAAGUCUGUUGUUAAAGGCUGGGGCUUAACCCCAAAAAGGCAAUGGAAACUGUUUGGCUUGAGUACGGUAGGGGCAGAGGGAAUUCCUGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUCAGGAAGAACACCGAUGGCGAAAGCACUCUGCUGGGCCGUUACUGACACUGAGGAACGAAAGCUAGGGUAGCAAAUGGGAUUAGAUACCCCAGUAGUCCUAGCCGUAAACUAUGGAUACUAGGUGUUGUGCGUAUCGACCCGUACAGUACCGUAGCUAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUACGCUCGCAAGAGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGUAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGGUUUGACAUGUCGCGAAUUUUCUUGAAAGAGAAAAGUGCCUUCGGGAACGCGAACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUCGUUUUUAGUUGCCAUCAUUCAGUUGGGCACUCUAAAGAGACUGCCGGUGACAAGCCGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUAUACCCUGGGCUACACACGUACUACAAUGGUCGGGACAAUAGGUUGCCAACUUGCGAAAGUGAGCUAAUCCGUUAAACCCGGCCUCAGUUCAGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGGUGGAAUCGCUAGUAAUCGCCGGUCAGCUAUACGGCGGUGAAUUCGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCACGGGAGUCGGCCAUGCCCGAAGUCGUUACCCUAACCAUUUCGGAGGGGGAUGCCUAAGGCAGGGCUGGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...bbb.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((((((....))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....))))....((((....))))....(((....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(.(((((((...(.........)....))))))).)...((((((((...<<<<<.....<<.)))>>.......>>>>>))))).))))))))))..........(((((.....((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..((((((((((.((((((((...(((......)))......)))))))).)))....(..((....)))))))))).))))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........aaaaaa..((((((((((((......))))))))))))...aa..))AA.....AAAAAA.))).(((......((((....))))....)))...BBB..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......((..((((((((........))))))))..)).....))))).....((((((((........))))))))......))...)))))))))).))....((.((...((((((((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))))))))....))..))....((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((.......................((((((....))))))...................................(((((((...................................................................))))))).............................................................((((((((....))))...))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..)))))))..........((((((....))))))........(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))).....(((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))..))))).....................((((((((......((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...............))))))).(((((((((...(((((....))))).......................................((((((((..............................(((((((...............(((((((....)))))))............................................((((((............................))))))..........(((((((.((((............))))..))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((..........................................)))))))....................................................................................)))))))))......................................................................................................................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((...((((....))))...)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((.........((((..(((((.((((((.(.....(((...........((...((((....))))...))...................(((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))...............))))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).)))).)..))))))..((((....((((((....))))))...))))..((.(((((..................))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).))))........((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))..((((.(((((....)))))..))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..))))))....(((((((..........)))))))...........))))))...................((((.(((..(((((((.((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...)))).)))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))..)))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.((((((...))))))))))...(((((.(((((((((........((...((.((((((....)))))).)).....))...........(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))...............))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((............))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))...........((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...((((.......(((((((((.((....)))))...)))))).)))).........................................(((((((((.((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..))))))))))...(.(((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..)))))))))).....).....((....)).)))))))..)))))..)..................((((((((.((...((((.........)))))).))))))))..................(((((((((((........)))))))))))...........))))))))).)))))....((((.(((((....)))))..))))........(((((((...((((....))))...((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.........(((...(((((((....)))))))..............)))..........((((.((((((.(((((((((((.((....))....(((......)))...))))))............(((((.(((((.........).))))..)))))....((.(((((.....))))).))..........))))).).))))))))).........)))))))......)))))))).....(((((((...((.((((((..((((....))))..)).)).))))....))))))).....(((...(((((((........)))))))))).................(((((((..........))))))).............................)))))))((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((....)))))).)))))......(((......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))(....)....(((.....(.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((........)))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((...(((((((....)))))))((.((....)).)))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((......((..((...(((....)))...))....))......)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Cylofold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..((((((((.((.((((((.((((.(((((((((((...((.(((..(((..((.((((((....)))))).))....)))..))).))...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).))))))).(((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))...((((....))))....)))).)))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).)).))).(((((.......))))).....(((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))....(((.(((((((.(((((.((((....(((((....(((((..((.....((((((((((...)))))...))))).....)).)))))..)))))....)))).)))))...((.....)).((((((((...((((.(((((....)))))..))))..)))......)))))..((((....)))).(.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((...((((.((((((.(((((((....))))))).((((((((......)))....)))))...((((((((....)))).)))))))))).)))).(((......)))..((((((.......)))))).((((.((((..((......))))))..)))).....((.(((((.....))))))).((((.((...((((.....)))).....))))))..)))))))......)))))))).)...(((((((..(((.((((((..((((....))))..)).)))).)))...))))))).....(((...(((((((........)))))))))).((((....))))....(((((((..........)))))))....)))))))))).((((((((((..((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..)).)).)))))).(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.....(((((.......((((.((((((.((((((.((..................((.((((((....)))))).))..................(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))...(((((....)))))...(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........((((.......((((...((((((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....((((((((.((...((((.........)))))).))))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....))))))).))))...((((.(((((....)))))..))))...............((((((....[[))....(((((((((((...((((........)))).))))...(((((((........(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).....((.(((((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))............(((((.((((............))))..))))).......(((((.....))))).............))))).)).)))))))..))))....))))))).......))))))).....(((((((......((..((....((((....))))))....))......)))))))...........(((((((........)))))))..............]]....(((((((..........))))))).............))))...................((((.(((..(((((((.((((...((.((((.((((..((.....)))))).)))).))..)))).)))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))..))))... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.(((.((....)).))).))...................((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))...(.(........).)....((....)).))))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...))).....(((((.(((.....))))))))..(((....))).................(((((...(((((....))))).)))))..(((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(..(...)..)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)).........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))...........((((..((((...(...)))))))))....(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((((.....)))).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))))...................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((...))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.((((((....)))))).))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((......))).....((....)).)))))))).))).))))))........(((..((((((((.(...).)))))))))))....((((((.((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).)))).((((.((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((.(((((...(......).......))))).)))...))).)))....(((((((((.((....)))))...))))))..(....).)))).......................((((......(((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))))).))))..(((((((.(((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).)))))..(((((((......(((((..(..(....).(((((..((...((((.........))))))..)))))..(((.......(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))..........)...)))))......)))))))..(((..(((...)))..))))))))))...((((.....((((((..(((((((....)))))))...((....))..)))).)).............(((.((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((((.(((((((.((((((((...)))))).))..)))))))..((.(((((.....))))).))))...))))))))))))))))..........................................((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))).....(((((.((((((((........)))))))....))))))..........(((((((..........)))))))..................((....))..))))))...(((.(((..(((((((((((((...(.((((.((((..((.....)))))).)))).)..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((.((.((.(((((.(((((.(((((((((((...((.(((..(((..((.((((((....)))))).))....)))..))).))...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))...((((....))))....))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).)).))..(((((.......))))).....(((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...)))))))))..((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))....(((.((((((((.(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....))))))).(((((((((((.(((((....)))))..)))(.........)..((((((((((....))))..................(((........)))....(((((((.(((((.(((((.((((((.(((((((....)))))))..(((.(((......))).....)))....((((((((....)))).)))))))))).)))))(((.....)))(((.....))).)))))...(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))..))))))).((((.....))))....))))))....)))))))).................(((((((...((.((((((..((((....))))..)).)))).))....))))))).....(((...(((((((........)))))))))).((((....))))....(((((((..........)))))))...))))))))))).((((((((((..((((((((((...........(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..)).)).)))))).(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((.(((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....))).....((......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))))))))))).(((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(((....)))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((.((.((((((....)))))).))..))).)..(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....))).....((......)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.(((..(((((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))...)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((.(((((((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....))).....((......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))))))))))).(((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.(.((..((......)))).)..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..((((.((.((((((....)))))).))..))).)..(((.......(((((((.((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....))))).....(((....))).....((......)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((((((((...(.........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.(((((.(((((((.(((((((((.(((((....(((((..((((....((((((....))))))..))))....((((((((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....))))))...((((....))))......(((((..(((((((((....((((((....))))))...)))).(((((((((.....(((......))).)))))))))...(((((((..(((..(((((.....(((((.......((((.((((....)))).))))........((((.......((((...((((((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))(((.......(((((((.(((((((((((........)))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))...))))......)))))...)))))..)))....))))))).)))))..((((....(((((((.(((..(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))..((..((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).)).))))))))..)).))).)))))))...................(((((((..((..(((((....(((((....))))).)))))..))...)))))))...))))..)))))..))))).))))))))))))).)))))..))))))))).(((((((..........)))))))...))))).)).))))).......((((.((.(((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).)))))))))).))))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................((.........(.(.(((((.....(.(...(.(....).)..................(.(..(.(....(......(((..............................)........)).).((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..).)...).....)....)........((((((....(((....))).).)))))...........((((.(.((...((...)).)).)...)))).(((..((((...(.(....).....).)))).).))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))..))))).................((.....((((...(((((((((((.(.((..(((((......(((((.....)))))....)))))..))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....((.(((((((((.(((((((................)))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((...((..(.................)............)..)..)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...(......).)))...))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((......((..((..((((....))))..))....))......)))))))...))(((...(((((((........)))))))......))).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...((..((.....))...)))))).)...))))..))))))..)...))))..)).)).....)))(((((((((....))))))))).........)).)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................(..(((((.(.((...(...((.((....(...(.(....).)....).............(.(..(.(....(....(.......................................)......).((.(((.((...((((((((.......)))))))).))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..).)...)....))...)).)......((((((....(((....))).).)))))..).....)..((((.(.((...((...)).)).)...)))).((...((((....(...........).))))......))(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))......).)))...........))((.....((((...(((((((((((.(((((((((((......(((((.....)))))....)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....((.(((((((((.(((((((.(((........))).)))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((((......(.(.(..........).).).............)).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((...((...(......).))....))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((......((..((..((((....))))..))....))......)))))))...))(((...(((((((........)))))))......))).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((....(.((((((..((((.(....((((...((..((.....))..)).)))).)...))))..))))))...)..))))..)).)).....)))(((((((((....))))))))).........).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((.(((((.(((((((.(((((((((.(((((....(((((.......((.((((((....)))))).)).......((((((((..((((.(((.......(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....(((.............(((....))).(((((((((..((((.((((.((...(((..((((((((.......))))))))))).....))....((((...............))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))...((((....))))))))))))..........((((....((((((....))))))...)))).)))))))))..............))).)))))))....(((....)))..)))))))...(((((((((......((((.((((....)))).)))).........(((.......((((.(.((((((((((((..(((((((((......(((((.....)))))....)))))))))...))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((.((((((........)))))).))))...((....))....))))))).)))....((((.(((((....)))))..))))..................((((....))))...(((((((.........(..........)..........(((((((.((...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).))......((((.((((((.((((((((((((((....)))(..(((......))).).))))))..........(((((((.((((............))))..)))))))..(..(((((.....)))))..)..........))))).).)))))))))......)).))))))).......))))))).....(((((((..((..((((.....((..(....)..))..))))..))...)))))))...........))).)))))).))))))))))))).)))))..))))))))).(((((((..........)))))))...))))).)).)))))(((.((((..((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..)).))..)))...(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.(((((.(((((((.(((((((((..((((....(((((..((((....((((((....))))))..))))....((((((((...(((((((..(((..(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((....))))....(((....))).))))))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.(((((......)))))...((((....))))......(((((..(((((((((....((..((....))..))...)))).(((((((((..................)))))))))...(((((((..(((..(((((.....(((((.......((((..(((....)))..))))........((((.......((((...((((((((((((..((..((((.......(((((.....))))).....))))..))...))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))(((.......(((((((.(((..((((((........))))))..)))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))...))))......)))))...)))))..)))....))))))).)))))..((((....(((((((.(((..(((((((..(((((((....)))))))...((....))..)))).)))..((..((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.((((..((......))))))..)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)))))))))..)).))).)))))))...................(((((((..((..(((((....((..(....)..)).)))))..))...)))))))...))))..)))))..))))).))))))))))))).))))...))))))))).(((((((..........)))))))...))))).)).))))).(((((((..((((((((((...((....))(((((.((((...((.(((..((((..((.....))))))..))).))..)))).))))))))))..)))))..)).)).)))....(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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|
|
UCUCAUGGAGAGUUCGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGCAUGCUUAACACAUGCAAGUUGUACUGUAUAUAAUAUAUAGUGGCGCACGGGUGCAUAACACGUAAGAACCUACCCUUGGGAGGGGAACAACGUCUGGAAAUGGCCGAAAAUACCCCGUUAGCUGAGGAGCAAUAGGAGGAAUUCGCCCAAGGAGGGGCUCGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGAGGCAAUAGCUUACCAAGGCGAUGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCUGACGGAGCAAUGCCGCGUGGAGGUAAAAGGCUUAUGGGUCAUGAACUUCUUUUCCCAGCGAAUAAAAAUGACGGUAUCUGGAGAAUAAGCAUCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACAGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUGAUUGGGCGUAAAGAGUCUGUAGGUGGCUUUUUAAGUCCGUCGUCAAAUCCCAGGGCUCAACCCUGUAAUACGGUGGAAACUAUCAAGCUUGAGUACGUUAGGGGCAGAGGGAAUUUAUGGUGGAGCGGUUAUAUGUGUAGAGAUCAGAAAGAACACCAACGGCGAAAGCACUCUGCUGGGACGAUACUGACACUGAGAGACGAAAGCUAGGGGAGCAAAUGGGAUUAGAUACCCCGGUAGUCCUAGCCGUAAACGAUGGAUACUAAGCGCUGUGUAUCGACCCGUGCAGUACUGUAGCUAACGCAUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUAUGUUCGCAAGAAUGAAACUCAAAGGAAUUGGCGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAAAGCGAAGAACCUUACCAGGGCUUGACAUGCCGCGAAUCCUAUCGAAAGAUAGGGGUGCCCUCGGGAACGUGGACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGCCGUAAGGUGUUGGGUUAAGUCCCCUAACGAGCGCAACCCUCAUGUUUAGUUGCCAUAUAGGAACUCUGAGCAGACUGCCGGUUAUAAGCCGGAGGAGGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGCCCCUUAUGCCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGGUCGGGACAAAGGGCCGCAAUACCGCGAGGGCGAGCUAACCCCAAAAACCCUUCCUCAGUUCGGAUUGAAGGCUGCAACUCGCCUACAUGAAGUAGGAAUCGCUAGUAAUCGCCGGUCAGCCAUACGGCGGUGAAUUUGUUCCCGGGCCUUGUACACACUGCCCGUCACACUAUGGGAGCUGGGCAUACCCGAAAUUACCUUAACUACAAUUUUAAGUAGGGGGAUGACGAAGGUAGGACUAGUGACUAGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...[[[.))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((..(((..((((((((...)))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.(((((...(((((((....)))))))....)))))....(((....)))....(((....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((.(....)))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(........)....))))))..)...(((((......(((((....................)))))))))).))))))))))..........(((.......((((...(((((((((((.(((((((((((.....(((((((...)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((.((((((((((((((((((((...(((......)))......))))))))))))....(..((....)))))))))))))))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((........))))))))))...((....)).....)))))).))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((..(((.....)))...))))))).....(((((.....))))).......)))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))))....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......((((((((((((........)))))))))))).....))))))....((((((((........))))))))...........)))))))))).))....((.((.(.((((((((((((((((((((((....(((.((((.(((.........))).)))))))......))))))))))))))))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(((((((((..(((..(((........(((((..(((((((.((((((......(((((((((...)))))))))..((((((((.....(((((.....(((((((((((((.((((......(((.......)))........))))....(((....)))....(((....))).)))))))..((((((((((((((((((((..(((((.((((....))))))))))))..((.(((...(((((((.........)))))))....((((((...(((((.((((((..((((....)))).....(((.......(((((((....((((...(((.....)))..))))..)))))))......)))..)))))).))....)))..))))))..........)))))...((((((......(((((......(((((((...((....)).....))))))))))))........)))))).)))))))))))...)))))))))))).((((.....(((((((((..(((((((..((((..((((......(((((....((....))....((((((((...(((((((........(((((......((((....)))).............)))))...((....)).)))))))..)))).))))..))))).............))))))))...)))))))........((((.......))))...)))))))))...))))..)))))....)))))))).))).))).((....)).)))))))..))))).(((((((..((((....))))...))))...((..(((((....((((......((((((.((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))....(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))...(((.......)))..))))))...((((((.(((((((...((.....))....)))))))..((.((((((...))))))))))))))...))))))....))))))...))))))...))))))).......)))))))....(((((.........)))))...))))))..))))..)))))..)).....))).)))..)))..))))))).((((...((((.(((((.....)))))..((((((((.(((((((..........)))))))...(((((((((..((((.((........(((((......))))).)).)))).(((..((((((...........))))))..)))..))))..)))))......))))))))...))))..))))...))..((((((((((((....)))))))))..)))..))))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((...................(((((((((...)))))))))...............................(((((((.................................................................)))))))........................................................................................(((((............))))).............................(((((.................)))))..)))))))........................................................................(((((......(((((((................))))))))))))....................................................((((((((.......(((((.....)))))....)))))))).........................(((((((.............................................................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((....(((((((........)))))))..................))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((...............(((((((....)))))))..............................................................................................(((((((................))))))).....((((((...)))))).......................................)))))))......))))))))............................((....)).......................................((((........)))).......................(((((((..........)))))))...........))))))))...........................(((((........................................................)))))........................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((....((...))....)))))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((......))..))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((.....))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(((..(((..((.........))..))).)))......))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.((((.((((((...)))))))))).)).((((((((.......)))))......(((((((((...))))))))).................((((.....(((.((....)).))).....)))).....................(((((((((..................((((((((...........((..((((((((((..((((((((.(....))))))))))))..)))))))..))(((((.........)))))......(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))..)))))))))))))))))........)))..((((((....((((....))))....))))))..................(((((...((((((.(((..(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))....))).))))))...(.(((((.(((((((((.......))))))))).)))))))))))...((((((((................(......)......()(((.((.((((((((((((((........(((((...............................)))))...((....)).))))))).((((....((((((((...........((((((((..................))))........))))...........(((((....()....))))).......((..((((...((....))....))))((((((((...((((.(((((....)))))..)))))........)))))))..((((....))))....))....(((((..((((........)))))))))(....).(((.......))).(...(((((((....)))))))(((.((.((....)).)).)))..).(((((..(((((....))))).)))))....)))))))).....))))))))))).)).)))...((.(((((((...((.....))....)))))))...(.(((((.....))))).)))((((...((((((.....))))))..).)))....))))))))........(((.(((((.((((((((((((....................((((...............(..((.......))......).......))))(((((.....)))))...........(((((((..........)))))))...))))).)))).)))))))))))........(..((((.(((..(((((.(.((((((..(((.(((...((((........))))))))))..))..)))).).)))))..))).)))))...........((((((((((((....))))))))))........))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((..(((((.)))))..)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)..((((((....)).))))..........)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...))))..((.(((((..((....)).......))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((......)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((.....)).)).))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((.....))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).)).)))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((((..((..........)).)))..))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((((.((((((...))))))))))((((((((((((.......))))).......((((((((...)))))))).((((....)))).....((((.((..(((..(((((((.((((.....((((.......)).))......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)).))))((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....)))))).(((((((...(((.....)))..)))).))).(((((....((((....))))....)))))...((((((((........((((((..((((((......((....((...(((((((((.((....)))))...))))))...))..))....))))))......((((.(((((((((.......))))))))).)))).))))))..((((...((((..((((((...)))).)).(((..(((....)))....)))..))))...))))......((((..((.(((....((((..............)))).))).)).....)))).))))))))((((.((((.((((((.((.........(((((((....(((........)))((((((((..((((.........((...((...((((.(((((((((((((((.(((((...((....))....)))))((((((....((((.(((((....)))))..)))).........)))))).(((.((....)))))...))))).))......)))))))).)))).))..)).......)))).))).)))))....(((((((....))))))).((((((((...((.((....)).))...(((((((((....)))).))))).....(((((((((((..((((((((...(((((.((((((.(((((((...((.....))....))))))).....((((((...))))))..))))))...((((((.....)))))).(((((..........)))))......)))))....)))..)))))....)))).))))))).)))))))).)))..)))).........))))))))))))))))...)))))......(((((.....)))))...))))))).(((((((..........)))))))...((((((..(((((..((....))..)))))...((((.(((..(((((...((((((..((..(((((.((.........)))))))..))..))..))))...)))))..))).)))).......)))))).((((((((((....))))))))))......))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.((((((...))))))))))....((((([[(({{{...............(((((((.....)))))))...{{{{{{{{......{{{............(((((((.............(((....))).........dddd.............................)))))))............((((((((((..(((((((.((....))))))))))))..)))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))........DDDD..............(((....)))......))...)))))............(((......)))....................................((((((......((....((...(((((((((.((....)))))...))))))...))..))....))))))......((((.(((((((((.......))))))))).)))).......(((((((..((((..((((...............................(((....(((((((........(((((...............................)))))...((....)).)))))))...)))......................bbb))))))))...)))))))..................BBB........................}}}.....}}}}}}}}.........((....))..}}}..]]((((((....((((.(((((....)))))..)))).........)))))).((.(((....(((((...((((((.......((((........))))........(((((((...............(((((((....)))))))(((.((.((....)).)).)))..........((((((.((((((((((.(((....)))...................)))))...((((((.(((((((...((.....))....)))))))..((.(((((.....)))))))))))))...aa))))).)).))))AA...........))))))).......))))))ccccc.ccc....ccccc..........)))))....))).))..............................................(((((.....)))))...........(((((((..........)))))))...CCCCC......CCCCCCCC..............((((..((..(((((...((((((......((....((((........))))..))....))..))))...)))))<<))..))))...>>..........(((((((((....))))))))).............. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.((.((...)).)).))...................((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((....)))....(((....)))))))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...))).....(((((.(((.....)))))))).((((....))))..................(((...(.(((....)))).)))......(((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(........)....)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...))))).....................................((((.(.((((((((((((.((((((((((....(((((((.....))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((.......(((((((.(((((((((((......)))))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))...........((((..((((...(...)))))))))....(((((((......(((((((..(((((((....))))))..).((....))...))))))).................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((...(((((((.(((((())).)))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))))....................((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....))))))............(((((((........)))))))....................(((((((..........))))))).............(((..((....))..))).....((((.(((..(((((((((((((...((((..((((((....(((..))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...))).................................(((..((.(((.((.)).))).)))))................((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...)))).((...........))............))))))))..)).))))))..(((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...)))))...((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......(((.....))).(((...(.(((....)))).)))......(((((((.(((....((((((....))))))...)))..((((((((.(..((.)..)..).....))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).......................................(.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....))))))))))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)..(....).(((((..((...((((.........))))))..)))))..(((........((((((((((((((((((......)))))))))))....(....)....)))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))........((((.((......)).))))......((((...(...))))).........((((((.......(((((((..((((((....))))))....((....)).)))))).)...((.(..((((((.(((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((((..((((((((.(((..).))))..))))))...((.(((((.....))))).))))...)))))))))...).....)))))))))....))))))....................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))............((((((........)))))).....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..)))).....(((.(((..((((((((((((.(..((((..((.(((((.(.....))).)).)))))))..)))))))))))))..))).)))...............((((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((((.((((((...))))))))))((((((((((((.......))))).......((((((((...)))))))).((((....)))).....((((.((..(((..(((((((.((((.....(.((.......))..)......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)).))))((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....))))))...(((((...(((.....)))..)))).)...(((((....((((....))))....)))))....(((((((........(((((...((((((..(...((....((...(((((((((.((....)))))...))))))...))..)).)..))))))......((((.(((((((((.......))))))))).))))..)))))...(((((((.....))))(.....)((.((...)).))........................)))......(((((...............................)))))...((....))....))))))).((((.((((.((((((.((.........(((((((....(((........)))((((((((..((((.........((........((((.(((((((((((((((.(((((...((....))....)))))((((((....((((..((((....))))...)))).........))))))...((((....))))....))))).))......)))))))).)))).....)).......)))).))).)))))....(((((((....))))))).((((((((...((.((....)).))...(((((((((....)))).))))).....(((((((((((..((((((((...(((((.((((((.(((((((...((.....))....))))))).....((((((...))))))..))))))...((((((.....)))))).(((((..........)))))......)))))....)))..)))))....)))).))))))).)))))))).)))..)))).........))))))))))))))))...)))))......(((((.....)))))...))))))).(((((((..........)))))))...........(((((..((....))..)))))...((((.(((..(((((...((((((..((..((....((((........))))))..))..))..))))...)))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))......))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((...)).)).)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((....((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((......))..))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((..(((......))).))))))))(...)((((.(((((((...((.....))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....(((.((((..((.........))..)))))))......))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((...)).)).)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((......)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((....((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.................))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.((((((...(.((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))..))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..))))))))....)....(((((((.((((((((((......))..))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))......(((.(((((((...((.....))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....(((.((((..((.........))..)))))))......))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((.((...)).)).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(...((((((....))))))....).)))).....((....)).....((......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((....((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))..........(((((((.((((((((((......))..))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.(.((.....)).)..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....(((.((((..((.........))..)))))))......))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((....((...))....)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.((((......((((((.....))))))...)))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((......))..))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.....))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(((..(((.................))).)))......))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((..((((((((..(((.((((........(((((.((((((((.((((((......(((((((((...)))))))))..((((((((.......((((.....(((.((....)).))).....)))).......(((((((.......((((((((((.((((....((((((..((((((((......((((..(((((..(((((((((((.(((..((...((((....))))..)).))).))))))).))))..)))))...))))...(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))..))))))))...((((.((((..((((.......))))....))))....))))....)))))))))))))).........))))))..((....)).......))))))).(((((((((.((....)))))...))))))((((((((((((..((((.......((((.(((((((((.......))))))))).))))...(((.(((((((..((((..(((((.....(((((....((....))....((((((((...(((((((........(((((..(((......))).......((.....)).)))))...((....)).)))))))..)))).))))..))))).....(....).)))))))))...))))))).)))...))))..((((....((....))..))))....)))))).)))))).)))))))).))).))).((....)).)))))))).))))).(((((((..((((....))))...))))...((...((((((.((((.((((..((((((((((.(.((((....(((..(((...)))..)))....)))).)))))....))))))....((((((....)))))).(((.((.((....)).)).))).....))))..)))).))))))((((((.((((..(((((((((((..((((((((...(((((.((((((.(((((((...((.....))....))))))).....(((((.....)))))..))))))...((((((.....))))))..((((..........)))).......)))))....)))..)))))....)))).)))))))))).).)))))).....)).....))).)))).)))..))))))))((((...((((.(((((.....)))))..((((((((....(((.((((.((.......(((((....((((((((((..((....))..))))..........)))))).(((....)))....)))))....((((........))))..)).))))...)))...))))))))...))))..)))).........((((((((((....))))))))))......))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................((.(.(.(.((.(....(((.(....(......(....)..............).....(.(..((.....(.(.(....((...........))......................).).).((((((.(((...(((((.(.......).))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))..)).)...).....)...)))..)....((((((.....((....)).).)))))..))..)....((((....(...((...)).)......)))).(((..(((......(...)........)))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))........)...............((.....((.....((((((((..(.(.(((.((((....(..(((((.....)))))..).)))).)))...))..))))...(((.((((...((.(((.((..(((.((((...(((......)))......)))).))).....))....((....))..))).))..))))..)))..))))....).)....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((.(((((............))))).))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.(.(....((.....(....).)).................)).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........((..(((......))).))))))))(...((.(..(((((((...((.....))....))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...((..((......(((..((....((....))....))....))).....))...))...))((.(..((.((((........)))).)).....).)).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...(((((...((((.(..(((..((...((.........))....)))))..)...))))...)))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))..........).)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................((..((.(.((.((.(....(((.(......................(......(..(....(..(((................)...........................))..)..)..)...((((((.(((...(((((.(.......).))))).)))...))))))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....))))))))..)............)...)))..)....((((((.....((....)).).)))))..)).).)...((((....(...((...)).)......)))).(((.((((......(...)........)))).)))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))....................).))((.....((.....((((((((..(.(.((((((((....(..(((((.....)))))..).))))))))...))..))))...(((.((((...((.(((.((..(((.((((...(((......)))......)))).))).....))....((....))..))).))..))))..)))..))))....).)....))(((((..((....(((.........))).))..)))))(((....((((((((((((.((.((((((........)..))))).))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(((((((....(..((.(....).))).............))))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........((..(((......))).)))))))).....((((.(((((((...((.....))....))))))).(((.(((((.....))))).....)))))))..))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...((..((......(((..((....((....))....))....))).....))...))...))((.(..((.((((........)))).)).....).)).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...(((((...((((....((...(((.................)))..))......))))...)))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))..........).). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((...(((((((..(((.((((........(((((.((((((((.............(((((((((...)))))))))..((((((((........((..........((....))..........)).........((((((.......(((((((((...................(((((((......................((....(((((...........)))))..))......................................(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))..))))))).)))))))))......................................................................................))))))..(((((((((.((....)))))...))))))(((((((((((...((((.......((((.(((((((((.......))))))))).)))).....(.(((((((..((((..((((...........................((((((((...(((((((........(((((...............................)))))...((....)).)))))))..)))).))))............(....)..))))))))...))))))).).....)))).............................))))).)))))).)))))))).........((....)).)))))))).))))).(((((((..((((....))))...)))).......((((....(((.(((....((((((.(((((((((((....(((........))).........(((((((.......(((((...(((((((....)))))))(((.((.((....)).)).)))..)))))....(((...((((.(((((((((....)))..................))))))...((((((.(((((((...((.....))....))))))).....(((((.....)))))..))))))......))))....)))..............)))))))..))).)))))))).....((((.........))))....))))))....))).)))....))))...))).)))).)))..))))))).((((...((((.(((((.....)))))..((((((((...............................((((((((((..((....))..))))..........)))))).(((....))).............((((........))))..................))))))))...))))..)))).........((((((((((....))))))))))......))))... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((..((((((((..(((.((((........(((((.((((((((.((((((......(((((((((...)))))))))..((((((((..(((.((((.....(((((((((((((.((((.......((.((......)))).....))))....(((....)))...............)))))))..(((((((((((..(((((((..((((((((.......)))))))))))...........(((((...((((((((((((((((...(((((.(((.....)))))))).((((.(((...((((((.(((((......)))))....(((....)))......))..)))).)))))))......))))....))))))...))))))...))))).................((((((......((....((...(((((((((.((....)))))...))))))...))..))....)))))).))))..)))))...)))))))))))).((((.....(((((((((..(((((((..((((..(((((......(((((...))))).......((((((((...(((((((........(((((..(((......))).......((.....)).)))))...((....)).)))))))..)))).))))...................)))))))))...)))))))........((((.......))))...)))))))))...))))..)))))))..)))))))).))).))).((....)).)))))))).))))).(((((((..((((....))))...)))).......((((.((.(((.(((....((((((.(((((((((((...((((........))))........(((((((.......(((((....((((((....)))))).(((.((.((....)).)).)))..)))))(((((((((....)))).))))).((((((.((((((........))))))..((...((((((.(((((((...((.....))....))))))).....(((((.....)))))..))))))...((((((.....))))))..)).)))))))))))))..))).)))))))).....((((.........))))....))))))....))).)))..))))))...))).)))).)))..))))))))((((...((((.(((((.....)))))..((((((((....(((.((((.((.......(((((....((((((((((..((....))..))))..........)))))).(((....)))....)))))....((((........))))..)).))))...)))...))))))))...))))..)))).........((((((((((....))))))))))......))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
|
|
UCUCAUGGAGAGUUCGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGUGGCAUGCUUAACACAUGCAAGUUGAACGUAAAAUGGUCUUUUAAGUGGCGAACGGGUGAGUAACGCGUAAGAAUCUGUCCUUGGGAGGGGAACAACAGUUGGAAACGUCUGCUAAUACCCCAUAGACUGAGGAGUAAAAGGAGGAAAUCCGCCCAAGUAGGAGCUUGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGAGGAAAUAGCUUACCAAGGCAAUAAUCAGUAGCUGGUCCGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCUUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCGCAAUGGGCUAAAGCUGACGGAGCAAUGCCACGUGAAGGUAAAAGGCCCCUGGGUCAUGAACUUCUUUUACCAGAGAAUAAAGCAAUGACGGUAUCUGGUGAAUAAGCAUCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGAAAUACAGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUUAUUGGGCGUAAAGCGUCUGUAGAUGGCUUUUUAAGUCUGCCAUAAAAUCCCAGGGCUCAACCCUGUACAGGUGGUAGAAACUAUAAAGACUUGAGUUUGGUAGGGGCAGAGGGAAUUUUCGGUGGAGCGAUAAAAUGCAUAGAGAUCGGAAAGAACACCAAUGGCGAAGGCACUCUGCUGGGCCAAUACUGACAUUGAGAGACUAAAGCUAGGGGAGCAAAUGGGAUUAGGUACCCCAGUAGUCCUAGCCAUAAACGAUGGAUACCAAGUGCUGUGUGAAUCGAUCCAUGCAGUGCUCUAGCAAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUACGUUCGCAAGAAUGAAACUCAAAGGAAUUGACGUGGGCCCGCACAAGCGAUGGAGCAUGUCGUUUAAUUCGAUGCAAAGCGAAGAACCUUACCAGGGCUUGUUAUGCCGCGAAUACUCUUGAAAGAGAGGAGUGCCCUAGGGAACGCGGACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGCCGUAAGGUGUUGGGUUAAGUCCCAUAACGAGCGCAACCCUCGUGUUUAGUUGCCAAUACUUAGUUUGGAACUCUAAACAUACUGCCGGUGUUAAGUCGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGCCCCUUAUGCCCUGGGCUACACACAUGCUACAAUGGACAGGACAAAGGAUUGUAAGUCCGCGAGGUUUAGAUAACUCCAAAAACCUGUCCUCAGUUCGGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCCGGUCAGCCAUACGGCGGUGAAUUAGUUCUCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACUAAAAGAGCUGGCUUUGUCCUAAGUCAUUUUUACCUUAACCACAAAGGAGGGGGAUGCCAAAGGCAGGGCUAGUGAUUGGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...[[[.))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((..(((..((((((((.....)))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.(((((...(((((((....)))))))....)))))....(((....)))....(((.....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((.(....)))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(..........)....))))))..)...(((((......(((((....................)))))))))).))))))))))..........(((.......((((...(((((((((((.(((((((((((.....(((((((...)))))))...)))))))))..)))))))).)...(((((((((.((((((((((((((((((((...(((......)))......))))))))))))....(..((....))))))))))))))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((........)))))))))))...((....)).....)))))).))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((..(((((.((...)))))))...))))))).....(((((.....))))).......)))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))))....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......((((((((((((........)))))))))))).....))))))....((((((((........))))))))...........)))))))))).))....((.((.(.((((((((((((((((((((((....((((((....((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))))))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((((.((..(((((.((((((((...(((((((((((((.(((.(((((.((((((((((((.........((((((.(((((((...(((((..((((((((.((..(((.((((..(..((((.....(((.((....)).)))......)))).....)..))))......(((.....)))((((((...(((((((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))..))))).....(((((((....))))..((..((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))).))..(((((((....((((...((((((((((....(((....((((......((((....)))).....)))).(((((((((...................)))))))))........)))...))))))..)))))))))))))))..))).))))))))))....))).......)))))).......(((.(((..(((((.......((((((((.......(((((.....))))).....))))))))..((((..((((....)))).)))).(((((((.........((((..(((......))).......((.....)).))))....((....)).))))))).))))).))).)))....)))..))...(((((.((......((((((((((....))..)))))))).((((.....))))...)).((..(((((((........)))))))..)))))))..))))))))..))))))))).........(((((....)))))..))).))))))...((((((..(((((....)))..))..))))))))))))))...))))..(((....(((((((....((((((....(((((....(((((....))))).....((....))..)))))..))))))...(((((((((....)))).))))).)))))))..((((......)))).......))).......))))).)))))))........((((((....)))))).....)))))))))......((((..(((...((((((.....))))))..)))))))....)))))))).....(.((.(((...(((((((.....(((((((....((....)).....)))).))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))...((((((.(((((((..........)))))))..))))))...(((((..((....))..)))))...((((..((..((((((((((.(((....(((((((.((((.......))))..)))))))....)))))))))))))..))..)))).....))).)).)..(((((((((....))))))))))))))))))))..) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).....(((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((.....))))).)))))......(((......(((((((..((....((((((.((((.....(((.((....)).)))......))))..................(((.....))).))))))...)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((.......))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...................))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))))))(((...(((((.....)))))...)))(((((...))))).............(((((.....)))))..((((((....................((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).))).................((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((........)))))))))))...((....)).....))))))))))))(((.....((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.(((((((.......((((........))))........(((((((......((((((.....(((((....)))))..((.((....)).)))))).))..((.((((..((((((.((...(((((.(((....)))..((((......))))...))))).....((((.(((((((...((((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....))))))).......))))))).)...(((((((.....(((.(......((....))........).))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((..((..((((((((((((....(.((((....((((..((.....)).)))))))).)...))))))))))))..))..))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.((((.((((((...)))))))))).))....(((((.......)))))...........................................................(((((((..((((.....(((.((....)).)))......)))).....)))))))...((((((((..(((((((.(((......)))((..((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..)).(((((((((................(((((((.......(((((((.(((((((((..(((..(((((((((())))))))..)).)))..((((((((((((.((((((((((.........(..(((((((.(((...((((((((.(.((((.((...((.((((((((.((((((((....(((((((....(((((((((.((....))))...)))))))((((.......))))..........((((((...))))))........((......(((((((((.......(((((.....))))).....))))))))..).....)).....((((((((...(((((((....(((((((((...(((...............))).......)))......))))))..)))))))..))))).))).................(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((.......))(((((..(((((((((((.((())).)))))))))))...((....)).....)))))((.....))((((.(((((....)))))..)))).........(((((((())(((....)))......)))))).......))))))).............)))))))))).))))))...))..)).)))).).)))))))).))).)))))))..).....)))..))))..))).))).)))))))))....)))))))).)))))))).)))))))....(((.......)))((((((((...((((........))))....)))))))).......((((..((((.(...(((((...((((((.....))))))..)..))))....)...))))..)))).....((...(((((((.....((((((((((.((....)))))..)))).))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....))))....((((((.(((((((..........)))))))..)))))))))))))))((((..........(.((((.((..((..((((((((((((.(..(.(((((((.((((.......))))..))))))).)..)))))))))))))..)))).)))).).....)))))))(((((((((....)))))))))))))..)))))))) |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.............((.....)).........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)....(((....)))................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(..........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))).))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((..(.((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))..(.(......).)))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((...(.......)))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))....))...))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((.....(((..((.....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((...(((.....)))...)))))...............(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)..............................)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((.(....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((......(.(.)).......))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...((((((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))).))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..(((((((((.......((........))..........(((((((......(((((((..(((((((....))))))).(.((....))).))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((............))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).)).)))....)))))))...)))))))....).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))...))...))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((....(((...((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...))))(((((.(((((...)))))))))).......(((((.[[[[[.)))))..]]]]]...................(((((.........(((...(((((((..(((((((((((..((((.....(((..........)))......)))).....)))))))......(((.....))).......))))..)))))))((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..))).((((....)))).....))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))).((((.((((((....)))))).....[[[...))))....]]]..(((.....[[[[)))...((((....)))).....]]]].(((((((((..........[[[......)))))))))....]]](((((..[[[[[[[.....)))))......]]]]]]]((((....)))).............((((..[[[[[)))).......]]]]].....((((((((.......(((((.....))))).....))))))))..((((..((((....)))).)))).(((((((....((((((((...(((......)))......)))))))).........[[[[.......)))))))..]]]]................(((...[[[[[[[.......[[[[....)))..]]]]....]]]]]]]..........((((((..(((((((((((........)))))))))))........[[[[[[[[))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..]]]]]]]].....