|
|
|
AACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUUAGUAUAAGCUUCAAUUUUGUGAAACUGCAAAUGGCUCAUUAAAACAGUCACAAGGCAUUUGGCGAUCAAUUCUAAAUGGAUAUCUGUGGGAAUUCUAUAGUUAAUACAUGCACUAAAACUUAUCUUUGGGGAAAGGUUGUGGUCGUUAGUUACAGAACCAAUUCAAGCUAUGCUUGGACACUUGAAUGAUUCACAAUGACAAAUGAAUUACAUGGCAACAGCUGGUGAUAAUUCAUUCCAGUUUCUGACCUAUCAGCUUUCGACGGUAAGGUAUUGGCUUACCGUGGCAAUGACAGGUGACGGAGGAUUAGGGUUUGAUUCCGGAGAGGGAGCUUGAGAAAUGGCUACCACAUCUAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCUGGCACAGGGAGGUAGUGACAAGAAAUAACAAUACAAGGCAUCCAUGUCUUGUACUUGGAAUGAAUGGAUUUUAAACCUUUCUAUAAGUAUCAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCGGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGAUUUCUGCUGAGGAUGGCUGGUCCGCCCUCUGGGUGAGUAUUUGGCACAGCCUGAGCAUUUAUCUUGAAAGUACAACUGCACUUGACUGUGUGGUGUGUUAUUGAGAACAUUUACUUUGAGGAAAUCAGAGUGUUUCAAGCAGGUGUUUGGCCUUGAAUACAUUAGCAUGGAAUAAUAAUCAAGAUCGUGGUUCUUUUUUGUUGGUUUCUAGAAUUGAGGUAAUGAUUAAUAGGGAUAGUUGGGGGCAUUCGUAUUUGAUUGUCAGAGGUGAAAUUCUUGGAUUUGUUAAAGACGGACUACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGAUGUUUUCAUUGAUCAAGAACGAAAGUUAAGGGAUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCCUAGUCUUAACCAUAAACCAUGCCAACUAGAGAUUGGAGGUUGUUACUUGUAUGACUUUUUCAGCACCCUAUGCGAAAUCAAAGUGUUUGGGUUCCGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUUACCAGGUCCAGACAUAAUGAGGAUUGACAGAUUGAUAGCUUUUUCUUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAACGAGACCUUAACCUGCUAAAUAGUUACAUGUAAUUUCGAUUAUGUGGGCAACUUCUUAGAGGGACGUUGUGUGUAUAAUGCAAGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCUGCACGCGCGCUACACUGAUGUGUUCAACGAGUUUUCAACCUUGCCUGGAAAGGUUUGGUAAUUCUUGAACAGGCAUCGUGAUGGGGAUUGUUUAUUGCAAUUAUUAACCUUCAACGAGGAAUUCCUAGUAAGCUUGAGUCAUCAGCUUGUGCUGAUUAUGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAGUGAUCCGGUGAAUAAUUUGGACUGUAGCAAUGUUCAGUUCUUGAACAAUGCAAUGGCAAAUUUAAUGAACCUUAUCACUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCUGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAAGC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...<<<.))))).(((.(((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....((.........))...)))))......(((......((((..((..((....(((............((((....(((((((.....))))))).....))))......(((((..((....))..)))))....((((((.........((...((((((...)))))).......)).......))))))........((((.((((....))))))))....)))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....((((((((((((....))))))))).)))......(((((((.......))))))).........(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((.....((((...(((.......((((.(((((((((((..((((.....)))).....))))).)))))).))))....((((((.......(((((((......)))))))......)))))).............................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{.(((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...{{..))}}...}}}....}}}.))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..((((.((((((((....))))))))...))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((.......((..((((....))))..))...)))......)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..((((((((((((((((((((((((((...))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(......(((((((.(((....(((((.(((..((.(((((((((((((.((((........))))..)))).)))))).))).)).))).))))).(((((((((((((.((((..(((((.((((((......(((((.((.(((((((...))))))).))...(((((((((..((((((..((((((((((((((((((((((((((......((..(((((((...)))))))((((((..(((((((..........)))))))...((((..(((((((((....)))..))))))..)).)).....(((....((((((((.......))))))))))).....))))))..))..........(((((((.((.(.((((.(((.((((((..((((((........((...((.((....)))).......))..(((((...))))).)))))).(((((.((((((..(((((((((....)))))))))..((((((......))))))..((..(((...(((.(((.(..((((((......((.((((((..((.(((((..(((((((.(((((((..........)))))))(((((....))).)).)))))))....))))).))...))))))))))))))..).)))......(((...(((((........(((..(.((((((.(..(((......)))..))))))).)..))).....((((((((.....)))))))).......))))).....)))............((((((.....((((((..(((..((((((...............))))))..)))..))))))...((...((...(((((....(((((((((((((.((((....((((((((.((((((...))))))....(((....)))....))))))))..)))).((((((...(((....)))....)))))).))))))))))))).)))))...))...)).....))))))..)))..)))..))..)))))).))))).....))))))))).)))).).)).)))))))(((((((((..((.((..((((..((((....))))...........((((((((.(..((((.((((.....)))).)))).).).))))))).)))).....(((....))).)).)))))))))))......))))))).)))).)))))))))))))))....))))))..))))))))).)))))(((((((((((((((((.......((((((.((((((....)))).))..))))))..((((..((((.((((((((....))))))))...))))..)))).(((.((..((((((((((....((((.((((((((((...(((....)))..)).)))))))).))))((((.((....))....(((.(((((((((((.(((((....(((..((((....))))..))))))))))))))..))))))))..((((((.((((((((.....(((..((((....)))))))...)))))))).......((((((....))))))...)))))))))).))))))))))))))).))))))).)))))))))))))).)).)))))..)))))))))).(((.(((((((...))))))).))).........)))))))..((((.((.....))..))))..............))).((((((((....)))))))).))))))).) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((((.......)))))))).............................................((((........))))........................................(((((...)))))...................................................................................(((((((...................................)))))))................................................................................................................................................................................((((((............))))))..............................(((((((...............)))))))...............................((((((((((((.........................)))))))))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((............................)))))))......................(((((((.................))))))).................................................................................................................................................................................................................................................................((((((...............((((((((....))))))))....................((((((.....))))))......)))))).....................................................((((((................(((..((((....))))..))).............))))))....................................................(((((((((.....)))))))))....................................((((((((..(((((((((.....................................................................))))))))).)))))))).............................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((.......((((........))))........)))..))))))...................................(((............)))...........................(((((............))))).....................................................................((((..(((....))).))))..................................((((((((.......))))))))...................((((....))))....(((((...((((((........)))).))...)))..))....................((((....((((...))))..))))..............(((((((((((((..)))))))))).))).........................................................................................................................................................................................................(((((((......))))))).........................................................................................((((((((.....................)))))))).............(((....((((((.(((((.((((((((.(.(((........))).)..)))))))).))))).......(((((((((.......)))))))))............................................................................(((..(((((((((.............)))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))..................((....((((((((........................................................................................................))))))))....))...................................................(((((.(((.((((..((((((((((((.......)))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..................))))))....))).......................((((((((..............((((((((....))))))))...........))))))))......((((.((((((..........))))))....................((((((((.......)))))))).......)))).....................(...((((((((...(((((((((((((((((((..(...((((((((((((((((...))))))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..))))))))....)............(.(((((....))))).)........... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))....(((...(((.((((((((((.(((...(((((((.((((.............(((((((..(((.................)))))))))).............((((((..((((....)))).))))))......)))).)))))))......))))))))))))).)))...)))....................((((((.............))))))...............(((((((((((.(((....)))..)).)))))))))..........((((.(((((.....((((((((.......)))))))).))..))).)))).....((((((.((((....((((((((.((.((((........)))).)).).)))..))))...................))))))))))......(((((((...............((((((((((((....))))))))).))).................)))))))......(.(((.(((((((((.......(.((((((..((((((....(((((((.(((((((..........)))))))................)))))))...))))...))...))))))).))))))))).)))..)...............................(((.(((((((......))))))))))...............(((((((.....)))))))..............................................................................................................(((((....(((((((((((((.....((((((((((((....(.......................).....))))))))...))))..((((...(((....)))....))))...))))))))))))).)))))................................................................(((....................)))...............((((((.............................((((.((((.....)))).))))))))))...............................................................................(((((((((((((((....(((((...((((((((((((((.......))).)))))))))))))))).............(((....((..((((((((....))))))))....))....))).(((((......................(((((((((....(((....)))...).))))))))......................(((.(((((((((((.(((((.((((((((.......)))))).)).)))))))))))..))))))))......(((((.....))))).............(.(((....))).)............((((((....))))))...))))).......))))).))))))))))(.(((((.((..(((((((((..(((..((((((((..((((.(((.((((((.....)))))).))).))))))))))..))..)))..))))))))).)).)))))..)...........((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..((((.((((((........(.....(((.(((.((((..(((....))).....(((((......)))))..(((((........(((((..(.(((.((.(.....................((((((........(((.....((((..((....((.......))....))..))))....................(((((((...))))))).))).......))))))..................((...(((((((............)))))...)).))............((((((((.......))))))))).))))).)..))))).......).))))....(((((((..((.((((........)))).))...)))..)))))))))))))).)....((((((...(((((...))))).))))))................((((((((....))))))))...(.....(((.((........)).))).....)......(((((((((......((.((((((....((((.(((.((((((.(((((((..........)))))))(((.........))).))))))))).))))........)))))))))))))))))..)))))).))))...(((((((((....((......((((.(((((((......)))))))))))....)).........((((((........(.(((((...((((((.....((((((.....(....((((((.....((((((..(((.(((((((...............))))))).)))..)))))).........(.(((((((((((........(((.((((........((((..........)))).........((....)).)))).)))))))))))))).)..............((((((....(...((((.........))))...).))))))......))))))......)......))))))....))))).).........))))).).........))))))))))))))).....(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((..((....((((.(((.((((((.........(((.....)))...........((((((((.....................((........))..............((.((((..((((((((....(((((((((((.(..........).)))))))))))..............(((.((((..((((.((((((((....))))))))...))))..)))).))).(.((((((.....)))))))...............))).)))...).))))))).......)))))))))).)))).))).)))).........................((((((...(((..........)))...))))))(((....((...((((.....)))).......)).....)))..........(((((((.((....))))))))).........))...)))))))))).))....(..((...(((((.....(((((((((..((.....((((((..((((.(((.(((((.......))))).))).)))))))))).......))..)))))))))....)))))....))...)....((((((((((....))))))))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......)))))..((((((..(((.((((((((((.(((...(((((((.(((((((..(((....((((((((..(((.................))))))))))).....)))....((((((..(((((()))))).))))))..)).))))).)))))))......))))))))))))).)))..))))))...........(((...((((((((...)........)))))))..))).........(((((((((((((((....))).))).))))))))).......(((((((.((((((....((((((((.......)))))))))))..))).))))..)))((((((.((((....((((((((.((.((((........)))).)).).)))..)))).((.((....)))).....))))))))))(...)((((((((...........((..((((((((((((....))))))))).)))..)).............))))))))..((((((((.(((((((((......((.(((((((.((((((.((.(((((((.(((((((..........)))))))((((......)).)).))))))).))))))...)).).))))))))))))))))).))).)))))...................((((((.(((((.(((((((......)))))))))))).)))))).....((((((((.....))))))))(((((.((.(((((............))))).)).)))))....(((((..(((..((((((...............))))))..)))..)))))........(((((((((((....(((((((((((((....(((((((((((((...((((.....(((....)))....))))....))))))))...)))))(((((...(((....)))....)))))..))))))))))))).))))).....................)))))).........(((((.........)))))(.....(.((((.((((.........))))..)))).)......)((...((((((.............................((((.((((.....)))).))))))))))........)).....................)(((...........))).....................(((((((..(((((((((((((((.((((((((...(((((((((((((((.....)))).)))))))))))))))).............((((..((((.((((((((....))))))))...))))..))))(((((((..((((((.....((..(((((((((((((.((.((((())))).))).)))))))).))))..)).))))))......(((.(((((((((((.(((((.((((((((.......)))))).)).)))))))))))..))))))))(..((((((((.....)))))).....)).)..((.((((())))).))...........((((((....))))))..))))))))))...))))).))))))))))(.(((((.((..(((((((((..(((..((((((((..((((.(((.(((((((...))))))).))).))))))))))..))..)))..))))))))).)).)))))..)...........((((((((((....))))))))))))))))). |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((((((.......((((........))))........).......((....................................((((..((....))))))..........))...............(((((..(......)..)))))...................((.........................)).....................((((.(((......)))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((..)))))))))..)))....................................((((((.......((((....................))))))))))................................................((((((.((.(((.(((..(((.....)))..)...)).)))..)).))))))..............(((.((((((.......)))))))))............................................(((....)..))...........)))))).............(((((((((...................)))))))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(.(........).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............((((((....((((..(((((((((((((....))))))))..)))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....).......(((.((((....)))).)))............))))))))))..(((((((((((............)))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.(.(((..(...)).))).))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................(((((((((.(.....(((..........))).......))))..))))))...................................((((..((....))))))...........................(((((..(......)..))))).....(((((........(((.........................)))......))))).........((((.((........))))))...........................((.....((((((((.......)))))))).))....((((((......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...((((.....)))).))))))............((((((((((((....))))))))).)))....................................((((((.......((((..((.........)).....))))))))))................................................((((((((.((((((((.(.(((...))).)...))).))).)).)))))))).............((..(((((((......))))))).))................................(((((((.....(((....)..))))))))).......................((((((((((.................))))))))))...........((((((.((((((((((((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).))))).......((((((((((.....))))))))))............(....)(((((........((((.........)))).....)))))............((....(((..((((((((.((..........))))))))))..)))...((....))..........)).(((.......(..(((((....)))))...).....)))....((((....(((((((((......(((((...))))).....................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))).....(((((((((..................)))))))))........(((((((((.((((..((((((((((((......))))))))..))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).................))))))))).)))))).........))))))..(((.((((((((.....((.......(((.((((....)))).)))...))....))..)))))))))..((((((((((((..........))))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))................))))))..(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((..(......).))).))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))...........((((((........))))))............... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((((((((((...(((.((((((((((.(((...(((((((..........(((....((((((((..(((..((((...))))....))))))))))).....)))....((((((..((((....)))).))))))...........)))))))......))))))))))))).)))((((((((((((.(((....)))((((((((((...)))))))...)))))))).))))))).....))).))))).))))(((((((.((((....))))(((((((((((((((.((((((....((((((((.......)))))))))))..))).)))).....((((((.(((((((.((((..(((...((((........))))......)))..)))).............)))...)))))))))).....((((((((...............((((((((((((....))))))))).)))...((((.....)))).)))))))).......(((....((((((.........((((((.....(((((..(((((((.(((((((..........)))))))..(((....)))....)))))))....)))))......))))))..))))))....)))(((((((((.......((((((((.(((....((((((.((((((......))))))))))))....))).....((((((((.....))))))))........)))))))).)))..))))))....((((((.....((((((..(((.(((((((...............))))))).)))..))))))...(((((.....(((((....(((((((((((((.((((....((((((((.((((((...))))))....(((....)))....))))))))..)))).((((((...(((....)))....)))))).))))))))))))).))))).))))).........))))))....)))))))))))))))))).((((((((((((((((.....(((((((.........)))..))))((((....(((((..((((....))))..........(((((....((((((((.((((.....)))).))))..(((((((((((.........(((....)))....(((((...........)))))..)))))))..))))..))))..)))))(((((((((((((((.((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))).............((((..((((.((((((((....))))))))...))))..))))((((((((.(((((((.......((((.((((((((.....(((....))).....)))))))).))))....)))))))..(((.(((.(((((((((((.(((((....(((..((((....))))..))))))))))))))..))))))))..(((((((((.....)))))).....((((....))))...))).....))).......((((((....)))))).)))))))))))...))))).)))))))))).)))))......(((((((((..(((....((((((..((((.(((.(((((((...))))))).))).))))))))))......)))..))))))))).))))))))))))))).)))))...((((((((....)))))))))))))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).........(((((.(((((((((.(((...(((((((.(((..............(((((((..(((..((((...))))....)))))))))).(((((((.........))))))).....(((((((...))))))).))).)))))))......))))))))))))....((((.((...........)).)))).(((((((....(((..((((((((..(((..(((..(((..(((((((((((((((....))).))).))))))))).(((.(((((((((.(((.((.(((((((((((.......)))))))).....))).)).)))...))).)))))).))).((((..(((.((((((........)))).))...)))..)))).((..(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))............((((((((((((....))))))))).)))....(((.((........)).)))...((((((((.(((((((((......((.((((((..((.(((((..(((((((.(((((((..........)))))))(((((....))).)).)))))))....))))).))...))))))))))))))))).))).))))).))...))))).)).....((((.((((((..(((((((......)))))))(((((......))))).)))))).))))..)))..)))..)))..)))))))).))))))))))......((((((.....((((((..(((.(((((((...............))))))).)))..))))))...((...((...(((((....(((((((((((((.((((......))))((.((((((...)))))))).....((((((((((.....)))))))))).((((((...(((....)))....)))))).))))))))))))).)))))...))...)).....))))))(((((..........)))))...(((((((((((..(((.(((.....)))))).(((..((((((((((((((....((((..(((((((.((((...((((.......(((..((.......))..)))))))..))))))))))).......))))....)))))............)))))))))..)))(((((((.(((..........))).))))))).(((((((((((((((.((((((((...(((((((((((((((.....)))).)))))))))))))))).............((((..((((.((((((((....))))))))...))))..))))((((((((.(((((((....((..((((((((((((((...(((....)))..)).)))))))).))))..)))))))))...((((((.(((((((((((.(((((.((((((((.......)))).)))).)))))))))))..)))))))).))).((((((.....)))))).....((((....)))).((((..((....)).)))).((((((....)))))).)))))))))))...))))).))))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((((((..((((.(((.((((((.....)))))).))).))))))))))..))..)))..))))))))).)).))))).)))))).))))).((((((((((....))))))))))...))))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.ccccc.)))))...............((((((((........(((((((...................(((((...(((.................))).)))))....................................................)))))))..........))))))))...................................((.....))..............((((..........<<))))((...(((....))).....))((((>>............(((.(((.......((((((((.......)))))))).....))).))).......((((..((......((((......((((((........)))).))........))))..................{{{)).))))............}}}.................(((((((((....)))))))))........)))).........................((.(((((((((....((bb.b((aa...((((((....(((((((.(((((((..........)))))))................)))))))...))))...))..))AA))BBB))))))))).))...................................(((.(((((((......))))))))))...............(((((((.....))))))).......................................................(((((.(((((((((((((((((........((((((........((...((...(((((....(((((((((((((...((((((((((((((...(((.....................)))....))))))))...))))))((((...(((....)))....))))...))))))))))))).)))))...))...)).....((...((((.......)))).))..)))))).......(((((((...((((.((((.........))))..))))....)))))))..(((((....)))))........))))))))))))))))).)))))..........................................................................................(((........((((((((.(((..((((((((...(((((((((((.((.......))..)))))))))))))))).............((((..((((.((((((((....))))))))...))))..))))............[[...[[................(((((((....((.(((..((((...........))))..)))........(((.(((((((((((.(((((.((((((((.......))))).))).)))))))))))..)))))))).....))ee..)))))))EE.......(((......)))..........((..........ddddd))..DDDDD..........)))..]])))]]))))))))....(((((.((...((((((((..(((..((((((((..((((.(((.((((((.....)))))).))).))))))))))..))..)))..))))))))..)).)))))...............(((((((((....)))))))))CCCCC))). |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.((((((((.((..((((.(((((((.((((...))))..(((((((((.(((..(((((((....)))))))..))..))))..))))))...............................(((((((..(((....)))))).))))....(((((((..((((.....((((..((........))))))))))..)))))........(((..(((((.....))))).....)).)..................(.(((((.((((....))))))))).)................(((..((((((....((((((((((...)))))))))))))..))).)))......(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((...(...(((((...(((((...))))).))))).............(((((((((((((..)))))))))).)))...........................................)...))))).)))..))).)))))))........)).....)))))))))))...(((((((.((((((...................((((((((.((((((((((((((...))))).).).))))).)).))))))))..(.(((.((((((((.(((((((......))))))))))))))).)))).......................((((((.(((.........))).)))))).....((((((...((((((((((((...).)))))).)))))....................((((((((..(((((......(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))...((((....)))).)))).....)))))..))))))))...((....)).....(((((....)))))...........................))))))..((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))..(((....))).))).....................(((((....)))))...........................((((.....)))).(((...)))....))))))...........................................(.((((..((((....))))..)).))..(((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..((((((((.(((((...))))))))..)))))..)))))).)..(((((((.....))))))).....)))))))............(((..((((..(((...)))))))..)))........(((.(((((((((.((((((.....(((((((((....))))))))).)))))))..)))))))))))..((((((.(((((..........)))))..(..(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))).....)))))))))...))))).)))))))).)..(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((((((((((((.(....)))))))))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).))))).....)))))))))..((.(((((....))))).)))))))))).) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.((((((((((((.(((((.((((((((((.(((...(((((((.(((..............(((((((..(((..((((...))))....)))))))))).(((((((.........))))))).....(((((((...))))))).))).)))))))......))))))))))))).)))((((((((((((.((......))...(((((((...)))))))......))))).)))))))..)).))).))))).))))...(((((((((....)))..))))))....((((.((((((....((((((((.......)))))))))))..))).))))......((....((((.....(((..(((.((((((........)))).))...)))..)))..((..(....).)).....))))...))(.....)(((.((................((((((((((((....))))))))).)))..................)).)))....(((((((.(((((((((......((.((((((..((.(((((..(((((((.(((((((..........)))))))(((((....))).)).)))))))....))))).))...))))))))))))))))).))).)))).......((((((((((((.((((((.(.(((.(((((((......)))))))))).).)))))).....((((((((.....))))))))..(((.(((((((...((((((.(((......((((((.....((((((..(((.(((((((...............))))))).)))..))))))...((...((...(((((....(((((((((((((...(........)..((.((((((...)))))))).....((((((((((.....)))))))))).((((((...(((....)))....)))))).))))))))))))).)))))...))...)).....)))))).........))).))))))..))))))).)))....(((.(((.....))))))....)))))))))))).(......).....((((....))))..........((((((((.((((((((.((((.....)))).(((...)))..(((((...........(..........).(((((...........)))))...)))))....)))))))))))))))).((((((((((((((.((((((((...(.((((((((..(((.....)))...)))))))).)))))).............((((..((((.((((((((....))))))))...))))..)))).(((((((.(((((((....((..((((((((((((((...(((....)))..))).))))))).))))..)))))))))...((((((.(((((((((((.(((((.((((((((.......))))).))).)))))))))))..)))))))).))).((((((.....)))))).......(......)((....))...............((((((....)))))).))))))).)))...))))).)))))))))...(((((.((..(((((((((..(((..((((((((..((((.(((.((((((.....)))))).))).))))))))))..))..)))..))))))))).)).)))))................((((((((....)))))))).))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((............((.....(..(((.....)))..)......)).((.....((((((((......))))))))))(((((((((.......((((......................))).)....).))))))))....(.((((...((....))..))))).)))))...)).)..))).(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((..)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((((.......(.(((..(((...(......((..((((((.......))...))((..(.......))).)))).((......))..)......((((.(((((......)))))..))))............((((((((.(.....((...((((...))))(((.....))).....))).....)))))..)))........(((((((((((...............)))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))......(...)((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....))..)))((((((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))((((.(((((...((..(((.......(((....).(((((...(((..(((((.....(....((((..((....))..))).).).)))))..))))))))(...)))((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))..(.(((((.(((.((((..(((((((((...(........)))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))))........)))....))((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....((........(((.((((....)))).)))....))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((.....)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((((((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((..(.....(((((......))))).......)(((...((.(((.......(((....((((....((((.......((((..(((....))))))).........((........)).....((((((..........))))))..((((((((((......((((......................))).)...)).))))))))....(.((((...((....))..)))))..))))...)).)).))).(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...)))))))..((((((........)))).)).)).(....)...)))))))))......((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((......)))))))).)))......((.................))........(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))...(((((((.(.......(.((...(((..........(((..(...).............(..........)..(......))))................((((((((((......)))))))).))...............(((((.......((.....(((......(((.....)))..)))))......))))).............((((((((.(..................)))))))))(((((.......(((((......(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))......)...(((.((((((..(((((((((.(..........))))))))))..)))...((....))..))).....)))...(((.(((((..((((....))))...)))............(..(((((((((((.....))))((((...))))....(((...)))...(((....)...)).........(((((..((.......................)).....)))))........)....((((((((...(((..(((((.((((.....))))..)))))..))))))))...(((((((((.((((..((((((.((.(.........).))..))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).........)))...(..((((..((.....))))))..)..........(((.(((((((......(........((((((((....))))))))...)........))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))))))))).)......)).)))...((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((.............)))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....))))))))))).((.(((((....))))).)))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((...(...(((.....(((....(((((............(((....).((((.....)))...).....)).((.....((((((((......))))))))))(((((((((.......((((......................))).)....).))))))))....(.((((...((....))..))))).)))))...)).)..))).(((....(((....((((((((.......)))))))))))......))))..((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((..)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((...(.....(((..(((((..(.....(.....)..........).).))))))).(......)...)......((((..((((......))))...))))........(...((((((((.(.....((...((((...))))(((.....))).....))).....)))))..)))..).....(((((((((((...............)))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((...((.........((((((....))(((((...(((..(((((.....(....((((..((....))..))).).).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))....(((((.(((.((((..(((((((.(...(........)))..))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))........))))))))))((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....((........(((.((((....)))).)))....))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((.....)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((((((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((..(.....(((((......))))).......)(((...((.(((.......(((....((((....((((.(...)...((..(((....)))))(.....)....((........)).....((((((..........))))))..((((((((((......((((......................))).)...)).))))))))....(.((((...((....))..)))))..))))...)).)).))).(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).)).(....)...)))))))))......((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((......)))))))).)))......((.................))........(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))...(((((((.........(.((...(((...............(...).............(..........)..(......)...................((((((((((......)))))))).))...............(((((.......((...(((.....)))(((.....))).....))......))))).............((((((((.(..................)))))))))(((((.......(((((......(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....))))))).(....(...(((.((((((..(((((((((.(..........))))))))))..)))...((....))..))).....))).((....)).)..)((((....))))....(...........((((........((((.....))))((((...))))....(((...)))...(((....)...)).........(((((............(((..((........))..))))))))((((((((((((.((((((((...(((((((((((((((.....)))).))))))))))))))))...(((((((((.((((..((((((.((.(.........).))..))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).........))....(..((((..((.....))))))..)......((..(((.((((((((.....(........((((((((....))))))))...).......)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))))))...))))).))))))))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((.............)))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))..)..)))))))))).((.(((((....))))).)))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((((((((((((((...(((.((((((((((.(((...(((((((.(((.............((((((((..(((..((((...))))....)))))))))))(((((((......bbb)))))))BBB..(((((((...))))))).))).)))))))......))))))))))))).)))((((((((((((.(((....)))...(((((((...)))))))......)))))).)))))).....)))).)))).)))))...((((((((....)))..)))))((((.((((.((((((....((((((((.(....))))))))))))..))).)))).........{{{{{{{{{...............(((....aaaa)))........{{{{{...{{{.......................((((...))))(((((...............((((((((((((....))))))))).)))((((......))))...)))))....((((((....(((((((((......((.(((((((....(((((..(((((((.(((((((..........)))))))(((((....))).)).)))))))....)))))....).))))))))))))))))).....)))))).....{{{{{{{{{{{{.((((((.(((((.(((((((......)))))))))))).)))))).....((((((((.....))))))))......{{{{{{{...{{{{{{.{{{......((((((.....((((((..(((.(((((((...............))))))).)))..)))))).((((..(((((.(((((....(((((((((((((.............((((.((((((...)))))))......[[[[[[[[[[..)))]]]]]]]]]].((((((...(((....)))....)))))).))))))))))))).))))))).)).).)).))..)))))).....))))}}}.}}}}}}..}}}}}}}(((((((((((.(((.....)))))))...}}}}}}}}}}}}.(((....((((......(((...............<<<<<<<<.<<<<<<<<.((((.....)))).<<<)))>>>.ccccccc))))....)))............(((((...........)))))..CCCCCCC...>>>>>>>>>>>>>>>>(((((((((((((((..}}}(((}}}}}(((..(((...AAAA...........)))..)))..))).}}}}}}}}}....((((..((((.((((((((....))))))))...))))..))))((((((((((((((((........((((((((((((((.(.(((....))).)))).))))))).))))....))))))))..((((((.(((((((((((.(((((.((((((((.......))))).))).)))))))))))..)))))))).))).((((((.....))))))..................(((.............))).((((((....)))))).))))))))......))))).))))))))))..(((((.....(((((((((..(((....((((((..((((.(((.(((((((...))))))).))).))))))))))......)))..)))))))))....))))))))))))........(((((((((....)))))))))))))))).) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).....................((((..(((.(((........(((((......))))).........((((.((((((.......................................(((....)))(((.....)))))))))....((((.....(((((............))))))))).................................................................)))).............)))...................................((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))((...((.((((........)))).))(((((.((((...(((.(((((((((..((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((..))))))))).........................................((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))..))))........((((((((..........(((((..(((...................................................................................................................................((((((......(((.....)))..)))))).(((((..((.............((((((((.....................))))))))..(((((((..((((((......(((((((((.((((((.....((((......))))......)))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..)))))))...((....)).....((((......)))).....))((..(((((((..(((((......(((....(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........)))(((....))).)))))....)))))))..)).....(((((((((((....(((((((((...((((((((...)))((((((((.(((.....)))....(((((...((....))...)))))......))))))))...............)))))...)))))))))....))..........((..((....))..))..))))))))))))))))))))))..((((((((.((((..((((........................))))..)))))))..(.((((((.....)))))).)....)))))))))))))..)))))...))))))).)))))...(((((((....)))...(((.((((((((..............(((.((((....)))).)))...........)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))..........))))))))..(((((.((....(((((((..(((..((.(..(...((((((((..((((((...))))))..))))))))...)..).))..)))..)))))))...)).))))).)))).........((((.(((((....))))).))))........ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.(((((((.((((..((((((.(((..((.(((((((((((((.((((........))))..)))).)))))).))).)).))).)))))).......((((((.((((..(((((.((((((......(((((....((((((.....))))))......(((((((((..((((((..(..(((((((((((((((((((((((...(((....)))....((((..(((((.......(((((((..........)))))))..((....)).(((((((..((((((((((((((((..((((((.(((....((((((((.......))))))))))).....(..(((....((((((.((((....((((..(((.((((((........)))).))...)))..)))).((.((....)))).....))))))))))..)))..)..))))).)...)))))).....(((((((((....)))))))))..))))))))))............((((..(((((((((.(..((((((......((.((((((..((.(((((..(((((((.(((((((..........)))))))(((((....))).)).)))))))....))))).))...))))))))))))))..).))).))))))....((((..(((((((.(((..(.((((((.(..(((......)))..))))))).)..))).....((((((((.....))))))))..(((.(((((((..(((((((.(((......((((((.....((((((..(((..((((((...............))))))..)))..))))))...((...((...(((((....(((((((((((((.((((....((((((((.((((((...))))))....(((....)))....))))))))..)))).((((((...(((....)))....)))))).))))))))))))).)))))...))...)).....)))))).........))).))))))).))))))).)))...((((.(((.....)))))))...)))))))..))))(((.(..((((..(((((((.((((...((((...((...((.(....)..))...))..))))..))))))))))).......))))..).))).)))).))))))))))))..)))).....))))))).)))).))))))))))))..)....))))))..))))))))).)))))(((((((((((((((((.......((((((.((((((....)))).))..))))))..((((..((((.((((((((....))))))))...))))..)))).(((.((..((((((((((.(((.(((.((((((((((...(((....)))..)).))))))))......((((.((.((..((..(((.(((((((((((.(((((....(((..((((....))))..))))))))))))))..)))))))).((((((((.((..(((..............)))..)).))))))))))..)).)))))).(((((....))))).....))).)))...))))))))))))))).))))))).)))))))))))))).)).)))))..)))))))))).(((.(((((((...))))))).)))..)))).......((((.((((.((.....))..)))).....))))........(((((((((....)))))))))))))))).) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(...(((((((....(((.(((((.((((((......((((.((((.((((..((...(((((.............................................................................................................................................................................................................................)))))...))...))))...))))..((...........................................(((...............(.....(((......(((((............))))).)))((((((((......((((....(((......)))......))))...)).))))))....(((..((((.((((..))))))))......((((...((((((.((((((.(((.....(((((((.......))))))).)))...))))))...))))))....)))).)))((((...((.((((((........)))).))...))...))))(((((.(..(..((..(.((..(.......).)))(..............(((((....))))).......)..((.....(...).....))))..)))))))))))))(((.....(((....(((((((((.......((...............))..........))))))).((..............((((((......).)))))...))..((...(...(((.(((((..((......((((((......(((......)))..)))))).))..)))))......))).).))(((((((((((.............).))))))))))..((((((...................(((((((((((((.((((((......)))).))...)))))))))))))....((....).))))))).)).))).)))...((((((.(((.(.((((.....((((...((((.......((((((......(((..((((((((...............))))))))..)))((((....(((.((((.......((((((...((((..(((((((.((((...((((...((...((.(......)))...))..))))..))))))))))).......))))..).)))))..))))....))).)))))))))).)))).))))...))))...))).)....))))))((((((.(((((..........)))))................(.((((((((.....))))))))...)..............((((((((..((((...........))))....)))))))).((.(((((((((....(((.......(((((.(....).))).))....))).....)))))))))...))(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))................))).))).((((((....((((((((..(((..((((..(...((((((((........)))))).))...)..))))..)))..))))))))..).)))))..))))...)).)))).......)))))...)))...))))))).). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.(((((((.((((..((((((.(((..............((((.((((........))))..))))...............))).)))))).......((((((.((((..(((((.(.(((........((((....(((((((...)))))))......(((((((((..((((((..(..(((((((((((((((((((((((................................................................................((((((((.......................((((((((.......))))))))...........(((....((((((.((((....((((..((((((((((........)))).)).).)))..)))).((.((....)))).....))))))))))..)))..........................(((((((((....)))))))))...))))))))..........................((.(..((((((......((.((((((..((.(((((..(((((((.(((((((..........)))))))(((((....))).)).)))))))....))))).))...))))))))))))))..).))..........................(((..(....((.((..(((......)))..))))....)..))).....((((((((.....))))))))..................(((..((.......((((((.....((((((..(((...(((((...............)))))...)))..))))))...((...((...(((((....(((((((((((((.........((((((((.((((((...))))))....(((....)))....)))))))).......((((((...(((....)))....)))))).))))))))))))).)))))...))...)).....))))))..........))..)))......................................................(((.(..((((..((((((..((((...((((...((...((.(....)..))...))..))))..)))).)))))).......))))..).))).............................))))))).)))).))))))))))))..)....))))))..))))))))).)))).(((((((((((((((((.......((((((..(((((....)))).)...))))))..((((..(((..((((((((....))))))))....)))..)))).(((.((..((((((((((.....((..((((((..((...(((....)))..))...))))))..))..................(((.(((((((((((.(((((....(((..((((....))))..))))))))))))))..))))))))...........................((........)).....................((((((....))))))..............))))))))))))))).))))))).)))))))))).)))..).)))))..)))))))))).(((.(((((((...))))))).)))..))))..................................................((((((((....)))))))).))))))).) |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.(((...((((((.(((..((.(((((((((((((.((((........))))..)))).)))))).))).)).))).))))))........(((((.((((((..((..((((((.......(((.....(((((((...)))))))......))).......(((((.(((....))).))))).))))))..))..............(((((..(((((((((((.((((((.(((.((((((((............((((..(((((((((....)))..))))))..)).)).....((((((.((((((((.......))))))))...((((.(((((.....((((((.((((....((((..(((((.((((........)))).))...)))..)))).((.((....)))).....)))))))))).((..((..((((...........((..((((((((((((....))))))))).)))..)).............))))..)).(((((((...(..((((((......((.((((((..((.(((((..(((((((.(((((((..........)))))))(((((....))).)).)))))))....))))).))...))))))))))))))..)....)))))))))...)))))..))))......))))))...((..(((......)))..)).)))))))).))))))))).(((((.....)))))))).))))))))...))))))))))).........((((((.....((((((..(((...(((((...............)))))...)))..))))))...((...((...(((((....(((((((((((((...((....((((((((....(((.......)))...(((....)))....))))))))....)).((((((...(((....)))....)))))).))))))))))))).)))))...))...)).....))))))........)))))..))).....((((((((((((((((...((((.(..(.........)..)..))))..(((..(((((..((((....))))..........(((((..(.((((((((.((((.....)))).))))..(((((((((((..........((....))...(((.(((...........)))))).)))))))..)))).)))))..)))))..(((((((((((((.(((....(((((((...(((((..(((((..(((((((.....(((..(((((..(((...(((.((((..((((.((..((((....))))..))...))))..)))))))..(((.(((((((....((..((((((((((((((...(((....)))..)).)))))))).))))..))))))))))))...(((.(((((((((((.(((((....(((..((((....))))..))))))))))))))..))))))))..)))..)))))..))).....)))))))....)))))..))))).....))).))))..((((((....)))))).........)))...))))).))))))))...)))))..))).(((((((((..(((....((((((..(..(.(((.(((((((...))))))).))).)..)))))))......)))..))))))))).....))))))))))).)))))..(((((((((....)))))))))))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
UACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUAAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUAAACUGUUUAUACAAGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUAAUUUAUUUGAUAGUACCCUUUUACUACUUGGAUAACCGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCACAAAAGUCCUGACCUUUACGGAAGGGAUGCAGUUAUUAGAUACAAAACCAACCCGGGCAACCGGUUUUUUGGUGAUUCAUGAUAACUUUGCGGACCGCAUGGCCCUGCCGGCGGCGGGUCAUUCAAAUUUCUGCCCUAUCAACUGUCGAUGGUAGGAUAGAGGCCUACCAUGGUGAUAACGGGUAACGGGGAAUUAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCUGAUACAGGGAGGUAGUGACAAUAAAUAACGAUGCAGGACCUUUUGGUCUUUGCAAUUGGAAUGAGUACAAUUUAAAUCCCUUAACGAGGAACAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGAAUUUCAAGGGUUUUUUUCGUAGCUAGCCAUUGUUCCCUUUGCGGUCAAUGUGCAUUUGGCUACAGGCCCUUUUUUUCUGCUAGGAGAUGCGGCUCUUCUGCUUGUCAGCGGGGCUGCAGUUUUCCUAGCACUUUUACUUUGAAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCUUUUUCUUUGCCUGAAUAUCUUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGACUUUGGUUCUAUUUUGUUGGUUUCUAGGACUAGAGUAAUGAUUAAUAGGGAUAGUUGGGGGCAUUAGUAUUUAAUUGUCAGAGGUGAAAUUCUUGGAUUUAGGAAAGACUAACUUCUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAAGGGAUCGAAGAUGAUUAGAUACCAUCGUAGUCUUAACCAUAAACGAUGCCGACCAGGGAUCGGGCGCUUGUAGUUUUUCCAAAAAGACACGCCCGGCACCUUUUGAGAAAUCAAAGUUUUUGGGUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUCACCAGGUCCAGACAUGGUAAGGAUUGACAGAUUGAAAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUCGUGGAUUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACCUUUUCCUACUCGUUACUUGCUCAUGGGUUUUAUCUCAUGGCACGCAAGUUCUUAGCGGGACUGCUGGCGUUUAGCCAGAGGAAGUUCGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCGCACGCGCGCUACACUGAUGCAGUCAGCAAGUUUUUUAACUGGCUGUAGUUCUUUCGGGAGCUAUGGUCGAUUUCCUUGCCCGAAAGGGUUGGGUAAUCUUUUGAAACUGCAUCGUGAUGGGGAUCGACCUUUGUAAUUAUCGGUCGUGAACGAGGAAUUCCUAGUAAGUGUGGGUCAUCAGCCCACGCUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGGAUGGCUUAGUGAGAUUUUUGGAUUGUUGAGCGAUUGCAGCAAUGUGAACGCCCGACGAGAAAUUGAUCAAACUUGGUCAUCUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...[[[.))))).(((.(((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....(((.........)))...)))))......(((......((((..((..((....(((................((((....(((((((.....))))))).....)))).......(((((..((.....))..)))))....((((((........((((..((((....)))).....))))......)))))).........((((.((((...))))))))....)))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....((((((((((((....)))).))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....{{{{.....{{.)))}}.......}}}})))))).))))))))))..........(((((...<.((((...(((.......((((((((.....((((((((((((((...((.....)).))))).))...)))))))))))))))......((((((.....((((((((((((.....)))))))))))).......))))))................................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<.(((..(((((((..(((...............))))))))))..)))...<<..))>>...>>>....>>>>))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..(((((((((((((......)))))))...))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))..)).))))))))))...(((((((.....(((.........(((((((((((((....)))))))))))))....((..((((....))))..))....)))......)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......((((((.(((.(((((((...(((((((.....)))...((((((..((((((((((((((..((((((.((((((((((((..((((...))))....)))).....)))))))))))).))...)))).))))))))))..)))))).......))))......(((((((...(((((..((.....))..)))))..((((((((((......(((((.((((....))))....)))))...)).)))))))).....(((((((.(((((.(((...))))))))...........((((((((((.((....((((((((.......)))))))))))))))..)))))..(((((((..(((......)))...((((((((((..(((((((((((.............((((.(((((..((.......((((((((.....(((((..(((.........((..((((((((((((....)))).)))).))))..)).........)))..))))).....))))....))))...))..))))).)))).(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).))))).............)))))))..))))..))))))))))..............))))))).)))))))..))))))).))))))).)))..........(((((((((((((((((((.(((.....))).)))))))))..)))))))))).....((((((........(((((.(((((..(((((.........)))))....(((((.((((...((((((((((((((....))))))))))))))...(((.(((((.((((...(((((........(((((.((((....(((((((((..((...((((((((((((((..((((......))))....(((....)))....))))))))...)))))).(((...(((....)))....)))....))..)))))))))..............((((...((((.((.....)).))))((.((((...(((.((((.........(.(((((.(((((((((....)))))......)))).))))).)((((..((((....))))...))))...))))..)))....)))).)).......)))).)))).))))))))))..)))).....(((....)))....)))))))))))).))))).........))))).))))).....((((..(((((((((((((((.((((((((.....(((.(((((((((.....))))))))))))....))))).).))..((((..(((((((((((((((((((......)))))))...))))))....))))))....(((((.....))))).))))......((((.....(((((...(((.(((............(((((....))))).(((.((((((((...((((..........((((((((((((....))))))))))))((((.(((.((((....)))).))).)))).))))..)))))))))))..))).))))))))...........((.(((((...(((....)))....(((((((((.....)))))))))..))))).)).))))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.(((..((((......((((((.(((.(((((....))))).))).))))))......))))..))).)))))))))).)).))))..))))....))))))(((((((((....))))))))))))))).)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((((.......)))))))).....................................................................................................(((((...)))))......................(((((((((....)))))).))).......................................(((((((...................................)))))))..................................................................................................................................................................................................(((((((....................)))))))........................((((((((((((.............))))))))))))...................................................................................((((((((((.....)))))))))).................(((((((.......((((.........))))....))))))).................(((..(((((((.......................)))))))..)))........................((((((........................................................................................................))))))..........................................................................................................................(((((((((((((((((((......)))))))...))))))....))))))....(((((.....))))).................................................................(((((((((................(((((((((((((....)))))))))))))((((((((((((....))))))))))))........)))))))))..........(((((............)))))....................(((((((((.....)))))))))..............................................((((((((((((((............((((((((((((((((....))))))))))))))))............))))))))))))))....................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................(((............(((...........)))................))).....................................................................((((((.((((......(((((.............))))))))).))))))......................................................(((((..(((...))).)))))..................(((.....((.....((((((((.......)))))))).))......)))......................((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((........((((....(((.....)))..))))..............((((((((((((....)))).))))).)))...............................................))))).))))...........................................................................(((.(((..................................................))))))...........................(((((((......)))))))..............................................................................................((((((((.(..................)))))))))..((((((((.((((((......((((((((((((((((..((.((((......)))).))...))))))))))))....(((....)))..)))).....)))))).)))))))).......................((((.........))))............................(((..(((((((.((..................)))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))....................................................................................................................................((((((((((((.............((((((((((................))))))))))........(((((.(((.((((..((((((((((((..........)))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))...................(((...........))).............(((.((((((((..................................................((((((((....))))))))............)))))))))))..(((((.((((((..........)))))).................((.(((((((((.....))))))))).))....))))).......)))).))))))))....(((((.((...(((((((((((((((((((..(...(((((((((((((((......)))))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..)).)))))...................(((((....)))))............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................((((((..((((((((((((((...)))))...............................................................)))))))))..))))))....................................................((((((((((......(((((.((((....))))....)))))...)).))))))))...........(((((((.(((...))))))))))..........((((.(((........((((((((.......))))))))...)))...)))).....................((((((..(((((((........)))))))...)))..)))...................((((...(((((...))))).)))).................(((((((((....))))).))))......................(((((((((..................................................((.(((((((..........))))))).))........................(((((((......((((((((((((((..((......)).))))).))...))))))).)))))))......(((((((((((((((((((((((.....)))))))))))))..))))))))))......(((((((............)))))))(((((.........))))).............(((.((((((((((((((....))))))))))))))...))).....................................................(((((((..........................))))))).((((((((((.....)))))))))).................)))))))))..................((((((..............))))))..((((.((.((((((((......(((((......))))).)))))))).)).....(((((((((.....)))))))))...........))))...............................((((.((((.....)))).))))................................((((..........)))).....................................((((((((((((.............(((((((((((((((.....))))))))).....))))))....................(((((((((((((......)))))))...))))))..............(((((.....))))).................................((...........))((((....))))..(((.((((((((.....((((....))))((((((((((((....))))))))))))(((((((((((((....))))))))))))).......)))))))))))........(((((............)))))...............((((((((((((((.....))))))))))))))..............)))).)))))))).....(((((((..((((((((((((((((((((......((((((((((((((((....))))))))))))))))......)))))))))))))))))))).)))))))...............((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((.((((((((.(((((((.((((..........(.....(((.(((.((((...(((((((...)))))))......(((((.................))))).............................((((((.....((((((.................................((((..(((((........(((((((........((((..((((....)))).....))))......)))))))....(((((((..((((((..........)))))))...........((((.....(((((.((((((((.......)))))))).).....)))).....))))......)))))).)))))..))))..(((........))))))))).))))))...)))))))))).).....(.(((...(((((...))))).))))(((((((..........(((((((((....))))).)))).........................(((...........(((((((.......((((.....((....)).......)))))))))))...........))))))))))....(((((((((...............)))))))))...........(((((.............))))).)))).))))))).)))........((((((((((((.((((((((.(((.....))).))))))))...)))))))(((((((...(((....)))..))))))).....)))))....((((.(((............))).))))............((((((((((((.............))))))))))))...........))))))))))))((((((.............(((((((....((((........))))......))))))).((((((((((.....)))))))))).................((((((....(...((((.........))))...).)))))).......))))))..((((((.(((((((.......................))))))).(.((.((((....)))))).)......))))))(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((..((((((((.(((((........................(((....))).......(((....)))....................)))))))))))...(((.((((((.((((..((((((((....(((((((((((((((.....)))))).)))....))))))........(((((.(((((((((((((((((((......)))))))...))))))....))))))....(((((.....))))))))))............))).)))...).))))))).........(((((((....))))).)).(((((((((......(((....))).((((((((((((....))))))))))))((((.(((.((((....)))).))).)))).......))))))))).....(....(((((............)))))....).....)))).)))..((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....(..((.(..((((.((....((((((((.(((..((((..(...((((((.(((...(((....)))...))).))))))...)..))))..))).))))))))...)).))))...).))...)....((((((((((....))))))))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((...(...(((((((...)))))))..)......)))..))))))....................................(((((((..((....))))))))).........................(((((..((.....))..)))))((((((((((((......(((((.((((....))))....)))))...)).))))))))..))(..((..(((((((.((((.))))))))))).(.((((((((((((((((.((....((((((((.......)))))))))))))))..))))....))))))).)))..)..((((((((.((.((((........)))).)).).)))..))))(((.((.(((((....((((((...((((......))))))))))...............(((((((((....))))).))))((((.........))))......((((.................))))........))))).)).)))..((.....)).(((.(((((((..........))))))).))).(((((((((...............)))))))))..((((((((((((((..((......)).))))).))...)))))))..(((((.......(((((((((((((((((((.(((.....))).)))))))))..))))))))))......(((((((............)))))))(((((.........))))).....(.(((..(((((((((((((((((((....))))))))))))))..)))))...))))........................)))))....(((((((((((((((((((....((((((....))))))......))))))).((((((((((.....))))))))))..........(((....)))............))))))))))))((((((..............))))))......(((..(((((((..((...(((((....))))))))))))))..)))(((((....)))))........................((((((.............................((((.((((.....)))).)))))))))).................((....)).((((..........))))...................................(((((((((((((((.(((...((((.(((((((((((((((.....))))))))).....)))))))))).....((((.((....(((((((((((((......)))))))...))))))....)).))))((.(((((.....))))).))....((((((((...((((()))))..)))).)).)).......(((((....))))).(((.((((((((...((((((....))))((((((((((((....))))))))))))((((.(((.((((....)))).))).))))...))..)))))))))))..(((((((((((............)))))......((((()))))(((.(((((((((.....))))))))).)))..)))))))))...))))).))))))))))(..((((.((..((((((((((.(((..((((..(...((((((.(((.(((((....))))).))).))))))...)..))))..))).)))))))))).)).))))...)...........((((((((((....))))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................((((((........((((.........)))).................((((......................................((((..((....))))))........))))................(((((..(.......)..)))))...................((.....................))......................((((.(((.....)))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.((((((((....))))).)))..)))....................................((((((.......((((....................))))))))))................................................((((.(((.....(((((((((..(((..(........).)))...))...)))))))))).))))................((.((((((..((.....))..)))))).))........................................................................))))))..............(((((((((...................)))))))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..(((((((.(.(....(..........).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))................((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............((((((....((((..((((...((((((......))))))......))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........))))............(((.(((((((.(.....)...........................................(((.((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((.((((((((......)))))))).))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).............(((.....)))..(((((((((.......((((.........)))).........)))..))))))........................................(((..((....))))).............((.....(((......(((((..(.......)..)))))))).....))........................................................((((.((((...))))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))............(((.((((((((....))))).)))..)))...............................................))))).))))...................((.......))..............................................((((...(...((((((((.(((((....(.....)).).)))..)...))))))).))..)))........(((......(((((((..(((.....)))..)))))))........)))........................(((((((..((.............)).)))))))........................(((((((((((...............)))))))))))...........((((((...((((((((((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).))))).......((((((((((.....))))))))))............(....)((((.........((((.........))))......))))..................(((..(((((((..((....(..........).)))))))))..)))...((....)).......................(..(((((....)))))...)............((((....(((((((((......((((.....)))).....................................(((((..................................)))))..)))))))))....))))......(....((((................))))....).......(((((((((((.((((..(((((((((((..........)))))...))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))..........)).....)))))))...))))))................(((.(((((((((.....)...........................................(((.((((....)))).)))............)))))))))))..((((((((((((..........))))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......))))))...................((.(.(((((.((...((((((((..(((..((.(..(...((((((.(.....((......))......)))))))...)..).))..)))..))))))))..)).)))))..).)).........(((.(((((....))))).)))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((....((((((((((((......))).(((((...((((((((((.....((((...(((((((...))))))).(((...)))...((((...))))..(((((...........)))))....(((..(((((((..........)))))))..(((((((......(((((((...(((((....(((...))))))))..((((((((........(((((.((((....))))....)))))......)))))))).....(((((((((((((.(((...)))))))))..........((((((((((.......((((((((.......))))))))..)))))..)))))..(((((((...((((...(((((((.....((((........))))......)))..))))((((.(((((...........((((((((.....(((((..................((((((((((((....)))).)))).))))((((.......))))...))))).....))))....)))).......))))).))))...(((.((((.......((((.(((((((..........))))))).))))(((((((((....((((...))))))))))))))))).)))))))...))))))).)))))))..)))))))..((((((..((((((..(((((((((((((((((((((((.(((.....))).)))))))))..))))))))).....((((((((.....)))))))).(((...(((((.........)))))......((((..(((((((((((((((((((....))))))))))))))..)))))...)))).....))).....))))).....))))))....(((((((((((((...((((((((((((((..((((......))))....(((....)))....)))))))...))))))).(((...(((....)))....)))....)))))))))))))....))))))....(((.((((..........(((..(((((((..(((..((((...))))..))))))))))..)))(((((....))))))))).)))))))))))))((((.(((((....)))))..)))).........))))...((((.((((.....)))).))))..))))))))))((((......(((....)))....)))).))))))))).)))))...)))...((((....)))).((((((((((((((((((((((.((((((((.....(((.(((((((((.....))))))))))))....)))))((((((((((((.(((((((((((((((((((......)))))))...)))))....)))))))....(((((.....)))))))))))..............))))))(((.(((((...........))))))))........(((.((((((((...((((..........((((((((((((....))))))))))))((((.(((.((((....)))).))).)))).))))..)))))))))))..((((((.((((............))))((((...(((....)))....(((((((((.....)))))))))..)))))))))))))...))))).))))))))))...((((.....((((((((((.(((..(((((((...((((((.(((.(((((....))))).))).)))))))))...))))..))).))))))))))....)))).................((((((((....)))))))))))))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.(((((((((((((...(((.(((((((((((...))).)))).)))).........(((((((...)))))))...(((.(((((((.(((...(((.(((((...........((((((....((((.(((((((..((....))))))))).(((..((((((...(((((((....((((..((.....))..)))).((((((((((((......(((((.((((....))))....)))))...)).)))))))..))).(((((((((((((.(((...)))))))))..........((((((((((.((....((((((((.......)))))))))))))))..)))))..(((((((...((((........((((((((.(((((((..(((((((.............((((.(((((..((.......((((((((.....(((((..(((.........((..((((((((((((....)))).)))).))))..)).........)))..))))).....))))....))))...))..))))).)))).(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).)))))((((....)))).)))))))..)))).))).))))))))......))))...))))))).)))))))..)))))))))))))..)))((((.((..((.((((((((((((((((((.(((.....))).)))))))))..))))))))).((((((((((((.....))))))))...))))(((((.........)))))..(((.((((..(((((((((((((((((((....))))))))))))))..)))))...)))).)))..))..)).))))(((((((((..........)))))))))(((((((....((((((....))))))......))))))).((((((((((.....))))))))))..........(((....))).))))))))))..))))).))).)))))))))).)))........((((.((.....)).))))((.(((((((((((((((...........(((((.(((((((((....)))))......)))).)))))..((((..(((((((.((((...((((.......(((..((.......))..)))))))..))))))))))).......)))).....))))))))).).))))))).))).)))).)))))))))))...((((....)))).((((((((((((((((((((((.((((((((.....(((.(((((((((.....))))))))))))....)))))((........)).(((((((((((((((((((......)))))))...))))))....))))))....(((((.....))))).((((..((((((((...(((....)))..)).)))).))..)))).(((((....))))).(((.((((((((.....((((....))))((((((((((((....))))))))))))((((.(((.((((....)))).))).)))).......)))))))))))..(((((.(((((..((....))..)))))...((.(((....))).)).(((((((((.....))))))))).......))))))))...))))).)))))))))).((((((.((..((((((((((.(((..((((......((((((.(((.(((((....))))).))).))))))......))))..))).)))))))))).)).)))...))).............(((((((....))))))).)))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.......))))...........................................(((((.......))))).........................................................................................................(((((..((.....))..)))))((((((((((........((((..((((....)))).....))))......))))))))..))..(((((.((((((.((.....))))))))...........(((((((((.......((((((((.......))))))))..)))))..))))....................(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((.......(((((....((((...))))..)))))................(((((((((....))))).))))..................................aaaa......aaaaa..))))).)))){{{{{.{{{...........................................(((((..................bbbbb)))))..{{{{{{{{{{{{{{........)))))}}}}}.}}...}}}}}}}..BBBBB.......(((((((((((((((((((.(((.....))).)))))))))..)))))))))).......(((((..............))))).(((((.........)))))..............((.((((((((((((((....))))))))))))))...))..........................................(((((((((((((((((((......ccccc...............))))))..(((((((((..CCCCC)))))))))..........(((....)))...........)))))))))))))...((................))..........((..(((((((..(((...............))))))))))..)).(((((....))))).......................(((((....)))))................((((.....(((((ddd....))............................(((....))).......................................................<<<DDD<<)))[[...))))......((((.(((((((((.....)))))))))))......))...((((..............(((((((((((((......)))))))...)))))).....}}}...}}}}}(((.....))).......................))))......AAAAA.....AAAA...((((....))))..(((.((((((((...((............((((((((((((....))))))))))))((((.(((.((((....)))).))).))))...))..)))))))))))........(((((............)))))....................(((((((((.....)))))))))..................]]....>>...>>>.....((((.((...(((((((((.(((..((((......((((((.(((.(((((....))))).))).))))))......))))..))).)))))))))..)).))))................(((((((((....)))))))))......... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.((((((((.((...........((((((((...)))).))))...(((.(((..(((((((.....)))))))...))..))))...((((((..............................((.(.(((((..((((....))))))))))))..)))))).....(((......(((((..((.....))..)))))))).....................(((......))).(((((((....)))))))...((((.(.(((((.((((...))))))))).)))))..........(((((..((((((....((((((((((...))))))))))))))..)).)))))...................(((((((...((((((........)))).))...)))..))))................((((((...(((((...))))).)))))).............(((((((((((....)))).))))).))..........................................((((..((((((.(((..(....)..((((((((..((.....))...........(.(((((.(((((((...(((.(.(.(((.....(((.((((.(...(.(((((((......(((((....)..))).).))))..)))).))))).)))....((((((.(((((((((.((((((((.....)))))).))))))..)).))))))........................((((((.(((.............)))))))))......(((((..((((((((((((((....))))))))))))))...................((((((((..(((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))...((((....)))).))))..)).)))))..))))))))...((....))..((.(((((....))))).....))....................)))))...((((((..(((((((..((((.............)))))))))))..)))...((....))..))).....................(((((....))))).....................)))...)))).).)))..(((((...)))))..))))))))))))).))))...))))..)))))))))........................)))).............((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..(((((((((((..........)))))...))))))..)))).)))..(((((((.....))))))).....))))))).......((((((((((..((..(((((((((..(((.....).))..(((.(((((((((.(.(((..........................................(((((((((....)))))))))...).))))..)))))))))))...)))))..))))..)).)))))))))).....(((((....)))))...((((((((.....)))))))).............)))...))))).)))))))))...(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((.(((((....))))).))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))............))..((.(((((....))))).)))))))))).) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(.((((.((((((((((...(((.(((.....))....((((((..(((((((((((((....(((((.(((((((.((((..((((...))))....))))......))))))))))).).....))).))))))))))..))))))..........(......(((((((...(((((..((.....))..)))))((((((((((((......(((((.((((....))))....)))))...)).))))))))..)).(((((((((((((.(((...)))))))))..........((((((((((.((....((((((((.......)))))))))))))))..)))))..(((((((...(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((.......((((((((.....(((((..(((.........((..((((((((((((....))))).)))).)))..)).........)))..))))).....))))....))))...))..))))).))))....((.((..........(((.(((((((..........))))))).)))..((((((((...............))))))))...)).))..)))...))))))).)))))))..)))))))..((((...)))).........(((((((((((((((((((.(((.....))).)))))))))..))))))))))....((((((((.....)))))))).......(((((.........))))).........)...(((.((((((((((((((....))))))))))))))...)))....)...)))..)))))).....((((((((((..........))))))))))((((((....((((((....))))))......))))))..((((((((((.....))))))))))......((..(((....))...((.((((...(((.((((((((....)).)))).)).)))...)))).))....(((..(((((((..(((..(((.....)))..))))))))))..))).((((....))))...)..))....)))).))))....((((....))))...........(((((((.((((((((.((((.....)))).(((...)))..((((((.........(((......).))....((...........)).....))))))....))))))))))))))).(((((((((((((((.((((((((.....(((.(((((((((.....))))))))))))....))))).............(((((((((((((((((((......)))))))...))))))....))))))....(((((.....))))).((((..((((((((...(((....)))..))).))).))..)))).(((((....))))).(((.(((((((((....((((....))))((((((((((((....))))))))))))((((.(((.((((....)))).))).))))....)..)))))))))))..(((((.(((((..((....))..)))))...((.(((....))).)).(((((((((.....))))))))).......))))))))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.(((..((((......((((((.(((.(((((....))))).))).))))))......))))..))).)))))))))).)).)))).................((((((((....)))))))).....).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.........)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((................(((.......(((.....)))...).....)).((......((((((((.......))))))))))(.((((((((......((((...................))))...)).)))))).).....(.((((...((...))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..((((((((((((....)))).))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((..........(.(...(.(((...(.(.((.....))....(........).)....)).))))).............................(.(((.(((((......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...)))).((.........)).....))......)))))..))).........((((((((((.................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..(((((((.(.(((.....((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))(((.((((((....(..(((.(......((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((.........))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))....).((((..((.....)))))))).)))).))).(((.(((((((.....(((...........................................(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((......)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((((((..((((.(((((((((((...........(((.(((.((((...((....(((.........)))...))(..(.(((((((.....................................(((((..((....))))))).......)))))...............(((((..((.....))..)))))..((((((((((......((((..((((...).))).....))))...)).)))))))).....(.((((..(((...))).))))).....)).).).....(((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))).((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...)).......))))))))))......((((((...(((((...))))).))))))))))).......((((((((((........)).))))).)))......((..(...........)..))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))).))))))))))...(((((((.(.........((...((((......((((..(((((((..((.........................)).)....)))....))).))))......................(.((((..(((......)))..).)))).......(...).((.(((((.......((..((((((.......((.........))..))))))..)).)))))......))......((((((((.((................)))))))))).((((.......(((((......(((((((((.((((((((((.((((......)))))).).))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))))))))))...))......(((((((.......((((.........))))....)))))))......)...((((((((((..(((((((.((..................)))))))))..)))..(((....))).))))....))).........(((..((((....))))...)))....((..(..(.((((((((.((((.....))))((((...))))((.((((...).....((.((...)).))..((....))...............))).))...)))))))))..)..))(((((((((((((((.((((((((...(((..(((((.((((.....))))..)))))..))))))))...(((((((((.((((..(((((((((((............))))).))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).........(.....(..((((..((.....)))))).)...)......(((.((((((((......(...........................................((((((((....))))))))....).......)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))))))...))))).)))))))))).((((((.((...((((((((..(((..((((..(...(((((((((((..............)))))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))....))))))))))).((.(((((....))))).)))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.........)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((................(((....)..(((.....))).........)).((......((((((((.......))))))))))(.((((((((......((((...................))))...)).)))))).).....(.((((...((...))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..((((((((((((....)))).))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........((.(...(.(((...(.(.((.....))....(........).)....)).))))))............................(.(((.(((((......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...)))).((.........)).....))......)))))..))).........((((((((((.................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..(((((((.(.(((.....((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((..............((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))....(((((.(((.((((..(((((((((...((.........))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))........))))))))..((((..((.....)))))))).)))).))).(((.(((((((.....(((...........................................(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((......)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((((((..((((.(((((((((((...........(((.(((.(((((..((....(((.........)))...))(..(.(((((((.....................................(((((..((....))))))).......))))................(((((..((.....))..)))))..((((((((((......((((..((((...).))).....))))...)).)))))))).....(.((((..(((...))).)))))....))).).)....((((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....)))))...).((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))))))))))))))......((((((...(((((...))))).))))))))))).......((((((((((........)).)))).))))......((..(...........)..))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))).))))))))))...(((((((.........(((((((((((......((((..((((((((...)...........................)....)))....))).)))).........................(((..(((......)))..).))...............((.(((((.......((...((((...)))).((.........)).....))......)))))......))......((((((((.((................)))))))))).((((.......(((((......(((((((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))))))))............(((((((.......((((.........))))....)))))))......))))((((((((((..(((((((.((..................)))))))))..)))..(((....))).))))....)))........))))..((((....))))....((....(((((..(.((((((((.((((.....)))).(((...)))((((((((.(((.....)))((...))((...((....))...)).........))))))))..)))))))))..)))))(((((((((((((((.((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))).(((((((((((.((((..(((((((((((............))))).))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))..........))(((...((((..((.....))))))))).........(((.((((((((..................................................((((((((....))))))))............)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))))))...))))).))))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((..............)))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).))..)))))))))).((.(((((....))))).)))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((..((((.((((..(((((.(((((((((..........((((((..((((((((((((((..((((((.((((((((((((..((((...))))....))))).....))))))))))).))...)))).))))))))))..)))))).........((((....(((((((...(((((.............)))))..((((((((((......(((((.((((....))))....)))))...)).)))))))).....(((((((((((((.(((...)))))))))..........((((((((((.((....((((((((.......)))))))))))))))..)))))..(((((((...((((...(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((...........((((((((.....(((((..................((((((((((((....))))).)))).)))..................))))).....))))....)))).......))))).)))).......(((.((((...{{{{.{{{{{{{....))))..}}}}}}}.}}}}(((((((((....((((...))))))))))))).)))....))))...))))))).)))))))..)))))))..((((...)))).........(((((((((((((((((((.(((.....))).)))))))))..))))))))))((((((((((((.....))))))))...))))(((((.........))))).......)))).(((((((((((((((((((....))))))))))))))..)))))))))..))))))))))((((...((((((((((..........))))))))))((((((....((((((....))))))......))))))..((((((((((.....))))))))))))))...((((((............((((...(((.((((((((....)).)))).)).)))...)))).......(((..(((((((..(((..((((...))))..))))))))))..)))(((((....))))))))))).....)))).))))...((((([[[.))))).........((((((((.((((((((.((((.....)))).(((]]]))).(((((((.........((((....)).))...(((...........)))....)))))))...))))))))))))))))(((((((((((((((.(((((((((((..(((.(((((((((.....))))))))))))))).))))).((((........((((((((((((((((((((...).)))))))...))))))....))))))....(((((.....))))).<<<<..<<<<<<<<.<.<<<))))>>>.>>>>.>>>.>>..>>>>.(((((....))))).(((.(((((((((((..((((....))))((((((((((((....))))))))))))((((.(((.((((....)))).))).))))..)))..)))))))))))..(((((((((((............)))))......(((....)))....(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).))))))))))(((((((.....((((((((((.(((..((((......((((((.(((.(((((....))))).))).))))))......))))..))).))))))))))....))))...)).).))).))))(((((((((....)))))))))......... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((....(...(((((((.((((.(((((((..((((((................................(((((((.((((((...........................................(((....)))(((.....)))))))))......((......(((((..((.....))..)))))...................((........................((.((................((((..(((...))).))))...............((((.(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).(((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))................((((((((....)))).))))................................................))..))))).)))).(((((.((((.....)).(((.....)))..........)).))))).........)))))))))...........................................................................................................................................................((((((.......((.........))..))))))....)))))).............(((...........(((((((((.......))).......(((((((..((((((.((..((.(((((((.((((((.....((((......))))......)))))).)))))....(((....)))..))))..)).))))))..)))))))..)))))).....((.((((......)))).....))))).))))))).............((((((((((..(((((((.(....................))))))))..)))...((....))..))))....)))...)))).)))))))..)....))).(((((((.........(((((((((((..(((.....(((.(((.((((((.................((.........))..((((((((((..(((((.....((((((..........(((((.(((...(..((((.(....).))))..)...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))))))(((((((((.((((..(((((.........................)))))..)))))))..(((((((.......)))))))....))))))........))))))......))))).)))).)))))))).)))).))).))).(((((((((.....)...........................................(((.((((....)))).)))............)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))....)))))..((((.((....(((((((..(((..((.(..(...((((((((((..(((......)))..))))))))))...)..).))..)))..)))))))...)).))))............))))))).(((((....)))))...)))))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((..(((((..(((((.((((...(((....((((((..((((((((((((((..((((((.((((((((((((..((((...))))....)))).....)))))))))))).))...)))).))))))))))..))))))...)))..((((((...(((((((...(((((..((.....))..)))))((((((((((((......(((((.((((....))))....)))))...)).)))))))..))).(((((((.(((((.(((...))))))))...........((((((((((.....(.((((((((.......)))))))).))))))..)))))..(((((((...((((.(......((((((((.(((((((..(((((((.............((((.(((((..((......(((((((((.....(((((..(((.........((..((((((((((((....)))).)))).))))..)).........)))..))))).....))))....)))).).))..))))).)))).(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).))))).............)))))))..)))).))).))))))))....).))))...))))))).)))))))..)))))))))))))..))))..........(((((((((((((((((((.(((.....))).)))))))))..))))))))))....((((((((.....)))))))).......(((((.........)))))........)))))((((((((((((((((((....))))))))))))).)))))...)))))..((.((((((.((((((.(((..((((((....(((((((((..((.((((....((((((((..((((......))))....(((....)))....))))))))..)))).(..(((...(((....)))....)))..).))..))))))))).(((.(((((((.(((((....(((.((.....)).)))((((.((.(((((((..((.........(.(((((.(((((((((....)))))......)))).))))).)((((..(((((((.((((...((((...((...((.(....)..))...))..))))..))))))))))).......)))).....))..))))).)).))))))....))))).)))))))...))).....))))))..))).))))))(((((((((((((.((((((((...(((((((((((((((.....))))))))).....))))))..((((.(((((..(((((((((((((((((((......)))))))...))))))....))))))....(((((.....))))).)))))......((((....(((((...(((.(((............(((((....))))).(((.((((((((...((((..........((((((((((((....))))))))))))((((.(((.((((....)))).))).)))).))))..)))))))))))..))).)))))))))))).......))))..))))).(((.....((((.(((((((((.....))))))))).))))..)))..)))...))))).)))))))).....((((.((..((((((((((.(((..((((..(...((((((.(((.(..((....))..).))).))))))...)..))))..))).)))))))))).)).))))..)))))).))..))).((((((((....)))))))).))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((....((...((((((((.(.(((.((((((((.((((..((...(((((.......)))))....))...))))...))))..............))))...))).)...............)).((((..((((((((.........(((......((.......(((((..((.....))..))))).)).((((((((......((((...................))))...)).)))))).....(((.((((.((((...))))))))......((((...((((((.(((.(...((.....(((((((.......))))))).)).....).)))...))))))....))))))).((((...((.((((((........)))).))...))...))))((((.((((.(((...((((((...(((((...))))).))))))..)...((((.((.(.((((((((....)))).))))...).......))...)))).....((((...............))))))...)))).))))))).))))))))...))))((((((...((...((((...((.(((...(((.(...((((......(((.......((........(...........((........................).).......).).))))................((.(((.........(.....................).......)....)).....)).)))).)....))).))).........))...)))).....)).)))).((((...((...(((((.((((((.............)))))).))))).)).))))..(.(((((..(...(((((((((.(((..(..((.((((......))))))....)..))).)))))....(((....)))..)))).)...)))))...).(((((((((....((((..(.((((......)))).....).(((.(((((((........((.(((..(((((((..(((((((.......................)))))))..)))...((((........))))(((.((((((...((((..(((((((.((((...((((...((...((.(......)))...))..))))..))))))))))).......))))..).))))).......)))))))....))).)).)))))))...)))....))))..)))))))))..(((((((((((((((.((((((((...(((..((((.(((((.....)))))..))))..)))))))).(.((((..((..((.(..(((((................).........))))..).)).))(.((.((((.......)))).))...)..))))...)....(((.((((..((((...........))))...)))).))).(((.((((((((....(((...........................................(((.((((....)))).)))....))).....)))))))))))...((((((((((............)))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))).)))...))))).)))))))))).))((((.((....((((((.(.(((..((((..(...((((...(((................)).)..))))...)..))))..)))..)))))))...)).)))).))).))).))..))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((.(((((((...(((...............((((((..(((((((((((((..........(((((((.((((..(((.....)))....))))......)))))))...........))).))))))))))..))))))........)))......(((((((...(((((..((.....))..)))))((.(((((((((......(((((.((((....))))....)))))...)).)))))))...)).(((((((((((((.(((...)))))))))..........((((((((((.......((((((((.......))))))))..)))))..)))))..(((((((...((((........(......((((........)))).......).......((((.(((((..((.......((((((((.....(((((..((..........((..((((((((((((....))))).)))).)))..))..........))..))))).....))))....))))...))..))))).)))).(((((..(..(((.....((.......)).....)))..)..))))).............................................))))...))))))).)))))))..))))))).))))))).)))(((........((((((((((((((((((.(((.....))).)))))))))..))))))))).(((((((.........................(((((.........))))).................((((((((((((((....))))))))))))))...............................................(((((((((..((....(((((((((((((..((((......))))....(((....)))....))))))))...)))))..(((...(((....)))....)))....))..)))))))))........................................................(..........(.(((((.(((((((((....)))))......)))).))))).)......((((....))))...........)............(((.((((.....)))).))).......................(((....))).....................................................(((((((((((((((.((((((((.....(((.(((((((((.....))))))))))))....))))).).)).((((((.(((((((((((((((((((......)))))))...))))))....))))))....(((((.....))))))))))).....((((.....(((((...(((.((..............((((....))))..(((.((((((((...(((...........((((((((((((....))))))))))))((((.(((.((((....)))).))).))))..)))..)))))))))))...)).))))))))...........((.(((((...(((....)))....(((((((((.....)))))))))..))))).)).))))...))))).))))))))))........((..((((((((((.(((..((((..(...((((((.(((.(..((....))..).))).))))))...)..))))..))).)))))))))).))..)))))))........)))..((((((((....)))))))).))))).... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((.(((((((...(((((((.....)))...((((((..((((((((((((((..((((((.((((((((((((..((((...))))....)))).....)))))))))))).))...)))).))))))))))..)))))).......))))......(((((((...(((((..((.....))..)))))((((((((((((......(((((.((((....))))....)))))...)).)))))))..))).(((((((.(((((.(((...))))))))...........((((((((((.((....((((((((.......)))))))))))))))..)))))..(((((((...((((...(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((.......((((((((.....(((((..(((.........((..((((((((((((....)))).)))).))))..)).........)))..))))).....))))....))))...))..))))).))))...(((..(((.......((((.(((((((..........))))))).))))(((((((((....(((.....)))))))))))))))..)))))))...))))))).)))))))..))))))).))))))).)))..........((((((((((((((((((..(((.....)))..))))))))..)))))))))).....((((((........((((..(((((..(((((.........)))))....(((((.((((...((((((((((((((....))))))))))))))...(((.(((((.((((...(((((.....(((..((((.(((....(((((((((..((....(((((((((((((..((((......))))....(((....)))....))))))))...)))))..(((...(((....)))....)))....))..))))))))).(((((..............))))))))..))))..))).(.(((.....(((.((((...........(((((.(((((((((....)))))......)))).)))))..((((..((((....))))...))))...))))..)))....((((.((((.....)))).))))))).).)))))..)))).....(((....)))....)))))))))))).))))).........)))))..)))).....((((..(((((((((((((((.((((((((...((((((((((((((.......)))))))).....))))))..((((.((((((.(((((((((((((((((((......)))))))...))))))....))))))....(((((.....)))))))))))......((((....(((((...(((.(((............(((((....))))).(((.((((((((...((((..........(((..(((((((....)))))))..)))((((.(((..(((....)))..))).)))).))))..)))))))))))..))).)))))))))))).......))))..))))).(((.....((((.(((((((((.....))))))))).))))..)))..)))...))))).))))))))))...((((.((..(((((((((..(((..((((......((((((.(((.(..((....))..).))).))))))......))))..)))..))))))))).)).))))..))))....)))))).((((((((....)))))))).))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
UGAAUAGCAACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUUAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUACAAGCUUUUUACGGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUACAACAGUUAUAGUUUCUUUGGAGUUCGUUUUCCAUGGAUAACCGUGCUAAUUGUAGGGCUAAUACAAGUUCGAGGCCUUUUGGCGGCGUUUAUUAGUUCGUUAACCACUUUUUCUGGUGAUUCAUAAUAAACUUGCGAAUCGCUUUUGCGAUGUUCCAUUCAAGUUUCUGCCCCAUCAGCUUGACGGUAGGGUAUUGGCCUACCGAGGCAGCAACGGGUAACGGGGAAUUAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCUAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCUGACACAGGGAGGUAGUGACAAGAAAUAACAAUACAGGGCUUUCGUCUUGUAAUUGGAAUGAUGGUGAUGUACAACCUCACCAGAGUACCAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAACUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGUAUUUCAGCCUCGCGUUUUUUCCCUUUUGUUGGGUCUUUUCGCUGGCUUUUUUUUUACUUUGAGAAAAUUAGAGUGUUUCAAGCAGACUUUUGUCUUGAAUACUUCAGCAUGGAAUAAUAGAGUAGGACCUUGGUUCUAUUUUGUUGGUUUUGAGCCUUGGUAAUGGUUAAUAGGAACGGUUGGGGGCAUUCGUAUUUAACUGUCAGAGGUGAAAUUCUUAGAUUUGUUAAAGACGAACCACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGACGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGGGGAUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCCUAACCAUAAACUAUGCCGACUAGGGAUUGGAGGUCGUCAUUUUCCGACUCCUUCAGCACCUUGAGAGAAAUCAAAGUCUUUGGGUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGUCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGCGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAACCUCACCAGGUCCAGACAGAGUAAGGAUUGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUUGAUUCUUUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAACGAGACCUUAACCUGCUAACUAGCUGCUUGGAUGUUGUCCUCGUUUGCUUCUUAGAGGGACUCCUGUGCUUCAAGCGUGGGGGAAGUUUAAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUCCUGGGCUGCACGCGCGCUACACUGAUGCAUCCAUCGAGUUUGUCCUGUCCCGAAAGGGUUGGGUAAUCUUUAGUGUGCAUCGUGUCGGGGAUUGAUUUUUGCAAUUCUAAAUCAUGAACGAGGAAUGCCUAGUAUGCGCAAGUCAUCAGCUUGUGCAGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUCGAGUGAUCCGGUGAAUUAUUCGGACCGUGGCUUUUCCGAUUCGUCGGUUUUGCCUAGGGAAGUUUUGUGAACCUUAUCACUUAAAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...........(((((...{{{.))))).(((.(((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....(((......)))...)))))......(((......((((..((..((....((((..........((((....(((((((.....))))))).....))))......(((....))).....((((((........((((.......))))......)))))).........((((....))))...))))...))))..))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((((....)))))))).)))......(((((((.......))))))).........(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((...<.((((...(((.......((((..(((......(((.......)))......))).)))).............................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<.(((..((((((((.(((.......)))))))))))..)))...<<..))>>...>>>....>>>>))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..((((.(((((((...)))))))..))))..)))))))..(((((((((.....))))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((.....((..((((....))))..))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................(((....)))......................................................(((((....)))))................................(((((((.......)))))))..............................................((((........))))........................................(((((...)))))......................((((((((....)))))))).......................................(((((((...................................)))))))......................................................................................................................((((...((((....))))))))...........................((((((((((...............)))))))))).......................((((((((((((((((.........................))))))))))))................)))).............................(((((((.......((((.........))))....)))))))................(((((.(((((((................)))))))..)))))..........................................................................................................................................(((((..................................)))))....................................................................((((((..........(((.....((((...))))......)))...........((((((((((...))))))))))....)))))).....................................................((((((((.............((((((((....))))))))...........))))))))..........((((((..........))))))....................(((((((((.....)))))))))....................................((((((((....(((((((............................((((....))))............................)))))))...))))))))..............((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................((((((((................................))..))))))................................................................................................................................................((((....))))................................((((((((.......))))))))...................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((.(((((((....)))))))..)))............................................................................................................................................................................................................................................................((((((((...................))))))))............((((.....(((((.((((((((((((......((........)).......)))))))))))).....((....))(((.......)))........................((...........((((.........))))........))..................(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).................(((....(((((((((........................................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))..................................................(((((.(((.((((..((((((.((((.....))))..))))))..)))))))..(((((..((.....))..))))).....)))))..................))))).....))))..................((..((((((((............((((((((....))))))))..........)))))))).))...((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))..........................(((((((....((((((((((((((((((..(...((((((((((((((((..))))))))))))))))...)..))))))))))))))))))...)))))))....................(((((....)))))............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......)))))..........................(((((((((.......(((.........)))........)))..))))))..................................((((..........))))...........((((((.((((................)))).))))))..........................................(((((....)))))...............................((((((((.......))))))))...................(((......)))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((....)))))))).)))........................................................................................................................................................................................................(((....((........))....)))..........................((((((((...................))))))))..((((((((.((((((......(((.((((((((((((..((.(((........))).))...))))))))))))....(((....)))...))).....)))))).))))))))....................................................................(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((((.(((.((((..((((((................))))))..)))))))..(((((..((.....))..))))).....)))))...................................................(..((((((((....(((.....((((((((....))))))))....)))...)))))))).)....((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......)))).........................((((((((...(((((((((((((((((((..(...((((((((((((((((..))))))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..))))))))................((.(((((....))))).)).......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......))))).((..((((((.((.((((.....)))).)).)))))))).....((((((......(((((((((..((((((..((((.(((.((.....((((((.(((((......))))).))).)))................................(((....)))...((((((((....(((.((((.......)))))))...))))))))..........)).))).))))..)))))).)))))).))).....)))))).(((((((.......)))))))......(.(((((.........((.........))(((.(...((.((((........)))).))....)...)))...................((((...(((........)))))))((((...(((((.(((((((.(((((((.((((..(((((((.((..((((((.(.....).))))))..)).)))))))..)))).....(((..((.((....)))).....)))...................................))))))))).))))))))))....)))).....((((((..(((((((((....................................((((.((((((...((....))))))))))))....(..((((((((((((((((((....)))))))))))))).))))..).........((((((((.((((((..........(((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))...........)))))).)))))))).......................(((((((.....(((((........................)))..)).......)))))))........((((((((((.((((.((((..........)))).)))).))))).))))).....................................((((.((((.....)))).))))............))))))))).)))))).........(((.(((.(((((...((((....))))....))))).))).)))........(((((.........(((((...(((((((((((.(.........)..))))))))))))))))...................................(((((((((................(((((((.....)))))))(((.(((((((((.((.(((....))).))).)))))))).))).................((((.(((((((.(...(((.((((((.(.(((....))).))))))).)))..).)))))))))))..(((((((.......))))))).......)))))))))......(((.(((((((((.....))))))))).)))....................)))))))))).)(((((.((....(((((((..(((........(...((..(((....((((....))))....)))..))...)........)))..)))))))...)).)))))...............(((((((((....)))))))))......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((...(((((.......))))).((.((..(((.((.(((((...))))).)).))))).))........))).)))).((.((((((..((((((..((((.(((.(((.......(((.((((........)))).)))..(.((.((((((....(((((......)))))...(((.......)))....)))))).)).).((((.......)))).......................))).))).))))..)))))).))))))...))((((((.....(((((((.......))))))).((((((..((((...((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))((((((((((...((((((((.((((..((((((...(((((...))))).))))))...............((((((((....)))))))).((((.....((((((.........)))))).....))))((((((.......((((.....((....)).......))))))))))..))))........))))))))....(((((((.((..((((.....))))..)).))))))).((((.(((((((((.....(((((((((.(((((.......)))))..)))))(((((....((((((....................................(((((((((((((.((.((((((((...((((((((.(..............((((........(....((((((.(((.((((......)))).)))..))))))...)))))(.(((....))).))))))))).(((((...........)))))...((((((....(...((((.........))))...).)))))))..)))))).)).)).))).))))).)))))........((.((((((((((.((((.((((..........)))).)))).)))).))))))..))....)))))))))))..................((((.((((.....)))).)))).)))).......))))))))).)))).....((((.(((((...........)))))............((((..............))))))))(((..((((((((....(((((((((((.(..........).)))))))))))........((((((.(.........................((((............))))..(((((((((.....)))))))))..).))))))....))).)))...).)))))))))))))))))).))))).)..........)))))).((((....((.(...(((..(((....)))..)))..).))...(((((((..(.(.((((((.((((((..........)))))).............(.((((.((((((((.(....))))))))).)))).))))))).))..))))))).(.(..((...(((((.......(((((((..(((..((.(..(...((..(((....((((....))))....)))..))...)..).))..)))..)))))))......)))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))))))..... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......)))))(((..((((((.((.(((((...))))).)).)))))))))....((((((......(((((((((..((((((..((((.(((.(((.((.((((((.(((((......))))).))).))).)).....(((((.......))))).......(((....)))(..((((((((....(((.((((.......)))))))...)))))))).).......))).))).))))..)))))).)))))).))).....)))))).(((((((.......)))))))......(.(((((.........(((.......)))(((((((.((.((((........)))).)).).)))..)))...................((((...((((......))))))))((((...(((((.(((((((.(((((((.(((((.(((((((.((..((((((.((...)).))))))..)).))))))).)))))..(.((((.(((.((....)))))....))))(.......)...........).............))))))))).))))))))))....)))).....((((((..(((((((((......((((((((((((.........))).....(((((.((((((...((....)))))))))))))..((.(((((((((((((((((((....)))))))))))))).))))).))........((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..)))))..).)))))).)))))))).....))))))))).........(((((((.(((.((((((((((...........))))...))))..)).)))...)))))))(..((((.((((((((((.((((.((((..........)))).)))).))))).))))).........((.......))....)))).).......((((.((((.....)))).))))............))))))))).)))))).((....))(((.(((.(((((.(.((((....))))..).))))).))).)))........((((((((((.((((((((...((((((((((((((.......))).))))))))))))))))............((......)).....((((....((((((((((....((.........((((((((...))))))))(((.(((((((((.((.((((())))).))).)))))))).)))...............(.((((.(((((((.(...(((.((((((.(.(((....))).))))))).)))..).))))))))))).)(((((((.......)))))))))....)))))))))).....((((.(((((((((.....))))))))).)))).))))..)))...))))).)))))))))).)(((((.((....(((((((..(((..((....(...((..(((....((((....))))....)))..))...)....))..)))..)))))))...)).)))))..............((((((((((....))))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................((((((........((((.......))))................((((.................................((((..((....))))))........)))).............(.(((....))))...................((.........))......................((((....))))...........................(((..((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.((((((((..))))))))..)))....................................((((((.......((((....................))))))))))................................................((...........))......................................................................................))))))..............(((((.(.((.................))))))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..(((((((((.(.....).)..).)))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))................((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............((((((....((((..((((..((((((....))))))..))))..)))).....(((.(((((.....))))).)))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....)....(((..((((....)))).)))...........))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((....(((((((..(((..((((..(...(((((((.(((((((....)))))).))))))))...)..))))..)))..)))))))...)).)))))..).)..............(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......)))))..............((.....))...(((((((((.(.....(((((.....))))).......))))..))))))........................(........(((((..((....)))))))..........(((((..((((....((((....))))))))..))))).......(((.........))).....................((((....)))).....).....................(((..((((((((.......)))))))))))....((((((......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...((((.....)))).))))))............(((.((((((((..))))))))..)))....................................((((((...................................))))))...................................................................................................................(((((((.(((........).))))))))).............(((((((((((((....)))))))))))))...........................((((((...((((((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).))))).......((((((((((.....))))))))))........((.......((((((........((((.........)))).....))))))...........((....(((..(((((((((((.....))))...)))))))..)))...((....))..........))..((.......(..(((((....)))))...).....)).....((((....(((((((((....(((..((((.................................)))).)))..(((((....(...(..............)...)......)))))..)))))))))....)))).))..(((((((((..................)))))))))........(((((((((.((((..(((((((((((((..)))))))))))))..)))))))..(((.(((((.....))))).)))....)))))).................)))))))...)))))).........))))))..(((.(((((((......((....(((..((((....)))).)))....)).....))))))))))..((((((((((((..........))))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))................))))))(.(((((.((....(((((((..(((..((((..(...((((((((.(.((((....)))).).))))))))...)..))))..)))..)))))))...)).)))))..)............(((.(((((....))))).)))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((..((((((((..(((..((((((....(((((...)))))....)))))))))....((((((......(((((((((..((((((..........(((........(((.(((((......))))).)))((((..(((.....)))(((((((((...(((....(((....))))))...)))))))))))))..........)))(((((((.(((.....))).)))))))............)))))).)))))).))).....))))))..))))))))....)))(((((((((.(((((((((.....(((((((........((((..(((...((((........))))......)))..))))(((....(((((....((((((...(((((...))))).))))))...................((((((..(((((.(((((((.....((((((.........)))))).....))))))).))))))))))).)))))....)))....))))))).(((.....))).........)))))))))....(((((((.....((((.....)))).....)))))))(((.......))).......(((((..(((((((......)))))))....((((((.(((((((....))).)))))))))))))))..((((((((((((((((((....))))))))))))).)))))..))))))))).((((((((..(((((......(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))..))))))))..(((....))).....(((...[[[[....)))..]]]].(((((((...........[[[.[[[[[.)))))))..]]]]].]]].((((.((((((((...((((.((((..........)))).))))....))))))))..[[[[[[((((.....))))...)))).........((((.((((.....)))).))))]]]]]].......((((.....(((....)))....[[[[[.....))))..]]]]].............(((((((((........(((((((((((((.(((.....(((((((((((........((((.(((.............))).))))......)))))))))))......((((((..(((((((.(((..(((((...((((((..((((...))))..)))...((((((((.....(((....))).....))))))))))))))))..))).((((((((....((((....))))(((.....((((.(((....))).))))....))))))))))).(((((...(((((((.......)))))))....))))))))))))......(((.(((((((((.....))))))))).)))))))))..)))...))))).))))))))(((((((...[[[[..)))))))............]]]].....(((....((((....))))....))).(((........[[[[.)))..]]]]....)))))))))............((((((((((((....))))))))..)))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((...(((((..(((..((((((.((.(((((...))))).)).)))))))))....((((((......(((((((((..((((((..((((.(((........((((((.(((((......))))).))).))).(((.((((....(((((((((......((..(((....)))..))..)))))))))))))..))).......((((((((.(((.....))).)))))))).))).))))..)))))).)))))).))).....)))))).(((((((.......))))))).)))))))))))))..((((((((((.(((((((.(((..(((.((((((........)))).))...)))..))).(((((...(((((((((((((((((((((......((((..(((.((((...............((((((..(((((.(((((((.((..((((((.((...)).))))))..)).))))))).))))))))))).((((..((((((.(((......(((((((((((((.............((((((((((.(((((.((..((((.....))))..)).))))).(((((..(((((((((....(.(((((((((.(((((((((((.....))))))))..((((((((....))).))))).((((...((.(((((((((((((((((((....))))))))))))).)))))).))...)))).((((((((.((((((.((...((((.((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))).....(((....)))..))))...)))))))).)))))))).))).))))))))).)(((((....))))).....((((((...((((.((((((..(((..((......))..))).(((((........)))))(((((((.((((.((((..........)))).)))).)))))))...))))))...((((.....))))..))))..))))))..((((.((((.....)))).))))............))))))))).)))))(((((((((((((.(((.(((((...((((....))))....))))).))).)).)))...))))).)))....((.(((((...(((((((((((((((.....)))).))))))))))))))))...)).))).)))).)))..)))).))))).)))).(((((..(((((....((((.((....)).))))))))))))))((.((((((((((...(((....)))..)).)))))))).)))))))))))..)))).....(((((((....)))).))).)))))))))))...)))))))))))))..)).)))))).(((((...(((((((.......)))))))....)))))....(((.((..((((.(((((((((.....))))))))).)))))))))))))).........(((((...(((((((.........))))))).)))))......))))))).))).))))))).(((((.(((((.(((((.(((((((((((....(((.((.(((.....))))).))).....))))))))))).)))))))))).))))).......... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......)))))(((.((..(((.((.(((((...))))).)).))))).)))....((((((......(((((((((..((((((..((((..((...........(((.(((((......))))).))).................((((...............(((....)))...{{{{{{{{))))....((((.......))))(((((.}}}}}}}}....)))))<<..))>>))))..)))))).)))))).))).....)))))).(((((((.......))))))).....((.(((((......................(((......((((((........)))).)).ddddddd)))...................((((.................)))).......(((((..((...(([[[[[[..[[[[))(((((((.((..((((((.........))))))..)).)))))))..]]]]...............................((.......)).........................]]]]]]...bb)).))))).BB..................(((((((((.....................................(((..(((((...........))))).))).............(((((((((((((....)))))))))))))...................(((((((.((((((......(((.(((((.((((((.(((................)))..)))))).)))))....(((....)))...))).....)))))).)))))))....((....)).....(((....eeee)))......EEEE............................ffff.........(((((....((.((((((((((.((((.((((..........)))).)))).)))))).)))).(((........))).........))...))))).....ffffffff.........................)))))))))......................................................................FFFFFFFF........FFFF((((((((.............................................)))))))).......................................((((((((((...))))))))))................................DDDDDDD....................((((.(((((((.....(((.((((((...(((....)))..)))))).)))....)))))))))))..(((((((.......)))))))..........................(((((((((.....))))))))).............................))))).))((((.((....((((((...(((.........................((..cc))aaa..aaaaaa.aaaaaaaaaaa..)))...))))))...)).)))).........AAAAAAAAAAA.AAAAAA.AAA..CC............ |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(.((((((((.((...........((((((((...)))).))))..((((.(((..(((((((...)))))))..))..))))..).(((((..............................(((((((..((....))))))))).....))))).....((((....((((....)))))))).((((((.......((((.......))))....).))))).........(((((....))))).................((((..((((((..(((((((((.....)))))))))))))..)).)))).....................((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..((((((((((((..))))))))).)))..)).......................................))..))))).)))...(....)..((.......(((.(((((((..........))))))).))).........................((((..)....)))..((..(((....(.........))))))......................(((((((.(((.........)))))))))).....(((((...(((((((((((((....)))))))))))))..................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))...((....))..(..(((((....)))))......)....................)))))...((((((..((((((((((.(....)))...))))))))..)))...((....))..))).....................(((((....)))))........................((.((((.....)))).))........................(((....)))))........................(..(((..((((....))))..)))...((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..(((((.(((((.(..)))))).).))))..)))))).)..(((.((((.....)))).))).....))))))).............((..((((..(((...)))))))..)).........(((.((((((((..((.(((.(.((((((.((....)).)))))))).))))..)))))))))))..((((((.(((((..........)))))....((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).))))))))))..(((((.((....((((((((.(((..((((..(...(((((((((..((..(....)))).).)))))))...)..))))..))).))))))))...)).)))))............))..((((((((....)))))))))))))))).) |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((((.((...........((((((((...)))).))))...(((..((..(((((((...)))))))..))...)))...((((((..............................(((((((..((....))))))))).....)))))).....(((.....(((....))).)))..(((((((......(((((.....)))))...)).))))).........(((((....)))))..................(((..((((((..(((((((((.....))))))))))))..)))..))).........(((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((...(((((...(((((...))))).))))).........((..((((((((((((..))))))))).)))..)).......................................))..))))).)))..))).)))..((......((((.(((((((..........))))))).))))......................((((((......))))))....((....((........)).))..........((((.....))))..((((((.(((((....))))).)))))).....((((((..((((((((((((((....)))))))))))))).(...............((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).))))).....((....))...))))..)).)))))).))))))))...((....))...(.(((((....))))).....).............).......))))))..((((((..((((((((.((......))...))))))))..)))...((....))..))).....................(((((....)))))........................((.((((.....)))).))........................(((....)))))........................((((((((((((....)))))))).))...((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..((((((((((((...))))))).)))))..))))).)).((((.((((.....)))).))))....))))))).............((..((((..((.....))))))..)).........(((.((((((((..(.(((.((((.((.((((....)))).)))))).))))..)))))))))))..((((((.(((((.((....)).))))).....(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).))))))).))...((((.((..((.((((((..(((..(((..((...((((((((((..((......))..))))))))))....)).)))..)))..)))))).)).)).)))).............))..((((((((....)))))))))))))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.((((...(((((..(((..((((((.((.((((.....)))).)).)))))))))....((((((......(((((((((..((((((..((.....((((..(..((((((.(((((......))))).))).)))..).....)))).((((........))))...(((....)))...((((((((....(((.((((.......)))))))...)))))))).......((((....))))))..)))))).)))))).))).....)))))).(((((((.......))))))).)))))))))))))..((((((((((.(((((((.(((..(((.((((((........)))).))...)))..))).(((.((.(((((....((((((...(((((...))))).))))))...................((((((..(((((.(((((((.((..((((((.((...)).))))))..)).))))))).))))))))))).))))).)).)))..((.....)).(((.((((((.((.......)))))))).)))...(((((.((..((((.....))))..)).))))).(((((..(((((((((....(.(((((((((.((.((((((((.....))))))))..((((((((....))).))))).((((...((.(((((((((((((((((((....)))))))))))))).))))).))...)))).((((((((.((((((.((...((((.((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))).....(((....)))..))))...)))))))).))))))))..)).))))))))).)(((((....))))).....((((((...((((.((((.........((......))...((.............)).((((((((((.((((.((((..........)))).)))).))))))).))).))))....(((.....)))...))))..))))))..((((.((((.....)))).))))............))))))))).)))))...(((((.((((.(((.(((((...((((....))))....))))).))).))))....(((((((((((((.(((.((..(((((((((((.((.....((((.(((.............))).))))....)))))))))))))..))..((((((..(((((((((.((((...))))..((((((((((...))))))))))..((((((((((...(((....)))..))).))))))).((((.(((.....((((((((....((((....)))).((.(((.(((..(((....)))..)))))).)).)))))))).....))).))))..(((((..........)))))..))))))))).......((.(((((((((.....))))))))).)).))))))..)))...))))).)))))))).((((((.........))))))...))))).....))))))).))).))))))).(((((.((((.((((((.(((((((((((....(((.((.(((.....))))).))).....))))))))))).)))))))))).))))).......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((......)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((...........(((.......(((.....)))...).....)).((....(((......)))))(.(((((((.......((((.......))))....).)))))).).....(.((((....))))).)))))...)).)..))).((...(.(((..((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((....)))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((......................((...))..........................((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........((((((((...................))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.((((....).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((.((.((...(((((((..(((...)....))...))).))((((((((((((.....))))(((.((((((....(..(((.(......((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..((((((((((...(..))))).))))))..)))))))..(((((..((.....))..))))).....)))))).......))))....).((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.....(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))..)))).)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((....)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((...))((((((.(((..((((.(((((((((((......(((((((((((((.((..........((........))...)))))..))))))........(((......((....((((............(((....)))(((.....)))..........((((................))))((((((((......((((.......))))...)).)))))).......(.((((....)))))..))))...))....))).((..(..(((..((((((((.......)))))))))))......((((((((((((((....))))...))))((..((.((((........)))).))...))........((.((....))))...))))))..(((((...))))))))))))))))........(((((((((((....)))))))).)))......((..(...........)..))........(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))...(((((((((.........((((..............................................................(((((.......((...(((.....)))(((....))).....))......)))))..............((((((((..............(...)))))))))..((((((((..(((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))..))))))))...))))..(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((.((((((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..))).....))).)))((((((((..((((....))))...)))...............((((((((((((.((.((((((((...)))))...(((...))))))((.((...)).))....))(..(((((.(((((......((........)).)))))....)))))..)))))))))....((((((......((..((....))..))(((......))).....)))))...(((((((((.((((..(((((((.(((.....))))..))))))..)))))))..(((((..((.....))..)))))....)))))).........).....(..((((..((.....))))))..)......((..(((.(((((((.....(((.....((((((((....))))))))....)))....))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....)))).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((....)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((......)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((...........(((....).((((.....)))...).....)).((....(((......)))))(.(((((((.......((((.......))))....).)))))).).....(.((((....))))).)))))...)).)..)))(((.....(((..((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((....)))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((......................((...))..........................((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........((((((((...................))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.((((....).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))(...)...............((((((((((((.....))))(((.((((((..............((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))....(((((.(((.((((..((((((((((...(..))))).))))))..)))))))..(((((..((.....))..))))).....)))))........))))))))..((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.....(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((....)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((...))((((((.(((..((((.(((((((((((......(((((((((((((.......((....((........))...)))))..))))))........(((......((....(((((..(........(((....)))(((.....)))..........((((....(..........)))))((((((((......((((.......))))...)).))))))....)..(.((((....))))).)))))...).)...))).((..(..(((..((((((((.......)))))))))))......((((((((((((((....))))...))))((..((.((((........)))).))...))........((.((....))))...))))))..(((((...))))))))))))))))........(((((((((((....)))))))).)))......((..(...........)..))........(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))...(((((((((.........((((..............................................................(((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..............((((((((..............(...)))))))))..((((((((.((((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))).))))))))...))))..(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((.((((((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..))).....))).)))((((((((..((((....))))...)))...............(((((((((((((((.((((((((...)))))...(((...))))))((.((...)).))....))...(((((.(((((..(....(........)).)))))....)))))..)))))))))...(((((((......((..((....))..))(((......))).....)))))...(((((((((.((((..(((((((.((.......)))..))))))..)))))))..(((((..((.....))..)))))....)))))).........(...(((..((((..((.....))))))..)))...)....(((.(((((((.....(((.....((((((((....))))))))....)))....))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....)))).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((....)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.((((<<<(((((..(((..((((((....(((((...)))))....)))))))))..(.((((((......(((((((((..((((((..(((....((((((...((((((.(((((......))))).))).)))......)))))).((((...............(((....)))...{{{{{{{{))))(((.((((.......)))))))...}}}}}}}}........(((....))))))..)))))).)))))).))).....)))))))(((((((.(....)))))))).)))))))))))))..((((((((((.(((((((((((..(((.((((((.(.....))))).))...)))..))))(((....(((((....((((((...(((((...))))).))))))......[[[[[........((((((..(((((.(((((((.....((((((.........)))))).....))))))).))))))))))).)))))....)))............(((.((((((.((.......)))))))).)))..((((((.....((((]]]]])))).....))))))(((((..(((((((((......(((((((((.(((((((((((.....)))))))).(((((((((....))).))))))((((......(((((((((((((((((((....)))))))))))))).)))))......)))).((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((.(((.(((((...).)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..))))...)))))))).)))))))).))).)))))))))..(((((....))))).....((((((...((((.(((((...(((..............)))................((((((((((.((((.((((..........)))).)))).))))))).))))))))...((((.....))))..))))..))))))..((((.((((.....)))).))))............))))))))).)))))...(((((.((((.(((.((((((..((((....))))..).))))).))).))))...((((((((((((((.(((.....(((((((((((.((((...((((.(((.............))).)))).)).)))))))))))))......((((((..(((((((((.((((...))))..((((((((((...))))))))))..((((((((((.(.(((....))).)))).))))))).((((.(((.....((((((((....((((....))))(((.(((.((((.(((....))).))))))).))))))))))).....))).))))..(((((..........)))))..)))))))))......(((.(((((((((.....))))))))).)))))))))..)))...))))).)))))))))((((((.........))))))...))))).....))))))).))).))))))).(((((.((((.((((((.(((((((((((....(((.((.(((.....))))).))).....))))))))))).)))))))))).)))))..>>>..... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((...........))).....................((((...((((((...............................(((....(((((......................................(((....)))(((.....))))))))..(((..((....................((((((........((((.......))))......))))))...........)).....((((..........................(((..((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))......((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((....)))))))....................................................))))).)))).(((((...((.....)).(((.....))).............))))).........)))))).)))).........................................................................)))......)))(((....)))............)))))).............(((..............(((..................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))...........))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((................)))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((...(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....(((....)))((((........(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))..))))((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((.((((...(((....................)))...)))))))...........................((.....)).......))))))..))))))...)).))).))))))))).))...)))).))(((((((.(.....).....((..((((....))))..))...........))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).)).((.(((((.......))))).))......)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((.(((..(((..((.(..(...(((((((.....((((..)))).....)))))))...)..).))..)))..))).)))...)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.((((.((((...(((......((((((.((((.(((((((..((((((.............................(((((((.((((((......................................(((....)))(((.....)))))))))......((...................................((............((.((................((((....))))...............((((.(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).(((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))................(((((((....)))))))................................................))..))))).)))).(((((.((((.....)).(((.....)))..........)).))))).........)))))))))...........................................................................((((((......(((....)))..))))))....))))))............((((((((((...................))))))))..(((((((..((((((.((...(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..))))..)).))))))..)))))))...((....)).....(((((....))))).....))....))))))).............(((....(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..........)))...)))).))))))((((....))))...)))...))))...(((((((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....(((....))).....((((((((.......((((((((((((.((..(((((..((.....(((.(..((((.(....).))))..).)))..)).)))))..)).))))).)))))))((((....)))).(.(((((((((.((((..(((((..................)))))..)))))))..((((...((.....))...))))....)))))))........))))).))).......)).))).))))))))).))...)))).))(((((((.....(((.....(((...((....))...)))....)))....))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))....)))))..((((.((....(((.(((..(((..((((..(...((((((((..((((((..))))))..))))))))...)..))))..)))..))).)))...)).)))).......)))).))))....(((((....)))))............. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......((((..(((((((((((((((.((.(((((.((.((((.....)))).)).))))).....((.((((((......(((((((((..((((((..(((..(((((((((..((((((.(((((......))))).))).))).....))))))).(((((((((......((..(((....)))..))..)))))))))................((((((((.(((.....))).))))))))..))..)))..)))))).)))))).))).....))))))))....)).))))))).(((((((((.(((((((((.....(((((((........((((..(((.((((((........)))).))...)))..))))(((.((.(((((....((((((...(((((...))))).))))))...................((((((..(((((.(((((((.((..((((((.(.....).))))))..)).))))))).))))))))))).))))).)).)))....))))))).(((.....))).........))))))))).(((......((((.(((........((((..(((......(((.......)))......))).))))........))).)))).......(((((((.(((((((....))).))))))))))).)))..((((((((((((((((((....))))))))))))).)))))..))))))))).((((((((..(((((......((((.((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))).....(((....)))..)))).....)))))..))))))))..(((....)))..)))))))).(((..((((((..(((((((.((((..(((..((((.....((((.((..(((((((..(((.......))).)))))))..))....((....))..))))....)))).))).)))).))))).))...))))))......(((((((..(.((((((((.((..(((((.....))))).)).((((((((.........((....))......(((((..((...))..)))))..))))))))..)))))))))..)))))))(((((((((((((.(((.((..((((((((..(.((.....((((.(((.....((....))))).))))....)))..))))))))..))..((((((..(((((((.(((..(((((.....((((..(((.....)))..))))..((((((((((...(((....)))..)).))))))))...)))))..))).((((((((....((((....)))).((.((..((...(((....)))..))..)).)).)))))))).(((((...(((((((.......)))))))....))))))))))))..........(((((((((.....)))))))))....))))))..)))...))))).))))))))....(((((.((....(((((((..(((..((....(...((..(((....((((....))))....)))..))...)....))..)))..)))))))...)).)))))..)))......))))(((((((((....)))))))))...)))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((((..(((((......))))(((......(((...(((.(((.((..((((....)))).......)).)))...)))...((......(((.((((........................((..(.((((((.................((((......((((..........)))).))))..(((.(........(...........)..).)))..............................((.((.....(.(...((((.........)))).))...))...)).........(((......(...)...)))..)))))))...))))))..))).))..((.(((((....(((((.(((......((((((.......((.....................))...........)))))).)).......)....((((((......))))))...............(((.(((((.......((((((((((......(((....)))..)))))))))).)))))......)))((((((..)))))...)(((((((...(((((..(..((((((((((((((((.((((((.....)))).))...)))))))))))).....(((....)))..)))).)...)))))...)))))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..(((((...(...(((.((((((..(((((((..........))))).))..))).............))).....)))...).......))))).....))))).)))))...))..((.(.(.(.(((.................................................(((.((((..(((((.........................)))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...)................((.(((((((...((.......((((((((....))))))))....))......))))))).))......(((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))).))))...........))))((((((((..(((((((..((((((..((...).)))).......).......))...))..).)).))..)))))))).)))...))).)(.((((((....))))))))))))))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((...(((((...((.((((..((((.((((....((((.((((.((((.((....(((..(.....))))......))))))...)))).........)))).((((((......(......(...(...(.....)..)..)..)...))))))....(.(.......((....))...).)((((((..(.....((((.......)))).)....)))))).....(((.((((....))))......((((...((((((.(((.(..(((...(((((((.......))))))).)))....).)))...))))))....)))))))..(((...((.((((((........)))).))...))...)))))))))))(((((....((((((...(((((...))))).))))))..((.....(((...((((((((....)))))))).)))...))....((......(..(((..................)))....).)))))))((.(((((((((.((.((.((((......(((...((.((.((....(((.(............((....................................................((.(((.((.((.......(((.((((((......(((....)))..)))))))).).)).))......)))...))((.(.(((.(((......)))......)))..)))..(((((((...(((..(((...(((((((((.((((((..(.((((......))))..)....)))))).)))))....(((....)))..))))...)))...))).))))))).((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...))...((((((..(...(((.((((((..(((((((..(((.......))).)))))))..))).............))).....)))...).......)))))).))..).))).)).))...)).....)))...)))).......)).))...))).))))))...))))))...)).)))))......)))))))((.(((......((((((...(((...(......).))).)))))).((((((((((((((.((((((((...(((((((((((((((.....))))).))))))))))))))).(.(((((((((.((((..(((.(..(.......).......).)))..)))))))(.((((..(((.....)))..))))...)))))))...)....(((.((((..((((...........))))....)))).))).(((.(((((((.....(((....((.....((....))....))....)))....))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......)))))))))...))))).)))))))))...(((((.((.....((.(((..(((..((........((.((((......((.........).)).))).)).......))..)))..))).))....)).)))))..))).......))((((((((((....))))))))))........ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................(((..((((((.((.(((((...))))).)).)))))))))....((((((......(((((((((..((((((..(((..((.........((((((.(((((......))))).))).))).............(..((((((.......(..(((....)))..)...))))))..).................(((((((..((.....))..)))))))...))..)))..)))))).)))))).))).....))))))...........................(((((((((.....(((((((.........(((..(((.((((((........)))).))...)))..))).(((.((.((((.....((((((....(((.....)))..))))))......................(....(((((.(((((((.((..((((((.((...)).))))))..)).))))))).)))))..).....)))).)).)))....))))))).(((.....))).........))))))))).......((((.((..((((.....))))..)).))))..(((((..(((((((((.....((((...........................(((((.((((((((....))).)))))))))).))))......((((((((((((((....))))))))))))))....((((((.......((((((((..(((((......(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))..))))))))..(((....)))....(((((....)))))...............................................................(((....(((.((((..((............))..)))).))).....)))..((.(....).))................................(((((.....))))).))))))....))))))))).)))))............................................................(((((((((((((.(((.((..((((((((..(.((.....((((.(((.............))).))))....)))..))))))))..))..((((((..(((((((..((..((((......((((..((((...))))..))))..((((((((((...(((....)))..))).)))))))....))))..))..((((((((....((((....)))).((.((..((...(((....)))..))..)).)).))))))))..((((...(((((((.......)))))))....)))).)))))))..........(((((((((.....)))))))))....))))))..)))...))))).))))))))....(((((.((.....((((((..(((..(.............(((....(((......)))....))).............)..)))..))))))....)).)))))................((((((((....)))))))).......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((((.((.((((......(((((((((..((((...((...))..))))))).))))))..((((.(((...(((((((..((((((..((.............((..(((((......)))))..))...(((((((..(((((.......)))))(((((((((....(((.(((..................((((......)))).........(((((((.(((((((....)))))..))....)))))))..))))))...(((((((((((((.......)))))))..(((((.((((((.....(((((((........((((..(((((.((((........)))).))...)))..))))(((.((.(((((....((((((...(((((...))))).))))))...................((((((..(((((..((((((.((..((((((.(.....).))))))..)).))))))..))))))))))).))))).)).)))....))))))).(((.((((((.((.......)))))))).)))......)))))).))))).....((((..(((......(((.......)))......))).)))).......((((((((.....))))))))..))))))........))))))))).....)))))))..((((((((((((((....))))))))))))))))..))))))..((((.((((((((..(((((......(((((((((.((((((.(((..(((......)))..)))..)))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))..))))))))..(((....)))....(((((....)))))...)))).)))))))....))).))))....((((((...((((((((.((((........)))).((..(((.((((..(((((........))))))))).)))..))......((((((..(((((((.....(((((((..(.((((((((.((..(((((.....))))).)).((((((((((((.......(((.(((....)))))).....)))).........))))))))..)))))))))..)))))))(((((((((((((.(((.((..((((((((..(.((.....((((.(((.....((....))))).))))....)))..))))))))..))..((((((..(((((((.(((..(..((.....((((..(((.....)))..))))..((((((((((...(((....)))..)).))))))))...))..)..))).((((((((....((((....)))).((.((..((...(((....)))..))..)).)).)))))))).(((((...(((((((.......)))))))....))))))))))))..........(((((((((.....)))))))))....))))))..)))...))))).))))))))........((((((((....))).))))).....))))))).))))))..)))))))))))))).(..((((.(((((..((((....(((.((.(((.....))))).))).....))))..))))).))))..)..)))))).)))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
UACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUAAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUAAACUGCUUUAUACAAGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUAAUUUAUUUGAUAGUACCCCAUUACUACUUGGAUAACCGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCACUCAAGUCCUGACCGCUUGUCGGAAGGGAUGCAGUUAUUAGAUACAAAACCAGCCCCGGGCAACCGGGUUUUCUGUUGGUGAUUCAUGCUAACUUUGCGGAUCGCAUAGCCUUUGUGCUGGCGACGGGUCAUUCAAAUUUCUGCCCUAUCAACUUUCGACGGUAGGAUAGAGGCCUACCGUGGUGAUAACGGGUAACGGGGAAUAAGGGUUUGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCUGAUACAGGGAGGUAGUGACAAUAAAUAACGAUGCGGGGCCUUUUGGCCAUCGCAAUUGGAAUGAGUACAAUUUAAAUCCCUUAACGAGGAACAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGAAUUUCAGGGCUGUCUUUGUCACCUGGCCACUGAGCCUUUGCGGCCAGUGUUGCUUUCGGGUGCGGGCCCUUUAUUUCUGCUGGGUGCUCCUUUGGGUUGGCUUUUGCUAGCUCGGGGGAUGUCUGCCCAGCACGUUUACUUUGAAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCUUUUUUUAAGCUUGAAUAUCUUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGACUCUGGUUCUAUUUUGUUGGUUUCUGGGACUGGAGUAAAUGAUUAAUAGGGAUAGUUGGGGGCAUUAGUAUUUAAUUGUCAGAGGUGAAAUUCUUGGAUUUAGGAAAGACUAACUUCUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAAGGGAUCGAAGAUGAUUAGAUACCAUCGUAGUCUUAACCAUAAACGAUGCCGACCAGGGAUCGGGCGUCAUGUAGUUAUUCACAUAAAAGACGCGCCCGGCACCUUUUGAGAAAUCAAAGUUUUUGGGUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGUGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUCACCAGGUCCAGACAUGGUAAGGAUUGACAGAUUGAAAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUCGUGGAUUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACCUUGAUCUGCUAAUUAGUUGGGCUUGCAUUUAUGCAAGUAAUCCAACUUCUUAGAGAGACUGCUGGCGUUUAGCCAGAGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCCGCACGCGCGCUACACUGAUAAGGUCAGCGAGUUUCAACUUGCUGGCUUAAGUUGAGUUUCGGCUCGGCUUAAGCUGGGAUUCCUUGGCCGUGAGGUCUGGGUAAUCUUUUGAAACCUUAUCGUGAUGGGGAUUGACCUUUGUAAUUAUCGGUCAUGAACGAGGAAUACCUAGUAAGUGUGGGUCAUCAACCCACGCUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGGAUGGCUUAGUGAGAUUUUUGGAUUGCCGGGUGAUUGCAGCAAUGCGAACACUUGGCGAGAAAUUGCUCAAACUUGGUCAUCUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...{{{.))))).(((.(((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....(((..........)))...)))))......(((......((((..((..((....(((................((((....(((((((.....))))))).....)))).......(((((..(((.....)))..)))))....((((((........((((..(((((....)))))........))))......)))))).........((((.((((......))))))))....)))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....((((((((((((....)))).))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((...<.((((...(((.......((((((((((.((((((((((((.............)))))).)).))...)))).)).)))))).......((((((......((.(((((((((....)))))))))))..........)))))).................................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<.(((..(((((((...(((.................))))))))))..)))...<<..))>>...>>>....>>>>))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..........((((((((((((((((....))))))))))))))))....((..((((....))))..))....)))......)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((..((((((((((((((....(((((..((((.((((.(((.((.(((..((((((.(((((((....)))))))......((((((...((((((.....(((((.((.....)).)))))........((((((((..((....))))))))))....))))))..............(((((..(((.....)))..)))))))))))..))))))....(((((((((((....)))))......))))))....))))))))))))..)))).))))).......))))))))..))))))..))......((((((((((.((....((((((((.......)))))))))))))))..)))))(((.((((((((((((((....((((((.((..(((((((..(((((((.............((((.(((((..((.......((((((((.....(((((..(((.........((..((((((((((((....)))).)))).))))..)).........)))..))))).....))))....))))...))..))))).)))).(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).))))).............)))))))..))))))).)).)))))).(((((((((((((.(((.....))))))))..))...))))))))))))).))))))).(((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).))..))))))).)))..((((((........(((((.(((((..(((((((.....)))))))....(((((.((((...((((((((((((((....))))))))))))))...(((((..((((.....................((((((.......(((((((((..((...((((((((((((((..((((......))))....(((....)))....))))))))...)))))).(((...(((....)))....)))....))..))))))))).....(((((((.((((((..((((.((.....)).))))..((((((((........))))....))))(.(((((.(((((((((....)))))......)))).))))).)...))))))...)))))))..........((((((((.(..((((.((((.....)))).)))).).).)))))))..))))))..(((....))).))))..))))))))).))))).........))))).))))).....((((..(((((((((((((((.(((.((((((.(((((((.((((((......((((((((((...........((((((...(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..)))))))..((.(((((.....))))).)).................)))))).....((((...........))))(((....)))...(((.((((((((((((((((....)))))))).((((((((((((....))))))))))))..(((((((((.((((....)))).))).)))))).....)))))))))))...)))))))))).........))))))))))))).))))))...((((.(((((((((.....))))))))).)))).......)))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.((((((....((...((((((((((.(((((....))))).))))))))))..))...)))..))).)))))))))).)).))))..))))....))))))(((((((((....))))))))).......)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................................................................................................................((((((((.....)))....))))).......................................................................((((((((...))))....))))..................................((((((((.......)))))))).....................................................................................................(((((...)))))....................................................................................(((((((...................................)))))))..............................................................................................................................................................................................................................................................((((((((((((.............))))))))))))....................................................................................((((((((((.....)))))))))).................(((((((.......((((.........))))....)))))))......................((((((((........................))))))))....((((((....)))))).............................................................................................................................(((((..................................)))))....................................................................((((((................(((((((....))))))).......................(((((.....))))).......)))))).....................................................(((((((((.................((((((((((((((((....))))))))))))))))....................................)))))))))..........(((((............)))))....................(((((((((.....)))))))))..............................................(((((((((((((((((....................................................)))..))))))))))))))....................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((.((........((((..........))))..........))...)))))....................................................................((((((.((((......(((((...............))))))))).))))))..............((((....))))..................................((((..(((......))).))))...................(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))).....................(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((........((((....(((.....)))..))))..............((((((((((((....)))).))))).)))...............................................))))).))))....................................................................................................................................................................(((((((......))))))).......................................................................................((((((((((((....))))))))))))......................((((((((.((((((......((((((((((((((((((.....................))))))))))))))....(((....)))..)))).....)))))).))))))))...........(...........((((.........))))........)...................(((..((((((((........................))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))...........................((((.....))))............................................................................................(((((((((.((.............((((((((((................))))))))))........(((((.(((.((((..((((((.(((((........)))))..))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..................((((...........)))).................((((((((.........................................................((((((((....))))))))............))))))))......((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))........)).).))))))))....(((((.((...(((((((((((((..((((..(...((((((((((((((((....))))))))))))))))...)..))))..)))))))))))))..)).)))))...............(((.(((((....))))).)))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.........)))...........................((((((.(........(((((((....)))))))..........)...))))))...................................((((((((..........)))))))).......((((((((((((......(((((((((.....)))))))))))))))))))))........((((.(((((....))))).......))))........................................(((((((((.............((((((((((.......((((((((.......))))))))..)))))..))))).....((((.((((((((..(((((((.(((((((........))))))).).)))...(((((((((((((.(((((..((((...(((((...))))).))))...............(((((((((((....)))).))))).))....................................................(((.....(((((.....(((((......(((((((..........)))))))....................)))))....)))))........)))..............))))))))..)))))))))))))..))))))))..)))).((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).)..)))))))))......(((((((............)))))))(((((((.....))))))).................((((((((((((((....))))))))))))))................................................(((((((((((((((((((..........................))))))..((((((((((.....))))))))))...............................)))))))))))))((((((..............))))))...((..((.(((((((((........................))))))))).)).....(((((((((.....)))))))))............))................................((((.((((.....)))).)))).................................(((..........))).........................................((((((((((.(((.((((((((((((((.((((((......(((((((((((((((((.............(((.(((((((((((((((((((....))))))...))))))))))))))))...(.(((((.....))))).)...(((((((((....(((....)))...).))))))))...........................(((((((.(((((((....)))))))((((((((((((((....))))))))))))))((((((((((((((....)))))))).)))))).....)))))))))))))))))))))))).........))))))))))))))))))))...((((((((((((((.....)))))))))))))).......)))...))))).))))))))))))))((((((..(((((((((((((((((.........((((((((((((((((....)))))))))))))))).......)))..)))))))))))))).))))))................((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))....................(((.(...(((((..((((((((((......((((.....))))..(((((.................)))))...........................))))))))))..)))))..).))).(((............)))..(((((..(((.....)))..)))))....................(((.(((((....)))))....)))..((((((.(..........(((.....)))..(((((..(((..(((((((((((.(.((((.(.((((((..(((((....((((((((.......))))))))................(((((..(((((((((...(((((..((.((((........)))).))...)))...((((((((((..........(.(((...(((((...))))).))))(((((((..........((((.((((....))))..)))).........................(((...........(((((((.......((((.....((....)).......)))))))))))...........))).....((((((........................))))))..)))))))((((((.............)))))))))))))))).))..)))))))))..)))))((((((((.((((((((((((((....))))))))))))))....)))))))).(((((((((((((............)))))))(((((((.....)))))))..............................(((((((((((.............)))))))))))))))))............)))))))))))...).)))).).)).(((((((....((((........))))......))))))).((((((((((.....)))))))))).................((((((....(...((((.........))))...).))))))...............((((((.....(((((....................))))).(((((...((.((((....))))))...)))))))))))(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((..((.((((((...((.((((((((......(((((....(.(((((..........(((....)))............((........)))))))).......)))))((.((((..((((((((....(((((((((((((((.....)))))).)))....))))))....((((((.((.((((..(((((((((((((....))))))...)))))))..)))).....((.(((((.....))))).)).)).))))))....))).)))...).)))))))..........)))))))).))......(((.((((((((((((((((....))))))))(((((((((((((....)))))))))))))..((((((((.((((....)))).))).)))))......)))))))))))...(....(((((............)))))....).....))))))....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....))))))))).....(...((((((((((.(((((....((....((((((((((.(((((....))))).))))))))))..))....))..))).)))))))))).)............)))..)))))(((((((((....))))))))).))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((...((..(((((((....))))))).))......)))..))))))...(.((..............)).)..........((((((((..((....)))))))))).......((((((..(((......(((((..(((.....)))..))))))))..)))))).......(((((((((((....)))))......))))))((((...((.......)).))))((((.......))))..(((((................((((((((((.((....((((((((.......)))))))))))))))..)))))....((((((((((((((..(((((((.((.((((........)))).)).).)))..)))(((((((((((.(((((((((((...(((((...).))))))))).............((((((((((((....)))).))))).)))...................((((.................))))...(((.((((.(.((((((.(.(.(((((.((((.(((((((..........))))))).)((......)).....)))))))).).)))))))....).)))).))).........)))))))))..)))))))).......))))))))).)))))((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).)..)))))))))(((((((((((((............)))))..(((((((.....))))))).....(((.....((((((((((((((((((....))))))))))))))..))))))).....))))))))...................((.....(((((((((((((((((((....((((((....))))))......))))))).((((((((((.....))))))))))..........(((....)))............))))))))))))((((((..............))))))))....(((..(((((((((.......(((....)))...)..))))))))..)))(((((....)))))........................((((((.(((((............................((((.....))))))))))))))).................((....)).((((..........))))...........(..........)..............(((((((((((((.(((.((((((.((((((((.((((((.....((((((((((.((.................(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..)))))))..((.(((((.....))))).))..(((((((((.((.((((())))).))).)))))))).........(((....)))...(((.((((((((((((((((....))))))))(((((((((((((....))))))))))))).(((((((((.((((....)))).))).)))))).....))))))))))))).)))))))))).....)...))))))))))))).))))))((.((((.(((((((((.....))))))))).)))).))....)))...))))).)))))))))))))((((.((..((((((((((.((((((..((((...((((((((((.(((((....))))).))))))))))))))...)))..))).)))))))))).)).))))...............((((((((((....))))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((((((.......((((..........)))).........).......((((......................................((((..((....))))))........))))........((......(((((..(.........)..))))))).................(............................)......................((((..(((......))).))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.((((((((....)))).))))..)))....................................((((((.......((((....................)))))))))).................................................((((..((.(..(((((((((((((..............))))..)).)..))))))))))))).................(((((((((((..........))))))))))).........................................................................))))))..............((((((((.....................))))))))...(((((((..((((((..(...((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..))))..)..))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((...(...(.............).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............((((((....((((..(((((.(((((((....)))))))....)))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....)..................................................(((.((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((....(((((((..(((..((((..(...(((((((.((.(((((....))))).)).)))))))...)..))))..)))..)))))))...)).)))))..).)..............(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((.(.....(((((........)))))........))))..)))))).......................................((((..((....))))))...........(((((..((((......(((((..(.........)..)))))))))..)))))................((....))....................................((((..(((......))).))))..................................((((((((.......)))))))).......(((((.......((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))............(((.((((((((....)))).))))..)))...............................................))))).))))...................((.......))............................................(((((..((((..(..(....((......(.............)).).))..).)))..)))).)...............(((((.(((.(((..........)))).)))).).)..)..............................(((((((.....(((.........))))))))))................................................................((((.((..((((((......(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..)).)))).........(((((((...(...((((.........))))...)))))))).................(((..((((((((...(((...............)))))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).................(((....(((((((((........((.....))..................((....)).............(((((..................................)))))..)))))))))....)))......((....((((................))))....))........(((((((((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..)))))))..(.((((((.....)))))).)....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((......((..................................................(((.((((....)))).)))....)).......))))))))))..(((((((((((............))))).......((....)).....((((((((.......))))))))......)))))).................)))))...((((.((...((((((((..(((..((.(..(...(((((((.((.(((((....))))).)).)))))))...)..).))..)))..))))))))..)).))))....................(((((....)))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).........((((((((...))).)))))...(((((((((((((((((....)))))))......((((((...(((((((((((((.(((....))).)))))))........((((((((..........))))))))....))))))..............(((((..(((.....)))..))))))))))).)))))......(((((((((((....)))))......))))))....)))))......(((.[[[[)))..(((........)))....]]]].........((((.((((((..........)))))).)))).(((..[[[[)))....]]]]......(((((((((((((((..((((((.....((((........))))......)))...(((((((((((((.((((((....((((((((.....(((((..................((((((((((((....)))).)))).))))((((.......))))...))))).....))))....))))..(((..(((.((((...((((((((((.......((((.(((((((..........))))))).)))).......))))..((((...))))))))))......)))).)))......))))))))))))..)))))))))))))..))))))).))))))))(((((((..((((((((((((((....)))))))))))))).....))))))).....((((((((.....)))))))).......(((((((.....)))))))....(((.[[[..))).((((((((((((((....))))))))))))))]]].................((((((((...((((((((((..........)))))))))).((((....((((((((..((((......))))....(((....)))....))))))))..))))))))))))..(((....))).....(((...[[[[....)))..]]]]...............(((....((((.......))))[[[[[[[[[.)))....]]]]....]]]]].(((((.(((((((((....)))))......)))).)))))..((((..((((.[[[))))...)))).......]]].....((((((((....))))).[[[)))....]]].....((((......(((....)))[[[[))))......]]]].((((((((......((((....))))))))))))(((((((((((((((.(((.((((((.(((((((.((((((......((((((((((...........((((((...(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..))))))).....(((((.....))))).....(((.........)))))))))(((..((((..(((...)))))))..)))........(((.((((((((((((((((....))))))))(((((((((((((....))))))))))))).(((((((((.((((....)))).))).)))))).....)))))))))))...)))))))))).........))))))))))))).))))))...((((.(((((((((.....))))))))).)))).......)))...))))).))))))))))...((((.....((((((((((...((((..((((...((((((((((.(((((....))))).))))))))))))))...)))).....))))))))))....)))).............((((((((((((....))))))))..)))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.(((((((((((((.(((.((......)).)))..(((....((((((..(((((((((((((......((((.((((((((((((..((((...))))....)))).....)))))))))))).......))).))))))))))..))))))...)))....((((((..(((((((...(((.(((.....)))))).))).))))..)))))).......(((((((((((....)))))......))))))..((((((((((.((((..((((.....(((........)))....))))...))))....((((((((((.((....((((((((.......)))))))))))))))..)))))....((((((((((((((....((((((.((..(((((((..(((((((.............((((.(((((..((.......((((((((.....(((((..(((.........((..((((((((((((....)))).)))).))))..)).........)))..))))).....))))....))))...))..))))).)))).(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).)))))((((....)))).)))))))..))))))).)).)))))).(((((((((((((.(((.....))))))))..))...))))))))))))).))))))).(((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).))..))))))).......(((((((............)))))))(((((((.....)))))))......)))))))))).((((((((((((((....))))))))))))))...(((((..((((.((...(((((((.....(((((((((..........)))))))))(((((((....((((((....))))))......))))))).((((((((((.....)))))))))).)))))))...))....(((((((.......((((.........))))....)))))))......((((.((.....)).)))).(((((((((........))))....))))).(((((.(((((((((....)))))......)))).)))))..((((..(((((((.((((.........................(((((....)))))..))))))))))).......)))).....(((....))).))))..)))))..)))).)))))))))))...((((....)))).((((((((((((((((((((((.(((.((((((.(((((((.((((((......((((((((((.((..(((........))).(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..))))))).....(((((.....))))).((((((((((((((...(((....)))..)).)))))))).)))).(((.((....))))).(((.((((((((((((((((....))))))))(((((((((((((....))))))))))))).(((((((((.((((....)))).))).)))))).....))))))))))))).)))))))))).........))))))))))))).))))))((.((((.(((((((((.....))))))))).)))).))....)))...))))).)))))))))).((((((.((..((((((((((.((((((....((...((((((((((.(((((....))))).))))))))))..))...)))..))).)))))))))).)).)))...))).............(((((((....))))))).)))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.......))))............................((((.((........(((((((....)))))))..........))...))))....................................((((((((..........)))))))).......((((((..((((.............................))))..)))))).......(((((((((((....)))))......))))))....(((((((.............................dddddd................(((((((((.......((((((((.......))))))))..)))))..)))).....(((((.((((((((...(((((...((((((........)))).))...)))...(((((((((((((.((((((.((((.....((.....))aa.)))).................(((((((((....)))).))))).......................AA..........................(((.((((.((((((((.....(((((.(((..(((((((..........))))))).................))))))))....))))))...)).)))).)))..ee.....)))))))))EE))))))))))))...))))))))..)))))((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).))..)))))))).ddddddddd......................(((((((.....))))))).......)))))))...((((((((((((((....))))))))))))))............DDDDDDDDD.........(((.....((....(((.(((((((((((((((((((......ccccc...............))))))(({{{{))(((..CCCCC)))..}}}}..........(((....)))...........)))))))))))))(((((................))))).......((..((((((((........((......))......))))))))..)).(((((....))))).......................(((((....))))).................(((...............................................(((....)))........................................................bbbbbbbbbbbb.bb)))[[[[..[[[[[[[.[[[[[.......[[[[[[[[[[............(((((.......((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..))))........(((((.....)))))....................)))))...)))<<<<)).....))).>>>>.............(((.((((((((((((((((....))))))))(((((((((((((....))))))))))))).(((((((((.((((....)))).))).)))))).....)))))))))))...]]]]]]]]]]..........]]]]]]]]]]]]..]]]].........(((((((((.....))))))))).............BB...BBBBB.BBBBBBBDDDDDD((((.((...(((((((((.((((((.........((((((((((.(((((....))))).)))))))))).......))))..)).)))))))))..)).))))................(((((((((....)))))))))......... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.((((((((..................((((...))))..(((((((((.(((..((((((((....))))))))...))..)))))..)))))....................................(((((((..((....)))))))))........((((((...........(((((..((.......))..))))).....)))))).(.....((((((((((......))))......))))))..).................(((((.((((......))))))))).................((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))....................(((((((...((((((........)))).))...)))..))))................((((((...(((((...))))).))))))........((..((((((((((((....)))).))))).)))..))...........................................((((((.(((..(....)..((.......(((.....)))..............(((.(((((((.(((.(((...((........(((((((.....((((((((.((...(((.....)))..))...)))))))))).)))))...........(((((((.((((((((((((..........))))))))))).)...))))))).)).....................(((((.....((((.........)))))))))......(((((..((((((((((((((....))))))))))))))....................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))...((....)).....((((......))))...........................)))))...((((((..((((((((...(((...............)))))))))))..)))...((....))..)))......................((((....)))).......................((((.((((.....)))).))))))))))...))))))))))...(((....)))))..)))))))))..................(..((((....))))..).....((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))...((((((..((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..))))))...(((((((((...))))))))).....)))))..........)...((..((((..(((...)))))))..)).........(((.(((((((((((.((((.((.....(........................................((((((((....))))))))))))))))))..)))))))))))..((((((.(((.(.((....)).))))........(((....))).((.(((((((((.....))))))))).))...)))))))))...))))).)))))))))....((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((.(((((((....))))))).))))))))...)).))))..))).)))))))))).)).)))).................((((((((....)))))))))))))))).) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((.((((..((.(...(.(...(((...)))....)..).....).))..((((((......))))))..........................(((((.(.......).)))))..........((((((..((....))))))))...(((((.((((((..(((((((...(((.(((.....)))))).))).))))..)))))).......(((((((((((....)))))......))))))..((((((((((....(....((((.((((......))))))))..((....)).......((((((((((.((....((((((((.......)))))))))))))))..)))))....((((((((((((((..((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((.......(((.((((.....(((((..(((.........((..((((((((((((....)))).))))).)))..)).........)))..))))).....)))).....)))...))..))))).)))).((((((..((.(((((.((((.(((((((..........))))))).((((....))))...)))))))))))..))))))......(((((((((((((.(((.....))))))))..))...)))))))))))))).)))))).(((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).))..))))))).....((((((((.....))))))))..)....(((((((.....)))))))......)))))))))).((((((((((((((....))))))))))))))...)))))..(.((......(((((((....((((((((((..........))))))))))((((((....((((((....))))))......))))))..((((((((((.....)))))))))).)))))))..(((....))).............................................((((.((.....)).)))).(((((((((........))))....))))).(((((.(((((((((....)))))......)))).)))))..((....(((((((.((((.........................(((((....)))))..))))))))))).........)).....(((....))).)).).........))))..)))))))).(....(........)).((((((.(((((((((((((((.(((.((((((.(((((((.((((((......((((((((((.(..................(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..))))))).....(((((.....))))).(((.((((((((((...(((....)))..))).)))))))..))).((.(((....))))).(((.((((((((((((((((....))))))))(((((((((((((....))))))))))))).(((((((((.((((....)))).))).)))))).....))))))))))).).)))))))))).........))))))))))))).)))))).(.((((.(((((((((.....))))))))).)))).).....)))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.((((((.........((((((((((.(((((....))))).)))))))))).......)))..))).)))))))))).)).)))).................((((((((....)))))))).))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((..........)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((................(((.......(((.....)))...).....)).((......((((((((.........))))))))))(.((((((((......((((...(...........)........))))...)).)))))).).....(.((((...((......))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).)))))))))).(((..(((((((...((((...))))).))))))).).....((..((((((((((((....)))).))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((...................(.......((....))...................).......................................((((.(((((......)))))..))))................((((((((.......((...((((...))))(((........))).....))......)))))..))).........(((((((((((...............)))))))))))(.((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((.(((..((((((((......(((((...)).....)))))))))))..)))...((....))...)).....)))..)(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))(((.((((((....(..(((.(.....(((....)))((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..)))))))((...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((.......))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))....).((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((..................................................(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((......)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(...)(((((((((((..((((.(((((((.((((...))))..(((((((((.(((...((((((......))))))....)..)))))..))))))((......(((......((....((((.................(((....)..(((.....))).........)).(.......(((((..(.........)..)))))..(.((((((((......((((...(((......))).........))))...)).)))))).)...).(.((((...((......))..)))))..))))...))....)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...))........((.((....))))..((((((...(((((...))))).))))))............((((((((((........)).))))).)))...)).((.................))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((.((......(.((...(((........................(...((.....))....)....................................................((.(((((((......)))))))..)).....(.........)...(((((.......((...((((...))))(((........))).....))......)))))(....)........((((((((((.................))))))))))(.((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....))))))).....))...(((((((((((.((((((((......(((............)))))))))))).)))...((....))..))))....))).((...))..((..((((....))))...))...........((((((((((((((((((((.((((((((...)))))...(((...))))))(((....)...))....))...(((((..((.(.....(((........))).))).....)))))..))))))))(..((((((((...(((..(((((.((((.....))))..)))))..)))))))....(((((.(((.((((..(((((..((((((......))))))...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))........)))).(((..((((..((.....))))))..)))..)..(..(((.(((((((.(...)((..................................................(((.((((....)))).)))....)).......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))....))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((((.(.)))))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).....)))))))))).((((((((....)))))))))))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((..........)))...))(((......(((...(...(((.....(((....(((((.......(........(((....)..(((.....))).........)).((......((((((((.........))))))))))(.((((((((......((((...(...........)........))))...)).)))))).).)...(.((((...((......))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))))..((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).)))))))))).(((..(((((((...((((...))))).))))))).).....((..((((((((((((....)))).))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((...................(.......((....))...................).......................................((((...(((......)))....))))................((((((((.......((...((((...))))(((........))).....))......)))))..))).........((((((((((.................))))))))))(.((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((.(((..((((((((......(((((...)).....)))))))))))..)))...((....))...)).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((..............((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))..(.(((((.(((.((((..(((((((((...((.......))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))))))..((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((..................................................(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((......)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(...)(((((((((((..((((.(((((((.((((...))))..(((((((((.(((...(((((........)))))....))..))))..))))))((((.......((((..((....((((...............(.(((....)..(((.....))).........)).).......(((((..(.........)..)))))..(.((((((((......((((...(((......))).........))))...)).)))))).).....(.((((...((......))..)))))..))))...))....((((((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))....((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...))........))))(....).....((((((...(((((...))))).))))))........))))((((((((((........)).))))).))).)))).((.................))..(...).((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((((.......((((...(((............................((.....)).........................................................((.(..((((......))))..)..)).....(.........)...(((((.......((...((((...))))(((........))).....))......)))))(....)........((((((((((..........).......)))))))))(.((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))))))))))...))((....(((((((.......((((.........))))....))))))).....((...(((((((((((.((((((((......(((............)))))))))))).)))...((....))..))))....)))(((...))).))...)).))....))...(((..........(((((((((((((((((.((.((((((((...)))))...(((...))))))(((....)...))....))(..(((((..((.(..((............))..))).....)))))..)))))))((..((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((.(((.((((..(((((..((((((......))))))...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).........))).))(..((((...(.....).))))..)..........(((.(((((((((...)((..................................................(((.((((....)))).)))....))......)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......)))))))))))).(....).....))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((((.(.)))))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).))).)))))))))).((((((((....)))))))))))))))).. |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((((((((((............((((((...)))).))........(((....(((((((....))))))).............((((...))))..(((((...........)))))........aaaaaaaa....)))...AAAAAAAA((((((((((((((.(((((((...(((.(((.....)))))).))).))))).)))))).......(((((((((((....)))))......))))))..(((((((((((((((....((((.((((......)))))))).................((((((((((.((....((((((((.......)))))))))))))))..)))))(((.((((((((((((((..((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((........((((bbb.bbb.....bbbbb))))...[[[........((((((((((((....)))).))))).)))..................BBBBB.....BBB.....BBB........))))).)))).((((((..((.(((((.((((.(((((((..........))))))).((((....))))...)))))))))))..))))))...]]]((((((..(((((.(((.....)))))))).......)))))))))))))).))))))((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).))..))))))))))).((((((((.....))))))))..)))))(((((((.....)))))))......)))))))))).((((((((((((((....))))))))))))))..))))))).((((......((((((((...((((((((((..........))))))))))((((((....((((((....))))))......))))))..((((((((((.....))))))))))))))))))..(((....)))............(((........................)))...((((...........)))).(((((((((........))))....))))).(((((.(((((((((....)))))......)))).)))))..((((..((((((.(((((.................<.<<<<<<(((((....)))))..))))))))))).......)))).....(((....))).)))).........)))).))))))))))..........>>>>>>>{{{{{{.(((((((((((((((.(((.((((((.(((((((.(((((((((...((((((((((....................(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..))))))).....(((((.....))))).((((((((((((((.(.(((....))).)))).))))))).)))).((.(((....))))).(((.((((((((((((((((....))))))))(((((((((((((....))))))))))))).(((((((((.((((....)))).))).)))))).....)))))))))))...))))))))))....)))..))))))))))))).))))))...((((.(((((((((.....))))))))).)))).......)))...))))).))))))))))(((((((.....((((((((((.((((((.........((((((((((.(((((....))))).)))))))))).......)))..))).))))))))))....))))...)).)......)))(((((((((....)))))))))}}}}}}... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).....................((((...((((((................................((((((((.((((((...........................................(((....)))(((.....)))))))))((((..........(((((..((.......))..)))))((................................................((.((................((((..(((......))).))))...............((((.(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).((((..((((((........)))((((.(.((....)).(((.((.(((((....((((((...(((((...))))).))))))(((.............((((((((....)))).)))).........................((((...............))))....)))..))))).)).)))).))))..)))..))))....))))))..........))))))))...........................................................................................................................................................................((((((......................))))))....)))))).............(((..............(((.....................((((.((..((((((..........(((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).))))).....((....))............))))))..)).)))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...((((((((((..(((((((..........................)))))))..)))...((....))..))))....)))...(((.((.((((...(((((..((..........))..))).))(((((((.((((.....))))(((.((((((.................(((....)))....(((((((((((....((((((...(((..((....))..))).)))))).........((.((((((((((((.....(..((((((((((.....)))).))))))..)..))))..(.(((((((((.((((...((((.......................))))...)))))))..(.(((((.......))))).)....))))))).......))))....))))))....)))).))))))))).)))).))).(((.(((((((.(.....)..................................................(((.((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((((((..(((..((....(...((((......((((((....))))))......))))...)....))..)))..)))))))...)).))))..)))).........((((.(((((....))))).))))........ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((..((((((((((((((....(((((..((((.((((.(((.((.(((..((((((.(((((((....)))))))......((((((...((((((.....(((((.((.....)).)))))........((((((((..((....))))))))))....))))))..............(((((..(((.....)))..)))))))))))..))))))....(((((((((((....)))))......))))))....))))))))))))..)))).))))).......))))))))..))))))..))......((((((((((.....(.((((((((.......)))))))).))))))..)))))...(((((((((((((((....((((((.((..(((((((..(((((((.............((((.(((((..((......(((((((((.....(((((..(((.........((..((((((((((((....)))).)))).))))..)).........)))..))))).....))))....)))).).))..))))).)))).(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).))))).............)))))))..))))))).)).)))))).(((((((((((((.(((.....))))))))..))...))))))))))))).))))))))(((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).))..)))))))......((((((........(((((.(((((..(((((((.....)))))))....(((((.((((...((((((((((((((....))))))))))))))...(((((..((((.....................((((((..((...(((((((((..((.((((....((((((((..((((......))))....(((....)))....))))))))..)))).(..(((...(((....)))....)))..).))..)))))))))...((((.(((..........((((.((.....)).)))).(((((((((........))))....))))).(((((.(((((((((....)))))......)))).))))).))).))))((((((.((((..................(....).(((((....)))))..))))))))))......)).))))))..(((....))).))))..))))))))).))))).........))))).))))).....((((..(((((((((((((((.(((.((((((.(((((((.((((((....(.((((((((((.((.((((....(((((((.(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..)))))))....((..((((...(((..((((.((((((((((...(((....)))..)).)))))))).)))).)))...))))..))........))))))).....(((((((....(..(((((((((((((....)))))))))))))..)(((((((.((((....)))).))).))))..)))))))....)))).)).))))))))))...).....))))))))))))).))))))...((((.(((((((((.....))))))))).)))).......)))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.((((((...(((...((((((((((.(((((....))))).)))))))))).)))...)))..))).)))))))))).)).))))..))))....))))))(((((((((....)))))))))......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((.................................................................................................................................................................................................................................................................((.(.(((((((((.((((((((((.((((..(....((((........))))...)...))))...))))..............))))))...)))............))...((..(.((((((...(((((..........(((......(((((............)))))(...(((((.(.......((((..(((((....))))).....))))...).))))).)...((.((((.((((.....)))))))).....((((...((((((.((((...(((.....(((((((.......))))))).))).....))))...))))))....)))).)).((((....((((((........)))).))......)))).))).....)....(((..(((((...))))).)).)..((....))........))))..(((....(((((...()))))).)))...........)))))))...))(((..((.(...(((..........(.((..(.....((.(...(((((...((.....((......))......)).......)))))..))).)(((((.....)))))......................))....).....))).).......................)).)))..((((...((...(((((((..(((......))).....))))))).)).))))..(.((((.(....(((((((((((((((((.((((((......)))).))...)))))))))))))....(((....)))..)))).)...).))).).(((((((((....((((.((.(((((....)))))....))((.(((((((........((((((.(((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((((........))))(((.((((((...((((....(((((.((((...((((...((...((.(......)))...))..))))..)))))))))....))))..).))))).......)))))))....)))))).)))))))...).)...))))..)))))))))....((((((((((((.((((((((.(.....)...............))))).(.(((((.((((..(((...(((((..........)))))....)).)...))))..)(.((((((((.....))))))))...)).).))...)....((((((((..((((...........))))....)))))))).(((.((((((((....(((....((((((((....))))))))....))).....)))))))))))..((((((((((((..........))))))......(((....))).((.(((((((((.....)))))))))....)))))))))))...))))).).))))))...((((((....((((((..(((..((((.....((((...((.(....)...).)))))........))))..)))..)).))))...)))))).))).)).))..))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((..((((.((((..............((((...((((((((((............(((((((....)))))))........................................................(((((((..((....)))))))))..............(((..((((.(((((.......................................(((((((((((....)))))......)))))).............................................................((((((((((.......((((((((.......))))))))..)))))..)))))...........(((...(.........................................(((((((((.(((.((((......((((((((.....(((((..(((.........((..((((((((((((....)))).))))).)))..)).........)))..))))).....))))....))))........................................(((((((..........)))))))............................................................)))))))...))))))))).....)...))).........(((((((((((((((((((((((....)))))))))))))).))..))))))).................................(((((((.....))))))).................((((((((((((((....)))))))))))))).......))))).))))..)))..........................(((((((((..((....(((((((((((((..((((......))))....(((....)))....))))))))...)))))..(((...(((....)))....)))....))..)))))))))......................((((..(((....).))...))))....................................(((((....))))).........................(((....)))..........................(((((....))))).........))))))))))..........(((....))).........)))).))))..))))..)).........................(((((((((((((((.(((.((((((.(((((((.((((((......((((((((((.((.((((....(((((((.(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..)))))))........((((...(((..((((.(((((((.((...(((....)))..))..))))))).)))).)))...))))............))))))).....((((((.....(..(((((((((((((....)))))))))))))..)(((((((.((((....)))).))).))))...))))))....)))).)).)))))))))).........))))))))))))).)))))).(.((((.(((((((((.....))))))))).)))).).....)))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.((((((.........((((((((((.(((((....))))).)))))))))).......))))..)).)))))))))).)).))))................(((((((((....)))))))))......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((..(((((((((...(((....(((((......((((((((((..((.((((((((((((((....)))))))......((((((...((((((.....(((((...........)))))........((((((((..((....))))))))))....))))))..............(((((..(((.....)))..))))))))))).)))))))....(((((((((((....)))))......))))))..((((.(((..((((.((((...((.(((((((((.(((....)))..............((((((((((.((....((((((((.......)))))))))))))))..))))).......)))))))))))..)))).))))..))).))))....((((.(((((((....(((((((((((((.(((((.....((((((((.....(((((..(((.........((..((((((((((((....)))).)))).))))..)).........)))..))))).....))))....)))).((((..(((.((((.((((((((..((.(((((.((((.(((((((..........))))))).))))....(((.....))))))))))..))))))...)).)))).)))......))))))))))))..)))))))))).(((((..(((((((((..(((((((((((((((..((((((((....))))))))..)))).))..))))))).((((((((..(.........(((((((((.....(((((.....))))))))))).)))..((.((((((((((((((((((....)))))))))))))).))))))....)..))))))))......))..))))...)))))....(((((((((..((....(((((((((((((..((((......))))....(((....)))....))))))))...)))))..(((...(((....)))....)))....))..)))))))))..((((..((((.........((((.((.....)).)))).(((((((((........))))....))))).(((((.(((((((((....)))))......)))).)))))..((((..((((....))))...))))..))))....))))....)))))....))))))))))).))))))))))))..........(((....)))..)))))...))).))))).))))..)).....((((....))))..((((..(((((((((((((((.(((.((((((.((((((((..(((((.....((((((((((.((.((((....(((((((.(((.((((..(((((((((((((....)))))))...))))))..)))))))....((..((((...(((..((((..(((((((((...(((....)))..)).)))))))..)))).)))...))))..))........))))))).....(((((((....(..(((((((..((((....))))..)))))))..)((((((..((((....))))..)).))))..)))))))....)))).)).)))))))))).....)))))....)))))))).))))))...((((.(((((((((.....))))))))).)))).......)))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((...((((....((...(((((..(((.(((((....))))).)))..)))))..))...)))).....)))))))))).)).))))..))))......))))(((((((((....)))))))))......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
