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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - Alterna



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PDB_00943 [ FASTA input ] UUGACUACGGAUCAAUUGACUACGGAUCAAGACUACGGUUUGACUACGGAUCAA
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PDB_00974 [ FASTA input ] AUGAGGAUGACCCAUUGAGGAUGACCCA
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PDB_00986 [ FASTA input ] CGGCAAGAGGCGACCCGGGUCGGCUUGCUG
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PDB_01045 [ FASTA input ] AGACAGCAUGCAUGCAUGCUGUCUUUAGACAGCAUGCAUGCAUGCUGUCU
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PDB_01056 [ FASTA input ] GGCAGAUCUGUAAUAGAACUGCC
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PDB_01059 [ FASTA input ] GGGGUGGCUCCCCUAACAGCCG
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PDB_01060 [ FASTA input ] CUGGGCGGCCGCCUGGCUGGGCGGCCGCCUGGCUGGGCGGCCGCCUGGCUGGGCGGCCGCCUGG
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PDB_01061 [ FASTA input ] GGCGUGCCGGCGUGCCGGCGUGCCGGCGUGCCGGCGUGCCGGCGUGCCGGCGUGCCGGCGUGCCGGCGUGCCGGCGUGCC
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PDB_01075 [ FASTA input ] GACGGCUUGCUGAAGCGCGCACGGCAAGAGGCGUCGACGGCUUGCUGAAGCGCGCACGGCAAGAGGCGUC
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PDB_01128 [ FASTA input ] CUGCCCUCAUCCGUCUCGCUUAUUCGGGGAGCGGACGAUGACCCUAGUAGAGGGGGCUGCGGCUUAGGAGGGCAG
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RFA_00584 [ FASTA input ] AGUUGGUCCGAGUGUUGUGGGUUAUUGUUAAGUUGAUUUAACAUUGUCUCCCCCCACAACCGCGCUUGACUAGCUUG
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[ predicted structure ] ((((((((.((((((((((((.((.(((((((....))))))).))......))))))...))))))))))))))..
RFA_00585 [ FASTA input ] GGCUGGUCCGAAGGCAGUGGUUGCCACCAUUAAUUGAUUACAGACAGUUACAGACUUCUUUGUUCUUCUCCCCUCCCACUGCUUCCCUUGACUAGCCUU
[ reference structure ] ((((((((.....(((((((.......................................................))))))).......))))))))..
[ predicted structure ] ((((((((..((((((((((...............((.((.(((.((((...))))))).)).))..........))))))....))))))))))))..
RFA_00586 [ FASTA input ] GGUUGGUCCGAAAGUUGUGGGUUAUCCAAAUCAUUCAGUUAGUAUCACUAACCUUCUAUUUCACCCCACUGCUGACCUUGACUGGCCAA
[ reference structure ] ((((((((.....(((((((.............................................))))))).......))))))))..
[ predicted structure ] ((((((((....(((.(((((................((((((...))))))............))))).)))......))))))))..
RFA_00587 [ FASTA input ] GGCUGGUCCGAUUGCAGUGGUACUUAUAAUUAAUUGAUCACAGUCAGUUACAGGUUUCUUUGUUCUUUCUCCACUCCCACUGCUUCACUUGACUAGUCU
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RFA_00588 [ FASTA input ] GGCUGGUCCGAAAGUAGUGGGUUAUCACAGAAAUUAUUACAGUUAGUUUCACUAACCUUUCUAAGUUCCACCCCACUGCUAACCUUGACUGGUCUU
[ reference structure ] ((((((((.....(((((((....................................................))))))).......))))))))..
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RFA_00589 [ FASTA input ] GGCUGGUCCGAUGGUAGUGGGUUAUCAGAACUUAUUAACAUUAGUGUCACUAAAGUUGGUAUACAACCCCCCACUGCUAAAUUUGACUGGCUUU
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[ predicted structure ] ((((((((.((((((((((((((.........(((((((.(((((...))))).)))))))...)))...))))))))..))).))))))))..
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[ reference structure ] ((((((((.....(((((((...............................))))))).......))))))))..