(((.((((((((.....))))))))..[[[[.)))....]]]]..........(((((........[[[[[....(((((....)))))....)))))......]]]]].....((((((...((((....))))(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....[[[[((((((((...((((........))))....))))))))))))))............]]]]...(((((((((((.....))))))..[[[[))))).....]]]].................(((((((((((....))))..(((...[[[.....)))..]]]......)))))))(((.[[[[[..(((((((........))))))))))..]]]]]...(((....[[[[[[[...)))....]]]]]]]...(((((...(((((............)))))....)))))....((((((((((........(((((((.((((.......))))..)))))))[[[[...))))))))))..]]]].((((.........[[[[((((((((((....))))))))))..))))..]]]]. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((.(((((.((((((...))))))..((....)).(((((.......)))))..(((........))).(((........)))..(((.((.....)).)))..))).)).))).)))))((((.....(((.((....)).)))......))))....(((....))).((((((((..((((((((((...((((((((((((.((((((((..((((((((.......)))))))))))..))))).((.((((((((....))))...)))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....)))))).((((((....(((.....)))...))).)))((((......((((....)))).....)))).(((((((((...................)))))))))..(((....)))..(((((((((.((....))))...))))))))))))))))....))).......)))))).......(((.(((..(((((.......((((((((.......(((((.....))))).....))))))))..((((..((((....)))).)))).(((((((((..((((((((...((........))......)))))))).....))....((....)).))))))).))))).))).)))..((((((.((((.(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........((...)).(((((((((((........)))))))))))(((((...((((((((........(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..))))))))....(((....))).((.(((((((.((...(((((..(((.(((((.(..(((....))).)))))).)))..))))).(((((....)))))..((((((.((((.((...(((((.(((((((((((((((....)))).)))))....(((.((((.(((..((......)).))).))))))).((((((((...((((........))))....)))))))))))))).)))))..))..((((..((((..((((((.....)))))).))))))))...)))))))).))))))))))).))..(((((((.....(((((((....((....)).....)))).))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))...)))))..(((((((..........)))))))...)))))))))).(((((((((((..((((((((...........((((((((((.(((....(((((((.((((.......))))..)))))))....))))))))))))))).))).)))..)).)).)))))))(((((((((....)))))))))))))..)))))))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.((((((...)))))))))).......(((((.......)))))..................((..((..................((((((((.........(((((((..((((.....(((.((....)).)))......)))).....))))))).....(((((.............((((..[[[[[[[[((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..((((((((....))...))))))....(((((.((.......))))))).[[[))))..]]]........((....((jjjjjj....jjjj...jjjjjjjjjj....jjj............))bbbb))..BBBB.....)))))(((((((((...................)))))))))........JJJ...JJJJJJ..JJJJJJJJJJJJJJ.........]]]]]]]].................((((.....))))...................((<<((......kk((((dd.....))))..kkkk))..))............KKKK....((((....DD((((KK..((((((>>.......................))))))...........((....)).)))).....))))......................((((((........((((.........)))).....))))))..................(((((((((((........))))))))))).......))))))))...............((((.(((((....)))))..))))..............(((((((....((((((..(((((((......((((....((.(((.((...(((..{{)))cc))))).))ffff)))).(((((....)))))....((...(((....FFFF(((....((((.....ii((.ggg))(((((.(((....)))..((((......))))...))))).........((((((((...((((........))))....))))))))))))eeee)))....EEEE(((..((((..((((GGG....II)))).)))))))...CC)))}})).....))))))).....(((((((.....(((((((....((....)).....)))).))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))))..................hhhh))aa))(((((((((((.((....(((((((.((((.......))))..)))))))....)))))))))))))..AA..HHHH...............(((((((((....))))))))).............. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.((...((...)).)).))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((....)))....(((.....))))))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...))).....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...((.((....)))).)))).....(((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(..........)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).....................................(((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))).))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))......((((((..((...((((.........))))))..))))))..((.......(((((((.((((((((((((......))))))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))...........((((..((((...(...))))))))).....((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).).................((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((.(((.....).)).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))))......................))))))....................(((((((....((((..((.((.((....))))...))...))))....)))))))............((((((........)))))).....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((...((((((....((((..(((...))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(..(((..((((((.(...)..((((((((((.((((((((.......)))))........(.((((((...)))))).)....................((((((..(((..((((((((.(((.(((.((((((....)))))).)).).)))....((((....))).)..(((....).)))))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...)))..((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)).........((((...(.(((....)))).)))).......)))...(((....((((((....))))))...))).((((.(((((...(..........)....))))).))))...((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))..)))))).......................(((((((.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))).)....(((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).))...)))).)))))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))...........((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))....((...((((.(((((....)))))..))))..))....((((((.((((.((....))..((.((((....((((..((((...(...)))))))))....((((.........(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))))))))).)).)))).)))))).(((((.((....))...((((......))))..)))))......((....((((((.(((((((.....))).))))..))))))...((.(((((.....))))).)).....))..(((((.....)))))......................................(((((((....(((((.((..((((....))))...))..)))))....)))))))....(((((.((((((((........)))))))....))))))..........(((((((..........))))))).....))))......((((((((((...........((((.(((..((((((((((((.(.(((((((....((((..((.....)).))))))))))).)))))))))))))..))).))))..)).)).))))))..((((((((....)))))))).)))))).))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((.(((((.((((((...))))))...........(((((.......))))).................(((........)))..(((.((.....)).)))..))).)).))).)))).((((.....(((.((....)).)))......))))....(((....))).((((((((..((((((((((...(((((((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))).((((((((((....)))...))((((......)).))(.....)(((((((.((((....))))......((((((....))))))..(((((....(((.....)))...))).))....(.........).))))))).....((...(((((((((...................)))))))))..))....))))).(((((((((.((....))))...))))))))))))))))....))).......)))))))...((((((....).............((((((((.......(((((.....))))).....))))))))......................................(((((((...((........))......)))))))...........(((...(((.....)))..))).......................(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((..(..(((((((((((........))))))))))).((((......)))).)..)))..((....((((.(((((....)))))..))))...))...(((((((..(((((....)))..))..)))))))....(((((..(((.((((.((..(((....))).)))))).)))..))))).(((((....)))))..(((((..((((......(((((.(((((.(((((((((....)))).)))))....(((.((((.((...............)).))))))).((((((((...((((........))))....)))))))).))))).)))))......((((..((((..((((((.....)))))).))))))))...)))).))).))....))))).....(((((((.....(((((((....((....)).....)))).))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))...((((((.(((((((..........)))))))..))))))...(((((..((....))..)))))...((((..((..((((((((((.(((....(((((((.((((.......))))..)))))))....)))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))))))..)))))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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NanoFolder
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((....((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((......)))).)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((....)).....((.......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((....((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((..........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)))(((((.....((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))).)...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....))...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))).)))((...(((..((((....))))...))))).))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(((...).))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((....((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((...........)).)))((......(((......((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((.......)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...(.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((...(..........)....))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))).)...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((((((((((((....)))(.((((......))))).))))))(...)((((.(((((((..(((..((......))))..).)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((....((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((.((......)))).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....((....)).....((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((....((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((..........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......))((((((.....((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))).)...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.(.((..((......)))).)..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((....((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((...........)).)))((......(((......((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((.......)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...(.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((...................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))).)...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).))))))(...)((((.(((((((..(((..((......))))..).)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).)).))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((....((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((..((((((((.((((((.((((((((.....(((.(((....(..((.((...........)).)))((......(((.......((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((.......)).)))))))..)).)))))).((((((.((...((((((((.......)))))))).))...))))))..(((((((......))...)))))))).(((((.(((...))..)))))).((((....)))))).))))))........((((((....((....)))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...(..........)....))))).......(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).))))))))))..........((((......((((....((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))).)...((((((((....((((((....((((((((...((........))......))))))))...........((....)).))))))...))))).)))..)))....))))....((((((....(...((((....(...)))))...).))))))..........((((((..((((((((((((......))))))))))))...((....)).....))))))))))))))((((...(((....)))....))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((..(((......))).))))))))(...)((((.(((((((..(((..((......))))..).))))))).....(((((.....)))))........))))..)))).).)).)..)))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...)((((...(((((((........)))))))......))))))))))......(((((..........)))))))(((....))).))))))..(....)....)))))))((((.(((..((((((.(((((....(((((.....((((..((.....)).)))).)))))...))))).))))))..))).))))...)).....((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((((((...(((((((((((((.(((.(((((.((((((((((((.........((((((.(((((((...(((((..((((((((....(((((((.((.((..((((.......(((((((((..(((.....((((((...(((..........(((.....))).(((..(((((((.......((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).))))))))))...)))..))))))...(((((((....((((...((((((((((....(((....((((......((((....)))).....)))).(((((((((...................)))))))))........)))...))))))..)))))))))))))))..........)))..)))).)))))...(((((((.(((............(((((...........)))))..(((((((..((((..(((((..(((.((((.....((((...(((....)))..)))).(((((((.........((((..(((......))).......((.....)).))))....((....)).)))))))..))))...)))...((....)).......)))))))))...)))))))...)))))))))).))))..))...)).)))))))....((..(((((((........)))))))..)).......))))))))..))))))))).........(((((....)))))..))).))))))...((((((..(((((....)))..))..))))))))))))))...))))..(((....(((((((....((((((....(((((....(((((....))))).....((....))..)))))..))))))...(((((((((....)))).))))).)))))))..((((......)))).......))).......))))).)))))))........((((((....)))))).....)))))))))......((((..(((...((((((.....))))))..)))))))....)))))))).......(((.((...(((((((.....(((((((....((....)).....)))).))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))...((((((.(((((((..........)))))))..))))))...(((((..((....))..)))))...((((..((..((((((((((.(((....(((((((.((((.......))))..)))))))....)))))))))))))..))..))))..)).))).......(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((.(((((.((((((...))))))...........(((((.{{{{{.)))))..}}}}}..........(((cccccc.c)))..(((...........)))..))).)).))).)))))((((.....(((..........)))......)))).((((((.[[[))).aaaaaaaa..aaa(((((((...(((((((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))).((((((.(((....)))............(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....)))))).((((((....(((.....)))...))).)))...........................(((..(((((((((...................))))))))).)))...)))))).(((((((((.((....))))...))))))))))))))))....))).......))))))).(((bbb..bbbb......))).....((((((((.......(((((.....))))).....))))))))...........]]]....)))................((((((((...(((......)))......)))))))).........((((...(((<<<<.)))..))))........CCCCCCC.......(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((..((((((((((((.....).))))))))))).((((......)))).))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))......((((....(((....)))......)))).......(((((.((((.((((.((..(((....))).)))))).))).)))))).(((((....)))))>>>>.....((((......(((((.(((((((((((((((....)))).)))))....(((.((((((......)))...........)))))).((((((((...((((........))))....)))))))))))))).)))))......((((..((((..((((((.....)))))).))))))))...))))....BBBB....BBB......(((((((.....((((((((((.((....)))))..)))).))).....)))))))...((((((..(((((((.(.....)))))))).....))))).).((((((.(((((((((.....)).)))))))..))))))...(((((............)))))...((((......((((((((((.(((..(.(((((((.((((.......))))..))))))))...)))))))))))))......))))..............((((((((((....))))))))))AAA..AAAAAAAA |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.................)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....)).................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))).)...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((..((((((((((((......))))))))))))...((....)).....))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((.....(((............))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((.((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.....(......)....)).((......(((......(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....((....)).................)))))))..)).)))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...((((.(((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))).....((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((........(((((..(((.(((....))).)))...((....))..)))))....(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((((((((((...((............))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((......((((.....(((..(......)..))).)))).....))))..))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((((((...(((((((((((((.(((.(((((.((((((((((((.........((((((.(((((((...(((((..((((((((.....((((((((((...((((.....(((.((....)).)))......)))).((((((.(((..(((((((........(((((((...(((((((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))..))))).....(((((((....))))..((..((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))).))..(((((((....((((...((((((((((....(((....((((......((((....)))).....)))).(((((((((......(....).......)))))))))........)))...))))))..)))))))))))))))..))).))))))))))....))).......))))))).....((((....)))).)))))))..((((((((.......(((((.....))))).....))))))))...........))).)))))).))))))))))..........(.(((((((......(((((.(.((((((.....((((..(((((..(((....((((((((.((((......)))).....((((..(((.(....)...)))..))))....)))))))).))).)))))..((..(((...))).))...))))...)))))))))))).))))))).)..))))))))..))))))))).........(((((....)))))..))).))))))...((((((..(((((....)))..))..))))))))))))))...))))..(((....(((((((....((((((....(((((....(((((....))))).....((....))..)))))..))))))...(((((((((....)))).))))).)))))))..((((......)))).......))).......))))).)))))))........((((((....)))))).....)))))))))......((((..(((...((((((.....))))))..)))))))....)))))))).....(.((.(((...(((((((.....(((((((....((....)).....)))).))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))...((((((.(((((((..........)))))))..))))))...(((((..((....))..)))))...((((..((..((((((((((.(((..(.(((((((.((((.......))))..))))))).)..)))))))))))))..))..)))).....))).)).)..(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................((.(....(.(....(((((.....(.(...(.(....)...............)....(....(.(....(.(......((...........)).........................).).(((.(..(((...(((((((.......))))))).)))...)..)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..).....).....)....)...)....((((((.....((....)).).)))))...........((((....(...((...)).)......)))).(((((((((......(....).......)))))))))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))...))))..............).)((.....((.....(((((.(((.(.(.((..((((.......(((((.....))))).....))))..))...)).)))..)...((((((((...((..((.((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....))..))..))..))))).)))..))))....).)....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....(((((((((((..(((((((................)))))))................))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((.(((((((....((((((..(((((((.(((...((((........)))).)))..(.(((((((......((.(.((....(...............)..............))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((.(..(((((((...((...(......).))....))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((...(..(.((....)).)..).....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((...(....).)))))))...........))))))............).)))))((((..(...((((((..((((......((((......((..((.....))...)))))).....))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))..........).)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................(..(((.(...((......(((.(..((.....))......).........(.(..((....((.((........(....(.((..))...................)....)........)).))((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.(((((((.........)))))))...)(((((.(((.....)))))))).).).)...).........))).......((((((.....((....)).).)))))..).....)..((((....(...((...)).)......)))).(((((((((...................)))))))))...(((((.......(((((.((.((....))))....))))).)))))........).)...........))((.....((((...(((((.(((.((..((((((((.......(((((.....))))).....))))))))...)).)))..)...((((((((...(((((((((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....(((((((((((..(((((((((((........)))))))))))................))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((.(((((((....((((((..(((((((.(((...((((........)))).)))..(.(((((((......((.(.((.....((..........).)...............))).)).(((.((((..(((((..(((((((((((.........(((.(((......))))))))))))....((.(..(((((((...((...(.......)))....))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...((.((((.....(((...(..(.((....)).)..).....))).....))))).)...))((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((...(....).)))))))...........))))))............).)))))((((..(...((((((((((((....(.(((.....(((....(......).)))..))).)...))))))))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))).........).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((...............................................................................................(((((((...............((((.....(((.((....)).)))......))))..........................................)))))))((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))........((....))...............(((.((.......))))).....................(((((......)))))..........................................((((....))))..........(((((((((......(....).......)))))))))......................................................................................................(((((((.......(((((.....))))).....)))))))....................((((...(((((((.........((((..((........))........(.....)..))))....((....)).)))))))..))))..................................................................................((..(((..((........))..)))..))........................(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....................((((...(((((((..............................................(((((....(((((....))))).....((....))..)))))..........................(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((((........))))....)))))))...............................((((((.....)))))).........................))))))).....(((((((.....(((((((....((....)).....)))).))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))).)))).....(((((((..........)))))))..............................................((((((((((.((.....((((....((...........)).....)))).....)))))))))))).........................(((((((((....))))))))).......))))... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((((((...(((((((((((((.(((.(((((.((((((((((((.........(((((.....((((...(((((..((((((((.((..(((.((((..(..((((.....(((..(....)..)))......)))).....)..))))................(((((((...(((((((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))..))))).....(((((((....))))..((..((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))).))..(((((((....((((...((((((((((....(((....((((......((((....)))).....)))).(((((((((...................)))))))))........)))...))))))..)))))))))))))))..))).))))))))))....))).......)))))))......(((.(((..(((((.......((((((((.......(((((.....))))).....))))))))..((((..((((....)))).)))).(((((((.........((((..(((......))).......((.....)).))))....((....)).))))))).))))).))).)))....)))..))...(((((.((......((((((((((....))..)))))))).((((.....))))...)).((..(((..((........))..)))..)))))))..))))))))..)))))))))....((((.(((((....)))))..)))).)))))...((((((..(((((....)))..))..))))))))))))))...))))..(((....(((((((....((((((....(((((....(((((....))))).....((....))..)))))..))))))...(((((((((....)))).))))).)))))))..((((......)))).......))).......))))).)))))))........((((((....)))))).....)))))))))......((((..(((...((((((.....))))))..)))))))....)))))))).......(((.((...(((((((.....(((((((....((....)).....)))).))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))...((((((.(((((((..........)))))))..))))))...(((((..((....))..)))))...((((..((..((((((..((.(((....((((..(.((((.......))))..)..))))....)))))..))))))..))..))))..)).))).......(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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CAAGCUUAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGUAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGAGAGUUUUUAACUCUAGUGGCGAACGGGUGAGUAAUACGUGAGAAUCUGCCCUUAGGAGAAGAAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAGUCUUCAUAUGCCGAGAGGUGAAAUAGUUUCAACUGCCUAAGGAUGAGCUCACGCCUGAUUAGCUUGUUGGUGAGGUAACGGCUUACCAAGGCCACGAUCAGUAGCUGGUUUGAGAGAACGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUCCGGGAGGCAGCAGUGAGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCUGACGGAGCAAUACCGCGUGAGGGAUGAAGGAUUUUGGUCUGUAAACCUCUUUUCUCAAGAAAGAAGUUCUGACGGUACUUGAGGAAUAAGCAUCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGGGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUCAUUGGGCGUAAAGCGCCUGUAGGUUGUUUAGUAAGUCUGUUGUUAAAGACCAGGGCUUAACCCUGGGAAAGCAAUGGAAACUACUAGACUUGAGUAUGGCAGGGGUAGAGGGAAUUUCUAGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUUAGAAAGAACACCGGCGGCGAAAGCGCUCUACUGGACCAUUACUGACACUCAGAGGCGAAAGCUAGGGGAGCAAAAGGGAUUAGAUACCCCUGUAGUCCUAGCCGUAAACGAUGGAUACUAGAUGUUGCGCAAUUUGUGCAGUAUCUUAGCUAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUACGCUCGCAAGGGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGGCUUGACAUACUACAAAUCUUUUCGAAACGAAAGAGUGCCUUCGGGAAUGUAGAUACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUCAUUUUUAGUUGCCAAUUUAUUGGGAUUUCUAGAGAGACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUAUGCCCUGGGCCACACACGUGCUACAAUGGCGAAGACAAAGAGUCGCAAACCUGCGAAGGCUAGCUAAUCUCGUAAACUUCGUCUAAGUUCGGAUUGUAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGUUGGAAUCGCUAGUAAUCGCUGGUCAGCUAUACAGCGGUGAAUUCGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGCUGGUCAUACCCAAUAUCGUUAGCCUAACCAUUCGGGAGGGCGGCGCUUAAGGUAGGGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...)))))).(((((((((.((((.((((((.(((((((((((....((.((.((((.....((((((...)))))).(((((..((((((.(((....((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...((((....))))...((((....)))))))))))..)).))))))....))).))))))(((((((.......)))))))..)))))..(((((.(((((((.........)))))))...)))))))))........(((((..((((....))))((........(((....)))))..)))))....))))...))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((...((....)).....)))))))))))).))))))))))...(((.((((((((....((((((..((((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))........(((...((((..(((..((((((((((.(((......)))....))))))))))....((((((.((((..(((...((((...((....((((...))))(((((...((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((((((((((((((...))))))))))))..((....))....))))))))))))))..)))))))))))...((((..((.....((...(((((.(((((((....(((((...((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((....((((((((.............))))))))))))).((.(((.(((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((((....)))).....))))))...((.(((((.....))))).))...)))))).)))))...)))))))..)))))))).))))))).......))))))).((...((((..........))))..(((.((((..((((((...(((....((((((.(((......))).(((((((........))))))).)))))))))...))))))..)))).)))..(((....)))..))...)))))..)))))))))).))..))....))..))))......))))))....)))..))))....))).))))...)....)))))))))))))))).))))))).))..(((((((.((....))....((((((((((....))))))))))..))))))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((((((.......................((((((...))))))......................((((((.......(((((((..........((((((....)))))).............((((....))))...............))))))).....)))))).............................................................................(((((............))))).............................(((((.................)))))..))))))).........................................................................(((((......(((((((................))))))))))))..........................................((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))..............(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((((((((((((((...))))))))))))..............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((........(((((....((((((...))))))..............)))))............................................((((......))))..................(((((((...((((....)))).....))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((..................((....))................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((........................................))))))))))))........................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((...((((...))))...)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((.........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((..(((((.((((((.(.....(((...........((...((((...))))...))...................(((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((....))................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((.((....)))).)))).)..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))..).)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((..(..........)...))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((...((((((.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((...((.........))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).))))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.((((((...)))))).......(((((.(((((((((.............((.((((((...)))))).))......(((((........((((((..((...(((((((.(((((.((.((((((....)))))).))..)))))....(((....)))((.......)).....)))))))..)).))))))........)))))((((((((.......))))))))..............(((((((.........)))))))....(((((.((.......))))))).((((....))))..........((......)).............(((.((((((.....(((...((((......((((....)))).....)))).(((((((((......(......)....))))))))).......)))....))))))...))).....................................(((..(((((((...)))))))..))).((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))).......(((....(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))....................)))))))...)))......................(((((((..((...((((.........))))))..))))))).................((((((((((((...))))))))))))..........))))))))).))))).........(((((....))))))))))).........(((((((((((((....))))...((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.(......(((((....((((((((.............))))))))))))).....((..((((.((((((.(((((((((((.((....)).(..(((......))).).)))))).....((((((((((((...((((....)))).....)))......((.(((((.....))))).))))))))))).))))).).)))))))))...))..).))))))).......))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))..............)))............)))))).((((..((..(((((((.((((......((((.((((..((....))..)))))))).....)))).)))))))..))..))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(....)..((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((...)))))).)))))......(((.......((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....)))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(.(((....)))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))))).))))...(((.....(.((((...(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...(((((((....((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))...))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((...)))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........((((...((((((......))))))((.((....)).)))))).....((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((((....)))).....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((.(.(((....))).).))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.((((((.((((((...)))))))))).(.(((((.(((((((((.............((.((((((...)))))).))(((...(((((.(((....((((((..((.(.(((((((.(((((.((.((((((....)))))).))..)))))....(((....)))(((.....))).....))))))).))).))))))....))).)))))((((((((.......)))))))).))).......((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))........(.(((....))).).....((....))((((((((.....(((...((((......((((....)))).....)))).(((((((((......((....))....))))))))).......)))....))))))..))((....))...................(((((((((..((((..(((((((...)))))))..))))((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))).(((((((((....((((((((...((((((((((.(((........)))..)))))))))).....)...((.(....))))))))))...)))).))......))).........(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........)))).((((((((((((((...)))))))))))).))..)))))))))))))).))))).)....((.(((((....)))))..)))).)))....((((((((((((((....))))((.((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.((.....(((((....((((((((((......))...)))))))))))))....(((.(((((.((((((.(((((((((((.((....))(((.(((......)))))))))))).....(((((((((((((..((((....)))).)...)))......((.(((((.....))))).))))))))))).))))).).)))))))))..)))))).))))))).......))))))).))..(((((((.....(((..((.(.(((....))).).))....))).....)))))))...........(((((((........))))))).......(((...(......(((((((..........))))))).....)..)))...)))............)))))))((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((....))..)))))))).)...)))).)))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))))........))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((...............(...)...........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)...(.(((...))))...............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(.(((....)))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((...)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((..(.((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((.(.....))).....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..........(...((...))...)......................((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))..(((((....))))...)...........)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...((.((....)))).)))))).)))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((...)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((((....)))).....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....))..))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))........ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((....((((.((((((...))))))))))...))).(((((.......)))))..((((....((((((...))))))..))))..(((.[[[[[[....)))..........(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...((((....))))...((((....)))))))))))....]]]]]]((((.(((((.[[[))))).))))...(((((....))))).]]](((...[[[[[[[)))......]]]]]]](((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).[[[[.)))..........(((.....)))...]]]].((((((..[[[[[[[.((((......((((....)))).....))))(((((....)))))..))))))..(((((..(((.....(((....)))..))).)))))......]]]]]]]......(((((((..((((((((((.((((..(((((((...)))))))..))))((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))).....((((((((((....((((..((((((((((.(((......)))....))))))))))...................(((((............((((...)))).(((....)))...)))))................))))....)))).)))))).....))))....((((((((((((...))))))))))))....)))))).....))))))).(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...(((((((...((((....))))....((((..[[[[[..[[[[))))....]]]]]]]]]...(((((((........(((((..((((((......)))))).............)))))....(((..((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((.....((((....))))..((((....))))...(((((.....)))))..)))))))))).)))))...)))))))))...)))...))))))).........(((.(((((((((...(((.....)))....(((.((((..((((((...(((....((((((((((......))))(((((((........))))))).)))))))))...))))))..)))).)))..)))).....(((.(((....))))))....))))))))....)))))))....((((..[[[[[[[.[[[[......[[[[.[[[[..))))......]]]]]]]].....]]]].]]]]]]]((((..[[[[[)))).........((((((((((....))))))))))..]]]]]...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..(((((((((.((.((((((.((((.(((((((((((....((.((...(((..((((((((...)))))).(((((.....(((((((....((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....)))....((((....)))))))))))..)).))))))(((.(((((....))))).))).....)))))))...))))).....((.(((((((.(......)))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....)))).......((.(((....))).)).))..)))..))))...)))).)))))))..((((..((..((((....)))).))..)))).(((((((((......((....))....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).)).))).(((((((...)))))))......((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))....(((((((.((((((.((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).......((((((....((((((....((((.....((((((((((((.((((..(((((((..(((...(((........))).)))..)))))))......((..(((((((.(((((((((((...)))))))))))...((....))....)))))))))(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..(((((((.((((.((((..((.((.((((...((((....((((........)))).......))))..)))).))...(((((....((((((((((......))...)))))))))))))......)).))))..)))).))))))).)))).)).)))).)))))).....))))......))))))...((((((((((.(((.((((....))))))).(((....)))((.(((((.....))))))))))))))))).((((.....)))))).)))))))).)))))).(((.((....))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...((((.((((((((((........)))))))....))).)))).((((((....))))))..)))))))..(((.(((....)))))).(((((((((((..(((((.........(((..(((((((.((((......((((.((((..((....))..)))))))).....)))).)))))))..))))))))..)).)).)))))))(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((.....))))....(((.aa(((((.((.[[[[................(((((.....))))).(((((...(((((........((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...((((....))))...............)))))))..)).))))))...<<...)))))((((((((.......)))))))).)))))..>>....((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))..........................(((....)))......))..)))))...((((......((((....)))).....)))).(((((((((..................)))))))))..............(((((((((.........)))...)))))).......)))........((((..(((((((...)))))))..))))((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))..........((...(((((.....((((((((((.((........))....))))))))))...........((....))..))))).............................bbbbbb.........(((.........)))))....BBBBBB..........(((((((((((((((((((...))))))))))))..((....))]]]])))))))..AA....((((.(((((....)))))..))))..(((....((((((((ddd.............(((((((((((...((((........)))).)))....(((((((........(((((..((((.((.....))))))...((....))..)))))....(((.(((((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((...((((....)))).....))).........(((((.....)))))...))))))))).))))).)).)))))))..)))))...)))))))......)))))))).....(((((((.....((.......ee((....))eeeeee...ee))...cc)))))))...........(((((((........))))))).....CC.EE...EEEEEE..((((((EE........))))))........)))..DDD{{{{{..........)))))......(((..(((((((.((((......((((.((((..((....))..)))))))).....)))).)))))))..)))..............}}}}}.(((((((((....))))))))).........))).. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((((...))........................................(.(((((.....))))).)....................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...)))).....((....)).......((....)).)))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...)))).....((((.(((.....)))))))...(((....))).................(((((...(.(((....)))).)))))..(((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...((....)).......)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)).........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((.......(((((((.(((((((((((...)))))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))...........((((..((((...(...)))))))))....(((((((.......(((((((.(((((((....)))))))..(((....))))))))).)..................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((((..)))).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))))...................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((...))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((..((...(((((((.(((((((((.......((.(((((...(((.((.((((((...)))))).))..)))...(((((((....((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....))).....(((....))).)))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.(......))))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...(((((.........((((...((((((((.(((.....)))..(((((((.((((..((..((((....)))).))..)))).(((((......)))))..(((..(((((....(((...(((....)))...))))))))..))).))))))).(((((((...((.(((.((..............(((((...))))).((((((.((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))....((.((((.((((((.(((...((((((((((.(((........)))..)))))))))).......((((((....((((((....((((.....((((((((((((.((((..(((((((..(((...(((........))).)))..)))))))((....))..(((((((((((((((((((...))))))))))))..((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..(((((((.((((.((((..((.((.((((...((((....((((........))))..))).....)..)))).))...(((((....((((((((((......))...)))))))))))))......)).))))..)))).))))))).)))).)).)))).)))))).....))))......))))))...(((((((((..(...((((....)))).....)...........(((((.....)))))...))))))))).((((.....)))))).)))))))..))))))..)))).))...(((((...)))))..(((.....)))....)))))).)).))).))...)))))))...))))))))....))))......))))).))))))).)))))..))....))))))))).(((((((..........)))))))...))))))).(((((...(....)...)))))...((((..((..(((((((.((((......(((..((((..((....))..)))).))).....)))).)))))))..))..))))..))...........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((...)))))).)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..)))))).....((....))......((......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((....((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(....).))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((...)))))).)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))......((......)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((....((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(.........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.((((((...(.((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..))))))))....)....(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))....(((...(((((((...((.........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((...)))))).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..)))))).....((....))......((......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((....((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((.........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((...)))))).)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))......((......)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...(.((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(.........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((....(.((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((.........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((((((..(((.(((.....((...(((((.....))))).(((((.....(((((((....((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....)))................)))))))..)).))))))(((.(((((....))))).))).....)))))))...)))))..)).((.((((((((....))))...)))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).(((....)))......(((....)))....))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((......((....))....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..((((..((((((.....))))))..))))((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))..))))(((((((((.((.((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....((....((....))((((..((.........(((.....))).(((....)))))..))))....))..........)))).)).)))).)))))..((((((((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...(((((((((((((.....((.((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((..((((((......))))))...((....))..)))))....(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((.....((((....))))..((((....))))...(((((.....)))))..))))))))))..)))).)).))))))..))))))...))))))).......)))))))...)).)).........(((((((..(((.((((..((((((......((.......))(((((.((((...(((((((........))))))))))).)))))...))))))..)))).)))..(((....))).)))).))).....)))))).((....))...)))))))((((..((..(((((((.((((......((((.((((..((....))..)))))))).....)))).)))))))..))..))))..)))))........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((.......(((((((.(((((((((...(.((((.(((((...(((....((((((...)))))).....)))..((((((((....((((((..((.(.(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....)))(((.[[[[))).]]]]))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))..(((((((.(......))))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...(((((.........((((.((((((((((.(((.....)))..(((((((.((((......((((....)))).....)))).(((((......)))))..(((..(((((....(((.(.((({{{.))))..))))))))..))).))))))).(((((((}}}...(((................((((((...))))))(((((((((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))).......((((.((((((((((...((((((((((.(((.(.....))))..)))))))))).......((((((....((((((...(((((..(((((((((((((((.((((..(((((((..(((...(((((...)).))).)))..)))))))..........(((((((((((((((((((...))))))))))))..............)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..(((((((.((((.((((........((((....(((((..((((........)))))))))........))))....(.(((((....((((((((.............))))))))))))))........))))..)))).))))))).)))).)).)))).)))))).).)))))).)....))))))...((((((((((((((.((((....))))))...)))......((.(((((.....))))))).))))))))).((((.....)))))).)))))))).))))))..))))......(((((...)))))..(((.....)))...)))))))....)))......)))))))...))))))))..))))))......))))).)))))))))))))..))))).))))))))).(((((((..........)))))))...)))))).)(((((....<<<.....)))))...((((.(((..(((((((.((((......((((.((((............)))))))).....)))).)))))))..))).)))).....>>.>......(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((...))))...)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....)).................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((.(((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((............))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((.(((...((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((...))))...)).((......(((.......((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))((.....(..((((......((((.(.(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))..)...((((((((....))))....................((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((.(((....))).))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((.........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........))))))))))))...))))).....((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((..................................................................................................................................(...........).........((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...))).))....((((((.....((....)).).)))))..)))))))..((((.(((.....(...)...)))...)))).(((..((((...(.(....).....).))))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....(((....(((.(((((((.(.(((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))...))))))))...(((((((....(((.(..((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....))..)..)))...)))).)))...)))....)))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((.((((.)))).)))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((..(.....(................)..............)...)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((.(..(((((((...((........)).....))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......(..(...((.........)..).).)........))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((....((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((..((.(.................................................(.............)....).)).(..((.....((.(.....((((..(...((....))................)...))))......).))..((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....)))))))).).).).......)))...))).))....((((((.....((....)).).)))))..)))))))..((((.(((.....(...)...)))...)))).((..(((((...(.(....).....).))))).....))(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((.(((((((.(.(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))...(((((((....(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))...)))).)))...)))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((((...)))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.......((((..........))))...................)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......)))))))))))).....((((.(((((((...((........)).....))))))).(((.(((((.....))))).....)))))))..))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....(((...((...((.....))..))..))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))))).))..... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.((((((..((.(((((.(((((.((((((.((((..(((.(((..........((((((...))))))...(((................((((((.......(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....)))................))))))).....))))))..............(((((((.......)))))))..))).......((.((((((((....))))...)))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).((......))......(((....)))....))))..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((......(......)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))..)...(((((((.........(((((.((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))(((..((((((((((.((.((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....((....((....))((((..((.........((((...)))).(((....)))))..))))....))..........)))).)).)))).))))))..))).(((((((.(((((((((((...)))))))))))...((....))....))))))).))))).....)))))))...))))).)))))).(((((...((((((...........((.(...(((((((.......((((........))))........(((((((........(((((..(((..((.....)).)))...((....))..)))))..........(((.((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((((((.......((((....)))).................(((((.....)))))....)))))))).))))).).))))))))..........))))))).......)))))))....).))..................(((.((((..((((((...(((....((((((.(((......))).(((((((........))))))).)))))))))...))))))..)))).)))............................................)))))).......((..(((((((.((((......((((.((((..((....))..)))))))).....)))).)))))))..)).....................(((((((((....)))))))))........))))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((..((((.((((((.((((.(((((((((((..(((......((((....((((((...))))))..))))......))).......(((.((....(((((...((((((......((((((....)))))).....(((((((..(((....))).............((((((..(((.(((.......((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).))).)))...))))))..))))))).)))))).....)))))....)).))))))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((......((....))....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..((((...(((((.....)))))...))))((((((((..((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...))))))))..))))((((((((..((.((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....((....((....))((((..((.........(((.....))).(((....)))))..))))....))..........)))).))..))).)))))..((((((((((((.(((..(((((.....)))))..)))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...(((((((((((((....((((((((.......(((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((..((((((......))))))...((....))..)))))....(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((...((((....)))).....))))))...((.(((((.....)))))))....))))))..)))).).)))))))..))))))...))))))).)))).(((.((((...(((((...(((.....)))....(((.((((..((((((......((.......))(((((.((((...(((((((........))))))))))).)))))...))))))..)))).)))..)))))..)))))))....))))..)))))).((....))...)))))))((((..((..(((((((.((((......((...((((..((....))..))))..)).....)))).)))))))..))..))))..)))))........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
AAUUCCAUUACUUGUAUAAACAAUCGUUGGGUUUUAUUCUGGCUCCGAGUGAACGCUGGUAACAUAUUUUAACACAUGCAAAUCGAACGAAAAGUAAAUUUACUUUAAGUGGUGACCUGGUGAGUAGUAUAGGAGAAUUGAAGUGUGGGUUAGGCUAAAUUCCUAAAAUUAUUAAAAAUAAAAGAUUUAUAUCGCCUACAAUAGAGCUUCUAAAGGAUUAGGUAGUUGUUGUAGUAAUUAUUCAACAAGCCGACGAUGCUUAGCUGGUUUGAGAGAAUGAUCAGCCACAUUGGGACUGAAAACGGCCCAAGUCUUCUAAAAGGGCAGCAGUGGAGAAUAUUUGACAAUGGGCGAAAGCUUGAUCGAGUAAUGUUACGUGGGUGAUCAGAAGGCUUAAUUGCCGUAAAACUCGUUUCGUCAAGGAUUAUAAUGCAAUCGUACUUGAAGGAGAAGCCCUGACUAACUUCGUGCCAGCAGUCGCGGUAAUACGGAGAGGGCGAGUGUUAUUCGCAUUGACUGGGUGUAAAGGGUGCGUAGGUGGUUUGUUAAGUUUCAAAGUAAAUGUUAAACAUAAAGUUUAAAGGCUUUUUAAUACUAACAGACUAGAGUUUAUUAGAAGAUAGCUGAACAUUAAGUGUAAAGGUGAAAUUUUUCGAUAUUUAAAGGACAUGCAAUAGGCGAAGGCUGCUAUCUAUUUUAAUACUGACACUGAGGCACAAAAGCAUAGGGAUCAAACAGGAUUAGAGACCCUGGUAGUCUAUGCCCUGACCGAUGAAUAUUGAUUAUACUGCGAGGUGUAAUUAAGCUAACGCGUAAAUAUUCCACCUGAGUACUACGACCGCAAGGUUAAAACUCAAAGAAACUGACGGAAGAUUGUAUAAGCGGUGGAGUAUGUGGUUUAAUUUGAUAUAACGCAAAGAAUCUUACCAACCCUUGAAUACAAGUUAUUUUAGCUGUGAUAAUGGAAUUUAUUUUCAUUCUCAUAAGCUCAUUAUAAGGAUCACCUGAGGAGGUGUAUCAUAUUGACUUGUACAGGUGCUGCAUGGUUGUCGGCAGUUCGUGUUGUGAAAUGUUUUGUUAAUUCAUUUAACGGACGUAACCUUCAGCUUUAUUUGUUUUUGAAAAAAUAGAGCAAUAUUAAUUUGAAAAUUAAUUGAGAGGAGAAGAAGUCAAAUCAUUAUGGCCUAUAUAGGUUGGGCUACACACGUACUACAAUGGUAAUUACAAUGUGAAGCGAAAAUGCGAGUUUUAGCUAAUCAUUAAAAAUUAAUCUUAGUUCUGAUUACUCUCUGUAAGUCGAGAGUAUGAAGUAGGAAUCGCUAGUAAUCGCAGAAUAGAAUGUUGCGGUGAAUAUAUUCUCAAUCUUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAAUUGGUUUGAUUAGAAGUGGUAUAGGCUCAGAUUCUGAUGUCUUUUAAUUUUUUUUAAAGUUAUCGCAUCUUGGUACUAAUUACGACAAUUAGAUUAAGGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCGGUAGGGGAACCUGCUGCUGGACAAAAUUUUUUUAAAGG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