|
|
UACCUGGUUGAUUCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUAAACGAAUUCAUACUGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUAGUUUAUUUGAUGGUAUCUUGCUACAUGGAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCUGAAAAGCCCCGACUUCUGGAAGGGGUGUAUUUAUUAGAUAAAAAACCAAUGGGUUUCGGCCCUCUAUGGUGAAUCAUAAUAACUUCUCGAAUCGCAUGGCCUUGUGCCGGCGAUGCUUCAUUCAAAUAUCUGCCCUAUCAACUUUCGAUGGUAGGAUAGAGGCCUACCAUGGUAUCAACGGGUAACGGGGAAUUAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCCGACACGGGGAGGUAGUGACAAUAAAUAACAAUACAGGGCUCUUUUGGGCCUUGUAAUUGGAAUGAGUACAAUUUAAAUCCCUUAACGAGGAACAACUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAGUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUCGAACUUCAGGUCUGGCGAGGCGGUCCUCCUCACGGAGUGCACUGUCUUGCUGGACCUUACCUCCUGGUGGUCCUGUAUGCUCUUUACUGGGUGUGCAGGGGAACCAGGAAUUUUACCUUGAAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCAAUCGCCCGAAUACAUUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGACGUGCGGUUCUAUUUUGUUGGUUUCUAGGAUCGCCGUAAUGAUUAAUAGGGACGGUCGGGGGCAUUGGUAUUCCGUUGCUAGAGGUGAAAUUCUUAGAUUGACGGAAGACCAACAACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGACGUUUUCAUUGAUCAAGAACGAAGGUUAGGGGAUCAAAAACGAUUAGAUACCGUUGUAGUCUUAACAGUAAACGAUGCCGACUAGGGAUCGGCCCACGUCAAUCUCUGACUGGGUCGGCACCUUACGAGAAAUCAAAGUCUUUGGGUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGUGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUCACCAGGUCCAGACAUAGUGAGGAUUGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACCUUAACCUGCUAAAUAGUCAGGCCGGCUUUGGCUGGUCGUUUGACUUCUUAGAGGGACUGUCGGCGUCUAGUCGACGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCCGCACGCGCGCUACACUGACUGAGCCAGCGAGUCUUACCGCCUUGGCCGAGAGGCCUGGGUAAUCUUGUGAAACUCAGUCGUGCUGGGGAUAGAGCAUUGCAAUUAUUGCUCUUCAACGAGGAAUACCUAGUAAGCGUGAGUCACCAGCUCGCGUUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGAAUGGCUUAGUGAGAUCUCCGGAUUGGCGUUGGGGAGCCGGCAACGGCACCCCUUGGCUGAGAAGCUGAUCAAACUUGGUCAUUUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAGUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...{{{.))))).(((.(((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....((...........))...)))))......(((......((((..((..((....(((.............((((....(((((((.....))))))).....)))).......(((((..((...))..)))))....((((((........((((..((((....))))....))))......)))))).........((((.((((.....))))))))....)))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((((((....)))))))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....<<<<.....<<.)))>>.......>>>>)))))).))))))))))..........(((((...[.((((...(((.......(((((((((((((((((.((((....))))...)))))))))))))))))....((((((....(((((((((((......)))))))))))....))))))............................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[.(((..((((((((.((.........))))))))))..)))...[[..))]]...]]]....]]]]))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..((((((((((((....)))))))...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((........((..((((....))))..))....)))......)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((((((..((((.((((....(((((((.....)).)))))...((((((...........((..(((((...)))))....))..((((((.....(((((.((.....)).)))))......((((((((.(.....))))))))).....))))))..))))))...........)))).)))).((((((.....((((((((.....((((..((((....))))....))))..))).))))))))))).))))).....(((((((..((((..((((((..........((.(((..........(.((((((((.......)))))))).)......((((.....(((.....(((......))).........(((((......(.((.((........)).)).)..)))))..........)))...))))....))).))..((((((.........(((((((((((((....))))))))).))))...((.(((((.........((((...))))........(((((((.(.(((....))))..((.((......(((((....(((((((........((.((((.(((((((((((........(((((((.((((..(((((((((((((((....)))).).))))))))))..)))).....(((((((..((((((((((((......))))))))))))..)))))))....................))).))))...((((((....((((.............(((((((((((((((((((.....))))))))))))))..)))))..(((.((....((((((((..(((((..(...(((((((((.(((((((.((((((......))).)))...))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))..))))))))..(((....))).)).)))................((((((((.((((..(((.(..(((....((((.((..((((((((.((((.....))))))))))))..))....((....))..)))).)))..).)))..)))).)))((((....))))................)))))..)))).((((.....)))).)))))).))))..)))))))))))))..............(((((((((((..((.((((((((((((.(((.(((((..((.....(((.(..((((.(....).))))..).)))..)).))))).))).)))).))))))))))....(((((..........(((.((((..((((((((((((....)))))))...)))))..)))))))..((((((((.....))))))))..))))).((((...(((....)))..)))).....))).))))))))......)))))))...(((((((...(((((.......((((.((((....)))).))))...)))))....)))))))..))))).((.((((((..........))))))))..)).))...((.((((.(((((((((.....))))))))).)))).))...)))))))))))).))......))))))........((((((((((.(((..((((......(((((...((((.((((....)))).))))...)))))......))))..))).))))))))))..))))))...))))..)))))))(((((((((....))))))))).)))))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................................................................................(((((...........)))))...................................................................(((((((.....))))....)))...............................((((((((.......)))))))).............................................((((........))))........................................(((((...))))).....................................................................................(((((((...................................)))))))....................................................................................................................................................................................................................................(((((((((.............)))))))))..............................(((((.((((((((.....................)))))))).))))).................................................(((((((............................)))))))................(((((.((((((((.((((.....))))))))))))..)))))..........................................................................................................................................................................................................................................................((((((...............(((((((....)))))))...................((((((((.....))))))))....)))))).....................................................((((((((...............(((((((((....)))))))))............))))))))..........((((((..........))))))....................(((((((((.....)))))))))...............................................................................................................................................................((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))................................................................................................................................................((((((.((((......(((((..(.....)..))))))))).))))))......................................................((((..(((.....))).)))).........................(((((....((((((((.......)))))))))))))..............((((....))))....(((((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((........((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((....)))))))))).)))...............................................))))).))))...............................................................................................................................................((((((......))))))...............................................................................(((((((((((((.....))))))))))))).....................(((((.....(((...........((((((((((((((....((........)).....)))))))))))))).....((....))(((.......)))))).....)))))..........(((((.........((((.........))))......))))).................(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).........................................................................................................................................................................................................(((((.(((.((((..((((((..(((........)))...))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))...................................................(..((((((((....(((........((((((((....))))))))....))).....)))))))).)...(((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......)))))....................(...((((((((...(((((((((((((((((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..))))))))....)............(.(((((....))))).)........... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((......(((((.(......).))))).......)))..))))))..................................(((((((........)))))))(((((((........((((((.....(((((...........)))))..................((((..((((....))))....)))).....................((((..(((.....))).))))...................((.............((((((((.......))))))))..........))...............((....((((((((.(((((((........))))))).).)))..)))).................(((((...(((((...))))).))))).............(((((((((((((....)))))))))).)))...................................(((((((...................................)))))))................................(((....)))))...((((((((((((((((((((((....)))).).)))))))))))))))))....(((((((((((((((((((((......)))))))))))))))))))))......................................................))))))...((((((((((((((.....))))))))))))))....)))))))........(((((((((((((((.((...(((((((((((((((((((((.(((......))))))..))))))))))))))....(((....)))..))))..)).)))))))))))))))......................................................................(..((((((((.((((.....))))))))))))..)......((((((((((...))))))))))...............................................(((.((((.....)))).))).......................................................................................((((((((((((((..............................................................((((((((((((((((((((((....)))))))...))))))))))))))).((((((((.....)))))))).......................(((..((((...........))))..)))........((.((((((((...(((((..(((((...((((((....))))))))))).)))))....))))))))))........((((((..........))))))......(((....)))....(((((((((.....)))))))))..................))))).)))))))))....(((((((..(((((((((((((((((((((.(..((((((((((((((((((....))))))))))))))))))..).))))))))))))))))))))).)))))))...............((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))....................(((.(...(((((..(((((..(.((((((........((((......((.........))......))))....)))))).)....(((......)))..)))))..)))))..).))).((((.....(((((.((...(((((...........)))))...))(((((........((((..(((......)))....))))......)))))............)))))(((.......)))..(((.((((((......(((((...........(.((((((((.......)))))))).).............((((((((....))))...))))((..((.((((........)))).))...)).......)))))...........((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((....)))))))))).))))))))))))...........(..((((........(((((((.......((((.....((....)).......))))))))))).............))))..)..........)))).............(((((((((((((((((.((((....))))...)))))))))))))))))....(((((((..((((((((((((......))))))))))))..)))))))......((((..........((((((.....((((......((((.....(((....)))...............(((.(((((((((.............))))))))))))......................)))).((((..(((((((.((((.(.......).))))...)))))))..))))...))))....)))))).((((((((((((...........))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..................((....((((((.((((.....))))))))))....))...............)))))))).....))))((.....((((....))))....)).........(((((.(((((((..((.....(((.(((.((((((.................(((....)))....((((((((........((((((((((((.(((.(((((.........(((.(((((((........))))))).))).....))))).))).))))).)))).)))...........(((((....(((.((((..((((((((((((....))))))...))))))..)))).))).((((((((.....))))))))..................))))).................)))))))))).)))).))).)))((((((((...(((((.......((((.((((....)))).))))...)))))....))))))))(((((((....(((((..........)))))..............)))))))((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....(..((.(..((((.((....((((((((.(((..((((..(...(((((...((((.((((....)))).))))...)))))...)..))))..))).))))))))...)).))))...).))...)....((((((((((....))))))))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))...............(((((((((..(((((((((.(((..(((((.((....)).)))))..))..))))..))))))..(((((..............)))))(((((((((((((((........))))))))..............(((((((....(((((...(((()))))))))....(((((((((.....((((..((((....))))....))))..))).))))))...........((((.(((.......))).))))...............((((..........(.((((((((.......)))))))).).......))))............((((((((((((((((.((.((((........)))).)).).)))..))))....((....))....((((((...(((((...).))))))))))............(((((((((((((....)))))))))).)))...................((........)).((((((((((.......((((.(((.((....)))))....))))))))))).((..........)))))....((......))......)))))))).((((((((((((((((((((((....)))).).)))))))))))))))))....(((((((..((((((((((((......))))))))))))..)))))))......................((((((......(((....))).))))))..)))))))....(((((((((((((.....)))))))))))))(((((((..((((..(((..((((((((.((((((.((...(((.(((((.((((((((((..(((.......)))))..)))))))).))))).((.(((....))).)))))..)).)))))).))))))))...)))..)))).)))))))...........))))))).....(((..................)))((((..((((((((.((((.....))))))))))))..))).)............)))))))))...............((((....)))).....................(((((((((....))))(((.((.((((((((................((....))....(((((............((((((((((((.(((.(((((..((.....(((.(((((((.((())).))))))).)))..)).))))).))).))))).))))))).............)))))...(((.((((..((((((((((((....)))))))...)))))..)))).))).((((((((.....))))))))..((((((((((...((((()))))..)))).)))))).....)))))))).))...)))(((.(((((((...(((((..((((...((.((((....)))).)))))).)))))....))))))))))..((((((((((((.((....)).))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......)))))).))))).............((.(..((((.((..((((((((((.(((..((((..(...(((((...((((.((((....)))).))))...)))))...)..))))..))).)))))))))).)).))))...).))........((((((((((....))))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................((((((........((((..........))))................((((...................................((((..((....))))))........))))................(((((..(.....)..)))))...................((....................))......................((((.(((.......)))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((....)))))))))..)))....................................((((((.......((((....................))))))))))................................................(((((.(((((((((((((((......))).).))))))))))).)))))...............((((((((((......))))))))))..................................................................))))))..............((((((.(((...................)))))))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(.(.......).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))................((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............((((((....((((..((((..((((((....)))))).....))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....)........(((.((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...(((((((.((((.((((....)))).)))).)))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.......)))...............(((.....)))....((((((........((..............))......(((((...((((.....................................((((..((....))))))............((....((((......(((((..(.....)..)))))))))....))........((((..................)))).....................((((..(((......)))))))...........................((.....((((((((.......)))))))).))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))............(((.(((((((((....)))))))))..)))...............................................))))).))))........................................))))..))))).......................(((((((((((((((((((((......))).).)))))))))))))))))..............((.((((((((......)))))))).))................................(((((((.....(((....))))))))))....))))))..............(((...((((...................))))..)))...........((((((...((((((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(...........)))))))))..)))...((....))..........))..........((..(((((....)))))...))...........((((....(((((((((......((((.....)))).....................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))).................................................(((((((((.((((..(((((((((((((..))))))))...)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).................)))))))...)))))).................(((.(((((((......((........(((.((((....)))).)))....)).......))))))))))..((((((((((((..........))))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))...................((.(.(((((.((....(((((((..(((..((((..(...(((((((.(.((.((((....)))).)).))).)))))...)..))))..)))..)))))))...)).)))))..).)).........(((.(((((....))))).)))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.[[[...))))).(((.....))).]]]..........(((((((((......(((((..........))))).......)))..))))))......(((((...........))))).((((.((((((((........))))))))......[[[..))))..]]].....(((((...........)))))....(((((((((.....((((..((((.[[[))))....))))..))).)))))).....]]](((((.((((.[[[.)))))))))........]]].....(((((......[[[[[.((((((((.......)))))))).........)))))....((((((.......))))))(((.....((((........))))......)))..]]]]](((((((((((.............((((..[[[.))))....]]]....(((((..(((((((((((((....))))))))).))))...[[[[....))))).....]]]]....((((..[[[[[[[(((....(((....)))..))).......))))..]]]]]]].)))).........))))))).......(((.(((....))).))).(((((((((((((((((.((((....))))...)))))))))))))))))....(((((((..((((((((((((......))))))))))))..))))))).......(((............[[[[[[.)))..(((....))).]]]]]]....(((((...[[[[[[[[[[[[[)))))..]]]]]]]]]]]]]((((....((((.......((((((((..(((((......(((((((((.(((((((.(((.............)))...))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))..))))))))..(((....)))....))))..))))..........((((.[[[[[.........)))).....]]]]]....((((((((.((((.....))))))))))))..((((...((((.(((((...))))).)))).))))((((..((((.[[[))))...)))).......]]].(((....(((((....))))).[[[[)))..]]]].....((((...[[[(((....)))....))))........]]]...........((((((.......(((((.....(((((((((((((((.((((((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).)))))))))((((((...(((.((((..((((((((((((....)))))))...)))))..)))).))).((((((((.....))))))))..(((.........)))))))))(((..((((..(((...)))))))..)))........(((.(((((((...(((((.......((((.((((....)))).))))...)))))....))))))))))..((((((((((((..........))))))......(((....))).((((((((((((.....))))))))...)))))))))))))...))))).))))))))))...((((.....((((((((((.(((..((((......(((((...((((.((((....)))).))))...)))))......))))..))).))))))))))....))))..........))))).(((((((((....)))))))))..)))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((.((((.((((...............((((((((((.(((((((((..((..(((((..........)))))..))...)))..)))))).......((((.((.....)).)))).(((((((((((....((((...((((((.((((((((((((((.((((((((...(((((..((...))..)))))....(((((((((.....((((..((((....))))....))))..))).))))))....(((((((......((((((.(((..((((((...........((((.(((((((........))))))).))))..........))))))..)))...))))))......))))))).((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((...........(((((....(((((..(((.........((..(((((((((((((....))))))))).))))..)).........)))..)))))...)).)))...........))..))))).)))).(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).))))).......(((.(((....))).))).(((((((((((((((((.((((....))))...)))))))))))))))))....(((((((..((((((((((((......))))))))))))..))))))).(((((...)))))........((((((......(((....))).)))))).)))))))).......((((((((((.....))))))))))))))).))))))))).)))))).((((((((.((((((.((...((((.((((.(((((((.((((((......))).)))...))))))).)))).....(((....)))..))))...)))))))).))))))))...((((.(((.....((((......))))....))).)))).))))....)))))..))))))...(((((.((((((((.((((.....))))))))))))..))))).((....))..))))))))))..)))).))))....((((....))))...........(((((((.((((((((.((..(((((.....))))).)).((((((((.........((((....)).)).(((((..((...))..)))))..))))))))..))))))))))))))).(((((((((((((((.((((((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))).........(((.((((..((((((((((((....)))))))...)))))..)))).))).((((((((.....))))))))..((((((((((...(((....)))..)).))))))))......(((.((....))))).(((.(((((((...(((((..(((((.....((((....))))..))))).)))))....))))))))))..((((((.(((((..........)))))....((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.(((..((((......(((((...((((.((((....)))).))))...)))))......))))..))).)))))))))).)).)))).......)))).)))).((((((((....)))))))).......... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((......(((((..........))))).......)))..))))))(((((((..............)))))))......................................................(((((...........)))))..................((((..((((....))))....)))).......................((((.(((<<<....))).))))...............................((((((((.......)))))))).................................(((((((...((((((........)))).))...)))..)))).(((.(((bbbbbb...(((((....((((...))))..))))).............(((((((((((((....)))))))))).)))....................................bbbbbb.......))).))).....................BBBBBB................................................(((((((((((((((((.((((....))))...)))))))))))))))))....(((((((..((((((((((((......))))))))))))..)))))))................................................................(((((((((((((..[[[))))))))))))).............................................(((((.((((((((((((((......))).)))..)))))))).)))))....(((....)))...................((((((...(((....)))....)))))).......((((.......................((..((((((((((((..(((((((.((({{{....))))))))))...........................................(((((....)))))............}}}.........(((((((((..................................(((....)))..........................................................)))))))))........))))))))))))..))...............................aaaa.....((.((((..((((((((((((....)))))))...)))))..)))).))..aaaaaaaa.))))AAAAAAAA..................AAAA.........................]]]..BBBBBB......(((((((...(((((..(((((.....((((....))))..))))).)))))....)))))))...........((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).....................................((((.((...(((((((((.(((..((((......(((((...((((.((((....)))).))))...)))))......))))..))).)))))))))..)).))))..........>>>...(((((((((....)))))))))......... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.(((((((((((...........((((((((...)))).))))..((((((((...((((((......))))))...)............((((.................................(((((..(((....))))))))......))))....))))))).....(((((..((...))..))))).....(((((((......(((((.((((....))))...)))))...)).))))).........((((((.(((.....))))))))).................((((..((((((....(((((((((.....))))))))))))..))).)))).....(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((....)))))))))).)))..)).......................................))..))))).)))..))).)))))))......((((.(((((((..........))))))).))))......................((((((((((((((((((((((....)))).).)))))))))))))))))..(.(.((((((.((((((((((((......)))))))))))).))))))))........((((.....))))..((((((.....(((....)))))))))..........((.((((((((((((((.....)))))))))))))).))................((((((((.((((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))).))))))))...((....)).....(((((....)))))...................................((((((..(((((((.(((((.....))))))))))))..)))...((....))..)))......................((((....)))).........................((.((((.....)))).))........................(((....)))..............................((..((((....))))..))....((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.((((((.((.((((..(((((((((((......)))))...))))))..))))))...((((((((.....))))))))....))))))).............((..((((..((.....))))))..)).........(((.((((((((..((((((...((...(((((((....))))))))).).)))))...)))))))))))..((((((.(((((..........)))))....((((((....))))))..((((((((.....)))))))).......)))))))))...))))).)))))))))....((((.((..((((((((((.(((..((((..(...(((((.((((((..(.(....))))))...)).)))))..)...))))..))).)))))))))).)).)))).............)))..(((((((....))))))).)))))))).) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(..((....(((.((((...............((((((((((.(((((((((..((..(((((..........)))))..))...)))..)))))).......((((.((.....)).)))).(((((((((((....((((.....((((.((((((((((((...((((((((...(((((..((...))..))))).........((.......(((...((((....)))).....)))....).)................((((.(((.......))).))))...............(.(((((((........))))))).).....((......))..((..((.....))..))....(((((((((((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..(...((((((...((((......))))))))))............(((((((((((((....)))))))))).)))...................(((((....((......)).))))))..))))).)))).(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).))))).((......)).....))))))))).(((((((((((((((((.((((....))))...)))))))))))))))))....(((((((..((((((((((((......))))))))))))..)))))))......................((((((......(((....))).)))))).)))))))).....((((((((((((.....)))))))))))))))).)))))))).))))...((((((((.(((((.(((...((((.((((.(((((((.((((((......))).)))...))))))).)))).....(((....)))..))))...)))))))).))))))))...((((.(((.....((((......))))....))).)))).))))....)))))..))))))....(((..((((((((.((((.....))))))))))))..)))...((....))..))))))))))..)))).))).....((((....))))..........((((((((.((((((((.((.........)).(((...)))((((((((.........((((....)).))..((((..((...))..))))...))))))))..))))))))))))))))(((((((((((((((.((((((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))).........(((.((((..((((((((((((....)))))))...)))))..)))).))).((((((((.....))))))))...............(((....)))...((((...........)))).((....))....(((.(((((((...(((((..(((((.....((((....))))..))))).)))))....))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.(((..((((......(((((...((((.((((....)))).))))...)))))......))))..))).)))))))))).)).)))).........))..)..(((((((((....)))))))))......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.........)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((.............(((.......(((.....)))...).....)).((......((((((((.....))))))))))(.((((((((......((((..................))))...)).)))))).).....(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((..........((...(.(((...(.(.(.....)...(....).).)).)))))..((....))........((((.(((((......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((....)))....))......)))))..))).........(((((.(((((.................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.((((....).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))(((.((((((....(..(((.(......((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...(.......)))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))....).((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((........(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....((...........))...))(((....(((((.......(((.....((((...((((.........(..(.(((....)).(((.....)))..........).).......((((((.((...)).))))))(.(((((((((.......((((..................))))....).))))))))...).(.((((...((.....))..)))))).))))...))))..))).(((...((((....((((((((.......)))))))))))).....)))...((((((((....))))...)))))))..((((((........)))).))....)).......)))))))))......((((((...(((((...))))).))))))............((((((((((((......))))))))).)))......((.................))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((.(((.....(.((...(((...........(...(...)......((........))....(........))..(((......)..))....(((((((((......)))).))))).................(((((.......((...((((...))))(((....)))....))......)))))..............(((((.(((((..........).......)))))))))(((((.......(((((......(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((.......)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))(((.((((((.........(((.....)))........(((((.(((..(((((....((......(..........)..))......)))))..))).((.((((((((((((...(((..(((((.((((.....))))..)))))..))))))))...(((((.(((.((((..(((((.(.((..(......))))...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).........)))....))))))........))))))))))).....))).(((.(((((((.....(((........((((((((....))))))))....)))......))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))))).....)).))))...(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).....))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.........)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((.............(((....)..(((.....))).........)).((......((((((((.....))))))))))(.((((((((......((((..................))))...)).)))))).).....(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........(((...(.(((...(.(.(.....)...(....).).)).)))))).(......)........((((.(((((......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((....)))....))......)))))..))).........(((((.(((((.................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.((((....).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((..............((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))....(((((.(((.((((..(((((((((...(.......)))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))........))))))))..((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((........(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((((((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....((...........))...))(((....(((((.......(((.....((((...((((.........(..(.(((....)).(((.....)))..........).)(......((((((.((...)).))))))).(((((((((.......((((..................))))....).)))))))).....(.((((...((.....))..)))))).))))...))))..))).(((...((((....((((((((.......)))))))))))).....)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).))....)).......)))))))))......((((((...(((((...))))).))))))..(.........((((((((((((......))))))))).)))....).((.................))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((.(((.....(.((...(((...(...........(...)......)...............(........).....................(((((((((......)))).)))))...............(.(((((.......((...((((...))))(((....)))....))......)))))...)..........(((((.(((((..........).......)))))))))(((((.......(((((......(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((.......)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))(((.((((((.........(((.....)))........(((((.(((..(((((............(((..(((......)))..))))))))..))).((.((((((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((.(((.((((..(((((.(.((..........)))...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).........)))....))))))........))))))))))).....))).(((.(((((((.....(((........((((((((....))))))))....)))......))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))))))))))))))))...)).))))...(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).....)))))))))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((..((...(((.(((((((.((((...))))...(((.(((........(.....((...........))....).((......(((.......(((.......(....(((..........(..(.((.........((.....))..........)).)........((((..((...))..)))).(.((((((((........(((....................)))......))))))))...).(.((((...((.....))..))))))..)))...).....))).(((....((.....((((((((.......)))))))).))......)))...(((((((......)))...)))))))..((((((........)))).)).............)).))))))........((((....((((...))))..))))..............((((((((((((......))))))))).)))......((.................)).........((((((.......((((((((.((....))))))...)))))))))).))))))))))....(((((((.........))((....((...........(...(...)......(..........)....(........))..(((......)..))....(((((.(((......)))..))))).......(....)....(((((.......((...((((...))))(((....)))....))......)))))..............(((((.((((...................)))))))))(((((........((((......((((.((((.((((((((..(((........))).....)))))))).)))).....(((....)))..)))).....)))).)))))))....))......((((((........((((.........)))).....))))))...........((..(.(((...(((((((..((.......)).)))))))...)))...((....))...)......))...............................(...........((((((((((((((((.....))))(((.((((((.......(...)................(((((.(((..(((((..................................)))))..))).((.(((....(((((...(((...(((..((....))........)))...)))))))).(((((((.(((.((((..(((((.(.((..(......))))...)))))..)))))))....((((((.....)))))).......)))))..........)).....)))))........))))))))))).....))).(((.(((((((......((........((((((((....))))))))....)).......))))))))))...((((.((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......)))))))).......))))))))))).(....).....)))))..((((.((.....((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))....)).))))...)....))))))).(((((((((....)))))))))))))))... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((.((((.((((.(((.....)))...((((((((((.(((((((((.(....(((((..........)))))......))))..))))))......(((((...........)))))(((((((((((....((((...((((((.((((((((((((...((((((((...(((((...........)))))....(((((((((.....((((..((((....))))....))))..))).))))))......((((.((((.(((.......))).))))...)))).....((((.(((((((........))))))).))))...................................(((((((((((((((...((((((.(.....))))).))...)))..))).((((.(((((......((((((...(((((...).))))))))))............(((((((((((((....)))))))))).)))....((((...))))....(((((..(.((......))))))))...))))).)))).(((((.....((((....(((.....)))....)))).....)))))((((....))))....))))))))).(((((((((((((((((.((((....))))...)))))))))))))))))....(((((((..((((((((((((......))))))))))))..))))))).(((((...)))))........((((((......(((....))).)))))).)))))))).....((((((((((((.....)))))))))))))))).)))))))).)))))).((((((((.(((((.(((...(((((((((.((((((((((((((.(...)))).)))..)))))))).)))))....(((....)))..))))...)))))))).))))))))...((((.(((.....((((......))))....))).)))).))))....)))))..))))))...((((..((((((((.((((.....))))))))))))..))).)...........))))))))))..)))).))))...(((((....))))).........((((((((.((((((((.((((.....)))).(((...)))((((((((.........((((....)).)).(((((...........)))))..))))))))..))))))))))))))))(((((((((((((((.((((((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))).((((....(((.((((..((((((((((((....)))))))...)))))..)))).))).((((((((.....)))))))).[[[[[[[.......[[[))))]]]...((((]]]]]].]...))))(((....)))...(((.(((((((.(.(((((..(((((.....((((....))))..))))).))))))...))))))))))..((((((((((((..........))))))......(((....)))....(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).))))))))))(((((((.....((((((((((.(((..((((......(((((...((((.((((....)))).))))...)))))......))))..))).))))))))))....))))...)).))))).))))(((((((((....)))))))))......... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...........))).....................((((...((((((..................................(((....(((((........................................(((....)))(((.....))))))))..(((..((......(((((...........)))))....((((((........((((..................))))......))))))...........))...............((((..........................(((....((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))......((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((....)))))))))....................................................))))).)))).(((((...((.....)).(((.....))).............))))).........)))))).))))..................................................................................................................................)))......)))(((....)))...........)))))).............(((...............(((....................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))...........))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((................)))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((...(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....(((....)))((((........(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))..))))((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((.((((...(((.......................)))...))))))).........................((.....)).......))))))..))))))...)).))).))))))))).))...)))).))(((((((.(.....)........((..((((....))))..)).............))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((.(((..(((..((.(..(...(((((((.....((((......)))).....)))))))...)..).))..)))..))).)))...)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((..................((((...........((((((................................(((((((.((((((........................................(((....)))(((.....)))))))))......((......(((((...........)))))...................((.......................((.((................((((...((.....))..))))...............((((.(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).(((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))................(((((((((....)))))))))................................................))..))))).)))).(((((.((((.....)).(((.....)))..........)).))))).........)))))))))....................................................................................................................................((((((......(((....))).))))))....))))))............))))..................................((.((((((..........((.(.((((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).......((((((((((.....))))))))))...((((((((((....)).(((((.((((.((((.........))))...((((..(((............(((((((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..))))...(..((((.((..((((..((((....))))...........(((((((.....((((.((((.....)))).)))).....))))))).))))..).).))))..)......)))..))))..................))))...)))))))))))))........((((((((..((((((((...(((..((((..((((.....))))...))))..)))))))..(.(((((((((.((((..(((((.....................)))))..)))))))..(.(((((.......))))).)....))))))).......))))......((((...........)))).))))((......(((.(((((((................(((.((((....)))).))).............))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))..........)))))))).).))((((.((....(((((((..(((..((((..(...(((((((...(((((........)))))...)))))))...)..))))..)))..)))))))...)).))))..)))))).))......((.(((((....))))).)))))))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((....(((...(((.((((((((((((.....)).)))).)))..))).))).)))............((((((...(((((..((((((.........)))))).........(((((((((((((((((.(.....))))))))...((((((......((((((((...(((((..(.....)..)))))((((((....(((...(((((....)))))...((((((.(((((((((....(((.((((((....((((.(((.......))).))))..............(((((..........(.((((((((.......)))))))).).......))))).)))))).))).))))))...))).)))))).(((((......((((((.............((((.(((((..((..((((((...((((......))))))))))............(((((((((((((....))))))))).))))......))...........(((((....((......)).)))))...))))).)))).(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).))))).............))))))(((((((.((((..(((((((((((((((....)))).).))))))))))..)))).....(((((((..((((((((((((......))))))))))))..)))))))....................))).))))....))))).)))....)))))).))))))))...((((((((((((((.....))))))))))))))..))))))((((.((....((((((((..(((((..(...((((.((((.(((((((.((((((......))).)))...))))))).)))).....(((....)))..))))..)..)))))..))))))))..(((....))).)).))))..........)))))))))))))))....))))))........))))))))..((((((((.((((.....))))))))))))..((((((((....))...((((...((..(((((..((((..(((((((.((((..................(....).(((((....)))))..))))))))))).......))))..)..(((....))).))))..))))))...))))))........((((((.......(((((.....(((((((((((((((.(((.((((((.(((((.((((..((.((((.((......)))))).(((((..........(((.((((..((((((((((((....)))))))...)))))..)))))))..((((((((.....))))))))..))))).((((...(((....)))..))))....(((((((((..((.((.((((........(((((((...(((((..(((((.(...((((....)))).)))))).)))))....))))))))))))).)).)))))))))......))..))))))))).))))))...((((.(((((((((.....))))))))).)))).......)))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.(((..((((..(...(..((...((((.((((....)))).))))...))..)...)..))))..))).)))))))))).)).))))..........))))).(((((((((....)))))))))..)))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((....((...((((((((.(((((.((((((((.((((.((.....(....((...........)).).))))))...))))..............))))...)))))............))..(((..((((((((.........(((.....(((.......(((((..((...))..))))).)))((((((((......((((.....(....).......))))...)).)))))).....(...((((.((((.....)))))))).)..((.(((.....((((.(((.(..(((.....(((((((.......))))))).)))....).)))...))))......)))...))((((...((.((((((........)))).))...))...))))((((.(((((..((...(((((...(((((...))))).)))))((.((.....(((...((((((((((....)))))))))).)))...))....)).........((((...(.(...)...).))))))..))))).))))))).))))))))...)))...((((...((.(((......((.(((...(((..((.((((.((((.....((((.(.........((................((.......................((.......(......((((......)))))....)).....)).)...)....).))))...)))))))).))...))).)))....))....))).....)).)))).((((...((...(((....((.(((......)))........).)..))).)).)))).(.(((.((((.((((((((((((.(((((((.((((((......)))).))...))))))).)))))(...((((...((....(((.(((((((((.((((.....(((.((...((((.(((((...(.(((((((..(((((...(((((((.((.(((..(...(((.((((((..((((((((..............))))))))..))).............))).....)))...).......))).))...)))))))..(((...((......((((....((((((((.((.(.((((...((...((((((((.((((.(...(((...((....)).))).)......))))......))))))))..))...))))...).))......))))))))....)))).)).))))))))...))))).)).).....)))))..))))...)).(.(((((((((.((((..((((..(.(...........).....)))))..)))))))(.((((..((.....))..))))...)))))))...)......)))..)))).....))))))))).))).)).)))).).(((((.(((((((.....(((........(((.(.((....)))..)))....)))......)))))))))).))(((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......)))))))))))).......)))))))...).((((.((...(((((((.(.(((..((........(((.....((......(.........).))....).))........))..)))..))))))))..)).)))).))).))).))..))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................(((((....(((((.................................((((((((((((((((........)))))))...(((((.((....((((((((...(((((..(.....)..)))))(((((...................(((......))).....................................................................................((((((((.......))))))))...........................(((((((...(((...((((((........)))).))...)))......((((.(((((......((((((.................))))))............(((((((((((((....)))))))))).)))...............................................))))).)))).(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).)))))................)))))))...(((((..(((((((((((((((....)))).).))))))))))..)))))....(((((((..((((((((((((......))))))))))))..)))))))..............................................))))).))))))))....(((((((((((((.....)))))))))))))))..)))))((((.((....((((((((..(((((..(...((((.((((.(((((((.((...............))...))))))).)))).....(((....)))..))))..)..)))))..))))))))..(((....))).)).))))..........))))))))).))))).....)))))..............((..((((((((.((((.....))))))))))))..))....((....))...........................((((((..((((..................(....).(((((....)))))..)))).))))))................(((....)))......................................................((((((((((((((..............................................................((..((((..((((((((((((....)))))))...)))))..))))..)).((((((((.....))))))))............................((((...(.....).))))............................................((((....))))....................................(((((..........)))))................((((.(((((((((.....))))))))).)))).............))))).)))))))))....((((.((..((((((((((.(((..((((..(...(..((...((((.((((....)))).))))...))..)...)..))))..))).)))))))))).)).))))................(((((((((....)))))))))......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((..((((.((((....((((.......((((..(((((((((..((..(((((..........)))))..))...)))..))))))((((((((.((......)).))))))))..))))(((((((........)))))))......))))........(((....)))...)))).)))).((..((.....((((((((.....((((..((((....))))....))))..))).)))))))..)).))))).....(((((((..((((((((((...........(((..(((((((........)))))))..)))..........)))))).((((((..((((((((((((((((..(((((((...((((((........)))).))...)))..))))..((((.(((((((......(((.....((....(((((..(((.........((..(((((((((((((....))))))))).))))..)).........)))..)))))...)).((((((.((.(((((((.((((((.(((...((((((.((((((((..((((((.(((.........((((((((.((((....))))....(((((.((..(((((..((((((((((.((((....))))...))))))))))..)))))....(((((((..(((((((..(((......)))..)))))))..))))))).(((((((((............((((((......(((....))).))))))..((((((((((((((((((((((((.....))))))))))))).((..((..(((((((.((........)).)).)))))))..))......))))))).))))))))))))).....)).))))).......))))))))((....)).....((((((((.......((((((...(((....)))....))))))....((((...(((.((((......)))).)))........((...(((..((((((((.((((.....))))))))))))..)))..))...))))...))))))))))))))))).((((..((((....))))...))))...))))))).)....((((.((((.....)))).))))))))))................(((....)))....)))))))))...((..((((((((((((..((..((((..((.....(((.(..((((........))))..).)))..)).))))..))..)))).))))).)))....))..((.((((((...(((.((((..((((((((((((....)))))))...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).................))))))))..))))))))).)))))))))......))))))).....(((((((...(((((..(((((.....((((....))))..))))).)))))....)))))))..))))..((.((((((..........))))))))......)))).)))))).(((((((((.....))))))))).......)))))).....((....))..))))))...((((.((..(((((((((..(((..((((......(..((...((((.((((....)))).))))...))..)......))))..)))..))))))))).)).))))...))))..)))))))(((((((((....)))))))))..))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
|
|
AUUCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUUAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUACACACGAAUUAAAAGUGAAACCGCAAAAGGCUCAUUAUAUCAGUUAUGGUUCCUUAGAUCGUUAACAGUUACUUGGAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCAAUUAAAACAUGAACCUUAUGGGACGUGUGCUUUUAUUAGGCUAAAACCAAGCGAUCGCAAGAUCGUUAUAUUGGUUGAACUCUAGAUAACAUGCAGAUCGUAUGGUCUUGUACCGACGACAGAUCUUUCAAAUGUCUGCCCUAUCAACUUUUGAUGGUAGUAUCUAGGACUACCAUGGUUGCAACGGGUAACGGGGAAUCAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCUAAGGAAGGCAGCAGGCGCGUAAAUUACCCACUCCCAGCUCGGGGAGGUAGUGACGAAAAAUAACAAUACAGGACUCAUAUCCGAGGCCCUGUAAUUGGAAUGAGUACACUUUAAAUCCUUUAACAAGGACCAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCGGUUAAAACGUUCGUAGUUGAACUUGUGCUUCAUACGGGUAGUACAACUUACAAUUGUGGUUAGUACUAUACCUUUAUGUAUGUAAGCGUAUUACCGGUGGAGUUCUUAUAUGUGAUUAAAUACUUGUAUUUUUUCAUAUGUUCCUCCUAUUUAAAAACCUGCAUUAGUGCUCUUAAACGAGUGUUAUUGUGGGCCGGUACUAUUACUUUGAACAAAUUAGAGUGCUUAAAGCAGGCUUCAAAUGCCUGAAUAUUCUGUGCAUGGGAUAAUGAAAUAAGACCUCUGUUCUGCUUUCAUUGGUUUUCAGAUCAAGAGGUAAUGAUUAAUAGAAGCAGUUUGGGGGCAUUAGUAUUACGACGCGAGAGGUGAAAUUCUUGGACCGUCGUAAGACUAACUUAAGCGAAAGCAUUUGCCAAAGAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGAGGUUCGAAGGCGAUCAGAUACCGCCCUAGUUCUAACCAUAAACGAUGCCAGCUAGCAAUUGGGUGUAGCUACUUUUAUGGCUCUCUCAGUCGCUUCCGGGAAACCAAAGCUUUUUGGGCUCCGGGGGAAGUAUGGUUGCAAAGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUUACCAGGUCGAACAUAAGUGUGUAAGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUCGAAUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUCGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACUCAAAUAUAUUAAAUAGAUAUCUUCAGGAUUAUGGUGCUGAAGCUUAUGUAGCCUUCAUUCAUGUUGGCAGUAAAAUGCUUAUUGUGUUUGAAUGUGUUUAUGUAAGUGGAGCCGUACCUGUUGGUUUGUCCCAUUAUAAGGACACUAGCUUCUUAAAUGGACAAAUUGCGUCUAGCAAUAAUGAGAUUGAGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUCCUGGGCUGCACGCGCGCUACAAUGAAAGUAUCAACGUGUAUUUCCUAGACCGAGAGGUCCGGGUAAACCGCUGAACCACUUUCAUGCUUGGGAUUGUGAACUGAAACUGUUCACGAUGAACUUGGAAUUCCCAGUAAGUGUGAGUCAUUAACUCGCAUUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGAAUUAUUUAGUGAGGUCUCCGGACGUGAUCACUGUGACGCCUUGCGUGUUACGGUUGUUUCGCAAAAGUUGACCGAACUUGAUUAUUUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...[[[.))))).(((.(((((((..((((((((.....(((.(((..((...(((....(((.......)))...)))))......(((......((((..((..((....((((............((((....(((((((.....))))))).....))))........(((((..((....))..)))))....((((((.......(((((.(((((....))))).....)))))........))))))........((((.((((.....))))))))...))))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))).....(((((((((.(((......)))..)))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....{{{{.....{{.)))}}.......}}}})))))).))))))))))..........(((((...<.((((...(((.......((((((((..(((((((((((((.........)))).))))..)))))..))).)))))..............((((.....((((((((..(((((....)))))..))))))))..))))..........((((((.((((((((......)))))))).)))))).......................................................................................................................................((((((.(((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<.(((..(((((((.(((((......))))))))))))..)))...<<..))>>...>>>.....>>>>))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((...(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..))))))....((((..(((.((((..(((((.(((((((((.......................................................................................................)))))))))....)))))..))))))).....(((((.....)))))........))))...)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((.....((..((((....))))..)).....))).....)))))))......(...(((((((.........))))).))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.(((((..(..((((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((.....))))))))).)))).))))))))))))))..))))))))))))))..).)))))..).))..))..).((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......((((((.(((......((((((((..((((......((((((((((.((((((((((.((..........(((((..((......)).)))))......(((((((((.....))))).)))).)))))))))))).(((((.....(((((((((((((...((.......(((((..((....))..)))))))...)))))).....((((((((((((....))))))....))))))...))))))).....)))))...)))))).))))..(((..((((...........)))).((((...(((((....((((((((.......)))))))))))))....))))..)))((((((.......)))))).)))).(((((........(((((.((........))..((((.(((((.(((..((((((...((((......)))))))))).)))...............(((......)))...(((((.(((((((...(((....)))....(((((....)))))))))))).)))))..))))).))))...))))).((.....)).)))))...))))))))......((((((((..(.....(((((....)))))...((((((.....(((((((..........((((((((((.((((..(((..((((((.(((((....((((((.((((.....((((((((..(((((....)))))..))))))))..))))..........((..((.(((..(((......)))..))).))..)))))))).....(((((((.....))))))))))))...(((((.......)))))........)))))))))............((((((((....((((((.((((((....)))))).......((((((((..(((((.(((...(((((((((.((((((((((((((......))))))...)))))))).))))).....((....))...))))..))))))))..)))))))).....))))))))))))))....((((.........)))).)))).)))))))))).(((((.(((((.(((((((((.(.(((((......)))))).))))...((((((.(((..(((((....)))))..)))...))))))...)))))..))))).....((((((....((((...((((.((((.....)))).))))(((..((((..(((((((.((((((((......((((((........(((((((...(((((((....((((..(((((.((((((.(((.(((...))).)))..((((.(((((((((((((((.....)))).)))))....))))))))))..............)))))).....((((..((((((......(((((((((((.((((..((((..((((......))))...))))..)))).))...)))))))))...))))))))))...((((((((.(((.(((((((....).)))))))))))))))))(((.....)))....)))))..)))).......)))))))...((((...........)))).....)))))))...((((((((.(((.((.((....((..((((....))))..))...)))).)))...)))))))))))))).(((((((((.......)))))))))..........))))).....))))))))))))))..)))........)))).....))))))...........))))).)))))))..((((((.(((.(((..((((.......((((.(((((((((((.....))))))))).))..)))).......))))..))).))).))))))..))))))..)..))))))))))).((((((((....)))))))).))))))..) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................((((((........................................................))))))............................(((((............)))))..................................................................(((((((.((((.....))))))))....)))...........................((((((((.......)))))))).............................................((((........))))...............................(((((...(((((......))))))))))...............((((((...............)))))).....................................((((((((((.............................................................................................................))))))))))..............................................................................................................................................................................................................................((((((...........................))))))............................((((((((((((((.....................)))))))))))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((.......((((.........))))....))))))).....................((((((.....................)))))).......((....))............................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((((((..............................................)))))))))).........................................................(((((.....)))))................................................................((((((((..............((((((((....))))))))..............)))))))).......(((((((((.......)))))))))...................(((((((((.....))))))))).................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((.......((.(.........)))........)))..)))))).................................................................((((((.((((.......(((((............))))))))).))))))..............(((....)))..................................((((..(((.....))).))))..................................((((((((.......))))))))...................(((......)))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((..........((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((......)))).)))))).))).................................................))).))).......................................................................................................................................................................................................................(((((((......)))))))..................................................................................(((((((((((((....)))))))).))))).....................((((((((.((((((.......((((((((((((((((((((.(((........))).)).))))))))))))))....(((....)))..)))).....)))))).))))))))...........(...........((((.........))))........)...................(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))...........................(((((....)))))...........................(((.......)))............................................................................................((.((.........................((....................))..............(((((.(((.((((..((((((((((..................................................................................................................))))..))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))...................((.............))..................((((((((....(((.....((((((((....)))))))).....)))....))))))))......((((.((((((.........))))))..................((.(((((((((.....))))))))).))....))))...............)).)).....(((((.((...(((((((((((((..((((..(...((((((((((((((((.......))))))))))))..))))...)..))))..)))))))))))))..)).)))))................((.(((((....))))).)).......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..............................................................................................((((((((((........((((((((..(((((((((((((((((((((((.................(................)..........((((....((((((((((((....))))))....))))))....)))).........................................................................)))).)))))))))))))))))))...))))))))..((((((.......)))))).....(((((((........)))))))..))))))))))....((.(((.......((((...(((((......))))))))).......................(((......)))(((((((((((((.................(((((....)))))))))))))))))).........))).)).(((((((((.............................))))))))).......................(((((((((((((((((((((((.((....)))))).))))))..)))....))))).))))).(.((((((.((((.....(((((((((((((((....)))))))))))))))..))))..........(((((((((((((((......))))))))))))))))))))).)..............................(((((.......)))))...............................(((((((((((((((((((((((..................)))))))))))))))))))))))..((((((((((((((((((((......))))))...)))))))))))))).......((((((((((.....))))))))))...............................((((.........))))..........................................((..........))...........((((((((.(((((((....))))))))))))))).........................................((((.((((.....)))).))))....................................................................((((.....((((.(((((((((((........)))))))))))))))..))))........................................................(((((..........)))))((((((((((....((((((.....(((((((.....)))))))...))))))...))))))))))........((((((((((((((((.(((.((((((.......))))))))))))))))))............................)))))))..(((..((((...........))))..)))..........((((((((.((((((.((.(((((((((((....)))))))))))))))))))...)))))))).......(((((((((.......)))))))))....................((((((((.....))))))))(((((((((((....((((...............(((.......)))..............)))).....)))))))))))(((((((((.....)))))))))...........................................................((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.......))))).)).(((((((((((......(.....(((.(((.((((......(((...........))).....................((((....))))(((((((((.........(((((((..(((((((((((.(((((((.((................(((((..(((...))).)))))((((.....))))...((((((.(((((....))))).....))))))................((((((.....(((((............))))...).....)))))).((((((.....)))))).))..))))))).)))))))))))...)))))))((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))..))))))))).)))))))))).).....(.(((...((((.....)))).))))(((((..(...(((...((((((.(((......)))..)))))).)))...)..)).))).............)))))...(.(((((((.......((((.....((....)).......))))))))))).))))))).....................(((..(.(((.........))).)..))).(((((((((((.((....)))))).))))))).((((((.(......(((.....((((((((((.....((((((((..(((((....)))))..))))))))..))))...........(((((.((((((((......)))))))).)))))))))))(((((.(((..............((((..(...(((((.......)))))....)...)))).(((((.............((((((.((((..............)))).).)))))...(((((....((((..((((...((((((((..((((((((...((((......))))....))))))))..)))).....((....))...))))..))))..))))...))))).........((((((....(...((((.........))))...).))))))((((((....((...((..(....)))....))....))))))....))))).....(((((((...(((((....)))))..)))))))..))))))))......)))....).))))))...(((((.(((((((..((..(((((((.....((((.............................(((((.(.....((((.(((....(((((((....((((..((((..(.(((.(((((((........))))))).))).)...((.(((((((((((((......))..................................(((..((((..(((((.......(((((((((((...(((((............((((((.....))))))))))).)).)))))))))....)))))))))..))).(((((........)))))..............))))))))))).))..........))))..)))).......)))))))..))).))))...).)))))...(((((...(.(((.......))).)..)))))....(((.((((....)))).)))....))))....)))))))..(..((((((..((((((.......))))))..............)))))).)(((((((((.....)))))))))......))...)))))))))).))....(..((.(..((((.((....((((.(((.(((..((((..(....(((((.((((((((((.....)))))))))).)..))))....)..))))..))).))).))))...)).))))...).))...)....((((((((((....))))))))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).......................((((((((((((((..(((((((..((((((.....((..((((((((..((((...(((((..(((((((((((((((((......(.((((((((..(((((((((((.(((((((((((......((.......(((((..((....))..)))))))..((((((((....((((((((((((....))))))....))))))....)))).))))...(((((((.....(((.......)))....)))))...........)).((((((.....)))))))))).))))))).)))))))))))...)))))))).)((((((.(....)))))))...(.((.((((........)))).)).)))))))))))(((.((.(((((((..(((((...(((((......)))))))))).))............((((((.(((......)))..))))))(((((.....(....)......(((((....))))))))))...............))))).)).)))((((.....)).)).)).))))))))))....)))).))))))))...))))))))...........(((((((((((((((((((((((.(((()))))))).))))))..)))....))))).)))))((.((((((.((((.....((((((((..(((((....)))))..))))))))..))))..........((((((.((((((((......)))))))).)))))))))))).))....(((.........))))))))))...(((((.......))))).......)))))))))...............((((((..(((((((.(((((((.....(((....)))...))))))).)))))))..))))))..(((((.((((((((((((((......))))))...)))))))).)))))..(((..((((((((((.....)))))))))).))).............(((((((...(...((((.........))))...))))))))............(((((.(((((((((.(.(((((......)))))).)))))..(((((((((...(((((....)))))..))))))))...)....))))..)))))......................((((.((((.....)))).))))....))))).............(((((......((..(((..((((....))))..)))((((.(((.(((((....((((.(((.(((((((.((())).))))))).))))))).))))).))).))))................................(((.......)))...........(((((.((...((((((((((.(..((((((.((..(((((((.....))))))))).)))))).).)))))))))))).)))))((((((((((((((((.(((.((((((.......)))))))))))))))))(((((((..........))))...))).))))))))..(((..((((...........))))..))).....(....((((((((.(((..((((.((.(((.((((....)))).))).))).))))))...)))))))).....).(((((((((.......)))))))))......))..)))))....(((((((((.....)))))))))((((((((((..(.((((..............((((.......)))).............)))).)...))))))))))((((((((((.....))))))))))............(.........)...................................((((((((((....))))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((((((............(((.........)))....).......((((...................................((((..((....))))))........)))).................(((((...(....)...))))).............................................................(.(((....(((..........))).))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((......).))))))))..)))....................................((((((.......((((..(...........).....)))))))))).................................................(..((((((.(.((((.((((...........))).).))))...).....)))))...............................)...)...............................................(((((((......))))))).........................................................................))))))..............(((((((..(....................).)))))))..(((((((..((((((.......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(............)))))))))..)))...((....))...........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....).............(((((..((........(..........)...)).....)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............(.((((....((((..(((((..(.......((....((.............))....................................)))..............................)........................))))..)))).....((((((((.....))))))))....)))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....).....(((.((((....)))).))).............))))))))))..((((((((((.............)).))....................((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((....(((((((..(((..((((..(...((((((.(...((((((.....))))))...).).).))))...)..))))..)))..)))))))...)).)))))..).)..............(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((.......(((..........)))........)))..))))))....................................((((..((....))))))...........((((...((((.......(((((...(.....)..)))))))))...))))......((((......................))))......................((((.(((.......)))))))..................................((((((((.......)))))))).......(((((.......((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..))))........((((((..((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((......)).)))))))..)))....................................((((((...................................))))))...............................................(((((........(((((.((((...........))).).)))).............)..))))).......................................................................((((((((((((......))))))))))))...........................................(((.......))).....................(((((((((((........))).)))))))).....................(((((((...................(((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..(((((((.(((((......))))))))))))..)))...((....))...........))..........(((.(((((....)))))..)))...........((((....(((((((((.......(((.....)))..................(....).............(((((..................................)))))..)))))))))....))))............((....))..........................((((((.......((((............((...(.(((..........((....((..(....................................)....).....)).).....))).).)).................................)))).....((((((((.....))))))))................)))))).....((((...........)))).....))))))..(((.(((((((.....(((.....(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))..((((((((((.............))).)......(((....)))....((((((((.......))))))))......)))))).................)))))(..((((.((...((((((((..(((..((((..(...(((((..((((.(((((.....))))).)))....))))))...)..))))..)))..))))))))..)).))))...)............(((.(((((....))))).)))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))....((((((((...............(((((((.((((((((((..(((.........))).........................(((((((((.....))))).))))...)))))))))).(((((.....(((((((((((((............(((((..(((...))).))))).....)))))).....((((((((((((....))))))....))))))...))))))).....)))))...)))))))(((...(((..((((...........))))(((((...(((((....((((((((.......)))))))))))))....))))).)))[[[[[[)))....]]]]]]((((....((((........))))...........(((((((....(((((....((((((...((((......)))))))))).................((((.(((......)))(((((.(((((((...(((....)))....(((((....)))))))))))).)))))...)))))))))....))).......))))..))))...)))))))).....(((.[[[[[[....)))..]]]]]]((((((((..(((((((((..(((((((((((.........)))).)))))))........))))).))))....(((((((((((.....((((((((..(((((....)))))..))))))))..))))...........(((((......(((......)))......))))))))))))..((((((((........(((((..((((...(((((.......)))))..((((((......))))))......))))..)))))..[[[[[[[..((((((....))))))))))))))........]]]]]]]......(((.(((((.((((((((((((((......))))))...)))))))).))))).......[[[[[[[[[[)))..]]]]]]]]]]..........(((....)))..)))))))).((((...[[[...)))).....]]]..(((((((...(((.[[[[[)))........]]]]]...)))))))(((((.......[[[[[[(((..(((((....)))))..))))))))((((.(((((....)))))..))))...........]]]]]].(((((((((.((((.(((((...)))))......))))....(((((((......((((((..((((....))))..)))...))).......))))))).[[[[[[...)))))))))........((((.(((((((((((((((.....)))).)))))....))))))))))..............]]]]]].....((((..((((((......((((((((((..((((..((((..((((......))))...))))..)))).....))))))))))...)))))))))).(((..[[[[))).......]]]].............(((((...[[[[))))).((((......)))).]]]]..........(((..((((...........))))[[[[[[))).......(((.....))).]]]]]].......(((.[[[[[)))(((.....)))........]]]]].((((.((((((((((((.......))))))))............))))))))(((((((((.....)))))))))((((((((((.(((.....))).........[[[[[[....(((.((((((...))))))..)))....))))))))))...]]]]]]..(((((.....[[[[[[...)))))....]]]]]].......((((((.....))))))...............(((((((((....)))))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((...(((((((((((.(((((.(((....(((..((((((((...(((((.(((((((((.....((..((((((((..((((....((((..(((((((.(((((((((.((.....((((((((..(((((((((((.(((((((((((...............(((((..((....))..)))))((((.....))))...((((((((((((....))))))....))))))................((((((.....(((((.((.......)))))))........)))))).(((((((...))))))))))).))))))).)))))))))))...))))))))..((((((.......)))))).....((.((((........)))).))))))))))))).((((.(((((.(((..((((((...((((......)))))))))).)))..................(((......)))(((((.(((((((.................(((((....)))))))))))).)))))..))))).)))).......((((.....)).)).)).)))))..))))...)))).))))))))...)))))))).).)).))))).((((((((((((((((((((((.((....)))))).)))))..))))....))))).)))).((.((((((.((((.....((((((((..(((((....)))))..))))))))..))))..........((((((.((((((((......)))))))).)))))))))))).)).((((((((.....)))))))).......(((((.......)))))........))))))))..)))))).))))).((((((..(((((((.(((((((.....(((....)))...))))))).)))))))..))))))..(((((.((((((((((((((......))))))...)))))))).))))).((((..((((((((((.....)))))))))).)))).....(((....)))...((((.(((((((.........))))....))).)))).....((((((......)).)))).))))))))))).((((((((.........((((((.(((..(((((....)))))..)))...)))))).(((((....)))))..........((.((((.((((((((.((((.....))))((((...)))).((((((.((..((((..........................))))...)).))))))....)))))))))))).)).(((((((((((((((.(((.((.(((.(((((((((((((((.....)))).)))))....)))))))))))......(((((.....)))))((((((.((....)).)))))).....((((((((((((((((...(((...((((((.....))))))...)))...))))..)))))))....((((((((((((((((.(((.((((((.......))))))))))))))))).((.....)).....((........)).)))))))).((((..((((...........))))..))))...))))).((((((((.(((.((.((....(((.((((....)))).)))...)))).)))...))))))))....(((((.((((((.......)))))).....(((.((....)).))).(((((((((.....)))))))))......))))).)))...))))).))))))))))...((((.((..((((((.(((.(((..((((.......((((.(((((((((((.....))))))))).))..)))).......))))..))).))).)))))).)).))))..))))))))........(((((((....))))))).)))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.bbbbb.)))))...............................................................((((((((..((((..........((((...((((((((((........((((((((..(((((((((((.(((((((....................((((............)))).........(((.....((((((((((((....))))))....)))))).....)))..........................................................(((.......))).......))))))).)))))))))))...))))))))..((((((.......)))))).....((.((((........)))).))..))))))))))((((.(((((......((((((...(((........)))))))))..................................(((((.(((((((.................(((((....)))))))))))).)))))..))))).))))..........................)))).........)))).)))))))).......................((((((((((((((((((((((.........)))).))))))..)))....))))).))))....((((((.((((.....((((((((..(((((....)))))..))))))))..))))..........((((((.((((((((......)))))))).))))))))))))................................(((((cccc...)))))...............................((((((..(((((((.(((((((..................))))))).)))))))..))))))..(((((.((((((((((((((......))))))...)))))))).))))).......((((((((((.....))))))))))..........(((....)))...........((((.........)))).......................(((((.(((((((((...(((((......)))))..))))....(((((((....(((((....)))))...))))))).......)))))..))))).....................................CCCC.....((..((((..(((..((....((((.......(((((.......((((........((((((.....((((..((((....(((.(((((((........))))))).)))((((.((({{{{..............))).....))))..............................((((..((((((.((...((((((((((..((((..((((..((((......))))...))))..)))).....)))))))))))).))))))))))....((((((.((((.((((((.......))))))))))))))))}}}}.............))))..))))........))))))...[[.)))).....)))))]]...............((((((((.(((.((.((....(((.((((....)))).)))...)))).)))...)))))))).......(((((((((.......)))))))))...........)))).....<<<))dd)))))))DD))>>>.((((((((((............................aaa.aa....aaaa.aa..aaa..aaaa...))))))))))((((((((((.....))))))))))...............AAAA..AAA..AA.AAAA...AA.AAA.................(((((((((....)))))))))BBBBB.... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.((((((((.((............................(((((((((.(((..(((((.(.....))))))..))..))))..)))))).................................(((((((..((....)))))))))........((((((.((((......(.((((..((....))..))))))))).))))))......(((((..((((....))))......)))))......................((((.((((.....))))))))..................((((..((((((....(((((((((.....)))))))))))))..)).)))).....................((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((......))).))))))).)))..)).......................................))..))))).)))..........((.....)).(((.(((((((..........))))))).)))................(......((((((((((((((((((.((((.........)))).).))))).....)..))).))).)))))....((.................................(.....((((((.......................((((((((......))))))))))).))))))...).....................(((((((.(((((....)...)))))))))))...........(.(((((((((.((((....))))))..))))))).)..................((((((((.((((((.(.(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))...((....))......((((....))))..........................(.........((((((..((((((((.((((......))))))))))))..)))...((....))..)))).................(((.(((((....)))))..)))..................(((.((((.....)))).)))........................((....)).........................((...((.(((((....))))).))....((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((.(((.((((..(((((...................((.....(.....((............))))).)))))..)))..........................................................................))))..((((((((.....))))))))....)))))).............((..((((..(((...)))))))..))..........((.((((((((((.(((((...(((((((((....)))))))).)).))))))..))))))))))....(((((..((((..........)))).........((....))..((.(((((((((.....))))))))).))...))))).)))...))))).)))))))))))..((((.((..((((((((((.(((..((((..(...(((((((((((((((((.....)))))))).)))))).)))...)..))))..))).)))))))))).)).)))).............))..((((((((....)))))))))))))))).) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((....(((((((((((.(((((.(((....(((..((((((((...........(((.........))).((((((((..((((.....((...(((((((.(((((((((........((((((((..(((((((((((.((((((((((................(((((..((....))..))))).........(((....((((((((((((....))))))....))))))....))).........((((..(((..(((.....))).)))....(...........))))).((((((.....)))))).))).))))))).)))))))))))...))))))))..((((((.......)))))).....((.((((........)))).))..))))))))).((((.(((((.(((..((((((...((((......)))))))))).)))...............(((......)))...(((((.(((((((...(((....)))....(((((....)))))))))))).)))))..))))).)))).......((((.....)).)).)).)))))...))....)))).)))))))).....(((((....)))))...(((((((((((((((((((((((.((....)))))).)))))..))))....))))).)))))...((((((.((((.....((((((((..(((((....)))))..))))))))..))))..........((((((.((((((((......)))))))).))))))))))))....((((((((.....)))))))).......(((((.......)))))........))))))))..)))))).))))).((((((..(((((((.(((((((.....(((....)))...))))))).)))))))..))))))..(((((.((((((((((((((......))))))...)))))))).)))))..(((..((((((((((.....)))))))))).)))......(((....)))...((((.(((((((.........))))....))).)))).....((((((......))).))).)))))))))))..(.(((((.........((((((.(((..(((((....)))))..)))...))))))..(((......)))..........(((.((((.((((((((.((((.....))))((((...))))...............................(((..(((......)))..))).........)))))))))))).)))(((((((((((((((.(((...((((.(((((((((((((((.....)))).)))))....))))))))))........((((.....)))).((((((.((....)).)))))).....(((((...(((.(((....(((...(..(((.....)))..)...)))....)))...))).......((((((((.((((((.((((.((((((.......))))))))))))))))((((.....))))................)))))))).((((..((((...........))))..))))...))))).((((((((.(((.((.((....(((.((((....)))).)))...)))).)))...))))))))....((((((((((((.......)))))))....(((.((....)).))).(((((((((.....)))))))))......))))).)))...))))).))))))))))...((((.((..((((((.(((.(((..((((.......((((.(((((((((((.....)))))))))).)..)))).......))))..))).))).)))))).)).))))..))))).)........((((((((....)))))))).))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))............................((((((........(((......................((((.((((((........................................(((....)))(((.....))))))))).........................................((((((.......((((......................))))........))))))........))))...............((((.................................((((((((.......)))))))).......((((((....................(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((.....((.....))...))))))................((((((((.........))))))))................................................))..))))).)))).(((((.((((.....)).(((.....)))..........)).))))).........)))))).))))........................................................................................................................................................................................))).............(..(((.....)))..)......................))))))..((((((..((((........))))...))))))....................(((((((..((((((.....((.....((((.((((((.....((((......))))......)))))).))))......((....)).....)).....))))))..)))))))...((((..(((((.....(...((((.........))))...)..)))))..............((((((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..)))...........((((.((.((((((((....))))....................(((((((.((((.....))))(((.((((((.................(((....)))....((((((..........(((((.(((((.((..(((((...(..((.....(..((((.(....).))))..)...))..).)))))..)).)))))..)))).).............(((((....((.((((..(((((..............................................................................................................................)))))..)))))).....((((((.....))))))..................)))))...................).))))))).)))).))).(((.(((((((.(.....).....(((..(((....)))..))).............))))))))))..((((..(((((............)))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))........)))))))))))))))...)).))))....((((.((.....((((((..(((..((((..(...((((.................................))))...)..))))..)))..))))))....)).))))....)))).....(((.((.(((((....))))).))...))).... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(...)(((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((.............(((.......(((.....)))...).....)).((.......((((((((......))))))))))(.((((((((.....((((......................)))).....)).)))))).)....(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))......(((((((...((((...))))).))))))..(.....((..(((((((((((((......)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((..........(....(.((.......((.(...)....(....).)).))))...........................................................................................(.(((((((((......)))))).)))).............((((((((.......((...((((...))))(((......))).....)).......)))))..))).........(((((((((((................))))))).))))(((((.......(((((..(....(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..)))......)))..)(((...(((..((((....))))...)))............((((((((((((((.....))))((((.(((((...((..(((.(........((...))((((...((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))...))))))((...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..((((((((((...(..............................................................................................................))))).))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).......))))....))((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.....(((.((((....)))).))).....))).....))))))))))...((((.((((((.........)))))).....(.(((....))).((((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((.........)))))))))))..))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((..((((.(((((((..((((........(((((((((.((..........(((...)....))...)))))..))))))(.......(((......((....(((((...........(.((........(((.....))).........)).)........((((((((......))))))))(((((((((((......((((......................))))......).)))))))).)).(.((((...((.....))..))))).)))))...))....))).((.....(((....((((((((.......)))))))))))......((((((....((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..)))).((.((....))))...))))))..(((((...))))).))................(((((((((((((......)))).)))))).)))....).((.................))))))....((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((.((......(.((...(((..............(............)....((.(.......)(........).........................................................................................(.((((..(((......)))...)))))).)...........(.(((((.......((...((((...))))(((......))).....)).......)))))...)..........(((((((((((................))))))).))))(((((.......(((((..(....(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....))))))).....))...((((((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..)))).....)))..((((..((((..((((....))))...))))...........((((((((((((((.....)(((((((...)))))...(((...))))).(((....)...))....((..(((((....((.....(((........))).))......)))))...))))))....((((((((...(((..(((((.((((.....))))..)))))..))))))))...(((((.(((.((((..(((((.((.(...................................................................................................................)))...)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))).........))).(((..((((..((.....))))))..)))........(((.(((((((.....(((.....((((((((....)))))))).....))).....))))))))))..((((((((((((.........))))))....((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....)))))))))...(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((.........)))))))))))..))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).....))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((...(...(((.....(((....(((((.............(((....).((((.....)))...).....)).((.......((((((((......))))))))))(.((((((((.....((((......................)))).....)).)))))).)....(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))))..((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))......(((((((...((((...))))).))))))..(.....((..(((((((((((((......)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((((.......(.(((..(((..........(....(.((.......((...(.........)...)).))))...........................................................................................(.(((.(((((......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((......))).....)).......)))))..))).........((((((((((..................)))))).))))(((((.......(((((..(....(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))..........(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..)))......))).))).(((((((..((((....))))...))))...........((((((((((((((.....))))((((.(((((...((.........((((((....))(((((...((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))...)))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))..(.(((((.(((.((((..((((((((((...(..............................................................................................................))))).))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).......))))))))))((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.....(((.((((....)))).))).....))).....))))))))))...((((.((((((.........)))))).....(.(((....))).((((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((.........)))))))))))..))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((..((((.(((((((..((((........(((((((((.((..........((.........))...)))))..))))))((......(((......((....(((((...........(.(((....)..(((.....))).........)).)(.......((((((((......))))))))).((((((((((.....((((......................)))).....)).))))))))....(.((((...((.....))..))))).)))))...))....))).((.....(((....((((((((.......)))))))))))......((((((....((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..)))).((.((....))))...))))))..(((((...))))).))................(((((((((((((......)))).)))))).)))...)).((.................))))))....((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((.(((.....(.((...(((..............(............)....((.(.......)(........).........................................................................................(.((((..(((......)))...)))))).)..........((.(((((.......((...((((...))))(((......))).....)).......)))))...)).........(((((((((((................))))))).))))(((((.......(((((..(....(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...((((((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..)))).....)))..((((..((((..((((....))))...))))...........((((((((((((((.....)(((((((...))))....(((...)))...(((....))).)))...((..(((((............(((..(((......)))..))))))))...))))))((..((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((.(((.((((..(((((....(...................................................................................................................)(...))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))).........))).))(..((((...(.....).))))..)..........(((.(((((((.....(((.....(((.((((....)))).))).....))).....))))))))))..((((((((((((.........))))))....((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....)))))))))...(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((.........)))))))))))..))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).....)))))))))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.(((((((...(((((((((((.(((((.(((....(((..(((((((((..........(((.........))).((((((((..((((....((((..(((((((((((((((((.((.....((((((((..(((((((((((.(((((((((((...............(((((............)))))....((((((((....((((((((((((....))))))....))))))....)))).))))...(((((((((.(((([[[[.))))))))...............))))).(((((((...))))))))))).))))))).)))))))))))...))))))))..((((((.......))))))........((((.(.....)))))...))))))))))))((((.(((((.(((..((((((...((((......)))))))))).)))...............(((ccc...)))CCC(((((.(((((((..((((....))).)..(((((....)))))))))))).)))))..))))).)))).......((((.....)).)).))).))))..))))...)))).)))))))).....(((((....)))))...(((((((((((((((((((((((.((....)))))).)))))..))))....))))).)))))...(((((((((((.....((((((((..(((((....)))))..))))))))..)))).)........((((((.((((((((......)))))))).))))))))))))....((((((((.....)))))))).......(((((.......))))).......)))))))))..)))))).))))).((((((..(((((((.(((((((.....(((....)))...))))))).)))))))..))))))..(((((.((((((((((((((.(...)))))))...)))))))).))))).((((..((((((((((.....)))))))))).)))).....(((....)))...((((.(((((((.........))))....))).)))).....((((((......))).))).))))))))))).((((((((.........((((((.(((..(((((....)))))..)))))...))))..((((....))))..........(((.((((.((((((((.((((.....))))((((...))))((((...........................(((..((((....))))..)))..))))...)))))))))))).)))(((((((((((((((.(((.(.((((.(((((((((((((((bbb..)))).))))).BBB)))))))))))......(((((.....)))))((((((..........))))))((((((((..{{{{{.........((((((aaaaaa.))).AAAAAA...)))...))))))))}}}}}....((((((((.((((((.((((.((((((.......))))))))))))))))((((<<<<.)))).....>>>>.......)))))))).((((..((((...........))))..)))).........((((((((.(((.((.((.((.(((.((((....)))).))).)))))).)))...))))))))....((((((((((((.(....))))))))....(((.((....).)))).(((((((((.....)))))))))......))))).)))...))))).))))))))))...((((.....((((((.(((.(((..((((.......((((.(((((((((((.....)))))))))).)..)))).......))))..))).))).))))))....))))..))))))))]]]]...((((((((....)))))))))))))))))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........(((((......((((..(((.............................((((...(((...((((((........................................(((....)))(((.....)))))))))...............(((((..((....))..)))))))).((((((.......((((......................))))........))))))........((((..(((.....))).))))....))))..........................((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...))).(.(((((..((.(((((((....((((...((((.....)))).))))(((.(.............(((((((((......)))).)))))...............................(.((((.......((((((....((((((((.((....)))))..((((.(((.....)))............(((((.(((((((..(.((((..((((.((((....................................................................................................................................................................................((.((............(((.....)))(((......)))..............)).))..((((((..((((((....))))))...))))))....................(((((((..((((((.....((....(((((.((((((.....((((......))))......)))))).)))))....(((....)))....)).....))))))..)))))))...((....))..)))).))))..)))).).....(((((....((((..((.....(...(((....(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))...........)))...)..))((((..((((....))))...))))..))))...)))))..((((.((((.....)))).)))).........))))))))))))..)))).....)))))(((((((.......((((((((((((.((..(((((..((.....(((.(..((((.(....).))))..).)))..)).)))))..)).))))).))))))).............(.(((((.(((.((((..(((((..............................................................................................................................)))))..)))))))....((((((.....))))))......))))))........))).).))))))))).....)))).)...))))))))))).(((.(((((((.............(((.((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((...........)))))....((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))).).......))))))...((((.((....(((((((..(((..((((..(...(((((((...((((((.......))))))...)))..))))...)..))))..)))..)))))))...)).))))..))))...))))).((((.(((((....))))).))))........ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((......((((((((..((((......((((((((((.((((((((((.((..........(((((..((......)).)))))......(((((((((.....))))).)))).)))))))))))).(((((.....(((((((((((((...((.......(((((..((....))..)))))))...)))))).....((((((((((((....))))))....))))))...))))))).....)))))...)))))).))))..(((..((((...........)))).((((...(((((....((((((((.......)))))))))))))....))))..)))((((((.......)))))).)))).(((((........(((((.((........))..((((.(((((.(((..((((((...((((......)))))))))).)))...............(((......)))...(((((.(((((((...(((....)))....(((((....)))))))))))).)))))..))))).))))...))))).((.....)).)))))...))))))))......((((((((..(.....(((((....)))))...((((((.....(((((((..........((((((((((.((((..(((..((((((.(((((....((((((.((((.....((((((((..(((((....)))))..))))))))..))))..........((..((.(((..(((......)))..))).))..)))))))).....(((((((.....))))))))))))...(((((.......)))))........)))))))))............((((((((....((((((.((((((....)))))).......((((((((..(((((.(((...((((.((((.((((((((((((((......))))))...)))))))).))))......((....))...)))).))).)))))..)))))))).....))))))))))))))....((((.........)))).)))).)))))))))).(((((.(((((.(((((((((.(.(((((......)))))).))))...((((((.(((..(((((....)))))..)))...))))))...)))))..))))).....((((((....((((...((((.((((.....)))).))))(((..((((..(((((((.((((((((......((((((........(((((((...(((((((.((.((((..(((((.((((((.(((.(((...))).)))..((((.(((((((((((((((.....)))).)))))....))))))))))..............)))))).....((((..((((((......(((((((((((.((((..((((..((((......))))...))))..)))).))...)))))))))...))))))))))...((((((((.(((.((((((.......)))))))))))))))))(((.....)))....)))))..)))).))....)))))))...((((...........)))).....)))))))...((((((((.(((.((.((....((..((((....))))..))...)))).)))...)))))))))))))).(((((((((.......)))))))))..........))))).....))))))))))))))..)))........)))).....))))))...........))))).)))))))..((((((.(((.(((..((((..(....((((.(((((((((((.....))))))))).))..))))....)..))))..))).))).))))))..))))))..)..))))))))))).((((((((....)))))))).))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((....((..............................................................................................................................................................................................................................................................))..(.....(((.((((.((((..((...((.((........))))...))...))))...)))).........)))..((((((....((.........(((...(((....))).)))...))..))))))....((((.......((((............)))).))))((((((((......(((....((((....)))).......)))...)).)))))).....(((.((((.((((.....))))))))......((((...((((((.((((...(((.....(((((((.......))))))).))).....))))...))))))....)))))))..(((...((.((.(((........)))))...))...))).)((((((((..((((...(.(....))..))))....(((...((((((((((....)))))))))).)))......(.((.........(.(((...(.(...)...).)))).)))((((...((..((...(((...(((....(((.(((..(((((.....(((((((((.(......((((.....((((((......((........))....)))))).........)))).)....(((...(....((((((......))))))....)....)))..........)))))))....((((..(((((....(..(((......))).....).....)))))....))))....(...(((((((.(((......))).......)))))))..)(((((((...(((((..(...((((((..((((((((((...((((......))))....))))))))))))....((.....))..)))).)...)))))...)))))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..((((((..(...(((.((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))............))).....)))...).......)))))).))..)))))...)))...))....)..))).))).)).....))...)..)))(((((((((....(((((.....(((.....(((.(((((((.(((.......((((((((((((((..((((((((...(((....((((((((......))))))))..))).))))))))..))))).)).))))))).)))...).....(.(((((((.(.((((....((..((((.............))))..))..)))))).(((((((......)))))))....))))))...)....)))))))))..)))...)).))).)))))))))...))))).(((.((((.....(((......((((((.(....)))))))....)))......)))...))))...((((((((((..........)))))....((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))))))).((((((....(.(((...(.((((((...((((((((..(((..((((..(..((((.((((((((......)))))))))))..)...)..))))..)))..))))))))..)).)))).).)))).))))))..((((((((....)))))))))))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((.................................................................................................((((((((.........((((((((..((((..(((((.(((((((...................(((((..((....))..)))))................((((((((((((....))))))....))))))..................................................................((((.....)))).......))))))).)))))..))))...))))))))..((((((.......))))))........((((........))))......)))))))).((((.(((((.(((..((((((...((((......)))))))))).)))...............((........))...(((((.(((((((...(((....)))....(((((....)))))))))))).)))))..))))).)))).......................................................................................................(((((((((.((((.......((((((.(((((....((((((.((((.....((((((((..(((((....)))))..))))))))..))))..........((..((.(((..(((......)))..))).))..)))))))).....(((((((.....))))))))))))...(((((.......)))))........))))))...............((((((((....((.....((((((....))))))...))..((((((((..(((((.......(((.(((((.((((((((((((((......))))))...)))))))).))))).....((....))....))).....)))))..))))))))...((....))))))))))....((((.........)))).)))).)))))))))...................((((.(.(((((......)))))).))))..........(((..((((......))))..))).....................................................................(((..((((...(((((..((((((((..............................(((((......((((..((((.................................((((((((((.((((.....))))..))))....)))))).............................((((..(((((.......(((((..((...((((..(((...((((......))))....)))..))))......))..)))))....))))))))).....(((((..(((.((((((.......))))))))).)))))..................))))..)))).........)))))...((((...........))))...............((((((((.(((.((.((....((..((((....))))..))...)))).)))...))))))))........((((((((.......))))))))...........))))).....))).))))).))))..))).................................................((((((.(((.(((..((((..(....((((.(((((((((((.....)))))))))).)..))))....)..))))..))).))).)))))).....................))).((((((((....)))))))).))))))... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.((.((((......)))).))............(((((((.((((((((((.((..........(((((..((......)).)))))......(((((((((.....))))).)))).)))))))))))).((((......(((((((((((((...((.......(((((..((....))..)))))))...)))))).....((((((((((((....))))))....))))))...)))))))......))))...)))))))(((((..((((..(((((.........)))))......(((((....((((((((.......)))))))))))))..((((((..((((((((((.(((((.(((((((.((((((((((((((...((((...((((((((.....(((((.(((((((..(((((((.(((((......)))))..((((((.....((..(((((((((.(((......)))..))))).))))..))..)).)))).....(((((....))))).....(((((..((((((((....)))((((..(((.......(((..(((((((..........)))))))..))).......)))..)))).)))))..)))))...)))))))...........((((((((((.((((..(((..((((((.(((((....((((((.((((.....((((((((..(((((....)))))..))))))))..))))..........((..((.(((..(((......)))..))).))..)))))))).....(((((((.....))))))))))))...(((((.......)))))........)))))))))............((((((((....((((((.((((((....)))))).......((((((((..(((((.(((...(((((((((.((((((((((((((......))))))...)))))))).))))).....((....))...))))..))))))))..)))))))).....))))))))))))))....((((.........)))).)))).))))))))))))).)))).))).))..))))))))))))..))))).))))))))).(((.(((((((((..(((((....)))))..))).....((((..((((....))))...))))...........)))))))))....)).))))).))))).(((..((((..(((((((.((((((((......((((((........(((((((...((((((..((.((((..(((((((.(((.(..((((........))))..).)))))).(((((..((((((((((......))..........((((.(((((((((.(((.((.(((.((((((.((....)).))))))..))).))(((..((....))..)))..........))).)))))))))..(((((..(((((.(((..(...(((....)))..)..))))))))..))))).....))))....))))))))..).))))........))))..)))).)).....))))))...((((...........)))).....)))))))...((((((((.(((.((.((....((..((((....))))..))...)))).)))...)))))))))))))).(((((((((.......)))))))))..........))))).....))))))))))))))..)))..))))....)))))).....((....))..))))))...((((.((..((((((.((..(((..((((.......((((.(((((((((((.....)))))))))).)..)))).......))))..)))..)).)))))).)).))))...))))..)))))..(((((((((....)))))))))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
AAUCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUACGCUUGUCUCAAGGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUAAAGGAUUUAUAAUGAAACUGCAAAUGGCUCAUUCAAACAGUUAUAGUUUAUUUGAUAUUCAAGCUAAUAUUCUUAUUAGUUAAAUGGAUAACCGUAGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCGUUACGGGGAACUUUACGGGACCCCAGCGUUUAUUAGAUUUAAACCAAUAUUCCGCAAGGUCUACUGAGAUGAUUCAUGAUAACUGAUCGAAUUGCUGGAACUCUAGCAAUAAAUCAUGUAGGUUUCUGCUUCCCAUCAGCUUGAUGGUAGUGUAUUGGACAACCAUGGCAUUCACGGGCUAUCGGGGGAUUAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAUAAACGGCUACCACUUCUACGGAAGGCAGCAGGCGCGAAAAUUAUCCAAUCCUGAUUCAGGGAGGUAGUGAAAGAAAUAAUGAACUAGGAUUUAUCCUGGGAUCACAAUGGGCUUGAUUUGCAAACACUUAGCGAGGAACAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGAGUAUAUAAACGUUCCUGCAGUUAUUCGAUGCUCGUAGUUGGAUUUCUGAGGUUGAGACGGGAGGGUGGCUAUGGCCAUCGCCCGACUCUUUCCUCAUCCACCUGUUUGCGAAGUCCGGGAUUGAUUUCUCGGCUUCGGGCGCAGUAUCUUACCAUUUCAAUAUUCGUAGUCUUCAUCGAUUAUGUUGUUUCUUUGAGCAAAUUAUAGUGUUUCAGGCAGGCGUGCGCCGGAAUACAUUAGCAUGGUAUAAACGAAUUGGACCGUGUGCCCGUAACUGGGCUUCUCCUUAUUGUUGGUUUGAAGGACACGGAGAUGGUUAAUAGGGACAGCGUUUAUUUCACAAGGAGGCAUUAGUAUUUAAUUUCCAGAGGUGAAAUUCUUUGAAAUAUUAAAGACUAACUUAUGCGAAAGCAUCGUUUGCCAAUGAUGUUUUCAUUAAUCAUUGAACGAAAGUUAGGGGAUCAAAGACGAUCAGAUACCGUCCUAGUCUUAACCAUAAACGUUGCCGACUAGGGAUCGGAGGGCGUGCACAAUCCGCCUUCGGCACCUUACGAGAAAUCAAAGUCUUUUGGGUUCUGUGGGUAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCUUGCGGCUCAAUUUGACUCAACACGGGAAAUCUUACCAGGUCCAGACAUAGCGAGGAUUGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGGUAUUUUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUCGUGGAGUGAUUCGUCUGGUUAAUUCCGUUAAACGAACGAGACCUCAGCCUGCUAAAUAGUUGCUCGCCUUUUCUAUAAGACUUGACAACUUCUUAGAGGGACUUUGUGUGCAACCACAAGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUCCUGGGCCGCACGCGUGCUACACUGAUACGUACAACGAGGUAUAUGUACUUGUACAUCAAUGCUGCUCCGAAAUAGACGAGCUUAAUCUUAUAAAUACGUAUCGUGCUGCGGAUAGAUCGUUGAAAUUAUGAAUCUUGAAGGUGGAAUUCCUAGUAAGCGCACGUCACUAACGUGCGUUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCAAUUUCGAGUGAUCUGGUGAACCUCUUUGGACUGUCGAGCAAUCGCGAAAUUAGAGUGAACCUGACUACUUAGCAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAAUCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...<<<.))))).(((.(((((((.(((((.(((.....(((.(((..((...(((....(..........)...)))))......(((......((((..((..((....((((..........................((((....(((((((.....))))))).....)))).....(((((..((....))..)))))....((((((.........(((((..((....))..)))))..........)))))).........(((((((....)))))))...))))...))))..))))..(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))....((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).)))))....(((.((((((....))))))..)))......(((.(((........)))).)).........(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((.......((((...(((.......(((((..((((((((..((((((....)))))).))))))))...)))))......((((..(((((.((((((......))))))))))))))).....................................................................................................................................................................................((((((((............(..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))...))))))).))))).))))...)))....))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{.(((..(((((((.((.........)))))))))..)))...{{..))}}...}}}.....}}}.))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))........((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))...)))))).....((((.(((.((((..(((((.(((..((((....))))..))))))))..)))))))..(((((((......))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((...((((((....))))).)..(((..(((.....)))..))).....)))......)))))))......(...(((((..............)))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..(...((((((((((((..((.(((((((((...(((....))).)))))))))))..)))))))))))))...))))))))..).))..))....((((((((((....))))))))))...........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((((((((((((.((((((((..((((((((.((((((....((((((..(((((((..................((((((....((((..........(((((((...((((((..((((((((((((((....))))))))...))))))...((((......((((.((((((...(((((..((((..((....))..))))))))).)))))).))))..........((....)).))))..))))))......))))))).....((((((((....))))))))...))))...)))))).(((..(((((.....))))).)))...)))))))..))))))......((((.((((((((((.((..((((.(((((.((((((((((........)))).)).).))).))))).((.....)).))))..))))))...))))))..(((((.(((((..............(((((((........(..(((((.((((((((((..((....))....((.((((((.((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..)))))))...((......))))))))))......)))).)))))).))..)))..)..(((..(((.((((..((((((....)))))).)))).)))...)))..((((((.((.(.(((((.((((((......))))))))))).).)).............(((((.(((((((((.((((.(((((...((((.......((((......(((((....((((.(((((((.(((...((....(((((((.(((.....))).)))))))..(((....((..((((.((........))...))))..)))))..((((((((..(((((.((((..(((((((..((((..(((((...)))))))))....)))))))(((((((....))))))).......))))..((((((((((....))))))))))......(((....(((....)))....((((......)))).)))...)))))....))))))))....))..))).(((((((((.((((((((.((((..(((((((..((.((((..(((((....(((((((.((((....(((((((((((....(((.((((((.((((....((((((((((....((((((((((((...((((.....))))......(((((....(((.............)))..........(((((..(..((..((....))..)))..))))).))))).))))))))))))....)))))...)))))...)))).....((((.(((..((......))..))).)))).)))))))))...))).))))))))....)))).)))))))......)))))..)))).(((((((......)))))))..))..))))).......))..)))))))))))).))).))))))..))))))).)))))))))((((((((......((((((((((....)))))..)))))((((..........)))).............)))))))).))))))))...))))).))))))))))))).)))))))))))..))))))).(((((((((.....))))))))).))))).)))))))))........(((((...(((((((...........))))))).)))))....))))))))).(.(((....)))).......)))))....))))))))..))))))...................((((((((((....))))))))))..))))))..) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................................................................................................................((((............))))..................................................................((((((((....))))))))......................((((((...))))))....................................................................................................................(....(((((...)))))).....................((((((....)))))).................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((......................................))))))........................................((((((((((((.........................)))))))))))).......((((((((((((....))))))))))))..................(((((((.......((((.........))))....)))))))................(((((.(((((((..............)))))))..))))).................................................................................................................................................................................................................................................................((((((......................................................(((((((......)))))))....)))))).....................................................(((((((((................................((((..........)))).............)))))))))....................................................(((((((((.....)))))))))....................................((((((((......................((((.........(((....))).......))))...................))))))))..............((((((((((....))))))))))........... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((.((........((...........)).........))...)))))..................................................(((............)))...........((((((.((((.....((((..(......)..)))).)))).))))))......((((...((((....)))).....)))).....................((((((((..))))))))..................................((((((((.......))))))))...................................((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((........((((....(((.....)))..)))).............((((((((((....))))))).)))................................................))))).)))).................................................................................................................................................................................(((((((......)))))))..................................................................................((((((((((((....)))................)))))))))....................(((((((..((((((..................(((.((((((((((((((.....................))))))))))))))....(((....)))......))).....))))))..)))))))........................((((.........))))............................(((..((((((((.((.......))))))))))..)))...((....))...........................(((((....)))))..................((....((((((((.............................................................................................................))))))))....))....................................................(((((.(((.((((..(((((..((((..........))))...)))))..)))))))..((((((((....)))))))).....)))))......................................................((((((((.............................(((.((((......)))).)))............))))))))......((((.((((((..........)))))).................((.(((((((((.....))))))))).))....)))).........................(((((.((.....((((((((((((((.((.((..(...(..((((....)))))...)..)))).))))))))))))))...)).)))))...............(((.(((((....))))).)))............ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((.((((((((....................(((((((((........((((((...)))))).......)))..))))))................................((((((((....))))))))...........................((((((.....(....((((..((....))..))))..)...))))))................................................((....((((((((....))))))))...))...........(((((((((((.....))))(........(((....))).............).........(((((((((...((((((((((((((((........)))))))...))))))))).......................)))))))))....))))))).................((((((....))))))..........................................((((((...................................))))))..(((((.........................))))).....((((....(((((..((((((((..((((((....)))))).))))))))...))))))))).((((.(((((((.((((((......))))))))))))).))))...........(((((((((((((((.((((((((((.........................(((.....((((((((((((.............((((((((((.......))))))))))(((((....)))))......................................................................((((((((((((...((((((......))))))....))))))))))))((.....((((((((((((....)))))))))))).................))............................((((((((.((((.......))))..))))))))....(((((((.........)))))))....(((...(((((.((.(((((((((((((((((((((((((......((.(((((((........(((((((((((..((((((((((((((...((((.....)))).....................................................................................))))))))))))))..))))............................))))))).................)))))))))......)))))))))))))))))))))))))))....)))))..)))....(((((......)))))((((((((((((.....(((....))).....)))))))))))).....)))))))))))).))).((((((((............(((......)))........((((..........)))).............))))))))............))))))))))))))))))))))))).............((.(((((((((.....))))))))).)).............................(((((((...........))))))).................................................))))))))..))))))...................((((((((((....))))))))))..))))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((((.......))))))......(((((.(((((..(......(((((((...............((((....((((.(((((((....(((((((..............((((.((((......(((((((....)))))))......................((((((((((((.((((.....((((..((....))..)))).)))).))))))...............((....)).........................................))))))......)))).))))((.(((((..(((....(((..((((..((.......))..)))))))......))).(.(((((((((....))))...))))).).((.((((........)))).)).((((....))))...))))).))....((((((...(((((...))))).))))))...............((((((....))))))......)))))))..................(((.......(((((((.......((((.....((....)).......)))))))))))............)))...)))))))................((((....(((((..(((.((((..((((((....)))))).)))).)))...))))))))).((((...(((((.((((((......)))))))))))...))))........)))).....))))((((((......)))))).(((((......)))))....((((((....(((........))).....))))))))))))).....)........(((((.((((......))))...(((((............))))))))))............))))))))))..(((((((..(((((.............)))))....))))))).((((((....)))))).((((((.((((....)))).......(((((((..........)))))))......))))))(((((.((((((.........(((((((((((..................))))))))..))).(((((.........))))).......................))))))..((((((.((((......((((....))))....))))..))))))((((.(((((((..((....((((.(((.((((((.......((..............))......(((((((.(((((...(((..((............))..))).....)))))(((((((.((.((((..((((((((....((((((.....((....))(((......)))....))))))....((((((.(..((((..(((((.......................)))))..)))).....(((((((......)))))))..).))))))....))).)))...).))))))).)))))))))))))))).)))).))).))))...............((((........)))).........((((..........))))...............((((......)))).............................((.......)).....(((((((((.....)))))))))......))...)))))))))).)...(.(..((...(((((.........(((...((.(((......((((((..(..(((....)))..)..))))))...))).))...))).......)))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))......))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((.((((((((..(((((.((((.(((((..(((((((((.((.....((((((...)))))).....)))))..)))))).....((((.......))))......((((((((((((((....))))))))...)))))).........))))).)).((((((...(((((..((((..((....))..))))))))).))))))...............((....))........)).....(........((((...((((((((....))))))))..)))).).......(((((((((.....(((((((((.(((.(((((....)))....)).)))..)))))))))(((((((((((.(((((((.(((((.((((........)))).))...))).)))))....((....))........)).))))))))))).)))))))))............(((.((((((....))))))..)))....................................(((((((.......((((()((.((....)))).....))))))))))).((((((...(((((....)).))).....)))))).....((((....(((((..(((.((((..(((((((()))))))).)))).)))...))))))))).((((.(.(((((.((((((......))))))))))).).)))).......(((((((((.(((((((((.((((.(((((....((((......)))).....(((((((((.(((....(())))))))))))..))(((((((.(((.....))).)))))))(((((....))))).(((((......................))))).....................................(((((.((((((((.((((((......))))))))..)))))).)))))(((....((((((((((((....))))))))))))................)))......((((......))))......((((((((((.((((.......))))..))))))))..))(((((((.........))))))).((.((((..(((((.((.(((((((.((((....(((((((((((....((.(((((((........((.....((((..(.(((((((((((((.((((((......((((((((..((......(.........)..(((((...........))))))))))))))).))))))..)...............)))))))))))).)..))))((((.((((((((((((((.......))).))))).....)))))))))))))))))))))...)).)))))))))....)))).)))))))))....))))).)))).....(((((((..((.(.((((.(((((((((.((.((((())))).))).)))))))).)))))))..))))))).))..(((.((((((((....((((...(((((....))))).......((((..........))))....)))).....))))))))))).........))))).))))))))))))).)))))).)))......((((.(((((((((.....))))))))).))))...................(...(((.(((((((...........)))))))..))))................(((....)))........)))))....))))))))..))))))...................((((((((((....))))))))))..))))))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................(((((.(((.......((((.........))))......)))...)))))(.............................................(....(((..((....))))))........)...........((.....((((...(....)...)))).))................((......................))......................(((((((....))))))).............................(((..((((((((.......)))))))))))......((.(.......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))...........(((.((((((....))))))..))).....................................((((((.......((((..(...........).....))))))))))..................................................((.(((...(((((...((((((..(.((....................)))..)).))))))...))).)))))................((((((((((............)))))))))).................................................................................(((((......(((..((..........))....)))))))).....................(((((((..((((((..................((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))....).))).....))))))..)))))))..........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((.((((..(......).))))))))..)))...((....))...........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................))))).......)))))))))....)))))........................((......))...............((((((....((((..((((.....((........))........))))..)))).....((((((((....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....)......................(((.((((.....)))).)))..............))))))))))..(((((((((((............)))))....................((((((((.......))))))))......)))))).................)))(.(.(((((.((...(((.(((..........((.((.(......(.(((....))..))..)..))))..))).......)))...)).)))))..).)..............(((((....)))))................ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................(((((((((........(((.........))).......)))..)))))).............................................(((((......((....)))))))..........(((((....((....(((((..((....))..))))..)))..)))))...............((....))................................((((.((....)).)))).............................((...((((((((.......)))))))).))......(((........((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))...........(((.((((((....))))))........)))..........................................))))).))))............................................................................(((((..(((.((((..((.(((....))).)).)))).)))...))))).................................(((.....(.....((.(((((((((......))))))))).))...).)).)....................................(((....)))...............................(.......(........((((.(((..................)))))))))..(((((((..((((((..................((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....))).....)))).....))))))..)))))))..........(((((((...(...((((.........))))...)))))))).................(((..(((((((.((.(......))))))))))..)))...((....))........................(..(((((....)))))...)............((((....(((((((((.....(((((.....)))..................(....).........))...(((((....((..(..............)..))......))))).......)))))))))....))))..................................................(((((.(((.((((..((((((...(((((...).))))...).)))))..)))))))..(.((((((....)))))).).....)))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(......).....(..................((.(((....))..).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......)))))).................)))(.(.(((((.((...(..(((((((..(((..((((...(...((((..(....).))))..)..))))..)))..))))))))...)).)))))..).)..........(((.(((((....))))).)))............ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((......((((((((...))).))))).((((..[[[[..))))...]]]]........((((((....(((((.........)))))))))))......((((((((((((((....))))))))...)))))).((((((......[[[[.[[[[[[.[[[[.....[[[[....))))))..]]]].]]]].]]]]]].]]]].(((............))))))))).(((....[[[[[[.....)))..((((((((....))))))))..]]]]]].......(((((((((.....((((((((((((((..(((....)))..))))).....)))))))))(((((((((((...(((((.(((((.((((.[[[[[..))))....))))).))))).................]]]]].))))))))))).)))))))))................((((((....)))))).........((((.....((((.........))))((((..[[[[[[[(((....(((....)))..))).......))))..]]]]]]].(((((.............[[[..)))))..]]].......((((....(((((..(((.((((..((((((....)))))).)))).)))...)))))))))(((...[[[((((.((((((......)))))))))))))....]]]..................(((((((......)))))))((((((....)))))).....(((((....((((.(((((((..(((........(((((((.(((.....))).)))))))(((((....)))))...))).........((((..(((((.....((((((((((..(((((.((((...(((....)))(((((((((.(((((((((.(((((......))))))))..)))))).)))))...((((....))))....)))))))).)))))..)))))))))).(((....)))....((((......))))........((((((((.((((.......))))..))))))))....((((((((.((((....(((((.....((((..(((((....(((((((.........((((((((..((((....(((((((.......((((....((((....((((((((((((...(((((...)))))......(((((.....(((............)))(((...(((...((((....))))....)))...)))........))))).))))))))))))....)))))))).(((((((((((((((.....)))).))))).....))))))......))))))))))).....)))))))).........)))))))......)))))..)))).(((((((......)))))))......)))))...........))))))))))))....)))))))))))))))).))))))))).....((((.[[[[[)))).....]]]]]...........((((..........)))).............(((.[[[[))).....]]]]........................(((.[[[...))).((((((((((((.....))))))))...)))).]]]..))))........(((((...(((((((...[[[[....))))))).))))).......]]]].....(((....)))........(((((..[[[[..)))))..]]]]...((((.(((.........((((((((((....)))))))))))))...)))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((..((((.(((((....((((((((.((((..(((((((((.((.....((((((...)))))).....))))))..))))).))))...(((.((.....)).))).((((((((((((((....))))))))...)))))).............((((.((((((...(((((..((((..((....))..))))))))).)))))).)))).(((............)))....))))))))...))))).)))).....((((((((....)))))))).((((.(((.(((((((.((((((((((...)))))(((((((..(((....)))..))))).))..((((..((.((.((((((((((((((((((((((.((((........))))........((((.((((..(((((.(((...((((((...(((((...))))).))))))............((.((((((....))))))..)).(.((((((((((...((.........((.((((((.(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))).............)))))))).))...)))).)))))).).((((....(((((..(((.((((..((((((....)))))).)))).)))...))))))))).((((...(((((.((((((......)))))))))))...)))).......(((((((((.(((((((((.((((.((((.(((((((((((((((.(........(((((((.(((........)))))))))).....((((((.(((.....))).)))))).(((((....))))).(((((...((.((......)).))...))))).).)))).)))))))))))..(((((((..((((..((((.....))))))))....))))))).((((((....)))))).(((((((..((....)).(((((...(((((((..........)))))))))))))))))))..((((......))))......((((((((((.((((.......))))..))))))))..))(((((((.........)))))))((..((((..(((((.((((.(((((.((((....(((((((((((....(((.((((((.((((....((((((((((....((((((((((((...(((((...)))))......(((((....((.........)).((((.(((...(((...((((....))))....)))...))).))))...))))).))))))))))))....)))))...)))))...)))).....((((.(((.....(((...)))))).)))).)))))))))...))).))))))))....)))).)))))))))....))))).))))..)).(((((((..((.((.(((.((((((((((...(((....)))..)).)))))))).)))))))..))))))).((..(((.((((((((....((.(((((......))))).)).((...((((.(.......)))))...))........)))))))))))..))......)))).))))))))))))).))))).))))......((((.(((((((((.....))))))))).))))))).)))))))))))))..(((((...(((((((...........))))))).)))))..))))))))))..)))))))..((((.........)))).))))))).)))))).))))).)))))))...))).)))).(((((((....))))))).))))))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((.((((((((....................(((((((((........(((((.....))))).......)))..))))))............................(((.((((((((....))))))))....)))....................((((((...(((((..((((..((....))..))))))))).))))))...............((....))...............................((((((((....)))))))).....................(((...((((((.((...((((..(((....)))..)))).))))))))...)))........(((((((((((((((((.((((........))))....((((....))))...........................................................((((((....)))).......ccc.cccc.......(((((..........(((((.(((((((...................................))))))).<<<<<.......))))).............>>>>>.............(((((..(((.((((..((((((....)))))).)))).)))...)))))......aa)))))((((.((((((......)))))))))).....AA.........((.(((((.(((((((((.((((.(((((........................(((((....((((.(((((((((...........(((((((.............)))))))(((((....)))))...........................((...((((((((..(((((........((((((............bb.bbbbbb...bbbbb))))))..BBBBB....BBBBBB.BB(((((.((((.{{{))))((((...(((((((..}}}.....)))))))))))..)))))........................)))))[[[[))))))))...)).....]]]].((.(((.((((((((.((((..(((((((.(((.(((....((((.((.(((((((.((((....((((((((.......((.(((((((..............(((((....((((((((((((...((((.....)))).....................................................................................))))))))))))....)))))....((((((.............................))))))......))))))))).......))))))))....)))).)))))))))....))))...)))..(((((((......)))))))..))).))))).......))..)))))))))))).)))..))..)).))))))).)))))))))((((((((................................((((..........)))).............))))))))............))))).))))))))))))).)))))..))........))..(((((((((.....)))))))))............CCCC.CCC.....(((....(((((((...........)))))))..)))...))))))))))..)))))))......................))))))))..))).......................(((((((((....))))))))))))))))))... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((............(((((((...)))).)))..(((((..((....(((((.....)))))..))...))))..)..(((..........................................(((....((((..((....))))))))).....)))..((((.((((.....((((..((....))..)))).)))).))))........((((..((((.....))))...))..))...((.............)).(((((((....))))))).................((((..(..(((((...((((((((((...)))))))))).))..))).))).))....................((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........(..((((((((((....))))))).)))..).........................................))..))))).)))...(....).((.....)).(((.(((((((..........))))))).))).........................(((.........((((((((((((..))))........).))))))))))...(((((((((.((((..(((((......)))))...................................)))..)))))))))...)......((((((.....))))))..((((.....(((....))))))).......((((((..((((((((((((((.................).)))).))).))))))..................((((((((.((((((.((...............(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).))))).....((....))......))))..)).)))))).))))))))....((....)).....((((......))))...........................))))))..((((((..(((((((((.(((...))))))))))))..)))..(((....))).)))......................(((((....))))).......................(((.((((.....)))).)))........................((....))..............................(((..((((....))))..)))...(((.....(((((((((((.((((((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).)).)))))))...((((((.((.((((..((((((((((((.....).))).)))..)))))..))))).)..((((((((....))))))))....)))))).............(((..((((..(((...)))))))..)))........(((.((((((((..(((((.(.....((................(((((....)..)..))))).).)))))...)))))))))))..((((((.(((((..........)))))....((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).)))))))))....((((.((..((..((((((((.(((..((((...((...(((.((....)))))...)).))))..))).))))))))).).)).)))).............)))..(((((((....))))))).)))))))...).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((..((((.(((((....((((((((.((....(((((((((.((.....((((((...)))))).....))))))..)))))...))...................(.....).((((((((....))))))))...(((....))).........((((.((((((...(((((..((((..((....))..))))))))).)))))).))))..........((....)).....))))))))...))))).)))).....((((((((....)))))))).((((.(((.(((((((.(((((....(((.((.((..(((((..(((....)))..))))))))).)))...........((((((((((((((((((((.((((........)))).........(((((.((..(((((.(((...((((((...(((((...))))).))))))..............(((((((....)))))(........((.((((((.(((((((((.......(((((..((((.(((......((((((((.((....))))))...))))(((.....)))............))).))))..)))....))......((((....(((((..(((.((((..((((((....)))))).)))).)))...)))))))))..)))))))))((.((((((......)))))))))))))).)).....)..(((((((((.(((((((((.((((.(((((.(((((((((..(((.(........((.(....(((........)))...).))....(((((((.(((.....))).)))))))((((......)))).(((((......((......))......))))).).)))...)))))))))....((((((..((((..((((.....))))))))....))))))..((((((....)))))).(((((((....((((((((((((....))))))))))))................)))))))..((((......))))........((((((((.((((.......))))..)))))))).....((((((.........))))))..(..((((..(((((.((.(((((((.((((....(((((((((((....((.(((((((.((((....((((((((((....((((((((((((...(((((...))))).......(((....................(((.(((...(((...((((....))))....)))...))).))).....)))..))))))))))))....)))))...)))))...)))).....((((.(((..............))).)))).)))))))))...))).))))))))....)))).)))))))))....)))))..)))).)...((((((..((.(.((((.(((.((((((...(((....)))..))).))).))).)))))))..))))))..((..(((.((((((((.......(((((......))))).........((((.(.......))))).............)))))))))))..)).....))))).))))))))))))).))))).))))........)).(((((((((.....))))))))).....))).))))))))))))...(((((...(((((((...........))))))).)))))..))))))))))..)))))))..((((.........)))).)))(.(......)).))))).)))))))...))).)))).(((((((....))))))).))))))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((......)))...))(((.....((((.......(((..(...((....(((((...........................(((.......(((.....)))...).....)).((.....(((((((......))))))).))(.((((((((.....((((....................))))...)).)))))).).....(.((((..((..))..))))).)))))...)).)..)))...((...(.(((..((((((((.......)))))))))))......)))....((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).).((....))..)))))))))......(((((((...((((...))))).)))))).......((..((((((((((....))))))).)))..))..((..(............)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((.....((((.......(.(((..(((.........((..(...(.(((...(.((....))....(...)..)).))))))(((....)))........................................((((.(((((......)))))..))))................((.(((((.......((...((((...))))(((....)))....))......)))))...)).........(((.(((((................(.................)))))))))(((((.......(((((..............(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....))).....))))..)..))))))))))))))...)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.((((..).)))))))))))..)))...((....))..)))......)))..)(((...(((..((((....))))...)))............((((((((((((((.....))))((((.(((((.......(((.((((.((((....)...)).)))(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).))))).......)))))((((...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...).))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((.......))))).))))))..)))))))..((((((((....)))))))).....))))))....))..)))......((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((......................(((.((((......)))).)))....)))......))))))))))...(((((((((((..........))))))....(.(((....))).)(((((((((((.....)))))))))...)).))))))))))))((....))))))))(((((((((.((..(..((((((((..(((..((.((..(...(..((........)))...)..))))..)))..)))))))))..)).))))...).))..)))))))(((((((((....)))))))))))))))...... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((...............((((...))))..(((((((((.......((..(.......))........))))..))))))........(((......((....((((...................(...(..(((((....)..(((.....))).........))))......((((..(......)..)))).)...((((((((.....((((...(((......))).....))))...)).)))))).......(.((((.(((..))).))))).)))))...))....)))..........(((..((((((((.......)))))))))))....((((((...((((((((....))))...))))((...((((((.(.....))))).))...))...((((((..((..((((((..((((((...(((((...))))).))))))(..........((((((((((....))))))).)))......((..................))........((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))).............(((((((.............((((..(((....(........(...((.((.(((...............))).))))((.....)).............................................(((.....)....))...........).........)...........((....).........)((((...))))(((....)))...............................(((.(((((................((...............))))))))))(((((.......(((((..............(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....))).....))))..)..)))))))))))))............(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((..((((((((.(((.....)))))))))))..)))...((....))..)))).....))).((...))((((..((((....))))...))))...........(((....(((((((((((.((((((((...)))))...(((...))))))(((....)...))....))...(((((....((.....(((........))).))......))))).......)))))))))....)))(((...(((((..((....))..)).((......))...).))))))))).(((((.(((.((((..(((((.(.((((........)))))...)))))..)))))))..((((((((....)))))))).....))))))))))))....).(((..((((...(.....).))))..)))))))))..(((.(((((((.....(((......................((((((((......))))))))....)))......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))))))))))(((((((.((..(..((((((((..(((..((.((..(...(..(((......))))...)..))))..)))..)))))))))..)).)))))....))......)))(((((((((....)))))))))))))))...... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((.(((((..((....(((......)))...))........((((.......(((.....(((....(((((...........................(((....).((((.....)))...).....)).((.....(((((((......))))))).))(.((((((((.....((((....................))))...)).)))))).).....(.((((..((..))..))))).)))))...)).)..)))(..((.....(((..((((((((.......)))))))))))......)))....((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).).((....)))))))))))))......(((((((...((((...))))).)))))).......((..((((((((((....))))))).)))..))..((..(............)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))(((((....(((((.......(((((..(((.........((..(...(.(((...(.((....))....(...)..)).)))))).(......).........................................((((...(((......)))....))))................((.(((((.......((...((((...))))(((....)))....))......)))))...)).........(((.(((((................(.................)))))))))(((((.......(((((..............(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....))).....))))..)..))))))))))))))...))((....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))((((..(...(((.((((((..((((((((.((((..).)))))))))))..)))...((....))..)))......))).((...))..))))))).)))..)))).)))))...........(((((((((.((((.....))))(((.((((((..............((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).))))).......))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..).))))))..(.(((((.(((.((((..(((((((((...((.......))))).))))))..)))))))..((((((((....)))))))).....)))))).......))))))))..((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((......................(((.((((......)))).)))....)))......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).))((((((((((.....)))))))))...)..))))))))))))((....)))))...(((((((((.((..(..((((((((..(((..((.((..(...(..((........)))...)..))))..)))..)))))))))..)).))))...).))..))..)))(((((((((....)))))))))))))))...... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.(((...............((((...))))..(((((((((.......((..(.......))........))))..))))))........(((......((....((((...................(..((..(((((((.((....)).)))............))))......((((..(......)..)))).))..((((((((.....((((...(((......))).....))))...)).)))))).......(.((((.(((..))).))))).)))))...))....)))..........(((..((((((((.......)))))))))))....((((((...((((((((....))))...))))((...((((((.(.....))))).))...))...((((((..((..((((((..((((((...(((((...))))).))))))((.........((((((((((....)))))).))))......((..................))........((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))).............(((((((.............((((..(((....(............((.((.(((...............))).))))((.....)).............................................(((.....)....)).....................)...........((....).........)((((...))))(((....)))...............................(((.(((((................((...............))))))))))(((((.......(((((..............(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....))).....))))..)..))))))))))))))...))......(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((..((((((((.(((.....)))))))))))..)))...((....))..)))).....)))(((...))((((..((((....))))...)))).....)......((....(((((((((((.((((((((...)))))...(((...))))))(((....)...))....))...(((((....((.....((..........)).))......))))).......)))))))))....))((((...(((....((........)).((......))...).))))))..).(((((.(((.((((..(((((.(.(((..........))))...)))))..)))))))..((((((((....)))))))).....))))))))))))...)).(((..((((...(.....).))))..)))))))))..(((.(((((((.....(((......................((((((((......))))))))....)))......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))))))))))(((((((.((..(..((((((((..(((..((.((..(...(..(((......))))...)..))))..)))..)))))))))..)).)))))....))......)))(((((((((....))))))))))))))))..... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((..((((.(((((....((((((((.((((..(((((((((.((....(((((((...)))))).)...))))))..))))).))))((((.......))))......(((...((((((((....))))))))..bbbb))).BBBB........((((.((((((...(((((..((((............))))))))).)))))).)))).......................))))))))...))))).)))).....((((((((....)))))))).((((.(((((((((((.(((((....((((((.((..((((((.(((....)))).))))))))))))).........(((((((((((((((((((((((((((.(.....))))).)...((([[[[)))....(((((.(((...((((((...(((((...))))).))))))...........((({{{{...............)))......(((((..(((((((((....((((((((.(((((.((((.....((((((((.((....))))))...))))(((.....)))...........)))).))))).)))....))))).(.((((....(((((..(((.((((..((((((....)))))).)))).)))...)))))))))).)))))))))((.((((((......)))))))).)))))...........(((((((((.(((((((((.((((.((((((((((((((((((((..............(((.<<<<.<<<<<<...)))........(((((((.(((.....))).)))))))(((((....))))).(((((......................)))))...)))).)))))))))))..(((((((..((((..(((((...)))))))))....)))))))(((((((....)))))))(((((((....((((((((((((....))))))))))))................)))))))..((((......)))).........(((((((.((((.......))))..))))))).......((((((.((((....(((.......((((..(((((.((.(((((((.((((....(((((((((((....((.(((((((.((((....((((((((((....((((((((((((...(((((...)))))......(((((..................((((.(((...(((...((((....))))....)))...))).))))...))))).))))))))))))....)))))...)))))...)))).....((((.(((.....(((...)))))).)))).)))))))))...))).))))))))....)))).)))))))))....)))))..)))).(((((((......)))))))...aaaaa)))...........))))))))))AAAAA...........>>>>>>.>>>>.(((.((((((((.......(((((......))))).........((((.(.......))))).............))))))))))).........))))).))))))))))))).))))).))))......}}}}.(((((((((.....))))))))).....))).)))))....]]]]..(((((...(((((((...........))))))).)))))..))))))))))..)))))))..((((.........)))).)))))..........))))).))))))).).))).))))((((((((....))))))))))))))))))... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........(((((......((((..(((((((........))))............((((...(((...((((((...............(((.....)))......................(((((..((....))))))).......)))))).............((((..((....))..)))).))).((((((..............((((....))))......((....)).)))))).........((((((((..))))))))....))))..........................((((((((.......)))))))))))....((((((...((((((((....))))...)))).(((((((((.((.....(((((...(((((.((((...(((.(((((((((..((((((...(((((...))))).))))))...............((((((....))))))..........................................(((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))..))))........((((((((............(((((..(((......................................................................................................................................................................((((((...((........))..)))))).......((((((...............................................((((..............(((((((..((((((........................(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))..............))))))..)))))))....((....))...........))))(((((((((..(((.((((((...(((((......(((....(((..(((((((..............)))))))..)))...((....))...........)))(((....))).))))).....)))))).((((..(((.....(((((....(((((((((((.((((((((...)))))...(((...))))))(((....))).)).........(((((.((.....((.(((.(....).))).))....))))))).......)))))))))....))))))))))))........))).))))))))).)))))).....))))))))..((((.(((.((((..((((.........................))))..)))))))........(......)...........))))))))))))..)))))...))))))).)))))....)))))....)).))).(((.(((((((.(.....)......................(((.((((......)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......)))))).)))))).........))))))...((((.((......(((((((..(((..((.....(...(..(((......))))...)....))..)))..)))))))....)).))))..))))...)))))......(((((....)))))................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((.((((((((..((((((((.((((((....((((((..(((((((..................((((((....((((..........(((((((...((((((..((((((((((((((....))))))))...))))))...((((......((((.((((((.((((.....((((..((....))..)))).)))).)))))).))))..........((....)).))))..))))))......))))))).....((((((((....))))))))...))))...)))))).(((..(((((.....))))).)))...)))))))..))))))......((((.((((((((((.((..((((.(((((.(((((.((((........))))....))))).))))).((.....)).))))..))))))...))))))..(((((.(((((..............(((((((........(..(((((.((((((((((.(((((............(((((.(((((((.......((((((((.((....))))))...)))))))))))...((......))))))))))))....)))).)))))).))..)))..).((((..(((.((((..((((((....)))))).)))).)))...)))).((((((.((.(.(((((.((((((......))))))))))).).)).............(((((.(((((((((.((((.(((((...((((.......((((......(((((....((((.(((((((.(((...((....(((((((.(((.....))).)))))))(((((....))))).............(((((.(((((((.....((((((((((..(((((.((((.............((((.((((.((((((...((((((......))))))....)))))).))))....((((....))))....)))))))).)))))..)))))))))).(((....)))....((((......)))).......)))))..))..))))).....))..))).(((((((((.((((((((.((((..(((((((..((.((((..(((((....(((((((.((((....(((((((((((....(((.((((((...............((((....((((((((((((...((((.....))))......(((((....((.........)).((((.(((.(.(((....((..(....)..)).))).).))).))))...))))).))))))))))))....))))((((.(((((((((((...((....))...))))).....))))))))))..)))))))))...))).))))))))....)))).)))))))......)))))..)))).(((((((......)))))))..))..))))).......))..)))))))))))).))).))))))..))))))).)))))))))((((((((......((((((((((....)))))..)))))((((..........)))).............)))))))).))))))))...))))).))))))))))))).)))))))))))..))))))).(((((((((.....))))))))).))))).)))))))))........(((((...(((((((...........))))))).)))))....))))))))).(.(((....)))).......)))))....))))))))..))))))...................((((((((((....))))))))))..))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................((((.((((....((((.((((.((((.((....(((((.......)...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))......))))))...)))).........)))).((((((....((........((((((..........))))))..)).))))))....((((....((((........)))).))))((((((((......((((..((((......)))).....))))...)).)))))).....((..((((.((((.....))))))))..............(((((.((((...(((.....(((((((.......))))))).))).))))..)))))....)).((((.((((((........)))).))...))....))))))))))((((((...((..(((...))....)))..)......((.((((......((...))))))...))((.....((.....(((((..........))))).)).)).)))))...........(.(((((.((((....(((...((.(((((....(((((.....(((((((((.(((..(((...((((.....((.....(..........)...)).....)))).....))).))).....(((........((((((......)))))).........))).........)))))))....((((..(((((...(...(((......))).....).....)))))....))))....(...(.....(((((..............)))))).)((((...(((((.(....(((((((((((((.((.((((((......)))).))...))).))))))))....(((....)))..)))).)...)))))...))))...(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..((((((..(...(((.((((((..((((((((..............))))))))..))).............))).....)))...).......)))))).))..))))).)))))...)).....)))...)))).......)))))...)(((((((((.....))))).))))..........(.(((((((.((((..(((((...(((((........)))))....)))))..)))).))(.((((((((.....))))))))...))))))....)....((................)).((.((((((((....(((.......((((((((....))))))))....))).....))).)))))...))((((((((((............)))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))))........................((((((...(((((..(.((((..))....)))......)))..............))..)))).))............((((((.(((....)))))))))........ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((.((((((((.......(((.((((((....((((((..((((((...................(((((...................(((((((.............(((.((((((((....))))))))....)))......(((((....((((.((((((...((((...((((..((....))..)))).)))).)))))).))))..........((....))..)))))............))))))).....((((((((....))))))))...........)))))......((((((...))))))........))))))..))))))....................((((((((.((.((((.((.(((((((........)))).)).)..)).)))).....................)).))))))))...(((((.(((((..............(((((((.........((((.....((.((((((.(((((((((............................((((((((.((....))))))...))))................................................((((....(((((..(((.((((..((((((....)))))).)))).)))...)))))))))..)))))))))((.((((((......)))))))))))))).))..))))..(((.(((((.(((((((((.((((.(((((..............((((......(((((....((((.(((((((((...........(((((((..(.......)..)))))))(((((....))))).................................((((((((..(((((..................(((..((((.((((((...((((((......))))))....)))))).)))).....(((....)))......))).....)))))..))))))))....((....)).....((((......)))).......................................(..(((.((((((((.((((..(((((((..((.((((..(((((.((.(((((((.((((....(((((((((((....(((.((((((.((((....(((((.((((....((((((((((((...(((((...)))))......(((((.................................(((((.....((..(......)..))...))))).))))).))))))))))))....))))....)))))...))))....................................)))))))))...))).))))))))....)))).)))))))))....)))))..)))).(((((((......)))))))..))..))))).......))..)))))))))))).)))...)..)).))))))).)))))))))((((((((...........(((((....))))).......((((..........)))).............)))))))).)))).......))))).))))))))))))).)))))..)))...))))))).(((((((((.....))))))))).))))).)))))....................(((((((...........)))))))..........)))))))))..........((((.........))))...))))))))..))))))...................((((((((((....))))))))))..))))))... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((.((((((((..((((((((.((((((....((((((..(((((((..................((((((....((((..........(((((((.................((((((((....))))))))..((((((.....(((((....((((.((((((...(((((..((((..((....))..))))))))).)))))).))))..........((....))..))))).....)))))).))))))).....((((((((....))))))))...))))...)))))).(((..(((((.....))))).)))...)))))))..))))))......((((.((((((((((.((..((((.(((((.((((((((((........)))).)).).))).))))).((.....)).))))..))))))...))))))..(((((.(((((..............(((((((........(..(((((.((((((((((..((....))....((.((((((.(((((((.......((((((((.((....))))))...)))))))))))...((......))))))))))......)))).)))))).))..)))..).((((..(((.((((..((((((....)))))).)))).)))...)))).(((((((.....(((((.((((((......)))))))))))...................((((.(((((((((.((((.(((((.((((((.......((((......(((((....((((.(((((((..(((........(((((((...((....))..)))))))(((((....)))))...)))................((..(((...((((((((..(((((.((((..(((((((..((((..(((((...)))))))))....)))))))(((((((....))))))).......))))((((((((((((....))))))))))))....(((....(((....)))....((((......)))).)))...)))))....))))))))...)))..))..(((((((((..(((((((.((((..(((((((..((.((((..(((((....(((((((.((((....(((((((((((....(((.((((((...............((((....(((((((((..(...((((.....))))......(((((....(((.............)))..........(((((..(..((..((....))..)))..))))).))))).)..)))))))))....))))((((.(((((((((((...((....))...))))).....))))))))))..)))))))))...))).))))))))....)))).)))))))......)))))..)))).(((((((......)))))))..))..))))).......))..)))))))))))..))).))))))..))))))).)))))))))((((((((......((((((((((....)))))..)))))((((..........)))).............)))))))).))))))).)))))))).))))))))))))).)))))))))))..))))))).(((((((((.....))))))))).))))).)))))))))........(((((...(((((((...........))))))).)))))....))))))))).(.(((....)))).......)))))....))))))))..))))))...................((((((((((....))))))))))..))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