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SPR_00068 [ FASTA input ] GCCCGGGUAGCUCAGCUGGUAGAGCACGUGACUGAAAAUCACGGUGUCGGUGGUUCGACUCCGCCCCCGGGCACCA
[ reference structure ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((((((...)))).....((((((((.......)))).)))).(((((.......))))))))))))....
SPR_00070 [ FASTA input ] GGCUCGGUAGCUCAGUCGGUAGAGCAAAGGACUGAAAAUCCUUGUGUCGGCGGUUCGAUUCCGUCCCGAGCCACCA
[ reference structure ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
SPR_00074 [ FASTA input ] UGCUUAAGUAGCUCAGUGGUAGAGCGUCAGGCUGAAAACCUGAAGGUCAUUGGUCCGAUUCCAUUCUUAGGCACCA
[ reference structure ] .(((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(.(((.......))).))))))))....
[ predicted structure ] ((((((((..(............................................).........))))))))...
SPR_00078 [ FASTA input ] ACUCUGUUAGUUUAUGUUUUAAAAUAUGACUUUGAAGAAGUUGGAAAAUGUUAGGAGUGCCA
[ reference structure ] (((((....((((........)))).(((((.......)))))....(..)..)))))....
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SPR_00079 [ FASTA input ] AGUUAAUGUAGCUUAUAAUAAAGCAAAGCACUGAAAAUGCUUAGAUGGAUUCAAAAAUCCCAUAAACACCA
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SPR_00080 [ FASTA input ] GUUGAUGUAGCUUAACCCAAAGCAAGGCACUGAAAAUGCCUAGAUGAGUCUCCCAACUCCAUAAACACCA
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SPR_00086 [ FASTA input ] GCCGACUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGUUAGACUGAAGAUCUAAAGGUCCCUGGUUCGAUCCCGGGAGUCGGCACCA
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SPR_00327 [ FASTA input ] UGGGGAUUAGCUUAGCUUGGCCUAAAGCUUCGGCCUUUGAAGUCGAGAUCAUUGGUUCAAAUCCAAUAUCCCCUGCCA
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SPR_00329 [ FASTA input ] AGUCCCAUGGGGUAGUGGCCAAUCCUGUUGCCUUCUGGGGGCAACGACCCAGGUUCGAAUCCUGGUGGGACUACCA
[ reference structure ] (((((((..(((...........)))((((((.......))))))...(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((((((...........)))(((((((((...)))))))))...((((.......))))))))))))....
SPR_00331 [ FASTA input ] UGGGGUAUCGCCAAGCGGUAAGGCACCGGAUUCUGAUUCCGGCAUUCCGAGGUUCGAAUCCUCGUACCCCAGCCA
[ reference structure ] (((((((..(((.........))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((((((...)))))..((..(((((.......)))))....))((((.......))))..))))))....
SPR_00333 [ FASTA input ] UGGGGCGUGGCCAAGUGGUAAGGCAGCGGGUUUUGAUCCCGUUAUUCGGAGGUUCGAAUCCUUCCGUCCCAGCCA
[ reference structure ] (((((((..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((..(((....)))((((.((((((.......))))))((((((....)))))))))).)))))))....
SPR_00339 [ FASTA input ] GGUUCUAUGGUGUAGUGGUUAGCACUCUGGACUUUGAAUCCAGCGACCUGGGUUCGACUCCCGGUAGGACCUCCA
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[ predicted structure ] (((((((((((((........)))))..(((..((((((((((....)))))))))).)))..))))))))....
SPR_00352 [ FASTA input ] GCCCAUGUAGCUCAGUAGGAUAGAGCACGCGCCUUCUAAGCGUGAGGUCGGAAGUUCGAGCCUUCUCGUGGGCACCA
[ reference structure ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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SPR_00353 [ FASTA input ] GCGCCCGUAGCUCAAUGGAUAGAGCGUUUGACUACGGAUCAAAAGGUUAGGGGUUCGACUCCCCUCGGGCGCGCCA
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SPR_00359 [ FASTA input ] GGGUAUAUAACUCAGUGGAUUAGAGUUUAUGGCUACGAACCAUAAAGUCGGGGGUUCGAAUCCCUCUAUACUCACCA
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SPR_00366 [ FASTA input ] UGGUACUUAGUUUAAAAUAAAAUAAAUGAUUUCGACUCAUUAGAUUAUGAUUUAAUUCAUAAUUACCAACCA
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SPR_00542 [ FASTA input ] GGAGGGGUAGCGAAGUGGCUAAACGCGGCGGACUGUAAAUCCGCUCCCUCAGGGUUCGGCAGUUCGAAUCUGCCCCCCUCCACCA
[ reference structure ] (((((((..(((...........)))((((((.......))))))............(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((((((......))))...((((((((((((.....((..(((...)))..))))))))))...)))).)))))))....