............................(((((...[[[.))))).((((.((((((.(((((((((.....(((.(((..(((..((((((((((....)))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((..(((.......)))......(((...)))....(((....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).(((((((.......))))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((....))))).))))))).))))))..((((........((((....)))).....))))..(...(((((....(........)....)))))...)...(((((......(((((....................)))))))))).))))))))))..........(((.......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((.....(((((((((((((((((((...(((......)))......)))))))))))).....(..((....))))))))))....))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((....))))))))...((....))...))))))).))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((....((((((((((............................................................................))))))))))(((.((((..((((((((((..(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((.((((...))))..))))))).....(((((....))))).......))))...))))).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))))....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......((((((((((((........)))))))))))).....))))))....((((((((.......))))))))...........)))))))))).))....((.((((.((((((((((((((((((((((....(((((.(((((((((((..((((((((((.((......)))))))))))).)))).))))))))))))...))))))))))))))))))))))..))))..))....((((((((((....))))))))))...................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((....(((((...((((...((..((......))..)).....((((..((((((....((((((..(((((.(((.((..((.....))....((((((..((.(....)))...)))))).......)).)))..)))))..(((((.......)))))........))))))...(((....))).(((((..(((((((.....(((((((.(((((((((((((((....(((.....(((((((((.(((..(.((..((((....((((((.((((.(((((.(((....))))))))..((((...............))))..(((((((((...(((....))))).))))))).......)))).))))))...(((......)))......))))..)))..))).......(((((...(((((((((((....(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..((((((((((.(((((..(((((((....((((.(((.((((((((((.(((..(((((.....((((((.....))))))..)))))..)))..))))))))))..(((((((((((((((((......((((((((..(((.......)))..)))))))).............(((....))))))))))..)))))))..))).)))..))))....((.(((((.((.............)))))))))....)))))))..((((.......(((((((((((....)))))))))))............((((((((((.((((.....((((....))))...))))......((.(.(....).).))......)))))))))).))))))))).))).)))))))................))))...(((((((((....((((((((.(((((((.....))))))).)))).)))).........((((((((....))))).)))....))))))))))))))))))))).)))))))))..(((((...(((((.((......)).)))))...)))))......((((.(((((((((..........)))))))))....((((((........))))))..))))..)))............(((((((.......)))))))......)))))))))...))))))...(((((((.(((((....))))).)))..)))).......))))))))))))))..(((((((........)))))))....)))))....))))))..)))).........))))..((((..((((...........))))..)))).....((((.(((.(....(((((((((((.(..(((((.((((((.((((..(((((.((((.((.....)).)))).))))).)))).))).))))))))..))))))))))))...)))).)))).......)))))..(((((((((....))))))))))))................) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................(((((.......))))).((((..(((((.(((((((((.....(((......(((..((.....(((....))).....)))))................(((((((.((...(((((((.((((.......)))).....(((...)))...............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((........((((....)))).....))))......(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))............((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((......)))))))...((....))...)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......(.(((((..(((..((((....)))))))...((...............................................))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...(.....)....)))))))..((.(((((....))))).))..........)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((...(((..((....................................))..)))...)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((....)))................................................................((..((((((....))))))..)).....................................((.((((.......)))).............................))..........(..((((....))))...)((((((...........))))))..............(((((((.........)))))))....(((((.(((....)))))))).......................................(((....)))................................(........).............((.(((((((((.......))))...))))).))............................((.((((((((((...........))))))).)))....))........((((((..(((((.(((((((((.(....(((((.....((((((.....))))))..)))))......))))))))))..................................................(((((((...((.((.......((((.((((((((.......(((((.(((..............................))).))))).......)))))))).)))).)).))...)))))))(((((((((....)))))))))((((..........((((((((((...((((...((((....))))...........................))))....))))))))))...))))......................)))))..))))))...(((((((((....((((((((.(((((((.....))))))).)))).)))).........((((((((....))))).)))....))))))))).......................((((((.......((((...........))))..))))))..........(((((((((..........)))))))))...(((((((....)))))))...........................((((((.......))))))..........................(((...(((.(((((....))))).)))...))).......................(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))................................((((.((((.......)))).)))).........................(((..(((.............)))..)))................((((((........................))))))......((((((((((....))))))))))................... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.....((((.((.........(...(((((.......)))))...).....)).))))....)).....(((.(((..(((..((..((((((....))))))..)))))......(((.......((((((........(((((((((((.......))))).................(((....))).))))))......))))))........(((..((((((...........)))))))))...........((((((((....))))...))))))).(((((...........)))))(((((.....))))).))))))..((((((((((...(((((....))))).))))...........((((((((.....(((......)))...........(((.(((((.((............)).))))).)))...(((((......(((((.....((....)).......))))))))))....))))))))(((((..((((........((((.(.(((.((((((..((((..(((((.....((((((.....))))))..)))))..))..)).))))))...((((((..(..(((((((..................(((...(((((........)))))...)))....(((....)))))))))).)..))).)))...))))..))))....((((((....(...((((.........))))...).))))))))))..)))))....(((((((((((....)))))))))))((....))....)))))).....(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((..(..((((((.((((((((((....((((........))))........((((((......(((((((......((((((((.(((((((.....))))))).)))).))))........((..(((((....)))))..))......))))))).....((((..((((((.(....((((((...(((((.(........).)))))...))))))..........(((((((((..........)))))))))...(((((((....)))))))..............).).)))...)))))).......))))))...)).)))))))).)............((((....((.(((((....))))).))....)))).................(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))........)..)))))))))).))....(..((.(.((((.(((...(((((((((((....(((((..(((((.((((..(((((..((((((......)))))).))))).)))).))).)).)))))...)))))))))))...))).))))..).))...)....((((((((((....)))))))))).......((((...)))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((....((((....))))....)))((.........))...........................................((..(((((((())))))))..)).................................(((((((((((.......))))............................)))))))......(((((((....))))).))((((((.(.......).))))))((((((((......(((((((.........)))))))....(((((.(((....))))))))((((.......)))).......................((((....))))(((((.(((....))).....)))))....(((......)))...........(((.(((((((((.......))))...))))).)))....................(((..(((((((((((((((...........))))))).)))...))))))))...((((((..(((((((((((((((.(((..(((((.....((((((.....))))))..)))))..)..)))))))))))).................................................((((((((..((.((.......((((.(((((((((....(((((((.(((........((......))............))).)))))))....))))))))).)))).)).))..))))))))(((((((((....)))))))))(((((.........((((((((((...((((..(((((....)))).......................)...))))....))))))))))..)))))......................)))))..))))))(..(((((((((....((((((((.(((((((.....))))))).)))).))))....(((..((((((((....))))).))).))))))))))))).............)))))))).((((((......(((((...........))))).)))))).....(....(((((((((.(......).)))))))))...(((((((....))))))).....)....................(((((((().....)))))))........................((((...(((.(((((....))))).)))...))))......................(((((((........))))))).((((...(((.........(((((((.........))))))).......))).....))))((((.(((.....((((.((((.......)))).)))).....))))))).............((((.((((...........)))).)))).(((((((((.((((((.....)))))).......)))))))))..............((((((((((....))))))))))................... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((.....(((.(((..(((..((....((((....))))....)))))................((((((..((...(((((((.(.(().......).)...((.((...))))..............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((......)))))))..((((...))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......(.((((....)))).)...))))......(((((...(.(.).....)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))....).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........((((((((((((((((....)))))))))).((....))....))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((.....(((((((.............(..(((((.......)))))..)..................(.(............)..).......))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((.....))..)))))))....(((((......)))))......))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)).)))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(..................(((((.(...(..(........))).))))................).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((....))))...((((........[[[[[.))))......]]]]].........................................(((((..........[[[[..)))))...]]]]............(((.[[[[[)))....]]]]]..........(((((..(((....)))..(((((((((....(((((....)))))...)))))))))...)))))...(((((((............))))))).(((..((((((.((((.(((((.(((....))))))))(((((.....)))))....((((....(((((((...(((((....))))).)))))))...)))))))).))))))...(((......)))......))).((((.(((((((((.......))))...)))))..)))).(((((......(((((((((..[[[[[..)))...))))))))))).(((((.....)))))]]]]]..........((((.(((.((((((((((......(((((.....((((((.....))))))..))))).......))))))))))..(((((((((((((((((......((((((((.....((((....)))))))))))).............(((....))))))))))..)))))))..))).)))..)))).......(((((......((((.....[[[[))))...]]]]...))))).(((.......(((((((((((....)))))))))))............[[[[[[[[[[(((((.....((((....))))...)))))..........)))..............]]]]]]]]]].((((....((((........)))).......))))..(((((..[[[[[[[[[....((((((((.(((((((.....))))))).)))).)))).....)))))..(((((....)))))........]]]]]]]]]....(((((...[[[[[.)))))((((((...(((((............)))))...)))))).]]]]]....(((((((((..........)))))))))....((((((........))))))................((((((.(((((((.......)))))))..[[[[[.....)))))).......]]]]].........(((((...(((((((((........)))).(((((.(((....(((((((........))))))).))).)))))...)))))...)))))....(((((((.[[[[[[...))))))).............]]]]]]..((((.((((.......)))).)))).....((((((.....((((...))))[[[[[(((((......)))))..))))))((((((...((((((.....))))))......((((.......))))....))))))(((((((((....)))))))))]]]]]............... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.(((((((((....(((((((.((((.(((((.......((((..(((((((.....................(((.((..((((((....))))))..))..)))((((..........))))......(((((...(((((((((...(((((...................(((....)))..((((((((..((((((((....))))).)))))))))))...........((((...((((((((((.....(((((((((.((((((.((((.(((((.(((....)))))))).(((((...............))))).(((((((...(((((....))))).))))))).......)))).))))))...(((......)))..........)))).))))).....))).)).))))).)))).))))).)).))))))).))))).)))))))..)))).......)))))...((((((...)))))).((((((..(((.....(((((.(((((((..((((..(((..(((((.....((((((.....))))))..)))))..))).((((.((((....)))).))))....((.((..((((...))))..)).)).......((((((((((..((.((.......((((.(((((((((((((.(((.....(((..((...((......))...))..)))....))).)))).....))))))))).)))).)).))..)))))))))).((((((....)))))).....((....))...))))..))))))).))))).....)))..))))))........)))))))))))....))))))))).)))))))).((((((((..((((........)))))))))...((((((((((..(((((((((....((((((((.(((((((.....))))))).)))).)))).........((((((((....))))).)))....))))))))))))).((((((....)).)))).((((((...(((((.((......)).)))))...)))))).....((((..(((((((.(((((((((..((((......))))..))))))))).)))..))))..)))).(((((........))).)).....))))))(((.((((.(((.(((....)))..)))..)))).)))....((((((....(((((.......(((((((((.((((.(((....(((((((........))))))).))).)))).((((((..((((((.......((.((..((((((..((((...........))))..)))))).))))..((((.......)))).))))))..))))))..((((((((...)))).)))).))))))))).....)))))))))))((((((.((((((.....))))))))))))((((.......)))).........((((((((((....)))))))))).)))............... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................((((......))))...............................................((.......))..............................................................((((((...........))))))..............(((((((.........)))))))....(((((.((......))))))).....................................(((((....))))).............................(((......))).(((..((((.....(((((..................))))).......(((((......((((...((.......<<)){{{{{{)))))))))..}}}}}}...>>...................(((......(((((((((.((...(((((.....((((((.....))))))..))))).....)))))))))))......((((((((((((((....................................................(((....))))))))))..)))))))...........))).....((((((........((((.........)))).....))))))...............(((((((((((....)))))))))))((....))....(((((((((((((((.....((((....))))...)))))...........................)))))))))).........................................((..((((((((.....((((((((.(((((((.....))))))).)))).)))).........((((((((....))))).))).....)))))))))).....................((((((...((((..........aaa.))))AAA))))))..........(((((((((..........)))))))))....(((((......)))))............................((((((.......)))))).................................[[...[[..))))]])))]]..............................(((((((........)))))))....................((((((...........))))))..................................((.((((.......)))).)).........................................................(((((((((.(((((.......))))).......)))))))))..............((((((((((....))))))))))................... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................((.((...((((.(((((((((.((((((.(((((((((.....(((.(((....(..((.((.((.(....).))))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.......)))).......(...)......((......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((......((((((....))))))...))))...((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))..........(((((((.(((((((......)))))))...((....))...))))))))))))))).(((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))).)).(...(((((((.((..((.(((((..(((..((((....)))))))...((...............................................))..))))).))))((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.(.(.....).)..)))))))..(..(((((....)))))....)..))))..)))).).)).)..))))))))....))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..((((..((....................................))..))))..))))))...))))).))))))..))).)))))).))(...)((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))....... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((....(((((...(((....))).(..(((((((..(.(((..((((..(((((((..(((((...((.(((.((..(((.((..((((((....))))))..))..)))..))))).))))))).........(((((...(((((((((...(((((............(((((..(((....)))..(((((((((....(((((....)))))...)))))))))...)))))...((((...((((((((((.....(((((((((.((((((.((((.(((((.(((....)))))))).(((((...............))))).(((((((((...(((....))))).))))))).......)))).))))))...(((......)))..........)))).))))).....))).)).))))).)))).))))).)).))))))).))))).)))))))..)))).(((((.(((.....((((((...)))))).....)))...(((.((((((((....((((((((((.(((..(((((.....((((((.....))))))..)))))..)))..))))))))))..........((((...(((((.((....(((((..(((((.(((((((((((((((..((.....((...((((.(((((((((....(((((((..(((..((...((......))...))..)))......)))))))....))))))))).)))).)).))..))))))))))......((((..((((((((((((((........((((((((((.((((.....((((....))))...))))...........(....)...........)))))))))).))))))))))..))))..)))).))))).)))))....((((..(((((((((....((((((((.(((((((.....))))))).)))).)))).........((((((((....))))).)))....)))))))))))))...)))))...))))))).((((((...(((((.((......)).)))))...)))))).....)))).(((((((((..........))))))))).....((((((.((((..((((((((((...(((((((.........(((((((.......))))))).....(((((((....(..(((((...(((((((.(((((....))))).)))................(((((.(((....(((((((........))))))).))).))))).))))..)))))..).............((((((..((((...........))))..))))))..((((.((((.......)))).)))).....))))))).)))).....)))....))))))))))..)))).)))))).))))))))..)))..)))))..............))))..)))))))..)...)))))..(((((((((....))))))))))))................. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................(((..(.((..............))...(......................................(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((....)))))))).....)...............).......((((((....(((....))).).)))))...........((((.((..(.....(.).....)))...)))).((((..((((..................))))..))))..(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).....................)))((.....((((...(((((((((((.(.((..(.........((((((.....))))))....)....))...))))))))...((((((.....(((((((((..(.((((((((.(((......)))....)))))))).)......))....((....)).)))))))....))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((.....(((((((((((.(((((((......)))))))..............)))))))..(.(....(.(..((((....))))...).)...))......((((.((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.((((((......((...........................................................(...(((....)))..............)..))..((.((((..(((((..(..(.((((((.........((...((......))..))))))))....(.((..(((((((..............))))))).....(..(.........).....).)).)..)..)...)))))...)))))).....))))))...)...)))))))((...(((.(.(.....(.(..((..((((....))))..))....)..)....).).)))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....)))))).............))))..((((..(....(((((..((((.(....((..................(...(..(...(...............)......)).).)...).)...))))..)))))...)...))))..))))......)))(((((((((....))))))))).................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((....(((((..........((..((......))..))...........(..((((((.................((((((((..((((((....))))))...(((.(((..((((....(((((..((..((((.........((((.......))))...............................................................((((((((............(((((((((........(...((((....((((((.((((..((((.(((....))))))).((((.......))))............(((((((.....(((....)))...))))))).......)))).))))))...(((......)))......))))...)..............((((...(((((((........(((((......(((((.(((.((....)))))....))))))))))..(((((((((.........(((..(.....((((......(((((((((.((...(((((.....((((((.....))))))..))))).....))))))))))).......(((((((((((((......((((((((.................))))))))..............((....)).)))))))..))))))............)))).......(((((..................))))).......)..)))..(((.........((((((((((....)))))))))).((....))....((((((((((.((((.....((((....))))...))))...........(....)...........))))))))))..))).......)).))))))).......................(((((((((....((((((((.(((((((.....))))))).)))).)))).........((((((((....))))).)))....))))))))))))))))))))..))))))))).....(((..............(((((.....)))))........((....(((((((((..........)))))))))....((((((....))))))......))...................(((((((.......)))))))..))).))))))))..........................((((...(((((.................(((((.(((....(((((((........))))))).))).)))))...)))))...))))............................)))).)).)))))....)))).)))...))).........))))))))...........((((((((...)))).))))................)))))).)..((((((.((((((.....))))))))))))..................)))))..(((((((((....))))))))))))................. |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((....(((((..........((..((......))..)).((.(((....((.((((((........((.(((...((((((((..((((((....))))))..((((((((..((((.((.(((((.(((.(((((.(((((((((.((((...(((((..(((((........................(((((((((....(((((....)))))...)))))))))......(((((...(((((((((.(((..(.((..((((....((((((.((((.(((((.(((....)))))))).(((((...............))))).(((((((((...(((....))))).))))))).......)))).))))))...(((......)))......))))..)))..))).......(((((...(((((((((((....(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((((((..((((.(((((.((((.....((((.(((.((((((((((.(((..(((((.....((((((.....))))))..)))))..)))..))))))))))..(((((((((((((((((....(((......((((..((((....))))...))))......))).....(((....))))))))))..)))))))..))).)))..))))....))))..........((((.........)))).))))).))))...((((........(((((((((((....)))))))))))((....))....((((((((((.((((.....((((....))))...)))).......((......))...........))))))))))..)))).........)))))))................))))...(((((((((....((((((((.(((((((.....))))))).)))).)))).........((((((((....))))).)))....))))))))))))))))))))).))))))))).((((((...(((((.((......)).)))))...))))))..........(((((((((..........))))))))).........)))))...)))))...)))))....)))).))))....(((((((.......)))))))))))).(((..((((...........((((((((((.((((..(((....)))...)))).........(((((.(((....(((((((........))))))).))).))))).))))).....))))).........))))..))).........)))))))))))))..)))))).)))..)))))........))))))))....)))))..((((((((...)))).))))................))))))))..(((..(.((((((.....)))))))..))).))).))...........)))))..(((((((((....))))))))))))................. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold5
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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AUAUAAUAAAAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAAUGAACGCUAGUGGUUAGCUUAACACAUGCAAGCUAAAAUUUUUUAUUAGUUAUAAAAUUAGUAGCGAACGGGUGAGUAAUGCAUAAAAAUUAACCUUAAAAAAUUGUUAAAUACAUUUAAAAUUAAAUUGUUUUAAGAAAAGUUUAUGUAAGAUUAAGUUGUUGGUAAUUUAAUAGAGUACCAAGCUUACGAUCUUUAGUUGGUCUAUGAGGAUGAACAGCCACAUUGGAACUGAGAUACGGUCCAAACUUAAUUAAAAGGCAGCAGUGAGGAAUAUUGGGCAAUGGGUGAAAGCUUGACCCAGCUAAACCACAAGUGUGAUGAAAGUAAAAUACUUUAAAACACUUUUUUAAAAUAAAUAAUGAUUUUAAUAAAAUAGUCCUGGCUAAUUUCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAAACGGGAAGGGCAAGCGUUAUUCGGAUUAAUUGGGCGUAAAGAAUACGUAAGUUGAAAAUCCAAUUUUAAGAUAAAUUUUAAAGUUUAUUUUUAAUUAAUUUAAAAAAUUAAUUUUCUAGAGUUUAAAGAGAAGAUUAUAGAAUUUUAAGUGUAACGGUAAAAUGUUUUGAUACUUAAAAGAAUUUCAACAGCGAAAGCAGUAAUCUAAAAUAAAACUGACACUGAGGUAUUAAAGUGUGGGUAGCGAAAGGGAUUAGAUACCCUGUAGUCCACACCCUGACGAUAAGUGUUCAUUUUGGAGAUUCAGAAAUGUAGCUAACGUGUUAAACACUUCGCCUGGGAACUACGAUUGCAAAAUUAAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGACUUACACAAGCAGUGGAGCAUGUGGUUUAAAUCGACAAUCCGCGCAAAAUCUUACCAAUUUUUGUAUAAUUAUAAUUAAUUACAGGUGUUGCAUGGCUGUCGUCAGUCCGUGCUGUGAAGCGUUUGGUUCAUUCCAAUAAACGGACGAAACUCUUAUAUAUUUUUGAAUAUAAACUGCUAAAGAUAUCUUGGAGGAAGGUAAGAAUGACGUCAAGUCCUCAUGACCCUAAUAAAUUGGGCUACUUUCAUGUGCUACAAUAAUUUUUUCAAAAAGUAGCAAAAACGUGAGUUUUAGCAAACCUUUUAAACAAAAUUAUAUUCGGAUUAUUUUCUGAAAUUCGAAAAUAUGAAGUUGGAAUUGCUAGUAAUCGUAAAUUAGAAUGUUACGGUGAAUUUGUUCUUAAGUCUUGUACACACCGCCCGUCACGCUAUGGAAAUUCUUUUUGCUUGAAAAAUGUUUAACAAUUUUAUAGUAAAAGAAAAACUGGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAAAAUAAUUAAAUAUUU |
| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Alterna
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(seed)
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[ FASTA input ] |
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
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CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((........<<<<<)).........>>>>>....((((((.........)))))).........................((((((.(((((((......(((((((.......(((((((.............................))))))).....))))))).((((.((((..((((((...........))))))))))...))))......((((.((((((((...((((((..(((((.((.......))))))).............((((((...........((((....((((....))))..))))..........((((((....((((((...))))))...))))))..(((((((........)))))))............(((..{{{{...)))..............................................(((.......(((((((..............................................................................................((((((((((((((......))))...))))))))))...........((....))....................................(((((((.......((((........))))....)))))))[[...[[...[[[[[[.............((....))......))))))).]]]]]].]])))]]..............................}}}}.......................................................................((...(((((....))))).))..)))))).)))))).((((((((((((((....)))..((((......))))...))))))....((((...((((((((..............))))))))...))))...........)))))....))))))))))))................................(((((((....(((((..((.(((((....))))).))....)))))....)))))))..((((((((.........)))))))).........................(((((...........)))))............................)))))))..)))))).....(((((.(((((...(((((........)))))..)))))))))).........................((((((((((....)))))))))).................. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..((((((.((((...............................................(((.......))).............((((((.(....(((((((..((.(.((((.(((.((((.....)))).)).)............)))).))).)))))))((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....)))...))))..(...((((.(((.....)))))))..((((....)))).(((((..........(((((...(((((....))))).)))))......(((....))).....((((...))))...........(((((((............))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..................(.(((((.....(((((((.((((((((((((.((((((((((.....(.((((.....)))))...))))))))))..))))))))....(((((.((...((((((.(...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).....(.((....)).)))))))..))))).))...)))).)))))))..((((((((..((...((((........))))))..)))))))).........((((((.((((((((..))))).)))....(....).....)))))).))))).)..(((.(((((....)))))..))).......................(((.((......)).)))(((((..((((........)))))))))..........(((..((((((....))))))))).)))))..)...........((((((.((....))...((((......))))...))))))....(((....(((((....)))))...((.(((((.....))))).)).....))).(((((.....)))))..((((((.........))))))..................((((((....(((((.((..((((....))))..))...)))))....))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))..........(((((((.........)))))))..................((....)))))))))...((((.(((..(((.((((((((.(..(.((........)).)..))))))))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).).....)).)). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((.(((((((((.((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((.(....)....))))..)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((.......))))....((....)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((...))))))...))))..((((.(((..........).)).))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))........))(.(((.....((((...(((((((((((.(((((((((.(.....((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...(((((((.(...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((........))))...))))))))....)))..(((((((.(((((((((.)))))))))...((....))....)))))))))))((((......((((....))))....)))).))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))....(...(((((((..(..((..((....))..)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))).)))))))(...)((((.((((((....))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..))...)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((.(.(((((....(((((.....)).)))...))))).)))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).).....))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((...((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(...((....)...)...)..)))))......(((......(((((((..((...(((((((.((((.......))))....((....)).)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((...)))).....))))..((((...................))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).)).......(((((.....((((...((((((((((((.((((((((.(.....((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...(((((((.(...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((..((...((((........))))))..)))))))....))...(((((((.(((((((((.)))))))))...((....))....))))))).)))((((...(..((((....))))...))))).))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((..(..((.(((....))).)))(((.(((..(((((((.((((((((((((((....)))(.((((......)))))..))))))(...)((((((((((......)))))..((.(((((.....))))))).....))))).))))).).))))...))))))))...)))))))........)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((.(((((((....((((.......).)))...)))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).).....))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((((((((((.((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((.(....)....))))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.......))))....((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((...))))))...))))..((((.(((..........).)).))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)))(.(((.....((((...(((((((((((.(((((((((.(.....((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...(((((((.(...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((........))))...))))))))....)))..(((((((.(((((((((.)))))))))...((....))....)))))))))))((((...(..((((....)))))...)))).))))..((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((...((((........)))).)..(...(((((((..(..((..((....))..)))(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......)))))..))))))(...)((((.(((((......)))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..))...)))))))).)...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((.(.(((((....(((((.....)).)))...))))).)))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).).....))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((((((((((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(...((....)...)...)..)))((......(((......(((((((..((...(((((((.((((.......))))....((....)).)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((...)))).....))))..((((...................))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))........((((.....((((...((((((((((((.((((((((.(.....((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...(((((((.(...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((..((...((((........))))))..)))))))....)))..(((((((.(((((((((.)))))))))...((....))....)))))))))))((((...(..((((....))))...))))).))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((..(..((.(((....))).)))(((.(((..(((((((.((((((((((((((....)))((.(((......)))))..))))))(...)((((((((((......)))))..((.(((((.....))))).))....))))).))))).)).))))...)))))))...))))))).........))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((.(((((((....((((.......).)))...)))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).).....))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((......((....((.(((((..(((((((.........)))))))..((((((((....(((((((((.((((((.(((((((.((..((((......((((..(((((....(((.....))))))))..)))).....((((((((((((((((((((.(((......((((((.((.....)).))))))..(((((((..(((((.((((.((((((((..(((((((..((((.((((.....)))))))).............(((((.((((((....(((.((..(((((.((...)).)))))..(((((((((.((((....((((((...))))))...))))....(((((((........)))))))......((((((...(((((((.((((.....((.((......))))...)))).(((....(((......(((((((.....(((((((.(((((.......((((((((((....))))))))))..(((((((.....)))))))......(((((.((((((.......(((((((....((((((((((((((......))))...))))))))))...........((....)).)))))))....(((((..((((((......(((..(((((((..((...((((........))))))..)))))))..))).....))))))..))))).)))))))))))..))))).)))))))........)))))))......))).)))................)))))))...))))))..(((.....))).....)))))))))............)).)))..)))))).....((((((..((((....)))))))))).))))).)))))))((((((((((((((....)))..((((......))))...))))))....((((...(((((((((............)))))))))...))))...........)))))....)))))))))))).............(((.((((((((......((((((((....(((((..((.(((((....))))).))....)))))....)))))))).((((((......))))))........)))))))).)))....)))))..))))))).....))).))))).))))))).))))))))...))))...)))))))))..))))))..((((..(((((....)))))..))))...)))))))))))))))))...))))).))....))......)))((((((((((....)))))))))).......))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.(((((((.(((((((((((((((((((....((((((((.........)))))....(((.(((((((((....))))))))).))).((((((((((((((((((..............................((((((......)))))).......)))))..((((((((((..((((((.(((....)))))))))))))..))))))..(((.((((....)))).))).......((((.((((.....)))))))).(((......))).....(((.((((.((((.(((..(((((.........)))))))).......((((((..(.((((((...)))))))..))))))..(((((((........)))))))...)))).)))).))).......((((.....((.((......))))...)))).)))))))).((((((.(...(((((.....)))))..(((((((.......((((<<<<<<<<..))))>>>>>>>>..(((((((((...)))))))))(((((.(((((.......))))).)))))((((((((((((((......))))...))))))))))...)))))))...........((((..........(((.(((((..........))))).)))......[[[[))))....]]]]))))))).))))).)))....))))))))))))).))..))))..............(((...(((((((((((((....(((((((((......((((((((.((((.((((((.............((.(((((...((((((....)))).)).)))))))....(((((((....(((((..(((((....))))))))))....(((((((((....))).))))))....(((.((((.((((............)))).)))).))).((((({{{{{.)))))......}}}}}..............)))))))....)))))).))))((((((((.((....)))))......)))))((((((.....((((....))))))))))......))))))))(((((...(((((.((....(((((((((((((.........))))))))..))))).)))))))))))).))))))))).............(((((....(((.............)))))))).((((......))))...(((((.((((((.((((.(((...))).))))).))))))))))...)))).))))))).)).)))...((((((((((....)))))))))).......))))))).))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.....((....)...)......)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.......))...............)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((...)))).....)))).....(...................).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))((.....(..((((......((((...(((.(((((((.(((((.(((.......((((((.....))))))....))).)))..)))))))))...(((((((.(...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((.......((((........))))....))))))).........(((((((.(((((((((.)))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((........((........))..........(((((((.....((..((....))..)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))....)))))).....((((.(((((......)))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))........)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((.(..((((....(.(..........).)...))))..)))))..))).))))...)))))......((((((((((....)))))))))).....))........... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((..(((((..((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((......((((....)...))).....))))......(((......(((((((..((...(((((((.(.((.......)).).............)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((...)))).....)))).....(...................).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...((((((((((((..(((((((.(.....((((((.....))))))...))))))))...)))))))).......(((.....((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))...))).......))))...))))....(((((((..((...((((........))))))..))))))).........(((((((.(((((((((.)))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((((....((......))....)))))...(((((((.........(((..))).....(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))....)))))).....((((((((((......)))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).)))).....))))))...))))))).........))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((.(..((((......(((.....)).).....))))..)))))..))).)))).)))).........((((((((((....))))))))))))))).)))......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((......((....((.(((((..(((((((.........)))))))..((((((((....(((((((((.((((((.(((((((.((..((((......((((..(((((....(((.....))))))))..)))).....((((((((((((((((((((.(((......((((((.((.....)).))))))..(((((((..(((((.((((.((((((((..(((((((..(((((.(((.....)))))))).............(((((.((((((....(((.((..(((((.(.....).)))))..(((((((((.((((....((((((...))))))...))))....(((((((........)))))))......((((((.(.(((((((.((((.....((.((......))))...)))).(((....(((......(..((((.....(((((((.(((((.......((((((((((....))))))))))..(((((((.....)))))))......(((((.((((((.......(((((((....((((((((((((((......))))...))))))))))...........((....)).)))))))....(((((..((((((......(((..(((((((..((...((((........))))))..)))))))..))).....))))))..))))).)))))))))))..))))).)))))))........))))..)......))).)))................))))))).).))))))..(((.....))).....)))))))))............)).)))..)))))).....((((((..((((....)))))))))).))))).)))))))((((((((((((((....)))..((((......))))...))))))....((((...(((((((((............)))))))))...))))...........)))))....)))))))))))).............(((.((((((((......((((((((....(((((..((.(((((....))))).))....)))))....)))))))).((((((......))))))........)))))))).)))....)))))..))))))).....))).)))).)))))))).))))))))...))))...)))))))))..))))))..((((..(((((....)))))..))))...)))))))))))))))))...))))).))....))......)))((((((((((....)))))))))).......))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................................................................(.........(......)..........(((((.(((...(((((.(.......).))))).)))...))))).(.((((.((.........)).))))...)(((((.(((.....))))))))..............................(((((....(((....))).).))))............((((.(.(............).)...)))).(((.(..(........).......).)))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))........................((.....((((...(((.(.(((...(..(((((.........(((((.....))))).....))..)))...)...))))...((((((......(((((((.(..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....).....((....)).)))))))....))).)))...)))...))))....))((((........((((........)))).....))))(((...((((((((((((.(((((.(((.)))))).))...............)))))))..(((....(.(..((((....))))...).)...)))...(((((((((((((....(((((((.((((...(((((....((........))..))))).).(((((((.....((.(...)......)).(((.((((...((((..((((.((((((..........((.(((......)))))..)))))).....((((.(((((......))))).(((.((((.......)))).....)))))))..))))...))))....)))))))...)))))))))).....))).))))(....((((((......(((..((...(((....)))...))....)))......))))))...)..((..(((((((........))))))).....))(((((....(...(((((((.........)))))))...)..)))))))))))............)))))))((((..(....(((.(((((((....(((..........)))...))))))))))...)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))..)................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((((((.....))..))))).))).(((((.........)))))..........................((((((.(((((((.((..((((................................................((((((((((((((((((((.(((......((((((...........))))))..(((((((..(((((.((((.((((((((..(((((((..((((.((((.....)))))))).............((((((..................(((((.(.....).)))))..(((((((((.((((....((((((...))))))...))))....(((((((........)))))))......((((((.(.(((((((.((((.....((.((......))))...))))........(((......(..((((.....(((((((.(((((..........(((((........)))))..............(((.......)))....((((.((((((.......(((((((....((((((((((((((......))))...))))))))))...........((....)).)))))))............(((((......(((..(((((((..((...((((........))))))..)))))))..))).....))))).........))))))))))...))))).)))))))........))))..)......)))....................))))))).).)))))).......((......)).)))))))))................................((((...((((....)))).)))).)))))).)))))))((((((((((((((....)))..((((......))))...))))))....(((.....(((((((..............))))))).....)))...........)))))....)))))))))))).............(((.((((((((......((((((((....(((((..((.(((((....))))).))....)))))....))))))))..((((........)))).........)))))))).)))....)))))..))))))).....))).))))).))))))).))))))))...))))...)))))))))..)))))).....(((((.(((((...((..((.....))..))...)))))))))).........................((((((((((....)))))))))).................. |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((......((....((.(((((..(((((((.........)))))))..((((((((....(((((((((.((((((.(((((((.((..((((......((((..(((((....(((.....))))))))..)))).....((((((((((((((((((((.(((......((((((.((.....)).))))))..(((((((..(((((.((((.((((((((..(((((((..(((((.(((.....)))))))).............(((((.((((((....(((.((..(((((....(((((.(((.((((......((((((....((((((...))))))...))))))..(((((((........)))))))...........))))...(..((((((.((....)))))...)))..).))))))))((...(((......(..((((.....(((((((.(((((.......((((((((((....))))))))))..(((((((.....)))))))......(((((.((((((.......(((((((.(((((((((((((((((......))))...))))))))))....)))....((....)).)))))))....(((((..((((((......(((..(((((((..((...((((........))))))..)))))))..))).....))))))..))))).)))))))))))..))))).)))))))........))))..)......)))..)).........)))))..(((.(((.(((.......((((.((......)).)))).......))).)))))))).)))..))))))......(((((..((((....)))))))))..))))).)))))))((((((((((((((....)))..((((......))))...))))))....((((...(((((((((............)))))))))...))))...........)))))....)))))))))))).............(((..(((((((......((((((((....(((((..((.(((((....))))).))....)))))....)))))))).((((((......))))))........)))))))..)))....)))))..))))))).....))).)))).)))))))).))))))))...))))...)))))))))..))))))..((((..(((((....)))))..))))...)))))))))))))))))...))))).))....))......)))((((((((((....)))))))))).......))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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AAGAAAAAAAUGAGUUUGAUUCUGGCUCCGAAUGAAUGCUAUCAGUGGGCUUUAUACAUGCAAGUUGAACGCUAUUGAAAAAUAGAGUAGCAAAAAGGUGAGUAAUGCAUAUGAAUUUUAAUAAUAAUUUUGGGAAUAAAAGAAGAAAUCCAGAAUAAAAAGAAAGAGGAACUUGAAAAACAGUAAGACUCGUUAUUAUAAAAGCGUAUGUCGAAUUAGGCAGUUGGUGGGGUAAAGGCUUACCAAACCUGAGAUUCGUAGGUGGUUCGAGAGAAUGAUCAUCCACAUUGGUAUUGAAAGAACGACCAAACUCUGAAGAGGCUGCAGUAAGGAAUAUUGGACAAUGAGCGCAAGCUUGAUCCAGCUACACUGAGUGAGGGAAGAAGUAAAGCGUAAACCUCUUUUAAUAAGGAAGAUAAUGACAAAAAUUAAAGAAGAAGUCCCGGCUAAUUUCGUGCCAGCCGCCGCGGUAAUACGGAGGGGGCAAGCAUUAUUCGUAAGGAUUGGGCGUAAAGGGUGCGUAGGCUGGUUCUCAAAGGUAUUAUAUGAAAAACACUGAAAAAAGAGGUGUGGGUAUAAAAACAAACAAAGAACCUAGAGUAAAGAUGAUGUAUUUAGAAGAACUAAUCUAGAGGUAAAAUUCAAUUUAGAUUAGUUUGACUGACAGUUGGCGAAGGCAAAAUACAAGCAAUACUGACGCUAAAGCACGAAGGUUCAGGGAGCAAAUCGGAUUAGAGACCCGAGUAGUCUGAACAGUAAACGAUGAGUGUUCAAUAUUCUAAAAAGUAUUUGAGUUAACACGUUAAACACUCCGCCUGAGUAGUACGAUCGCAAGAUUGAAACUCAAGGUAAUUGACGGAACUUUGCGCAAGCAGUGGAUUAUGUUCAUUAAUUUGAUACAACACGAAAAAUCUUACCCUCCAUUGAAUGACAUAUAUAAAACAUGAAACAAAUGUGAAGAAUAGAAGCAGACAAGGUUCUAUUAAAAUAAAUGUCUAACAGGUGUUGCAUGGCUGUCGUCAGUUCGUGCUGUGAGGUGUAACAUUAAGUUGUGAAACGAACGAAAUCCUUAAGUUCAAUUACGAUAUAUAAUCGAGAAAUGGACAGAAGAGUGUGACAUAAAUUAAAUCACAUUGGUAGUUGAGGAAGAUGUCAAGUCAGUAUGGCCCUUAUAGGAGGGGCUUGAAAUGUAAUACAAUGGUUUCUACAAAAGGAAGCGAAAGUGCAAGCUGGAGCAAAACCUAAAAAGAAAUCUUAGUUUGGAUUUAUUUCUGCAACUCGAAAUAAUGAAAGCGGAAUUGCUAGUAAUCGUAGAUCAUAAGGCUUCGGUGAAUAGUUGUCAAAGUUAGUACAUACCGCCCGUCACACCACGGAAAUCAAUCUUUUUCAGAUACAUUAUUAUGUUAAUUAUCUAAAGUUCUUAGGGUAUAACAGUCUCUUUUGAAGAGCAAUUAGAAUGGAGGAGGUUAAUUGUUAAUUAUCGAACAAUAGAGGGGUAACUGGGGUAAAGUCGUAACACGGUAGCUGUUGGGGAACCAGUAGCUGGAAGUA |
| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
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|
Carnac(seed)
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[ FASTA input ] |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.(((.(((((((((((....(((((((.(((((((..((((.((......))))))..)))))))....((..(((((........((((....((((((..(((((.((((((.((((((..............))))))...........(((...((((........)))).))).))))))))))).)))))).(((((((((...((((((((.......)))))))).)))..))))))..(((.((((.....(((.((((.......)))))))....)))).)))..)))).......)))))..)).(((((((((((((....((((..((((..(((..((.(((...))))))))..))))...))))....((((((....)))).)).((((.......)))).........((((......((((((((..(((.((.((......))..)).)))..((...((((....))))...)).......((((((...((((((((.....((.((((((.....(((((.........)))))..))))))..))......))))))........))...)))))).(((..(((((((((((((............)))))))))))))..)))....((((((.((.................))..)))))).)))))))).....)))).....((((((((..........)))))))).((........))..)))))))))))))....))))))).((((((((.(((((.(.((((.((.((((....(((((....)))))..)))).((((((((((((.....((((....)))).(((((.(((((.......((...)).(((((..(((.((((((((((((....(((((.(((...((((.......))))....(((((((..........)))))))...))).))))).....))))..(((((((((....))).))))))...)))).)))).)))...)))))....))))).)))))....(((((.((.((((.....))))..)).))))).....(((((((...........))))))).(((.(((((((((((.((((((........(((((....)))))))))))..............((((((......))))))....((.(((((((((..................)).))))))).)).((((((........))))))......((((.((.((((...((((.((.((....)))).))))...)))).))....((....))...))))((((......))))......))))))))))).))).......))))))))))))...((((((((((.........))))....)))))).........)).)))))))))))))))))).............))))...)))))))))).)))).((....((((((((((....))))))))))...)). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
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|
MaxExpect
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McQFold
|
[ FASTA input ] |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Murlet(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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NanoFolder
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PPfold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((...((((((.....(((((.((((((..((((((................(((((....))))).(((((........((((...(((((((..(((((((((..((((((((..............)))))))).........(((..(((........)))....))).)))))).)))..)))))))(((((((((...(((((..(.......)..))))).)))..))))))..(((.((((.........((((.......)))).......)))).)))..)))).......))))).))))))..)))))).....((((....))))..(((...(((.....)))..)))........)))))..((((((((..........(((((((((((......(((((..((..((((((.....((..((.(((.((.((......))..)).)))..((...((((....))))...))......))..))..))))))..))...(((((..((((((......((((((((...((((((....(((......((((...(((..((((....(((((.(((((((..(((((((((((((............)))))))))))))..))))......((....))....(((.((((((.(((.((((...((.((((((((((((..((...((((.........))))))..)))))))......((..(((((((.(((((((............))))......))).))))))).((((((((....(((((....)))))..)))).))))......))...))))).))....)))).......(((((((.(((((...................((((((.......(((((.(((...((((.......))))....(((((((.(.......))))))))...))).))))).....(((..(((.((((((.((((.((((((...(..(..((......))..)..)...))))))....((((((((((((.((.((((.....))))..)).))))).....(((((((...........))))))).....))))))).)))).).))))))))..)))......))))))((..((((((..........((((((......))))))...(((.(((((((((..................)).))))))).))))))))).))...))))).)))))))..))).)))))).)))...))).)))))...)))).)))......)))).....)))...))))))..((((......)))).........))))))))........))))))....)))))....)))))......((((..((((((((((.......)))))..)))))..)))).)))))).))))).......))))))))...))))))..))))).)))....(((((..(((....)))..)))))...... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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AAACGUAAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAAUGAACGCUAGCCAUAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAACGCUUCUGACAAGAAGAGUGGCAAACGGGUGAGUAACACGUAGGAAUCUACCCAACAGCUCGGGGAAAUAGUAUUAUCUAUGAAUCCCGAAUAAAAAAACUAAGUGUUGUUAUUGGAUGAGCCUGCGGAGGAUUAGGUAGUUGGUGAGGUAAAAGCUCACCAAGCCGAUGAUCCUUAGCUGGUCUGAGAGGACGAUCAGCCACACUGGGACUGAGAAGGGCCCAGACUUCUACGGAAGGCAGCAGUGGGGAAUCUUGGACAAUGGGCGAAAGCCUGAUCCAGCUAUAUGGCGUGAGUGAUGAAGGCAAUUUCUGUUGUAAAGCUCUUUCAUUGAGAACGAAUUAUGAUGUAACUCAAAGAAGAAGCCCCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGGGGGGGCUAGUGUGGUUCAGCAUGACUGGGCGUAAAGGGCACGUAGGCUGUUAAUUACGUUGGAAGCCAAAGCCUCAGGAAACCCCUGAGAACGUCUUUCAAAACGGAUUAACUCGAGAUAUAAAGAGGAAAGCGGAAUUUCAAAUGGAGAGGUUGAAUUCGUAGAUAUUUGAAGGAAGGCCAAAGGCGAAGGCAGCUUUCUGGUUAUAAUCUGACGCUGAGGUGCGAAAGCAUGGGGAGCAACCAGGAUUAGAUACCCUGUUAGUCCAUGCCCUAAACGAUGAGUGUUCGUGACUUGAUUUUUUAUUGGGUCACCAAGCUAACGCGUGAAACACUCCGCCUGGGGAGUACGGUCGCAAGGCUAAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCAUACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAACAACGCGCAAAACCUUACCAGCUCUUGGUAUUUUUUUAAGUUUCUUGUAAUGAUAGAAACGAUCUUUUGGAAAAAACAGGCGUUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUUGGUUCAGUCCUAUAACGAGCGAAACCCUUCGACAAUGUUGCUAUGAAUCUUAGAGAAUUCAGCACUCUUUGUUGACUGCCCGUGAUAGACGGGAGGAAGGCGAGGAUGACGUCAAGUCCGCAUGACCCUAAUGAGCUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGAAGACAAAAGGAAGCAAUGACGUAAGUCGGAGCAAAUCCACAAAAAUCGUCGUAGUUCGGAUUGUUCUCUGCAACUCGAGAACAUGAAGCUGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGCAUGCCACGGUGAAUUGGUACCUGGGCCUUGUACAUACCGCCCGUCACACCCUGGGAAUUUUUUUGGCCCGAAGGUAACUACACAAAUUUUUUCAUGAUAGAUUCACUUGUGGAUUUAUGGUGCGAAUUUUUAUUAUGUUUCCCACGGUCGAGGAAGUGACUGAGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGUCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAAUAUAUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
........(((((...{{{.))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((..(((..((((((((....)))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.(((((...(((........)))....))))).......(((.....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((.........)))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((.....)))).....))))((.(((((((...(........)....))))))).))..(((((......(((((....................)))))))))).))))))))))..........(((.......((((...(((.(((((((.(((((((((.......((((((.....)))))).....)))))..)))))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...)....(..((....))))))))))..)))).))))...)))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....))))))).))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((.......)))))))........))))).))).((.((((..((((((.((((((((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((.((((..((((((...)).))))))))..))))))).....(((((.....)))))........)))).))))).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))))....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))))....((((((((.......))))))))...........)))))))))).))....((.((.(.((((((((..((((((((((((....((((((.....(((...((((([((((((((((....))))))))).]))))))))).......))))))...))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((.((.(((((....(((((.((........)))))))))))))).))...(((..((((....(((((....)))))..))))..(((((((.(((...((((((.(((((...((((((((((((..((((......))))...))))))...............))))))..)))))...))))))..(((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))).......((((....))))..((((((......)).))))..(((((((((.((((....))))...((((..(..(....((((...(((((....))))).))))(((.(((.((....)).)))..)))..)..)..))))...(((..(((((((....((((((((((((...............(((..((((..(((((((((.((....)))))...))))))..)))).((((((((((((......((((((...((((((((.((((.(((((...))))).)))).....((((((.....))))))..((((((((....(((.....(((..........)))...............((..((((((((((((((.(((((...(((.(((((((.....((....)).)))))))..)))..)))))...(((((((((....))......((((((..(((((((((.((((((((((((...(((((..((..(((((((.((((((..((.....))..))))))...((....))....)))))))))..))))).....((((....))))..........)).))))))))))((((((.......)))).)).....)))))))))....((((((.........((((((...))))))(((((((((((((((.........))))))......)))))))))....))))))...(((((....)))))..(((((.(((..((((.((((.((......)))))).)))).))))))))..))))))....))))))).))))))))).)))))..))..)))(((((.....))))).))))))))......))))...))))..))).)))......))))))))))))............)))..........(((.((..((((....))))..))...)))........))))))))))))...(((((((........)))))))....(((((..((((.(....).)))).)))))......)))))))..)))..))))))))).....))))))))))..((((..((..((((((((((((.(..((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))..)))))))))))))..))..)))).....)))......((((((((((....))))))))))..........))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(seed)
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[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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CMfinder(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(seed)
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[ FASTA input ] |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......)))))....................().............(((..((.(((((....))))).)))))....((((...........((....)))))).(((((((((((..((((......))))...))))))...............)))))..............((.(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).))((((((....)...)))))......(((((.((.....)).))))).((((....)))).......(((((............(((((....))))).(((((((.((....................(((.............(.((((.(((((.((..........))..))))).)))))((((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))).((((((((((((......(((......((((.........(((((((.(((((((((.(...(.((((((.....))))))..)).)))))..)))))))))))((..........)).............((.((((((((((((((((((..((((....(.......(((((((((.......))))).))))...........((....((((....)))).....))...((((.........))))(((((((....((((..((..(((((((.((((((((((.....))))))))))((.((....)).)).)))))))))..))))((((..((((....))))...))))...))).)))).....((((((.......)))).......(((((....((......))....))))).(((((.....)))))(((((((..((((((.((....))))))))........)))))))..............))((....))((((((.......((((.......).))).....)))))).........)................))))....))))))))).)))))))))))((.(((((.....))))).))..((((.......))))..))))......)))......)))))))))))).((.(((((...(((((........(((.((..((((....))))..))...))).......)))))))))).)))))(((((((........))))))))).)))))))...((((((.(((((((.........)))))))..))))))(((((((((............(((..........))).........)))))..))))(((......((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))))........))))))))((((((......))))))................(((((((((((((....))))))))))........))).. |