UAUCUGGUUGAUCCUGCCAGUAUUAUAUGCUGAUGUUAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUGUAAGUAUAAAGACCAAGUAGGAUGAAACUGCGGACGGCUCAUUAUAACAGUAAUAGUUUCUUUGGUUAGUAAAAUACAAGGAUAGCUUUGUGAAUGAUAAAGAUAAUACUUGAGACGAUCCAGUUUGUAUUAGUACAAAAUGGCCAAUUCAUUCAAUGAAUUGAGAAAUGACAUUCUAAGUGAGUUAGGAUGCCACGACAAUUGUAGAACACACAGUGUUUAACAAGUAACCAAUGAGAAUUUCUGAUCUAUCAAUCAGUUGGUAGUAUCGAGGACUACCAAGAUUAUAACGGAUAACGAGGAAUUGGGGUUCGACAUCGGAGAGGGAGCUUUACAGAUGGCUACCACUUCUAAGGAAGGCAGCAGGCUCGUAAAUUACCCACUUUCGAAUUGAAGAGGUAGUGACGACACAUAACUCUAGAGUUGAGUAAAAUCAAUUCUUGAAGGAAUGAGUAGGAGGUAAAUUCUCCUACGAAAUCAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGUGUAUAUUAAAGUUGCUGUGAUUAAAACGCUCGUAGUUGAAUUAAAAUGUGGUUUUAUACAUUUUGAAGACUUUAUGUAAGUAAAGUUUCUAGAAAUGUUAAAUUAAAAUCAAAGAAGGAAACAAUUCAAGUAAUUGAGUUGUUAUUACUUUGAAUAAAAUAAGGUGUUUAAAGCAAAACAUUAUGUUAAUGAAUAUUCAAGCAUGGGACAAUGCUGAGGGGAUGUCAAUAAGACAUUUCGAGAGAAGGAUUAAAAGGAACAAUUGGGGUGAUUCAGAAAAUAACGGGAGAGGUGAAAAUCCAUGAUCGCUAUAAGAUGCACGAGAGCGAAAGCAUUUCACUCAACUGUGUCCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGGGGAUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCCUAACUAUAAACGAUGUCAACCAAGGAUUGGAUGAAAUUCAGAUGUACAAAGAUAGAGAAGCAUUGUUUCUAGAUCUGAGUAUAUCAAUAUUACCUUGUUCAGAACUUAAAGAGAAAUCUUGAGUUUAUGGACUUCAGGGGGAGUAUGGUCACAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACACCAGGAGUGGAGCCUGCGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUUACCAAGACCGAACAGUAGAAGGAAUGACAGAUUAAGAGUUCUUUCAUGAUUUAUUGGGUAGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCAGGUUAAUUCCGGUAACGAACGAGACUGAAACCUAUUAAUUAGUUUUCUGCCUAUAAGACAGAAAUGUUCGCAAGAACAGGUGCGUAAGUACCACUUCUUAAAGGGACACAUUUCAAUUGUCCUAUUUUAAUUGUAGUUAUCUAAUUUCGGUUAGACCUCUUUUAACGUGGGAAAAAGAAAAAGGAAGCAUUCAGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGACAUCUUGGGCCGCACUCUCGCUACAAUGGAGUUACUAGAGAGUAUUUUAUCAUUUACACCUUAUUUAUUAGGCUUUGUCUAAUAAUUAAGGAUAGUAAGUGGUGUACCGAGAUUGAAAUAGUUAAGGAAAACUCAAAAGAACGUACAUGACAGGGAUAAAUGAUUGGAAUUAUUUGUUUUGAACGAGGAAUUCCUUGUAAUAUCGAGUCAUUAACUCGAGAUGAAUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAAUAAAGAGGUGAAAUUCUAGGAUUCUGUCUUAUAGAUAGAAAAAUGGAUUUAAAUCUCCUUAUUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...{{{.))))).((((((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....(............)...)))))......(((......((((..((..((....(((...........((((....(((((((.....))))))).....))))........(((((((((....)))))))))...(((((((..((((.(((....)))..))))....)))))))................((((((((((...))))))))))......)))...))))..))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....((((((((((((......))))))))).)))......(((((((.......)))))))........(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((...<.((((...(((..........................................................................................................................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<.(((..(((((((((((...(((((((..((((...(((((...)))))...))))..)))))))...)))...))))))))..)))...<<..))>>....>>>....>>>>))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((.((..((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.((((((((..............((((....(((((((....(((((..(((((....)))))..)))))........)))))))..))))......)))))))).....((((((....))))))((((((((.............)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)..))))))))))...(((((((.....(((.....((((((((((.(((((.(((((((((...))))))))).)))))...))))))))))..((..((((.....))))..))....)))....)))))).)......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..((((((((((((((((((...))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......(((((((..((((((...))))))..((((..((((...((((((.((.(((.((((((.(((((.....(((..(((((((..((..........((((((((..((((.(((((((........((((.....((((((.....))))))......))))...((..(((.((((((....)))))).)))..(((((((...)))))))......((.((((((((.....)))))))).))))....((((.((((((...)))))).)))).))))))).))))..(((((((.....((((..((((((((.......))))))))))))....(((((..(((....)))..)))))..)))))))..((((((((((.(.(((((.((........))..((((.((((((.(((...)))...(((((.((((((................(((..(((.((((((((......)))))))).).))..))).((((((((.....))))))))....)))))).)))))..)))))).))))...)))))).))))....))))))................))))))))........))..)))))))..)))......)))))))))))..((((.(((((((((....))))))))).))))...............((((((.((..((((((((((....)))))))))).)).))))))....((((..((((((......))))))..))))......))).)).)))))).........((.(((.((((.....))))....(((............((((.((((((..(((...((((((((.....((.((((......(((((((((((.((((.((((.....((....)).((((((((...(((((((....(((...(((....)))....(((((....))))).))).((((((...((((..........((..(((.((((...)))).)))...))..((((((..((((..((((((...))))))..))))..))))))........(((.(((((((((((((.((....)))))))))).)))))...)))..((((..((((....))))...))))..))))..))))))..)))))))....))))))))..)))))))).....((((((..(((...............))).......((((((((............))))))))........)))))))))))).))))).(((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).)))))))))........)))).)).....))))))))(((.(((((.((...(((((....)))))(((((....))))).))))))).)))....)))..)))))))))).((((((((((.....((.(((((((((.(((((((((((.........))))).........((.....))......)))))).....((((..((....)).))))...((((((...((......)).....))))))....((((((((((.(((((.(((((((((...))))))))).)))))...)))))))))).))))))))))).))))))))))....)))........(((((...(((((((........((((((.((((((...)))))).))))))........((((((.....)))))).........))))))).....)))))......))).)).(((((.((..((((((((.(((((..((.((((...(((((((.....)))))))...)))).))..))))).)))))))).)).))))).)))).))))......((((((((....))))))))))))))).)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((((.......)))))))).....................................................................................................(((((...))))).......................((((((((......)))))))).......................................(((((((...................................)))))))..........................................................................................................................................................................................................(((((......)))))..................................................((((((.................................................................))))))..........................((((((((.......((((.........))))....))))))))..............................((((((((.............................))))))))............................((((....))))........................................................................................................................(((...(((((((..............................)))))))))).........................................................................................................(((((....)))))...............................................((((((((..............)))))))).................................................................................................................((((((((((.(((((.(((((((((...))))))))).)))))...))))))))))................................................((((((((((((....))))))))))))......................((((((.....))))))...............................................................................................................................................((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................((((.((........((((.........)))).........))...))))................................................................((((((.((((.....(((((................))))))))).))))))....((((..((((...)))).))))...................(((((.((((.......)))).)))))...................(((.....((...((((((((.......)))))))).))......)))......................((((((..((.((((........)))).))...)))..))).((((.(((((........((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((....)))))))))).)))..............................................))))).))))................................................................................................................................................((((((......))))))..................................................................................................................((((((((.((((((......((((((((((((((((((((...(........)...)).))))))))))))))....(((....)))..)))).....)))))).)))))))).......................((((.........))))............................(((..((((((((............................................................))))))))..)))...((....))...........................(((((....)))))...........................((.......))............................................................................................((((((((...(...................((....................))..............(((((.(((.((((..(((((.(((((..............................................................................................)))))...)))))...))))...)))..................)))))..................((((...........)))).................((((((((.......................................................................((((((((.....))))))))..........))))).))).....(((((.((((((..........))))))................(((.(((((((((.....))))))))).)))...))))).......)....))))))))....(((((.((...((((((((((((((.((((..(...(((((((.....)))))))...)..)))).))))))))))))))..)).)))))...............(((.(((((....))))).)))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((.........................................................)))))))....................................................((((((....))))))............................((((((((((....)))))))))).((((((((...)))))))).....(((((((((((.....)))))))))))......(((((((((((...)))))))))))...........................((((..((((((((.......)))))))))))).......................((((((((((((((....((((((((((((((((.(((((.(((((((((((.((((((((.........................(((...(((....)))....))).((((((((......))))))))...........((((((((.....))))))))........((((((...................................)))))).............................................................(((((((..(((((((((....)))))))))...)))))))..........((((((.....((((((((((....))))))))))....)))))).........(((((((......))))))).................(((((......)))))...((((((((.....))))))))..................................................................(((((..............))))).......................................(((((((((((((....)))))..............))))))))..........(((.((((...)))).)))......(((((((((((((((((((((...)))))))))))))))))))))...........((((((((((((.(((....)))))))))).))))).................................................................)))))))).............................((((..(((........((((((((............))))))))...........)))..)))).....)))))))))))..)))))))))))))))))))))..))))))))))))))......................(((((((((((((((((((((........((((((((((((....))))))))))))...((((((.........))))))................................((((((.........................................(((((((((((........)))))))))))..((((((..................))))))....((((((((((.(((((((((((((((...)))))))))))))))...))))))))))......................................(((((.(((((((((........(((((((((((((...)))))))))))))......(.((((((.....)))))).).......)))))))))...)))))..............................)))))).............)))))))))))))))))))))...........(((((((.........))))))).............((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.......))))).))..........(((((.......((((............(((......................)))....)))).....))))).....((((((((((............)))))).)))).(((((((((((((....((((((........(((.((((((....)))))).)))(((((((.............(((((((.((((((((.....)))))))).))......((((.((((((...)))))).))))..............))))).((((....(((..((((((((.......)))))))))))......))))......))))))).......(((.(.((.(((((......((((((((((..((((((.(...((..((((((((.....(.(((....((......))...))))(((((.((((....(((.((((((((......)))))))).).))......(((((((.......)))))))........((((((.......((((.....((....)).......))))))))))..))))........)))))...........(((((.................(((((((..((((((...(((((((((....)))))))))....))))))......)))))))..((((..((((((((((....))))))))))....))))...........(((((.............(((((((............)))))))............((((((((.....))))))))........................(.((((((............(((..(.((.......)).)..))).................((....))...)))))).)(((((.((((...............((((((....(...((((.........))))...).))))))..............................(((...((((((...((((...(((((...)))))...))))...))))))...))).(((((.....(((((((.((....))))))))).........))))).....)))).))).))..............................)))))..)))))))))))))...........(((.....)))..............))...)..))))))........((((((((...................((.((((((((.(((((((((((.((((.((((((.(..........).)))))).)))).....((.(.((((.(((.....))).)))).).))....((((....))))...)))))).)))...)).)))))))).))....((((((.........)))))).)))))))))))))))))).............((.(.......).))................((..............((((((.((((........)))).)))))))).))))).)).).)))...........)))))))))))))))))))(((((.(((((((((...))))))))).))))).........((((..((..................................(((((.(.((((((.........((((((.((((.......)))).))))))........((((((.....))))))..........))))))...).)))))...(.(..((...(((((.....((((((((.(((((..((.((((...((((((((...))))))))...)))).))..))))).))))))))....)))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))))..)))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))(.......)(.....................)..................((..((((.......))))))........((((....))))...(.((((((.(.......)..))))))..)(((((.......))))).................(((.(((((((()))))))).))).((((((((...)))))))).....((.((((((((.....)))))))).))......((((.((((((...)))))).)))).....................((....((((..((((((((.......))))))))))))......))...............(((((..(((((((....(((((.((((((.(((.(((((.(((((((.(((.((((((((..............((......))((((..((((....))).)..))))((((((((......)))))))).....((....((((((((.....))))))))....)).(((((((.......((((()((.((....)))).....)))))))))))................(((((((.........)))))))................((((.((((((((.(((((((((....))))))))))..)))))))))))......((((((.((..((((((((((....)))))))))).)).))))))....((((.(((((((......))))))).)))).........((.(((((......))))))).((((((((.....)))))))).......................................................(((........(((((..............))))).....)))(((((...(((((((.....((((.......(((((((((((((....)))))..............))))))))........(.(((.((((...)))).))).)....(((((((..((((..((((((...))))))..))))..))))))).(((((.(((((((((((((((.((((....)))))))))).)))))...))))..)))))((((....))))..............)))).....)))))))....))))))))))))).............................((((..(((...(((..((((((((..(.......).))))))))........))))))..)))).....))).)))))))..)))))))).)))))).)))))..)))))))..)))))...........(.........).((((((.(.....).))))))(((((....)))))(((((....))))).....(((..((((((.........))))))....))).........((((((....))))))..(((((...........))))........................)((((((.((((.(....).)))).))))))..(((((((((.......))).....))))))....((((((((((.(((((.(((((((((...))))))))).)))))...))))))))))......................................(((((.(.((((((((((((((....))))))).......(((((((()))))))).((.((((((.....)))))).))......))))))).)...)))))...((...((.(.(((((.((..((((((((.(((((.(((.((((...((((((((...))))))))...)))))))..))))).)))))))).)).)))))..).))......))((((((((((....))))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................(((((((.......((((.........))))........).......(((..................................((((..((....)))))).........))).................((.(((..........))).))...........................................................((((.................))))............................(((..((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............((..((((((((......))))))))...))...................................((((((.......((((..(...........).....))))))))))................................................((((((((.(....((.((((....(...))).).)))...))))))))).............((((((((..((......))))))))))........................................((.(.....))).............))))))......((((.(.....).)..)))...............(((((((..((((((......((((.(.(((.((((((.((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...)))))))).......................(((...................((((....((.......))....))))......................))).........((....))...........................(((((....)))))................((((....((((((((......(((.(...)))).................(....)..............(((((.(((.......................)))....)))))..))))).)))....)))).........................((......))..............((((((....((((..(((((.....(.............(((((....)))))........)...)))))..)))).....(...............(...((.......(...(.........(.............))..).........))...))....))))))..................((((...........)))).............(((.((((...........((..........(............(((.((...)).)))..............).......................).........)..........)).)))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((....(((((((..(((..((((..(...((((((((...))))))))..)..)).))..)))..)))))))...)).)))))..).)..............(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................(((((((((.......((((.........))))........)))..))))))..................................((((..((....))))))...........((((....(((......((..((((......)..))..))).)))....))))..(.((..(....)...)).).........................((((.................))))............................((...((((((((.......)))))))).))......(((.......((((....))))..((((((((..((((((........)))).)).).)))..))))((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))............(((.((((((((......))))))))..)))..............................................))))).))))................................................................................((((.(.(...................................)))....))).....................((..........))......................................(((.....))..).............................(((((...........))))).......(((((((..((((((.((...((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..))))...))))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...)))))))).................(.(..(((............(((((....((.....................))....)))))...............)))..))....((....))........................(..(((((....)))))...)............((((....((((((((........(......).......................................(((((..................................)))))..)))).))))....)))).........................((......))..............((((((....((((..((((.......(.(..........(((((....)))))........))...))))..))))...........................................((((.((....)).....)))..)....................))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.................(....(.((.((.((.................)).)).))...)....)...............................))).......))).))))..((((((((((((..........))))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......)))))).................)))(.(..((((.((...((((((((..(((..((..(.(...(((((((.....)))))))...).).))...)))..))))))))..)).))))...).)...........((.(((((....))))).)).......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((..((((((...))))))...............((((((.............(((((((..........(((((((...(((........((((((((..((((.(((((((........((((.....((((((.....))))))......)))).......(((.((((((....)))))).))).((((((((...))))))))........((((((((.....)))))))).........((((.((((((...)))))).)))).))))))).)))).((((((((.....((((..((((((((.......))))))))))))....(((((..(((....)))..)))))..)))))))).((((((((((...(((((.....(((....)))((((.((((((.(((...)))...(((((.((((((((((...(((....)))....))))((((((((......))))))))...........((((((((.....))))))))....)))))).)))))..)))))).))))...)))))..))))....))))))((((.....))))...)))))))).........))))))))))...........))))))).....(((((.(((((((((....))))))))).)))))..............((((((.....((((((((((....))))))))))....))))))....((((.(((((((......))))))).))))..(((....))).))))))............((((((((.....))))))))......)))))))).............((((((((...........(((..[[[[[...)))....]]]]]...((((((....[[[.....))))))..]]]...(((((((....(((...(((....)))....(((((....))))).))).((((((...((((..........(((.(((.((((...)))).))).)))..(((((((..((((..((((((...))))))..))))..))))))).......(((.(((((((((((((.........)))))))).)))))...)))..((((..((((....))))...))))..))))..))))))..)))))))....(((((...[[[[)))))..............]]]]......(((((..(((...(((((((....((((.(((........))).))))..))))))))))..)))))......(((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).)))))))))..................(((.[[[[[[.))).....]]]]]](((((....)))))(((((....)))))..........((((((.........))))))............((((((((((....)))))).[[[...))))..]]].....(((.[[[[.....))).(((...(((....)))..)))]]]].(((.....((((.....(((((.((((...(((.((((....)))).))).((((((((.(((((.(((((((((...))))))))).)))))...)))))))))))).)))))........(((................)))(((((...(((((((........((((((.((((((...)))))).))))))..(((...((((((.....))))))......)))))))))).....))))).....))))....(((((.....((((((((.((((((((..((((...((((((((...))))))))...)))))))..))))).))))))))....)))))..)))..........(((((((((....))))))))))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((..((((((...)))))).(((((..((((.......((..((((..((((((((.....(((((..(((((((...((..............))..))))))).(((((((........((((.....((((((.....))))))......)))).......(((.((((((....)))))).))).((((((((...)))))))).....((.((((((((.....)))))))).))......((((.((((((...)))))).)))).)))))))((((..(((((...(((((((((..((((((.....((((.(((((.(((((.....(((((((....((((((.(((((..(((((((....(((((.((((((.(((.(((((.(((((((.(((.((((((((((..((((((...((((.....)))).)))))).))....(((..(((.((((((((......)))))))).).))..))).((((((((.....)))))))).......(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))).((((((.(((.(((...(((((((...((.(((...((((..((((((((((......)))))))))).((((((((....)))))))).....................((((((.((..((((((((((....)))))))))).)).))))))....((((.(((((((......))))))).)))).........(((.((((......))))))).((((((((.....)))))))).......................(((((....)))))....))))....)))))...))).))))...))).))).))))))....((....))....(((((...(((((((.((..((((.(((....)))....(((((....))))).((((.(((.(((((....)))))..))).))))......(((((......))))).(((((((..((((..((((((...))))))..))))..))))))).......(((((((((((((((((.((....)))))))))).)))))...)))).((((.(((((....)))))..)))).......))))..)).)))))))....)))))))))))))...........(((.....)))......(((((..(((...(((((((....((((.(((........))).))))..))))))))))..)))))....))).)))))))..)))))))).)))))).)))))..)))))))..)))))..((((((..........)))))).((((.((...)).))))...((((....)))).(((((....)))))..........((((((.........))))))...))))))...)))))))))))).)).))).)))).......((((....((((..((((..(((((((((........).))).))))))))).....))))...))))((((((...((......)).....)))))).....(((((((((.(((((.(((((((((...))))))))).)))))...))))))))).))))))))))))..)))...)))))..)))).....((((((((..((((.(((((((((....))))))))))))).((((((....))))))....((((((.....)))))).)))..))))).))))).)))))))))))).))......(((((.((..((((((((.(((((..((.((((...((((((((...))))))))...)))).))..))))).)))))))).)).))))).)))).)))))......(((((((....))))))).)))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.eeeee.))))).......(((.....................))).........((....((((.....(((..(((((((...............((((..........(((((((.......((((((....))))))............................(((.((((((....)))))).))).(((((((.....))))))).....((.((((((((.....)))))))).))......((((.((((((...)))))).)))).))))))).........................((((((((.......))))))))...........................aaaaa...aaaaa......aaaa.aaaaaa.aaa.aaaaa.aaaaaaa.aa((<<<<<<<<.....(((((..((....{{{{{.)).))))).................((((((((......))))))))...........((((((((.....)))))))).....}}}}}...........<<<<)).......aa.....aaaaaa.........................)))).............)))))))..)))......))))...))(((((((...((((((((....))))))))....)))))))..........((((((.....((((((((((....))))))))))....)))))).........(((((((......))))))).................(((((......)))))...((((((((.....))))))))........(((((((.......(((((((((...(((((((.............................................((....))....(((((...((((bb((...............(((((((((((....dddd)))......DDDD....))))))))..............((.......))..........(((((((..((((..((((((...))))))..))))..))))))).......(((.((((((((((((.(((....)))))))))).)))))....)))......))bb))....BB...........AAAAAA...AA...BB..))>>>>)))))>>>>>>>>.............................(((..............((((((((............)))))))).................)))......AA.AAAAAAA..AAAAAAAA.AAAAAA.AAAA....AAAAA...AAAAA......................)))))))......((.......(((((....)))))(((((....)))))....)).....ccccc)))))))))CCCCC...)))))))..................................................((..................[[[[[[.[[[[.)).....]]]].]]]]]]...(((((..................)))))......(((((((((.(((((.(((((((((...))))))))).)))))...))))))))).......................................(((((...(((((((........((((((.(((((.....))))).))))))........((((((.....)))))).........))))))).....)))))........((...(((((.((...(((((((.(((((.....((((...((((((((...))))))))...)))).....))))).)))))))..)).)))))....)).........(((((((((....)))))))))EEEEE.... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((..........((((((((...)))).))))...(((..((..(((((((.....)))))))..))...))).....((((..............................(((((((..((....))))))))).....))))..(((.((((.....((((...(((......)))...)))))))).)))...........(((((.......))).))....................((((.((((.......)))).))))..................(((((..((((((..((((((((.......))))))))))))..)).)))))....................(((((((..((((((........)))).)).).)))..)))..................(((((...(((((...))))).))))).........((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))...........................................(((((.(((.((....)).((......((((.(((((((..........))))))).))))......................((((((((((((.((((((.((.....))).)))))).))).))))))))...(((((((((.......((((((......))))))))))))).))......................(((((((.(((..........)))..)))))))....((((((...(((((.......(.))).))).................(((((((.((((((.((...(((.(((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))...)))..)).)))))).)))))))...(((....))).....((((....))))............................))))))..((((((.............((.((.((..................((..........))))....)))).....)))...............((....))...))).....................(((((....)))))......................((((.(((.....)))..)))).....................(((....)))))..))))))))..............((..((..((((....))))..)).....(((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))....(((((((((.((((..(((((((......(.......(...((((....))))))).......)..)))))..))))).))................((((........................((........(...)))))))..................)))))).....(((....)))...((((..(((...))))))).............(((.(((((((((((.(((.((............((((((...............((....))))...........)).............)))).))))..))..))))........)).)))))..((((((((((((.((....)).))))))......(((....))).((.(((((((((.....))))))))).))...)))))))))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.(((..((((.((...(((((((.....)))))))...)).))))..))).)))))))))).)).)))).............)))..(((((((....))))))).)))))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((...((((((...))))))..(((....(.....((((((..(.....(((((.((((((.....(((..((((((((.((..........((((((((..((((.(((((((........((((.....((((((.....))))))......)))).......(((.((((((....)))))).))).((((((((...)))))))).....((.((((((((.....)))))))).))......((((.((((((...)))))).)))).))))))).))))....(((((......)))))((((((((.......))))))))........(((((..(((....)))..))))).....((((..(((...((((...(((((.((........))..((((.((((((.((..((((((...((((.....)))).)))))).))....(((..(.(.((((((((......)))))))).)..)..))).((((((((.....))))))))..................)))))).))))...)))))..)))).)))..))))................))))))))........)).))))))))..)))......))))))))))).((((..(((((((((....)))))))))..))))..............((((((.((..((((((((((....)))))))))).)).))))))....((((.(((((((......))))))).))))..........)..))))))............((((((((.....))))))))...........................................(((((...((((.....(((((((((((((...........(((((...((..(((((((...(((((((..........(((....)))....(((((....))))).....((((((...((((..............(((.((((...)))).)))......(((((((..((((..((((((...))))))..))))..))))))).......((((((((((((((((.(((....)))))))))).)))))...)))).((((..((((....))))...))))..))))..))))))..)))))))....)))))))))...)))))...............((...............))...(((((((....((((.(((........))).))))..))))))).)))))))).))))).(((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).)))))))))..(((((..........))))).(((((.((...)).)))))..((((....)))).(((((....)))))..........((((((.........))))))...................(((((((((.((((((............................((.....))......)))))).....((((..((....)).))))...((((((...((......)).....))))))....((((((((((.(((((.(((((((((...))))))))).)))))...)))))))))).)))))))))............................(((((...(((((((.((((((....))))))........((((((....))))))....((((((.....)))))).........))))))).....))))).)))).)))))..(((((.((..((((((((.(((((..((.((((...((((((((...))))))))...)))).))..))))).)))))))).)).)))))...)...)))......((((((((....)))))))).))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((.........(.(((....).((((.....)))...).....)).)......((((((((..........))))))))..(.((((((((...((((..............))))...)).)))))).)....(.((((...((.......))...))))).)))))...).).)..))).((...(.(((..((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).)))))))))).(((..(((((((...((((...))))).))))))).).....((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))).((..(...........)..)).......((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((((((.....(.(((..(((((...............(((.....(.((....))....(...).)).))...(......).....(.....).....(((((......))))).............((.(((((.......((...((((...))))(((......)))......))......)))))...)).........(......................)..(((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))...)).(...)((.((((((..((((((((.(((.((...)).............................................)))))))))))..)))...((....))...))).....))..)))(((.((((..((((....))))...))))...........(((((((((((((.....))).(((.(((((.......(((.(.....(((....).(((((...(((..(((((....((.....(((..(....)))).))......)))))..))))))))(...)))((((...(((........((....)).((......))...)))))))..(.(((((.(((.((((..(((((((((...((............................................................................................))))).))))))...))))..)))...................)))))).......))))...(..((((..((.....))))))))..)))).))).(((.(((((((.....(((................................................................(((.((((.....)))).)))....)))....)))).))))))...((((.((((((..........))))))....(.(((....))).((((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((.....)))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((..........(((.((((...))))..)))(..(((.(.....((((((.....)))))).......))))....)((((.......(((.....(((....(((((..(......((((........(((.....))).........))))......(((((..(..........)..)))))....((((((((...((((..(((.....))).))))...)).))))))...)..(.((((..(((.......)))..))))).)))))...).).)..))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).))........((((((..((.(((((((..((((((...(((((...))))).))))))(((.........(((((((((((........)))))))).)))......((..(...........)..))........((((((.......((((.(((.((....)))))....)))))))))).....................(((.......(.((((..((((.....((((((((..(((.(((((..((...))....))))).)..))))))))))..(.((.....(......((..(((......))).))).....)).......(((((.......((...((((...))))(((......)))......))......)))))......).......(......................)...(........(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......))))..)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))).).))))......))))..(((((((.......((((.........))))....)))))))......)...((((((((((..((((((((.(((.....................................................)))))))))))..)))...((....))...))))....))).)))..........((((....))))(.((((..(((.....(((((....(((((((((((((((((.(...))))...(((...))))))((.((...)).))...)))...(((((....((.....(((..(....)))).))......)))))..))))).)))....)))))))))))).............(.(.((......)))....)........(((((((((.((((..((((((((((((............................................................................................))))))..))))))...))))..)))..................))))))......)..))).(((..((((..((.....))))))..)))))))))).(((.(((((((.....(((................................................................((((((((.....))))))))....)))....)))).))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))))..).(((((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((.....)))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....))..))..)))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((..((...(((.....(((....(((((.........(.(((....).((((.....)))...).....)).)(.....((((((((..........))))))))).(.((((((((...((((..............))))...)).)))))).)....(.((((...((.......))...))))).)))))...).).)..))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......))))).((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).)))))))))).(((..(((((((...((((...))))).))))))).).....((..(((((((((((((....))))))))).))))..))).((..(...........)..)).......((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((((((....((.(((..(((((...............(((.....(.((....))..........)).))...(......).....(.....).....(.(((......))).).............((.(((((.......((...((((...))))(((......)))......))......)))))...)).........(......................)..((........(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))).))))))))..)).))...(((((((.......((((....(...)))))....)))))))...)).(...)((.((((((..((((((((.(((.((...)).............................................)))))))))))..)))...((....))...))).....))..))).(((((((..((((....))))...))))...((.....(((.((((((((((.....))).(((.(((((.......(...).....(((....)))((((...(((..(((((........((.(((..(....)))).))......)))))..)))))))(((.((((((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))....(((((.(((.((((..(((((((((...((............................................................................................))))).))))))...))))..)))...................)))))........)))))))...((((..((.....)))))).)..)))).))).(((.(((((((.....(((................................................................(((.((((.....)))).)))....)))....)))).))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((.....)))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((..........((((((((...)))).))))...(((.(.....((((((.....)))))).......))))(..((((((.......(((.....((((...(((((..(......(((((....)..(((.....))).........))))......(((((..(..........)..)))))....((((((((...((((..(((.....))).))))...)).))))))...)..(.((((..(((.......)))..))))).)))))...).)))..))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).))........((((((..((.(((((((..((((((...(((((...))))).))))))(((.........(((.(((((((........)))))))..)))......((..(...........)..))........((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))..............(((((((...........(((((..(((.......(((((((..((..((((...(.....).....))))....))))))))).....((.....(.((....)).(((......)))...).....)).......(((((.......((...((((...))))(((......)))......))......)))))..............(......................)........((..(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......))))..)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))..)))))....((.(((..(((((((.......((((.........))))....)))))))((..((((..((((((((((..((((((((.(((.....................................................)))))))))))..)))...((....))...))))....)))..(....)((((..((((....))))...)))).(((.....(((((....(((((((((((((((((.(...))))...(((...))))))((.((...)).))...)))...(((((....((.....(((..(....)))).))......)))))..))))).)))....))))))))))))..)).......))))).((......))........))))).(((((((((.((((..((((((((((((............................................................................................))))))..))))))...))))..)))..................)))))))))))))..))).(((..((((..((.....))))))..)))))))))).(((.(((((((.....(((................................................................((((((((.....))))))))....)))....)))).))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))))..))).)((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((.....)))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....).......)))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...aaaaaa...((((((...)))))).aaaaa..aaaa...((((((....(((.(((((.((((((.....(((..((((((((.............((((((((..((((.(((((((........((((.(((.((((((.....)))))).)).).)))).......(((.((((((....)))))).))).((((((((...))))))))........((((((((.....)))))))).........((((.((((((...)))))).)))).))))))).))))....(((((.[[[.[)))))((((((((.......))))))))...]]]].(((((..(((....)))..))))).....((((..(((...((((...(((((........{{{....((((.(((((((((..((((((..bbbbb.bbbbbb...)))))).)))...(((......((((((((.(...))))))))).......))).((((((((.....))))))))....BBBBBB.BBBBB..)))))).))))...)))))..)))).)))..)))).(((.....)))....))))))))...........))))))))..)))......)))))))))))((((((.(((((((((....))))))))).)))).))............((((((.....((((((((((....))))))))))....))))))....((((.(((((((......))))))).))))......)))....))))))............((((((((.....))))))))................)))...(((((................<<<<<...<<<<.....(((((((((((((...........(((((.......(((((((...(((((((..........(((....)))....(((((....))))).....((((((...((((..........(((.(((.((((...)))).))).)).).(((((((..((((..((((((...))))))..))))..))))))).......((((((((((((((((.(((....)))))))))).)))))...)))).((((.(((((....)))))..))))..))))..))))))..)))))))....))))))).....))))).....................................(((((((....((((.(((........))).))))..))))))).)))))))).))))).(((((}}}((((.(((((((((((...))))).)))))).))))))))).((((((..........))))))(((((.........))))).(((((....)))))(((((....)))))..........<<<<<<....)))))>>>>>>.((((((((((.....(.((((((((((.(((((((((((....cccc.)))))............CCCC........)))))).....((((...........))))...((((((..................))))))....((((((((((.(((((.(((((((((...))))))))).)))))...)))))))))).))))))))))).))))))))))...............(((((...(((((((.((((((....))))))........((((((....))))))....((((((.....)))))).........))))))).....))))).>>>>.>>>>>..(((((.....((((((((.(((((.....((((...((((((((...))))))))...)))).....))))).))))))))....))))).AAAA.AAAAA.....((((((((....)))))))).AAAAAA... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).........................(((((((((.......(((...........)))........)))..))))))..........(((((..(((...((((...................((((........((((((((((..((((.....(((((..((........))..)))))))))..)))))....((((..((((...)))).))))....................((((..(((.......)))..))))...............))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..)))).......(((((((((((((((...((((((........)))).))...)))(((...((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((....))))))))).........................((((..............))))))..))))).))))..(((((((((.....((((((((..((((..........((((((.(((((..............................................................................................................................................(((.....)))(((......)))............))).)).))))))........(......................)..(((((((..((((((......((((..(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))..)))).....))))))..))))))).........))))((((..((((((((((..(((...)))...)))......................(((..((((((((............................................................))))))))..)))...((....))....)))))))..))))....))))).)))))))..)))))...)))...))))))))..(((((((.(((..((.((((.((.(((((.................(((....))).(((((.(((..(((((..((((..((............))..))))....)))))..))).((.((((.(((((((......((..((....))..)).((......))......)))))((((((...((..((((...(((..............................................................................................................)))....))))...))................((.....))......)))))))).))))))........)))))).)))).))...)))).))(((((((.(.....)................................................................(((.((((.....)))).)))...........)))).))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........))))))))))))).........)))))))).((((.((....(((.(((..(((..((....(...(((((((.....)))))))...)....))..)))..))).)))...)).)))).)))..))))).........(((((....)))))............. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..((((((((..(((((((.....((........))......((((((.((.(((......(((((((.....(((..(((((((..((..........((((((((..((((.(((((((........((((.....((((((.....))))))......))))...((..(((.((((((....)))))).))).((((((((...)))))))).....((.((((((((.....)))))))).))))....((((.((((((...)))))).)))).))))))).)))).((((((((.....((((..((((((((.......))))))))))))....(((((..(((....)))..)))))..)))))))).((((((((((.(.(((((.((........))..((((.((((((.(((...)))...(((((.((((((................(((..(((.((((((((......)))))))).).))..))).((((((((.....))))))))....)))))).)))))..)))))).))))...)))))).))))....))))))................))))))))........))..)))))))..)))......)))))))..(((((((..(((((((((....)))))))))...)))))))..........((((((.((..((((((((((....)))))))))).)).))))))....((((..((((((......))))))..))))......))).)).))))))...)))))))..(..(((((.....)))))..)......))))))))..)))........((((((((.((.....(((((...((((........((((((...((((.((((.....((....)).((((((((...(((((((....(((...(((....)))....(((((....))))).))).((((((...((((..........((..(((.(((.....))).)))...)).(((((((..((((..((((((...))))))..))))..))))))).......(((.(((((((((((((.((....)))))))))).)))))...)))..((((..((((....))))...))))..))))..))))))..)))))))....))))))))..))))))))...))).)))....(((......(((((..(((...(((((((....((((.(((........))).))))..))))))))))..)))))((((..(((((((.((((.((((((((((.....)))).)))))).))))........................((((((((.(((.(((((.((...(((((....)))))(((((....))))).))))))).))).....((((((....((((((.((((..(.((...((((((....)))))).)))..)))).))))))........((((..(((((((((........).))).)))))))))....(((((((.....((((((...((......)).....))))))....((((((((((.(((((.(((((((((...))))))))).)))))...))))))))))..)))))))))))))......))))))))...)))))))..)))).(((((((........((((((.(((((.....))))).))))))........((((((.....)))))).........))))))))))........)))).)))))..(((((.((..((((((((.(((((..((.((((...(((((((.....)))))))...)))).))..))))).)))))))).)).)))))...))..........(((((((((....))))))))))))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((..(.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((((.(((((.((((((((.((((.((....((((((......))))))......))))))...))))..............))))...)))))............))..(((..((((((((..........................(((((............)))))(...((((((((......((((..((((....)))).....))))...)).)))))).)...(.(.((((.((((.....))))))))......((.(...((((.(.((((...((......(((((((.......))))))))).....))))...)))))...))))).....(.(((......))....)...)........................(((((..).))))((.....(((((...((.......)).)))))...............))))))))))..))).(.((((...((...((((.(...((((((((..(((.....((((((((((.(((((..................))))).....)))))))))).))).((...((........(((.((((......))))......))).)).))....))))...........)))).).......................)))).....)).)))).((((...((...(((((((((((..............))))))))))).)).))))..(.(((((.(....(((.(((((((((((((.((((((......)))).))...)))))))))))))....(((....)))..))).)...)))))...).(((((((((....((((..((((((....))))).....)(((.(((((((........(((((((.(((((((..((((((((...............))))))))..)))...((((........))))(((.((((((...((((..((((.((.((((...((((...((...((.(......)))...))..))))..)))))))))).......)))).).))))).......)))))))...))))))).)))))))...)))....))))..)))))))))..(((..((((((((((.((((.(((...(((..........((.....)))))))))((((((((((.((((..(((((..(((((........)))))....)))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...)))))))...)....((((((((..((((...........))))....)))))))).(((.(((((((.....(((......((((((((..))))))))....)))......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).)))))))).)(((((...(((((((..(((..((((.(((..)))..............))))..)))..)).)))))..).))))..))).))).....)(.((((((....))))))))))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((.((((((((..((..(((((.........((((((.((..((.((((((.(((((.....(((..(((((((..((..........((((((((..((((.(((((((........((((.....((((((.....))))))......)))).......(((.((((((....)))))).))).((((((((...))))))))......(.((((((((.....)))))))).).......((((.((((((...)))))).)))).))))))).)))).((((((((.....((((..((((((((.......))))))))))))....(((((..(((....)))..)))))..)))))))).((((((((((.(.(((((.((........))..((((.((((((..................................................((((((((......))))))))...........((((((((.....))))))))..................)))))).))))...)))))).))))....))))))................))))))))........))..)))))))..)))......)))))))))))..(((..(((((((((....)))))))))..)))...............((((((.((..((((((((((....)))))))))).)).)))))).....(((.(((((((......))))))).))).......))..)).)))))).....((((((.(..(((((.....)))))..)........((((((((((.(((((((..(((...((((((((.....(..((((......(((((((((((.((((.((((.....((....))..(((((((...(((((((....(((...(((....)))....(((((....))))).))).((((((...((((..........((..(((.((((...)))).)))...)).(((((((..((((..((((((...))))))..))))..))))))).......(((.((((((((((((.(((....)))))))))).)))))....))).......(((......))).........))))..))))))..)))))))....)))))))...)))))))).....(((((...(((...............))).......((((((((............)))))))).........))))))))))).))))).(((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).)))))))))........))))..).....))))))))(((.(((((......(((((....)))))(((((....)))))...))))).)))....)))..))))))))))..))))))).......(((((......)))))...................................)))))).)))))))..)))))))).....(((.....((((..((.(((((.(((.........(((....)))......((((((((.(((((.(((((((((...))))))))).)))))...)))))))).))).))))).))...........................(((((...(((((((........((((((.((((((...)))))).))))))........((((((.....)))))).........))))))).....))))).....))))....(((((.((..((((((((.(((((.....((((...((((((((...))))))))...)))).....))))).)))))))).)).)))))..))).......))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..((((((((..(((((((.....((........))......((((((.((..((..(((.(((((((.....(((..(((((((..((..........((((((((..((((.(((((((........((((.....((((((.....))))))......))))...((..(((.((((((....)))))).))).((((((((...)))))))).....((.((((((((.....)))))))).))))....((((..(((((...)))))..)))).))))))).)))).((((((((.....((((..((((((((.......))))))))))))....(((((..(((....)))..)))))..)))))))).((((((((((...(((((.((........))..((((.((((((.((..((((((..((((......)))).))))))..(((..(((..(((.((((((((......)))))))).).))..))).((((((((.....))))))))........)))....)).)))))).))))...)))))..))))....))))))................))))))))........))..)))))))..)))......)))))))..(((((((..(((((((((....)))))))))...)))))))..........((((((.((..((((((((((....)))))))))).)).))))))....((((..((((((......))))))..)))).)))..))..)).))))))...)))))))..(..(((((.....)))))..)......))))))))..))).........(((((((.((.....(((((...((((........((((((...((((.((((.....((....)).((((((((...(((((((....(((...(((....)))....(((((....))))).))).((((((...((((..........((..(((.((((...)))).)))...)).(((((((..((((..((((((...))))))..))))..))))))).......(((.(((((((((((((.((....)))))))))).)))))...)))..((((..((((....))))...))))..))))..))))))..)))))))....))))))))..))))))))...))).)))....(((......(((((..(((...(((((((....((((.(((........))).))))..))))))))))..)))))((((..(((((((..((((..((....))..)))).....((((..((((....((((((((..........))))))))((((...(((((.((...(((((....)))))(((((....))))).)))))))..((((((.........)))))).........)))).....((((((((((...((((((..((((((((((..............((.....)).......(((((..((((........))))..)))))....)))))).........))))..)))).))....((((((((((.(((((.(((((((((...))))))))).)))))...)))))))))).)))))))))).....)))).)))).......)))))))..)))).(((((((......(..((((.....))))..)((((((....))))))....((((((.....)))))).........))))))))))........)))).)))))..(((((.((..((((((((.(((((..((.((((...(((((((.....)))))))...)))).))..))))).)))))))).)).)))))...))..........(((((((((....)))))))))))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
CAACCUGGUUGAUCCUGCCAGUGGUAUAUGCUUGUCUAUAGGACUAAGCCAUGCAAGUGCAAGUAUGAGUGUAUUAUACAACGAAACUGCGAAUGGCUCUGUAAAACAGCUAUAAUUUCUUCGGUGCUAAAUACUACUCGGAUAACCGUAGUAAUUCUAGAGCUAAUACGUGCCUACACAGCGACGCAAGUCGUGGUACAAAUUAGAUACACAAGCCAGCUUUUUUGGUGAUUCUAGAUUUUUUUUCUGAUCGCACAUUGUUGCGACGCACCGUUCAAAUUUCUGACCUAUCAACUUUGGAUGGUAAGGUAAUGGCUUACCAUGGUUGUGACGGGUAACGGACCGUGGGUGCGGGACUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAGACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAACUUACCCAAUCCGGACACCGGGAGGUAGUGACAAGAAAUAGCAAUAGAGGGCCCGAUGGGUUUUCUAAUUGGAAUGAGAACAAGAUAAACAGCUUAUCGAGGAGCCAGCAGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCUGUAAGCGUAUACCAAAGUUGUUGCAGUUAAAACGCUCGUAGUCGAAUUUUGGCGUGUGAUUUGGGUCGUUCUCGCGGACGCGCUCAGGUUGUGCGCCUUUGUGGAGAGGGGGUGUGGUGGUGCUUGAGUGCGCUGCCAUGCUGCCGCCACCGUUUACUGUGAAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCGAUUGCCCUGAAUACAUUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGACCCGGUUCUAUUUUGUUGGUUUGUUUGAAUCAGGUAAUGAUUAACAGGGACGGUUGGGGGCAUUCGUAUUCCGGCGCUAGAGGUGAAAUUCUUGGAUUGUCGGAAGACGAACAGCUGCGAAAGCGUCUGCCAAGGACGUUUUCAUUGAUCAAGAACGAAAGUAAGGGGAUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCUUUACUAUAAACGAUGAGGACUGGAGAUCGGACAAGACUGAUUUAUGGCUUGUUCGGCAUCCUUCGAGAAAUCAAAGUGUUUGCUUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCAUCACCGGGUGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUUACCAGGUCAGGACAUAGUAAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGUUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUCUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAGCGAGACCUGGGCGUGCUAGCUAGGCGCCGUUACCAAUUGAGUUUGGUAGCGAGGCGGUGCCUUCCUAGACGGACUGUGGGCGUCUAGCCCACGGAAGCUCCAGGCAAUAACAGGUCUGAGAUGCCCUUAGAUGUCCUGGGCCGCACGCGUGCUACACUGAACGGCCCAACGAGUGGAGGAUGUGCGAGAGCAUUUCCGAAUCUCCAAAUCCGUUCGUGAUGGGGAUCGACGGUUGCAAUUUUCCGUCGUCAACGAGGAAUACCUUGUAAGCGCGGGUCAUCAUCCCGCGCUGAAUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAGUGGUCCGGUGAGGCCUUGGGAGGGCUGGAUGCGCUGUUUUUAUGCAGACAUUUUGGCCUGAACCUGGUCAAACCUUAUCACUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAGAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....(((((...{{{.))))).((((((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....((..........))...)))))......(((......((((..((..((....((((...........((((....(((((((.....))))))).....)))).......((((((....))))))....((((((.........(((((.....)))))......)))))).........(((((......)))))...))))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((((((...)))))))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((...<.((((...(((.......(((((((((((((((.(((((....)))))..)))))))))))))))...((((...((((((((((((((((......)))))))))))))))).))))...........................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<.(((..(((((((((............)))))))))..)))...<<..))>>...>>>....>>>>))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..(((((.(((((((((......)))))))))......)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((....((..((((....))))..))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..((((((((((((((((((((((((((......))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......(((((((((((..(((((((((((....(((((......(((.(((....)))..(((((.....)))))........((((...(((((((...............(((((((..(((((.....(((((((....))).))))..((((((.(((((..(((((......(((((....))))))))))..)))))........(((((.....)))))...)))))).....(((((..((((.....((((((.(((((((((((((....(((....)))..)))))))))).........((((.((.(((.((((.(((((..((.(((...))).))..)).))).......((((........))))..)))).))).)).)))).....))))))))).((((...(((((...))))).))))))))..)))))))))).((((((((((...))))))))))....))).))))....(((((.....)))))..)))))))))))..))).((.((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))...(((((((.......(((..((............((((((..(((((((((((((....))))).))))))))..))))))..((((.((((((.((((((..((((......))))..))))))..((.(((((((((.((((............(((((((..((((....))))..)))))))...((((.....((((((((((((((...))))))))))))))...))))..(((((.....))))).)))))))))).))).))..(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))(((.(((....))).))).((.((((((.(((.((((((....((....)).....))))))..(((((.(((((((((((..(((((((......((((...(((.(((((((((((((((.((.......))))))))))...((((((.(((((.((((...)))).))))).))))))....((((....))))...((((..((((........(((((((((..((((..((..(((((.(((((.......(((.....)))........(((((((....(((.(((...((..((((((..((((....))))..).)))...))..))..))))))..(((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))).))))))).(((.((((..(((((((((((((((......)))))).....)))))))))..)))))))..((((((((.....))))))))))))).))))).....))..)))).))))))))).....))))((((((..((.(((...)))))..))))))...))))...(((.((((....)))).)))..)))))))..)))..))))..))))))))))))))....))))...)))))..((((((....)))))).((((((((.......))))))))))).)))))).)))))))).))))...))..)))..(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((..((....((((......))))....))..))))...)).))))..)))..))))))))).)).))))).....))))))))))....(((((....)))))...)))))))).) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................((((((((((((......(((((....)))))))))))))))))............................................(((((......))))).........................(((((....((((((((.......)))))))))))))........................................((((........))))........................................(((((...)))))......................((((((((((...))))))))))........................................((((((...................................))))))..........................................................................................................................................................................(((((((................)))))))........................(((((((((..................)))))))))...........................((((((((((((((.....................)))))))))))))).......((((((((((.....))))))))))................((((((((.......((((.........))))....))))))))....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((..........((((((((((.....................))))))))))...........((((((((.....))))))))....)))))).....................................................(((((((.........((((((((((((....)))))))).....))))...)))))))..........((((((..........))))))....................((((((((.......))))))))....................................((((((((..(((((((((.................((((((((....((((......))))....)))))))).................))))))))).))))))))..............((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).........................(((((.((..................................))...)))))................................................................(((((..((((.....((.((........))))))))..)))))............................................((((........))))...........................((.....((((((((.......)))))))).))................(((......)))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((........((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((...)))))))))).)))...............................................))))).))))..........................................................................................................................................................................................................................................................(((((((.....................))).))))..((((((((.((((((......(((.((((((((((((((((.(((........))).)).))))))))))))))....(((....)))...))).....)))))).)))))))).......................((((.........))))............................(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).............................................................................................................................................................(((((((((..................)))))))))........(((((.(((.((((..(((((((.(((..................)))..)))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..................................................(((.((((((((...........((((((((....))))))))..........)))))))))))...((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......)))).........................((((((((...(((((((((((((((((.(..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..).)))))))))))))))))..))))))))................((.(((((....))))).)).......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).........................((((((....((....((((((.....))))))......)).....))))))................(((...............((((..(((....)))))))))).......(((((..(((((......(((((....))))))))))..)))))........((((.......))))...............((((((((..((.((((((((((...((.((((((.....((....))...))))))(((((((.......))))))).))...((((((((..........(((...(((((.((((((.((.((((........)))).)).).)))..))........(((((((((.....((....((((...))))..))................(((((((((((((...)))))))))).)))....................................((((((...................................))))))..................................((....))..............(((((((((((((....))))).)))))))))))))))))..........(.(((((((((((((......))))))))))))).)(.(((((((((.((((............(((((((..((((....))))..)))))))............((((((((((((((...))))))))))))))...........((.......))...))))))))))).)).)((.(((((.(((((((((..(((........))).)..)))))))).)))))..))...((((((((((.....))))))))))........................(((((....)))))..............(((.........((((...(((.(((((((((((((((.(........).)))))))))..((((((.(((((.(((.....))).))))).))))))....((((....)))).....................(((((((((............(((((.((((...........................(((((((............((.(((((((((.((..(((((.........((......((..........))......)).....)))))..)).))))).))))..))............)))))))..(..((((..(((((((((((((((......)))))))).....)))))))..)))).)...((((((((.....)))))))).)))).)))))..............)))))))))........(((((((.....((.....))....))))))).........(((.((((....)))).)))...))))))..)))..)))).....))).((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))..)))............))))))))(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((((((((..((((......)))).))).)))))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))..)))))))))).))(((.(((((....))))).))).)))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((....((((..((((((((..((((((...........(((.(((..(((...((((((.....))))))................(((.........))).......(((((((.(.....((((((..........))))))...............(((((((.....(((((....)))))...............((((.(((..........((((...((((.......)))).)))).((..((((....(....(((.........))).)..))))..)).((((((((.......)))))))))))))))((((........)))))))))))...).))))))).(.((((........)))).))))..((......))..)))))).....(((.(((...((((.....)))).))))))))))))...........((((((...........(((((((..................(((((((........((...(((((.......((((.....((....)).......)))))))))...))........)))))))(.((((.......................(((((((((((((((((((((....))))).))))))))))))))))...((((....((((((((((((((........)))))))))))).)).)))).....))))...)..)))))))..((((...((((.(((.((((((.....(((....))).................(((.((((..((...(.(((((.......)))))....)..))..)))))))...)))))).)))..(((((((...((((......))))......))))))).........))))((((((((((.....)))))))))).........))))....((((((....(...((((.........))))...).)))))).....((((...(((.(((((((((((((((............))))))))...((((((.(((((.............))))).))))))....((((....)))).....................(((((((((...((((.((..(((((.((((...........................(((((((..(......(..((((((((((((.((..(((((.((..........(((.(((........)))))).......)).)))))..)).))))).)))).)))...).....)..))))))).....((((..(((((((((((((((......)))))....).)))))))))..)))).....((((((((.....)))))))).)))).))))).....)).))))..))))))))).....((.(((((((.....(((...)))....)))))))..)).....(((.((((....)))).)))..)))))))..)))..))))...((((((((((((..........)))))).....((((....))))...((((((((.......))))))))......))))))))))))))))).))).(..((...(((((.....(((((((((..(((..((((..(...(((((((.((..((((......)))).))..)))))))...)..))))..)))..)))))))))....)))))....))...)..(((((........))))).))))...)))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......)))))............(((.....)))..((((((((.(((....((((((.....))))))......)))))..))))))(((.....)))....((((...............((((..(((....)))))))))))(((((.(((((..(((((......(((((....))))))))))..)))))........(((((.....)))))...))))).......((((((((..((.((((((((((.((((.((((((....(((....)))..))))))(((((((.......))))))).))).)((((((((...((.....(((((.((((((((((((.((.((((........)))).)).).)))..)))...(...(((((((((...((((...(((((...))))).))))..............(((((((((((((...)))))))))).)))................((((((((........((..((((((.......((((.(((.((....)))))....))))))))))..))........))))))))...(((((((...(((....))).))))))).....(((((((((((((....))))).)))))))))))))))))..)......((.(((((((((((((......))))))))))))).)).(((((((((.((((............(((((((..((((....))))..)))))))....(((.....(((((((((((((((.)))))))))))))))...)))...(((((.....))))).))))))))))).)).(((.(((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))..)))..((((((((((.....))))))))))............(....)......(((((....))))).............((((((.......((((...(((.(((((((((((((((.((.......)))))))))))(.((((((.(((((.((((...)))).))))).)))))))...((((....))))................(((..(((((((((..(((((((...(((((.(((((.......((.......))........(((((((.(......(...((((((((((((.((..(((((..((.....(((.((.((((........)))).)).)))..)).)))))..)).))))).)))).))).....)...)..))))))).(((.((((..(((((((((((((((......))))))).....))))))))..)))))))..((((((((.....))))))))))))).)))))....))..))))).)))))))))....))).((((((((((())))..........))))))).........(((.((((....)))).)))...))))))..)))..))))...))))))((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))..........))))))))))(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((((((((..((((......)))).))).)))))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))..)))))))))).))(((.(((((....))))).))).)))))))) |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((((((.......((((.........))))........).......((((..................................((((..((....))))))........)))).................((((((.).))))).....................((.........))......................((((((....))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))..................(((((...((((.....)))).))))).............(((.(((((((((...)))))))))..)))....................................((((((.......((((..(...........).....))))))))))................................................(((((.((((((((((((((......)))).)))))))))).)))))................((((((((((......))))))))))...................................................................))))))..............((((((((...................))).)))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..(((((((((..(.......).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))................((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............((((((....((((..(((((..((((((..........)))))).......)))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....)....(((.((((....)))).)))...........))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((((..((((......)))).)).))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....)))..(((((((((.(.....(((...........))).......))))..))))))...................................((((..((....))))))............................((((((....)))))).......................................................((((........))))............................(.....((((((((.......)))))))).).......(((.......((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))............(((.((((((((.....))))))))..)))...............................................))))).))))..........................................................................((((((((((..(((.(((.(((..))).)).).)))))))))))))....(((...(....((..(((((((......)))))))..))....).))).......................(((((((.....(((....))).)))))))...................(((((.......)))))..........................(((((((..................(((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).)))))))....(....)(((((........((((.........)))).....)))))............((....(((..(((((((((.(........).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))................((((....(((((((((.....(..((.....))...................................)...(((((..................................)))))..)))))))))....))))...........(((..................)))..............(((((((((.((((..(((((..((((((..........)))))).......)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))..................................................(((.(((((((.(.....)....(((.((((....)))).)))...........))))))))))..((((((((((((..........))))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......)))))).................)))(.(.(((((.((...((((((((..(((..((.(..(...((((((((.(.((((........)))).).))))))))...)..).))..)))..))))))))..)).)))))..).)..........(((.(((((....))))).)))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((...[[[[))))).(((....))).......]]]]......(((((.[[[[[[.)))))..]]]]]].................((((((.........))))))..........((((.......(((((((....))).))))..((((((((((((..(((((......(((((....))))))))))..)))))........(((((.....)))))..)))))))..............)))).((((((((((..((((((((((.....[[[[.......))))))))))..(((((....)))))..]]]]......((((..[[[((((.....((((.((((......))))))))....)))).))))...]]]......((((.(((((........((((...(((((...))))).))))..............(((((((((((((...))))))))).))))............(((((.....))))).....(((.......)))..))))).))))..((((((............((((((.......((((...(((((((((((..(((((.(((....))).....(((((((((((((((((((((....))))).))))))))))))))))...((((......(((((((((((((......)))))))))))))....))))))))))))))))..........(((((((..((((....))))..)))))))..))))...(((((((((((((((((...))))))))))))).))))..........)))).......)))))).))))))..(((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).......[[[[[[[[[[)))..]]]]]]]]]]...(((((...((((..(((....(((((....)))))...)))..))))((((((((..........)))))))).....[[[[[[[[[..))))).....]]]]]]]]]..((((((.(((((.((((...)))).))))).))))))...(((((....)))))...............((((((((((((((((..(((((((....(((((((((.(((..(((.....))).)))............((((((..(((((.......(((((((((....)))))))))(((....)))....((((...(((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))(((((((..(((.((((..(((((((((((((((......)))))).....)))))))))..)))))))..((((((((.....))))))))..(((...))).....)))))))...))))))))).)))))))))))))))......)))))))((((((......(((....(((.((((....)))).)))....))).....)))))))))))((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))............))))).(((((.....(((((((((..(((..((((..(((.((((...(((..((((......)))).)))....))))...)))))))..)))..)))))))))....)))))..))))))))))...(((.(((((....))))).)))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((((...))))....(((((...((.((((.(((((((((.((....((((((.....))))))......)))))..))))))((((...))))............((((((.......(((((((....))).))))..((((((.(((((..(((((......(((((....))))))))))..)))))........(((((.....)))))...))))))............(((((......))))).)))))).(((......))).....(((((....((((((((.......))))))))))))).((((((...(((..(((.....((((.((((......))))))))....)))(((.((...((....)).)).)))((((((((((((.((((((..((.((.((((((.....((((.........(((((((((((((...))))))))).))))..(((((.........((((((((........((..((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))..))........))))))))............))))).))))..)))))).)).))..)))))).......(((....)))...)))))))))))).((((.((((((.((((((((((((......)))))))))))).(((.(((((((((.((((.......((((.(((((((..((((....))))..))))))).)))).(((((.((((((((((((((...)))))))))))))).)))))...(((((.....))))).)))))))))).))).)))..((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))).(((.(((....))).))).((.((((((.(((.((((((....((....)).....)))))).((((((.(((((((((((..((((...((((..((((...(((.(((((((((((((((.((.......))))))))))((.((((((.(((((.((((...)))).))))).)))))))).(((((....)))))...............((((.(((((((((..(((((.((..(((((.(((((.......(((.....)))........(((((((............((((((((((((.((..(((((..((.....(((.((.((((........)))).)).)))..)).)))))..)).)))).))))))))((((....)))).))))))).(((.((((..(((((((((((((((......)))))).....)))))))))..)))))))..((((((((.....))))))))))))).))))).....)).))))).)))))))))...)))).(((((((..((.(((...)))))..))))))).........(((.((((....)))).)))..)))))))..)))..)))).)))))))))))))))....))))...)))))).((((((....))))))..(((((((.......))))))).))).)))))).)))))))).))))..))))))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((((((....((((......))))....))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).))))).)))).)))))))...((.(((((....))))).)).))))))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....cc.))))).((((((((((((((.....)))...(((((((........((((((.....)))))).........))..)))))........................((((((....((((((..((....))))))))..((((((.((((...(((((......(((((....))))))))))...))))........((((.......))))...)))))).......bbbbbb......bbbbbbbbbb))))))...........................((((((((.......))))))))......{{{{{{.......((((((.(((......(((((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((........((((...(((((...))))).))))..............(((((((((((((...)))))))))).)))...............................................))))).)))).))).))))))...............))))))))))).........(((((...((..................(((((((((((((((((((((....))))).))))))))))))))))...((((...((.(((((((((((((......))))))))))))).)).))))[[)).)))))............((((((...((((....))))...))))))............((((((((((((((...))))))))))))))..........((((.....)))).........]]..........(((((.((((((((((.(((......)))..))..)))))))).))))).......((((((((((.....))))))))))........................((((......)))).............((..(((.......ee.)))dd))((((((.((((((((............))))))))...((((((.(((((.(((.....))).))))).))))))...(((((....)))))....................(((((((((..((((.<<<<.(((((.(((((..........................(((((((.aaaaa.........(((((((((.((..(((((...........(((((((........)))))))...........)))))..)).))))).))))................))))))).(((.((((..(((((((((((((((......))))))).....))))))))..)))))))..((((((((.....))))))))))))).))))).........)))).)))))))))...AAAAA(((((((.....((.>>>>))....))))))).........(((.((((....)))).)))...))))))...DD...EE..........((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......)))))))).............................}}}}}}.(((((.((...((((((((..(((..((((...((.((((((((....((((......))))....))))))))...)).))))..)))..))))))))..)).)))))..BBBBBBBBBB....((.(((((....))))).)).CCBBBBBB. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((.((...........(((((((...)))).)))..(((((.(((..(((((((.....)))))))..))..))))..))..(((..............................((((((..((((....))))))))..))..))).......((((......((((((....)))))))))).((((((........((((.......))))....).)))))...(((.(.((((((..(()))))))).))))............((((..((((((....((((((((((...)))))))))))))..))).)))).........(((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((...(((((...(((((...))))).))))).........((.((((((((((((((...)))))))))).)))).)).......................................))..))))).)))..))).)))..((((((((..((.....)).............(((((.(((((((...(((.(.(.(((.....((((((((((..(((((((.((..)).))).))))..)))))))))).(((((.((((((((((((((...((......))..)).))))))...............................((((((.((((......)))).))))))......(((((..(((((((((((((.....)))))))))))))...................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))..(((....))).....((((....))))............................)))))...((((((..(((((((((.(((.....))))))))))))..)))...((....))..))).......................(((....)))...............).))))))))))..)))).).)))..(((((...)))))..))))))))))))..))))...))))............................((..((((....))))..)).....(((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..(((((((((((((..........)))))....).)))))))..)))))).).((((((((.....))))))))....))))))).................((((..(((...))))))).............(((.((((((((..(.((((.(.((((((((....)))))))).)).))))..)))))))))))..((((((((((((.((....)).))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).)))))))).....((((.((..((((((((((.(((..(((((.((..((((((((((.((((((....)))))))).))))))))...)))))))..))).)))))))))).)).)))).............))..((((((((....)))))))))))))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((..(((.....((((((...((((((((...)))).))))..(((....))).((((((.....))))))..............((((..((.....))))))...................))))))..))).))))........((((((.(((((..(((((......(((((....))))))))))..)))))........(((((.....)))))...)))))).......(((((((...(..(((((((((..((((((((((....((......))..))))))))))..((((......))))........(((((((...(((((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((......(.((((...(((((...))))).))))).............(((((((((((((...)))))))))).)))............(((((.....))))).....(((.......)))..))))).)))).))).))))))).......((...................))...((((((......))).)))..........(((((((((((((((((((((....))))).))))))))))))))))..((((.((((((.((((((((((((......)))))))))))).(((.(((((((((.((((.......((((.(((((((..((((....))))..))))))).)))).(((((.((((((((((((((...)))))))))))))).)))))...(((((.....))))).))))))))))).)).)))..((((.(((((((((..((((......)))).)..)))))))).))))........((((((((((.....))))))))))......(....((....)).....)((((....))))...........................((((...(((.((((((.((((((((.((.......))))))))))...((((((.(((((.((((...)))).))))).))))))....((((....))))................((((.(((((((((..(((((.((..(((((.((((........(((.....)))........(((((((............((((((((((((.((..(((((.((........((((....(........)))))........)).)))))..)).))))).)))))))((((....)))).))))))).(((.((((..(((((((((((((((......)))))).....)))))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).)))).))))).....)).))))).)))))))))...)))).(((((((..((.(((...)))))..))))))).........(((.((((....)))).)))...))))))..)))..))))...(((((.((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......)))))))).......))))).)))))).))))..))))))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((((((....((((......))))....))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))..)))))))))..)..((.(((((....))))).))..))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((............(((.......(((.....)))...).....)).((.....((.(((......)))))))(.((((((((.......((((.......))))...)).)))))).).....(.((((........))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).)))))))))).(((..(((((((...((((...))))).))))))).).....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((...(.....(((..(((((......))....)((.(.(......))))))))).(...)....).....((((.(((((.......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........(((((((((.................))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....))(...)((.((((((..((((((((.((((...)..)))))))))))..)))...((....))..))).....))..))(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))((((.(((((...((..(((.(..(...)(....)..((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..)))))))((...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((...............))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))....))((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((....(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))..(((((((((.((....(((((.......)))))......)))))..))))))........(((......((....((((.............(((....)))(((.....)))..((........)).....((.(((......)))))((((((((((((.......((((.......))))...)).))))))))..)).(.((((........)))))..))))...))....))).(.....((((....((((((((.......)))))))))))).....((((..((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))..))))......)((.((....))))..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((.......)))))))).)))......((..(...........)..))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((((((.....(.((...(((.........(.......(......(......)((............).).....((.........).)..(.((..(((.......))).).)..))...........)....(((((.......((...(((.....)))(((....))).....))......)))))..............(((((((.(..................)))).))))(((((.......(((((......(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((.((((((..(((((((((............)))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((.((.((..((((....)))).................((.((((((((((((((((.((((((((...)))))...(((...))))))((.((...)).))....))...(((((..((.(......((........))..))).....)))))..)))))))))...(((((((...(((..(((((.((((.....))))..)))))..))))))))((((((((.(((.((((..((((((((((...................))))..))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..........)))))...((((..((.....)))))).........((..(((.(((((((.....(......((((((((....))))))))....)......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))))))))))))))...)).)))...((((((.((...((((((((..(((..((((..(...(((((((((((................)))))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))....)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((............(((....).((((.....)))...).....)).((.....((.(((......)))))))(.((((((((.......((((.......))))...)).)))))).).....(.((((........))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).)))))))))).(((..(((((((...((((...))))).))))))).).....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........(((....(.(......((.................)))..)))).(...)..........((((.(((((.......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........(((((((((.................))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.((((...)..)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((...((.........((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))..(.(((((.(((.((((..(((((((((...((...............))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))))))))((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((....(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))..(((((((((.((....(((((.......)))))......)))))..))))))(.......(((......((....((((.............(((....)))(((.....)))..((........)).....((.(((......)))))((((((((((((.......((((.......))))...)).))))))))..)).(.((((........)))))..))))...))....))).((....((((....((((((((.......)))))))))))).....((((..((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))..))))...)..)((.((....))))..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((.......)))))))).)))....).((..(...........)..))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((.(((.....(.((...(((.........(.......(......(......)..........(((...)))....(.........)....(.((..(((.......))).).)..))...........)....(((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..............(((((((.(..................)))).))))(((((.......(((((......(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))(..(((.((((((..(((((((((............)))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................(((((((..(.......((((.((.((((((.....(((...)))......((...)).(((((.(((..(((((...(((..((............))..))).....)))))..))).((.((((.(((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))((((((((.(((.((((..((((((((((...................))))..))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..........))))).))))))........))))))))))).))...))))((.(((((((.....((.....((((((((....))))))))...))......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))))))))))))))...)).)))).).(((((.((...((((((((..(((..((((..(...(((((((((((................)))))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).))))).....))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((((.(((((((((...)))).)))).)(((....))).((((((.....)))))).............(((((..(((...)))))))).................))))))))(((....))).......((((((((((((..(((((......(((((....))))))))))..)))))........(((((.....)))))..)))))))......((((((((.....((((((((((..((((((((((....(((....)))..))))))))))..((((......)))).......((((((((.....(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((.....((.((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))............(((((.....))))).....(((.......)))..))))).)))).))).)))))))......((((.................)))).(((((((......))).)))).........(((((((((((((((((((((....))))).))))))))))))))))..((((.((((((.((((((((((((......))))))))))))((((.(((((((((.((((.......((((.(((((((..((((....))))..))))))).)))).(((((.((((((((((((((...)))))))))))))).)))))...(((((.....))))).))))))))))).)).))))(((((.((((((((((.(((((...).))))))..)))))))).))))).......((((((((((.....))))))))))........................(((((....)))))((((.............(((.{{{..{{{{)))(((.(((((((((((((((.(((.....)))))))))))((.((((((.(((((.((((...)))).))))).)))))))).(((((....)))))...............((((.(((((((((..(((((.....(((((.(((((..(((..(((.....))).)))....(((((((............((((((((((((.....(((((...........(((((............)))))...........))))).....))))).)))))))((((....)))).))))))).(((.((((..((((((((((((((((...).)))))).....)))))))))..)))))))..((((((((.....))))))))))))).)))))........))))).)))))))))...)))).(((((((..((.(((...)))))..))))))).........(((.((((....)))).)))..)))))))..)))..}}}}.}}}.....[[[[[[.....)))).]]]]]]...((((((....)))))).(((((((((....).)))))))).............)))))).))))....))))))))(((((.....(((((((((..(((..((((......((((((((((..((((......)))).)).))))))))......))))..)))..)))))))))....)))))..))))))))))...(((.(((((....))))).))).)))))))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).........(((((......((((.....((((........))))......................((((.((((((.......................................(((....)))(((.....)))))))))....((((.....((.((((....))))))))))...................................................))))........(((((..........................(((....((((((((.......)))))))))))......((((..((..((((....))))(((((((((...((((((........)))).))...)))(((...((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((...)))))))))................................................))..))))).))))..(((((((((.....((((((((................((((((.(((((((.....(((....)))...............................................................................................................................((((((......(((....)))..)))))).))))).)).)))))).....(((((..............(((((((...............(((((((..((((((......(((((((((.((((((.....((((......))))......)))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..)))))))...((....))....))))))).((((.........))))...)))))..((.....(...(((....(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..........)))...).))))))).)))))))..)))))...)))...))))))..))(((((((..(((.....(((.(((.((((((.................((.........)).(((((((((((..(((((.....((((((..........(((((.(((...(..((((.(....).))))..)...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))))))(((((((((.((((..(((((...............................)))))..)))))))..(((((((.......)))))))....))))))........))))))......))))).)))).))))))))).)))).))).))).(((((((.(.....)....(((.((((....)))).)))...........))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))).........)))))))))((((.((....(((((((..(((..((....(...((((((((..(((((........)))))..))))))))...)....))..)))..)))))))...)).))))..))))...))))).((((.(((((....))))).))))........ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((..((((((...(((((((((((....(((((......(((.(((....))).((((((.....)))))).......((((...(((((((...............(((((((..(((((.....(((((((....))).))))..((((((.(((((..(((((......(((((....))))))))))..)))))........(((((.....)))))...)))))).....(((((..((((.....((((((.(((.............(((.(((.....(((((((((....((((.(.((((.((((((((((........)).))))))))...((((.((((......)))))))).))).).).)))).))))))))).))))))...))))))))).((((...(((((...))))).))))))))..)))))))))).((((((((((...))))))))))....))).))))....(((((.....)))))..)))))))))))..))).((.((((((((.((....))))))...)))))))))))))))))))))).((((.(..((((..(((((.(((....))).....((((((..(((((((((((((....))))).))))))))..))))))...((((...((.(((((((..((((......))))..))))))).)).)))))))))))))..)...))))...(((((((..((((....))))..)))))))....))).))).((((((((((((((...)))))))))))))).........)))))))).((((((....(((.((((((((((((.((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))).(((.(((....))).)))....((((((.(((.((((((....((....)).....)))))).((((((.(((((((((((..(((((((......((((...(((.(((((((((((((((.((.......))))))))))...((((((.(((((.(((.....))).))))).))))))....((((....))))...((((.........((((.(((((((((..((((..((..(((((.(((((.......(((.....)))........(((((((....(((.(((...((..((.(((..((((....))))..))).....))..))..))))))..(((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))).))))))).(((.((((..(((((((((((((((......)))))).....)))))))))..)))))))..((((((((.....))))))))))))).))))).....))..)))).)))))))))...)))).(((((((..((.(((...)))))..)))))))..))))...(((.((((....)))).)))..)))))))..)))..))))..))))))))))))))....))))...)))))).((((((....)))))).((((((((.......))))))))))).)))))).)))))).....)).)))))))....(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((..((....((((......))))....))..))))...)).))))..)))..))))))))).)).))))).)))))).....((((((.(((((....))))).))..)))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................(((((((...((((......))))(((((((((.(((((.((....(((((.......))))).....))))))......).........)))).((((((....((.........(((...(((....))).)))...))..))))))....(((......(((((..((....))..))))).)))((((((.((.....((((..((((....))))......)))).))...))))))....(((.((((.((((.....))))))))......((((...((((((.((((((.(((.....(((((((.......))))))).)))...))))))...))))))....)))))))..(.(...((.((((((........)))).)).))...))))))).......(((....((....))))).(((............)))..............................((((((.((.((((..(((((...((((((((((((.((...(((((.....(((...(((..((((((...((.(((.....((((((.(.........(..........)....)...........)))))).)))............)).....(((..(((((.(.((((.........))))...).......)))))....)))))))))...))).))).)))))..))........))).)))))).......(...(((((((((((((...........))))))))))))).)(((((((...((((..(..(((((((((.(.((((((......)))).))...))).))))))).....(((....)))......)....))))...)))))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..((((((..((..(((.((((((..((((((((................))))))))..))).............))).....)))...))......)))))))))..))))).........................................................................................(((((((.((((.((((.......................))).)..)))))))(.((((((((.....))))))))...)))))))))....).....).....))))))...(((.......((..(((....)).).))....)))...................(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))....((((((....(((((.....((((((.....(((((((.(((..(((...(...((((((((((((...)))).)..)))))))...)..)))..)))..)))))))...).)))))...))))).))))))..((((((((....)))))))))))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................((((((((((..............................((((((.....))))))............................................................(......)........((((((.(((((..(((((......(((((....))))))))))..)))))........(((((.....)))))...))))))...................................(((((......(......)....))))).........................................((((((.(((........(((.....((((........))))......)))......((((.(((((........((((...(((((...))))).)))).................(((((.((((...)))).)))))................(((((.....)))))....................))))).)))).))).))))))................)))))))))).....................................(((((..((((((((((((((....))))).)))))))))..)))))....((....((.(((((((..((((......))))..))))))).))..)).......................(((((((..((((....))))..)))))))............((((((((((((((...)))))))))))))).......................................((((..((((.(((((((.......................))))))).)))).(((.(((....))).)))....((((((.(((..(((((....((....)).....)))))..(((((......(((((((..((((.........((((...(((.(((((((((((((((.((.......))))))))))...((((.(.(((((.((((...)))).))))).).))))....((((....))))...((((..............(((((((((..((((......(((((.((((........(((.....)))........(((((((........(((...((..((...(..(((......)))..).......))..))..)))......((((...(((..(((((.((((.....))))..)))))..)))))))..))))))).(((.((((..(((((((((((((((......)))))).....)))))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).)))).))))).........)))).))))))))).........((((((..((.(((...)))))..))))))...))))...(((.((((....)))).)))..)))))))..)))..)))).....)))))))))))............))))).((((((....))))))..(((((((.......))))))).))).))))))..))))....................(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((..((....((((......))))....))..))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))................((.(((((....))))).)).......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((.(((....((((((((..(((((((.....))).))))......((..(..((((((.....))))))..((((.......((((((.........))))))......)))))..))..)))))))).))))))))........((((((((((((..(((((......(((((....))))))))))..)))))........(((((.....)))))..)))))))......((((((((..((.((((((((((..((((((((((....(((....)))..))))))))))..(((((....)))))........(((((((...(((((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((...(((((...(((((...))))).)))))............((..((((..((((...))))..))))........................((((......))))..)).....))..))))).)))).))).))))))....))).(((.....))).....((((((((((((((((......))).)))).).)))))))).(((((....((((.......((((((((..((.((((((...(((((....))))).((..(((..((((......))))..)))..))(((.(((((((...((((............(((((((..((((....))))..)))))))...((((.....((((((((((((((...))))))))))))))...))))..(((((.....))))).))))..))))).)).)))..((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))))))))..))..))))))))...((((((.(((.((((((....((....)).....)))))).((((((.(((((((((((..((((...((((..((((...(((.(((((((((((((((.((.......))))))))))...(((..(.(((((.((((...)))).))))).)..)))....((((....))))...((((..((((........(((((((((..((((..((..(((((..((((.......(((.....)))........(((((((....(((.(((...((..((((((..((((....))))..).)))...))..))..))))))..(((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))).))))))).(((.((((..(((((((((((((((......)))))).....)))))))))..)))))))..((((((((.....))))))))))))..))))).....))..)))).))))))))).....))))((((((..((.(((...)))))..))))))...))))...(((..(((....)))..)))..)))))))..)))..)))).)))))))))))))))....))))...)))))).((((((....)))))).((((((((.......))))))))))).))))))..))))....)))))...))))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((..((....((((......))))....))..))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))..)))))))))).))(((.(((((....))))).))).)))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
CAACCUGGUUGAUCCUGCCAGUGGUAUAGUCUUGUCUCAAGGACUAAGCCAUGCAAGUGCCAGUAUGAGUGAAUUGUACAACGAAACUGCGAAUGGCUCGGUAAAACAGCUAUAGUUUCUUCGGGGGUAAUACUACCGGAUAACCGUAGUAAUUCUAGAGCUAAUACGUGCCCGAAAGCGAGUCUCUCGCGGUACAAAUUGGAGACACAAGCCAAUAUUUUGGUGAUUCACAAUUUUUUUUCUGAUUGCACUUUUUAGUGCGACACCCCGUUCAAAUUUCUGACCUAUCAACUUUGGAUGGUAAGGUAUUGUCUUACCAUGGUUGUGACGGGUAACGGACCGUGGGUGCGGGAGUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUACUAAUUCAGUGAGGUAGUGACAAAGAGUAUCAAUAGGGGGGCCAUCGGCUCUUCUAGUUGGAAUGAGUACAGAGUAAACAAUUUAACGAGGACCAAUAGGAGGGCAAGCCAAGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACUUACUCCUAGGGUGUUUGUUCACAGUGCUGCAGUUAAAAAGUUCGUAGUCGGACCUAUGAGCUGGGCGGUGGUGUGGGCGCAAGCCUGUGGUGCCGCCCGGCUCUUUUGGGGAAAUGGCCGGAGUAGGGUUUUAAGCGGCUUUGCUCCGGGCGUCCCCCGUUUACUGUGAAAAAAUGAGAGUGUUCAAAGCAGGCGAUGAGCCGUGAAUACCAUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGGCCGCUGAUGCCUAUUUUGUUGGUUUCGAGGUGUCGGGCAAUGAUUAAGAGGGACGGUUGGGGUCAUUUGUAUUAAGUCGUCAGAGGUGAAAUUCUUAGAUUGACGUAAGACAAACAGCUGCGAAAGCGUCUGACAAGGACGUUUUCAUUGAUCAAGAACGAAAGUAAGGGGAUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCUUUACUAUAAACGAUAAGAACUGGGGAUCGGAAGAGUAUUUAAAUAGGGCUCAUCCGGCACCCUCCGGGAAACCAAAGUGUUUGCUUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGAAAUUGACGGAAGGGCAUCACCGGGUGUGGAGCCUGCGGCUUAAGUUGACUCAACACGGGAAAACUUACCAGGUCCGGACAUAGUGAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGUUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAGCGAGACCUGAGCGUGGUAGCUAGGGGACUUGUGCAUUUAUGCACGGGCUUUUUCUCCUUCCUACACGGACUGCUGGCGAAUAGUCAGCGGAAGCCUCAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUUGAUGUUCUGGGCCGCACGCGCGCUGCACUGAGCGGACCAGCGGGCGAGGAUAGCCGAAAGGUUUUCCGGACCCUUAAAUUCGCUCGUGCUGGGGAUGGAGGCUUGCAAUUGUCCCUCUUGAACGAGGAAUACCUUGUAGGCGUGAGUCAUCAGCUCGCGCCGAAUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGGGUGAGGAGGUGAGAAGUUGGGAGGUGUUGGUUCGGGCCCGCAAGGUGUCUGGGCUAGCGCUAAACUCGUUCAAACCUUAUCAUUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAGAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....(((((...<<<.))))).((((((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....((..........))...)))))......(((......((((..((..((....((((..........(((....(((((((.....))))))).....)).)......((((((...))))))....((((((.........(((((....)))))......)))))).........(((((((....)))))))...))))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((((((...)))))))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((...{.((((...(((........(((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))....((((...((((((((((((((((......)))))))))))))))).))))...............................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{.(((..((((((((((...........))))))))))..)))...{{..))}}...}}}....}}}}))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..(((((.((((((((....))))))))......)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((...((..((((....))))..))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((....)).)))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................................................................................................................................................(((((((....)))))))..................................((((((((((...)))))))))).............................................((((........))))..............(((((((((((...............(((((((((...)))))))))..............((((((((((...))))))))))..................................................................................................................................................................................................................................................................(((((((.................)))))))........................((..(((((((((...............)))))))))))...................................................................................((((((((((.....))))))))))................((((((((.......((((.........))))....))))))))................((((.((((((((((...........))))))))))..))))..((....)).................................................................................))))))))))).....................................................................................................................................................((((((..........((((((((((((((....)))))))).....))))))...........((((((((.....))))))))....)))))).....................................................((((((((...........((((((((....))))))))...........))))))))..........(((((............)))))....................(((((((((.....)))))))))....................................((((((((..((((((((((((((............(((((((((((((((((....)).)))))))))))))))............)))))))))))))).)))))))).............................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).........................((((((((..................................))..)))))).................................(((((.........)))))..........((((((.(((((.....((((.....))))))))).))))))...........................................((((((......))))))..................................((((((((.......))))))))...................((((....))))....(((((...((((((........)))).))...)))..)).....................(((....(((.....)))..)))...............(((((((((((((...)))))))))).)))....................................((((((...................................)))))).................................................................................................................(((((((((......)))))))))....................................((((...................))))...............(((((((((((((....)))..))))))))))........................................((((.((((((((((((((((...(........)...)).)))))))))))))).......(((((((((.......)))))))))............................................................................(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))..................((....(((((((((......................................................................................................)))))))))....))...................................................(((((.(((.((((..(((((((((((.............))))))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..................))))............................((..((((((((....(((...((((((((....))))))))....)))...)))))))).))...((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......)))).........................((((((((...(((((((((((((((((((..(...((((((((((((((((.......))))))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..))))))))................((.(((((....))))).)).......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((......(((..(((((.(((((((......))))))).))))))))...)))))......................(((((((..((((((........(((((.(((..(((((...........))))).))).)))))............................))))))..)))))))...(((((.........(((((....)))))......)))))....(((((((((((((....))))))....................((((..(((((....((((((((((...)))))))))))))))....)))).............................((.((((........)))).)).(((((.((((.(((.((.(((((........(((.....................................((((((((((...)))))))))).((((.....(...................).....)))).....)))........))))).)).)))...((.......)))))).)))))(((.(((((((((.............(((((....)))))....(((((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))))))....((((..(((.(((((((((((((......))))))))))))).))).))))...))))))))).))).....((((.((((((((((.....))).................(((((((((((((((.(.......))))))))))))).)))..................(((((((((((((((((((((.(((((.(((.((((((.((((......)))).))).))).))).))))).......((((((((((.....))))))))))........................(((((....)))))......((((.................................(((((.((((...........)))).)))))(.(((((((((((..(((.....))).))))))))))).)...((((....))))................))))((((((((((((.((((((...(((((.(((((..(((((((..................((((((............((((((((((((.((..(((((.........(((.....(((........))).....))).....)))))..)).))))).))))).))............))))))..((((.(((..((((((((((((((....)))))))).....))))))..)))))))..............)))))))..))))).)))))....)))..)))))))))))))))........................((((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))...))).....)))))))))))..........))))).))))))))))))))))((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))...........))..))))).)))).......(.(.(((((.((...(((((((.(((((..((((......(((((((((((((((((....)).))))))))))))))).....).)))..))))).)))))))..)).)))))..).)...........((.(((((....))))).))...))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((.(..((((..((((((........))))))..))))(((.(((((.....(((..........................((((.(.((.....((((.(((..(((((...........))))).))).))))...)).).)))).....((((((.....((....(((((((...........((((((...(((......(((........)))............(((((((....)))))))....(((((((((................)))))))))...)))..)))))).((((((((.............))))))))..)))))))...(((..((.((((........)))).))...))).......))....))))))....(.(((...((((.....)))).))))(((((((((.(((....(((((((((.....))))))))).................................((((.....(....(((((((..((.((..((((.((((..((((((.......)))))..).(((((((.................................(((((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))))))...(((((......(((((((((((((......))))))))))))).....)))))....)))))))......(((((..((((((..(((.....)))......(((((((...((((((((((((((((..........)))))))))))).))))...(((((((((......((((.....((((((((.(((......((((((((.....(((.....(((((........)))))......)))..((((((((((.....)))))))))).................((((((....(...((((.........))))...).))))))......................((....))...........((((((......(((.(.((((....((.....(((...(((((.(((.......((((....))))....)))..)))))..)))....))......))))).))))))))).))))))))..))))))))).))......))))....)))))).)))..............((((((((......)))))))))))))))....((((..((((((((....(((((((((((.(..........).)))))))))))........((((((..(.((((..((((((((((((((....)))))))).....))))))..)))).....((((((((.....)))))))).)..))))))....))).)))...).))))))))))).)))))...)))).(((.(((((............))))).))).(((.((((....)))).)))....................)))))).))...))))))).....).((((......))))...........((((((((.......))))))))......)))).))).)))))).))).(.(..((...(((((.....((((((((.(((((..(((...((..(((((((((((((((((....)).)))))))))))))))...))..)))..))))).))))))))....)))))....))...)..)..)))....)))..)).))).).)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....(.(((..(((((.(((((((......))))))).)))))))).).)))))......................(((((((..(((((((.......(((((.(((..(((((.((.....)).))))).))).)))))....).......................))))))..)))))))..((((((..((.....(((((....)))))...)).))))))...(((((((((((((....))))))((..(((((.......((((((((.((((((....((((((((((...)))))))))))))))..).))))..))))........))))).)).....(.((.((((........)))).)).)((((.((((.(((.((.(((((((...((.(((...((.........................)).....((((((((((...))))))))))(((((.....((.................)).....)))))....))).))))...))))).)).)))...(((.....))))))).))))((((.(((((((((((())).......(((((....)))))..(.(((((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))))).)..((((..(((.(((((((((((((......))))))))))))).))).))))...))))))))).))))..(.((((.((((((.(((.....)))).....(((.......((((((((((((((((.(.......))))))))))))).))))..)))....((((..(.(((((((((((((((((((((.(((((.(((.((((((.((((......)))).))).))).))).))))).......((((((((((.....))))))))))........(((((....(......(((((....))))).....)(((((...(((((........................(((((.((((.(.......).)))).)))))(.(((((((((((..(((.....))).))))))))))).)..(((((....)))))......)))))...)))))((((((((((((.((((((...(((((.((((((((((..(((.....)))..)))))..((((((((......(...((((((((((((.((..(((((..((.....(((.((.((((.(....).)))).)).)))..)).)))))..)).))))).))))).)).....)...)).))))))..((((.(((..((((((((((((((....)))))))).....))))))..)))))))..((((((((.....))))))))))))).)))))....)))..)))))))))))))))...)))))....(((....)))(.((((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))...))).....))))))))))).)........))))).))))))))))))))))((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))........)..))))))))).)))).)....((.(.(((((.((..((((((((.(((((..((((..(...(((((((((((((((((....)).)))))))))))))))...).).)))..))))).)))))))).)).)))))..).)).........(((.(((((....))))).)))..))))))) |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................((((((........((((.........))))................((((.................................((((.((....))))))........))))...............((((((...))))))...................(((........))).....................(((((((....)))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((...)))))))))..)))....................................((((((.......((((..((.........)).....))))))))))..................................................((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))................(((((((((((........)))))))))))..................................................................))))))..............(((..((((.(...................)).))))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..(((((((((.............)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))................((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............((((((....((((..(((((..((((((......))))).)......)))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....)...(((.((((....)))).)))...........))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.((((((((....)).)))))).))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................(((((((((.(.....(((...........))).......))))..))))))..................................((((.((....))))))..................((((.....((((((...))))))))))..................................................((((((......))))))..................................((((((((.......)))))))).........(((.......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))....................................((((((.......((((....................))))))))))................................................((((((.(((((((((((((((....)))))))))))))).)))))))..............((((((((((((......))))))))))))...............................(((((((.....(((.....))).)))))))............(((((((((((((........)))))))))))))............................((((((...((((((((((((.((((((((((((((......))))..))).))))))).))))).......((((((((((.....))))))))))............(....)(((((........((((.........)))).....)))))............((....(((..(((((((((((.........)))))))))))..)))...((....))..........))..........((..(((((....)))))...))...........((((....(((((((((.....((..(((...................................))).))...(((((..................................)))))..)))))))))....)))).....(((((((((..................)))))))))........(((((((((.((((..(((((((((((((......))))))).....))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).................)))))))...)))))).........))))))..(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......)))))).................)))(.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.((((((((....)).)))))).))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..........(((.(((((....))))).)))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((..(((((.(((((((......))))))).))))))))...((((((((((.....))))))...[[[[[[[....))))..(((......))).]]]]]]]...((((....((((((.[[[.....))))))..]]]...........(((((.[[[[(((((...))))))))))(((((((((......(((((....)))))..))).))))))..]]]]...(((((((....)))))))..))))......................((((((((((((((((..((((...[[[[[[[[..)))).......]]]]]]]].(((.....((((((.....((((........))))......)))..))).....)))(((((((..((((((...((((.[[[[)))).))))))......]]]].(((.((((((((((...))))))))))[[[....))).(((...)))]]]............(((..[[[[[[((((.......)))).........)))........]]]]]]..(((((..(((((((((.............(((((....)))))....(((((((((((((....((((....))))....)))))))))))))....((((..(((.(((((((((((((......))))))))))))).))).))))...)))))))))...(((...(((((((.....(((.....))).)))))))))))))))....((((((((((((...[[[....))))))))))))....(((....)))]]]...............((((((.[[[[[(((((.....((((...((((......))))....)))).....))))))))))).((((((((((.....))))))))))..]]]]]....((((.[[[[[[[[(((((....)))))........))))..]]]]]]]]...........((((.(((..(((((.((((.(((....))))))).)))))..)))..[[[[[[........))))..]]]]]]....((((.(((((....)))))..))))............((((((((....((((((.(((((((...))))((((((..(((.....)))..))))))))).)))))).[[[[[....((((....))))....))))))))......]]]]]................(((((...(((((((((((((((.....)))).))))))))))))))))(((((((..((((.(((..((((((((((((((....)))))))).....))))))..)))))))..((((((((.....))))))))..(((...))).....)))))))(((..((((...........))))..))))))))))((((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))...))).....))))))))))).(((((((..(((.[[[[[..)))((((......))))......]]]]](((((((((.....))))))))).....)))))))............((((.[[[[....(((((((.....))).))))))))......]]]].(((((((((((((((.........)))))))))))))))............))))))))))))))))...(((.............[[[[)))(((((....))))).....]]]].... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((..(((((.(((((((......))))))).)))))))).((((.(((........)))))))......(((((((..((((((........(((((((((.((...(((((..((((((.((....))))))))))))))))))).))).)).........))))))..)))))))..((((((..((.....(((((....)))))...)).)))))).........(((((((....))))))).(((..(((...((((((..(((.((..((((((((((((((((.(((((...((((((((((........)).))))))))(((((....((((((...((((((........)))).))...)))..)))..........)))))..((((((...((((.....)))).))))))))))).......(((((((((((((...))))))))).))))((((((((.((.(((((((.....((((((.(((..((((((...(((.....((((.((....))))))...))).)))))).))).))))))((......))..........(((((....)))))....(((((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))))))....(((((..((.(((((((((((((......))))))))))))).))))))).))))))).))...........((((.(((((((((.((((.(((.(((.((((......(((((((((((((((((..........))))))))))).)))))).))))))))))......((((((((((((((((((((....(((((..((((((..((.((....(((((........)))))....)).))..((((((((((.....)))))))))).((((((....((....)).....)))))).))))))..)))))(((.(((((....)))))..)))...(((((.(((..(((((.((((...........)))).)))))..)))(((.(((((.((((...)))).))))).))).((((.(((((....)))))..)))).............((((((((((((.((((.((..(((((.((((((((((..(((.....)))..)))))).((((((((....(((((.((((((((((((.((..(((((..((.....(((.((.((((........)))).)).)))..)).)))))..)).)))).))))))))))))).....)).))))))..((((.(((..((((((((((((((....)))))))).....))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).)))).))))).....)).))))))))))))))))...))))).(((.((....)))))((((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))...))).....)))))))))))..........))))).))))))))))))))).((((((....)))))).(((((((((.....))))))))).....)))))))))..)))).))))....(((((((((((((((.....))).)))).)))).....)))).(((((((((((((((((....)).)))))))))))))))..))))))))..)))))))))))))))))))))))))))...)))..))).((.(((((....))))).)).))))))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....{{(((..(((((.(((((((......))))))).))))))))...))))).....(((((((..........(((((((..((((((....................(((((.....((((((.((....))))))))...................)))))...))))))..))))))).....(((.........[[))).......]])))))))........(((((((.(((((....)))))...............................(((..((((((((.......))))))))....(((((((((......((((((.(((......(((((...((((((........)))).))...)))..))....................((((.................))))..............(((((((((((((...)))))))))).)))..........................................................))).))))))........................((((((((..............(((((....)))))....(((((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))))))....((((..(((.(((((((((((((......))))))))))))).))).))))....)))))))).........((((.((((.((((..............................(((((((((((..........))))))))))).......................((((((((((((((((......(((((.....(((.......................))).....))))).......((((((((((.....))))))))))...........((....)).....(((((....))))).....(((((....(((((........................(((((.((((...........)))).)))))..(((((((((((..((.......)).)))))))))))....(((((....)))))......)))))....)))))(((((((((((.((((((...(((((.((((((((((..(((.....)))..)))))).((((((((..........((((((((((((.((..(((((...........(((((((........)))))))...........)))))..)).))))).)))))))..........)).))))))..(((.((((..((((((((((((((....)))))))).....))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).)))).)))))....)))..)))))))))))))).........(((((...........((((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))...))).....)))))))))))..........))))).))))))))))))))))((((((....)))))).(((((((((.....))))))))).........))))...)))).))))...)))))))))<<<<.<<....((((((.(((((..(((...(((.(((((((((((((((((....)).)))))))))))))))...))).)))..))))).)))))))))>>.>>>>....................(((((....)))))....}}))))))) |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.((((((((.((.......................((..(((((((((.((...(((((((.....))))))).....)))))..))))))..))............................(((((.(((....)))))))).......((((((((.((((.....((((((...)))))))))).))))))........(((((....)))))....................(((((((.(...))))))))...................(((.(((.(...(.(((((((((.....))))))))).)..)))).)))......(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((...)))))))))).)))..)).......................................))..))))).)))..))).)))))))........))..((((((..........))))))....................((.......((((((.(((((((((((((((..))))))))))).))))))))))....((((..(((.(((((((((.(((......))).))))))))).))))))))).....................((((((.((((.......)))).)))))).....((((((..((((((((((((((.....).)))))))))))))...................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))..(((....))).((.(((((....))))).....))....................)))))).(((((((..(((((((((.(((.....))).)))))))))..)))...((....))..))))...............((((.(((((....)))))..)))).................(((.((((.....)))).)))..........................................................(((((((.(((((....))))).)).))..(((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..(((((((((((((......)))))))..)...)))))..)))))).).((((((((.....))))))))....))))))).............((..((((..(((...)))))))..))..........((.((((((((..(.((((.((((.((((....)))).)))).).))))..))))))))))...((((((.(((((..........)))))..(.((((((....))))))..((((((((.....)))))))).).....)))))))))...))))).))))))))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((.((((((((((((((....)).)))))))))))).))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))............))..((.(((((....))))).)))))))))).) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((..(((((.(((((((......))))))).)))))))).(((..(((........))).)))...((((((.....(((((.........))))).)))))).(((((.....(((((.(((....))))))))...................)))))..(((((...)))))......(((((.........(((((....)))))......)))))..........(((((((....))))))).(((..(((...((((((..(((..(..((((((((((((((((.....((((((......((((((((....((................((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))(...(..(((...)))..)...)..(((((.(((...(((((...........((((.((....)))))).......)))))..))).)))))((((((((..((.........(((((....)))))....(((((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))))))....(((((..((.(((((((((((((......))))))))))))).))))))).)).))))))))..........((((.(((((((((.((((.(((.((.(((((......(((((((((((((((((..........)))))))))))).))))).))))))))))......(((((((((((((((.((((.(((((.(((.((((((.((((......)))).)).)))).))).))))).......((((((((((.....))))))))))............(...........(((((....))))).....((((((...((((((...................((..(((((.((((...........)))).)))))..))((((.(((((.(((.....))).))))).))))..(...((((....))))....).))))))...))))))(((((((((((.((((.((..(((((.((((((((((..(((.....)))..)))))).((((((((....(((((.((((((((((((.((..(((((.((........((((....(........)))))........)).)))))..)).))))).)))))))))))).....)).))))))..(((.((((..((((((((((((((....)))))))).....))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).)))).))))).....)).)))))))))))))))....)......(..((....)).).((((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))...))).....)))))))))))..........))))..))))))))))))))).((((((....)))))).(((((((((.....))))))))).....)))))))))..)))).)))).)).))))))))(((((((.....))).)))))))))).....(((.(((((((((((((((((....)).)))))))))))))))...)))......))))))))))))))))).)))))))))...)))..))).((.(((((....))))).)).))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((((((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((..((.(......).(((........)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((.........((((.......(((.....)))...).....)).)(.....(((((.....))))))((.((((((((.......((((......))))...)).)))))).)..)..(.((((((......))))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))...((((((..(((.....(.(((..(((...(...............((.(.....((.....)).......).)).((....))........).....((((.(((((......)))))..)))).........(...((((((((.......((...((((...))))(((.....))).....))......)))))..)))..)......(((((((((..((...............)))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((((..((...(((((((..(((...)....))...))).))((((((((((((.....))))((((.(((((.......(((.(.....(((....)...))(...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..)))))((((...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((...........))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))))....))..)))......((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))..)))).)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((.........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).))))))))))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((..(((((((((((..((((........(((((((((.((..........((..........))...)))))..))))))((.........((((........(((((....(((((.(((....))))))))................(((((.....((((.....)))))))))(((((((((...)..((((......))))...)).)))))).......(.((((((......))))))).)))))..((.....((..((.....(((....((((((((.......)))))))))))......((((((((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))....(....)...((.((....))))...))))))..((((.....)))).)).)))).......))))(((((((((((((...)))))))))).)))...)).((.................))))))....(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))...(((((((...........((((.....................(((..(........)..(.........).)))......................((((((((((......))))).)))))................(((((.......((...((((...))))(((.....))).....))......)))))..............(((((((((..............((...)))))))))))..(((((((..((((((......(((((((((.((((((((((((((......))))..)).)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..)))))))...))))..(((((((.......((((.........))))....))))))).(.......)(((.((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..))).....)))...(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))(((.((((((..........((.....))(....).(((((...(((..(((((.((((.......((........))..))))....)))))..))))))))(..((((((((...(((..(((((.((((.....))))..)))))..)))))))....(((((((((.((((..(((((......(..........).........)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))........)))).)....((((...(.....).)))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((...((((((((....))))))))....)))....))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))))).....)).)))...((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((.........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....))))))))))).((.(((((....))))).)))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))(((((((((((.(((((((((((.((((...))))...(((.(((..((.(......).(((........)))...))(((......(((...(...(((.....(((....(((((..........(((....)..(((.....))).........)).((.....(((((.....)))))))(.((((((((.......((((......))))...)).)))))).).....(.((((((......))))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))))..((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))....)......(((.....(.(((..(((...(...............((.(.....((.....)).......).)).(......)........).....((((..((((......))))...)))).........(...((((((((.......((...((((...))))(((.....))).....))......)))))..)))..)......(((((((((..(............(...)))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))...(((.((.((((((((....))))(...)...............((((((((((((.....))))((((.(((((.....(((...)))....((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))..(.(((((.(((.((((..(((((((((...((...........))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))......((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))(((((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((.........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).))..))..))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((...((((((((((...(((........(((((((((.((..........((..........))...)))))..))))))((......(((....(((((...(((((.....((((.(((....))))))).................(((((.....((((.....)))))))))(((((((((...)..((((......))))...)).)))))).......(.((((((......))))))).)))))...))))).))).(......(((....((((((((.......)))))))))))......((((..((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))..))))......)((.((....))))..((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))...)).((.................)))))......((((((.......((((((((.((....))))))...)))))))))).))))))))))......((.((.((......))((((.....................(((..............(.........).)))......................((((((((((......))))).)))))................(((((.......((...((((...))))(((.....))).....))......)))))..............(((((((((..(..........)((...)))))))))))..(((((((..((((((..(...(((((((((.((((((((((((((......))))..)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))..)))))))...))))..(((((((.......((((.........))))....))))))).(.......)(((.((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..))).....))).........(((..((((....))))...)))..........((((((((((((((((.....))))(((.((((((.................(((....)))((((...(((..(((((............(((..((((....))))..))))))))..)))))))(((.((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))....(((((((((.((((..(((((......(..........).........)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))........)))))))...((((...(.....).)))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((...((((((((....))))))))....)))....))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))....)))))((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((.........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....))).))..))).((.(((((....))))).)))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((..(((((.((((((((...).))))))).)))))))).(((..(((........))).)))...((((((....((((((.........))))))))))))((((((.....(((((.(((....))))))))...................)))))).(((((...))))).....((((((.........(((((....)))))......)))))).........(((((((....))))))).(((..(((...((((((..(((.((..((((((((((((((((.................((((((((...(((................((((((...((((((.(.....))))).))...)))..))).((((...(((......((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))[[[[............[[[......[[[[[.[[[..[[[[[[.....)))...))))....................]]]]]].]]].]]]]]((((((((............((((((....))))).)..(((((((((((((.(((((((....))))))).)))))))))))))....(((((.....(((((((((((((......)))))))))))))...))))).]]]))))))))..........((((.(((((((((.((((.(((.((.(((((......(((((((((((((((((.(.(....)))))))))))))).))))).)))))))))).....(((((((((((((((((((((.(((((.(((.((((((.((((......)))).)).)))).))).))))).......((((((((((.....))))))))))..................(((...(((((....))))).....((((((...((((((.(((.....)))......(((..(((((.((((...........)))).)))))..)))(((.(((((.((((...)))).))))).)))..(((.(((((....)))))..)))))))))...))))))(((((((((((.((((.....(((((.((((((((((..(((.....)))..)))))).((((((((....(((((.((((((((((((.....(((((...........(((((............)))))...........))))).....))))).)))))))))))).....)).))))))..(((.((((..((((((((((((((....)))))))).....))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).)))).)))))........))))))))))))))).........................{{{{.{{{{{{{.....(((...(((.((((....)))).)))...))))))..}}}}}}}}}}}..........))))).))))))))))))))))((((((....)))))).(((((((((.....))))))))).....)))))))))..)))).)))).)))))))))))(((((((.....))).))))...........(((.(((((((((((((((((....)).)))))))))))))))...)))]]]]..)))))))))))))))))))))))))))...)))..)))(((.(((((....))))).)))))))))).. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......)))))........((((.((((.(((((((..((((((........(((...................((((((((.((((((...............(((.....)))........((((((....)))..)))......))))))....((((.....(((((.....)))))((..................((................................((((((......))))))....((((((...((..((.((((((.(((....((((((((.......)))))))))))......((((((.(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...))).......((.((....))))...))))))..((((.....)))).))))).).))..))....(((((((((((((...))))))))).)))))))))).......................)).....(((((((((....(((....)))..)))..((.....))..))))))..))))))..........)))))))).......(((....)))..............................................................................................................)))...............((((((......(((.....)))..))))))....))))))..(((((((((((............)))))))))))...................(((((((..((((((......(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..))))))).((((....))..((.(((((....))))).....)).)).))))))).............(((....(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........)))...)))).))))..((((....))))...((((.........(((((((((((..(((.....(((.(((.((((((.................((.........)).(((((((((((...((((.....(((((.((..(((((..((.....(((.(..((((.(....).))))..).)))..)).)))))..)).)))))((((....((((....)))).(.(((((((((.((((...(((.............................)))...)))))))....((((((.....))))))......)))))))..)))).............))))..)))).))))))))).)))).))).))).(((((((.....(((...(((...((....))...)))....)))....))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).)).((.(((((.......))))).))......))))))))))))((....))....))))).(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((....((((.......))))....))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))))))..........((((.(((((....))))).))))........ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((((....(.(((..(((((.(((((((......))))))).)))))))).).)))))..)).(((((((..........(((((((..((((((...((((.......)))).((((((.....((((((.((....))))))))........((......)).))))))..))))))..)))))))......((....))...(((((....))))))))))))........(((((((((((((....)))))...(((..(((...((((((..(((.((..((((((((((((((((....(((((((......((((((((...(((.((.((((((.((.((.(((....((....))......))))).)).)))))).))..(((....(((((((....((((...((((.....)))).))))(((.(..(((((((((.((((((((((...))))))))))((((((.((..(((...)))..)).))))))............(((((((.((((.(..(((.((((((..(.....((((((((((......((((((...((((((((((......(((((....)))))....(((((((((((((.((..(((....)))..)).)))))))))))))....((((..(((.(((((((((((((......))))))))))))).))).))))....)))))..........(.(((((((.....(((.....))).))))))))..))))).)))))).....)))).(((.((((((((.((((((..(((((.((((.((((.(...(((((.....((((((...((((.(((((.(((.((((((.((((......)))).)).)))).))).))))).......((((((((((.....)))))))))).((((((....((....)).....))))))....))))....)))))).)))))...........((((....((((((..(((((.((((.((.....)).)))).)))))..)))...((....))..)))...((((..(....)..))))..))))...).)))).))))...)))))..)))))))))))))).)))((.((((.((((.(...((((((..(((.....)))..))))))))))))))).))..))))))........(((..((((....))))..))))..)))))).)))..).)))).((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))).(((((((..((((.(((..((((((((((((((....)))))))).....))))))..)))))))..((((((((.....))))))))..(((...))).....)))))))....))))))))))))))))..).)))..)))))))((((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))...))).....))))))))))).(((((((((((...((....)).))))....((((((....)))))).(((((((((.....))))))))).....))))))))))...........))))))))))).((((((.....))).))).)))))))....(((.(((((((((((((((((....)).)))))))))))))))...)))......)))))))))))))))))))))))))))...)))..)))(((.(((((....))))).))).)))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(.((((.((((....(.((.((((.((((.((.....(....((..........)).).))))))...)))).........)).).((((((....((.......(((..(((....))).)))...))..))))))....(((((.....((((.....)))))))))((((((((.......((((......))))...)).)))))).........((((.(......).))))...(.(.(.(.....((((.(((.((.(((.....(((((((.......))))))).)))...)).)))...))))......).)...).)(((...((.((((((........)))).))...))...)))))))))..(((((......(.(((....((..(((...(((.((.((.((.....((....((((((((((...))))))))))..))...))....))...)).....)))...)))........)).)))...)....)))))(..(((((((((.(((((..(((......(((...((.(...(....(((((.........((..(.................(......................(.......)............).....)...........(.(.......).)...................(((.(((((...(.......(((((((.....(((.....))).)))))))..)..)))))......))).....(((...(((..(((......))).......)).)..)))..(((((((...(((..(((...(((((((((.(((.(((.(.((((......))))..)...))).))).)))))....(((....)))..))))...)))...))).)))))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..((((((..(...(((.((((((..(((((.((...(........)..)).)))))..))).............))).....)))...).......)))))).))..))))).)...)...)).....)))...)))........)))))...))).))))))....)..))...)....................((.(((......((((((...(((...((....)).))).))))))((((.((((((((((.((((((((...(((((((((((((((.....))))).))))))))))))))).(.(((((((((.((((..((((..(.(............).)........))).)..)))))))(.((((((((.....))))))))...)))))))...)....(((.((((..((((...((...)).))))....)))).))).((.((((((((.....(((...(.(.(.((....))).))......)))....))))))))...))((((((((((...(......).)))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))).)))...))))).))))).))))..(((((.((....(((((....(((..(((...(...(.((.(((((..(..((....))..)...))))).)).)...)...)))..)))...).))))...)).)))))..))).......))(.(((.((((....)))).....)))...).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((((......(((..(((((.(((((((......))))))).))))))))...)))))..)).(((((((..........(((((((..((((((..............................(((((..((....)).)))))...........................))))))..)))))))......((....))...(((((....)))))))))))).........((((((((((((....)))))...(((..(((...((((((..(((.....((((((((((((((((....(((((((......(((((((((.....(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..)))..................(((((...((((.....)))).)))))..................(..((((.....))))..)................................................................))).))))))).......................(((((((((.............(((((....)))))....(((((((((((((.((..(((....)))..)).)))))))))))))....((((..(((.(((((((((((((......))))))))))))).)))))))....))))))))).........((((.(((((((((.((((.(((.((..((((......(((((.(((((((((((..........)))))))))))..))))).)))).))))).....((((((((((((((((.......((((.(((.((((((.((((......)))).)).)))).))).))))........((((((((((.....))))))))))...........................................((((((...((((((..................(((..(((((.((((...........)))).)))))..)))...((....)).........(((..(....)..)))..((((....))))......))))))...)))))).(((((((((..(((......(((((.((((((((((..(((.....)))..)))))).((((((((..........(((((((.((((.((..(((((...........((((..............))))...........)))))..)).))))..)))))))..........)).))))))..(((.((((..((((((((((((((....)))))))).....))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).)))).))))).........))).)))))))))..........................((((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))...))).....)))))))))))................))))))))))))))))((((((....)))))).(((((((((.....))))))))).....)))))))))..)))).))))...)))))))))(((((((.....))).)))))))))))....(((.(((((((((.(((((((....)).))))).)))))))))...)))......))))))))))))))))..)))))))))...)))..))).((.(((((....))))).))..))))))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((((......(((..((((..(((((((......)))))))..)))))))...)))))..)).(((((((..........(((((((..((((((...((((.......)))).((((((.....((((((.((....))))))))........((......)).))))))..))))))..)))))))......((....))...(((((....))))))))))))........(((((((.(((((....)))))...(((..(((...((((((..(((.((..((((..((((((((((....(((((((......((((((((...(((..((((.((((((...(((((((.((.((((........)))).)).(((.(((((..((((((((((.(((..((((((...((((.....)))).))))))((((((.....((..(((..(((((...)))))..)))(((..(.((..(((...)))..)).)..)))....((((((..(((..(..((((.(..(((.((((((..(((((.(((((.........((((.(((((((((..((.........(((((....)))))....((((((((((((..(..((((....))))..)..))))))))))))....(((((..((.((((((((..((........))..)))))))).))))))).)).))))))))).))))....((((((...((((((......(((((..........)))))...............(((.((((((((.((..((..(((((..(((((((((..............((((((...((((.(((((.(((.((((((..(((......)))..)).)))).))).))))).......((((((((((.....)))))))))).((((((....((....)).....))))))....))))....))))))..((((((((((.....((((...........))))....)))).......))))))..)))))))))....((....)).((((...((((..(....)..)))).((((....))))...))))...)))))..))..)))))))))).))).......))))))((((((((((..(((.....)))..))))))...)))).)))))).))))).))))...(((..((((....))))..))))..)))))).)))..).)))).)..))).)))))).))....))))))..((((((...))))))..)))...((((((((((.(((..(((((((..(((((....)))))..).....))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).........))))))..))))))))))))))))))))))))).))))..((((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))...))).....))))))))))).(((((((((((...((....)).))))....((((((....)))))).(((((((((.....))))))))).....)))))))..............))))))))))).((((((.....))).))).)))))))....(((.((((((((..(((((((....)).)))))..))))))))...)))......))))))))))..)))))))))))))))...)))..)))(((.(((((....))))).)))..))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
CAACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUAAACAACUUUAUACUGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUAGUUUAUUUGAUAAUACCUACUACUUGGAUAACCGUAGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCGAAAAAACCCGACUUCUGGAAGGGUUGUAUUUAUUAGAUACAGAACCACUGCAGGGCAACCUGGUUACUUGGUGAUUCAUAAUAACUUCGCGAAUCGAAUGGCUUGUGCCGUCGAUGAUUCAUUCAAAUCUCUGCCCUAUCAACUUUCGGUGGUAAGGUAUUGGCUUACCAUGGUUCCAACGGGUAACGGAGAAUUAGGGUUCGAUUCCCGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACUUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCUGACACAGGGAGGUAGUGACAAAAAAUAACAAUACAGGAUCUUUAAAGGUCUUGUAAUUGGAAUGAGUACAAUUUAAACCCCUUAACGAGGAACAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGAUUUUGGAAAUUGCUUACUGGUCGGCCGCAAGGUCUGUACUGGUACGGCAGUUUCUUCUUCUCGAAGGCAGUGGGUGCUCUUAAUUGAGUGUCUACUGAGUUCGGGACUUUUACUGUGAGAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCUUAUGCUUGAAUAUUGCAGCAUGGAAUAAUGGAAUAGGAUCCCGAUCUUAUUUUGUUGGUUUCUAAGAUCGAGAUAAUGAUUAAUAGGGACGGUUGGGGGCAUUAAUAUUUAAUUGUCAGAGGUGGAAUUCUUGGAUUUAUGAAAGAUUAACUUCUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGAUGUUUUCGUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGGGGAUCGAAGAUGAUCAGAUACCAUCGUAGUCUUAACCAUAAACUAUGCCGACUAGGGAUUAGUGGACGUUUAAUAAUGACACCAUUAGCACCUUAUGAGAAAUCAAAGUUUUUGGGUUCCGGGGGGAGUAUGGUCCCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUCACCAGGUCCGGACAUAGGAAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGCCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAACGAGACCUUAACCUACUAAAUAGUUACAUGAUUUUCGAAUCAUGGGCAACUUCUUAGGGGGACUAUUGGUGUAUAAUCAAUGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCCGCACGCGCGCUACACUGAUGAGGUCAACGAGUAUCAUCCUUCACCGGAAGGUGCGGGUAAUCUUUUGAAACCUUAUCGUGAUGGGGAUAGAUCAUUGCAAUUAUUGAUCUUCAACGAGGAAUUCCUAGUAAGCGUGAGUCAUCAGCUCGCGUUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGAAUGGUUUAGUGAGGUCCUCGGACUGGUACAGCGCGUGGCAACACAUACUGCGCCGGGAAGUUGAACAAACUUGAUCAUUUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCUAGU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....(((((...{{{.))))).(((.(((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....(((.........)))...)))))......(((......((((..((..((....((((...........((((....(((((((.....))))))).....))))......(((((..((...))..)))))....((((((........((((...((((....))))......))))......)))))).........((((.((((....))))))))...))))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((((((....)))))))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((...<.((((...(((.......(((((((((((((((((.((((....))))...))))))).))))))))))...(((((((..((((((((((((......))))))))))))..)))))))...........................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<.(((..((((((((.(((.......)))))))))))..)))...<<..))>>...>>>....>>>>))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..((((..((((((....))))))....))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((......((..((((....))))..))....)))......)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((((((((((((.((((.((((....(((((((.....)).)))))..(((((((...((((((((....)))))))).............((((((.....(((((.((.....)).)))))......((((((..((....))))))))......))))))..))))))).........)))).)))).))))))(((((.....)))))..)))).(((((((...(((((....(((((.((.((.............((((((.(((((....)))))...))))))............((((((.....((((.((((((((.......)))))))).(((((....)).))).))))..))))))..)).))))))).((((((((.....((((((...((((((......(((.((((..((((..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((....))))))))).))))......((((...(((((((((((...))))..((((((((((((..((((((.(((...((((((((...(((((.((((.........((((((...(((((((.........((((((((..((....(((((((((((((..(((((((....)).))).))..))).))))))))))...(((((((..(((((((..(((......)))..)))))))..))))))).))..)))))))).........((((((((.(((......)))))))))))))))))).(((((((..(((((((((....)))))))))..)).))))).................))))))..((((((((((..........))))))))))...(((((......(((.((((((...(((((.((((.((((((((((((.....))))))))))))..(((...(((....)))....))).)))).))))).(((((....)).))).....))))))))).(((....(((..(((((((.((((....))))...)))))))..))).........((((..((((((((((((..((((.......))))..))....))))))))))..))))......))).))))).))))))))).))))))))................((((....)).)).)))))))))......(((((..(..((..((....))..)))..)))))(((((((((((((((....(((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))).........((..((((..((((.(((((((....)))))))...))))..))))..)).((((((((.....))))))))..((((((((((...(((....)))..)).)))))))).....(((((((....)))...(((.((((((((...((((......(((.((((....)))).)))......))))..)))))))))))..((((((.(((((..........)))))....((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))..))))).)))))))))).))).)).)))))))...)))))))...((((....)))).)))).))))(((....)))...)))))))...(((((.....)))))...........))))))...))))))....)))))))).)))))...))))))).)))......) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................(((((((((((((......................................................................................................................................................................((((.(((((....))))))))).................................((((((((.......))))))))...........................................................................(((((((((((...............(((((...))))).....................................................................................(((((((...................................)))))))..........................................................................................................................................................................(((((((((.............))))))))).......................((((((((((((.............)))))))))))).................................................................................((((((((((((.....))))))))))))...............(((((((.......((((.........))))....)))))))................(((((.(((((((................)))))))..)))))(((....)))................................................................................))))))))))).....................................................................................................................................................((((((...............(((((((....)))))))..................((((((((.....))))))))....))))))................................)))))))))))))........(((((((((...........(.((((((((....)))))))))...........)))))))))..........((((((..........))))))....................(((((((((.....)))))))))..............................................((((((((((((((............(((((((((...(((....)))...)))))))))............))))))))))))))....................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......)))))..........................(((((((((.......((((..........))))........)))..))))))...................................(((............)))...........((((((.((((.....(((((...........))))))))).))))))........((....((((....)))).......))......................((((..(((....))).))))..................................((((((((.......))))))))..................................((((((..((.((((........)))).))...)))..))).((((.(((((........((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((....)))))))))).)))...............................................))))).))))..........................................................................((((((((((..................................))))))))))..........(((((((((((......))))))))))).....................................................................................(((((((((((...............)))))))))))..((((((((.((((((......(((.((((((((((((((.....................))))))))))))))....(((....)))...))).....)))))).))))))))........................((...........)).............................(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((((.(((.((((..((((((..................))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..................................................(((.((((((((....(((......((((((((....))))))))....))).....)))))))))))...((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......)))).........................(((((.((...(((((((((((((((((((..(...((((((((((((((......))))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..)).)))))................((.(((((....))))).)).......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((.((((((.(((.(.......................(((((((((..((((((((((((....))))))))))))...)))..)))))).................................((((((..........)))))).........((((((..........(((((...........))))).....))))))........).)))))))))))))))))))......................((.((((((.(((((....)))))))).............(((((((((............((((((((.......)))))))).........))))...)))))............))).))...((((((((.....(((((((((((((((......(((.((.(((((.....(((((...(((((...))))).))))).............(((((((((((((....)))))))))).)))....................................................))))).)).)))........(((...((((((.(((.............................))).))))))....((((((((((((((((((((((....)))).).))))))).))))))))))...(((((((((((((((((((((......)))))))))))))))))))))......................(((((((.((((......)))))))))))........))).............((((((((((((.............))))))))))))..........................((...............((((((..........................))))))((((((((((((.....))))))))))))................................................................................((((((................))))))........................((((((......((((......)))).........)))))).((((((((.....((((.((((.....)))).))))....................(((((......((((.........(((((((((((................)))))))......))))......))))....)))))...........................))))))))....................((((((((((((((.(((((((....)))))))...)))))))))))))).((((((((.....))))))))..........................))((((...........)))).............(((.((((((((((..(((......((((((((....))))))))....))).))..)))))))))))........((((((..........))))))......(((....)))....(((((((((.....))))))))).................................((((((..(((........))).))))))............(((.(((...(((....)))...))).))).............................)))))))))))))))....))))))))(((((....)))))............. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((...(((((.((((.(((.....(((((..((...)).)))))...((((((...(((((((((........((((......((.........))......))))....))))))...........((((((..........))))))........)))...))))))...........))).)))).)))))(((((((...)))))))...(..(((((((...((((.....(((((.(((.(((.....(((((...(((....(((..((((..........((((((...(((((..(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))....)))))....(((.......)))....((.((((........)))).)).((((....))))...((....))....((((((...(((((...))))).))))))............((((((((((((......))))))))).)))))))))..((((((.....((((((((.........((((((.......((((.....((....)).......))))))))))................(((((((((.......((((((((.(((.(...((((((((((((((((.((((....))))...))))))).))))))))).....((((((..((((((((((((......))))))))))))..))))))).))).))))))))...........((((((.(((......)))))))))))))))))).((((((((((((((((((....)))))))))))))).)))).............................))))))))...........))))))((((((......((((..........))))....)))))).....))))..)))...)))..(((((...........)))))((((((....(...((((.........))))...).))))))..........((((((..(((....((((..(((.......))).)))).....)))..(((....)))..)))....)))..))))).....))))))))))).............((((.(((((.(((((((..((....((((.(((.((((((................((((.............))))..........((((((((((((.((..(((((.........(((.((((((..........)))))).))).....)))))..)).))))).)))).)))...........(((((....(((.((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))).))).((((((((.....))))))))..................))))).....((((...........)))).)).)))).))).)))).((((............))))(((.((((....)))).))).........(((..((..((((.........((((((..........))))))...))))))..)))......((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.(..((.(..((((.((....((((((((.(((....((......((((..(((...(((....)))...)))..))))......))....))).))))))))...)).))))...).))...)..)..))))..))))...)))))))..)...)))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((.((((.((((.........((.....))...(((((((((.(((..((((((((....))))))))..))..))))..)))))).................................((((((..((....))))))))..............................)))).)))).))))))(((((.....)))))(((.((.(((((((...(((((((((...(......)....))))((((.((((((((((((....)))).................(((((((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))...))))).......)))))))).)))).((((((((..(..((((((...((((((......(((.((.(((((.(..((((((...((((......))))))))))........((..((((((((((((((()))))))))))).)))..))...............(((((...............))))).......)))))).)).))).......((((((((..((((((..........))))))(((.........((((((((.((.....((((((((((((((((((((((....)))).).))))))).))))))))))...(((((((..((((((((((((......))))))))))))..)))))))..)).)))))))).........((((((.(((((......))))))))))))))))).)))))((((((((((((((....))))))))))))))...(((...(((........)))....)))(((..(((((((((((..............((((((...(.((((..........)))))..))))))((((((((((((.....))))))))))))(.......)((....))............((((.........))))..(((...........)))..(((((((((((((((((((..(((.......))).)))))))........((....))..((((((((((..((...........)).)))))).....)))).....(((((((((...((((.((((.....)))).)))).))..))))))).........((((......(((((...(()..(((((((((((..............())))))))......))))).))))).......))))))))))))))))((((((((.......))).)))))(((....)))..........(((.((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))).))).((((((((.....))))))))...............((((())))))))))))))))..)))......(((....)))...(((.(((((((((((.(((....(.(((.((((....)))).))))...))))))..)))))))))))..((((((((((((.((....)).))))))...((.((((())))).)).(((((((((.....)))))))))......)))))).....................(((.......))).(((((((((.(((..(.((..(...(((((.(((.(.(((....))).).))).)))))...)..)).)..))).)))))))))..))))))...))))))..).)))))))).)))))...)))))))..)).)))... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................((((((........((((..........))))................((((..................................((((..((....))))))........))))...............(((((..(.....)..)))))....................................................................((((..(.......)..))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((....)))))))))..)))....................................((((((.......((((....................))))))))))................................................(((((((((((((((((((((......))).).))))))).))))))))))..............((((((((((......)))))))))).............................................(((....)))...........))))))..............(((((((.......................)))))))..(((((((..((((((..(...((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..))))..)..))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(.(.......).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............((((((....((((..(((((.((((((....))))))...)))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....)......(((.((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((....)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((..............................(((((((((.......((((..........))))........)))..))))))..................................(((((..((....)))))))..........(((((..((((.....(((((..(.....)..)))))))))..))))).........................................................((((..(((....))).))))..................................((((((((.......)))))))).......(((((.......((((....))))..((((((((..((((((........)))).)).).)))..))))........((((((..((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((....)))))))))..)))....................................((((((...................................))))))................................................((((((((((((((((((((((....)))).).))))))).))))))))))....((((...(((((((((((((......)))))))))))))...)))).......................(((((((.....(((....))))))))))........................(((.(((((((...............))))))).)))..(((((((..((((((......(((((((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........((((((........((((.........)))).....)))))).................(((..((((((((.(((.......)))))))))))..)))...((....)).......................(..(((((....)))))...)............((((....(((((((((........((.....)).......................................(((((..................................)))))..)))))))))....))))...........((((................))))..............((((((....((((..((((.(((((((....))))))..).))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..........................................))))))..(((.(((((((.....(((......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))..((((((((((((..........))))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......)))))).................)))))(..((((.((...((((((((..(((..((.(..(...(((((((((...(((....)))...)))))))))...)..).))..)))..))))))))..)).))))...).........((((..........))))..))............ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((.(((((((((.((((....((((((((...))).)))))..(((((((...((((((((....)))))))).............((((((((((..((((...........))))))))...((((((..........))))))......))))))..))))))).........)))).)))....(((((((((.....))))))..)))...))))))))))).)))).......(((((........((((.((((((((((((....))).....(((.....)))..(((((((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....)))...))))))......))))))))).)))).((((((((.....((((((...((((((......(((.((((..((((........((((((((...)))...(((((((((............((((((((((....))))))))))...(((((..............((((((((((((((..........(((((((.(((((((..(((((......(((((((((.....)))............((((((((........((((((((.(((....((((((((((((((((((((.........))).))))))).)))))))))))))(((((((..(((((((.((((......)))).)))))))..))))))).....))))))))..........(((((((.(((......))))))))))))))))))))))))....(((((((((....))))))))).....(((((((.(((((......)))))..))))))))))))..)))))))........(((.(((((((.....((((..........))))...))))))))))....))))))).......)))))))))......(((....))))))))......((((.........))))..........(((.(((((.........(((..(((((((.((((....))))...)))))))..)))..(((....))).))))).))))))))(((......((((((((((((.(((...)))..((((((((((((......(((((((((((.(((((...))))).))))........(((((......(((((...(((..(((((((............(((((((....))))))))))))))..))))))))....)))))......))))))).........))).)))))))))(((....)))....))))......((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))).))))))))..((((((((.....((((((((((((.....(((....))).....)))))))).))))(((((((....)))...(((.(((((((((((.(((......(((.((((....)))).)))....))))))..)))))))))))..((((((((((((..........))))))......(((....))).((((((((((((.....))))))))...)))))))))))))).))))))))....))))))))))))...))))).........(((.((((....))))..))).))))(((....)))...)))))))...(((((.....)))))...........))))))...))))))....))))))))(((((....)))))....))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((((.((((((.(((......(..(((......)))..).(((((((((..((..((((((((....))))))))..))...)))..))))))......(((((.((.....)).)))))......((((((..((....)))))))).((((....((((((.(((((.....((((..((...))..))))))))).))))))....))))..)))))))))))))).))).(((.(((..(((........((((.((((((.(((((....))))).((.((((......)))))).((((((..........((((((((.......)))))))).((((...((.....))..)))))))))).)))))).)))).((((((((.....((((((...((((((.((((.((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((....))))))))).))))....................((((..(((.......)))))))))..))))).)))).((.((((((((((.(((((((.(((((((..........))))))).((((....))))...)))))))....((((((((((((((((((((((....)).))).))))))).))))))))))...(((((((..((((((((((((......))))))))))))..)))))))...))))))))..........(((((((((.(((......)))))))))))))).)).(((((((((((((((((((....))))))))))))))..))))).((((........))))....(((.(((((((((((................(((((((.....((((..........))))...)))))))(((((((((((.....))))))))))).........(((....))).(((((.((....((((...((((((..(((((((((((((...(((..((((((((((((.((((((.((((....))))...))))))...............((((..((((((((((((..((((.......))))..))....))))))))))..))))(((....((((((((((((((.(((...((..(((((((((.........((((....)).)).(((((...........)))))..))))))))).)).....))).))))).....)))))))))....)))))))))))))))..)))........))))))).((((((....)))).))......(((.((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))))))))))))))))))...)))).(((((((((((((((...(((....)))..)).)))))))).)))))(((.((....))))).(((.((((((((...((((......(((.((((....)))).)))......))))..)))))))))))..(..((.((((((..........))))))))..).(((....)))(((.(((((((((.....))))))))).))).)))))))))))).....)).))))))).((((((..(((........))).))))))..))))....(((((.(((...(((....)))...))).))))).(((((.....)))))...........))))))...))))))....))))))))(((((....))))).)))..))).))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((.(((((((((.((((.....................(((((((((..((..((((((((....))))))))..))...)))..)))))).................................((((((..((....)))))))).........[[[[[[..........[[[[[)))).)))...]]]]]((((.]]]]]])))).......{{))))))))))aa)))).............................((.(((((....)))))))..............(((((.(((............((((((((.......)))))))).........)))....))))).....................((((((((.....((((((...((((((.......................(((((....((((...))))..))))).............(((((((((((((....)))))))))).))).............................................................(((.......(((((........................(((((.((.......bbb.bb..........(((((((((((((((((.((((....))))...))))))).))))))))))...(((((((..((((((((((((......))))))))))))..))))))).....))BB.BBB..........((((((.((((......))))))))))..))))).))))).(((((((((((((....)))))))))))))..........(((........))).....<<<<<))).........................((((.ddddddd....................)))).((((((((((((.....))))))))))))........(((....)))................................................(((((((((((...((((((..(((.......))).))))))........(((....)))........................................................(((....(((((((((........((.....)).....................................................................................)))))))))....)))..)))))))))))...........................................(((.((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))).))).((((((((.....)))))))).............................(((...........)))..................(((((((((((.(((......(((.((((....)))).)))....))))))..))))))))............(((((..........))))).........DDDDDDD.....(((((((((.....)))))))))......>>>>>......................(((((...((......cccc))..)))))..........(((((.(((...(((....)))...))).)))))..(((.......)))....CCCC....))))))...))))))....))))))))((AA........))}}........... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((..............((((((((...)))).))))...(((((((..((((((((....))))))))..)..........((((((.....(((((...........)))))......((((((..((....))))))))......))))))..)))))).....(((((..((...))..)))))..................((((..((((......)))).....))))...((.............)).((((.(((((..))))))))).................(((((..((((((....((((((((((...))))))))))))))..)).)))))...................((((((((..((((((........)))).)).).)))..))))................((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))............................................(((((.(((..(....)..((((((((..((.....))..............((((.(((((((...(((.(.(..((.....((((((((((((((((((((((....)))).).))))))).))))))))))..((((((((.(((((((((((((......))))))))))))).))))))).......................((((((.((((......)))))))))).....((((((..((((((((((((((....))))))))))))))...................((((((((.((((((.((...((((.((((.((((.(((((.((((......)))).))).)))).)).))))....((((....)))).))))..)).)))))).))))))))...((....))......((((....))))............................))))))..((((((..((((((((.((((.....))))))))))))..)))..(((....))).))).....................(((((....)))))......................)....)).).).)))..(((((...)))))..)))))))))))...))))...))))..))))))))..............(...((..((((....))))..))....((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..((((((((((((....)))))))..)))))..))))).))..(((((((.....))))))).....)))))))............(((..((((..(((...)))))))..))).........((.(((((((((.(((((.((..(((((((((....))))))))))).))))))..))))))))))...((((((.(((((.((....)).))))).((..(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))))....)))))))))...))))).))))))))))..(((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((....)))..))))))))))...)).))))..))).)))))))))).)).)))))................((.(((((....))))).)))))))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((.((((((.(((.............(((...)))...(((((.(((..((..((((((((....))))))))..))...)))...)))))......(((((.((.....)).)))))......((((((..((....)))))))).((((....((((((.(((((.....((((..((...))..))))))))).))))))....))))..)))))))))))))).))))....(((....(.........(((.((((((.(((((....)))))))).............(((((((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))...)))))............))).)))..((((((((.....((((((...((((((......((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((....)))))))))).)))....................((((...((.......)).))))....))))).)))).((.((((((((((.(((((((.(((((((..........))))))).((((....))))...)))))))....((((((((((((((((((((((....)).))).))))))).))))))))))...(((((((..((((((((((((......))))))))))))..)))))))...))))))))..........((((((((.((((......)))))))))))))).))..((..((((((((((((((....))))))))))))))....))..((((........))))......((((((((((..........))))))))))((((((.....((((..........))))...))))))((((((((((((.....))))))))))))................................((((............(((...........)))..((((((((((..(((((((.((((....))))...))))))).......(((....)))...((((((((((((..((((.......))))..))....)))))))))).....((((....(((((((((......(((((...)))).....)..........((.........))...(((...........)))..........((..........))...........)))))))))....)))).))))))))))..............))))..........................((..((((..(((..(((((((....)))))))....)))..))))..)).((((((((.....))))))))..((((((((((...(((....)))..))).))))))).....(((((((....)))...(((.(((((((((((.(((......(((.((((....)))).)))....))))))..)))))))))))..(((((.((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....))))))))).......)))))))))..............((.((((((..(((........))).)))))).(((....))).......(((((((....))).....)))).)).(((((.....)))))...........))))))...))))))....))))))))(((((....))))).)....))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.........)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((............(((.......(((.....)))...).....)).((.....((((((((.....))))))))))(.((((((((......((((...(...........).....))))...)).)))))).).....(.((((...((....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........((((.((..((.(....((.....)).......).).)))..))))(((....))).......((((((((((......))))).))))).............((((((((.......((...((((...)))).((....)).....))......)))))..))).........((((((((((.................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((((..)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))((((.(((((.......(((.......(((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...)))((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))..(.(((((.(((.((((..(((((((((...(......)))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))))........)))......((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((........)))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((.(((..((((.(((((((...(((........(((((((((.((....((((((......))))))......)))))..))))))........(((.....(((....((((......((((((..((....))))))))................((((.....(((((..(.....)..)))))))))((((((((......((((...(((......)))......))))...)).)))))).......(.((((..(((....))).)))))..))))...)).)..))).((.....(((....((((((((.......)))))))))))......((((((((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))...((....))..((.((....))))...))))))..(((((...))))).))................(((((((((((((....)))))))))).)))......((.................))))).....((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((.((......(.((...((((...............((...((.....)).))...........(.........(((......))..)..)..((((..(((......)))..))))(.....).......(((.(((((.......((...((((...)))).((....)).....))......)))))......))).....(((((((((((...............))))))))))).((((.......(((((......(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....))))))).....))...((((((((((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..))))....)))..((((.(((((..((((....))))...)))...........((.(((((((((((((.((.((((((((...)))))...(((...))))))(((....)...))....))(..(((((..((.(......((........))..))).....)))))..)))))))....((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))....(((((((((.((((..((((((.((..(.....).).)..))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))........)))).(((..((((..((.....))))))..)))........(((.(((((((.....(((......((((((((....))))))))....)))......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))))).....)).))))...(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((........)))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).....))))))))))(((.(((((....))))).)))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.........)))...))(((......(((...(...(((.....(((....(((((...(........(((....)..(((.....))).........)).((.....((((((((.....))))))))))(.((((((((......((((...(...........).....))))...)).)))))).).)...(.((((...((....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))))..((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........((....(((((...(.(((.....)).........).)).))))))((......)).......((((((((((......))))).))))).............((((((((.......((...((((...)))).((....)).....))......)))))..))).........((((((((((.................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.(((((..)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((..............((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...((.((..((....))..))(((......)))...))))))....(((((.(((.((((..(((((((((...(......)))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))........))))))))..((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((........)))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((((((..((((.(((((((((((..........(((((((((.((....(((((........)))))......)))))..))))))........(((.....(((....((((....(.((((((..((....))))))))................((((.....(((((..(.....)..)))))))))((((((((......((((...(((......)))......))))...)).)))))).......(.((((..(((....))).))))).)))))...)).)..))).((.....(((....((((((((.......)))))))))))......((((((((((((((....))))...))))((..((.((((........)))).))...))........((.((....))))...))))))..(((((...))))).))....))))........(((((((((((((....))))))))).))))......((.................))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((.((......(.((...((((.............(.((...((.....)).))........)..(.........(.(......)...)..)..((((..(((......)))..))))(.....).......(((.(((((.......((...((((...)))).((....)).....))......)))))......))).....(((((((((((...............))))))))))).((((.......(((((......(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....))))))).....))...((((((((((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..))))....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((...)))).....((...))....(((....))).(((...(((..(((((..((.(..((............))..))).....)))))..)))))))((..((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((((((.((((..((((((.(...(.....)...)..))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).........))).))(..((((..((.....))))))..)..........(((.(((((((.....(((......((((((((....))))))))....)))......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))))))))))))))))...)).))))...(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((........)))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).....)))))))))).((.(((((....))))).)))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((.((((((.(((...........(((((...)))).)(((((((((......((((((((....)))))))).......))))..))))).(((..(((((...........))))))))...((((((..........)))))).((((....((((((.(((((.....((((...........))))))))).))))))....))))..)))))))))))))).))))(((......(((........((((.((((((.(((((....)))))))..[[[[[.......(((((((((....((((....((((((((.(....))))))))))))).....))))...)))))...........)))).)))).(((((((((....((((((...((((((.............(((......((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((....)))))))))).)))....(((.....)))................................))).............((((((((.(((((((.(((((((..........))))))).((((....))))...)))))))....((((((((((((((((((((((....)).))).))))))).))))))))))...(((((((..((((((((((((......))))))))))))..)))))))...))))))))..........((((((((.((((......))))))))))))...........((((((((((((((....))))))))))))))....(((.(((((......)))))..))).((((((((((..........))))))))))((((((..((.((((..........)))))).)))))).(((((((((((.....))))))))))).........(((....)))...............((((((((.....(((((.(((....))))))))((((((((((..(((((((.((((....))))...))))))).......(((....)))...((((((((((....((((.......))))........)))))))))).....((((....(((((((((.......((((...))))(((((((.........((((....)).))..((((......aaaaa))))...)))))))........AAAAA........<<<)))))))))....)))).)))))))))){{{{.....))))))))...}}}}........................((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))).....((((((((.....))))))))..((((((((((...(((....)))..))).))))))).....(((((((....)))...(((.(((((((((((.(((.((.(.(((.((((....)))).)))).))))))))..)))))))))))..((((((((((((..........))))))......(((....)))....(((((((((.....)))))))))......)))))))))).............>>>.((((((..((((......)))).))))))((((....))))......(((((((....))).....))))....(((((.....)))))...........))))))...))))))..).))))))))(((((....))))).)))]]]]].))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).....................((((..(((..(((.......(((............)))........)))((((((.((((((.............................(((((..((....)))))))..........(((((..((((.....(((((..((...))..)))))))))..)))))................................))))))...................((((...((....))..))))....))))))........................((((((((.......)))))))))))....((((((..((..((((....))))(((((((((...((((((........)))).))...)))(((...((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((....)))))))))................................................))..))))).))))..(((((((((.....((((((((................((((((.(((((((.....(((....))).................................................................................................................................((((((.......((....))..)))))).))))).)).)))))).....(((((...............(((((((...............(((((((..((((((......(((((((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..)))))))...((....))....))))))).((((.........))))...)))))..((.....(...((((((((((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..))))....)))...).))))))).)))))))..)))))...)))...))))))..))(((((((.((((.....))))(((.((((((.................((.........)).(((((((((((..(((((.....((((((..........(((((.(((...(..((((.(....).))))..)...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))))))(((((((((.((((...((((....................))))...)))))))....((((((.....))))))......))))))........))))))......))))).)))).))))))))).)))).))).(((.(((((((.....(((......((..((((....))))..))....)))......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........))))))))))))).........))))))...((((.((....(((((((..(((..((.(..(...((((((((..((((......))))..))))))))...)..).))..)))..)))))))...)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((.((((.((((....(((((((.....)).)))))..(((((((...((((((((....)))))))).............((((((.....(((((.((.....)).)))))......((((((..((....))))))))......))))))..))))))).........)))).)))).))))))(((((.....)))))..)))).(((((((...(((((....(((((.((.((.............((((((.(((((....)))))...))))))............((((((.....((((.((((((((.......)))))))).(((((....)).))).))))..))))))..)).))))))).((((((((.....((((((...((((((......(((.((((..((((..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((....))))))))).))))......((((...(((((((((((...))))..((((((((((((..((((((.(((...((((((.....((((.(((((...(.(((.((((((...(((((((.........((((((((..((....(((((((((((((..(((((((....)).))).))..))).))))))))))...(((((((..(((((((..(((......)))..)))))))..))))))).))..)))))))).........((((((((.(((......)))))))))))))))))).(((((((..(((((((((....)))))))))..)).))))).................))))))...))).)..)))))............((.(((((((((..((((((((..........(((((.((((.((((((((((((.....))))))))))))..(((...(((....)))....))).)))).))))).........((((((.(((....)))))))))....))))))))((((((.((((....))))...)))))).)))))).))).)).((((..((((((((((.(((.((((......))))....))).))))))))))..)))).)))).(((.((((.....)))).))).))))))................((((....)).)).))))))))).(((((((((................))))))))).....(((((((((((((((.((.(((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))).(((((...((..((((..((((.(((((((....)))))))...))))..))))..)).((((((((.....)))))))).................))))).(((..((((...........))))..)))..))....(((.((((((((...((((......(((.((((....)))).)))......))))..)))))))))))..((((((.(((((..........)))))....((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))......))))).)))))))))).))).)).)))))))...)))))))...((((....)))).)))).))))(((....)))...)))))))...(((((.....)))))...........))))))...))))))....)))))))).)))))...))))))).)))....... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................((..((.(....(((((((......))))))).)))..(((.((((.((((.((....((.((........))))......))))))...)))).........)))(((.(((..((((((....((((...(((..........(((..........(((.....(((......(((((............))))).)))((((((((......((((...((((....))))......))))...)).)))))).....(((.((((.((((.....))))))))......((((...((((((.((((...(((.....(((((((.......))))))).))).....))))...))))))....)))))))....(...((.(((..(........)).))...))...)((..((((..(...........(..(((....(.((.......))...))))....)............)...)))).))))))))(((...((...((.(...((.(((...(((.(...((((((.((.....(((((...(....((......))..).....................)))).).))......(((.....(.(((((((......)))))))...)....)))......))))...............)).)....))).)))......))....))).....)).)))..(((((((((((((....)))))).)))))))((((....((......((((((........((((..(...(((((((((((((((((.((((.....).).))...)))))))))))))....(((...)))..)))).)...)))).))))))))..))))...))).)))).))))))...)))...)))(((((.(((((((.((((((..(...(((.((((((..((((((((...............))))))))..))).............))).....)))...).......))))))...)))))))...............)))))(((((((((((.....))))....(((((((((....(((((....(((.....(((.(((((((.((((..(.(((.......................))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...)))).............)...)))..)))...)).))).)))))))))..((((.....(((......(((((((....))))).))....)))......)))).........(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))(((....(((((.....((((((..((((((((..(((..((((..(...(((((.((((.(.))..)))))))...)...)..))))..)))..))))))))..)))).))...))))).)))))(((.((((....))))....)))...... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((..((((.((((.((((....((((((((...)))).))))..(((((((...((((((((....)))))))).............((((((.....(((((.((.....)).)))))......((((((..((....))))))))......))))))..))))))).........)))).)))).)))).((((((.....)))))).)))).(((((((...(((((....(((((.((.((.............((..((.(((((....))))))).....)).......(((((.(((............((((((((.......)))))))).........)))....)))))..........)).))))))).((((((((.....((((((...((((((......(((.((((..((((..((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((....)))))))))).)))....................((((...))))....................................................................(((((((.........((((((((..((....(((((((((((((..(((((((....)).))).))..))).))))))))))...(((((((..(((((((..(((......)))..)))))))..))))))).))..)))))))).........(((((((.((((......))))))))))))))))))......((..(((((((((....)))))))))..))...................................................................................................((((((((((((.....))))))))))))........(((....))).............................................................(((((((................))))))).......(((....))).................((((.......))))......................................................................................................................................................................................................................((..((((..(((..(((((((....)))))))....)))..))))..)).((((((((.....))))))))............................................................(((.(((((((((...(((......(((.((((....)))).)))....)))..)..)))))))))))...(((((.(((((..........))))).......(((....))).....((((((((.....)))))))).......))))).....................................................................))))(((....)))...)))))))....((((.....))))............))))))...))))))....)))))))).)))))...))))))).)))....... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.(((((.((((.((((....(((((((.....)).)))))...((((((...((((((((....)))))))).............((((((.....(((((...........)))))......((((((..((....))))))))......))))))..))))))..........)))).)))).))))).(((((.....)))))..)))).(((((((...(((((....(((((.((.((.............((((((.(((((....)))))...))))))............((((((.....((((.((((((((.......)))))))).(((((....)).))).))))..))))))..)).))))))).((((((((.....((((((...((((((......(((.((((..((((..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((....))))))))).))))......((((...(((((((((((...))))..((((((((((((..((((((.(((...((((((.((((((((.(((((..((((............(((((((.........(((..(((..((....(((((((((((((..(((((((....)).))).))..))).))))))))))...(((((((..(((((((..(((......)))..)))))))..))))))).))..)))..))).........((((((((.(((......)))))))))))))))))).....(((..(((((((((....)))))))))..)))((..(((.(((((......)))))..)))..)).))))))))).......(((((...((((.(((((.((((((((.........(((......)))((....)).....))))))))(((((((....((...(((....)))..))...))))))).........)))))..........(((.(((((.........(((..(((((((..(((.......))).)))))))..)))..(((....))).))))).)))...((..((((.......))))..))))))...))))))))))).))....((((.((((.....)))).))))))))))................((((....)).)).))))))))).(((((((((................))))))))).....(((((((((((((((....(((((...(((..(((((((((.......))).))))))..))))))))...((((((((..((((..((((.(((((((....)))))))...))))..))))..)).((((((((.....))))))))....))))))......((((...(((..((((...........))))..))).((((((.(((.((((((((...((((......((..((((....))))..))......))))..))))))))))).(((((((((((((..........))))))..........)))))))...)))))).((.((((((....)))))).))...)))).....))))).)))))))))).))).)).)))))))...)))))))...((((....)))).)))).))))(((....)))...)))))))...(((((.....)))))...........))))))...))))))....)))))))).)))))...))))))).)))....... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
UACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUAAAUAAAUUUAUAUUGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUGAUCUACGUGACAUAUUCUUUACUACUUGGAUAACCGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCAAAAAAACCCAAACUUACGAAUGGGUGCACUUAUUAGAUAAAGCCAACGCUGGGUAAAACCAGUUUCCCUUGGUGAUUCAUAAUAAUUUAGCGGAUCGCAUGGCCUUGUGCUAGCGACAGUCCACUCGAUUUUCUGCCCUAUCAUGGUUGAGAUUGUAAGAUAGAGGCUUACAAUGCCUACAACGGGUAACGGGGAAUUAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCCGACACGGGGAGGUAGUGACAAUAAAUAACAAUGCAGGGCCUUUAAGGUCUUGCAAUUGGAAUGAGUACAAUUUAAAUCCCUUAACGAGGAUCAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCAGUUAAAACGUCCGUAGUCAAAUUUUAGCCUUUAGAUGAGGUGGCCUGGUCUUCAUUGAUCAAGCUCGCUUUUAUCGAGGCUUUUUUUCUGGUUAUGCUAUGAAUAGCUUCGGUUGUUUAUAGUCUCUAGCCAGAUGAUUACCAUGAGCAAAUCAGAGUGUUUAAAGCAGGCUUUCAAGCUUGAAUGUGUUAGCAUGGAAUAAUGAAAUAUGACUUUAGUCCCUAUUUCGUUGGUUCAGGAACUUAAGUAAUGAUGAAUAGAAACGGUUGGGGACAUUUGUAUUUGGUCGCUAGAGGUGAAAUUCUUGGAUUGACCGAAGACAAACUACUGCGAAAGCAUUUGAUCCAGGACGUUUUCAUUGAUCAAGGUCUAAAGUUAAGGGAUCGAAGACGAUUAGAUACCGUCGUAGUCUUAACCACAAACUAUGCCGACUAGAGAUUGGGCUUGUUUAUUAUGACUAGCUCAGCAUCUUAGCGAAAGUAAAGUUUUUGGGUUCUGGGGGGAGUAUGGGACGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUCACCAGGUCCAGACAUAGUAAGGAUUGACAGAUUGAAAGCUCUUUCUAGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUCGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACCUUAUUCUGCUAAAUAGGCAGGUCAACUUUUUAGUUGAUUAAUAGAUUUAUCUAUCUGGCUUCUUAGAGAGACUAUCGGCUUCAAGCCGAAGGAAGUUUUAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCCGCACGCGCGCUACACUGAUGAAAUCAGCGAGUUUAUAACCUUAGCCGGAAGGUUUGGGUAAACUUUUGAAAUUUCAUCGUGCUGGGGAUAGAGCAUUGUAAUUAUUGCUCUUCAACGAGGAAUUCCUAGUAAGCGCAAGUCAUCAGCUUGCGUUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGAAUGGUUAUAGUGAGCAUAUGGGAUCAGUAGAAUUAGGUUGGCAACAACCUUUCUCUGCAGAGAACUAUGGCAAACUAGGCUAUUUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...[[[.))))).(((.(((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....((...........))...)))))......(((......((((..((..((...(((...............((((....(((((((.....))))))).....)))).......(((((..(....)..)))))....((((((......((((..(((((......)))))......))))......)))))).........((((.((((.....)))))))).....)))..))))..))))(((..(..(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((((((...)))))))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....{{{{.....{{.)))}}.......}}}})))))).))))))))))..........(((((...<.((((...(((.......((((((..((((((((((..(((((......)))))...))))))).))))))))).....((((((...((((((((((((....)))))))))))).....)))))).............................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....))))))).))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<.(((..(((((((.((........)).)))))))..)))..<<..))>>...>>>....>>>>))).(((......((.((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..(((((.(((((((....)))))))..(((((....))))).)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((.......((..((((....))))..))....)))......)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..(.((((((((.((((..(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......(((((((.((((((((........((((.(..(((((((((((((((..((..((((((((....))))))))..))...)))..))))))..............))))))..).))))........))))).)))..((((..(((((((......((((((..(((......(((((..........))))))))..)))))).....((((..(((((......)))))........(((((((.(((....)))..))))))).))))...(((((.((..(..(((.((..(((..((((((......(((....((((((((.......)))))))))))......))))...))..)))..))..........(((...((((((........)))).))...)))..)))..)..)).)))))...)))))))......((((....((.(((((((((............(((((((((.....)))))))))...((..((.((((((.....((((((((((..(((((.((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..)))))))..............(((...((((.(((((((((..(((((.(((((((((((..(((((((((((.(((((......))))).)).))).)))))))))))......((((((((.((((((((((((....))))))))))))...))))))))......(((((((((.....((((....((((....))))...)))).....))))..))))).....)))))).)))))...(((((((..(((((.(((((...((....)).....)))))...))))).))))))).(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....(((....))).........))))))))).))))..))))))))...))))))))))..(((((.....(((...)))...)))))..(((.(((((.(((((.(((((..(((((((.(((......))).)))))))..)).)))))...))).))))).))).....((((((((((...((((((((.((((.........((((((((.(..((((.((((.....)))).)))).).).)))))))((((......(((....)))....(((((((((((..(((((..(.(((((((....(((((.....((..(((.(..((((.(....).))))..).))).))..)))))...((((((((....((((...................((((.((((..((.(((.((((((....))))))...(((((....)))))))).))..))))))))....(((((.....))))).))))...)))))))).....))))))).)...))))).))).))))))))....((((........(((((((((((.((((((...((((.((((....)))).))))))))))))))..))))))).((((((((((((((((.((....)).))))))..........)))))))))).)))).)))).))))))))))))...))).))))..))).)))))).))...)).))))))))).))..((((((((((.((((..((.(((((..((.(((((...((((((....))))))...))))).))...)))))))..))))))))))))))...........))))......))))((((((((....))))))))))))))).)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((((.......)))))))).....................................................................................................(((((...)))))......................((((((((((...)))))))))).......................................(((((((...................................))))))).............................................................................................................................................................................................................................((((((((((.............))))))))))...........................................((((((((((((((.....................))))))))))))))..................................................(((((((.......((((.........))))....)))))))......................(((((((..............))))))).......((....)).......................................................................................................................................................................................................................................................................((((((((....))))))))...................................((((((...))))))..................................................................(((((((((....((((((...(((((((((....))))))))))))))).....)))))))))..........((((((..........))))))....................(((((((((.....)))))))))..............................................((((((((((....................(((((...((((((....))))))...)))))...................)))))))))).......................((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((.......((((..........))))........)))..))))))....................................(((((..........)))))..........((((((.((((......(((((..(....)..))))))))).))))))......((....(((........)))........))......................((((..(((.....))).))))...................................((((((((.......))))))))...................(((......)))...((((((..((.((((........)))).))...)))..)))...................((((....((((...))))..))))..............(((((((((((((...)))))))))).)))..........................................................................................................................................................................................................(((((((......)))))))....................................................................................(((((((((((((....))).))))))))))...................((((((((.((((((......(((.(((((.((((((((.....................)))))))).)))))....(((....)))...).)).....)))))).))))))))....................................................................(((..(((((((((((......)))))))))))..)))..((....))..........................(((.((....))))).........................((((((..........................................................................................................))))))..........................................................(((((.(((.((((..((((((((((((....................)))))))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))......................................................((((((((....(((.......((((((((....))))))))....))).....))))))))......((((.((((((..........))))))....................((((((((.......)))))))).......)))).........................(((((.((...(((((((((.((((((((((..(...((((((((((((((((......))))))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..)).)))))...............(((.(((((....))))).)))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((......((((((((....)))))))).......)))..)))))).......(((....)))...................(((((..........)))))..........((((((..(((......(((((..........))))))))..)))))).....(((((.(((((......))))).....)))))((((...............))))..........................((((((((((((.(((.............((((((((.......)))))))).........)))....)))))))).))))....((((((((.((.((((........)))).)).).)))..))))..................((((...((((......))))))))..............(((((((((((((...)))))))))).)))......((((.......((((((((((..(((((..((((((.......((((.(((.((....)))))....))))))))))((((..........))))...((((.(((((((((...(((((((...((((((..(((((((((((.(((((......))))).)).))))).)))))))))).....((((((((.((((((((((((....))))))))))))...))))))))......(((((............................(((....))).........)))))....................(((((((..(((((.(((((...((....)).....)))))...))))).))))))).(((((.((((((((...(((........)))....)))))))).))))).............)))))))...))))))))).)))).....)))))...))))))))))...(((((.........)......))))...(((.(((((.(((...((.(((((((((((.(((......))).)))))))..)))))).....))).))))).)))........(((((((...(((((((.(((((.....................((((.((((.....)))).))))((..................................(((((((((.....((((.....(((((.....(((((.....((..(((.(((((((........))))))).))).))..))))).....))))).....................(((((....(((((.....)))))(((((((....)))))))..(((((....)))))...(((((..........(.((((((...)))))).)))))).............)))))........))))....).))))))))))....((((..(((.(((((((((((.(((((((...(((.((((....)))).)))))))))))))..)))))))))))((((((((((((((.(......).))))))..........))))))))...))))......))))))))))))...))).))))........))))..............((((.((...(((((((((.((((..((.(((((..((.(((((...((((((....))))))...))))).))...)))))))..)))))))))))))..)).))))...............((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.......)))))..))(((((((((..(((..(((.(...(((((..((((((((((......(((....)))...(...(((...(((.((((..........)))).))).)))...).........))))))))))..)))))..).))).)))...............................(((((((..(((.........((((...(((((......))))).((((((.(((..........................(((((((..((((((((..(((.(((..........(((.....((......(((((((.......)))))))..))......)))...((((((((....))))...)))))))..)))............((((.(((((.((((((((((..(((((((((..((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).))).................((((........))))...((((((.......((((.....((....)).......))))))))))..))))...(.(((((((......................).)))))))((((.......)))).))))))))))).((((...((((.(((((..((...((((..(.((((((((.((((((((((((....))))))))))))...))))))))........).))))......))......))))).)))).)))).)))).))))).))))...........(((((((......(((((((..((((....(((.............))).........)))).)))))))...))))))).)))))))).(((((((.(((((((((.................(((....)))...)))))))))...)))))))...)))))))....((((((....(...((((.........))))...).))))))))).......((((((..(((((((((((.((........)).)))))))..)))).((....))...)))....)))....)))))).............))))........)))....(((((.(((((((..((....((((.(((.((((((.................(((....)))....(((((((((((((...(((..((............))..))).....)))))...((.((((..((((((((....(((((((((((.(..........).)))))....))))))...........(((((.....)))))(((((((....)))))))..(((((....))))).....(.((((((....((.(((((.....))))).))....)))))).)..))).)))...).))))))).......)))))))))).)))).))).))))((((((((....((((((....(((.((((....)))).))).)))))).....)))))))).(((((((...((((((..........)))))).............)))))))((((((((.(....)))))))))......))...)))))))))).))...))))))).((((..((((......))))..)))))))))))))......(((((....(((((....)))))....))))).((...(((.(((.......)))...)))........................(((((((((....)))))))))......)). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))............((((.....(....(((((((((.(((..((((((((....))))))))..))..))))..))))))......((((....))))).....))))......(((((((..((....)))))))))........((((((..(((......(((((..(....)..))))))))..)))))).....(((((.(((((......))))).....)))))(((((.(((....)))..)))))......((((((.(..)((((.....((((((((((((((((.......((((.(((((((((.......))))))))..)..))))))))...)))))))).))))....((((((((.((.((((........)))).)).).)))..))))....((....))......((((...(((((...).))))))))(((((.........(((((((((((((...)))))))))).)))....(.((((((.....((((((((((..(((((..((((((.......((((.(((.((....)))))....))))))))))((((..........))))...((((.(((((((((...((((((((((((((((..(((((((((((.(((((......))))).)).))))).))))))))))..((.((((((((.((((((((((((....))))))))))))...)))))))).))...((((((.....)............((....))(((((())))))..(....))))))......)))...........(((((((..(((((.(((((...(((()))).....)))))...))))).))))))).(((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).))))).....((....)))))))))...))))))))).)))).....)))))...))))))))))..((((((((........)))...)))))(((((.(((((.(((((.((.(((((((((((.(((......))).)))))))..))))))))...))).))))).))).))...(((((((((...(((((((.(((((.((((....(((((((((...((((.((((.....)))).)))).))..)))))))...........((....)).....(((((((((((..(((((((((((((((.....(((((..(..((..(((.(((((((.((())).))))))).))).))).))))).....))))).)))))..............((((((....(((((.....)))))(((((((....)))))))..(((((....)))))..((((((((((.....)).((((((...))))))))))))))............)))))).......))))).))).))))))))......(((((.(((.(((((((((((.(((((((...(((.((((....)))).)))))))))))))..)))))))))))((((((((((((((.((....)).))))))..........))))))))..)))))))))..))))))))))))...))).))))).)...)))))).).......)))))((((.((..((((((((((.((((..((.(((((..((.(((((...((((((....))))))...))))).))...)))))))..)))))))))))))).)).))))...))))..))))))((((((((((....))))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................((((((........((((..........))))................((((....................................((((..((....))))))........))))................(((((..(....)..))))).................((..........................))......................((((.(((.......)))))))............................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((...)))))))))..)))....................................((((((.......((((....................))))))))))................................................(((((...(((((((((((.((((........)))).)).)))))).))).)))))...............((((((((((......)))))))))).....................................................................))))))..............(((((((((...................)))))))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)).)).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..(((((((((.(......).)))))))))..)))..((....))..........))..............((.(((....)))))................((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............((((((....((((..((((..((((((......))))))..................))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....).......(((.((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((...((((((((...(((..((((..(...(((((((((..((((........)))))..))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....)))..((((..(((.......(((((........)))))........)))....))))....................................(((((..((....))))))).................((((.....(.((((..........)))))))))((((((......((((....(..........)........))))......)))))).........((((..(((.....))).))))...................................((((((((.......)))))))).........(((.......((((....))))..((((((((..((((((........)))).)).).)))..)))).........((((...((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))....................................((((((...................................))))))................................................((((((..(((((((((((.((((........)))).)).))))).)))))))))).....((.((....(((((((((.((....)).)))))))))......)).)).......................((((((.................)))))).............(((((((((((((......).))))))))))))..................(((((((..((((((......((((..(((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))......(((....)))..)).)).....))))))..))))))).........((((((....(...((((.........))))...).))))))...........((....(((..(((((((((((......)))))))))))..)))..((....))..........))...........(..((.(((....)))))...)............((((....(((((((((........................................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))).....((....((((................))))....))........((((((....((((..(((((((((((((....))))))))................)))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))...................(((...........))).......))))...(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......)))))).................)))(.(.(((((.((...((((((((...(((..((((..(...(((((((((.(((((((....))))))).)))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....)))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).........((((((((...))).)))))..(((((((...((((((((....)))))))).............((((((.........((((((.....)))))).......(((((((..........))))))).....))))))..)))))))....................((((((...((((((......(((((.(((((......))))).....)))))......))))))....[[[[[((((.((((.....)))))))).....))))))....]]]]].(((((...[[[[.........)))))((((.......)))).]]]]((((((...((((((.......))))))(((......[[[[[.......[[[......)))......]]]..]]]]].......))))))..((((..[[[.))))....]]]...........(((((((((((((...))))))))).)))).........(((((...((((........)))).)))))...(((.....[[[[)))....]]]]...((((...[[[[.[[[[[[[....))))..]]]]]]].]]]](((((((((..(((((.(((((((((((.....((((((...(((((......)))))....))))))....)))))......((((((((.((((((((((((....))))))))))))...))))))))......(((((((((.....((((....((((....))))...)))).....))))..))))).....)))))).)))))...(((((((..(((((.(((((.....(((.....))))))))...))))).))))))).(((((.(((((((((((.............)))..)))))))).)))))....(((....))).........)))))))))..((((((...[[[[[[........))))))......]]]]]].((((((..((((((.(((.(((((.(((.....(((..(((((((.(((......))).)))))))..)))........))).))))).))).((((....))))..))))))..(((.......)))........))))))..((((.((((.....)))).))))..(((((((((((.........(((....)))....(((((...........)))))..))))))..))))).(((((.(((((((((((((((((((((..(((..((((.(((((((((((((((.....)))).)))))....))))))))))((((.((((.((((.....((((((((((....)))))))..(((((....)))))))).....)))))))).....(((((...)))))))))........))).....((((..((((((((((..(((...)))))))...(((((((((....((((((((((((.(((((((...(((.((((....)))).))))))))))))))..))))))))((((((((((((((((..........))))))..........)))))))))))))))((((.....))))))))..))))))..)))).....))))).)))))))).((((((..((((......))))..))))))....)))))))).(((((...((((((....))))))...))))))))))...(((((.......))))).........................((((((((((((....))))))))..)))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((.((((((((........((((....(((((((((((((((..((..((((((((....))))))))..))...)))..))))))..............))))))....))))........))))).))).....((((((...(((((.((........))......(((((..........))))).......)))))....))).)))((((......)))).........(((((((.(((....)))..)))))))...(((((((....(((((.(((.((((((((((((((((......(((....((((((((.......)))))))))))......))))...)))))))).))))..)))((((((...((((((........)))).))...)))..)))..((.((.((((.....((((((...((((......))))))))))............(((((((((((((...))))))))).))))...((.((((((.....((((((((((..(((((.(((((((.......((((((((.((....))))))...)))))))))))((((...........)))).((((.(((((((((...(((((.....((((((..(((((((((((.(((((......))))).)).))).)))))))))))).....((((((((.((((((((((((....))))))))))))...)))))))).((.(((..(((.....)))..))).))....((((((....)))))).((((....))))......................(((((((..(((((.(((((................)))))...))))).))))))).(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....(((....))).)))))...))))))))).)))).....)))))...)))))))))).((..(((((........)))))..))....(((.(((((.(((((.(((((..(((((((.(((......))).)))))))..)).)))))...))).))))).))).....((((((((((...((((((((.((((.(((..........(((((....(((((((((...((((((.(((.(((((((((((.........((((....)).)).(((((..((...))..)))))..)))))))..)))).....))).))))))...)))))))))....)))))....(((((((((((((((.....)))).)))))....)))))).((((((....(((((.....))))).((((((....)))))).....((((......)))).(((((((..........((((((...))))))))))))).(((.....))).))))))(((..((((...........))))..)))..(((((.....(((((((((((.((((((...((((.((((....)))).))))))))))))))..))))))).((((((((((((((((.((....)).))))))..........))))))))))))))).)))..))))))))))))...))).))))..))).)))))).)).)))).)).)).(((.((..(((((((((..((((..((.(((((..((.(((((...((((((....))))))...))))).))...)))))))..)))).))))))))).)).)))....))))).))))))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.((((.....(((((((((.............(((((((((..((..((((((((....))))))))..))...)))..))))))..................................................................((((((..(((......(((((..........))))))))..))))))...........(((((......)))))................................................................(((((((.(((.............((((((((.......)))))))).........)))....)))))))..........(((((((...((((((........)))).))...)))..))))....................((....(((.....)))..))(((((((.........(((((((((((((...)))))))))).)))......(((((......((((((((((..(((((.(((((((...................................)))))))...............((...((((.(((((((((...((((((....((((((..(((((((((((.(((((......))))).)).))))).)))))))))).....((((((((.((((((((((((....))))))))))))...))))))))......(((((.(((.............(((...{{{)))...}}}......)))...)))))....................(((((((..(((((.(((((................)))))...))))).))))))).(((((.((((((((((.(((......)))..))..)))))))).)))))....(((....)))))))))...))))))))).))))..)).)))))...))))))))))......((((........)))).........(((.(((((.(((((.(((((..(((((((.(((......))).)))))))..))).))))...))).))))).)))........(((((((...(((((((.(((((.....................(((<<((((.....))))..)))......................(((....)))....(((((((((((..(((((....(((......................(((.(((((((..>>....))))))).))).........................................((((.....((((.......))))(((((((....)))))))....................................((((((...)))))).....................))))))).....))))).))).))))))))......((((......(((((((((((.(((((((...(((.((((....)))).)))))))))))))..))))))))..(((((((((((((((..........))))))..........)))))))))..))))......))))))))))))...))).)))).......))))).........))))))).........[[[[[[[..[[[[)))))))))......(((((...((((((....))))))...))))).........))))..]]]].]]]]]]]..........................(((((((((....)))))))))))))).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((.((.............((((((...)))).))..((((((.(((..(((((((......)))))))..))..)))))..)).....................................(((((((..((....)))))))))........((((((.((((......(((((..(....)..))))))))).))))))......((((.((((........)))).....))))....((.((......))..)).((((..(((.....))).))))...................................((((((((.(...).))))))))..................................((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((...)))))))))).)))..)).......................................))..))))).)))..((....))((.....))..((.(((((((..........))))))).))........................((((((..((((((((((((..((((....))).)).))).))))).))))))))).....((((((((((((((.((((((....)))))).)))))..))))))))).......................((((((.((((......).))).))))))...........(.((((((((((((((....))).))))))))))).)................((((((((..(((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..)).))..)).)))))..))))))))...((....)).....(((((....)))))...................................((((((..((((((((((((....))))))))))))..)))..((....))..))).....................(.((((....))))).......................(((.((((.....)))).))).......................(((....))).........................((...((..((((....))))..))....((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..((((((((((((.(...)))))))..........)......)))))..))))).)).((((((((.....))))))))....))))))).............((..((((..(((...)))))))..)).........(((.(((((((((((.((((.....(((((((((....))))))))).).))))))..)))))))))))..((((((.(((((.((....)).))))).((..(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))))....)))))))))...))))).)))))))))))..((((.((..(((((((((...(((..((.((.....(((((((((((((((((....)))))))))))))))))......))))..)))..))))))))).)).)))).............))..((((((((....)))))))))))))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((....(((..((((((.((((........(((((.(((..((..((((((((....))))))))..))...)))...)))))..........((((((.....)))))).......(((((((..((....)))))))))........((((((..(((......(((((..........))))))))..))))))...........(((((......)))))........(((((((.(((....)))..)))))))..(((.....)))...............((((((((((((......(((....((((((((.......)))))))))))......))))...))))))))..........((((((...((((((........)))).))...)))..)))..((..(....).))..((((((...((((......))))))))))............(((((((((((((...)))))))))).))).................((((((((((..(((((....(.((.......((((((((.((....))))))...)))))).)((((((..........)))))).((((.(((((((((...(((((.....((((((..(((((((((((.(((((......))))).)).))))).)))))))))).....((((((((.((((((((((((....))))))))))))...)))))))).((.(((..(((.....)))..))).))....((((((....)))))).((((....))))......................(((((((..(((((.(((((................)))))...))))).))))))).(((((.(((((((((..((((......)))).)..)))))))).)))))....(((....))).)))))...))))))))).)))).....)))))...)))))))))).((..(((((........)))))..))....(((.(((((.(((((.(((((..(((((((.(((......))).)))))))..)).)))))...))).))))).))).....)))).))))))..)))....)))............(((((...((((((((.((((.....)))).(((...))).(((((((.........((((....)).)).(((((..((...))..)))))..)))))))...))))))))..)))))..((((((((((((((..((........(((((((((((((((.....)))).)))))....)))))).((((((....(((((.....))))).((((((....))))))...(((((....))))).......(((...(...((.((((((...)))))).))...)...))).......))))))(((..((((...(.....).))))..)))............(((((((((((.((((((...((((.((((....)))).))))))))))))))..)))))))..(((((((((((((((.((....)).))))))..........))))))))).(((((((((.....)))))))))............))....))))).)))))))))....((((.((..(((((((((..((((..((.(((((..((.(((((...((((((....))))))...))))).))...)))))))..)))).))))))))).)).)))).................((((((((....)))))))).))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.........)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((..............(((.......(((.....)))...).....)).((......((((((((....))))))))))(.((((((((....((((........................))))...)).)))))).).....(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..))).((...(..(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((..........(..(...(.(((...(...((.....))....(...).)).)))))..((....)).........((((.(((((......)))))..)))).................((((((((.......((...((((...)))).((......)).....))......)))))..))).........(((((((((.(................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..)).))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..(((((((((((......)))))))))))..)))..((....))..))).....)))..)(((.(((((..((.((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))(((.((((((....(..(((.(......((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((....................))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))....).((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((...(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((..(...)..))).((((.(((((((.((((...))))..(((((((((.((....(((((........)))))......)))))..))))))((......(((.....((((...(((((.......((((((..((....))))))))................((((......(((((..........)))))))))((((((((....((((........................))))...)).)))))).......(.((((...((.....))..))))).)))))...))))..))).((......(((....((((((((.......)))))))))))......((((((((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...))........((.((....))))...))))))..(((((...))))).))................(((((((((((((...)))))))))).)))...)).((.................))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((.........))((...(((((.(...((((..((((((....(((....((.........)).))).)))).)))....)))......).....((((.(((((......)))))..))))....................((....).........)((((((......((......)).)))))).........................(((((((((.(................))))))))))..(((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..)).))..)..)))))))))))))...))......(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((..(((((((((((......)))))))))))..)))..((....))..))))....)))..((((.((.(((.((.((....))))....(.....)..........(((((((((((((((.((((((((...)))))...(((...))))))((.((...)).))....))...(((((....((.....(((........))).))......)))))..)))))))))..((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((((((.((((..(((((.(......)..................(((...))))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).........))).(((..((((..((.....))))))..)))....((..(((.(((((((.....(((.......((((((((....))))))))....)))......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))..)))...)).)))).(((((((.((..(((((((((...(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....)).))))))))(((((((((....)))))))))......... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.........)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((..............(((....)..(((.....))).........)).((......((((((((....))))))))))(.((((((((....((((........................))))...)).)))))).).....(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..)))(((......(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........((..(...(.(((...(...((.....))....(...).)).)))))).(......).........((((.(((((......)))))..)))).................((((((((.......((...((((...)))).((......)).....))......)))))..))).........(((((((((.(................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..)).))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..(((((((((((......)))))))))))..)))..((....))..))).....)))..((((.((.((((((.((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((..............((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))....(((((.(((.((((..(((((((((...((....................))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))........))))))))..((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((...(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(...).)))).((((.(((((((..((((........(((((((((.((....(((((........)))))......)))))..))))))((((....(((......((....(((((........(((((..((....))))))).................((((......(((((..........)))))))))((((((((....((((........................))))...)).)))))).......(.((((...((.....))..))))).)))))...))....))).((......(((....((((((((.......)))))))))))......((((((((((((((....))))...))))((..((.((((........)))).))...))........((.((....))))...))))))..(((((...))))).))................(((((((((((((...)))))))))).))).)))).((.................))))))....((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((.((......(.((...(((((.....((((..(.((((....(((....(..(.......)).))).))))......))))).............(((.(((((......)))))..))).....................((....).........)(((((.......((......))..))))).........................(((((((((.(................))))))))))..(((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..)).))..)..)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....))))))).....))...((((((((((..(((((((((((......)))))))))))..)))..((....))..))))....)))..((((.((.(((.((.((....)))).....................((((((((((((.((.((((((((...)))))...(((...))))))(((....)...))....))(..(((((............(((..(((......)))..))))))))..)))))))))..((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((((((.((((..(((((.(......)...................((...)).)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).........)))......((((..((.....)))))).........((..(((.(((((((.....(((.......((((((((....))))))))....)))......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))..)))...)).))))..((((((.((..(((((((((...(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....)))))))))))(((((((((....)))))))))......... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.........)))..(((.(((((((.((((...)))...(((((((((.(..(......).((...........))....))))..))))))........(((......((....(((((..............(((....)....(.....)...........))(((......(((((..........)))))))).((((((((....((((........................))))...)).)))))).......(.((((...((.....))..))))).)))))...))....))).((...(..((.....((((((((.......)))))))).))......(((((((((((((......)))...)))).......((((........)))).((....(....)..))..(......).....))))))...((((...))))).))......).........(((.(((((((((...)))))))))..)))......((.................)).........(((((((((....(((....)))..))).(((.....)).))))))).))))))))))....(((((((.........))((....((((.((.....(..((.(((....((.....(..(.......))..)).)))..)))..)..........)......(((..((((......))))...)))....................(((....).........)).......((..((......))............))..................(((((((((.(................))))))))))..(((........((((......((((..(((.(((((((...(((........)))......))))))).)))......(((....)))..)).)).....)))).)))))))....))......((((((........((((....(...))))).....))))))...........((.((.(((...(((((((.((......)).)))))))...)))..((....))...)).....))....(((((..(((.((..(((..........(.....).......(((....(((((((((((.(((.((((...))))....(((...))))))((.........))....))...(((((............(..........)..........)))))..)))))))))....)))(((...((..................((......))....)))))...(.(((((.(((.((((..((((..(......).................((((...))))))))..)))))))....((((((.....)))))).......)))))...........)......((((...(.....).)))).....))).((..(((.(((((((.....(((.......((((((((....))))))))....)))......))))))))))...((((..(((((..........))))).....(.(((....))).)..((((((((.......)))))))).......)))).))))....)))...)).)))..((.((((.((...((((((((...(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))).....)).))))))))(((((((((....)))))))))......... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.(((((((.......(((.(((((((.(((((.......(((((((((.(....((((((((....))))))))......))))..))))))..........((((((.....))))))....((((((((((..........)))))))....))).((((((..(((......(((((..........))))))))..)))))).......(((.(((((.(...)))))).....)))(((((((.(((....)))..))))))).(((({{{{{))))..............((((((((.(((.............((((((((.......)))))))).........)))....)))))))).........(((((((...((((((.(.....))))).))...)))..)))).((.((....))))..((((((...(((((...).))))))))))............(((((((((((((...)))))))))).))).................((((((((((..(((((.....(((.......((((((((.((....))))))...)))))))(((((((..........)))))))((((.(((((((((...(((((((((.((((((..(((((((((((.(((((......))))).)).))))).)))))))))).....((((((((.((((((((((((....))))))))))))...))))))))....(((..(((.....)))..))).......((((((....)))))).((((....)))).........)))..........(((((((..(((((.(((((................)))))...))))).))))))).(((((.((((((((((.(((((...).))))))..)))))))).)))))....(((....)))))))))...))))))))).)))).....)))))...)))))))))).....(((((........)))))......(((((.(((((.(((((.(((((..(((((((.(((.(...)))).)))))))..)).)))))...))).))))).))).)).))))).))))))).))).......(((.........(((((...((((((((.((((.....)))).(((...))).(((((((.........((((....)).)).(((((...........)))))..)))))))...))))))))..)))))..[[[[[[[[[[[[[[..........(.(((((((((((((((.....)))).)))))....)))))))(((((((((.(((((.....)))))(((((((....)))))))..(((((....)))))....(((.<<<<<<......((((((...))))))...)))>>>>>>...)))..))))))(((..((((..(((...)))))))..))).........((.(((((((((((.((((((...((((.((((....)))).))))))))))))))..)))))))))(((((((((((((((..........))))))..........)))))))))..[[[[[[[[..)))]]]]]]]]...................]]]]].]]]]]]]]]....((((.....((((((((((.((((..((.(((((.....(((((...((((((....))))))...)))))......)))))))..))))))))))))))....)))).........}}}}}...((((((((....)))))))))))))))))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...........))).....................((((...((((((..................................(((....(((((.........................................(((....)))(((.....))))))))..(((..((......(((((..........)))))....((((((......((((........................))))......))))))...........))...............((((...........................(((....((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))......((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((...)))))))))....................................................))))).)))).(((((...((.....)).(((.....))).............))))).........)))))).)))).........................................................................................................................................)))......))).((......))............)))))).............(((...............(((...................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))............))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((..............)))))))..)))..((....))..........)))...(((.((.((((....(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....(((....)))((((........(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))..))))((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((.((((...(((......................................)))...))))))).........................((.....)).......))))))..))))))...)).))).))))))))).))...)))).))(((((((.(.....).......((..((((....))))..)).............))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((.(((...(((..((.(..(...(((((((.....((((......)))).....)))))))...)..).))..)))..))).)))...)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))......(((((..(((.....)))...((...))........)))))......................((((.((((((...............(((.....))).........(((((..((....))))))).......))))))....((((......(((((..........)))))))))((((((((....((((........................))))...)).)))))).........))))..............(((((..................................((((((((.......)))))))).......((((((..((..((((....))))(((((((((...((((((........)))).))...)))(((...((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))...........................................))..))))).))))..(((((((((.....((((((((................((((((.(((((((.....(((....)))........................................................................................................................................((((((...((..........))..)))))).))))).)).)))))).....(((((................(((((((..............(((((((....................(((.((((((..((((((......)))).))....)))))).))).........((((((((((......)))))))))).)))))))...((....))....))))))).((((.........))))...)))))..((.....(...(((....(((..((((((((............))))))))..)))..((....))..........)))...).))))))).))).))))..)))))...)))...))))))..))(((((((..(((..((.((((.((.((((((.................(((....))).(((((.(((..(((((..((((..((............))..))))....)))))..))).((.((((((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))..(.(((((((((.((((..((((......................................))))..)))))))........((.....))..........))))))).......))))....))))))........))))))))))).))...)))).))(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))).........))))))...((((.((...((((((((...(((..((((..(...((((((((.((.((((......)))).)).))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).))))...)))))............(((((....)))))............. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((....((((((........((((.(..(((((((((((((((..((..((((((((....))))))))..))...)))..))))))..............))))))..).))))........)))))).))))))))).))))........(((((....(((......(((((..........)))))))).((((((((....(((((.(((((......))))).....)))))...)).)))))).))))).((((.....(((((((....(((((......((((......(((((......(((....((((((((.......)))))))))))......)))))...((((.((.((((....(((((((...((((((........)))).))...)))..)))).((.((....)))).....))))))))))....))))..(((((((((............(((((((((.....)))))))))...((..((.((((((.....((((((((((..(((((.(((((((.......((((((((.((....))))))...)))))))))))..............(((...((((.(((((((((..(((((.(((((((((((..(((((((((((.(((((......))))).)).))).)))))))))))......((((((((.((((((((((((....))))))))))))...))))))))......(((((.(((.....((((....((((....))))...)))).....)))...))))).....)))))).)))))...(((((((..(((((.(((((...((....)).....)))))...))))).))))))).(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....(((....))).........))))))))).))))..))))))))...)))))))))).((..(((((........)))))..))....(((.(((((.(((((.(((((..(((((((.(((......))).)))))))..)).)))))...))).))))).))).....((((((((((...((((((((.((((.........((((((((.(..((((.((((.....)))).)))).).).)))))))((((......(((....)))....(((((((((((..(((((..(.(((((((....(((((.....((..(((.(..((((.(....).))))..).))).))..)))))...((((((((....((((...................((((.((((..((.(((.((((((....))))))...(((((....)))))))).))..))))))))....(((((.....))))).))))...)))))))).....))))))).)...))))).))).))))))))....((((........(((((((((((.((((((...((((.((((....)))).))))))))))))))..))))))).((((((((((((((((.((....)).))))))..........)))))))))).)))).)))).))))))))))))...))).))))..))).)))))).))...)).))))))))).((..((((((((((.((((..((.(((((..((.(((((...((((((....))))))...))))).))...)))))))..)))))))))))))).))........))))).)))))))(((((((((....))))))))).)))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((...(((((.....((((((.(((((((......((((.((((.((((.((....(((((.....................................................................................................................................................................................................................................)))))......))))))...)))).........)))).((((((....((........((((...(((....))).))))..))..)))))).....((((....(((((............)))))(...((((((((......((((...((((....))))......))))...)).)))))).)...(((.((((.((.....)..)))))......((((...((((((.((((((.(((.....(((((((.......))))))).)))...))))))...))))))....))))))).((((...((.((((((........)))).))...))...)))))))))))))))...)..((((...((.(..))).)))).(.................(....))......(.((....((((...(.(...)...)))).).)).....).((....(((((.....(((((((((.((......(.(((.((((((((.......))))....))))..........)))).)).......(.....(((.(((...........).))...)))........)....))))))).....(((...((((....((.(((......)))............))...)))).)))..(...((((((((..((......))........)))))))).)(((((((...(((((..........((((...(((.((.((((((......)))).))...))))))))).....)))))...)))))))((.(((.....((.(((((....))))).....)).)))...))...((((((..(...(((.((((((..((((((((...............))))))))..))).............))).....)))...).......)))))).))..))))).)).....................................................))))).....)))))......))))))).(.(((......((((((....((...((....)).)).))))))(.(((((.((.(..(((((..........................)))))..))))))(.((((((((.....))))))))...))).............(((((((..((((...((...)).))))....)))))))((((((.....(((......((((((((....))))))))....)))......)))))).......(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))....................)..(((((((...((((((((..(((..(((..(.((((((((((((.........))))))))))))...)..).))..)))..))))))))..)))))).)..))).......)(.((((((....))))))).......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((...(((((...((((.((.....))..))))...(((..((..((((((((....))))))))..))...)))...)))))..........(((((((.....(((((...............................................(((.......(((............))).))).............((((..(((((......)))))........(((((((.(((....)))..))))))).))))...((((..((.....(((.........................................................................................(((...((((((........)))).))...)))..))).....))..))))..............(((.....)))....................(((((((((((((...)))))))))).)))......(((((.......(((((((((..(((((....................................................................................((((((........(((((..(((((((((((.(((((......))))).)).))))).)))))))))......((((((((.((((((((((((....))))))))))))...)))))))).))))))..............................................................................................................(((.((...((((............((((.((((((((....(((......))).....)))))))).)))).....(((....))).............))))...)).)))..)))))...)))))))))................................(((.(((((.(((((.((.((..(((((((.(((......))).)))))))..))..))))...))).))))).)))........(((((((...((((((..(((((.........(((((((.....((((.((((.....)))).)))).....)))))))((((......(((....)))....(((((((.(((..(((((..(.((((((...................(((.(..((((........))))..).)))..............................................................(..(((((((....)))))))...(((......)))...).................((((((...))))))......................)))))).)...))))).)))..)))))))......(((((.....(((((((((((.((((((...((((.((((....)))).))))))))))))))..))))))).((((((((((((((((.((....)).))))))..........))))))))))))))).)))).))))).))))))...))).)))).......))))).........)))))((((.((..((((((((((.((((..((.(((((..((.(((((...((((((....))))))...))))).))...)))))))..)))))))))))))).)).))))....)))))))..))).((((((((....)))))))).))))))... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((....((((((........((((....(((((((((((((((..((..((((((((....))))))))..))...)))..))))))..............))))))....))))........)))))).))))))))).))))........(((((.............(((((..........)))))....((((((((....(((((.(((((......))))).....)))))...)).)))))).))))).((((.....(((((((....(((((......((((......(((((......(((....((((((((.......)))))))))))......)))))...((((.((.((((....(((((((...((((((........)))).))...)))..)))).((.((....)))).....))))))))))....))))..(((((((((............(((((((((.....)))))))))...((..((.((((((.....((((((((((..(((((.(((((((.......((((((((.((....))))))...)))))))))))..............(((...((((.(((((((((..(((((.(((((((((((..(((((((((((.(((((......))))).)).))).)))))))))))......((((((((.((((((((((((....))))))))))))...))))))))..(((.(((((((((.....((((....((((....))))...)))).....))))..))))))))..)))))).)))))...(((((((..(((((.(((((...((....)).....)))))...))))).))))))).(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....(((....))).........))))))))).))))..))))))))...)))))))))).((..(((((........)))))..))....(((.(((((.(((((.(((((..(((((((.(((......))).)))))))..)).)))))...))).))))).))).....((((((((((...((((((((.((((.........(((((((.....((((.((((.....)))).)))).....)))))))((((......(((....)))....(((((((((((..(((((...((((((((....(((((.....((..(((.(..((((........))))..).))).))..))))))))))))).((......))........((.((((((..((((.((((..((.(((.((((((....))))))...(((((....)))))))).))..)))))))).(..(((((.....)))))..).................)))))))).....))))).))).))))))))....((((........((((((((....((((((...(((..((((....))))..))))))))).....)))))))).((((((((((((((((.((....)).))))))..........)))))))))).)))).)))).))))))))))))...))).))))..))).)))))).))...)).))))))))).((..((((((((...((((..((.(((((..((.(((((...((((((....))))))...))))).))...)))))))..))))..)))))))).))........))))).)))))))(((((((((....))))))))).)))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
AACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGACUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUAAAUGUUAUACAGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAACAGUUAUAGUUUAUUUGAUAAUCGAAUUUACAUGGAUAACCGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCUGGUUAGCCUGACUUUUGUGGAAGGGCUGUAUUUAUUAGAUAACAAACCAAUAUUCCCCGUGUCUAUUGUGACGACUCAUAAUAACUGAUCGAAUCGCAUGGACUUUGUCCGCGAUACAUCAUUCAAGUUUCUGCCCCAUCAGCUUUCGAUGGUAGUGUAUUGGACUACCAUGGCUUUAACGGGUAACGGAGGAUUAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCUAAGGAAGGCAGCAGGCGCGUAAAUUACCCAAUCCUGACUCAGGGAGGUAGUGACAAGAAAUAACGGACCGAAGCCUAUGUUUCGGGAUUGCAAUGAGUAGAAUUUAAACCCCUUUACGAGGAUCAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGAUUUCUGGGAGGGUGCCAAUGUCCGCUCGUUUGCGUGUGCAGCGGCGCCCUUCCAUCCUUCUGUUAACGUUUCUUGGUAUUCAUUUACUGGUUUCGGGCUCAGAUACUUUACCUUGAGAAAAUUAGAGUGUUCCAGGCAGGCUUGCGCCGGAAUACAUUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGACUUUAGUCUCCUUUGUUGGUUCGAGGGACUGAAGUAAUGAUUAAUAGGGAUAGUCGGGGGCAUUAGUAUUUAAUUGUCAGAGGUGAAAUUCUCGGAUUUGUUAAAGACUAACUUAUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGGGGAUCAAAGACGAUCAGAUACCGUCCUAGUCUUAACCAUAAACUAUGCCGACUAGGGAUCGGAGGCGCGCUUUAUCCGCCUUCGGCACCUUAUGAGAAAUCAAAGUCUUUGGGUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCUUGCGGCUCAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUUACCAGGUCCAGACAUAGUGAGGAUUGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAACGAGACCUUAGCCUACUAACUAGUCGAACCAAUCUCCGAUUGGCUGCGACUUCUUAGAGGGACUUUGUGGGCCAAACACAAGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUCCUGGGCCGCACGCGUGCUACACUGACGCAUACAGCGAGUACGUCCCAGCUCCGCGAGGCAGCUGGUAAUCAGCAAUAUGCGUCGUGAUGGGGAUAGAUCUUUGGAAUUAUAGAUCUUGAACGAGGAAUUCCUAGUAAGCGCAAGUCAUUACCUUGCGCUGAUUAAGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUUCGAGUGGUCCGGUGAACCUUUUGGACUGCGCGAGGCCCCGAGCCUUGUGCGGAAAAUCAAGUAAACCAUAUCACUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...<<<.))))).(((.(((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....((........))...)))))......(((......((((..((..((....((((...........((((....(((((((.....))))))).....))))......(((((..((.....))..)))))....((((((..........(((((..(.....)..)))))..........)))))).........((((..((((...))))))))...))))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((.(((((((....)))))))..)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((...{.((((...(((.......((((((((((((..(((.(((......)))...)))..))))))))))))....((((....((...(.(((((......))))))...))....))))...........................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{.(((..(((((((((.........)))))))))..)))...{{..))}}...}}}....}}}}))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..(((((..((((((...))))))...)))))..)))))))..(((((((.......))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((.....((..(((((....)).))).))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..(...((((((((((((..(((((((((((((((((((((.....)))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......(((((((....((((((.....((((((...........(((..((((((....((((((...))))))..............((((((....((((.......))))...........(((((..(((((....)))))..)))))..))))))..))))))..(((.((((..(((.(((((...((((((.....((((....(.((((.....(((((((...((((((((....))))))))..((((.(.(((((..((((...))))))))).)))))..........(((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))))))).)))....)))).).((((.....))))..))))...)))))).)))))...)))..))))))).)))......((((((...(((((...))))).))))))))))))..........(((((((....)))))))))))))..............(((((...(((((((((((((..(((((((..((((((.(((.((....))(((((((((.(((.....)))..........((.((((.(((((((..((((.(.((.((.....((((((((((((..(((((((......))).).)))..)))))))))))).((((((((((..(((((((.(((......))).((((((((.((..(((((((((..((....))..)))))))))...(((..((((.(.((((((..((...((((((......(((.((((((.((((((.((((.(.....).)))))))))).(((.((((((((..(((((..(...(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))...((((....)))).))))..)..)))))..))))))))..(((....)))....((((......))))...))).)))))).)))..........)))))).((((.((..(((((((((.(......))))))))))..))...(((....))).))))..))..)))))).).))))...)))...)).))))))))..)))))))))))))))))...)))).).)))).((((.....))))..))))))))))))).))))...))))).)))))))))........((((....))))....))))))).)))))))..((((((((((((((.((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))......(.(((((.(((.((((..(((((..((((((...))))))...)))))..)))))))..(((((((.......))))))).....))))))......(((((((((((..((..(((((((((.(((((....)).))).(((.((((((((..((((.......((((((((....)).))))))...)).))..)))))))))))...)))))..))))..)).))))))))))).))))).(((.....((((.((((((((.......)))))))).))))..)))..)))...))))).)))))))))...(((((.((...((..((((((..(((...((....)).(((((((((((.....)))))))))))............)))..))))))..)))).)))))...))))))...)))))..(((((....)))))...)))))))..) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((((.......)))))))).............................................((((........))))........................................(((((...))))).......................(((((((....))))))).......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((((((((..............)))))))))))...........................((((((((((((.........................)))))))))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((.......((((.........))))....)))))))................(((((.(((((((((.........)))))))))..)))))(((....)))................................................................................................................................(((((..................................)))))....................................................................((((((..........(((((..((((((...))))))...)))))....................................)))))).....................................................(((((((((............................................)))))))))..........((((((..........))))))....................((((((((.......))))))))....................................((((((((..............................(((((((((((.....)))))))))))...........................))))))))..............((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................((((((((................................))..))))))................................................................................(((((.............)))))..................................................................((((..(((.....)))))))..................................((((((((.......))))))))...................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((.(((((((....)))))))..)))..........................................................................................................................................................................................................(((......)))............................................................................................((((((((....................))))))))............((((.....((((((((((((((((((......((........)).......)))))))))))).....((....))(((.......)))........................((...........((((.........))))........))..................(((..((((((((...........))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).................(((....(((((((((........................................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))..................................................(((((.(((.((((..((((((.((((.......))))..))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).................)))))).....))))..................((..((((((((.............((((((((....)).))))))..........)))))))).))...((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))..........................(((((((......((((((((((((((((((..(...(((((((((((.....)))))))))))...)..))))))))))))))))))...)))))))....................(((((....)))))............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((.......(((((.....)))))........)))..))))))..................................(((((..........)))))..........((((((.((((.....(((((.............))))))))).)))))).......(((.....................))).....................((((..(((.....)))))))..................................((((((((.......))))))))...................((((....))))....(((((..((.((((........)))).))...)))..))..........((((((....((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((....)))))))).)))....................................(((((.....................................)))))....................................................................................................................((((((......))))))..............................................................................((((((((((.((....)))))))))))).....................(((((...................((((((((((((((.....................)))))))))))))).......(((((((((.......)))))))))..))))).....................................................................(((..((((((((...........))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((((.(((.((((..((((((..................))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..........................................))))))...(..((((((((......(......((((((((....)).))))))....).....)))))))).)....((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......)))).........................(((((.((.....(((((((((((((..((((..(...(((((((((((.....)))))))))))...)..))))..)))))))))))))..)).)))))...............(((.(((((....))))).)))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((.......(((((.....)))))........)))..))))))...............................(((((..(((((....)))))..))))).....................(((((.............)))))...................((..((((((((.....((((((((....))))))))...((..(.(((((..((((...))))))))).).)).............((((....(((((((((((((((.......)))))))).........(((((...(((.(((.((((((((..((((.(((((((.((((((((((..............(...(((.((.(((((......((((.................))))..................(((((((....)))))))........................(((((...............)))))........))))).)).)))........(((((((.(((((((..........)))))))................)))))))....((((((((((((..(((.(((..(....)))).)))..))))))))))))..).........))))))))))).))).))).))))..)))))))).))).)))))))).............(((((((.(((........))))))))))........................(((((((((((.((.(......))))))))))))))...(((((((.................(((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).))))).......((((((((((.....))))))))))))))))).....)))))))..))))......(..............((((((((..................)))))))).(((((((((.........))))))))).....................)............)))))))).)).....................(((((((.....((((.((((.....)))).)))).....))))))).........................................................................(((((((((((((((....(((((...((((((((((((((.......))).)))))))))))))))).........(((.((((..(((((.(((((((...)))))).).)))))..)))).)))...(((((.......)))))(((.(((((((((....(((....)))...).)))))))).)))......(((....)))..(((.((((((((..((((.......((((((((....)).))))))...)).))..)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))......))))).))))))))))..(((((.((.....((((((((..(((..(.(((.....(((((((((((.....)))))))))))......))))..)))..))))))).).)).)))))................((.(((((....))))).)).......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))...............(((((((((....((((((...(((((((((.......)))).....((((((((....((((((....((((((....((((((((((((.(((((..(((((....)))))..))))).).(((........)))(..((((((..(.......)..))))))..)))))))))))).....(((((...........))))).............))))))......((((((((.(((((((((...............(((((((((((.........(.((((((((.......)))))))).).......))........((((....))))..(((((((..((.((((........)))).))...)))..))))))))).))))......((((((...(((((...))))).))))))............))))).)))).)))))...)))......))))))..............(((((.........(((((((.......((((.....((....)).......))))))))))).........)))))...)))))))).....(.(.((((..((.....((((((((((((......(((.((....)).)))....)))))))))))).))..)))).).)...((..((((........((((........))))......))))..)).....)))))(((((((.(((........))))))))))....))))))..............(((((((((((..............))))))))))).................(((((((((....((........................(((..((((.......((((((.((((....))))...........((((...........))))...)))))).....))))..))).......(((((((((((..................))))))))..)))......)).......)))))))))......(((....)))..)))))))))......(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((..((.((((((...((.((((((.........(((.....)))........(((((.(....(((((...(((..((............))..))).....)))))...((.((((..((((((((....(((((((((((.(..........).))))))))))).............(((..((((..(((((..((((((...))))))...)))))..)))).....(((((((.......)))))))........)))...))).)))...).))))))).....).))))))))))).))......(((.(((((((...((.......(.((((((((....)).)))))).)....))...))))))))))...(....((((((..........))))))....).....))))))....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....(..((...((((......(((.(((((((..(((..((.(......(((((((((((.....)))))))))))......).))..)))..))))))).)))...))))....))...).((((((........))))))............... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))).............(((.....)))..(((((((((.......(((((.....)))))........)))..))))))......(((.......)))..........(((((((..(((((....)))))..)))))..))...(((........)))(((((..(.......)..)))))...................((.(((((((((.....((((((((....))))))))..((((.(.(((((..((((...))))))))).)))))............((((...((((((((((((((((.......)))))))).........(((((...(((.(((.((((((((..((((.(((((((.((((((((((......((....(((((.(((.((.(((((....((((((...((((......))))))))))................(((((((....)))))))........................((((((.............))))))........))))).)).)))...(..(.(((((((.(((((((..........))))))).(((......)))...))))))).).)((((((((((((..(((.(((..(....)))).)))..)))))))))))))))))..))...))))))))))).))).))).))))..)))))))).))).)))))))).........(((.(((((((.(((.(()...))))))))))).)))....................(((((((((((.((.(......))))))))))))))..((((((((...............(.(((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).))))).....).((((((((((.....))))))))))))))))))....)))))))).)))).(((((((((.........).((((((((.....((.......))..)))))))).(((((((((.........)))))))))...................)))))))).......)))))))))))((....)).............(((((((((...((((.((((.....)))).)))).))..))))))).........................)(((...........)))..............................(((((((((((((((.((((((((...(((((((((((((((.....)))).))))))))))))))))........((((.((((..(((((.(((((((...)))))).).)))))..)))).))).).(((((.......)))))(((.(((((((((.((.((((())))).))).)))))))).)))......((((()))))..(((.((((((((..((((.......((((((((....)).))))))...)).))..)))))))))))..((((((((((((.((....)).))))))...((.((((())))).)).((((((((.......))))))))......)))))))))...))))).))))))))))(.(((((.((....(((((((((..(((..(.(((.....(((((((((((.....)))))))))))......))))..)))..))))))).)))).)))))..).(.......).((((.(((((....))))).))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................((((((........((((.......))))................((((..................................((((..((....))))))........))))...............(((((..(.......)..)))))...................((.....................))......................((((..(((.....)))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((....)))))))..)))....................................((((((.......((((....................))))))))))................................................(((((((((((((.(((((((......))).).)))).)))))))))))).............((((((.((((......)))))))))).................................................................))))))..............(((((((((..................)))))))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..(((((((((.(......))))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))................((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............((((((....((((..((((..((((((.....))))))...))))..)))).....(((((((.(....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....)......(((.((((....)).)).)))...........))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((...(..(((((((..(((..((((..(...(((((((((((.....)))))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................(((((((((.((....(((((.....)))))......)))))..))))))...................................((((..((....))))))..................((((.....(((((..(.......)..)))))))))((((((........((((...(((....)))......))))......)))))).........((((..((.......))))))..................................((((((((.......)))))))).......((((((......((((....))))...(((((((..((((((........)))).)).).)))..)))..((....(((((((..((((((...((((.....)))).))))))............((((((((((((..))))))))).)))....................................((((((...................................))))))................................................(((((((((((((.(((((((......))).).)))).))))))))))))......(.(...((((.(((((((......)))))))))))...).)..........................(((((......(((....))).))))).............((((((((((((.(....)))))))))))))............................((((((...((((((((((((.(((((((.((((((......)))).))...))))))).))).........((((((((((.....)))))))))).................((((((........((((.........)))).....))))))..........(((....(((..(((((((((.((....)))))))))))..)))...((....))..........))).........((..(((((....)))))...))...........((((....(((((((((.....((..((((......................((....))...)))).))...(((((..................................)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............((((((....((((..((((((((((((.....))))))).)))))..)))).....(((((((.......)))))))....))))))...............)))))))))...)))))).........))))))).(((.(((((((...(..((.......(((((((....)).))))).....)).)...))))))))))..((((((.((((............)))).....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))))..............))))))..(((((.((.....((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((.)))))))))))))....).))))..)))..))))))))..)).)))))...................(((((....)))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))........(((((((...........(((((.((((((....((((((...))))))..............((((((((((((((.......))))......)))).(((((..(((((....)))))..)))))..))))))..))))))))))).((((..(((((((((...((((((.....((((......((((.....(((((((...((((((((....))))))))..(((....(((((..((((...))))))))).......)))......(((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))))))).)))....))))...((((.....))))..))))...)))))).)))))...)))).)))).)))))))(((..((((((...(((((...))))).))))))..[[[......)))..(((((((....)))))))..]]].(((((.........(((((...(((((((((((((..(((((((..((((((.(((.........(((((((((.(((.....)))............(((((.(((((((.(((.((((..........((((((((((((..(((.(((........))).)))..))))))))))))((((((((((((..((((((((((......))))((((((((......((((((..((((............(((((((.(((........))))))))))....((((((..........(((((((((((((.((((.........)))))))))))....((((((((..(((((......(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))...((((....)))).)))).....)))))..))))))))..(((....)))....((((......)))).......))))))...(((....))).)))))).(((((((..(((((((((.........)))))))))..)))..(((....))).))))...........))))))))))..........))))))))..))))))))))))))))))..((((.....))))....)))))))...))))))))))))..))))...))))).)))))))))........((((....))))....))))))).))))))).((((((((((((((((((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))..........(((.((((..(((((..((((((...))))))...)))))..)))).)))........)))))......((((.((((((((.....(((....))).....)))))))).))))((((.(((....)))..(((.((((((((..(((....))).((((((.........))))))..........)))))))))))..((((((((((((..........))))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......))))))))))..))))).))))))))))..(((((.........(((((((..(((......(((((.(((((((((((.....)))))))))))....)))))...)))..)))))))......)))))...))))))...)))))..(((((....))))).......))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((.....(((.(((((((((((((...)))).))).)))..))).))).((((((...))))))...((((((((((.(..(((........((((((.(((((((((((....(((((..(((((....)))))..))))).(((((((...((..(((.(((((((.(((....((((.((..(((((((...)))).)))..)).......(((((((.((((((((....))))))))..((((...(((((..((((...)))))))))..)))).(((((((..(((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))).((((.........))))..(((..(((.((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).)).............(((((((....)))))))..((((.....)))).........(((((((...........)))))))...))))).))))...((((((((.((.(((((((.(((((((..........))))))).((((....))))...))))))).)).((((((((((((..(((.(((......)))...)))..)))))))))))).((((((((((..(((((((.(((......))).((((((((.((..(((((((..((((.((((..((((.(((((((.(((........))))))))))....((((((......(((.((((((.((((((.((((.(......))))))))))).....((((((((.((((..(((...(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))...((((....)))).))))...)))..))))))))))))..(((....)))....((((......)))).......)))))).)))..........)))))).(((((((..(((((((((.........)))))))))..)))..(((....))).)))).)))).)))).))))))))...)))...)).))))))))..)))))))))))))))))((.((((.....)))).)))))))))).)))))))....))))))).............)))).....))).))).)))))))..)).))))))).............(((((((((((((.((((((((...(((((((((((((((.....)))).)))))))))))))))).............((((..(((((..((((((...))))))...)))))..))))((((((((.(((((((.....((.(((.((((((((((...(((....)))..)).)))))))).))))))))).))).((((((...(((.......)))..)))))).((((..((.((((.(((((((.....))))....))).))))))))))...((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))....)))))))))))...))))).)))))))).(((((.((((((....)).))))...))))).((....)).(((((((((((.....)))))))))))...))))))))))).)))..))).........)))..))))).....)))))).(((((....)))))...)))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.ddddd.)))))...........................((((((((aa.....(((((.....)))))........)))..)))))................................(((((..(((((....)))))..)))))...........AA.........(((...............)))............................((.......((((((((....))))))))...(((...(((((..((((...)))))))))..................((((...((((((((((((((((.......))))))))..((.....(((.......((((..((((((((..((((.........((((((((((..................((((.(((((.......((((([[[[[............))))).................(((((((....)))))))]]]]]...................((((((.............))))))...))))).))))..........................................................................((((((((((((..(((.(((........))).)))..))))))))))))............))))))))))..........))))..)))))))).........(((..............(((((((.(((........))))))))))........................(((((((((.((((.........)))))))))))))...<<<<<<<.............<<<.<<<<<..<<<<<..<<.<<)))...))))>>.>>)))>>>>>))>>>>>...((((bbbb))))((>>>..))....BBBB>>>>>>>.....)))))))).))))..eeeeeee.))).........(((((((..................)))))))..(((((((((.........))))))))).......(((....)))..EEEEEEE..........)).....((((....))))............................((((.....))))...........................................................................................((((((((((((((.((((((((...((((((((((((((.......))).)))))))))))))))).((((....(((.((((..(((((..((((((...))))))...)))))..)))).)))....((((.......)))).cc..................))))......((((........CC.)))).............(((.((((((((..((.........((((((((....)).))))))......))..)))))))))))..((((((.(((((..{{{{{...)))))...........}}}}}.....((((((((.......))))))))......)))))))))...))))).)))))))))...(((((.((......(((((((..(((............(((((((((((.....)))))))))))............)))..)))))))...)).)))))...................(((((....)))))....DDDDD.... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.((((((((.((...........((((((((...)))).))))..((((.(((..(((((((...)))))))..))..))))..).(((((...............................(((((((..((....))))))))).....))))).....((((.....((((((.(.......).)))))))))).((((((.......(((((.((((....))))....)))))....).))))).........(((((..((((...))))))))).................((((..((((((....(((((((((.....)))))))))))))..)).)))).....................((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..((((((((((((..))))))))).)))..)).......................................))..))))).)))...(....)..((.......(((.(((((((..........))))))).))).......................((((((((((((.(((((((((....)))).).)))).))))))))))))...((((((((.(((.((.(((((......))))))).)))).))))))).......................((((((.((((......))))))))))......(((((...((((((((.((((....))))))))))))....................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))...((....))..(..(((((....)))))......)....................)))))...((((((..((((((((((.(....)))))))))))..)))...((....))..))).....................(((((....))))).......................(((.((((.....)))).))).......................(((....)))))........................(..(((..((((....))))..)))...((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..(((((((((((((...))))))).))))))..)))))).)..(((((((.....))))))).....))))))).............((..((((..(((...)))))))..))..........((.((((((((..((.(((...((((((((((....)).))))))))).))))..))))))))))...((((((.(((((..........))))).(...(((((....)))))..(((((((((.....))))))))).)....)))))))))...))))).))))))))))...((((.((....((((((((((.(((..((((..(...((((((((.((.....)).))))))))...)..))))..))).)))))))))).)).)))).............))..((((((((....)))))))))))))))).) |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((.................((((..(((....(((((((.(((..(((((((...)))))))..))..))))...((((((.....(((((...........)))))......((((((..((....))))))))......)))))).....(((.....(((((..(.......)..)))))))).(((((((...(...(((((.((((....))))....)))))...)).)))))).........((((((......))...))))................((((((..(((.(...(.(((((((((.....))))))))).)..))))..)))..)))................((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..((((((((((((()))))))))).)))..)).......................................))..))))).)))..........((.....)).(((.(((((((..........))))))).))).......................((((((((((((.(((((((((....)))).)).)))).)))))))))))...(((((((((.(((((((((((......)))))))))))))))))))).......(((((.....))))).((((((.((((......)))))))))).......))))..(((((((((((.(......)))))))))))))))..))))..........((((((((..(((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))..))))))))..(((....)))....(((((....)))))............((((((((((((.(((.........((((..((((((((.((((..))))))))))))..)))...((....))..))))..((....((((....(((..(((((((.((((...............((.(....)..)).(((.....))).))))))))))).......)))......(((....))).))))...))...)))))))))))).((((((((((((....)))))))).))..(((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((..((.((((..(((((((((((((...)))))))).)))))..))))))...(((((((.......))))))).....)))))).............((..((((..((.....))))))..)).........(((.((((((((..((((..(...((((.((((....)).)).)))).))).))..)))))))))))..((((((.(((((.((....)).))))).((..(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))))....)))))))))...))))).))))))))))..(((((.((..(((..(((((((.(((..((((..(...(((((((((((.....)))))))))))....).))))..))).)))))))))).)).)))))............)))..(((((((....))))))).)))))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((.....(((.(((((((((((((...)))).)))).))..))).))).((((((...))))))...(((((((((..(..(((........(((.((.(((((((((((....(((((..(((((....)))))..))))).(((((((...((..(((.(((((((.(((....((((.((..((((((.....))).)))..))....((.(((((((.((((((((....))))))))..((((...(((((..((((...)))))))))..)))).(((((((..(((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))).((((.........))))..(((..(((.((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).)).............(((((((....)))))))...(((.....)))..........(((((((...........)))))))...))))).))))...(((((((.....(((((((.(((((((..........))))))).((((....))))...)))))))....((((((((((((..(((.(((......)))...)))..)))))))))))).((((((((((..(((((((.(((......))).((((((((.((..(((((((..((((.((((....(..(((((((.(((........))))))))))..).((((((......(((.(((((((((((((.(((.((......))))))))))))))..((((((((.((((..(((...((((.((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).))))....((((....)))).))))...)))..))))))))))))..(((....)))....((((......)))).........)))).)))..........)))))).(((.(((..(((((((((.........)))))))))..)))...((....))...)))......)))).)))))))))...))...)).))))))))..)))))))))))))))))((.((((.....)))).)).))))))).)))))))....)))))))))...........)))).....))).))).)))))))..)).))))))).............(((((((((((((.(((.......(((((((((.((.....((((.(((.............))).))))....)))))))))))(((((..((((((...))))))...)))))......((((((((.((((.((.......((((.((((((((((...(((....)))..))).))))))).)))))).))))...((((((.........(.....)..)))))).((((....(((((.(((((((.....))))....))).))))).))))...((((((.(......).))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))....)))))))))))...))))).)))))))).(((((.((((((....)).))))...))))).((....)).(((((((((((.....)))))))))))...))))))))))).))...))).........)))..).))).....)))))).(((((....)))))...)))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((......)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((............(((.......(((.....)))...).....)).((.....((((((((.......))))))))))(.((((((((......((((...................))))...)).)))))).).....(.((((...((.....)).))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((....)))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((..........((...(.(((...(.(.((.....))...(..).).)).)))))..((....)).......((((.(((((......)))))..))))............((((((((.......((...((((...))))(((....)))....))......)))))..))).........(((((((((.................).))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.((...))...))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))(((.((((((....(..(((.(......((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((....))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))....).((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.......(......(((.((((....)).)).)))....)......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(..((((((((..(((..((((..(...(((((((((((.....)))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((................((((.(((((((.(.(((........(((((((((.......((....(((......)))...)))))..))))))((.....................(((........(((((..((....)))))))...................((.....((((((...........))))))))((((((((((......((((...................))))...)).)))))))).....(.((((...((.....)).)))))...)))(((......(((.((.....(((....((((((((.......)))))))))))......((((((((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))...((....))..((.((....))))...))))))..(((((...))))).))))).............(((((((((((....)))))))).)))))))).((.................)))))...).((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((.(((.......(.((...(((((............(((((((.......)...............)....)))))..((....))........(((((((((......)))))))))(....).........(.(((((.......((...(((.....)))(((....)))....))......)))))...)..........((((((((((...............)).))))))))..(((.......(((((......(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((.((((((..((((((((.(......)..))))))))..)))...((....))..))).....))).)))((((((((..((((....))))...)))...............(((((((((((.....))))(((.((((((.................(((....)))....(((((((((((((............((...(((......)))...)))))))......((.((((((((((((...((.((..((....))..))(((......)))...)))))))...(((((.(((.((((..(((((.(....((.)).....)...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).........)))....))))))........)))))))))).)))).))).(((.(((((((.......(......((((((((....)).))))))....)......))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....)))).)))..(((((((.((..(..((((((((..(((..((((..(...(((((((((((.....)))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....)).)))))))((((((((((....))))))))))........ |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((......)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((............(((....)..(((.....))).........)).((.....((((((((.......))))))))))(.((((((((......((((...................))))...)).)))))).).....(.((((...((.....)).))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((....)))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........(((...(.(((...(.(.((.....))...(..).).)).)))))).(......).......((((.(((((......)))))..))))............((((((((.......((...((((...))))(((....)))....))......)))))..))).........(((((((((.................).))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.((...))...))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((..............((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))....(((((.(((.((((..(((((((((...((....))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))........))))))))..((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.......(......(((.((((....)).)).)))....)......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(..((((((((..(((..((((..(...(((((((((((.....)))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((........(((.....((((.(((((((..((((...(((..(((((((((.......((....(((......)))...)))))..))))))................)))....(((........(((((..((....)))))))...................((.....((((((...........))))))))((((((((((......((((...................))))...)).)))))))).....(.((((...((.....)).)))))...)))(((......(((.(((...((((....((((((((.......)))))))))))).....((((((((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))...((....))..((.((....))))...))))))..(((((...))))))))))).............(((((((((((....)))))))).))))))...((.................))))))....((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..)))))))))))))))))).........(((((.....(.((...(((((......(.(...(((((((.......)...............)....)))))...).)...........((((.(.(((......))).).)))(....).....)..((.(((((.......((...((((...))))(((....)))....))......)))))...)).........((((((((((...............)).))))))))..(((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......))))..)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))....))....(((.((((((..((((((((...........))))))))..)))...((....))..))).....))).))))))))....(((((((...)).................((((((((((((((((.....))))(((.((((((.................(((....)))....(((((((((((((............(((..(((......)))..))))))))......((.((((.(((((((...((.((..((....))..))(((......)))...)))))))((((((((.(((.((((..(((((.(....((.)).....)...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..........))))).))))))........)))))))))).)))).))).(((.(((((((.......(......((((((((....)).))))))....)......))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))....)))))((((((.((..(..((((((((..(((..((((..(...(((((((((((.....)))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....).........((((((((((....)))))))))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.(((((((.....(((.(((((((((((((...)))).)))).))..))).))).((((((...))))))...((((((((((.(..(((........((((((.(((((((((((....(((((.((((((....))))).)))))).(((((((.(.((..(((.(((((((.(((....((((.....(((((((...)))).)))........((.(((((((.((((((((....))))))))..((((...(((((..((((...)))))))))..)))).(((((((..(((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))).((((......{{{)))).((((..(((.((((((.(.....))))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))................(((((((....)))))))..((((..[[[))))...]]]...(((((((...........)))))))...))))).))))...((((((((....(((((((.(((((((..........)))))))(((((....)))).).)))))))....((((((((((((..(((.(((......)))...)))..)))))))))))).((((((((((..(((((((((((......))))((((((((.......(((((..((((.((((...(((.(((((((.(((........)))))))))).)))((((((......(((.(((((((((((((.(((.((......))))))))))))))..((((((((.(((((.(((...(((((((((.((((((.(((.(((((...).)))).)))..)))))).)))))...((((....)))).))))...)))).))))))))))))..(((....)))....((((......)))).........)))).)))..........))))))..........(((((((((.........))))))))).......(((....)))...........)))).)))))))))...........))))))))..)))))))))))))))))...((((.....))))...)))))))).)))))))}}}.)))))))))...........)))).....))).))).)))))))..))))))))))............((((((((((((((.(((.......(((((((((.((((...((((.(((.............))).)))).)).)))))))))))(((((..((((((...))))))...)))))......((((((((.((((..........((((.((((((((((.(.(((....))).)))).))))))).))))...))))...((((((.......(((.....)))))))))(((((..(.(((((.((((((((...)))))....))).)))))))))).).((((((..........))))))......(((....)))....(((((((((....).))))))))....)))))))))))...))))).)))))))))(((((.((((((....)).))))...)))))..........(((((((((((.....)))))))))))...))))))))))).)))..))).........)))..))))).....)))))).(((((....)))))...)))))))))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...........))).....................((((...((((((...............................(((....(((((.......................................(((....)))(((.....))))))))..(((..((.....(((((.............)))))....((((((........((((...................))))......))))))...........))..............((((..........................(((....((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))......((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((....)))))))....................................................))))).)))).(((((...((.....)).(((.....))).............))))).........)))))).))))................................................................................................................................)))......)))(((....)))...........)))))).............(((.............(((....................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))...........))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((.............)))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((...(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....(((....)))((((........(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))..))))((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((.((((...(((......................)))...))))))).........................((.....)).......))))))..))))))...)).))).))))))))).))...)))).))(((((((.(.....)......((..((((....)).))..))...........))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((......(((.(((..(((..((.(..(...(((((((.............)))))))...)..).))..)))..))).)))...)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).....................((((.........................................((((.((((((.......................................(((....)))(((.....)))))))))....((((.....(((((.............)))))))))((((((........((((...................))))......)))))).........)))).............(((((.................................((((((((.......)))))))).........((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...))).(.(((((..((.(((((((....((((...((((.....)))).))))(((.(............((((((((....))))))))..(((..((((.............................(((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))..............(.(((((.(((((((...(((.((((((................................................................................................................................((((((......(((....))).))))))........(((.(((((((((((.(......)))))))))))).)))...............))))))...)))..(((((.((((...(((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))......(((((((((((((.....))))))))))....(((....((....)).....(((((....))))).))).((((((...((((..((.........(((....(((..((((((((...........))))))))..)))...((....))..........)))......))((((.(.(((....)).).).)))).))))...))))))....)))((((.....)))).)))).)))))...))))))))))))).......)))))))(((((((((((..(((((.....((((((..........(((((.(((...(..((((.(....).))))..)...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))))))(((((((((.((((...(((......................)))...)))))))..(.((..((.....))..)).)....))))))........))))))......))))).)))).)))))))))))))))))).(((.(((((((.......(......(((.((((....)).)).)))....)......))))))))))..((((((.((((............))))....((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))).).......)))))))))((((.((.....((((((((..(((..((((..(...((((((((..(.....)..))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((....((((((.....((((((...........(((..((((((....(((((.....)))))..............((((((....((((.......))))...........(((((..(((((....)))))..)))))..))))))..))))))..(((.((((..(((.(((((...((((((.....((((....(.((((.....(((((((...((((((((....))))))))..((((.(.(((((..((((...))))))))).)))))..........(((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))))))).)))....)))).).((((.....))))..))))...)))))).)))))...)))..))))))).)))......((((((...(((((...))))).))))))))))))..........(((((((....)))))))))))))..............(((((...(((((((((((((..(((((((..((((((.(((.((....))(((((((((.(((.....)))..........((.((((.(((((((..((((.(.((.((.....((((((((((((..(((((((......))).).)))..)))))))))))).((((((((((..(((((((.(((......))).((((((((.((..(((((((((..((....))..)))))))))...(((..((((.(.((((((..((...((((((......(((.(((((((((((((.((((.(.....).))))))))))))...((((((((..(((((..(...((((.((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).))))....((((....)))).))))..)..)))))..))))))))..(((....))).((.((((......)))).....)).))))).)))..........)))))).((((.((..(((((((((.(......))))))))))..))...(((....))).))))..))..)))))).).))))...)))...)).))))))))..)))))))))))))))))...)))).).)))).((((.....))))..))))))))))))).))))...))))).)))))))))........((((....))))....))))))).))))))).(((((((((((((((.((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))......(.(((((.(((.((((..(((((..((((((...))))))...)))))..)))))))..(((((((.......))))))).....))))))......(((((((((((..((..(((((((((.(((((....)).))).(((.((((((((..((((.......((((((((....)).))))))...)).))..)))))))))))...)))))..))))..)).))))))))))).))))).(((.....((((.((((((((.......)))))))).))))..)))..)))...))))).))))))))))..(((((.((...((..((((((..(((...((....)).(((((((((((.....)))))))))))............)))..))))))..)))).)))))...))))))...)))))..(((((....)))))...)))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((..(((.(((.((..((((....)))).......)).)))...))).........)))).((((((....((.........(((...(((....))).)))...))..))))))....((((......((((..........)))).))))...((.((......((....(......)....)..))).))....((.(........)).).......(((...............)))..........(...........)...........((.....(.(...((((.........)))).))..))...............(((.............)))..............((((......((...((.(((((....(((((.(((......((((((.......((.....................))...........)))))).)).......)....((((((......))))))................((.(((((.......((((((((((......(((....)))..)))))))))).))))).....))(((..(..))))....(((((((...(((((..(..((((((((((((((((.((((((.....)))).))...)))))))))))).....(((....)))..)))).)...)))))...)))))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..(((((...(...(((.((((((..(((((((..........))))).))..))).............))).....)))...).......))))).....))))).)))))...))....))....))))(((...(((..((.(.(((((.....))))).)))))))))........(((.((((..(((((.........................)))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...).................(((.(((((((..(((.......((((((((....))))))))....))).....))))))).)))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))))....................((((((((..((((((...(((...)....).......).............)..).)).))..))))))))............(.((((((....))))))).......... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(((((.....)))))............................................................................................................................................................................................................................................................................................))......((((......(((...(((.((((.((....((((((......))))))......))))))...))).............................................(((....((((....(((.(((.......((((......((((............)))).))))((((.....((((...((((....))))......))))....).)))........(...((((.((((.....)))))))).)......(((((((((((.((((((.(((.....(((((((.......))))))).)))...)))))).))))((((....))))..(((.((((.(.....)...))...))....))).......((.(.(((((((..))))))).).)).............((((((.(((((.((((......(((...((.(((((((....(((((((.((.....((((((..(((...((.................)).......)))..)))))).)).........((((.....((((((((..........))))))))........))))...))))))....((((..(((((...(.(((((.....))).))......).)))))....))))....(...((((((((.(((......)))........)))))))).)(((((((...(((((..(...((((((((((((..)))))))).........(.(....))..)))).)...)))))...)))))))((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...).)..((((((..(...(((.((((((..((((((((.(((........)))))))))))..))).............))).....)))...).......))))))..)..))....)))))...)).....)))...)))).......)))))...))).)))....))))))))))......)))...))))...)))(.((((..(((((.(............................)..)))))..)))))..(.((((((((.....))))))))...)........................((((...((...)).))))(.((((((((...(((((.......((((((....))..))))....)))))....))))))))...).((((((((((............)))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))))........................(((((((...((((((((..((..(((..(((((.).......))))..........)))...))..))))))))..))))).)).)))...)).))(.((((((....))))))).......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((...............................(((((.((((((....((((((...))))))..............((((((..............................(((((..(((((....)))))..)))))..))))))..))))))))))).((((..((...((((...((((((...............((((.....(((((((...((((((((....))))))))..((((.(.(((((..((((...))))))))).)))))..........(((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))))))).)))....)))).........................)))))).)))).....))..)))).............((((((...(((((...))))).))))))................(((((((....))))))).....................((((...(((((((((((((..(((((((..((((((.(((.((....))(((((((((.(((.....)))............(((((.(((((((..((((.(.(.(((.....((((((((((((..(((.(((......)))...)))..))))))))))))(((((((((((..(((((((((((......))))((((((((.((...((((((((............))))))))....(((..((((.(.((((((..(....((((((......(((.((((((.((((((.(((..(......).))))))))).....((((((((..(((((..(...((((.((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).))))....((((....)))).))))..)..)))))..))))))))..(((....)))....((((......)))).......)))))).)))..........)))))).((((.((..(((((((((.(......))))))))))..))...(((....))).))))...)..)))))).).))))...)))...)).))))))))..))))))))))))))))))..)))).).)))).((((.....))))..))))))))))))..))))...))))).)))))))))........................))))))).))))))).(((((((((((((((.(((........(((..(((((.(((.......)))..)))))..)))........((((..((..((((..(((((..((((((...))))))...)))))..))))..)).(((((((.......)))))))......))))........((((((((((..((..(((.(((((..((((....)).))..(((.((((((((..((.........((((((((....)).))))))......))..)))))))))))...)))))...)))..)).)))))))))).....................((((((((.......))))))))............)))...))))).))))))))))..(((((.((...(..(((((((..(((............(((((((((((.....)))))))))))............)))..)))))))..))).)))))...))))))...))))...(((((....)))))...)))))))... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((....((((((.....((((((...........(((..((((((....((((((...))))))..............((((((....((((.......))))...........(((((..(((((....)))))..)))))..))))))..))))))..(((.((((..(((.(((((...((((((.....((((......((((.....(((((((...((((((((....))))))))..((((...(((((..((((...)))))))))..))))..........(((((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))))))))).)))....))))...((((.....))))..))))...)))))).)))))...)))..))))))).)))......((((((...(((((...))))).))))))))))))..........(((((((....)))))))))))))..............(((((...(((((((((((((...((((((..((((((.(((.((....))(((((((((.(((.....)))............(((((.(((((((.(((.(((((((..(((((((((((((((((..((..(((........)))..))..))))))))))).(((((((((((..(((((((.(((......))).((((((((.((..(((((((..(((..((((.......(((((((.(((........))))))))))....((((((......(((.((((((.((((((.((((.........)))))))))).(((.((((((((.(..(..(((...(((.(((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))...((((....))))..)))...)))..)..)))))))))..(((....)))....((((......))))...))).)))))).)))..........)))))).((((.((..(((((((((.........)))))))))..))...(((....))).))))......)))))))..))))...)))...)).))))))))..)))))))))))))))))).......))))))..))).)))))))...))))))))))))..))))...))))).)))))))))........((((....))))....))))))..))))))).(((((((((((((((.((((((((...(((..(((((((((.......))).))))))..)))........(((((((((.((((..(((((..((((((...))))))...)))))..)))))))..(((((((.......)))))))....)))))).......(((((((((((..((..(((((((((.(((((....)).))).(((.((((((((..((((.......((((((((....)).))))))...)).))..)))))))))))...)))))..))))..)).))))))))))).))))).(((.....((((.((((((((.......)))))))).))))..)))..)))...))))).))))))))))..(((((.((...((..((((((..(((...((....)).(((((((((((.....)))))))))))............)))..))))))..)))).)))))...))))))...)))))..(((((....)))))...)))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
|
|
UACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUGCAAGUAUGAACUAAUUCGAACUGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUAGUUUGUUUGAUGGUACGUGCUACUCGGAUAACCGUAGUAAUUCUAGAGCUAAUACGUGCAACAAACCCCGACUUCCGGGAGGGGCGCAUUUAUUAGAUAAAAGGCUGACGCGGGCUCCGCCCGCUGAUCCGAUGAUUCAUGAUAACUCGACGGAUCGCACGGCCCUCGUGCCGGCGACGCAUCAUUCAAAUUUCUGCCCUAUCAACUUUCGAUGGUAGGAUAGGGGCCUACCAUGGUGGUGACGGGUGACGGAGAAUUAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCUGACACGGGGAGGUAGUGACAAUAAAUAACAAUACCGGGCGCUUUAGUGUCUGGUAAUUGGAAUGAGUACAAUCUAAAUCCCUUAACGAGGAUCCAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUUAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGACCUUGGGCGCGGCCGGGCCGGUCCGCCUCACGGCAGGCACCGACCUGCUCGACCCUUCUGCCGGCGAUGCGCUCCUGGCCUUAACUGGCCGGGUUCGUGCCUCCGGCGCCGUUACUUUGAAGAAAUUAGAGUGCUCAAAGCAAGCCAUCGCUCUGGAUACAUUAGCAUGGGAUAACAUCAUAGGAUUCCGGUCCUAUUGUGUUGGCCUUCGGGAUCGGAGUAAUGAUUAAUAGGGACAGUCGGGGGCAUUCGUAUUUCAUAGUCAGAGGUGAAAUUCUUGGAUUUAUGAAAGACGAACAACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUGGGGGCUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCCUAGUCUCAACCAUAAACGAUGCCGACCAGGGAUCGGCGGAUGUUGCUUAUAGGACUCCGCCGGCACCUUAUGAGAAAUCAAAGUCUUUGGGUUCCGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGCGUGGGGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUUACCAGGUCCAGACAUAGCAAGGAUUGACAGACUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGCGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAACGAGACCUCAGCCUGCUAACUAGCUAUGCGGAGCCAUCCCUCCGCAGCUAGCUUCUUAGAGGGACUAUGGCCGUUUAGGCCACGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCGCACGCGCGCUACACUGAUGUAUCCAACGAGUAUAUAGCCUGGUCCGACAGGCCCGGGUAAUCUUGGGAAAUUUCAUCGUGAUGGGGAUAGAUCAUUGCAAUUGUUGGUCUUCAACGAGGAAUGCCUAGUAAGCGCGAGUCAUCAGCUCGCGUUGACUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAAUGGUCCGGUGAAGUGUUCGGAUCGCGGCGACGGGGGCGGUUCGCCGCCCCCGACGUCGCGAGAAGUCCAUUGAACCUUAUCAUUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...[[[.))))).(((.(((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....((...........))...)))))......(((......((((..((..((....(((............((((....(((((((.....))))))).....))))......(((((..((...))..)))))....((((((........((((..((((((...)))))).....))))......)))))).........((((.((((......))))))))....)))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((((((....)))))))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....{{{{.....{{.)))}}.......}}}})))))).))))))))))..........(((((...<.((((...((((......(((((((((.((((((((.((((....))))...)))))))))))))))))....(((((...((((..(((((((......)))))))..))))...))))).............................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))..))))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<.(((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...<<..))>>...>>>....>>>>))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..((((.((((((((....))))))))...))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))..)).))))))))))...(((((((.....(((.......((..((((....))))..))....)))......)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......((((((.(((....((((..(((((((((...((((((((((..((((((((.(((....)))....(((((((((..((((..((((...))))....))))))))))))).......))))))))...........((((..(((((((....((((((.((((......((((..((...))..)))).)))).))))))......((((...(((((((((.((((..(((((((.((((..((((..((((..((..(....)..))..(((((((((....(((..((...(((..(((((..(((((((((((((((((.......))))))))..((((...(((((((((......(((((.((((((((((...((((((........)))).))...)))..))))....((((((((((....................(((((..(((.........((..(((((((((((((....))))))))).))))..)).........)))..)))))...(((((.((((.....((((.((.((((((((.((....))))))...)))))).(((((((..........)))))))..........)))).....))))))))).)))))..((((((.(.(((.....)))).))).))).)))))))))))))...(((((.(..(((..(((((((......)))))))..)))..).))))).)))))))))..............(((.....))).))))..(((((((................((((((.(((((((....))))))).)))))).((....)).)))))))..((((((((..(((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))..))))))))....))))))))))))))..)))...))...)))...((((((....((((......((((.((.....)).))))......))))....))))))..)))))))))....))))..)))).)))).))))))).)))).)))))....))))..))))..........)))))))))))..((((.((((.....)))).))))..))))))))))((((......(((....)))....)))).))))).)))).....)))).((((.((((.((......))))))..(((((((((((((.(((......(((((((..(.((.....((((.(((.....((....))))).))))....)))..)))))))....(((((((......))))))).............((((((..(((((.....)))))..........(((((.(((((.((.((((.(((((...........))))))))).))....((.((((.(((((..((((......((((((.((....)).))))))...))))........(((....))).))))).)))).))....))))).(((((...))))).)))))(((.(((((((((.....))))))))).)))..)))))))))...))))).))))))))....(((((.((..(((((((((..(((..((((......((((((((.(((((((((....))))))))).))))))))......))))..)))..))))))))).)).))))).)))).......))).((((((((....)))))))).)))))).)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................((((......))))......................................((((((((.......)))))))).............................................((((........))))........................................(((((...)))))......................((((((((((....)))))))))).......................................(((((((...................................)))))))...................................................................................................................................................................................................................................(((((((((((...............)))))))))))................((((((((((.((((((((((((((.....................)))))))))))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((.......((((.........))))....)))))))......................((((((((...............)))))))).......(((....)))................................................................................))))))))))......................................................................................................................................................((((((..........((((((((((((......)))))))..)))))..............(((((.....))))).......))))))....................................................(((((.................(((((((((....)))))))))...............)))))..........((((((..........))))))...............((((((((((((((.....))))))))))))))...............................((((((((..(((((((((..........................................................................))))))))).))))))))..............((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).................................................................................................................(((((..........)))))...................((.....(((((...........)))))))...................................................................((((..(((......))).))))..................................((((((((.......))))))))...................((((....))))....(((((..((.((((........)))).))...)))..))....................((((....((((...))))..))))..............(((((((((((((....)))))))))).)))....................................((((((...................................)))))).....................................................................................................................(((((((......)))))))............................................................................................((((((((...................))))))))....(((((...................(((((.((((((((.....................)))))))).))))).......(((((((((.......)))))))))..)))))........................((((.........))))............................(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((((.(((.((((..((((((((((((......)))))))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).................................................((..((((((((....(((.......((((((((....))))))))....))).....)))))))).))..(((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......)))))....................(...((((((((...(((((((((((((((((((..(...((((((((((((((((........))))))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..))))))))....)..........(((.(((((....))))).)))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))....(((((((.((...............)).)))))))...(...(((....)))...)...............................................(((((((...(((((((.((....)).))))..)))....)))))))......((((.......)....))).........................((((((...)))))).((((((.(((...........))).)))))).......................................................((((((((.......))))))))......((((((((((((...............((((((((.((.((((........)))).)).).)))..))))........................(((((.....(((((..(((.............(((((((((((((....)))))))))).))).............)))..))))).....)))))........(((((.(((.((((((.((.((((((.....(((((.((((((.(((.....(((............)))......))).)))))).)).)))))))))((((....)))).......)).))))))))).))))).........(((((.(.((((..(((((((......)))))))..)))).).))))).)))))....................................((((((((((((((((....((.((((((.(((((((....))))))).)))))).))................((((((((.((((((..........(((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))(((.....))))))))).))))))))..............(((((((((((((.........))..............................(((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...............)))))))))))....................((((((...........................(((.....)))(((((((.................................)))))))..............(((.(((((.....(((((.........(((.(((((((........))))))).))).....))))).....)))))..)))....................))))))(.((((..((((((((((((......)))))))..)))))..)))).)......(((((.....)))))..................(((....)))...................(((((....)))))...))))))))))))..)))).....((((((.((....)).))))))..............(..((((..(((((((..................))))))))))).)......((((.(((((((((.....))))))))).)))).......................))))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((((((....))))))))).))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))..............((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))...............(((((((((...((((((((((((......................................(((..............((((((..(((((...((((((((..........))))...........((((((.((((......(((((.....)))).)....)))).)))))).............((((((...))))))(((((((.(((...........))).)))))))))))(((........)))....)))))..))))))....((......(((..(.((((((((.......)))))))).).)))....))...((((((((....))))...)))))))..(.((((........)))).))))))......(((((..((((.((((...(.(((...(((.......))).))))(((((((.......((((((((((((......))))))))).))).................((((........))))(.(((((((.......((((.....((....)).......))))))))))).)............))))))).........(((.((((..((...(.(((..(((....((((..........)))).....)))..))..).)..))..)))).)))...)))).))))))))).....((((((........))))))..................((((((((...............))))))))........)))))).......(((((....(((((((((...(.......)...)))))))))...................(((((...(((.(((.((((((........))))))(((((((.((.(((((((.....(((.(((....))).))).........))))))).))))))))).....((((((....(...((((.........))))...).)))))).....)))))))))))..(((.((((((((...............))))))))..)))))))).....)...)))))))))((((.(((.......((((....))))....)))...)))).(((((.(((((((..((((((....((((((((((..........(((.....))).......((((((....(((.......((((((((((((.((..(((((.........(((.(((((((........))))))).))).....)))))..)).))))).)))).)))))).......((.((.((((........((((((..((((((......)))))))))))).......(((((.....(((((((...(((............)))...))).)))...)....)))))........(((((((....))))).)))))).)).))..............))))))))).))))))).......))))).....(((.((((.........((((((..........))))))...)))).)))..(.(((..((((((((.......))))))))..))).))...)))))))))).))....(..((...(((((.....(((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((((((....))))))))).))))))))...)..))))..)))..)))))))))....)))))....))...)((.(((((((((((....))))))))))...).)). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))....(((((((.((.((.........)).)).)))))))..(((.((((....)))).)))((..(((((.................)))))))..((((((.....(((((((.(((((((((.((....)).))))..))).)).)))))))))))))(((((.....)....)))).........................((((((...))))))(((((((.(((...........))).)))))))(.((((......)))))........(((((.(((((((..((..((.(((..(.((((((((.......)))))))).).))))).))(((((((......(((((....((((((((.((.((((........)))).)).).)))..)))).....................((.(((((.....(((((..(((.....(...((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))...).....)))..))))).....))))).....)).(((((.(((.((((((.((.((((((.....(((((.((((((.(((....(((((.(.......)))))).....))).)))))).)).)))))))))(((((()))))).(....))).))))))))).))))).)))))..((((((.(.((((..(((((((......)))))))..)))).).))))))))))))).....))))))).)))))(.........).....((((((((((((((((...(((.((((((.(((((((....))))))).)))))).)))..(....).......((((((((.((((((.((...(((.(((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).))))).((.(((....))).)))))..)).)))))).))))))))...((....))..((((((((((((((.........)))....(((..................))).(((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....)).....))))))))))).............((....))((((.............((((((........(((.....)))(((((((.............(((.....))).........)))))))............(((((((((((.((..(((((..((.....(((.(((((((.((())).))))))).)))..)).)))))..)).))))).))))))))))))............))))(((.((((..((((((((((((......)))))))..)))))..)))).))).((.(((((.....))))).))(((((((((((....((((()))))...).)))))))).))..((((((....))))).).))))))))))))..))))..((.((((((.((....)).)))))).))........(((((.((((..(((((((.((.((((()))).))).))))))))))))))))((.((((.(((((((((.....))))))))).)))).)).......................((.(.(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((((((....))))))))).))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))..).))........((((((((((....))))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................((((((........((((..........))))................((((..................................((((..((....))))))........))))...............(((((..(.....)..)))))...................((........................))......................((((.(((........)))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((....)))))))))..)))....................................((((((.......((((....................))))))))))................................................((((.(((.(((((((((((((......))).).)))))))))))).))))..............((.((((((((......))))))).)))...................................................................))))))..............(((((((((...................)))))))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(.(........).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))................((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............((((((....((((..((((..((((((......))))))....))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........))))............(((.(((((((.(.....).......(((.((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.((((((((......)))))))).))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................(((.....)))..(((((.(((.......((((..........))))........)))...)))))..................................(((((..((....))))))).................((((.....(((((..(.....)..))))))))).................................................................((((.((((......))))))))..................................((((((((.......))))))))...................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((....)))))))))).)))....................................((((((...................................))))))................................................(((.((((((((((((((((((......)).)).)))))))))))))))))...(((((.(...((((((((((((......))))))))))))..)..)))))......................(((((((.....(((....))).)))))))........................(((((((((...................)))))))))...........((((((...((((((((((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).))).........((((((((((.....)))))))))).........(.......((((((....(...((((.........))))...).))))))..........(((....(((..((((((((.((..........))))))))))..)))...((....))..........))).........(((.(((((....)))))..)))...........((((....(((((((((....(((..((((.................................)))).)))..(((((....(...(..............)...)......)))))..)))))))))....)))).)..............((((((...........................(((((((((.((((..(((((.((((((......))))))..).))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))......))))))...)))))))))...))))))................(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))...................((.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((.(((((....))))).))).))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).))........((((.(((((....))))).))))........ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..((((..(((((((((...((((((((((..((((((((.(((....)))....((((((((((..(((..((((...))))....))))))))))))).......))))))))(((((((....))).))))....(((..((((((.((((......((((...........)))).)))).))))))........)))..(((((((((((..(((((((((.(((...........))).)))))).....(((((.(((((((((...................(((((..(((((((((((((((((.......))))))))((((((...(((((((((......(((((.((((((((((.....((((........))))......)))..))))((((.(((((...........((((((((.....(((((..(((.............(((((((((((((....))))))))).)))).............)))..))))).....))))....)))).......))))).)))).(((((((((........((((.(((((((..........))))))).))))......((((...........)))))))))).....((((..(((....)))....))))...)))))))))))...(((((....((((.(((((((......)))))))...))))..))))).)))))))))..............((((...)))).))))))(((((((...(((....)))...((((((.(((((((....))))))).))))))..........)))))))..((((((((..(((((......(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))..))))))))....))))))))))))))(((....))).........((((((....((((......((((...........))))......))))....))))))..)))))))))....(((....)))..(((....((((((.....((((.(((((....)))))..))))...)))))))))...))))).......))))))))))))))))))))))))((((......(((....)))....)))).))))).)))).....))))(((..(((((....)))))...)))((((((((((......((((((((...(((..(((((.((((.....))))..)))))..))))))))...[[[[.)))......((((((..((((((......)))))))))))).......]]]].....(((((.....)))))(((((((((((((.....(((.[[[))).....)))))))).)))))(((((....))))).....]]]...(((((....(((...(((((...[[[)))))....)))...)))))........]]]....((((((((((((..........)))))).....[[[[......((((.(((((((((.....))))))))).)))).))))))..]]]]......))))))))))..(((((.....(((((((((..(((..(((((((...((((((((.(((((((((....))))))))).)))))))))))...))))..)))..)))))))))....)))))............((((((((((((....))))))))..)))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((((((((..((.(((...((.(((..(((..(((((((((.(((....)))((((((.((((...(((((((((..((((..((((...))))....))))))))))))).....)))).))))))..........((((..(((((((.(((((((((.((((......((((..((...))..)))).)))).))))))......(((((..((((((...)))))).((((((.(((...........))).))))))...))))).(((.(((.(((((.(((.((((...((((.(((((..(((((((((.(((((((.......))))))).((((((...(((((((((......(((((.(((.((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..........(((((.....(((((..(((.........((..(((((((((((((....))))))))).))))..)).........)))..))))).....)))))..........))..))))).))))....((((((.....(((((.((((((.(((....(((((.(((...)))))))).....))).)))))).).))))))))))((((.(((((((((....))).)).)))).)))).))))))))...(((((....((((.(((((((......)))))))...))))..))))).)))))))))..............((((...)))).)))))).(((((.....(((.....(((.((((((.(((((((....))))))).)))))).)))....))))))))...((((((((.((((((.((...((((.((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))).....(((....)))..))))...)))))))).))))))))....))))))))))))))..)))).............((((((....((((.((...((((.((.....)).))))....))))))....)))))).((.((((.((((...((((........)))).)))).)))).))))))))))))))..))))))..)))...)))))))))))..((((.((((.....)))).))))..))))))))))))..))))).(((.............))).))))).)).))))))))).((((..(((.((......))))).(((((((((((((((.(((........((((((((.((((...((((.(((.............))).)))).)).)))))))))).((((((((((((......)))))))..)))))......((((((...((((.....)))).(((((((((((((((...(((....)))..)).)))))))).)))))(((((....))))).((.((((.(((((.((((.......((((((.((....)).))))))......(((....))).)))).....))))).)))).))....(((((.....))))).((....))((((.(((((((((.....))))))))).)))).)))))))))...))))).))))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((......((((((((.(((((((((....))))))))).))))))))......))))..)))..))))))))).)).))))).))))......)))).((((((((....)))))))).......... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(({{.........))......................(((((((((..((((((((...................((...........................)).................))))))))..(((((....))).))...........((((((.((((.......((((.....))))......)))).)))))).............(((((((((((.....((((((.(((...........))).)))))).....(((((.(((((((((...................(((((..(((((((((((((((((.......))))))))(((((.....((((((((......(((((.((.(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((......((..bbbbb.....bbbbb))(((.............(((((((((((((....)))))))))).))).............)))..BBBBB.....BBBBB..........))..))))).))))....((((((......((.(([[[[(((aaa......aa...)))......AA.......AAA.))]]]]....)).))))))..((.((((..(((....)))....)))).))....)))))))...(((((...((((..(((((((......)))))))..))))...))))).))))))))............................))))).((((..................((((((.(((((((....))))))).)))))).((....))...))))...((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.(((......)))...)).)))))))).)))))....(((....)))..))))...)))))))).))))))))....))))))))))))))...................((((((....((((........((dddd.......))DDDD....))))....))))))..)))))))))....(((....))).........((((((..........(((((....))))).........))))))......)))))..........)))))))))))))))))))).....................}}.....................................................(((((((((((((.(((..........................................................(((.((((..((((((((((((......)))))))..)))))..)))).)))....(((((.....)))))..........................((...((((...........))))ee))..EE.............................(((((..<<..))>>cccc))).....CCCC..........(((((((.......)))))))...........................((((.(((((((((.....))))))))).)))).......)))...))))).))))))))....(((((.((...((((((((..(((..((((......((((((((.(((((((((....))))))))).))))))))......))))..)))..))))))))..)).)))))...............(((((((((....)))))))))......... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.(((((((((((..((((.((((((((((((...)))).......((((.(((..(((((((......)))))))..))..))))..).(((((.....(((((.((.....)).)))))......((((((..((....))))))))......)))))......(((.....(((((..((...))..))))))))..(((((........((((..(((..(...))..)).....))))......)))))..........((((..(((......))).))))..................((((..((((((....((((((((((...)))))))))))))..))).))))......((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((....)))))))))).)))..)).................((.................)).))..))))).)))..))).))))))...............))))))))))))...(((((((.............(.....(......(.((((((.((((((((((((((....))).)).))))))))))))).)))...(((((((...((((((((((((......)))))))).))))..)))))))).....)................((((((.((((......)))).))))))......(((((...(((((((((((((....)))))))))))))....................((((((((.((((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))).))))))))...((....))..(..(((((....)))))......)....................)))))..(((((((..((((((((.((((......))))))))))))..)))...((....))..))))...............((((.(((((....)))))..)))).....................((((.....))))............................((....))...........................((((((((((((....))))))))).)...((((((((((((.((((((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))).(.((((((.((.((((..(((((((((((((....))))))))..)))))..))))).)..((((((((.....))))))))....)))))))............(((..((((..(((...))))))).)))........(((.((((((((..((((((.....((((.((((....)))).)))).).)))))...)))))))))))..((((((.(((((.((....)).)))))..(..(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))).....)))))))))...))))).))))))).))..(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((.(((((((......)))))))).))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).....))))))))))..(((((((....))))))).)))))))).) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((...((((.((((..((((((((.....(((((((((..((....))..(((((.((((...(((((((((..((((..((((...))))....))))))))))))).....)))).))))).((((((....))).)))((((((.(((((((((.((((......((((..((...))..)))).)))).))))))......(((((..((((((...)))))).((((((.(((...........))).))))))...))))).(((.(((.(((((.(((.((((.....((.(((((..(((((((((.(((((((.......)))))))..(((((....((((((((......(((((.(((.((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..........(((((.....(((((..(((.........((..(((((((((((((....)))))))))).)))..)).........)))..))))).....)))))..........))..))))).))))....((((((.....(((((((.(((((((..........))))))).((((....))))...))))))).......))))))((((.(((((((((....))).)).)))).)))).))))))))...(((((....(((..(((((((......)))))))..)))....))))).))))))))...............((((...)))).)))))..(((((....)........(((..(((((.(((((((....))))))).)))))..)))..(....)))))...((((((((.((((((.((...((((.((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))).....(((....)))..))))...)))))))).))))))))....))))))))))))))..))...............((((((....((((.((...((((.((.....)).))))....))))))....)))))).((.((((.((((...((((........)))).)))).)))).))))))))))))))..))))))..)))...)))))).......((((.((((.....)))).))))..))))))))).............(.............)...)))).)))).....))))..)))).(((.((......))))).(((((((((((((((.(((.......(((((((((.((.....((((.(((.............))).))))....))))))))))).(((((((((((......)))))))..))))........(((((..(((((.....)))))(((((((((((((((...(((....)))..))).))))))).)))))(((((....))))).((.((((.(((((............((((((.((....)).))))))......(........)..........))))).)))).))....(((((.....)))))..(....).((((.(((((((((.....))))))))).)))).))))).)))...))))).))))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((......((((((((.(((((((((....))))))))).))))))))......))))..)))..))))))))).)).)))))................((((((((....)))))))).))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.........)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((............(((.......(((.....)))...).....)).((.....((((((((.....))))))))))(.((((((((......((((......................))))...)).)))))).).....(.((((...((......))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((..........(.........(...(.(.(.....)....(...).).)).)..((....))...........(.(((.(((((......)))))..))))..............((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........((((((((((.................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))(((.((((((....(..(((.(......((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((......))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))....).((((..((.....)))))))).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((..........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((...(((........(((((((((.((..........((...........))...)))))..))))))........(((.....(((....((((......((((((..((....))))))))........((........)).....((((((.........))))))..((((((((((......((((......................))))...)).)))))))).....(.((((...((......))..)))))..))))....)))..))).((.....(((....((((((((.......)))))))))))......((((..((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))..))))......))(.((....)))...((((((...(((((...))))).))))))..(.........(((((((((((((....)))))))))).)))....).((.................))))).....((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((((......((.((((..(((..((..((((.....((((.(((.....))...........)..).)))))))(....)..............((((.((((......))))..)))))).....(.....)....(((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..............(((((((((((...............))))))))))).((((.......(((((......(((((((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))))))))......))))..(((((((.......((((.........))))....)))))))......))..(((.((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..))).....))).)))(((.((((..((((....))))...))))...........((((((((((((((.....))))(((.((((((..........((.....))(....).......((((((((((((....((......(..........)..))......)))))......((.((((((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..))))))))...(((((((((.((((..(((((.(.((.......)).)......)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).........)))....))))))........))))))))).)))).))).(((.(((((((.....(((.......((((((((....))))))))....)))......))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((..........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.........)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((............(((....)..(((.....))).........)).((.....((((((((.....))))))))))(.((((((((......((((......................))))...)).)))))).).....(.((((...((......))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........((.........(...(.(.(.....)....(...).).)).)).(......)...........(.(((.(((((......)))))..))))..............((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........((((((((((.................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((..............((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))....(((((.(((.((((..(((((((((...((......))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))........))))))))..((((..((.....)))))))).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((..........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((...(((........(((((((((.......((....((...........))...)))))..))))))........(((.....((((...((((.......(((((..((....))))))).........((........)).....((((((.........))))))..(.((((((((......((((......................))))...)).)))))).).....(.((((...((......))..)))))..))))...))))..))).((.....(((....((((((((.......)))))))))))......((((..((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))..))))......))(.((....)))...((((((...(((((...))))).))))))..(.........(((((((((((((....))))))))).))))....).((.................))))).....((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((((......((.((((.((((......((((.....((((.((..................))..).)))))))......(.............((((.((((......))))..)))).......)..........(((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..............(((((((((((...............)))))))))))..(((.......(((((......(((((((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))))).)))).....))))..(((((((.......((((.........))))....)))))))......))..(((.((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..))).....))).))).(((((((..((((....))))...))))...........((((((((((((((.....))))(((.((((((.......(...).....(((....)...))..((((((((((((............(((..(((......)))..))))))))......((.((((.(((((((...(((((..((....))..))(((......)))..))))))))((((((((.(((.((((..(((((...((.......))........)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..........))))).))))))........))))))))).)))).))).(((.(((((((.....(((.......((((((((....))))))))....)))......))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((..........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...[[[[[[[..((((.((((..(((((((((...((((((((((...........((((((.((((...(((((((((..((((..((((...))))....))))))))))))).....)))).))))))((((((....))).)))((((((.(((((((((.((((......((((...........)))).)))).))))))......(((((..((((((...))))))(((((((.(((((......)).))).)))))))..))))).(((.(((.(((((.(((.((((...((((.(((((..(((((((((((((((((.......))))))))((((((...((((((((((((...(((((.((((((((((...((((((.(.....))))).))...)))..))))((((.(((((...........((((((((.....(((((..(((.............(((((((((((((....)))))))))).))).............)))..))))).....)))))....))).......))))).))))....((((((.(((.(((((((.(((((((..........))))))).((((....))))...)))))))..)))..))))))((((.(((((((((....))).)).)))).)))).)))))))))))(((((....(((..(((((((......)))))))..)))....))))).)))))))))(((.....)))...((((...)))).))))))(((...........)))......((((((.(((((((....))))))).))))))...................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.(((((...).)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))...)))))))).))))))))....))))))))))))))..)))).............((((((....((((.((...((((...........))))....))))))....))))))....((((.((((.(.((((........))))))))).))))...))))))))))))..))))))..)))...)))))).......((((.((((.....)))).))))..)))))))))).............................))))).)))).....))))..))))((((.((......))))))(((((((((((((((.(((.......(((((((((.((((...((((.(((.............))).)))).)).)))))))))))((((((((((((......)))))))..)))))......((((((..(((((.....)))))(((((((((((((((.(.(((....))).)))).))))))).)))))(((((....)))))....((((.(((((...(((.((...((((((..........)))))).)))))....................))))).))))......(((((((...)))))))........((((.(((((((((.....))))))))).)))).)))))))))...))))).))))))))))..(((((.....(((((((((..(((..(((((((...((((((((.(((((((((....))))))))).)))))))))))...))))..)))..)))))))))....)))))...........)))).((((((((....))))))))]]]]]]]... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))((((.((((((((((((((........(((((((........)))).....................(((((((((((((...............(((.....))).......(((((..((....))))))).......))))......((((.....(((((...........)))))))))((((((...............(((...)))..........(((....))))))))).........((((...((......))..)))).....)))))...(((((..(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))....(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))..)))))))))..)))......((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((....))))))))).))))...)))).))))........................(((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))..))))))))))...(((((((.(((((.....(((....)))...................................................................................................................................((((((......(((....)))..)))))).)))))..(((..........(((((...............(((((((...............(((((((..((((((......((((..(((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))......(((....)))..)))).....))))))..)))))))...((....))....))))))).((((.........))))...))))).............(((....(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........))))))(((.((.((((((((....))))....................(((((((..(((.....(((.(((.((((((.................((.........))..((((((((((..(((((.....((((((..........(((((.(((...(..((((.(....).))))..)...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))))))(((((((((.((((..(((((......................)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))........))))))......))))).)))).)))))))).)))).))).))).(((((((.....(((.......((..((((....))))..))....)))......))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).)).((.(((((.......))))).))......)))))))))))))))))...)).)))(.(..((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((....((((........))))....))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).))))...).))))))))..((((.(((((....))))).))))........ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((..(((((((((((((((((((((.((.((.........)).)).)))))))..(((.((((....)))).))).....)))))...))))...........(((((.(((((..(..(((((((((.(((((((....))).))))......(((((((((.((((..(...(((((.....)))).).)..)))).)))))).....((((...((((((((((((((((.((((((.(((...........))).))))))))...((((..(((((((((....(((..((...(((..(((((..(((((((((..(((....(..(((((..(((((.(((((..(((((((((......(((((.(((.((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((......(((((((((.....(((((..(((.........((..(((((((((((((....))))))))).))))..)).........)))..))))).....)))))....))).).))..))))).))))....((((((.(...(((((((.(((((((..........))))))).((((....))))...))))))).....).))))))((((.(((((((((....))).)).)))).)))).))))))))...(((((.(..(((..(((((((......)))))))..)))..).))))).)))))))))........((((((((((.......)))....)))))))...))))).)))))...(((((.(((((((....))))))).))))))))))..)..))).......((((((((..(((((..(...((((.((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))).....(((....)))..))))..)..)))))..))))))))....))))))))))))))..)))...))...)))...((((((....((((......((((.((.....)).))))......))))....))))))..)))))))))....(((....)))...(((.(.((((((.....((((..((((....))))...))))...)))))).).))).)))).......)).)))))))))))))))).......)))..)))).(....).))))).)..)))))))))).)))))..)).((((.((((.((......))))))(((((((((((((((.(((......(((((((..(.((.....((((.(((.....((....))))).))))....)))..)))))))(((((((((((......)))))))..)))).......((((((..(((((.....)))))(((((((((((((((...(((....)))..)).)))))))).))))).((((....)))).....((((.(((((.((((.......(((((......)))))(((((....))))).........)))).....))))).))))..(((.((((((.....))))))....))).((((.(((((((((.....))))))))).)))).)))))))))...))))).))))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((((((....))))))))).))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).))))......))))(((((((((....)))))))))......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((...(((((...((.((((..((((.((((....((((.((((.((((.((.....(....((...........)).).))))))...)))).........)))).((((((....((........(((...(((....))).)))...))..))))))....(((.......((((...........))))..)))((((((.((.......((......................))...))...)))))).....((..((((.((((......))))))))......((((.....((((.(((....(((.....(((((((.......))))))).)))......)))...))))......)))).))..(((...((.((((((........)))).))...))...)))))))))))(((((....((((((...(((((...))))).))))))..((.....(((...((((((((((....)))))))))).)))...))....((......((.((((...(.(...)...)..))))...)).)))))))((.(((((((((.((.((.((((......(((...((.(((((....(((((.....(((((.(((.((.......(..(.........(....................).....)..)...))........(..........(.((((......))))..)................)...))).))).....(((..(((((...(...(((....))).....).....)))))....))).....(...(((.((((.(((......)))........))).)))).)(((((((...(((((.(....(((((((((.(((((((.((((((......)))).))...))))))).)))))....(((....)))..)))).)...)))))...)))))))(((..((......((.(.(((....))).).....)).))....)))..((((((..(...(((.((.(((..((((((((...............))))))))..)))..............)).....)))...).......)))))).))..))))).)))))...)).....)))...)))).......)).))...))).))))))...))))))...)).)))))......)))))))((.(((...((.((((((...(((...((....)).))).))))))(((((((((((((((.((((((((...((((((((((.((((.....))))..))))))))))))))).(.(((((((((.((((..(((((......................)))))..)))))))(.((.((..(.....)..)).))...)))))))...)....(((.((((..((((...........))))...)))).))).(((.((((.(......(((.......(((.(.((....))..))))....))).......).)))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).)))))))))).))((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((...(.((((......)))).)...))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).))))...))).......))((((((((((....))))))))))........ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((..((..........(((((((((...((((((((((.........................(((((((((..((((..((((...))))....)))))))))))))...............(((((((....))).)))).........((((((..(((..........................)))..)))))).............(((((((((((((...((((((.(((...........))).)))))).....((((..(((((((((.....((............((((...(((((((((.(((((((.......))))))).((((((....((((((((......(((((.(((.((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..........(((((.....(((((..(((.........((..(((((((((((((....)))))))))).)))..)).........)))..))))).....)))))..........))..))))).))))....((((((.....((((((..(((((((..........)))))))..((......)).....)))))).......)))))).(((.(((((((((....))).)).)))).)))..))))))))...(((((.(..(((..(((((((......)))))))..)))..).))))).))))))))...............(((.....))).))))))((((((.................((((((.(((((((....))))))).)))))).((....))..))))))..((((((((..(((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))..))))))))....))))))))).)))).............))....((((((....(((.......((((.((.....)).)))).......)))....))))))..)))))))))....(((....))).........((((((......((...((((....))))....))....)))))).......)))).......)).)))))))))))))))))))))((((......(((....)))....)))).))))).))))..........((((....................(((((((((((((((.....((((((.(((((.(((.(((..(((..(((.....................(((((.....((((..((((((((((((......)))))))..)))))..)))).....(..(((((.....)))))..).....)))))........................((.....))...............................((((......((((((.((....)).))))))...)))).........................)))...)))....))).)))))))).))))))...((((.(((((((((.....))))))))).)))).............))))).))))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((((((....))))))))).))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).)))).......))..((((((((....)))))))).))))))... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((..((((.((((..(((((((((...((((((((((..((((((((.(((....)))....(((((((((..((((..((((...))))....))))))))))))).......))))))))...........((((..(((((((....((((((..(((......((((..(.....)..)))).)))..))))))......((((...(((((((((.((((..(((((((.((((..((((..((((..((..(....)..))..(((((((((....(((..((...(((..(((((..(((((((((.(((((((.......))))))).((((((....((((.(((((.........(((.(((((((...((((((........)))).))...)))..))))(((((.(((............((((((((.....(((((..(((.........((..(((((((((((((....))))))))).))))..)).........)))..))))).....)))))....))).(((((.(((.((((((..((((..((((......((((.(((((((..........))))))).)))).....)).))..))))..((.((((((.(((((...))))))))).)).))..))))))))).)))))...))).)))))..))).(((..(((((((......)))))))..)))..))))).))))..((((((((.....))))))))..........))))))(((((((................(((((..(((((((....)))))))..))))).((....)).)))))))..((((((((.(..(((..(...(((((((((.((((((((((..(((......)))..)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)).)..)))))))))....))))))))))))))..)))...))...)))...((((((....((((......((((.((.....)).))))......))))....))))))..)))))))))....))))..)))).)))).))))))).)))).)))))....))))..))))..........)))))))))))..((((.((((.....)))).))))..))))))))))((((.......((....)).....)))).))))).)))).....))))..)))).........(((((.....(((((((((((((((.(((......(((((((..(.((.....((((.(((.....((....))))).))))....)))..)))))))(((((((((((......)))))))..)))).......((((((...(((((((.(((((((((((((((((((((...(((....)))..)).)))))))).))))).((((....))))..((.((((.(((((..((((......((((((.((....)).))))))...))))........(((....))).))))).)))).)).......))))))..))))......))).(((.(((((((((.....))))))))).)))..)))))))))...))))).))))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((......((((((((.(((((((((....))))))))).))))))))......))))..)))..))))))))).)).))))).........)))))..((((((((....)))))))))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
UACCUGGUUGAUUCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUAAGCAAUUAUACAGCGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUCGUUUAUUUGAUAUUACCUUACUACAUGGAUAACCGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCAAAAAAUCCCGACUUCGGAAGGGAUGUGUUUAUUAGAUUAAAAACCAAUGCCCUCCGGGGCUCACUGGUGAUUCAUAAUAACCUCUCGAAUCGCACGGCCUUGCGCCGGCGAUGGUUCAUUCAAAUUUCUGCCCUAUCAACUUUCGACGGCUGGGUCUUGGCCAGCCAUGGUGACAACGGGUAACGGGGAGUUAGGGCUCGACUCCGGAGAAGGAGCCUGAGAAACGGCUACUACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCCGACACGGGGAGGUAGUGACAAUAAAUACUGAUACAGGGCUCUUUUGGGUCUUGUAAUUGGAAUGAGUACAAUUUAAAUCCCUUAACGAGGAACAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGAGGUUAAAAAGCUCGUAGUUGAACCUUGGGCCCGGCCCUCCGGUCCCCCUCACCGGGUGCACUGGCUCGGCCGGGCCUUUCCUUCUGGAGAACCGCAUGCCCUUCACUGGGCGUGCCGGGGAACCAGGACUUUUACUCUGAACAAAUUAGAUCGCUUAAAGAAGGCCUAUGCUCGAAUAGUCUAGCAUGGAAUAAUGGAAUAGGACGUGUGGUUCUAUUUUGUUGGUUUCUAGGACCGCCGUAAUGAUUAAUAGGGACAGUCGGGGGCAUCAGUAUUCAAUUGUCAGAGGUGAAAUUCUUGGAUUAAUUGAAGACUAACUACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGAUGUUUUCAUUAAUCAGGAACGAAAGUUAGGGGAUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCUUAACCAUAAACUAUGCCGAUUAGGGAUCGGACGGUGUUAUUUUUUGACCCGUUCGGCACCUUGCGAUAAAUCAAAAUGUUUGGGCUCCUGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGAAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUCACCAGGUCCAGACACGAUGAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUUCGUGGUUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGCUUAAUUGCGAUAACGAACGAGACCUUAACCUGCUAAAUAGCCCGCAUCGCUUUGGCGGUGCGCCGGCUUCUUAGAGGGACUAUCGGCUCAAGCCGAUGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCCGCACGCGCGCUACACUGACAGAGCCAGCGAGUACUCCCUUGGCCGGAAGGCCCGGGUAAUCUUGUUAAACUCUGUCGUGCUGGGGAUAGAGCAUUGCAAUUAUUGCUCUUCAACGAGGAAUUCCUAGUAAGCGCAAGUCAUCAGCUUGCGCUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGAAUGGCUCAGUGAGGCUUCCGGACUGGCCCAGGGAGGUCGGCAACGCCAACCCAGGGCCGGAAAGCUAUCCAAACUCGGUCAUUUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUCUCCGUUGGUGAACCAGCGGAGGGAUCAUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...{{{.))))).(((.(((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....((.........))...)))))......(((......((((..((..((....(((.............((((....(((((((.....))))))).....))))......(((((..(....)..)))))....((((((........((((..((((....))))....))))......)))))).........((((.((((.....))))))))....)))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((((((....)))))))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....<<<<.....<<.)))>>.......>>>>)))))).))))))))))..........(((((...[.((((...(((.......((((((((((..(((((.(((......)))...)))))...))))))))))....((((((....((((((((((......))))))).)))....))))))............................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[.(((..((((((((.((.........))))))))))..)))...[[..))]]...]]]....]]]]))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))))))..((((((((....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((.....((..((((....))))..))....)))......)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((.......)))))..(((...(((((.((((((((((..((...(((((((....((((((....))))))..............((((((...........(((((......))))).....(((((((..((....))))))))).....))))))..))))))).......(((....)))...(((((.((((......................(((((((((((((((((((((.............)))))))..((((.((((((.((((((((((.............(((((...((((((((((((..((((((((....(((((.((((..((((((.(((((((((..((.((..(((((((..(((((((........))).........(((((..((((.(((((..((..((((((...((((......))))))))))..((((.....(..(((((((((((....))))))))).))..)...................((((...))))....))))....))..))))).))))..((((..((((......(((..(((((((..........)))))))..))).....)).))..))))..)))))(((((((((..(((((.((((.....))).).)))))...)))))))))..)))))))))))..((((((((((......))))))).))).)).))..))))....))))).............((((.....))))...))))))....))).).)))))..(((..(((((((((.....)))))))))..)))....)))))))))))))..((((((((..(((((..(...((((..(((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))......(((....)))..))))..)..)))))..))))))))....))))))))))))(((((....))))).)).))))))))....((((((((..............(((..((((((((.((((.....))))))))))))..)))..((((...(((...((((((((..(((((..((((..((((....))))...........((((((((.(..((((.((((.....)))).)))).).).))))))).)))).....(((....))).)))))))))))))...)))..))))..((((..((((....))))..)))).)))))))).)))))).))))(((.(((((((((((((((((.((((.((......))))))..((((..........(((.((((..((((((((((((....))))))))..))))..)))).)))..(((((((....)))))))...((((((((((...(((....)))..)).)))))))))))).((((.....((((........(((((((..((((((....(((..((((....)))).)))....))))))...))))))).((((((((((((((((..........))))))..........)))))))))).))))..((.((((((....)))))).))......))))................)))))).)))))))))))..))).)))))).)).))))))(((((((.(((.((.((....))))..))).))))))).)))))))))...))..))).))).)))))))))................(((((((((....))))))))).)))...)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................((((((....)....)))))................................................................(((((.((((.....)))))))))................((((((.............((((((.......))))))...............................................((((........))))........................................(((((...)))))......................((((((((((....)))))))))).......................................(((((((...................................)))))))....................................................................................................................................................................................................................................(((((((((.............)))))))))........................))))))..((((((((((((.....................)))))))))))).........((((((((((.....)))))))))).................(((((((............................)))))))................(((((.((((((((..............))))))))..))))).....................................................................................................................................((((((((((..................................))))))))))...............................................................((((((..........((((((((((((....))))))))..))))...........((((((((....))))))))....)))))).....................................................((((((((.............((((((((....)))))))).............))))))))..........((((((..........))))))....................(((((((((.....)))))))))..............................................................(((((.....(((((((((((...(((((...)))))))))))))))).)))))...........................................((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................((((((((.................................))..)))))).................................................................................(((((..........))))).................................................................((((..(((.....))).))))..................................((((((((.......))))))))...................((((....))))......(((..((.((((........)))).))...)))........................((((....(((.....)))..))))..............(((.(((((((((....)))))))))..)))..........................................................................................................................................................................................................((((......))))............................................................................................((((.((((.....................))))))))............((((.....((((((((((((((((((((...(((........)))....)))))))))))))).....((....))(((.......))).........................(...........((((.........))))........)...................(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).................(((....(((((((((........................................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))..................................................(((((.(((.((((..((((((.((((.......))))..))))))..)))))))..((((((((....)))))))).....))))).................)))))).....))))..................((..((((((((............((((((((....))))))))............)))))))).))...((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))..........................(((((((....((((((((((((((((((..(...((((((((((((((((......))))))))))))))))...)..))))))))))))))))))...)))))))....................(((((....)))))............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))...........................((((.((.................................))...))))..................................................................((((((.((((.....(((((..(....)..))))))))).))))))........(((...(........).....))).....................(((((.((((.....)))))))))..........................((.....((((((((.......)))))))).))..............................(((((((..((.((((........)))).))...)))..))))((((.(((((........((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((....)))))))))).)))...............................................))))).)))).............................................................................................................................................((((((((......)))))))).........................................................................................(((.((((.....................)))))))...((((((((.((((((......(((.((((((((((((((((.((((......)))).)).))))))))))))))....(((....)))...))).....)))))).))))))))....................................................................(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).................(((....((((((((........................................................................................................))))))))....)))........................................................(((.((((..((((((((((((....)))))))..)))))..)))))))..((((((((....))))))))................................................................((((((((............((((((((....))))))))............))))))))......((((.((((((..........))))))................(((.(((((((((.....))))))))).)))...)))).........................(((((.((...(((((((((((((((((((..(...((((((((((((((((......))))))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..)).)))))...............(((.(((((....))))).)))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((.......((((((....))))))........)))..))))))..................................(((..(((((....)))))))).........((((((...((.....(((((..........)))))))...)))))).......((((..((((....))))....))))....................(((((.((((.....)))))))))..........................((((((...((((((.......))))))....................((((((.......))))))((((.((.((((........)))).)).).)))......(((.((.(((((.....(((((...((((......)))))))))................((((((((((....))))))))))........................................................))))).)).)))................(((((((..........)))))))(((((................))))).((((((((((..(((((..(((.....)))...)))))...)))))))))).....(((((....((((((((((......)))))))).))....)))))......................................(((((((.((....)).)))))))..((((((((((((((.....))))))))))))))...................((((((((...................(((.(((((((.((.(((........))).))..))))))).))).........((((((((((.....)))))))))))))))))).....)))))).....(((((....)))))..........(((((...........)))))............((((((((.(((.......)))))))))))..(((((((((....((.......)).(((((....)))))...))))))))).........................((((.((((.....)))).))))............................................(((((..................................)))))..........................................................................(((.((((..((((((((((((....))))))))..))))..)))).))).((((((((....))))))))................((....))....................................(((.(((((((..((((((....(((..((((....)))).)))....))))))...))))))))))...((((.((((((.((....)).))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....))))))))).......))))..........................((((.((...(((((((((.(((..((((......(((((((.(((.(((.(....))))..))).)))))))..))....))..))).)))))))))..)).))))...............((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).............(.(((((((.....(((.(((.((((...((((((....)))))).(((((((((.................))))).))))..((((((....(((......(((((....)))))....(((.((((((((.((((.......(((((..........)))))))))...)))).............((((....)))).....................)))).)))((((.((((.....)))))))).)))....)))))).....((((.....((.(....((((((.......))))))..(....).).)).....)))).............((..((((.((.((((........)))).)).).)))..))..)))))))))).).....(.(((...((((.....)))).)))).(((((((.((((((((((((((((((....)))))))))..(((....(((((.((.(......(((((((((......(((((((.......((((.....((....)).......)))))))))))..............))))))))).........................(((((((((..(((((.(.(((....))).).)))))...)))))))))......(((((....((((((((((......))))))).)))....)))))).)).)))))....)))..................((((((((((.((....)).)))).((((((((((((((((((.....)))))))))))))).)))))))).)).((.............)).............))))))))).).))))))((((((...((((..(((((((.((((((.....(.(((....))).)..(...)...))))))))))))).)))).....((((((....(...((((.........))))...).))))))(.....(((.......))))...(((((((.((((.....))))))))))).))))))................))))))...)..(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((..((....((((.(((.((((((.................(((....)))....(((((((((((((....((..((............))..))......)))))....(.((((..((((((((.(.(((.((((((....)))))).))).)(((((....................(((.((((..((.(((((((((....))))))...)))))..)))).))).((((((((....)))))))).........)))))))).)))...).))))))........)))))))))).)))).))).))))(((((((..((((((.....(((.((((....)))).)))....))))))...))))))).(((((((...((((((..........)))))).............)))))))((((((((.(....)))))))))......))...)))))))))).))....(..((.(..((((.((....((((((((.(((..(((((((.....(((((.(((..(.((....)).)..))).))))))).)))))......))).))))))))...)).))))...).))...)....(((((((((......)))))))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((..((...((((((....))))))...))...)))..))))))...........................(.....((((..(((((....)))))))))).......((((((.((((.....(((((..(....)..))))))))).)))))).......((((..((((....))))....))))...((.............))(((((.((((.....)))))))))(((...............(((((...(((((((((((((((.......))))))....................((((((.((()))))))))((((.((.((((........)))).)).).)))......(((.((.(((((.(..((((((...(((((...).))))))))))...........((((((((((((((....)))))))))).))))..................((((.................)))).......)))))).)).)))..((.....)).....(((((((..........)))))))(((((................))))).((((((((((..(((((.((((.....))).).)))))...))))))))))....((((((....((((((((((......)))))))).))....)))))).......((((.......))))..(((.......)))(((((((.((....)).)))))))((((((((((((((((.....))))))))))))))..))...........))..((((((((...................(((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).))).........((((((((((.....))))))))))))))))))....))))))))))))(((((....)))))....)))..((((((...........))))))...((.....))(((((((.((((.....)))))))))))(..(((((((((...((((.....))))(((((....)))))...)))))))))).............((((((.....((((.((((.....)))).)))).....))))))....................(((((...((((.(((((............((((((((()....))))))))))))).)))))))))......(((((...........(((.........))).............)))))...((((..(((.((((..((((((((((((....))))))))..))))..)))).))).((((((((....))))))))......)))).....((((()))))...((((...........))))(((....)))...(((.(((((((..((((((....(((..((((....)))).)))....))))))...))))))))))..((((((((((((.((....)).))))))...((.((((())))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))...................((.(..((((.((..((((((((((.(((..(((((.....(((((((.(((.(((.(....))))..))).))))))).)))....))..))).)))))))))).)).))))...).))........((((((((((....))))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................(((((.(((.......((((........))))........)))...)))))(...................................((((..((....))))))........)...........(......(((((..(....)..))))).).................((....................))......................((((.(((.......)))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))......(((.......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((....)))))))))..)))....................................((((((.......((((..(...........).....))))))))))................................................((((((.((((((((((((((......))).).))))).))))).))))))..............((((((((((......))))))).))).....................................................................................((((.(((((...................)))))))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(.(.......).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............((((((....((((..((((..((((((....))))))....))))..)))).....((((((((....))))))))....))))))..................((((...........)))).....))))))..(((.(((((((.(.....)....(((..((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......)))))).................)))(.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((.((....)))).))).))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................(((((((((.......(((((......)))))........)))..)))))).....................................((...((....)).))............((((((.((((.....(((((..(....)..))))))))).))))))........((....................))......................((((.((((.....))))))))..................((((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))))......((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..))))................((((((...(((((...))))).))))))............(((.((((((((......))))))))..)))...................................(((((((...................................)))))))...............................................((((((((((((((((((((........)).).))))).))))))))))))..................((((((......)))))).....................................(((((((.....(((....)))))))))).................(.(((((((.....))))))).).................................((((((...((((((((((((.((((((...(.((((......)))).)....)))))).))).........((((((((((.....)))))))))).................(((((((...(...((((.........))))...)))))))).................(((..((((((((.(.(.......).)))))))))..)))...((....))...........(((((.......(..(((((....)))))...).....)))))..((((....(((((((((.....(((((.....)))).................................)...(((((...(((..(..............)..))).....)))))..)))))))))....)))).........................((......))...........((((((((.(((.((((..((((((((((((....))))))))..))))..)))))))..((((((((....)))))))).....)))..........)))))..)))))))))...)))))).................(((.((((((((..(..((....(((..((((....)))).)))....))..)...)))))))))))..((((((((((((..........)))))).......((....)).....((((((((.......))))))))......))))))....................(.(..((((.((....(((((((..(((..((((..(...(((((((((.(.((.((....))))..).)))))))))...)..))))..)))..)))))))...)).))))...).).......((.(((.(((((....))))).)))...)).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).........((((((((...))).)))))..(((((((....((((((....)))))).(((....)))...((((((........((((((((......))))).......))).(((((....))))).........))))))..)))))))....(((((..[[[[[[[.)))))...((((......))))...........]]]]]]](((((((.(((........[[[[..))).(((((.((((.....)))))))))]]]]............(((((....[[[[[[[...((((((.......))))))...........)))))...]]]]]]]....((((..[[[[[[.....[[[[))))....]]]]......]]]..]]].((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))...........((((((((((((((....))))))))).)))))..(((((...)))))...(((((..(((.......))))))))...))))).))))..((((.((((.......(((..(((((((..........)))))))..))).......)))).))))..((((((((((((((..(((((..(((.....)))...)))))...))))))))).....[[[[[[......((((((((......)))))))))))))..]]]]]].......(((((.....)))))((((((....)))..[[[[[[[))).......]]]]]]](((((.............[[[[[[[[[..)))))......]]]]]]]]].....((((((((..(((((......((((..(((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))......(((....)))..)))).....)))))..))))))))..(((....)))....((((.[[[[[)))).............]]]]]..............((((.......((((((((.((((.....))))))))))))..[[[[[[[[[............))))(((((....)))))...]]]]]]]]]...........................((((((((((((((.(((((...)))))......)))).....(((....)))....(((((...[[[[[...)))))......(((((((....)))))))..]]]]].))))))))))..((((((((..((((((((((((((((((((...........))))).((((..........(((.((((..((((((((((((....))))))))..))))..)))).))).((((((((....))))))))..((((((((.....(((....))).....)))))))))))).(((((((....))).......(((((((..((((((....(((..((((....)))).)))....))))))...)))))))((((.((((((((((((..........))))))......(((....))).((((((((((((.....)))))))))...))))))))).......)))).....)))))))))).))))))))))))))))))))))))((((((((((((((((.(((................))).))))))).......)))......[[[[.......))))))................((((((((((....))))))))))]]]].... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......)))).(((.(((((((((((((...))).)))).)))..))).))).((((((....)))))).(((((((((..((((...))))....))))).))))..((((((....(((.((((((..((....))))))))..((.((((((((((.(((((.....((((..........))))))))).)))))).......((((..((((....))))....)))).............)))).)).((((.((((.....)))))))).)))....)))))).((.((((((...((((((...((((((.......)))))).((....)).((.....))))))))))))))..)).((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...((((......))))))))))....((..((.((((((((((((((....))))))))).))))).))..)).(((((....(((........)))..)))))....))..))))).))))..((((.(((((......((((.(((((((..........))))))).)))).....)).))).)))).(((((((((((((((..(((((.(((......)))...)))))...)))))))))(((((....))))).((((((((((......))))))).)))........((((((((((((((.....))))...((((.....))))(((((((.((....)).)))))))..((((((((((((((.....)))))))))))))).((((((((((((.(((..((((((((.((((((.((...((((..(((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))......(((....)))..))))...)))))))).))))))))...)))..((((.((((((((....))))).....((((((...((((...((((...))))((......))..(((((((.((((.....))))))))))).(((((((((((....((((...)))).(((((....)))))...))))))))).)).......))))...))))))....(((((((((.((((.(((((...)))).....).)))).....((((....)).)).(((((...........))))).((((((((((((....)))))))))).))...))))))))).(((((((((..(((((((((((((((.((((.((......))))))..((((..........(((.((((..((((((((((((....))))))))..))))..)))).))).((((((((....))))))))...(((((((((...(((....)))..)).))))))).)))).(((((((....)))...(((.(((((((..((((((....(((..((((....)))).)))....))))))...)))))))))).(((((((.(((((..........)))))....((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......)))))))...............)))))))))).)))))))))))))))).))....(((((((.....(((((.(((.((.((....))))..))).))))))).))))).))).)))))))))..))))))).))))))))))....))))))(((((((((....)))))))))))....... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).((.......................ddddddddd...))..((((((....))))))........DDD..DDDDDD..........................................((....))...............((((((...((.....(((((..........)))))))...)))))).......((((..((((....))))....))))....................(((((.((((.....)))))))))..................(((..............((((((.......))))))...........................))).........(((.....((((........))))......)))......((((.(((((cccc...(((((....((((...))))..)))))............((((((((((((((....)))))))))).))))..............................................))))).)))).......................(((((((..........)))))))...........................((((((((((..(((((..(((.....)))...)))))...)))))))))).....(((((....((((((((((......)))))))).))....)))))......................................(((((((..........)))))))...(((((((((((((.....)))))))))))))....................((((((((.((((((...bbb(((aaaa((.((((((((((................)).)))))))).)).......(((....)))aa.)))...AA)))))).))))))))................(((((....)))))............................................(((((((.((((.....)))))))))))...((((((((..........[[[[[[[((((({{{.)))))..[[))))))))]]..................(((..((<<<<<<<<<..........))......................(((....))).}}}...]]]]]]]................(((((((......)))))))........>>>>>>>>>....)))................................................((((....(((.((((..((((((((((((....))))))))..))))..)))).))).((((((((....))))))))..................))))..AAAA...BBB..................CCCC........(((((((..((((((....(((..((((....)))).)))....))))))...)))))))...........((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).....................................((((.((...(((((((((.(((..((........(((((((.(((.((.((....))))..))).)))))))........))..))).)))))))))..)).))))...............((((((((((....))))))))))........ |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.((((((((.((...........((((((((...)))).))))..((((.(((..(((((((....)))))))..))..))))..).(((((................................((((((..(((....))))))))).....))))).....((((.....((((((.(....).)))))))))).((((((.......(((((.(((......)))...)))))....).))))).........((((((.((.(....))))))))).................((((..((((((....(((((((((.....)))))))))))))..)).)))).....................((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((....)))))))))).)))..)).......................................))..))))).)))...(....)..((......((((.(((((((..........))))))).))))......................((((((((((((((((((((((....)))).).)))))).)))))))))))...(.(((((((((((((((((((......)))))))).))))))))))))......................(((((((.((((......))))))))))).....(((((..((((((((((((((.....))))))))))))))...................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))...((....))..(..(((((....)))))......)....................)))))..(((((((..((((((((.((((.....))))))))))))..)))..(((....))).))))....................(((((....))))).......................(((.((((.....)))).))).......................(((....)))))........................(..(((..((((....))))..)))...((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..(((((((((((((..)))))))..))))))..))))).))..((((((......)))))).....)))))))............(((..((((..(((...)))))))..))).........((.(((((((((.((((((....((((((((....))))))))..).))))))..))))))))))...((((((.(((((..........))))).(..((((((....)))))).(((((((((.....))))))))).)....)))))))))...))))).))))))))))..(((((.((..((((((((((.(((..((((..(...((((((((((((((.((....)))).))))))))))))...)..))))..))).)))))))))).)).)))))............))..((((((((....)))))))))))))))).) |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.((((((((................((((((...)))).))..((((((..((..(((((((....)))))))..))...))))..))..((..............................((((((((..(((....))))))))).))..))..(((((.((((.....(((((..((..))..))))))))).)))))........(((((.((((....))))...)))))..............((....(((((.((((.....)))))))))...))...........(((((...(((((....((((((((.......))))))))))))..)..)))))....................((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).........(..(((((((((((((....)))))))))).)))..)........................................))..))))).)))...(....).(((......((((.(((((((..........))))))).))))......................((((.(((((((((((((((((....)))).).))))).))))).))))))....(((((((..(((((((((((......)))))))).)))..)))))))......................(((((((.((((......))))))))))).....(((((...(((((((((((((.....))))))))))))).....................(((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).)))))))...(((....))).((.(((((....))))).....))....................)))))..(((((((..((((((((.(((.......)))))))))))..)))...((....))..))))....................(((((....)))))......................((((.((((.....)))).))))......................(((....)))))).......................(...((..((((....))))..))....((((((((((((((.(((..(((...((((.((((((((((.....)))).)))))).)))))))......((((((((.((((..(((((((((((((..))))))))..)))))..)))).))).((((((((....))))))))....))))).((...(((....)))..))................((((....)).))..(((.((((((((..(((((....(((((((((....)))))))))...)))).)..)))))))))))..((((((.(((((..........))))).......(((....))).((.(((((((((.....))))))))).))...)))))))))...))))).))))))))))...((((.((..(((((((((..(((..((((.((...((((((((((((((.((....)))).))))))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))).................((((((((....)))))))))))))))).) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).........((((((((...)))).))))..(((((((....((((((....)))))).(((....)))...((((((......(((.............)))........((((((..((....))))))))......))))))..))))))).....((((..........))))...................((((..((((....))))....)))).....................((((.((((.....))))))))................................(...((((((.......))))))..(((.((((.((((...(((((..(((((((((..((((((...(.((((........)))).)....)))..)))..(((...((((.((((((((((((.((((......))))..((((..........)))).((((((((((....))))))))))........................((((...))))..(((((..(((((..(((..((((((.((((((((.........(((.(((((((..........))))))).)))...................((..((((((((((..(((((.(((......)))...)))))...)))))))))).....(((((....((((((((((......)))))))).))....)))))........(((((.....)))))..((((.....))))(((((((.((....)).)))))))..((((((((((((((.....)))))))))))))).......((((((((((..((((((((.((((((.((...((((..(((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))......(((....)))..))))...)))))))).))))))))...)))..........(((((....))))).....((((((...((((...((((...))))((......))..(((((((.((((.....))))))))))).(((((((((((....(((.....))).(((((....)))))...))))))))).)).......))))...))))))....((.((((.....)))).))(...))).................((((....)).)).)))))...........)).......((((((((......)))))))).)))))))).))))))..))).))))).))))).))).))))))))).))))....))).........)))).))))).(((.((((..((((((((((((....))))))))..))))..)))).))).((((((((....))))))))..((((((((((...(((....)))..))).)))))))......((.(((....))))).....(((((((..((((((....(((..((((....)))).)))....))))))...)))))))..((((((((.((((((..........))))))...........)))))))).(((((((((.....))))))))).......))))))))).))))....))).......).((((.((..((((((((((.(((..((((......(((((((.(((.((.((....))))..))).)))))))..))))......))).)))))))))).)).))))................(((((((((....)))))))))......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((.............(((.......(((.....)))...).....)).((.....((((((((....))))))))))(.((((((((......((((..................))))...)).)))))).).....(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((((((.....(.(((..(((..........((...(.(((...(.(((.....))....(..).)..)).)))))..((.))..........((((.(((((......)))))..)))).............((((((((.......((..((.......)).(((....)))....))......)))))..))).........((((.(((((((...............)))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....))(...)((.((((((..((((((((.((((....).)))))))))))..)))...((....))..))).....))..)))((((((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))((((.(((((....(..(((.(......((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...........))).))))))..)))))))..((((((((....)))))))).....)))))).......))))....).((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.....(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.(((.(..........)..((((...))))..(((((((((.......((....(((.......)))...)))))..))))))........(((......((....((((...(...)......(((....)..(((.....))).........)).(......(((((..(....)..))))).)((((((((((......((((..(((......)))....))))...)).)))))))).....(.((((..(((.....))).)))))..))))...))....)))........(((....((((((((.......)))))))))))....(((((...((((((((....))))...)((((((.((.((((........)))).)).).)))..))((((..((((((((((..((((((...(((((...))))).))))))(((.........(((((((((((........)))))))).)))......((.................))......(.((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))).............((((((((..........(((((..(((.......((((((((..((.((..................)).)..))).))))))...........(.(...((((((((......)))))))).....(......).))...(((((.......((...(((.....)))(((....)))....))......)))))..............((((.((((.((................)))))))))).((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))))))))).(..(..(....(((((((.......((((.........))))....)))))))((((..(...((((((((((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..))))....))).(.....)..))))((((....))))..((((..(((.....(((((....((((((((((((((((((((...)))))...(((...))))))((.((...)).))...)))...(((((....((.....(((........))).))......)))))..)))))))))....))))))))))))...).........).).((......))......).)))))..((((((((.((((..(((((.((((((....))))))...)))))..)))))))..((((((((....))))))))....))))))))))))).)))).(((..((((..((.....))))))..)))))))))).(((.((((((((......(.....(((.((((....)))).)))....).......)))))))))))...(((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))))))))))(((((((.((...((((((((..(((..((((..(...(((((((((((................)))))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).))))...).))......)))(((((((((....)))))))))))))))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((.............(((....)..(((.....))).........)).((.....((((((((....))))))))))(.((((((((......((((..................))))...)).)))))).).....(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((((((.....(.(((..(((.........(((...(.(((...(.(((.....)).........)..)).)))))).(...)..........((((.(((((......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((....)))....))......)))))..))).........((((.((((((.................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))(...)((.((((((..((((((((.((((....).)))))))))))..)))...((....))..))).....))..))).(((((((..((((....))))...))))...((.....(((.(((((((((((.....))))((((.(((((..............((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))....(((((.(((.((((..(((((((((...........))).))))))..)))))))..((((((((....)))))))).....)))))........))))))))..((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.....(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((.(((.(..........)((((((...)))...(((((((((.......((....(((.......)))...)))))..))))))........(((......((....((((...(...).(....(((....)..(((.....))).........)).((.....(((((..(....)..)))))))((((((((((......((((..(((......)))....))))...)).)))))))).....(.((((..(((.....))).)))))).))))...))....)))........(((....((((((((.......)))))))))))....(((((...((((((((....))))...)((((((.((.((((........)))).)).).)))..))((((..((((((((((..((((((...(((((...))))).))))))(((.........(((((((((((........)))))))).)))......((..(...........)..))......(.((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))).............((((((((..........(((((..(((......(((((((((..((.((..................)).)..))).)))))))..........(.(...((((((((......)))))))).....(......).))...((.((.......((...((((...))))(((....)))....))......)).))..............((((.((((.(..................))))))))).((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))((.(((.((((.(((((((.......((((.........))))....)))))))(((.((((..((((((((((..((((((((.(...........)))))))))..)))...((....))..))))....)))(((.....((((..((((....))))...))))...)))...(((((....((((((((((((((((((((...)))))...(((...))))))((.((...)).))...)))...(((((...(((......((........))..))).....)))))..)))))))))....)))))...)))).)))......)))))))((......))......)))))))..((((((((.((((..(((((.((((((....))))))...)))))..)))))))..((((((((....))))))))....))))))))))))).)))).(((..((((..((.....))))))..)))))))))).(((.((((((((......(.....(((.((((....)))).)))....).......)))))))))))...(((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))))))))))(((((((.((...((((((((..(((..((((..(...(((((((((((................)))))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))....))...))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((ddd....)))).(((.....(((((((((...)))).)))).)ccccccc))).((((((....)))))).(((....)))...((((((...........((((........))))..bbb((((((..(((....))))))))).....))))))..CCCCCCC.....((((.....<<<<.))))...................((((..((((>>>>))))....))))....................(((((.((((.....)))))))))BBB....................DDD((((((...((((((.(....)))))))..aaaaaaaa.aaaa....))))))(((((((((..((((((.....((((.(.....)))))......)))..)))..((((..((((.((((((((((((.(((((...).))))....................(((((((((((....)))))))))).)....................(.((((...))))).(((((.((((((..(((..((((((.(((((((((.......((((.(((((((..........))))))).))))......................((((((((((..(((((.(((......)))...)))))...))))))))))......((((....((((((((((......)))))))).))....)))){{{{{{...(((((.....)))))..((((.....))))(((((((..........)))))))..((((((((((((((.....))))))))))))))..............(((..((((((((.((((((.((...((((..(((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))......(((....)))..))))...)))))))).))))))))...)))..........(((((....))))).....((((((...((((((.((((...))))...........((((((((.((((.....))))))))))))(((((((((((...(((((...)))))(((((....)))))...))))))))).))....)).))))...))))))..((((.((((.....)))).))))......................((((....)).))..........................(((((((((....)))))))))))))))))).))))))..))).))))))))))).))).))))))))).))))...))))......[[[)))).))))).(((.((((..((((((((((((....))))))))..))))..)))).))).((((((((....))))))))..((((((((((.(.(((....))).)))).))))))).]]]..((.(((....)))))..((.(((((((..((((((....(((..((((....)))).)))....))))))...)))))))))(((((((((((((((..........))))))..........))))))))).(((((((((.....)))))))))............AAAA.AAAA...AAAA.........((((.....((((((((((.(((.((((((.....(((((((.(((.((.((....))))..))).))))))).))))).)....))).))))))))))....))))}}}}}}.........((((((((((....))))))))))........ |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...........))).....................((((...((((((..............................((((((...(((((........................................(((....)))(((.....)))))))).......((.....(((((..........)))))...................((.......................((.((................((((..(((.....))).))))...............((((.(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).(((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((....)))))))))....................................................))))).)))).(((((...((.....)).(((.....))).............))))).........)).))))))..................................................................................................................................(..(((.....)))..)..................)))))).............(((...............(((....................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))...........))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((................)))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((...(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....(((....)))((((........(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))..))))((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((.((((...(((......................)))...)))))))........................((.....)).......))))))..))))))...)).))).))))))))).))...)))).))(((((((.(.....).....((..((((....))))..)).............))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((.(((..(((..((.(..(...(((((((.....((((......)))).....)))))))...)..).))..)))..))).)))...)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........(((((......((((..(((.(((.(((((.............................((((((.(((((................................((((..((....))))))...........((((((.((((.....(((((..((..))..))))))))).))))))..............................)))))...................((((..(((.....))).))))....)))))).....((((.(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))))))))))))))((....((((((...(((((...))))).))))))(((.............(((((((((....)))))))))..............................................((((..((((((.(((...(((((((.(((((((.(((.....)))........(((((....((((.........((((.((...((((............................................................................................................................((((((......(((....))).))))))........(((((....(((...(((...............((((((.................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))...........))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))..........)))))).(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))...))))))..))))))))).)).))))..(....))))).)))))...))))))).)....((((.((((.....)))).))))))))))................(((....)))....)))))))))......(((((..(..((..((....))..)))..)))))......(((((((((.((((((((......((..((....))..)).((......))......))))..(.(((((((((.((((..((((......................))))..)))))))..((((..(......)..))))....))))))).......)))).(((..((((...........))))..)))((......(((.(((((((((.....).....(((.((((....)))).)))............)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))....))))).)))))))))))))((((.((....(((.(((..(((..((....(...(((((((....(((((......)))))....)))))))...)....))..)))..))).)))...)).))))..))))...)))))......(((((....)))))............. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((((....((.((((((...(((((((((((...((((((((..(((((((....((((((....)))))).(((....)))...((((((...........(((((......))))).....(((((((..((....))))))))).....))))))..)))))))....(((((..(....)..)))))........(((((((...((((((((((....))))......(((((((.............))))))).(((((.((((((.((((((((((.............(((((...((((((((((((..((((((((....(((((.((((..((((((...(((((((..((.((..(((((((..(((((((........))).........(((((..((((.(((((..((..((((((...((((......))))))))))..((((.....(..(((((((((((....))))))))).))..)...................((((...))))....))))....))..))))).))))..((((..((((......(((..(((((((..........)))))))..))).....)).))..))))..)))))(((((((((..(((((.((((.....))).).)))))...)))))))))..)))))))))))..((((((((((......))))))).))).)).))..)))))))..(((((.....)))))..((((.....))))...))))))....))).).)))))..(((..(((((((((.....)))))))))..)))....)))))))))))))..((((((((..(((((..(...((((..(((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))......(((....)))..))))..)..)))))..))))))))....))))))))))))(((((....))))).)).))))))))....((((((((..............(((..((((((((.((((.....))))))))))))..)))..((((...(((...((((((((..(((((..((((..(((((((.((((...((((...........(....)...........))))..))))))))))).......)))).....(((....))).)))))))))))))...)))..))))..((((..((((....))))..)))).)))))))).)))))).)))))......))))))....)))))))...))))))))(((..........((((((...(((.((((..((((((((((((....))))))))..))))..)))))))..((((((((....)))))))).................))))))(((..((((...........))))..))).)))....(((.(((((((..((((((....(((..((((....)))).)))....))))))...))))))))))...)))))).)))))....))))))))...))))).)))......((((.(((((((((.....))))))))).)))).(((((....((((((((((...((.....))((((.((..((((((((((.((((((((((.....(((((((.(((.((.((....))))..))).))))))).))))).))...))).)))))))))).)).))))...)).)).))))))..((((((((....)))))))))))))..... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((...(((...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(......)))).........((((..(((.(((.((....((((......)))).......)).)))...))).........)))).((((((....((.........(((...(((....))).)))...))..))))))....((((......((((..........)))).))))..(((.((......((....(......)...)..))).)))...(((.((.......))).))...(((..................)))..........(............)...........(.(..........((((.........)))).))..((..............(((.....(.............((((((((..(((...((((...(.(((......((.(((...(((..((......((((((.......((.....................))...........)))))).))....(....(..((((((......))))))...)...)...................................))).)))....)).....)))......).))))........((((((..)))))...)(((((((...(((((.(...((((((((((((((((.((((((.....)))).))...)))))))))))).....(((....)))..)))).)...)))))...)))))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))...((.....(...(((.((((((..(((((((..........))))).))..))).............))).....)))...).)).)))...).)))..))))..((((...((.....(.........).)).))))(.(.....(.(((((.((......)))))))).))....(((.((((..(((((.........................)))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...)))))...)).......((.(((((((....(((.......((((((((....))))))))....))).....))))))).))......(((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))....((((...(((((.....(((((((..(((((((..((....((((..((...).)))).......).......))...))..).)).))..)))))))..))))).))).)(.((((((....))))))))))))))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.....)))))((((((...(.....(((((..((((.((((.((((..(....(((((......)))))...............................................................................................................................................................................................)..))))...)))).........))))...((((.............((...((((.((((....((((((.(...(((((((((((.....((((............)))).))))))))))).).....((((...((((....))))......))))((((...((.........((.((((.((((.....))))))))....)).))..))))((((.((((..(((.....(((((.(.......)))))).))).....))))...)))))))))).))))....)))).))...)))).))))).).)))))).((((((......(((((...((.((.(((..(...(((((...))))).))))........((..((((.(((...))))))).))....................((....(..((((..((.........((.(((..(((.(.(.(....(((.((((((....((...................))...))))))))).........((((..................)))).......)............)...)....))).)))....)).)).)))).((((...((...(((((((((((...............))))))))))).)).))))....)..))......(((((((((((((.(((((.....)).).))...)))))))))))))......))...))..)))))..)))))).......(((((((((....((((.....(((..(..((((...((....(.((((..(((....((.((....(.(((..((((((((..............))))))))..)))...)......))..))...(((...((((...((((..(((((((.((((...((((...((...((.(......)))...))..))))..))))))))))).......))))..).)))....))))))..))))...)...)).))))..)..))).))))..)))))))))..(.((((..((((((.((((((((...(((...........)))))))).(.(((((((((.((((..((((.((.........).)....))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...)))))))...).............................(((.((((((((..((.......((((((((....)).)))))).....)).....)))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))).)))...))))).))))))((.((((((.....((.((((..(((.((((...(((((((.(((((..)))))..)))))))...)..).))..)))..))))))...))))).).....))......)(.((((((....))))))).......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................((((.(((...)))..))))..(((((((....((((((....)))))).(((....)))...((((((............(((........)))......(((((....((....))..))))).....))))))..)))))))....(((((..(....)..)))))........................((((....)))).......((((((......((((......((((.((((.....)))))))).(((((............((((((...(((..(...((((((.......)))))).((....))..........)..)))))))))....(((((((...((.(((........))).........(((((..((((.(((((..((..((((((....(((.....)))..))))))..((((.....(..(((((((((((....)))))))))).)..)...................(((.....)))....))))....))..))))).))))..((((..((((......(((..(((((((..........)))))))..))).....)).))..))))..)))))(((((((((..(((((..(((.....)))...)))))...)))))))))...)).)))))))..((((((((((......)))))))).)).)))))..(((((((((.(((..........................(((((((.((....)).)))))))..(((..(((((((((.....)))))))))..)))...................((((((((..(((((..(...((((..(((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))......(((....)))..))))..)..)))))..))))))))................(((((....)))))............((((((.(((((.((((((.......(((..((((((((.((((.....))))))))))))..)))...............((((((((...((((..((((..........................................((((.....))))..................)))).....(((....))).)))).))))))))...............(((..(((......)))..)))..)))))).))))).....(((((((..(((((((((((((((.((((.((......))))))................((..((((..((((((((((((....))))))))..))))..))))..)).((((((((....))))))))............................((((...........)))).................(((((((..((((((....(((..((((....)))).)))....))))))...)))))))...........((((((..........)))))).....................(((((((.......))))))).................................)))))).)))))))))))))))).....))))))......(((((((.(((.((.((....))))..))).))))))).......................))).....)))))))))......))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..(((...(((((.((((((((((..((...(((((((....((((((....)))))).(((....)))...((((((...........(((((......))))).....(((((((..((....))))))))).....))))))..))))))).......(((....)))...(((((.((((......................(((((((((((((((((((((.............))))))).(((((.((((((.((((((((((.............(((((...((((((((((((..((((((((....(((((.((((..((((((.(((((((((..((.((..(((((((..(((((((........))).........(((((..((((.(((((..((..((((((...((((......))))))))))..((((.....(..(((((((((((....))))))))).))..)...................((((...))))....))))....))..))))).))))..((((..((((......(((..(((((((..........)))))))..))).....)).))..))))..)))))(((((((((..(((((..(((.....)))...)))))...)))))))))..)))))))))))..((((((((((......))))))).))).)).))..))))....))))).............((((.....))))...))))))....))).).)))))..(((..(((((((((.....)))))))))..)))....)))))))))))))..((((((((.(..(((..(...((((..(((.((((((((((..(((......)))..)).)))))))).)))......(((....)))..))))..)..)).)..)))))))))....))))))))))))(((((....))))).)).)))))))).......((((...((((((......(((..((((((((.((((.....))))))))))))..)))..((((...(((...((((((((..(((((..((((..((((....))))...........(((((((.....((((.((((.....)))).)))).....))))))).)))).....(((....))).)))))))))))))...)))..))))..((((..((((....))))..)))))))))))))))))))).)))))...((((((((((((((((.(((((.((......))))))).((((..........(((.((((..((((((((((((....))))))))..))))..)))))))..((((((((....))))))))..((((((((((...(((....)))..)).)))))))))))).(((((((....))).((((..(((((((..((((((....(((..((((....)))).)))....))))))...)))))))..((.((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))....))))......)))).))))).)))))))))))......))))))).)).)))))(((((((.(((.((.((....))))..))).))))))).)))))))))...))..))).))).)))))))))................(((((((((....))))))))).)))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
UACCUGGUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUAAGCAAGUUAUACAGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAUAUCAGUUAUAGUUUAUUUGAUAGUAUCUUACUACUUGGAUAACCGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCAAAAAAUCCCGACUUUAUGGAAGGGAUGUAUUUAUUAGAUAAAAAACCAAUGCCUUCGGGCUUUUUGGUGAUUCAUGAUAACUUCGCGGAUCGCAUGGCCUUGUGCUGGCGAUGAUUCAUUCAAAUUUCUGCCCUAUCAACUUUCGAUGGUAGGAUAGAGGCCUACCAUGGUUUCGACGGGUAACGGGGAAUAAGGGUUCUAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCCGACACGGGGAGGUAGUGACAAUAAAUAACAAUACAGGGCUCUUUUGGGUCUUGUAAUUGGAAUGAGUACAAUUUAGAUACCUUAACGAGGAACAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGCUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGAAUUUAGGGAUUGGUUGCCUGGUCCUCCGAAGUUGUGUGCACUGGCGCAACUGAUCCUUCCCUCCUGGAUUACCGGCUGCCCUUCGCUGGGUGUGCCGGAUAGCCAGGGCAUUUUACUUUGAGAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCGUUUGCUCGAAUACAUUAGCAUGGAAUAAUAAAAUAGGACAUGUGGUUCUAUUUUGUUGGUUUCUAGGACCAUUGUAAUGAUUAAUAGGGACAGUUGGGGGCAUUAGUAUUCAAUUGUCAGAGGUGAAAUUCUUAGAUUUAUUGAAGACUAACUACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGGGGAUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCUUAACCAUAAACUAUGCCGACUAGAGAUCGGGCGAUGUUUUUUUCUUGACUCGCUCGGCAUCUUAUGAGAAAUCAAAGUCUUCGGGUUCCGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUCACCAGGUCCAGACAUAGUAAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGAAGUGAUUUGUCUGCUUAAUUGCGAUAACGAACGAGACCUUAACCUGCUAAAUAGCCAGAUUAGCUUUUGCUGAUCGCGGGCUUCUUAGAGGGACUGUUGGCAUGAAGCCAAUGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCCGCACGCGUGCUACACUGACAGAGCCAGCAAGUUCAUUUUCCUUGGCCGAAAGGUCUGGGUAAUCUUGUGAAACUCUGUCGUGCUGGGGAUAGAGCAUUGCAAUUAUUGCUCUUCAACGAGGAAUUCCUAGUAAGCGCAAGUCAUCAGCUUGCGUUGAUUAUGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGAAUGGCUUAAUGAGGUCUUCGGACUGGUGAUGGGUUAUUGGCAACGAUAAGCCUAUUACUGGAAAGUUGAUCAAAUUUGGUCAUUUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((..<<<.))))).(((.(((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....((..........))...)))))......(((......((((..((..((....(((.............((((....(((((((.....))))))).....))))......(((((..((....))..)))))....((((((........((((..(((....)))....))))......)))))).........((((.((((.....))))))))....)))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((((((....)))))))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((...{.((((...(((.......(((((((((((((((((.(((.......)))...))))).))))))))))))....((((((....((((((((((......))))).)))))....)))))).............................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{.(((..((((((((.((..........))))))))))..)))...{{..))}}...}}}....}}}}))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((........((..((((....))))..))....)))......)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((....)))))).)))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((....(((((((.(((((((........(((......))).....(((((((.((((((((((((((..((((((.(((.....)))...)))))).....((((((.((.....)).))))))....)))).)))))))))).((((((....((..((.((((((.(((((.....((((..((....))..))))))))).)))))).......(((((.(((....)))...)))))...))..)).....))))))...)))))))....)))))))...(((((...........((((((.((((......((((((((.......)))))))).(((((..((((.....(((.....(((......))).........(((((......(.((.((........)).)).)..)))))..........)))...))))...((..((((((..............(((((((((((((....))))))))).))))...(((((...)))))..))))))..)).)))))..)))))))))).((((((.(((.(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).))))).......((((.(((((((..((((..((..((((.((((..(((((...((((((((......))))))))..(((((.(((((((((...((((((((((......))))).)))))...(((.((((((((((.(((....))).))))))))))......)))....((((((........((((((...(((((((((((((.....)))))))))))))(((...((((((........((((((((..(((((......(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))..))))))))...((((..((.....(((((....)))))....))..)))).))))))))).....)))))).((((.((..((((((((.(((........)))))))))))..))...(((....))).)))).))))))))))))))).....((((....))))........)))))...)).))).))))))))))..))))..)).)))))))))...............(((....)))....))))))))).......)))))(((.(((..((((....))))..)))..(((((((((((((((.((((((((......((..((....))..)).((......))......))))).).))....(((.((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))).))).((((((((.....))))))))..((((((((((...(((....)))..)).)))))))).....((((.(((....)))..(((.(((((((...(((((........(((.((((....)))).)))....)))))....))))))))))..((((((((((((..........)))))....((.(((....))).)).(((((((((.....))))))))).....)))))))))))..))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.(((..((((......(((((((((((((((((....)))).)))))))))))))......))))..))).)))))))))).)).))))...)))..........(((((((((....)))))))))))))))))) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((((.......)))))))).....................................................................................................(((((...)))))......................((((((((((....)))))))))).......................................(((((((...................................))))))).....................................................................................................................................................................................(((((....)))))...................................(((((((((.............))))))))).....................(((((((((((((((((((((.........................)))))))))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((.......((((.........))))....)))))))......................((((((((...............)))))))).......(((....)))................................................................................................................................................................................................................................................((((((..........((((.(((((((....)))))))...))))...........((((((((.....))))))))....)))))).................)))))))))...........................((((((((................((((((((....)))))))).............))))))))..........((((((..........))))))....................(((((((((.....)))))))))................................................................................................................................................................((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((......)))))..........................(((((((((.......((((.........))))........)))..)))))).................................................................(((((..((((.....(((((..(......)..)))))))))..)))))...................................................(((((..(((.....))).)))))..........................((.....((((((((.......)))))))).))...............................((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((........((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((....)))))))))).)))...............................................))))).))))...........................................................................((((((..........................................))))))............................................................................................................................(((((.(((((((.............))))))))))))..((((((((.((((((......(((.((((((((((((..((.(((........))).))...))))))))))))....(((....)))...))).....)))))).))))))))........................((...........)).............................(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).................(((....(((((((((......................................................................................................)))))))))....)))...................................................((((.(((.((((..(((((((((((.......))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))).......................................................((((((((...............((((((((....))))))))............))))))))......(((..((((((..........))))))....................(((((((((.....)))))))))........))).........................(((((.((...(((((((((((((((((((..(...(((((((((((((((((....)))))).)))))))))))...)..)))))))))))))))))))..)).)))))................((.(((((....))))).)).......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................(((.........((((((((((((((((((((((..............((((((.......................))))))............)))).)))))))))))))))))).......)))((((((.((((.....(((((............))))))))).))))))........(((..(((....)))....)))((((((.((.......)).)))))).....................................................((((((((.......)))))))).....(((((((.....................((((((((.(((((((........))))))).).)))..)))).................(((((...(((((...))))).))))).............(((((((((((((....)))))))))).)))..................................................................................................................................((((((((((((((((((.(.............).))))).)))))))))))))...((((((.(((((((((((((......))))).)))))))).)))))).......................((((((..(((((....))))).)))))).........((.((((((((((((((.....))))))))))))))...))...............(((((((.................((((((((((((.(((.((((......)))).)))..)))))))))))).......((((((((((.....)))))))))))))))))..............(((((((((((((...............((((...........))))((...........((((((((.(((........))))))))))))).................)))))))))))))..............................................((((.((((.....)))).))))..................................................................((........))............((((((((((......................................................((((....((((((((((((((.(((((((....)))))))...)))))))))))))).((((((((.....))))))))..................))))......((((...........))))..............(.((((((((...(((((...(((..((((((((....)))))))).))))))))....)))))))))(((((((((((((((..........))))))..........))))))))).(((((((((.....)))))))))..................))))).)))))))))))).((((.((..(((((((((((((((((((((((...(((((((((((((((((....)))))).)))))))))))...))))))))))))))))))))))).)).))))...............((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((.((((((((((..((((....(((..(((.(...(((((..((((((((((...((.((((.........)))))).............((((((...........)))))).........))))))))))..)))))..).))).)))(((((((.........(((((............)))))))....))))).......(((((.(((....)))...))))).......................)))))))....)))))))................(((((((((.....((.(((.(((((((.......)))))))......))).)).....)))......((((((..((.((((((((.((((........)))).))((((((..((((((((((((..((((..((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((....)))))))))).)))....................................((((((.......((((.....((....)).......))))))))))..)))).........))))))...........................(((((..........)))))....(((((((........)))))))...)))))).((((((....((((((((((......))))).)))))....)))))).....................((((((.....((((..(((.(........(((....)))...((((((((((((((.....))))))))))))))(..((((((((((((.........))).))((((((((((..........))))))))))...........)))))))..)........).)))..))))....)))))).....))))))..............(((....))).((((.((((((((..........((.((((((...........)))))).))....((((((((((((.(((........)))))))))))..)))).(((....)))..)))))))).)))).(((.......((((....))))....)))........(((((.(((((((..((....((((.(((.((((((.................(((....)))....(((((((((((((...(((..((............))..))).....)))))...((.((((..((((((((.(.(((.((((((....)))))).))).)(((((....................(((.((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))).))).((((((((.....)))))))).........)))))))).)))...).))))))).......)))))))))).)))).))).))))(((((((...(((((.(......(((.((((....)))).)))..).)))))....))))))).(((((((...((((((..........)))))).............)))))))((((((((.(....)))))))))......))...)))))))))).))..(.(..((.(..((((.((....((((((((.(((..((((..(...(((((((((((((.............)))))))))))))...)..))))..))).))))))))...)).))))...).))...)..).)))))).))..)))))))))))))))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((......(((((.........(((..((((...((((((..((((((((((((((....((((......((((((.....(...........).....)))))).....))))...)))).))))))))))..)))))).).))).)))((((((.((((.....(((((..((....))..))))))))).))))))........((((.(((....)))...))))((((((.(((.....))).))))))....((.........))............................((((((((((((((((.......))))))))......................((.......))((((((((.((.((((........)))).)).).)))..))))(((.((.(((((........((((((((((...))))((((((..........((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))..............))))))...........)))))...)........))))).)).)))((..(((.....(((.....))).....)))..)).(((((((((....)))).))))).......((((((((((((((((((...(.........)...))))).)))))))))))))...((((((.(..((((((((((......))))).)))))..).))))))...((((.(((....))).))))((((((..((((((())))))).)))))).......(((((((((((((((((((.....))))))))))))))..)))))............((((((((.....((((........(((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))..)))).((((((((((.....))))))))))))))))))....)))))))).((((.((((((((.....(((..((.((((((...........)))))).))...(((..((((((((.(((........)))))))))))..)))........)))...)))))))).))))...........((((((.............................((((.((((.....)))).)))))))))).....))))).......))))...)))))))))......................(((((((((....)))))))))..(((((((((((((((.((((((((.(.(...((.(((((.......))))).))..)...)..))))).........(((.((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))).))).((((((((.....))))))))..((((((((((...((((()))))..)).)))))))).......)).((((()))))..(((.(((((((...(((((...(((..(((.((((....)))).))).))))))))....))))))))))..((((((((((((.((....)).))))))...((.((((())))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))..)...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.(((..((((..(...(((((((((((((((((....))))).))))))))))))...)..))))..))).)))))))))).)).))))...............((((((((((....))))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................(((((((.......((((.........))))........).......((((...................................((((..((....))))))........))))...............(((((..(......)..)))))...................((..................))......................((((.(((.......)))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((....)))))))))..)))....................................((((((.......((((..(...........).....))))))))))................................................(((((((((((((((((.(((.......)))...))))).))))))))))))..............((((((((((......))))).)))))..................................................................))))))..............((((.(((((...................)))))))))..(((((((..((((((..(...((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..))))..)..))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(............)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............((((((....((((..(((((.((((((....)))))).)..))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....)........(((.((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.((.(((((....)))))..)).))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((........))))..............((.....))...(((((((((.......((((.........))))........)))..))))))....................................((((..((....))))))............(((....(((.....(((((..(......)..))))))))....))).........((..................))......................((((.((.........))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))......(((.......((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...((((.....))).)))))))............(((.(((((((((....)))))))))..)))...............................................))))).))))..........................................................................(((((((((((((((((.(((.......)))...))))).)))))))))))).....((..(...((..(((((((......))))).))..).)..)..))........................(((((((..((........)).)))))))................((((((((.........))))))))................................((((((...((((((((((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).))).........((((((((((.....))))))))))............(....)(((((........((((.........)))).....)))))............((....(((..((((((((.(.(........).)))))))))..)))...((....))..........))..........((..(((((....)))))...))..........(((((....(((((((((.....(((((.....))))................((....)).........)...(((((..................................)))))..)))))))))....)))))........................((......))...........((((((((.(((.((((..(((((.(((((......))))).)..))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))..........))))..)))))))))...)))))).................(((.(((((((...(..((........(((.((((....)))).)))....))..)....))))))))))..(((((((((((............)))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......)))))).................)))(.(..((((.((...((((((((..(((..((.(..(...(((((((.(((((((((....))))).)))).)))))))...)..).))..)))..))))))))..)).))))...).)..........(((.(((((....))))).)))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((......))))...(((..(((....((((((..((((((((((((((..((((((.((((...))))...)))))).....((((((...........))))))....)))).))))))))))..))))))...))).)))((((((.(((((.....((((............))))))))).)))))).......(((((.(((....)))...))))).....((((.......[[[[[...(((.(((.......))).)))..)))).......]]]]].((((..[[[[[[[[[[[[[[[))))...]]]]]]].....]]]].]]]]............(((.[[[..)))..]]](((.[[[[.................))).....]]]]..((((((..........((((((((..(((...[[[[[[)))...........(((((((((((((....))))))))).))))..................]]]]]].....((((..[[[[[[[(((....(((....)))..))).......))))..]]]]]]]...........((((((((((((((....)))).)))))..))))).)))))))).))))))((((((((.((((((((......))))))))..(((((.(((((((((...((((((((((......))))).)))))...(((.((((((((((.(((....))).))))))))))......)))....(((((((.......((((((...(((((((((((((.....)))))))))))))((((.....(((........((((((((..(((((......(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))..))))))))..(((....)))....(((((....))))).......)))........)))).....)))))).(((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))..(((....))).))))))))))))))))))))(((.(((((....)))))..)))..))))).....))).))))).....(((....[[[[[)))...(((((((((.........(((....)))....(((((...........)))))..))))))))).]]]]].............((((((((..(((..((((........)))).............[[[[[...))).....(((((..........(((.((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))).))).((((((((.....))))))))..)))))]]]]].......(((((....[[[[.))))).....]]]].(((....)))..(((.(((((((...(((((........(((.((((....)))).)))....)))))....))))))))))..((((((((((((..........)))))....[[[[[[......((((.(((((((((.....))))))))).)))))))))))...]]]]]]...)))))))).........(((......[[[[[[[.....)))((((...(((((((((((((((((....)))).))))))))))))).((((.(((((....)))))))))....))))...]]]]]]].....((((((((((((....))))))))..)))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((((((((....(((((....(((..(((....((((((..((((((((((((((..((((((.((((...))))...)))))).((..((((((.((.....)).))))))..)))))).))))))))))..))))))...))).)))((((((.(((((.....((((..((....))..))))))))).)))))).......(((((.(((....)))...)))))(((((.(((.....))).))))))))))......)))))))).(((.....)))....((((.(((((((........))))))).)))).(((......)))..(((((((...(((.....((((((....((((......)))).(((((((.(((((((((((((((.((..((((.(((((..((..((((((...((((......))))))))))....((..((..(((((((((((((....))))))))).))))..))..)).(((((......((((...))))...)))))....))..))))).)))).(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).)))))((((....)))).(((((((((((((((((((.(((((.(((((((.((((((...((((.(((((......(((((.........))))).((((((((((......))))).)))))...))))).))))...))))))......((((.((((((..(((((....))))).)))))).))))...((((((((((((((((((.....))))))))))))).))))).)))))))..)))))..........((((((((((..........))))))))))........))))))))))))))..........)))))...((((((((((.....))))))))))....((((((((.((.........(((((....))))).....(((((((((((((.((((((..(.(((((((...(((.(((((.((......)).))))))))..)))))))(((.(((....)))))).((((((...)))))).)..))))))...)))))))..............))))))...(((.((((.....)))).))).((..(((((((((.........((((....)).)).(((((..((...))..)))))..))))))))).)))).)))))))).)).))))).)))))....))))))))))))..(((...((...(((((.((......)))))))...))...)))........((((..((((.(((((((....)))))))...))))..))))((((((.((((((.....))))))((((((((((((((...(((....)))..)).)))))))).)))).(((((....)).))).....(((((((...(((((...(((..(((.((((....)))).))).))))))))....))))))).((((((((((((((((..........))))))..........))))))))))(((((((((.....)))))))))......))))))))))))........)))))))))).((((.((..((((((((((.(((..((((......(((((((((((((((((....)))).)))))))))))))......))))..))).)))))))))).)).)))).................((((((((....)))))))).))))))))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((.((((((..........................(((((((...((((((((((.......)))))........bbbbb...bbbb.................................bbbbbb))))).....BBBBBB......BBBB((((....((.....(((((..((....))..)))))))....))))........(((((.(((....)))...)))))..............BBBBB....)))))))ddddd))))))....................................((((((((.......))))))))(((..((((((((...((.....((((((....(((((((...((((((........)))).))...)))..)))).......(((((((...((((aa...((((...)))).aa)))).............(((((((((((((....)))))))))).))).....................AA......((((((....(((((((............(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).))))).........................((((((((((((((((((.................))))).)))))))))))))....(((((....((((((((((......))))).)))))....)))))................................(((((((...........................(((((((((((((.....))))))))))))).....................(((((((...((((......(((.(((((.((((((.(((................)))..)))))).)))))....(((.[[.)))cc.)))...CC))))]].)))))))....((....))........(((((((...................................{{{{{{{{....((((((((.(((........))))))))))).......(((....)))..)))))))((((((..........(((((....))))).........)))))).((((....(((((((((........((<<...)).................(((....)))...>>.....................................................)))))))))....))))...}}}}}}}}..........)))))))...................((((....(((.((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))).))).((((((((.....))))))))..................)))).....)))))))...))))))AA.......))))))).....(((((((...(((((........(((.((((....)))).)))....)))))....)))))))......(((((((((((..........))))))....................(((((((((.....)))))))))......))))).))))))........))))))))))..))).((...(((((((((.(((..((((......(((((((((((((((((....))))).))))))))))))......))))..))).)))))))))..))..............DDDDD..(((((((((....))))))))))))))))). |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.((((((((((...........((((((((...)))).))))....((.(((...((((((.....))))))...))..)))....((((((................................(((((((..((....))))))))).....)))))).....(((.....(((((..((....))..)))))))).(((((((.(.....(((((.(((....)))...)))))..).).))))))......(.((((((..(((...))).)))))).)..............(((((..((((((....(((((((((.....)))))))))))))..)).)))))....................((((((...((((((........)))).))...)))..)))..................(((((...(((((...))))).))))).........((.((((((((((((((....)))))))))).)))).))...............................(((((((.((..(.(((....)))).))...((.....))..)))))))........................................(((....((((((..((((((((((((.((....)))).).)))))).)))..)))))))).)..(((((((.((((((((((......))))).))))).)))))))...........((((.....)))).(((((((.((((......)))))))))))....((((((..((((((((((((((.....))))))))))))))(((.(((.(((........((((((((.((((((.((...((((.((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).))))....((((....)))).))))..)).)))))).))))))))...((....))..((.(((((....))))).....))))).)))....)))......))))))..((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..)))......................((((....)))).............................(((.....)))..(((...))).................(((....))).............................(((..((((....))))..)))..(((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.((((((.((.((((..(((((((((((((..)))))))..))))))..))))))...((((((((.....))))))))....)))))))........(((((((((..((..(((((((((.................(((.((((((((.((((((((.....(((((((((....))))))))).))))))))..)))))))))))...)))))..))))..)).))))))))).....((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))............)))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.(((..((((..(...(((((((((((((((((....))))).))))))))))))...)..))))..))).)))))))))).)).)))).............)))..(((((((....))))))).)))))))..) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((..(.((((......)))).).(((..(((....((((((..((((((((((((((..((((((.((((...))))...))))))..(..((((((.((.....)).))))))..).)))).))))))))))..))))))...))).)))((((((.(((((.....((((..((....))..))))))))).))))))........((((.(((....)))...))))((((((.(((.....))).))))))....(((((((...(((..(((.....)))....((((.(((((((........))))))).)))).(((......)))..((((((((...((.......(((.......((......))...(((((...(((((((((.(((((.(((.((((.(((((..((..((((((...((((......))))))))))............(((((((((((((....)))))))))).)))....................((((...))))............))..))))).))))...(((.((..((((....(((.....)))....))))..)).)((((((((....)))).))))..(((((((((((((...((((.((((((.((((((...((((.(((((......(((((.........))))).((((((((((......))))).)))))...))))).))))...)))))).......(((.((((((..(((((....))))).)))))).)))....((((((((((((((((((.....)))))))))))))).)))).))))))..................((((((((((..........))))))))))...)))).)))))))))))))...................((((((((((.....))))))))))........................(((((....))))).....(((((((((((((.((((((....(((((((...(((.(((((.((......)).))))))))..)))))))((..(((....))).)).((((((...))))))....))))))...)))))))..............))))))...(((.((((.....)))).))).....))...((((.........((((....)).)).(((((..((...))..)))))..))))((((((......)))))).))).)))))..))))....)))))..)))))..(((...((...(((((.((......)))))))...))...)))........((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))).((((((((((((.....)))))))((.((((((((((...(((....)))..))).)))))))..))..(((((....)).)))..((.(((((((...(((((...(((..(((.((((....)))).))).))))))))....)))))))))(((((((((((((((..........))))))..........))))))))).(((((((((.....)))))))))......)))))..)))..........)))))))))).((((.((..((((((((((.(((..((((......(((((((((((((((((....))))).))))))))))))......))))..))).)))))))))).)).))))...)))...))))))).((((((((....)))))))).)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))(((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((.............(((.......(((.....)))...).....)).((.....((((((((......))))))))))(.((((((((......((((................))))...)).)))))).).....(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((..(((.....(.(((..(((............(.((((((...(.(((.....))...(....).)..)).))))).(((....)))(.....)(((.(((((......)))).)..)))).............((((((((.(.....((...((((...))))(((....)))....))).....)))))..))).........(((((.((((((...............)))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))(((.((((((....(..(((.(.....(((....)))((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..)))))))((...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((....))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))....).((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((........(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((........)))).)))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.(((..((((.(((((((..((((........(((((((((.((..........(((........)))...)))))..))))))........(((......((....((((............((((........(((.....))).........))))......(((((..((....))..)))))..(((((((((((...).((((................))))...)).)))))))).....(.((((...((.....))..)))))..))))...))....))).((....((((....((((((((.......))))))))))))......)).......((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..)))).((.((....))))..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((........)))))))).)))......((.................))))))....((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((...........(((............(((((((.((.((.((..(.((........)))..)).)..)))))).....))))..........(((((..((((....))))....)))))................)...(...........((((((......(((....))).)))))).....)..................(((((.(((.((................))))))))))..((((((((..(((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))..)))))))).))......(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((..((((((((.((..........))))))))))..)))...((....))..))))....))).(.....).(((..((((....))))...)))..........((((((((((((((((.....))))(((.((((((.........(((.....)))........(((((.(((..(((((....((......(..........)..))......)))))..))).((.((((((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..))))))))...(((((.(((.((((..(((((.(.(((......).)).)..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).........)))....))))))........))))))))))).))....).(((.(((((((.....(..........((((((((....))))))))....)........))))))))))...(((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))....))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((...................))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).....))))))))))(((((((((....)))))))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))(((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((.............(((....).((((.....)))...).....)).((.....((((((((......))))))))))(.((((((((......((((................))))...)).)))))).).....(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))(((((....(((((.....(((((..(((............(..((((....(.(((.....))...(....).)..)..))))...(......)........(((.(((((......)))).)..)))).............((((((((.(.....((...((((...))))(((....)))....))).....)))))..))).........(((((.(((((.................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..))((....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))((((..(...((((((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))))....))).((...))..))))))).)))..)))).)))))........(..((((((((((((((.....))))((((.(((((....(.........((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))..(.(((((.(((.((((..(((((((((...((....))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))))))).((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((........(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....)))))...(((((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((........)))).)))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).))..))).)))(((((((((....)))))))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((..((((.(((((((..((((........(((((((((.(((.........(((........))))..)))))..))))))((......(((......((....((((............((((........((((.........))))...))))......(((((..((....))..)))))..(((((((((((...).((((................))))...)).)))))))).....(.((((...((.....))..)))))..))))...))....))).(.....((((....((((((((.......))))))))))))....((.....))..((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..)))))((.((....))))..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((........))))))).))))...)).((.................))))))....((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((.(........)(((............(((((((.((.((.((..(.(..........))..)).)..)))))).....))))..........(((((..((((....))))....)))))................)...............((((((......(((....))).))))))........................(((((.(((.((................))))))))))..((((((((.((((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))).)))))))).))......(((((((.......((((.........))))....)))))))......(...((((((((((..((((((((.((..........))))))))))..)))...((....))..))))....))).((...))..)...((((....))))....(...........((((((((((((((((.....))))(((.((((((.........(((.....)))........(((((.(((..(((((............(((..(((......)))..))))))))..))).((.((((((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..))))))))...(((((.(((.((((..(((((.(.(((......).)).)..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).........)))....))))))........))))))))))).))....).(((.(((((((.....(..........((((((((....))))))))....)........))))))))))...(((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))....))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((...................))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))..)..)))))))))).((((((((....)))))))))))))).... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((...((((......))))...(((..(((((..((((((..((((((((((((((..((((((.((((...))))...)))))).....((((((...........))))))....)))).))))))))))..)))))))).))).)))((((((.(((((.....((((............))))))))).))))))........((((.(((....)))...))))((((((.(((.....))).))))))...((((((((((.(((..(((.....)))...(((((.(((((((........))))))).)))))(((......)))..((((((((...........((((((((.................{{{{{.{{{{{{{{{{{{{{{{.{{{.{{{{.{{{{{......((((((...(((((...).))))))))))............(((((((((((((....)))))))))).)))...............)))..((((...))))................}}}}}.}}}}...........((((....(((.....)))....))))......((((((((....)))).)))).((((((((((((((..((((((((((((((((((((((aaaa.aaaaa)))..((((((.........))))))((((((((((......))))).)))))...AAAAA.AAAA...)))))).)....((((.((((((..(((((.<<<))))).)))))).))))...((((((((((((((((((.....)))))))))))))).)))).)))))))((((.....[[[)))).((((((((((..........))))))))))...)))))))))))))))))))..................((((((((((.....))))))))))..]]]...................(((((....))))).....(((((((((((((.((((((....(((((((...(((.(((((............))))))))..)))))))(((.(((....))))))(((((((...)))))))bbb))))))...)))))))...BBB........))))))...(((.((((.....)))).)))........((((((.........((((....)).)).(((((...........)))))..))))))((((......))))...}}}.}}}}}.}}}}}....}}}}}}}}}}}...(((........(((((.((......)))))))........)))........((((..((((.(((((((....)))))))...))))..))))(((((.(((((((.....)))))))(((((((((((((.(.(((....))).)))).))))))).)))..(((((.>>>)).))).(((.(((((((.(.(((((...(((..(((.((((....)))).))).)))))))))...))))))))))((((((((((((((..........))))))..........))))))))..(((((((((.....))))))))).......))))))))))...........)))))))).((((.....((((((((((.(((..((((......(((((((((((((((((....))))).))))))))))))......))))..))).))))))))))....))))...))))).))))))))((((((((....)))))))))))))))))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((..........))).....................((((...((((((.................................(((....(((((........................................(((....)))(((.....))))))))..(((..((.....(((((............)))))....((((((........((((................))))......))))))...........))...............((((..........................(((....((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))......((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((....)))))))))....................................................))))).)))).(((((...((.....)).(((.....))).............))))).........)))))).))))....................................................................................................................................)))......)))(((....)))...........)))))).............(((...............(((....................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))...........))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((.................)))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((...(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....(((....)))((((........(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))..))))((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((.((((...(((......................)))...))))))).........................((.....)).......))))))..))))))...)).))).))))))))).))...)))).))(((((((.(.....)........((..((((....))))..)).............))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((.(((..(((..((.(..(...(((((((.....((((......))))......)))))))...)..).))..)))..))).)))...)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((......))))).........(((((((.....))).)))).((((........))))................((((((((((..(((.................................................((((((.((((..((((((....(((((.....(((((..((....))..)))))......................................((((..((((...............((((...((.....))..))))....(((....................(((....((((((((.......)))))))))))....((((((......((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((....)))))))))................................................))..))))).)))).(((((.((((.....)).(((.....)))..........)).))))).........))))))...)))......................................................................................................................))))...))))..((((((......(((....))).))))))....))))).............................(((((..((((...............(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).))).......((....))............))))))..)))))))...((....))....(((((......((((((((.(((((....((((..((.....(...((((((((((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..))))....)))...)..))((((.(.(((....)).).).)))).))))....)))))..((((.((((.....)))).))))........)))))).)).....(((....)))....)))))...........))))..))))).....)))))).....))))))))))..(((((((((.(((......((((..(((..(((((((((..((......))............(.(((((.(((.((((..(((((....................)))))..)))))))..(((((((.......))))))).....))))))....)))))))......((((...........)))).)).)))..))))(((.(((((((.(.....)........(((.((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......)))))))))...))))).)))))))..))))((((.((....(((((((..(((..((....(...((((((((((.(((((......)))))..))))))))))...)....))..)))..)))))))...)).)))).............)))))).(((((....)))))............. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((.(((((((........(((......))).....(((((((.((((((((((((((..((((((.(((.....)))...)))))).....((((((.((.....)).))))))....)))).)))))))))).((((((....((..((.((((((.(((((.....((((..((....))..))))))))).)))))).......(((((.(((....)))...)))))...))..)).....))))))...)))))))....)))))))..(((.....)))........((((.((..((.(((((((((((.......))))))).....)))).)).......((((((.......)))))).)).)))).((((.....((((((........((((((((((.((((((.(((.......((((((((....((..((((((..............(((((((((((((....))))))))).))))...(((((...)))))..))))))..)).....(((((((((((((.......)))).(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).)))))..........))).))))))......))))))))...((((((((((((.((((((((......))))))))..(((((.(((((((((...((((((((((......))))).)))))...(((...((....((((((((.....))))))))......)).)))....((((((........((((((...(((((((((((((.....)))))))))))))((((.(((.(((........((((((((..(((((......((((.((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))).....(((....)))..)))).....)))))..))))))))..(((....)))....(((((....))))).......))).)))....)))).....)))))).((((.((..((((((((.(((........)))))))))))..))...(((....))).)))).))))))))))))))).....((((....))))........))))).....))).))).....)))))).)))..))))))..(((((((((.........(((....)))....(((((..((...))..)))))..))))))))).)).)))))))).....(((((((((((((((.((((((((......((..((....))..)).((......))......))))).).))....(((.((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))))))..((((((((.....))))))))..((((((((((...(((....)))..)).)))))))).....((((.(((....)))..(((.(((((((...(((((........(((.((((....)))).)))....)))))....))))))))))..((((((((((((..........)))))....((.(((....))).)).(((((((((.....))))))))).....)))))))))))..))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.(((..((((..(...(..((((((((((((((....)))).))))))))))..)...)..))))..))).)))))))))).)).))))..))))))....)))).((((((((....)))))))).))))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(..(((((.......((((.....(((..(((((.((((.((....(((((.........................................................................................................................................................................................................))))).....))))))...))))..............))))....))))......))))).((((...((.(..(..........((....(((......(((((............))))).)))((((((((......((((..(((......)))......))))...)).)))))).....(((.((((.((((.....)))))))).....((((...((((((((((...(((.....(((((((......))))))).))).....))))...))))))....))))))).((((...((.((((((........)))).))...))...))))((...................................((.((.((..(......((((......)).)).)....))....))...)).)))).))))..)))))((((...((.(((.....((.........((((((....(.((.....((((((.(((....((..............)).....))).....)))))).))..........).(.(((.........))).....).................)))))).....)).....))).....)).)))).((((...(....(((...(((((((...........)))))))))).).))))...((.((((....(((((((((((((((((.((((((......)))).))...)))))))))))))..............................................(((((((((((((...............((((((.((((((..((..(((.(((((..((((((((...............))))))))..))).............).).....)))...))......))))))...))))).)........((......((((....((((((((.((((.((((.......((((((((.(...(((...((....)).))).)......))))..........))))......))))...))))......))))))))....)))).))..............(..(.(((((((((.((((.(((..((((............))))...)..))..)))))))(.(((((((.......)))))))...)))))))...)....)))))))))).))))(((.....(((.....(((((((....)).))).))....)))......)))..........((((((((((............)))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))).)).)))).....))(((...((((((((.....((((((..(((..((((.(..(((...((((((.((....)))))))))..))...)..))))..)))..).)))))..)))))))......)......))).((((((((....)))))))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((.((((((..........................(((((((.((((((((((((((...(..(..(((.....)))....)..)......((((((...........))))))....)))).)))))))))).((((((....((..(..((((((.(((((.....((((..((....))..))))))))).)))))).......(((((.(((....)))...)))))....)..)).....))))))...))))))).....)))))).................(((..(((((((........)))))))..)))...............................................(((...((((((........)))).))...))).......................................((..((((((..............(((((((((((((....)))))))))).)))..................))))))..)).................................(((((......(((..((((.............((....((((((((......))).))))).....))......(((..((((..(((.....((((((((......))))))))..((((.....((((((...((((((((((......))))).)))))...(((.(..(((((((.(((....))).)))))))..)......)))....((((((........((((((...(((((((((((((.....)))))))))))))(((....(((((........((((((((..(((((......((((.((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))).....(((....)))..)))).....)))))..))))))))...((((..((.....(((((....)))))....))..)))).))))).))).....)))))).((((.((..((((((((.(((........)))))))))))..))...(((....))).)))).))))))))))))........((((....)))).........))))......))).)))).)))...)))).)))....))))).................(((....))).......................................................((((((((((((.................................((......))........................((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))).....(..(((((.....)))))..)................(......)........................................(((((((...(((((........((..((((....))))..))....)))))....)))))))............(((((..........))))).....................(((((((((.....)))))))))...................)))).)))))))).....((((.((..((((((((((.(((..((((..(...(..((((((((((((((....))))).)))))))))..)...)..))))..))).)))))))))).)).)))).................((((((((....)))))))).)))))))). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((.(((((((........(((......))).....(((((((.((((((((((((((....((((.(((..((((((..(.(((.........))).)..))))))..)))))))...)))).)))))))))).((((((....((..(((((((((.(((((.....((((..((....))..))))))))).)))))).......(((((.(((....)))...)))))..)))..)).....))))))...)))))))....)))))))...(((((...........((((((.((((......((((((((.......)))))))).(((((..((((....(((......(((......)))(((...((((((........)))).))...))).......((.((....))))......)))...))))...((..((((((..........((..(((((((((((((....))))))))).))))..))..............))))))..)).)))))..)))))))))).((((((.(((...((((((((...(((((.((((...........(((((...(((((((((....)))).)))))....)))))((..(((.(((((..(((((...((((((((......))))))))..(((((.(((((((((...(((((..(((......)))...)))))...(((.(..(((((((.(((....))).)))))))..)......)))....((((((........((((((...(((((((((((((.....)))))))))))))(((...((((((........((((((((.(..(((......(((((((((.((((((.(((..(((......)))..)))..)))))).)))))....(((....)))..)))).....)).)..)))))))))...((((..((.....(((((....)))))....))..)))).))))))))).....)))))).((((.((..((((((((.(((........)))))))))))..))...(((....))).)))).))))))))))))))).....((((....))))........)))))...)).))).)))))))))).))))))))).))))))))................(((....)))....))))))))).......)))))(((..((..((((....))))..))...(((((((((((((((....(((....((..((..((....))..))..)).....))).....((((..........(((.((((..((((.(((((((....)))))))...))))..)))))))..(..(((((.....)))))..)..((((((((((...(((....)))..)).)))))))))))).((((.(((....)))..(((.(((((((...(((((........((..((((....))))..))....)))))....))))))))))..((((((((((((..........)))))....((.(((....))).)).(((((((((.....))))))))).....)))))))))))..))))).))))))))))...((((.((..(((((((((..(((..((((......(..((((((((((((((....)))).))))))))))..)......))))..)))..))))))))).)).))))...)))..........(((((((((....)))))))))))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
|
|
AACCUGGUUGAUCUUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAAGUGAAAGUAUAUGCAUAUUUUAUAUGUAGAAACUGCGAACGGCUCAUUAAAACAGUUAUAAUCUACUUGACAUUUUUUCUAUAAGGAUAACUACGGAAAAGCUGUAGCUAAUACUUGCCUUAGCACUCUUGAUUCAUUUCUUGAGUGUGUACUUGUUAAGCCUUUUAAGAAAAAAGUUAUUAACUUAAGGAAUUAUAACAAAGAAGCGACACGUAAUGGAUCCGUCCAUUUUUAGUGUGUAUCAAUCGAGUUUCUGACCUAUCAGCUUUUGAUGUUAGGGUAUUGGCCUAACAUGGCUAUGACGGGUAACGGGGAAUUAGAGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAAUAGCUACCACAUCUAAGGAAGGCAGCAGGCGCGUAAAUUACCCAAUUCUAAAGAAGAGAGGUAGUGACAAGAAAUAACAAUACAAGGCCAAUCUGGCUUUGUAAUUGGAAUGAUGGGAAUUUAAAACCUUCCCAAAACUCAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAAUUGUUGCAGUUAAAACGCUCGUAGUUGAAUUUCAAAGAAUCGAUAUUUUAAGCAACGCUUCUAGCUUAAUCCACAUAACUGAUACUUCGUAUCGACUUUGUGCGCAUUUUGCUAUUAUGUGUUCUUUUAAUUAAAAUGAUUCUUUUUAAGGACUUUCUUUGCUUCGGCUUGGAAGUCCUUGUUACUUUGAGUAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAAACAGAUAUAGCAUUGCGCGUUUGAAUACUACAGCAUGGAAUAACAAAUUGAACAAGUCAGAAUUUUUGUUCUUUUUUCUUAUUUUGGCUUAGUUACGAUUAAUAGGAGUAGCUUGGGGGCAUUUGUAUUCAGAUGUCAGAGGUGAAAUUCUUAGAUUUUCUGGAGACAAACAACUGCGAAAGCAUUUGCCUAAAAUACUUCCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAAGGGAGUGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAAUCUUAACCAUAAACUAUGCCGACUAGGCUUUGGAUGAAAGAUUUUAAAAUAAGAAUUUUCUCUUCGGAGUUUAUUCUUAGAUUGCUUCCUUCAGUGCCUUAUGAGAAAUCAAAGUCUUUGGGUUCUGGGGCGAGUAUUCGCGCAAGCGAGAAAGUUAAAAGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGCGUGGAGCUUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUCACUAGUUUAAGACAAGAGUAGGAUUGACAGAUUAAUAGCUCUUUCUUGAUUUCUUGGAUGGUGAUGCAUGGCCGUUUUUAGUUCGUGAAUAUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGAUCUUAACCUGCUAAUUAGCGGCAAAUACGACAUAUUCUUACGUGGGACUGAAUUCGGUUGAUUUGCUUACUUUGAAGAAAAUAUUGGGAUACGUAACAGUUUCCCUUUCCCUUUUCUACUUAGUUCGCUUUUCAUACUGUUUCUUUUUCGCGUAAGAAUGUAUUUGCUUGAUUGUAAAGCUUCUUAGAGGAACGAUGUGUGUCUAACACAAGGAAGUUUAAGGCAACAACAGGUCUGUGAUGUCCUUAGAUGAACUAGGCUGCACGCGUGCUACACUGAUAUGUAUAACGAGUUAUUAAAAUUACGAUUCAGCUUGCUGUUUCGUAUUUUUCCUCCACUGAAAAGUGUAGGUAAUCUUUAUCAGUACAUAUCGUGAUGGGGAUAGAUUGUUGCAAUUAUUAAUCUUGAACGAGGAAUGCCUAGUAAGCAUGAUUCAUCAGAUUGUGCUGACUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAAAGAUAUGAUGAAUUGUUUGGACAAGAAGAAGGGGGAUUAUAUCUCCUUUUUUCUGGAAAAACCGUAAAUCCUAUCUUUUAAAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...{{{.))))).(((.(((((((..((((((((.....(((.(((..((...(((....(((((.....)))))....)))))......(((......((((..((..((...((((...........((((....(((((((.....))))))).....)))).....((((((..((......))..))))))....((((((..((((.........(((((...))))))))).....))))))........(((..((((((....))))))....)))....))))..))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...((((.....)))).)))).)).))))).....(((((((((((((...)))))))))).)))......(((((((.......)))))))........(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((...<.((((...(((..........................................................................................................................(((((.(((...((....))...))))))))..........................................................................................................................................(((((((.((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).)))))).)))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<.((((.((((((((............(((((((...(((....)))...))))))).......)))))))).))))...<<..))>>...>>>....>>>>))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((.....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..(((.(((((......((((((((((((((((..(((..(((((((...((..(((....((((((....(((((((......)))))))......))))))....)))..))...))).)))).)))..)))))))))))))))).)))))...........)))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((..........(((((..(((....)))..))))).....((..((((....))))..))....))).......)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))..).(((((((((.....)))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((((.......)))))..(((.....(((((((((((((((...((((((...(.((((((..(((((((...)))))))..((((((((.((....(((..(((((((.((((.(((.((((.((((((((..((((....((((((.....)))))).(((((..(((....((((((..((......))..)))))))))..)))))..))))...))))))))))))....(((..((((((........((.((.((((..((((((....))))))....)))))).))..((...(..((((((..((((((....((((((((.......)))))))))))..)))..)))..)))..)....))....)))))).)))..(((((.((.(((.((.(..((........))..(((.((.(((((....(((((((..(((....)))..).))))))(((.........((((((((((((.....)))))))).))))......((((((.........))))))...(((.....))).....)))..))))).)).)))..).)).))))))))))......))).)))).)))))))..))).....)).)))))))).......(((((((((..(((..(((.(((((...((((..((((((((....((((((...))))))....)))).).)))..))))....))))))))..))).....))))))))).(((((((((((...((....))..))))))))))).)))))).).........((((((((((((((............))))...))))))))))...))))))...........(((((((........)))))))...((((((((.(((((.(((((..(((((((.((((((..(((((....(((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))(((.(((....))).))))))))..)))))).)))))))...(((....)))..((....((..(((((........)))))..))....))...))))).)))))..((((.(((((.(((.((((......(((((((...(((....)))...)))))))))))..))).))))).)))).))))))))....)))))))))).....(((((.((.(((((....)))))...(((((.....))))).(((((((.....((.(((((.(((..((((((........(((.....))).....((((((.(((((((((((((.((.(((((....)))))..))..))))))...))))))))))))).....))))))...((((((((.........(((((.((......))))))).....((.(((...(((((.((((((..(((((((((.....(((((((((((..(..(((..(((((((...((..(((....((((((....((((.((......)).))))......))))))....)))..))...))).)))).)))..)..))))))))))))))))))))))))))..(((((((((..........(((((.....))))))))))))))..........)))))....))).)).....)))))))).))).))))).))...(((.(((((((((...........((((.(((((..(((....)))..))))).))))(((.((((....)))).)))............))))))))))))..((((((...(((((.(((.........))))))))........((((.((((..(((.....)))..)))).)))).)))))))))))))......)))))))....(((((.((..((((((((((.(((..((.((((.....((((((((((((((...))))))))))))))....)))).))..))).)))))))))).)).)))))........)))))..((((((((.....)))))))).)))....) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((((.......)))))))).............................................(((..........)))...........................................................................((((((((((...))))))))))............................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((((((((((............))))...))))))))))........................((((((((((.................))))))))))...............................((((((((((((.........................)))))))))))).................................................(((((((.......((((.........))))....))))))).................((((((((((...............(((((((................)))))))..........))))))))))..(((....))).........................(((((....))))).........................................................................................................................................................................................................................................((((((((((((((((..................................................................................................)))))))))))))))).........................(((((....(((((.....)))))................................))))).............................((((((((((.............................................((((((((....))))))))............))))))))))..........((((((..........))))))...............((((((((((((((.....))))))))))))))...............................((((((((..((((((((((((((...............(((((((((((......)))))))))))...............)))))))))))))).))))))))............................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................(((((..(....................................)....)))))...............................................................................(((((..............))))).................(......................).......................(((...(((....))).......)))..................................((((((((.......))))))))...................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((.(((((((((...)))))))))..)))..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((((.....................))))))))............((((......(((((.((((((((((((......((........)).......)))))))))))).....((....))(((.......)))........................((...........((((.........))))........))..................(((..((((((((.................................................))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).................(((....(((((((((........................................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))...................................................(((((.(((.((((..(((((((((((..............................................................................................................................................))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..................))))).....))))..................((..((((((((..............................................((((((((....)))))))).............)))))))).))...((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))..........................(((((((....((((((((((((((((((..(...((.(((((((((((((...)))))))))))))))...)..))))))))))))))))))...)))))))....................((((.....))))............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))............................((..............................................))....................................(((............)))...........((((((.((((.....(((((..............))))).)))).)))))).....(((....((((....))))..))).......................(((...(((....))).......)))..................................((((((((.......))))))))...................((((....))))...((((((..((.((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((...)))))))))).)))...................................(((((.....................................)))))..................................................(((((((..........................................)))))))..................................................................................................................................................................................((((((((((((.............))))))))))))..((((((((.((((((.......(((.((((((((((((((((...(........)...)).))))))))))))))....(((....)))...))).....)))))).))))))))..........(((..........((((.........)))).......)))..................(((..((((((((.(((..........................................)))))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))..........................................................................................................................................................................................................(((((.(((.((((..((((((((((...............................................................................................................................................)))))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))...................................................(..((((((((..............................................(((.((((....)))).))).............)))))))).)....((((.((((((..........)))))).................((.(((((((((.....))))))))).))....)))).........................((((((((...(((((((((((((((((((..(...((.(((((((((((((...)))))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..))))))))...................((((.....))))............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..((.(((((((((((.....(.....(((.(((..(((....(...(((((((...))))))).)...)))......(((........((.......))........((((((((.(((((....((((((.....))))))..........)))))((((((..((......))..))))))...................))))))))(((((.(..(....)..).)))))..((((((.((((..((((((....))))))....))))...((....))))))))..(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.(((..........))).))................)))))).)....((((((...(((....)))....))))))))))))......((((((((((((.....))))))))).)))......((((((.........))))))........((((((.......((((.....((....)).......))))))))))...)))))........(((((.(((......((.((((((........(((((((....(((..(((.(((((.(.((((..((((((((.(..((((((...))))))..).)))).).)))..))))..).))))))))..))).......)))))))..(((((((((....((....))...)))))))))....((((((..............))))))..............)))))).))......))).)))))................))((((((((((.................))))))))))((((((...........))))))....((((((((....)))))))).((((((....(((..((((...(((((.....(((.(((....))).)))..........)))))..)))).)))((....)).(((((((((..((((.........)))).....................(((.....))).....................(((((((...(((....)))...)))))))...)))))))))...)))))).(((....)))..(((((........))))).....(((((....)))))..............(((((.(((((((..((.(((((((.(((.((((((.........(((.....)))........(((((..(((..(((((....(((....)))......))))).)))............((.((((..((((((((....((((((......((..............)).....)))))).....(((((.(..((((..(((.((((((((.....((((((((((((((..(((..(((.(((...((..(((..(.(((((..(..((((............))))..)....))))).)..)))..))...)))..))).)))..)))))))))))))))))))))).....(....))))..))))........(((((.....))))).....).))))).....))).)))...).))))))).......)))))...)).)))).))).)(((((((................((((.(((((..(((....)))..))))).))))(((.((((....)))).))).......))))))).....((((.........((((((..........))))))...))))...))))))....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....(..((...(((((.....((((((((((.(((..((.((((...(.((((((((((((((...)))))))))))))))...)))).))..))).))))))))))....)))))....))...)....(((((((((.....)))))))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))......((((((.............................))))))((((((.....))))))...((((.................)))).................(((((((.(.(((...((((((((((.(((((.((.((((((((((((((.((((..(((..(((((((..(...(((((...((((((...((((((((((...........................((.((.((((..((((((....))))))....)))))).))..........((.((((.((((((....((((((((.......)))))))))))..))).))))...))((((((.......))))))((((.((.(((..........))).)).).)))......(((.((.((((((...((((((...(((....)))....))))))..).........(((((((((((((...)))))))))).)))(.....((((((.........))))))....)...................))))).)).)))......((((((((......(((((.......................)))))....(.........(((((((((...........(((((...((((..((..((((....((((((...))))))....))))....))..))))....)))))..(........).))))))))).(((((((((((...((....))..)))))))))))((.(((((((((........)))))))))..))..........................)....)).))))))........(((((((........)))))))))))))))))....))))))(((.((((((((.((((((..(((..(((.(((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).))))).((.(((....))).))))))))..)))))).)))))))..)))).......((((((((...((((.........))))..((((((..(((........(((.....)))..)))....))))))......(((((((...(((....)))...)))))))....)))))))).))))))....)))))))....)))...)))).)))))))))))))).)))).)))......(((.........))).(((((((.((((.....)))).)))...(((((.............((((......(((((.(((((((((((((((..((((....))))....))))))....)...))))))))))))).......)))).....((((((................(......).....)))))).............((((()))))(((((((((.....((((((((((((((..(((..(((((((...((..(((..(.((((((....((((.((......)).))))......)))))).)..)))..))...))).)))).)))..)))))))))))))))))))))))..........(((((((..........(((((.....))))))))))))((((((((...((((()))))..)).)))))).......)))))((((()))))..(((.(((((((((...((((((..((((.(((((..(((....)))..))))).))))(((.((((....)))).)))))).))).....))))))))))))..((((((((((((((())))....))))).......((....))((((.(((((((((.....))))))))).)))).))))))...)))............)((.(.(((((.((..((((((((((.(((..((.((((...(.((((((((((((((...)))))))))))))))...)))).))..))).)))))))))).)).)))))..).))........))))))))))...)))).)))))))...... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((......))))................((((((.........(((.............)))...............((((...................................((..((....))))..........))))................((((..(.(....)..).))))...............................................................(((....((........))......)))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((...)))))))))..)))...................................((((((.......((((....................))))))))))................................................((((..(((((((..((((............)).............).)......))))))))))...)..................((((((((((.........))..))..)))))...).........................................................................................))))))...................((..(..(..................))))........(((((((..((((((.......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((....((((..................(........................).))))))))..)))...((....))..........))..........((..(((((....)))))...))...........((((....(((((((((......((((.....)))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....))))..........................((......))..............((((((....((((..((..(((..............((.............................((....................................................)).............................)).........)))............))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....).......................................(((.((((....)))).)))..............))))))))))..(((((((((((............)))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((....(((((((..(((..((((..(...(((((((((.((((.......)))).)))))))))..)..))))..)))..)))))))...)).)))))..).)..............((((....).)))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((...............................(((((((((.(.....((.((.........)).)).......))))..))))))..................................((((..((....))))))...........(((((..((((.....(((.(.(..(......)..))))).))))..)))))...................................................(((.(.(((......)))))....))............................((.....((((((((.......)))))))).))....(((((.......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((...)))))))))..)))...................................((((((...................................)))))).................................................(((..(((((((..............................(((..)))....))))))))))........................((((...(.(((((.......)))))...................).))))................................................................................................(((..((.(....................)))))).............((((((....((((((((((((.((((((((((((((......))))..))).))))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((...(...((((.........))))...)))))))).................(((..(((((.................(((.(................).)))............)))))..)))...((....)).............(((......((..(((((....)))))...))....)))....((((....(((((((((.....(..((.....))...................................)...(((((..................................)))))..)))))))))....))))..................................................(((((((((.((((..(...(((................(.(......................(....(......(((..................................)))......)....)......................).)...........))).............)..)))))))..(.((((((.....)))))).)....)))))).................)))))))...)))))).................(((.(((((((((.....).......................................(((.((((....)))).))).............)))))))))))..(((((((((((............)))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......)))))).................)))))(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...(.((((((((((((((...)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).............((.((((.....)))).)))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((......[[[[[))).........((((((((...))).)))))...]]]]]..(((((((....))))))).....((((((((.(((................((((((((...............(((....)))...((((((.....))))))..........(((((((((((..............))))))......(((((..(((((.....)))))...))))).))))).)))))))).........((((..((((((....))))))....)))).......)))))))))))(((............[[[[[[[)))......]]]]]]].....((((((((..(((...............[[[[..[[[...[[[))).......]]]......]]]..]]]]((((.(((((...((((((.(((((((((((.............................((((((((((...)))))))))).)))))))..))))))))))...((((((............))))))...))))).)))).(((((.....((((....(((.....)))....)))).....))))).((((....(((.(((((.....((((((...(((((((.((((((..........))))))...................))))))).....((((((...((((((....((((.((((....))))(((.......(((((((((((.............))))))))))).((((((((.....)))))))).))).....))))...)))))).)))))))))))).))))))))......)))).....(((((((..[[[[..)))))))....]]]]...((((((((.(((..(((((((.((((((..(((((....(((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))(((.(((....))).))))))))..)))))).)))))))...)))..))))))))....(((.[[[[.))).....]]]]..((((((...(((...(((.(((.....)))..)))))).))))))......(((((((...(((....)))...)))))))((((.....[[[[[[.[[[[...[[[[))))....]]]].]]]].]]]]]]......(((((....)))))...(((((.....)))))....((((.((((.[[[[)))).))))...]]]]..............(((((((..[[[[[[..((((((.((((((...(((((....))))).)))))))))))))))))))..]]]]]]......((((((....((((((...............[[[[[[........))))))......]]]]]]........)))))).........((((((((((((((((..(((..(((((((.......(((....((((((....((((............))))......))))))....))).......))).)))).)))..))))))))))))))))....((((.[[[[[.))))...........]]]]]((((((.....((((((..((((((((..((((((....)))..)))))))))))......(((.(((....)))..(((.(((((((((...(((.....((((.(((((..(((....)))..))))).))))(((.((((....)))).)))....))).....))))))))))))..((((((((((((..........))))))...............((((.(((((((((.....))))))))).)))).))))))))))))))))))))).))))))))(((((.....((((((((((.(((.....((((.....((((((((((((((...))))))))))))))....)))).....))).))))))))))....)))))............(((((((((((.....)))))))..)))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).(((.....)))((((....((((((((((.((((.((.........(((((((...)))))))...))))))...))))..............))))))....)))).(((((((...(((...((((((((((.(((...((.((((((((((...((((((..((......))..)))))).(((((((((((((.........(((((((..((.....(((((((........((.((.((((..((((((....))))))....)))))).)).....)))))))....))..))))))).((((((((.......)))))))))))).)))))))))..(((.(((((((((..(((((((((((((((((.((.....))))).)).(((((((((..((((.((((((((((.((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((...))))))))).))))((....((((((.........))))))....)).(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))).((.((((((.....((((((......(((((((.((((........(((((((((..(((..(((.(((((...((((..(((.((((....((((((...))))))....))))...)))..))))....))))))))..))).....))))))))).(((((((((((...((....))..))))))))))).((((...)))).)))))))))))....)).))))))))))))..))))))))))...((((.(((..(((((((.(((..(((((((........)))))))..)))..))))))).)))))))...(((((((.((((((..(((((.....((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))).(((.(((....))).))))))))..)))))).)))))))..........(((((((.......((((.........))))....))))))).........)))).......))))))))).((((((((......)))))))))))))))))))).)))))..)))).)))....(((.((((...((((........)))).)))).))).)))))))))).))...)))..................((((((((((((....((.(((((.((((.((((((.......((.((...(((((((..........((((((.((((((..((((....))))....)))))))))))))))))))..)))).......)))))).....((((((..........((((.((......))))))))))))..........(((.((((..((((((((((((.....((((((((((((((..(((..(((((((...((..(((....((((((....((((.((......)).))))......))))))....)))..))...))).)))).)))..)))))))))))))))))))))))..........)))..)))))))......((((.....)))).((...((((((((((.((.((....)))).)).))))))))...)).)))).))))).))((((((.(((((((((...........((((.(((((..(((....)))..))))).))))(((.((((....)))).)))............)))))))))))).)))....((((((..........)))))).......(((.((..((((.(((((((((.....))))))))).))))))))).)))))))............))))).(((((.((..((((((((((.(((..((.((((...((.(((((((((((((...)))))))))))))))...)))).))..))).)))))))))).)).)))))..............))))))))))...)))..)))))))...... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))................................................(((((.....)))))........................................................(((...((((((((((...........(((((((((((.((((((.........{{{..))))))........((((((...((((((((((.................................((((..((((((....))))))....))))...................(((....((.....((((((((.......)))))))).))...bbb))).......(((...........))).........(((..........)))...............((((.(((((.....(((((((.................))))).............(((((((((((((...)))))))))).)))......<<<<<<)).......>>>>>>..........dd.......))))).))))......................DD..................................................((((((((...(((..(((.(((((...((((..(((.((((....((((((...))))))....))))...)))..))))....))))))))..)))......))))))))..((((((((((...((....))..))))))))))......................................................................ccc.........(((((((........)))))))))))))))))CCC.)))))).....(((((((.((((((..(((((..((aaaaa.aaaaaa))((................))...AAAAAA.AAAAA(((.(((....))).))))))))..)))))).)))))))....((....)).(((((((((..((((.........))))..((((((...((........(((.....)))......)).))))))......(((((((...(((....)))...)))))))...))))))))).((.((((...((}}}.)).........)))).)))))))))))))((((....)))).....................((((((...........................................................((((.((((((..................))))))))))...............(((...............................................................................(((((((((.....((((((((((((((..(((..(((((((...((..(((....((((((....((((.((......)).))))......))))))....)))..))...))).)))).)))..)))))))))))))))))))))))............................[[[[)))..]]]]................................................................((..(((((((((...........((((.(((((..(((....)))..))))).))))(((.((((....)))).)))............))))))))).))...(((.......................................((((.(((((((((.....))))))))).))))...))).))))))..............BBB.(((((.((..((((((((((.(((..((.((((.....((((((((((((((...))))))))))))))....)))).))..))).)))))))))).)).)))))..............))))))))))...)))............... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.((((((((.((...........((((((((...)))).))))..((((.(((..(((((((.......)))))))..))..))))..).(((((..............................(((((((..((....))))))))).....))))).....((((.....(((((.(.(......)..))))).)))))..(((((........(((...((((.....)))))))....).))))..........((((.((.(((.....)))))..).)).).................((((..((((((....(((((((((.....)))))))))))))..)).)))).....................((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).........(..(((((((((((((...)))))))))).)))..).......................................))..))))).)))..((....)).((.......(((.(((((((..........))))))).))).......................(((((((((((((.........((..((...................)..)))..))))).))))....))))...(((((((.(((..((............((((...(..........))))))).)))..))))))....).......................((((((.((((..............)))...).)))))).....((((((...(((((....((((((((....))))))))))).....))...............((((((((.((((((..((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))...((....))..(..(((((....)))))......)....................)))))).(((((((..((((((((.....(((.........(..................).....)...)))).))))))..)))..(((....))).))))....................(((((....)))))........................((.((((.....)))).))........................(((....)))))........................(..(((..((((....))))..)))...((((((((((((((.(((.((((...((((.((((.((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..((((((.((.............................................................................((............))..................)).............................))........))))..)))))).)..(((((((.....))))))).....)))))))............(((..((((..(((...)))))))..))).........((.(((((((((.((((((.(...(................................((((((((....))))))))))).))).)))..))))))))))...((((((.(((((..........))))).....(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).))))))))))...((((.((..((.(((((((.(((..((((.(....((.((((((((((((.....))))))))))))))...)..))))..))).))))))).)).)).)))).............))..(((((((.....))))))))))))))).) |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.((((((((.((............................(((((((((.(((...(((((((....))).))))...))..))))..))))))...............................((((((..((.....)).))))))................(((.....(((((..((......))..))))).))).((((((((.(.(...........(((...)).....).)))).))))))........(((.(.(.(((.........)))))))).................(((((..((((((....(((((((((.....)))))))))))))..))..)))..)).................(((((((..((((((........)))).)).).)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))......................................))..))))).))))..........(.....).((((.(((((((..........))))))).))))..............((........((.(.((((((((.........((((..........((......))).))))))))))))))...........((((((.(.(((((((((((((....................)))))))))))..).)).).)))...))))......((((.....))))..((((((.(((..................)).).)))))).............(((..((..(((((((((....)))))))))..))...)))..............((((((((.((((((..((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))...((((....)))).))))..)).)))))).))))))))..(((....))).....((((....))))..............(((((.((((...((..........(((..((((((((.................((.((......)).....))............))))))))..)))...((....))...))................((((.(((((....)))))..))))................((((.((((.....)))).))))......................(((....)))..............).))))))))..((((((.(((((....))))).)).))...((((((((((((.(((..(((...((((.((((.((((((.....)))).)))))).)))))))...(.(((((.(((.((((..(((((((((((.......................................................................................((...............)).))..))........................))..))........)))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))))............(((..((((..((.....))))))..)))........(((.((((((((((..((((.....(................................((((((((....))))))))).).)))))....)))))))))))..((((((.(((((..........)))))........((....))..((.(((((((((.....))))))))).))...)))))))))...))))).))))))).))...((((.((..(((((((((..(((..((((.((...((((((((((((((((...))))))))))))))))..)).))))..)))..))))))))).)).)))).............))..(((((((.....))))))))))))))).) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).........((((((((...)))).)))).......((......)).(((((.......)))))....((.(..................((((((((...(..(((.((((((((..((((....((((((.....)))))).(((((..(((....((((((..((......))..)))))))))..)))))..))))...)))))))))))..........)..))))))))...((.((.((((..((((((....))))))....)))))).))....)))...(((......)))........((((((.......))))))........(((((((...((......(((((..(((((((((((((((((.(.......)))).)).(((((((((..((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))......((((((.........))))))...(((.....))).....))))).)))).((....)).((.(((((((((.(((..((.((.........((((((......(((((((.((((........(((((((((..(((..(((.(((((...((((..(((.((((....((((((...))))))....))))...)))..))))....))))))))..))).....))))))))).(((((((((((...((....))..))))))))))).((((...)))).)))))))))))....))).)))....)......).))..)))........))).)))))).)).((..(((((((........)))))))..))...(((..(((((.(((((..(((((((.((((((..(((((.....((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))).(((.(((....))).))))))))..)))))).)))))))...(((....)))..((....((..(((((........)))))..))....))...))))).))))).))).))))))))).((((((((......)))))))))))))))))))).))))).....(((((.((((((.((((...((((........)))).)))).)))))).))))).((((....))))....(((((.....))))).(((((((.....((.(((((.((((.((((((........(((.....))).....((((((.(((((((((((((....(((((....)))))..)....)))))...))))))))))))).....)))))).....((((((...............((......))....))))))..........(((.((((..((((((((((((.....((((((((((((((..(((..(((((((...((..(((....((((((....((((.((......)).))))......))))))....)))..))...))).)))).)))..)))))))))))))))))))))))..........)))..))))))).....(((((.....))))).(...((((((((((.(.(((....)))).)).))))))))...)..)))).))))).))...(((.(((((((((............(((.(((((..(((....)))..))))).))).(((.((((....)))).)))............))))))))))))...(((((.(((((..........)))))........((....))((((.(((((((((.....))))))))).)))).))))).))))))).......))))))))).(((((.((..((((((((((.(((..((.((((...(.((((((((((((((...)))))))))))))))...)))).))..))).)))))))))).)).)))))................(((((((.....))))))).......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(.(..........))....))(((......(((.......(((..(...((....(((((...........(((....(..(((.....)))..)).....)).((.....((((((((........)))))))).))(.(((((((....((((..................))))....).)))))).).....(..(((....((....))........)))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..)).......((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((((.......(.(((..((((........(((....((((.........((.(...)....(.......).))).))))))..............................................................................................((((((((.......((...((((...))))(((............)))........))......)))))..))).............((((((((((.................)))))))))).((((.......(((((...(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......(...)((.((((((..((((((((.(((.((...))..................................)))))))))))..)))...((....))..))).....))..)))(((.((((..((((....))))...)))).(.....)...((((((((((((((.....))))(((.((((((......((...))....(((....)...)).(((((((((((((.....((....(((..((....))..)))..)).))))).(.((((..(((.((((((((...(((((..((.....))..)).((......))...)))))))....(((((.(((.((((..((((((((((...(...........................................................................................................................................))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))........)))))))..)))))........)))))))))).)))).))).(((.(((((((.....(((.......................................(((.((((....)))).)))....))).......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((.((((((((((((.....))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))((((((((.....))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((((((..((((.(((((((((((((...))....(((.(((........((....(.............)....))(((......(((.......(((....((((....(((((...........((.....(..(((.....)))..)......))(((.....((((((............)))))).))).(((((((....((((..................))))....).)))))).......(..(((....((....))........)))).)))))...)).)).))).(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).))...((....))..)))))))))......((((((...(((((...))))).))))))))))........(((((((((((((...)))))))))).)))......((.................)).......(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))...(((((((.(........)((((.............((((.....(((((.........................)).......))).)))).............................................................................................(((((.......((...((((...))))(((............)))........))......)))))..................(((((((((((...............)))))))))))..(((((((..((((((...(...(((((((((.((((((((.(((((......))))..)..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))..)))))))...))))..(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((.((((((..((((((((.(((..........................................)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((...(((..((((....))))...)))............((((((((((((((.....))))(((.((((((.........(((.....)))........(((((.(((..(((((..(((......(((........))).))).....)))))..))).((.((((((((((((...(((..((((.(.((((.....))))..)))))..))))))))...(((((((((.((((..(((((.(.(((((..........................................................................................................................................))))))...)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).........)))....))))))........))))))))))).....))).(((.(((((((.....(((.......................................((((((((....))))))))....))).......))))))))))...(((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....)))))))))..((((((.((..((((((((((.(((..((((..(...((.(((((((((((((...)))))))))))))))...)..))))..))).)))))))))).)).)))))....))))))))))).(((((((.....))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(.(..........))....))(((......(((...(...(((.....(((....(((((..(........(((....(..(((.....)))..)).....)).((.....((((((((........)))))))).))(.(((((((....((((..................))))....).)))))).).)...(..(((....((....))........)))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......))))..((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..)).......((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((((......((.(((..(((.........(((...((.(..........((....................))..))))))..............................................................................................((((((((.......((...((((...))))(((............)))........))......)))))..))).............((((((((((.................))))))))))(((((.......(((((...(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).))...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......(...)((.((((((..((((((((.(((.((...))..................................)))))))))))..)))...((....))..))).....))..))).(((((((..((((....))))...))))((.....))..((((((((((((((.....))))(((.((((((.....(((...)))...(((....)...)).(((((((((((((.....((....(((..((....))..)))..)).))))).(.((((..(((.((((((((...(((((..((.....))..))(((......)))..)))))))....(((((.(((.((((..(((((.((((...(...........................................................................................................................................)))))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))........)))))))..)))))........)))))))))).)))).))).(((.(((((((.....(((.......................................(((.((((....)))).)))....))).......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((.((((((((((((.....))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))((((((((.....))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((((((..((((.(((((((((((((...))....(((.(((........((....(.............)....))(((......(((.......(((.....(((....(((((...........(((....)..(((.....))).........))(((.....((((((............)))))).))).(((((((....((((..................))))....).)))))).......(..(((....((....))........)))).)))))...)).)..))).(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))......((((((...(((((...))))).))))))))))........(((((((((((((...))))))))).))))......((.................)).......(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))...(((((((.((......))(((..............((((.....(((((.........................)).......))).)))).............................................................................................((.((.......((...((((...))))(((............)))........))......)).))(....)............((((((((((.................))))))))))..(((((((..((((((...(...(((((((((.((((((((((((((......))))..)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))..)))))))....)))..(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((.((((((..((((((((.(((..........................................)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((...(((..((((....))))...)))............((((((((((((((.....))))(((.((((((.........(((.....)))........(((((.(((..(((((..((((.....(((........))))))).....)))))..))).((.((((((((((((...(((..((((.((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((((((.((((..(((((.((.(..(..........................................................................................................................................)..)))...)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).........)))....))))))........))))))))))).....))).(((.(((((((.....(((.......................................((((((((....))))))))....))).......))))))))))...(((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....)))))))))..((((((.((..((((((((((.(((..((((..(...((.(((((((((((((...)))))))))))))))...)..))))..))).)))))))))).)).)))))....))))))))))).(((((((.....))))))))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).........((((((((...)))).)))).......(((....)))..((((((...))))))..((((.....[[[[[[...((((...(((((((((..((((((.(((((((((.((((....((((((.....)))))).(((((..(((....((((((..............)))))))))..)))))..)))).).)))))))))))........)))).))))))))......{{.{{{{..((((((....))))))))))}}}}}}......[[[))))((((....))))...]]].(((((((....aaa)))))))...AAA((((((((........((((((((..(((((((((((((((((.((.....))))).)).(((((((((..((((.(((((bbbbb.((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))......((((((.........)))))).......bbbbb.......))))).)))).............(((((((((BBBBB.((.((((((.....((((((......(((((((.(((((.......(((((((((.((((..(((.(((((...((((..(((.((((....((((((...))))))....))))...)))..))))....))))))))..))).)...))))))))).(((((((((((.............))))))))))).((((...))))))))))))))))....))).)))))))))))..BBBBB.............))).))))))...(((..(((((((........)))))))..))).......(((((.(((((..(((((((.((((((..(((((....(((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))(((.(((....))).))))))))..)))))).)))))))...(((....)))............(((((........))))).............))))).))))).....))))))))).((((((((......)))))))))))))))))))).)))))..)))(((((.((((((.((((.(.((((........))))))))).)))))).)))))(((((....)))))...(((((.....))))).((((((((.......(((((.((((.((((((.(......................((((((.((((((((((((((...(((((....))))).)))....))))...)))))))))))))....))))))).....((((((..........((((.((<<<<..))))))))))))......>>>>(((.((((..((((((((((((.....((((((((((((((..(((..(((((((.......(((....((((((....((((............))))......))))))....))).......))).)))).)))..)))))))))))))))))))))))..........)))..))))))).....(((((.....))))).....((((((((((.(.(((....)))).)).))))))))......)))).)))))....(((((.(((((((((...........((((.(((((..(((....)))..))))).))))(((.((((....)))).)))............)))))))))))).))(((((((((((..........))))))...............((((.(((((((((.....))))))))).)))).))))))))))))).........))))))))(((((.....((((((((((.(((.....((((...(.((((((((((((((...)))))))))))))))...)))).....))).))))))))))....))))).]]]]]]........((((((((.....))))))))......... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...........))).....................((((...((((((.................................((((((...(((((......................................(((....)))(((.....)))))))).......((.....(((((..............))))).................((.......................((.((.................(((...(((....))).......)))...............((((.(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).(((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((...)))))))))...................................................))))).)))).(((((...((.....)).(((.....))).............))))).........)).)))))).............................................................................................................................................................................(..(((.....)))..)..............................)))))).................(((..............(((....................(((((((..((((((.............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))...........))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((...................................................)))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((((((....))))....................(((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....(((....)))((((........(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))..))))((.((((..((((((...............((....)).((......))......)))))(((((....(((.((((...(((.............................................................................................................................................................)))...))))))).........................((.....)).......))))))..))))))...)).))).))))))))).))...)))).))(((((((.(.....).......................................((..((((....))))..))..............))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((.(((..(((..((.(..(...((.((((.....((((...)))).....))))))...)..).))..)))..))).)))...)).))))..))))..............((((.....))))............. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((..............((((.((((..((((((..((((((........((.......................(((((..((((((.........)))))).........................((....))))))).(((((((..(((((..((((.....(((((..((......))..))))).))))..)))))................................((((......................(((....)))........(((..........................(((....((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))......((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((...)))))))))...............................................))..))))).)))).(((((.((((.....)).(((.....)))..........)).))))).........)))))).).))................................................................................................................................................................))))....))))))).......)).(((............)))...............))))))..................(((((((((...................)))))))))..(((((((..((((((.......(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).))))).....((....))...)))).....))))))..)))))))...((....))............((((.........)))).))))))..............(((....(((..((((((((.................................................))))))))..)))...((....))..........)))...)))).))))..((((....))))(((((((.........(((((((((((..(((.....(((.(((.((((((.........(((.....)))...........(((((((((((....(((((..(..((..((....))..)))..))))).........((.((((((((((((.....(..((((...((((.....))))...))))..)..))))..(.(((((((((.((((...((((...........................................................................................................................................................))))...)))))))....((((((.....))))))......))))))).......))))....))))))....)))).))))))))).)))).))).))).(((((((((.....).......................................(((.((((....)))).))).............)))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))....)))))..((((.((....(((((((..(((..((.(..(...((.((((...((((((...))))))...))))))...)..).))..)))..)))))))...)).))))............))))))).((((.....))))...)))))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..(((.....(((((((((((((((...((((((.(.(.((((((..(((((((...)))))))..((((((((.((.........(((((((.((((.(((.((((.((((((((..((((....((((((.....)))))).(((((..(((....((((((..((......))..)))))))))..)))))..))))...))))))))))))....(((..((((((........((.((.((((..((((((....))))))....)))))).))..((.(((((((.(((..((((((....((((((((.......)))))))))))..)))..)))....))))))).))....)))))).)))..(((((.((.(((.((.(..((........))..(((.((.(((((....(((((((..(((....)))..).))))))(((.........((((((((((((.....)))))))).))))......((((((.........))))))...(((.....))).....)))..))))).)).)))..).)).))))))))))......))).)))).)))))))..........)).)))))))).......(((((((((..(((..(((.(((((...((((..((((((((....((((((...))))))....)))).).)))..))))....))))))))..))).....))))))))).(((((((((((...((....))..))))))))))).)))))).).).......((((((((((((((............))))...))))))))))...))))))...........(((((((........)))))))...((((((((.(((((.(((((..(((((((.((((((..(((((....(((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))(((.(((....))).))))))))..)))))).)))))))...(((....)))..((....((..(((((........)))))..))....))...))))).)))))..((((.(((((.(((.((((......(((((((...(((....)))...)))))))))))..))).))))).)))).))))))))....)))))))))).....(((((.((.(((((....)))))...(((((.....))))).(((((((.....((.(((((.(((..((((((.....(.((.((.(.(((((((..........((((((.((((((...(((((....))))).)))))))))))))))))))).)))).).....))))))...((((((((.........(((((.((......))))))).....((.(((...(((((.((((((..(((((((((.....(((((((((((..(..(((..(((((((...((..(((..(.((((((....((((.((......)).))))......)))))).)..)))..))...))).)))).)))..)..))))))))))))))))))))))))))..(((((((((..........(((((.....))))))))))))))..(....)..)))))....))).)).....)))))))).))).))))).))...(((.(((((((((...........((((.(((((..(((....)))..))))).))))(((.((((....)))).)))............))))))))))))..((((((...(((((.(((.........))))))))........((((.((((..(((.....)))..)))).)))).)))))))))))))......)))))))....(((((.((..((((((((((.(((..((.((((.....((((((((((((((...))))))))))))))....)))).))..))).)))))))))).)).)))))........)))))..((((((((.....)))))))).)))..... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((((.....((((.((((.((((.((...((.((.......))))......))))))...)))).........)))).((((((.....(.........(((...(((....))).)))...).)))))).....((((.....((((..........)))).......((...((..((......))....))......)).....(((....((.....)))))...............................((((...((.((((..)).))...))...))))))))))))))).))).((((((...(((((...))))).))))))(.(((..........(((((((((....))))))).)).)))...)(((((..((((......((..((((((.((.((.(((((((((.(((((.((((...((((....(.(((.........(((((.((.....(((((((......................................))))))).)).........))..(((((((......)))))))................(((.(((((.......(((((((.........(((...))).))))))).)))))......))).(...((((((((.(((......)))........)))))))).)((((((...((((..(...((((((((((((((((.((((((......)))).))...))).)))))))))....(((....)))..)))).)...))))....)).))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..((((((..(..((..(((((((((((...............))))))))..................))).....))...).......)))))))))..)))).))))................)))).......)))))...))).))))))....).)...))...)))....)))..)).)))..................).....).)....)))(((..((((....(.(((((((.((((.((((((...((((..((.((((((.....)))))))))))))).)((((((((((.((((..(((((.........................)))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...)))))))...)....((((..((((...........))))....)))..)(((((((((((....(((.......((((((((....))))))))....))).....))))))))))).....(((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))).))).)))).))))))))..((((((((..(((((((..((.((.(..((...).))).......).......))...))..).)).))..)))))))).))))....)))(.(((((....).))))).))))))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((....((..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(.(((.(.((((((......((((..(((.((((.((....((((((......))))))......))))))...)))(((..(...(((..((((..(((((...(...(((((.((((((...((((...(((((((.......((((......((((............)))).))))((((((((......((((...((((....))))....))))...)).)))))).......((((..(((.....)))))))......((((((((((.(((.(((.....((((.....)))).))).....)))..))))((((....))))..(........)(((.(((((...(((((...))))).)))))((.((.....(((...((((((((((....)))))))))).)))...))....)).........((((..(.........).))))..........)).)...((((......(((...((.(((((....((((.....(((((((((.((.(...((((.....................)))).......).........))..........((.((...((((......)))...)...)).......))....)))))))....((((..(((((...(.(((((......))).))......).)))))....))))....(...((((((((((((...(.....).)))))))).)))).)(((((((...(((((..(...(((((((((((((((((.(((((......)))..))...)))))))))))))....(((....)))..)))).)...)))))...)))))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..((((((..((..(((.((((((..((.....(.(((........))))))..))).............))).....)))..)).......)))))).))..)))).)))))...)).....)))...))........................)).))))).))))......))))...))))...))))))...))))).).)))))..))))....))).)....)))(...(((((..((((((((.((((((((...(((((((((..(..(.....))...)))))))))))))).(.(((((((((.((.(((((.((((..............))))...)))))...)).)))(.((((((((.....))))))))...)))))))...)....((((((((..((((...((...)).))))....)))))))).(((.((((((((..((.......((((((((....)))))))).....)).....)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).)))))))))((((((((...((((((..(((..(((....((((((.........))...)))).....).))..)))..))))).)..)))))))).))))...)).)))).......))))...)))...)))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................(((((((...))))))).......................................................(((...((((((((((.......................((((((..((......))..))))))......................................................((.((.((((..((((((....))))))....)))))).)).............................((((((.........)))))).............................................................................((((.(((((...((((((.((((((((((..............................((((((((((...))))))))))..))))))..))))))))))...(((((..............)))))...))))).)))).............................................................................((((((...((..(((.(((((...((((..((((((((....((((((...))))))....)))).).)))..))))....))))))))..))......))))))....(((((((((((...((....))..))))))))))).................................................................................(((((((........))))))).........................(((((((.((((((......(((((.((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))).....(((....)))..)))))....)))))).)))))))...(((....))).................................................(((.....))).....................(((((((...(((....)))...))))))).........................................................(((((....))))).....................(((((.....((.(((((.(((..((((((.................................(((((.((((((..................))))))))))).....................))))))....((((((...........................................................(((((((((.....(((((((((((..(..(((..(((((((...((..(((..(.((((((....((((.((......)).))))......)))))).)..)))..))...))).)))).)))..)..)))))))))))))))))))).........((((((((..........(((((.....)))))))))))))................................))))))..))).))))).))...(((.(((((((((............(((.(((((..(((....)))..))))).))).(((.((((....)))).)))............))))))))))))...(((((.....................................((((.((((..(((.....)))..)))).)))).))))).)))))...................(((((.((..((((((((((.(((..((.((((...(.((((((((((((((...)))))))))))))))...)))).))..))).)))))))))).)).)))))..............))))))))))...)))............... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..(((.....(((((((((((((((...((((((.....((((((..(((((((...)))))))..((((((((.((....(((..(((((((.((((.(((.((((.((((((((..((((....((((((.....)))))).(((((..(((....((((((..((......))..)))))))))..)))))..))))...))))))))))))....(((..((((((..(((...((..(.((((..((((((....))))))....)))))..))..((...(..((((((..((((((....((((((((.......)))))))))))..)))..)))..)))..)....))))).)))))).)))..(((((.((.(((.....((((...((....)).(((.((.(((((.((((((.(((((((((((.........((....))............(((((((((.....))))))))).)))))))..))))))))))...((((((............))))))........))))).)).)))..)))).))))))))))......))).)))).)))))))..))).....)).)))))))).......(((((((((..(((..(((.(((((...((((..(((.((((....((((((...))))))....))))...)))..))))....))))))))..))).....))))))))).(((((((((((...((....))..))))))))))).))))))...........((((((((((((((............))))...))))))))))...))))))...........(((((((........)))))))...((((((((.(((((.(((((..(((((((.((((((..(((((....(((((.((((((.(((..(((......)))..)))..)))))).)))))(((.(((....))).))))))))..)))))).)))))))...(((....)))..((....((..(((((........)))))..))....))...))))).)))))..((((..((((.(((.((((......(((((((...(((....)))...)))))))))))..))).))))..)))).))))))))....)))))))))).....(((((.((.(((((....)))))...(((((.....))))).(((((((.....((.(((((.(((..((((((........(((.....))).....((((((.(..((((((((((.((.(((((....)))))..))..))))))...))))..))))))).....))))))...((((((((.........(((((.((......))))))).....((.(((...(((((.((((((..(((((((((.....(((((((((((..(..(((..(((((((...((..(((....((((((....((((.((......)).))))......))))))....)))..))...))).)))).)))..)..))))))))))))))))))))))))))..(((((((((..........(((((.....))))))))))))))..........)))))....))).)).....)))))))).))).))))).))...(((.(((((((((...........((((.(((((..(((....)))..))))).))))(((.((((....)))).)))............))))))))))))..((((((...(((((.(((.........))))))))........((((.((((..(((.....)))..)))).)))).)))))))))))))......)))))))....(((((.((..((((((((((.(((.....((((.....((((((((((((((...))))))))))))))....)))).....))).)))))))))).)).)))))........)))))..((((((((.....)))))))).)))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
UACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUACGCACGGCCGGUACAGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUGGUUCCUUUGGUCGCUCGCUCCUCUCCUACUUGGAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCCGACGGGCGCUGACCCCCCUUCCCGUGGGGGGGACGCGUGCAUUUAUCAGAUCAAAACCAACCCGGUCAGCCCCCUCCCGGCUCCGGCCGGGGGUCGGGCGCCGGCGGCUUUGGUGACUCUAGAUAACCUCGGGCCGAUCGCACGCCCUCCGUGGCGGCGACGACCCAUUCGAACGUCUGCCCUAUCAACUUUCGAUGGUAGUCGCCGUGCCUACCAUGGUGACCACGGGUGACGGGGAAUCAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCACUCCCGACCCGGGGAGGUAGUGACGAAAAAUAACAAUACAGGACUCUUUCGAGGCCCUGUAAUUGGAAUGAGUCCACUUUAAAUCCUUUAACGAGGAUCCAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGCUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGAUCUUGGGAGCGGGCGGGCGGUCCGCCGCGAGGCGAGUCACCGCCCGUCCCCGCCCCUUGCCUCUCGGCGCCCCCUCGAUGCUCUUAGCUGAGUGUCCCGCGGGGCCCGAAGCGUUUACUUUGAAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCCCGAGCCGCCUGGAUACCGCAGCUAGGAAUAAUGGAAUAGGACCGCGGUUCUAUUUUGUUGGUUUUCGGAACUGAGGCCAUGAUUAAGAGGGACGGCCGGGGGCAUUCGUAUUGCGCCGCUAGAGGUGAAAUUCUUGGACCGGCGCAAGACGGACCAGAGCGAAAGCAUUUGCCAAGAAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUCGGAGGUUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUUCCGACCAUAAACGAUGCCGACUGGCGAUGCGGCGGCGUUAUUCCCAUGACCCGCCGGGCAGCUUCCGGGAAACCAAAGUCUUUGGGUUCCGGGGGGAGUAUGGUUGCAAAGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAACCUCACCCGGCCCGGACACGGACAGGAUUGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUCGAUUCCGUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGCGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACUCUGGCAUGCUAACUAGUUACGCGACCCCCGAGCGGUCGGCGUCCCCCAACUUCUUAGAGGGACAAGUGGCGUUCAGCCACCCGAGAUUGAGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUCCGGGGCUGCACGCGCGCUACACUGACUGGCUCAGCGUGUGCCUACCCUACGCCGGCAGGCGCGGGUAACCCGUUGAACCCCAUUCGUGAUGGGGAUCGGGGAUUGCAAUUAUUCCCCAUGAACGAGGAAUUCCCAGUAAGUGCGGGUCAUAAGCUUGCGUUGAUUAAGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGGAUGGUUUAGUGAGGCCCUCGGAUCGGCCCCGCCGGGGUCGGCCCACGGCCCUGGCGGAGCGCUGAGAAGACGGUCGAACUUGACUAUCUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...{{{.))))).((((((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....((..........))...)))))......(((......((((..((..((....(((..................((((....(((((((.....))))))).....)))).......((((...((((((.......))))))...))))....((((((.......(((((.((((...((((.((((((((....))))))))..)))).)))).....)))))......))))))...........((((.((((......))))))))....)))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((.(((....)))..)))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....<<<<.....<<.)))>>.......>>>>)))))).))))))))))..........(((((.....((((...(((.......(((.(((((((((((((.((((....))))....))))))))..)))))))).......((((.(((((...(((((((......)))))))....)))))))))................................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........[[[[[[.(((..((((((((.(((((....)))))))))))))..)))...[[..))]]...]]]....]]].)))..(((.....((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..((((....(((..((((....)))).)))....))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))...)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((.......((..((((....))))..)).....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..(((((((((((((((.((((((((((((.....))))))))))))...)))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......((((((.(((.(((((........((.(((.......((((((((.((((......(((.(((.(((((..((..((((((((.(((.......(((((....)))))..((((((((((((..(((((....(((((....((.((((...(((((((...((....((((....((((((.(((((((......))))))).)).)))).....................(((((..((((.((((((((....))))))))..)))))))))))))....))..)))))))...((((.(((((.((((.((((......))))))))...(((.......((((.((((.....(((......))).(((((((((.....)))))))))...))))))))...(((((((.((((.((((((((((((.((((((((...(((......((((((....((((.(((((.((...((((((...((((......))))))))))..))........(((((((((.(((....)))..))))).))))......((((.((....((((((....)))))).....)).))))..))))).)))).(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).))))).................))))))...(((.((((((((((((((((((....)))).)..))))))))..))))))))..))))))))).)).))))).....(((((((((.((((((.((((((((.(.......((((((((.....)))))))).......).))))....))))..))))))..))))))))).(((..(((((((((....)))))))))..)))...))))))).)))).)).)))))....))).))))).))))....(((.((((((((...((((......))))....)))))))).))).)))).)).((((((((((.....)))))))))).....))))).((....)).)))))..)).)).))))))))..)))))))))))..........))..))))).))))))...((((((.(((((....))))))))))))))).(((((.((((.(((((...))))).)))).))))).)))))))).......))).)).....((((((((.((((((((.((((.....)))).(((...)))((((((((..((((...((....))...((.(..(((....))).).)).))))))))))))..))))))))))))))))..(((((((((((((.(((.(..(((((((..((((((...(((((.((......))))))).......(((((..((((....(((......((((.((((((.(((((((.(((((.(.........).))))).((((((((.(((((.((.((.(((..(((...(((....)))..))).....))).)).))))))).)))).))))...)))))))..((((((.((...(((((..((((....)))).))))))).)))))).(((((((...))))))).)))))).))))....(((((.(......).)))))....)))..)))))))))....)))).))..)))))))...).)))...))))).))))))))...)))))..((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((((((((((.....)))))))))))).).)))))...)).))))..))).)))))))))).))..................))).((((((((....)))))))).)))))).)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((((.........)))))))....................................................................................................(((((......)))))....................................................................................(((((((...................................)))))))................................................................................................................................................................................(((((((.....(((.......)))))))))).........................((((((((((...............))))))))))............................((((((((((((((.....................)))))))))))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((............................)))))))........................((((((...............))))))..........((....)).................................................................................................................................((((((................................))))))........................................................................................((((((((.......))))).))).................................................................................................................................................................................(((((..........))))).....................(((((((((.....)))))))))..............................................((((((((((((((...................................................................))))))))))))))....................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).........................(((((.(((.......((((.........))))........)))...)))))......................................................................((((((.((((......(((((.......................))))))))).))))))........................................................................................((((..(((......))).))))...........................((.....((((((((.......)))))))).))...............................((((((...((((((........)))).))...)))..)))...................((((....((((...))))..))))..............(((((((((((((....)))).)))))).)))............................................................................................................................................................................................................((((((......))))))..............................................................................................((((((((.....................))))))))..((((((((.((((((......(((.((((((((((((((((.(((........))).)).))))))))))))))....(((....)))...))).....)))))).))))))))...........(............((...........)).........)...................(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((...(((.((((..(((((..((((..............))))...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))...................................................(..((((((((....(((.......((((((((....))))))))....))).....)))))))).)....((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......)))).........................(((((.((...(((((((((((((((((((..(...(((((.(((((((((((.......)))))))))))...)))))...)..)))))))))))))))))))..)).)))))...................(((((....)))))............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........(..............)(((((((.((((((((((...........................................................................)))))))))).))))))).....................(((((((((((((........(((((((.......((((((...........((((.((...(((((..((((.((((((((....))))))))..))))))))).)).))))...........................))))))........((((((((((((.(.((((((((..(......).)))))))))))))))))))))..............)))))))..........))))........((((((..(((((((........)))))))...)))..)))...................(((...(((((......))))))))..............(((((((((((((....))).))))))).))).................((((((....))))))...................................(((((((...((((((.(((.............................))).))))))....(((.((((((((((((((((((....)))).)..)))))))))..))))))).((((.((((((((((((((...(((((((((((.((((((.((((((((.(.........(((((((............)))))))).))))....))))..))))))..)))))))))))(((((((((((((....)))))))))))))(((((.........)))))........))))))))))))))))))((((((((((((((...((((......))))....)))))))))))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((...(...((((.........)))))...)))))))........................((((((.(((((....))))))))))).....((((((.(((((((((...)))))))))))))))............................)))))))......((((.((((.....)))).))))............((((......(((((.((((.....(((((((((.....(((..((((((((((.(.(((((((((((........((((((...........((..(((((((((..........((((.((...............)).))))........)))))))))..)).(((((.......)))))..(((((((.........)))))))............))))))))))))))))).)...).)))))))))..)).)....)))))))).).((((((((((((.......))))...)))))))).(((((.(((((....)))))))))).......((.(((((((...))))))).))(((((..........)))))......))))..)))))..........))))........................................))))))))).(((((((..((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.....)))))))))))))..))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))...............((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.......)))))..((((..(((((..((...)).))))).))))..))..((((..((.((((...........((((((....((((((((.(((((....))))).........((.((((....((...(((((((.(((((((((...............((((((....))......((((((.......))))))((.((((((.....................(((((...((..((((((((....))))))))..))..)))))((((((.((..............)).))))))...))))))..))))))((((((((...((((.((((.((...........)).))))))))..))))))))...)))))))))........(((.((((((((....))))...)))).....(.((((........)))).)))))))))))...)).....)))).))..((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((.(((....)))..)))))).))).)))))))).(((((((((((((....))))))(.(((((((.......((((.....((....)).......))))))))))).)......)))))))....))))))...............((....((((((.(((((((((((.((((....))))....)))))))))))((((((.(((((.((((((...(((((.....((((((((..((((((.((((........((.....(((((((............)))))))...)).....))))..))))))...)))))))).....((((((((((....))))))))))..(((((((.......))))))).......)))))...))))))(((((.(((.((((((((...((((......))))....)))))))).............((((((((((.....)))))))))).................((((((....(...((((.........))))...).)))))).....))))))))....))))).).))))).....))))))....)))))).)).))))(((((...(((((...)))))..)))))(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((..(((((..(((.(((.((((((................((((........)))).((((((((......((....(((((((....((((..(((((......((((.(.(((((..((.(((((((........))))))...((((.((......))))))..............).))))))).).....((((((((.......)))).))))..)))).((((...)))).....(((((.....))))).)))))..)))).......)))))))....))......))))))))...)).)))).))).)))...)))(.((((((((.((....(((.((((....)))).)))..((((((....((((((.....))))))...(((((..........)))))........................)))))).....)).)))))))).)..))...)))))))))).))....(..((.(..((((.((....((((((((.(((..((((.((...((((((((((((((((((.....)))))))))))).).)))))...)).))))..))).))))))))...)).))))...).))...)....((((((((((....))))))))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).((((()))))...(((..(((....((((((..(((((((((((...((())))...((.....))((((.(((((.....(((((....))))).....))))).))))........))))))))))..))))))...))).)))...........((((((((.((((..(((((.((((((((((((..((((((........((((.........(((((..((((.((((((((....))))))))..))))))))).(((((.(((...((()))..)))..))))))))))))))))))))((.((((((((.(.(((.(((((.((.((......)))).))))))))).))))))))))..(((())))..))))))).)..))))..)))).))))).((((((((.((.((((........)))).)).).)))..))))(((.((.(((((....(((((...(((((......)))))))))).((.........(((((((((.(((....)))..)))))).)))......))((.((....((((((....)))))).....)).)).........))))).)).)))...........((.((((((.(((............(((()))).........))).)))))).)).(((.((((((((((((((((((....)))).)..)))))))))..))))))).((((.((((((...(((((...(.(((((((((.((((((.((((((((.(.........(((((((............)))))))).))))....))))..))))))..))))))))).)((((((((((((((()))))))))))))))((((((.......))))))........)))))...))))))))))(((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((...(...((((.........))))...))))))))...............(.((((...((((((.(((((....)))))))))))((((((((((((((..((((((.)))))).))))))))).......((......))..............(((((((...((((.((((.....)))).)))).(((((((...((((((..((((((((.((((...((((((((((((....((((((.((((((((((.((((..(((((........((((((.(.((...(((((..((((((((((..((.....((((.(((.............))).))))....)).))))))))))..))((((((.......))))).)(((((.(.........).)))))....))))).).)))))))))))..)))).))..).))))))))))..)))..).)))))))).).((((((((((((.......))))...)))))))).(((((..((((....)))).)))))...))..((.(((((((...))))))).))((((((.(....)).)))))......))))..))))).....))).)))))))))))).)))))))).......)))))............)))).)))).((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((((((((((.....)))))))))))).).)))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))...............((((((((((....))))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................(((((((.......((((.........))))........).......((..........................................((((..((....))))))..........))........(.......(((((..(.................)..))))).).................................................................................................((((.(((........)))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((....))).))))))..)))....................................((((((.......((((..(...........).....))))))))))................................................(((.(((((((((((((.(((......)))....)))))))))..)))))))....................(((((((......))))))).................................................(.(.......))............))))))...............((((((((...................))))))))...(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(.(........).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............(.((((....((((..((((((((((((.......))))).))).....))))..)))).....((((((((.....))))))))...)))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....)......(((..((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))....................((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((.(((((.....))))).))).)).).)))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).........................(((((((((.((....((((((.....))))))......)))))..)))))).........................................((((..((....))))))...........(((((..((((......((((.....(..(........)..)....))))))))..)))))........................................................................................((((..(((......))).))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))....(((((.......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...(((((...))))).))))))............(((.(((((((((....))).))))))..)))....................................((((((...................................)))))).................................................((.((((((((((((((((((....)))).)..))))))))..))))))).......(((((....(((..(((((((......)))))))..)))....))))).......................(((((((.....(((.......))))))))))........................((((((((((.................))))))))))...........((((((...((((((((((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).))))........((((((((((.....)))))))))).................(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..........)).(((.......(..(((((....)))))...).....)))....((((....(((((((((.....(((((.....)))..................(....).........))...(((((....(...(..............)...)......)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............(.(((((((.((((..((((((((((((.......))))).))).....))))..)))))))..((((((((.....))))))))...)))))................))))))))...)))))).........))))))..(((.(((((((......((......(((..((((....)))).)))....)).......))))))))))..((((((.(((((..........))))).......(((....)))....((((((((.......))))))))......)))))).................)))))...((((.((...((((((((..(((..((((..(...(((((((.((((.(((((.....)))).))))).).).)))))...)..))))..)))..))))))))..)).))))................(((.(((((....))))).)))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((........[[[)))..]]].....................(((.(((........[[[[))).)))..]]]].....(((((..((((...))))....))))).....................(((.....[[[[.))).......]]]]..(((((((......((((((....))).[[[[(((((((......)))))))....)))......]]]]......(((((.(((((..((((.((((((((....))))))))..))))))))).....)))))..)))))))....(((((((...((((.((((......))))))))...(((.(((...((((.((((((((.......))))...(((((((((.....)))))))))...)))))))).((((((.......)))))).))).))).))))))).......................(((....(((((....((((((...((((......))))))))))(((.........(((((((((.(((....)))..))))).))))......((((..(((((((((((....))))))...)))))))))..)))..)))))....)))(((((((((.....[[[[[[............)))))))))................]]]]]]....(((...(((((((((((.((((....))))....)))))))))))...)))..((((((.((((...(((((.....(((((((((.((((((.((((((((......(((((((((((.....))))))).....)))).))))....))))..))))))..))))))))).((((((((((((((....))))))))))))))..(((((....)))))..........)))))...))))))))))(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).........((((....[[[[[[[))))...((((.........))))....]]]]]]].........(((((.[[[[[[...)))))..(((((....))))).]]]]]](((((((((.((((.(((((...))))).)))).)))..[[[..))))))...]]]..........((((((((.((((((((.((((.....))))..........((((((((..((((..((((........))))..(((....)))......))))))))))))..)))))))))))))))).(((((((((((((((((((((((...((((.(((((.((((.[[[[))))..))))).)))).....]]]].((((..[[[...))))....]]]......)))))))))..(((((.............)))))..((((.[[[[[[))))......]]]]]].......((((......(((((.........))))).[[[[[[[[........))))......]]]]]]]].(((((..((((....)))).))))).....................(((((((..[[[[[[[........)))))))........]]]]]]].((((((..[[[[.....))))))...............]]]]..))))).)))))))))....((((.....((((((((((.(((..((((......(((((.((((((((((((.....))))))))))))...)))))......))))..))).))))))))))....))))................(((((((((....)))))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((.......((((..((((((((...))).))))).)))).......((((.((((((.((((...(((....((((((.(((..(((.((((((...(((((((((.((((((..(((((.(((((.(((...((((((((((((((((((((((......(((((.(((((((((.(((((((......))))))).)).))))..(((((((((((((.((...(((((..((((.((((((((....))))))))..))))))))).)).)))))....))).)))))....(((.((.((((.((((......)))))))))).)))..((((((.((((((((.(((...((((.(((...((((((((.....)))))))))))))))))).))))...)))))))))).((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((...((((...(((((......)))))...)))).((...((..(((((((((.(((....)))..))))).))))..))...))..((((((((((((....))))))...)))))).))..))))).)))).....)))))))).....)))))...)))..........))))))))))))))..)))((((((((((((((..(((.(((((((((((((.((((....))))....)))))))).).))))))).((((((.((((...(((((.....(((((((((.((((((.((((((((.........((((((((.....)))))))).........))))....))))..))))))..)))))))))...((((((((((((....)))))))))))).(((((.((....)))))))........)))))...))))))))))(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((.......((((.........))))....))))))).......))).)))))).)))).)((((((.(((((....))))))))))).((..(((((((((..(((((...))))).)))))))))..)).((((.((....(((.................)))....))))))..))))).)))))..)))))).........(((((.((((........))))(((((((((......((....(((((((....((((..(((((...(((((.(......).))))).(((..((((((((((..((.....((((.(((.............))).))))....)).))))))))))..)))(((((.......)))))..(((((.............)))))..(((((.....))))).)))))..)))).......)))))))....))......))))).)))).((((((((((((.......))))...)))))))).(((((..((((....)))).)))))....))))).(((((((...)))))))...(((((..........)))))......))))))...)))......((((((.....)))))).)))))).)))....))).))))))))))))).)))).)))))).((..((((((((((.(((..((((.((...(((((.((((((((((((.....))))))))))))...)))))...)).))))..))).)))))))))).)).......................(((((((....))))))).)))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.{{{{{.)))))................................................(((.(((.........................................................(((((((.........<<<<..(((((((.....((.......((((..(((((.((((.((((...((((((((((((..((((((.....................(((((..((((.((((((((....))))))))..)))))))))((((((.(((...........)))..))))))...)))))))))))...((((((((.((.((.(((((.((...........)).))))))))).))))))))..............)))))))....))))..)))).))))).(((((((...((((((........)))).))...)))..)))))))).[[[)).....)))))))............)))))))................(((((((((.(((....)))..)))))).))).................((((((....))))))................]]]......(((((......((.....(((.....))).....))......)))))>>>>......................(((.(((((((((((((.((((....))))....))))))))..)))))))).((((.((((((...(((((.....(((((((((.((((((.((((((((.........(((((aaaa.......)))))AAAA.....)))))....)))..))))))..)))))))))..(((((((((((((....)))))))))))))((((((.......))))))........)))))...))))))))))(((((.((((((((..((((......)))).....)))))))).))))).......((((((((((.....))))))))))................................(((.........)))....................................((((((.(((((....))))))))))).....(((((((((..(((((...))))).))))))))).........................................((((.((((.....)))).))))...(((((...((((((..((((((((.((((....((((((((((.....(((....(((((((.((.((((..((((........(((((((................(((((((((.........((((.((...............)).)))).......)))))))))......(((((.......)))))..(((((.............)))))............)))))))))))..)))).))....))))))).....)))....)))))))).))((((((((((((.......))))...)))))))).(((((..((((....)))).))))).......((.((((((.....)))))).))(((((..........)))))......))))..))))).....))).))))))))))).................................))).)))....((((.((...(((((((((.(((..((((.((...(((((.((((((((((((.....))))))))))))...)))))...)).))))..))).)))))))))..)).))))................(((((((((....)))))))))}}}}}.... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((...........................(((((((((.(((...((((((...))..))))...))..))))..))))))......................................((((((..(((....)))))))))................(((......(((((.......((......))......)))))))).((((((((.....(((((.((((.....(.........................)...)))).....)))))...)).))))))..........(((((.((((......)))))))))................(((((....((((....((((((((((...)))))))))))))).....)))))....................((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((....))).))))))).)))..)).......................................))..))))).)))..((....))..............(((((((..........))))))).(((((((...(((.(....((.....((((.((((((((((((((((......))).)..))))))))..))))))))...((((((((...(((((.(((((((......)))))))))..)))..)))))).......................((((((.((((......))))...)))))).....((((((...(((((((((((((....)))))))))))))....................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))...((....))..((.(((((....))))).....))....................))))))..((((((..((((((((.((((......))))))))))))..)))...((....))..)))................((((.(((((....)))))..))))...............))....))...).)))..(((((...)))))..)))))))......(((....))).............................(((..((((....))))..)))..(((((((((((((((.(((..(((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))).....(.((.(.((.((((..((((((((((((.......)))).))....).)))))..))))).)...(((((((.....))))))).....)))).....(((....)))....(((..((.....)))))..(...........(((.((((.(((..((((((....((((.(((((....))))))))).).)))))...)))))).))))).((((((.(((((.((....)).))))).((..(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))))....)))))))))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.(((..((((.((...(((((.((((((((((((.....))))))))))))...)))))...)).))))..))).)))))))))).)).)))).............)))..(((((((....))))))).)))))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((........((((..((((((((...)))).)))).))))..........(.((((((.((((...(((....((((((.(((..(((.(((((.....((((((((.((((((..(((((.((((..(((...((((((((((((((...(((((......(((((.(((((.((((..((((..((((((((((((..((((((.....................(((((..((((.((((((((....))))))))..)))))))))((((((.(((...........)))..))))))...)))))))))))...((((((((...(((..((((.((.((......)))).)))).)))..))))))))(((......)))..)))))))....))))..)))).)))))..((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..........(((.(((((......)))))..((((((.....((..(((((((((.(((....)))..)))))).)))..))..))).)))....((((((....))))))........)))...))))).))))........))))).....))))).((((.....))))..))))))))))))))..))).((((..((((((((.(((.(((((((((((((.((((....))))....))))))))..)))))))).((((.((((((...(((((.....(((((((((.((((((.((((((((.........((((((((.....)))))))).........)))))....)))..))))))..)))))))))...((((((((((((....)))))))))))).((((.((......))))))........)))))...))))))))))(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).......((((((((((.....))))))))))............(((...))).))))))))..)))).......((((((..(((((.(((((......((((....))))...((((((.(((((....))))))))))).((..(((((((((..(((((...))))).)))))))))..)))))))...................)))))))))))..((......)).)))).)))))..)))))).........(((((.((((........)))).((((((((......((....((((((((...((((..(((((...(((((..........))))).(((..((((((((((..((.....((((.(((.............))).))))....)).))))))))))..)))(((((.......)))))..(((((.............)))))..(((((.....))))).)))))..)))).....).)))))))....))......))))))))...((((((((((((.......))))...)))))))).(((((..((((....)))).)))))....))))).(((((((...)))))))...(((((..........)))))......))))))...)).......((((((.....))))))..))))).)))....))).))))))))))))).)))).)))(((.((..((((((((((.(((..((((.((...(((((.((((((((((((.....))))))))))))...)))))...)).))))..))).)))))))))).)).)))..................((((((((....)))))))).))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((.......(((......((....((((...................(((.......(((.....)))...).....)).((......((((((((.................))))))))))(.((((((((.....((((...................................................))))...)).)))))).).......(.((((...((......))..)))))..))))...))....))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((...(((.....(.(((..(((...(......((..((((((.(....((.....))........).)).))))))..(......)...)........((((.(((((......)))))..))))..............((((((((.......((...((((...))))(((......))).....))......)))))..))).........(((((((((((...............)))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))((((.(((((...((..(((.(......((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((...(((.((((..(((((((((...((...........))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))).......))))....))((((...(.....).)))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...(((((((((((..........))))))....(.(((....))).)(((((((((((.....)))))))))...)).))))))))))))))).....)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((.((((((((((.........))))))))))...)))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)).))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((..............((((...))))..(((((((((.((..........(((........)))...)))))..))))))........(((.....((((...((((..............(....((........(((.....))).........))(((......(((((..(.................)..)))))))).((((((((.....((((...................................................))))...)).)))))).........(.((((...((......))..)))))).))))...))))..)))........(((....((((((((.......)))))))))))....(((((...(((.((((....))))...(((((((..((((((........)))).)).).)))..)))(((..((..((((((..((((((...(((((...))))).))))))(...........(((((((((((........)).)))))).)))......((.................))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..)))))))....................(.(((......(((((...........((((((.((((((((((..(........).....)))))).)).))..))))))......(.........(((.(((((......)))))..)))........).........(((((.......((...((((...))))(((......))).....))......)))))(....)........((((((((.((................))))))))))..((((((((.((((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))).))))))))...((....(((((((.......((((.........))))....)))))))(((...(...((((((((((..((((((((.((((......))))))))))))..)))...((....))..))))....)))(((....)))).))))).((...))...((((...((......((((....(((((((((((.((((((((...)))))...(((...))))))(((....)...))....))...(((((..((.(......((........))..))).....)))))..)))))))))....)))).)).))))((..((....))..))(((......))).......))))).(((..((((.((((..(((((....(...).........(.....)..)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))....)))...((...)).((((..((.....)))))).))..))))))..(((.((((((((....(((.......((((((((....))))))))....))).....)))))))))))..((((((.(((((..........)))))....((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))).((....))))))))))(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((.((((((..((.........))..))))))...)))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....))......))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((..................(((....).((((.....)))...).....)).((......((((((((.................))))))))))(.((((((((.....((((...................................................))))...)).)))))).).......(.((((...((......))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).)))))))))).(((..(((((((...((((...))))).))))))).).....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))(((((....(((((.....(((((..(((.........(((...(.(((.(....((.....))........).)...)))))).(......)............((((.(((((......)))))..))))..............((((((((.......((...((((...))))(((......))).....))......)))))..))).........((((((((((.................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..))((....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))((((..(...(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))(((...)).)))))))).)))..)))).))))).......(((.((((((((((((((.....))))((((.(((((...((..(((.......(((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...)))((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))....(((...(((.((((..(((((((((...((...........))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))).........)))....))((((...(.....).)))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))..(((((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((.((((((((((.........))))))))))...)))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).))..)))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((..............((((...))))..(((((((((.((....(((((.......)))))......)))))..))))))........(((.....((((...((((..............(....(((((.((....)).)))............))(((......(((((..(.................)..)))))))).((((((((.....((((...................................................))))...)).)))))).........(.((((...((......))..)))))).))))...))))..))).......((((....((((((((.......))))))))))))...(((((...(((.((((....))))...(((((((..((((((........)))).)).).)))..)))(((..((..((((((..((((((...(((((...))))).))))))(.(.........(((((((((((........)).))))).))))......((.................))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))).((................)).((((.....(((((...............((.((((((((((.................)))))).)).).).))(......)............(((.(((((......)))))..)))..................(((((.......((...((((...))))(((......))).....))......)))))(....)........((((((((.((................))))))))))..((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))...((....(((((((.......((((.........))))....)))))))(((..((...((((((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..))))....)))(((...)).)))))))).((...))...((((...(((.....((((....(((((((((((.((((((((...)))))...(((...))))))(((....)...))....))...(((((............(((..(((......)))..))))))))..)))))))))....))))))).))))((..((....))..))(((......))).......))))).(((..((((.((((..(((((....(...).........(.....)..)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))...))))..).(...)..((((..((.....))))))..)..))))))..(((.((((((((....(((.......((((((((....))))))))....))).....)))))))))))..((((((.(((((..........)))))....((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))).((....))))))))))(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((.((((((..((.........))..))))))...)))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).))......))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.((...{{{{{{....))).((((..((((((((...)))).)))).))))..........(.((((((.((((...(((....((((((.(((..(((.((((((((((((((((((.((((((..(((((.(((((.(((...((((((((((((((((([[[[[......[[[[[.[[[[[.[[[[..[[[[..[[[[[[[[[[[[..[[[[[[.....................(((((..((((.((((((((....))))))))..)))))))))[[[[[[.[[[.....)))...]]]..]]]]]]...]]]]]]]]]]]....(((((((.....(.(((((.((.((......)))).))))))....)))))))...............]]]]]]]....]]]]..]]]].]]]]].(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..........(((.((((((...).)))))..((((((.........(((((((((.(((....)))..)))))).)))......))).)))((((((((((....))))))...)))).)))...))))).))))........]]]]].....]]]]].((((.....))))..))))))))))))))..))).((((..((((((((((((.(((((((((((((.((((....))))....)))))))).).))))))).((((.(((((((..(((((.....(((((((((.((((((.((((((((.........((((((((.....)))))))).........)))))....)))..))))))..)))))))))...((((((((((((....))))))))))))(((((.(((....)))))))).......))))).).))))))))))(((((.((((((((((.(((((...).))))))..)))))))).))))).......((((((((((.....))))))))))............(((...))))))))))))..)))).......((((((..((((((((((((.....((((....))))...((((((.(((((....))))))))))).....((((((((...(((((...)))))..))))))))...)))))))...(((......)))...)))))))))))............))))).)))))..)))))).........(((((.((((........))))(((((((((.....((((((.((((((((...((((..(((((...(((((..........))))).(((..((((((((((.........((((.(((.............))).)))).......))))))))))..)))(((((.......)))))..(((((.............)))))..(((((.....))))).)))))..)))).....)).))))))))).)).)....)))))))).).((((((((((((.......))))...)))))))).(((((..((((....)))).)))))....))))).(((((((...)))))))...(((((..........)))))......))))))...))).))).(((((((.....))))))))))))).)))....))).))))))))))))).)))).)))(((.....((((((((((.(((..((((......(((((.((((((((((((.....))))))))))))...)))))......))))..))).))))))))))....))).................(((((((((....)))))))))}}}}}}... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...........)))....................((((.......((...............................((((((...(((((.............................................(((....)))(((.....))))))))......(((......(((((.......................)))))..................((........................................................((.((..................((((..(((......))).))))...............((((.(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).(((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((....)))).)))))....................................................))))).)))).)))..)))))).(((((((((......................(((((((......))).))))........................................................................................................................................(..(((.....)))..)....................))).))))))..........(((..............(((....................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).))).......((....))............))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((.................)))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((...(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.((((((.................(((....))).(((((......(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))......((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((.((((...(((.............................)))...))))))).........................((...)).......))))))..))))))........))))))))))).))...)))).))(((((((.(.....).......((..((((....))))..)).............))))))))))..(((((((((((............))))).......((....))........(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))))((((.((....(((.(((..(((..((.(..(...((((........(((((.......)))))..........))))...)..).))..)))..))).)))...)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))............(((.....)))..((((((((........)))).....................(((((...((((......................................................(((((.((((((..((((((...(((......(((((.......................))))).........................................................................((..((((..................((((...((......))..)))).......((((................(((....((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))......((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))................(((((((((....)))).)))))................................................))..))))).)))).(((((.((((.....)).(((.....)))..........)).))))).........))))))...............................................................................................................................)))).......))))..))...)))(((......)))........)))))).)))))).........((((...............(((((((...............(((((((..((((((..........(((((.((((((.....((((......))))......)))))).))))).....((....))............))))))..)))))))...((....))....))))))).((((.........))))...))))..)))))...(...(((....(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........)))...)....))))....))))).))))(((((((.........(((((((((((..(((.....(((.(((.((((((.................(((....)))....((((((((((.....(((((((..(((..((....))..)))))))))).........((.((((((((((((......((..((....))..)).((......))......))))..(.(((..((((.((((..((((.............................))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))).......))))....)))))).....))).))))))))).)))).))).))).(((((((.(.....).......(((.((((....)))).))).............))))))))))..((((((.(((((..........)))))....((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))....)))))..((((.((....(((((((..(((..((((..(...((((..(((((((.(((.......))).)))))))....))))...)..))))..)))..)))))))...)).))))............))))))).(((((....)))))............. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((.(((((........((.(((.......((((((((..((((((.((((...(((.(((((...((...(((....((((((((......(((((..(((.....(((((((((.((((((((.((((((....(((((((..(((((((.((...((.((((..(.((((.(.(((((((......))))))).))))).).....................(((((..((((.((((((((....))))))))..)))))))))))))..)).)).)))))))....(((((((((.((((.((((......)))))))))).(((.(((...((((.((((.....(((......))).(((((((((.....)))))))))...)))))))).((((((.......)))))).))).))).))))))).......)))))))))))))..))).)).))).)))...........(((((......)))))..)))))))))..)))))..((((((.(((....)))..)))))).....))))))))..((((((((((((....))))))...)))))).)))..))..))))).(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).))))).........))))))).))))))...(((.((((((((((((((((((....)))).)..))))))))..))))))))...((((((((.((((....(((..(((((((((.((((((.((((((((.(....(..((((((((.....))))))))..)....).))))....))))..))))))..)))))))))..((..(((((((((....)))))))))..))((((((((((((((..(((.(((((((..((((((..(...(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).....((....))...))))..)..))))))..)))))))........((((((.((((.(((.(((((........)))))..))).))))..........)))))))))....((((((.(((((....)))))))))))..))).)))).)))))))...)))...)))).)))))))).)))))))).......))).)).....((((((((.((((((((.((((.....)))).(((...))).(((((((..((((...((....))....((.(.(((....))).).)).)))))))))))...))))))))))))))))..(((((((((((((.(((.(..(((((((..((((((...(((((.((......))))))).......(((((..((((....(((......((((.((((((.(((((((.(((((.(.........).))))).((((((((.(((((.((.((.(((..(((...(((....)))..))).....))).)).))))))).)))).))))...)))))))..((((((.((...(((((..((((....)))).))))))).)))))).(((((((...))))))).)))))).))))....(((((.(......).)))))....)))..)))))))))....)))).))..)))))))..)..)))...))))).))))))))...)))))..((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((((((((((.....)))))))))))).).)))))...)).))))..))).)))))))))).))..................))).((((((((....)))))))).))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((...((((.....)))).((.(((((.(((.((((.((((.((....(((((.........................................................................................................................................................................................................................)))))......))))))...))))...............)))...))))).............))..............................(((......((((............)))).)))((((((((......((((..((((....))))......))))...)).)))))).....(((.((((.((((.....))))))))......((((...((((((.((((...(((.....(((((((.......))))))).))).....))))...))))))...))))))).((((...((.((((((........)))).))...))...))))........((..........(((....(((.((....(((.(((.(.............(((((((((..)))))))))....)....)....))...)))..)).......))).)))...))((...((((.(((((...(..((((.((....((.....(((.....((...(((.......)))....))............)))....))..(((........((((((......)))))).......)))......)))))).....).)))....))....)))).....))......(((((((((((...............)))))))))))...........((.((((....((((((((((((((.((((((......)))).))...)))...))))))................(((.......(((...........((((((....(((((((((((((((((((((....(((((.((((((.((((((..(...(((.((((((..(((.(((...............)))).))..))).............))).....)))...).......))))))...))))))..((((...((......((((....(((((((((((((.((((...((...((((((((.((((.....(((...((....)).)))...))))......))))))))..))...))))...)))).....)))))))))...)))).)).)))))))))..))))).((.(((......)))...))((..(.((((..(((((...((((...........))))....)))))..)))))(.((((((((.....))))))))...))).............))))))))).))))))).)))))).))).))).(((((....(((.....(((((((....)))))).)....))).....))))).........(((((.(((((..........)))))....((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))))))))).)))).....))(((...((((((((....(((((((..(((..((((..(...((((.(((((((((....)..))))))))))))....)..))))..)))..).)))))).)))))))......)......))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((..((((((((....((((..((((((((...)))).)))).))))..((((..(....)..((((((....................................................................((((.....((((((..(((((((.........((((..(.((((...(((((((......)))))))..)))).).....................(((((..((((.((((((((....))))))))..)))))))))))))........)))))))....(((((((...((((.((((......))))))))...(((..((...((((.((((..................(((((((((.....)))))))))...)))))))).((((((.......)))))).))..))).))))))).......)))))).)))).....((((.(((((......((((((...((((......))))))))))............(((((((((.(((....)))..)))))).)))......(..........((((((....))))))...........)..))))).)))).(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).)))))..........................(((.((((((((((((((((((....)))).)..))))))))..))))))))..(((...((((...(((((.....(((((((((.((((((.((((((((.(....(..((((((((.....))))))))..)....).)))))....)))..))))))..)))))))))..((..(((((((((....)))))))))..))((...............))........)))))...))))..)))..((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))........((((((((((.....))))))))))...........((....))........................(((((....(((((((((((.....((((....))))...((((((.(((((....))))))))))).....(..((.((((.(((((...))))).)))).))..)..)))))))..................))))..)))))...............................................((....))....)))))).))))..)).))))))..))..................((((...(((((((((((((((.(((....((((((..................(........)....................................((((.((((((.(((((((.(((((.............))))).((((((((.(((((.((.((.(((..(((...(((....)))..))).....))).)).))))))).)))).))))...)))))))..((((((.((...(((((..((((....)))).))))))).)))))).(((((((...))))))).)))))).))))........................................................)))))).....)))...))))).))))))))).)..((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((((((((((.....)))))))))))).).)))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))...)))).........(((((((((....)))))))))......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((..((((...(((..(((.....)))..((((((((.((((...((((((.(((.(((((..((..((((((((.(((.......(((((....)))))..((((((((((((..(((((....(((((....((.((((...(((((((...(((.((((......((((.(.(((((((......))))))).))))))))).)))...((((((.((...(((((..((((.((((((((....))))))))..))))))))).)).))))))..)))))))...((((.(((((.((((.((((......))))))))...(((.......((((.((((.....(((......))).(((((((((.....)))))))))...))))))))...(((((.(((((..((((((((((((.((((((((...(((......((((((....((((.(((((.((...((((((...((((......))))))))))..))........(((((((((.(((....)))..))))).))))......((((.((....((((((....)))))).....)).))))..))))).)))).(((((..(..((((....(((.....)))....))))..)..))))).................))))))...(((.(((((((((((((.((((....))))....))))))))..))))))))..))))))))).)).))))).....(((((((((.((((((.((((((((....((...((((((((.....))))))))......)).))))....))))..))))))..))))))))).(((..(((((((((....)))))))))..)))...)))))))..)).))).)))))....))).))))).))))....(((.((((((((...((((......))))....)))))))).))).)))).)).((((((((((.....)))))))))).....))))).((....)).)))))..)).)).))))))))..)))))))))))..........))..))))).)))))).)))(((((.(((((....)))))))))).)))).(..((.((((.(((((...))))).)))).))..).)))))))))))..))))..((((...((((((((.((((((((.((((.....)))).(((...))).(((((((..((((...((....))....((...(((....)))...)).)))))))))))...))))))))))))))))..(((((((((((((.(((....((((((..(.((((((.(((((.(((......)))...)))))))...)))).(((.(((..........((((.((((((.(((((((.(((((.............))))).((((((((.(((((.((.((.(((..(((...(((....)))..))).....))).)).))))))).)))).))))...)))))))..((((((.((...(((((..((((....)))).))))))).)))))).(((((((...))))))).)))))).)))).......((((((..((..((....))..))..))).))).....))).))).)..)))))).....)))...))))).)))))))).....((((.((..(((((((((..(((..((((.((...(((((.((((((((((((.....))))))))))))...)))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))).))))........)))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
|
|
AACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUUAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUAAGCUUUUAUACGGCUAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAACAGUUAUAGUUUAUUUGAUGGUCUUUACUACAUGGAUAACCGUGGUAAUUCUAUGGCUAAUACAUGCGCACAUGCCUCUUCCCCUGGAAGGCAGUGUUUAUUAGAUACAGAACCAACCCACCUUCCGGUGGUCCUCAGGUGAUUCAUAGUAACCGAACGGAUCGCGUUGACUUCGGUCUGCGACGGAUCAUUCAAGUUUCUGACCUAUCAGCUUUCGACGGUACUGUAUUGGACUACCGUGGCAGUGACGGGUAACGGGGAAUUAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCUAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCUGAUUCAGGGAGGUAGUGACAAGAAAUAACAACACUGGAAAUUUCAUUUCUAGUGAUUGGAAUGAUAGGAAUCCAAACCCCUUUCAGAGUAACAAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGAUUUCUGCUGGAAGCAGCCAGUCCGCCCUCAGGGGUGUGCACUUGGUGAAUUCUAGCAUCCUUCUGGAUUUCUCCACACUUCAUUGUGUGGAGUUUUUUCCAGGACUUUUACUUUGAGAAAAUUAGAGUGUUUCAAGCAGGCUUGUCGCCUUGAAUACUGCAGCAUGGAAUAAUAAGAUAGGAUUUCGGCCCUAUUUUGUUGGUUUCUAGGACUGAAGUAAUGAUUAAUAGGGACGGUUGGGGGCAUUCGUAUUUAACUGUCAGAGGUGAAAUUCUUAGAUUUGUUAAAGACGAACUACUGCGAAAGCAUUUGCCAAAGAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGGGGCUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCUUAACCAUAAACUAUGCCGACUAGAGAUAGGAAAACGUCAUGCUUGACUUCUCCUGCACCUUAUGAGAAACCAAAGUCUUUGGGUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGCGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUCACCAGGUCCAGACAUAGGAAGGAUUGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAACGAGACCUUAACCUGCUAAAUAGGAUCAGGAACUUCGUGUUCUUGUAUCACUUCUUAGAGGGACUUUGCGUGUCUAACGCAAGGAAGUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCUGCACGCGCGCUACACUGAUGCAUCCAACGAGUUUAUAACCUUGGCCGAUAGGUCUAGGUAAUCUUGUGAGUAUGCAUCGUGAUGGGGAUAGAUUAUUGCAAUUAUUAAUCUUCAACGAGGAAUGCCUAGUAGGCGCAAGUCAGCACGUUGCGCCGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAGUGUUCCGGUGAAUUAUUCGGACCGUUUUGUGGCGCGUUCGUGCCCGAAAUGGGAAGUUUUGUGAACCUUAACACUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...{{{.))))).(((.(((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....((.........))...)))))......(((......((((..((..((....((((...........((((....(((((((.....))))))).....))))......(((((.(((....))))))))....((((((........(((...(((((....)))))......)))......)))))).........((((...(((....))).))))...))))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((((((...)))))))))).)))......(((((((.......))))))).........(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((...<.((((...(((........................................................................................................................................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<.(((..((((((((.((((....))))))))))))..)))...<<..))>>...>>>....>>>>))).(((......((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..((((((((((((.....))))))).))).))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((.......((..((((....))))..))....)))......)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..((((((((((((((((((.(((((....)))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......((((((.(((.(((........((((((((........(((((((((.((....((((((....))))))......)))))..))))))..........(.((((((((((.((((((((.((((((..(((((.(((.((((...(((.((.((((((.....((((.(((((..(((...)))))))))))).)))))).)).)))))))..(((((....)))))......))).)))))))))))..(((.((.((((((.(((....))).))).))).)).)))........)))).))))(((..(((((((((((.((((...(((((((((.....((.....))..((((....))))..((((..((((((((((........)))).)).).)))..))))((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))..(((.......(((((((((((((...)))))))))).)))...(((.(((..........))).))).........)))....))..))))).))))....))))))))).(((.((((((.........((((..((((((((((((......(((.......(((....((((((((...((((((((((((....))))).).)).))))...)))))))))))..(((((...((((((((......)))))))).....)))))......((((((((.....)))))))).....))).(((.....)))......)))))))).(((((((((((((((((........))))))))))))..))))).))))..))))..(((((((..(((((.((...(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..))))...)))))))..)))))))...(((....))).)))))).)))..))))))).)))))))).))).......)))))))))).).....)))))))).........)))..((((((((((...((((...((((.(((((...))))).))))...((((((..((((....))))..........(((((..(.((((((((.((..(((((.....))))).)).((((((((.........(((....)))....(((((...........)))))..))))))))..)))))))))..)))))(((((((((((((((.((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))).).))....(((.((((..((((((((((((.....))))))).))).))..)))).))).((((((((.....))))))))..((((((((((...(((....)))..)).)))))))).....((((.((....))....(((.((((((((..(((((......((((.((((....)))).))))...)))))..).))))))))))..((((((.(((((..........)))))....((.(((....))).)).(((((((((....)).)))))))......))))))))))..))))).)))))))))).))))))......((((((((..(((..((........((((((((.(((((....)))))))))))))........))..)))..)))))))))))).)))))))))).......))).((((((((....)))))))).))))))..) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................((((.(((((...........)))))))))................................................................(((((..(((....))))))))..................................((((((...........))))))...........................................................................(((((((((((...............(((((...)))))......................((((((((((...)))))))))).......................................(((((((...................................))))))).............................................................................................................................................................................((((((...((.....))))))))...........................((((((((((((.............))))))))))))...........................((((((((((((.........................)))))))))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((.......((((.........))))....)))))))......................(((((...................))))).................................................................................................))))))))))).....................................................................................................................................................((((((...............(((((((.....)))))))..................((((((((.....))))))))....)))))).....................................................((((((((..............(((((((((....)))))))))............))))))))..........((((((..........))))))....................(((((((.........)))))))..............................................(((((((((.................((((((((.(((((....))))))))))))).................)))))))))....................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((.......(((((......)))))........)))..))))))...................................((((..........))))...........((((((.((((.....(((((...........))))))))).)))))).......((((...((((....))))......)))).....................((((...(((....))).))))..................................((((((((.......))))))))..................................((((((..((.((((........)))).))...)))..))).((((.(((((........((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((...)))))))))).)))...............................................))))).))))..........................................................................((((((((((((.............................)))))))))))).............((((((((......))))))))..........................................................................................((((((((((...............))))))))))...((((((((.((((((......(((.(((((.((((((((((................)).)))))))).)))))....(((....)))...))).....)))))).))))))))....................................................................(((..((((((((.............))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((((.(((.((((..(((((..((((........))))...)))))..)))).))).((((((((.....)))))))).....)))))......................................................((((((((..............((((((((....))))))))............))))))))......((((.((((((..........))))))..................(.(((((((((.....))))))))).).....)))).........................((((((((...(((((((((((((((((((..(...((((((((.((((......))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..))))))))...............(((.(((((....))))).)))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).....((((((.((.((((.....)))).)).))))))....((((((....))))))....................................................(((...((((....)))).))).........(((((......((((.(((((..((.....)))))))))))..))))).............(((((....))))).......(((((((...((.((((((..............))))))..))...)))))))........((((....))))......((((((...........)))))).....((((((((...(((((((.........))))).....((.((((........)))).))((((((((((...(((((((((.........(((...((((......))))))).....(((((.....(((((((((((((...)))))))))).)))((..........))...((((((................((((((..(.((((((((((((((....)..........((((((.(((.............................))).))))))...)))))))...).))))).).)))))))))))).....((((((((............(((((((...((((((((......)))))))).....)))))))........(((((.(((((...(........((((((((..(((((....((((.(((..(((((((((((((((((........))))))))))))..)))))...))).)))).((((((((.................(((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).))))).......((((((((((.....)))))))))))))))))).......................((((.........))))..........................................((((....))))(((((((..........((((.(((((...))))).))))))))))).....(((....)))..................................)))))..))))))))..)..)))))..)))))...........))))))))....................................(((((((((((((.(((...(((....((.(((((...((((((((((((((.......))).))))))))))))))))...))...))).)))..)))))))))))))........)))))..................((((((((.....))))))))...................))))))..)))))))))))))....................(((.(((((((.(.(((((.((...((((.((((....)))).)))))).)))))..).)))))))))).(((((((.(((.((....)).))).)))))))...(((....)))(((.(((((((((....)).))))))).)))......................))))))))))(((((.((..(((((((((..(((..((....(...((((((((.(((((....)))))))))))))...)....))..)))..))))))))).)).)))))..............((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((.....)).((.(((((.......((((((.....(.....(((.(((.((((..((((.(.(((.((....((((((((((.................))))).))))).....)).))).).)))).((((.....((((((.....))))))......)))).((((.(((((...........)))))))))......(((((((.(((...(((((....)))))..(...((((((.(.......((....))....(((.(((....))).)))...)))))))...)...((((....))))........))).)))))))......((((.......))))....((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))............)))))))))).)....((((((...(((((...))))).)))))))))))).........((((((((((...))))))))))................(((.((((((((...((.......((((((.......((((.....((....)).......))))))))))................(((((((((......((((......((.....((((((((...((((((.(((((....))))..).))).)))...)))))))).)).((((((..(.(((((((......)))))))).....)))))).....................))))..(((((...(((.....)))))))).))))))))).((((((((((((((((........)))))))))))).)))).................))...))))..)))).)))...(((((..(((((.(((.((((......)))).)))..)))))..))))))))))))((((((((((.....))))))))))..........(((....)))...(((((((((((..........((.((((((...........)))))).)).(((....))).............(((..(((((...........)))))..))).)))))))))))....(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((..((.(((((((.(((.((((((.................(((....)))....(((((((((((((((((.(..((............))..))))...))))))...((.((((..((((((((....(((((((((((.(..........).)))))))))))..............(((.((((..((...(((((((.....))))))).....))..)))).))).((.(((((.....)))))))...............))).)))...).))))))).......)))))))))).)))).))).).....(((((...(((((......((((.((((....)))).))))...)))))....)))))((((.........((((((..........))))))...))))...))))))....(((((((.........)))))))......))...)))))))))).))....(..((...(((((.....((((((((...(((..((........((((((((.(((((....)))))))))))))........))..)))...))))))))....)))))....))...)....((((((((((....))))))))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.......))))((((((((((((.((.(((((...))))).)).))))))....((((((....))))))...................((((.((((.......))))....))))....((((..(((((....)))))))))........((((((.....((((.(((((..(((...)))))))))))).))))))((((((.(((...(((((....)))))......((((((((...(((((((((.....(()).....)))))).)))...))))))))...(...((((....))))).......))).))))))..))))))........((((((((...((((((((.......))))))((...((.((((........)))).))((((((((((...(((((((((.......(((((...((((......)))))))))(((((((((....(((((((((((((...)))))))))).)))((..........))...((((((................((((((..(.(((((((((((((((()))..(.......((((((.(((.........((....))(((......)))))).)))))).).)))))))...).))))).).))))))))))))....(((((((((..(((.......(((((((...((((((((......)))))))).....)))))))........(((((.((((((.(((.......((((((((..(((((....((((.(((..(((((((((((((((((.(....).))))))))))))..)))))...))).)))).((((((((.................(((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).))))).......((((((((((.....))))))))))))))))))..(((....)))..(((((....((((.........))))..)))))...................................((((....))))(((((((..........((((.((((((.)))))).)))))))))))....((((....)))).................................)))))..)))))))).)))))))))..))))).....)))...)))))))))((...........))....................(((((((((((((.((((..(((....((((((((...(((((((((((((((.....)))).)))))))))))))))).).))...)))))))..)))))))))))))(.....))))))))..))(((..........((((((((.....)))))))))))................))))))..))))))))))))).)).................(((.(((((((.(.(((((.((...((((.((((....)))).)))))).)))))..).)))))))))).(((((((.(((.(((()))).))).)))))))...(((....)))(((.(((((((((....)).))))))).)))......................))))))))))(((((.((..(((((((((..(((..((.(..(...((((((((.((((((..))))))))))))))...)..).))..)))..))))))))).)).)))))............))((((((((((....))))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................((((((........((((........))))................((....................................((((..((....))))))..........))...............((((.............))))...................(.....(..........)........)......................(((((..((......)))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((...)))))))))..)))....................................((((((.......((((..(...........).....))))))))))................................................(((((.(((((((((((.(((........)))...))))))))).)).)))))...........((((((((((......))))))))))............................................(((.....)))............))))))..............(((((((.......................)))))))..(((((((..((((((.((...((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..))))..)).))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(.(......).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............((((((....((((..(((((..((((((...))))))....)))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....).......(((.((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((....(((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((....)))))))))))))...)..))))..)))..)))))))...)).)))))..).)..............(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((.(.....((((((....)))))).......))))..))))))...................................((((..((....))))))...........(((((..((((......(.(((..(.....)..))))))))..))))).........................................................((((...((......)).))))..................................((((((((.......)))))))).......((((((......((((....))))..((((((((..((((((........)))).)).).)))..))))........((((((..((((((...(((((...))))).))))))............(((.(((((((((...)))))))))..)))....................................((((((...................................))))))................................................(((((((((((((((((.((((......))))...))))))))))))).)))).....(....((.((((((((......)))))))))).......)........................(((((((.....(((.....))).)))))))........................((((((((((.................))))))))))...........((((((...((((((((((((.((((((.(((((((......))))..)))..)))))).))))).......((((((((((.....))))))))))............(....)((((((.......((((.........))))....))))))..................(((..((((((((.(((......)))))))))))..)))...((....)).............(((.......(..(((((....)))))...).....)))....((((....(((((((((.....(((((.....))).................................))...(((((..................................)))))..)))))))))....))))...........(((..................)))..............(((((((((.((((..(((...((((((.....))))))....).))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).................)))))))...)))))).........))))))..(((.(((((((((.....).......(((.((((....)))).)))............)))))))))))..((((((((((((..........))))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......))))))................))))))(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...(((((((..(((((....))))).)))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).................((((....)))).............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).....((((((..((((...))))..[[[[..))))))....((((((....))))))]]]].(((((..((((...))))....)))))...................((((((..(((((.(((.((((...(((....((((((.....((((.(((((..(((...)))))))))))).))))))....)))))))..(((((....)))))......))).)))))))))))(((..[[[[(((((..(((....)))))))))))............]]]].((((((......(((((((((((........(((((((((................((((....))))..((((..(((...((((........))))......)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))...............((((((((((...)))))))))).(((((..........)))))...((((((((........))))))))...))))).))))....))))))))).....((((((((((.....))))..((((((((((((......(((.......(((....((((((((...((((...(((((....)))))......))))...)))))))))))(((((((...((((((((......)))))))).....)))))))....((((((((.....)))))))).....)))((((.....)))).....)))))))).(((((((((((((((((........))))))))))))..))))).)))).......((((((((..(((((......(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))..))))))))..(((....))).))))))..........))).))))))))((((((((....)))........)))))..)))))).............(((((((((((...((((...((((.(((((...))))).))))....(((((..((((....))))..........(((((....((((((((.....(((((.....)))))....((((((((..((((...(((....)))......(((.......)))....))))))))))))..))))))))...)))))(((((((((((((((.((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((((((.((((....((((((((((.....))))))).))).....)))).))).((((((((.....))))))))....))))))............((((((((((..(((...))))))).......((((..(((.(((((((...(((((......((((.((((....)))).))))...)))))....)))))))))).(((((((.(((..........))).)))))))...(((....)))....(((....)))........))))..)))))).....)))...))))).)))))))))).))))).......((((((((..(((......(((...((((((((.(((((....)))))))))))))))).........)))..)))))))))))).))))))))))).........(((((((((....)))))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((.((((((((.((((((.((.(((((...))))).)).))))))....((((((....)))))).((......))....(((.(((((((((.......))...))))))))))...))))).)))....((((((.....))))))((((((.....((((.(((((((......)).))))))))).))))))...........(((.(((....)))))).((..((((((((...(((((((((((.....))).....))))).)))...))))))))..)).....(((((.((((((((((((.(((((.....(((.(((((((((.((.........((((.........)))).((((..(((.((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))...............((((((((((...)))))))))).(((((..........)))))....(((((((........)))))))))..))))).)))).)).)))))))))..))).(((.(((((((..........))))))).))).......(((.(((((((.....((((((((...((((((.(((((....)))))...)).))))...))))))))...(((((((...((((((((......)))))))).....)))))))....((((((((.....)))))))).((((...((((.....))))))))((((.(((..(((((((((((((((((........))))))))))))..)))))...))).)))).((((((((.((((((.((...((((.((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))).....(((....)))..))))...)))))))).))))))))..(((....))).((((((....((((.........))))..))))))...((((...)))))))))))))).(((((.((.((((....)))))).)))))..((((...(((..(((((...)))))..))).)))).))))).)))).)))))))).........(((((((.((((((((.((..(((((.....))))).)).((((((((.........((((....)).)).(((((...........)))))..))))))))..))))))))))))))).(((((((((((((((.((((((((...(((((((((((((((.....)))).)))))))))))))))).........(((.((((..((((((((((((.....))))))).))).))..)))).))).((((((((.....))))))))..((((((((((...(((....)))..)).))))))))......(((.((....))))).(((.(((((((...(((((.((...((((.((((....)))).)))))).)))))....))))))))))..((((((.(((((..........)))))....((.(((....))).)).(((((((((....)).)))))))......)))))))))...))))).))))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((........((((((((.(((((....)))))))))))))........))..)))..))))))))).)).)))))...........))))).(((((((....))))))).)))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((.{{{{{(((((((((((..((((.((.((((.....)))).)).))))............((.......bb)).........................................................................((.....(((((......((((.(((((..((.....)))))))))))..)))))[[[[[))(((...(((((....))))).................................(((.(((....))).)))..................(((....))).........)))..]]]]]..))))))..))))).((((((((...((......(((((....((((.((...((((((........)))).))...))...)))).......(((((((..((((((...(((((...)))).)))))))...............((((((((((...))))))))))..((((..........)))).((((((................((((((....(((((.(((((((.......((.(((((((.(((((((..........)))))))................))))))).))))))))).....)))))...))))))))))))(((((((((...........((...(((((((...((((((((......)))))))).....)))))))...............................(((((((((..((((((((.(((.(((...(((.((((((((((((........))))))))))))...)))....))).)))..((((((((.((((((......(((((((((.((((((.(((................)))..)))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))).))))))))..........((((((.((((..((((.........))))........((((...............((.......................((((((((((.((((...((((........)))).))))..)))))))))).(((((....))))).................(((....(((((((((..................................(((....))).............((....................................cc))...)))))))))....)))<<<.))aaaaaaaaaa..........))))..AAAAAAAAAA>>>)))).))))))(((.((((..CC((((((((((.....))))))).))).....)))).))).((((((((.....))))))))...)))))))).....)))))))))..)).............)))).)))))))))))).(((.(((((((...(((((.((...((((.((((....)))).)))))).)))))....))))))))))..(((((.((((((..........)))))).......((....)).....(((((((.........))))))).......)))))))))).........))))))))))(((((.((...((((((((..(((..((........((((((((.(((((....)))))))))))))........))..)))..))))))))..)).)))))....BB..)).))))(((((((((....)))))))))}}}}}.... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((...............(((((((...)))).))).............((((((((..))))))))..............(((((...............................(((((((..((....))))))))).....)))))..((.((((.....(((((...((...)).))))))))).))...........(((((.(((((....)))))..)..))))....................((((((..(((....))))))))).................................((((((((.(...).)))))))).................................((((((((..((((((........)))).)).).)))..))))............((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((...)))))))))).)))..)).......................................))..((((((.(((..(....)..((.((....(((.....)))....))........(((.(((((((.(((.(((...........((((((((((.((((((((((((....))))).).))).))))).))))))))...(((((((((.((((((((......))))))))).)..))))))).......................((((((.((((.......)))).))))))........((((.((((((((((((((....))))))))))))))...))))............((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))...((((....)))).))))..)).)))))).))))))))...((....))......((((....))))......(((((.........................((((((..((((((((.((((....))))))))))))..)))...((....))..)))................((((.(((((....)))))..)))).........)))))....((.((((.....)))).))..))))))...))))))))))...(((....)))))..))))))))).............(.((((..((((....))))..)).))..(((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..((((((((((((.....)))))).)))).))..)))).)))..(((((((.....))))))).....)))))))............(((..((((..(((...)))))))..))).........((.(((((((((.((((((.(...(((((((((....))))))))))).))))))..))))))))))...((((((.(((((..........)))))..(.((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))).....)))))))))...))))).)))))))).)...((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((....)))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))).................((((((((....)))))))))))))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((.((((((((.((((((.((.(((((...))))).)).))))))....((((((....)))))).((......))....(((.(((((((((.......))...))))))))))...))))).)))....((((((.....))))))........((((..(((((.(((((((((((..((((..((((((......((((......(((((....)))))..(...((((((((...((((((((..(.....).......))))).)))...))))))))...)..))))........(((..(((((((((.....((((.(((((((((.((..((.....)).(.........).....(((..(((.((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))...............((((((((((...)))))))))).(((((..........)))))...((((((((........))))))))...))))).)))).)).)))))))))..)))((((((((((((..........)))))))...........((...))..(((....((((((((...((((((.(((((....)))))...)).))))...)))))))))))(((((((...((((((((......)))))))).....)))))))....((((((((.....)))))))).((((...((((.....)))))))).(((.(((..(((((((((((((((((........))))))))))))..)))))...))).)))..((((((((..................((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).))))........((((((((((.....))))))))))))))))))....(....)....))))).......)....).)))))))).))).......))))))..))))..))))...(((((.((.((((....)))))).))))).........(((..(((((...)))))..)))))))))))))))..)))).(((...........((((((((.((((((((.((..(((((.....))))).)).((((((((..(((....((((....)).))...(((...........))).)))))))))))..)))))))))))))))).((((((((((((((.((((((((...(((((((((((((((.....)))).)))))))))))))))).........(((.((((..((((((((((((.....))))))).))).))..)))).))).((((((((.....))))))))..((((((((((...(((....)))..))).))))))).......((.((....))))..(((.(((((((...(((((.((...((((.((((....)))).)))))).)))))....))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((....)).)))))))......)))))))))...))))).)))))))))...(((((.((..(((((((((..(((..((........((((((((.(((((....)))))))))))))........))..)))..))))))))).)).)))))..)))...........((((((((....)))))))))))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((..(...((....((((...........(.(((....(..(((.....)))..)).....)).)......((((((.(......)))))))(((.((((((((......((((...(...........).....))))...)).)))))).)..)).(.((((....((....))..)))))..))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((..........((..((((((.......))...))((..........)).))))..(......)((....)).(((.(((((......)))))..)).)........(...((((((((.(.....((...((((...))))(((.....))).....))).....)))))..)))..)......(((((((((((...............)))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((.(...))))))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))((((.(((((...((..(((..........((...))((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..)))))))((...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...(.......)))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))))........)))....))((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.((((......))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((...........((((((((...)))).))))((((((.(.....(((((......))))).......))))..)))...........(((.....(((....((((......((((((..((....)))))))).......((.......((((.....(((((..(......).)))))))))((((((((......((((...(((......)))......))))...)).)))))))).....(.((((...(((....))).)))))..))))....)))..)))........(((....((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))..((((((..((((((((((..((((((...(((((...))))).))))))(((.........(((((((((((((...)))))))))).)))......((.................))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))).............((((((((.(........(((((..(((......((((((((((((..((....(...(......)...)))...))))))))))))..........(.(((((((((......)))))))).).........)..(((.(((((.......((...((((...))))(((.....))).....))......)))))......))).....(((((((((((...............))))))))))).((((.......(((((......(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))))))))(((((((((...(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((..((((((((.(((......)))))))))))..)))..(((....))).))))....)))(((.....((((..((((....))))...))))...))).......(....((((((((((((((((((((...))))).....(...)..)))((.((...)).))...)))...(((((...(((......((........))..))).....)))))..)))))))))....)))))))).(((..(((((.((((.....))))..)))))..)))))))))).)((((((((.((((..(((((.((((.......)))).....)))))..)))))))..((((((((.....))))))))...).))))))))))))..))).(((..((((..((.....))))))..)))))))))).(((.((((((((....(((.......((((((((....))))))))....))).....)))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))))))))))(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.((((......))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....))......))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((...(...(((.....(((....(((((............(((....).((((.....)))...).....)).((.....((((((.(......)))))))))(.((((((((......((((...(...........).....))))...)).)))))).).....(.((((....((....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......))))..((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((...(.....(((...(.(((............(.........)...).)))))).(......)...).....(((.(((((......)))))..)).)........(...((((((((.(.....((...((((...))))(((.....))).....))).....)))))..)))..)......(((((((((((...............)))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.(((.(...))))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((...((.........((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))..(.(((((.(((.((((..((((((((....(.......)))..))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))))))))((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.((((......))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((...........((((((((...)))).))))((((((.(.....(((((......))))).......))))..)))...........(((.....((((...((((.......(((((..((....)))))))........((.......((((.....(((((..(......).)))))))))((((((((......((((...(((......)))......))))...)).)))))))).....(.((((...(((....))).)))))..))))...))))..)))........(((....((((((((.......)))))))))))....(((((...((((((((....))))...)(((((...((((((........)))).))...)))..))((((..((((((((((..((((((...(((((...))))).))))))(((.........(((((((((((((...)))))))))).)))......((.................))......(.((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))).............((((((((.(........(((((..((((.....((((((((((((..((....(...(......)...)))...))))))))))))..........((.((((((((......))))))))..........))..(((.(((((.......((...((((...))))(((.....))).....))......)))))......))).....(((((((((((...............)))))))))))..(((.......(((((......(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))))))))(((((((((...(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((..((((((((.(((......)))))))))))..)))..(((....))).))))....)))((((....((((..((((....))))....(.....)((.(((...........((((.....))))((((...))))))).)).))))....))))((...))((((...(((..(((((..((((..((............))..))))....)))))..)))))))((...))))))))).((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))))).)((((((((.((((..(((((.((((.......)))).....)))))..)))))))..((((((((.....))))))))...).)))))))))))).)))).(((..((((..((.....))))))..)))))))))).(((.((((((((....(((.......((((((((....))))))))....))).....)))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))))))))))(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.((((......))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....))......))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((.((((((((.((((((....(((((...)))))....))))))....((((((....))))))...............(((.(((((((..............))))))))))...))))).)))....((((((.....))))))........((((..(((((.(((((((((((..((((..((((((...((((((((...(.(((((....)))))).....((((((((...(((((((((((.....))).....))))).)))...)))))))).....)))))...))).......(((((((((((.((((((.(((((((((..............................((((..(((.((((((.(.....))))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))...............((((((((((...)))))))))).(((((.(.......))))))...((((((((........))))))))...))))).))))....)))))))))..))).....(((((((..........)))))))....................(((....((((((((.(.((((((.(((((....)))))...)).)))))..)))))))))))(((((((...((((((((......)))))))).....)))))))....((((((((.....)))))))).((((...((((.....))))))))((((.(((..(((((((((((((((((........))))))))))))..)))))...))).)))).((((((((.............(((.(((((.((((((.(((.(((((...).)))).)))..)))))).))))).......[[[[[[[[[[)))..]]]]]]]]]]))))))))..........................)))))).))))))))...........))))))..))))..))))...(((((.((.((((....)))))).))))).........((((.(((((...))))).))))))))))))))))..)))).((((..........((((((((.((((((((.....(((((.....)))))....((((((((..(((....((((....)).))..((((...........)))))))))))))))..))))))))))))))))(((((((((((((((.((((((((...(((((((((((((((.....)))).)))))))))))))))).((((....(((.((((..((((((((((((.....))))))).))).))..)))).))).((((((((.....)))))))){{{{{{{{{{{{.{.{{{))))}}}.}}}}.}}}}}}}.}}...(((.((....)))))((((.(((((((.(.(((((......((((.((((....)))).))))...))))))...)))))))))).)((((((((((((..........))))))......(((....)))....(((((((((....)).)))))))......)))))))))...))))).))))))))))..(((((.....(((((((((..(((............((((((((.(((((....)))))))))))))............)))..)))))))))....))))).))))...........((((((((....)))))))))))))))... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).............(((.....)))..(((((((((.......(((((......)))))........)))..))))))...................((((((((((......((((..((....))))))..........((........)).....(((((...........)))))....))))))))))....(((....((((....))))........((((((...................................(((((..........................(((....((((((((.......)))))))))))......((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))((((..((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))................(((((((((...))))))))).........................((((...............))))))..))))).)))).(((((((((((..((((.(((.....)))..........((.((((.(((((((..(.((((..((((.((((.......................................................................................................((((...............((((((......(((.....)))..))))))........(((.(((((((..((.(((..))).))..))))))).)))...........))))(((((((..((((((......(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..)))))))...((....))..)))).))))..)))).).....((((((...(((...((.....(...((((((((((..((((((((.............))))))))..)))...((....))..))))....)))...)..))((((..((((....))))...))))...)))..))))))..((((.((((.....)))).)))).........))))))))))))).)))).........(((((((((((..(((((.....((((((..........(((((.(((...(..((((.(....).))))..)...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))))))(((((((((.((((...(((.......................)))...)))))))....((((((.....))))))......))))))........))))))......))))).)))).))))))))).)))).))).(((.(((((((((.....).......(((.((((....)))).)))............)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))..........)))))))))((((.((....(((((((..(((..((.(..(...((((((((....(......)...))))))))...)..).))..)))..)))))))...)).))))..)))))).....)))....(((((....)))))............. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((...((((((((((((....(((((((((..((((...((...))..))))))).))))))....((((((....((((((((.(((......((((.......))))...((((((((.((((((..(((((.(((.((((...(((.((.((((((.....((((.(((((..(((...)))))))))))).)))))).)).)))))))..(((((....)))))......))).)))))))))))..(((.((.((((((.(((....))).))).))).)).)))........)))).))))))))))).)))).))))))..))))))..)))))).(((((((...((((((((((((((.(.((((..(((.((((((........)))).))...)))..)))).((.((....)))).......).))))))))))).((((.(((((............(((((((((((((...)))))))))).)))......((((..(((...((((..(((..(((.......((((((..(.(((((.(((((((.......((.(((((((.(((((((..........))))))).((((....))))...))))))).))))))))).....))))).).))))))..(.(((((((((..(.....(((((((((.(((((((...((((((((......)))))))).....)))))))....((((((((.....))))))))......((((((((((.((((..((((((.((((.(((((((((((((((((........))))))))))))..))))).).))).)))..((((((((..(((((.((...((((.((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))).....(((....)))..))))...)))))))..))))))))..(((....))).((((((((..((((..((..((((..(.(((((((.((((((.......((..(((((..(((((.((.((((....)))))).))))).((((...((((........)))).)))))))))..))..))))))...)))))))..(((((..(((((..(.((((((((.((..(((((.....))))).)).((((((((..((((...(((....))).((...(((.......))).)).))))))))))))..)))))))))..))))).))))))..))))..))..))))....(((..((((((((((.....)))).))))))..)))...)))).))))..(((.((((..((((((((((((.....))))))).))).))..)))))))..((((((((.....))))))))..)))..))))....)))))))))))))))...))))....)..)).))))))).)..)))...((((((((..(((((......((((.((((....)))).))))...)))))..).))))))).))).))))..((((((..........)))))).......)))...))))...(((((((((....)).))))))).))))).))))..)))..((....))..))))))).(((((.((..(((((((((..(((..((....(...((((((((.(((((....)))))))))))))...)....))..)))..))))))))).)).)))))......)))).))))(((((((((....)))))))))......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((..(........................................................................................................................................................................................................................................................................((((((((((.(((((.((((((((.((((.((....((((((......))))))......))))))...))))..............))))...)))))............))................................((((......((((............)))).))))((((((((......((((...(((....)))......))))...)).)))))).....(((.((((.((((.....))))))))......((((...((((((.((((((.(((.....(((((((.......))))))).)))...))))))...))))))....))))))).(((...(..(((((.......)))).).)...)))....................................................(((..........)))...((((...((.(((...(((.(...((((((((..((((((((......(......................).......).)))))..))....(((.......(((((((......))))))).......)))......)))).............)))).)....))).)))......))....)))).............((((...((...(((((((((((.((.....)).....))))))))))).)).))))..(.(((((..(...((((.........((((..(((((......)))).)..))))...)))).)...)))))...)..............((..((.(((((....))))).....))(((.(((.(((........((((((..(((((((..((((((((...............))))))))..)))...((((........))))(((.((((((...((((..(((((((.((((...((((...((...((.(......)))...))..))))..))))))))))).......))))..).))))).......)))))))....)))))).))))))...)))...))((((((((.((((..((((..((((.............))))...))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...))))))...................((((...((...)).))))...(((((((((....(((......((((((((....))))))))....))).....))))))))).....(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))).......................(((((((...((((((((..(((..(((..(.((((((...).....))))).....)...)))..)))..))))))))..))))))).))).))).))..)(.((((((....))))))))))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((............((((((((........(((((.(((.......(((((......)))))........)))...))))).............(((((((((.((((((((..((((...(((((.(((..((....(((....((((((.....((((.(((((...(.....).))))))))).))))))....))).))...(((((....)))))......))).))))).))))...(((.....(((((.(((....))).))).)).....)))........)))).)))).((..(((((((((((.((((...(((((((((...............................(((..(((.((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((......((((((....(((.....)))..))))))...............((((((((((...))))))))))...................................................))))).))))....))))))))).(((.((((((.........((((..((((((((((((................(((....((((((((...((((((((((((....))))).).)).))))...)))))))))))(((((((...((((((((......)))))))).....)))))))..................................(((.....)))......))))))))..(((.((((((((((((........))))))))))))...)))..))))..)))).((((((((..(((((.(....(((((((((.((((((.(((.((((......)))).)))..)))))).)))))....(((....)))..))))....))))))..))))))))..(((....))).)))))).)))..))))))).)))))))).))........)))))))))........))))))))..............((((((((((...((((...((((.(((((...))))).))))((..(((((..((((....))))..........(((((..(.((((((((.....(((((.....)))))....((((((((..((((...(((....)))......(((.......)))....))))))))))))..)))))))))..)))))(((((((((((((((....(((((...(((..(((((.((((.....))))..)))))..))))))))...(((((.((..((((..((((((((((((.....))))))).))).))..))))..)).((((((((.....)))))))).....)))))......((((..(((((.((((...........)))).............(((.((((((((..(((((......((((.((((....)))).))))...)))))..).))))))))))..................................................((((((((......).)))))))..)))))..)))).....))))).)))))))))).)))))..))...((((((((..(((..((....(...((((((((.(((((....)))))))))))))...)....))..)))..)))))))))))).)))))))))).......))).((((((((....)))))))).))))))... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((.(((........((((((((........(((((((((.((....((((((....))))))......)))))..)))))).........(((((((((((((..(((((((.((((((..(((((.(((.((((...(((....((((((.....((((.(((((..(((...)))))))))))).))))))....)))))))..(((((....)))))......))).)))))))))))..(((.((..((((..(((....)))..)).))..)).)))........)))).))).(((..(((((((((((.((((...(((((((((.....((.....))..((((....))))..((((..(((((.((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((.......(((((....((((.(..(((...................((((((((((...)))))))))).(((((..........)))))...)))..).))))....)))))...))..))))).))))....))))))))).(((.((((((.........((((..(((.((((((((......(((.......(((....((((((((...(((((..(((((....)))))..)...))))...))))))))))).((((((...((((((((......)))))))).....)))))).....((((((((.....)))))))).....))).(((.....)))......)))))))).(((((((((((((((((........))))))))))))..)))))..)))..)))).((((((((.(..(..(((...(((((((((.((((((.(((..(((......)))..)))..)))))).)))))....(((....)))..))))...)))..)..)))))))))..(((....))).)))))).)))..))))))).)))))))).))).......)))))))))...)))).)))))))).........)))..((((((((((...((((...((((.(((((...))))).))))((..(((((..((((....))))..........(((((..(.((((((((.((..(((((.....))))).)).((((((((..((((...(((....))).((...(((.......))).)).))))))))))))..)))))))))..)))))..(((((((((((((.((.(((((...(((..(((((((((.......))).))))))..))))))))...(((((((((.((((..((((((((((((.....))))))).))).))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))......((((..((((((.............((((((......((..((((((.(((((((...(((((......((((.((((....)))).))))...)))))....)))))))))).))).((.((((((..........))))))))..))......))))))..(((((((((....)).))))))).))))))..)))).))..))))).))))))))...)))))..))...((((((((..(((..((........((((((((.(((((....)))))))))))))........))..)))..)))))))))))).)))))))))).......)))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
|
|
UACCUGGUUGAUUCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUAUACGCAAAUUAUACUGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUAGUUUAUUUGAUGUUUCUUGCUACAUGGAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCGUAAAAAGCCCCGACUUCUGGAAGGGGUGUAUUUAUUAGAUAAAAACCAUCCUCCUCGGAGUUUGGUGAUUCAUAAUAACUUCUCGAAUCGCACGGCCUUGUGCUGGCGAUGCUUCAUUCAAAUAUCUGCCCUAUCAACUGUCGAUGGUAGGAUAGAGGCCUACCAUGGUUGCAACGGGUAACGGGGAAUAAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCCGACACGGGGAGGUAGUGACAAUAAAUAACAAUGCAGGGCCCUUUUGGGUCUUGUAAUUGGAAUGAGUACAAUUUAAAUCCCUUAACGAGGAACGAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGAAGUUUGGUCUCGGACGCUGGGUCUGCUUAAUUGCAUGUACUUGACGGUCCGAGACUUCCUUCUUGGUGAACGGCCGCCCUCGGGUGGUCCGGAACCAGGACUAUUACUUUGAAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCCAUAGGCCCGAAUAUAUUAGCAUGGAAUAACAGAAUAGGACGUGCGGUUCUAUUUUGUUGGUUUCUAGAACUGCCGUAAUGAUUAAAAGGGACAGCCGGGGGCAUUAGUAUUUGCACGCUAGAGGUGAAAUUCUUGGAUUGUGCAAAGACUUCCUACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGAAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAGGUUAGGGUAUCGAAAACGAUUAGAUACCGUUGUAGUCUUAACAGUAAACUAUGCCGACUCCGAAUCGGUCGAUGCUCAUUUCACUGGCUCGAUCGGCGCGGUACGAGAAAUCAAAGUUUUUGGUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGAAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUCACCGGGUCCGGACAUAGUAAGGAUUGACAGAUUGAUGGCGCUUUCAUGAUUCUAUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACCUUGACCUGCUAAAUAGACGGGUUGACAUUUUGUUGGCCCCUUAUGUCUUCUUAGAGGGACAAUCGACCGUCUAGGUGAUGGAGGCAAAAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCCGGGCUGCACGCGCGCUACACUGACAGAGACAACGAGUGGAGCCCCUUGUCCGAAAUGACUGGGUAAACUUGUGAAACUUUGUCGUGCUGGGGAUGGAGCUUUGUAAUUUUUGCUCUUCAACGAGGAAUUCCUAGUAAGCGCAAGUCAUCAGCUUGCGUUGACUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGAAUGGCUUAGUGAGGACUUGGGAGAGUACAUCGGGGAGCCAGCAAUGGCACCCUGACGGCUCAAACUCUUACAAACUUGGUCAUUUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUAUCUGUAGGUGAACCUGCAGAUGGAUCAUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...<<<.))))).(((.(((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....((..........))...)))))......(((......((((..((..((....(((............((((....(((((((.....))))))).....))))........(((((..((...))..)))))....((((((.......((((..(((....)))..))))......)))))).........((((.((((.....))))))))....)))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((((((....)))))))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((...{.((((...(((.......((((((((((((.((((.(((......)))...)))).)).))))))))))....((((((.....(((((((....))))).))....)))))).............................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{.(((..((((((((.((...........))))))))))..)))...{{..))}}...}}}...}}}}))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..(((((((((((((...))))))))).....))))..)))))))..(((((.(((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((.......((..((((....))))..))....)))......)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..((((((((((((((.(((((((((((((....)))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))..).((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((...((.((((.((((....(((((((.....)).))))).((((((((.........((((..((((...))))...))))..((((((.....(((((.((.....)).))))).....((((((((.(.....))))))))).....))))))..))))))))..........)))).))))..(((((((..((((((((.....((((..(((....)))..))))...)).))))))..(((((.(((((.((((.....)))))))))..(((((((...(((((.(((...(((((....((((((((.......)))))))))))))...((((.....(((.....(((......))).........(((((......(.((.((........)).)).)..)))))..........)))...))))....))).)))))..............(((((((((((((....))))))))).)))))))))))...................))))).......(((((((.(((.(((((((.((((((((((((.(((.((((.(((((((..........))))))).)))).....(((.(((.(((((....(((((((((((..((((((((......))).).))))..).))))))))))....(((((((...((((((((....))))).)))..)))))))....((((((((.....)))))))))))))....((((...))))......))).)))..((((((((((((((((((.....))))))))))))).)))))..))).))))))...........((((((.(..(((((((((...((((((((...((((......))))....))))))))(((((.....(((....))).(((((.....(((((((((((...((((....((((((((((.(((.....(((((((((..((((......)))).....(((.(((((((((((..((((((((.((.((......))))))))))))..)))...((....)).(((((.(..((..((.((.........)).))..))..)))))).........(((((....(((((((((...(((((((..(((.(((((((((........(((((....)).))).((((..((...))..))))...)))))))).).)))......).))))))...)))))))))....)))))...)))))))).)))....))))))))).....((....))..))).))))))))))...........((((..((.....))..))))......))))((((((.((........)).)))))))))))))))))...)))))....)))))..)))))))))..).)))))).))))))..).)))))).)))..(((((...((((((...((((...(((......))).))))..))))))....))))).......(((((((((((............)))).......(((....)))(((.(((((((((.....))))))))).))).))))))))))))))....))))).))......((((.((..((((((((((.(((........(((.((((...((((((.((((....)))).))))))..))))...)))......))).)))))))))).)).))))..))...)))).))))(((((((((....)))))))))........) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((((.......)))))))).............................................((((........))))........................................(((((...)))))......................((((((((((....)))))))))).......................................(((((((...................................)))))))................................................................................................................................................................................((((...))))...................................(((((((((.............)))))))))...................((((((((((...((((((((((((.....................)))))))))))).........((((((((((.....)))))))))).................((((((((..........................))))))))......................((((((((................))))))))................................................................................................))))))))))......................................................................................................................................................................(((((((((((((...))))))))).....)))).................(((.....)))....................................................................((((((((...............(((((((......))))))).............))))))))...........................................................................................................................................................................................................................................((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................((((((((..................................))..))))))..................................................................................(((((...........)))))............................................................((((..(((.....))).))))..................................((((((((.......))))))))...................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((.(((((((((....)))))))))..))).......................................................................................................................................................................................................((((((..)))))).........................................................................................(((((.(((.....................))))))))............(((((....((((((((((((((((((......((........)).......)))))))))))).....((....))(((.......)))........................((...........((((.........))))........))..................(((..((((((((................))))))))..)))...((....)).........................(((((....))))).................(((....(((((((((........................................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))..................................................(((((.(((.((((..((((((.((((...........))))..))))))..)))))))..(((((.(((.....)))))))).....))))).................))))))....)))))...................(..((((((((..............((((((((....))))))))............)))))))).)....((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))..........................((((.((....((((((((((((((((((..(...((((.((((((((((((......))))))))))))))))...)..))))))))))))))))))...)).))))....................(((((....)))))............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((................................)))..))))))...................................(((............)))...........((((((.((((.......(((((...........))))))))).))))))............(((....)))...........................((((..(((.....))).))))..................................((((((((.......))))))))....................((......))....((((((..((.((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((........((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((....)))))))))).)))...............................................))))).)))...........................................................................(((((((((((.................................)))))))))))...........((((((((..))))))))........................................................................................((((.(((.....................)))))))....(((((((.(((((...........(((((.((((((((.(.(((........))).)..)))))))).))))).....((....))(((.......)))))))).))))))).....................................................................(((..((((((((................))))))))..)))...((....)).........................(((((....))))).................(((....(((((((((......................................................................................................)))))))))....)))..................................................(((((.(((.((((..((((((((((((........)))))))..)))))..)))))))..(((((.(((.....)))))))).....)))))...................................................(..((((((((......(.......((((((((....))))))))....).......)))))))).)....((((.((((((..........))))))................(((.(((((((((.....))))))))).)))...)))).....................(...(((((.((...(((((((((((((((((((..(...((((.((((((((((((......))))))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..)).)))))....)..........(((.(((((....))))).)))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((...(..((((((.......))))))..)....)))..))))))..................................((((((........))))))............................(((((...........))))).................((((..(((....)))..))))(((((.............)))))......................................((((...(((((....((((((((.......)))))))))))))....))))....................((((((((.((.((((........)))).)).).)))..))))(((.((.(((((.........((((((.......(((((..................(((((((((((((....))))))))).))))..................)))))...........))))))............))))).)).)))................(((((((..........))))))).....................(((...(((((((((((.(((((((((......))).).))))).).))))))))))..)))((((((...((((((((....))))))).)..)))))).......(((((((............)))))))..((((...))))...............((((((((((((((((((.....))))))))))))))..))))........................................(((.((((((((...(((........)))....)))))))).))).........((((((((((.....)))))))))).....((((((((.........((((((...........))))))...(((((...........))))).......(((..((((((((.((...........))))))))))..)))..............))))))))...............((((((.............................((((.((((.....)))).))))))))))...............(((.........)))...................................................((((((((((((......((((...(((...(((((..............)))))...)))))))........................(((((((((...)))))))))(((.((((((((((((..............)))))).....)))))).)))...................((((...........)))).............(((.(((((((...((((((...((((...(((......))).))))..))))))....))))))))))...(((((.((((............))))........((....))((((.(((((((((.....))))))))).)))).)))))........)))).)))))))).....((((.((..((((((((((.(((..(.........((((.(.((((((.((((....)))).)))))).))))).........)..))).)))))))))).)).))))...............((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.......)))))..))............(((((((....(((.(((.((((..((((((.......))))))....(((((.................)))))...(((....(((((((.((.((.(((.((....(((((..............................(((((...........)))))....((((((.......((((..(((....)))..))))......))))))............))))))).))))).)).))))..)))....))).....((((.....(((((.((((((((.......)))))))).).....)))).....)))).............(((.(((..((.((((........)))).))...)))...)))))))))))))((((..((((((...((((.....)))).))))))...............((((((((((....))))))))))(.((((((((((..........(((((............(((((((.......((((.....((....)).......))))))))))).............(((((.(((((............(((...(((...((((((((.(.(((((.(((......)))...))))).)..))))))))......(((((.....(((((((....))))))).....))))))))...)))..............(((((.(.....((((...))))......)...)))))((((((((((((((((((.....)))))))))))))).))))....))))).))))).......)))))(((..(((((........((((((((.(...((.......))...).))))))))...))))).))).((((((((((.....)))))))))).................((((((....(...((((.........))))...).))))))..........(((((.......)))))....)))))))))).)..........)))).................)))))))......(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((..((....((((.(((.((((((................(((.........)))(((((((((((((.......(((.((..........)).))).....)))))...((.((((..((((((((.(((((.(((.(((...((....(.((((.......)))).)..))...))).))).)))))......(((((((((...)))))))))(((.(((((((.......(((........)))........))))))).))).....))).)))...).))))))).......)))))))))).)))).))).))))(((((((...((((((......(((.(((......))).)))...))))))....))))))).(((((((((((((((............))))).(.....)..))))))))))((((((((.(....)))))))))......))...)))))))))).))....(..((.(..((((.((....((((((((.(((..(.(...((..((((.(..(((((.((((....)))).)))))..)))))...))..).)..))).))))))))...)).))))...).))...)....((((((((((....))))))))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((.(((..((((((.......))))))..))..))))..))))))................................((((((((........))))))))((((...((.................(((((...((....)))))))....((.......))..((((..(((....)))..))))(((((.............)))))((.((((.....))))))...................(((((...(((((....((((((((.......)))))))))))))....)))))...................((((((((.((.((((........)))).)).).)))..))))(((.((.(((((.(......(((((((((.....(((((....((........((..(((((((((((((....))))))))).))))..)).......)).....)))))......))...))))))...).......)))))).)).)))..((.....)).(((.(((((((..........))))))).)))...........((((..(((...(((((((((((.(((((((((......))).).))))).).))))))))))..)))((((((...((((((((....))))))).)..))))))))))...(((((((............)))))))..((((...))))...........))..((((((((((((((((((.....))))))))))))))..))))))))....................................(((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))(((......((((((((((.....))))))))))...((((((((((...(((...((((((.(.......).))))))(.((((((...........)))))).)....(((..((((((((.(((.........)))))))))))..)))........)))...)))))))))).....))).....((((((.............................((((.((((.....)))).))))))))))...............(((.........))).((((...........)))).............................(((((((((((((((..(((((((...((((.(((((((((.......))).)))))).)))))))))(((((......(((......).)(((((((((...)))))))))(((.((((((((((((((.........)).)))))).....)))))).)))........))))))(((..((((...........))))..)))........(((.(((((((...((((((...((((...(((......))).))))..))))))....))))))))))..(((((((((((............))))).......(((())))((((.(((((((((.....))))))))).)))).))))))))....))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.(((..(((...(...((((.(.((((((.((((....)))).)))))).)))))...)))...)..))).)))))))))).)).))))...............((((((((((....))))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................(((((((.......((((.........))))........).......(((...................................((((..((....)))))).........))).................(((((..(.....)..)))))..................((................))......................((((.(((.......)))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((....)))))))))..)))....................................((((((.......((((..(...........).....))))))))))................................................(((((.(((((((((((((((......))).).))))))).)))).)))))..............((.(((((....)))))..))...........................................(((.....)))...........))))))..............(((((.((((...................)))))))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........(.....(((..((((((((.(.............)))))))))..)))...((....))..........)..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..((........(..........)...)).....)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............((((((....((((..(((((.((((((.....)))))).).....))))..)))).....(((((.(((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....).....(((...((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......))))))........................(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((.(.((((.(.((((....)))).).)))).)))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))...................(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................(((((((((.((....((((.........))))......)))))..))))))....................................(((..((....)))))............(((((..((((.......(((((..(.....)..)))))))))..))))).................................................((((..(((.....))).))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))......(((.......((((....))))..((((((((..((((((........)))).)).).)))..))))........((((((..((((((...(((((...))))).))))))............(((.(((((((((....)))))))))..)))....................................((((((...................................))))))................................................(((((((((((((((((.(((......)))...))))))).))))))))))..............(..((((((..))))))...)...............................(((((((..((.........)).)))))))........................((((.(((((...................)))))))))...........((((((...((((((((((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).))))........((((((((((.....))))))))))............(....)(((((........((((.........)))).....)))))..................(((..((((((((.(.(.........).)))))))))..)))...((....)).....................((..(((((....)))))...))...........((((....(((((((((.....(((((.....)))).................................)...(((((..................................)))))..)))))))))....)))).................................................((((((....((((..(((((.((((((.....))))))......)))))..)))).....(.(((((........))))).)....))))))................))))))))...)))))).........))))))..(((.(((((((((.....).....(((...((((....)))).)))............)))))))))))..((((((((((((..........)))))).......(......).....((((((((.......))))))))......)))))).................)))(.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...(((((..((((.(.((((....)))).).)))).)))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....)))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).........((((((((...))).))))).((((((((.........((((..((((...))))...))))..((((((.....(((((...........))))).....((((((((........)))))))).....))))))..)))))))).....((((........[[[[[))))....((((((.......((((..(((....)))..))))......))))))]]]]]...(((((.((((.....)))))))))................((((((.....(((((.(((((((..((((((((((((.(((((((.............((((....))))..(((((((.....((((........))))......)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((....))))))))).))))((((.......))))....(((((..(((.......))))))))...))))).)))).))))))).))))(((((((((.(((((((..........))))))).)))......(((.((((((.......((((((((((...((((.(((......)))...))))....))))))))))......(((((...((((((((....))))).)))..)))))))))))((((((((.....)))))))).........((((...))))..........))).))))))(((((((((((((.....)))))))))))))))))))))...))))))).............)))))...))))))......((((((((...........[[[[[[[[..))))))))..........(((....)))....]]]]]]]]((((((..........(((....)))..[[[[[[)))))).....]]]]]]((((......)))).........(((((.[[[[...((((((((................))))))))..)))))((((((.......))))))......]]]]((((..[[[[[[[........)))).................(((.((((.....)))).)))]]]]]]]........(((.....)))...(((.....[[[[[......)))..]]]]]...(((...((((.....))))...)))(((((((((((((((....(((((...((((.((((((((((.[[[.)))).)))))).))))))))).......]]]...((((..((((((((..(((...)))..)))).....))))..)))).((((((.....(((((.....)))))........((((...(((....)))..))))......)))))).(((.....[[[[))).....(((((((...((((((...((((...(((......))).))))..))))))....)))))))]]]].(((((((((((............)))).......(((....))).((((((...[[[[[...))))))..]]]]].)))))))......))))).))))))))))...((((.....((((((((((.(((.((((.......((((...((((((.((((....)))).))))))..))))....))))....))).))))))))))....)))).............((((((((((((....)))))))))..))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.((((.....(((((((((((...(((..(((....(((((((((..((..((((((.......))))))..))...)))..))))))((((((((.((......)).)))))))).....(((((((........))))))).(((((..(((((((.((.((......(((((..((...))..)))))....((((((((.....((((..(((....)))..))))...)).)))))).((((((.(((((.((((.....)))))))))................(((((...(((((....((((((((.......)))))))))))))....))))).))))))....(((......)))(((...((((((........)))).))...))).((((.((((.(((((..((.......((((((((.....(((((..(((.........((..(((((((((((((....))))))))).))))..)).........)))..)))))......))...))))))...))..))))).)))).(((((.((..((((....(((.....)))....))))..)).)))))........((((((....)).)))).((((((((((...((((.(((......)))...))))....)))))))))))))).((((((...((((((((....))))).)))..)))))).....((((((((.....)))))))).........((((...)))))).)).))))))).)))))((((((((((((((.....)))))))))))))).)))..)))...).))).)))))))...)))))))))))).(((.(((..((((((((...((((......))))....))))))))......))).)))((((((....((((.(((....))).((((((.........))))))((((((...........))))))....((((((...((((..(((((((((((.(((..((((((((.((.((......))))))))))))..))).((.((((((....)))))).))..((((..((((..(((((((.((((...((((.......(((..((.......))..)))))))..)))))))))))..))))..))))...(((((....)).))).)).))).))))))....))))..)))))).))))))))))(((((((.(((((((((((((((.(((((((.(((((.(((.(((......((((.(((.............))).))))))).))).)))))...))))((((((((...))))))))((((.((((((((((((.((........)).)))))).....)))))).)))).......((((.((((..((((...........))))..)))).)).)).(((.(((((((...((((((...((((...(((......))).))))..))))))....))))))))))..(((((((((((............))))........((....)).(((.(((((((((.....))))))))).))).))))))))))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.(((........(((.((((...((((((.((((....)))).))))))..))))...)))......))).)))))))))).)).))))....((.......)).(((((((((....)))))))))))))))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((......((((((.......)))))).......)))..))))))..................................((((((........))))))............................(((((.[[........))))).................((((...((....))]].)))).....................((....((<<<<<<.))aaa)).(((((............................((((((((.......)))))))).((.((.((((((...((.....((((((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))...(((.(((((((....((((bbbbb((.....))bb.))))..............(((((((((((((....)))))))))).)))...................BB.............BBBBB...................(((((((((((...........(((((((..........)))))))......................((...((((((((((..(((((.(((......)))...)))))...))))))))))..))(((((((...((((((((....))))).)))..)))))))......(((((((............)))))))..((((...))))....................(((((((((((((.....))))))))))))).............)))))...........((((((...(((((((((....((((((((((.(((......)))..))..)))))))).............(((((((((({{{..))))))))))......................((((((...........))))))....(((.............)))........((....(((((((...((((((((((((((.((.((((........................................(((((....)))))........................(((((((((....................(((..........(((.........))).((((...........)))).....)))..........................)))))))))...)))).))..)))))))))))))).........................................((((..(((((((((((((...))))))))).....))))..))))........)))))))....))..............}}}..............)))))))))...)))))).))))))..))))))).....(((((((...((((((...((((...(((......))).))))..))))))....)))))))..)))(((((((((((............))))................((((.(((((((((.....))))))))).)))))))))))))))))........)))))))).)).)).......(((((((((.(((............((((...((((((.((((....)))).))))))..))))............))).)))))))))...)))))....AAA...>>>>>>.(((((((((....)))))))))......... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.((((((((.((...........((((((((...)))).))))..((((.(((..(((((((.....)))))))..))..))))..).(((((...............................(((((((..((....))))))))).....))))).....((((.......((((((.((...)).))))))))))..(((((......(((((.(((....))).)))))....).))))..........((((((.((.(....))))))))).................((((..((((((....((((((((((...))))))))))))))..)).)))).....................((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).........(..(((((((((((((....)))))))))).)))..)........................................))..))))).)))..((....)).((.......(((.(((((((..........))))))).))).......................((((((((((((((((((((((....)))).).)))))))).)))))))))....(((((((((.((((((((....)))))).)))))))))))......................(((((((.((((......).))))))))))....((((((...(((((((((((((.....)))))))))))))....................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))...((....))..(..(((((....)))))......)....................)))))).(((((((..((((((((.((.((......))))))))))))..)))..(((....))).))))...................(((((....))))).......................(((.((((.....)))).))).......................(((....)))))........................(..(((..(.((.....)))..)))...((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..(((((((((((((...))))))).....))))))..))))).)).(((((.(((.....))))))))....))))))).............((..((((..(((...)))))))..))..........((.(((((((((.((((((...((((..(((((....))))))))).).))))))..))))))))))...((((((.(((((..........))))).....(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).))))))))))..(((((.((..((((((((((.(((..(((...(...((((((.(((((((((((....)))))))))))))))))....)..)))..))).)))))))))).)).)))))............))..((((((((....)))))))))))))))).) |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((..............((((((((...)))).))))...(((((((..(((((((.....)))))))..)...........(((((................................(((((..(((....))))))))......)))))...)))))).........(((..((...))..)))......((((((.......((((..............))))......))))))........(((((..((((...)))).)))))................(((((..((((((....((((((((.(...).))))))))))))..))..)))..))................((((((((..((((((........)))).)).).)))..))))................((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))............................................(((((.(((..(....)..((((((((......((((((..........))))))..(((((((...(((.(.(.(((.....((((((((((((((((((((((....)))).).))))))))).))))))))..((((((((((..(((((((((..)))))).))).)))))..........................((((((.(((.........)))))))))......(((((..((((((((((((((.....))))))))))))))...................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))...((((....)))).))))..)).)))))).))))))))...((....))..((.((((......)))).....))....................)))))...((((((..((((((((.((.(........)))))))))))..)))...((....))..)))...............((((.(((((....)))))..)))).............)))))...)))).).)))..(((((...)))))..))))))).......))))...))))..))))))))...................(..(.((.....)))..).....((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..(((((((((((((...)))))))).....)))))..))))).))..((((.(((.....))))))).....))))))).............((..((((...(.....).))))..)).........(((.(((((((((.((((((...((((..(((((....))))))))).).))))))..)))))))))))..((((((.(((((..........)))))........((....))..((.(((((((((.....))))))))).))...)))))))))...))))).)))))))))...(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((.((((((((((((....)))))))))))))))))..)...))))..)))..))))))))).)).)))))................((((((((....)))))))))))))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..(((((....(((((.....(((((((((.((((((((..((((((.......))))))..)..........((((((.....(((((.((.....)).))))).....((((((((........)))))))).....))))))..)))))))......(((((..((...))..))))).................((((..(((....)))..))))(((((.............)))))...(((((((((...(((.(((((((..((.......((((((.......(.(.(((((((..((((((((.(((.(((((((..((.....))..((........))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...((((......))))))))))........((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))................((((...)............)))))..))))).)))).))))))).))).(((((((((.(((((((..........))))))).........((((((....))).))).((((((((((...((((.(((......)))...))))....))))))))))....(((((((...((((((((....))))).)))..)))))))....((((((((.....)))))))).........((((...))))..........))).)))))).((((((((((((.....)))))))))))).))))))))...))))))).............).).....))))))..(((.(((((((((..((((......)))).)..)))))))).))).........((((((((((.....))))))))))...((((.........))))..((((((...........))))))...............................(((..((((((((.((.((......))))))))))))..))).((.((((((....)))))).))...))..))))))).))))))))))))......................((((.((((.....)))).))))..)))))))))..........(((((....)).))).((((..((...))..)))).)))))....)))))......(((((((.(((((((((((((((.((((((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))).(((((...((((((....)).))))(((((.....)))))..((((.((((((((((((.((........)).)))))).....)))))).)))).......))))).(((..((((...........))))..)))..((((......(((((((...((((((...((((...(((......))).))))..))))))....))))))))))).(((((((((((............)))).......(((....)))(((.(((((((((.....))))))))).))).))))))))))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.(((........(((.((((...((((((.((((....)))).))))))..))))...)))......))).)))))))))).)).))))................(((((((((....)))))))))))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((...........((..(((.....)))...)).((((........))))............................))).........................................(((...(((((((..........((...................(((...........)))......................................((....))..................))..............(((((..........................(((....((((((((.......)))))))))))......(((...(((...................(((...((((((........)))).))...)))((((..((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))................(((((((((....)))))))))................................................))..))))).)))).(((((((((((.(((((((((.....)))...............(((.........((((.............(((((.............(((......)))............(..)))))).....................((..)).....................................))))(((((..((.........)).)))))......))))))))).......((((((......................................(((((((..((((((..........(((((.((((((.....((((......))))......)))))).)))))....(((....)))...........))))))..)))))))..............(((((((.((((((((((((((((((....(((..........................((((((((................))))))))........((....))....................((((..((((....))))...))))..)))....)))))....(((((((((....((((.((((.(..............................))))))))).........(((((..(......((....))....)..))))).....))))))))).(.((((........)))).).......)))))))))..((((....................(((.((((..((((..........................))))..)))))))....((((.(.......))))))))).................)))).)))).)))......))))))....)).)))).))).(((.(((((((((.....).......(((..(((....)))..)))............)))))))))))...(((((.........................((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))).))))))........)))))))))))..)))).....(((((((..(((..((....(...(((.................................)))...)....))..)))..))))))).......................)))..)))..((....))................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((............(((.......(((.....)))...).....)).((.......((((((((.....))))))))))(.((((((((.....((((..............))))...)).)))))).).....(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((............(..(((((...(.((.....)......(...).).)).))))..(((....)))..(..)(((.(((((..)))))..))))...........((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........(((((.((((((...............)))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((.((...)).)))))))))))..)))...((....))..)))....)))..)(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))(((.((((((....(..(((.......(((....).(((((...(((..(((((....((..(.((...))......)..))......)))))..))))))))(...)))((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))..(.(((((.(((.((((..(((((((((...((........))))).))))))..)))))))..(((((.(((.....)))))))).....))))))........)))....).((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((.(((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))..(((((((((.((..........((..........))...)))))..))))))........(((......((....((((.......((((..(((....))))))).................((((.......(((((..((...))..)))))))))(((((((((...)((((..((......))..))))...)).)))))).......(.((((...((.....))..)))))..))))....))...)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...))...........((....))....((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((........)))))))).)))......((.................))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))....((((((.........).((((..(((......((((..((((((..(((..(.....).......).))......))))))..)))).........((((((((((..)))))))).))..............(...(.......((...((((...))))(((....))).....))......)...)..............(((((.(((.(.((.............))))))))))).((((.......(((((.((...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)).))))))))))))......))))..(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((..((((((((.((...........))))))))))..)))...((....))..))))...)))..((((.(((((..((((....))))...)))...............(((((((((((.....))))(((.((((............((.....))(....).(((((...(((..(((((..(.((......(..........)..))).....)))))..))))))))...((((((((...(((..(((((.((((.....))))..)))))..))))))))...(((((((((.((((..((((((((((((........).)))))).)))))..)))))))..(((((.(((.....))))))))....)))))).........)))......((((..((.....)))))))))).....))).(((.((((((((....((........((((((((....))))))))...)).......)))))))))))...(((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....)))).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((.(((((((................)))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....))))))).)))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((............(((....)..(((.....))).........)).((.......((((((((.....))))))))))(.((((((((.....((((..............))))...)).)))))).).....(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........((....((((....(.((.....)............).)..)))))).(......)...(..)(((.(((((..)))))..)))............((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........(((((.(((((.................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.(((.((...)).)))))))))))..)))...((....))..)))....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((....(.........((((((....))(((((...(((..(((((.....((.((.((..........)).))...)).)))))..))))))))...((((((((...((.((..((....))..))(((......)))...))))))....(((((.(((.((((..(((((((((...((........))))).))))))..)))))))..(((((.(((.....)))))))).....)))))........))))))))).((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((.(((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((...(((.(((((((.((((...)))...(((((((((.((.(......).((..........))...)))))..))))))........(((.....(((....(((((......((((..(((....))))))).................((((.......(((((..((...))..)))))))))(((((((((...)((((..((......))..))))...)).)))))).......(.((((...((.....))..))))).)))))....)))..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...))...........((....))....((((((...(((((...))))).))))))..).........(((((((((((........))))))).))))......((.................))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..)))))))))))))))))....(((((((.((........((((.((((......(((((...)((((.(((..(.....).......).)).)....))).....)))).........((((((((((..)))))))).))..........................((...((((...))))(((....))).....))...........(....)........(((((.(((.(.((.............))))))))))).((((.......(((((.((...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)).))))))))))))).....))))..(((((((.......((((.........))))....))))))).....))...(((.((((((..((((((((.((...........))))))))))..)))...((....))..)))....)))..((((.(((((..((((....))))...)))..............((((((((((((.....))))(((.(((((...........((.....))(....)..((((...(((..(((((..((((..((............))..))))....)))))..)))))))((..((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((((((.((((..(((((..(....(..........).)...)))))..)))))))..(((((.(((.....))))))))....)))))).........))).))....(((...(.....).)))))))).....))).(((.((((((((....((........((((((((....))))))))...)).......)))))))))))...(((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......)))))))))))))(....).)).))))..((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((.(((((((................)))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.(((((.......)))))).(((((....((((((((..(((((((((((((((((...((((((.......)))))).............((((((.....(((((.....{{{...))))).....((((((((.....}}})))))))).....))))))..)))))))).....(((((...........)))))....((((((.......((((..(((....)))..))))bbbbb.))))))......BBBBB...(((((((((...(((.(((((((.((((.....(((((((.......(((((((((((..((((((((((((.(((((((.............((((....))))..(((((((...((((((.(.....))))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...).))))))))))............(((((((((((((....)))))))))).))).........((((.......<<<<...........))))>>>>....))))).)))).))))))).))))(((((((((.(((((((..........)))))))........((((((([[[.))).))))(((((((((((.(((((.(((......)))...))))).).))))))))))....(((((((...((((((((....))))).)))..)))))))]]].((((((((.....)))))))).........((((...))))..........))).))))))(((((((((((((.....)))))))))))))))))))))...)))))))..))))....)))).)))...........(((.((((((((((.(((((...).))))))..)))))))).)))...(((((.((((((((((.....))))))))))..(((((.........))))).((((((...........))))))....aaaa.a...)))))AAAAA........(((..((((((((.((.((......))))))))))))..)))....((((((....)))))).....)))).))))))).))))))))))))....((((.....)))).....((((.((((.....)))).))))..)))))))))))).......(((((....)).)))(((((...........))))))))))....)))))......(((((((.(((((((((((((((.((((((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).)))))))))((((((.....((((....)).))((((((((...))))))))((((.((((((((((((..............)))))).....)))))).)))).......))))))(((..((((...........))))..)))..((((......(((((((.(.((((((...((((...(((.(...)))).))))..)))))))...))))))))))).(((((((((((............)))).......(((....)))(((.(((((((((.....))))))))).))).))))))))))...))))).))))))))))(((((((.....((((((((((.(((........(((.((((...((((((.((((....)))).))))))..))))...)))......))).))))))))))....))))...)).).........(((((((((....)))))))))))))))).. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...........))).....................((((...((((((...............................((((((...(((((.......................................(((....)))(((.....)))))))).......((.......(((((...........)))))..................((...................((.((................((((..(((.....))).))))...............((((.(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).(((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((....)))))))))....................................................))))).)))).(((((...((.....)).(((.....))).............))))).........)).))))))...........................................................................................................................(..(((.....)))..)...................)))))).............(((...............(((....................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))...........))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((..................)))))))..)))...((....)).........)))...(((.((.((((...(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.((((((.................(((....))).(((((......(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))......((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((.((((...(((..........................)))...)))))))..........................((.....)).......))))))..))))))........))))))))))).))...)))).))(((((((.(.....).......((..((((....))))..)).............))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((.(((..(((..((.(..(...((((.(((.....((((......)))).....)))))))...)..).))..)))..))).)))...)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).............((((...........((((((...............................(((((..((((((.........))))))..........................((....)))))))...(((((..(((((..((((.......(((((...........)))))))))..)))))..............................((((...............((((..(((.....))).))))........................((.(((....((((((((.......)))))))).......((((((......((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))................(((((((((....)))))))))................................................))..))))).)))).(((((.((((.....)).(((.....)))..........)).))))).........))))))))).)).............................................................................................................))))....)))))((((((......(((....)))..))))))....))))))............))))...........((((((((...................(((((((..((((((......(((((((((.((((((.....((((......))))......)))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..))))))).((..((..(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((....(((..((((((((................))))))))..)))...((....)).........)))..((((.((.((((((((....))))....................(((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....((.........))..((((((((.......((((((((((((.((..(((((....((...((((.(.).))))..))..((((........)))))))))..)).)))).))))))))((((....)))).(.(((((((((.((((...((((........................))))...)))))))..(.(((.((.......))))).)....)))))))........))))).))).......)).))).))))))))).))...)))).))(((((((((.....).......(((.((((....)))).)))............)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((((((..(((..((....(...((((.((((((((.(((......))).))))))))))))...)....))..)))..)))))))...)).))))....)).))))))))((((.(((((....))))).))))........ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.((((.(((((...(((((((((...((((((((((..((((((.........((((..((((...))))...))))..((((((.....(((((.((.....)).))))).....((((((((.(.....))))))))).....))))))..)))))).......((.((.((((((((....(((((..((((((((.....((((..(((....)))..))))...)).))))))((((.((.......(((((((((...(((.(((((((.((((......(((((((...(((.((((((((((..((((((((.(((.(((((((...((((..((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))..))))......((((.(((((..((......(((((((((.....(((((..(((.........((..(((((((((((((....))))))))).))))..)).........)))..)))))......))...)))))).).))..))))).)))).))))))).))).((((((....(((((((..........)))))))..(((((...(((.((((((((((...(((((((((((..((((((((......))).).))))..).))))))))))..)))).((((...((((((((....))))).)))..)))).))))))((((((((.....)))))))).....))).((((...))))........))))).))))))(((((((((((((.....)))))))))))))))))))))...)))))))..(((((((..((((((..(...((((..(((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))......(((....)))..))))..)..))))))..)))))))....))).)))))))))).(((((((.......(((.((((......)))).))).((..((((((...(((..((((.((........))))))..))).))))))..))..((....))...)))))))....)))).))))))).)))))))))))).......((....))..)))))).))))).)))))))))).))....))))))))))((((.....(((((....)).))))))).))))).)))).(......).))))).)))).(((..((((((..(((((((((((((((...((((((((((.((((.((.((....((((.(((.............))).)))).....(((.((((..((((((((..((.....))..)))).....))))..)))))))..)).)).)))).))))).))))).(((....((((.....((((.((((..((((...........))))..)))).)).)).....(((((((...((((((...((((...(((......))).))))..))))))....))))))).)))).((((((((((............)))).......(((....))).((.(((((((((.....))))))))).))..)))))).)))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.(((.((((.((....((((...((((((.((((....)))).))))))..)))).)).))))....))).)))))))))).)).))))..))))))...)))..(((((((((....)))))))))))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((..(((.(((.((....((((......)))).......)).)))...))).........)))).((((((....((.........(((...(((....))).)))...))..))))))....((((......((((..........)))).))))(.(((.((......((....(......)..)..))).))))....(((.(........)).))................................(..........)...........((.....(.(...((.......(....))).))...))..............((((..............))))..............((((......((...((.(((((....(((((.(((......((((((.......((.....................))...........)))))).)).......).(..((((((......))))))...).......(...(((.(((((.......((((((((((......(((....)))..)))))))))).))))).....))).)((((((...))))))...(((((((...(((((.(...(((((((((((((((.((((((.....)))).))...)))))))).))).....(((....)))..)))).)...)))))...)))))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..(((((...(...(((.((((((..(((((((..........))))).))..))).............))).....)))...).......))))).....))))).)))))...))....))....))))...((((...(((..((.(((((((.....))))).))))))))))).......(((.((((..(((((.........................)))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...)..................((.(((((((....(((.......((((((((....))))))))....))).....))))))).))......(((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))).....................(((((((...(((((((..((....((((..((...).)))).......).......))...))..).)).))..))))))).............(.((((((....))))))).......... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((....((................................................................................................................................................................................................................................................................................................(.(((((.((((((......((((.((((.((((.((....(((((.......)))))......))))))...)))).(..((((((((..((((((....((.........(((...(((....))).)))...))..))))))..))((((......(.((............))).))))((((((((......((((..((((...))))......))))...)).))))))......((.((((.((((.....))))))))......((.....((((((.((..((.(((.....(((((.......))..))).)))...))))...))))))....))))(((..((.(((...........).))...))...)))....(.....(((((....).)))).)...((....))...(((..(((...(((...((((......((.....(...((..((((((((((..((.....(((((((.......((.....))...........))))))).))........((......((....)).............))..)))).............)).))))...))..).............)).....)))).((((...((...((((((((((..............).))))))))).)).))))....)))..)))...)))........((((((..(((((......)))).)...))))))............))))))...).....(((...(((......((((......((((...((.((((.((((..((((...((..((....(.(((..((((((((...............))))))))..)))...)......))..)).).((..((((((...((((..(((((((.((((...((((...((...((....))...))..))))..))))))))))).......))))..).))))).......)))))..))))...)))))).))))...))))..)))..)).)((.((((..(((((.((.(((...........)))))...)))))..)))))).(.((((((((.....))))))))...)..................((((..((((...........))))....))))((....(((.......(((((....)).).))......))).....))............(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))).........................((((((....((((((((.(((..((((..(...((((((((((((((...))))))))))))).)...)..))))..)))..)))))))).)))))..).))))...)).)))).......)))))...)))...)))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((............((((.((((....((((.((.....))..)))).((((((((..........((..................))...((((((.....(((((..(.....)..))))).....((((((((.(.....))))))))).....))))))..))))))))..........)))).))))............(((((((.....((((..(((....)))..))))...)).)))))..................................................................((((((((.......)))))))).................................(((((((...((((((........)))).))...)))..)))).........................................................(((((((((((((....)))))))))).)))..........................................................((((((.(((((......(((.(((((((..........))))))).)))......(((..(...(((.....(((((((((((..((((((((......))).).))))..).))))))))))....(((((((...((((((((....))))).)))..)))))))....((((((((.....)))))))).))).....((((...)))).......)..))).......(((((((((((((.....)))))))))))))............)))))............((((((.(..(((((((((....(((((((...((((......))))....))))))).((((......(((....)))..((((.....((((((((((............((((((((((.(((.....................................................(((((((.((...........)))))))))................................................................................(((((((((............(((.(((((((((........((((......).)))..(((...........)))....)))))))).).))).................)))))))))....................................................))).))))))))))...........((((..(((...)))..)))).............(((.(..........).)))....))))))))))...))))......))))..)))))))))..).)))))).))))))..............(((((((...((((((...((((...(((......))).))))..))))))....)))))))......(((((.((((............)))).................(((.(((((((((.....))))))))).)))..)))))..........................((((.((..((((((((((.(((............((((...((((((.((((....)))).))))))..))))............))).)))))))))).)).)))).............)).(((((((((....)))))))))......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.((((.....(((((((..(((((((.....)).))))).((.(((((.((((...((((((((...((((((..((((..((((...))))....))))))))))..))))).)))..))))..))))).))......((((.((((((((......(((((..........((((((((...((((((((((((((((..........(((((((((((..(((.((.(((..........((((((.(((((.((((.....)))))))))................(((((...(((((....((((((((.......)))))))))))))....))))).))))))....((((....(((((((...((((((........)))).))...)))..)))).((.((....)))).....)))).)))))))).))))))))..)))...........(((((((((((((....))))))))).)))).)))))))))).......))))))...)))).....)))).((((..(((((..(((((((((..((((......((((.(((((((..........))))))).)))).....)).))..))))....)))))..)))))....(((((((((........((.((((......)))))).....(((((((...((((((((....))))).)))..)))))))....((((((((.....))))))))....)))))))))....))))..........)))))...((((((((((((((.....))))))))))))))..)))))))).))))...)))))))...))))))))))))(((.......((((((((...((((......))))....)))))))).(((((((..(((....)))...((((((...((..(((((((........((((((...((((((...........))))))....((((((...((((..(((((((((((((((..((((((((.((.((......))))))))))))..)))...((....))..(((((((.((..((((..((((..(((((((.((((...((((.((....)).......((......))..))))..)))))))))))..))))..))))..))..))))))).....))).))).))))))....))))..)))))).....))))))...((((.((.((((((((((.((((((((((((((..(((.((.((....((((.(((.............))).)))).....(((.((((..((((((((..((.....))..)))).....))))..)))))))..)).)).)))..))))).)))))..(((((.(((........(..((((..((((...........))))..))))..)....(((.(((((((...((((((...((((...(((......))).))))..))))))....))))))))))..(((((((((((............)))).......(((....))).((.(((((((((.....))))))))).))..)))))))))).))))).........)))))))))))))).)).))))...)))))))..))..(((.((((...((((((.((((....)))).))))))..))))...))).......)))))).......)))))))....))).........((((((((((....))))))))))........ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
UACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCACGUGUAAGUACGCACGGCCGGUACAGUGAAACUGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUGGUUCCUUUGAUCGCUCCAUCUGUUACUUGGAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCCGACGAGCGCUGACCCCCAGGGAUGCGUGCAUUUAUCAGAUCAAAACCAACCCGGGGCCCCCGCGCCCCGGCCGCUUUGGUGACUCUAGAUAACCUCGGGCCGAUCGCACGUCCCCGUGACGGCGACGAUACAUUCGGAUGUCUGCCCUAUCAACUUUCGAUGGUACUUUCUGCGCCUACCAUGGUGACCACGGGUAACGGGGAAUCAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCACUCCCGACGCGGGGAGGUAGUGACGAAAAAUAACAAUACAGGACUCUUUCGAGGCCCUGUAAUUGGAAUGAGUACACUUUAAAUCCUUUAACGAGGAUCUAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGCUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGAUCUUGGGAUCGAGCUGGCGGUCCGCCGCAAGGCGAGCUACCGCCUGUCCCAGCCCCUGCCUCUCGGCGCCUCCCCGAUGCUCUUGACUGAGUGUCCCGGGGGCCCGAAGCGUUUACUUUGAAAAAAUUAGAGUGUUCCAAGCAGGCCGCGUCGCCUGGAUACUUCAGCUAGGAAUAAUGGAAUAGGACUCCGGUUCUAUUUUGUUGGUUUUCGGAACUGGGGCCAUGAUUAAGAGGGACGGCCGGGGGCAUUCGUAUUGUGCCGCUAGAGGUGAAAUUCUUGGACCGGCGCAAGACGAACCAAAGCGAAAGCAUUUGCCAAGAAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUCGGAGGUUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUUCCGACCAUAAACGAUGCCGACUAGCGAUCCGGCGGCGUUAUUCCCAUGACCCGCCGAGCAGCUUCCGGGAAACCAAAGUCUUUGGGUUCCGGGGGGAGUAUGGUUGCAAAGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAACCUCACCCGGCCCGGACACGGAAAGGAUUGACAGAUUGAUAGCUCUUUCUCGAUUCUGUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGCGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACUCCUCCAUGCUAACUAGUUACGCGACCCCCGGCGGUCGGCGUCCAACUUCUUAGAGGGACAAGUGGCGUUCAGCCACACGAGAUCGAGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUCCGGGGCUGCACGCGCGCUACACUGAACGGAUCAGCGUGUGUCUACCCUGCGCCGACAGGUGCGGGUAACCCGCUGAACCCCGUUCGUGAUAGGGAUCGGGGAUUGCAAUUAUUUCCCAUGAACGAGGAAUUCCCAGUAAGUGCGGGUCAUAAGCUCGCGUUGAUUAAGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGGAUGGUUUAGUGAGGUCCUCGGAUCGGCCCCGCCGGGGUCGGCAACGGCCCUGGCGGAGCGCCGAGAAGACGAUCAAACUUGACUAUCUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...{{{.))))).((((((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....((..........))...)))))......(((......((((..((..((....(((...............((((....(((((((.....))))))).....)))).......((((...((....))...))))....((((((.......(((((.(((((((......))))))).....)))))......))))))...........((((.((((.....))))))))....)))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((.(((....)))..)))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((.....((((...(((.......(((........((((((.((((....))))....)))))).........)))......((((.(((((...(((((((......)))))))...)))))))))...............................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<.(((..((((((((.(((((....)))))))))))))..)))...<<..))>>...>>>....>>>.)))..(((.....((((....))))....)))...}}}..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..((((....(((..((((...)))).))).))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))...)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((.......((..((((....))))..)).....))).....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))....((.((.(.((((((((..(.((((((((((((..(((((((((((((((.((((((((((((....))))))))))))...)))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))..).))..))....((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((......((((((.(((.((.((((..(((((((.....)).))))).)))))).(((.((((.((((((.((((...(((....((((((.(((..........((((((((((((.......((((.....((((((...........))))))....)))).........((((.....(((((...(((((((((((.((................((((((((((((......)))))))..(((((..(((((.(((.....((((..((((((((((.((((((((.(((.((.(......(((((.((.((......)))).))))).((((.(((.((((((((((.((((..((.((.....))))..)))).)))..(.(((((((...((((((........)))).))...)))..))))..)...))))))).))).))))..)))))).)))))))).)).)))).............((((((.(((....)))..)))))).))))..))))...(((((((.(((((....))))).((((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..)))))))))......)))))))..))).))))).))))).....)))))....((((((.(.((.((..(..((((....))))..)..))))).)))))))).(((((...((((.((((((..(((((((......)))))))..)))))))))).(.(..((((((((.....))))))))..))..))))).)))))).))))).....)))))......(((..(((((((((....)))))))))..)))....))))....))))))))))))...((((((.((((.((((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).....((....))...((((..((.(((((((...((((..((.(....)))...)))).))))))).)).....((((((..(((((.........((....))..((((....((((((.(((((....))))))))))).(((((((((.((((.(((((...))))).)))).))).......))))))...)))).........)))))))))))...))))((((.....)))).)))).))))..........(((((..(((((.((((.(((..((((((((...((.((..(.(((((((....((((..(((((.....((((.((((...((((((.((((((........))))))....((((.(((.............))).))))....))))))..)))).))))..((((......))))...((((..((....))..))))..(((((.....))))).)))))..)))).......))))))).)..)).))...))))))))...((....))....(((.((((((.((((((.(.((.(((((.(((((....)))))))))))))))))))...)))))))))...)))...(((((..........)))))......))))..))))).......((((((.....)))))))))))....))))))))).))))))))))))).)))).)))))).((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((((((((((....)))))))))))).).)))))...)).))))..))).)))))))))).))..............))).))).((((((((....)))))))).)))))).)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((........)))).......................................(((((......)))))....................((((((.............)))))).....................................(((((((((...................................)))))))))................................................................................................................................................................................(((((((..........)))))))............................((((((((((...............))))))))))............................((((((((((((((.....................)))))))))))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((........(((((........)))))..)))))))........................((((((...............))))))..........((....))........................................................................................................................................................................................................................................................................(((((......)))))........................(((((.....)))))................................................................(((((((................((((((((....))))))))..............)))))))...........(((((..........))))).....................(((((((((.....)))))))))..............................................((((((((((((((............((((((((((((((((((....)))))))))))))))..)))............))))))))))))))....................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................((((((((..................................))..))))))....................................................................................(((((............)))))............................................................................((((..(((.....))).))))..................................((((((((.......))))))))...................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((.(((((((((....)))).)))))..))).............................................................................................................................................................................................................((((......))))..............................................................................................((((((((.....................))))))))............(((((....((((((((((((((((((......((........)).......)))))))))))).....((....))(((.......))).......................((((..........((((.........)))).......)))).................(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).................(((....(((((((((........................................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))..................................................(((...(((.((((..((((((.((((..........))))..))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))).................))))))....)))))..................((..((((((((..............((((((((....))))))))............)))))))).))..(((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))).........................((((.((....((((((((((((((((((..(...(((((.(((((((((((......)))))))))))...)))))...)..))))))))))))))))))...)).))))....................(((((....)))))............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((...............................(((((((((.......((((.........))))........)))..))))))...................................................................((((((.((((......(((((..(......)..))))))))).)))))).................................................................((((..(((.....))).))))..................................((((((((.......))))))))...................(((......)))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((........((((....((((...))))..))))..............(((((((((((((....)))).)))))).)))...............................................))))).))))..................................................................................................................................................((((((......))))))............................................................................................((((((((.((................))))))))))...........................((((((((((((((((.((((......)))).)).)))))))))))))).......(((((((((.......)))))))))............................................................................(((..(((((((((.............)))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((...(((.((((..(((((.((((((........))))))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))......................................................((((((((..(...........((((((((....)))))))).........)..))))))))......((((.((((((..........))))))....................((((((((.......)))))))).......)))).....................(...((((((((...(((((((((((((((((((..(...(((((.((((((.((((......)))).))))))...)))))...)..)))))))))))))))))))..))))))))....)..............(((((....)))))....))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))...((...((((............))))..))..(((((......))))).......................................................................................(((((((..................(((..............)))........................(((((((......)))))))............)))))))...................(((.......)))........................................((((((((((((((((.......................((((((.......))))))((((.(((((((........))))))).).)))............))))))))))))))))..(((((......))))).................(((((((((((((....))).))))))).))).................((((((....))))))(((((((((........(((..((.........)).....))).)))))))))............................................(((((.......(((((((((((....)))))...))))))..)))))(((((......((((.(((((((((((((((......)))))))))))))))))))........(((...........))).........(((((......))))).................((((((((((((((....))))))))))))))......................................))))).((((((((((((((...((((......))))....)))))))))))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((.......((((.........))))....)))))))........................((((((.(((((....))))))))))).....((((((.(((((((((...))))))))))))))).........................................(((((((((.....)))))))))......................(((((.((((....((((((((((....((((...((((((((....(((((((((((..........................(..(((((((((((((......((((.((...............)).))))..)))))..))))))))..)(((((((......))))).))(((............)))...(((((.....))))).))))))))))).......))))))))....))))...)))))))).)).........((((((.((((((.((((((.((...(((((.(((((....)))))))))))).))))))...))))))))).)))...............................))))..))))).....((((((((.....))))))))......................................(((((((..((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))).).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))...............((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.......)))))....(((((...........(.....(((.(((.((((........))))(((...((((...(((((.................)))))((((..(........)..))))))))..((((((....(((((((..(((((((...............(.((((....((....))..)))).).........((((((......(((((((......)))))))....))))))..)))))))....(((((((............((((((............(((.((((.((...........)).)))))))..........((((......))))..))))))...((((((((....))))...))))........))))))).......)))))))))))))...))).)))))).).....(.(((...((((.....)))).))))(((((..(...(((...((((((.(((....)))..)))))).)))...)..)).))).....((((((....))))))(((((((((.......((((.....((....)).......))))))))))))))))))......))..............((((((.................))))))((((((.((((....))))....)))))).((((((((....(((.....((..(((((((..((((..((((..((.((((((((((..((((......))))..........((((((((.....((((......))))))))))))..(((((................(.((((((((..(....(((((((.......)))))))......)..)))))...))))(((((.(((.((((((((...((((......))))....)))))))).............((((((((((.....)))))))))).................((((((....(...((((.........))))...).)))))).....))))))))..)))))....((((((.((((......))))))))))....)))))))))).))...))))...))))..))))))).))..)))......))))..............(((((.(((((((..((....((((.(((.((((((................((((........)))).((((((((....((((....(((((((....((((..(((((.(((((.(((((.(((((..(((.((((((........))))))...((((.((......))))))...............)))))))).).....((((((((......)))).))))...))))..)))))......(((((.....))))).)))))..)))).......))))))).....))))...))))))))...)).)))).))).))))..((((.((((((.((......((((((((....))))))))..)).))))))...))))(((.....((((..................)))).....))).............(((((((((.....)))))))))......))...)))))))))).))..(.(..((.(..((((.((....((((((((.(((...(((.((...((((((((((((((((((....)))))))))))).).)))))...)).)))...))).))))))))...)).))))...).))...)..)..(((((((((....)))))))))))))..... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).((((()))))((((.....))).)((((((((.(((((......))))))).....((((...))))...))))))........(......)((((((((((((((.((...........))..(((((((((...(((((((((((.....((((..(.((((....((((.(((.((.((.................)))).))))))).....)))).)))))....))))...)))))))..)))...(((...((((.((((.....))))))))(((.....))).......)))(((((.......))))).....(((((((((.((.(........((.....)).((((((.......))))))((((.((.((((........)))).)).).)))).)).)))).))))).........(((...(((((......))))))))(((((.........(((((((((.(((....)))..)))))).)))......)).)))(((((((((((....))))))(((((((((.......((((.(((.((....)))))....)))))))))))))......)))))......)))))).....................((((((......(((((((((((....)))).)..)))))).))))))(((((((((..((((.((((((..(((((((......)))))))..))))))))))......((((((((.....))))))))..(....(((((......))))))...(((((((..((((((((((((((((((....))))))))))))))..)))).)..)))))).................))).)))))).(((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((...(...((((.........))))...))))))))..................))))))((((((.(((((....))))))))))).((..(((((((((..((((((.)))))).)))))))))..))...((......))........)))))))).....(((((((.((((.....)))).))))..(((((((((.........(((((((.((((.((((((((((((((...((((.(..((((((((((.((((..(((((..(((..(((.((((((((.....(((..(((((((((((((.((...((((.((((.......)))).....)))))))))))..))))))))..)))(((((.(()).)))))))).)).))).)))...)))....(((((.....))))).)))))..)))).))..).))))))).)...)))).).)))))))).)))........((((((.((((((.((((((.((...(((((.(((((....)))))))))))).))))))...))))))))).)))))....((((...........))))......))))..))))).))..((((((((.....)))))))).))))))))).......)))............((.(..((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((((((((((....)))))))))))).).)))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))...).))........((((((((((....))))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................(((((.(((.......((((.........))))........)))...)))))......................................((((..((....))))))....................((......(((((..(......)..)))))))...............((((............................)))).......................((((.(((.......)))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))....(((((.......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((....)))).)))))..)))....................................((((((.......((((..(...........).....))))))))))................................................(((((.(((((((((((((((......))).)..)))))))))))..)))))................(..(((((((......)))))))..).............................................(((......)))................................((((((((...................))))))))...(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(.(........).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............(.((((....((((..(((((.((((((......))))).).)..))))..)))).....((((((((.....))))))))...)))))..................((((...........)))).....))))))..(((.(((((((.(.....)......(((..((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))....................((((((((.......))))))))......)))))).................)))))..(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.((((((((......)))))))).)).).)))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))...................(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((.................(((.....)))..(((((((((.......((((.........))))........)))..))))))......................................(((..(((....))))))............((....((((......((((...(......)...))))))))....))..................................................................((((.((((.....))))))))...........................((.....((((((((.......)))))))).))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))............(((.(((((((.........)))))))..)))...............................................))))).))))..........................................................................(((..(((((((((((((((((....)))).)..)))))))))).)).)))...............((....((((((......))))))....))...........................................(((......)))...............................(((((((((...................)))))))))...........((((((...((((((((((((.((((((..((.((((......))))))....)))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((...(...((((.........))))...)))))))).................(((..((((((((.(............)))))))))..)))...((....)).............(((.......(..(((((....)))))...).....)))....((((....(((((((((......((((.....)))).....................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))).....(((((((((..................)))))))))........(.(((((((.((((..(((((.((((((......)))).))...)))))..)))))))..(((((((.......)))))))...))))).................)))))))...)))))).................(((.((((((((..(...(......(((.(((((....))))))))....)..)..))..)))))))))..((((((((((((..........))))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))...................((.(.(((((.((....(((((((..(((..((((..(...(((((.((((.(((((........))))).))))...)))))...)..))))..)))..)))))))...)).)))))..).))..........((.(((((....))))).)))))))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.......)))))..((((..((((((((...))).))))).)))).(((((......)))))[[[[)))((((...))))....]]]](((...(((((....)))))....)))....((((...[[[[[[)))).......]]]]]](((((((.......((((......((((...(((...)))..)))))))).............(((((.(((((((......))))))).....)))))..))))))).....(((..[[[[((((.((((.....))))))))))).....]]]].(((((((...............((((.[[[[[[.((((......))))))))..........((((((.......))))))(((.....((((........))))......))).]]]]]]...)))))))..............(((((...))))).((((((((((........(((((((((.(((....)))..))))).)))).................((((((....))))))(((((((((((((.......)))).......[[[[[[[[[....)))))))))..........]]]]]]]]]........((((((..[[[[[..........))))))((((((.((((....))))....))))))....]]]]].(((((...((((.((((((..(((((((......)))))))..)))))))))).[[[[.((((((((.....))))))))......)))))..]]]]..(((((...[[[[[[)))))..((((((((((((((....))))))))))))))..........]]]]]]...(((((((..............(((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).......[[[[[[[[[[)))..]]]]]]]]]].)))))))....((((.[[[[[[[.))))..((((.........))))....]]]]]]].........(((......[[[[[[((((((.(((((....))))))))))).))).(((((.((((.(((((...))))).)))).))))).....]]]]]]....(((..........[[[[[[[)))..((((.((((.....)))).)))).....]]]]]]].........((((........)))).((((((((....((((....(((((((....((((..(((((.((((.((((...((((((.....(((..(((((((((((((......((((.(((.............))).))))..))))..)))))))))..)))(((((......)))))))).)))....)))).))))....(((((.....))))).)))))..)))).......))))))).....))))...)))))))).....(((((((((.....[[[[[[...))))))))).(((((.(((((....))))))))))............]]]]]](((..((((..((((((((..(((((.((((.........))))............((((((.....))))))..))))).))))))))))))...)))........)))))))))).....((((((((((.(((..((((......(((((.((((((((((((....))))))))))))...)))))......))))..))).))))))))))........................(((((((((....)))))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((.((...(((....))).(((....((((((((((..((.(((((......)))))((((...((((...))))....))))........((.((((..(((((((((((((((.....((((.(((((.((((((((((((((.(((.(((..............))).))).(((...))).(((((((..((((((((.....(((((.(((((((......))))))).....)))))...))).)))))...((.((((.((((........))))))))..)).(((..(((((.((.((......)))).)))))..)))....((((((((.((.((((..((.((.....))))..))))(((......)))(((...((((((........)))).))...)))..)).)))).))))))))))).........(((((......)))))..((((((.....((..(((((((((.(((....)))..))))).))))..))..)).))))....((((((....))))))(((((((((.......((((((((.((....))))))...)))))))))))))..........))))))))))))))....((.(((((((.((((....)))).)))).))))).((((....)))).(((.(((.(((((((.(((((.((...((((.((((((..(((((((......)))))))..)))))))))).))....(((((((.....)))))))(((((...(((((......)))))((....)).....((((((((((((((((((....))))))))))))).))))).))))).)))))...........))))))).))).))).(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).....)))))))))...(((((.((((.(((.(((((........)))))..))).))))..........))))).)))))))((((((.(((((....))))))))))).((..(((((((((..(((((...))))).)))))))))..))..((((.((....)).)))).)))))))))))).)).((((.((((.....)))).)))))))))))))))))))........((((((((....(((((((....)))..((((((((..((..((....))..)))))))))).((((((((((((((.((((((..(((((((((((((.((...((((.(((.............))).))))))))))..)))))))))..)))(((((......)))))..((((..((....))..)))).((((((((.(((((....((.(((..(((...(((....)))..))).....))).))...))))).)))).)))).(((.((((((.((((((.((...(((((.(((((....)))))))))))).))))))...)))))))))..((((((.(((((..........)))))....((..((....))..)).(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).)))))))))....((((.((..((((((((((.(((..((((.((...(((((.((((((((((((....))))))))))))...)))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))...)))).....))))))))(((((....))))))).)))))))... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.ccccc.)))))..................................((((........)))).......................................................................................(((((((.................((((..............)))).......................(((((((......)))))))............)))))))..................................................................................................................................(((...((((((........)))).))...)))...............(((((....((((...(((........)))))))..............(((((((((.(((....)))..)))))).))).................((((((....))))))(((((((((................[[[[[.[[..[[[[.....))))))))).....]]]]..]].]]]]].....................................((((((.((((....))))....))))))..................((((.((((((..(((((((......)))))))..))))))))))...................................bbb..))).))BBB..................((((((((((((((....))))))))))))))............................................(((((.((((((((..((((......)))).....)))))))).))))).......((((((((((.....))))))))))...............................((((.........))))...................................((((((.(((((....))))))))))).....((((((((...(((((...)))))..))))))))..........................................(((.((((.....)))).))).....(((....(((......(((((((.((((.......(((((((............((((((.....((((..(((((..............................(((((((.((((......((((.((...............)).))))..))))...)))))))..............................................(((((.....))))).)))))..))))........))))))...<<<......)))))))>>>.............(((.((((((.((((((...((.(((((.(((((....)))))))))))).))))))...)))))))))...aaa...aaaaa.....................))))..))))).....)){{{{{))).)))}}}}}..........AAAAA.AAA.....................((((.((...(((((((((.(((..((((.((...(((((.((((((((((((....))))))))))))...)))))...)).))))..))).)))))))))..)).))))................(((((((((....)))))))))CCCCC.... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.((((((((.((..........((((((((...)))).))))..((((.(((..(((((((.....)))))))..))..))))..).(((((..................................(((((((..((....))))))))).....))))).....((((......((((((.(.......))))))))))).((((((......(((((.(((.(..........).))).....)))))....).)))))...........((((((.((.(....)))))))))..................(((..((((((....((((((((((...))))))))))))))..)).)))......................((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((....))).))))))).)))..)).......................................))..))))).)))...(....)..((.......(((.(((((((..........))))))).))).......................(((.((.(((.(((((((((((....)))).)..)))))))...))))..)))...((((((.(((((((((((((((......))))))))))))))))))))).......................(((.((.((((........)))).)))))......(((((..((((((((((((((....))))))))))))))...................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))..(.(....))..(..(((((....)))))......)....................)))))..(((((((..((((((((.((((......))))))))))))..)))...((....))..))))....................(((((....)))))........................((.((((.....)))).))........................(((....))))).......................((..(((..((((....))))..)))...((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(.(((((((.((((..(((((((((((((....)))))..))).)))))..)))))).)..((.(((.(...).))))).....)))))).............((..((((..(((...)))))))..))..........((.(((((((((.(((.((....((((.(((((....))))))))).).)))).)..))))))))))...((((((.(((((..........))))).....(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).)))))))))))..((((.((..((((((((((.(((..((((......((((((((((((((((((....)))))))))))).)).))))......))))..))).)))))))))).)).)))).............))..((((((((....)))))))))))))))).) |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((.((((((......((((((((...)))).)))).(((((..((...((((((.....))))))...))...)))..)).((((....................(((((...)...))))...((((((....))))).).......)))).......))))......((((............)))).............................................((.(((((....))).))))......((..(((((((.(((.....))))))))).)))..........(((((((....((((....((((((((((...)))))))))))))).....))))...)))..............(((((((...((((((........)))).))...)))..)))).................(((((...(((((...))))).))))).............(((((((((((((....))).))))))).)))...............................................((((((.(((..(....)..((((((((..((.....))...........(.(((((.(((((((...(((.(.(.(((.....(((((.....(((((((((((....)..)))...))))))))).....)))((.(.(((.((..(.((((((((.(((......))).)))))..))))))..........................(((((((..(((........))).))))))).....(((((...(((((((((((((....)))))))))))))....................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))..(.(....))..((.((((......)))).....))....................)))))...((((((..((((((((.((((......))))))))))))..)))...((....))..)))......................((((....)))).................)))))).....)))).).)))..(((((...)))))..))))))))))))).))))...))))..)))))))))................(((..((((....))))..)).)..((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((.(((((.((((..(((((..(((((......))))).....)))))..))))).))..(.(((((.....)))))).....))))))......(((((((((((..((..(((((((((..((((....)).))..(((.((((((((..(((.((....((((.(((((....))))))))).).))))....)))))))))))...)))))..))))..)).)))))))))))...((((((....))))))..((((((((.....)))))))).............)))...))))).)))))))))....((((.((..(((((((((..(((..((((......(((((.((((((((((((....))))))))))))...)))))......))))..)))..))))))))).)).)))).............))..((((((((....)))))))))))))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((........(((...((((((((...)))).))))..))).(((((......)))))((((...((((...))))....))))........((.((((..((((((((((((((.......(((.(((((.((((((((((((((...(((((......(((((.((.((((((..((...))......(((..((((((((((...(((((.(((((((......))))))).....))))))).))).)))))........((.((((.((((.....))))))))))..((..(((((.....(......)....)))))..)).....((((((((.((.((((..((.((.....))))..))))(((......)))(((...((((((........)))).))...)))..)).)))).)))))))(........(((.(((((......)))))..((((((.....((..(((((((((.(((....)))..)))))).)))..))..)).))))....((((((....))))))........)))........)...)))).))))))))).....))))).((((.....))))..))))))))))))))....((.(((((((.((((....)))).)))).))))).((((....)))).(((.(((.(((((((.(((((.((...((((.((((((..(((((((......)))))))..)))))))))).))....(((((((.....)))))))(((((...(((((......)))))(......)......((.((((((((((((((....))))))))))))))..))..))))).)))))...........))))))).))).))).(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).....))))))))...((((((.((((.(((.(((((........)))))..))).))))..........)))))).))))))((((((.(((((....))))))))))).((..(((((((((..(((((...))))).)))))))))..))..(((......))).......)))))))))))).)).((((.((((.....)))).))))..((((...............((((........))))..(((....)))..((((((((..((..((....))..)))))))))).((((((((((((((.((((((..(((((((((((((.((...((((.(((.............))).))))))))))..)))))))))..)))(((((......)))))..((((..((....))..)))).((((((((.(((((....((.(((..(((...(((....)))..))).....))).))...))))).)))).)))).(((.((((((.((((((.((...(((((.(((((....)))))))))))).))))))...)))))))))..((((((.(((((..........)))))....((..((....))..))...(((((((.....)))))))........)))))))))...))))).)))))))))....((((.((..((((((((((.(((..((((.((...(((((.((((((((((((....))))))))))))...)))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))..))))...........((((((((....)))))))).))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((...(((((((((....(((((((.....))).)))).((((........))))...................)))))...)))).........(((....(((((...((((.................((.......(((.....)))...(((((..((((............................))))..))))).......))........................................................((((..............))))...))))...))))).)))....)))))).....((((((((.......))))))))........)))))..((((((((....))))...))))....((((((((.....((((((.(..(.(((..((.(((.(((.((((.((...........(((((...))))).(((.(((((.............(((((((.........)))))))...........................................(((((((..(.(((....))))(((((((((((((((.(((.....)))............(((((.(((((((..(.((((..((((....((((...............(((......)))............................................((((......))))...........))))........((...............(((((...((.(((......)))...........))...)))))..........(((((...........................)))))..(((((((..((((((.((...(((((((((.((((((.....((((......))))......)))))).)))))....(((....)))..))))..)).))))))..)))))))..............))..))))..)))).).....(((((...........((...((..........(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))...))...))..((((.....((((..((((....))))...))))...))))..)))))..((((.((((.....)))).)))).........))))))))))))..))))...))))).(((((((((((..(((((.....(((((.((..(((((..((.....(((.(..((((.(....).))))..).)))..)).)))))..)).)))))((((..((((((....)))).))(.(((((((.((((..(((((...(((((.....))))).....)))))..)))))))..(((((.(.......))))))....)))))...)))).............))))).)))).)))))))....))).))).(((.(((((((.......(.......(((.((((....)))).))).......).....))))))))))..((((((.(((((..........)))))....((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))))).)))))))).)))))))))).))....(((((((..(((..((.(..(...(((((.((((.......................)))))))))...)..).))..)))..)))))))...))).)..).))))))....))))))))(((((....)))))............. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((...............(((.......(((.....)))...).....)).((......((((((((......))))))))))(.((((((((.....((((..(............)............))))...)).)))))).).......(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((..........((..((((((.(....((.....).).......).)).))))))..(.....)((....)...).((((.(((((......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((......)))....))......)))))..))).........((((((((((.................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))((((.(((((...((..(((.(......((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((...(((.((((..(((((((((...((.......))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))).......))))....))((((...(.....).)))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).))).....))).....))))))))))...(((((((((((..........))))))....(.(((....))).)(((((((((((.....)))))))))...)).))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((.((((((((((........))))))))))...)))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((((((..(((((((((((..((((........(((((((((.......(((((.......)))))........)))..))))))(.......(((.....((((...(((((.............((((........(((...........)))...))))(......(((((..((....))..)))))).(.((((((((.....((((............................))))...)).)))))).).........((((...((.....))..)))))..))))...))))..))).((.....(((....((((((((.......))))))))))).......))...((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...))...........(......)....((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((........)).)))))).)))....).((.................))))))....(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))....((((((...........((((..............(....((.((.((...................)).))....))..).............(.....(..(((((((......)))))).)...)........)..................((...((((...))))(((......)))....)).........................((((((((.(..................)))))))))..(((((((..((((((......(((((((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..)))))))...))))..(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((..(((((((((.(..(.....).))))))))))..)))..(((....))).))))....))).((....))(((..((((....))))...)))..........(((((((((((.((((.....))))(((.((((((.....(((...)))....(.........)..........(((((....(((.....((..(......)..))...)))))))).........((..((((((((...((((.(((((.((((.....))))..))))).)))))))))...(((..((((.((((..(((((....(...)..............)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))).........)))......))((...(.....).)))))))).....))).(((.((((((((....((........((((((((....))))))))...).)......)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))....)))))((((((.((...((((((((..(((..((((..(...(((((.((((((................))))))...)))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))....))))))).))).((.(((((....))))).)))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((...(...(((.....(((....(((((....(..........(((....).((((.....)))...).....)).((......((((((((......))))))))))(.((((((((.....((((..(............)............))))...)).)))))).).).....(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))))..((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))(((((....(((((.....(((((..(((............(..(((((.(....((.....).).......).)...))))((.(.....)......)...)..(((.(((((......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((......)))....))......)))))..))).........((((((((((.................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..))((....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))((((..(...(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))(((...)).)))))))).))))..))).))))).........(.((((((((((((((.....))))((((.(((((...((............(((....)))((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..)))))))(((.((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))....(((...(((.((((..(((((((((...((.......))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))........))))))).))((((...(.....).)))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).))).....))).....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))..(((((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((.((((((((((........))))))))))...)))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).))..))..)))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((((((..(((((((((((..((((.........(((.((((.((....(((((.......)))))......)))((................(((....(((((...(((((.............((((........((((.........))))...))))(......(((((..((....))..)))))).((((((((((.....((((............................))))...)).)))))))).........((((...((.....))..)))))..))))...))))).)))(((....((((....((((((((.......)))))))))))).....)))...((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...))........)).))))))......((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((........)).)))))).)))......((.................))))))....((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..)))))))))))))))))).....(((((...........((((......................((.((...................)).))......................(........(((((((......)))))).)............)..................((...((((...))))(((......)))....))(........)...............((((((((.((................))))))))))..(((((((...(((((......(((((((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))...)))))))...))))..(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((..((((((((.((..........))))))))))..)))..(((....))).))))....))).((....))(((..((((....))))...)))..........(((((((((((.((((.....))))(((.((((((.........(((.....)))..............(....((((....(((((...(((..(......)..))).)))))))))....)....(((.((((((((...(((((((((((((((.....)))).))))))))))))))))...(((..((((.((((..(((((..(((...).........))...)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))).........))).....)))((...........)))))))).....))).(((.((((((((....((........((((((((....))))))))...).)......)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))....)))))((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((.((((((................))))))...)))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....))))))..))).((.(((((....))))).)))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.((((((((((....((((..((((.(((...)))..)))).)))).(((((......)))))((((...((((...))))....))))...........((((..(((((((((((((((...(.((((.(((((.((((((((((((((...((((((((...(((((.((.((((((.(((...))).((((((...((((((((((...(((((.(((((((......))))))).....))))))).))).)))))........((.((((.((((.....)))))))))).(((..(((((.((.((......)))).)))))..)))....((((((((....((((..((.((.....))))..)))).........((((((...((((((.(.....))))).))...)))..))))))).)))).)))))).....(((.((((((...).)))))..((((((.........(((((((((.(((....)))..)))))).)))......)).))))....((((((....))))))........)))............)))).))))))))))))..))))).((((.....))))..))))))))))))))....((.(((((((.((((....)))).))))).)))).((((....)))).(((.(((.(((((((.(((((.((.(.((((.((((((..(((((((......)))))))..)))))))))))))....(((((((.....)))))))(((((...(((((.(...))))))................(((((((((((((((....)))))))))))))).)....))))).)))))...........))))))).))).))).(((((.((((((((((.(((((...).))))))..)))))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).....)))))))))).((((((.((((.(((.(((((........)))))..))).))))..........)))))))))))))((((((.(((((....))))))))))).....(((((((((..(((((...))))).))))))))).........................))))))))))))....((((.((((.....)))).)))).....................((((........))))..(((....)))..((((((((..................))))))))(((((((((((((((.((((((..(((((((((((((.((...((((.(((.............))).))))))))))..)))))))))..)))(((((......)))))..((((............)))).((((((((.(((((...(((.((((((((.(.(((....))).))))..)).))).)).).))))).)))).)))).(((.((((((.((((((......(((((.(((((....))))))))))...))))))...)))))))))..((((((.(((((....[[[...))))).....................(((((((((.....))))))))).]]]..)))))))))...))))).))))))))).)..((((.....((((((((((.(((..((((......(((((.((((((((((((....))))))))))))...)))))......))))..))).))))))))))....)))).............))).((((((((....)))))))))))))))))) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...........)))....................((((.......((...............................((((((...(((((..........................................(((....)))(((.....))))))))......(((......(((((............)))))..................((.................................((.((..................((((..(((.....))).))))...............((((.(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).(((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((....)))).)))))....................................................))))).)))).)))..)))))).(((((((((......((..............(((((((......))).))))......................................................................................................................(((..(((.....)))..)))......)).(((......)))..........))).))))))..........(((..............(((....................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).))).......((....))............))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((.................)))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((...(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.((((((.................(((....))).(((((......(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))......((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((.((((...(((.........................)))...))))))).........................((...)).......))))))..))))))........))))))))))).))...)))).))(((((((.(.....).......((..((((....))))..)).............))))))))))..(((((((((((............))))).......((....))........(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))))((((.((....(((.(((..(((..((.(..(...((((........(((((......)))))..........))))...)..).))..)))..))).)))...)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((...(((((((((....(((((((.....))).)))).((((........))))...................)))))...)))).........(((....(((((...((((.................((.......(((.....)))...(((((..((((......(((((..((....))..)))))))))..))))).......))........................................................((((...((.....))..))))...))))...))))).)))....)))))).....((((((((.......))))))))........)))))..((((((((....))))...))))....((((((((.....((((((.(..(.(((..((.(((.(((.((((.((...........(((((...))))).(((.(((((.............((((((((......))).)))))...........................................(((((((..(.(((....))))(((((((((((((((.(((.....)))............(((((.(((((((..((((.(..(((((...................................................................................................................................((((((......(((......)))...............................((((((((.....................))))))))..(((((((..((((((.((...(((((((((.((((((.....((((......))))......)))))).)))))....(((....)))..))))..)).))))))..))))))).))))....(((((((.......((((.........))))....))))))).....))...(((....(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........)))))))).).))))..(((((((.((((...............((.(....)..))((((.....)))))))))))))))...))))))))))))..))))...))))).(((((((((((..(((((.....(((((.((..(((((...(..(((....(..((((.(....).))))..)..)))..).)))))..)).)))))((((..((((((....)))).))(((..((((.((((..(((((.......................)))))..)))))))..(((((((.......)))))))....))))...)))).............))))).)))).)))))))....))).))).(((.((((((((..............(((.((((....)))).)))............)))))))))))..((((((.(((((..........)))))....((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))))).)))))))).)))))))))).))....(((((((..(((..((.(..(...(((((.((((((.((((......)))).))))))...)))))...)..).))..)))..)))))))...))).)..).))))))....))))))))(((((....)))))............. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((.((.((((..(((((((.....)).))))).)))))).(((.((((.((((((.((((...(((....((((((.(((..........((((((((((((.......((((.....((((((.(.....)...))))))....)))).........((((.....(((((...(((((((((((.((................((((((((((((......)))))))..(((((..(((((.(((.....((((..((((((((((.((((((((.(((.((........(((((.((.((......)))).))))).((((.(((.((((((((((.((((..((.((.....))))..)))).)))..(.(((((((...((((((........)))).))...)))..))))..)...))))))).))).))))...))))).)))))))).)).)))).............((((((.(((....)))..)))))).))))..))))...(((((((.(((((....))))).(((((((((.......((((((((.((....))))))...)))))))))))))......)))))))..))).))))).))))).....)))))....((((((.(.((.((..(..((((....))))..)..))))).)))))))).(((((...((((.((((((..(((((((......)))))))..)))))))))).(.(..((((((((.....))))))))..))..))))).)))))).))))).....)))))......(((..(((((((((....)))))))))..)))....))))....))))))))))))...((((((.((((.((((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).....((....))...((((..((.(((((((...((((..((.(....)))...)))).))))))).)).....((((((..(((((.........((....))..((((....((((((.(((((....))))))))))).(((((((((.((((.((((.....)))).)))).))).......))))))...)))).........)))))))))))...))))((((.....)))).)))).))))..........(((((..(((((.((((.(((..(((((((((...((((..(.(((((((.((.((((..(((((.....((((.((((...((((((.((((((........))))))....((((.(((.............))).))))....))))))..)))).)))).(((((......)))))..((((..((....))..))))..(((((.....))))).)))))..)))).))....))))))).)...)))).).))))))))((.((....))))..(((.((((((.((((((.(.((.(((((.(((((....)))))))))))))))))))...)))))))))...)))...(((((..........)))))......))))..))))).......((((((.....)))))))))))....))))))))).))))))))))))).)))).)))))).((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((((((((((....)))))))))))).).)))))...)).))))..))).)))))))))).))..............))).))).((((((((....)))))))).))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((..((((.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(......))))(((......(((..(((.((((.(....(((((.......)))))......).))))..).))...((.....((((.((((.......................(((..((((((.(.........(((.....((((......((((..........)))).))))..((((......(((...(.....)....)))...))))...(..((.(.....)))...................................)...............................((.((.....(((...(..((((((.))))))).)))..))....))................(.(.)..)...))).)))))))..)))))))...)))).))..((.(((((....(.((((..(.....(((((.(.......((.....................))...........)))))).).......)).(.(((((.(......))))))..)....(...........(((((.......((((((((((......(((....)))..)))))))))).)))))......).(((((.......)))))..(((((((...((((.(...(((((((((((((((((.(((((.......))).))...)))))))))))))....(((....)))..)))).)....))))...)))))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..((((((..(...(((.(((((..(((((................)))))...)).............))).....)))...)......)))))))).......).)))))..))...((((((.((......................................................((.((((..(((((.........................)))))..))))))....(((((((.....))))))).....................(((.(((((((....(((.......((((((((....))))))))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....))))))))).....)))).))...........)))))).((((((..((.(.(((.(..(.(((((..((....))..))))).......)....)...)))..)...).)..)).))))..)))...))).)(.((((((....))))))))))))))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((...(((.(((((((.((.(((((.((((((((.((((.((....((((.........))))......))))))...))))..............))))...)))))..............)).((((..((((((((.........(((.....((((.........(...((....))...)...))))(((((.((.....((((............................))))...))..))))).......(.(.((((...((.....))..))))......((((...(.((((.(((.(..(((.....(((((...........))))).)))....).)))...)))).)....))))).)..(((...((.((((((........)))).))...))...))).((((.((((.((....((((((...(((((...))))).))))))(.((...(((......((.((.((......)).))..)).)))....)).........).....((((...............))))))...)))).))))))).)))))))).........))))..))))))).)))..))..((((((((.....(((......((((.....((...(.......((...................))......)......))..........(....(.....(......).......).....)...............((((((.....((((....(((....(..(((......)))....).....)))......))))....(....((((((((((...............))))))))))..)(((((((...(((..(.....(((((((((.(((((((.((.((((......))))))...))))))).))))).....((....))...)))).....)...))).)))))))...((((.......(((.(((.(((.(.((((.....(((...((((..........(..((......(((..(..(((((...............)))))..)..)))((((.....((..((........((((((...((((..(((((((..(((...((((...((...((.(......)))...))..))))..))).))))))).......))))..).)))))...)).....))..))))))..)...)))).)))...))))...))))....))).)))(((((((((((((((.((((((((...((((.(((((.((((.....))))..))))).))))))))).(.(((...(.(.((((..((((...(..............)......))))..))))).)(.(..((((.......))))..)...).)))...)....(((.((((..((((...........))))....)))).))).(((.((.(((.(....(.........((((((((....))))))))....)......)..))).)))))...(((((.(((((..........)))))....((..((....))..)).((((((((.......))))))))......))))).)))...))))).))))))))))...((((.((....(((((((..(((..((((..(...((((((((((.((((..........)))).)))).).)))))...)..))))..)))..)))))))...)).))))....))))..)))))).))))..))).)).)))))).)))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((....((((..((((.((.....))..)))).))))..............((((.((((...(((....((((((.(((.............................................................(((((((........(((............................)))..............(((((.(((((((......))))))).....)))))..))))))).....(((..((..((((((.((((((((.(((.((....................................((((.(((.(((((((....((((..((.((.....))))..))))........(((((((...((((((........)))).))...)))..))))......))))))).))).))))...))))).)))))))).)).)))).............((((((.(((....)))..))))))...))..)))...........((((((....))))))((((((((.....................................)))))))).............................................((((....((.((..(..((((....))))..)..))))...))))............((((.((((((..(((((((......)))))))..))))))))))......((((((((.....)))))))).............................((((((.....(((..(((((((((....)))))))))..)))....((((((((.(..((.(((((((..((((((..(...(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).....((....))...))))..)..))))))..))))))).(.((....)))...))..)...((((.........))))..)))))))).........................((((((.(((((....)))))))))))................(((((...)))))........................))))))..................................................................((((..((((.......(((((((..........(.((((((.....((((..(((((..(((.((((..(.(((((.((((((....(((((((.((((.((...((((.(((.............))).))))))))))...)))))))................))))))))).))..)..)))).))).....(((((.....))))).)))))..))))........)))))).)..........)))))))................(((.((((((.((((((.(.((.(((((.(((((....)))))))))))))))))))...)))))))))...................................))))...)))).......................................))).))))))))))))).))))...((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((((((((((....)))))))))))).).)))))...)).))))..))).)))))))))).)).)))).............))).((((((((....)))))))).))))))... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.(((..((((((......(((((...((((.((((((((.(((((......))))))).....(((.....)))...)))))).....)))).(((((((..((...((((((((((((.....((((((((((((..(((..(((((((((.(((.((((......((((...(((...)))..)))))))).))).))......(((((.(((((((......))))))).....)))))..)))))))....((((..((((((((((.((((((((.(((.((........(((((.((.((......)))).))))).((((.(((..(((((((((.((((..((.((.....))))..)))).)))....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))......))))))..))).))))...))))).)))))))).)).)))).............((((((.(((....)))..)))))).))))..))))...(((((((((((((....))))))(((((((((.......((((((((.((....))))))...)))))))))))))......))))))))))..))))))....((..((((..((...(((((((...((.((..(..((((....))))..)..))))..))))))))).))))...((((.((((((..((..(((......)))..))..)))))))))).))...((((((((.....)))))))).))))))..((((.((((((((......(((((((.((..(((..(((((((((....)))))))))..)))((((((((((((((..((.(((((((..(..(((......(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).....((....))...)))).....)))..)..))))))).((.(....)))...))..)...((((.........)))).)))))))))....))))....)).....((((((((((((.(((((....))))))))))).....(..((.((((.(((((...))))).)))).))..).....))))))..)))))))......)))...))))).....((((((((..((((.(((((...)))))......)))).....((....))..(((((..(((....)))..((((((((..((..((....))..)))))))))).)))))))))))))..))))..........)))))))))))).....))......)).)))))....)))))......))))))....(((((((......((((((.(((.((((..((....))..)))).((((((((.(((((....((.(((..(((...(((....)))..))).....))).))...))))).)))).)))).(((.((((((.((((((.((...(((((.(((((....)))))))))))).))))))...)))))))))..((((..((((((((..(((((..........((..((....))..))....((((((.....))))))..))))).)))))))))))).........))).)))))).((((.((..(((((((((..(((..((((.((...(((((.((((((((((((....))))))))))))...)))))...)).))))..)))..))))))))).)).))))...).))))))..)))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
|
|
CAACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUACAUACUUUUACAUAGUGAAACCGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUGGUUCCUUAGAUCGUACAAUCCUACUUGGAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGAAGCACGGCUCUGACCUCGCGGAAAGAGCGCGUUUAUUAGAUCAAAACCAGUCGGGUCCGCAAGGGCCCGUCGGAUUGGUGAGACUGGAUAACUUUGUGCUGAUCGCACGGCCUCGCGCCGGCGACGUAUCUUUCAAAUGUCUGCCCUAUCAACUUUCGAUGGUACGUGAUAUGCCUACCAUGGUUGUAACGGGUAACGGGGAAUCAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCAUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCACUCCUGGCACGGGGAGGUAGUGACGAAAAAUAACAAUACGGGACUCUUUCGAGGCCCCGUAAUUGGAAUGAGUACACUUUAAACCCUUUAACGAGGAUCUAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGAUCUCGGGUCCAGGCUGGCGGUCCGACGCCUGUCGGUUACUGCCUGCUCCUGACCUACCUCCCGGUUUUUUCGCCCUUGGUGCUCUUGACUGAGUGUCUCGGGUGGCCGGAACGUUUACUUUGAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCAAUAUCGCCUGAAUAAUGGUGCAUGGAAUAAUGGAAUAGGACCUCGGUUCUAUUUUGCUGGUUUUCGGAGCUCGAGGUAAUGAUUAAGAGGGACUGACGGGGGCAUUCGUAUUACGGUGUUAGAGGUGAAAUUCUUGGAUCGCCGUAAGACGAACUACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGCAUGUUUUCAUUAGUCAAGAACGAAAGUCAGAGGUUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUUCUGACCAUAAACGAUGCCAACUAGCGAUCCGCCGGAGUUGCUUCAAUGACUCGGCAGGCAGCCCCCGGGAAACCAAAGUUUUUGGGUUCCGGGGGAAGUAUGGUUGCAAAGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUCACCCGGCCCGGACACUGUAAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCGGUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGCGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACUCUAGCCUACUAAAUAGUUCGCUGAUCCCCAUUUGCGUCGGCGCAACUUCUUAGAGGGACAAGUGGCGUUUAGCCACACGAGAUUGAGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCGGGGCCGCACGCGCGCUACACUGAAGGAAUCAGCGUGUCUUUGCCCUUGCCUGGAAAGGUCGGGUAACCCGUUGAACCUCCUUCGUGCUAGGGAUUGGGGCUUGUAAUUCUUCCCCAUGAACGAGGAAUUCCCAGUAAGCGCGAGUCAUAAGCUCGCGUUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGGGCGUUUUAGUGAGCGCCUCGGAUUGGACCCGGAAAUGGUUGGCAACAACCGUACCGGUGUGCCGAAAAGACGCGCAAACUUGAACGCCUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAAGC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....(((((...[[[.))))).(((.(((((((.(((((.........(((.(((..((...(((....................)))))......(((......(((((((...((...(((((((..........(((((...(((((((.....)))))))....))))).......(((((((((....)))))))))....((((((.......((((..(((((((....)))))))......))))......))))))...........((((.((((.....)))))))).)))))))..)).)))))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...))))))......((.(((...(((((...))))).)))))....)))))....(((((((((.(((....)))..)))))).)))......((.................)).........((((((.......((((....................)))))))))).))))))))))..........(((.......((((...((((......((((.((((...((((((((((....)))))..))))).....)))))))).....((((.....(((((...(((((((......)))))))...)))))))))...............................................................................................................................(((((((((.((((((((((((((((((((...(((......)))......))))))))))))....(..((....)))))))))))))))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((..((((((.((((((......))))))))))))..))....((....))..))))....))).)))..........((((....))))..........]]]..(((((.(((((((.....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..((((((((((..(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((.((((..(((((((((((..........))))))).))))..))))))).....(((((.....)))))......)))))..))))).)))...).))))))).....)))))))...)).)))))))))....(((((((.....(((......(((..((((....)))).))).....))).....)))))))......((((((((((((........)))))))))))).....))))))....((((((((.......))))))))...........)))))))))).))....((.((...(((((..(((((((((((((((((..((((((((((((((..((((..(((((((....))))))).))))....))))))))))))))..))))))))))))))))).)))))....))..))....((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......(((((((((((.....((.(((((((.((((...((((.((((((..((((..((((....))))..)))).(((....)))..)))))).....)))).....(((((((((.(((......))).((((((.((((((((((((......(((...((((....(((((.(((((..((....))..)))))..(((..((((.((...(((((((((((((....))))))....)))))))..))))))..)))...)))))..((((.((((.....)))))))).))))..)))..(((((((..(((((.......)))))..)).)))))...))))))))))))..))))))..)))))))))(((......))).)))).).)))))).)).((((((........((((((((((.((((((...........((((((((((.((.(((((((((.(((.........(((((((((.(((....)))..))))).))))..(((((((((((((((..((((....))))..((((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..)))))))))......)))))).)))............)))))).))).....(((((....(((.(((((((((((....)))))..)))))).)))))))).))))))))).))...........((((((((((..(((((...)))))..((.((((((...((((((((....)))))))).......(((((......))))).((.((((((..(((......((((((((((....))))))))))....(((((((((.(((.......(((((((..(((((((.(...(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....(((....)))..))))..))).)))))..))))))).((.(....))).))).)))))))))..)))..)))))).)).)))))).)).....((((.((.....((((((.((((.((((........))))))))..((..(((((((((..(((((...))))).)))))))))..))..)))))).(((......)))...)).))))....)))))))))))))))))))).))))))..(((((((((..((((..((((........))))..((..((...))..)).))))))))))))).)).))))))))...((..(((((((((((((.(((.(((((((((..((((.(((((((((.((.(((((..((..................((((.((((..(((((((((((.(......).))))))).))))..)))).))).)..(((((.....))))).))..))))).))...))))))).(((..(((((.........)))))..)))..)).))))...((((((.((((((.((...(((((..((((....)))).))))))).))))))...))))))..))))))))).(((((....((((((((.........))))))))...(((.(((((((((.....))))))))).)))..))))).)))...))))).))))))))..)).((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))..)))))).....)))....(((((....)))))...)))))))).) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((...........................)))))...............................................................................................(((((......)))))....................((((((.............)))))).....................................(((((((((...................................)))))))))..............................................................................................................................................................................((((((.....(((......))))))))).........................(((((((........................)))))))...........................((((((((((((((.....................)))))))))))))).......((((((((.........)))))))).................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((((..........)))))))...................(((((.....)))))................................................................(((((((............((((((..((((....)))).))))))...........)))))))..........(((((............)))))....................(((((((((.....)))))))))..............................................((((((((((((((...................................................................)))))))))))))).......................((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.................................((((.((........(((..........))).........))...))))...................................................................(((...((((......(((((............)))))))))...)))................................................................((((..(((.....))).))))...........................((.....((((((((.......)))))))).))................((((....))))...((((((..((.((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((....)))).)))))).))).....................................(((.......................................)))........................................................................................................................................................................................................................................((((((((.....................)))).))))...((((((..................(((((.((((((((((.(((........))).)).)))))))).))))).......(((((((((.......))))))))).))))))...........((...........((((.........))))........))..................(((..(((((((((.............)))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((((.(((.((((..((((((((((((........)))))).))))))..)))))))..((((((((.....))))))))...)))))......................................................((((((((..............((((((((....))))))))............))))))))......((((.((((((..........))))))..................(.(((((((((.....))))))))).).....)))).........................((((((((...(((((((((((((((((((..(...(((((((.((..((((((......)))))).)))))...))))...)..)))))))))))))))))))..))))))))...................(((((....)))))....))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((..((((.(((........(..((....((((((((.......((((((..(((..........(((((..((......)).))))).........)))....)))))).........(((.((((((....(((((((..........(..............)(((((..((....))..))))).................(((.(.(((((((....))))))).))).....).......................((((.((((.....)))))))).................(((((...(((((....((((((.(.......).)))))))))))....)))))....((((((.......)))))).......................)))))))))))))..)))..((((((...........((((((((((....(((((((((.............(((((((((.(((....)))..)))))).)))....................((((((.......(((((((((.......((((.(((.((....)))))....)))))))))))))......))))))...................................((...(((.(((((((((((....)))))..)))))).)))....))))))))))).........((((((((..(((((((......(((((((((..((((((......(((((((...........)))))))(((((......))))).....................((((((((((....))))))))))......)))))).))))))))).....)))))))...)...))))))).(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).......((((((((.........)))))))).................((((((........((((.........)))).....)))))).......................((((((.(((((......))))))))).))...(((((((((..((((.....)))).))))))))).................................................)))))))))).))))))))))))))..))..)....((((........)))).....)))))))..))))))))).......................(((((((((((((((((...........(((.(((((((..................................)))).))).)))((..(((((((((((..........))))))).))))..))..........(((((.....))))).............................(((((.........)))))..............((.((((((.((((((.(...((((((..((((....)))).))))))).))))))...))))))))..........(((((....((((((((.........))))))))....((((((((((((.....)))))))))...)))))))).......))))).)))))))))))).((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))).)).)))).................((.(((((....))))).)).......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(..(((((.......)))))...)......((((..((...(.....(((.(((((((..((((....))))..)))).((......)).............(((((....)))))....................((((((....(((((((........(((.........)))...(((((...(((...((((((.((..........(((((..((.(.(((((((....))))))).))).)))))................((((.....)))).(((.......)))..))..)))))).........(((...(((((.(....((((.......))))....).)))))....)))...((((((((....))))...)))))))..)))))............))))))))))))).......)))))).)....((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((.(((....)))..))))).))))......((((((........((((((.......(((((((((.......((((.....((....)).......)))))))))))))......)))))).............................(.((((((((((((.(((((((((((....))))).........((...(((((...(((((((........((((((((.(((((...(.....((((((((..((((((......(((((((...........)))))))(((((......))))).....................((((((((((....))))))))))......)))))).)))))))).....)..))))).......(((((((.((((..((((((((...((((......))))....))))))))..)))).......((((((((.........)))))))).................((((((....(...((((.........))))...).)))))).........((((..(....)....((((.(((((......))))))))).)))))))))))....))))).......)))..)))))))......)))))....))................(((((.(((((((..((..(((((...((.((((((................((((........)))).((((((((...(((((....(((((((....((((..((((......(((((..(((((.....)))))..(((((.(((((((...((....(.((((.......)))).)..))..))))).)).)))))..............))))).(((....)))...((((...)))).....(((((.....)))))..))))..)))).......))))))).....)))))..)))))))))))))).))......(((.((((((.((((((.((......(((.((((....)))).)))..)).))))))...)))))))))...(....(((((............)))))....).....))))).....((((((((.(....)))))))))......))...)))))))))).)).)))))).))).......((((...((((((......))))))))))..))))))))).)(((((((....)))))))....)))))).......................(((((..((((..................))))..))))).............)).)))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.(((((((((..((((.(((......(((..(((..(((((((((..(...(((((((..((((((......((((((..(((....))).))))))....)).))))....)))))))........(((.((((((....(((((((........(((.........)))((((((((..((....))..))))).)))(((((((.((...(((((.(((((((....))))))).)....))))))..)).)))))...........((((.((((.....))))))))..............((.(((((...(((((....((((((.((.....)).)))))))))))....)))))))..((((((.......)))))).........((..........)))))))))))))))..)))).((((((...........((((((((((.((.(((((((((.............(((((((((.(((....)))..)))))).)))...(((((...(.....((.((((((.......(((((((((.......((((.(((.((....)))))....)))))))))))))......))))))..))....).......)))))....((((((...))))))(((.(((((((((((....)))))..)))))).)))......))))))))).))......(((((((((.(((((((.....((((((((((..(((((((.....(((((((...........)))))))(((((......)))))....................(((((((((((....)))))))))))...).)))))).))))))))))....)))))))..))...))))))).(((((.((((((((.(.((((......))))..).)))))))).)))))...((..((((((((..((...))))))))))...))............(((((((...(...((((.........))))...))))))))............(((((......((((((.(((((......))))))))).))(..(((((((((..(((((...))))).)))))))))..)...)))))......................................)))))))))).))))))))))))))))))..)))..((((........)))).....)))))))..))))))))))).((((((()....))))))(((((((((((((((((((.(((...(((((((.(((((((......(((.((......)))))...........)))).))).)))((..(((((((((((..........))))))).))))..))..........(((((.....)))))...(((((...........)))))(((..(((((.........)))))..)))........(((.((((((.((((((.(...((((((..((((....)))).))))))).))))))...)))))))))..))))...(((((..(.((((((((.........)))))))).)..((((((((((((.....)))))))))...)))))))).)))...))))).)))))))))))).((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))................(((.(((((....))))).))).))...... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................(((((.(((.......((((........))))........)))...)))))....................................((((..((....))))))............................(((((..(......)..)))))..................((............................))........................((((.(((.......)))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))....(((((.......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((....)))).)))))..)))....................................((((((.......((((..((.........)).....))))))))))................................................((((((.((((((((((((((......))))..)))))))))))..)))))..................(((.(((((((......))))))).)))...........................................(((......)))...............................(((((((((...................)).)))))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..(((((((.((............)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............(.((((.(..((((..(((((.((((((........)))))).).))))..)))).)...((((((((.....))))))))...)))))..................((((...........)))).....))))))..(((.(((((((.(.....)......(((..((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))....................((((((((.......))))))))......)))))).................)))))..(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((((..(.(((((....))))).).)))).)).))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))...................(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((..................(((.....)))..(((((((((.(.....(((..........))).......))))..))))))....................................((((..((....))))))............................(((((..(......)..)))))..........................................................................((((.((.........))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))......(((.......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...(((((...))))).))))))............(((.((((((((......)).))))))..)))....................................((((((...................................))))))................................................(((((.((((.((((((((((......))))..)))))).))).).)))))....((((.....(((.(....(((((((......)))))))..))))...))))......................(((((((.................)))))))........................(((((((.......................)).)))))...........((((((...((((((((((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).))))........((((((((((.....)))))))))).................(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(............)))))))))..)))...((....))..........))..((......((..(((((....)))))...))....)).....((((....(((((((((.......(((.....)))......................................(((((..................................)))))..)))))))))....))))...........((....................))..............(((..((((.((((..(((((((((((..........))))))).))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))................))))))))...)))))).........))))))..(((.(((((((.(.....)......(((..((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......)))))).................)))(.(.(((((.((....(((((((..(((..((.(..(...((((.((((...(.((((......)))).)..)))..).))))...)..).))..)))..)))))))...)).)))))..).)...........((.(((((....))))).)))))))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((.....(((.(((..((((((((...))).))))).....))).))).(((..[[[[..)))..]]]]...((((((.((((((.......(((((((((((.....))))))...((((.....)))))))))(((.....)))))))))...........[[[[[[[[....))))))..]]]]].]]].......(((((..[[[[[[((((((....))))))......)))))..]]]]]].....((((((((..((((.((((.....))))))))....((((((.......(((((...(((((....(((((((((...)))..)))))))))))....)))))....((((((.......)))))).)))))).))))))))................((((((((...((((((...........((((((((((....(((((((((.............(((((((((.(((....)))..))))).))))..((((((...(((....[[[[[[[[.)))......]]]]]]]].....(((.[[[...)))..]]].((((...[[[[.[[[[[[[....))))..]]]]]]].]]]].....))))))..(((((..[[[[[)))))...(((((((((((....)))))..))))))....]]]]].)))))))))(((......)))..(((((((((((((.....)))(((.((((.((((((...((((((((....)))))))).......(((((......)))))....((((((...........((((((((((....)))))))))).((((((((((((.(((.......(((((((..(((((.......(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....(((....)))..))))......)))))..))))))).............))).)))))))))...))).))))))....)))))).))))...)))((((.....[[[[[[.((((.((((........)))))))).)))).(((((((((..(((((...))))).)))))))))......]]]]]]...........................)))))))))))))))))))).))))))(((.........[[[[[..((((........)))))))......((((........)))).]]]]]....)))))))).......((((((((.........((((((..[[[[[.))))))................]]]]]...........(((...(((.((((..(((((((((((..........))))))).))))..)))).)))....(((((.....)))))...[[[[[)))........]]]]](((..(((((.........)))))..)))(((((((.....[[[[[[...)))))))...(((((..((((....)))).)))))............]]]]]]((((.((((...(((((....((((((((.........))))))))....((((((((((((.....))))))))...)))))))))..))))..)))).)))))))).....((((.....((((((((((.(((..((((......((((..((((..(((((((....))))))).))))....))))......))))..))).))))))))))....))))....................(((((....)))))...)))))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.(((((((((..((((.(((....(((((..(((..(((((((((.((.(((((((((..((((((......((((((..((......)).))))))....)).))))....)))))).))).))..(((.((((((....(((((((.((((...(((....(((((((.((((((((..((....))..))))).)))...((((.((...(((((((((((((....))))))....)))))))..))))))....))))))).((.((((.((((.....))))))))))..((((((...(((.(((((...(((((....((((((.((.....)).)))))))))))....)))))))).((((((.......)))))).)))))).)))...)))).....)))))))))))))..)))..((((((...........((((((((((..(......).((((((.....((..(((((((((.(((....)))..))))).))))..))..)).)))).....((((((((..((...)).)))))))).......((((((.....(((...(((((((.(((.(((((((..........))))))).)))........(((((((((((((...((((.((((((((((((((((....)))))....((((((((..(((........(((((.....(((((..(((((((......)))))))..))))))))))......((((((((....)))))))).))).)))))))).(((((((........)))).))).......((((((((((....)))))))))).((((((((((((.(((.......(((((((..(((((((.....((((.((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))).....(((....)))..))))...)).)))))..))))))).((.(....))).))).)))))))))...)))..))))))..)).)))))))......))).)))))).)))).((((((.((((........)))))))).))...(((((((((..(((((...))))).))))))))).(((.(((((....)))))..)))....))))))).)))...)))))).)))))))))).))))))))))))))))))..)))..((((........))))))...)))))))..))))))))).(((((((((....)))))))))(((((((((((((((((.(((((((((........))))))....((((.(((.............))).)))).........((((..(((((((((((..........))))))).))))..))))((((((..(((((.....)))))....................((.((((..(((((.........)))))..)))).)).((((((.((((((.((((((.((...(((((..((((....)))).))))))).))))))...))))))))).)))..(((((((......(((((((.........)))))))))))))).(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).)))))))))))).((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))...((....)).)))).((.(((((....))))).)).......... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.(((((((((..((((.(((......(((..((((..((((((((.......((((((...............(((((..((......)).)))))................)))))).............(((((((....((((((..........................(((((..((....))..))))).......................(((((((....))))))).................................((((.((((.....)))))))).................(((((...(((((....((((((...........)))))))))))....)))))....((((((.......)))))).......................))))))))))))).......((((((...........((((((((((....(((((((((.............(((((((((.(((....)))..)))))).)))...........(((((...((((....))))..(((((((((...................................))))))))).......))))).........................................((.(((((((((((....)))))..)))))).)).......)))))))))...........((.cccccccccc..........ccc))((...((.........(((((((...........)))))))(((((......)))))....................(((((((((((....)))))))))))....[[[[))bb))((CCC.....((((((...((((....<<.(((.(((((.((((((((.....((.......)).....)))))))).)))))....(((....)))...)))......))))>>.))))))..............))..BB..]]]]...................................................((((.(((((......)))))))))......(((((((((..(((((...))))).))))))))).......................................CCCCCCCCCC)))))))))).))))))))))))))))))..)))..((((........)))).....)))))))..)))))))))))..............((((((((((((((((((((((((..((..........................................................(((.((((..(((((((((((..........))))))).))))..)))).)))....(((((.....)))))........................(((..(((((.........)))))..)))............((((((.((((((.....((((((..((((....)))).))))))..))))))...))))))......{{....(((((....((((((((.........)))))))).......(((((((((.....)))))))))......))))).))}}..))))).)))))))))))).((((.((...(((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))..)).))))...............(((..aaaaa.)))AAAAA.....))))))). |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.((((((((.((...............((((...))))..(((((((((.((....((((((....))))))......)))))..))))))................................(.(((((..(((....))))))))..)..............(((......(((((.(((....))).)))))))).(((((((......((((..(((((........)))))......))))....).))))))...........((((.((((.....)))))))).................(((((..((((((....((((((((......).)))))))))))..)).))))).......((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((....))).))))))).)))..)).......................................))..))))).)))..))).))))..(((((((..((.....))..............((((.(((((((.(((.(((...........(((..(((((((((((((.((......)).)..))))))))..)))).))).......((.....(((((((((((((((......)))))))))))))))))......................((.(((((((.((((......)..)))))))))).)).........((((((((((((((....))))))))))))))....................((((((((.((((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))).))))))))...((....)).....(((((....)))))..................................(((((((..((((((((.((((......))))))))))))..)))...((....))..))))................(((.(((((....)))))..)))..................(((.((((.....)))).))).))))))...)))))))))))...))))...)))..............................(..((((....))))..)....(((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(.(((((((.((((..((((((((((((........)))))).))))))..)))))).)..(.(((((.....)))))).....)))))).............((..((((..(((...)))))))..))..........((.((((((((((((((((...(((((.(((((....))))))))))))))))))..))))))))))...((((((.((((............)))).......(((....))).((.(((((((((.....))))))))).))...)))))))))...))))).))))))))))...((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((...((((((....)))))..))))).)).))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))).............))..((((((((....)))))))))))))))).) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.(((((((((..((((.(((.......((..(((..(((((((((....((((..((((....))))..))))(((((..((......)).))))).............(.......).........(((.((((((....(((((((........................(((((((..((....))..))))).))..((((((.((...(((((((((((((....))))))....)))))))..))))).))).....(.((...((((.((((.....))))))))....((((((...(((.(((((...(((((....((((((.((.....)).)))))))))))....)))))))).((((((.......)))))).))))))..)).)..........)))))))))))))..)))..((((((...........((((((((((...........((((((.....((..(((((((((.(((....)))..)))))).)))..))..)).)))).....((((((((..........)))))))).......((((((.....(((...(((((((.(((.(((((((..........))))))).)))........(((.(((((((((..(((((.((((.(((((((((((....)))))..)))))).))..))))))).....(((((.....(((((..(((((((......)))))))..)))))))))).......(((((((....)))))))........(((((......))))).....................((((((((((....))))))))))..(((...(((((((((((((((.(((((......((((((.((((((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....(((....)))...((...))..)))))).))))))..((((...........))))......)))))..)))).))).))))))))))).....))).))))))..))).((((((.((((........)))))))).))...(((((((((..(((((...))))).)))))))))......((((....))))..........))))))).)))...)))))).)))))))))).))))))))))))))))))..))...((((........)))).....)))))))..))))))))).((((((((......))))))))(((((((((((((((((.(((((((((........))))))....((((.(((.............))).)))).........((((..(((((((((((..........))))))).))))..)))).(((((..(((((.....)))))...((((.............)))).....(((((.........))))).((....)).((.(((.((((((.((((((.((...(((((..((((....)))).))))))).))))))...)))))))))..))..(((((((......(((((((.........)))))))))))))).(((((((((.....)))))))))......))))).)))...))))).)))))))))))).((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))............))))..(.(((((....))))).)........... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((...........(.(((.......(((.....)))...).....)).).......((((((((......))))))))..(.(((((((......((((..........................))))....).)))))).).......(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((....(....((...((((((.(......((.....)).........).)..).)))).))((....))...).....((((.(((((......)))))..)))).............((((((((......((...((((...))))(((......)))....))......)))))..))).........((((((((((.................)))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((...(((..((((....))))...)))............((((((((((((((.....))))((((.(((((....(..(((.(.......(....)..((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..)))))))((...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((.......))))).))))))..)))))))..((((((((.....))))))))...)))))).......))))....).((((...(.....).)))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((.((..(((((........))))).)))))...))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))..(((((((((.((..........(((.......)))...)))))..))))))........(((............(((((...........((((........(((.....))).........)))).......(((((............)))))..(((((((((......((((..........................))))....).)))))))).......(.((((...((.....))..))))).))))).........)))(((....((((....((((((((.......)))))))))))).....)))...((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...))........(..((....)).)..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((........)).)))))).)))......((.................))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((..........((((((..........((((....(((((.(((....((.....))......).)).)..).)....)).))))..........((((.((..(((......)))...)).........))))....)))............)))........((.(((......)))...........))..................((((((((.(..................))))).))))..(((((((..((((((......(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((.((((((..(((((((((.............)))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((...(((..((((....))))...)))............(((((((((.((((.....))))(((.((((((.....(((...))).....(....)...(((...(((..(((((..((.(......(..........)..))).....)))))..)))))).((..((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((.(((.((((..((((((((((((........))))))).)))))..)))))))..((((((((.....))))))))...))))).........)))......))((...(.....).)))))))).....))).(((.(((((((.....(.........((((((((....))))))))....)........))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....)))))))))..((((((.((...((((((((..(((..((((..(...(((((((.((..(................).)))))...))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))....)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((.............(((....)..(((.....))).........)).((......((((((((......))))))))))(.(((((((......((((..........................))))....).)))))).).......(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........((...((((((.(......((.....)).........).)..).)))).))(......).........((((.(((((......)))))..)))).............((((((((......((...((((...))))(((......)))....))......)))))..))).........((((((((((.................)))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))(((.((((((....(..(((.(.....)((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...))(((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((.(((...((.......)))))..)))))..)))))))..((((((((.....))))))))...))))))........)))....).((((...(.....).)))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((.((..(((((........))))).)))))...))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))..(((((((((.......((....(((.......)))...)))))..))))))........(((......((....(((((...........(((((....)..(((.....))).........)))).......(((((............)))))..(((((((((......((((..........................))))....).)))))))).......(.((((...((.....))..))))).)))))....))...)))(((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))).......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))..((.((....))))..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((........)).))))).))))......((..(...........)..))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((..........((((((..........((((....((((.........((.....))..............).)....)).))))..........((((.((..(((......)))...)).........))))....)))..(((....))))))(((((......(((......))).))))).........................((((((((.(..................))))).))))..(((((((..((((((......(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((.((((((..(((((((((.............)))))))))..)))...((....))..))).....)))...(((...((...((((....))))....))............(((((((((.((((.....))))(((.((((((.....(((...)))....((....))..(((((.(((..(((((.(((.(..(..............)..))))....)))))..))).((.((...(((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((((((.((((..(((((.((((((........))))))..)))))..)))))))..((((((((.....))))))))..)))))).........)).......))))........))))))))))).....))).(((.((((((((....((........((((((((....))))))))...)).......)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))))))))(...(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((.((..(................).)))))...))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((((((((.((((.(((......(((..(((..(((((((((....((((..((((.{{{))))..))))(((((..(((....))).))))).........}}}...................(((.((((((....(((((((.......................((((((((............))))).)))(((((((.((...(((((((((((((....))))))....)))))))..))))).)))).(((((((((.((((.((((.....)))))))))...((((((...(((.(((((((.(((((....((((((.(((...))).)))))))))))))..)))))))).((((((.......)))))).)))))).)))))))).......)))))))))))))..)))..((((((...........((((((((((.....((((((((((((.........(((((((((.(((....)))..)))))).)))......)).))))((((.((((((((..........)))))))).......[[[[[[.....[[[....[[[[[[.[[[.[[[[[[[.....)))).]]]]]]].]]]........<<<<<<<<<<<<<..(((((.((...(((((((((((....)))))..)))))).....)))))))))))))((((.....(((((..(((((((......)))))))..)))))))))....(((((((((((....)))))))).......(((((......))))).....................((((((((((....))))))))))..(((...(((((((((((((((.(((((......((((((.((((((((((((.((((((((((.(((((...).)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..(((...)))))))))).))))))..((((...........))))......)))))..)))).))).)))))))))))..)))>>>.>>>>>>>.>>>.((((((.(((((......))))))))).))...(((((((((..(((((...))))).))))))))).(((.(((((....)))))..)))....]]]]]]..]]]...]]]]]].)))))))))).))))))))))))))))))..)))..((((........)))).....)))))))).))))))))).(((((((((....)))))))))(((((((((((((((((.(((((((((........))))))....((((.(((.............))).)))).........((((..(((((((((((..........))))))).))))..))))((((((..(((((.....)))))...((((((........)).)))).....(((((.........)))))(((....)))((((((.((((((.((((((......(((((..((((....)))).)))))...))))))...))))))))).)))..(((((((......(((((((.........)))))))))))))).(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).)))))))))))).((((.....((((((((((.(((..((((......((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))......))))..))).))))))))))....))))............)))))...(((((....)))))............. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((............((((((.((((.(((((((..((((((..............................(((((((.((((((........................................(((....)))(((.....)))))))))......((......(((((..((....))..)))))..................((...............................((.((..................((((..(((.....))).))))...............((((.(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).(((...((((((........)))).))...)))..))...(((((((((((.(((((((((...(((((...))))).))))))................(((((((((....)))).)))))..)))....................................(((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))..)))).........))))))).........)))))))))........................................................................................................................................((((((......(((......))).))))))....))))))...............................(((((((................(((((((..((((((......(((((((((.((((((.....((((......))))......)))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..)))))))...((....))....))))))).((((.........)))).))))))).............(((....(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........)))...)))).))))))((((....))))(((((((.........(((((((((((..(((.....(((.(((.((((((.................((.........)).(((((((((((..(((((.....((((((..........(((((.(((...(..((((.(....).))))..)...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))))))(((((((((.((((..(((((..(((............)))...)))))..)))))))....((((((.....))))))....))))))........))))))......))))).)))).))))))))).)))).))).))).(((((((.(.....).......(((.((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))....)))))..((((.((....(((((((..(((..((.(..(...(((((((.......((((......)))).....)))...))))...)..).))..)))..)))))))...)).))))............))))))).(((((....)))))...)))))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.(((((((((((.....((.(((((((.((((...........(((..((((..((((....))))..)))).)))...(((.((.((((((((((...(((((((((((.....)))))))..((((.....)))).))))...))))....))))))............((((((((((((((..(((((((((((.(((((((.((...(((((((((((((....))))))....)))))))..)))).)))))...)))))...((((.((((.....))))))))....)))))).......(((((...(((((....((((((.((.....)).)))))))))))....))))).)))))..)))))).)))..))))).))))))))))).)).((((((........((((((((((.((((((...........((((((((((.....(((...((((((.....((..(((((((((.(((....)))..))))).))))..))..)).)))).....((((((((..........))))))))....)))((((((.....(((...(((((((.(((.(((((((..........))))))).))).....((((..((((((((((...((((..(((.(((((((((((....)))))..)))))).)))...((.((((...(((((.....(((((..((..(((......)))..))..))))))))))...(..((((((((....))))))))..)....(((((......)))))....((((((..(((......((((((((((....))))))))))....(((((((((.(((.......(((((((..(((((((.(...((((.((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))).....(((....)))..))))..))).)))))..))))))).((.(....))).))).)))))))))..)))..)))))).)))).)).))))......))).)))))))((((((.((((.((((........))))))))..((..(((((((((..((((.....)))).)))))))))..))..))))))..))))..........))))))).)))...)))))).)))))))))).))))))..(((((((((..((((..((((........))))..((..((...))..)).))))))))))))).)).))))))))...((..(((((((((((((.(((.(((((((((..((((.(((((((((.((.(((((..((..................((((.((((..(((((((((((.(......).))))))).))))..)))).))).)..(((((.....))))).))..))))).))...))))))).(((..(((((.........)))))..)))..)).))))...((((((.((((((.((...(((((..((((....)))).))))))).))))))...))))))..))))))))).(((((....((((((((.........))))))))...(((.(((((((((.....))))))))).)))..))))).)))...))))).))))))))..)).((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))..)))))).....)))....(((((....)))))...)))))))).) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.(((...(((((...((.((((..((((.((((....((((.((((.(((..((.....(....(..(.......)).).)).)))...)))).........)))).((((((....((........(.((...(((....))).)).)..))..))))))....(((.......(((((............))))).)))(((((.(......((((......(.......)...........))))....)..)))))...........((((.((((.....))))))))((.....(((.....((((.(((.(.((((.....(((((.(.......).))))).))))...).)))...))))......)))..))..(((...((.(((((..........))).))...))...)))))))))))(((((.((...(.(((..((((........(((.((.((.((........(((((((((.(((....)).).))))).))))...))....))...)).....)))....)))).........)))...)..)))))))((.(((((((((.(((((.((((......(((...((.(((((....(((((.....(((((.(((.((.....(......(........................................)....).).....)..........((((.......)))..).......................))).)))...((((..((((....(...(((......)))....)......))))....))))....(...(((..((((((...............))))))...))).)(((((((...((((.......(((((((((.(((((((.((((((......)))).))...))))))).)))))....(((....)))..))))......))))...))))))).((.(((......(..(.(((....))).)......).)))...))...((((((..(...(((.(((.((..((.((..(...............).).).))..))..............))).....)))...).......)))))).))..))))).)))))...)).....)))...)))).......)))))...))).))))))...))))))...)).)))))......))).)).((.......(...(((...((...(((........(...(((((..(((((((((((((((.((((((((...((((.(((((.((((.....))))..))))).))))))))).(.(((.(.(((.((((..(((..(....(..(.......)..)...).)))..)))))))..(....(((.....)))....)...).)))...)....(((.((((..((((...........))))....)))).))).(((.((((((........(.......(((.((((....)))).)))....).........)))))))))...((((((((((............)))))...((..((....))..)).((((((((.......))))))))......))))).)))...))))).))))))))))...((((.((....(((((((..(((..(.....(...((((((.(.(......................).).)).))))...).....)..)))..)))))))...)).))))..))))).).))).)).))).).))(((.(((.....))).)))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.(((((((((((..(((.((....(((.((.....))..))).......)).)))...((..((((((((...........((((..(((.......((((....))))..........(((((..(((.((((((....(((((((..(((((...................(((((..((....))..))))).................(((((((((((((....))))))....)))))))....))))).....(..((((..((((.((((.....))))))))....((((((....((.(((((...(((((....((((((.((.....)).)))))))))))....)))))))..((((((.......)))))).)))))).))))..)........)))))))))))))..)))..((.(((((((.......((((((((((..(.(((((((((.............(((((((((.(((....)))..)))))).))).........(.((((((..((((....))))..(((((((((.........((.(((.((....)))))....))..)))))))))......))))))..)......................................((.(((((((((((....)))))..)))))).)).......))))))))).)......(((((..((..(((......)))..))..)))))...........((((((((....)))))))).......(((((......))))).....((((((..........((((((((((....))))))))))....(((((((((.(((.......(((((((..(((((((.(...(((((((((.(((((((((..((((......))))..).)))))))).)))))....(((....)))..))))..))).)))))..))))))).(.((....))).))).))))))))).........((((((.......(((((((.....((((..(....)....((((.((((........)))))))).)))).(((((((((..(((((...))))).)))))))))...))))))).......................))))))....)))))))))))))))).....(((((................((((........)))).((((((((.(.(((((..(.((((((.....((((..(((((...(((((........................................((((.(((.............))).))))...................))))).........((((....)))).................(((((.....))))).)))))..))))........)))))).)...))))).))))))))))))))..))))))).....((((((.((((((.(....(((((..((((....)))).))))).).))))))...))))))..))..(((...(((((.....(((((((.........)))))))........(((((((((.....)))))))))......)))))..)))..))))).....)))..)))).....((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))).))..)))))))).)).....)))....(((((....)))))...)))))))).) |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((..(((((..((((.(((......(((..(((..(((((((((.((.(((((((((..((((((......((((((..(((....))).))))))....)).))))....)))))).))).))..(((.((((((....(((((((.((((...(((.((((....(((((.(((((..((....))..)))))..(((...(((.((...(((((((((((((....))))))....)))))))..)))))...)))...)))))..((((.((((.....)))))))).))))(((((....((.(((((...(((((....((((((.((.....)).)))))))))))....)))))))..((((((.......)))))).)))))..)))...)))).....)))))))))))))..)))..((((((...........((((((((((...(((.....((((((.....((..(((((((((.(((....)))..))))).))))..))..)).)))).....)))....................(((....)))((((((.....(((...(((((((.(((.(((((((..........))))))).))).....((((..((((((((((..(((((..(((.(((((((((((....)))))..)))))).)))...))))).......(((....((((((..((..(((......)))..))..)))))).((((((...((((((((....)))))))).......(((((......))))).(..((((((..(((.....(..((((((((....))))))))..)...(((((((((.(((.......(((((((..(..((((.....(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....(((....)))..))))...)).))..)..))))))).((.(....))).))).)))))))))..)))..))))))..).)))))))))......))).)))))))((((((.((((.((((........))))))))..((..(((((((((..(((((...))))).)))))))))..))..))))))..))))..........))))))).)))...)))))).)))))))))).))))))))))))))))))..)))..((((........)))).....)))))))..)))))..))..((..((((....))))..)).((..(((((((((((((.(((.(((((((((..((((.((((..(((.((.(((((..((...................(((.((((..(((((((((((..........))))))).))))..))))))).....(((((.....))))).))..))))).))...)))..)).(((..(((((.........)))))..)))..)).))))...((((((.((((((.((...(((((..((((....)))).))))))).))))))...))))))..))))))))).(((((....((((((((.........)))))))).......(((((((((.....)))))))))......))))).)))...))))).))))))))..)).((((.((..(((((((((..(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..)))..))))))))).)).))))............)))))((.(((((....))))).)).......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