SPR_00544 [ FASTA input ] GGUGGGGUUCCCGAGCGGCCAAAGGGAGCAGACUGUAAAUCUGCCGUCAUCGACUUCGAAGGUUCGAAUCCUUCCCCCACCACCA
[ reference structure ] (((((((..(((...........))).(((((.......))))).............(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((....(((((((((...))...((((.......))))))))..))).....(((((.......))))))))))))....
SPR_00548 [ FASTA input ] GAGAUGGUGGCUGAGUGGUUAAAGCGGUAGACUGUAAAUCUAUUGGGUAUCCGUCGUCGGUUCGAGUCCGAUCCAUCUCACCA
[ reference structure ] (((((((..(((..........)))((((((.......))))))...........(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] ((((((((((((((((((.((...(((((((.......)))))))..)).))))..)))).......)))..)))))))....
SPR_00550 [ FASTA input ] GGAGGGAUUUUCAAUGUUGGUAGUUGGAGUUGAGCUGUAAACUCAAUGACUUAGGUCUUCAUAGGUUCAAUUCCUAUUCCCUUCACCA
[ reference structure ] (((((((..((((...........))))((((((.......)))))).............(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((............((((...((((((((((.........((((.........)))).)))))))))))))))))))))....
SPR_00552 [ FASTA input ] GGCAGGGUGGCAGAAAGUUAAUGCACUAAAUUGUAAAUUUAUAAAUAAAGGUUUAAUUCCUUUUCUUGCCACCA
[ reference structure ] (((((((..(((.........)))..((((.......)))).....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] .....((((((((((......((((......))))............((((.......))))))).))))))).
SPR_00557 [ FASTA input ] CCGACCUUAGCUCAGUUGGUAGAGCGGAGGACUGUAGAUCCUUAGGUCACUGGUUCGAAUCCGGUAGGUCGGACCA
[ reference structure ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((..((((........))))((((((((...((((....))))...)))))...)))...)))))))....
SPR_00561 [ FASTA input ] CCGACCUUAGCUCAGUUGGUAGAGCGGAGGACUGUAGAUCCUUAGGUCGCUGGUUCGAAUCCGGCAGGUCGGACCA
[ reference structure ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((.......(((((..((((((((((.......))))....))))....))....))))))))))))....
SPR_00590 [ FASTA input ] GCCGGGGUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGGCGGGCUGCAGACCCGUUAGUUCCCGGGUUCGAAUCCCGGCCCCGGCUCCA
[ reference structure ] (((((((..(((...........))).(((((.......)))))......(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] ((((((((((.((((((((((........)))))))..(((((........))))))))....)).))))))))....
SPR_00593 [ FASTA input ] GGCGACAUGGCCGAGUGGUAAGGCAGAGGACUGCAAAUCCUUUUUUCCCCAGUUCAAAUCCGGGUGUCGCCUCCA
[ reference structure ] (((((((..(((.........))).(((((.......))))).....(((.(.......).))))))))))....
[ predicted structure ] ((((((((..(((..(((.(((((((....))).....))))......))).........)))))))))))....
SPR_00595 [ FASTA input ] GGGUCCAUAGCUCAGUGGUAGAGCAUUUGACUGCAGAUCAAGAGGUCACCGGUUCGAACCCGGUUGGGCCCUCCA
[ reference structure ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((..((((.......))))....((((...........))))(((((.......))))))))))))....
SPR_00598 [ FASTA input ] GCCGCGGUAGUAUAGCCUGGACUAGUAUGCGGGCCUGUCAAGCCCGUGACCCGGGUUCAAAUCCCGGCCGCGGCGCCA
[ reference structure ] (((((((..((((...........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] ((((((((...................(((((((.......)))))))...((((.......))))))))))))....