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Cylofold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((..((((....))))..)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....(((......)))......)).).(..)..............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((...)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((.....((((((.......))))))....(....).).)))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((............))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(..(((..............(....(((..(((....)))..)))....)..............)))..)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((...((((((((...)))..)))))(((....(((..(((.(((..((((....(((((....)))))..))))......((.....)).((((((.(((((...((((((((((((..((((......))))...))))))...............))))))..)))))...))))))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).(((((((.........)))))))....(((((.((......))))))).((((....))))...))))))))).....)))....(((((....))))).(((((((.(((.((....)).)))...(((((....))))).......((((.(((((.(((........)))..))))).)))).((((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))).((((((((((((......((((((...((((((((.((((.(((((...))))).)))).....((((((.....))))))..((((((((............(((..........)))((((......)))).((((((((((((((((((...((((((((((((..((((((((((.......))))).)))))...((((.((((((((.(((((.((((((((......)).(((((((((.((((((((((((....((((..((..(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))))..))))((((..((((....))))...))))...)).))))))))))((((((.......)))).)).....)))))))))....((((((.........(((((.....))))).((((((((((((((.........))))))......)))))))).....))))))))).))).))).)).)))).).))).))))((((.((((.((......)))))).)))))))))))..))))).(((.......))).))))))))).))))))))).....(((((.....))))).))))))))......))))...))))..))).)))......)))))))))))).((.(((((...(((((........(((.((..((((....))))..))...))).......)))))))))).))...(((((((........)))))))...)))))))...((((((.(((((((.........)))))))..)))))).((((((((............((((........)))).........)))))..)))..................(((.(((((((((....))))))))).))))))))))))).((((((((((.((((((......)))))).)).)))).))))..((((((((((((((....))))))))))........)))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((.............))))...........................(((((....)))))......................((((((..((......(((((((((((..((((......))))...))))))...............))))).....))....))))))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).((((((((....))))...))))....(((((........{{{))))).((((....))))........................(((((....)))))..((((((.....((....)).................................(((((..aaaaaaaaaaa....)))))......((((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))).((((((((((((......(((......((((.........(((((((...(((((((.......((((((.....)))))).....)))))))....)))))))...............((((((.......(((<<<<<<<<<<<<<<<<<........)))..............((....)).)))))).....................((((....))))......................(((((((((.((....(((...((..(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))))...)))((((..((((....))))...))))...))..))))))))).............................................................................((((((.........)))))).............................((((.[[[))))....(((....)))..........................................................>>>>>>>>>.>>>>>>>>......(((((.....)))))...............]]]....))))......)))......)))))))))))).........................(((.((..((((....))))..))...))).........AAAAAAAAAAA...(((((((........)))))))...))))))...........(((((((.........)))))))...............}}}..................((((.(((..((((((((((((....((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((((...)).......................................((.((.((....))))..))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.(((......))).))...)))).............((.)))))))))).))).))))))..(((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...)))))...((((((((....))))...)))).....((((.(((....)))))))..((((....)))).................((((...(((((....))))).)))).....(((((((.(((....((((((.....))))))...)))..(((((((((...(..(..)..)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...))))))....................................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((.......(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)).......(((....)))............((((..((((...(...)))))))))....(((((((......((((.....(((((.((......)))))))..((....)).)).)).................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((((...........)))).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))))....................((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))...)))))).............((((((........)))))).....................(((((((.........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((...((((((..................((((..((......))..))))..................))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((((...)))..............(((((.......))))).......((.((((......)))).))...................((((((..((.(.((((((((((((.(((.(((......))).)).).))))..............(.).)))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...)))).....((((.(((....)))))))..((((....))))..................(((...(((((....))))).)))..((((.((((((.(((....((((((.....))))))...)))..(((.(((((.((..(.....).))..))))).)))...)))).)).....((((((((.((....)))))...)))))..((....))))))..................................((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...((((.....(....)...(((...(...((((.........))))...)))).(.((((....(..(((((((..(((((((((.....)))))))))....((....))....)))))))).(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))).)...........))))..(((((.(.((((..((((...(...))))))))).......(.........(((((((..((((((...(....)))))))........)))).))))).)))))...((((.((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((.(.(((((((((.((((((..((...)))))))).))..)))))))..((.(((((.....))))).)))....)))))))))))))............................................(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...)))....))))))).....((((.((((((((........)))))))....)))))...........(((((((.........)))))))....................................((((.(((..(((((((((((((...((((((..................((((..((......))..))))..................))))))..)))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))))))))))))... |
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
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Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((......)))......(((((.((........)))))))...((((...........((((..(.(((((....))))).)))))..(((((((.(((...((((((..(((....((((((((((((..((((......))))...))))))...............))))))...)))....)))))).((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))......((((....))))..((((((......)).))))..(((((((((.((((....))))........(((...))).......(((((....))))).(((((((.(((.((....)).)))...(((((....)))))......(((.....)))..((((((((((((..............((((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))).((((((((((((......((((((...((((((((.((((.(((((...))))).)))).....((((((.....))))))..((((((((....((......(((..........))).....)).....((.((((((((((((((((((..(((((((((((((..((((((((((.......))))).)))))....(((.((((((((.(((((.((((((((......)).(((((((((.((((((((((((...(((((..((..(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))))..)))))(((..((((....))))...)))....))).)))))))))((((((.......)))).)).....)))))))))....((((((.........(((((.....))))).........((((((.........))))))...................))))))))).))).))).)).)))).).))).))).((((.((((.((......)))))).)))))))))))..))))..))............))))))))).)))))))))))...(((((.....))))).))))))))......))))...))))..))).)))......))))))))))))....((((...))))..........(((.((..((((....))))..))...)))........))))))))))))...(((((((........)))))))...)))))))...((((((.(((((((.........)))))))..))))))..))))))))).....))))))))))..((((.(((..(((((((((((.((..((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))..)))))))))))))..))).))))...........))))(((((((((....)))))))))(((.....)))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Multilign(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Murlet(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((((...(((......)))....))))))..........((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((((((((...(........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))........)((((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((.(..((((((((((.(((......)))....))))))))))(....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....((((((...((...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((.......)))))))...(....)))))))))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((..(...).....))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((......((..((..((((....))))..))....)).....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((..........................................)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....(((......)))......))))..........((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).)))))).)))))))..((((....((((((.....))))))...)))).(((((((((...(........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.((((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...)))))))).....))...(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....))))))).)))).))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((.......)))))))...(....)))))))))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((............))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((......((..((...(((....)))...))....)).....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))..........))))))..((....))..)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((..........................................)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((((...(((......)))....))))))..........((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((.....))))))...))))..((((((((.(.......).......))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).(.....).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((.(..((((((((((.(((......)))....))))))))))(....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...((((((...((...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))))).(....(((((((..(...(((((((..(((((((.......)))))))...(....)))))))))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.(.((..((............)))).)..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....(.((..((..((((....))))..))....)))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((..........................................)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((..((((....))))..)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((((...(((......)))....))))))..........((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).)))))).)))))))..((((....((((((.....))))))...)))).(((((((((...(........)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........((((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((.......)))))))...(....)))))))))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((............))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((......((..((...(((....)))...))....)).....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))((......)).)))))).((....))...)))))))((((((((..((((((.(((((....((((((.((((..((..........................................)).))))))))))...))))).))))))..))))))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..[[[.))))..(((.((((.((........))))))....((((...........((((....(((((....)))))..))))..(((((((.(((...((((((.(((((...((((((((((((..((((......))))...))))))...............))))))..)))))...))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).....((((....))))..((((((......)).))))..(((((((((.((((....))))...((((..((((....((((....((((....))))..))))(((.(((.((....)).)))..)))..))))..))))...(((..(((((((....((((((((((((...............(((..((((..(((((((((.((....)))))...))))))..)))).((((((..((((......((((((...((((((((.((((.(((((...))))).)))).....((((((.....))))))..((((((((....((..((..(((..........)))..)).)).....((.((..((((((((((((((.(((((...(((.(((((((.....((....)).)))))))..)))..)))))...(((((((((....))......((((((..(((((((((.((((((((((((...(((((..((..(((((((.((((((..((.....))..))))))...((....))....)))))))))..))))).....((((....))))..........))).)))))))))((((((.......)))).)).....)))))))))....((((((.........((((((...))))))(((((((((((((((.........))))))......)))))))))....))))))...(((((....)))))..(((((.(((..((((.((((.((......)))))).)))).))))))))..))))))....))))))).))))))))).)))))..))))...(((((.....))))).))))))))......))))...))))..))).)))......))))..))))))............)))..........(((.((..((((....))))..))...)))........))))))))))))...(((((((........)))))))....(((((..((((........)))).)))))......)))))))..)))..))))))))).....))))))))))..((((..((..((((((((((.(((..((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))..)))))))))))))..))..))))...........)))).((((((((....)))))))).))).......]]]. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......)))).....(((((.((........)))))))...((((...........((((....(((((....)))))..))))..(((((((.(((...((((((.(((((...((((((((((((..(((((...).))))...))))))...............))))))..)))))...))))))(((((((((((..((((((((.(....))))))))))))..)))))))).....((((....))))..((((((......)).))))..(((((((((.((((....))))........(((...))).......(((((....)))))((((((((.(((..........)))...(((((....))))).....((((.....)))).((((((((((((..............((((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))).((((((((((((.....(((((((...((((((((.((((.(((((...))))).)))).....((((((.....))))))..((((((((............(((..........)))............((.((((((((((((((((((...((((((((((((..((((((((((.......))))).)))))...((((.((((((((.(((((.((((((...........(((((((((.((((((((((((....((((......(((((((.((((((((((.....))))))))))...............)))))))....))))((((..((((....))))...))))...))).)))))))))(((((([[[....)))).)).]]].)))))))))....((((((.........((((((...))))))(((((((((((((((.((....))))))))......)))))))))....))))))))).))).))).)).)))).).))).))))((((.((((.((......)))))).)))))))))))..))))).(((.......))).))))))))).)))))))))))...(((((.....))))).))))))))......))))...))))..))).))).)....))))))))))))...(((((...))))).........(((.....((((....)))).......)))........))))))))))))...(((((((........)))))))...))))))).).((((((.(((((((((....)).)))))))..))))))..))))))))).....))))))))))..((((.(((..(((((((((((.((.....(((((...(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..)))..)).))).....)))))))))))))..))).))))...........))))(((((((((....)))))))))(((.....)))... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.(((((....))))).)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....(((......)))......)).....................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((.....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((.(((((((.(((((.(((.......((((((.....)))))).....))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((.......))))))....(....)))))))).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((..........)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((......((..((...(((....)))...))....)).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((.................................................))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.(((((....))))).)).((......(((.......(((((((.((...(((((((...((.....(((......)))......)).....................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((.(((....))))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((.....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).))))))...(((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((.......))))))....(....)))))))).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..................))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((......((..((...(((....)))...))....)).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(...........................................)..))).)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....))))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.((.(((((....(((((.((........)))))))))))))).))...(((..((((....(((((....)))))..))))..(((((((.(((...((((((.(((((...((((((((((((..((((......))))...))))))...............))))))..)))))...))))))(((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))).....((((....))))..((((((......)).))))..(((((((((.((((....))))...((((..(..(....((((...(((((....))))).))))(((.(((.((....)).)))..)))..)..)..))))...(((..(((((((....((((((((((((...............(((..((((..(((((((((.((....)))))...))))))..)))).((((((((((((......((((((...((((((((.((((.(((((...))))).)))).....((((((.....))))))..((((((((....((..((..(((..........)))..)).)).....(((.(..((((((((((((((.(((((...(((.(((((((.....((....)).)))))))..)))..)))))...(((((((((....))......((((((..(((((((((.((((((((((((...(((((..((..(((((((.((((((..((.....))..))))))...((....))....)))))))))..))))).....((((....))))..........)).))))))))))((((((.......)))).)).....)))))))))....((((((.........((((((...))))))(((((((((((((((.........))))))......)))))))))....))))))...(((((....)))))..(((((.(((..((((.((((.((......)))))).)))).))))))))..))))))....))))))).))))))))).)))))..))))...(((((.....))))).))))))))......))))...))))..))).)))......))))))))))))............)))..........(((.((..((((....))))..))...)))........))))))))))))...(((((((........)))))))....(((((..((((.(....).)))).)))))......)))))))..)))..))))))))).....))))))))))..((((..((..((((((((((((.(..((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))..)))))))))))))..))..)))).....)))..((((((((((((((....))))))))))........)))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(.(((.(..((.(((..((((.((((..(((((.((((((..((...(((.(((.........................................................................................................................(.(..(((...........((.(((...(((((((.......))))))).)))...))....(.((((((((....))))...))))...)(((((.((......))))))).))).)...)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))...))))))..((((.((((............))))...))))((((.(.(((.....(...).......))).).))))..(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).))))).)))).........))))((.....((((...(((.(((((((.(.(((.(((.(.....((((((.....))))))...).))).)))...))))))))...((.....(...(((((((((..(((((((((..(((......))).....))))))))).....))....((....)).)))))))..)......))...)))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((...((.(........).))..))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...(.((........)).).)))).(.(((((((......((((.............((....))..............))...)).(((.((((...((((..((((.((((((.........(((..((......)).)))))))))(...((.(..(((((.(..(((...(............).)))...).)))))..((.(.(..........)).....)).).)).)))))...))))....)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((........((..((..((((....))))..))....)).......)))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((...(...).)))))))...........))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(.........................((....((...((..........))...))..)..........)..)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))).))...))))) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.(..((.(((..((((.((((..(((((.((((((..((...(((.(((..............................................................................................................(......)...(..............((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.((......))))))).........)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))...))))))..((((.((((............))))...)))).(((.(.(((...(........)....))).)....)))(((((.......(((((.((.((....))))....))))).))))).))))).)))).........))))((.....((((...(((.(((((((.(.(((((((.(.....((((((....).)))))...).)))))))...))))))))...((....(....(((((((((..(((((((((..(((......))).....))))))))).....))....((....)).)))))))..)......))...)))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((...((.(........).))..))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...(.((........)).).)))).(.(((((((......(((((..((.(((((...(....)))))).....))...))..))).(((.((((...((((..((((.((((((.........(((..(((...)))..)))))))))(...((.(..(((((.(..(((...((..........)).)))...).)))))..((.(((((.....))))).....)).).)).)))))...))))....)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((........((..((...(((....)))...))....)).......)))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((...(...).)))))))...........))))))............)))))))((((....(.(((..(...(((.(.....((.........................(.......)..........................))..)...))).....))))...)..))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))).))...)))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................((((.((........))))))...........................(((((....)))))........(((((((.(((...((((((...............((((((..((((......))))...))))))...............................)))))).((((((......((((((((.......))))))))......))))))......((((....))))...........(((((...........)))))..(((....)))..........................((((....))))...((((((.....................................................((((((((((((..............((((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))).((((((..((((......((((((...((((.....((((.(((((...))))).)))).....((((((.....))))))..((((((((............(((..........)))............((.((..((((((((((((((..................................(((..(.....................((((....)))).)..))).....(((((((((.(((((((((.((....((((..((..(((((((.((((((..((.....))..))))))...((....))....)))))))))..))))((((..((((....))))...))))...))..)))))))))((((((.......)))).)).....)))))))))....((((((.........((((((...)))))).........((((((.........))))))...................))))))....................((((.(((..((((.((((...........)))).)))).))))))).....................))))))))).)))))..))))...(((((.....))))).)))))))).............))))..))).)))......))))..))))))....(((.....)))..........(((.((..((((....))))..))...)))........))))))))))))............................)))))).....(((((.(((((((.........)))))))..))))).................))))))))))..((((..((..(((((((((((.((..((.(((.....(((..(((.(((.(((((((((....))))))))).))).)))..))).....))).))..)))))))))))))..))..))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.(((((..(((..((((..(((((((((...((((............((((....(((((....)))))..))))....((((((((.((((((((................((((((..((((......))))...))))))...............(((.(((.((((.((((..((((((((((((((..((((((((.......))))))))(((.((..(((.......((((....))))..((..((((.(((((.((....))..))))).((((....))))......)))).)).....)))..)).)))....))))))))).(((.(((..(....)..)))..)))....)))))......)))).)))).))).)))...))))).))).)))).........)))).))))..(((((((((.((....)))))...))))))..))))))))).))))))).(((..((((((....(((((((((........)))))).....))).....((((((.....)))))).)))))).)))....)))))))))).........((((((..((((....(((.(..((((((((((((((.(((((...(((.(((((((.....((....)).)))))))..)))..)))))...(((((((((....))......((((((..(((((((((.((((((((((((....((((..((..(((((((.((((((..((.....))..))))))...((....))....)))))))))..))))((((..((((....))))...))))...)).))))))))))((((((.......)))).)).....)))))))))....((((((.........((((((...)))))).........((((((.........))))))...................))))))...(((((....)))))..(((((.(((..((((.((((.((......)))))).)))).))))))))..))))))....))))))).))))))))).)))))..))))....))))(((.((((((.((...((((((..(((.....))).......(((......((((..((((...((..((((...(((((........(((.((..((((....))))..))...))).......)))))))))..))...(((((((........)))))))....(((((.....)))))....))))..)))).(((((........)))))...))))))))).....)).)))))).((((..((..((((..((((((.(..((.(((.....(((..((..((..(((((((((....)))))))))..))..))..))).....))).))..)))))))..))))..))..))))..))).........((((((((((....)))))))))).......)))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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UAAUAAAAAUGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAGUGAAGGCUAUAAGUCUGCUUGAAUACAUGCGAGUCGAAUGAUUUAGAUCAUGGCGUACGGGUGAGUAAUAGACUCAUAUCUGGCCCCAACUCUUGGAUAAUCCUAUCCCUCCGGGAGAAAAAAAGGGAAAUACAGGAUAAUUAUAAGGUACGCCGGUUGGGGAUGAUUAGGUCGAGUAUUAGGUAGUUGGUAAGUAAGCUUACCAAGCCUUUGAUGCUUAGUUGGUCUGGGAGGACGAUCAAUCACACUGGGACUGAGACAAGGCCCAGGUUUCAUUUGAAGGCAGCAGUAAGGAAUAUUGCACAAUGAGCGAAAGCUUGAUGCAGCAAGACUUGGUGAGGGAUUGAAGGCUUAGGUUGUAAACCUCUUUUUUAACUGAGGAUAAUGACAUUAAGUUAAGAAUAAGUCCCGACUAACUUCGUGCCAGCAGUCGCGGUAAUACGGAGGGGGCAAGCCUUAUUCGUCAUAACUGGGCGUAAAGGGCCCGUAGGUUGCUUUCUGUAAAGUUAUUUGUUAAAUAUUAUAGCUUAACUAUAAAAAGGCAUUUAAAACAUGAAAGCUUGAGUCUGACAGAGGGAAAUGGAAUUUUUUAAUUAGGGUUAAACUCCGGAUAAGUAAAAGAGAACAUCAGCUGCGAAAGAUUUCCUUGUUCAGUACUGACGCUGAGGGGCGAAGGCGUAGGUAGCGAACAGGAUUUGAGACCCUGGUAGUCUACGCUGUAAACGAUGAGUGCUAAUUUUUAGAAAUCUAGAAAAUAUAGCCAAGGCAUUAAGCAUCGCUGAGGAGUACGAGCGCAAGCUUAAAAAUCAACGGAAUUGGCGGGGGUUCAAACAAGUGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUGCGAUAAUACGCGCGUAACCUUACCAGUUCUAGUAAGUCUGUCAUUUUUACGAGACGUAACAAACUUUGGGACUUUCAGGUGUUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUAGGGUUAAUUCCUGUAACUGAGCGCAACCCUCGUCUCUUUUAAGUUUUGUAAUAGUUUAUACUAAGUAAUAAAACAGGAGAGAUACUGCCAACGUUGAGUGGAGGAAGGUGGGAUGAGGUCAAGUCUUCAUGGCCCUUAUAACUGGGCUACACACGUGCUACAAUGGGAAGGACAACGAGUUGCGAGGGAGUAAUCCAAAGCCAAUCUUAAAACCUUUUCUUAGUUCGGAUUGGGGGCUGCAAUUCGCCCCCAUGAAGUUGGAAUCACUAGUAAUCGCGAAUCAGGAUGUCGCGGUGAAUACGUCACUGGGCCUUGCACACACCGCCCGUCACGUCCUGGGAGUUGACUUGGCCAGAAGAUUUAGGAAUAAACUUUUUAAGUUGAAGUUUGAUAAAAAAAAGCUUUUUUUCUUUUCUAACGAAAAAAGAAAGUCCUUUUGAAGGACAGGUAAGCAACUGGGAGUAAGUCGUAACAAGGUAGUCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAAAAAUUAAUUU |
| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................(((((....)))))................................((((((((...............................................................)))))))).....................................................................................(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))...........((((......................)))).(((((((((................)))))))))...(((((......(((((((................))))))))))))..........................................((((((.....................((((((.....)))))).................))))))............(((((((..............................................................)))))))..........................(((((((((......((((.........))))...)))))))))...........(((((..(((((((....))))))).................))))).............((((....))))....................((((((((............((((((((.........................................((((((.......(((((...))))).........))))))........................(((((..........(((((((.....)))))))..))))).........(((((((((..(((((((..................))))))))))))))))....................................................................)))))))).....(((((((...............(((....)))................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...........))))))))...................................................................................................................................................................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((...........))..((((..(((((.(((((((((.....(((......((...((..........)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((..............))))))......))))...................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((....)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((.(....))).....)))).....(((((................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((.(((......((((...(((((((((((....(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))..................)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))............(((((.(((((((((..)))).)))))...((....))....))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........((((((.......(...(((..(((((((...)))))))..(....)))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)).)))).....((.(.(((((((....((......(((......)))......))....)))))))..((.((.((.....)))).)).....)))..)))).).)))).....)))))....))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((.(((((....(....((((......(....................................................).....))))..)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.......)))))).(((....)))....((.((........)).))..(((..(((((....))))))))....((((.........))))..(((...((((((((..((....(((((((((((.............))))..))..)))))............))..))))))))..))).............((((..((((((((....)))))))))))).(((((((((((..((((....))))...........(((((............)))))...(((((......(((............(.(((...(((((....))))).))))............((((.......(((....))).....))))........))).....))))).................(((((......(((((.....((....)).......))))))))))..(((((.(.((((.......)))).)....((((.(.(((.((((((.......(((..((((......(((((.....)))))....))))..))).....))))))...(((((((..(((((((..(...((((((.....(((......)))........))))))...)..(..........).)))))))..)))).)))...))))..))))...(((((((...((...((((.........))))...))))))))).............((((.(((((((....)))))))...)))).))))))))))))))))..((.......((((....)))).....))........(((((.((((((......((((((.((((((((((...(((((........))))).......((((((.......((((............))))......................((.((((..(((((.......((((..(((....)))...(((......)))......)))).....((((((((((((....(((.....((((....))))......)))...)))))))).(((((....((....)).....)))))...))))...)))...))))))))....))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((....((....))....))....)))....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....)))))....................((.(((.......))).)).))))))))).))....(..((.(...((((((..(((.(((.....................(((((...))))).(((((...........)))))..((((((((........))))))))((((.......)))).))).)))..))))))....).))...)....((((((((((....))))))))))............. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.......))))))..(...((((.....)))).)..............(((..((((((..)))))))))......((((((.....)))))).(((((((.((((((((((((((((..((((((((((......................................))))..)))))))))))....(((((((((((..((((((((....))))))))))))..))))))).((((((((....))))...))))......(((.......((((((((((....(....)......((((((.....)))))).((.(((((....))))).))(..........(((..((((((........(((((...)))))..(((((((((.(...........)..)))))))))..)))))).)))..(((((((((.((....)))))...))))))....(..(((((...((((.......))))...)))))(....)...)((((((((..................((((((.....))))))...(((.(((.......))).)))........))))))))..........(((......(((......))).........)))..............................((((()))))((((....))))..(((((((((.((...((((.........)))))).))))))))).............((((((((((((....))))))).).))))....)..((((((..((((..(.....).))))...))))))...(((((((((((((.(.(((((.......(((.....((((........)))).....)))......)))))).)))))))).).((((((.......(((((...))))).........))))))..........((((((((....))))).)))((....)).((((((.....)))))).................(((((((((..(((((((.(((((....))))..).))))))))))))))))..........))))................(((((......)))))((((((........))))))....((.(((.....(((((((.....(((((((...(((....)))...)).)).)))....)))))))..))).))...(((((((........)))))))....................(((((((((....)).)))))))..........)))))))))).........)))......))).))))))))....)))))))............(((((((.......))))))).......((((()))))(((((((((....)..))))))))((((((...))))))..........(.........)...........((((((((((....))))))))))............. |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((.......((((.((((((.(((((((((.....(((.(((..((((..((((....))))))))................((((((..((...(((((((...((...........((((...)..........))).....))............((....)).)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((....)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((.....(.((((..)))).)...))))...(.(((((................))))).).....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......((((.(.......((((...((((((((((...(.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...)........(....))))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((((((.(((((((((..)).)))))))...((....))....))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........((((.((.....((((......(.(((((...))))).).(.....).))).).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)).)))).....((.(.(((((((.......((...((........).....))).....)))))))..((.(((((....))))).)).....)))..)))).).))))....)))))))...))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(....(((....................................(((....(.(...(....).....)).))).)))..)...))))..))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))........ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.......))))))......................................................((((((((((((.......((((...(((...((((((((........(((((.(((((.............))))).....)))))................))))))))..)))..))))(((((((((((..((((((((....))))))))))))..)))))))........................................((((((((((...............................((....(((((....)))))..)).........................(((((.(((((...((((..[[[[[...))))...)))))..)))))]]]]].....................................................((.....((........{{{)).....))}}}............................................................................................................................................................................................((((((((.......((((.........))))....)))))))).............(((((((((...........))))).))))............................((((....))))......(((((((((((<<<<<<<<<.............................(((........)))..........))))))...........................................................((((....))))....(((....)))...........................>>>>>>>(((((((((..(((((((..((((....))))....))))))))))))))))...>>...)))))..................................(((((........)))))................(((((((......((((((...(((....)))...)).)).)).....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))..........)))))))))).......))))))).))))).................................(((((((.......)))))))..................((((((((....))))..)))).(((((.....)))))................................((((((((((....))))))))))............. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(..(((.(..((((((((...)))..............(((((........)))))..((((..(((.((.)))))))))................((((((..((...((((((((((((..((..(((((....))...........))).))...)))))..................)))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((....)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))..(((((((((.(((....((((((...))))))...)))..(((((((((...((........)).)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........))..(((((.....)))))...........(.(.((((((((((...((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))...(((((((...(((((((.(..((((((((((..((......)).....)))))))))).....).....(....).)))))))..))))).))....))).).)..(....).(((((..((...((((.........))))))..)))))..(((.........(((((.((((((((....)))))).))....(....).....)))))..((...((((.(((((....)))))..))))..))......)))....................(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((.(((........((.......(((((...)))))(((...))).)...).............(((.(((((...(((((.((....))...((((......))))..)).))).....(((....((((((.....(.(((((((.....)))).....))..))..))))))...((.(((.(.....)))).)).....)))))))))))...................)))))).......))))))).....(((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))...)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..((((((((((((....((((((......................................(((.....(((..........)..)).))).))))))...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((.((((((.(((((((((.((((((.(((((((((.....(((.(((....(..((.((....)).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.....((((((..............))))))......))))..........((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((....)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((.(....)))))...))))..((((((((.(((.......).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)...((((.....((((...(((((((((((....(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...)..............)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)......(((((.(((((((((..)))).)))))...((....))....)))))))))))).(((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))).))(....((((((..(...((...(((..(((((((...)))))))..(....)))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((..(((......))).)))).))))(...)((.(.(((((((....((......((.(....).))......))....)))))))..((.((.((.....))))))......)))..)))).).)).)..)))))))))...)))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((...((((......(....................................................).....)))).))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((.....(((.(((....(..(((((....))))))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((..............))))))......))))..........((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((....)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((.(....)))))...)))).(((((((((...(.......)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...........(((......((((...(((((((((((....(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))...........)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..)))))))............(((((.(((((((((..)))).)))))...((....))....))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........((((((......((...(((..(((((((...)))))))..(....)))).)).(((.((..((((((((.((((.(((((((((....)))(..(((......))).).)).)))).....((.(.(((((((....((......((........))......))....)))))))..((.((.((.....)))).)).....)))..)))).).)))...)))))))))...))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).((((((((((.........)))))))...)))))...)))))).((....))...)))))))((((((((..((((((((((((....((...((((......(....................................................).....)))).))...))))))))))))..))))))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((.....(((.(((....(..((.((....)).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(...((((((..............))))))....).))))..........((....)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((....)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((.(....)))))...))))..((((((((.(((.......).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......))(.((((.....((((...(((((((((((....((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))...........)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)......(((((.(((((((((..)))).)))))...((....))....))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))).))(....((((((..(...((...(((..(((((((...)))))))..(....)))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......)))))))).))))(...)((.(.(((((((....((......((........))......))....)))))))..((.((.((.....)))).)).....)))..)))).).)).)..)))))))))...)))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((...((((......(....................................................).....)))).))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.....(((.(((..(((..(((((....))))))))......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((..............))))))......))))..........((....)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((....)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((.(....)))))...)))).(((((((((...(.......)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(.(((......((((...(((((((((((....((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))...........)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..)))))))............(((((.(((((((((..)))).)))))...((....))....))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........((((((......((...(((..(((((((...)))))))..(....)))).)).(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)).))))......(.(.(((((((....((......((........))......))....)))))))..((.((.((.....)))).)).....))))))))....))))...))))))))...))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).((((((((((.........)))))))...)))))...)))))).((....))...)))))))((((((((..((((((((((((....((...((((......(....................................................).....)))).))...))))))))))))..))))))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((((((((((((.(((((.(((((....((((.(((...(((.(((((.....(((((....)))))(((((((..((((((.....)))))).((((.(((...((((((((............)))))))).......))).....))))...........))))))).(((.((.((((.......(((((((((((..((((((((....))))))))))))..))))))).(((((((.((((...(((((..((((.(((((.((......)).)))))......((((...(((((((((.....)))))).....((((....))))..)))..)))).....))))..)))))..((((((((((((...((((..........))))...))))).))))))).........))))))))))).)))).)))))..)))))))).....))).)))).)))))))))).........((((.......)))).......(((((((((....(((..((((.....((((((.....))))))...))))..))).))).))))))..)))))........(((((......)))))....))))))))))))....................((((((((....((((.((((((((((....((((.(((.(((((..((((((((..((...((((.........))))))..))))))))...........((((...(((((((....)))))))........(((((.....(((((.((((...((..((((....)))).....(((((.(((((((..((((((.......(((.((..((((........))))..))...)))..((((((((...(((((((..((((.(((......((((...))))))).)))))))))))...))).))))).(((((.(((.(((((((((((....))).....(((..(((((((...(((((((...((((.((((((((..(((((((..((((....))))....)))))))))))))))........((.....)).))))...(((..((((((......)))))).((((........))))..)))..))))).))))))))).))).))))))))))).(((....)))..))))).......))))))..)).)))))....(((((((........)))))))....)))))..............))...)))))))))..((((((.....)))))).)))))))))....))))).))))))))))......((((((.((((............((((((((.......))))))))..........((((.((((.(((((....))))).)))).(((((.....)))))....))))..))))...))))))..))))))).))))..(((....)))))))))))............ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((......((((((..........(((((...)))))..(((........))).....(((((....)))))....(((..((((((.....)))))).(((((((.((((((((((...((((({{{{{{{{{{...................)))))..........(((.}}}}..}}}}}}.........(((((((((((..((((((((....))))))))))))..))))))).(((((((.(......)))))))).((.(((((............))))))).......[[[[[[[((((((.....))))))....(((((....)))))...............((((.((((..((((((.(((((...)))))..(((((((((................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).)))).[.[[[[[)))....]]]]]]....]]]]]]]....(((((((............)))))))..........((((.((((.....)))).)))).(((((((..((((((((((...((((((((((.(((......))).)))...)))))))...))).............)))))))..)))).)))((((.(((.(((((..(((((((........((((..<<<....)))).....))))))).............((((((((((((....))))))).).))))((((((.((((((..((((..........))))...)))))).((((.......aaaa....))))>>>...((((....(((((((((....(((((........)))))...((((((........(((.((((.((((.((((((...((((((...((((((...))))))))))))..(((((....)))))....)))))))))))))).))).(((((.(.(((.((((........(((((((((..(((((((..((((....))))....))))))))))))))))....AAAA)))).)))).))))))))))).(((((......)))))((((((........))))))).))))))))...(.(((((((.....(((((((...(((....)))...)).)).)))....))))))))..((((.((((((((((.(.....))))))))....))).))))))))......(((((.........)))))((((.....))))...)))))).......))))).)))))))))))))))))....))))))).((((((((((.....))))))))))(((((((.........))))))).((((((((........))))))))((((((...))))))..))).....)))))).....)))).......((((((((((....))))))))))............. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((.....(((.(((.......((..........)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((..............))))))......)).....................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((....)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((.(....))).....)))).....(((((................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((.(((((((......(((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))....)))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...)..............)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((...(((((.(((((((((..)))).)))))...((....))....))))).(((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........((((((......((...(((...((((((...))))))...(....)))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((..((....))..).(((......)))......)))).....((.(.(((((((....((......(((......)))......))....)))))))..((.((.((.....)))).)).....)))..)))).).)))).....))))))...))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).)))))).)).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((.........((((.................................................................))))......))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((((((((((.((((.((((((.(((((((((.....(((.(((......................((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((..............))))))......)).....................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((....)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((.(....))).....)))).....(((((................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((.((.......((((...(((((((((((......(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))....)))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...)..............)))))))..))))).)))..))))...))))....)).))).))))...))))))))))).....(((.((((..(((....(((((..(((((.(((..((((..))))...)))...((....))....)))))..((...((((..((((....))))...))))..).)...(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........((((((......((...(((......(((...)))......(....)))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((..((....))..).(((......)))......)))).....((.(.(((((((....((......(((......)))......))....)))))))..((.((.((.....)))).)).....)))..)))).).)))).....))))))...))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((.........((((.................................................................))))......))))..))))))..))).))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))).)))...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((((((((.((.(((((...(((((..((((((.(((....(((.((...((.(((((....)))))..))..)).)))..)))))))))......)))))...))))).))....(((..((((((.(..(((......(((.....................(((((((((((..(((((..((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))))..))))))).(((((((.((((...(((((..((((.(((((.((......)).)))))......((((...(((((((((.....)))))).....((((....))))..)))..)))).....))))..)))))..(((((((((..(...((((..........))))...)..)).))))))).........)))))))))))....((((..(..((.((......)))).).)))).))))...))))).))))).)))))).....))).......(((((((((....(((..((((.....((((((.....))))))...))))..))).))).)))))).....)))..).))))))...)))..........)))))))))))))....................((((((((....((((.((((((((((....((((.(((.(((((..((((((((..((...((((.........))))))..))))))))...........((((...(((((((....)))))))........(((((.....(((((.((((...((..((((....)))).....(((((.(((((((..((((((.......(((.((..((((........))))..))...)))..((((((((...(((((((..((((.(((......((((...))))))).)))))))))))...))).))))).(((((.(((.(((((((((((....))).....(((..(((((((...(((((((...(((((((((((((..(((((((..((((....))))....)))))))..))))))..(..((..(.((.....)).)..))..))))))))...........((((((........)))))).....))))).))))))))).))).))))))))))).(((....)))..))))).......))))))..).))))))....(((((((........)))))))....)))))..............))...)))))))))..((((((.....)))))).)))))))))....))))).))))))))))......((((((.((((............((((((((.......))))))))..........((((.((((.(((((....))))).)))).(((((.....)))))....))))..))))...))))))..))))))).))))..(((....)))))))))))............ |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................................................................................................((((..((((.((...................................................(.((((((((....))))...))))...)(((((.((.......))))))).......................).....((((((....(((....))).).)))))...........((((.((.((...(....)))))...)))).(((......(.................)...)))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))......)))))..........)))((.....((((...(((.((((....((...(((..((((...(.((((((.....)))))).).))))..)))....)).))))...(((((((....(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))...........)))))))...)))).)))...)))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....(((((..(((((.((((((.(.....).))))))...............)))))..(....((.(..((((....))))...).))....)...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((.................................................(((.((((...((((..(.((.((((((.........(((((((.....))))))))).))))(...((.(..((....((.......((..(...........)))......)..)....)).(((.(...(.....)..).....)))))).))).)...))))....)))))))....)))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))..((..(...(((.((..(.((.(...........................................................((..(.......)..))......)...)).)..)).)))..)...))....))))).....)))(((((((((....))))))))).............) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................((..(((..(....(........((((((.(((...(((((((....))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.((.......)))))))..)..........................((((((....(((....))).).)))))...........((((.((.(....(...).).))...)))).(((((((((...(..........).)))))))))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))..........)..........)))((.....((((...(((.(((((...((...(((..((((.....((((((.....))))))...))))..)))....)))))))...(((((((....(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))...........)))))))...)))).)))...)))...))))....))((((........((((.........)))).....))))(((....(((((..(((((.(((((((((..))))).))))...............)))))..(....((.(..((((....))))...).))....)...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.((((((......((................(..........).........)).(((.((((...((((..(.((.((((((.........(((((((.....))))))))).)))).....((.(.(((.............(..(...........))..........)....)).(((.((.((.....)))).....))))))..)).)...))))....)))))))...))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))..((..(...(((.((..(.((.(...........................................................((.............))......)...)).)..)).)))..)...))....))))).....)))(((((((((....))))))))))............) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((.((((...((..(((((((((......................(((((((((.(((.....((.((((.((((((.....))))))....(((((.....((((.(..(((((.(((((.............))))).....)))))..)..)))).(((((((((((..(((((..((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))))..)))))))((((((((.((((...(((((..((((.(((((.((......)).)))))......((((...(((((((((.....)))))).....((((....))))..)))..)))).....))))..)))))..(((((((((..(...((((..........))))...)..)).))))))).........))))))))))))...((((.......................)))).))))...))))).)))))).)))))..))))))))).)).....)))....))))))))).......))))))))).))........(((.((((.....)))).))).)))).............................))))))))))))....................((((((((....((((.((((((((((....((((.(((.(((((..(((((((........((((.........)))).....)))))))..................(((((((....)))))))........(((((......((((.((((........(((....))).......(((((....((((..((((........((.(((.(((((........(((((........)))))..........((((((...(((.((...................)).))).))))))......))))).))).))........((((..(((....))).(((((.....))))).....))))...))))..(((((((((..(((((((..((((....))))....))))))))))))))))...)))).))))).................................((((((........)))))).................................(...(((....)))...)..............................(((((((........)))))))............................))))))))...((((((.....)))))).)))))........))))).))))))))))......((((((.((((............((((((((.......))))))))..........((((....((.((((....))))...))..((((((...))))))....))))..))))...))))))..))))))).))))..(((....)))))))))))............ |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold4
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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|
|
AAAUCCGGUUGAUCCUGCCGGACCCGACCGCUAUCGGGGUGGGGCUAAGCCAUGGGAGUCGUACGCUCCCGGGCAAGGGAGCGUGGCGGACGGCUGAGUAACACGUGGCUAACCUACCCUGAGGAGGGAGAUAACCCCGGGAAACUGGGGAUAAUCUCCCAUAGGCGAGGAGUCCUGGAACGGUUCCUCGCUGAAAGGCUCAUGGGCUAUUCCCCGCUCAUGAGCGCCUCAGGAUGGGGCUGCGGCCCAUCAGGUAGUUGGGGGGGUAAGGGCCCCCCAAGCCUAUAACGGGUAGGGGCCGUGAGAGCGGGAGCCCCCAGUUGGGCACUGAGACAAGGGCCCAGGCCCUACGGGGCGCACCAGGCGCGAAACGUCCCCAAUGCGCGGAAGCGUGAGGGCGCCACCCCGAGUGCUCCCGUAAGGGAGCUUUUCCCCGCUCUACAAAGGCGGGGGAAUAAGCGGGGGGCAAGUCUGGUGUCAGCCGCCGCGGUAAUACCAGCCCCGCGAGUGGUCGGGACUCUUACUGGGCCUAAAGCGCCCGUAGCCGGCCCGACAAGUCACUCCUUAAAGACCCCGGCUCAACCGGGGGAAUGGGGGUGAUACUGUCGGGCUAGGGGGCGGGAGAGGCCAGCGGUACUCCCGGAGUAGGGGCGAAAUCCUCAGAUCUCGGGAGGACCACCAGUGGCGAAAGCGGCUGGCUAGAACGCGCCCGACGGUGAGGGGCGAAAGCCGGGGCAGCAAAAGGGAUUAGAUACCCCUGUAGUCCCGGCUGUAAACAAUGCAGGCUAGGUGUCACAUGGGCUUAGAGCCCAUGUGGUGCCGCAGGGAAGCCGUUAAGCCUGCCGCCUGGGGAGUACGGUCGCAAGACUGAAACUUAAAGGAAUUGGCGGGGGAGCACCACAAGGGGUGGAACCUGCGGCUCAAUUGGAGUCAACGCCUGGAAUCUUACUAGGGGAGACCGCAGGAUGACGGCCAGGCUAACGACCUUGCCUGACUCGCGGAGAGGAGGUGCAUGGCCGUCGCCAGCUCGUGUUGUGAAAUGUCCUGUUAAGUCAGGCAACGAGCGAGACCCCCACCACUAGUUGGUAUCCUGGUCUCCGGGCCGGGACCACACUAGUGGGACUGCCGGCGUAAGCCGGAGGAGGGAGGGGGCCACGGCAGGUCAGCAUGCCCCGAAACCCCUGGGCCGCACGCGGGUUACAAUGGCAGGGACAGCGGGAUUCCGACCCCGAAAGGGGAAGGUAAUCCCUUAAACCCUGCCGCAGUUGGGAUCGAGGGCUGAAACUCGCCCUCGUGAACGAGGAAUCCCUAGUAACCGCAGAUCAACAAUCUGCGGUGAAUACGUCCCUGCUCCUUGCACACACCGCCCGUCGCUCCACCCGAGUAGGAGAGGGGUGAGGCCCCUUGCCUUUGGGUGGGGGGUCGAGCUUCUCUCCUGCAAGGGGGGAGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAUCACCUC |
| Reference structure (ext) |
|
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.......))))))...........(((((((((...................(((((((((......)))))))))................................(((((((......................................................................................................))))))).............................................................((((((((....))))...))))...((((((............))))))((((....))))........................(((((....)))))......))))))))).................................................((((((...................................)))))).........................................(((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).............((((((((((((((...))))............................................))))))))))...........................(((((((((......((((.........))))...))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...............))))))).............(((((....)))))........................................((((((((..............................(((((((...((((........(((...)))..................))))..........................................((((......))))..................((((((((.....((((((((....))))))))....)))))))).....(((((....))))).......................................)))))))......))))))))....((((((((...............((((....))))................))))))))..........(((((((........)))))))....................(((((((((.....)))))))))..............................................................................................................................((((((((((....))))))))))......... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((((((((.((((((..(((....(((......((...((...((((....))))...)).))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((((.......)))))))))....................................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((((....)))))).....(((((.........))))).......(((((......(.((((((((.(......))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((.....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((......(.(((((..(((((((.......)))))))...))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((............)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((...((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..((....))...)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).......... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((((((((.((((((...(.....(((......(((..((.((((((....)))))).)))))................(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((((((((.......)))))))))...................................))))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).)))).)..))))))..((((((....))))))..((.(((((.........))))).))....(((((......(.((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))...)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((.....((((((..(((((((((.....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((.......)))))))...))))))))..((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..(((............)))))....)))))))..((.(((((....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))....).)))))))).....(((((((....((((..(((..((((....))))..)))...))))....)))))))...........(((((((........)))))))..........))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..(((((((.((((....(.((((..((....))...)))).)...)))).)))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.......))))))((((((((((..((((((.((.....(((..........(((((((((......)))))))))((((.((((((.......(((((((..((((((((((((.((((((((.((((((....)))))).).)))))))...(((((((((((.......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))((((((.(....)))))))((((..((((((((.(....)))))))))))))......))))))))))))).........(((((..((.((((.(((.(.......).))))))).)))))))(((((((((.......((((.....((((....))))..))))(((.(((((...((((((....)))))).((((((((((.......))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))))))....)).))))))..))))))))))..........(((((....(((((....(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).)))))))....)))))...(((.((((((((...((((......))))...).))))))).))).(((((.((....)).)))))........(((((.........)))))..(((((((((.(((...(((.........)))))).))))))))).........((((((..(((((((((((((((...)))))))))))))))................))))))........((((.(((((....)))))..)))).........(((((.(((((................(((((((((.......))......(((((.......))))).....))))))).(((((((((.((......((((.((........)).))))....)).)))))))))...((((((..((........((((......))))))))))))....(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....))))).)).....)))))......(..........)..............................(..((((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....))))))))..)..((((((((((((........)))))))..........))))).....(((((((((.....)))))))))............))))).........)))))((.(.((((.(((..(((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..)))))))))))))..))).))))..).))........((((((((((....))))))))))......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((((((((.((((((((((.....(((.(((..(((..((((((((......)))))))))))...((((((.......(((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...(((((((((((.......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).)))))))..))))))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))))))(((.((......)).)))...((((....))))...)))))).)....((.(((...(((((....))))).))))))))))))))..((((((....))))))..(((((((((.......)))))))))....((((((.......((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))).......((((((.....(.((((.(.(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))..(((.(((.....(((((((((..((((((.((..((((......))))....))))))))..)).......((....)).)))))))....))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((((((.....))))))))))))))...((....)).....)))))))))))))((.....((((....))))....)).........(((((.(((((((..((..((((((.((((((((((....(.((........)).)........(((((((...((((((......(((.(((.......))).)))...)).))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((((((....)))))))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....((((((((...(((....)))...)).)))))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..(((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..)))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.......))))))((((((((((..((((((.((.....(((..........(((((((((......)))))))))((((.((((((.((..(.(((((((..((((((((((((.((((((((.((((((....)))))).).)))))))...(((((((((((.......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))((((((.((()))))))))((((..((((((((.(....)))))))))))))......))))))))))))).).))....(((((..((.((((.(((.(.......).))))))).)))))))(((((((((.......((((....(((((....))))).))))(((.(((((...((((((....)))))).((((((((((.......))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))))))....)).))))))..)))))))))).......(..(((((....(((((....(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).)))))))....))))).).(((.((((((((.(.((((......))))..)).))))))).))).(((((.((....)).)))))........(((((.........)))))..(((((((((.(((...(((.........)))))).))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...))))))))))))))).(.((....)))...)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....(((((..........((((((((((((((((((((((.....)))((....(((((.......)))))...))))))))).(((((((((.((..((..((((.((........)).))))..)))).)))))))))...((((((..((........((((......))))))))))))(.(.(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....))))).)).....))))).).)((((........))))......(((.............)))))((..((((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....))))))))..)).((((((((((((........)))))))..........))))).....(((((((((.....)))))))))..........))))))))))......)))))((.(.((((.(((..(((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..)))))))))))))..))).))))..).))........((((((((((....))))))))))......... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).(((.((((((.((..(((..(.....(((.(((...........((((......)))).......................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)....((((.(((((.......))))).))))...................................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))).))))..(.(.((((....)))).))....((((((.(....))))))).......(((((......((.(((((((.((....)))))...))))))))))).)))))).))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((.(((((.......))))).)))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((((((((.(....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((...((((((....((((((....)))))..).........))))))..(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((..............))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((...((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((...((...(((((......)))))))......))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))......... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((((((((.(((((((..((....(((.(((..(((..(((((((........))))))))))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).......((((((.((.)...)))))))......................................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((((....)))))).(((((((((.........)))))))))...(((((......((((.(((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((..((((.....)))))..)))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).(.(....((((((((((((.(....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((...((((((.........(((((....).)))).(..)..))))))..(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((...((....((..........)))..)....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((...((..((((....))))..))....))).....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((...(.((((.((((....)))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))......)). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.......)))))).(((((((((.(((((((((.(((.(((((((..((((((((((((((......)))))))).....))))))........)))))))...(((((((((((.((((((((.((((((....)))))).).)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))((((((.(....))))))).))))).(((((((.......))))))).((((.....)))).((((.(((....(((((.((((((.((.((((.(((...........))))))).)))))).)).))...)))...))).))))...((((....))))...))).)))))))))..((((((....)))))).(((((((((.((....)))))))))))...((((((.......(((((((..((((...)))).))))))))))))).)))))))))((((.......(((((....(((((....(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).)))))))....)))))...(((.((((((((..((((......))))....)).)))))).))).(((((.((....)).))))).......(((((((..(((..(((((...(((((((((.(((...(((........))).))).)))))))))........(((.((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))........(((((...((((.((.((((((((((.(((((....)))))..))).........((((((((...(((.(((.(((.(((..((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).))))))).(((((((((.((..((..((((.((........)).))))..)))).)))))))))))).))).))).))).....)))))))).(((..((.....))..))))))).(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....))))).)).))).)))))).))))).)))).))).)))))...)))..)))).))).(((((((.((..((((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....))))))))..)).((((.(((((((........)))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....))))))))).......)))).((.....)).......))))).))((((.(((..(((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..)))))))))))))..))).)))).))))......(((((((((((((....))))))))).....)))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.......))))))((((((((((..((((((.((.....(((..........(((((((((......)))))))))((((.(((((((......((((((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((((.......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))).))))))))))((((...((((..((((((((.......)))))))))))).....)))).((((((((....))))...))))...((((((.((......)).))))))((((....)))).((((((((...............(((((....))))).....(((.(((((...((((((....)))))).((((((((((.......))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))))))....)).))))))..))))))))))..........((.((.....{{{{...{{{(((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..)))))))))....{{{.....))(((((((((.((((((((...((((......))))...)).)))))).))).......((....)).))))))........}}}....}}}...}}}}...(((((((((.(((...(((.........)))))).))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))aaa((....))....)))))))..)).........(((((....)))))..........................................((((((((((..............(((((.......))))).))).)))))))..((((((((.((......((((.((........)).))))....)).))))))))....((((...........[[.(((<<......)))....))))....(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).)))))))).....(((((....)))))........))))).....>>....]].......................................(((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....))))))).......((..(((((((........)))))))............))......(((((((((.....)))))))))...........AAA......................((((.(((..(((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).......... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(..((((((((...))..............(((...(........)))).......((((((((......))))))))..................((((((((..((.(.((((((((.(((((((.((((((....)))))).)).)))))..((((........((......)).......))))....(......((........))......).)))))))).))))))))))).......(((..((((((((.(...).)))))))))))....((((((.((((((((....))))...)))).....((((.(((.....)))))))..((((....))))..................(((...(((((....))))).))).(((...(((..(((((((....)))))).(((.(((((.((....))))))).)))...))))..)))....((((((((.((....)))))...)))))............(((((.........)))))....((((((......(((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))))).)))))).(((((.((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).))))))..(((((.......(((((.....(....).(((((..((...((((.........))))))..)))))..(((......((((((((.(((((((((((.(.......).)))))))))))...((....))....))))))).)(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))...............))))).......)))))...(((..(((...)))..))).)))))...(((.....((((...(((((((....)))))))..(...)..))).)..............((((.((((((..(((((.((....)).(.((((......))))).))))).....(((((.(((((((.((((((.(..(((....)))))).))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).))))))))))))).)))........................................(((((((....((((((.((..((((....))))..)))..)))))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))...........(((((((.........)))))))..................((....))..))))))...(((.(((..(((((((((((((..(((((((..(((..))).)).)))))..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))... |
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Mastr(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.(.((((((...((.((((((((((.((((((..(((....(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..))))))...........(((.......))).............((........................)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).)))))).).....(((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((((....))))))..((((((((.........))))))...)).(((((......(.((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))).).((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.(((.((((((..((((((((((....((((........))))....(...(((((((.(...((.(((((..(((((((.......)))))))...))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((....(....)....))))....)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).))))))))((...(((((((....((((...((..((((....))))..))....))))....)))))))...))((((..(((((((.(.....)))))))).....)))).)))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..((....))...))))))...))))).))))))..))).))))...))..).)...(.(((((((((....)))))))))((....)).) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((((((((.((((((..(((....(((.(((..(.((.(((((((((....)))))))))..))..)..(((.......(((((((..((...(((((((.((((((...((((((....))))))....)))))).....(((...(((.......)))...))).......((........................)).)))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).......(.((((...((((....))))).))))))).))))))..((((((....)))))).(((((((((.........)))))))))...(((((......(.((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))....((..(((((((((((((..((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((.......)))))))...)))))))).(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((...(((((((.((((..(((............)))))))..)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..(((..((((....))))..)))...))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..((....))...))))))...))))))))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....))))) |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..(((.((((((((((.((((((..(((....(((.(((....(..((.((((((....)))))).)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..))))))...........(((.......))).............((........................)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).)))))).).....(((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((((....))))))..((((((((.........))))))...)).(((((......(.((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((..((.((((((..((((((((((((..((((........))))))..(...(((((((.(...((.(((((..(((((((.......)))))))...))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...).(((.(((((((.(.((..((..............)))).)..)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((...((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..((....))...))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))...(.(((((((((....)))))))))((....)).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((((((((.((((((..(((.(..(((.(((..((((.(((((((((....)))))))))..))).)..(((.......(((((((..((...(((((((.((((((...((((((....))))))....)))))).....(((...(((.......)))...))).......((........................)).)))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((((....)))))).(((((((((.........)))))))))...(((((......(.((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))....((..(((((((((((((..((.((((((..((((((((((....((((........))))(...)...(((((((.....((((((((..(((((((.......)))))))...)))))))).(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....((((..(((((((.((((..(((............)))))))..)))))))..((.(((((....))))).))...).)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..(((..((((....))))..)))...))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..((....))...))))))...))))))))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....))))) |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((.(((...((((((((((..((((((.((.....(((..........(((((((((......)))))))))((((.(((((((......((..((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))).))))))..))((((...((((..((((((((.......)))))))))))).....((((..(((((.((....(((..((((......)))).)))...))..)))))..))))....)))).((((((((..........(((...((((....))))..))).(((.(((((...((((((....)))))).(((((((((.((....)))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))))))....)).))))))..))))))))))....((((..(((((......(((((..(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).))..)))))..))))).(((((......((((((((((((...(((((.((((((((...((((.(((((.((....)).))))).......(((((((..(((..(((((...(((((((((.(((...(((........))).))).))))))))).......((((.((((.((..((((((((((.....))))))))))..))........(((((((..((((((.(((...((((.(((((....)))))..))))..)))....))))))....((((......))))...((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).))))))).)))))))..))))...((((.(((((..(((.....)))..)).)))..(((((.(((.((((((.........((.((((......))))))))))))....(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....)))))))..))).)).))).))))).)))).)))))))))...)))..))))).)).....)))).....(((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....)))))))....))))))))((((((........))))))......)))))..........(((((((((.....))))))))).....))))))))))))........)))))......((((.(((..(((((((((..((..(((((((..((....))..)))))))..))..)))))))))..))).)))).....))))...))).((((((((....)))))))).)))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((([[.[[[[[[....)))((((((((((..(((((((((((...)))..........(((((((((......)))))))))((((.(((((((......((((((...((((.(((((((.((((((((.((((((....)))))).).))))))).(.(((((((((.((.(...)))))))))))))....((((((((((........)))))))))).))))))).)))))))))).(((...((((..((((((((.(....))))))))))))).....)))......((((....))))..........((((((............))))))((((....)))).(((((((((((...))).(((..(((((....))))).))).(((.(((((.(.((((((....)))))))(((((((((.((....)))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))).......)).))))))..)))))))))).......((.(((((....(((((....(((((((((((.(((((((((.(....((((((.....))))))...))))))))))..))))))))).)))))))....))))))).(((.((((((((.(((((......))))...))).)))))).))).(((((..........))))).......(((((((..(((..((((((..(((((((((.(((...(((((...)).))).))).))))))))).........(((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...............)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..(((((((((...(((.(((.(((.(((..((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).))))))).(((((((((.........((((.((.(.....))).)))).......)))))))))))).))).))).))).....)))))))))...................((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).)))))))).....(((((....)))))........)))).................))))))...)))..))))).)).(((((((.....((((((((..((.((((((((..((((....))))..)).))))))))...)))))))).....((((((((((((.((...)))))))))......(((....)))....(((((((((.....)))))))))......)))))(((.....)))......))))).))((((.(((..(((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))]]]]]]]].. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((((((((.((((((.........(((.(((.......((...((((....))))...)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).............(((.......)))..........................................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).)))))).......(((((...(((((....))))).)))))...))))))..((((((....)))))).....(((((.........))))).......(((((........((((((((.((....)))))...))))).))))).)))))))))).((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((..((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((.....((.(((((...((((((.......))))))....))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))(.((((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((............)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((...((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((((((((((.........)))))))...)))))...)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((.............)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))) |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.......((((.((((((((((.((((((...((....(((.(((.......((...((((....))))...)).((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).......(((((((.......)))))))......................................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((((....)))))).....(((((.........))))).......(((((........((((((((.((....)))))...))))).))))).)))))))))).......(..((((......((((.(.(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.........))))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).))))))....((..(((((((((((((..((.(((((((.((((((((((....(((...((...))...))).....(((((((.....((((((((..(((((((.......)))))))...)))))))).(((.(((....((((((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((((.(((((((...((..(((............)))))....)))))))..((.(((((....))))).))..)).)))))))))....)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((...((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((((((((((.........)))))))...)))))...)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(.....)....)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....))))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.(((((.(((...((((((((((..((((((.((.....(((..........(((((((((......)))))))))((((.(((((((......((..((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))).))))))..))((((...((((..((((((((.......)))))))))))).....((((..(((((.(.....(((..((((......)))).))).....).)))))..))))....)))).((((((((..........(((...((((....))))..))).(((.(((((...((((((....)))))).(((((((((.((....)))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))))))....)).))))))..))))))))))....((((..(((((......(((((..(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).))..)))))..))))).(((((......((((((((((((...(((((.((((((((...((((.(((((.((....)).))))).......(((((((..(((..(((((...(((((((((.(((...(((........))).))).))))))))).......((((.((((.((..((((((((((.....))))))))))..)).......)))).....(((((((((((((.((((.(((((....)))))..)))).......(((((((((.(.(((.(((.(((.(((..((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).)))))))..(((((((.(((....).)).(((((..(((.....)))..)).))).))))))).))).))).))).)))...).))))))))).)))))).........(.(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....))))).)).....))))).)..)))))))..)))))))))...)))..)))).))).....)))).....(((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....)))))))....))))))))((((((........))))))......)))))..........(((((((((.....))))))))).....))))))))))))........)))))......((((.(((..(((((((((((((..(((((((..((....))..)))))))..)))))))))))))..))).)))).....))))...))).((((((((....)))))))).)))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((..........................................................................................(..(.....(.((.........(.(....).)...........(.((.....(.((....((...(.(.((.....(...(((...))).)..........((.........))....(..........)..))..).)..))..)).)..(((.(..(((...(((((((.......))))))).)))...)..)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......)))))))....))...)....))...)...).......((((....(((....))).).)))....)........((......................))..(.............)....(((((......((.((((.((.((....))))....))))))))))).).).....................(.....((((...(((((((((((.(.(((.((((......((((((.....))))))....).))))))...))))))))...((((((.....(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))....))).)))..))))...))))....).((((........((((.........)))).....))))(((....((.(((((((((.(((((((.(((((.......))))).)))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...((.(((((((........((((((..(((((((((.(...(.((........)).).).)).(.(((((((.................................................((.((((..(((((..((...((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((....(..................).......)))))))..((.(((((....))))).....)).)))).)..))...)))))...))))))....)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((...((..((((....))))..))....))).....)))))))...))(.....(((((((........)))))))........).)))))).((.(((((((.........)))))))....))........)))............)))).))((((..(...((((((..((((.(....(((....(..(.)...).))).)...))))..))))))..)...))))..)).)).....)))(((((((((....))))))))).......... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.(((((.(((...((((((((((..((((((.....................(((((((((......)))))))))((((.(((((((......((..((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))).))))))..))((((...((((..((((((((.......)))))))))))).....((((..(((((.......(.(..(((........))).).).......)))))..))))....)))).((((((((................((((....))))......(((.(((((...((((((....)))))).(((((((((.(......))))))))))....))))))))..)))))))))))))))))))..........))))))..))))))))))..........(((((......(((((..(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).))..)))))..))))).(((((......((((((((((((...(((((.((((((((...((((.(((((.((....)).))))).......(((((((..(((..(((((...(((((((((.(((...(((........))).))).))))))))).................((..(((((((((((...)))))))))))..))...((....))............(((((..((((.(((((....)))))..)))).......(((((((((...(((.(((.(((.(((..((((((((((...((....))...(((((.......))))).))).)))))))..(((((((((((....).))..((((..(((.....)))..)).)).)))))))).))).))).))).))).....)))))))))..)))))...........(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..(..(((((....)))))..).....))))).................)))))...)))..))))).)).....))))....((((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....))))))))...))))))))((((((........))))))......)))))..........(((((((((.....))))))))).....))))))))))))........)))))......((((.(((..(((((((((((((..(((((((..((....))..)))))))..)))))))))))))..))).))))............)))(((((((((....))))))))))))))))).. |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((.(((...((((((((((..((((((..((....(((..........(((((((((......)))))))))((((.(((((((......((..((...((((.(((((((.(((((((..((((((....))))))...)))))))...(((((((((.((......))))))))))).....((((((((((........)))))))))).))))))).))))))..))((((...((((..((((((((.......)))))))))))).....((((..(((((.((....(((..((((......)))).)))...))..)))))..))))....)))).((((((((..........(((...((((....))))..))).(((.(((((...((((((....)))))).(((((((((.((....)))))))))))....))))))))..))))))))))))))))))))))....)).))))))..))))))))))....((((..(((((......(((((..(((((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..))))))))).))..)))))..))))).(((((......((((((((((((...(((((.(((((((....((((.((((..((....))..)))).......(((((((..(((..(((((...(((((((((..((...(((........))).))..))))))))).......((((.((((.((..((((((((((.....))))))))))..))........(((((((..((((((((((...((((.(((((....)))))..))))..)))...)))))))....((((......))))...((((((((((..(((....)))..(((((.......))))).))).))))))).)))))))..))))...((((.(((((..(((.....)))..)).)))..(((((.(((.((((((.........((.((((......))))))))))))....(((((.(((((((((((..((((((((....))))))))))).))))))))..((.(((((....)))))))..))).)).))).))))).)))).)))))))))...)))..)))).))).....)))).....(((((((.....((((((((..((((....))))..)).)))))).....))))))).....)))))))((((((........))))))......)))))..........(((((((((.....))))))))).....))))))))))))........)))))......((((.(((..(((((((((..((..(((((((..((....))..)))))))..))..)))))))))..))).)))).....))))...))).((((((((....)))))))).)))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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|
|
GACAGAAUCAAACUUGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAACGAACGCUAUCGGUAUGCUUAACACAUGCAAGUCGGACGGACUAAUUGGGGCUUGCUCCAAUUAGUUAGUGGCAGACGGGUGAGUAACACGUGGGAAUCUGCCCAUCAGUACGGAAUAACUUUUAGAAAUAAAAGCUAAUACCGUAUAUUCUCUACAGAGGAAAGAUUUAUCGCUGAUGGAUGAGCCCGCGUCAGAUUAGGUAGUUGGUGAGGUAACGGCUCACCAAGCCGACGAUCUGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGGACAAUGGGCGAAAGCCUGAUCCAGCAAUACCGAGUGAGUGAUGAAGGCCCUAGGGUUGUAAAGCUCUUUUAGCAAGGAAGAUAAUGACGUUACUUGCAGAAAAAGCCCCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAGACGGAGGGGGCUAGCGUUGUUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGAGUGCGUAGGCGGUUUAGUAAGUUGGAAGUGAAAGCCCGGGGCUUAACCUCGGAAUUGCUUUCAAAACUACUAAUCUAGAGUGUAGUAGGGGAUGAUGGAAUUCCUAGUGUAGAGGUGAAAUUCUUAGAUAUUAGGAGGAACACCGGUGGCGAAGGCGGUCAUCUGGGCUACAACUGACGCUGAUGCACGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGAGUGCUAGAUAUCGGAAGAUUCUCUUUCGGUUUCGCAGCUAACGCAUUAAGCACUCCGCCUGGGGAGUACGGUCGCAAGAUUAAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCUCGCACAAGCGGUGGAGCAUGCGGUUUAAUUCGAUGUUACGCGAAAAACCUUACCAACCCUUGACAUGGUGGUCGCGGAUCGCAGAGAUGCUUUCCUUCAGCUCGGCUGGACCACACACAGGUGUUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUCAUUCUUAUUUGCCAGCGGGUAAUGCCGGGAACUAUAAGAAAACUGCCGGUGAUAAGCCGGAGGAAGGUGGGGACGACGUCAAGUCAUCAUGGCCCUUACGGGUUGGGCUACACGCGUGCUACAAUGGUGUUUACAGAGGGAAGCAAGACGGCGACGUGGAGCAAAUCCCUAAAAGACAUCUCAGUUCGGAUUGUUCUCUGCAACUCGAGAGCAUGAAGUUGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCUCGGGCCUUGUACACACUGCCCGUCACGCCAUGGGAGUUGGUUUUACCUGAAGGUGGUGAGCUAACGCAAGAGGCAGCCAACCACGGUAAAAUUAGCGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUGCGGCUGGAUUACCUCCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.................(((((...aaa.))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..(((((((((((((((....))))))))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.((((....(((((((....))))))).....)))).....(((....)))....((....)).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).[.(((((((...(.......)....))))))..])..((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}}))))).))))))))))..........(((((...<.((((.(.(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<..((((((((((((...))))))))))))...<<..))>>.....>>>>>>>))).(((......((((....))))....)))...AAA..(((((.(((((((.((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((...((((((((....)))))))).((((.....))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..((((((((((((....((((((.((((..(....).))))))))))...))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.(((((((((((((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((....((((((((((((....))))))))))))..))))...((((.((((...(((((((..((...((((((((((((..(..((((((....))))))...)..))))...(((((....)))))..........))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))))))))).)).......))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))((((((((((..((((....)))).......(((((.......)))))......))))))))))......((((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))))))))))))).......((..((((.....(((((..((((..((((((..((((((((((....((((((.....))))))..))))))))))...)))))).....((((((((...(((((((((..((((((((((..(((......)))...)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))..)))))....)))))).))))...))))))))))).....((((((((..(((((..((((((((((((.((.(((((((((...))))))))).))...((....))....)))))))(((((........(((((((........(((((...((...(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........((((((..(((..(((....)))..)))..((((...))))))))))....(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))))...))))))...))))))).......))))))).....(((((((....(((((.((...(((....)))...))...)))))...))))))).(((((((...(((((((........))))))))))).)))..))))))....(((((((((....)).)))))))......))...))))))..((....))..)))))))..))....)))))(((((((((.....(((((..(((............)))..)))))))))))))).))))))))))))..))))).))..)))(((((((((....)))))))))))))))))..)))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................(((((((.......................((((((((((((....))))))))))))...................................((((((((..............................................................))))))))............((((((......((((((((.......))))))))......))))))......((((....))))...........(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..)))))))......................................................................((((((......((((((..................))))))))))))...........................................((((((..((((((((((....((((((.....))))))..))))))))))...)))))).......((((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))..))))))....................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((....(((((((((...)))))))))..................)))))))..............((((....))))....................((((((((............((((((((..............................(((((((........((((........................((((((...))))))))))............................................................................(((((((.........................))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).......................................................................(((((((........)))))))......................................................))))))))..................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((.......((((((....)))))).......)))))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....))).............)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((....(((((((....)))))))....((.....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....)))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(....).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................(((.........((((.((((((.((((((.(..............(((..((..((...((((((....))))))...))..)))))................(((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....)))).....(((....))).............)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).)))).)..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((................))))).)))...(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))....)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((....(((((((....)))))))....((.....))..))))).)...((.(((..(((((.(.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((..(((..(((......))))))...)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).)..)))))...)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((.(((..((((....))))..)))...)))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((.((((..(....).)))))))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))..)))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((....)))))))).))).....((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((((((((....)))))))))))).)))))......(((......(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((....))))))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....))))((((.(((((...(.......)....)))))...))))(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))).......((((((.....(.((((.(.(((.(.(((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))).)...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((.((((((((.....)))))))).))...((....)).....)))))))))))))((.....((((....))))....))..(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((..(((..(((....)))..)))..((((...)))))))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((.(.((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..(....).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..).))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((....)))))))).)))((((((((((..((((..(((((((((..((.((.....(((..((.((((((((((((....)))))))))))).))....))).............(((((......)))))..((((((.(((.((((((....)))))).).)).)))))).(((((....)))))....(((((((((..((..(((((((.(((((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))................(((((...(((((....))))).))))).(((.((((((((((......(((((()))))).....))))((((.(((((.(((.......).)).))))).)))).((((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))))......)))))).))).(((((((....((((((((.(((((.((((((.(((((((((((....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))).)...((((((((...((((((((...((((((((((..(((.......)))..))))))))))...)..(............))))))))..)))))).))..)))).))))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))............(((((.((.(((((((((...))))))))).))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........)))).)))))))..)))))))))))(((((((((((..((((........)))))))))...((((.......((((((((((..(((..(((....)))..)))..((((...))))))))))((....))......(...((....))(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((.(((.....))).)).....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))...(((.....)))).)))).(((....))))))).......))))))......((((((.....(((((.((...(((....)))...))...)))))....))))))...........(((((((........)))))))))..)).....((((........))))...))))))))).))))....)))))).))))(((((............((((.((..((..((((((((((((....((((((..(((..(....).))).))).)))..))))))))))))..)))).)))).......)))))(((((((((((....))))))))))........).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..................((((....))))..............................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)...(((((....)))))...........)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((.....((((((....))))))...((.........))))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((..)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((......((.(((......))).))......)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)....(..((.....)))..((....)).)))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.......)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...(((.((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((.....((((((....))))))....((.....))...))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((...((..((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((..)).))).))))..)..))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((....)))))))).)))((((.((((((.((((((((((((......(((.(((..........((((((((((((....)))))))))))).(((((((((.(((.......(((((((.......((((((((((((.....((((((....))))))......))))((((((((....)))))......))).)))))))).....)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))).............))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))...)))))))((((((((((..((((....)))).......((((((.....))))))......)))))))))).......(((((......(((((((((.........)))...))))))))))))))))))))))...........((((.....((((((.((((..((((((.(((.....(((((((((((((.....))))))....))))))).))))))))).......((((((...(((((((....((((((((((.((((......))))..))))))))))....................)))))))..)))))).....)))).))))))....))))...))))...((((....[[[..))))...]]]....((((...(((((((((((....(((((((((...)))))))))..................)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).))))))))..((((.(((..[[[)))))))...(((......)))......]]]...........(((((((........((((((..(((..(((....)))..)))..((((...))))))))))....(((.(((((.((((....))))(((((((((....)))..((((......))))..))))))))))))))..((((((((((((....))))).[[[.......))))))).....(((((.....))))).....]]]...(((...[[[[.)))....]]]]......)))))))........((((((.....(((((((....(((((......(((....)))........)))))...)))))))[[[[((((..((((.....))))..))))))))))...]]]]....(((....[[[[[[[...)))...]]]]]]]...((((.....[[[[..))))......]]]]....((((.(((..((((((((((((.....(((((..(((............)))..)))))))))))))))))..))).)))).((((.....[[[[.(((((((((....))))))))).))))....]]]]. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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HotKnots
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MCFold
(ext)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((....)))))))).))).(((((((((..((((..(((((((((((((.(((((...((((((.((((((((((((....)))))))))))).(((((..(((.(((........(((((......)))))..((((((.(((.((((((....)))))).)).).)))))).(((((....)))))....(((((((((......(((((((.(((((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))).(((.(((((((.........))))))).)))(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))(((((.......((((......((((....)))).....)))).(((.(((((................)))))).)).((((((..(((..(((((((((.((.{{{)))))...))))))..........................}}}....(((.(((....))).)))[[[..............)))...)))))).........)))))..........]]].......((((((((...(((((((.....(((((((((...<<<<..........)))))))))....>>>>.............)))))))..)))))).)).................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((....(((((((((...)))))))))..................)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))..)))))).)))))))....)))))))))...(((((((((((((((((((.(((((..........((((.((((...((((((((..(((..(((....)))..)))..((((...)))))))))).)))))).))))((((((((....)))).))))))))).))))))))))))))..)))))...(((.((((((...(((((((......(((.....)))........)))))))..((.(((((.....))))))).(((((......(((.....)))......)).)))..)))))).))).))).))))))))...(((((((....(((((......(((....)))........)))))...)))))))...)))))).....((((........)))))))))..))))...((((........))))...))))))))).))))....)))))).)))((((((((..(((.....((((.........((((((((((((.....((((((.(((............)))).))))))))))))))))).......))))))).)).)))))).(((((((((....)))))))))(((.....)))... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
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RNASampler(seed)
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[ FASTA input ] |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
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RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((........(((((....)))))........)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....))).............)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((...))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((.....((((((....)))))).....((.....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((......)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((.........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.(((((((((((((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((..(.((((((((((((....)))))))))))).....(((((.(((.......(((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))...(((((....)))))..........))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))).)))))...)..))))..(((...(((((.(((.....))))))))..(((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))(..(((((((..((((....)))).......((((((.....))))))......)))))))..)......((((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))))))))))))).......(((.((.......((((((.((((..((((((.(((.....(((((((((((((.....))))))....))))))).))))))))).....((((((((...(((((((((..((((((((((..(((.......)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..)))).))))))....)).))).))))...))))))))))).....((((((((..(((....((((((((((((.((.((((((((.....)))))))).))...((....))....)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((.((((.(((.....))))))).(((((..((((((((...((((((..........(((((((......((((((((..(((..(((....)))..)))..((((...)))))))))).))..(((..((.(((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((((.((.(((.....))).)).))..))))))...((.(((((.....))))).))...))))))..)))).).))))))))..))).....)))))))......)))))).......(((((((....(((((.((...(((....)))...))...)))))...))))))).....))))))))....))))).(((((((((......((((.....))))..(((((((.........)))))))......)))))))))..............)))))))((((..((..((((((((((((.....(((((..(((..(......)..)))..)))))))))))))))))..))..))))..))))).....))).((((((((....)))))))).))))))))..)))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................(....((.(((.(((......(((.((...((..(..(....)..))...).......((........(....(..(...((.....(.....).....().......))...)...)..).....((.(((.(((...(((((.(.......).))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).))...........))...))).......((((((....(((....))).).)))))..)).......((((.((((...((...)).))))...))))((((.(((((...(..........).))))).))))..(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))......))).).........)..)((.....((((...(((((.(((((.(.((.((((((.....((((((.....))))))...))))).)))...)))))).)...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((.((((((.(......))))))).))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((((......(....(((....))).....................))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((...((...((......)).))....))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...((((((.......((..((...(((....)))...))....)..)....))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((....(..(....)..)..)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))).............) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.(..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((.(((...((.(((..((((.....((.....((((....)))).....))...))))...(.((.((((....((((((..((...(((((((.((((.(...((((((....)))))).)....)))).(......(....).)...(.....)..)))))))..)).)))))).((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.((((...((...)).))))...))))((((.(((((...(..........).))))).))))..(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((.((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))).)...(((.((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((.((((((.(....)..)))))).))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....(((((((.(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(((((...(...(..(((....))).)..................)))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((...((...((......)).))....))))))).(((.(((((.....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))....)(((((((.....(((..((...(((....)))...))....)))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..((..((((((..((((....(.((((...(...(....).)...)))).)...))))..))))))..))..))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((....)))))))).)))....((((((..((((..((((((((......((.............((((((((((((....)))))))))))).(((((...((.(((.(((((...((((......))))..............((((((....))))))......(((((..(((((....)))))......(((((((......(((((((.(((((..........((((((((.......))))))))..............((((...............))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((....((((....))))..))))............((...(((..(((((.................((..(((((................)))))..))..............(((((((((.((....)))))...)))))).)))))..)))...)).......(..(((.......((((((.((((..((((((..(((((((..(....((((((.....))))))..)..)))))))...))))))......(((((((...(((((((....((((((((((.................))))))))))...........((....)).)))))))..)))))).)...)))).))))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((.(((((((((...))))))))).))...((....))....))))))).)))..).((((..((((....))))...))))........))))).)))))))....))))))).....)))))...........))))).............(((((((.((....(((((((..(((..(((....)))..)))..((((...)))))))))).)...(((..((.(((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))...........((((((((.((.(((.....))).)).))..))))))...(..(((((.....)))))..)...........)))).).))))))))..)))..)).)))))))....))).)).)))))...((((((.....(((((.((...(((....)))...))...)))))....)))))).................................))..........(((........))).....)))))))).))))....))))))......................((((.((..((..((((((((((((.......(((..((...(....)..)).)))......))))))))))))..)))).))))..............(((((((((....))))))))).............. |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.(((((((((((((((...(((.(((((.(((((((((....(((.(((..........((((((((((((....)))))))))))).(((((...((((..(((...(((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))...(((((....)))))..........))))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..)))..)))).((......)).))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((....((((....))))..))))))).))))))..(((..(((..((((((.(((.......(((.(((..(((((................)))))..))).))))))......(((((((((.((....)))))...))))))))))))..)))..)))..........))))).....((((((..(((..((((((..(((((((..(....((((((.....))))))..)..)))))))...)))))).....((((((((...(((((((((..((((((((((..(((.......)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..)))..)))))).....)))...))))...))))))))))).....((((((((..(((....((((((((((((.((.((((((((.....)))))))).))...((....))....)))))))..(((...((((...(((....)))....))))..)))...(((((((.((((.(((.....)))))))..((((..(((((((((((((((((..........(((((((........((((((..(((..(((....)))..)))..((((...)))))))))).....(((..((.(((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((((.((.(((.....))).)).))..))))))...((.(((((.....)))))))....))))))..)))).).))))))))..))).....)))))))......))))))..)))..(((((((....(((((.((...(((....)))...))...)))))...))))))).....))))))))....))))..(((((((((......((((.....))))..(((((((.........)))))))......)))))))))..............)))))))((((..((..(((..(((((((.....(((((..(((...((.....)))))..))))))))))))..)))..))..))))..))))).....))).((((((((....)))))))).))))))))..)))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
UGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGCGCCGUGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUGACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUCGGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAUCAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUGAGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGCUUGGAGGAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGAACGAAACCCCCGACGAGGGGACUGACGGUAAUAGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAGGGCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGACGGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCCACCUGGUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAAACGAUGCGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUGGCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUCGGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCCAGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....((((..{{.....)))).((((.(((((..((((((((.....(((.(((.((((...((.((((((.)))))).)).))))....((((......((((((((..(((..(((((((.(((((((.((((((((..)))))))).)).)))))((..((((((((((....)))))))))))).((((...)))).))))))).)))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..(((((((((..)))))...))))))))((((((..........))))))((((((..))))))..))))))......((.(((....(((((..)))))..))))))).))))))..(((((....(((((....)))))...)))))....((.((((((((...))))))))..))......((((((((...[[[[[.....[[.)))]].......]]]]])))))..)))))))))..........(((((.....((((.(((((.(((((((.(((((((((((....((((((((...))))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((((.((((((((((((((((((((((((((....))))...))))))))))))))).......(((..))).)))))))))))))).)))...))))).))))...(((((((...(((.(((((.........))))).)))))))))).........<<<<<<.(((((((((((...)))))))))))..<<..))>>.....>>>>>>.))).(((((.((.(((((..)))))))))))).....}}.(((((.(((((((.(((.(((((((((((((((((......((........))..........(((((((......((((((......((((((..)))))).....))))))..((.(((...(((((((((...((((((((((..))))..(((((....)))))..)))))).....((((.(((((((.((...((((.....))))...)))))))))....(((((((..))))))).......))))....)))).)))...)).)))))....)))))))...)).)))))))))....(((((((((..(((.......((((....)))).........)))..)))))))))......((.(((((((((........))))))))).))....))))))((.((((((((((........)))))))))))).)))...)))))))))).))....((((((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((...(((....)))))))))))))))))))))))))).)))))))).))))).))).....(((((((((....)))))))))......