|
|
UACCUGGUGGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUACAUACCGAAAUAAGGUGAAACCGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUACGGUUCCUUAGACUGUACUUUCCUACUUGGAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCAUCAGAGCUCCGACCUUCGGGGACGAGCGCAUUUAUUAGACCAAGACCAAUCGGACUUAGGUCCGCAAACUGUGGUGACUCUGGAUAACUUUGAGCUGAUCGCACGGUCUAGCACCGGCGACGUAUCUUUCAAGUGUCUGCCUUAUCAACUUUCGAUGGUAGGUUAUGCGCCUACCAUGGUCGUUACGGGUAACGGGGAAUCAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCACUCCCGGCACGGGGAGGUAGUGACGAAAAAUAACAAUACGGGACUCUAUUGAGGCCCCGUAAUUGGAAUGGGUACAAUCUAAACCCUUUAACGAGUAUCCAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGUGGUUAAAAAGCUCGUAGUCGGAUCUCAGAUCCGGAGCUGCGGUCCACCGCCCGGUGGUUACUGUAGCGACCGGACGUUUGGCCGGAUUCCUUUGAUGCUCUUUGCCGAGUGUCUUGGGUGUCCGGCACGUUUACUUUGAAAAAAUUAGAGUGCUCAAAGCAGGCGUACCGCCUGAAUAAUGGUGCAUGGAAUAAUGGAAUAAGACCUCGUCUCUAUUUUGUUGGUUUUCGGAAAACGAGGAAAUGAUUAAGAGGGACAGACGGGGGCAUUCGUAUUGCGACGCUAGAGGUGAAAUUCUUGGACCGUCGCAAGACGAACUACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGAAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGAGGUUCGAAGGCGAUCAGAUACCGCCCUAGUUCUAACCAUAAACGAUGCCAACCAGCAAUCCGCCUGAGUUCCUCAAAUGACUCGGCGGGCAGCUUCCGGGAAACCAAAGUGUUUGGGUUCCAGGGGAAGUAUGGUUGCAAAGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCUUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUUACCCGGCCCGGACACUGGAAGGAUUGACAGAUUAAGAGCUCUUUCUUGAUUCAGUGGAUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGCGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACUCUAGCCUACUAAAUAGACGAACGAUCACUGGAGUCGUUCGAUCUUCUUAGAGGGACAAGCGGCUUUUAGCCGCACGAGACAGAGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUCCGGGGCCGCACGCGCGCUACACUGAAGGAAUCAGCGUGCGUUUACCCCUGUCCGGCAGGACUGGGUAACCCGAUCAACCUCCUUCGUGAUAGGGAUAGGGGCUUGUAAUUCUUGCCCUUGAACGAGGAAUUCCCAGUAAGCACGAGUCAUAAGCUCGUGUUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGAAUGAUUUAGUGAGGUCUUCGGACUGGCGCUCGGAGCGGCCUUACUGGUCGCGCCGGCGUGCCGGAAAGAUGACCGAACUUGAUUAUUUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGGAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...[[[.))))).(((.(((((((.(((((.........(((.(((..((...(((....(((.......)))...)))))......(((......(((((((...((....((((((..........(((((...(((((((.....)))))))....))))).......(((((..((....))..)))))....(((((........((((..(((((....))))).......)))).......)))))...........((((.((((.....)))))))).))))))...)).)))))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((...))))).)))).....)))))....(((((((((.(((....)))..)))))).)))....................................((((((.......((((....................)))))))))).))))))))))..........(((.......((((...((((......(((((.....((((((((((((....)))))..))))))).....))))).........(((.(((.(((((((......)))))))..))))))...................................................................................................................................(((((((((.((((((((((((((((((((...(((......)))......))))))))))))....(..((....)))))))))))))))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((..((((((.((((((......))))))))))))..))....((....))..))))....))).))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((.....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..((((((((((..(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((((.(((.((((.....((((((((.......))))))))......))))))).....(((((.....)))))......)))))..))))).)))...).))))))).....)))))))...)).)))))))))....(((((((.....(((.......(((.((((....)))).))).....))).....)))))))......(((((((((((.........))))).)))))).....))))))....((((((((.......))))))))...........)))))))))).))....((.((.(.(((((..(((((((((((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))))))))))))..))))))))))))))))).)))))..).))..))....((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((..(...)..))))..(((....(((((((.....)).)))))..(((((((.........((((.......))))..........((((((((((...(((((((((((.....)))))))...(((.....)))..))))...))))....))))))..))))))).....((((...((....))...))))..........)))...((((...(((((....)))))....(((((((..(((((((.(((((((.(((((((....)))).)))....(((((....(((((..((((((((........(((((.(((((((((.....)))))))))...(((((....))))).((((((.......))))))(((...((((((........)))).))...)))..)))))...))))))))............(((((......)))))((((((((.........(((((((((.(((....)))..))))).))))..((((((((...................))))))))....((((......(((..((((....((((((.....(((..(((((((..........)))))))..))).......((((..(((((((((...(((((.(((((((((((((....)))))..))))))))..)))))(((((.(((((((.(((..(((((((......)))))))..))).)))))))..((((..((((((((.......(((((((...((((((...)))))).....))).))))....(((..(((((((((...)))).)))))..))).)))))))))))).......(((((((..((((((......(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..))))))).))))).......)))))))))..)))).....)))))).....................(((.(((((....((((((.(((((........)))))))))))..((((((.((((.(((((...))))).))))...)))))).))))))))..))))..)))..(((((.(((((((..((((.((((.....)))).)))).((((................((((........)))).((((((((((((..((..(.(((((((....(((((.(((((.((((((((.((..(((.....)))..(((...(((((((.((.....((((.(((.............))).))))....)))))))))..)))....)).))))))))...((((..(((....))).))))..(((((.....))))).))))).))))).......))))))).)..)).)))).)))))))))))).(((((((((..............)))))))))((((((..((((....)))).)))))).))).))))..))))).(((..((((.(((((((..((((((.....((((....))))...........(((((((((.....))))))))))))))))))))))))))...))).....))))))))))))......((((((((((.(((..((((.((...(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))...)).))))..))).)))))))))).))))).....)))))..))))))))))))))....))).))))..)).))..)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................((((((((........................................................................................((((..............))))...............................................................................................................................(((((((((.....))))))))).............................................((((........))))........................................(((((...)))))........................................................................................................................................................))))))))...........................................................................................................................................................((((((...))))))..............................((((((........................))))))............................((((((((((((((.....................)))))))))))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((.......((((.........))))....)))))))............((((((....((((((.(((((........)))))))))))........((....))..........................))))))..(((((.........................................)))))............................................(((((((..............................))))))).......................................................................................((((((((.......))))))))..................((((((...))))))................................................................(((((((............(((.((((((((....)))))))))))...........)))))))..........((((..............))))....................(((((((((.....)))))))))..............................................((((((((((((((............(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))............))))))))))))))....................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................(((((((((.......(((..........)))........)))..)))))).................................................................((((((.((((......(((((............))))))))).))))))......((((.......................)))).......................((((..(((.....))).))))..................................((((((((.......))))))))...................(((......)))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))...................((((....((((...))))..))))..............(((((((((((((....)))).)))))).))).......................................................................................................................................................................................................((((((......))))))................................................................................(((((((((((((....))))))))))))).....................(((((((..((((((.......((.((((((((((((((((.(((........))).)).))))))))))))))....(((....)))...))......))))))..))))))).......................((((.........))))............................(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((((.(((.((((..(((((.(((((.......)))))..)))))..)))))))..((((((((.....))))))))...)))))..................................................(((.((((((((....(((.......((((((((....))))))))....))).....)))))))))))...((((.((((((..........))))))....................((((((((.......)))))))).......)))).........................((((((((...(((((((((((((((((((..(...(((((((((((((((...........)))))))).)))))))...)..)))))))))))))))))))..)))))))).................(.(((((....))))).)........... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((.....))))))...........................((((((..((((((((((..........(((((...(((((.(..(((.........)))..).)))))))))).............))))))))))..))))))..........((((((.((((.......(((((.....)))))......)))).)))))).((.........(((((....)))))........))...(((((((..(((((.......((((.((((.....))))))))..................................(((((((((.....)))))))))...(((((....))))).((((((.......))))))((((.((.((((........)))).)).).)))......(((.((.(((((......(((...(((((......))))))))..............(((((((((.(((....)))..)))))).))).(((((((((...................)))))))))..............))))).)).)))................(((((((..........)))))))..................(((((((((...(((((.(((((((((((((....)))))..))))))))..)))))(((...(((((((.(((..(((((((......)))))))..))).))))))))))....((((((..............))))))((((((...))))))..............................(((((((((...(......(((((((.....)..))))))......)...)..))))))))...(((((.((((((((((.(((........)))))..)))))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).....................))))))))).((((.........)))).......................((((((((..((((((.(((((........)))))))))))..))((((.((((.((((.....)))).)))).))..))...))))))...............................(((.((((.....)))).))).(((((................((((........)))).((((((((((..((((....(((((((....(((((.(((((........((((((........)))))).....(.(((((((..................................)))).))).)((((..(((((((((((.......)))))))).)))..))))........((((((...)))))).))))).))))).......))))))).....)))))).)))))))))))))(((((((((..............)))))))))((((((..((((....)))).)))))).......................(((.(((((((..((((..............................(((((((((.....)))))))))..))))))))))))))................(....((((.((..((((((((((.(((..((((.((...(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))...)).))))..))).)))))))))).)).)))).....).....))))).))))))).....((.......))....... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.(((.....((((..(((((((.........(.....(((.(((.((((.(((((((.(((.......)))..(((((....(((.........)))....)))))........))))))).....((((((....(((((((..(((((((((((((.((((......((((...((....))...)))))))).))))))............(((((....))))).............))))))).......((.....((((.((((.....))))))))....)).............((((.((......(.(((((((((.....))))))))).).............((((((((....))))...)))))).)))).(((........))))))))))))))))...)))))))))).)....((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((.(((....)))..))))).))))..((((((((...................))))))))(((((.......((((.....((....)).......)))))))))..)))))))......((((((..(((......((((.....((((((...)))))))))).(((((..(.((.(((((.((.......)).))))).)).)..(((((((.(((..(((((((......)))))))..))).)))))))((((((.((((((..............)))))).)))))))))))........(((((..(....(.(((........((((((((...(((..((((((((...........)))))...))))))....))))))))...(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).................((((((....(...((((.........))))...).))))))))).)...)))))))))))))))(((((.(((((........))))))))))...((((((((.(((((...((((...((((((.(((.......((((....))))....)))...))))))((((.(((((((..((..(((((.......(((((................((((........)))).((((((((.(.((((((................))))))..............((.((((..((((((((((........)))))..(((((((.((...........................(((.((((..(((.(((((((.......)))))))..)))..)))).)))....((((((...)))))))).))))))).........)))...).)))))))..).)))))))))))))(((((((((..............))))))))).(((((..((((....)))).))))).(((.....((.......))....)))...(((((...........)))))..........)))))..((((.((((((.(....)))))))....))))))...)))))))))).))))).(..((.(..((((.((....((((((((.(((..((((......(((((((.(((.((((((.....)))))).)))..)))))))......))))..))).))))))))...)).))))...).))...)..)))))))))))))....))))....)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((().)))))))...............(((..((((...((((((..((((((((((...((.....(((((...(((((.((.(((.........))).)).))))))))))....)).......))))))))))..)))))).).))).)))((((((.((((......(((((((...)))))).....))))).))))))((((........((((((())))))).......))))..(((((((.((((((((((...((((.((((.....)))))))).....................(..........(.(((((((((.....))))))))).)((((((....))))))((((((.(....)))))))((((.((.((((........)))).)).).))).....)(((.((.(((((.(..(((((...((((((...).))))))))))............(((((((((.(((....)))..)))))).))).(((((((((....(((.....)))....))))))))).............)))))).)).)))..((.....)).))).(((((((..........)))))))(((((.............(((((((((...(((((.(((((((((((((....)))))..))))))))..)))))(((...(((((((.(((..(((((((......)))))))..))).))))))))))....((((((..............))))))((((((...))))))............................(.((((((((((.(((((((.(((((((.....)..))))))))).)))).))..)))))))).)((((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))....)..((((((((((.....)))))))))).....................))))))))).((((.........))))........)))))..........((((((((..((((((.(((((........)))))))))))..))((((.((((.(((((...))))).)))).))..))...))))))..............................((((.((((.....)))).))))(((((................((((........)))).((((((((((..((((.(..(((((((....(((((.(((((.......(((((((.((())).)))))))....(.(((((((......(((.((......)))))...........)))).))).)((((..(((((((((((.......)))))))).)))..))))........((((((...)))))).))))).))))).......))))))).)...)))))).)))))))))))))(((((((((..............)))))))))((((((..((((....)))).))))))....(((............)))((((.(((((((..((((((...((..(......)(((())))..)).(((((((((.....))))))))))))))))))))))))))..............((.(..((((.((..((((((((((.(((..((((.((...(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))...).))...))))))))))))))((((.(((.....))).)))).. |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(..........)................((((.((........((((........)))).........))...))))((...................................((((..((....))))))........))..........((......(((((..(......)..)))))))...............(((.........................))).......................((((.(((.......)))))))...........................((.....((((((((.......)))))))).))....(((((.......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((....))).))))))..)))....................................((((((.......((((..((.........)).....))))))))))................................................((((((.((((((((((((((......))))..))))))))))..))))))............(((.(((((((......))))))).)))............................................(((.....)))................................((((((((...................))))))).)...(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((.(((............)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..(.........................).....)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............(.((((....((((..(((((..(((((.....)))))..)).)))..)))).....((((((((.....))))))))...)))))..................((((...........)))).....))))))..(((.(((((((.(.....)......(.((.((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))....................((((((((.......))))))))......)))))).................)))))..(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.((.((((((.....)))))).)).).)))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))...................(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.........))))..........................(((((((((.......((((........))))........)))..))))))....................................((((..((....))))))..................((((......(((((..(......)..)))))))))((((((.......((((.......................))))......))))))...........((((.((.........))))))..................................((((((((.......)))))))).......((((((......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...(((((...))))).))))))............(((.(((((((((....)).)))))))..)))....................................((((((...................................))))))................................................(((((((((((.((((((((((....)))))..))))).))).)))))..)))..((.....(((...((((((......))))))...))).....))....................................(((.....)))...............................(((((((........................)))))))...........((((((...((((((((((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..........))..........((..(((((....)))))...))...........((((....(((((((((......((((.....)))).................(....)..............(((((...(((..(..............)..))).....)))))..)))))))))....)))).................................................(.(((((((.((((..(((((.((((((....).))))).)).)))..)))))))..((((((((.....))))))))...))))).................)))))))...)))))).........))))))..(((.((((((((....(((.......(((.((((....)))).)))....))).....)))))))))))..((((((((((((..........))))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))................))))))(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.((.(((((.......))))).)).).)))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..)............(((.(((((....))))).)))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((...)))))))(((.(((..((((((((...))).))))).....))).))).................((((..(((((((.(((((((......(((((((((((.....))))).....(((.....))))))))).......(((((((((((((.((((.......((((((...))))))......)))).))))))((((........(((((....))))).......))))..)))))))......))))))).))))..)))....))))(((((((........[[[)))).))).......]]]...(((((((((.....)))))))))(((((((((((.......((((((.[[[[[[)))))).......]]]]]]..........................((((.(((((........(((((((((((......))))).................(((((((((.(((....)))..))))).))))...)))))).........((((((((..........))))))))...))))).))))(((.[[[[[[[[......(((..(((((((..........)))))))..))).....))).....(((((((...))))))).]]]]]]]](((((....)))))...)))))))))))..((((...(((((((.(((..(((((((......)))))))..))).)))))))))))...((((((..........[[[[))))))((((((...)))))).........]]]]..............(((.[[[[[[))).(((((....((((((.....))))))......)))))......]]]]]](((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).......[[[[[[[[[[)))..]]]]]]]]]]....(((...(((....)))...[[[[.[[[[[[[....)))..]]]]....]]].]]]]...........((((((....((((((.(((((........)))))))))))..((((((.((((.(((((...))))).))))...)))))).)))))).....................(((......[[[[.[[[[)))..]]]].]]]](((((....(((.........[[[[.)))....]]]].((((((((....((((....(((((((....(((((.(((((.((((((((.....(((.....)))((((....(((((((........((((.(((.............))).))))......)))))))......))))..))))))))(((.(((..........))).)))..((((((...)))))).))))).))))).......))))))).....))))...)))))))))))))(((((((((.....[[[[[[...)))))))))((((((..((((....)))).))))))...........]]]]]](((..((((.(((((((..((((((.....((((....))))...........(((((((((.....))))))))))))))))))))))))))...))).((((..(((....((((.....((((((((((.(((..((((......(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))......))))..))).))))))))))....))))........(((...)))..))).))))..(((.....)))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((...)))))))(((.(((((((((((((...))).)))).)))..))).)))........(((((((..((((..(((((((.(((((((.......(((.((((((.....))))))))).(((.....))).......(((...(((((((((((((.((((.((....((((((...))))))..))..)))).))))))((((........(((((....))))).......))))..)))))))..))).))))))).))))..)))....)))).(((((....(((((..((((((((........(((((.(((((((((.....)))))))))...(((((....))))).((((((.......))))))(((...((((((........)))).))...)))..)))))...))))))))............(((((......)))))(((((((((....((..(((((((((.(((....)))..))))).))))..)).(((((........((((((((..........))))))))........))))).......(((((..(((((((.((.(((((..........))))).(((((......((.((((((((((((...))))))..))))))))..)))))(((((.((((...)))).)))))((((...(((((((.(((..(((((((......)))))))..))).))))))))))).((((((((.....)))))))).......((((((...))))))......)).)).)))))((((((((((((((...)))).)))))))))).((((((.....))))))..((....((((((.....(((((((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).(((((.((((((((((.....)))))))))).........((((...........))))...((((.........)))).(((((.((((((.......(((......))).((((((.(((((........)))))))))))..((((((.(((..(((((...)))))..)))...)))))).))))))...)))))........(((..(((((((...(((.((((.....)))).))).(((((................((((........)))).((((((((((((..((....(((((((....(((((.(((((.......(((((((........))))))).((.(((((((.((.....((((.(((.............))).))))....))))))))).))..((((((((.......)))))))).(((((...)))))....((((((...)))))).))))).))))).......)))))))....)).)))).)))))))))))))(((((((((..............))))))))).(((((..((((....)))).)))))..))).))))))).((((((...((((..((((........))))..))))...))))))......))))).((((((((.....)))))))).......)))))))))))))...)).))))).)))))))))......((((((((((.(((..((((.((...(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))...)).))))..))).)))))))))).))))).....)))))......)))).))).(((((.(((.....))).))))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((...))))))).........((.................cccc))..((((((((....................(((.......................aa)))..........AA........))))))))....CCCC...........((((((.((((......((((...((....))...)))))))).))))))............(((((....)))))..............((((((...((((........(((.((((.....)))))))...................................(((((((((.....)))))))))..................((((((.......))))))(((...((((((........)))).))...)))...............................................................(((((((((.(((....)))..)))))).)))..((((((((........{{{{{{{....))))))))}}}}}}}............................................................((((...............((((((((...(((((.(((((((((((((....)))))..))))))))..)))))......(((((((.(((..(((((((......)))))))..))).))))))).................................((((((...))))))..............................(((((((...............((((.....))))...................)))))))((.(((((.((((((((...(((......)))......)))))))).))))).......<<<<<<<<<<))...>>>>>>>>>>..........(((....))).))))))))..((((.........)))).........))))...........(((((....((((((.(((((........)))))))))))..((((((.((((.(((((...))))).))))...)))))).)))))...........................((....((((((((.............bbbbb................((((........)))).bbbbbbbb............bbbbbbb....bbbbb.bbbb..........bb))))))))....))BB.......................................................(((.((((..(((((((((((.......)))))))).)))..)))).)))....((((((...))))))..BBBB.BBBBB.......BBBBBBB............BBBBBBBBBBBBB(((((((((..............))))))))).(((....((((....))))...)))...............................((((..[[[[.....)))).....................(((((((((.....)))))))))..]]]]...............................((((.((...(((((((((.(((..((((.((...(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))...)).))))..))).)))))))))..)).))))...........))))..))))))...((.(((.....))).)).... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((.((...............((((...))))..(((((((((..((..(((((((....)))))))..))...)))..)))))).................................((((((..(((....)))))))))...............((((......(((((.((......)).))))))))).(((((((((...(((((.(((((....)))))......))))).)))).)))))...........(((((.((((.....))))))))).................................((((((((((...))))))))))......................(((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((....))).))))))).)))..))...............((....................))))..))))).)))).))).)))..((........((.....))...............(((.(((((((.(((.(((...........((.(((((((((((((((((((....)))))..))))))))).)))))))...((((((((.((((((((((((......)))))))))))).)))))))).......................((((((.((((......).))))))))).............((((((((((((((...)))).))))))))))....................((((((((.((((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).))))).....((....))...))))..)..)))))).))))))))..(((....)))....(((((....)))))..................................(((((((..((((((.((((((......))))))))))))..)))...((....))..)))).....................((((....)))).......................((((.((((.....)))).))))))))))...))))))))))...(((....))))).......................((.((((.(((((....))))).)).))..(((((((((((((.((((((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).)))))))))....(.(((.((.((((..((.(((((((((.....)))))))))..))..))))).)..((.((((((...))))))))....))))..(...(((....)))..)................(((((....)).)))..((.((((((((..((((((...(((((.(((((....))))))))))).)))))...))))))))))...((((((.(((((..........))))).....(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).)))))))).))..((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((.((.(((.....))).)).)))).)))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))).............))..((((((((....)))))))))))))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((...))))))).........((((((((...)))).))))..((((.(((((((....((((.......)))).(((((....(.............)....))))).)))))))))))...(((.....)))...((.(((.....))).))((((((.((((.((....((((((...))))))..))..)))).))))))............(((((....))))).....((((((..(((((((.(((((((.(((((((....)))).)))....((((..................................(((((((((.....)))))))))...(((((....))))).((((((.......))))))(((...((((((........)))).))...)))......((((.(((((......(((((...(((((......))))))))))............(((((((((.(((....)))..)))))).))).(((((((((...................))))))))).........))))).)))).((....))..........(((.(((((((..........))))))).)))...............((((((...))))))(.(((((((((((((....)))))..))))))))..)...((((...(((((((.(((..(((((((......)))))))..))).)))))))))))..(((((((.....)))))))........((((((...))))))..........(.(......).)........(((((((.((.((((.....((((((.....)))))).......)))).))...)))))))((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....)).((((((((((.....))))))))))...........((....))....((((.(((((((.........))))....))).))))........(((.(((((....((((((.(((((........)))))))))))..((((((.(((..(((((...)))))..)))...)))))).))))))))................(..(((((((...(((.((((.....)))).))).(((((................((((........)))).((((((((((((..((....(((((((....(((((.(((((.......(((((((........)))))))....(((((((.((.....((((.(((.............))).))))....))))))))).....(((((((((....).)))))))).(((((...)))))....((((((...)))))).))))).))))).......)))))))....)).)))).))))))))))))).((((((((..............)))))))).((((((..((((....)))).)))))).))).))))...)((((((...((((..((((........))))..))))...))))))...........(((((((((.....))))))))).......).............................((((.((..((((((((((.(((..((((.((...(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))....))))..))))))))))))))....))).)))............ |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((.............(((.......(((.....)))...).....)).((......((((((((......))))))))))(.((((((((.....((((.......................))))...)).)))))).).......(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).)))))))))).(((..(((((((...((((...))))).))))))).).....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((((.......(.(((..(((.........(((..((..((.(....((.....)....)...).))))))).((....))((....)).(..(((.(((((......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((.....)))....))......)))))..))).........(((((((((((...............))))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))......(...)((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....))..))).(((((((..((((....))))...))))...........((((((((((((((.....))))(((.((((((....(..(((.(..(..(((....)...))(...(((..(((((.....((....(((..((....))..)))..)).)))))..)))))((((...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((....))))).))))))..)))))))..((((((((.....))))))))...))))))....)).))))....).((((...(.....).)))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((.............))))))).)))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((((((..((((.(((((((((((.......((.(((((((((.((..........(((.......)))...)))))..))))))........(((......((....((((..............((........(((.....))).........)).((......((((((((......))))))))))((((((((((.....((((.......................))))...)).)))))))).......(.((((...((.....))..)))))..))))...))....))).((.....(((....((((((((.......)))))))))))......((((((.(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...))).......((.((....))))...))))))..(((((...))))).)).)).))))........(((((((((((........)).)))))).)))......((..(...........)..))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((...........((.................(..((((((.((((.........).....))).)))..))).).......(((((........(((((((......)))))).).......))))).......(((((.......((...((((...))))(((.....)))....))......)))))..............((((((((((.................)))))).))))..((((((((.((((((......(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))).)))))))).))......(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((.((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..))).....)))(((...)))(((..((((....))))...)))..........(((((((((((.((((.....))))(((.((((((.....(((...)))....((((...)).))....(((..(((((..((.(.....(((........))).))).....)))))..)))....((..((((((((...(((..(((((.((((.....))))..)))))..))))))))...(((((((((.((((..(((((.(.(...((....))))...)))))..)))))))..((((((((.....))))))))..)))))).........)))......))((...(.....).)))))))).....))).(((.(((((((.....(((.......((((((((....))))))))....)))......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))....)))))((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((.............))))))).)))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....))))))))))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((...(...(((.....(((....(((((.............(((....).((((.....)))...).....)).((......((((((((......))))))))))(.((((((((.....((((.......................))))...)).)))))).).......(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))))..((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((((((.....(.(((..(((.........(((...(.(.....(.((...).............))))))).(......).........(..(((.(((((......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((.....)))....))......)))))..))).........((((((((((.................)))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....))(...)((.((.(((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))...)).....))..))).(((((((..((((....))))...))))...........((((((((((((((.....))))((((.(((((.......(((.......(((....)))((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..)))))))((...))(((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((....))))).))))))..)))))))..((((((((.....))))))))...))))))........)))......((((...(.....).)))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((.............))))))).)))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((((((..((((.(((((((..((((....(((((((((((((.((..........(((.......)))...)))))..))))))........(((......((....((((..............(((....)..(((.....))).........)).((......((((((((......))))))))))((((((((((.....((((.......................))))...)).)))))))).......(.((((...((.....))..)))))..))))...))....))).((.....(((....((((((((.......)))))))))))......((((((....((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..)))).((.((....))))...))))))..(((((...))))).))))))............(((((((((((........)).)))))).)))......((..(...........)..))))))....((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((...........((....................((((((.(((................))).)))..))).........((((.........(((((((......)))))).)........)))).......(((((.......((...((((...))))(((.....)))....))......)))))..............(((((((((.................)..)))).))))..((((((((.((((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))).)))))))).))......(((((((.......((((.........))))....))))))).(....(...(((.((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..))).....)))(((...))).)..)((((....))))....((..........(((((((((((.((((.....))))(((.((((((.........(((.....)))((...)).(((((.(((..(((((..((((......((........))..))))....)))))..))).((.((((((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((((((.((((..((((((..(...((....)))...))))))..)))))))..((((((((.....))))))))..)))))).........)))....))))))........))))))))))).....))).(((.(((((((.....(((.......((((((((....))))))))....)))......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))....))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((.............))))))).)))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).))..)))))))))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.(((((((...)))))))).......(((((((((...)))).)))).)((((.(((((((....((((.......)))).(((((.......................))))).)))))))))))...(((.....)))......(((.....)))...((((((.((((.......((((((...))))))......)))).))))))..(((.......ccccc)).)CCCCC....((((.....(((((((.(((((((.((((((([[.[)))).)))...]]]...............................((((.(((((((((.....)))))))))...(((((....))))).((((((.......))))))(((...((((((ggg.....)))).))...)))......((((.(((((.......((((...((((((...).))))))))){{{{{........(((((((((.(((....)))..)))))).))).(((((((((........hhhhhh.....)))))))))HHHHHH...))))).)))).......................(((((((..........)))))))...................((((((GGG))))))..(((((((((((((....)))))..))))))))......((((...(((((((.(((..(((((((......)))))))..))).))))))))))).((((((((.....))))))))((((...((((((...)))))).....))).).......((((.........<<<<<<<....<<<<)))).((((((.....)))))).......>>>>......>>>>>>>((((((((.((((((((((.(((((...).))))))..)))))))).))))).fff)))((((((((((.....))))))))))..........aaa))))AAA...((((.(((((((.........))))....))).))))........((.((((((....((((((.(((((........)))))))))))..((((((.((((.(((((...))))).))))...)))))).))))))))(((......)))..(((..(((((((...(((.((((.....)))).))).(((((.....(((...)))..((((((...)).)))).(((((((((((..((((((.(((((((....(((((.(((((.......(((((((........)))))))....(((((((.((.....((((.(((.............))).))))....)))))))))...(((((((((((....).)))))))).))(((...)))......((((((...)))))).))))).))))).......)))))))))).)).)))).)))))))))))))(((((((((..............)))))))))((((((..((((....)))).)))))).))).))))))).((((((eee((((..((((....dddd))))..))))...))))))........FFF(((((((((.....)))))))))..DDDD.............EE.E........}}}}}.((((.....((((((((((.(((..((((......(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))......))))..))).))))))))))....))))..........))))))))))))))bbbb....)))).....BBBB.. |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........(((((......((((...((((((...............................(((((((((((((........................................(((....)))(((.....)))))))......((((......(((((..((....))..)))))))))((((((.......((((.......................))))......))))))...........((((..(((.....))).)))).....))))).....((((........(((....((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))......((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))................(((((((((....)))).)))))................................................))..))))).)))).(((((.((((.....)).(((.....)))..........)).))))).........))))))..................................................................................................................................)))).........))))((.....))............)))))).............(((..............(((.....................(((((((..((((((..(..((.(((((((.((((((.....((((......))))......)))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((...(((((..((..........))..))).))(((((((..(((..((.((((.((.((((((.................(((....))).(((((.(((..(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))..))).((.((((((((((((...(((..((((..((((.....))))...))))..)))))))..(.(((((((((.((((..((((......................))))..)))))))..((((((((.....))))))))..))))))).......))))....))))))........))))))))))).))...)))).))((((((((....(((.......(((.((((....)))).)))....))).....)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((((((..(((..((....(...((((((((....(((...........)))....).)))))))...)....))..)))..)))))))...)).))))..))))...))))).((((.(((((....))))).))))........ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..((((....(((((......(((((((.....)).)))))..((((.(((((((....((((.......)))).(((((..(.((..(.....)..)).)..))))).))))))))))).....))))).)))).)))).))))......(..((((((.((((......((((...((....))...)))))))).))))))..)..((((...(((((....)))))....(((((((..(((((((.(((((((.(((((((....)))).)))....(((((....(((((.....................(((..(((((((.....))))))).((((.((.((((((..((((..(((..(((((....(((((.((((...((((((..(((((((.........((((((((.(((((........(((((((((((......))))).................(((((((((.(((....)))..))))).))))...)))))).........((((((((.(......).))))))))...))))).)))).((....)).....)))).((..(((((((..........)))))))..))..........)))))))..))))))...(((.(((((((((((((....)))))..))))))))..((((((((((((((((((.(((..(((((((......)))))))..))).)))))))..(..((((((((.....))))))))..)....((((((...))))))......((.((((.(............((((((.(((((..(((((((.(((.((((((..((((....(((((((..((((((..(...((((.((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))).....(((....)))..))))..)..))))))..)))))))..(((....))).....)))).....(((((((((.(((((.....(((((.(..((((..((((..((((...(((((.(((((........))))))))))(((((((((.((((.((((.....)))).))))...)))))).....)))...)))).................(....).(((((((((.((((.(((...((..(((((((((..((((..((((........))))..((((...)))).....))))))))))))).)).....))).))))......))))))))).))))))))..).))))).)).)))...)))))))))..)))))).))).))))))).....((((.((((..(((((((((((.......)))))))).)))..)))).))).)..(((((.....)))))..)))))..(....)...)))))).).)))))).)))))))))))..))).(((((((((..............)))))))))....)))).)))))..))))).)))..)))).............(((..((((.(((((((..((((((.....((((....))))...........(((((((((.....))))))))))))))))))))))))))...))).....)))))).)).)))).))).(((((((((.(((..((((.((...(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))...)).))))..))).)))))))))..))))).....)))))..))))))))))))))....))).))))..)).)).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((....(((.(((((.((((((......((((.((((.((((.((....(((((......)))))......))))))...))))...((.....(((.........................................................................................................................................................................................................................................((..(.((((((.........(((.....((((......((((............)))).))))((((((((.......((((..((((....))))......))))...)).)))))).....(((.((((.((((.....))))))))......((((...((((((.((((((.(((.....(((((((.......))))))).)))...))))))...))))))....))))))).((((...((.((((((........)))).))...))...))))(((((((((...((....((.....(((((...)))))))........((..(((((((..)))))..))..))......(......)....)).)))))))))))).)))))))...))...))).))..((.(((((....(((((.....((((((..((((((((((.(....((.(.....................)))........))))).....((((.....((.((((((.......))))))...))....))))....(((..((((.......((((((((((......(((....)))..)))))))))).)))).......)))(...((((((((.(((.....)))........)))))))).)(((((((...(((((.(....((((((((((((((.((.((((((......)))).))...))))))))))))....(((....)))..)))).)...)))))...)))))))..............))))).)..))))......(((.((....(((...(((........(((.((((((..((((((((.(((........)))))))))))..))).............))).....)))..))).))).).)))).))..))))).)))))...))...(((((..((((((((((.....))))(((.(((((((((....(((((.....(((.....(((.((((((.....(..((((..((((((...........)))))).))))..)....(.((((((.....))..))))...)..............)))))))))..)))...)).))).))))))))).....))).(((.((((((((....(((......((((((((....))))))))....))).....)))))))))))...(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))))))))............)))))(((((((...(((((((..(((..(((.(..(((((((.((.((....))))..)))..))))...)..)))..)))..)))).)))..))).)))).))))...)).)))).......)))))...)))...)))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((............(((....((((.((.....))..))))..((((.(((((((....((((.......)))).(((((..(.((...........)).)..))))).)))))))))))...(((....(((.....................((((((.((((.......(((((.....)))))......)))).))))))............................................................((((.((((.....))))))))..................................(((((((((.....)))))))))....................................................................))).....((((.(((((........(((((.(((((......))))).................(((((((((.(((....)))..)))))).)))....))))).........((((((((.(......).))))))))...))))).)))).......((((((.....(((..(((((((..........)))))))..))).....(.((((..(((((((((...(((((.(((((((((((((....)))))..))))))))..)))))(((((.(((((((.(((..(((((((......)))))))..))).))))))).(((((..((((((((.................((((((...)))))).................(((..(((((((((...)))).)))))..))).)))))))))))))......(((((((..((((((..(...(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))..))))))).))))).......)))))))))..)))).)...)))))).....................((..(((((....((((((.(((((........)))))))))))..((((((.((((.(((((...))))).))))...)))))).))))).))...............)))...))).........))))))))...............................((((...........((..((((((............((((((.....(((((.(((((..................................((((((.((.....((((.((...............)).))))....))))))))......(((((((.........)))))))..................((((((...)))))).))))).)))))........))))))............))))))...))..(((((((((..............))))))))).(((((..((((....)))).))))).))))..................((((.(((((((..(((((......((((....))))...........(((((((((.....))))))))).))))))))))))))))....................((((.((..((((((((((.(((..((((.((...(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))............................................... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..(....(((((((..........((((((((((.........((((((((((((((((....((((.......)))).(((((..(.(((.........))).)..))))).)))))))..(((..(((.(((.((((......(((...(((((((((((((.((((......((((...((....))...)))))))).))))))......((((..(((((....))))).......))))..)))))))..)))..(((((..((((.((((.....)))))))).(((((((((.((((((.((((....(((..((.(((((((((.....)))))))))))..)))..))))..((((......(((((...(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((........(((((((((((......))))).................(((((((((.(((....)))..))))).))))...)))))).........((((..((..........))..))))...))))).))))...((((((.((((((((.(((.....)))........(((((.(((((((((......(((((((((((((((...(((((.(((((((((((((....)))))..))))))))..)))))((((((((((((..(((..((..(((......)))..))..)))..)))))).(((((.(((((...........(..((.....((((((...))))))......))..)..(((((((..(((((((((...)))).)))))..)))..))))......))))))))))...........)))))).))).))))).))))))).(((((.((((..((((((((..((((....))))......(((....)))....))))))))(..(((...((((...(((....)))...)))).)))..)..........)))))))))..)))))))))....(((.(((((....((((((.(((((........)))))))))))..((((((.((((.(((((...))))).))))...)))))).)))))))).......)))))...)))))).)).....(((.((((.....)))).))).))))))......)))))....((((........)))).)))))))))).)))))))..))........))))).......))))))))))..)))))))))))).((((((..(((((((.((.....((((.(((.............))).))))....)))))))))..(((((((((((.......)))))))).)))......))))))..(((((.....)))))..)))))).))))...(((((...(((..(((((.........)))))..)))..((((.((.((((.....)))).)))))).....)))))..))))))))..)))).........((((((...(((..((((.(((((((..((((((.....((((....))))...........(((((((((.....))))))))))))))))))))))))))...)))..(((......(((((((.((..(((((((((..(((..((((.((...(((((((((((.((((((.....)))))).)))).)))))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))...)).))......)))....))))))((.(((.....))).)).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
UACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUACAAGCCCCCAGUGGGCGAAACCGCGAAUGGCUCAAUAAAUCAGUUAUGGUUCCUUAGAUCGUACUAUAUCCUACUUGGAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCACAAUAGCCCCAACUUCACGGAAGGGGUGCUUUUAUUAGAUCAAGACCAAUCGGGGCUUCGGCUCGUCUCUUGGUGACUCUGAAUAACUAUAGCCGAUCGCACGGUCUCGCACCGGCGACGUGUCUUUCAAAUGUCUGCCUUAUCAACUUUCGAUGGUAGGCUAUGCGCCUACCAUGGUUGCAACGGGUAACGGGGAAUCGGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCACUCCCAGCACGGGGAGGUAGUGACGAAAAAUAACGAUGCAGGACUCAUCCGAGGCCCUGUGAUUGGAAUGAGUACACUUUAAAUCCUUUAACGAGGAUCCAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAACUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGCUGCGGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGAUAUGGGUCUCGGUCGGGUGGUGCCGCCUCACGGUGGUCACUGCCUCGAUCGGACAAUUCAUUGGAUCGUUCGGGGUGCUCUUAACCGAGUGUCCUGGGUGGCCGAUACGUUUACUUUGAACAAAUUAGAGUGCUUAAAGCAGGUGCACCGCGCCUGAAUAUCACAGCAUGGAAUGAUGGAAUAGGACCUCGGUCUUAUUAUGUUGGUUUUCUGGACUUGAGGUAAUGGUUAACAGAGACAGACGGGGGCAUUCGUACUGCGACGCUAGAGGUGAAAUUCUUGGACCGUCGCAAGACGAACAACUGCGAACAAGUUUGCCAAGAAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGAGGUUCGAAGGCGAUCAGAUACCGCCCUAGUUCUAACCAUAAACGAUGCCAACCAGCGAUCCGCGGACGUUACUUGAAUGACUCCGCGGGCAGCUUCCGGGAAACCAAAGUGUUUGGGUUCCGGGGGAAGUAUGGUUGCAAAGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAACCUCACCAGGCCCGGACACUGGAAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCAGUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGCGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACUCUAGCCUGCUAAAUAGACGAUGGAUCCUAGUGGUGGAUCGCUCUUCUUAGAGGGACAAGUGGCGUCUAGCCAUAUGAGAGUGAGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUCCUGGGCCGCACGCGCGCUACACUGGAAGAAUCAGCGCGUCCUCCCUGUCCGAGAGGACCGGGUAACCGCUGAACCUCUUCCGUGGUUGGGAUUGGGGACUGCAAGGAUCCCCAUGAACCAGGAAUCCCUAGUAGGCGCAAGUCAUUAGCUUGCGUCGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGAAUGAUUUAGUGAGAACUUCGGACGACUCGCCAGGGCAGCUCCGGGCCGCUCGUGGUGUGGUUGAAAGGUUGUUCAAACUUGAUCCUUUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...[[[.))))).((.(((((((.(((((.........(((.(((..((...(((....(((.......)))...)))))......(((......(((((((...((....((((((............(((((...(((((((.....)))))))....))))).......(((((..((....))..)))))....(((((........(((((...((((....)))).....))))).......)))))..........((((.((((.....)))))))).))))))...)).)))))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((...))))).)))).....)))))....(((((((((.(((....)))..)))))).)))....................................((((((.......((((....................)))))))))).))))))).))..........(((.......((((...((((......(((((.....(((((((((((((....))))).)))))))).....)))))..........((((((.((((((((......)))))))).)))))).....................................................................................................................................(((((((((.((((((((((((((((((((...(((......)))......))))))))))))....(..((....)))))))))))))))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((..((((((((.((((......))))))))))))..))....((....))..))))....))).))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((.....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..((((((((((..(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((((.(((.((((.....(((((.(((.....))).)))))......))))))).....(((((.....)))))......)))))..))))).)))...).))))))).....)))))))...)).)))))))))....(((((((.....(((....(((.((((....)))).)))....))).....)))))))......(((((((((((........))))).)))))).....))))))....((((((((.......))))))))...........)))))))))).))....((.((.(.(((((..(((((((((((((((((..((((((((((((((((((((((((...........)))).))))).)))))))).)))))))..))))))))))))))))).)))))..).))..))....((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((..(((((.(((((..(....(((((......((((((((((.(((((((.........((((....((((......))))....))))..............((((((..((((...((((((((((.....))))....))))))..))))))))))..)))))))....((((((..((((...)))).(((.(((..........))))))....))))))..(((((..(((((((((.((((.....(((....(((((((((.(((((((....((((((((.........))))).))).((((........(((((((((.....))))))))).((..(...((((((...(((((((.....))))))).........(((((......(.((.((........)).)).)..))))).......)))))).(((((......)))))...)..))..........))))...........))))))).)))))))))....)))...(.((((.((((((((...((...(((((.....((((((..(.((((((.((((((((((((...(((.....))).........))))))))))))........((((.(((((((((..(((.((((((((..((((((((....))))).)))..)).))))))))).....(((((.(((..(((((..(((......)))..)))))..)))))))).....((((((((.....)))))))).......(((((((...))))))).))))).))))))))........((((((((....))))))))..))))))...)..)))))).....(((((((.....(.((((((((....))))).))))...(((((.((((..((((((((..((((....))))...((((.......))))..))))))))((((((...((((...(((....)))...)))).))))))..........)))))))))..)))))))...)))))))...((((...(((((((.((((......)))))))))))(((((((((.((((.(((((...))))).)))).))).......))))))...))))....)))))))).)))).)..))))...)))))))))..)))))...))))))))))..........((....))....)))))...)..))))).)))))..)).((((.......(((((((.(((((((.((((((((((.((((.((.(((((..(((((((((.(((((((((((((..((((........)).))...)))))..((((..(((((((....((....))...)))).)))..))))..)))))))).)).)))).)))..)))))(((.((((...((((..((((((....((((...((((((..(((....)))...(((.((((((.((((((.((...(((.((((....)))).)))..))))))))...)))))))))........((((((((....)).))))))....))))))....))))..(((((((((.....))))))))).))))))..))))....)))).)))..)).)))))))))))))).)))))))((((.(((..((((.((...((((((((((((((.((.....)).)))).))))).)))))...))..))))..))).)))).....)))))))....))))......)))((((((((((....))))))))))......)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................((......(((((............)))))))...................................................................((((.((((.....))))))))..................................(((((((((.....))))))))).............................................((((........)))).......................................(((((......)))))....................((((((.............)))))).......................................(((((((...................................)))))))......................................................................................................................................................................................(((((((...))))))).............................((((((((((.................))).)))))))..(((((((((((((((..........((((((((((((((.....................)))))))))))))).........................))))))))))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))......................((((((((...............)))))))).................................................................................................................................................(((((((..............................)))))))............................................................................................(((((.......)))))...................(((((.....)))))................................................................(((((((..............................................)))))))...................................................(((((((((.....)))))))))................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................((((((((.................................))..))))))....................................................................................(((((............))))).....................................................................((((..(((.....))).))))..................................((((((((.......))))))))...................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((.(((((((((....)))).)))))..)))...........................................................................................................................................................................................................((((......))))...............................................................................................((((((((.....................)))).))))............(((((...(((((((((((((((((((......((........)).......)))))))))))).....((....))(((.......)))........................(((..........((((.........)))).......)))..................(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).................(((....(((((((((........................................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))..................................................(((...(((.((((..((((((.((((.......))))..))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))).................)))))))...)))))..................((..((((((((...........((((((((....))))))))...........)))))))).))..(((((.((((((.........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))).........................((((.((....((((((((((((((((((..(...((((((((((((((((.......)))))).))))).)))))...)...))))))))))))))))))...)).))))....................(((((....)))))............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..........................((((..(........(((..........))).........)....)))).......................................(((............)))...................(((......(((((..(......)..))))))))..............(((((....(((....)))......)))))......................((((..(((.....))).))))..................................((((((((.......))))))))....................((......))....((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((........((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((....)))).)))))).)))...............................................))))).)))...........................................................................((((((((....................................))))))))....................((((......))))................................................................................................((((((((((...............))))))).)))...((((((((.((((((......(((.((((((((((((((.(..((........))..)..))))))))))))))....(((....)))...))).....)))))).)))))))).......................((((.........))))............................(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((...(((.((((..((((((((((((....)))))))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))......................................................((((((((...........((((((((....))))))))...........))))))))......((((.((((((.........))))))....................(((((((((.....))))))))).......)))).........................(((((.((...(((((((((((((((((((..(...((((((((((((((((.......)))))).))))).)))))...)...)))))))))))))))))))..)).)))))................((.(((((....))))).)).......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))..((....))............(((((((..................((((.....)))).........................(((......................(((((.....))))))))............((.((((((...((......(((((..((....))..)))))))...)))))).))....(((((.((((((((((...................................((((.((((.....))))))))................((((((...(((((....(((((((((.....)))))))))))))).............(((((((.....)))))))((((.((.((((........)))).)).).))).....))))))............((((...(((((......)))))))))............................))))))))))...)))))................((((((....))))))..................(....)...(((((((((((((...(((.....))).........))))))))))))).......................((..((((((((((((((((((....))))).))))))).)))))).))......((((.(((((((((((((((......)))))))))))))))))))..................................(((((((...))))))).......................((((((((....))))))))...................................................(((((..(((((((...(((........)))....)))))))..))))).((((.......))))...............................................((((.........)))).......................((((((((..((((((((.((((......))))))))))))..)))(((((((..((((.....)))).)))))))........)))))..............................((((.((((.....)))).))))..)))))))...(...((((......((((.(((((((((((((......................................(((..(((((((((((((................(.((((((((.........................................................((.......)))))))))).)............(((((.....))))).............................((((...........)))).............(((.((((((.((((((.((...(((.((((....)))).)))..))))))))...)))))))))........((((((((....)).))))))...............((((.(((((((((.....))))))))).)))).............))))).))))))))...............))).......................................)))))))).....))))).)))).....))))..).........((......))....................((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.(((((.......)))))..((((....(.(.(((..(((.(...(((((..(((((((((....((((.....)))).....................(((((....))))).....................)))))))))..)))))..).))).)))).)....))))........((((((..((((((((((((.(......................((((....(((((..(((((((((................((((.................))))...(((((((((......(((((((.........(.(((((((((.....))))))))).).............((((((((....))))...))))((..((.((((........)))).))...)).....)))))))((((((((......((((((((((......)))))...(((((..(...(((...((((((.(((....)))..)))))).)))...)..)).))).....((((((....))))))(.(((((((.......((((.....((....)).......))))))))))).)..............(((((((.........)))))))......))))).(((((((((((((((((((....))))).)))))))).........................((((((((((......))))))))).)..))))))........................((((...........)))))))))))).........((((..........((((((((....)))))))).(.(((((((((((((............................((.(((((.(((.((((((((...((((......))))....)))))).))..................((((........................))))....((((((....(...((((.........))))...).)))))).....))))))))..))(((...(((((((.((((......)))))))))))...)))))))))))))))))))))...((((((.(((.......((((....))))....)))...))))))....))))))))))))))))))..)))))((((((((..............((((.............))))..(((((((.........(((............)))...)))))))...((.((((..((((((((.(((((.(((((((...((....(.((((.......)))).)..))..))))).)).)))))..........(((((.......)))))((((.((((..........(((((.....)))))..))))..))))...))).)))...).)))))))..........)))))))).(((((((..............)))))))...))))((((....))))(((....)))..).))))))))))))))))))..((((((((....)).)))))).............)......(((((((((.....)))))))))......((((................(.(..((.(..((((.((........((((.(((..((((..(....((((((((.((((.((.....)).))))..)))).)))).....)..))))..))).)))).......)).))))...).))...)..)..(((((((((....)))))))))))))..... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).((((()))))...(.....)(((((((((................((((....((((......))))....))))........((((..((((............))))(((((.....))))))))))......(((.((.((((((.(.((......(((((..((....))..))))))).).)))))).)).)))((((((((((((((((...((((...(((.................)))..((((.((((.....))))))))(((((((.......(.(((((((..(((((....(((((((((.....))))))))))))))(.....)......((((((((...))))))))((((.((.((((........)))).)).).)))....)))))))))))))))...(((((...(((((......))))))))))...................))))....)))))))))))..)))))................((((((....))))))((......((((....((((())))).(((((((((((((...(((.....))).........))))))))))))).....))))......))......(((.((((((((((((((((((....))))).))))))).))))))))).....(((((.(((((((((((((((......)))))))))))))))))))).......(((((.......)))))((((.....(((((((...)))))))........))))......((((.((((((((....)))))))).))))....................((((((((..((((((......(((((((((..(((((((((.((((......))))))..)))))))..))))).((((.......)))))))).....))))))..)))).......(....)((((((...(...((((.........))))...))))))))))).........((((((((..((((((((.((((......))))))))))))..))((((((((..(((((...))))).))))))))......))))))..............................((((.((((.....)))).))))..))))))))((((..((((.(....((((.(((((((((((((..((((.............(((((((....)))))))(((((((((((((((((((.(((...........((.(((((((((((((..(((.........)))......)...................................)))))))))))).))....((((((.(((((.....))))).)).............((((()))))...((((...........))))(((....)))(..(((.((((((.((((((.((...(((.((((....)))).)))..))))))))...)))))))))).(((...((((((((....)).))))))....)))((....))((((.(((((((((.....))))))))).))))..)))).)))...))))).)))))))))(((.......)))))))).......(......).............))))......)))))))).....))))).))))....))))).))))....((((((....))))...................((((((((((....))))))))))..)).... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................((((.((........((((........)))).........))...))))((.....................................((((..((....))))))........))..................(((((..(......)..)))))..................((........................)).......................((((.(((.......)))))))...........................(((....((((((((.......))))))))))).....((((.......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((....)).)))))))..)))....................................((((((.......((((..((.........)).....))))))))))................................................(((..((((((((((((..(((......)))...)))))).)))))).)).).............(((.(((((((......))))))).)))............................................(((.......)))...............................(((((((((...................))).))))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(.(........).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............(.((((....((((..(((((.(.((((......)))))..)))))..)))).....((((((((.....))))))))...)))))..................((((...........)))).....))))))..(((.(((((((.(.....)....(((.((((....)))).)))............))))))))))..(((((((((((...........)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......)))))).................))))...(((((.((...((((((((..(((..((((..(...(((((.(((((..(((((...)))))..).))))..)))))....)..))))..)))..))))))))..)).)))))...................(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).............((.....))...(((((((((.......((((........))))........)))..))))))......................................((((..((....))))))...................(((......(((((..(......)..))))))))..(((((.......((((..((...........)).....))))......)))))...........((((.((.........))))))..................................((((((((.......)))))))).........(((.......((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((....))).))))))..)))...............................................))))).))))...................((.......))............................................(((...((((((((((((((((......)))).))))))).)))))))...)....((((......((((((((((......)))))))))).....))))........................((((((.......((.......))..))))))........................(((((((((...................)))))).)))...........((((((...((((((((((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).))).........((((((((((.....))))))))))((((((.((((......(((((((...(...((((.........))))...))))))))............(....(((..((((((((.(............)))))))))..)))...((....))..........)..(((......((..(((((....)))))...))....)))....((((....(((((((((.....(((((.....))).................((....))........))...(((((...(((..((............))..))).....)))))..)))))))))....)))))))).)))))).....((((((...((......))..............(.(((((((.((((..((((..(((((.......))))...)))))..)))))))..((((((((.....))))))))...)))))......))))))...)))))))))...)))))).................(((.(((((((......(.....(((.((((....)))).)))....).......))))))))))..((((((((((((.........))))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......)))))).................)))(.(..((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((.(((...))).)))).))))).)))))....)..))))..)))..))))))))..)).))))...).)..........(((.(((((....))))).)))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((....(((((.(((((.((((..((((((((...))).))))).))))..((((........((((((((((((((....))).....(((((..........(((((((.....)))))))...(((((.....))))).(((((((.((((.((((((((((...........(((((...(((...)))))))).....))))))(((((((.......((((....))))...)))))))..)))))))).)))))))(((((((((.(((((((((..((((((((.........))))).)))........((((.(((((((((.....))))))))).(((((...((((((...((((((((...))))))))(((.....((((........))))......))).......................)))))).(((((......)))))...)))))))))........))).(((....))))))))).)))))))))..))))).........((((((....))))))))))))).))))..((((((((..((((((((((((((((...(((.....))).........))))))))))))).....)))....(((((((((..(((.((((((((((((((((((....))))).))))))).))))))))).....(((((......(((((.((((......)))).))))).....))))).....((((((((.....)))))))).......(((((((...))))))).))))).)))).......((((.((((((((....)))))))).))))(((((((((...(((((...(((((((...(((.((((((((....))))).))).....((((.((((............((((....)))).......(((((....)))))......(((((((...((((...(((....)))...)))).))))))).........)))))))))))))))))).........((((((....((((((((.((((......))))))))))))....((((.((((.(((((...))))).)))).)))).....))))))..((((((....((((.....)))).....((((.((((.....)))).)))).)))))).......)))))..))))))))).))))))))..))))))))).)))))...)))...((((....))))..........((((((((..(((.(((((((((........))))))....((((.(((.............))).))))....))))))....(((......[[[[)))......]]]]...........((((((....(((((((((.........[[[[[[[...........[[[[..[[[[)))))))))..]]]]..]]]]...]]].]]]]((((((.((((((......(((.((((....)))).)))....))))))...))))))....((((...((((((.....[[[.))))))....)))).....]]]....(((((((((.....)))))))))......))))))............)))))))).((((((...[[[[..........)))))).....]]]]((((((.....(((((((((((.((((....)))).)))......))))))))...[[[[.((((....))))......))))))..]]]].((((((((((....))))))))))........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((((((.(((((.((((..((((((((...))).))))).)))).(((......))).((((((((((((((....))).....(((((.......(((.((((((.....))))))))).(((((.....))))).(((((((.((((.((((((((((...((......(((((..((....))..)))))))...))))))......(((((..(((((........))))))))))..)))))))).)))))))(((((((((.(((((((.....((....((((((((...(((.(((((...(((((....(((((((((.....))))))))))))))....)))))))).(((((((.....)))))))(((...((((((........)))).))...)))..))))))))....)).((...((((((...((((......))))))))))..)).........((((.......))))))))))).)))))))))..))))).........((((((....))))))))))))).))))..((((((.(((.(((((((((((((((...(((.....))).........))))))))))))).....)).(((.(((((((((..(((.((((((((((((((((((....))))).))))))).))))))))).....(((((.(((((((((((((((......)))))))))))))))))))).....((((((((.....)))))))).......(((((((...))))))).))))).))))))).........((((((((....)))))))).((..(((((((((...(((((....(((((((..((((((......((((.((((..(((((((...((((......))))....)))))))..))))..((((.......)))))))).....))))))..))))))).((((...........))))...((((.........)))).(((((.((((((((.....(((......))).((((((((.((((......))))))))))))...(((((((((..(((((...))))).)))))))))...))))))))...)))))..........(((((((.....((((.((((.....)))).)))).....)))))))..)))))..))))))))).))...)))))))))))))).))))))))).(((((((((....)))))))))....(((((((((((((.(((((((.(((((.(((((((((.(((((.(((......)))...)))))))...))))).)).)))))...))))...(((((.......))))).((((....))))(((((((.(((((((((((.(((...........)))...)).))).))))))))....)))))..(((.((....))))).(((.((((((.((((((.((...(((.((((....)))).)))..))))))))...)))))))))...(((((.(((((((....)).)))))....((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))).)))...))))).)))))))).....((((.((..(((((.((((.(((..((((.((...((((((((((((((.(((...))).)))).))))).)))))...))..))))..))).)))).))))).)).))))...((....)).)))).((((((((....)))))))).......... |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((.(((((..............(((...((((((((..((............((..(((...........................................................((((.....))))...................((((((...(((......((((............)))))))...)))))).............)))aa))..AA((..(((((((((.................(((((((((.((((((.............((..(((......bb(([[...(((((....(((((((((.....))))))))))))))......)).....((((((((...))))))))(((...((((((........)))).))...)))..)))]]))BB.............(((...(((((......))))))))...............................)))))).)))))))))................((((((....))))))...........(((((((((.(((((((((((((((((((...(((.....))).........))))))))))))........................(((.((((((((((((((((((....))))).))))))).))))))))).....(((((.(((((((((((((((......)))))))))))))))))))).........................((......(((((((...))))))).........))............((((((((....)))))))).)))))))...))))))))).......................................((..........{{{{{{{{{{{{{..{{{{))..}}}}...((((.......))))..}}}}}}}}...}}}}}..(((...(((....)))...))).....((((.........)))).......................((((((....((((((((.((((......))))))))))))...(((((((((..(((((...))))).))))))))).....))))))...............................ccc..)))))))))..))CCC.)))))))))).))).......((((...((......))))))...))))).)))))))))...((((((......))))))......(((((((((((((..................(((((((..((.....................................................<<.......))>>))))))).......((((....((((.....))))..................................................................((((((.((((((.((...(((.((((....)))).)))..))))))))...))))))...........((((((((....)).))))))....................(((((((((.....))))))))).......)))).......))))).)))))))).........................................(((.(((((((((.((.....)).)))).)))))..)))....................................................(((((((((....)))))))))......... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.((((((((.((..........((((((((...)))).))))..((((.(((..(((((((....)))))))..))..))))..)..((((..................................(((((((..((....))))))))).....))))......((((......((((((.(......).)))))))))).((((((......(((((.(((.(......))))....)))))....).)))))..........((((((.((.(....))))))))).................((((..((((((....((((((((((...))))))))))))))..)).)))).....................((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).........(..(((((((((((((....))).))))))).)))..)........................................))..))))).)))..((....)).((.......(((.(((((((..........))))))).))).......................((((.(((((((((((((.((((....)))).).)))))).))))))))))...((((((.(((.((((.((((((......)))))).)))).))))))))).......................((((((.((((.........))))))))))......(((((..((((((((((((((....))))))))))))))....................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))...((....))..(..(((((....)))))......)....................)))))..(((((((..((((((((.((((......))))))))))))..)))..(((....))).))))....................(((((....))))).......................(((.((((.....)))).))).......................(((....))))).......................((..(((..((((....))))..)))...((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(.(((((((.((((..((((....(((...........))).))))..)))))).).((((((((.....))))))))...)))))).............((..((((..(((...)))))))..)).........(((.(((((((((((((.(....((((((((....))))))))...))))))..)))))))))))..((((((.(((((.........))))).....(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).))))))))))).(((((.((..((((((((((.(((..((((......((((((((((((.....(((....))))).)))))).)))).......))))..))).)))))))))).)).)))))............))..((((((((....)))))))))))))))).) |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((..........((((((((...)))).))))...(((.(((..(((((((....)))))))..))..))))...((((((..................................(((((((..((....))))))))).....))))))..............(((((..((....))..))))).....(((((((.....(((((.((..((....)).))....)))))...)).)))))..........(((((((......))....)))))................(((((....((((....(((((((((.....))))))))))))).....)))))..............(((((.((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).........(..(((((((((((((....))).))))))).)))..)........................................))..))))).)))...(....)..(.....)..(((.(((((((..........))))))).)))..............))))).....((.(((((((((((((.(((((....)))).).))))).)))))))))).....((((((.((.(((((((((((......))))))))))).))))))))........(((((.....)))))..(((((.((((.........)))))))))......((((((...(((((((((((((....)))))))))))))..((.((((((..........((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))..(((....)))....(((((....))))).......))).)))....)).......))))))..((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..))).................(((.(((((....)))))..)))....................(.((((.....)))).).........................(((....))).........................(((((((.(((((....))))).))).)...((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....))))).))))).))))))))..(.(.(((((((.((((..((((.(..(((((....))...))))))))..))))).))..(((((((.....)))))))....))))))............(((..((((..((.....))))))..)))........(((.(((((((((((((......((((((((....))))))))....)))))..)))))))))))..((((((.(((((.(......))))))..(.((((((....))))))..((((((((.....)))))))).).....)))))))))...))))).))))))).))).(((((.((..((((((((((.(((..((((......(((((((((((.((..((...))...))).))).))))))).......))))..))).)))))))))).)).)))))............)))..(((((((....))))))).)))))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((((((.(((((.((((..((((((((...)))).)))).)))).(((......))).((((((((((((((....))).....(((((.......((.(((((((.....))))))))).(((((.....))))).(((((((.((((.((((((((((...((......(((((..(......)..)))))))...))))))......((((....((((....))))......))))..)))))))).)))))))(((((((((.(((((((......(..(((((((.......(.(((((((...........(((((((((.....))))))))).(((((.....)))))..(((((((.....)))))))(((...((((((........)))).))...)))....)))))))))))))))...(((((...(((((......))))))))))................)...........))))))).)))))))))..))))).........((((((....))))))))))))).))))..((((((.(((...(((((((((((((...(((.....))).........)))))))))))))........(((.(((((((((..(((.((((((((((((((((((....))))).))))))).))))))))).....(((((.(((((((((((((((......)))))))))))))))))))).....((((((((.....)))))))).......(((((((...))))))).))))).))))))).........((((((((....)))))))).....(((((((((...(((.(.....(((((...((((((......(((.(((((..(((((((...((((......))))....)))))))..)))))..(((.......)))..))).....))))))...)))))...(((....)))...((((.(((((((.........))))....))).)))).........((.(((((.(..((((((((.((((......))))))))))))..)(((((.(((..(((((...)))))..)))))))).....)))))))..(((((......................((((.((((.....)))).)))).)))))........).)))..)))))))))......)))))))))))))).))))))))).(((((((((....)))))))))...((((((((((((((.(((((((((((..(((.(((((.(((((((.((........(........)..........))................(((((.......))))).((((....)))).))))))).)).)))..)))..))))))))...........((.((((..((((...........))))..)))).))....(((.((((((.((((((.((...(((.((((....)))).)))..))))))))...)))))))))...(((((.(((((((....)).)))))....((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))).)))...))))).)))))))))....((((.((..(((((.((((.(((..((((.((...((((((((((((((.(((...))).)))).))))).)))))...))..))))..))).)))).))))).)).))))............)))).((((((((....)))))))).......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((...............(((....(..(((.....)))..)).....)).((......((((((((......))))))))))(.((((((((.....((((......................))))...)).)))))).)......(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).)))))))))).(((..(((((((...((((...))))).))))))).).....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((((((.....(.(((..(((..........((..(((..(.(.....(...)..(.....)..).).)))))..((....))((....)..).((((((((((......))))).))))).............((((((((.......((...((((...))))(((......))).....))......)))))..))).........((((((((((.................)))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....))(...)((.((.(((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))...)).....))..))).(((.(((..((((....))))...)))............((((((((((((((.....))))((((.(((((.......(((.(.....(((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...)))((((......((..((....))..)).((......))(....)))))....(((...(((.((((..(((((((((...((....))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))........))))......((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((....(((.((((....)))).)))....))).....))))))))))...((((.((((((.........))))))....(.(((....))).((((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((.........))))).))))).)))))...)...))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(...).((((((((((..(((((((((((.((((...))))..((((((((........((....(((.......)))...)).))..))))))........(((......((....(((......(........((((........(((.....))).........)))).......(((((..((....))..)))))..((((((((((.....((((......................))))...)).))))))))......(.((((...((.....))..)))))..))))...))....))).((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))........((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))..((.((....))))..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((....)))).)))))).)))......((.................))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((.(.........((((.(((((......(((((.(((..(.((.((.(.........)).).)).)...))).)))))...............(.((((((((......)))))))).).................((....).........)((((...))))(((......)))................................(((((((((((...............))))))).))))..(((.......(((((......(((((((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))))))))).....))))..(((((((.......((((.........))))....)))))))......)...((((((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..))))....)))..((((.(((((..((((....))))...)))...............(((((((((((((((.((((((((...)))))...(((...))))))(((....)...))....))...(((((.(((.(......((........))..))))....)))))..)))))))))...(((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))....(((..((((.((((..(((((...((...).)((.....)))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))........)))(...)..((((..((.....))))))..(......)(..(((.(((((((.....(((....((((((((....))))))))....))).....))))))))))..((((((((((((.........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))).))))((....)))).))))..((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((((.....))))))).))))).)))))...)...))))..)))..))))))))).)).)))))....))))))))))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((.(((((..((....(((.......)))...))........((((.......(((.....(((....(((((...............(((....)..(((.....))).........)).((......((((((((......))))))))))(.((((((((.....((((......................))))...)).)))))).)......(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).).((....)))))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((((.......(.(((..(((..........((..(((..(.(.....(...)(........).).).)))))..(......)...........((((.(((((......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((......))).....))......)))))..))).........((((((((((.................)))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))..........(((.((.(((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))...)).....))).))).(((((((..((((....))))...))))...........((((((((((((((.....))))((((.(((((..............((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((......((..((....))..)).((......))(....)))))....(((...(((.((((..(((((((((...((....))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))........))))))))..((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((....(((.((((....)))).)))....))).....))))))))))...((((.((((((.........))))))....(.(((....))).((((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((.........))))).))))).)))))...)...))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(...).((((((((((..(((((((((((.((((...))))..((((((((........((....(((.......)))...)).))..))))))........(((......((....(((......(........(((((....)..((((.........))))...)))).......(((((..((....))..)))))..((((((((((.....((((......................))))...)).))))))))......(.((((...((.....))..)))))..))))...))....)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))).......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))..((.((....))))..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((....)))).)))))).)))......((.................))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))..(((((((...........(((((.......((....)(((..(...(.((..(.(.........))...)).)....)..)))....................(((((((......)))))))......).............((.((.......)).))((((...))))(((......)))................................(((((((((((...............))))))).))))..((((((((.((((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))).))))))))...)))...(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((..((((((((.(((........)))))))))))..)))...((....))..))))....)))((((....((((..((((....))))...))))...........))))...(((((((((((.((((((((...)))))...(((...))))))(((....)...))....))...(((((............(((..(((......)))..))))))))..))))))))).....(((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))))).(((..((((.((((..(((((....(...)..((.....)))))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))))))))......(((..((((..((.....))))))..)))........(((.(((((((.....(((....(((.((((....)))).)))....))).....))))))))))..((((((((((((.........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))......((....))........(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((((.....))))))).))))).)))))...)...))))..)))..))))))))).)).)))))....))......))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((((((.(((((.((((..((((((((...)))).)))).)))).(((......))).((((((((((((((....)))...(((((((.......((.(((((((..{{{))))))))).(((((.....))))).(((((((.((((.((((((((((...........(((((............))))).....))))))......((((..(.((((....))))).....))))..)))))))).)))))))(((((((((.(((((((.........(((((((.......(.(((((((.(.........(((((((((.....))))))))).(((((.....)))))..((((((((...))))))))(((...((((((.(.....))))).))...)))...))))))))))))))))...(((((...(((((......)))))))))).............((((.......))))))))))).)))))))))..))))).))...}}}((((((....))))))))))))).))))..((((((.(((...(((((((((((((...(((.....))).........))))))))))))).......((((.(((((((((..(((.((((((((((((((((((....))))).))))))).))))))))).....(((((.(((((((((((((((......)))))))))))))))))))).....((((((((.....)))))))).......(((((((...))))))).))))).))))))))........((((((((....)))))))).....(((((((((...(((((....(((((((..((((((......(((.(((((.((((((((((.((((......))))))..))))))).)))))).((((.......)))).))).....))))))..)))))))..(((....)))...........((((.........))))....................((.((((((....((((((((.((((......))))))))))))...(((((.(((..(((((...)))))..)))))))).....))))))))((((((....((((.....)))).....((((.((((.....)))).)))).)))))).......)))))..)))))))))......)))))))))))))).))))))))).(((((((((....)))))))))...((((((((((((((......((((((..(((((((((.(((((((...(((......................)))..........(((.....(((((.(....)))))).[[[[))).]]]].))))))).)).)))).)))..))))))...........((((.((((..((((...........))))..)))).)).)).(((.((((((.((((((.((...(((.((((....)))).)))..))))))))...)))))))))...(((((((((((((....)).))))))......(((....)))....(((((((((.....)))))))))......))))).......))))).))))))))).(((((((.....(((((.((((.(((..((((......((((((((((((((.(((...))).)))).))))).))))).......))))..))).)))).)))))....))))...).)).....))))(((((((((....)))))))))......... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...........)))....................((((...((((((.......................................(((((..........................................(((....)))(((.....))))))))......(((......(((((............)))))............................................((..((((.......................(((.....)))..((((..........................(((....((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))......((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((....)))).)))))....................................................))))).)))).(((((...((.....)).(((.....))).............))))).........)))))).)))).................................................................................................................................))))..))...)))........................)))))).............(((..............(((.....................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))...........))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((.................)))))))..)))...((....))..........)))...(((((..((((...(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....(((....)))((((........(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))..))))((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((.((((...(((......................)))...))))))).........................((...)).......))))))..))))))...)).))).))))))))).))...)))).))(((((((.(.....)....((..((((....))))..))............))))))))))..(((((((((((...........)))))...((.(((....))).)).((.(((((.......))))).))......)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((.(((..(((..((........((((........((((.......))))..........)))).........))..)))..))).)))...)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((.((((...(((.....((((((.((((.(((((((..((((((...........................(((((((((.((((((.........)))))).(((.....)))........................)))))).(((((((..(((((..((((......(((((..((....))..)))))))))..)))))......................................((((................((((...((.....))..))))........................((.(((....((((((((.......)))))))).......((((((......((((....))))..(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((....)))).)))))................................................))..))))).)))).(((((.((((.....)).(((.....)))..........)).))))).........))))))))).)).....................................................................................................................))))....))))))).)))......(((......)))............))))))..............((((.((((...................))))..))))..(((((((..((((((.((...((((..(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))..))))..)).))))))..)))))))...((....))............((((.........)))).))))))).............(((....(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........)))...)))).))))))((((....))))...)))...))))...(((((((((((..(((..((.((((.((.((((((.................(((....))).(((((.(((..(((((....(((..(..((..((....))..)))..))))))))..))).((.((((((((((((......((..((....))..)).((......))......))))..(.(((..((((.((((..((((......................))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))).......))))....))))))........))))))))))).))...)))).))(((((((.(.....)....(((.((((....)))).)))............))))))))))..((((((((((((.........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))....)))))..((((.((....(((((((..(((..((((..(...((((........((((.......))))..........))))...)...))))..)))..)))))))...)).)))).......)))).))))(((.(((((....))))).)))......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((..(((((.(((((..(....(((((......((((((((((.(((((((.........((((....((((......))))....))))..............((((((..((((...((((((((((.....))))....))))))..))))))))))..)))))))....((((((..((((...)))).(((.(((..........))))))....))))))..(((((..(((((((((.((((.....(((....(((((((((.(((((((..((.(((.(((...((((...(((.((((.............(((((((((.....))))))))).(((((..((..(..(((....)))..)..)).(((((((...((((((........)))).))...)))..)))).))))).)))).)))..((((...(((((......)))))...)))).))))....))).))).)).......))))))).)))))))))....)))...(.((((.((((((((...((...(((((.....((((((..(.((((((.((((((((((((...(((.....))).........))))))))))))........((((.(((((((((..(((.((((((((..((((((((....))))).)))..)).))))))))).....(((((.(((..(((((..(((......)))..)))))..)))))))).....((((((((.....)))))))).......(((((((...))))))).))))).))))))))........((((((((....))))))))..))))))...)..)))))).....(((((((.....(.((((((((....))))).))))...(((((.((((..((((((((..((((....))))...((((.......))))..))))))))((((((...((((...(((....)))...)))).))))))..........)))))))))..)))))))...)))))))...((((...(((((((.((((......)))))))))))(((((((((.((((.((((.....)))).)))).))).......))))))...))))....)))))))).)))).)..))))...)))))))))..)))))...))))))))))..........((....))....)))))...)..))))).)))))..)).((((.......(((((((.(((((((.((((((((((.((((.((.(((((..(((((((((.(((((((((((((..((((........)).))...)))))..((((..(((.(...(((((.......))))).))))..))))..)))))))).)).)))).)))..)))))(((.((((...((((..((((((....((((...((((((..(...(.((.(((((...((((((.((((((.((...(((.((((....)))).)))..))))))))...))))))))))))).)..((((((((....)).)))))).)..))))))....))))..(((((((((.....))))))))).))))))..))))....)))).)))..)).)))))))))))))).)))))))((((.(((..((((.((...((((((((((((((.((.....)).)))).))))).)))))...))..))))..))).)))).....)))))))....))))......))))(((((((((....)))))))))......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((.(((.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(......)))).((.(((((.((((((.(.(((.((...(((((.......)))))......)))).)...)))..............))))...)))))............))..((...(((.((((.........((......((((......((((..........)))).))))((..((.(......((..(.......).....))..)))))..(.((((....)..))).......(.......................))..........(.......)............((.((.....(((...((((((.......)))))))))...))...))..........(((.....(...)..))))).)))))))...)).))((((...((.(((......((.(((...((((.((.....((.((((.......((.....................))...........)))))).))......)....((.((((......)))))).................)..........................)).)))....)).....))).....)).)))).(((...((((((((.))))))))....)).)...((..(((....(.((((((((((((((.((((((.....)))).))...))))))))))))).....((....(((((((.......(((((((...(.((...(((....))).))...).)))))))..))))).(((((.(((((((.((((((..(...(((.((((((..(((((((..........)))))))...))).............))).....)))...)......))))))...)))))))..............))))).......................................................((((((..(((((.........................)))))..)))).))..((((((((.....)))))))).............))))(((.((((((((...((........((((((((....))))))))....)).....)))))))).)).).((..(((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))).).))).....)).(..((.((((((...(((..((..(.(..((((((..((....)).)))))).......)...)....)).....)).)....))))))....))......)(.((((((....))))))))))))))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..(((((((((.((((.....))))(((((....(((..((((.((((..((..........................................................................................................................................................................................))...))))...))))........))).((((((...((.........(((((..........)))))...))..))))))....(((.......(((((............))))).)))((((((((......((((..(((......)))......))))...)).)))))).....(((.((((.((((.....))))))))......((((...((((((.((((...(((.....((((((.......)).)))).))).....))))...))))))....)))))))..(((...((.((((((........)))).))...))...))))))))))))).(((...((((((...(((((...))))).))))))(((((((((.(.((.(.(((((((....).))))))).))...)((.((.((((((..(.....(((......(((((((....(((....(((((..(.((....((((((((...(((...................))).......)).)))))).))......(.(...((((((......))).)))..)...).........)).))....((((.(((((...(...(((......))).....).....)))))....))))....(...(((((((((((...............))))))))))).)(((((((...(((((.(....((((((((((((((((.((((((......)))).))....))))))))))))....(((....)))..)))).)...)))))...)))))))(((.((....(((((...)))))........))....)))..((((((..(...(((.((((((..((((((((...............))))))))..))).............))).....)))...).......)))))).))..).).).))).............................................................))))....))).......).........)))...))).....)).....)).))))))).))..((..(((((((((((.((((((((...((((((.......))))))))))).(.(((((((((.((((((((..((...............))....))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...)))))))...)..............((((.....(((......((((((((...))))))))....)))......)))).........((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))).).)))...))))).)))))))))))(((((((...((((((((..(((..(((.(.((((...((((((((..))))).)))))).)...)..).))..)))..))))))))..)))))))...))))...)).)))(((((((((....)))))))))......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((..(((((.(((((.((((..((((.(((...)))..)))).))))..((((........((((((((((((((....))).....(((((................................(((((.....))))).(((((((.((((.((((((((((...((.......((((..(......)..)))).))...))))))(((((((........(((....)))....)))))))..)))))))).)))))))(((((((((.(((((((.....((....................................(((((((((.....)))))))))..................(((((((.....)))))))(((...((((((........)))).))...)))..............................(((((......))))).....................))..........))))))).)))))))))..))))).........((((((....))))))))))))).))))..((((((((.....((((((((...((((..((((...................((((((((......)).)))))).........(((.((((((((..((((((((....))))).)))..)).))))))))).................((((((((((................................(((((.......))))).........(((((((...)))))))....................................................................(((((((.....(.((((((((....))))).))))...(((((.((((...(((((((..((((....))))....(((.......)))...))))))).((((((...((((...(((....)))...)))).))))))..........)))))))))..))))))).......(..(((((....((((((((.((((......))))))))))))......((......((((.....)))).....))........))))).)............................)))))))).)).)))).)))).))))))))................((....)).))))))))..))))))))).)))))..)).((((.......(((((((.(((((((.((((((((((.((((((((......((((..(.((.....((((.(((.............))).))))....)))..)))).......))))......((((((.......................(((((.....)))))..........((((...((((..((((((......((...((((((..(................((((((.((((((.((...(((.((((....)))).)))..))))))))...))))))...........((((((((....)).)))))).)..))))))....))....(((((((((.....))))))))).))))))..))))....))))...)))))))))))))))))))).)))))))((((.(((..((((.((...((((((((((((((.(((...))).)))).))))).)))))...))..))))..))).)))).....)))))))....))))......))))(((((((((....)))))))))......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((..(((((.(((((.((((..(((((((.....)).))))).))))..((((........((((((((((((((....))).....(((((.......(((.((((((.....))))))))).(((((.....))))).(((((((.((((.((((((((((...((......(((((..((....))..)))))))...))))))......(((((...((((....)))).....)))))..)))))))).)))))))(((((((((.(((((((((.((....(((((((.......(.(((((((.((..(((((.(((((((((.....))))))))).(((((.....)))))..(((((((.....))))))).)))))((((((........)))).))........)))))))))))))))))....((((...(((((......)))))...))))..........)).))).(((....))))))))).)))))))))..))))).........((((((....))))))))))))).))))..((((((((.....((((((((...(((((.((((...((((((((((......(((((((((....))).))))))..)))))).(((.((((((((..((((((((....))))).)))..)).)))))))))............)))).(((((((((((..(((....((((..(..(((.((((.((..((..((((..((((..(((((.....(((((((...)))))))........)))))....))))..((((((((....))))))))...(((((((((((((.....(((((((((((.......(((((((......)))).)))....(((((.((((..((((((((..((((....))))...((((.......))))..))))))))(..(((...((((...(((....)))...)))).)))..)..........)))))))))..)))))))......))))....(((..((((((((.((((......))))))))))))..)))))))))))))))).........))))..))..)))))))))..).(((......)))..)))).....)))))))))))).)).))))))))).))))))))................((....)).))))))))..))))))))).)))))..)).((((.......(((((((.(((((((.((((((((((.((((.((.(((((..(((((((((.(((((((((((((..((((........)).))...)))))..((((..(((((((....((....))...)))).)))..))))..)))))))).)).)))).)))..)))))(((..(((...((((..((((((....((((...((((((..(((....)))...(((.((((((.((((((.((...(((.((((....)))).)))..))))))))...)))))))))........((((((((....)).))))))....))))))....))))..(((((((((.....))))))))).))))))..))))....)))..)))..)).)))))))))))))).)))))))(((..(((..((((.((...((((((((((((((.((.....)).)))).))))).)))))...))..))))..)))..))).....)))))))....))))......))))(((((((((....)))))))))......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
|
|
UCCCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUUCAAGCGAAAAAUAAAGUGAAACCGCGAAUGGCUCAUUAUAUCAGUUAUGGUUCCUUAGAUCGUACUUACUACUUGGAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGCGUUGGGCUCCAACUUUCGGGAAGGAGCGCUUUUAUUAGAUCAAAGCCAAUCGAACUCUCGGGUUCGUUUAAUUGGUGACUCUGAAUAACAUUGCUGAUCGCACGGUCUUGCACCGGCGACGUAUCUUUCAAGUGUCUGCCUUAUCAACUGUCGAUGGUAGGUUAUGCGCCUACCAUGGUUGUAACGGGUAACGGGGAAUCAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCACUCCCAGAACGGGGAGGUAGUGACGAAAAAUAACGAUACGGAACUCAUACGAGGCUCCGUAAUCGGAAUGAGUACACUUUAAAUCCUUUAACAAGGAUCCAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUCAGAAUUGUUGUGGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGAUCUCGGUUUCAGGUGAAUGGUGCAUCUUGCGAUGUUUUACUAUUUGCUUGGACGAUUUUGUUGGUUCGUUCAUAGUUCUCUUUACUGAGUGCUUUGAGUGGCCAGCACGUUUACUUUGAAAAAAUUGGAGUGCUCAAAGCAGGCGCUACAGCCUGAACAUUAGUGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGAUCUCGGUUCUAUUUUGUUGGCUUUCGGAGUCGAGGUAAUGAUUAAUAGGGACAGACGGGGGCAUUCGUACUGCGACGUUAGAGGUGAAAUUCUUGGAUCGUCGCAAGACGAACUACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGAAUGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGAGGUUCGAAGGCGAUCAGAUACCGCCCUAGUUCUAACCAUAAACGAUGUCGACCAGCGAUCCGUCGUCGUUAAUUUUAAUGACUCGACGGGCAGCUUCCGGGAAACCAGAGUGUUUGGAUUCCAGGGGGAGUAUGGUUGCAAAGCUGAAACUUAAAAGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAUCUCACCAGGCCCGGACACCGGAAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCGGUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGCGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACUCUGGCCUAUUAACUAGACGUUAUAUCCUAUUAUGGGUUUGACGAUGCUUCUUAGAGGGACGGGCGGCUUUUAGCCGCACGAGAAUGAGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCUGCACGCGCGCUACACUGAAGAAAUCAGCGUGUGCUCCCUAUCCGAAAGGAUUGGAAAUCCGUUGAACCUUCUUCGUGAUGGGGAUUGGGGAUUGCAAUUAUUCCCCAUGAACGAGGAAUUCCAGUAGGCGCGAGUCAUAAGCUUGCGUCGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUCGAGUGAUUUAGUGAGGACUUCGGACUGGUCUUCGAUGUGGCUUUACGGUCGUGUCGUUGUGCCGGAAAGAUGCCCAAACUUGAUUACUUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...[[[.))))).(((.(((((((.(((((.........(((.(((..((...(((....(((........)))...)))))......(((......(((((((...((....((((((.........(((((...(((((((.....)))))))....)))))......(((((..((....))..)))))....(((((........(((((.((((((....)))))).....))))).......))))).........((((.((((.....)))))))).))))))...)).)))))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((...))))).)))).....)))))....(((((((((.(((....)))..)))))).)))....................................((((((.......((((....................)))))))))).))))))))))..........(((.......((((...((((......((((((((..((((((((((((....)))))...)))))))..))))))))..........((((((.((((((((......)))))))).))))))...................................................................................................................................(((((((((.((((((((((((((((((((...(((......)))......))))))))))))....(..((....)))))))))))))))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((..((((((((.((((.......))))))))))))..))....((....))..))))....))).))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((.....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..((((((((((..(((((((((....)))..((((......))))..))))))....(((((.(((.((((........(((((((......)))))))..........))))))).....(((((.....)))))......)))))..))))).)))...).))))))).....)))))))...)).)))))))))....(((((((.....(((....(((.((((....))))))).....))).....)))))))......(((((((((((.........))))).)))))).....))))))...((((((((.......))))))))...........)))))))))).))....((.((.(.(((((..(((((((((((((((((..((((((((((((((.((..(((((((((....)))))))))..))..))))))))))))))..))))))))))))))))).)))))..).))..))....((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((.((..(((((.((.((.(((....(((((......((((((((((.(((((((..........(((................)))...((((((...........(((((((.....))))))).(((((((..(.....).))))))).....))))))..)))))))..((((((((.(((..((...((.((.((((..((((.((........((((((.(((...(((((((......((((((((((...(((((((((((((.((((.....))))))))....((((((...(((.(((((...(((((....(((((((((.....))))))))))))))....)))))))).((((((.......)))))).))))))((((((((((..(((((((.............((((.(((((..((...((((...(((((......)))))...))))..........(((((((((.(((....)))..))))).))))...........((((((((((((....))))))...)))))).))..))))).))))...((((((..((((((..(((.....)))........))))))..)))))).........)))))))..))))))...((((..(((((((((((....)))))...))))))..))))((((....(((((((.((((((.(((.(((......))).))).))))))))))))))))).((((..(.....)..))))))))....(((((......)))))....)))))).)))...((((((((((((((....))))))))))))))...))))))))))......((((((((..(((((......(((((((((..(((((((...((((......))))....)))))))..)))))....(((....)))..)))).....)))))..)))))))).))))))).....)))))))))..(((((((.((.((.((((...(((((.(((...((....))...(((..(((((((((((((....)))))))..))))))..)))...((....))...))).)))))....)))))).)).))))))).................)).))))..)))).)).)).))..)))))))))))..))))))))))..........(((....)))..)))))...))))).)).)))))..))..((..((((....))))..)).((..(((((((((((((.(((.....(((((((((((.((.(...((((.(((.............))).))))..).)))))))))))))..((((.((((......)))).))))............(((((((.(((((.....))))).................((((..((((((((((...........))))....(((((.((((..........((((((..(..(((..((((....)))).))).)..))))))...((((((((.(((((((...((........))..)))))))..)))))))).....))))))))).))))))..)))).........))))))))))...))))).))))))))..)).((((.((....((((((((.(((..((.(.((...(((((...(((..(((((....)))))..)))....)))))...)).).))..))).))))))))...)).))))............))).(((((((((....)))))))))........) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................(((((............)))))..............................................................................................................................(((((((((.....)))))))))....................................................................................................(((((......)))))....................((((((.............)))))).......................................(((((((...................................)))))))......................................................................................................................................................................................(((((......))))).................((((((((((((((....))))))))))))))............................................((((((((((((((.....................)))))))))))))).......((((((((((.....)))))))))).................(((((((.......((((.........))))....))))))).................(((..(((((((..................)))))))..)))(((((....)))))..............................................................................................................................(((((((..............................))))))).......................................................................................((((((((((......))))))))))...................((((((...))))))................................................................(((((((.................((((....)))).................)))))))..........((((((..........))))))...................(((((((((.....)))))))))................................................((((((((((((.................................................................)))))))))))).........................((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))...........................((((..(..................................)....))))..................................((((((..........)))))).........((((((.((((.....(((((..(......)..))))))))).)))))).......(............................)......................((((..(((.....))).))))..........................((((....((((((((.......))))))))))))...............(((......)))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))...................((((....((((...))))..))))..............(((((((((((((....)))).)))))).)))..................................................................................................................................................................................................................................................................((((...((..........))..))))...............(((((((((((((....)))))))))))))....................(((((((..((((((......(((.((((((((((((((.....................))))))))))))))....(((....)))...))).....))))))..)))))))...........(...........((((.........))))........)...................(((..((((((((.(((.........)))))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).........................((((((..........................................................................................................))))))..........................................................(((...(((.((((..((.((((.....................))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))...................................................(..((((((((....(......((.(((((....)))))))....).......)))))))).)....((((.((((((..........))))))...................(((((((((.....))))))))).......)))).........................(((((.((...(((((((((((((..((((..(...(((((((((((((((((......)))))))))))).)))))...)..))))..)))))))))))))..)).)))))...............(((.(((((....))))).)))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((.....................((...(((((((((((((((((...(((((.................................(((((..(((((((............................)))))))..)))))....)))))...)))))))).(((((((.(((((.((...((.((.(.......(((.....((((((((((((....))))))....))))))...)))...............((((.((((.....))))))))..................((((...(((((....(((((((((.....))))))))))))))....)))).....((((((.......))))))((((.((.((((........)))).)).).)))..........((.(((((.......((...(((((......)))))))((((.(.........(((((((((.(((....)))..)))))).)))......)..))))....((((((....))))))...................))))).)).(((((((((((((..((.......))........)))))))))))))..........................(((((((((((((((((((....)))))...))))))))))))))......(((((((.((((((.(((.(((......))).))).)))))))))))))................................(((((......)))))..................(((((((((((((....)))))))))))))....................((((((((.................(((((..(((((((...((((......))))....)))))))..))))).......((((((((((.....)))))))))))))))))).......................((((.........))))...........(................(((..(((((((((((((....))))))..)))))))..)))(((.((((.((((.....)))).)))).))).......)..................................).)).)).)).))))))))))))..))))))))).)).....................................)))))))........(((......))).....(((((((((((((((((...................((((.....(((((((((((.((..................))...)))))))))))((((.((((......)))).))))...)))).....(((((((.((((((...))))))................(((....))).......................((((((((..................))))))))..((.((((....)))).))..............((((((((.(((((((.(((.........))).)))))))..))))))))........(((((((((.....))))))))).....)))))))......))))).)))))))))))).((((.((..((((((((((.(((..((.(.((...((((((..((((((((((....))))))))))..).)))))...)).).))..))).)))))))).)))).))))...............((((((((((....))))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((...((((.((....((((((.((((((.(((...((.(...(((((..(((((((((....(((................)))....((.((((..........)))).)).................)))))))))..)))))..).))..((((((((((((((......((((((.(((....(((..(((........(((((...(((((.((((((....)))))).....)))))........((((((.(.((((..((.((((.....))))....((((((.(....((((((((............(.(((((((((.....))))))))).).............((((((((....))))...))))((..((.((((........)))).))...))...........))))))))....((((((...((((.....)))).))))))...........).))))))..((((((.(((..........)))..)))))).........((((((....))))))..(((((((.......((((.....((....)).......))))))))))).)).....)))).).))))))....................)))))..(.(((((((((((((((((((....))))...)))))))))))))))).....((((((.(((((((.(((.((........)).))).))))))))))))))))...)))....))).)))))).(((.(...(((((......)))))....).))))))))........(((((((((....))))))))))))))))))...))).).)))))))))))....((......(((((((..((((....(((((((....(((...(((((((.(((((....)))))........((((((((((.....)))))))))).....))))))).....((((((....(...((((.........))))...).)))))))))....)))))))....))))(((((((((((((....))))))..)))))))..))))))).....)).....))..)))).))))))((.....((((....))))....)).........(((((.(((((((..((.....(((.((((((.(((................((((.............))))..(((((((((.(..((............))..))))...))))))...((.((((..(((((((.....(((.(((((((.....(((((((((((..........................)))))))))))(((....((((...))))...)))...)))))...........(((((((...)))))).)....)).)))....)).)))...).))))))).....))).)))))).)))........(((.((((((.((((((.....(((..((((....)))).)))....))))))...)))))))))...(....((((((..........))))))....)..............((((((((.(....)))))))))......))...)))))))))).))....(..((.(..((((.((..((((((((((.(((((((((.........)))))).......(((..((((...........))))..)))........))).)))))))).)))).))))...).))...)....((((((((((....))))))))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((.((.(..(((......(((..(((..(((((((((((((((((.(.(((((.((((................))).........(((((..(((((((............................)))))))..)))))..).))))).).))))))))((((((((.(((((.((...((.((.(((((((((((((...((((((((((((....))))))....)))))))).)))).)))..........((((.((((.....)))))))).................(((((...(((((....(((((((((.....))))))))))))))....)))))....((((((.......))))))((((.((.((((........)))).)).).)))..........((.(((((.(.....((...(((((......)))))))((((((.....((..(((((((((.(((....)))..)))))).)))..))..)).))))....((((((....))))))..................)))))).))((((((((((((((..(((.....)))........))))))))))))))....................(((..(((((((((((((((((((....)))))...)))))))))))))))))...(((((((.((((((.(((.(((......))).))).)))))))))))))......((((((..............))))))(((((......))))).................((((((((((((((....)))))))))))))).(.((((............((((((((..........((.....(((((..(((((((.(.((((......))))..).)))))))..)))))...))..((((((((((.....))))))))))))))))))....)))).).(((((...(...((((.........))))...))))))((((((.............(((..(((((((((((((....))))))..)))))))..)))(((.((((.((((.....)))).)))).)))....)))))).............................)))).)).)).)).))))))))))))).))))))))))))..)))..((((.............))))))).).)).)))))))))..((((((((....)))))))).(((((((((((((((((.(((..............(((((.....(((((((((((.((..................))...)))))))))))((((.((((......)))).))))...)))))....(((((((.((((((...))))))..........((....((((()))))...))((...........))(..((((((((..................)))))))).)((.((((....)))).)).........(((..((((((((.(((((((.(((...(....)))).)))))))..)))))))))))..((.(((((((((.....))))))))).))..))))))))))...))))).)))))))))))).((((.((..((((((((((.(((..((.(.((...((((((..((((((((((....))))))))))..).)))))...)).).))..))).)))))))).)))).))))...............((((((((((....))))))))))........ |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(..........).................((((((........((((.........))))................((((..................................((((..((....))))))........))))...............(((((..(......)..)))))..................((..........................))......................((((.(((.......)))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((....)))).)))))..)))....................................((((((.......((((....................))))))))))................................................((((.((.(((((((((..((......)).....))))))))).))))))................(((.((((((......)).)))).)))............................................(((......)))...........))))))..............((((((.((...................)))))).))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(.(.........).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............(.((((....((((..(((((..(.(((((....))))).)..))..)))..)))).....((((((((.....))))))))...)))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....).....(((((((....))))))).............))))))))))..(((((((((((............)))))...................((((((((.......))))))))......))))))........................(((((.((....(((((((..(((..((((..(...((((((..((.((.((((....)))).)).))..).)))))...)..))))..)))..)))))))...)).)))))...................(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.......)))..............................((((((........((((.........)))).......((((.....((...........)).....................((((((..((....)))))))).........(((((..((((.....(((((..(.....)...)))))))))..)))))......((((........................)))).....................((((.((((.....))))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...(((((...))))).))))))............(((.(((((((((....)))).)))))..)))....................................((((((...................................))))))....................))))........................(((((((((((((((((.((((....))))....)))))))))))))))))................(.(((((((......))))))).).....................................................................))))))....((((((((((((....)))))))))))).....................(((((((..((((((......((((.((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(.............)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))................((((....(((((((((......((((.....)))).....................................(((((..................................)))))..)))))))))....))))...........((((................))))..............(.(((.(((.((((..((((((((.((((......)))).)))))..)))..)))))))..((((((((.....))))).)))...))))..................((((...........)))).............(((.(((((((......((....(((.((((....)))).)))...)).......))))))))))..((((((((((((..........)))))).......((....))....((((((((.......))))))))......))))))....................(....((((.((....(((((((..(((..((((..(...((((((..(((.((((((....)))))).)))..).)))))...)..))))..)))..)))))))...)).)))).....)......((((((........))))))............... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))........((((((......((((..[[[[[[....)))).....)))))).........(((....)))..]]]]]].....((((...(((((((.....))))))).[[[[[[[...))))...]]]]]]]...................(((..[[[[[))).........]]]]].......(((((.....((((((((((((....))))))....))))))...)))))...(((((.....((((.((((.....))))))))....[[[[[..))))).(((((...(((((....(((((((((.....))))))))))))))....)))))..]]]]]........(((((((((((.....((((........))))......)))...((((((.....((((....((((((...((((......))))))))))............(((((((((.(((....)))..))))).))))...(((((((.....(((((.........(((((((.....((((....(((....))).((((((..((((((..(((.....)))........))))))..)))))).....)))).....)))))))....(((((((((((((((((((....)))))...)))))))))))))).)))))(((((((.((((((.(((.(((......))).))).)))))))))))))..((((.(((....))).)))))))))))...(((((......))))).......))))......((((((((((((((....)))))))))))))))))))))))))))).....((((((((..(((((......(((((((((..(((((((...((((......))))....)))))))..)))))....(((....)))..)))).....)))))..))))))))..(((....)))...((((.(((((((....[[[[.))))....))).))))........]]]]....(((((.[[[[[[))))).............]]]]]](((((((((.((((.(((((...))))).))))..))).[[[..))))))...]]]....(((....[[[[[[[...)))(((.((((.....)))).)))......]]]]]]]..........(((...........(((((((...)))).......(((((((((((((((....((((((.(((((((((((((((((.(((.....(((((((((((........((((.(((.............))).))))......))))))))))).(((((.((((......)))).)))))...........(((((((.((((((...)))))).(((.............(((((.((((((((((..(((...)))))))....(((((.((((...(((....((((((.....(((..((((....)))).)))....))))))...((((((((.(((((((.(((.........))).)))))))..)))))))))))..))))))))).)))))).)))))..)))....))))))))))...))))).)))))))).........))))))))))........((((((((.......))))))))....)))))).))))).)))).....))).........)))...((((.((((((.....))))))..[[[....))))..(((((((((....))))))))).]]]..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.(((((((.....(((((...............(((((((((((((((((...(((((....(((..(((.(((((..((......)).))))).))).(((.((((((.....)))))))))((((((..........)))))).)))..)))))...)))))))).((((((((.((((.((...((.((.(((((.((((.((........((((((.(((...(((((((..(((((.(((.((((......(((.(.((((.((((.....))))))))))))...)))))))((((((((((((((((....(((((((((.....))))))))))))))...((.....))...(((((...((((((((((.((((((((((.((((..(((((((....((....)).((((.(((((..((..((((((...((((......)))))))))).((.....((..(((((((((.(((....)))..))))).))))..))..))...((((((((((((....))))))...)))))).))..))))).))))(((((((((((((((((..(((.....)))........)))))))))))))).....))).)))))))..)))))))))).(((((((((((((((....)))))...)))))))))).(((((....(((((((.((((((.(((.(((......))).))).)))))))))))))))))).((((((..............))))))(((((......)))))..(((......)))...((((((((((((((....)))))))))))))).))))))))))))))....))))).)))))).)))))(.((...(((((..(((((((...((((......))))....)))))))..)))))...)).)((((((((((.....))))))))))....)))))))))))).....))))))))).((((.........)))).(((((.((((((((.......(((.....))).((((((((((((....)))))))..)))))....(((((.((((.(((((...))))).)))).)))))..))))))))...)))))..........)).)))).))))).)).)).)).))))))))))))..)))))))))))))).....)))))....)))))))).((((...)))).......(((.(((((((((....)))))))))(((((((((((((((((.(((.....(((((((((((.((.....((((.(((.............))).))))....))))))))))))).(((((.((((......)))).)))))...........(((((((.((((((...))))))...(((.((........))..))).....((((...........)))).((((((((..................))))))))(((((((((((((((..(((....))).....)))..)))).)))))))).((((((..........))))))...((..((....)).)).(((((((((.....))))))))).....))))))))))...))))).)))))))))))).((((.((....((((((((.(((..((...((...(((((...((((((((((....))))))))))....)))))...))...))..))).))))))))...)).))))...))).(((.....((((((((((....)))))))))).....))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((.((.................(([[..[[[[[[[[[..((((((...(((((.............................................................................................)))))...))))))..[[[[[[[[[.[[[[.[[...[[.[[...........[[.....((((.((((((....))))))<<...)))).[[..(((........(((((...((((((.(((((.((.................((((((((((...(((((....(((((((((.....)))))))))))))).............((((((.......))))))(((...((((((........)))).))...))).....))))...)))))).....((((...(((((......))))))))).............(((.(((((.(({{....))..)))))..)))...}}............((((((....))))))........))))))).))).)))))))).........................................................................(((((((((((((((((((....)))))...))))))))))))))......(((((((.((((((.(((.(((......))).))).)))))))))))))................................(((((......)))))..................(((((((((((((....)))))))))))))......)))))]].......((((((((.((((((......(((.(((((..(((((((.....................)))))))..)))))....(((....)))...))).....)))))).))))))))..>>...................((((]].......))))..................................(((((((((((......)))))..))))))..........((((.(((.......))).))))................................................]].]].]].]]]]]]]]]]]]].]]]]]]]]]]]........((((.............))))......)).)))))))))...((((((......))))))..(((((((((((((((((.(((..............((........aaaaaaaaaaa.((..................)).))AAAAAAAAAAA((((.((((......)))).))))............(((((((.((((((...)))))).............................((((...........)))).((((((((..................))))))))..((.((((....)))).))..............((((((((.(((((((.(((.........))).)))))))..))))))))........(((((((((.....))))))))).....))))))))))...))))).)))))))))))).((((.((....((((((((.(((..((...((...(((((...((((((((((....))))))))))....)))))...))...))..))).))))))))...)).))))...............((((((((((....))))))))))........ |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((............................(((((((((.(((..(((((((.....)))))))..))..)))))..)))))................................(((((((..((....)))))))))........((((((.((((.....((((((.((...))..)))))))))).))))))......(((((...((((....)))).......)))))....(..............).((((.((((.....))))))))..................((((..((((((....(((((((((.....))))))))))))..))).)))).....(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((....))).))))))).)))..)).......................................))..))))).)))..))).))))))).......(((.(((((((..........))))))).))).......................((.(((((((((((((((((((....)))))...))))))))))))))))....((((((((..((((((((((((......))))))))))))).)))))))........((((.....))))..((((((.(((((....)..))))))))))...........(.((((((((((((((....))))))))))))))..)................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).))))).....((....))...))))..)).)))))).))))))))...((....))......((((....))))..............(((..................))).(((..((((((((.((((.......))))))))))))..)))...((....))...........................((((....))))........................(((.((((.....)))).)))........................((....))..............................(((..((((....))))..)))....(((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.((.(((.((.((((..((((((((.((((......)))).)))))..)))..))))))...(((((((((...)))))))))...)))))).................((((..(((...))))))).............(((.((((((((((((((((.((((.(((((....)))))))))))))))))..)))))))))))..((((((.(((((.((....)).))))).((..((.((....))))..(((((((((.....)))))))))))....)))))))))...))))).))))))))....(((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((..((((((((((((....))))))))))..)).))))...)).))))..))).)))))))))).)).)))))............)))..(((((((....))))))).)))))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.(.(((((...((........))..(..(((..(((((((((.(((((((...(((((..........((.(((((..((......)).))))).)).....(((((((.....))))))).(((((((..........))))))).....)))))...)))))))..((((((((.((((.((...((.((.(((((..(((.((........((((((.(((...(((((((...((((.......(........((...((((.((((.....)))))))).)).....).....((((((((((((((((....(((((((((.....))))))))))))))...((.....))...(((((...((((((((((((.((..((((.((((..(((((((....((....)).((((.(((((..((..(((((...(((((......)))))))))).((.....((..(((((((((.(((....)))..)))))).)))..))..))...((((((((((((....))))))...)))))).))..))))).)))).((((((((((((((((..(((.....)))........)))))))))))))).....))..)))))))..))))))))((((((((((((((((((....)))))...)))))))))))))(((....(((((((.((((((.(((.(((......))).))).))))))))))))))))...((((((.....)))))).........(((((......))))).................((((((((((((((....)))))))))))))).))))))))))))))....))))).)))))).))))).......(((((..(((((((...((((......))))....)))))))..))))).......((((((((((.....))))))))))....)))).))))))).....))))))))).((((.........))))...(((.((((((((.........(.....)..(((((((((((((....)))))))..))))))...(((((.((((.(((((...))))).)))).)))))..))))))))...)))............)).)))..))))).)).)).)).))))))))))))..))))))))))))..)....)))))...)..)))))).((((...)))).......(((.((((((((......))))))))(((((((((((((((((.(((.....(((((((((((.((.....((((.(((.............))).))))....))))))))))))).(((((.((((......)))).)))))...........(((((((.((((((...)))))).......((........))..........((((...........)))).((((((((..................))))))))(((((((((((.(((..(((....))).....)))...))).)))))))).((((((..........))))))...((..((....)).)).(((((((((.....))))))))).....))))))))))...))))).)))))))))))).((((.((....((((((((.(((..((...((...(((((...((((((((((....))))))))))....)))))...))...))..))).))))))))...)).))))...)))..........(((((((((....)))))))))......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((............(((.......(((.....)))...).....)).((.....((((((((......))))))))))(.((((((((.....((((........................))))...)).)))))).).....(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).)))))))))).(((..(((((((...((((...))))).))))))).).....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((((.......(.(((..(((.........(((....((((......((.................))).)))))).(......)((....)).((((.(((((......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((......)))....))......)))))..))).........(((((((((((...............)))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))......(...)((.((.(((..((((((((.(((.((...)).)))))))))))..)))...((....))...)).....))..)))(((.((((..((((....))))...))))...........((((((((((((((.....))))((((.(((((...((..(((.(.....(((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...)))((((......((..((....))..)).((......))(....)))))....(((...(((.((((..((.((((((...((.........))))).)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))........))))....))((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(......((..((((....)))).))....)........))))))))))...((((.((((((..........))))))....((.((....))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((..........)))))))))).)))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((........((.............((((..((((...))))..(((((((((.......(((((.......)))........)))))..))))))........(((......((....((((.............(((....)))(((.....)))..((........)).....((((((((......))))))))((((((((((((.....((((........................))))...)).))))))))..)).(.((((...((.....))..)))))..))))...))....)))........(((....((((((((.......)))))))))))....((((((..((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...))...((((((..(((.((((((...(((((...(((((...))))).)))))((...........(((((((((((((....)))).)))))).)))......((.................))........((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))).............(((((((..........(.(((..(((.......(((((((((((((......((.....))...........))))..))))))))).............(((....((....(...)))..))).................(((((.......((...((((...))))(((......)))....))......)))))..............(((((((((...................)))))))))(((((.......(((((..(...((((.((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))).....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((..((((((((.(((.........)))))))))))..)))...((....))..))))....))).((....))(((..((((....))))...)))...........((((....(((((((((((.((((((((...)))))...(((...))))))((.((...)).))....))...(((((....((......(..........)..))......)))))..)))))))))....))))(((..(((((..((....))..)).((......)).......))).)))(((...(((.((((..((.((((.((..............)))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))))))))....(...)..((((..((.....))))))..)).))))))..(((.(((((((.....(......((.(((((....)))))))....)........))))))))))...(((((((((((..........))))))...((..((....)).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((((........))))))))))).)))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))..).))).....)).(((((((((....)))))))))))....... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((...(...(((.....(((....(((((............(((....).((((.....)))...).....)).((.....((((((((......))))))))))(.((((((((.....((((........................))))...)).)))))).).....(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......))))..((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).)))))))))).(((..(((((((...((((...))))).))))))).).....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...(((((((((.......(.(((..(((.........(((...(.(((......((.................))).)))))).(......).........((((...(((......)))....)))).............((((((((.......((...((((...))))(((......)))....))......)))))..))).........(((((((((((...............)))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))......(...)((.((.(((..((((((((.(((.((...)).)))))))))))..)))...((....))...)).....))..))).(((((((..((((....))))...))))((.....))..((((((((((((((.....))))((((.(((((...((.........((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((......((..((....))..)).((......))(....)))))....(((...(((.((((..((.((((((...((.........))))).)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))........))))))))))((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(......((..((((....)))).))....)........))))))))))...((((.((((((..........))))))....((.((....))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((..........)))))))))).)))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((........(((.......(...((((((.((((...))))..(((((((((.......(((.(.......).)........)))))..))))))........(((.....(((....((((.............(((....)))(((.....)))..((........)).....((((((((......))))))))((((((((((((.....((((........................))))...)).))))))))..)).(.((((...((.....))..)))))..))))...)).)..)))........(((....((((((((.......)))))))))))....((((((..((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...))...((((((..((..((((((..((((((...(((((...))))).))))))(...........(((((((((((((....)))).))))).))))......((.................))......(.((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))).)...........(((((((..........(.(((..(((.......(((((((((.((.......((.....))..............)).))))))))).............(((....((....(...)))..))).................(((((.......((...((((...))))(((......)))....))......)))))..............((((((((((.........)........)))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((..((((((((.(((.........)))))))))))..)))...((....))..))))....))).((.....((((..((((....))))...))))...))....(((((....(((((((((((.((((((((...)))))...(((...))))))((.((...)).))....))...(((((............((...(((......)))...)))))))..)))))))))....)))))((..(((((..((....))..))(((......)))......))).)).(((...(((.((((..((.((((.((..............)))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))))))))....(...)..((((..((.....))))))..)..))))))..(((.(((((((.....(......((..((((....)))).))....)........))))))))))..((((((((((((..........))))))...((..((....)).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((((........))))))))))).)))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))).)).)))).).))).(((((((((....)))))))))))....... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((...(((((..((((......))))....(((..(((((((((((((((((...(((((.........(((.(((((..(((....))).))))).)))..(.(((((((.....))))))))(((((((..........))))))).....)))))...))))))))(((((((((.((((............(((((..((((.....((((({{{{{{.{{{...{{{{{{{..)))))...))))........(((.(.((((.((((.....)))))))))))).........(((((((((((((((((....(((((((((.....))))))))))))))...............(((((...(((((((((((.(((..((.((((((..(((((((.............((((.(((((......(((((...(((((......))))))))))(((.........(((((((((.(((....)))..)))))).)))......)).).((((((((((((....))))))...)))))).....))))).))))(((((((((((((((((..(((.....)))........)))))))))))))).....))).)))))))..))))))))((((((((((((((((((....)))))...)))))))))))))(((....(((((((.((((((.(((.(((......))).))).))))))))))))))))..(((((((.....)))))))........(((((......)))))..(((......)))...((((((((((((((....)))))))))))))).))))))))))))))....))))).)))))).))))))..(((.(((((.((((((((((.(((((...).)))).)).))))))).)))))).......<<<<<<<<<<)))..>>>>>>>>>>.........}}}}}}}.....}}}}}}}}}.((((.........)))).(((((.((((((((..................(((((((((((((....)))))))..))))))...(((((.((((.(((((...))))).)))).)))))..))))))))...)))))..................)))))..........))))))))))))).)))))))))))).......)))))......)))))).((((...)))).......(((.(((((((((....)))))))))(((((((((((((((((.(((...(.(((((((((((.((.....((((.(((.............))).))))....))))))))))))))(((((.((((.(...))))).)))))...........(((((((.((((((...)))))).(.(((....[[[........))))....((((..(((]]]))))))).((((((((.......(((.....)))))))))))(((((((((((((((.((((....)))....))))..)))).)))))))).((((((..........))))))...................(((((((((.....))))))))).....))))))))))...))))).)))))))))))).((((......(((((((((.(((............(((((...((((((((((....))))))))))....)))))............))).)))))))).)....))))...))).........((((((((((....))))))))))........ |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).....................((((...((((((..............................((((((((.((((((.......................................(((....)))(((.....)))))))))....((((.....(((((............)))))((...............................................((.((................((((...((.....))..))))...............((((.(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).((((..((((((........)))((((............((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))................(((((((((....)))).)))))................................................))..))))).)))).((....))))))..)))..))))....))))))..........))))))))...................................................................................................................................................((((((...((..........))..))))))....)))))).............(((..............(((....................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))...........))))))..))))))).........((((((((((((....))))).(((...)))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((..................)))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((...(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....(((....)))((((........(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))..))))((.((((((((((((.....(..((((((((((.....)))).))))))..)..))))..(.(((...(((.((((..((.((.........................))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))).......))))....))))))...)).))).))))))))).))...)))).))(((((((.....(......((..((((....)))).))....)........))))))))))..((((((((((((..........))))))...((..((....)).)).((((((((.......))))))))......)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((((((..(((..((....(...((((.(((...(((((........)))))...)))..))))...)....))..)))..)))))))...)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((..(((((.((.((.(((....(((((......((((((((((..((((((..........(((................)))...((((((...........(((((((.....))))))).(((((((..(.....).))))))).....))))))..))))))...((((((((.(((..((...((.((.((((..((((.((........((((((.(((...(((((((......((((((((((...(((((((((((((.((((.....)))))))).....(((((...(((.(((((...(((((....(((((((((.....))))))))))))))....)))))))).((((((.......)))))).))))).((((((((((..(((((((.............((((.(((((..((...((((...(((((......)))))...))))..........(((((((((.(((....)))..))))).))))...........((((((((((((....))))))...)))))).))..))))).))))...((((((..((((((..(((.....)))........))))))..)))))).........)))))))..)))))).((((((..(((((((((((....)))))...))))))..))))))......(((((((.((((((.(((.(((......))).))).))))))))))))).....((((..(.....)..))))))))....(((((......)))))....)))))).)))...((((((((((((((....))))))))))))))...))))))))))......((((((((..(((((..(...((((.((((..(((((((...((((......))))....)))))))..)))).....(((....)))..))))..)..)))))..)))))))).))))))).....)))))))))..(((((((.((.((.((((.(.(((((.(((...((....))...(((..(((((((((((((....)))))))..))))))..)))...((....))...))).)))))..).)))))).)).))))))).................)).))))..)))).)).)).))..)))))))))))..))))))))))..........(((....)))..)))))...))))).)).)))))..)).((((..........(((((...((..(((((((((((((.(((......((((((((((.((.(...((((.(((.............))).))))..).))))))))))))..(((((.((((......)))).)))))...........(((((((.(((((.....))))).................((((..((((((((((...........))))....(((((.((((..........((((((..(..(((..((((....)))).))).)..))))))...((((((((.(((((((.(((.........))).)))))))..)))))))).....))))))))).))))))..)))).........))))))))))...))))).))))))))..)).((((.((....((((((((.(((..((.(.((...(((((...(((..(((((....)))))..)))....)))))...)).).))..))).))))))))...)).))))..........))))).(((((((((....))))))))).)))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((..((((....................................................................................................................................................................................(......))))(((....(((..((((.((.(...(((((........))))).......))).....))))...((...(((....(......((.........((((((.......))))))..)).)..)))..))..(((......(((((...........)))))(...((((((.((.....((((...(((......)))......)))).))...)))))).)...(((.((((.((((.....))))))))......((((...((((((.(.((...(((.....(((((((.......))))))).))).....)))...))))))....))))))).((((...((.((((((........)))).))...))...)))).))).(..(((.(((.((((((...(((((.))))).))))))(..((........(((((..((...))))))))).)(.((.............))......).....(...(...(.((...((..((((((.((((...(..(((((.(..(((...................)))....).......)))))..)................((((.(............).)))))))).........))))))....)).)).......)........)..(((((((((((((....)))))))))))))(((((...............(((((((...((((..(...(((((((((((((.((((.(......))).))...)))))))).))))....(((....))).....).)....))))...)))))))...((((......((.(((((....)))))....)).))))((((((.((((((..((..((.(((((..((((((((.(((.......)))))))))))..))..............))).....).)....)).....))))))...)))))).)))))...........................................((((.....(((((.....(((.....(((.(.............((((((((((((((..((((((((...(((....((((((((.....))))))))..))).))))))))..)))))))).))))))((((.((....((((....(......................)...).)))..)))))(.((((((((.....))))))))...)).............).....)))..)))...)).)))))))((((((((.....((.....(((((((....)))))))......))......)))))))).....((((((.((((..........)))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))))......))))......)))...)((((((...(((((((..(((..(((..(..((((((((((.((((((....))))))))))))))))...)..).))..)))..)))))))..).)))))..)))...))).)(.((((((....))))))))))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................((((((((..((((((...(((((..((((........(.(...((.........................))..)).....))))..(((((((..........))))))).....)))))...))))))...(((((((..(((..((...((.((.((((..(((.............((((.........((((..............................((((.((((.....)))))))).................(((((...(((((....(((((((((.....))))))))))))))....)))))..............................................................((((.(((((..............(((((......))))).................(((((((((.(((....)))..))))).)))).................(((((......)))))..............))))).))))..............................................................................(((((..(((((((((((....)))))...))))))..))))).......((((((..(.((((.(((.(((......))).))).)))).).))))))................................(((((......))))).................((((((((((((((....))))))))))))))...................((((((((..(((((..(...(((((((((..((((((((..((((......))))..).)))))))..)))))....(((....)))..))))..)..)))))..))))))))...))))..........))))................................................((..(((((((((((((....)))))))..))))))..)).....((((.((((.....)))).))))......................................)))..)))).)).)).))..))).)))))))..)))))))).........................................................................((..(((((((((((((.(((......((((((((((.((.(...((((.(((.............))).))))..).))))))))))))..(((((.((((......)))).)))))...........(((((((.((((((...)))))).................((((..((((((((((..((.....))))))....(((((.((((..........((((((..(..(((..((((....)))).))).)..))))))...((((((((.(((((((...((........))..)))))))..)))))))).....))))))))).))))))..)))).........))))))))))...))))).))))))))..)).((((.((.....((((((..(((.......((...(((((...(((..((((......))))..)))....)))))...)).......)))..))))))....)).))))................(((((((((....)))))))))......... |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((..(((((.((.((.(((....(((((......((((((((((..((((((..........(((................)))...((((((...........(((((((.....))))))).(((((((..........))))))).....))))))..))))))...(((((((.((((..((...((.((.((((..(((..((...((((((((((((....))))))....)))))).(((((((.......(((.(.((((.((((.....))))))))))))..((((..((...(((((...(((((....(((((((((.....))))))))))))))....)))))))..)))))))))))....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))..((((.(((((.((.(((.(((.(((((......)))))..((((((.....((..(((((((((.(((....)))..))))).))))..))..)).))))....((((((....))))))........)))..))).))))))).((((((..((.....)).(((((.....((.((((((((((((..(((((........((((..(((((((((...((((((..(((((((((((....)))))...))))))..))))))......(((((((.(..(((.((..(((......)))..)).)))..))))))))...(((((((((..........(..((.....(((((......)))))......))..).(((((((((((((((((((....))))))))))))))..)))))...)))))))))((((((((.(..(((......(((((((((..(((((((...((((......))))....)))))))..)))))....(((....)))..)))).....)).)..)))))))))..(((....))).)))))))))..))))......)))))..)))))))..........)))))))...(((..(((((((((((((....)))))))..))))))..))).((.((((.(((((...))))).)))).)).)))))..))))))...))))..........))..)))..)))).)).)).))..)))))))))))..))))))))))..........(((....)))..)))))...))))).)).)))))..))..((..((((....))))..)).((..(((((((((((((.(((.....((((((..(((.((.....((((.(((.............))).))))....)))))..)))))).(((((.((((......)))).)))))...........(((((((.(((((.....))))).................((((..((((((((((...........))))....(((((.((((..........((((((..(..(((..((((....)))).))).)..))))))...((((((((.(((((((....(........)...)))))))..)))))))).....))))))))).))))))..)))).........))))))))))...))))).))))))))..)).((((.((....(((((((..(((..((...((...(((((...(((..(((((....)))))..)))....)))))...))...))..)))..)))))))...)).))))............))).(((((((((....)))))))))......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