SPR_00610 [ FASTA input ] UUCUCGGUAGUAUAGUGGUUAGUAUACCCGCCUGUCACGCGGGUGACCCGGGUUCAUUUCCCGGCCGGGAAG
[ reference structure ] (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).
[ predicted structure ] ((((((((........((((.....((((((.......))))))))))((((.......)))))))))))).
SPR_00620 [ FASTA input ] GCCCCCGUGGUGUAGCCAGGUCUAGCAUACGGGGUUCUCGUCCCCGUGACCCGGGUUCAAAUCCCGGCGGGGGCACCA
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[ predicted structure ] ((((((((((.((((((.((((......((((((.......))))))))))..))))...)).)).))))))))....
SPR_00629 [ FASTA input ] GAGAUAUUAGUAUAAAUUUUUUGUAUAUUUCUUUUUCGAAGAAAAGGUUUAUUAUCUUACCA
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[ predicted structure ] ((((((.(((((((((...))))))..(((((((...)))))))....))).))))))....
SPR_00632 [ FASTA input ] UCCGAUGUAGUAUAACGGUUAGAACACCUGGCUUUCACCCAGGAGAUCCGGGUUCGAUUCCCGGUAUCGGAG
[ reference structure ] (((((((..((.(........).)).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).
[ predicted structure ] ((((((((.......(((...((((.(((((.......)))))........)))).....))))))))))).
SPR_00633 [ FASTA input ] UCCGAUGUGGUAUAGUGGAUAGAACAAGCGGCUCUCACCCGCUAGACCCGGGUUCGAUCCCCGGCAUCGGAA
[ reference structure ] (((((((..((.(........).)).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).
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SPR_00721 [ FASTA input ] GCCGGCUUAGCUCAGUUGGUUAGAGCGCUAGAUUGUGGAUCUAGAGGUCCUCGGUUCGAGCCCGAGAGCUGGUACCA
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SPR_00722 [ FASTA input ] GCGGUUGUAGCUCAGUUGGUUAGAGCGCAGGUUUGUGGCACCUGAGGUCGGAGGUUCGAUCCCCCCCAACCGUACCA
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SPR_00750 [ FASTA input ] AGAAAUAUGUCUGAUAAAAGAGUUACUUUGAUAGAGUAAAUAAUAGGAGCUUAAACCCCCUUAUUUCUACCA
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SPR_00758 [ FASTA input ] GGGCCGGUGGCUCAGCCUGGUUAGAGCGGCGGGCUCUUAACCCGCAGGUCCGGGGUUCGAAUCCCCGCCGGCCCGCCA
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SPR_00768 [ FASTA input ] GGGGUGUUAACUUAAGUUUAAAGUGUUAGAUUUUUAAUCUGGAAAUGGGUUGUCACAUCCUGCCA
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SPR_00816 [ FASTA input ] GCCUUCGUGAUCGGAAUGGUAGAGAUCCUGGUCUUAGGAACCAGCUGCUGAAAGGCGGCGGUUCAAAUCCGCCCGAAGGCACCA
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SPR_00867 [ FASTA input ] GCCGCCGUAGCUCAGCCUGGCAGAGCGCCGGACUCAUAAUCCGGAGGUCCCGGGUUCGAAUCCCGGCGGCGGCACCA
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SPR_00868 [ FASTA input ] GGGCCCGUAGCUCAGCCAGGUAGAGCGCCCGGCUCAUAACCGGGUGGUCGGGGGUUCAAAUCCCCCCGGGCCCACCA
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SPR_00882 [ FASTA input ] GGGCGUUUGGGGCAGUCGGUAGCCCGUGGGUCUCAUAAUCCCAAGGUCGCGAGUUCGAUCCUCGCAGUGCCCA
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SPR_00912 [ FASTA input ] GGGCCCGUCGUCUAGCCUGGCUAAGAUGCGGGGUACGGGACCCCGUGGUCCGGGGUUCAAAUCCCCGCGGGCCCACCA
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SPR_00913 [ FASTA input ] GGGGCCGUCGUCUAGCCUGGCUAGGAUGCCAGCCUGGGGCGCUGGUGGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGCGGCCCCACCA
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[ predicted structure ] ((((((..........((((((....))))))))))))....((((((...)))))).