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((.((((.(((..(((((.((((..((((((((((((((((..(((......)))....))).))))))))...)))))...((((((((.((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((.....(((((...((((((((..((((....))))....((((...(((((.(((.....))))))))..(((....)))(((.((..((((((.((((((.....((((....))))....(((((....)))))...)))))).((((....))))......)))))).......((((.....)))).............)))))))))..(((((((((.((....)))))...)))))).((....))))))))))..(((.(..((((...((((((((..(((.(((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...((((...))))......)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))).))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))....))).......((((((((......((((((((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....))))))).)))))))).(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).......))))).....(((((((..((((....))))..))..)))))......))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))).))))).((((((((((..........)))))))...)))......)))))...)))..)))))))))).)))).)))).(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..)..))))))).)).........((((((((((....))))))))))..))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((..((((..((((..((((((((((((((((..(((......)))....)))).)))))))...)))))...(((((((((((...((((((((..((...(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((..((((....))))..)))))..((((...)))).)))))))..))))))))))....((((((..((((((((.......))))))))(((.....(((((((((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((.(((((...((((((....(((((....)))))...(((((....)))))...))))))..((((((((((.((...............))))))))..))))..))))).......(((((......(((((((...((....)).....))))))))))))..))..)))))).((((.(((((((...(((((((...(((((((((.((((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....(((((((.((.(((......)))....)).)))))))....(((.........))).)))))))..)))))).))..))))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))))).......(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).))))...)))....)))))).)))))..((...(((((.(((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......((((((((..(((((((....))))))).)))))))).(((.(((((.(((((((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).)))))))))....)))))))..))))))...))))))).......))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..)).)))))).))))..((..(((((((((((((.....((((....(((....))).))))....)))))))))))))..)).))))................(((((((((....))))))))))))))) |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((((((...................((((((((((...)))))))))).................((((((((.......(((((((((((.......................................................................)))))))))))....))))))))............((((((((.......))))))))..............((((((((....))))...))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..))))))))....................................................................(((((......(((((((................))))))))))))..................................................................((((((.....))))))............................((((((................................................................................))))))..................................((((.........)))).....................(((((((.((((((((((...))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((......((((((((..(((((((....))))))).)))))))).........................................................................(((((((.((((..((((...))))))))..))))))).....(((((....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((..............((((....))))................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........))))))))...........................(((((((((((((................................)))))))))))))........................((((((((((....))))))))))..... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((..((((((.))))))..)).))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((..))))))))))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....................................(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....))))))).))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(..((...)).).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))...... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......((((..(((((.((((((.......(((...........((.(((((((.))))))).))..................((((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((..))))))))))...............))))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))....))))))..((((......((((....)))).....))))....................................(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))....)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.((........))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....))))))).))))).)...((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((..(((..(((.....))))))...)))))))..((.(((((....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...........(((((((........)))))))..........))))))....(((((((..........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((((((((....(.((((..(..((...)).).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((.......)).....((((((((((((((((..(((......)))....)))).)))))))...))))).................(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))......((....))((((((.......))))))................(((((((.........)))))))....(((((.((.......)))))))...(((.((((.((.............((((((.(((.((((....))))......(((....))))))..))))))...........((....)).............((((.....))))......((((((.((..(((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))(((.....)))..(((..((((((((..(((.((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....))))))))).).(((((.(...((((((((...((((((((...(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...)(((.........))).)))))))..)))))).))...))))))((((....)))).((.......))..........))))))).)))))))))))..)))...((((((.((((((((((...))))))))))..).............))))))).)))))))(((.(((((....)))))..)))................................(.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((..(...((((((((..(((((((....))))))).))))))))...((((((..(((.(((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((...(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))).)))..))))))......)..)))))))......)))))))).)...(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....))))))).......((..(((((((.(....).))))))).....))((...((......(((((((..........))))))).....))...))...(((((................((((.(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))).)))).........)))))((((((((((....))))))))))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((....(((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((...)))))).)))))......(((......((((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).)))))))..))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)....((.(((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..........((((.....)))).............(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))))))...))).(((.....(.((((.(.(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))).....((((((...((((((((...(((((((....(((........))).....)))))))...)(((.........))).)))))))..))))))......))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((...))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....))))))).))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((((....((((....))))......))))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))..... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Cylofold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((...............((((..(((((..................[[[[[[[[[))))).....))))....((((((........(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).))))))))))).......(((..((((((((.......)))))))))))...........((((((((....))...))))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))......(((((.((((......((((....)))).....))))...........(((.....)))..............(((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))............(((((((...((((((((..((((((((((.(((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))))..((((((((...(((((((....(((((((....(((........))).....)))))))....................)))))))..))))).))).........((((....))))..........((((.........))))...))))))))))).......(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))...............]]]]]]]]].)))))...(((((((((((...((((........)))).)))....(((((((......((((((((..(((((((....))))))).))))))))....(((((..(({{(((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).))))))))))..))}})))))..........)))))))......)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))...........(((((((..........))))))).............................)))))).((((.(((..(((((((((((((.....((((....(((....))).))))....)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))). |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((...)).......................................((.((((.(....))))).))...................(((((((..((.(.((((((((((((.(((.((((((....)))))).)).).))))....(((((((((((..)))))))))))..............)))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...)))).....((((.(((.....)))))))..((((....)))).................((((...(((((....))))).))))......((((((.(((....((((((....))))))...))).((((((...((....))...........))))))..))).))).....((((((((.((....)))))...)))))..((....))...........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))...........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))...((...((((.(((((....)))))..))))..))..............((((....))))....((((((.((((..((((...(...))))))))).....((((((......(((((((........((....)).......)))))))..((.((.((((((.(.(((((.((((((.((....))...((((......))))..))))))....(((((..((((((.(((((((......))).))))..))))))...((.(((((....))))).))..)).))))))))....).....))))))))))...))))))........)))))).......((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....))))))......(((...(((((((........)))))))))).................(((((((..........)))))))............((((..((....))..)))).....(((.(((..(((((((((((((...(.((((.....((....))..)))).)..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....)))))))))))))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(.((((((...)))))).).((((((((((((((((..(((......)))....)))).)))))))...)))))...((((((((.((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).))))))))))).((..(.(((..((((((((.......)))))))))))...)..))...(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))..........((..((((((.(((..((((...((........))..))))..)))..))))))..)).(((((((.......)))))))......((((.....))))...........(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((.....)))))(((..((((((((..(((.((((((.(((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))....(((...))).......)))))))..)))).))))...(((...((((....))))....)))...((((.........))))...)))))))))))..)))..(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....))))))).(((((((((((.(((((....)))))..)))(.........)....((..((........))....(((((.(((((..((((........)))))))))...(((((((......((((((((..(((((((....))))))).))))))))..(.....((..(.(.((((((.(((((..((....))....(((......)))....)))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).))))))))).....).).)).....).....)))))))........)))))......(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))..((......(((((((..........))))))).....)).)))))))).........)))))))))).((((..((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..))..))))..............((((((((((....))))))))))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((((.)))).)).)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((......................).))..).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....))))))).))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))).))))))..))).))))...))..))).....(((((((((....)))))))))...... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((.(((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((....((((.))))....)))((......(((......((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(..(......................).....).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(..(((((.....((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....))))))).))))).)))(((.(((..((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))....(((...(((((((.((((..((.......))))))..)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))((..((((...(((((((........)))))))))))...)).)))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..(..((...)).).))))))...))))))))))))..))).))))..)))..........(((((((((....))))))))))))))) |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((((.)))).)).)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((......................).))..).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....))))))).))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))).))))))..))).))))...))).))).....(((((((((....)))))))))...... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((..(((....((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((....((((.))))....)))((......(((......((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(..(......................).....).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).)).......(((((.....((((...(((((((((((.((((((((((.....(((((((.....)))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))..)))....(((((....)))))))))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....))))))).))))).)))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((.((((..((.......))))))..)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...))))))))..)).)))))))).)...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))((..((((...(((((((........)))))))))))...)).)))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..(..((...)).).))))))...))))))))))))..))).))))..((....))....((((((((((....))))))))).....) |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.((((.((((((...)))))))))).)).(((((((((((..(((......)))....)))).)))))))((((.(((((.((((((((.((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((.....((.((((.((((((((..((((....))))(((((((....(((((.(((.....)))))))).(((((.((((.((......((((((.((((((.....((((....))))....(((((....)))))...)))))).((((....))))......))))))......))))))...)))))...............)))))))..(((((((((.((....)))))...)))))).((....)))))))))).(((((((((((....((((((((..(((.(((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...((((...))))......)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))).)))))))))))...((..(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))......))..(((((((((.((((((..(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....))))))).)))))))).(((.(((((.(((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).)))))))))....))))))))..)))))...)))))))..))).)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).))....))))....)))..))).)))))))).)))).)))))))...)))..)))))))))).((((..((..(((((((((((((.....((((....(((....))).))))....)))))))))))))..))..))))..))))).......((((((((((....)))))))))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((......................................................................................................................................................................(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.(....((...))..).)...)))).....(.(.................).....)....(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((.((((......((((((.....))))))....)))).)))...))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((...((....((.(.........).)).))....)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...((.....)).)))...)))))))..((.(.(..(....).)).....)).)))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...............)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))))) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((..((((.....................))))...(.((.((((...(((((((...((...(((((((.((((.(...((((((....)))))).)....)))).(....((.((.(((..))).)).))..)...((......)).)))))))..)).)))))))(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))))))))...)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.(....((...))..).)...)))).....(......................).......(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((...((((((((......((((((.....))))))....))))))))....)))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....(((((((..(((...((((...((((........)))).)))).).(((((((......((.(.(((...((((........)).))..))).))).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).))))))))).....((((.(((((((..(((...((.....)).)))...)))))))..((.(((((....))))).....)).))))..))))...)))))...)))))))...)))))))))....))).))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((....(((((((........))))))).))....(((((...((...(((((((...(....).)))))))...)).)))))))))))............)))))))((((..(...((((((((((((.(....(((...(...(....).)..))).)...))))))))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.((((.((((((...)))))))))).)).(((((((((((..(((......)))....))).))))))))((((.(((((.((((((((.((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((.....((((..(((..((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))).....(((((((....((((....))))..))))).))))))....((((......((((....)))).....)))).(((((....((((.....))))((((.(((((.(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((((((.(..((((...((((((((..(((..((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((((..(((((((....(((........))).....))))))).....))....((....)).)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))..))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))....)))))..))))(((((((((.((((((..(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....))))))).)))))))).(((.(((((.(((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....)))))))...)).)))))))))....)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).))....))))....))).))))))))).....)))))..)))))...)))..)))))))))).((((..((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..))..))))..))))).......((((((((((....)))))))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
UGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGCGGGGUUUUACUCCGUGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUGACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUCGGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAUCAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUGAGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGCUUGGAGGAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGAACCCGGGACGAAACCCCCGACGAGGGGACUGACGGUACCGGGGUAAUAGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAGGGCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGACGGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCCACCUGGUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAAACGAUGCGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUGGCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUCGGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCCAGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUGCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCAGCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCAUAACUUUGUAUGUGAUCUAUCGUGUGGGUCACCACUGCAAAUAAGGAGGUAAAAAUGCCUGUUAUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((.((((.((((.((.(((.(....).)))))..((..(....(((......))))..))((((((((((.....))))))))))...((((((((((((.((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((.....(((((...((((((((..((((....))))....((((...(((((.(((.....))))))))..(((....)))(((.((..((((((.((((((.....((((....))))....(((((....)))))...)))))).((((....))))......)))))).(((((..((....((((.....)))).....))...)))))......)))))))))..(((((((((.((....)))))...)))))).((....))))))))))..(((.(..((((...((((((((..(((.(((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...((((...))))......)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))).))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))....))).......((((((((......((((((((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).......))))).....(((((((..((((....))))..))..)))))......))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))).))))).((((((((((..........)))))))...)))......)))))...)))..)))))))))).))))..((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..)))))))))).)).(((((.((((((((((((....))))))))......(((((((((((((((((.(......((((.((((((..((((..((((((...((((..((((((..(((((.((((((((....)))))))).)......)))).))))))..))))..))))))...))))..))))))..))))).))))))))).......((((((.(((((((((...)))))))))...)))))).)))))))).....))))))))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((((((.......................(((((((((((...))))))))))).....................((((((((.......(((((((((((.......................................................................)))))))))))....))))))))............((((((((.......))))))))..............((((((((....))))...))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..))))))))...................................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................((((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))...))))))))....((((((...(((((((....(((((((.......................)))))))....................)))))))..))))))....................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((......((((((((..(((((((....))))))).................)))))))).........................................................................(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..........................................................)))))))......)))))))).....(((((((..........................................)))))))........................................................................................))))))))...........................(((((((((((((.....((((....(((....))).))))....)))))))))))))........................((((((((((....))))))))))....................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((.....((((((.....)))))).....)))))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((..))))))))))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...............................)))))......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(..((...)).).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))........................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((.......))........................(........)...((.(((((((((((...))))))))))).)).................................(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).((((((...((((((((((....))))))))))...)))))).......(..(((((((.(((((((.........)))))))..................((((((((.((((....))))..............((((((.(((.((((....))))......(((....))))))..))))))...(((((((((.(.....(((((....))))).....))))))...))))...........(((.((((((.((..(((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).....((((((((..((((((((..(((.((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....))))))))).).(((((.(...((((((((...((((((((...(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...)(((.........))).)))))))..)))))).))...))))))((((....)))).((.......))..........))))))).)))))))))))..))...(((((((.((((((((((...))))))))))..).............)))))).)))))).((((.(((((....)))))..)))).............))))))))..........(.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((..(...((((((((..(((((((....))))))).(.((((....)))).)))))))))...((((((..(((.(((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((...(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))).)))..))))))......)..)))))))......)))))))).)...(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))......(((..(((((((.(....).))))))).....)))(...((......(((((((..........))))))).....))...).................))))))).)(((.(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))).)))...............((((((((((....))))))))))....(((((((((((((((((.............((((((..((((..((((((...((((..((((((........((((((((....)))))))).............))))))..))))..))))))...))))..))))))........))))))))).......(((((..(((((((.......)))))))....))))).))))))))................ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((....(((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((((((((...))))))))))).)))))......(((......((((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).)))))))..))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)....((.(((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...(.(..((((.....))))..)..)....)))))......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))))))...))).(((.....(.((((.(.(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))).....((((((...((((((((...(((((((....(((........))).....)))))))...)(((.........))).)))))))..))))))......))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((...))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((((....((((....))))......))))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))...((((((((((((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))))...((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))........((((((.((((((.........))))))...)))))).))))))))....)........... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((..((((((...)))))).)))((..(((((.(((.........))).)))))((.(((((((((((...))))))))))).)).))..............................(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).((((((...(((((((((((())))))))))))...)))))).......(..(((((((.(((((((.........)))))))..........(((.....((((((((.((((....))))......(.......((((((.((((((((....))))).....(((....))))))..))))))..((((((((((.((....(((((....)))))....)))))))...))))).....)....(((.((((((.((..(((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).....((((((((..((((((((..(((.((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....))))))))).).(((((.(...((((((((...((((((((...(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...)(((.........))).)))))))..)))))).))...))))))((((....)))).((.......))..........))))))).)))))))))))..))...(((((((.((((((((((...))))))))))..)..((((())))).)))))).)))))).((((.(((((....)))))..)))).............))))))))(....))))((.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.(((..((((((((..(((((((....))))))).(.((((....)))).)))))))))..(((((((..(((.(((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).)))))))))).)))..))))))...).))).)))))))......)))))))).))..(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....))))))).......((..(((((((.(....).))))))).....))((((.((......(((((((..((....))))))))).....)))).))................))))))).)(((.(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))).))).......((((.(((((((((((((....))))))))))....(((((((((((((((((......((..(((((((((..((((..((((((...((((..((((((..(((((.((((((((....)))))))).).....)..)))))))))..))))..))))))...))))..))))))..))))).))))))))).......((((((.((((((((.....))))))))...)))))).)))))))).......))))))).. |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((...(((((...........)))))...)))))................(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)......((((((((....)))))))).................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(.(((((...(..((..............))..)....))))).)....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((....((((((....))))))...................))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))..........(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).))...........)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((.(((((....(.((((....((......)).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))....................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((......(((((.....)))))......)))))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))....((((((((((....))))))))))...((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((....(.((((....)))).)...))))....(((((...(..((..............))..)....)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((.)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((...((((((....))))))....((........))..)))))))).(((.((((..((((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((....(((())..)).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))....................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..[[[[..))).......((((..(((((...))))))))).]]]].(((..[[[[[)))(((((((((((...))))))))))).]]]]].((((((((......(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....)))))))).....(((((.....(((.....((((((((..((((....))))(((((((....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).......((((((.((((((....(((((....)))))...(((((....)))))...)))))).((((....))))......)))))).(((((........((((.....))))(((...))).)))))........)))))))..(((((((((.........)))...)))))).........)))))))).....(((((((.....(((((((((((((.....(((((((((((((......((((((.....))))))....)))))))..)))))).........((((((...(((((((....(((((((....(((........))).....)))))))...((((...))))......)))))))..)))))).(((.((((.((((........((((((.........((((((((.(((((((.......))).....(((((((((((.((((((((((...))))))))))..(((......))).)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).)))).))))(((((((....)))(((.(((((..(((((..((((........)))))))))..........(((...((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))))))))))).)))))))((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((.((((..((((...))))))))..))))))).....(((((....)))))........)))))))))))))))))........)))))).)))).)))).))).))).)))).)))))).((((...(((((....((((....))))......)))))......)))))))))))......(((((((........)))))))....)))((((......((((((((((..........)))))))...))).)))).)))))..........)))))))).((((......(((((((((((((.....((((....(((....))).))))....)))))))))))))......)))).....((((((.((((((((((((....))))))))......(((((((((((((...((((...))))...((((((..((((..((((((...((((..((((((..(((...((((((((....))))))))(((...))).)))))))))..))))..))))))...))))..))))))((((((((....(((((..(((....))).))))).......))))))))....)))))...)))))))).....)))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.((((.((((((...)))))))))).)).(((((.(((((..(((......)))..((.(((((((((((...))))))))))).))((((((((((((.((.....(((((...)))))(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).((((((....(((((((((....)))))))))....)))))).((((((((((((((((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((((((((..((((((((...((((((...((((.....((..(((((((((..((.....(((((((((((.......)))))).(((((..((....((((.....)))).....))...)))))....(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((.....)))))(((..((((((((..(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))....(((.........))).)))))))..)))..))))...(((...((((....))))....)))...((((.........))))...)))))))))))..)))..(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))........)))))))...)))))))))..)).((.(((((..((((........))))))))).)).))))(((((......)))))..(((((((....))))))))))))).))).)))))..)))))).....))))))....)))))))).(((((.(((((((((.((.(((......)))((.((.((((....((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((....)))))))......))))....)).)).))..))...))))))))))).)))))......((.(((.....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))..))).))...(((((((........))))))).....((((((.((.((...(((((((..((....)))))))))...)))))).)))))))))).....)))))))))).))))..((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..)).)))))..)))))((((.(((.((((((((....))))))))......(((((((((((((((((........((((.((((((.(((((..((((((...((((.(((((((..(((((.((((((((....)))))).....)).).)))).))))).))))))..))))))...))).))))))))..))))..))))))))).......((((((.(((((((((...)))))))))...)))))).))))))))......)))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((...((..........................(((((((((((...))))))))))).....(((..((((.......(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).))))))))))).......(((..((((((((.......)))))))))))(((...((...((((((((....))...))))))....(((((.((.......))))))).((((....))))((..((...........((((...(((((....))))).))))....(((((((((.........((((....)))).............(((..........((((.....))))..........{{)))......(((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).)))).....}}.....(((((((...((((((((..((((((((((.(((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))))..((((((((...(((((((....(((((((....(((........))).....)))))))....................)))))))..))))).))).........((((....))))..........((((.........))))...))))))))))).......(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..)))).......................))))))))).ggggggg((((...((((........)))).))))...ggggggg......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))....))aa))..[[))eee))).(((((((((....)))...(((......)))...))))))...)))))))fffffff))hhh))(((.....)))HHH...FFFFFFF..((.(((((....))))).)).....((((((EEE..]]....AA............GGGGGGG.......GGGGGGG.....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))...........(((((((..........)))))))......))))))........................((((.(((..(((((((((((((.....((((....(((....))).))))....)))))))))))))..))).)))).....(((((..((((((((((((....))))))))).....((((((((((((((((....((((...........ddddd))))...DDDDD......((((.......)))).(((((((....)))))))..((((bb......)))).(((((BB.....)))))........((.....cc))<<.)))))))).......(((((..((((..((...>>))CC))))....))))).))))))))......))).))))). |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(..((((((((...)).......................................((.((.(((.(((.....)).))))))..))...................(((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......((((.(((....))).)))).....((.......)))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...)))).....((((.(((.....)))))))..((((....)))).................((((...(((((....))))).))))..((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(.((((((...(..(((((.......))).))..)....)))).)))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..........))).........................(((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))......((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.(((((((((((.)))))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))...((((.((....))..((.(((.....((((..((((...(...))))))))).................((((((((..(((((((....)))))).)..((........))..)))))))).....))).)).)))).(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((((......)))).)))..))))))...((.(((((....))))).)).....)))))))).................................................(((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((..(((..)))))))))))..)))))))))))))..))).))))................................................................................................................................................................(((((((((....))))))))))))..............................................)))))).......................)....)... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(..((((((((...)).......................................((.((((.((.((.....))).).)))).))...................(((((((..((.(.((((((((((((.(((.((((((....)))))).)).).))))...(((((((((((....)))))))))))..(((.....))))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))..................(((...(((((....))))).)))..(((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(.((((((...(.....((.......))......)....)))).)))...))).))))....((((((((.((....)))))...)))))..((....))))))..........................(.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))...(((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....)).....(....)..)))))))..)))))).)....))).).)..(....)..((((...(...((((.........))))...)))))...(((........((((((..(((((((((...)))))))))....((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))...(((.((....))..((.(((((.(.((((..((((...(...))))))))).............(...((.(((((..(((((((....)))))))...(((......)))..))))).)))).))))).)).)))..(((((..(((((.((....)).(.((((......))))).))))).....(((((..((((((.((((((((....))))).)))..))))))...((.(((((....))))).))..)).))))))))..................................................((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....)))))).............((((((........)))))).....................(((((((..........))))))).............(((..((....))..))).....((((.(((..(((((((((((((...(..(((.(..(((....)))))))..)..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))...............................................................................................................................................................................................)))))))))))))))).......................)....)... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.((((.((((((...)))))))))).)).(((((.((((...(((......)))..((.(((((((((((...))))))))))).))((((((((((((......(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).))))))))))).((..(.(((..((((((((.......)))))))))))...)..))...(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))..........(........)......(((....))).......((..(((((((((..((.....((((.((((((.......)))))).(((((..((....((((.....)))).....))...)))))....(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((.....)))))(((..((((((((..(((.((((((.(((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))....(((...))).......)))))))..)))).))))...(((...((((....))))....)))...((((.........))))...)))))))))))..)))..(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))..((....((((.(((((....)))))..))))...)).........))))))...)))))))))..))(((.(((((..((((........)))))))))...(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))........((..(.(.((((((.(((((..((....))....(((......)))....)))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).))))))))).....).).))...........)))))))........)))........(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))((.....))..(((((((........))))))).....((((((.((.((...(((((((..........)))))))...)))))))).)).............)))))))).))))..((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..))..))))..)))))(((.(((((((((((((....))))))))).....(((((((((((((((((......(.((((.((((((.(((((..((((((...((((.(((((((..(((((.((((((((....))))))))......).)))).)))))).)))))..))))))...)))).)))))))..))))).))))))))).......((((((.(((((((((...)))))))))...)))))).))))))))......)))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((.((((.....)))).)).)).)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(((((((.(((......................).)).))))))...).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))........................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((.((((.....)))).)).)).)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(((((((.(((......................).)).))))))...).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))........................................................................................................................................................................................................................... |
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PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((..((.....((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((.((.((((.....)))).)).)).)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((((...((((((....))))))....)))))).....((((((((((..))))))))))....((.......)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(((((((...(......................)....))))))...).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.(((((......((((.(.(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..)))))..))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))).))).....((((....)))).)))))).(((((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).)..(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))))))))))..))).))))..((....))..((((((((((((....))))))))).....))))))))........................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((((((...)))))))))).....((((.(((((..(((......))).....(((((((((((...)))))))))))...((((((((((((.((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).))))))))))).......(((..((((((((.......)))))))))))((((((((...(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((........((((............<<<..............<<<<<<<<<....)))).((((((((((((....)).))))).(((((.(((....((((.....)))).....)).).)))))....(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((.....)))))(((..((((((((..((((((((...(((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))..)))))..(((((((.(..(((((((....(((((((....(((.(.....)))).....)))))))...((((...))))......)))))))..)))).))))...(((...((((....))))....)))...((((.........))))...)))))))))))..)))..(((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))........))))).....>>>>>>>>>....{{{{(((((..((((........)))))))))...{{{{{{{>>>...((((((((.((((((((....))))))).).((((....))))..))))))))....))))))....)))))))).((((((((([[[[)))(.((((......))))).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..))))))).....(((((....))))).....)).)))........................]]]]}}}}}}}.......}}}}........(((((((.....(((((....((((....))))......))))).....)))))))...........(((((((........)))))))........(((.((.((...(((((((..........)))))))...)))))))...............)))))))))).)))).(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..))))))))..))))((((.(((((((((((((....))))))))).....(((((((((((((((((......(.((((.((((((.(((((..((((((...((((.(((((((..(((((.((((((((....))))))))......).)))).)))))).)))))..))))))...)))).)))))))..))))).))))))))).......((((((((((((((((...))))))))).).)))))).))))))))......)))))))).. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((......(((((.....)))))......)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((..))).......................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...............................)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((...((((((....))))))....((........))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(..........).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))............................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..((((((.((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((......((((((...))))))......)).((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))......(((((.(((..))).))))).................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...............................)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((...(((........)))....)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.........(((((...((((((....))))))....((........))..)))))....(((.((((..((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....((((..(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(..........).)))).)...))))..))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).))).............................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((...............................................................................................................................................................((..))...........(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.(....((...))..).)...)))).....((((...(.(.................).....).)))).......(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((.((((......((((((.....))))))....)))).)))...))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.......(.((.(.........).)).).....................)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...((.....)).)))...)))))))..((.(.(..(....).)).....)).)))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...............)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))..........................................................................................................................................................................................................................). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.(((...((.(((..........................................................................................................................................................((......))............(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.(....((...))..).)...)))).....((((...(.(.................).....).)))).......(((((.......(((((.((.((....))))....))))).))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.((((((((......((((((.....))))))....))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(((..(.(..((...............)).................).).))).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...((.....)).)))...)))))))..((.(((((....))))).....)).)))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((.(....((((...............)))).)...))))..))))))..))).))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))..........................................................................................................................................................................................................................). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................((((((((((.....)))))))))).......((((((((.((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((..................................((((((((....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).......((((((.((((((.....((((....))))..(.(((((....))))).).)))))).((((....))))......)))))).(((((..((....((((.....)))).....))...)))))........))))))))......................................................(..(((....((((((((..(((.(((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...(((((((....(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...(((.....)))......)))))))...))).))))...)))...((((....))))...))))...............))))))).))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....))))))).)))..).((((.(((((....)))))..))))..............((((((((.......((((((((((((......((((........))))........(((((((.((...((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))..((.(((((.(((((..((((.(((((((((....)))(..(((......))).).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..(..(((((....)))))..)..)).)))...))))...))))))))..)))).)).)))))))......)))))))).......))))......(((((((..((((....))))..))..)))))......))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))..............................................)))))...)))..)))))))))).......((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))...........(((((..(((.((((((((....))))))))......(((((((((((((((((........((((.((((((..((((..((((((...((((..((((((..((((..((((((((....))))))))........)))).))))))..))))..))))))...))))..))))))..))))..))))))))).......((((((.(((((((((...)))))))))...)))))).))))))))......))).))))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.((((.(((..(((((((((((.((..(((((.(((..((((...(((..(((((((.((((((((((.....))))))))))...(((.((.(((........(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))))).)).)))..((((((((.......)))))))).)).)))))..((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))).((((((.((((((.....((((....))))....(((((....)))))...)))))).((((....))))......)))))).(((((((((....((((.....))))........(((((.((((.(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((((((.(..((((...((((((((..(((..((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((((..(((((((....(((........))).....))))))).....))....((....)).)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))..))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))....)))))..))))(((((((((.((((((..(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).(((.(((((.(((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....)))))))...)).)))))))))....)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).))....))))....))).)))).)))))....)).))))))).))))..))).))))))))))).)).)))).(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..)..))))))).))((((((.((((((((((((....))))))))......(((((((((((((((((..(((....))).((((((..((((..((((((...((((..((((((........((((((((....))))))))..(((....))).))))))..))))..))))))...))))..))))))........))))))))).......((((((.(((((((((...)))))))))...)))))).)))))))).....)))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
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| Reference structure (ext) |
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
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|
Alterna
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[ FASTA input ] |
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CMfinder(seed)
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[ FASTA input ] |
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CMfinder(20)
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[ FASTA input ] |
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
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Carnac(seed)
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[ FASTA input ] |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
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CentroidAlifold(seed)
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
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......(...........)...((((..(((((.((((((.((....(((...........((.((...(((((((....))))))))).))...................(((((((.((...((((((((((((...(.((((((....)))))).)....)))).....(((....)))...............))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))..))))))..((((......((((....)))).....))))..(((((((...............................)))))))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))....)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((.........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).......................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidHomfold‑LAST