AAUUAUAUUGAGUUUGAUCCUGGCUCAGAAUGAACGCUAGCCGUAGGCUUAACACAUGCAAGUUGUACGUUUUUUAUAAAUAUAGAAAAAGUAGCGAACGGGUGAGUAACGCGUGAGAAUCUGCCUCUUAAACUGCGGAAUAACAUUACGUUAGAAUCGUGGAUAAGUAUUUUAUGUUAUAUUUAUAUAAAAUAAAGUAUAAAGAAUAAUAUUCGUUAAGAGAUGAGCUUGCGUAAGAUUAGGUAGUUGGUAAGGUAAAGGCUUACCAAGCCAAAGAUCUUUAGCUGGUUUGAGAGAAUGAUCAGCCACAUUGGGACUGAGACACGGCCCAAAUACUUUAGAGUAGCAGCAGUGGGGAAUAUUGGACAAUGGGCGCAAGCCUGAUCCAGCUAUACGGCAUGAGUGUAGAAGACUGUAUUGGUUGUAAAGCUCUUCGGUGAUAUAUUUUUAGAUUAUUUAUAAUUUUAAAGAGCAGAGAUUAUGACAACGUAUCAUCAAAAAGUCCCGGCUAAUCUCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGAGAGGGGCGAGCGUUAUUCGGAAUGAUUGGGCGUAAAGCGUGCGUAGAUUGUUAGAAUGGAUUUCUAUAUAAAAAUCAAGGCAACACCUUGAUAGAUAGAAAAGCAUUAGUUUUAUAAAAAUUAAUAAUUAAUAGAUGUAAUUUAUAAUAAUAAGUUAUAUUUAUGUUUUCCAUCCAAACUUGAGUAUUUAUUAGGAGAGUAGAAUUCCUGGAGUAGAGGUAAAAUUUGUUGAUCUCAGGAGGAAUACCUAAAGCGAAAGCAGCUCUCUAGUAAAACACUGACAUUGAGGCACGAAAGCGUGGGUAGCGAAAAGGAUUAGAUACCCUUGUAGUCCACGCCGUCAACUAUGAUCUUUUUCUAUUUUCCCUUGCAAGGGGGGAAGUGGAGUAGCUAACGCGUUAAAAGAUCCGCCUGAGGAGUACGGUCGCAAGAUUAAAACUCAAAGGAAUAGACGGGGACCCGCACAAGUGGUGGAAUAUGCGGUUUAAUUCGAAACAACGCGCAAAACCUUACCAGUCCUUGAUAUGACACUUAUAGUUAAAAUGUUAUCGUUUUAUACUUUGUGUUACAGGUGUUGCAUGGCUGUCGUCGGUUCGUGCCGUAAGGCGUUGGAUUAAUUUCUUUAACGAACGAAACCCCUGUUAUCAAUUGCUAAGAUUACUAAAAACAAUGUUUUUAGAUCAGAACUUUGAUAUUACUGCCAGUGAUAAACUGGAGGAAGGAAGGGAUUACGUCAAGUCUUCAUGACCCUCAUGGGCUGGGCUACACGUGUAUUACAAUGGCGAAUACAAAAAGAUGCAAUGAUGAGAAUCGGAGCAAAUCUAUAAAAUUCGUCUCAGUACAGAUUGUUUUCUGCAAUUCGAAAACAUCAAGAAGGAAUCACUAGUAAUCGUGGAUCAGCACGCCACGGUGAAUCAGUACUCGGGUCUUGUACUCCCCGCCCGUCACACUCUGGGAAUCGAGUAGAUUGUAAGUCUGUAUUUCACUUUUUUUCUAUUCUUUAGAAAUAAUAAUAAGUUCUGAUGAAUUUAUUAAAUAUAGAAAUUUAGAAAAUAUACCCAGAAUUUAUUUGGUAACUGGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUUACUUCUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...[[[.))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((..(((..(((((((((((....))))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.(((((...((((.....))))....)))))....(((((((((((((((....)))))))))))))))...((((...)))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).(((((((........))))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......((((.....)))).....)))).(...(((((...............................................)))))...)...(((((......(((((....................)))))))))).))))))))))..........(((.......((((...(((((((........((((..(((.....(((((((...)))))))...)))))))...........................................................................)))...((((((.....(((((((((((((((((((...(((......)))......))))))))))))....(..((....))))))))))....))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...((....))....))))))).))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..((..(((((((....)))))))))...)))))))).((.((((..((((((((((..(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((.......(((..((((((((...)))))))))))......))))))).....(((((.....)))))........))))...))))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))))....(((((((......(((.((...(((....)))...))...))).....)))))))......((((((((((((........)))))))))))).....))))))....((((((((.......))))))))...........)))))))))).))....((.((((.((((((((((((((((((((((.......(((((((.......(((((((..(((((((((..................)))).))))).)))))))......))))))).....))))))))))))))))))))))..))))..))....((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....(((((((((...(((((((.....))..)))))...)))))))))....(((......(((.((((((((....)))))))).)))..((.((((((((((..(((..((..((...(((((((.(..(((..((((.....))))...)))..)....(((((((((.(((((....))))).)))))))))...............)))))))..)).))..))).......(((..((((((((.......))))))))))).((((((....(((((((.........)))))))......((((((((..(((.((((((.((.(((.(((((((.((....((((....((((...(((((....))))).))))............((((......((((.....)))).....))))...((((((((.((....))....((((((((((........))))))))))....))))))))......)))).(((..(((((((((.((....)))))...))))))..)))..))))))))).))))).)))))).....((((((......((((((.((((((((((((......(((((((.....)))))))..)))))))...(((((((((...))))))))).....(((((((((((((((....)))))))))))))))....)))))..........((.((((((((.(((((....((((((..((.((.(.......).)).))..))))))...........((....)).))))))))))))))).))))))..((..(((((....((((((........((((((.(......).))))))...(((((......(((((((((((((((((((((....)))))))))))))...((....))...))))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))....)))))..)))))).....((((((....(((((((...........))).))))...((((.(((((((.(((..((((((....((((((((((....))))))).)))..))))))..(((..((...(((((.(((..(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((..((((((...((..(((..((((((((...)))))))))))))....))))))...((.(((((.....))))).)).....))))...))).).))))..))..))).))).)))))))........((((((.....(((((((......((((((..((((....))))..)))..))).....)))))))..))))))(((.((((((........)))))))))...))))..))))))....)))))..)).))))))....)))..))))).))).)))))).)))))...))))))).(((((..(..(((((((((((((((..((((.(((((......((((((.....))))))...((((((((((....))))))))))......))))).)))).....)))....))))))))))))..)..))))).....)))..((..((((((((((....))))))))))..)).......)) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).........................((((((((..................................))..)))))).......................................................................................................((((....))))............................((((((((.......))))))))..................((((....))))......(((..((.((((........)))).))...)))........................((((....((((....))))..))))..............(((.(((((((((...........))).))))))..))).............................................................(((......................................)))............................................................................................................................................................................(...................((((((((((((((...(((........)))....)))))))))))))).....((....))(((.......)))........)...............((...........((((.........))))........))..................((((((((................))))))))..((....))........................(((((....))))).................(((....((((((((...........................................................(((((...............................)))))..))))).)))....)))..................................................(((((.(((((((.((((((.((((..............))))..))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))................................................(((.((((((((.........((((((((....))))))))..........)))))))))))...((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))..........................(((((((.....(((((((((....((...((((...((..(...(((((((((((((((..................)))))))))))))))...)..))).)))..))....))))))))).....)))))))....................(((((....))))).................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.......)))))))...........(((...)))..................((.((((((((....)))))))).))........................................................((.......))........((((((((..((((....))))..))))))))............((((((..((((...((((((((((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))....(((((............))))).((((....))))...........................))))))))..(((((((((.((((((((((((......(((......................((((((((.............................................)))))))).....(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))..............((((((..((((.......)))).)))))).........(((((((......(((((((.....)))))))..)))))))...((((((((.....)))))))).....(((((((((((((((....)))))))))))))))....((((.....(((((....((((((.(((((((....((((................................))))........((....)).)))))))))))))......................((((((((.((...((((.........)))))).))))))))..........(((((((((((((((((((((....)))))))))))))..............))))))))........((((..((((....))))...)))).......................)))))..))))....(((..................))).......................(((((....((((((((((....))))))).)))..))))).................)))....)))))))))))).)))..))))))..))))...))))))............((((((.......(((..((((((((...)))))))))))......))))))...((.(((((.....))))).))..............................................................(((((((......((((((..((((....))))..))..)))).....)))))))........((.(((((((........)))))))))..........(.......(((((((.........))))))))...................................((((((((..((((((((((((........(((((........(((((((.............((((((((((....))))))))))...))))))).......)))))......))))))))))))..))))))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...)).(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((((....)))))))).)))))......(((.......((((((..((...(((((((.((((((..................))))))....(((((.....((((((((..........)))))))).....)))))...)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....))))).)))).)).))))))..((((......(((.......))).....))))((.((((((((.............(((((((((..........)))))))))....)))))))).))..(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))..........(((.....(.((((.(.(((.......(((((.((((........(((((((.....)))))))....))))....(((((((.......))))))).......((((((((..(((((.......))))).))))))))))))).........(((.((((((.((((((((...((((((.((....................))))))))...).......((....)).)))))))))))))..)))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((((((((((((((((....)))))))))))))...((....))...)))))))))))).(((......((((....))))....)))...(((......(.(((((((.((..((((((.((((((((((....(.((........)).)........(((((((.(((..((((((..(....(((((........)))))...)..))))))..((.((((..((((((.((...(((((((((....))))...((......)).....))))).....((((..((((((.......((...((((((((...)))))))).))......))))))...((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))))).)))))))...)).)))))))).)...(((((((......((..((..((((....))))..))....)).....)))))))......(....(((((((........))))))).......)..))))).....(((((((.........)))))))......))...))))))))....)))..(..((...((((((((..(((((((((((...((((.........)))).(((((((...((((.......((((((((((....))))))))))....))))....)))))))..........)))))))))))..))))))))....))...)....((((((((((....))))))))))((.....)).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((.......)))))))..........((((...))))................(((.((((((((....)))))))).))).......................(.........).....(((((...((((.....))))....)))))....(((((((((.(((((....))))).)))))))))...........(((((((((((((..((((((((((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))..(((((((.(((.....)))))))).((((....))))........................)).)))))))).((((((((((.((((((((((((...((.(((.((............((((...((((((((........((((....))))(............)...........)))))))).....(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))))))...((((..(((((((..((((.......)))).))))))).))))(..(((((((.(....(((((((.....)))))))).)))))))..)((((((((.....)))))))).....(((((((((((((((....)))))))))))))))...(((((((...(((((.((.((((((.(((((((...((((((......(((((...........))))))...))))).......((....)).)))))))))))))..................(...((((((((.((...((((.........)))))).)))))))))(((......(((((((((((((((((((((()..)))))))))))))...((....))...))))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))....)))((....)))).))))))))))))..(((((((...........))).)))).....................((((((....((((((((((....))))))).)))..)))))).............)).))).)).)))))))))))).)))..))))))))))))).))))))).(....((((..((((((.......(((..((((((((...)))))))))))......))))))...((.(((((.....))))).)).....))))....)(((..(....)..)))......((((.(((.((((())))).......(((((((......((((((..((((....))))..))..)))).....)))))))..(((((.((.(((((((........))))))))).........((.......(((((((.........)))))))))....))))).............))).))))(.(.((((((((..((((((((((((....(..(((((((..((...(((((((.............((((((((((....))))))))))...)))))))...)).))))))))....))))))))))))..))))))))..).).........((((((((((....))))))))))............. |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................(.................((((........))))....(((......................................((((((..................))))))........(...)......................................(((.(((.......))))))........(((..((((((((.......)))))))))))...............((((....))))...((((((...((((((........))))).)...)))...))).................(((((...((((......)))).)))))(((.((.............(((((((...)))).........)))........................))..)))....................................(((((.......((((.(((.........)))....))))).)))).....................)))...........................(((((((((...................(......)))))))))).........................................)............(((................)))........((((((.((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..))))...))...........)))).........(((((((...(...((((.........))))...)))))))).............(.....(..(((((((((....)))))))))....)((.)).............)......((.......(((((....)))))................((((...(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((............((........))..........)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............((((((...((((.(.....(((..(((((((.....))))))))))..)...)))).....((((((((.....))))))))....)))))).................((((..........)))).............(((.(((((((.(.....)..((.(((((....)))).)))...........))))))))))..(((((((((((............)))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......)))))).................)).(.(.(((((.((....((((((((......(...(((((....(...(...(.(..(..........(((((.((((....)))).))))))..).)...)...))...))))....)...))))))))....)).)))))..).)..............(((((....))))).................. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.(((((((.......))))))).))))(((..[[[)))..]]]............(((.(((.((((((((....)))))))).)))...)))....(((((((((..(((..[[[[[))).......]]]]].(((..[[[[[)))....]]]]]....(((((((((.(((((....))))).)))))))))...........((((((....)))))).......((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.........)))))))......((((((.........(((...((((....))))...[[[[[))).....(((((....((((....))))..)))))((((((.......))))))...]]]]]...................(((((((((((....)))...((((((((((........))))))))))....))))))))....))))))(((...[[[[[[)))...............]]]]]].......)))))))))...........((((....(((((......((((((..(((((((((((......(((((((.....)))))))..))))))....(((((((((...))))))))).....(((((((((((((((....))))))))))))))).......)))))..........((((((((.(((((....((((((.....(((......)))........))))))....................)))))))))))))...)))))).....)))))...))))(((((.......[[[[[[..)))))...]]]]]]...(((((...((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))..(((......)))))))))))..(((...((((..((((....))))...))))..))).))))))))....(((((...[[[........)))))...............]]]((((.((((.....(((...))).((((((....((((((((((....))))))).)))..)))))).)))).))))(((((........[[[[[[)))))........(((.....)))....]]]]]].....((((..((((((.......(((..((((((((...)))))))))))......))))))......(((((.....)))))........))))..(((((..(((((((((((...))))))...)))))..)))))...(((...(((((((......((((((..((((....))))..)))..))).....)))))))...)))(((..[[[[[[))).......]]]]]]..........(((.......[[[[[[)))........]]]]]]......((((.[[[[[...)))).....]]]]]...((((((((..((((((((((((.....((((.(((((......((((((.....))))))...((((((((((....))))))))))......))))).))))............))))))))))))..)))))))).((((.....[[[[.(((((((((....))))))))).))))...]]]].. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...((((((((((((((((((((...)))..))))).((((((((((............(((((.((((((((....)))))))).)).))).(((.((.....)).)))..........(((((((.((((((..((((.....))))...))))))....(((((((((.(((((....))))).)))))))))...((((...)))).))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))(((((((...(((((......((((((..(((((.(((.....)))))))).((((....))))...(((((.........((((...(((((....))))).)))).((((((.......))))))...)))))..)))))).....))))).((((((((.............((((((((((........))))))))))....))))))))........))))))).(((((((((.((....)))))...))))))...((((.(((..(((.......(((((((.....(((((...(((.(((((.(((((.((((((......(((((((.....)))))))..))))))((..(((((((((...)))))))))..)).(((((((((((((((....)))))))))))))))....))))).((....)).((.((((((((.(((((...((((((......(((((...........)))))...)))))).......((....)).))))))))))))))).))))))))...)))))...(((((((..((((...((........)).))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...((....))....)))))))))))))))))..))).))))..))))))).)))))...))).((((((((((((....((((.(((....(((((((...........))).))))...((((.(((((((.(((..((((((....((((((((((....))))))).)))..))))))((((.(((.((((((((....))).)))))((....))(((((((........))))))).....))).)))).((((((...((..(((..((((((((...)))))))))))))....))))))...((.(((((.....)))))))(((((...((......))...))))).......))).)))))))..(((....))).(((...(((((((......((((((..((((....))))..)))..))).....)))))))...)))..(((.((((((........)))))))))...))))..(((((.((...((((......))))..))))))).))).))))))))))............)))))).((((((((..(((((((((((((((..((((.(((((....(.((((((.....)))))).).((((((((((....))))))))))......))))).)))).....)))....))))))))))))..))))))))(((..((((.....((((((((((....))))))))))..))))..))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.......))))))...........................................((((((......))))))............................................(((((...((((.....))))....)))))........................................................................((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((...........))))))....(((((.((.......)))))))..............................((.....(((((....)))))bbb))(((.((((((((((..........................(((((..aaaaaaa..........................)))))................AAAAAAA.................(((......................)))...........................(((......(((((......((((((......(((((((......(((((((.....)))))))..)))))))....((((((.......))))))......(((((((((((((((....)))))))))))))))......................(((((((.((((((.....(((((.((....................)))))))............((....)).)))))))))))))...)))))).....)))))...((((((((.((...((((.........)))))).))))))))dddd......(((((((((((((((((((((....)))))))))))))...((....))...)))))))).)))....((((..((((....))))...)))).........DDDD.{{{{{{.................((((((.............)).))))........{{{{{{{.{{....(((((....((((((((((....))))))).)))..)))))..........................)))))))))).)))....BBB.......................((...((((((...((..(((..((((((((...)))))))))))))....))))))......(((((.....))))).........)).........................}}.}}}}}}}...................(((((((......((((((..((((....))))..)))..))).....)))))))........((.(((((((........)))))))))..................(((((((.........)))))))............}}}}}}..................((((((((..((((((((((((..(((....cc.....)))...((((...............(((((((((([[..))))))))))<<...)))).>>.......CC....]].))))))))))))..))))))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(.((((((((.((...........((((((((..)))).))))..((((.(((..(((((.((...)))))))..))..))).)..).....................................(((..................)))(((...(((.......)))))).((......(((((...)))))....))...((..))..............((((..((((((..(((((((((.....)))))))))))))..)).))))....................((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((....))))).))))))........((..(((((((((((((...)))))))))).)))..)).......................................................................))..))))).)))...(....)..((.......(((.(((((((..........))))))).))).........................(((.(......)))).................................................................(((((......(((((....))........))).................((.((..(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).).............)...((....))..(..(((((....)))))......)....................)))))((((((((((((((((((........))))))))))))...))...........))))..............(((((....)))))......................(((.((((.....)))).))).......................(((....))))).......................((..(((..(((....)))....)))...((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((((((..(((..((...((((((.......)))))).)))))...)))))).)..(((((((.....))))))).....)))))))............((..((((..((...)).))))..).)........(((.((((((((..(.(((((((((((((....))))))))).).))))..)))))))))))..((((((.(((((..........))))).....(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).))))))))))).(((((..((..((.(((((((.((...((..........(..(...(((...(..........((((((((((....))))))))))...))))...)..)))......))...))..))))).)).))...)))))............))..((((((((....))))))))))))))).....).) |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.......))))))................(.((((................(((.((((((((....)))))))).)))....(((.((.....)).)))..........(((((((.((((((..((((.....))))...))))))....(((((((((.(((((....))))).)))))))))...((((...)))).)))))))...)))).)(..((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..)((((.............)))).....(((((.(((.....)))))))).......(((((.(((((((((.((.....((((...(((((....))))).)))).((((((.......))))))....)).)))).)))))...)))))..((((((((.............((((((((((........))))))))))....))))))))........((.((...(((((((((.((....)))))...))))))...))....................(((((.....(((((...((.((((((.(((((.((((((......(((((((.....)))))))..))))))....(((((((((...))))))))).....(((((((((((((((....)))))))))))))))....)))))..........((.(((((((.((((((.....(((((((....................)).)))))(......)....((....)).))))))))))))))).))))))))...)))))...(((((((..((((...((........)).))))..)))))))..........(((((((.(((((((((((((....)))))))))))))...((....))....))))))))))))...((((..((((....))))...)))).............))...((((....)))).......((((((.............)).))))......................(((......((((((((((....))))))).))).((((.((((.((((.((.((((((....)))).)).)((....))(((((((........))))))).........(....((((((.......(((..((((((((...)))))))))))......))))))...((.(((((.....)))))))........)(......)..............(......)......).)))).)))).))))..(((((((......((((((..((((....))))..)))..))).....)))))))..(((((.((.(((((((........)))))))))......((.(((((.((...((((......))))..))))))).)).))))).((((............))))....((((((((..((((((((((((((...((((.(((((......((((((.....))))))...((((((((((....))))))))))......))))).))))......))....))))))))))))..))))))))..)))(((......((((((((((....))))))))))...)))....... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((.((...((((.(((((((.(.(((...(....(((.(((......(((....(((........).))...)))((......(((.......(((..(..((...........(...(((....(.....)).....))........).(.(((((................)))))..).....(.((((....))))).....)).)..))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))).)))))).).(..(((((((...((((....))))).))))))........((..(((((((((((((...........))).))))))).)))..))).((..(...........)...)))))..........................).((((((.......((((((((.((....))))))...)))).))))))))))))))))).........(((.......(.((...(((....................(.....(...)..).......................(((((((.............((((...)))).....))))..)))....(.................).....((......((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))......)))...)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))......(...)((.(((((((((((.(((.((...)).)))))))))))..((....))....))).))..)))((.((.((..((((....))))....((...))......((.(((((((((((.(((((((.(((.((((((...((..(((.......((.((...))((((...(((.....(((((.....(.((.((.(....).)).))...)..)))))..))))))).(...)))((((......((..((....))..)).((......))(....)))))..(.(((((.(((((((.(((((((((...((...........))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))))........)))...))((((..(.....).)))).)).)))).))).)((.(((((((......((..(((.((((....)))).)))....)).....)))))))))....(....((((((..........))))))....).....)))))).)).(((((((((.....)))))))))).....(...)))))))))))))...)).))((((((((((.((..(.((((((((......((.....((...((..(...((((((((((((((....................))))))))))))))...)..))).)....))......)))))))..)).)).))))...).))..))..)))(((((((((....)))))))))))))))........ |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((......((((.(((((((.(.(((...(....(((.(((......(((....(((........).))...)))((......(((...(...(((..(..((.......(...(..((((....(.....)).....))).......).(.(((((................)))))..).)...(.((((....))))).....)).)..))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))).((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))).)))))).).(..(((((((...((((....))))).))))))........((..(((((((((((((...........))).))))))).)))..))).((..(...........)...)))))..........................).((((((.......((((((((.((....))))))...)))).)))))))))))))))))(((((....(((.......(((((..(((....................(............).......................(((((((.............((((...)))).....))))..)))....(.................).....((......((..(...(((((((((.((((((((((((((......))))..)).)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))......))))..))((....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))(((..((...(((.(((((((((((.(((.((...)).)))))))))))..((....))....))).))).(.....)..))))))).))....))).)))))...........(((((((((((((.((((((..(((.((((((.........(((.....)))((...))((((...(((.....(((((....((.((.((.(....).)).))...).))))))..)))))))..((((((((((......((..((....))..))(((......))).....))))..(.(((((.(((((((.((((((((....((...........))))..))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))...))((((..(.....).)))).)).)))).))).(((.(((((((......((..(((.((((....)))).)))....)).....))))))))))(..(....((((((..........))))))....))....)))))).)).(((((((((.....)))))))))).....(...))))))))((....))))).(((((((((((.((..(.((((((((......((.....((...((..(...((((((((((((((....................))))))))))))))...)..))).)....))......)))))))..)).)).))))...).))..))..)).(((((((((....)))))))))))))))........ |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((...(((((((.....))..)))))...))))))))).......(((..(((..((((((((....)))))))).((.((((.((((.(((((..(((..((..((...(((((((.((((((..((((.....))))...))))))....(((((((((.(((((....))))).)))))))))...............)))))))..)).))..))).......(((..((((((((.......))))))))))).((((((....(((((((.........)))))))......((((((((..(((.((((((.((.(((.(((((((.((....((((....((((....((((....))))..))))(((.((((((...(((((((....))))))).)))))).))).....((((((((.............((((((((((........))))))))))....))))))))......)))).(((..(((((((((.((....)))))...))))))..)))..))))))))).))))).)))))).....((((((...(((((((((....(((((((........(((((((.....))))))).(((.(((((..((((((((.....)))))))).....(((((((((((((((....))))))))))))))).))))).)))....((((((((((.....(((((((....((((((..((.(((......)))....))..))))))...........((....)).))))))).((((.((((...........((((....)))).(((((...((((......(((((((((.((((...(((((......(((((((((((((((((((((....)))))))))))))...((....))...))))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))....)))))))))....))))).)))).....(((((((...........))).))))...)))).(((((((.(((..((((((....((((((((((....))))))).)))..))))))..(((..((...(((((.(((..(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((..((((((...((..(((..((((((((...)))))))))))))....))))))...((.(((((.....))))).)).....))))...))).)).)))..))..))).))).))))))))))))..)))).))))...(((((((......((((((..((((....))))..)))..))).....)))))))..)))))....(((((((........)))))))))))).))))))).)))))))))........))))))....)))..))))).))).)))))).))))))))).......((((((((..(((((((((((((((..((((.(((((......((((((.....))))))...((((((((((....))))))))))......))))).)))).....)))....))))))))))))..))))))))...)))).))....((((((((((....))))))))))...)))..))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((((........ddddd)))).)))...DDDDD.((((((((((.............((((.((((((((....)))))))).))).)..(((...........)))..........(((((((.((((((..((((.....))))...))))))....(((((((((.((((([[[.))))).)))))))))]]]((((...)))).))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))).............................(((((.(((.....)))))))).......(((((.(((((((((.......(((((...(((((....))))).)))))((((((.......)))))).......)))).)))))...)))))..((((((((.(((((.......cccccccccc)))))...CCCCCCCCCC....)))))))).....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))................aaa....(((((((.....(((((.(.((.((((((.((((((((((((......(((((((.....)))))))..)))))))...(((((((((...))))))))).....(((((((((((((((....)))))))))))))))....)))))..........((.(((((((.((((((.....(((((((....................)).))))).....................))))))))))))))).)))))))))..)))))...((((((((.((((................)))).))))))))bbbb......(((((((((((((((((((((....))))))))))))))..............)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........BBBB)))))((((....)))).......(((((((...AAA.....))).)))).............(((((.............((((((((((....))))))).)))(((((.((((.((((...(((.(((....)))..))).........(((((((........)))))))........((((..((((((.......(((..((((((((...)))))))))))......))))))...((.(((((.....))))))).{{{{.))))...........}}}}.(((.....)))..........)))).)))).))))).(((((((......((((((..((((....))))..)))..))).....)))))))..(((((.((.(((((((........))))))))).........(((((.((...((((......))))..)))))))....))))).((((............))))....((((((((..(((((((((((((((..((((.(((((......((((((.....))))))...((((((((((....))))))))))......))))).)))).....)))....))))))))))))..)))))))).....<<<<)))))((((((((((....))))))))))..>>>>....... |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).....................(((...((((....................................((....(((((..................................(....)...))))).......((............................(................((((....))))...........((((.(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..))))((((....))))).....(((...((((((........)))).))...))).......)).)).(((((.....(((((...((((......)))).)))))((((.............(((((.(((...........)))..))))).......(((((.....................................................(((((.......((((((((.((....))))))...)))).)))))..(((...((....))...)))..........))))).))))...........................................................................)))))............))))................(((..............((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).))).......((....))............))))))..))..............(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((((((..................)))))))..((....))........)))...(((.((.((((...(((((..((.........))...))).))(((((((.(((..((.((((.((.((((((.................(((....))).(((((.........(((((.((....((.(((....)..)).))....)))))))......((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((((((..(((.............................)))...))))))).........................((.....)).......)))))).)))))).......))))))))))).))...)))).))(((((((.(.....)..((..((((....))))..))...........))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))).....((((.((.....(((.(((......((..............(...(((((((.....(((..................))).....)))))))...)...........))......))).))).....)).))))..)).)..............(((((....))))).................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.(((((((.......))))))).))))..((((((((((((((((...(((((..((..(((.((((((((....)))))))).)))))..((......))...))))).........(((((((.(..(((..((((.....))))...)))..)....(((((((((.(((((....))))).)))))))))...............))))))).)))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..))))))..((((((((((((.(((...(((((.(((.....))))))))..........((.((.((.(((((((.(((.((((...((((....))))..(((.(((....)))..((((((((((((((((((((.((((((.((.(...((((((((.............((((((((((........))))))))))....))))))))....((.(((((((..(((((((((.((....)))))...)))))).....(((.(((((...(((.((((.(((((((..(((((.(....((((((..(((((((((((......(((((((.....)))))))..))))))....((((((((.....)))))))).....(((((((((((((((....))))))))))))))).......))))).......((.((((((((.(((((....((((((..((.((.(.......).)).))..))))))...........((....)).))))))))))))))).))))))...).)))))...(((((.((..((((..((((((.(......).)))))).(.(((((......(((((((((((((((((((((....)))))))))))))...((....))...))))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))....))))).)..(((((...((......)).))))).....))))..))..)))))....((((.((..(((((....((((((....((((((((((....))))))).)))..))))))(((.(((..(.((((.((.....(((((((((....)))...(((......)))...))))))...........((((((...((..(((..((((((((...)))))))))))))....))))))..)).)))))..)))..)))))))).))))))..))))))).)))))))))))).)))...)))))))))....).)).)))))).(((((((......((((((..((((....))))..)))..))).....))))))).)))))))....))))))))).))))..............)))...(((.((.(((((((.........)))))))..)).)))......)))).))).)))))))......(((((..(..(((((((((((((((..((((.(((((......((((((.....))))))...((((((((((....))))))))))......))))).)))).....)))....))))))))))))..)..)))))..)).)).))..)))(((((((((....))))))))).))))).))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.(((((((.......))))))).))))..((((((((((((((((...............((.((((((((....)))))))).))................................(((((((.(..(((..((((.....))))...)))..)....(((((((((.(((((....))))).)))))))))...(((.....))).))))))).))))))))))..(((((.(((..((((((((.......)))))))))))...)))))...))))))..((((((((((((.(((.....(((............))).....................(((((((............((((....))))......................((((.....(((((((..(((((..(.....((((((((.............((((((((((........))))))))))....)))))))).......((((((...(((((((((.((....)))))...)))))).................(((.((((.((((((..............((((((.......((((((......(((((((.....)))))))..))))))....(((((((((...))))))))).....(((((((((((((((....)))))))))))))))...................((.(((((((.((((((....((((((.........................))))))...........((....)).))))))))))))))).))))))...............((((((........((((((.(......).)))))).(.(((((......(((((((((((((((((((((....)))))))))))))...((....))...))))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))....))))).))))))).................................................((...........((((((....((((((((((....))))))).)))..)))))).......................(((((((((....)))....((......))....))))))...........((((((...(...(((..((((((((...))))))))))).)....))))))......(((((.....))))).....)).......)))))).))))))).............))))))........)..)))))..(((((((......((((((..((((....))))..)))..))).....))))))).))))))).........))))..............................................................................)))))))......(((((..(..((((((((((((.....((((.(((((......((((((.....))))))...((((((((((....))))))))))......))))).))))............))))))))))))..)..)))))............)))(((((((((....))))))))).))))).))))))) |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((.((((.((........))))))...(((((...............(((.((((((((....)))))))).)))(((..((((.(((((..(((..((..((...(((((((.(..(((..((((.....))))...)))..)....(((((((((.(((((....))))).)))))))))...............)))))))..)).))..))).......(((..((((((((.......))))))))))).((((((....(((((((.........)))))))......((((((((..(((.((((((........(((((((.((....((((...(((((....((((....))))..)))))((((((.......))))))..((..((((..((..(((.((((((..(...((((.............))))...)..)))))).....)))..))...))))..))......)))).(((..(((((((((.((....)))))...))))))..)))..))))))))).......)))))).....((((((...((((..(((..(((((((((((......(((((((.....)))))))..)))))))...(((((((((...))))))))).....(((((((((((((((....)))))))))))))))....))))(((...((((((((((.....(((((((....((((((((...(((......))).....)).))))))...........((....)).))))))).((((.((((...........((((....)))).(((((...((((......(((((((((.((((...(((((......((((((((((((((((((((......))))))))))))...((....))...))))))))..(((...((((...(((....)))....))))..)))....)))))))))....))))).)))).....(((((((...........))).))))...)))).(((((((.(((..((((((....((((((((((....))))))).)))..))))))..(((..((...(((((.(((..(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((..((((((...((..(((..((((((((...)))))))))))))....))))))...((.(((((.....)))))))......))))...))).).))))..))..))).))).))))))))))))..)))).))))...(((((((......((((((..((((....))))..)))..))).....)))))))..)))))....(((((((........))))))))))))..)))....)))..))))........))))))....)))..))))).))).)))))).)))))))))..)))..(((((..(..(((((((((((((((..(((..(((((......((((((.....))))))...((((((((((....))))))))))......)))))..))).....)))....))))))))))))..)..))))))))))..........(((((((((....)))))))))))))))...))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
CACCUGGUUGAUCCUGCCAGUGGUAUAUGCUUGUCUCAAAGACUAAGCCCUGCAAGUGCCUGUAUGAGUGUUUAUAUAACGAAACUGCGAAUGGCUCGGUAAAACAGUAAAAAUUUUUUCGGAGAAAAUACUACUCGGAUAACCGUAGUAAAGCUAGAGCUAAUACGUGCUACAAAAUGAGGCGAGCAAUCGUUCUCGUGGUACAAAAUAGAGAUACAACCCAGUUUUUACUGGUGAUUCAUACUUUUUUCUGAUCACACUUUUAUGUGUGUGACGCUCCGAUCAAAUUUCUGACCUAUCAACUAUGAUGGUAAGGUAGUGGCUUACCAUAGUUGUGACGGGUAACGGACCGUGGGUGCGGGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCGAACUUCGGGAGGUAGUGACAAGAAAUAGCAAUAGGGGGACCAAUGGUCUCUCUAAUUGGAAUGAAAACAAUGUAAACUCCUUAUUGAGGAGCCAGCAGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCUGUAAGCGUAUACCAAAGUUGUUGCAGUUAAAACGCUCGUAGUCGAACUUUGGCGAUGGUUGCUGAAACUCCGUAAGGAGAUUGAUGUAGCCUCGUCCUUGUGGAUUUUUGGGGGUGUGGUGGUACUUUAUUGUAUUGCUGCAUUUCCGCCACUGUUUACUGUGAAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAAGCGAUUGCCCUGAAUACAUUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGACCUGGUUCUGUUUUAUUGGUUUGUCUGUAUCAGGUAAUGAUUAACAGGGACGGUCGGGGGCAUUUGUAUUCCAGCGUUAGAGGUGAAAUUCUUGGAUCGUUGGAAGACAAACAGCUGCCGAAAGCGUCUGCCAAGGACGUUUUCAUUGAUCAAGAACGAAAGUAAGGGGAUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCUUUACUGUAAACUAUGAGGCCUGGGGAUCGGGCGUGGCCUAUUGGUACGUUCGGCACCCUCCGGGAAACCAAAGCUUUUGCUUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGUCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCAUCACCGGGUGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUUACCAGGUCCAGACAUAGCAAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGUUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUCUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAGCGAGACCUGGGCGUGCUAAAUAGAAAAUGCUAUUAAACUGCGGUAGCAUCGAAAAUUUAAUCUUCUUAGACGGACUGUAGGCGUAUAGUCUAUGGAAGCUCCAGGCAAUAACAGGUCUGAGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCCGCACGCGUGCUACACUGAAUGGCUCAACGGGUGAGGUAGUGCGAAAGCAUGACCCAAUCUCUAAAUCCAUUCGUGCUGGGGAUAGAAGCUUGCAAUUAUCCUUCUUGAACGAGGAAUACCUUGUAAGCGCGAGUCAUCAUCUCGUGCUGAAUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAGUGGUCCGGUGAGGCCUUGGGAGAGCUGGGCGAAUUAGUGUUUAUUCACGAAUUUCCUGGUUUAAACUUGGUCAAACCUUACUACUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAAGCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...[[[.))))).((((((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((....................)))))......(((......((((..((..((....((((..........((((....(((((((.....))))))).....))))......((((((((((....)))).))))))....((((((.........(((((......)))))......)))))).......((((((........))))))...))))...))))..))))(((..(.(((...((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((((((...)))))))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....{{{{.....{{.)))}}.......}}}})))))).))))))))))..........(((((...<.((((...(((.......(((((.(((((((((((((((....))))))))).)))))))))))...((((......((((((((((((((((......)))))))))))))))).))))...........................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((.....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<..(((.(((((((((.((....)))))))))))..)))...<<..))>>...>>>....>>>>))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..((((((((((((......))))))..........)))..)))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((...((((((((....))))))))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..(.((((((((((((..((((((((((((((((((((((((.(((......)))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....)))))))))).........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(......(((((((((((...(((((.((.(((((.....((((...(((((....((((((.((((((((((.........((((((.((..(((.((((...(((...((((((..((((((.......(((((((....))).))))....(((((.......(((((((.....(((((((....))).)))))))))))...............((((((....))))).)............))))).((((((........))))))..))))))..)))))))))..((((((....))))))..........((((((...(((((.((((.....)).(((((((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))...........((..((((((((((...))))))))))......................((((((...))))))...)).....))..))))).)))).))).)))))))...)))))))..))))))...))))..)))..)))))))).))))))))))....((((...(((((.(((((((.((.((((....)))).)).).)))))))))))...((((.....(((..(((..(..((((......))))..)..)))..))))))).)))).................(((((((..((((....))))..)))))))..(((.(..((.((((((((((((((...)))))))))))))).))..))))...))))))........)))))..))))...(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....))))((((((((((.....)))))))))).((((((....((....)).....)))))).))))).)).))))).(((((((...........))))))))))..(((..(((((((((.((....)))))))))))..)))....(((((((...((((((.(((((.((..(((((..((.(....).))..........(((((..(.((((((((....((((((.....))))).).(((((((((.(((.....)))...........(((((...........)))))..))))))))).)))))))))..)))))((((.((((((((((.((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))).).)).((((......(((((......))))).....((.(((((((((............((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).((((...........))))....)).)))))))...((((((......((((..(((.((((....)))).)))..))))......))))))..)).((((((.((((..((....))..))))....((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))..))))).))))).)))).)))))..))..(((((((((..(((..((((..((..((((..((.(((((.(((......))).)))))))..))))...)).))))..)))..))))))))).))))).))))))........)))))))(((((....)))))...))))))))..) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................((((.............)))).......................................................................................................................((((((((.......)))))))).............................................((((........))))........................................(((((...)))))......................((((((((((...))))))))))........................................((((((...................................))))))..................................................................................................................................................................................................................................(((((((......................)))))))...........................((((((((((((((.....................))))))))))))))........((((((((((.....))))))))))................((((((((............................)))))))).........((.....(((..(((((((((.((....)))))))))))..))))).((....))............................................................................................................................((((((((((..................................))))))))))...............................................................((((((...............((((((((.......)))))))).........................((((((((.....))))))))....)))))).....................................................(((((((..........(((((.((((....))))......))))).....)))))))...............................................................................................................((((((((..((((((((((((((............((((((((.........................))))))))............)))))))))))))).))))))))..............((((((((((....))))))))))......... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................((((((((.................................))..))))))...................................(..............)............................(((((...............)))))......................................................((((((......))..)))).................................((((((((.......))))))))...................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((.(((((((((...)))))))))..)))..........................................................................................................................................................................................................((.........))..............................................................................................(((((((.....................))).))))............((((.....((((((((((((((((((......((........)).......)))))))))))).....((.....))(((.......)))........................((...........((((.........))))........))..................(((..((((((((...........))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).................(((....(((((((((........................................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))..................................................(((((.(((.((((..((((((.((((...................))))..))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).................)))))).....))))..................((..((((((((..........((((((((....))))))))..........)))))))).))...((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))..........................(((((((....((((((((((((((((((..(...((((((((.((((((((........))))))))))))))))...)..))))))))))))))))))...)))))))....................(((((....))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).........................(((((((((...(...((((((....))))))...)....)))..))))))................................((((((..........)))))).........................(((((.....(......)..)))))..................((((.((....))))))...................((((((......))..)))).................................((((((((.......))))))))..................................((((((..((.((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((...)))))))))).))).........................................................................................................................................................................................................((((.......))))..................................................................................(((((((((((((...)))))))))))))....................((((((((.((((((......((((((((((((((((((.....................))))))))))))))....(((.....)))..)))).....)))))).)))))))).........................(...........)..............................(((..((((((((.(((....)))))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((...........................................................(......................................).....)))))))).........................................................(((((.(((.((((..((((((((((((................)))))))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))......................................................(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....)))))))......((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))..........................((((.((...(((((((((((((((((((..(...((((((((.(((((((((......)))))))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..)).))))................(((.(((((....))))).))).......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).(((((((((((.......(((((..(((((((..........................................................(((((..((((((....(((((..(((....))))))))..((....))......(((((((.....(((((((....)))).))))))))))................(((((....)))))....................((((((........))))))..))))))..)))))....((((.(((((((...(((((((.......)))))))))))))..).))))..............((....((((((((.((.((((........)))).)).).)))..))))....))...........(((((....(((.....)))..))))).............(((((((((((((...)))))))))).)))..................(((((.....)))))...))..))))).)))))................(.....).........)))))))))))(((((...........................)))))....(.((((((.....((((....))))......)))))))(((((((((.......(((((((((((((((((......)))))))))))))))))..........................(((((((..((((....))))..)))))))............((((((((((((((...)))))))))))))).........................)))))))))...((.(((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))..))).))((((((((((.....))))))))))........................(((((....))))).........((((((...........)))))).(((((((....(((((((.(((....))))))))))((.(((((((((((.(.((....)).).))))))))))).))...................................(((((((((...(((.((...(((((.(((((..........................(((((((............((((((((((((.((..(((((.........(((.....(((........))).....))).....)))))..)).))))).)))))).)............)))))))......(((((.....((((((((.......)))))))).....))))).................((((((.....))))))..))))).)))))....))...)))..))))))))).......)))))))(((....)))..(((.((((((......((((..(((.((((....)))).)))..))))......))))))))).............(........((((((((.......((((.(((((((.((((((((.......))))))))...............................((.(.(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))..).))..)))))))))))(((((....)))))))))))))...).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((.......)))))))......(((((..((............(((((.((((((......((.........))............((((...................(((((...)))))..((((((......((.(((.(((((.(((((....................(((((....)))))((((((((......((((((......(((((....)))))...(((.(((((((.(....((((((........))))))..(((((....((((((..((((..(((((((...((((((.......)))))))))))))..((((........))))))))..)))))).))))).((.((((........)))).))............((((((...(((((...(.(((...(((.......))).))))(((((((..........((((((((((...)))))))))).......................(((.......)))((...(((((.......((((.....((....)).......)))))))))...))...........)))))))......(((((((.............(((((.((((((.....((((....))))......)))))))))))...((((.....(((((((((((((((((......)))))))))))))))))))))....................)))))))....))..)))..((((((.....(((....)))..............((((....((((((....(.(((..((((...)))).))).)..))))))...)))).))))))((((..((((((((...((((......))))....))))))))..))))..))))))((((((((((.....))))))))))...........).)))))))..)))..(...((((.........))))...)))))))......)))))))).(((((((.((((((((..((....)).))))))))....)))))))........))))).)))))))).)).))))).)......))))...........((((.(((((.(((((((..((.((((((.((((.....)))).......(((.....((((.......(((((((............((((((((((((.((..(((((.((..........(((.(((........)))))).......)).)))))..)).))))).)))))))((........)).)))))))((((((..........(((((((.........)))))))..............((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).((((...........)))).))))))......(((.((((((.(....((((..((..((((....))))..))..))))....).)))))))))...(((((((..........)))))))))))....)))..)))))).)).((((((((.......))))))))...........)))))))))).))..(.(..((...(((((.....(((((((((..(((..((((..(....(((((((.(((((.(((......))).))))))))))))....)..))))..)))..)))))))))....)))))....))...)..)..))))..))))..)).)))))...)).))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))(((((((((((((......(((((..(((((((..(..............(((((.............................(((...((((((..((((((....(((((..(((....)))))))).(((....))).....(((((((.....(((((((....)))).))))))))))........((......(((((....)))))....))..............((((((........))))))..))))))..)))))))))((((.(((((((...(((((((.......)))))))))))))..).)))).......((((..(((.(..((((((((.((.((((........)))).)).).)))..))))..).)))..))))...((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).))).............)))))((((((...)))))))..))..))))).)))))........(((..((((.....)).)).))))))))))))))))(((((......(........).((....))))))).....(.((((((..((.((((....)))).))...)))))))(((((((((.((((..(((((((((((((((((......)))))))))))))))))..((........))........(((.(((((((..((((....))))..))))))).)))(((..(.((((((((((((((((.))))))))))))))).)))))(((...))).....)))).)))))))))...((.(((.(((((.((((((((.(.((((......))))..).)))))))).)))))..))).))((((((((((.....))))))))))........................(((((....)))))........(((((((...........)))))))(((((((((..(((((((.(((....))))))))))((.(((((((((((.(.(((()))).).))))))))))).))..........(((............).....))..(((((((((..(((((((...(((((.(((((............((((..........(((((((..(...((((..((((((((((((.((..(((((..((.....(((.((.((((........)))).)).)))..)).)))))..)).))))).))))))).)))).....)..))))))).)))).(((((.....((((((((.......)))))))).....)))))...............((((((((.....))))))))))))).)))))....))..))))).))))))))).....)))))))))((((()))))..(((.((((((.(....((((..(((.((((....)))).)))..))))....).)))))))))............(((((.....((((((((.......((((.(((((((.((((((((.......))))))))...............................((.(.(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))..).))..)))))))))))(((((....)))))))))))))))))). |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................((((((........((((........))))................((((.................................((((..((....))))))........))))................(((((.(.........).))))).....................((..........))....................((((((........))))))...........................(((...((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((...)))))))))..)))....................................((((((.......((((..(...........).....))))))))))................................................(((((.(((((((.((((((......))).)))).)))))))))))...................((((((((((......))))))))))...................................................................))))))..............((((((((...................))).)))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((.....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..(((((((((..(....).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))................((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............((((((....((((..(((((..((((((.......)))))).........)..))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....)...(((.((((....)))).)))...........))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((.(((((......))))).)))))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....))))).............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.........))))...........................((((((........(((((......)))))......(((((...((((.................................((((((..((....))))))))..........................((((..(........)...))))......(((((.........(((((......)))))......)))))........((((((........)))))).................................((((((((.......))))))))...................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))....................................((((((...................................))))))..............))))..))))).......................(((((.(((((.(((.(((((....))))))))...))))))))))......(.....(((...(((((((((((......)))))))))))...))))............................((.......(((....)))...)).......))))))..((((((((((((((...))))))))))))))...................(((((((..((((((......((((..(((.((((((..((((((......))).)))....)))))).)))......(((.....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....))))))).................(((..(((((((((.((....)))))))))))..)))...((....))......................((..(((((....)))))...))...........((((....(((((((((.....((..((((.....................(((....)))..)))).))...(((((...(((..(..............)..))).....)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............((((((.(..((((..((((..(((((((.......)))))))...........))))..)))).)...((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((...(.(((...(((.((((....)))).)))....))))...))))))))))..((((((((((((..........))))))......(((....)))....((((((((.......))))))))......))))))....................(.(..((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((..(((.(((((......))))).))).)))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).).........((((.(((((....))))).))))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((.[[[[[..((((((((...)))).)))).)))...]]]]]..(((((((((((.........(((((((..((((((....................((((.......[[[[[[.)))).....]]]]]]......))))))....(((((((.....(((((((....))).)))))))))))....((((((......(((((....)))))[[[[[........)))))).((((((........))))))......]]]]]........(((...[[[[[[[...)))..(((((....)))))]]]]]]].(((.((((....(((((((.(((....(((((((.....((((........))))......)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))...............((((((((((...))))))))))..(((.................((((((...)))))))))...........))))).)))).))).))))))).......(((.....)))...))))...)))..))))))).)))))))))))((((........))))((((((.....((((....))))......)))))).(((((((((.(((((((....((((((((((((......))))))))))))......(((........))).)))))))...(((((((..((((....))))..)))))))....(((.....((((((((((((((...))))))))))))))...)))....((((.....))))..))))))))).(((..(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....))))((((((((((.....)))))))))).[[[[[[.....))).........]]]]]].((((...[[[[..))))...]]]].................((((((((.(((........(((((((((((((((...((((((........(((((....)))))..)))))).....((((..((((.....))))..((((....((((....((((((((((.(((((((.......(((((((((.(((.....)))...........(((((...........)))))..))))))))).............))))))).))))))))))....)))))))).(((..((((((((((.....)))).))))))..)))......)))))))))))))).)))))...((((((((.......))))))))))).........(((((.....((((((((....))))))))..))))))))))))).....((((((((((.....)))))))....[[[[[[[.............)))..]]]]]]](((((((.(((.((((....)))).)))..[[[[[[[....)))))))..]]]]]]]...((((((.....((((((((.......((((.(((((((.((((((((.......))))))))...((((....(((.....)))..............(((((.....(((((((((..(((..((((......((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))......))))..)))..)))))))))....)))))....)))))))))))))))(((((....))))))))))))))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((.......)))))))......((((((((....((((.((((.((((.((...(((((((....))))))).....))))))...)))).(((....(((...((((((..((((((.......(((((((....))).)))).(((....))).....(((((((.....(((((((....))).)))))))))))....((((((....(((.(((....))))))............)))))).((((((........))))))..))))))..))))))))))))...((((((...(((((((.......))))))))))))).(((((((.....(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...))))))))).))))..................((((((...))))))((......))))..))))).)))).))).))))))).(((((((((.((((....))))((((((((((((((((......))).)))).)).)))))))(((.((((((...((((((....)))).))...)))))))))(((....)))....(((((((((((((((((......))))))))))))))))).(((........)))...........(((((((..((((....))))..)))))))...))).))))))(((((((((((((...))))))))))))).....((.(((((.(((..........((((((((.((((.(((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))..))).))))..((((((.....)))))).(((.........))).((((((((((((((((....))))).....((.(((((((...........)))))))))(((((((.(((((((((.((....)))))))))))...)).))))).........))))))))))).(((((((...((((.(((((((((...((((..(((((......(((((((((..(((((.((..(((((.(((((.......(((.....)))........(((((((......((((..((((((((((((.((..(((((..((.....(((.((.((((........)))).)).)))..)).)))))..)).)))).)))))))).))))........))))))).(((.((((..(((..((((((((.......))))))))...........)))..)))))))..((((((((.....))))))))))))).))))).....)).))))).)))))))))....))))).(((((....)).))).(((.((((((......((((..(((.((((....)))).)))..))))......))))))))).))))..)))..)))))).)))))))))))...((((((....)))))).((((((((.......)))))))).....)))))))).)))..))))).)).))))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).))))).))))...........((.(((((....))))).)).))).))))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((.((...(((((.....(((................................(((((((((((.........((((((.(((((((.((((.........((((((..((((((....((((((..((....))))))))................(((((((.....(((((((....)))).))))))))))................(((((....)))))....................((((((........))))))..))))))..))))))...((((..((((((...(((((((.......)))))))))))))....)))).....(((((((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))............(((...(((((.....)))))...)))........))))).)))).))).))))))).......((.......))...))))..))))))))))))).)))))))))))..........(((((.((((((...((((((....)))).))...))))))))))).............((((((((((((((((......))))))))))))))))...........................(((((((..((((....))))..)))))))............((((((((((((((...))))))))))))))........................................(((.(((((.((((((((.....((.......)).....)))))))).)))))..)))...((((((((((.....)))))))))).......................................................................((((((((...(((((((.(((....))))))))))...(((((((((......((((....)))))))))))))....(((........)))....................((((((((((([[[[......[[[[[.[[[[[..........................[[[[[[[........[[..[[[[[[[[[[[[.[[..[[[[[...........[[[[[[[))......]]]]]]]...........]]]]]..]].]]]]].]]]]]]].]]..........]]]]]]]................((((((((.......)))))))).........................((((((((.....))))))))]]]]].]]]]].........]]]].)))))))))......))))))))....))).....))))){{.)).)))).))))).(((.((((....)))).)))......(((..((((}}.....))))..))).((((((.....((((((((.......((((.(((((((.((((((((.......))))))))...............................((...(((((.((...((((((((..(((..((((......((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))......))))..)))..))))))))..)).)))))....))..)))))))))))(((((....))))))))))))))))))) |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.((((((((.((..........((((((((...)))).))))..((((.(((..(((((((....)))))))..))..))))..).(((((..............................((((((..(((....))))))))).....))))).....((((.....((((((.............)))))))))).((((((........(((((......)))))....).))))).......(((((((((....)))))))))..................(((..((((((...(((((((((.....)))))))))))))..)).))).......((((((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((...)))))))))).)))..)).......................................))..))))).)))).))).))))))........(((.(((((((..........))))))).))).......................(((((.((((((..((.((((....)))).))...)))))))))))...((((......((((((((((((((((......)))))))))))))))).))))......................(((((((.((((......)))).))))))).....(((((...(((((((((((((...)))))))))))))....................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((.....)))..))))..)).)))))).))))))))....(....)...(..(((((....)))))......)....................)))))...((((((..((((((((.((....))..))))))))..)))..(((....))).)))......................((((....)))).........................((.((((.....)))).))........................(((....))).........................((..(((..((((....))))..)))...((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..((((((.((((((((...)))))))).....).))....)))..)))))).)..(((((((.....))))))).....))))))).............((..((((..(((...)))))))..))..........((.((((((((..(.((((.(((((((((....)))))))).)).))))..))))))))))...((((((.(((((..........))))).....(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).)))))))))))..((((.((..((((((((((.(((..((((..(...((((((((.(((((((((......)))))))))))))))))...)..))))..))).)))))))))).)).)))).............))..((((((((....))))))))))))))))..) |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((...............(((((((...)))).))).......(((((((((((((....))))))).............((((((.....(((((...........))))).....((((((..((....))))))))......)))))).............(((((((...........)))))))........)))))).....(((((......)))))...((............)).((((((......))))))..................(((((....((((...((((((((.......)))))))))))).....)))))....................((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((...)))))))))).)))..)).................(((...............))).))..))))).)))).........((.....))((((.(((((((..........))))))).))))......................(((((.(((((((((((((((....)))))).))))))))))))))....(((.....(((((((((((((((((......))))))))))))))))))))........................((((((.((((......)))).)))))).....((((((...(((((((((((((...))))))))))))).(((.(((.(((........((((((((.((((((.((...((((.((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))).....(((.....)))..))))..)).)))))).))))))))...((....)).....(((((....))))).......))).)))....)))......))))))..((((((..((((((((.(((....)))))))))))..)))...((....))..))).........(.((....(((..(((((((.((((............................((((.....))))))))))))))).......)))......(((....))).)).).....................((.(((((((((....)))))))))....(((((((((((((.((((((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).)))))))))...((((((.((.((((..((((((.(((((((.....))))))).......))...))))..))))).)..((((((((.....))))))))....)))))).............(((..((((..(((...)))))))..))).........((.((((((((.(..((((.((((.((((....)))).))))..)))))..))))))))))...((((((.(((((.((....)).)))))..(.((((((....))))))..((((((((.....)))))))).).....)))))))))...))))).))))))))))...((((.((..((((((((((.(((..((((..(...((((((((.(((.(((((......))))).)))))))))))...)..))))..))).)))))))))).)).))))................(((((((((....))))))))))))))).).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((.(((...)))....((((((((...)))).)))).(((((.((((((.(((((((((((.........(((((((.((((((.((((...(((...((((((..((((((.......(((((((....))).)))).(((....))).....(((((((.....(((((((....)))).))))))))))..............(.(((((....))))))...................((((((........))))))..))))))..)))))))))((((..((((((...(((((((.......)))))))))))))....))))...(((((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))..................((((((...))))))((......))))..))))).)))).))).)))))))....)).(((.....)))...))))..))))))))))))).)))))))))))...((((((((((((.((((((...((((((....)))).))...)))))).(((((((((..((...(((((((((((((((((......))))))))))))))))).(((........)))...........(((((((..((((....))))..)))))))....(((.....((((((((((((((...))))))))))))))...))).((...)).......))..))))))))).((((.(((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))..))).))))((((((((.....))))))))..........((((((....((((((.(((..((((............(((((((...........))))))).((((((((.((((((((.(((....)))))))))))..((((((((((......(((....))))))))))))).(((((.(((...((((.................((((....((((((((((.(((((..(.....)...........((.....)).............((((...........))))......((((((........)))))).))))).))))))))))....)))).....(((((((((((((((.....)))).))))))))))).....)))).))).)))))..........((((((((.......))))))))............(((((.....((((((((....))))))))..)))))))))))))........))))..))).))))))..))))))((((((..(..(((...))).)..)))))).(((((((..((.((((((..((((((..................)))))).((((((.((((..(......)..))))....((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))).....))))))))..)))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))...))))..))))))))....))))..)).)))))..))))))).). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((...........(((.......(((.....)))...).....)).((.....(((((...(((......))))))))))(.((((((((......((((.........))))...)).)))))).)...(.((((((......))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((...((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((..........((...(.(((...(.((.....).)...(..)..)).)))))..((....)).........((((.(((((.......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........(((((((((.................))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((.....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((....)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((.((.((..((((....))))(...)...........(((.((((((((((((.....))))(((.((((((.......(((.(......((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((................))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))......((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).))).)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((((..........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....))))))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((.(((..(((((((((((.(.(((.........(((.(((.((((...((....(((.......)))...)).((.....)).........(((.....(((....((((.....((((((..((....))))))))........((........)).....(((((.....((....))..)))))..((((((((((......((((.((....))))))...)).))))))))...(.((((((......))..)))))..))))...)).)..))).((.....(((...((((((((.......)))))))))))......(((...((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))...)))..))..)))))))))).(....((((((...(((((...))))).)))))))...........(((((((((((((...)))))))))).)))......((.......((.....)).)))))...).(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))...(((((((.(.......(.((...(((((.......(((((.(.........)....))...........).......))(.(......).....)..(((((.((((.......))))..)))))......(....)....(((((.......((...(((.....)))(((....))).....))......)))))..............(((((((((((.............))))))).))))..(((.......(((((......((((.((((.(((((((((((.(((......))))))..)))))))).)))).....(((.....)))..)))).....)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))......)...((((((((((..((((((((.((((..))))))))))))..)))...((....))..))))....)))..((((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))(((.((((((..........((.....))(....)...(((((.(((..(((((....((......(..........)..))......)))))..))).((.((((((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..))))))))...(((((.(((.((((..((((((((((....................)))))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).........)))....))))))........))))))))))).)....)).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))....(((((((((.....))))))))).....)))))))))))))))).....)).))))..((((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((.(((((((((......)))))))))))))))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....))))))))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((...........(((....)..(((.....))).........)).((.....(((((...(((......))))))))))(.((((((((......((((.........))))...)).)))))).)...(.((((((......))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((...((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((..........(....(((((.(...((.....).)......).)...)))))..(......).........((((.(((((.......)))))..)))).............((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........(((((((((.................))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((.....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.(((....)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((..............((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))....(((((.(((.((((..(((((((((...((................))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))........))))))))..((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((.(((((((..........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....))))))))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((.(((..(((((((((((..((((.........(((.(((..(.....((....(((.......)))...)).((.....)).........(((.....(((....((((.....((((((..((....))))))))........((........)).....(((((.....((....))..)))))..((((((((((......((((.((....))))))...)).))))))))...(.((((((......))..)))))..))))...)).)..))).(((....(((...((((((((.......)))))))))))......((....((((((((....))))...)))).(..((.((((........)))).))...))).....)))).)))))).(....((((((...(((((...))))).))))))).(.........(((((((((((((...))))))))).))))....).((......(((.....)))))))))....(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))))))))))))))...(((((((.(.......(.((...(((((.......(((((.(.........)....))...........).......))(.(......).....)..(((((.((((.......))))..)))))................(((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..............(((((((((((.............))))))).))))..(((.......(((((......((((.((((.(((((((((((.(((......))))))..)))))))).)))).....(((.....)))..)))).....)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))......)...((((((((((..((((((((.((((..))))))))))))..)))...((....))..))))....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))(((.((((((.........(((.....)))........(((((.(((..(((((............(((..(((......)))..))))))))..))).((.((((.(((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))).(((((((((((.((((..(((((((((((..................))))))..)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))..........)).)).))))))........))))))))))).))....).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...(((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......)))))))))))))))))...)).))))...(((((.((..(((((((((..(((..((((.((...((((((((.(((((((((......)))))))))))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).))))).....))))))))))(((((((((....))))))))))))))).... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((...)))....((((((((...)))).)))).(((((...((((((((((((((((.........(((((((.((((((.((((...(((...((((((..((((((....((((...(((....))).)))).(((....))).....(((((((.....(((((((....)))).)))))))))).....((((((.(.(.(((((....)))))))).)).........)))(.((((((........))))))).))))))..)))))))))((((..((((((...(((((((.......)))))))))))))....)))).....(((((((.(((....(((((((...((((((.(.....))))).))...)))..))))((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))............(((...((((((...))))))...)))........))))).)))).))).))))))).......(((.....)))...))))..))))))))))))).)))))))))))...(((((((((((((((((((...((((((....)))).))...)))))).(((((((((.((((..(((((((((((((((((......))))))))))))))))).(((........)))...........(((((((..((((....))))..)))))))....(((.....((((((((((((((...))))))))))))))...)))..............)))).))))))))).((((.(((.(((((.((((((((((.(((((...).)))).)).)))))))).)))))..))).))))((((((((.....)))))))).......(((((((((....((((((.(((..((((..........(.(((((((.((.(...)))))))))))((((((((.((((((((.(((....)))))))))))..((((((((((......(((....)))))))))))))((((((.(((...(((((...............(((((....((((((((((.(((((((((...))).....(((.(((.....)))...........(((((...........)))))..)))((((((((....)))))))))))))).))))))))))....)))))....(((((((((((((((.....)))).)))))))))))...).)))).))).))))))((((.....((((((((.......)))))))).....))))...(((((.....((((((((....))))))))..)))))))))))))........))))..))).))))))..))))))((((((..((.(((...)))))..)))))).[[[[[[[..[[.[[[[[[[(((((((..................)))))))[[[[[[(((((............))))))))((((((....)))))).(((((((((....).))))))))......]]]]]]....]]]]]]]]]..]]]]]]]..(((((.....(((((((((..(((..((((......((((((((.(((((.(((......))).)))))))))))))......))))..)))..)))))))))....)))))..)))))..))))))))...))))).....))))).)))))))).)) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((...........)))....................((((.......((..............................((((((...(((((......................................(((....)))(((.....))))))))......(((.....(((((...............)))))...................((..............((.((..............((((((......))..))))...............((((.(((....(((...((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).(((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((...)))))))))....................................................))))).)))).)))..)))))).(((((((((......((..............(((((((......))).))))...................................................................................................................(((..(((.....)))..)))......)).(((....)))...........))).))))))..........(((.............(((....................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((.....)))...........))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((.............)))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((...(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....(((....)))((((........(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))..))))((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((.((((...(((..................................)))...))))))).........................((.....)).......))))))..))))))...)).))).))))))))).))...)))).))(((((((.(.....)...((..((((....))))..))...........))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))))((((.((....(((.(((..(((..((.(..(...(((((((......((((........)))).....)))))))...)..).))..)))..))).)))...)).))))..))))..............(((((....))))).............. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))...........................((((((........(((..................((((((((.((((((...............(((.....)))......(((((..........))))).......))))))((((.........(((((.....((....))..)))))((.................((.................................((((((......))..))))....((((((.......((.((((((.......((((((((.......)))))))).........((((((.(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...))).......((.((....))))...))))))..((((.....)))).))))).).))........(((((((((((((...)))))))))).))))))))).......................)).....(((((((((....(((....)))..)))..((.....))..))))))..))))))..........)))))))).......(((....)))...............................................................................................................)))...............((((((......(((....)))..))))))....))))))..(((((((((((.........)))))))))))...............((.((((((..........((.(.((((...(((.((((((..((((((......))).)))....)))))).)))..........((((((((((.....))))))))))...........((....))...(((((((....))))).....((((((...((((..((.........((((((((((..((((((((.(((....)))))))))))..)))...((....))..))))....)))......))((((.(.(((....)).).).)))).))))...))))))((((((..(((..((.((((.((.((((((.................(((....))).(((((.(((..(((((........((.(((.(....).))).))......)))))..))).((.((((((((((((......((..((....))..)).((......))......))))..(.(((((.(((.((((..((((..................................))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))....))))))........))))))))))).))...)))).))(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))........)))))).).))((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((......(((((......))))).....)))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))..)))))).))....((((.(((((....))))).))))......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((.((((.((((...((((((((((...((..((((.((((.((...(((((((....))))))).....))))))...))))..))...((((((((.......(((((((......(((((((....))).))))......((((......(((((((.....(((((((....))).)))))))))))....((((((......(((((....))))).............)))))).((((((........)))))).))))........))))))).......((((((((((((.((((...((((((...(((((.((((.....)).(((((((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((((((...))))))))).)))).........(..(((...((((((...))))))...)))..).))..))))).)))).))).)))))))...)))))))..))))))...))))...(((.(((((((.((((((.(((....))).(((((((((((((((((.((.((((....)))).)).).)))))).(((((((((.((((...((..(((..(..((((......))))..)..)))..))........(((((.(((..........(((((((..((((....))))..)))))))..(((.(..((.((((((((((((((...)))))))))))))).))..))))..)))))))).)))).))))))))).((((.(((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))..))).))))....))).))))))).)))))).))))..))).)))...........(((((....)))))...)))))))))))).))))))))......))))))..(((..(((((((((.((....)))))))))))..)))...((....)).))))...))))..)))).))))....((((((..(((.....(.....).....)))....((((..(((.....)))..)))))))))).........))))).))))........(((((((....(((.(((...((..((.(((..((((....))))..))).....))..))..))))))..(((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))).)))))))((((((..........((((((((.......))))))))..............((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).((((...........)))).))))))...((((((.((((((......((((..(((.((((....)))).)))..))))......))))))))).))).......((((((.....(((((((........((((.(((((((.((((((((.......))))))))...((((.(...((....((....))..))......(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((..((.(((((.(((......))).)))))))..))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))..).)))))))))))))))(((((....))))).))))))))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((...(((................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(......))))(((......((((.(.((.(((.((...((((......)))).......))).))...)))...((.....(.((.((((.......................(.(..((.(((((.........(.......((((......((((..........)))).))))(..(((((......((..............))..)).))))..(((..........)).)......((....................))................................((.((.....((....(((((.......))))).))...))...)).........((((.....(...).))))).)))))))...))))))....))).))..((.(((((....((((((.((.....(((((((.......((.....................))...........))))))).)).......)...(.(((((......))))))...............(((.(((((.......((((((((((......(((....)))..)))))))))).))))).....))).(((.....)))...(((((((...(((((.(...((((((((((((((((.((((((.....)))).))...)))))))))))))....(((....)))...))).)...)))))...)))))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..((((((..(...(((.((((((..(((((((..........)))))).)..))).............))).....)))...)......)))))).....))))).)))))...))..(((.(...(.((.............................................................(((.((((..(((((.........................)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).................(((((((((((..(((.......((((((((....))))))))....))).....)))))))))))...(..((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......)))).))............))))((((((((..(((((.((..(((....((((((.(.....)))))))........)..)..)..).)...)))).)..))))))))))))...)))..((.(((((....))))))))))))))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((....((.((((.....)))).)).))))......((.........(....((((((....))))))...............................................................................................................................................................))).((..((..((((...........................(...(.....((((.(((....(((....(((((((.......))))))).)))......)))...))))......).....).((((...((.((((((........)))).))...))...))))((((.(((((..((......((...(((...(...(((...((.((.((.....(((...((((((((((...)))))))))).)))...))....))...))...))).....).))).......).).))..))))).))))....).....)..........((((...((.(.((.....((.(((...(((.(...(((((((((........((....(..((.(...................).)).....)..))..............((.........((((......))))....................)))))))..........)))).)....))).)))....))......)).)...)).)))).((((((((((((((...))))))))))))))(((................(((((((...(((((.(....(((((((((.(((((((.((((((......))).)))...))))))).)))))....((.(....)))..)))).)...)))))...))))))).).))................))...))....)).(((((.(((.(((.((((((..(...(((..(((((..((((((((.(((....)))))))))))..))).............))......)))...).......))))))...))).)))...............)))))(((((((((((.....))))(((.(((((((((....(((((.....(((.....((..(((((((.(((........(((((((((((.((..(((((.((...(((....((.((((........)))).))..))).)).)))))..)).))))).))))))..)))...).....(.(((((((((.((((..((.(..(..(....(............).)..)...)...))..)))))))(.((((.(((.....)).)))))...)))))))...)....)))))).))..)))...)).))).))))))))).....))).(((.((((((......(((...(((.((((....)))).)))....))).....)))))))))...((((((((((............)))))......(((....))).((.((((((((.......))))))))....))))))))))))))(((....((.((...(...((((.((...((((((((..(((..((((..(..........(.((..(.(..........))...).).)........)..))))..)))..))))))))..)).)))).).)).)).)))))))(((.(((((....))))).))).......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.((((((((...............................................(((((((((((.........((((((..(..(((.((((.........((((((..((((((...........(((....)))...........(.........(((((((.....(((((((....)))).))))))))))................(((((....)))))................)...((((((........))))))..))))))..))))))...(((..((.......((((((((.......))))))))......))..))).....(((((((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))............(((...((((((...))))))...)))....))..))))).)))).))).))))))).....................))))..)))..).)))))).)))))))))))................((((((.....((((....))))......)))))).(((((((((..(((...((..(((..(..((((......))))..)..)))..))...........................(((((((..((((....))))..)))))))...((.(..((.((((((((((((((...)))))))))))))).))..)))............)))..))))))))).((((.(((.(((((.(((((((((..((((......))))..).)))))))).)))))..))).))))..........................((((....((....)).....)))).......................................................(..(((...........)))..)....(((((((..........((....))....)))))))...............................................................................................................................................................................(((..(((((.((((.....))))..)))))..)))..............................((((((.........))))))...............((((((((...(..(((((.....)))))..)..((.....))........)))))))).....................................((((((.......((...(((.((((....)))).)))...)).......)))))).....((((((.........................((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))........................(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((..((.(((((.(((......))).)))))))..))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))...................(((((....)))))...)))))))).). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((((.((...(((((...(((((..(((((...((((...(((((....((((((...((((((((.........((((((.((..(((........(((...((((((..((((((.......(((((((....))).))))....(((((.......(((((((.....(((((((....))).)))))))))))................(((((....)))))..............))))).((((((........))))))..))))))..)))))))))..((((((....))))))...((((...((((((...(((((.((((.....)).(((((((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..))))((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))...........((..((((((((((...))))))))))......................((((((...))))))...)).....))..))))).)))).))).)))))))...)))))))..))))))...))))..)))..)))))))).)))))))).(((.(((((....((((.((((((...((((((....)))).))...))))))))))((.(((.(((((((((..(((..(..((((......))))..)..)))..))..(((........))).)))))))...(((((((..((((....))))..)))))))....))).))..((((((((((((((...))))))))))))))))))).)))...))))))........)))))..)))).))))).(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))..((.(((((((((((((.....))))))))))........((((((....((((((.(((..((((............(((((((...........))))))).((((((((.(((.((((...(((((((((((..(.((.((((((((((......(((....))))))))))))).))..(((((((...((..((((....(((((..(.((((((((.....(((((.....)))))...(((((((((..(((....((.........))..((((...........)))))))))))))))).)))))))))..)))))..))))))...))).....(((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))).)))).)..)))))).)))))...))))........(((....))).))).........(((((.....((((((((....))))))))..)))))))))))))........))))..))).))))))..)))))).))).))..)))))...)))))...)).)))))))))).(((..(((....)))..))).....((((..((((.......))))..)))).(((((.....(((((((........((((.(((((((.((((((((.......))))))))...............................((...(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((((..((.(((((.(((......))).)))))))..))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))....))..)))))))))))(((((....))))).)))))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
|
|
CAACCUGGUUGAUCCUGCCAGUGGUAUAUGCUUGUCUCAAAGACUAAGCCAUGCAAGUCUAAGUAUGAGGAAUAAUUAAGACGAAACUGCGAAUGGCUCGGUAAAACAGCAAUAAUUUCUUCGGUGAUUUUUACUACUCGGAUAAUCGUAGUAAUUCUAGAGCUAAUACGUGCCACAAUGCUUGGGUUUACUCAGGCAGUGCCGUUUAGAUAACAACACCAACAUAUGGUGAUUCAUAAUCGUCUUUCGGAUCGCUGGCGAAAGCCGGCGACGCACCGUUCAAAUUUCUGACCUAUCAACUUUCGAUGGUAAGGUAGUGUCUUACCAUGGUGGCAACGGGUAACGGACCGUGGGUGCGGGACUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGUAAAUUACCCAAUCCAGACUCUGGGAGGUAGUGACAAGAAAUAUCAAUAGGGGACCCAUAAAGUCUUCUAAUUGGAAUGAGAACAAGCUAAACAGCUUAUCGAGAAUCCAGCAGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCUGUAAGCGUAUACCAAAGUUGUUGCAGUUAAAACGCUCGUAGUCGGACUUUGGCAAUUCCGGAUGUGUGCGCGUCGUGCGCGCACUUUGCAGGGGUUGCUUUUGUGGGCAUGCGUGGGAUGAUGCGACUUUAUUGUCGAACGUCCCUACGCAACCACCUUUUACUGUGAGAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCAAUUGCCGUGAAUACAUUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGACUCGGUCUUAUUUUGUUGGUUUGUUAGGGCUGAGUAAUGAUUAAGAGGGACAGUUGGGGGCAUUUGUAUUCAGGCGCUAGAGGUGAAAUUCUUAGAUUGCUGGAAGACAAACUGCUGCGAAAGCGUCUGCCAAGGAUGUUUUCAUUGAUCAAGAACGAAAGUAAGGGGAUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCUUUACUAUAAACGAUGAGGACUGGGGAUCGGGCGAGGAAUAUCGAUGACCCGCCCGGCACCCUCCGGGAAACCAAAGUGUUUGCUUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCAUCACCGGGUGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUUACCAGGUCAGGACAUAGUGAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGUUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAGCGAGACCUGGGCGUGCUAAAUAGGGGCUACUACCAUUUUGGUAGUACGUUUUCCCCUUCUUAGACGGACUGUGGGCGUCUAGUCCACGGAAGCUCCAGGCAAUAACAGGUCUGAGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCCGCACGCGUGCUACACUGAGUGGAUCAGCGGGUCAGGUUGCACGAAAGUGUUUCCUAAUCUUUAAAUCCGCUCGUGAUGGGGAUUGACGGUUGCAAUUUUCCGUCAUGAACGAGGAAUACCUUGUAAGCGCGGGUCAUCAUCCCGCGCUGAAUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAGUGGUCCGGUGAGGCUUUGGGAUUGCGAUGGAAAGAGCGUCUCGCUCGUUCUGUCGUGAGAACUCAGUCGAACCUUAUCAUUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAAGC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....(((((...<<<.))))).((((((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((.....................)))))......(((......((((..((..((....((((...........((((....(((((((.....))))))).....))))......((((((((....))))))))....((((((........(((((.....))))).....)))))).........((((((((....))))))))...))))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((((((...)))))))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....[[[[.....[[.)))]].......]]]])))))).))))))))))..........(((((...{.((((...(((.......((((((((((((.((((((((.....)))))))).)).).)))))))))...((((...(((((((((((.((((((......)))))))))).))))))).))))...........................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........{{{{{{..(((.(((((((.((.(((....))))))))))))..)))...{{..))}}...}}}....}}}}))).(((......((((....))))....)))...>>>..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..(((((.((((((((...))))))))......)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((...((((((((....))))))))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..(.((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((...)))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....))))))))))........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......(((((((((((...(((((.((.(((((......((..(((((((((.((((...(((.....)))....)))).....)))..))))))..))....(((((......(((((((..((((.((((((..........)))))).((((((.(((((((((((((.(((((((((((....))))))).((.((.............(((((.....)))))..((.(((((((..(((((.((((((((....))))))))...............((((((..((((((.(((.(((((((((.....)))))))))....((((((((((..(((((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).))..............((....)).....(((((((..(((((....((..(((((....))))).)).....))))).)))))))..))))).)))).))).))))))....))).(((.....)))...)))).....)))))).(((((....((((((((..((....(((((((((......(((((((.....)))))))......)))))))))...((((...(((((((((((...((((......))))..)))))).))))).)))).))..)))))))).........(((((((..((((....))))..))))))).)))))...)))....((((((((((...))))))))))))))))..)))))).)))))..))))))).)))).)).))))..)))))..)))))..))).))))))...........))))..)).))))).....))))).((((((((((.....)))))))))).((((((....((....)).....)))))).))))).)).)))))..(.((((((((((.......).))))))))).)....(((((.((...........))))))))))..(((((.(((((.((((...)))).))))).))))).....((((....))))(((((((...(((((..(.((((((((....((((((.....))))).).(((((((((.(((.....)))....(((((...((....))...)))))......))))))))).)))))))))..)))))..((.((((((((((.((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))).).)).((((((((.....(((((((((((((.....))))))).)....))))).(((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))..((((...........)))).))))))......(((.((((((((....((((.(((..((((....))))..))).))))....)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))..))..))))).))))).))....(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..(((((((((((.(((((...))))).)))))))))))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))...........))))))).(((((....)))))...)))))))).) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................................................................................................................................................................................((((((((....))))))))..................................((((((((((...)))))))))).............................................((((........))))........................................(((((...)))))......................((((((((.......))))))))........................................((((((...................................))))))................................................................................................................................................................................(((((((................)))))))........................(((((((((((..............))))))))))).......................((((......(((((..........................))))).......................))))............................((((((((.......((((.........))))....))))))))................((((.(((((((................)))))))...)))).((....)).................................................................................................................................................................................................................................................((((((..........(((((.((((((((...))))))))......)))))...........((((((((.....))))))))....)))))).....................................................(((((((((....((((((((..((((....))))..))))))))....)))))))))..........((((((..........))))))....................((((((((.......))))))))..............................................((((((((((((((.............................................................))))))))))))))....................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................((((((((..................................))..))))))................................................................................(((((..........))))).....................................................((((.(((....))).))))..................................((((((((.......))))))))...................((((....))))......(((..((.((((........)))).))...)))........................((((....(((.....)))..))))..............(((.(((((((((...)))))))))..))).........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((((.....................)))).)))............((((.....((((((((((((((((((.......(........)........)))))))))))).....((....))(((.......)))........................((...........((((.........))))........))..................(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..........................(((((....))))).................(((....(((((((((........................................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))..................................................(((((.(((.((((..((((((.((((.............))))..))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))).................)))))).....))))..................((..((((((((..........((((((((....))))))))..........)))))))).))...((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))..........................(((((((....((((((((((((((((((..(...((((((((((((((((.....))))))))))))))))...)..))))))))))))))))))...)))))))....................(((((....)))))............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.........)))...........................((((..........................................)))).................................................................((((((.((((.....(((((..(....)..))))))))).))))))..........................................((((.(((....))).))))..................................((((((((.......))))))))...................(((......)))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((........((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((...)))))))))).)))...............................................))))).))))............................................................................................................................................................................................................(((....((........))....)))...........................((((((.....................)))).))...((((((((.((((((......(((.(((((.((((((((((.(((........))).)).)))))))).)))))....(((....)))...))).....)))))).)))))))).......................((((.........))))............................(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))...........................(((.......)))............................................................................................((((((((((((.............((((((((((................))))))))))........(((((.(((.((((..(((((.(((((.............)))))..)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))...................((.............))..............((..((((((((..........((((((((....))))))))..........)))))))).))..(((((.((((((..........))))))..................(.(((((((((.....))))))))).).....))))).......)))).))))))))....((((((((...(((((((((((((((((((..(...((((((((((((((((.....))))))))))))))))...)..)))))))))))))))))))..)))))))).................(.(((((....))))).)........... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).((((((((((..........(((.((((((((..((((..................))))......))..)))))).)))............................(((((((..........)))))))............((((((((((..((((((((....))))))))))................(((((.....)))))....................((((((((....))))))))((((((.............((((...........((((((((((...)))))))))).........))))...........))))))....(((((((.((.((((........)))).)).).)))..)))........))))))))............(((((..........................((((((((((.......)))))))).))(((....((..(((((....))))).)).....)))............)))))................................)))))))))).....................................(((((((((......(((((((.....)))))))......)))))))))...((((...(((((((((((...((((......))))..)))))).))))).))))......................(((((((.....(((....))).)))))))............((((((((((((((...)))))))))))))).........................................((.(((((.(((.(((.......................))).))).)))))..))...((((((((((.....))))))))))........................(((((....)))))............(((((((............))))))).....(((((((.((.((....))..)))))))))(.(((((((((((..(((.....))).))))))))))).)...((((....)))).....................(((((((((((..(((((((.(((((.(((((...............((((((((...(((((((............((((((((((((.((..(((((..(......(((.....(((........))).....)))...).)))))..)).))))).))))).))............))))))).................((((((((...)))))))).)))))))).............((((((((.....))))))))))))).)))))......................................((....)))))))))((((((((....((((.(((..((((....))))..))).))))....)))))))))))))((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))))))))).............((.(.(((((.((..(((((((((..(((..((((..(((.(((((((((((.(((((...))))).)))))))))))...)))))))..)))..))))))))).)).)))))..).))..........((.(((((....))))).)).......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(((((.......)))))(((((((((((((((((...(.....(((.(((..((((..................)))).............(((.........))).......(((((((.((...(((((((..........))))))).)).....((((.(((.((.(...((((((((....)))))))).)))))))))).......(((((.....)))))....................((((((((....))))))))((((((..(....(((.(.((((.....((..(.((((((((.......)))))))).).))....)))).).)))....))))))).....)))))))((.((((........)))).))................)))))).)....((((((...(((((...))))).))))))...............((((((((.......))))))))........)))).)))).....................(..(((((.......((((.....((....)).......)))))))))...)))))))))).......((((((........................((((((((.((.((((((((.....)))))))).))...))))))))....((((...((((((((......((((......))))......)))))))).)))).....))))).)............(((....(((((...(((((.......(((....)))................((((((((((..............))))))))))..................(.(((((((((((.....((((((((.(.((((...((((.........)))).......)))).)...))))))))....))))))))))).)..............((((((....(...((((.........))))...).))))))...............((((((.(((((((.(..((....))..).)))))))....))))))((((((...((((.(.((...((((........((((....))))....)))).)).)...((((.(((((((..((.((((((.((((.....)))).......(((................(((((((..(.....((..((((((((((((.((..(((((.((..........(((.(((........)))))).......)).)))))..)).))))).)))).)))....))...)..)))))))((((((......(((((((((((((...))))))))(((((..........)))))..((((((((.....))))))))..))))).(((.....((((((((((.....)))))))...))).)))))))))......(((.((((((((....((((.(((..((((....))))..))).))))....)))))))))))...(....((((((..........))))))....))))..)))))).)).((((((((.......))))))))...........)))))))))).))))).(..((...(((((.....(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((.((((.....)))).)))))))))))...)..))))..)))..)))))))))....)))))....))...)..))))))....))))).))))).....)))...). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......)))))(((((((((((((.(.....)(((.(((((((((.((((..(.(.......)..)..)))).....)))..)))))).)))............................(((((((..(......)))))))).....((((...((((((((((..((((((((....))))))))))((((....(((.....(((((.....))))).......)))......))..((((((((....))))))))((((((.............((((.....((..(.((((((((((...)))))))))).).))....))))...........))))))....(((((((.((.((((........)))).)).).)))..)))..))....)))))))).((((((...(((((...))))).)))))).............((((((((((.......)))))))).))(((....((..(((((....))))).)).....)))................((())).((....))((.....)).))))..)))))))))))))(((((.................((....))))))).((((((((((.(...((((((((...)))))))).)..).)))))))))...((((...(((((((((((.(.((((......)))).))))))).))))).))))......................(((((((...(.((((()))))))))))))..(((((.....((((((((((((((...))))))))))))))...)))))................................(((((((((.(((.((((((...((.......)).))..)))).))).))))).))))..((((((((((.....))))))))))........................(((((....)))))......((((.(((((((((..........)))))))))....(((((((.((.((....))..)))))))))(.(((((((((((..(((.....))).))))))))))).)...((((....))))................))))((((((((((((..(((((((.(((((.(((((....((.(.......((((((((...(((((((.(......((..((((((((((((.((..(((((..((.....(((.((.((((.(....).)))).)).)))..)).)))))..)).))))).))))).))....))...)..)))))))....(((.......)))((((((((...)))))))).)))))))).......).))..((((((((.....))))))))))))).)))))..........(.(.(.....).).).............(((()))))))))))((((((((..(.((((.(((..((((....))))..))).)))).)..)))))))))))))((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))))))))))............((.(.(((((.((..(((((((((..(((..((((..(((.(((((((((((.(((((...))))).)))))))))))...)))))))..)))..))))))))).)).)))))..).)).........(((.(((((....))))).)))......... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................((((((........((((.........))))................((((..................................((((..((....))))))........))))...............((((..((....))..))))....................((.......))......................(((((((......)))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((...)))))))))..)))....................................((((((.......((((....................))))))))))................................................((((((.(((((..(((((.(((...))).))))))).).)).))))))................(((((..(((((......))))).)))))....................................................................))))))..............((((((((...................)).))))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..(((((((.(((........).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))................((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))).........................((......))..............((((((....((((..((((...((((((.....))))))........))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....)...(((.((((....)))).)))...........))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((.....((((...)))).....))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....)))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......))))).............((.....))...(((((((((........(.............).........)))..))))))....................................((..(((....)))))............((((...((((.....(((..(((....)))..)))))))...))))........((((.....)))).....................((((((((....))))))))...........................((.....((((((((.......)))))))).))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))............(((.((((((((.....))))))))..)))...............................................))))).))))..........................................................................((((((((((((((....(((.......)))...))).)))))))))))................(((((.(((.((......)).))))))))..................................(((((((.(((........))).))))))).............((((((((((((.....))))))))))))....................(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........((((((....(...((((.........))))...).)))))).................(((..(((((((.((...........)))))))))..)))...((....)).......................(..(((((....)))))...)............((((....(((((((((........((.....)).......................................(((((..................................)))))..)))))))))....)))).....((((((((((................))))))))))........(((((((((.((((..(((((.((((((.......))))))......)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))..................................................(((.(((((((.(.....)...(((.((((....)))).)))...........))))))))))..((((((((((((..........))))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((....(((((((..(((..((((..(...((((((((.((..(((.....)))..)).))))))))...)..))))..)))..)))))))...)).)))))..).)..........(((.(((((....))))).)))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((....(((((((......((((((.........(((((((((.((((...(((.....)))....)))).....)))..))))))........(((((((((((((...........(((((((..........)))))))((((((.(((.....(((((....((((((((....)))))))).....(((.....)))..(((((.....))))).....(((((((..(((((.((((((((....))))))))..............(((((((.............(((((((((.....)))))))))....(((((.((((....(((((((.(((.....((((((.....((((........))))......)))..))).((((.(((((......((((((...(((((...))))).)))))).........(((.............)))..(((((((..(((((.(((....(((((....))))).)))....))))).)))))))..))))).)))).))).))))))).......(((.....)))...))))...)))))....(((((....((((((((........(((((((((...(((((((((((...))))))))...))))))))))))...((((...(((((((((((...((((......))))..)))))).))))).)))).....)))))))).........(((((((..((((....))))..))))))).)))))...(((((((((((((((((...))))))))))))).))))))))))))))))..)))))))...............))))).........))).))))))..)))))).....)))))))..))))))))))))).((((((((((.....))))))))))...)))))).......(((((((((((((....)))))......[[[[[[..))))))))....]]]]]].(((..(((..(((((((................)))))))..)))))).(((((((...(((..(((((((....)))))))[[[[)))...]]]]........((((...((((((((((((((((..(((((((....(((((((((.(((..(((.....))).)))............((((((..(((((.......(((((((((....)))))))))((((.....)))).((((...(((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))(((((((..(((.((((..(((((.((((((((...))))))))......)))))..)))))))..((((((((.....))))))))..(((...))).....)))))))...))))))))).)))))))))))))))......)))))))((((((((....((((.(((..((((....))))..))).))))....)))))))))))))((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))............)))))..))))..(((((((((.....[[[[[[[........(((((((((((.(((((...))))).)))))))))))..)))))))))..]]]]]]]...........................)))))))(((((....)))))............. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((((((...((((((((...)))).))))(((((........)))))..........(((((((.(((((((.((..(((((((((..((.............))...))))))....))).)).)))))))..........((((.(((.((.((..((((((((....))))))))))))))))))).......(((((.....)))))........))))))).(((.((((((((....))))))))....)))...........((((((((.(((......)))..))))).))).))))))..))))).((.....)).(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).))..............((....)).....(((((((..(((((....((..(((((....))))).)).....))))).)))))))..))))).)))).))).)))))))..((((((((.((((..((.....(((((((((((((((......))).)))).).)))))))((((((((......((((((((...))))))))......))))))))....((((...(((((((((((...((((......))))..)))))).))))).))))((((((((.(((.....))).))))...))))..(((....))).))..))))..))).)))))((((((((((((((...)))))))))))))).(((((((.((((.(((((.(((((.((.((....((((.(((((((((.(((.((((((((((......))).)))..)))).))).))))).))))..((((((((((.....)))))))))).((((((....((....)).....))))))......))))...)).)).))))).))))).((((.(((((((((((((..(((((((.((...........))))))))).(((((((.(((((.((((...)))).))))).))))).))...(((.(((((((...(((....(((....((((....((((((((((.(((((((((...))))................((.........)).((((((((...(((...((((....))))....)))...))))))))))))).))))))))))....)))).(((((((((((((((((((((.((.((((((...)))))).))))))....(((((((......((((((.(((((((...)))))))......(((((.((((((((...((((((((.....))))))))..(((...)))........)))))))).((((...........)))).(((....)))..(((.((((((((....((((.(((..((((....))))..))).))))....)))))))))))..))))).((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))............))))))......)).))))).))))))).))))))))))...))))))..))))))).))).(((((((((.(((((...))))).))))))))).....))))))....))))))).))))...........)))).)))))))...((.(((((....))))).)).))))))).. |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((cccccccc.)))..((((((((((..........(((.(((((((((.((((..................)))).....)))..)))))).)))............................(((((((..........))))))).............(((((((....((((((((....))))))))..................(((((.....)))))....................((((((((....))))))))((((((............................(((((((((.....)))))))))..................<<<<<<)))))).....(((((...((((((........)))).))...)))..))..[[[[.[[)))))))..((((((...(((((...))))).)))))).............((((((((((.......)))))))).))((.........(((((....))))).........))...............]].]]]]......>>>>>>...............)))))))))).....................................(((((((((......(((((((.....)))))))......)))))))))...((((...(((((((((((...((((......))))..)))))).))))).))))......................(((((((..((((....))))..))))))).............(((((((((((({{{{{))))))))))))............}}}}}.........................((.(((((......((.......................))......)))))..))...((((((((((.....))))))))))...........((....)).....(((((....)))))............(((((((............))))))).....(((((((.((...........)))))))))..((((((((((................))))))))))....(((((....)))))....................((((((.((((..(((((((.((.((((((((..........................(((((((aaaaaaa........(((..((((.....(((((...........(((((((........))))))).....dddddd))))).....))))...)))....DDDDDD......)))))))..((.((((..(((((.((((((((...))))))))......)))))..))))))...(((((((bbbb.bb))))))).....................BB..BBBB.......AAAAAAA)))))))).))...)))))))((((((((....((((.(((..((((....))))..))).))))....)))))))))))).((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))..................(((((.((...((((((((..(((..((((..(((.(((((((((((.(((((...))))).)))))))))))...)))))))..)))..))))))))..)).)))))...................(((((....)))))...CCCCCCCC.. |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.((((((((.((..........((((((((...)))).))))..((((.(((..(((((((....)).)))))..))..))))..)..((((...............................(((((((..((....))))))))).....))))......((((.....((((((.(....).)))))))))).((((((........(((((...)))))....).))))).........(((((((((....))))))))).................((((..((((((....(((((((((.....)))))))))))))..)).)))).......(((((.(((....(((((((...((((((........)))).))...)))..)))).(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((...)))))))))).)))..)).......................................))..))))).)))..))).))))).........(((.(((((((..........))))))).))).......................((((((((((((..(.((((((...)))).).).)))..))))))))))....((.(..(((((((((((..(((((......))))).))))).)))))).)))........................((((((.((((......)))).)))))).....((((((...(((((((((((((...)))))))))))))....................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))....(....)...(..(((((....)))))......)....................))))))..((((((..(((((((.(.((......))..))))))))..)))...((....))..))).....................(((((....)))))........................((.((((.....)))).))........................(((....)))..........................(..(((..((((....))))..)))...((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((((((.((((..((((((.((((((.....))))))......))))))..)))))).)..(((((((.....))))))).....))))))).............((..((((..(((...)))))))..)).........(((.((((((((..(.((((.(((((((((....)))))))).)).))))..)))))))))))..((((((.(((((..........))))).....(((((....)))))..(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).))))))))))..(((((.((..((((((((((.(((..((((..(...(((((((((((.(((((...))))).)))))))))))...)..))))..))).)))))))))).)).)))))............))..((((((((....)))))))))))))))).) |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.((((((((.............((((((((...)))).))))....((((((..(((((((....)).)))))..)..........((((((...............................((((((..(((....))))))))).....))))))..)))))......(((((((......))))))).....(((((.........(((((...)))))......))))).........(((((((((....))))))))).................((((....((((....((((((((((...)))))))))))))).....)))).....................((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((...)))))))))).)))..)).......................................))..))))).)))...(....)..((((((((..((.....))..............((((.(((((((..((.(...(.........((((((((((.((((((.(((.....))).))))..).)))))))))))...(((...((.(((((((((...((((......))))..)))))).))).).))))......)...............(((((((.(((((....))))).))))))).....(((((...((((((((((((.....))))))))))))..(.................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))).))))))))...((....))..((.(((((....))))).....))............).......)))))..(((((((..(((((((.((((......)).)))))))))..)))..(((....))).)))).................((.(((((....)))))..))..................((((.((((.....)))).))))..)))....)))))))))))...))))...)))).......................(((((((..((((....))))..)).))...((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))....(((((((((.((((..((((((((((((......)))).))..)...)))))..)))).))).((((((((.....))))))))....)))))).....(((....)))....(((..(((...))))))...............((.((((((((..(.((((.(((((((((....))))))))).).))))..))))))))))...((((((.(((((..........)))))..(.((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))).....)))))))))...))))).))))))).))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((((...)))))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))................((((((((....)))))))))))))))).) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((.((..((((((((((((((((...))))..(((((((((.((((...(((.....)))....)))).....)))..))))))................................(((((((..........)))))))...(((((((....((((((((..((((((((....))))))))((((.(((.....)))..(((((.....))))).........((.....))..((((((((....)))))))).))))...(((......)))..............(((((((((.....))))))))).)))))).))........(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).))..............((....)).....(((((((..(((((....((..(((((....))))).)).....))))).)))))))..))))).)))).))).)))))))......))))))).))))))))))))..(((.(((((((......))).))))...)))...(((((((((....((((((((.....))))))))......)))))))))...((((...(((((((((((...((((......))))..)))))).))))).))))..................(((.(((((((..((((....))))..))))))).)))....))..((((((((((((((...)))))))))))))).(((((((.((((.......(((((.((.((.........(((((((((.(((.(((.(((((........)).)))...))).))).))))).))))..((((((((((.....))))))))))...........((....)).....(((((....))))).....)).)).)))))((..((.((((.(((((((((((((..(((((((.((...........)))))))))..((((((.(((((.((((...)))).)))))))))))......(((.(((((((...(((....(((....((((....((((((((((.(((((((((...)))).................(.........)...(((((((....((...((((....))))....))....))))))).))))).))))))))))....)))).(((((((((((((((((.(((.((.((((((...)))))).))))).....(((((((......((((((.(((((((...)))))))......(((((.((((((((...((((((((.....))))))))..(((...)))........)))))))).((((...(.....).)))).(((....)))..(((.((((((((....((((.(((..((((....))))..))).))))....)))))))))))..))))).((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))............))))))......)).))))).))))))).))))))))))...))))))..))))))).))).(((((((((.(((((...))))).))))))))).....))))))....))))))).)))).))..))....)))).)))))))....(.(((((....))))).).)))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((............(((.......(((.....)))...).....)).((.....((((((((....))))))))))(.((((((((.......((((.....))))...)).)))))).).....(.((((..((....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((...(.....(((...(.(((...(..(.((.....))......(....).))).)))))).((....))..).((((...............))))....................((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........(((((((((.................)))))).)))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.((((...)..)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))((((.(((((...((..(((.(......((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((..........))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))....))((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((.......)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((((((..(((((((((((((((......(((((((((((((.......((....(((........)))...)))))..))))))........(((....(((((...((((.............(((....)..(((.....))).........)).((.....((((((((....))))))))))((((((((((.......((((.....))))...)).)))))))).....(.((((.(((....))).)))))..))))...))))).))).((.....(((....((((((((.......)))))))))))......((((((((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...)).........(.((....)))....))))))..(((((...))))).))))))))))).......(((((((((((.......)))))))).)))......((..(...........)..))........(((((((.......((((((((.((....))))))...))))))))))).))))))))))...(((((((...........((((..............((.......................)).........(((..(.........(...).........((((...........))))))).)................(...(((((............((((...))))(((....))).............)))))........).....(((((((.((................)))))).)))..((((((((.((((((......(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..)))).....)))))).))))))))...))))..(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((((((..((((((((..............))))))))..)))..(((....))).))))....))).(......)(((..((((....))))...)))..........((((((((((((((((((...((((((((...)))))...(((...))))))((.((...)).)).........(((((..((........((........))...)).....)))))..)))))))))..((((((((...(((..(((((.((((.....))))..)))))..))))))))...(((((((((.((((..(((((.(((((.............)))))..)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))).........))).(((..((((..((.....))))))..)))....((..(((.(((((((.....((....((((((((....))))))))...))......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))))))))).(....).....)))))((((((.((...((((((((..(((..((((..(...(((((((((((...............)))))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))....))))))))))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((........)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((............(((....).((((.....)))...).....)).((.....((((((((....))))))))))(.((((((((.......((((.....))))...)).)))))).).....(.((((..((....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........(((...(.(((.(......((.....))...........).)...)))))).(......)....((((...............))))....................((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........(((((((((.................)))))).)))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.((((...)..)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((...((.........((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))..(.(((((.(((.((((..(((((((((...((..........))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))))))))((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((.......)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((((((..(((((((((((((((......(((((((((((((.......((....(((........)))...)))))..))))))........(((....(((((...((((............((((....)..(((.....))).........)))((((...)(((((((....))))))))))((((((((((.......((((.....))))...)).)))))))).....(.((((.(((....))).)))))..))))...))))).))).((.....(((....((((((((.......)))))))))))......((((((((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...))...........((....)).....))))))..(((((...))))).))))))))))).......(((((((((((.......))))))).))))......((..(...........)..))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))).))))))))))...(((((((...........(((........................((.........................(((..(.........(...).........(((.............)))))).).)).............(...((.((...........(((((...))))(((....))).......).....)).))........).....(((((((.((................)))))).)))..(((((((..((((((......(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..)))))))....)))..(((((((.......((((.........))))....))))))).((...(...((((((((((..((((((((..............))))))))..)))..(((....))).))))....)))(((....)))).))((((....))))....(...........((((........((((.....))))((((...))))....(((...)))...((.((...)).)).........(((((..(((.......((........))..))).....)))))((((((((((((.((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))((((((((((((.((((..(((((.(((((.............)))))..)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))))..........)))..(..((((..((.....))))))..)..........(((.(((((((.....((....((((((((....))))))))...))......))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))))))...))))).))))))))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((...............)))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))..)..)))))))))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((.(((.((((((((((((((((...))))..(((((((((.((((((.(((.....))).)).)))).....)))..))))))................................(((((((..........)))))))...(((((((....((((((((..((((((((....))))))))((((.(((.....))).((((((.....))))).)......(((.....))).((((((((....)))))))).)))).(.(((......))))...........(.(((((((((.....)))))))))))))))).))........(((((((.(((.....((((((...((((((.(.....))))).))...)))..))).((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))..............................(((((((..(((((.(......(((((....))))).......)))))).)))))))..))))).)))).))).)))))))......))))))).))))))))))))(((((((((((((.[[[[.))).)))).).))))).(((((((((....((((((((.....))))))))......)))))))))...((((...(((((((((((...((((......))))..)))))).))))).)))).]]]]............((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))..)))..((((((((((((((...)))))))))))))).(((((((.((((........(((................(((((((((.(((.((((((((((.(...)))).)))..)))).))).))))).))))..((((((((((.....))))))))))........................(((((....)))))............)))(((.....((((.(((((((((((((..(((((((.((...........)))))))))..(((.((.(((((.((((...)))).))))).)))))......(((.(((((((...(((....(((.(.(((((....((((((((((.(((((((((...))))...............................(((((((...(((...((((....))))....)))...))))))).))))).))))))))))....)))))(((((((((((((((((((((.((.((((((...)))))).))))))...((((((((....((((((((((((((((...))))))))(((..(((((.((((((((...((((((((.....))))))))..(((...)))........)))))))).((((..(((...))))))).(((....))).((((.((((((((.((.((((.(((..((((....))))..))).))))))..))))))))))).)))))).((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((....).))))))))....))).....)))))).))...)).))))))))))))).))))))))))..)))))))..))))))).)))((((((((((.(((((...))))).))))))))))....))))))....))))))).)))).....)))...)))).)))))))......(((((....)))))...)))))))).) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((...........)))....................((((...((((((.................................(((....(((((.......................................(((....)))(((.....))))))))..(((..((.....(((((..........)))))....((((((.........((((.....))))......))))))...........)).............((((..........................(((....((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))......((((.(((((......((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((...)))))))))....................................................))))).)))).(((((...((.....)).(((.....))).............))))).........)))))).))))......................................................................................................................................)))......)))(((....)))............)))))).............(((.............(((....................(((((((..((((((............(((.((((((.....((((......))))......)))))).)))......(((....)))...........))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))....)))...(((....(((..(((((((................)))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((...(((((..((.........))...))).))(((((((..(((..((.((((.((.(((((((((....(((((.....(((....)))((((........(((((.((.....((.(((.(....).))).))....)))))))..))))((.((((..((((((.......(..((....))..)..((......))......)))))(((((....(((.((((...(((............................)))...))))))).........................((.....)).......))))))..))))))...)).))).))))))))).))...)))).))(((((((.(.....)...((..((((....))))..))...........))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).))....(((((.......))))).........)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((.(((..(((..((.(..(...(((((((.....((((.....)))).....)))))))...)..).))..)))..))).)))...)).))))..))))..............(((((....)))))............. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.((((.((((...(((.....((((((.((((..((((((..((((((...............................(((((((.((((((.......................................(((....)))(((.....)))))))))......((.....(((((..(....)..)))))....................((..........((.((................((((..((....))..))))...............((((.(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).(((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((..((..((((((...((((.....)))).))))))................(((((((((...)))))))))................................................))..))))).)))).(((((.((((.....)).(((.....)))..........)).))))).........)))))))))........................................................................................................................................((((((......(((....)))..))))))....)))))).............(((....................................(((((((..((((((......((((.((((.((((((.....((((......))))......)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..)))))))...((....))..((.((((......)))).....))))).))))))..............(((....(((..(((((((................)))))))..)))...((....))..........)))...)))).))))))((((....))))...)))...))))...(((((((((((..(((.....(((.(((.((((((.................((.........)).(((((((((((..(((((.....(((((.((..(((((...(..(((....(..((((.(....).))))..)..)))..).)))))..)).)))))((((....((((....)))).(.(((((((((.((((..(((((..........................)))))..)))))))..((((((((.....))))))))....)))))))..)))).............))))).)))).))))))))).)))).))).))).(((((((.(.....)...(((...((....))...)))...........))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))....)))))..((((.((....(((((((..(((..((....(...(((((((((...((((.....))))...)))))))))...)....))..)))..)))))))...)).)))).......)))).))))(((.(((((....))))).)))......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.(((((((((((...(((((.((.(((((......((..(((((((((.((((...(((.....)))....)))).....)))..))))))..))....(((((......(((((((..((((.((((((..........)))))).((((((.(((((((((((((.(((((((((((....))))))).((.((.............(((((.....)))))..((.(((((((..(((((.((((((((....))))))))...............((((((..((((((.(((.(((((((((.....))))))))).(..(((((.((((..(((((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).))..............((....)).....(((((((..(((((....((..(((((....))))).)).....))))).)))))))..))))).)))).))).))))))....))).(((.....)))...))))...)))))..).(((((....((((((((..((....(((((((((.(....(((((((.....)))))))....).)))))))))...((((...(((((((((((...((((......))))..)))))).))))).)))).))..)))))))).........(((((((..((((....))))..))))))).)))))...)))....((((((((((...))))))))))))))))..)))))).)))))..))))))).)))).)).))))..)))))..)))))..))).))))))...........))))..)).))))).....))))).((((((((((.....)))))))))).((((((....((....)).....)))))).))))).)).)))))..((...(((((.((.((((.(((((((((((((..(((((((.((...........)))))))))..(((((((((((..(((.....))).))))))))))).....((((.(((((((...(((....(((...(((((....((((((((((.((((((..(.((..(((((((((.(((.....)))....(((((...((....))...)))))......))))))))).))........)..)))))).))))))))))....)))))(((((((((((((((((.(((.((.((((((...)))))).))))).....(((((.......(((((((.((((((.....))))))............((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).)))))))..(((.(.((((.(((....)))..(((.((((((((....((((.(((..((((....))))..))).))))....)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))...).)))...))))).))))))).))))))))))...))))))..))))))).))))(((((((((.(((((...))))).))))))))).....))))))....))))))).)))).))...)))))...))......)))....(((((....)))))...)))))))).) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((((..(((((......))))(((......(((...(((.(((.((....(((......)))........)).)))...)))...((......(((.((((........................((..(.((((((.................((((......((((..........)))).))))(((((.((......((....(......).....)..))).))))).....(((.(.......)).))......(..............)........(.(((.......))..)...)........((.((.....(.(...((((.........)))).))...))...)).........(((......(...)..)))..)))))))...))))))....))).))..((.(((((....(((((.(((......((((((.......((.....................))...........)))))).)).......)....((((((......))))))...............(((.(((((.......((((((((((......(((....)))..)))))))))).)))))......)))(((((...))))....)(((((((...(((((..(..((((((((((((((((.((((((.....)))).))...)))))))))))).....(((....)))..)))).)...)))))...)))))))(((.(((......((.(((((....))))).....)).)))...)))..(((((...(...(((.((((((..(((((((..........))))).))..))).............))).....)))...).......))))).....))))).)))))...))..((.(.(.(.(((.......................................................(((.((((..(((((.........................)))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...)..............((.(((((((...((.......((((((((....))))))))....))......))))))).))......(((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))).))))...........))))((((((((..(((((((..((...((((..((...).)))).......).......))...))..).)).))..)))))))).)))...))).)(.((((((....))))))))))))))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................((((...(((((.((((......))))(((((....((.(.((((.............)....))).........))).((((...((.........(((...(((....))).)))...))..)))..)....((((......((((..((....))..)))).))))((((((((......((((..((((....))))......))))...)).))))))......((.((((.((((.....))))))))....))((((...((((((.((((((.(((.....((((((........)))))).)))...))))))...))))))....)))).....(((...((.((((((........)))).))...))...)))))))))..)).(((...((((((...(((((...))))).))))))(((((((((.(.((..(((.((((....)))))))...))...)(((..((.((.....(.(......(((((.(...(..((((.........(((....((...................((...............))....)).....))...........((((((......).)))))........((.....(((((((.......(((((((((......(((....)))..))))))).)).)))).......)))...))((((((((.(((......)))........))))))))..(((((((...(((..(((...(((((((((((((((((.((((((......)))).))...)))))))))))))....(((....)))..))))...)))...))).)))))))((((((...(((((...)))))........)))...)))..((((((..(...(((.((((((..((((((((...............))))))))..))).............))).....)))...).......))))))..)..))))...)........................................................................)......))))).)....).....))...)....)....)))))))))).))....(((((((((((((.((((((((...(((((((((.....)))).)))))))))).(.(((((((((.((..(((((..((............).)....)))))...).))))(.((((((((.....))))))))...)))))))...)................((....(((......(((((.(....)))).))....))).....))............(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))).)))...))))).)))))))))))(((((((......((((((..(((..(((..(..(((((((.........))..).))))...)..)))..)))..)))).))...)))))))...)).......)))).((((((((....)))))....)))...... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.((((((((.((...(((((.((.(((((......((..(((((((((.((((...(((.....)))....)))).....)))..))))))..))....(((((......(((.(((..(((((((((((..........)))))))((((((.(((((((((((((.(((((((((((....))))))).((.((.............(((((.....)))))...(.(((((((..(((((.((((((((....))))))))................(((((....(........(((((((((.....))))))))).(..(((((.((((..(((((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).))..............((....)).....(((((((..(((((....((..(((((....))))).)).....))))).)))))))..))))).)))).))).)))))))....)).(((.....)))...))))...)))))..).(((((....((((((((..((....(((((((((......(((((((.....)))))))......)))))))))...((((...(((((((((((...((((......))))..)))))).))))).)))).))..)))))))).........(((((((..((((....))))..))))))).)))))........((((((((((((...)))))))))))).)....)))))..)))))..))))))).).)).)).))))..)))))..)))))..))).))))))...........))))..)))..))).....))))).((((((((((.....))))))))))..(((((....((....)).....)))))..))))).)).)))))....................................(((((((.((...........)))))))))..((((((((((...(((.....)))..))))))))))............................................................................................................................................................................................................................................((((.((((((((...))))))))......)))).((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).................................(((.((((((((....((((.(((..((((....))))..))).))))....)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))).............................................(((..(((.......(.(((((((((.(((((...))))).))))))))).).......)))..)))................................)).....(((((....)))))...)))))))).) |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((((...(((((.((.(((((......((..(((((((((.((((...(((.....)))....)))).....)))..))))))..))....(((((......(((((((..((((.((((((..........)))))).((((((.(((((((((((((.(((((((((((....))))))).((.((.............(((((.....)))))..((.(((((((..(((((.((((((((....))))))))...............((((((..((((((.(((.(((((((((.....))))))))).(..(((((.((((..(((((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).)))))).))..............((....)).....(((((((..(((((....((..(((((....))))).)).....))))).)))))))..))))).)))).))).))))))....))).(((.....)))...))))...)))))..).(((((....(((..(((..((....(((((..((......(((((((.....)))))))......))..)))))...((((...(((((((((((...((((......))))..)))))).))))).)))).))..)))..))).........(((((((..((((....))))..))))))).)))))...)))....((((((((((...))))))))))))))))..)))))).)))))..))))))).)))).)).))))..)))))..)))))..))).))))))...........))))..)).))))).....))))).((((((((((.....)))))))))).((((((....((....)).....)))))).))))).)).)))))..((...((((..((.((((.(((((((...((((..((((((.((((((((.......(((((.((.(((((((((((..((((...)))).))))))))))).))..(((((((..(((..((((....(((((..(.((((((((.....(((((.....)))))...(((((((((.(((.....)))....(((((...((....))...)))))......))))))))).)))))))))..)))))..)))))))..))).....(((((...(((..(((((((((.......))).))))))..)))))))).)))).))))).......(((((((.((((((.....))))))............((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).)))))))))))))))((((.(((....)))..(((.((((((((....((((.(((..((((....))))..))).))))....)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))...........))))))...))))...(((((((((.(((......))).......(..(((..(((.(((((...))))).)))..)))..)..)))))))))..))))))).)))).))....))))...))......)))....(((((....)))))...)))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
|
|
CACCUGGUUGAUCCUGCCAGUGGUAUAUGCUUGUCUCAAGGACUAAGCCAUGCAAGUCUAAGUAUAAGUGAUUCUGAUGACGAAACUGCGAAUGGCUCGGUAAAACAGCUAUAAUUUCUUCGAUGGUAACUUACUAUUCGGAUAACCGUAGUAAUUCUAGAGCUAAUACGUGCCACAAAUGCGGGGUUUCGGCUCCGUGGUGCCAAUUAGAUAACAACACCAACAUUUGGUGAUUCAUAAUUUUCUUUCUGAUCGCUGCAUGCAUUGCGGCGACGCAUCGUUCAAAUUUCUGACCUAUCAACUUUCGAUGGUAAGGUAGUGUCUUACCAUGGUGGUGACGGGUAACGGACCGUGGGUGCGGGACUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCGGACUCCGGGAGGUAGUGACAAGAAAUAUCAAUAGGGGACCCGAUGGGUGCCCUAAUUGGAAUGAGAACAAGGUAAACAGCUUAUCGAGGAUCCAGCAGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCUGUAAGCGUAUACCAAAGUUGUUGCAGUUAAAACGCUCGUAGUCGGAAGUUGGUGGUCUUGCGGGUGCGCGCGUUGAGCGUACGCCUGUCGAGGCUGCUUUUGUGGAUUGCGCGCACGGGCGGCUUUAGUGUCGAACGUGUUGGGUUUCGCUGCUUUGGCGUUCACGCGGCAGAGCGGCGGAGGCGCAGCCACCGUUUACUGUGAAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCGUUUGCCGUGAAUACAUUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGACUCGGUUUUCCUAUUUUGUUGGUGUUGUGAGGGGCGAGUAAUGAUUAAGAGGGACAGUUGGGGGCACUUGUAUUCCGGCGCUAGAGGUGAAAUUCUUAGAUUGCCGGAAGACAAACCGCUGCGAAAGCGUCUGCCAAGGAUGUUUUCAUUGAUCAAGAACGAAAGUAAGGGGAUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUCUUUACUAUAAACGAUGAGGACUGGGGAUCGGGCGUGGAAUUGCGAUGACCCGCCCGGCACCCUCCGGGAAACCAAAGUUUUUGCUUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCAUCACCGGGUGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUUACCAGGUCAGGACAUAGUGAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCUAUGGUUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGUUAACGAGCGAGACCUGGGCGUGCUAAAUAGGGGCUAUUACCGCUUUUUUUGGUAGUGAGAGCUUUUUUGACCCCUUCUUAGACGGACUGCGGGCGUCUAGUCCGCGGAAGCUCCAGGCAAUAACAGGUCUGAGAUGCCCUUAGAUGUUCUGGGCCGCACGCGUGCUACACUGAGCGGAUCAGCGGGCGAGGAUGCGCGAAAGCGUUUCCUAAUCCCCAAAUCCGCUCGUGCUGGGGAUAGAGGGUUGCAAUUCUCCCUCUUGAACGAGGAAUACCUUGUAAGCGUGGGUCAUCAUCCCGCGCUGAAUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUCCUACCGAUUGAGUGGUCCGGUGAGGCCUUGGGAUUGUCGUGAGGGGAGCGUUUGCGCUCGUUUCGUGAAGAAAACUUGGUCGAACCUUAUCACUUAGAGGAAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAAGCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...(((((...[[[.))))).((((((((((.(((((((((.....(((.(((..((...(((.....................)))))......(((......((((..((..((....((((............((((....(((((((.....))))))).....)))).......((((((((....))))))))....((((((........((((((...)))))).....)))))).........((((((((.....))))))))...))))...))))..))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((...))))).)))).)).))))))....(((((((((((((...)))))))))).)))......(((.(((.......)))).)).........(((((((((....{{{{.....{{.)))}}.......}}}})))))).))))))))))..........(((((...<.((((...(((.......(((((((((((((((((((((.....))))))))))).))))))))))...((((.((((((...((.((.(((...(((...(((((..((((.........))))))))))))..)))...))..))...))))))))))...............................................................................................................................(((((((((..(((((((((..((((((((...(((......)))......))))))))..))....(..((....)))))))))).))))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........<<<<<<..(((.(((((((.((.((......)))))))))))..)))...<<..))>>...>>>....>>>>))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((..((..(((((((((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((.((((..(((((.((((((((.......)))))))).............)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....))))....)))).)))...).))))))).....)))))))...)).))))))))))...(((((((.....(((...((((((((....))))))))....)))....)))))))......(...((((((((........))))))))...).....))))).....((((((((.......))))))))......))...)))))))))).))..(.((.((...((((((((..(.((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))))))))..)))))))))))))..))))))))....))..))..).((((((((((....)))))))))).........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(......(((((((((((..(((((((((((((((...((((.((....((((........))))...)).))))...)))...((((((.((((((.(......)))))))......((((((((((...))))).)))))....)))))).....(((((((....(((.........(((((((....)))))))..(((..............((((((...))))))....................((((((((.....)))))))).)))...............(((..(((.((..(.(((((((((.....))))))))).).)))))..))).))).(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))...........(((((((((.((((...)))).)))).)))))..((.((.(..(((((.....)))))...).)))).......))..))))).)))).))).)))))))......))))))).))))))))))))...(((((((.(((((..(((..((((.(((.....((..((((((((((((..(((.....)))..)))))).))))))..))....(((.((((((.((((..((((......))))..))))......((((((((((((.(((....))).)))))))))))).)))))))))))).)))).)))...........(((((((..((((....))))..))))))).)))))..((...((((((((((((........))))))))))))(((((((..((((((.((..(((.((((((((((.(((((((((((.((((.((((((((((((((......))).)))..)))))))).))))......((....))((.((((.(((....((((((..((.(((((((..........(((((....))))).....((((((...(((((..............(((..(((..(((((((.((...........)))))))))..)))))).........(((((((((((..(....)..)))).((((....))))))))))).)))))..))))))....((((((((((.(((((((...((..(((((((((.(((.....)))....(((((...((....))...)))))......))))))))).))..........))))))).)))))))))).....))))))).))..))))))...((((.((.((((((...)))))).)))))).))).)))).)).....(((((((.((((..((......))..)))).))))))).)).))))..(((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))..((((((...((((((.(((.(((....)))......((((((((..(.(((..((((.((((....)))).))))...))))..))))))))..))).))))))))))))..))))).)))))))))).(((((....)))))..((((((((.......)))))))).....)))..))))))))..)).)))))..))....(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((.((((((((.(((((....))))).))))))))..))..)).))))..)))..))))))))).)).))))).....))))))))))....(((((....)))))...))))))))..) |
|
Alterna
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................((((((((....)))))))).....................................................((((((((.....))))))))..................................((((((((((...)))))))))).....................................................................................................(((((...))))).....................................................................................((((((...................................))))))..........................................................................................................................................................................................................................................................................(((((((((((..................)))))))))))............................(((((((((((((.....................)))))))))))))........((((((((((.....))))))))))................((((((((.......((((.........))))....)))))))).........((.....(((..(((((((................)))))))..))))).((....)).................................................................................................................................................................................................................................................((((((..........(((((.((((((((.......)))))))).............)))))...........((((((((.....))))))))....)))))).....................................................(((((((((.........(((((((((....))))))))).........)))))))))..........((((((..........))))))....................((((((((.......))))))))...............................................................................................................................................................((((((((((....))))))))))......... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).........................(((((((((.......(((...........)))........)))..))))))...................................(((((..........)))))..........(((((..((((......(((((..........)))))))))..)))))........((((.....)))).....................((((((((.....))))))))..................................((((((((.......))))))))........((((.......((((....))))....(((((..((.((((........)))).))...)))..))....................((((....((((...))))..))))..............(((((((((((((...)))))))))).)))....................................((((((...................................))))))...............................................................................................................................................................................................................................................................(((((((((((((....)))..)))))))))).....................(((((((..((((((......(((.((((((((((((((.....................))))))))))))))....(((....)))...))).....))))))..)))))))..........((...........((((.........))))........))..................(((..((((((((..............))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((((.(((.((((..(((((.(...............................)...)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))......................................................((((((((....(((...((((((((....))))))))....)))...))))))))......((((.((((((..........))))))....................(((((((((.....))))))))).......))))..................))))...(((((.((...(((((((((((((..((((..(...((((((((((((((((......))))))))))))))))...)..))))..)))))))))))))..)).)))))...............(((.(((((....))))).))).......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((.....(((((((((((((........((((((((((........................................)))))))))).............................((((((..(((....)))))))))........(((((..((((((......((((((....))))))))))))..))))).......((((((...))))))....................((((((((.....))))))))..(................((((((((.((..(.((((((((((...)))))))))).).))))))))))..............)..(((.((((((..(((((((........))))...................................)))..)))))).))).....................((((((((((((((...)))))))))).)))).................................................................................)))))))))))))...................((.(((((((.......(((((((((((((((((((((.....))))))))))).))))))))))......))))))).))((((((((..........(((((.((((.((((((((((((((((((....))))))))))))))))).).))))...))))).................(((((((((((((....)))))))))))))............(((((((((((((........)))))))))))))........(((((((........((((((((((((((((.......((((((((((((((((.(((......))))))..)))))))))))))........((((((((((.....))))))))))........................(((((....))))).....(((((.(((((((((..........)))))))))....(((((((.((...........)))))))))..((((((((((((.((((...)))))))))))))))).................................)))))(((((((((............(((((((((((..........................(((((((............((((((((((((.(((((((((.............((..............)).............))))))))).))))).))))))).............))))))).(((.(((((((((((((......(((((...........)))))......))))))))))))))))..((((((((.....)))))))))))))))))))..............)))))))))..........................(((.(((((((((.(.((((((((((((((....))))))))))).)))).)))))))))))).................))))))))))))))))((((((....)))))).((((((((.......)))))))).....)))))))..............))))))))..((((((((..(((((((((((((((((((((((...(((((((((((((((((....)))))))))))))))))...))))))))))))))))))))))).))))))))...................(((((....)))))...))))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((.......))))))).....(((((((((....(((....((((((..(((.......((....)).....)))..((((((.(((((((...................(((((((.(((.(.((((((..(((....))))))))).)..............((((.....((((((((....))))))))((.((((((((.......((((..(((.(((...(((.....((((((........((((.(((..((((....))))...........(.(.((((.....((..(.((((((((.......)))))))).).))....)))).).)..(((......)))..((..(((..((.((((........)))).))...)))..))...)))))))........((((((...((((.....)))).))))))...))))))........)))...)))))))))).).))))))).))........)))..)..)))..)))))))..(..(((((.......((((.....((....)).......)))))))))...)..........)))))))))))))..(((((.((((.(((.(((........))).))).)))).)))))..((..((((((((.............((((.(((((((((((..((((......))))..))))).....((((((((((((.((......)).)))))))))))).))))))))))..(((........)))...............))))))))..)).............))))))..(((((((((((((........)))))))))))))..))).....)))))))))..............(((...((((((......(((((((.((((.(.......).))))...))))))).............((((((((((.....)))))))))).................((((((....(...((((.........))))...).))))))...............((((((.(((((((.((...........)))))))))....)))))).((((....)))).))))))))).(((......((((....))))....)))........(((((.(((((((...(((.(((.(..((.....)).........).)).).))).........(((((((..(.....((..((((((((((((.((..(((((.((..........(((.(((........)))))).......)).)))))..)).))))).)))).)))....))...)..)))))))((((((......((((...(.((((.......)))))((....))........)))).((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).((((...........)))).))))))......(((.((((((((....(((...(((.((((....)))).))).....)))..)))))))))))...((((.((((((..........)))))).....((((....))))...((((((((.......)))))))).......)))))))))))))).))....(..((...(((((.....(((((((((..(((..((((..(......((((((((.(((((....))))).))))))))......)..))))..)))..)))))))))....)))))....))...).((((((........))))))................ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......))))).(((((((((((..(.....)(((.((((((((.(((....(....((.....)).....)...)))))..)))))).)))........................(....((((((..(((....)))))))))..).....(((((..(((((......(((((((....))))))))))))..))))).......((((((...))))))....................((((((((.....))))))))((((((.........((((((((.((.(((..(.((((((((((...)))))))))).).))))).))))..)))).....))))))....(((((((.((.((((........)))).)).).)))..))).(((.((.(((((.((....((((.(((.((.((((....((((...........))))....)))).)).)))))))(((((..(((((..........((((.......)))).....)))))...))))).....))))))).)).)))..((.....))........))))))))))).......................((....))......((((((((((((((((.((((.....)))).)))))).))))))))))...((((.(((((((((((..((((......))))..)))))....(((((((((((((.(((....))).)))))))))))))))))))))))......................(((((((..(((((())))))..))))))).............((((((((((((........))))))))))))(((((.((((((((((........((((((((((.(((((..(((..((((.((((((((((..(((.......)))))..)))))))).))))...)))..((((((((((.....)))))))))).........((((...........(((((....))))).....(((((.(((((((((..........)))))))))....(((((((.((.(((())))..)))))))))(.(((((((((((..(((.....))).))))))))))).)...((((....))))................)))))(((((((((..(((((((...(((((.(((((........(.......).........(((((((.(......((..((((((((((((.((..(((((..((.....(((.((.((((........)))).)).)))..)).)))))..)).))))).))))).))....))...)..))))))).(((.((((..(((((.((.....((((((.........)))))).....)).)))))..)))))))..((((((((.....))))))))))))).)))))....))..))))).)))))))))....))))......((((()))))..(((.((((((((..(.(((..((((.((((....)))).))))..))).)..))))))))))).................))))).))))))))))((((((....)))))).((((((((.......)))))))).....)......)))))))))..)))))...((.(.(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((.((((((((.(((((....))))).)))))))).))...)).))))..)))..))))))))).)).)))))..).)).........(((.(((((....))))).))).......... |
|
Cylofold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................(((((((.......((((.........))))........).......((((...................................((((..((....))))))........))))........((......((((((........))))))))..................((.......))......................(((((((.......)))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))................((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).................((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((...)))))))))..)))....................................((((((.......((((....................))))))))))................................................((((((.((((((((((.(((.....))).)))))))).)).))))))...................................................((((((((.((......)).)))))))).......................................................................))))))..............(((((.(..((....................))).)))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..(((((((.(((........).)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............((((((....((((..((((...((((((.........))))))...............))))..)))).....((((((((.....))))))))....))))))..................((((...........)))).............(((.(((((((.(.....)...(((.((((....)))).)))...........))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))....................(.(.(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((..(..((((....))))..)..))))))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))..).)..............(((((....))))).............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.......))))..........................(((((((((.((....((((.........))))......)))))..))))))..................................((((((..((....)))))))).................(((......((((.((......)).))))))).((((((.........((((.....))))......)))))).........((((((.........))))))..................................((((((((.......)))))))).......((((((......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))....................................((((((...................................))))))................................................(((((((((((((((((.(((.....))).))))))).))))))))))......(.......(((((..((((......))))..)))))................................................).....................................(((....)))......................((((((((((((...)...)))))))))))...............................((((((...((((((((((((.(((((((.((((((......)))).))...))))))).))).........((((((((((.....)))))))))).................(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..(((((((.((...........)))))))))..)))...((....))..........))...........(..(((((....)))))...)............((((....(((((((((....(((..((((.......................(....)....)))).)))..(((((....((..(..............)..))......)))))..)))))))))....)))).................................................(((((.(((.((((..(((((((((((((.........)))))))...........).)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))...............)))))))))...)))))).........))))))..(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......))))))................))))))..(((((.((....(((((((..(((..((((..(...((((((((.((.(((((....))))).)).))))))))...)..))))..)))..)))))))...)).)))))..............((((.(((((....))))).))))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))(((((((((((((((....(((((.....[[[[.)))))..]]]].............)))...((((((..[[[[[[(((......)))........((((((((((...))))).)))))....)))))).......]]]]]]...((((((..(((.[[[[[[)))...]]]]]](((((..............((((((...)))))).................[[[((((((((.....)))))))).)))))..]]]....(((((((..((((((....(((((((((.....))))))))))))..)))..)))..))))...((((((((((.((((......)))))))).......[[[....)))))).....]]]....))))))...((((((...(((((...))))).))))))...........(((.(((((.((((...)))).))))).[[[[[.)))......(((((.....))))).....]]]]].....(((....[[[[[[[[....)))..]]]]...]]]]......))))))))))))......(((((((..(((((.(((....))).....((((((((((((((((..(((.....)))..)))))).))))))))))...((((.(((((((((((..((((......))))..)))))....(((((((((((((.(((....))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))..........(((((((..((((....))))..)))))))..((((((.....((((((((((((........)))))))))))).))))))....(((((...........((((((.........(((((.....((((((((.....[[[.............)))))))).....]]](((..((((((((((.....)))))))))).[[[[[[.........))).....]]]]]].((((...[[[[..))))...]]]]...(((..........[[[..[[[..[[[[[[[))).............]]]]]]]..]]]]]].........(((((((...[[[[[...........((((....)))))))))))..]]]]]..(((((....((((((((((.(((((((.......(((((((((.(((.....)))....(((((..............)))))......))))))))).............))))))).))))))))))....)))))....(((..((((((((((.[[[[)))).))))))..))).....]]]]....((((((.....(((((.((((((((.......)))))))).[[[[[[......)))))...........((((((((.....))))))))]]]]]].............((((((...[[[[)))))).....]]]].))))))))))).(((.((((((((....(((..((((.((((....)))).))))...)))...)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......)))))).))))))........)))))....(((((.....(((((((((..(((..((((..(((....((((((((.(((((....))))).))))))))......)))))))..)))..)))))))))....)))))...............(((.(((((....))))).))).......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((.......)))))))......(((((.(((.((.(((.(((((((((.((....((...((.....))....))...)))))..)))))).)))......(((((..((..((((((((((...))))).))))).))..)))))....)).)))(((((..(((((((....((.((...)).))...)))))))..))))).......((((((...))))))...........((((((((.((((((((.....))))))))........(((......))).((((((........((((((((.....)))))))))))))).(((((((.....(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))...............(((((.((((...)))).))))).(((((....((...((((.....)))).)).....)))))......))..))))).)))).))).))))))).((((((((((((((.(((...........)))))))).......((.(((((((.......((((((((((((((((.((((.....)))).)))))).))))))))))......))))))).))(((..((((......))))..)))((((.((((((((((((((.(((....))).))))))))).))))).))))(((........)))...........(((((((..((((....))))..)))))))...))).)))))).(((((((((((........))))))))))).(((((.(((((((((.((..(((.((((((((((.(((((.((.(..((((.((((((((((((((......))).)))..)))))))).)))).((((((.((((((((((.....)))))))))).....(((.(((((....((((((.(((..((((.........(((((.(((((((((..........))))))))).))..)))(((......))).....(((((((((..(((((((..((.((.(((((((.((((..((.((.........)).)))))).)))))))...))..))..))).)))).....))))))).)).(((((.(((((.......(((.....)))........(((((((............((((((((((((.((..(((((..((.....(((.((.((((........)))).)).)))..)).)))))..)).)))).))))))))((((....)))).))))))).(((.((((..(((((.((.....((((((.........)))))).....)).)))))..)))))))..((((((((.....))))))))))))).)))))........))))..))).))))))..)))))))).((((.((.(((...))))).))))..))))))...((((.((((....)))).)))).(((((((.....((....))))))))).....))).))))).))))))))))((((((....)))))).((((((((.......)))))))).....)))..)))))))))..)))))))))))))).(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((.((((((((.(((((....))))).))))))))..))..)).))))..)))..))))))))).)).)))))..((....)).((((((((...)).)))))).)))))))).))))). |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((bbbbbbbb.)))).(((((((((((.............(((((((((................................)))..)))))).................................((((((..(((....)))))))))........((((...((((((......((((((....))))))))))))...))))....[[[((((((...))))))....................((((((((.....))))))))...................((((.(((.((....(((((((((.....)))))))))...))))).)))).....(((((((.(((......(((((...((((((........)))).))...)))..))..((((.(((((........((((ff..((((.aa))))..))))...............((.(((AA(((...FF)))gg)))..))((................................))........GG..))))).)))).))).)))))))..............)))))))))))..........(((........................((((((((((((((((.((((.....)))).)))))).))))))))))...((((.(((((((((((..((((......))))..)))))....(((((((((((((.(((....))).)))))))))))))))))))))))......)))........................................................((((((((((((........))))))))))))((((]]]((((((((...........(((..(((.............((((.((((((((((((((......))).)))..)))))))).))))........((((((((((.....))))))))))...........((....)).....(((((....)))))............((((((((..........))))))))..............(((((((...((((..(((((((((((((((((................))))))))))....(((((....)))))....................(((((((((..((((<<<<<.(((((.(((((..........................(((((((..............((((((((((.....(((((...........(((((((........))))))).....cccccc))))).....))))).)))))...CCCCCC......))))))).(((.((((..(((((....(((((.{{{{..)))))((}}}}))........)))))..)))))))..((((((((.....))))))))))))).))))).........)))).))))))))).......................>>>>>..((((((((....(((..((((.((((....)))).))))...)))...)))))))).))))))).....dd))))))))))))))DD)))..((((((....)))))).((((((((.......))))))))............))))))))....))))........(((((.((...((((((((..(((..((((.........((((((((.(((((....))))).)))))))).........))))..)))..))))))))..)).)))))..............((...eeeee..))EEEEE...BBBBBBBB... |
|
MCFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.(((((((((((...((((((((((((........((..(((((((((.(((..(((((((....)).)))))..)..)))))..))))))..))..............................((((((..((....))))))))......(((((......(((.....(.(((((........))))))))).((((((.........(((((...)))))......)))))).........((((((((.....))))))))....................((..(((.(...(.(((((((((.....))))))))).)..))))..))....(((((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((.((((((((((((((...)))))))))).)))).)).................((.................)).))..))))).)))..))).)))))))....)))))))..))))))))))))....(((((((.............((((.((......(((((((((.(((((((((((.....)))))))))))..)))))))))...(((((...........(((((......................((((((.(...((.((......)).)).)...)))))))))))))))))).))))................((((((..((((....))))..)))))).............((((((((((((((....)..)))))))))))))....................((((((((.((((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).))))).....((....))...))))..)).)))))).))))))))...((....)).....(((((....))))).....(((((...(((((((..........))))))).(((..(((((((.(.((......))..))))))))..)))....(....)..((((....(((..(....)..)))..((((....))))...)))).........)))))...(((.((((.....)))).))).......................(((....))).............................(((..((((....))))..))).....((((((((((((..((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(((((..((.((((..(((((((((((((.........))))))).).)..........))))..))))))...((((((((.....)))))))).....)))))).................((((..((.....))))))..............((.((((((((.(..(((((((((.((((....)))).)))).))))))..))))))))))...((((((.(((((..........)))))....((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))))))....))))).))))))).....(((((.((..((((((((((.(((..((((..(...(((((((((((((((((....)))))))))))))))))...)..))))..))).)))))))))).)).))))).....))))))))))..(((((((....))))))).))))))))..) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((.....(((((((((((((((.....)))..((((((((..((.........((.....)).........)).))..))))))..........(((((......((((((((((...)))))).)))).....))))).....(((((((.....(((((((....((.((...)).))...)))))))..............((((((...))))))....................((((((((.....))))))))...................((((.(((.((.((.(((((((((.....))))))))))).))))).)))).....(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))...............(((((.((((...)))).))))).(((((....(....(((.......)))..).....)))))......))..))))).)))).))).)))))))......))))))).))))))))))))....((((((.........((.(((((((.......((((((((((((((((.((((.....)))).)))))).))))))))))......))))))).))((((((((.......((.((((((((((.((((((((((((((.(((....))).)))))))))))).)).)))).).)))))))...........(((.(((((((..((((....))))..))))))).)))........(((((((((((((........)))))))))))))((((...(((((((..(..(((..(((((((((....((.......((((.((((((((((((((......))).)))..)))))))).)))).((((((.((((((((((.....))))))))))........((((((....(((....((((....)))).........((.(((((((((..........))))))))).)).(((((((.((...........)))))))))..((((((.(((((.((((...)))).))))))))))).....((((....)))).......................(((((((..(((((.....(((((.((((........(((.....)))........(((((((............((((((((((((.((..(((((.((........((((....(........)))))........)).)))))..)).)))).))))))))((((....)))).))))))).(((.((((..(((((........((((((.........))))))........)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).)))).)))))........))))).))))))))))..))))))...((((.((.(((...))))).))))..))))))...((((.((((....)))).)))).(((((((.....((....))))))))).........))....))))))))).((((((....)))))).((((((((.......)))))))).....)))..).)))))))..)))).))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((..((.....((((((((.(((((....))))).))))))))......)).))))..)))..))))))))).)).))))).....))))))......(.(((((....))))).).)))))))).). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....((..........))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((.............(((.......(((.....)))...).....)).((......(((((.(......).)))))))(.((((((((.......((((.....))))...)).)))))).).....(.((((..((.....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........(((..((((.(.....((......))...).)).))..)))..(....)................................................(((.(.(((((......)))))..))))..................((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........(((((((((..((................)))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.((((...)..)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((.(((((..((((....))))...)))...........((.((((((((((((.....))))((((.(((((...((..(((.(..(...)(....)..((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..)))))))((...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((.....................))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))....))((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))))).....)).)))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....))))))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.........(......(((((((((((..((((........(((((((((.((....(((((.......)))))......)))))..))))))........(((......((....((((..............(((....)).(((.....)))..........).((......(((((..........)))))))((((((((((.......((((.....))))...)).)))))))).....(.((((..((.....))..)))))..))))...))....))).(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))....((.((((........)))).))....(....)....(.((....)))...((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...)))))))))).)))......((.................))))))....((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))..)(((((((.((......(.((...(((.........((((.................................))))........................................................(((.(.....(......)......)))).....................(((((.......((...(((.....)))(((....))).....))......)))))(....)........(((((((((..(..................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....))))))).....))...(((.((((((..((((((((.(((.......)))))))))))..)))...((....))..))).....))).........(((..((((....))))...)))..........((((((((((((((((.....))))(((.((((((.....(((...)))......((...)).(((((.(((..(((((....((......(..........)..))......)))))..))).((.((((..((((((...(((((..((....))..))(((......)))..))))))))((((((((.(((.((((..(((((.((...........................)).....)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..........))))..))))))........))))))))))).))....).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...(((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))....)))))((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((((.(...)))))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....)))))))))))(((((((((....))))))))).......... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...))((((((.(((..(((((((((((.((((...))))...(((.(((........((....((..........))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((.............(((....).((((.....)))...).....)).((......(((((.(......).)))))))(.((((((((.......((((.....))))...)).)))))).).....(.((((..((.....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((...)))))))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........(((..((((.(.....((......))...).)).))..)))........................................................(((.(.(((((......)))))..))))..................((((((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))..))).........(((((((((..(..................))))))))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.((((...)..)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))((((.(((((...((.........((((((....))(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))...((((((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))..(.(((((.(((.((((..(((((((((...((.....................))))).))))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))))))))((((..((.....)))))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((((((((((........)))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....))))))))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((........((......(((((((((((..((((....(...(((((((((.((....((((.........))))......)))))..))))))...)....(((......((....(((((.............(((....)).(((.....)))..........).((......(((((..........)))))))((((((((((.......((((.....))))...)).)))))))).....(.((((..((.....))..))))).)))))...))....))).(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))((..((.((((........)))).))...))........((.((....))))..((((((...(((((...))))).))))))..(.........(((((((((((((...))))))))).))))....).((.................))))))....((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))(((((....(.........(.((...(((..........((............................).....)...........................................................((....)).................(.......)...............(((((.......((...((((...))))(((....))).....))......)))))(....)........(((((((((..(..................))))))))))(((((.......(((((.((...(((((((((.((((((((((.((((......))))))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)).)))))))))))))...)).)....(((((((.......((((.........))))....)))))))......(...(((.((((((..((((((((.(((.......)))))))))))..)))...((....))..))).....))).((....)).)...((((....))))).)))))...))...((((((((((((..(((.....)))(.((.((((((.....(((...)))......((...)).(((((.(((..(((((............(((..(((......)))..))))))))..))).((.((((..((((((...(((((..((....))..))(((......)))..))))))))((((((((.(((.((((..(((((.((...........................)).....)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))..........))))..))))))........))))))))))).))...)..(((.(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))..((((((((((((..........))))))...((.(((....))).)).(((((((((.....)))))))))......))))))))))))((....))....))))(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((((((((......))))))))))))))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....))...)).)))(((((((((....))))))))).......... |
|
PPfold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((..((((((((((((((((...))))..(((((...........((((...........)).))[[[........)))))..........(((((......((((((((((...)))))).)))).....)))))..]]](((((((.....(((((((......((((......))))))))))).............(((((((...)))))).)(((............)))((((((((.....))))))))................(((((((.(((.((.((.((((((((((...)))))))))))).))))).))))..)))(((((((.(((.....((((((...((((((.(.....))))).))...)))..))).((((.(((((......((((((...(((((...))))).))))))...............(((((.((((...)))).))))).(((((.........((((.....))))........)))))..........))))).)))).))).)))))))......))))))).))))))))))))...(((((((............(((((((.......((((((((((((((((.((((.....)))).)))))).))))))))))......)))))))...((((((((.((((..((.((((((((((.((((((((((((((.(((....))).)))))))))))).)).)))).).)))))))..))))....((((.(((((((..((((....))))..))))))).)))).......(((((((((((((........)))))))))))))((((.(((((((((.((..(((.((((((((((.(((((.......((((.((((((((((((((.(...)))).)))..)))))))).)))).((((((.((((((((((.....)))))))))).....((.((((((....((((((.(((..((((...............(((((((((..........)))))))))....(((((((.((...........)))))))))..(((.((.(((((.((((...)))).))))).)))))....(((((....))))).........................................(((((.(((((..(((..(((.....))).)))....(((((((............((((((((((((.....(((((...........(((((............)))))...........))))).....))))).)))))))((((....)))).))))))).(((.((((..(((((...((((({{{{{{...))))).}}}}}}........)))))..)))))))..((((((((.....))))))))))))).)))))........))))..))).))))))..)))))))).((((.((.(((...))))).))))..))))))...((((.((((....)))).)))).(((((((.............))))))).........))))).))))))))))((((((....)))))).((((((((.......)))))))).....)))..))))))))))))))).))))))))..(((((.....(((((((((..(((..((((.........((((((((.(((((....))))).)))))))).........))))..)))..)))))))))....))))).....))))))))))....(((((....)))))...)))))))).)) |
|
RDfolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......)))))....................((((...((((((................................(((((((((((((........................................(((....)))(((.....)))))))......((((......(((((.((....)).)))))))))((((((.........((((.....))))......)))))).........((((((((.....)))))))).....))))).....((((........(((....((((((((.......)))))))))))....((((((...(((((((....))))...)))(((...((((((........)))).))...)))......((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((((...))))))))).))))...........................................))..))))).)))).(((((.((((.....)).(((.....)))..........)).))))).........))))))...........................................................................................................................................................................)))).........))))((....)).............)))))).............(((................(((.....................(((((((..((((((............(((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))......(((....)))...........))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))....)))...(((....(((..(((((((................)))))))..)))...((....))..........)))...(((.((.((((((((....))))....................(((((((..(((.....(((.(((.((((((.................(((....)))....((((((((((.....((((((...(((..((....))..))).)))))).........((.((((((((((((.....(..((((((((((.....)))).))))))..)..))))..(.(((((.(((.((((..(((((.....................................)))))..)))))))..((((((((.....)))))))).....)))))).......))))....)))))).....))).))))))))).)))).))).))).(((((((.....(((...(((.((((....)))).)))....)))....))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......)))))))))))))))))...)).))))))..((((.((....(((((((..(((..((....(...(((((((..((.((((......)))).))..)))))))...)....))..)))..)))))))...)).))))..)))).........((((.(((((....))))).))))......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.(((((((((((..(((((((((((((((...((((.((....((((........))))...)).))))...)))...((((((.((((((.(......)))))))......((((((((((...))))).)))))....)))))).....(((((((....(((.........(((((((....)))))))(((((..............(((((.....)))))....................((((((((.....)))))))).))))).............(((..(((.((..(.(((((((((.....))))))))).).)))))..))).))).(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))...........(((((((((.((((...)))).)))).)))))..((.((.(..(((((.....)))))...).)))).......))..))))).)))).))).)))))))......))))))).))))))))))))...(((((((.(((((..(((..((((.(((.....((..((((((((((((..(((.....)))..)))))).))))))..))....(((.((((((.((((..((((......))))..))))......((((((((((((.(((....))).)))))))))))).)))))))))))).)))).)))...........(((((((..((((....))))..))))))).)))))..((...((((((((((((........))))))))))))(((((((..((((((.((..(((.((((((((((.(((((.((.(.(((...(((((((((....(((((..(((((.(((((.(((........)))....((((((((((.....)))))))))).((((((....((....)).....))))))...))))).....(((((..(((((((((.......).))))))))(((..(((((((.((...........)))))))))..)))(((((....)).(((((((((((..(....)..)))).((((....)))))))))))...)))...))))))))))..))))).(((((((.((.((((((.................((.........))....((((((((..(((((.....((((...(((((((((.((.....(((..(..(((((((.((((((.......(((..((((((((((.....)))).))))))..))).((((.(.(....)).)))).......)))))))))))))..)..))).)).)))))))))))))......((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........))))))))...))))).)))))))).)))))).))...)))))))((((((((..(.(((..((((.((((....)))).))))...))))..)))))))))))))))))...)))).)).))))).))))))))))((((((....)))))).((((((((.......)))))))).....)))..))))))))..)).)))))..))....(((((.((..(((((((((..(((..((((..(......((((((((.(((((....))))).))))))))......)..))))..)))..))))))))).)).))))).....))))))))))....(((((....)))))...)))))))).). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((((((...................................................................................................................................................................................(......))))(((.......(((((..........)..................)((..(...((((..((((...(((((.....((((((.((((.....(((...((((.(((.......(((((......((((...........)))))))))((((((.((......((((...................)))).))...)))))).(...(...((((.((((.....)))))))).)....).(((((((((((.(((....(((....(((((((.......))))))).))).....)))...))))((((....))))..((((...((.((((((........)))).))...))...))))((((((((((..((...(((((...(((.....))).)))))(..........(.(((((((.(.)))))))...)).).......(((.....(...)..)))))..))))))))))...(((((((((.(((((.((((.......(.(((((....((((.....(((....(((((.....((........(((...................))).........)).(((((...........................(((..........((.((((...................(...(((....))).....)....))))..(...((((((((.(((......)))........)))))))).)(((((((...(((((.(....(((((((((((((..((((.......))).)...))))))))).)))....(((....)))..)....)...)))))...))))))).)).....))).))))))))))..))......((((((....(((...(((........((.(((((..((((((((.(((.......)))))))))))..)))..............)).....))...))).))).).)))))..)..))))..)))))....)...........)))).......)))))...))).)))))).))))))))))......))))...))))))).....)))))).)))))..))))...)))).)....)).(...((..((((((((((.((((((((...(..((((((((((((.....))))).))))))))))))).(.(((((((((.((((..(((((...(.((..........)))...)))))..)))))))(.((((((((.....))))))))...)))))))...)..............((((...((...)).))))(((((.....((.....((((((((..)))))))).....))......)))))........(((((((((((..........))))))...((((((....)))))).(((((((((.....)))))))))......))))).)))...)))))..))))))).)(((((((...(.((((..(((..(((......((((((((((.......))))..)..))))).....).))..)))..)).).))..)).))))).)))...))).))).((((((((....)))))))))))))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.(((((((((((..((((((((((((..........(..(((((..........................................)))))..)..................((((.(((((...)))))..))))................((((((................(((((((....)))))))(((((..............((((((...))))))....................((((((((.....)))))))).))))).............(((..((..((..(.(((((((((.....))))))))).).)).))..))).....(((((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..))).((((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))............((((((((.((((...)))).))))).)))...........................................))..))))).)))).))).)))))))......))))))..))))))))))))....((((((.........((.(((((((.(.....((..((((((((((((..(((.....)))..)))))).))))))..))....).))))))).))((((((((...........(((...(((.(.((((((((((((.(((....))).))))))))))))..).))).....)))..................(((((((..((((....))))..))))))).............((((((((((((........)))))))))))).(((.((..((((((.((..(((.((((((((((.(((((.........(...((((((.......................))))))...)..........((((((((((.....))))))))))...........((....))........................(((((............................(((..(((((((.((...........)))))))))..)))...((....))..........((..........))....(((....))).................))))).............................................................................................((((((.................(((((((.((((((.......(((..(((((.((((.....))))..)))))..)))...........................))))))))))))).............))))))............((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).....................................((((((((..(.(((..((((.((((....)))).))))...))))..))))))))....................))))).))))))))))((((((....)))))).((((((((.......)))))))).....)))..))))))))..))))).))))))))..(((((.((..(((((((((..(((..((((..(......((((((((.(((((....))))).))))))))......)..))))..)))..))))))))).)).))))).....)))))).)))....(((((....)))))...)))))))).). |
|
TurboFold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((.......)))))))......(((((((.....((((...((((((...(((((.....(((((((((((..((((((((((.((..(((.((((.....(((......((((((((......((((((..(((....))))))))).....(((((....((((((......(((((((....)))))))(.((((.............((((((...)))))).(((........(((((((.((((((((.....))))))))((((((...((....(((((((..(((.((..(.(((((((((.....))))))))))..)))))..)))..))))...))))))))......)))))))((((((........)))).))........))).)))).).))))))...((((((...(((((...))))).))))))...........(((((((((.((((...)))).)))).)))))..................)))))))))))))....((((((.......((((((((.((....))))))...)))))))))).)))...))))..)))..)))))))).......))))..))))))...((..((((((((((((..(((.....)))..)))))).))))))..))...((((.((((((.((((..((((......))))..))))......((((((((((((.(((....))).)))))))))))).))))))))))...))))).........)))))(((((((..((((....))))..)))))))....))))))..(((((((((((((........))))))))))))).......((.(((((.((..((....((((((.(((.....((((.((((.((((((((((((((......))).)))..)))))))).))))......((....))...))))..((((((.(((...((((....((((..(((....(((((....)))))...)))..))))((((((((..........))))))))...)))).(((((((.((...((((((((.((((((.(((((((((((..((((...)))).))))))))))).....((((....))))..((((....(((((..(.((((((((.....(((((.....)))))...(((((((((.(((.....)))....(((((...((....))...)))))......))))))))).)))))))))..)))))..)))).((((..(..((.(((((...(((..(((((((((.......))).))))))..))))))))...))...((((((.....(((((..(.....((((((.........)))))).....)..)))))((((((((...((((((((.....))))))))..((.....))........)))))))).((((...........)))).)))))))..))))...((((((((....(((..((((..(((....)))..))))...)))...))))))))..))))))...((((((..........))))))...((((((....))))))......)))))))))).)))))))))).)))))))))))))))...)).))))))).)).(((((.((..(((((((((..(((..((((..((..((.((..(((..(((((....)))))..)))..))..))..)).))))..)))..))))))))).)).))))).))))..........(((.(((((....))))).))).)).))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