SPR_00943 [ FASTA input ] GGUCCUAUAGUGUAGUGGUUAUCACUUCGGACUUUGAAUCCGAAAACCCAGGUUCGAAUCCUGGUAGGACCA
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SPR_00957 [ FASTA input ] GGGCCCGUAGCUCAGCCAGGACAGAGCGCCGGCCUUCUAAGCCGGUGCUGCCGGGUUCAAAUCCCGGCGGGCCCGCCA
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SPR_01051 [ FASTA input ] GGCCGCUUAGCACAGUGGCAGUGCACCACUCUCGUAAAGUGGGGGUCGCGAGUUCGAUUCUCGCAGUGGCCU
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SPR_01088 [ FASTA input ] GGGGCCGUAGCUCAGCCAGGCAGAGCGGCGGGCUCCAGACCCGUAGGUCGGGGGUUCGAAUCCCCCCGGCCCCACCA
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SPR_01095 [ FASTA input ] AGGGGUAUAGCUCAGUUGGUAGAGCGGCGGUCUCCAAAACCGCAGGUCGGGGGUUCGAGCCCCUCUGCCCCUGCCA
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SPR_01103 [ FASTA input ] ACAGAUUUAAGUUAAGUUUAAACUCUUGGUUUUCAAAACCAAAAAUUUUACUCUGUACCA
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SPR_01106 [ FASTA input ] GGGGGCUUAGCUCAGUGGUAGAGCAUUGGAUUCCAAAUCCAGGGGUCGUAGGUUCAAUCCCUGCAGCUCUCA
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SPR_01117 [ FASTA input ] CGCGGGGUGGGGCAGCCUGGAGUGCCCGGGGGGCUCAUAACCCCCAGGUCCCCGGUUCAAAUCCGGGCCCCGCGUCCA
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SPR_01143 [ FASTA input ] AGCACCGUAGCUCAGUGGGAGAGUGGGGGGCUCAUAACCCCCAGGUCCAUGGAUCGAAACCAUGCGGUGCUA
[ reference structure ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).
[ predicted structure ] ((((((((((............................................).......))))))))).
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SRP_00083 [ FASTA input ] GAGAUUCAUUACUCUAAAUCAGUCAAUUACAAUCAUGUCAGAACUGAAAAGAAGCAGCAUUAACGGUUGAUAUCGAUAAGAGAGGGAUGAAUCUCUUCG
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[ predicted structure ] .((..((((.......(((((((.............))))))).....)))).))...........
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SRP_00268 [ FASTA input ] GUUCCCCGUGCGGCGGCACCUGACUGAACUCCCCCAGGACCGAGAGGUAGCAAGGGUAGGUUGGCUCUACCGGGUGCGCGGGGAGCCCUUUU
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SRP_00312 [ FASTA input ] GCCCCUCACGUGGCGCUAUCUGACUGAACUCCCCCAGGGCCGGAAGUCAGCAAGGGUAGGUUGGCUCUGGCGGGUGCGUGGGGGGCGCUUGC
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SRP_00342 [ FASTA input ] CCGGGGCCGCCCACGAAAUAUCCCCCAAACCCCGCUAGGUCCGGAAGGAAGCAACGGUAGGGGGACGCUUCGGUGCGCGAUCCGCCCCGG
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SRP_00350 [ FASTA input ] GCCUCCGCGCGGCGUUACCCGGGUGAACUCCCCCAGGUUAGGAAUAAAGCAAGGGUAGCUCGGCUCUGGCGGGUGUGCGGGGGUCUUGC
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SRP_00363 [ FASTA input ] UUCCAGCAUACAGCAAUAUUUUUAUUAGUAAAUUCGAUCAGGUCCGACAGGAAGCAAUCGUAGCUACAAAAAGUAUGUGUAUAGUAUGCUGGAAAAUU
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SRP_00383 [ FASTA input ] GUCGGGCGGACGGUGCUGUCGCCAACCCGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCGUAACGAAUUUUUAUCGGGUCGUUCCGGC
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  • N/A - RNA 2D structure in Vienna format could not have been generated (most likely due to difficult to represent pseudoknot structure). Check secondary structure file for details.

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