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((((((.....)))))))))).)))))......(((......(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))(...)...........)))))))..)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....))))(((((((((...(....((((.....)))).....)....)))))))))..(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))).......((((((.....(.((((...(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((.(...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....))..))))))..)))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((.....)))))))))...((....)).....)))))))))))))((.....((((....))))....)).........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....))))))).(.((....)).)))))).))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)......((((((........((...(((....)))...)).(((............)))))))))(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..((((((((((((....((((((.....((....))..))))))...))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....)))))))))).....((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))(((((((....((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....)))))))..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((..(((........)))..)))....(((((((((........(((..((((....(((((((((((...)))))))))))..))))......))).....((((((((.......(((((((..(((((...((((((....)))))).....(((.......(((....)))......))))))))..))))))).....))))))))......(((..((((((((.......))))))))))).....((((..(((((((.........)))))))(((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))))))....((((....((((....))))..))))))).))))))((((........((((....))))......(((((.((((((........((((.....))))..........))))))))))))))).((((..[[[[[[[[[...))))..]]]...]]]]]](((....[[[[..)))...........((((...))))]]]].((((((((((((.((((((((((...((((............))))..))))))))))..))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...))))(((..........)))))))..))).)))))..))))..((((((((.(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((.(((..[[[[[))).((((((...))))))]]]]]..))))))))........((((..((((.[[[))))...)))).......]]].(((((((((((....))))....((((..[[[[[..[[[[))))....]]]]]]]]]..............(((.[[[[[..(((((((....))))))))))..........]]]]].(((((..[[[[.....)))))..]]]](((.[[[[))).....((((......))))]]]](((.[[[[[.))).......]]]]]..((((((...[[[[............)))))).........]]]]......((((.((((((.....)))))).(((((((.......)))))))....[[[((((...))))..))))........]]]...((((..[[[...))))..]]].......(((......(((((..(((((((........))))))).....)))))..)))..((((((((((.........)))))))...)))))))))).(((((((........(((((......)))))...(((((((....[[[[[.[[[[)))))))..........]]]]]]]]].........((((.......))))...)))))))(((((((((....)))))))))....((((.......[[[[.))))...]]]]..(((........[[[[..[[[[))).....]]]]..]]]].......(((((.......[[[[.)))))..]]]]..(((........[[[[..[[[[))).....]]]]..]]]].......(((((.......[[[[.)))))..]]]]..(((........[[[[..[[[[))).....]]]]..]]]].)))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......)))))...........................................(((((((((((...))))))))))).(((((((.((((((......(((((((.......(((((((..........((((((....))))))...............(((....)))................))))))).....)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))...))))))....(((((.((.......))))))).((((....))))((((.....................((((....))))(((((((((((((.((..............................(((.((((((((........((((.....))))..........)))))))))))(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).....................(((.......((((....((.((((((((.((((((((((...((.(((((.....)))))))..))))))))))..))))))))...((((((((..(((((((((...((((((((...(((........)))....))))))))...)))).((.((....)).)))))))..))).)))))...)).[[.))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((((((((((((.....)))))))))...((....))...)))))))).)))]]..((((..((((....))))...))))......................................................................((((..((((.............(((((((....)))))))...((....))......)))).)))))).))))))))).))))....................(((......)))...................{{{{{{{))))....((.....))((((((.}}}}}}}.....(((((....)))))...........((((((.....)))))).(((((((.......)))))))...........................(((..((...(((....)))...))....)))................(((((..(((((((........))))))).....)))))..........(((((((.........)))))))......))))))..........))).))).)))))))(((.(((..(((((((((((....(((((bb.((..((....))..))))BB.))))))))))))))..))).)))................(((((((((....)))))))))........((((.....(((((..........aa..)))))..))))AA.....................((((((((....)))))))).....((............<<<<)).....>>>>.......................(((((((....))))))).........................................(((((.......)))))........... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((...((.((((....)))).)))).)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....)))).....(((....)))....((.......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(((((((.(((......................).)).)))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))............................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((...(((((((....))))))))).)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((.......)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..(((((((...(......................)....)))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))....(((...(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....)))))))......)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).((((((((((.........)))))))...)))))...)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))............................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((...((.((((....)))).)))).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....)))....((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(((((((.(((......................).)).)))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))............................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((...(((((((....))))))))).)))))......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((.......)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..(((((((...(......................)....)))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))............................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.......))))).(((((((((((((((.(...((((((........(((((((.(((((((((((...))))))))))).(((((((.((((((.((((.(((((((((....(((.....))).......((((((....)))))).............(((.((((........(((((((.(((((..(((..((((((((..(((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...)))))).)(((((((.(......))))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((((((.....))))))....))))))))((.(((((((((((((((.((((..........(((((((((((((((...(((.(((((((((.(.....((((.....)))).......)).)))))))))))(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..................((((((((....(((......)))((((((((.((((((((((...(((.((((.....)))))))..))))))))))..))))))))...((((((((..(((((((((...((((((((.(.(((........))))...))))))))...))))...............)))))..)))).)))).)))))))).((((...(((((((.......((((.........))))....))))))))))).....)).))))))))))))).((((((((((.(((((((((...((((((..(((((((.((((..((((..((((....))))...))))...........))))))....((((............)))).......)))))..))))))(((.(((......)))))).............(((((((....)))))))..).)))))))).)))))))))).)))).))))))))).))))))))(((((((((...(((.(((......)))))).....))))))((((.(((((((........................)))))))..((.(((((....))))))).))))....((((((.....)))))).(((((((.......)))))))...)))(((((...)))))........(((.......))).)))..))))).)))))))......)))).)))..(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))).......((((((((((((....)).)))))))...))).))))))))).)))).))).))).)))))))(((.(((..((((((((((....((((.((((((............))).)))))))))))))))))..))).)))................(((((((((....)))))))))(((((..(((((((...((((((............)))))))))))))..)))))...))))))).....((((((((....))))))))......))))))...))))))((((..((((((...((((.(((((((..(((((.((((((((....))))))))......).)))).)))))).)))))..))))))...))))..)))))))))).......)))...... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((........(((((....))))).....)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...............................)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(..........).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))............................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((....((.....(((((....)))))..))..))))......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((.(((....))))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...............................)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((...((((((((......((((((.....))))))....))))))))....)))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))..)).)))..((((....)))).))))))...(((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....((((..(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((......((((..(..((...)).).)))).....))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....))))))............................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((((((((.((((.(...((((((....((..(((((((.((((((((((.....))))))))))..((((((.((((((..(((.((((((((..((.(((.....))).))....((((((....)))))).......(((((...(((....)))....((((((..(((((.......((((((((...((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((((((.....))))))....))))))))...(((((((((((((((.((..........((((.(((((.((((((...(((((.((((((..(..((.((((.....)))).))..)....)))))))))))..((((.(...((((..(((.(((.((.((......))..)).)))...(((((((((......(..((((.....(((((...((((((((((((.((((((((((...((((.((......)).))))..))))))))))..))))))))...((((((((..(((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...)))).((.((....)).)))))))..))).)))))..))))...)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........((((((((((((((..((...))..))))))...((....))...))))))))))))..).((((..((((....))))...))))...)).)))))))..)))((((....)))).))))...))))).........)))))).)))))..))))(((((.(((.......(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))))))))))))).))))))))).))))))((((((((((......(((.....(((((((.....(((((..(((...(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....)))((((((.....)))))).(((((((.......))))))).....)))))....))).)))).)))......)))))...))))).)))))..)))))).....))))).((((.(((((..(((((((........))))))).....)))))..........(((((((.........)))))))...)))).)))))))).)))..))).))).))))))((((..((..((((((..(((....(((.((((((..((....))..)).))))))))))..))))))..))..))))...............(((((((((....)))))))))(((((..(((((((...((((((.((......)).)))))))))))))..)))))...))))))).....((((((((....)))))))).))...))))))...))))).((((..((((((...((((..((((((..(((((.((((((((....)))))))).)......)))).))))))..))))..))))))...))))..))))))))))................ |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.(..(((((...((((.((((.((((((.((((((..(((...((.(((......................................................................................................................................................(.......(....)...((.(((...(((((((.......))))))).)))...))....(.(((((((.........)))))))...)(((((.(((.....)))))))).....).......)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))...))))))..((((.(.((...((...)).)).)...))))((..(((((....(.......(..........).....).)))))))....(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...((((((((((((..(((((((((...(.((((((.....)))))).).)))))))))...))))))))...(((.((((...(((((((.(..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....).....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(.(...((((..((((....))))...))))..).)...(((((((((((((....(((((((.(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(((((((..((..(((....)))..)).............))))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((...((...((.....)).))....))))))).(((.(((((....))))).....))))))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))....)((((..(.....(((..((...(((....)))...))....))).....)..))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((((((((....((((((.....((...))...))))))...))))))))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))).)))...))....................................................................................................................................................................................................))).......................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
UGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGCGGGGUUUUACUCCGUGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUGACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUCGGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAUCAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUGAGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGCUUGGAGGAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGAACCCGGGACGAAACCCCCGACGAGGGGACUGACGGUACCGGGGUAAUAGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAGGGCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGACGGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCCACCUGGUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAAACGAUGCGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUGGCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUCGGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCCAGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGGCAAGGAGGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGGGCACCAGCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGGGCACCAGCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGGGCACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((((((.......................(((((((((((...))))))))))).....................((((((((.......(((((((...............................................................................)))))))....))))))))............((((((((.......))))))))..............((((((((....))))...))))....(((((............))))).............................(((((..................)))))..))))))))...................................................................................(((((......(((((((................)))))))))))).........................................((((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))...))))))))....((((((...(((((((....(((((((.......................)))))))....................)))))))..))))))....................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).........................................((((......))))..................(((((((.((((..((((...))))))))..))))))).....(((((....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((..............((((....))))................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........)))))))).............................................((((....(((....))).)))).................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((.....((((((.....)))))).....)))))................(((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((..))))))))))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...............................)))))......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(..((...)).).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((........((((.((((((.((((((.(.....(((...........((....(((((((.....)))))))....))..................((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((..))))))))))................)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).)))).)..))))))..((((......((((....)))).....))))..(((((((...............................)))))).)...(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))....)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.((........))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.........(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).....((.(((...((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....((((((((....(((..((..((((....))))..))....)))....)))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((.((..((...)).)))))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).))))............................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((.......)).......................(((......)))..((.(((((((((((...))))))))))).))..................(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))......((....))((((((.......)))))).............((.(((((((.........))))))).))...............((((((((.((((....))))..............((((((.(((.((((....))))......((......)))))..))))))...................(((((....)))))......((((.....))))..........(((.((((((.((..(((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).....((((((((..((((((((..(((.((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....))))))))).).(((((.(...((((((((...((((((((...(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...)(((.........))).)))))))..)))))).))...))))))((((....)))).((.......))..........))))))).)))))))))))..))...(((((((.((((((((((...))))))))))..).............)))))).)))))).((((.(((((....)))))..)))).............))))))))............((((((((((((..((((........))))))))....(((((((......((((((((..(((((((....))))))).(.((((....)))).)))))))))....(((((..(((.(((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....))))).))........))))))).)))..)))))..........)))))))......)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))...........(((((((.(....).))))))).....((((...((......(((((((..........))))))).....))...)))).((((((.(....(((((.........(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..)))))))).....)..))))))((((((((((....))))))))))....((((((((.....................)))))))).....................(((((((((.((((.((((((.((((.((((((.....))))))......((((.......))))((((((((....)))))))).)))).)))(((.((((.((((((.....))))))......((((.......))))((((((((....)))))))).)))).)))))).)))).((((((.....))))))........((.......))..)))))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((....(((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((((((((...))))))))))).)))))......(((......((((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).)))))))..))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)....((.(((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...(.(..((((.....))))..)..)....)))))......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))))))...))).(((.....(.((((.(.(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))).....((((((...((((((((...(((((((....(((........))).....)))))))...)(((.........))).)))))))..))))))......))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((...))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((((....((((....))))......))))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))....((((((((.((...............)).)))))))).....................((((((((..((((........)))).(((((((....((((((.((..(((((.......)))))(((((((....(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....)))))))...(((........)))))))))))....))))))).....(((((.......)))))))))))))... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((...((((((...))))))..))((.....))........(((......)))((((.(((((((((((...))))))))))).)).)).((.(((........(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))))).))(((())))((((((.......)))))).............((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......(.......((((((.((((((((....))))).....(((....))))))..))))))..((((((((((.((....(((((....)))))....)))))))...))))).....)....(((.((((((.((..(((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).....((((((((..((((((((..(((.((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....))))))))).).(((((.(...((((((((...((((((((...(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...)(((.........))).)))))))..)))))).))...))))))((((....)))).((.......))..........))))))).)))))))))))..))...(((((((.((((((((((...))))))))))..)..((((())))).)))))).)))))).((((.(((((....)))))..)))).................(((((....))))((.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.(((..((((((((..(((((((....))))))).(.((((....)))).)))))))))..(((((((..(((.(((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).)))))))))).)))..))))))...).))).)))))))......)))))))).))..(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))......(....(((((((.(....).))))))).)...((((((.((.((...(((((((..((....)))))))))...)))))).)))))((((((((((..(((((.........(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))))))))..)).)).))))))((((((((((....))))))))))....((((((((.(.................).)))))))).....................(((((((((.((((.((((((.((((.(((((((...)))))))......((((.......))))((((((((....)))))))).)))).)))(((.((((.(((((((...)))))))......((((.......))))((((((((....)))))))).)))).)))))).)))).(((((((...)))))))......((((.......)))))))))))))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((.(((((((((.........................(((((((((((...)))))))))))..((((((..((((.......(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).))))))))))).......(((..((((((((.......)))))))))))((((((((((.((((((((....))...)))))).)).(((((.((.......))))))).((((....))))((((((...........((((...(((((....))))).))))((..(((((((((.........((((....)))).............(((((........((aa.......))..........))))).....((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).)))))...........(((((((...((((((((..((((((((((.(((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))))..((((((((...(((((((....(((((((....(((........))).....)))))))....................)))))))..))))).))).........((((....))))..........((((.........))))...))))))))))).......(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))............AA.........)))))))))..))dddd((((...((((........)))).))))...ddddddd......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))....))))))....)))))))).(((((((((....)))...(((......)))...))))))...))))))))))[[[)))))))))cc)))..CC.....(((]]].)))....(((((....))))).........((.((.........................DDDDDDD.......DDDD........(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))............(((((((..........)))))))......)).))....(((((.......(((((.((......{{{..(((((((((((((.....((((....(((....))).))))....)))))))))))))))}}}))))).........))))).(((((((((....))))))))).....((((((((.....................)))))))).....................((((((((...................((((bbb...bbb)))).....(((((.......)))))(((((((....)))))))....................(((BBB...<<<)))......(((((.......)))))(((((((....)))))))...................((((>>>...BBB))))......((((.......)))).))))))))... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(..((((((((...)).......................................((.((((((.(((.....)).))))))).))...................(((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......((((.(((....))).)))).....((.......)))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))..((((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(.((((((...(..(((((.......))).))..)....)))).)))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)))........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.(((((((((((.)))))))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))....(((.((....))..((.(((....(((((..((((...(...))))))))))................((((((((..(((((((....)))))).)..((........))..)))))))).....))).)).)))..(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((((......)))).)))..))))))...((.(((((....))))).)).....)))))))).................................................(((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..)))).....(((.(((..(((((((((((((...((((((.(................................................................................................................................................................................................................................(..(((..)))))))))))..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))...........................)))................)...........))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(..((((((((...))).................................(((..((.(((..((.((.....)).))..))).))))).((((((((.(.....(((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....((((((((((....))))))))))...(((.....))))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))..................(((...(((((....))))).)))..((((.((((((.(((....((((((....))))))...)))...(((((((.....((..(((.....)))..)).......)))))))....))).)))....(((((((((.((....)))))...)))))).........)))).......................((((.(.(((.((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((.......(((((((((((((((((((.)))))))))))....(....)....))))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)).......(((....)))....(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((((((.((...((((((((..(((((((....)))))))..(((........))).)))))))))).(.((.(((((.((.(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....((((..(((((((.(((((((......))).))))..)))))))..((.(((((....))))).))...).)))))))).....))....))))))))....))))))).......))))))).....(((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))..........(((((((..........)))))))..................((....)))))))))))..(((.(((..((((((((((((.(.(((((((..............................................................(.....((....)))...)))...).))..........................).))).............................................))))))))))..)))...................)))...........................(((((..........................................................((....))....................)))......))))...................)))))))...........)... |
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(.((((.((((((...)))))))))).).(((((((.......(((......)))..((.(((((((((((...))))))))))).)).(((((.(((........(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))..............))))))))...((((....))))..........))))...................((((((.......)))))).(((((..((....((((.....)))).....))...)))))....(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((.....)))))(((..((((((((..(((.((((((.(((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))....(((...))).......)))))))..)))).))))...(((...((((....))))....)))...((((.........))))...)))))))))))..)))..(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....))))))).)))....((((.(((((....)))))..))))..................((((....)))).(.(((((((((((...((((........)))).)))....(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))..(((..(((.(((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).)))))))))....))))))))..))).....)))))))......)))))))).)...(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....))))))).(.....)...(((((((........))))))).....((((((.((.((...(((((((..........)))))))...)))))))).))....((..(((..(((((..........((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..)).)))))..)).)...))...((((((((((....))))))))))....((((((((.....................))))))))......................((((((...((((........)))).(((((((...))))))).......((.........)).((((((((....)))))))).((((........)))).(((((((...))))))).................((..((((((((....)))))))).((((........)))).(((((((...)))))))........))((((....)))).)))))).)). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((.((((.....)))).)).)).)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(((((((.(((......................).)).))))))...).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))....................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.(((((((.....))))))).)).)))((......(((......((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(((((((...(......................)....))))))...).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))......(((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))....................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((.((((.....)))).)).)).)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(((((((.(((......................).)).))))))...).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))....................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.(((((((.....))))))).)).)))((......(((......((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(((((((...(......................)....))))))...).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))....................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((......(((((.....)))))......)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((..))).......................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...............................)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((...((((((....))))))....((........))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(..........).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((...........................................................................................................................................................(...(....)...........(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).........)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.(....((...))..).)...)))).....((((...(.(.................).....).)))).......(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((.((((......((((((.....))))))....)))).)))...))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.......(.((.(.........).)).).....................)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...((.....)).)))...)))))))..((.(.(..(....).)).....)).)))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...............)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))......................................................................................................................................................................................................................................................................................). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((................................................................................................................................................................................(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.(....((...))..).)...))))....(((((...(........(..........)..)....)))))......(((((.......(((((.((.((....))))....))))).))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((...((((((((......((((((.....))))))....))))))))....)))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(((......(...................)....................))).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((..(((...((.....)).)))...)))))))..((.(((((....))))).....)).)))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((...............)))).)...))))..))))))..))).))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))))).....)......................................................................................................................................................................................................................................................................................). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((......((((((.((((..(((((......((((((((.(((((....(((..(((((((.((((((((((.....))))))))))...(((.((.(((........(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))))).)).)))..((((((((.......)))))))).)).)))))..((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))))....)))))....(((((....((((....))))..)))))..)))))))).((((......((((....)))).....))))....(((((((((....((((.....))))........(((((.((((.(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((((((.(..((((...((((((((..(((..((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((((..(((((((....(((........))).....))))))).....))....((....)).)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))..))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))....)))))..))))(((((((((.((((((..(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).(((.(((((.(((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....)))))))...)).)))))))))....)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).))....))))....))).)))).)))))....)).)))))))............)))))....((((..((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..))..)))).))))..........(((((((((....)))))))))))))))(((((((.....................)))))))......................((((((((..((((........)))).(((((((...))))))).....(((((.((((..((((((((((((....)))))))..((((..((((..((((.(((((((...))))))).....(((((.......)))))(((((((....)))))))..))))..))))..)))).(((((((...))))))).....))))).))))..))))))))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
|
|
UGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGCGGGGUUUUACUCCGUGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUGACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUCGGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCCCCUUGGGGUGUGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAUCAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUGAGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGCUUGGAGGAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGAACCCGGGACGAAACCCCCGACGAGGGGACUGACGGUACCGGGGUAAUAGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAGGGCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGACGGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCCACCUGGUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAAACGAUGCGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUGGCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUCGGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCCAGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCUACGGGCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUUCGCGGGGUGGAGCAGCCGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUCGGUUCAAAUCCGGCCCCCGCAACCAGCCGAGGUAGCUCAGUUGGUAGAGCAUGCGACUGAAAAUCGCAGUGUCGGCGGUUCGAUUCCGCUCCUCGGCACCAGGCAAGGAGGUAAAAAUGAAAAAAAAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....(((((.{{{{{.))))).((((.(((((..((((((((.....(((.(((.((((..(((((((((((((.....)))))))))))))))))....((((......(((.((((..(((..(((((((((((((((..((((((....)))))).))..)))))((..((((.(((((....))))).)))))).((((...)))))))))))).))))))).)))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((..[[))))...))))))))((((((..........)))))).(((((..)))))...))))))......((.(((....(((((..)))))..))))))).))))))..((((.......(((....)))......))))...(((((((.((..(((((((...))))).))..))..))))))).....(((((......(((((....(((....)))......))))))))))..)))))))))........]](((.......(((((..(((.(((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((((.(((((((((.(((((((((..((((......)))).....))))))))).)).......((....)).)))))))))))))).)))...)))..)))))...(((((((...((((.((((.........)))).))))))))))).........((((((..((((((((((...))))))))))...((....)).....)))))).))).((((.....((((....))))...))))...}}}}}(((((.(((((((.(((.(((((((((((((((((......((........)).........((((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))..((.(((..((((((((((...(((((((((....)))..(((((....)))))..)))))).....((((.(((((((.......(((.....)))......)))))))....((((((....)))))).......))))....)))).)))...))))))))....))))))))..)).)))))))))....(((((((....((((..((((((((....))))))))....))))....)))))))......((...(((((((........)))))))...))....))))))...(((((((((..........)))))))))...)))...)))))))))).))....(((((...((((((((.((((((((((((((.....(((((...((((..)))))))))....)))))))))))))).))))))))....)).))).....(((((((((....))))))))).....((((((((.(((((((..(((((......)))))((((((..<<<..))))))....(((((.......))))))))))))....(((((((..((((........))))((((((.......))))))....(((((.......)))))))))))).......))))))))....>>>.........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..((.((((.((((((...)))))))))).)).(((((.(((((..(((......)))..((.((((((((((.....)))))))))).))((((((((((((.((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((.....(((((...((((((((..((((....))))....((((...(((((.(((.....))))))))..(((....)))(((.((..((((((.((((((.....((((....))))....(((((....)))))...)))))).((((....))))......)))))).(((((..((....((((.....)))).....))...)))))......)))))))))..(((((((((.((....)))))...)))))).((....))))))))))..(((.(..((((...((((((((..(((.(((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...((((...))))......)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))).))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))....))).......((((((((......((((((((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).......))))).....(((((((..((((....))))..))..)))))......))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))).))))).((((((((((..........)))))))...)))......)))))...)))..)))))))))).))))..((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..)).)))))..))))).......((((((((((....))))))))))....((((((((..((((((((((..((((((..(((..(((((.......))))).)))..))))))....))))..)))))).....(((((((..((((........))))..((((.(....)))))......(((((.......)))))))))))).......))))))))...............) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.........)))).((((..(((((.((((((.......(((............(.((.(((((((.....))))))).)).)....................(((((((..((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((((((((((..))))))))))...............))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).))))....))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...............................)))))......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......(.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)...((.(((...((((((.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(..((...)).).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................................................................................................................................................................................................. |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((.......)).......................(((......)))..((.(((((((((((...))))))))))).))..................(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))......((....))((((((.......)))))).............((.(((((((.........))))))).)).(((((.((.......))))))).((((....))))..............((((((.(((.((((....))))......(((....))))))..))))))...................(((((....)))))......((((.....))))..........(((.((((((.((..(((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).....((((((((..((((((((..(((.((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....))))))))).).(((((.(...((((((((...((((((((...(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...)(((.........))).)))))))..)))))).))...))))))((((....)))).((.......))..........))))))).)))))))))))..))...(((((((.((((((((((...))))))))))..).............)))))).)))))).((((.(((((....)))))..)))).................................((((((((((((..((((........))))))))....(((((((......((((((((..(((((((....))))))).(.((((....)))).)))))))))...((((((..(((.(((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....))))).))........))))))).)))..)))))).........)))))))......)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))...........(((((((.(....).))))))).....((((...((......(((((((..........))))))).....))...))))(((((((.(....(((((.........(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..)))))))).....)..)))))))(((((((((....))))))))).....((((((((..((((((((((..(((((((.(((..(((((.......))))).))).)))))))....))))..)))))).....(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).......))))))))................ |
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CentroidHomfold‑LAST
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((....(((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((((((((...))))))))))).)))))......(((......((((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).)))))))..))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)....((.(((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...(.(..((((.....))))..)..)....)))))......(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))))))...))).(((.....(.((((.(.(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))).....((((((...((((((((...(((((((....(((........))).....)))))))...)(((.........))).)))))))..))))))......))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((...))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((((....((((....))))......))))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).)).((.(..((...((((.(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....))))))))).....((((((((..((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).....(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).......))))))))..............). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((...((((((...))))))..))((.....))........(((......)))((((.(((((((((((...))))))))))).)).)).((.(((........(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))))).))(((())))((((((.......)))))).............((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))..............((((((.((((((((....))))).....(((....))))))..)))))).(((((((((((.((....(((((....)))))....)))))))...)))))..........(((.((((((.((..(((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).....((((((((..((((((((..(((.((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....))))))))).).(((((.(...((((((((...((((((((...(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...)(((.........))).)))))))..)))))).))...))))))((((....)))).((.......))..........))))))).)))))))))))..))...(((((((.((((((((((...))))))))))..)...(((())))..)))))).)))))).((((.(((((....)))))..)))).................)((((....)))).(.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.(((..((((((((..(((((((....))))))).(.((((....)))).)))))))))..(((((((..(((.(((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).)))))))))).)))..))))))...).))).)))))))......)))))))).)...(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))......(....(((((((.(....).))))))).)...((((((.((.((...(((((((..((....)))))))))...)))))).))))(((((((((((..(((((.........(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))))))))..)).)).)))))))(((((((((....))))))))).....((((((((.(((((((((((..(((((((.(((..(((((.......))))).))).)))))))....))))..)))))).....(((((((..((((........))))((((((.......))))).)...(((((.......)))))))))))).....).))))))))................ |
|
Cylofold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((((.((...)))))).)))).)))))................((((((...((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((.(((((....))))).)))................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...))))....(((((...(......((.....)).......)....)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((.)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((...((((((....))))))......((......))..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........)))))))............))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((....(((....))).)))).)...))))).))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))................................................................................................................................................................................................. |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((...(((((((((...)))))))))...)))))................(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).........(((((....)))))........((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).)))))).)))))))..((((....((((((....))))))...))))....(((((...(......................)....)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((...((((((....))))))....((........))..)))))))).(((.((((..((((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((...(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).))......)))..)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((.(((((....(.((((....(((....))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))................................................................................................................................................................................................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((........)))..((((.((.((((((((((((((..((....(((......)))..)).(((((((((((...)))))))))))((((((((..((((((.....(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))....)).......(((((((.......))))))).(((((((((((((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((((((((..((((((((...((((((...((((.....((..(((((((((..((.....(((((((((((.......)))))).(((((..((....((((.....)))).....))...)))))....(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((.....)))))(((..((((((((..(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))....(((.........))).)))))))..)))..))))...(((...((((....))))....)))...((((.........))))...)))))))))))..)))..(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))........)))))))...)))))))))..)).((.(((((..((((........))))))))).)).))))(((((......)))))..(((((((....))))))))))))).))).)))))..)))))).....))))))....)))))))).))).(((((((....(((.(((......))))))))).)))).)))))))))))).))))))))).))))).)))))).(((....)))....(((((....))))).(((((((((.((.(((.....)))((((((((((.........))))......)))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))((.....))..(((((((........))))))).....((((((.((.((...(((((((..((....)))))))))...)))))).)))).((((((((((..(((((.........(((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..))))))))..)).)).))))))((((((((((....))))))))))..)).)))))))))(((((((.((((.(((((..((((.(((((.......))))).((..(((((.......)))))..))...((((((.(((....))).)))))).)))).(((((.......)))))...))))).)))).))))))).((((.((.....))...))))................. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((..((...((..........................(((((((((((...))))))))))).....(((..((((.......(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).))))))))))).......(((..((((((((.......)))))))))))((....((((.((((((((....))...)))))).)).(((((.((.......))))))).((((....))))((..((...........((((...(((((....))))).))))....((((((((((((......((((....)))).....))).....(((((........((((.....))))..........)))))......(((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))............(((((((...((((((((..((((((((((.(((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))))..((((((((...(((((((....(((((((....(((........))).....)))))))....................)))))))..))))).))).........((((....))))..........((((.........))))...))))))))))).......(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..)))).......................))))))))).ccccccc((((...((((........)))).))))...ccccccc......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))....))<<))....)){{{{)).(((((((((....)))...(((......)))...))))))...)))))))bbbbbbb))ddd))aaa)))..AAADDD...BBBBBBB.....(((((....))))).............}}}}........>>............CCCCCCC.......CCCCCCC.....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))............(((((((..........)))))))...............(((((..........((.((.[[[..[[[..(((((((((((((.....((((....(((....))).))))....)))))))))))))))]]]))]]].........))))).(((((((((....))))))))).....((((((((..((((((.(((..(((((((.((...(((((.......)))))..)).)))))))....)))...)))))).....(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).......))))))))................ |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(..((((((((...)).......................................((.((((((((((.....)))))))))).))...................(((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))......((((.(((....))).)))).....((.......)))))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))...(((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(.((((((...(..(((((.......))).))..)....)))).)))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)).........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((........((((((.(((((((((((.)))))))))))....(....).....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))...((((.((....))..((.(((.....((((..((((...(...))))))))).................((((((((..(((((((....)))))).)..((........))..)))))))).....))).)).)))).(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((((......)))).)))..))))))...((.(((((....))))).)).....))))))))..................................................((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....))))))............(((((((........)))))))....................(((((((..........))))))).............(((..((....))..))).....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((..(((..)))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))).............................................................................................................................)))))).....................)))).................................... |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(..((((((((...)))..............(((((.......))))).......((.((((.(((((.....))).)))))).))...................(((((((..((.(.((((((((.(((.(((.((((((....)))))).)).).)))....((.(((((((......))))))).))...((.....)).)))))))).)))))))))).........((..((((((((.(...).)))))))))).....((((((.((((((((....))))...)))).....((((.(((.....)))))))..((((....)))).................((((...(((((....))))).)))).....(((((((.(((....((((((....))))))...)))..((.(((((..((..(((((.......))).))..))...)))))).)...))).))))...(((((((((.((....)))))...))))))........(..(((((((.....)))))))......)..(((.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((.(..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....).....((....)).)))))))..))))).)))...))).)))..(....).(((((..((...((((.........))))))..)))))..(((........((((((..(((((((((...)))))))))....((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))...(((.((....))..((.(((((...((((..((((...(...))))))))).................((((((((..(((((((....)))))))...(((......)))..))))))))...))))).)).)))..(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((((.((((((....)))))).))..))))))...((.(((((....))))).)).....)))))))).................................................(((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))..................((....))..))))))..((((.(((..(((((((((((((...((((((....(((....))).))))))..)))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))).............................................................................................................................))))).....................)))))).................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.(((..((((((...)))))).))).)).(((((.((((...(((......)))..((.(((((((((((...))))))))))).))((((((((((((......(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).))))))))))).......(((..((((((((.......)))))))))))((((((((.(.(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((.(..(........)((.....))....(((((.....((..(((((((((..((.....(((((((((((.......)))))).(((((..((....((((.....)))).....))...)))))....(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))(((((.....)))))(((..((((((((..(((.((((((.(((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))....(((...))).......)))))))..)))).))))...(((...((((....))))....)))...((((.........))))...)))))))))))..)))..(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))........)))))))...)))))))))..))....(((((..((((........)))))))))....))))).......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))..).))))))..).)))))))).(((((.(((....)))(..(((......))).)..)))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).)))...(.(.....).)......(((.....))).......................(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....))))))).(.....)(..(((((((........))))))).....)(((((.((.((...(((((((..........)))))))...)))))))).)..............)))))))).))))..((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))))...)))))))))))))..))..))))..))))).......((((((((((....)))))))))).....((((((...(((((((.((((.(((((..((((.(((((.......))))).((..(((((.......)))))..))...((((((.(((....))).)))))).)))).(((((.......)))))...))))).)))).)))))))......((.....)).))))))................. |
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McQFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Multilign(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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NanoFolder
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((.((((.....)))).)).)).)))((......(((..((..((((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(((((((.(((......................).)).))))))...).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).................................................................................................................................................................................... |
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PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((.((((.....)))).)).)).)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((.(...((((((....))))))....).))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(.(((((...(......................)....)))))....).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..........((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))....(((...(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....((((.((..((((....))))..)))...))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((((((((((..........)))))))...)))))...)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((..(..((...)).).))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).................................................................................................................................................................................... |
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PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((.((((.....)))).)).)).)))((......(((..((...(((((((..((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..(((((((.(((......................).)).))))))...).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((..(.((((.....)))).)..)).)))((......(((.......(((((((..((...(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))............(((..)))...........((.......)).)))))))..)))))))))((((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....(((((...((((....))))).)))))).)))))))..((((....((((((....))))))...))))..(.(((((...(......................)....)))))....).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...((.(((((..(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....((((.((..((((....))))..)))...))).....)))))))...)(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((..((...)).))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.((((.(((...((((......((((((((((.............(((((...((((((((((.....)))))))))).))))).((((.((.(((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))....((((((.((.(((.(((..(((((.((.(((.((.(((..((((((((....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((..((((((.((((((.....((((....))))....(((((....)))))...)))))).((((....))))......)))))).(((((..((....((((.....)))).....))...)))))......)))))))))).))))).))).)).))).))......(((((((((((..((((.(((((.....))))).....((((((((..(((.(((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...((((...))))......)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))).))))))))))).))))...))))))....))))).))).)))))))))))..))).)).))))..)))))))))).((((((..(((((....))))).........((((((((..((((((((....((((((..(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).(((.(((((.(((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....))))).))..)).)))))))))....))))))))..)))))...)))))))..))).)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((((((((((..((....)))))))))...))).....))))))))......((((.(((.(((.((.(((..(((((((((((((.....((((....(((....))).))))....)))))))))))))..)))))(((((((((((......((((((((((....))))))))))......(((.....((((((((((..((((((..(((..(((((.......))))).)))..))))))....))))..)))))).((((((.(((....))).)))))).)))..))))))).....)))).))).))))))))))))))).))))))..)))).))).))))..))))............. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((......(((((.....)))))......)).((......(((.......((((((...((...(((((((...((.....((((((....))))))......))..............(((..))).......................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...............................)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......((.(((((...((((((....))))))....((........))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(..........).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....)))...................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.......((((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((..((((....((...(((((.....)))))...))..))))......(((.......(((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((((((.(((..))).))))))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))....(((((...............................)))))......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))..).))))..((((....)))).)))))).(((((..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((.........(((((...((.(((....))).))....((........))..)))))....(((.((((..((((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....((((..(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(..........).)))).)...))))..))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))).....)))))))).................................................................................................................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.((((.(((...((((......((((((((((.............(((((...((((((((((.....)))))))))).))))).((((.((.(((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))....((((((.(((.((.(((..(((((.((.(((.((.(((..((((((((....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((..((((((.((((((.....((((....))))..(.(((((....))))).).)))))).((((....))))......)))))).(((((..((....((((.....)))).....))...)))))......)))))))))).))))).))).)).))).))......(((((((((((..((((.(((((.....))))).....((((((((..(((.(((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...((((...))))......)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))).))))))))))).))))...))))))....))))).))).)))))))))))..))).)).))))..)))))))))).((((((..(((((....))))).........((((((((...((((((((....(..(((((((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((....))))).)).....))))..)))).).)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).......))))..)...(((((((..((((....))))..))..)))))......))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))((((((..((...((((.(((((((((((..(((((.((((....(((((..((....))..)))))...((((..((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))..))))....))))......((((((((((....))))))))))..))))).......((((((((((..((((((..(((..(((((.......))))).)))..))))))....))))..)))))).((((((.(((....))).)))))).).))))).).))))...))))..))..)))))))))))))).))))))..)))).))).))))..))))............. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((...........................................................................................................................................................(...((..))...........(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).........)...)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.(....((...))..).)...)))).....((((...(.(.................).....).)))).......(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((.((((......((((((.....))))))....)))).)))...))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.......((((.(.........)))).).....................)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...((.....)).)))...)))))))..((.(.(..(....).)).....)).)))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((...............)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))).................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((.(((...((.(((...........................................................................................................................................................(((........)......)).(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...)).)))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.(....((...))..).)...))))..(.(((((...(..(................).....).)))))....).(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.((((((((......((((((.....))))))....))))))))...))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.(.(((...(..(........)....).................))).))).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((...((...((.....)).))....)))))))..((.(((((....))))).....)).)))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((....(.((((((..((((.(....((((.....((...))...)))).)...))))..))))))...)..))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))).................................................................................................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................((((((((((.....)))))))))).......((((((((.((...(((((((...((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((.(((((....))))).)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((.............................(((..((((((((....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).......((((((.((((((.....((((....))))..(.(((((....))))).).)))))).((((....))))......)))))).(((((..((....((((.....)))).....))...)))))........)))))))).)))............................................................((((((((..(((.(((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...(((.....)))......)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))).))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))........((((.(((((....)))))..))))..............((((((((.......((((((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((..(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))..((.(((((.(((((..((((.(((((((((....)))(..(((......))).).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..(..(((((....)))))..)..)).)))...))))...))))))))..))))....)))))))...)).)))))))).......))))......(((((((..((((....))))..))..)))))......))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))..............................................)))))...)))..))))))))))..(((..((..(((((((((((((...(.((((....(((....))).)))).)..)))))))))))))..))..)))...............((((((((((....))))))))))....((((((((..((((((((((..((((((..(((..(((((.......))))).)))..))))))....))))..)))))).....(((((((..((((........)))).(((((.......)))))......((((.......)))).))))))).......))))))))................ |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold4
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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|
|
UGAAGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAACGGUAACAGGAAGAAGCUUGCUUCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGGGAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCUUCGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAGCUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGACCAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUUGUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGGAGUAAAGUUAAUACCUUUGCUCAUUGACGUUACCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGUGCAAGCGUUAAUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGCACGCAGGCGGUUUGUUAAGUCAGAUGUGAAAUCCCCGGGCUCAACCUGGGAACUGCAUCUGAUACUGGCAAGCUUGAGUCUCGUAGAGGGGGGUAGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGGAGGAAUACCGGUGGCGAAGGCGGCCCCCUGGACGAAGACUGACGCUCAGGUGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGUCGACUUGGAGGUUGUGCCCUUGAGGCGUGGCUUCCGGAGCUAACGCGUUAAGUCGACCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUUAAAACUCAAAUGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGUCUUGACAUCCACGGAAGUUUUCAGAGAUGAGAAUGUGCCUUCGGGAACCGUGAGACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUUGUGAAAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCCUUUGUUGCCAGCGGUCCGGCCGGGAACUCAAAGGAGACUGCCAGUGAUAAACUGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGGCCCUUACGACCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGCAUACAAAGAGAAGCGACCUCGCGAGAGCAAGCGGACCUCAUAAAGUGCGUCGUAGUCCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGAAUGCCACGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGUUGCAAAAGAAGUAGGUAGCUUAACCUUCGGGAGGGCGCUUACCACUUUGUGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUCAUCGGGCUCAUAACCCGAAUGUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((((((...............................(((((((....)))))))..........................................(((((((((((((....((((((....))))))...............(((....))).....................)))))))))))))........................((((((((.......))))))))..................((((....))))...........(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))...)))))).................................((((((((((.........................................))))))))))..(((((......(((((((................)))))))))))).........................................(((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...))))))))))..))))))))).............(((((((....((((((((.....................))))))))....................)))))))............................(((((((............................)))))))..........((((((((((.......................................))))))))))..............((((....))))....................((((((((............((((((((..............................(((((((........(((((..(((((((....))))))).............)))))............................................................................(((((((........................))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......))))))))...(((((((((...............(((....))).................))))))))).........(((((((........)))))))....................(((((((.........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((....((((((....................))))))...))))))))))))........................((((((((((....))))))))))............................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..................(((((......)))))..............................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)....((((....))))..........................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(................................)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....)))))).....(.....)..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............................ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((..(((...............((((....)))).............)))................(((((((.((...(((((((((.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))............((....))......))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).....(((((...(..........((.......))...........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))).)))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((...))...))))).)).(((.((((..((((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((.........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((..(((........)))..)))(((((((((((((((....((((((..(((........((((((((((....))))))).))).)))((((((.....(((......(((((((.......(((((((((((((....((((((....))))))......(((......(((....)))....((((....))))))).)))))).))))))).....)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((((((.....))))))....(((((....))))).))).....)))))).))))))....)))))...(((((((...((((((((.(((((........((((((((.......))))))))..........))))).......(((((......(((((((((.........)))...)))))))))))..(((...((((......((((((((....(((......)))((((((((.((((((((((...((((............))))..))))))))))..))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...))))(((..........)))))))..))).))))).)))))))).((((...(((((((.......((((.........))))....)))))))))))..))))((((((((((((((..((((.....))))..))))))..(((......))))))))))))))...))))))))((((....))))....(((..((((.(((((((.(((((((....)))(((.(((((..(((((..((((........)))))))))....(((.(((.......(((((..(((((((....))))))).............)))))))))))))))).))))))).))))))).))))(((((........(((......))))))))))).)))))))........))))))))))(((((..((((((((.............(((((.....)))))......(((..((((((.....)))))).(((((((.......))))))))))...(((((..(((((((((.....(((.......(((....))).........))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))).....)))))(((((((.........)))))))......))))))))(((((((......((((((((...........((((((((((((....((((((.((((...........))))))))))...)))))))))))))))..)))))........)))))))(((((((((....)))))))))))))).(((((.......)))))...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((........))))))))(((((((((((...........((...(((..((((((..(((((.......))))))))))).)))...))....(((((((.....((((((..((...(((((((((((((.((.((((((....)))))).))............(((....)))....(((((...)))))...)))))).)))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))(((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((((((.....)))))).......((((.(((.((((((((((((((.((...........(((.(((((.((((((..((..((((.(((((........((((((((.......))))))))..........))))).))))..)).((((.(((.(((((((..(((.((.((......))..)).)))..))).....)))).)))))))((((...))))...(((((((((.(....(((((((((....((((.(((.....)))))))...))))))))).(((...(((...((((((((..(((((((((...((((((((...(((........)))....))))))))...)))).((.((....)).)))))))..))).)))))...)))))).((((...(((((((..((...((((.........))))))..))))))))))).(((((.((......)).)))))...(((((.(((((((((...))))).)))).))))).))))))))))..((((..((((....))))...))))...(((((((((....((((((.......)))).)).....).)))))))).)))))).)))))..))).(((((.(((((...(((.((((.(((((((....)))))....)).)))))))....)))))))))))).))))))))).)))))))).)))).)))....((((.(((..((......)).))).)))).))))))).)))))))))))((((((((((....(((....))).((.(((((.....)))))))...(((...((((((.....))))))...))).(((((((..(((((((..(((((((.....(((((............))).)).(((........)))..........))))))).))))))).((((((((((........)))))))....)))((((.((.((...(((((((.........)))))))...))))))))(((((..((....))..)))))((((.((..((..((((((((((((.(..((((((.((((..((...))..))))))))))..)))))))))))))..)).)))))).)))))))..((((..((....))..)))).)))))))))).(((((.......)))))...... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((([[[[[..))))).]]]]]..((((((((((((............................................................................(((((((..((...(((((((..........((((((....))))))...............(((....))).......((((.((....))))))...)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))...))))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...((((.........)))).....((((....))))(((.(((((((((.((.............................((.......(((((........((((((((.......))))))))..........))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))...................(((((.......((((....((.((((((((.((((((((((...((.(((((.....)))))))..))))))))))..))))))))...((((((((..(((((((((...((((((((...(((........)))....))))))))...)))).((.((....)).)))))))..))).)))))...))....))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((((((((((((.....))))))))))))...((....))...)))))))).)))))..{{{{))((((....))))...}}}}......................................................................(((((.((((.............(((((((....)))))))...((....))......))))))))))).)))))))))..)))....................(((......))).......................))))))))))))((((..((((((((.............(((((.....)))))...........((((((.....)))))).(((((((.......)))))))........((((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))))(((((..(((((((........))))))).....)))))..........(((((((.........)))))))......))))))))(((((((((..................(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..)))..........)).)))))))(((((((((....)))))))))))))..(((((.......)))))...... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(..((((((((...)))......................................((((((.....((((((....))))))))....)).))...................((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....((((....))))....(((((..((....))))).))))))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...)))).....((((.(((.....)))))))..((((....))))................(((((...(((((....))))).)))))............(((....((((((....))))))...))).((((((((((..(..(((((((((((.......)))))))))))..)....))))))))))..(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))...(..(((((((.....)))))))......)..(.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))...(((((((...(((((((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).))....))).).)..(....)..((((..((...((((.........))))))..))))..(((....)))..((((((..(((((((((((.....)))))))))))....((....))....))))))....((...((((.(((((....)))))..))))..)).....(((((.((((..........(((.(((((...((((..((((...(...))))))))).................(((((((...((((((....))))))..((((....))))))))).))...))))).))))))).)))))..(((((.((....))...((((......))))..)))))......((...(((((((((.(((((..(..)))))).))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))..(((((.....)))))......................................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))............((((((........)))))).....................(((((((.........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..((((((((((((((..((((((.((((..(((..))).)))))))))).))))))))))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))))))....)...........))... |
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Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((........)))))))).(((.((((..((.........))..))))..)))...((((((((((....))))))).))).....((((((.((((((..(((.(((((((((.....(((((((((((((....((((((....))))))...............(((....)))....((((....))))....)))))).))))))).((((((((...((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((((((.....))))))....))))))))((.(((((((((((((((.((..........((((.(((((.((((((....((((((.(((((........((((((((.......))))))))..........))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..........((.......)).(((.....)))...((((((((((((((.(((((((((....((((.(((.....)))))))...)))))))))..)))))(((...((((((((..(((((((((...((((((((...(((........)))....))))))))...)))).((.((....)).)))))))..)))).))))...)))....((((...(((((((..((...((((.........))))))..))))))))))).(((((.((......)).)))))...(((((.(((.(((((...)))))..))).)))))..)))))))))..))))...(((....)))...........(((((((((((....)))(((..((......))..)))..)))))))).)))))).)))))..)))).(((.(((((.((.(((.((((.(((((((....))))))).....)))))))...)))))))))).)).))))))))).))))))))...((((((...(((.(((......)))))).....))))))((...(((((((((.((.((......)).)).))..)))))))..((.(((((.....)))))))...))....((((((.....)))))).(((((((.......))))))).............(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))..........(((((((.........))))))).......))))))))).)))..))).))).))))))((((..((..(((((((((((.((..((((((.((((..((...))..))))))))))..)))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))).....(((((.......)))))...... |
|
McQFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.....((.((((....)))).))....))..)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((.......))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))................ |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((..((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..(.((.((.((.....((.((((....)))).))....))..))..))..)..(((.......(((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))))....(((....)))....((..................)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((.(((((.........................................)))))....)))(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))(.((((......))))).))))))....(((...(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).))..))...)))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((.(((((((.........)))))))....))))...)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((..(((..((....)).))).))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))..((((((((((((....)))))))))).....))))................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.....((.((((....)))).))....))..)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((................................).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..(((((((((((...((((..(...).)))).).(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((.......))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))................ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((..((((.((.((.....((.((((....)))).))....))..))..))).)..(((.......(((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))))....(((....)))....((..................)).)))))))..)))))))))(((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))).((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))..).....((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...)))).(((.(((((.........................................)))))....)))(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((....))..(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)).(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((((((((....((((((.((((..((....)).))))))))))...))))))))))))..))).))))...))).)))....((((((((((....))))))))))(....))))................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((....(.((((.((((((.((((((((.....(((.(((....(..((.((.....((.((((....)))).))....))..)))((......(((.......((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((..................)).)))))))..)).)))))).(((....((...((((((((.......)))))))).))......)))..(((((((......))...)))))))).(((((.(.(.....).)))))).((((....)))))).))))))........(((((....(((....))).).)))).)).))))))..((((.......(((....)))......)))).(((.(((((.........................................)))))....)))(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).).....(((((((......((((....((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((....(((((((...((((((((...((........))......))))))))...).((...))((....))))))))...))))).)))..)))....))))....((((((........((((.........)))).....))))))((....))..(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((.((((((((.((((((.((....)).(..(((......))).).)))))).....(((..(((((((...((..(((.....)))))....))))))).....(((((.....)))))....)))....))))))....))....)))))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))......(((((.........)))))))...........))))))..(....)....)))))))((((..((..((((((((((((....(.(((...(((..((....)).)))..))).)...))))))))))))..))..))))............((.(((((((((....)))))))))......))..................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......(((((...((((.........((((.((((..((.........))..))))..))))..((((((((((....))))))).)))..))))(((.((((((((.((...(((((((..((...(((((((((((((....((((((....))))))......(((......(((....)))....((((....))))))).)))))).)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((...(((((((((....((((.((((.((((.....)))))))).((((....))))......))))......((((.....((((....))))(((((((((((((.((..........((((.(((((.((((((..((((((((.(((((........((((((((.......))))))))..........))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((...((((......((((((((...((....))....(((((((((.((((((((((...((((.((......)).))))..))))))))))..)))))))))..((((((((..(((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...)))).((.((....)).)))))))..)))).)))).)))))))).((((...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))))))..))))((((((((((((((..((((.....))))..))))))...((....))...)))))))))))...)))))))).(((....)))............((((((((((....)))((((.((......)).))))..)))))))..)))))).)))))..))))((((.((((.......(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))))))))))))).))))))))).)))).((((((.........((.((((......))))))))))))))))...)))))))))...)))))).....((((((((((....((....)).(((((.....)))))......((((.((((((.....)))))).(((((((.......)))))))..(((((((((..(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))).....)))))..))))..........)))).........)))))))).))........)))))))))).((((..((..((((((..((.(((..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))..))..))))..))).........((((((((((....)))))))))))))))[[[[[.)))...]]]]]...... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((.((...)))))))))).....((((.................))))........((((((((((....))))))).))).....((((((.((((((.((((.(((((((((.....(((((((((((((....((((((....))))))...............(((....)))....((((....))))....)))))).))))))).((((((((..(((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...)))))).)(((((((.(......))))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...((((((.....))))))....))))))))((.(((((((((((((((.............((((.(((((.((((((..((((((((.((((((.(.....(((((((((....).)))))))).......)).))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).........((((.....))))((((...))))...((((((((((((((.((((((((((...(((.((((.....)))))))..))))))))))..)))))).....((((((((..(((((((((...((((((((.(.(((........))))...))))))))...))))...............)))))..)))).))))..........((((...(((((((.......((((.........))))....))))))))))).(((((............)))))...(((((.(((((((((...))))).)))).)))))...))))))))...)))))((((....))))..........(((((((((((....)))((((............))))..)))))))).)))))).)))))..))))((((.(((((.((.(((.((((.(((((((....))))))).....)))))))...)))))))))))...))))))))).))))))))(((((((((...(((.(((......)))))).....))))))((((.(((((((........................)))))))..((.(((((.....))))))).))))....((((((.....)))))).(((((((.......))))))).............(((((((((.....(((.......(((....))).........))).....)))))))))..(((((..(((((((.(.....)))))))).....)))))..........(((((((((....)).)))))))....)))))))))))).)))).))).))).))))))((((.(((..(((((((((((.((..((((((.((((...........))))))))))..)))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))...(((((((.......))))).))... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((..........(((((....)))))..........)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......(((....)))...........................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((......(((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((((.(((((((.((((((((((((.....))))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((.((((....)))).....((...........(((....))).((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........))))))))).))).))))))))).))))......)))))(((.((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((...........))).)))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))))))....))).................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((((((((.((((.((((((.((((((((.....(((.(((..((((....((.......(((((....)))))......))...))))......(((.......((((((..((...((((((((..((.....((((((....))))))......)).......(((....)))..........................))))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(.........)))))).((((....))))...)))))).......(((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.........................................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))...........((.......((((.(.(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..)))).).))))....)).....))))...))))))))))).....(((.((((..(((....((((((((((((.((..((((((((.....))))))))..))...((....))....)))))))...((...((((..((((....))))...))))...))...(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((......(((....))).......((....))..))))).)).(((.(((((.((((.((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))((...((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))......((((.....))))))))...))...)))))))))).))......))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((.........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..(.....)..))).)))).)...))))..))))))..))).))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))).)))..................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((..(((........)))..)))(((((((((((...............((((..((....((((((((((....))))))).))).))..))))....(((((((....(((((((..((...(((((((((((((....((((((....))))))......(((......(((....)))....((((....))))))).)))))).)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((.((.((.(.((((((((..((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))))..((((((.((((((.(((....))).(((((((((((((.((..........((((.(((((.((((((..(((((..(.(((((..(..((.((((((((.......)))))))).))..)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((...((((......((((((((...((....))....(((((((((.((((((((((...((((.((......)).))))..))))))))))..)))))))))..((((((((..(((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...)))).((.((....)).)))))))..))).))))).)))))))).((((...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))))))..))))((((((((((((((..((((.....))))..))))))...((....))...)))))))))))...)..))))).(((....)))...........(((((((((((....)))((((.((......)).))))..)))))))).)))))).)))))..))))(((((.(((.......(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))))))))))))).))))))))).)))).......)))))).)))))).))))..))))).)))).)))......))))))).)))))))))))(((((..((((((((....((....)).(((((.....)))))......((((.((((((.....)))))).(((((((.......)))))))..((((((((((.(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))...).)))))..))))..........)))).........))))))))(((((((((((..((((((((...(....)..((((((..((((.(..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..)))))))))..)))))..)).)).)))))))(((((((((....)))))))))))))).(((((.......)))))...... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..(..(((((...((((.(((((.(((((.(((((((((.((.(((.(((..((.(.....................................................................................................).))...(...(..(.....(.........................(....)............).........((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....)))))))))..).....)...)))...))).....)).(((((....(((....))).).))))))).))))))..((((.(.((...((...)).)).)...)))).(((.(((((....(.((........................)).....).)))))....)))(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(((((((((((...(.((((((.....)))))).).))))))))..))))))))))...(((.((((...(((((((.(..((((((((.(.(((......)))....).)))))))).....).....((....)).)))))))..))))..)))..))))...))))....))(((((..((....(((.........))).))..)))))(((....((((((((((((.((((((((((((.....))))))))))))...............)))))))..(.(...((((..((((....))))...))))..).)...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((.((...(((((((....(.(((....))))................))))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((((..(((((((...((...((.....)).))....))))))).(((.(..(.(.....)).).....))))))).)))))...)))))...))))))))).)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(...).)))))))....)).....))))))............)))))))((((....(.((((((..((((.(....((((...((..((....))..)).)))).)...))))..))))))...)..))))..))))).....)))(((((((((....))))))))).))))).......)............))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((..(((........)))..)))(((((((((................................(((((((....)))))))............................(((((((...(...(((((((((((((....((((((....))))))......(((......(((....)))....((((....))))))).)))))).)))))))..)..)))))))((((........((((((((.......))))))))........))))..(((((((.........)))))))....((((..(((.....))).)))).((((....)))).........................((((....))))......................................................(((((..(..((.((((((((.......)))))))).))..)....)))))..................(((((((((.((....)))))...)))))).......................(..(((..................((((((((.(((((((((....(((.((((.....)))))))...)))))))))..))))))))...((((((((..(((((((((...((((((((.(.(((........)))..).))))))))...)))).((.((....)).)))))))..)))).)))).................(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........((((((((((((((..((((.....))))..))))))...((....))...)))))))).)))..).((((..((((....))))...)))).......................................................................(((..(((.......(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))))).)))...........................................................................)))))))))........(((((((.............(((((.....)))))...........((((((.....))))))..((((((.......))))))..............(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....)))))..........(((((((.........)))))))......)))))))..............................(..((((((..(((.((..((((((.((((..((....)).))))))))))..)))))..))))))..)......................(((((((((....)))))))))......(((((.......)))))...... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((...((((.........((((.((((..((.........))..))))..))))..((((((((((....))))))).)))..))))(((.((((((((.((...(((((((..((...(((((((((((((....((((((....))))))......(((......(((....)))....((((....))))))).)))))).)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((...(((((((((....((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))))......((((.....((((....))))(((((((((((((.((..........((((.(((((.((((((..(((((..(.(((((........((((((((.......))))))))..........))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..(((...((((......((((((((...((....))....((((((..(.(((((((((....((((.((......)).))))...)))))))))..)..))))))..((((((((..(((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...))))....((....))...)))))..))).))))).)))))))).((((...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))))))..))))((((((((((((((..((((.....))))..))))))...((....))...)))))))))))...)..))))).(((....)))............((((((((((....)))((((.((......)).))))..)))))))..)))))).)))))..))))(((((.(((.......(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))))))))))))).))))))))).)))).((((((..((((.......(((.....)))))))))))))))))...)))))))))...)))))).....((((((((((....((....)).(((((.....)))))......((((.((((((.....)))))).(((((((.......)))))))..(((((((((..(((((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))))..(((((..(((((((........))))))).....))))).....)))))..))))..........)))).........)))))).))))........)))))))))).((((..((..(((..(..((((.(..((((((.(((...((....))..)))))))))..)))))..)..)))..))..))))..))).........((((((((((....)))))))))))))))(((((.......)))))...... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
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UGGAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGGUGAACGCUGGCGGCGUGCCUAAGACAUGCAAGUCGUGCGGGCCGGGGUUUUACUCCGGGUCAGCGGCGGACGGGUGAGUAACGCGUGGGUACCUACCCGGAAGAGGGGGACAACCCGGGGAAACUCGGGCUAAUCCCCCAUGUGGACCCGCGUCCAAAGGGCUUUGCCCGCUUCCGGAUGGGCCCGCGUCCCAUCAGCUAGUUGGUGGGGUAAUGGCCCACCAAGGCGACGACGGGUAGCCGGUCUGAGAGGAUGGCCGGCCACAGGGGCACUGAGACACGGGCCCCACUCCUACGGGAGGCAGCAGUUAGGAAUCUUCCGCAAUGGGCGCAAGCCUGACGGAGCGACGCCGCUUGGAGGAAGAAGCCCUUCGGGGUGUAAACUCCUGACCCGGGACGAAACCCCCACGGGGCUGACGGUACCGGGGUAUAGCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGCGAGCGUUACCCGGAUUCACUGGGCGUAAAGGGCGUGUAGGCGGCCUGGGGCGUCCCAUGUGAAAGACCACGGCUCAACCGUGGGGGAGCGUGGGAUACGCUCAGGCUAGACGGUGGGAGAGGGUGGUGGAAUUCCCGGAGUAGCGGUGAAAUGCGCAGAUACCGGGAGGAACGCCGAUGGCGAAGGCAGCCACCUGGUCCACCCGUGACGCUGAGGCGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCACGCCCUAAACGAUGCGCGCUAGGUCUCUGGGUCUCCUGGGGGCCGAAGCUAACGCGUUAAGCGCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAAGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGCCUUGACAUGCUAGGGAAACCCGGGUGAAAGCCUGGGGUGCCCCGCGAGGGGAGCCCUAGCACAGGUGCUGCAUGGCCGUCGUCAGCUCGUGCCGUGAGGUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGCCGUUAGUUGCCAGCGGUUCGGCCGGGCACUCUAACGGGACUGCCCGCGAAGCGGGAGGAAGGAGGGGACGACGUCUGGUCAGCAUGGCCCUUACGGCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGCCCACUACAAAGCGAUGCCACCCGGCAACGGGGAGCUAAUCGCAAAAAGGUGGGCCCAGUUCGGAUUGGGGUCUGCAACCCGACCCCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGCCAUGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACGCCAUGGGAGCGGGCUCUACCCGAAGUCGCCGGGAGCCAGGCGCCGAGGGUAGGGCCCGUGACUGGGGCGAAGUCGUAACAAGGUAGCUGUACCGGAAGGUGCGGCUGGAUCACUUUCUCGGGUCCCGAAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....((((..aaaaa..)))).((((.(((((..((((((((.....(((..((.((((..(((((.(((((.....)))))..)))))))))....((((......((((((((.(((..((((((((((((((((((((((((..))))))))))).)))))....((((....))))...((((...)))))))))))).)))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((..[[))))...))))))))((((((..........))))))((((((..))))))..)).)))......((.(((....(((((..)))))..))))))).))))))..((.((......(((....)))......))))....((((((((.((.(((....)))))..)).))))))......((((((((...{{{{{.....{{.)))}}.......}}}}})))))..)))))))))........]](((((.....((((((((((.(((((((.((((((((((.....((((((((...))))))))...))))))))..)))))))))...((((((((((.((((((((((((((((((((((((((....))))...))))))))))))))).......(((..))).)))))))))))))).)))...))))))))))...(((((((...(((.(((((.........))))).)))))))))).........<<<<<<.(((((((((((...))))))))))).<<<..))>>>....>>>>>>.))).(((((.((.(((((..))))))))))))...AAAAA(((((.(((((((.(((.(((((((((((((((((......((........))..........(((((((......((((((((...((((((((..))))))))..((((((..)))))).))))))))..((.(((...(((((.((....((((((((((..))))..(((((....)))))..)))))).....((((..((((..........((.....)).........))))......(((((...)))))........)))).....))..)))...)).)))))....)))))))...)).)))))))))....(((((((....((((..(((((((((..)))))))))....))))....)))))))......((((((((((((........))))))))))))....))))))((.((((((((((........)))))))))))).)))...)))))))))).))....(((((...((((((((((((((((((((((...((.(((((......))))).))..))))))))))))))))))))))....)).))).....(((((((((....)))))))))........................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..(((((..(((..((((.(((((.....(((((.......)))))...((((((.((((((.(((.((((((((.(((((((((..(((((.....(((..(((((....))))).....((((((...((((((....))))))....)))))).)))..)))))(((((...((((((((((((((((((((.(((((((.(((((....(((..((((((((.......)))))))))))...........(((((((.........)))))))....))))).........)))))))...)))....))))))........(((....))).....))))).))))))...))).)).)))))))..))......((((((..((((.((....(((((...)))))....))))))..)))))).......)))))))).))).))))))..(((((((...((....)).....))))))).))))))))))))))).((((...((((((...(((((((...(((((((((.((((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....(((((((.((.(((......)))....)).)))))))....(((.........))).)))))))..)))))).))..))))...))))....((((((...((...((((.........))))...)))))))))))..((((.(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....))))))).((((((((((((..(((((..((((((..(((.............)))..((((((.((((((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((......((((((((...(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).(((.(((((.(((((((((((.(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((...))))).))..)).)))))))))....)))))))..))))))...))))))).......))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).))....)))).)))))).....)))))...))).))))))))).))))......))))))...((((.(((..(((((((((((((.....((((((...)).))))....)))))))))))))..))).)))).)))).......)))(((((((((....)))))))))))))))))))))(((...)))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................((((((((.........................(((((((...)))))))........................((((((((......(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..............)))))))....))))))))............((((((((.......))))))))..............((((((((....)...)))))))....(((((............))))).............................(((((...(((((....))))).)))))..))))))))...........((((....))))............(((((.......((((...)))).........))))).....(((((......(((((((................)))))))))))).........................................((((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))...)))))))).............(((((((....(((((((.......................)))))))....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((......((((((((...(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).........................................((((......))))..................(((((((.((((..((((...))))))))..))))))).........................................................)))))))......)))))))).....(((((((..........................................)))))))...........(((((((........))))))).......................................................))))))))...........................(((((((((((((.........................)))))))))))))........................((((((((((....))))))))))....................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.......((((..(((((.((((((.(.....(((...........((...(((((((...)))))))....))..................((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))................)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...(((((....))))).)))).)..))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((...........................))))))....(((((......(((((((((.........)))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((...(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))....)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.........(((((...(((((((....)))))))...((........))..))))).....((.(((...((((.(.((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((...))))).))...........)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....((((((((....(((..((..((((....))))..))....)))....)))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((((((((....(.((((((...)).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((..................................(((......)))(((((((((((((((((..(((((((((((((((...(((((.((...........)).)))))(((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..((((...)))).)))))...((((((...((((((((((....))))))))))...))))))...............((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....)))).........................((((....))))..........))))))..((((......((((....)))).....)))))))))))))..))))))))................(((((.(..((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).....((((((((..((((((((..(((.((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....))))))))).).(((((.(...((((((((...((((((((...(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...)(((.........))).)))))))..)))))).))...))))))((((....)))).((.......))..........))))))).)))))))))))..))...(((((((.((((((((((...))))))))))......((....)).))))))).)))))).((((.(((((....)))))..))))...............))))))))).......(.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((..(...((((((((...(((((((....))))))).(.((((....)))).)))))))))...((((((..(((.(((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((...))))).))........))))))).)))..))))))......)..)))))))......)))))))).)...(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))...........(((((((.(....).))))))).....((((...((......(((((((..........))))))).....))...))))(((((((((((..((((((((...........(((((((((((((...(.((((((...)).)))).)..))))))))))))))))..)))))..)).)).)))))))(((((((((....)))))))))..)).................... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((....(((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((((.....(((((((...)))))))....)))))......(((......((((((((.((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...(((((....)))))..((((...)))).)))))))..))))))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).)....((.(((...(((((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))...(((((...(....(((....)))....)....))))).....(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))))))...))).(((.....(.((((.(.(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))).....((((((...((((((((...(((((((....(((........))).....)))))))...)(((.........))).)))))))..))))))......))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((...))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......((((((((...(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..(((.....)))))....)))))))..((.(((((...))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((((....((((....))))......))))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((.(((..(((((((((((((...(.((((........)))).)..)))))))))))))..))).))))....))...)....((((((((((....))))))))))((((.........))))...... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((...(((((((...)))).....(((.....))).......(((......)))(((((((((((((((((..(((((((((((((((..((((((.(((.........))).)))))(((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..((((...)))).)))))((.((((((...(((((((((((())))))))))))...)))))))).............((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))..).))))))..((((......((((....)))).....)))))))))))))..))))))))......((.....)).(((((.(..((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).....((((((((..((((((((..(((.((((((((.(((((((((......((((((.....))))))....))))))))).).(((((.(...((((((((...((((((((...(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...)(((.........))).)))))))..)))))).))...))))))((((....)))).((.......))..........))))))).)))))))))))..))...(((((((.((((((((((...)))))))))).....((((()))))))))))).)))))).((((.(((((....)))))..))))...............)))))))))......((.((((((((((((..((((........))))))))....(((((((.(((..((((((((...(((((((....))))))).(.((((....)))).)))))))))..(((((((..(((.(((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((...))))).))..)).)))))))))).)))..))))))...).))).)))))))......)))))))).))..(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))......(....(((((((.(....).))))))).)...((((((.((.((...(((((((..((....)))))))))...)))))).))))(((((((((((..((((((((...((..))..(((((((((((((...(.((((((...)).)))).)..))))))))))))))))..)))))..)).)).)))))))(((((((((....)))))))))..))).)))....((...)).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..............((((.....))))...........................(((((((.((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(((((....))))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...))))...(((((...(......(...).......)....))))).....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((....((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((.....((((((....))))))....(..(......))...))))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((...))))).)).....))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((....(.).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))....................... |
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DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((..(((((.((((((((((..(((((...))))))))).((.((((...(((((.((((((((((......)))(((((((((((((((((.(((.....(((((((..((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))....))).)....(((((((.......))))))).(((((((((((((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((((((((..((((((((...((((((...((((.....((..(((((((((..((.....((((((.(((((....)))))...((((((.......(((((((((((((..(((.(((((...(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).((((((((((((..(((.(((....))).)))...))).)))).)))))..))).)))))...))))))))(((((((...))))))).(((...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))....(((.........))).)))))))..)))..))))...)))..((((((...(((((((..((...((((.........))))))..))))))).......((((((.(((.((((((((((...))))))))))..)))...))))))...)))))).))))))((((.(((((....)))))..))))............))))))))...)))))))))..)).((.(((((..((((........))))))))).)).))))(((((......)))))...(((((((....))))))))))))).))).)))))..)))))).....))))))....)))))))).))).(((((((....(((.(((......))))))))).))))...((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((...)))))))......))))....))))).))).)).))))))...))))))).)))))...)))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))((.....))...((((((........)))))).)).))))((((.((.((...(((((((..((....)))))))))...))))))))...(((((((((((..(((((.........(((..(((((((((((((...(.((((........)))))...)))))))))))))..))))))))..)).)).))))))).((((((((....)))))))).)))))))))))((((...)))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..((((((............................................(((((((((((((((((..(((((((((((((((..............(((((((..((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..((((...)))).))))))).))))))))))).((....(((..((((((((.......)))))))))))......))...((((((((....))...))))))....(((((.((.......))))))).((((....)))).................((((...(((((....))))).))))....))))))..((((......((((....)))).....)))))))))))))..)))))))).....((((................aaaaaaaaaa..aaaaaaaaa.aa))))AAAAA...AAAAAAAAA.AA.AAAAA.((((.((((.(((((((...((((((((..((((((((((.(((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..))))))))))..((((((((...(((((((....(((((((....(((........))).....)))))))....................)))))))..))))).))).........((((....))))..........((((.........))))...))))))))))).......(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((.(((((....)))))..))))....))))...))))))))))))).........(((((((((((...((((........)))).)))....(((((((......((((((((...(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))...((((((..(({{(((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..))))))).....(((((...))))).....)).))))))))))..))}})))))).........)))))))......)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....))))...........(((((((..........)))))))...............(((((.......((..[[((...<<.<<<..(((((((((((((.....((((........))))....)))))))))))))))>>>.>>))....]]...))))).(((((((((....)))))))))))))))..)))))........... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((..(((((((((((.((((((((.(((((..(((((....(((......)))))))).))))).)).)))))).))))))..(((.((((((((......(((((((..((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..((((...)))).))))))).))))))))))).......(((..((((((((.......)))))))))))((((((((.(.(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((....((......))((.....)).((.(((((.....((..(((((((((..((.....(((((.((((((....)).)))).((((((......((((((((((((((..(((.(((((...(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).((((((((((((..(((.(((....))).)))...))).)))).)))))..))).)))))...)))))))))((((((...))))))..(((...((((((((...(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))....(((...))).......)))))))..)))).))))...)))..((((((...(((((((..((...((((.........))))))..))))))).......((((((.(((.((((((((((...))))))))))..)))...))))))...)))))).))))))((((.(((((....)))))..)))).............)))))))...)))))))))..))....(((((..((((........)))))))))....)))))..))...((((((((...(((((((....)))))))...((((....))))..))))))))....))))))..).)))))))).(((((.(((((((((.(..(((......)))((.....)).....((((.(((((((.((((..((((...))))))))..)))))))..((.(((((...))))).)).....))))..(((.....))).......)))))))))).))))).......(((.(.(...(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))((.....))..(((((((........))))))).....((((((.((.((...(((((((..........)))))))...)))))))).).)....).))))..)))))))).((((..((..(((((((((((((...(.((((........)))))...)))))))))))))..))..))))..)))..........(((((((((....)))))))))))))))))))).(((...)))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.((.((((...)))).)).)..)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((.......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((.(((..................).)).))))))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...((.(((((...(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((...)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((((...)).))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).))))........... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.((.((((...)))).)).)..)))((......(((......((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((.......)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((...(((....))))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....))))..((((((...........................))))))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(..(((((.....((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..))))))).....)....(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))..))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...((.(((((...(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.(((..((((((((((((.((((((.((....))((.((((......)))))))))))).....((.(.(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((...)))))))......)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((((...)).))))))...))))).))))))..))).))))...))).))).(((((((((((((....))))))))).....)))).)))........... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.(.((.((((...)))).)).)..)))((......(((......((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....(((....)))....((.......)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...((((....))))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((...........................))))))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........((((((.....((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..)))).))))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..))))))).....)....(((((((.((((((((((...))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...((.(((((...(((((((....)))))))...((........))..))))).)))(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((..((.......))))....)))))))..((.(((((...))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((((...)).))))))...))))).))))))..))).))))...))).))).(((((((((((((....))))))))).....)))).)))........... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..((((((.(((((.((((((((.(((((..(((((....(((......)))))))).))))).)))).)))).))))).(((((.((((((((.((...(((((((..((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))(((..(((((.....(((...(((..((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......))).((.....(((((...((((....)))).((..((((((((((((((..((.....((((....)))).....((((((.((((((.((...((((((((((((((..(((.(((((...(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).((((((((((((..(((.(((....))).)))...))).)))).)))))..))).)))))...))))))))).((((((..(((((((.(((...((((..(((..(((((((....(((((((.((.(((........)))..)).)))))))...((((...))))......)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...((((.........)))))))..))))))..........(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))))))))))((((.(((((....)))))..))))...........)))))).))...))))))))).(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((...(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).(((.(((((.(((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((...))))).))..)).)))))))))....))))))))..)))))...)))))))..))).)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))).))))).))....)))))....))..)))..((.(((....))))))))))...)))..)))))))))).((((..((..(((((((((((((.....((((........))))....)))))))))))))..))..))))..)))))........(((((((((....)))))))))))))))..)))))........... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((..(((((((((((.((((((((.(((((..(((((....(((......)))))))).))))).)).)))))).))))))..((((((((((((.((...(((((((..((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..((((...)))).))))))).))))))))))).......(((..((((((((.......)))))))))))((((((((...(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))((((((.............(((........((((((((.........(((((((((.........((((((((((((....)).)))).((((((.(....((((((((((((((..(((.(((((...(((((((((((..(((((((((.((....)))))...))))))))).)).))))))))))).((((((((((((..(((.(((....))).)))...))).)))).)))))..))).)))))...)))))))))((((((...))))))(.(((...(((((((.(..(((((((....(((((((....(((.(.....)))).....)))))))...((((...))))......)))))))..)))).))))...)))).((((((...(((((((.......((((.........))))....))))))).......((((((.(((.((((((((((...))))))))))..)))...))))))...)))))))))))))((((.(((((....)))))..))))............)))))).....)))))))))........(((((..((((........)))))))))....))))).)))...[[[[[[[[...(((((((....)))))))...[[[[))).]]]]..]]]]]]]]....))))))....)))))))).(((((.(((((((((.(.((((......))))).................(((((((.((((..((((...))))))))..))))))).....(((((...)))))..............(((.....)))........))))))))).))))).......(((.(((((.(((((((.....(((((....((((....))))......))))).....)))))))...........(((((((........)))))))....(((((((.((.((...(((((((..........)))))))...)))))))).).)).)))))))))))))))))).)))).(((..(((((((((((((...(.((((((...)).)))))...)))))))))))))..)))....................(((((((((....))))))))))))))))))))((((...)))).. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASampler(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
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RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(..(.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((................................................................................................................................................................(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))..)))))))..((((.(.(....((...))..).)...))))....((((...(.(.............).....).))))......(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((.(.(((.((((......((((((.....))))))....)))).)))...))))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.(((.(...(((.(.........))))..................)))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((((..(((((((..(((...((.....)).)))...)))))))..((.(((((...))))).....)).)))).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....((((........)))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))))).....))..........) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(.(..((((((..((((.((((.((((((.((((((..((...(((.(((..((((............................))))...((((.((((...(((((((..((...(((((((.((((.(...((((((....)))))).)....)))).(..............)..((....)...).)))))))..)).)))))))(((.((.(((...(((((((.......))))))).)))...)).)))(.(((((((.........)))))))...)(((((.(((.....)))))))))))))).))....)))...))).))....((((((....(((....))).).)))))...))))))..((((.(.(....((...))..).)...))))...(((((....(....................).))))).....(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((((((((((...((.(((((......((((((.....))))))....)))).)))....)))))))...((((((((...(((((((((..(((((((.((.(((......)))....)).))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((((((((((...))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....(((((((.(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.((((....(((((........))))).................).))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......)))))))))))).....((((.(((((((..(((...(.......).)))...)))))))..((.(((((...))))).....)).))))..))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))....)(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).((.(((((((...(....).)))))))....)).....))))))............)))))))((((..(...((((((((((((....(.((((.(....).)))).)...))))))))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))))).....))........... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..((((((.((((....(((..(((((.(((((((.((..((..(((.....(((((((((((((((((..((((((((.((((((....((((.((...(((((((..((((.(((((((.((((((...((((((....))))))....))))))...(((((....)))))..((((...)))).))))))).)))))))))))((((((((....))))))))......)).))))...((..((.(((((.(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))((.((.(((.(((....)))..)))..))))..))))).))..))..))))))..((((......((((....)))).....)))).))))))))..))))))))..((.(((((..(((((.(((((...((....))..))))))))))..))))).))............((....))....(((((((((.(..((((...((((((((..(((..((((((..(((((((((......((((((.....))))))....)))))))))..((((.(((...((((..(((..(((((((((..(((((((....(((........))).....))))))).....))....((....)).)))))))..)))..))))...)))...((((....))))...))))...............))))))..))))))))))).......(((((((.((((((..((...))..))))))...((....))....)))))))))))..).((((.(((((....)))))..))))....)))))..))))))))))))).((((((..(((((((((((...((((........))))........(((((((......((((((((...(((((((....)))))))...((((....))))..)))))))).(((.(((((.(((((((((((.(((((((((....)))...(((......)))...))))))....(((((.(((((((.((((..(((.....)))))))..)))))))..((.(((((...)))))))...)).)))))))))....)))))))..))))))...)))))))..))).)))))))).....(((((((.....(((((((..((((....))))..))..))))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).......)))..)))).))))))))))))..))).....(((((..((....))..)))))...((((..((..(((((((((((((...(.((((........)))))...)))))))))))))..))..)))).))))..........(((((((((....)))))))))))))))..)))))........... |
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Vsfold4
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold5
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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