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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - Pknots



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PDB_01073 [ FASTA input ] GGCUUAUCAAGAGAGGUGGAGGGACUGGCCCGAUGAAACCCGGCAACCAGAAAUGGUGCCAAUUCCUGCAGCGGAAACGUUGAAAGAUGAGCCA
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RFA_00446 [ FASTA input ] CCGGUGUCUCAAGGUGCGUACCUUGACUGAUGAGUCCGAAAGGACGAAACACCAG
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RFA_00449 [ FASTA input ] CCGCUAUAUGGGGAUGUGUGUCCCUACUGACGAGUUCAAAAGAACGAAAUAGUUA
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RFA_00583 [ FASTA input ] GGCUGGUCCGAGUGCAGUGGUGUUUACAACUAAUUGAUCACAACCAGUUACAGAUUUCUUUGUUCCUUCUCCACUCCCACUGCUUCACUUGACUAGCCUU
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RFA_00584 [ FASTA input ] AGUUGGUCCGAGUGUUGUGGGUUAUUGUUAAGUUGAUUUAACAUUGUCUCCCCCCACAACCGCGCUUGACUAGCUUG
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RFA_00585 [ FASTA input ] GGCUGGUCCGAAGGCAGUGGUUGCCACCAUUAAUUGAUUACAGACAGUUACAGACUUCUUUGUUCUUCUCCCCUCCCACUGCUUCCCUUGACUAGCCUU
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RFA_00586 [ FASTA input ] GGUUGGUCCGAAAGUUGUGGGUUAUCCAAAUCAUUCAGUUAGUAUCACUAACCUUCUAUUUCACCCCACUGCUGACCUUGACUGGCCAA
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RFA_00587 [ FASTA input ] GGCUGGUCCGAUUGCAGUGGUACUUAUAAUUAAUUGAUCACAGUCAGUUACAGGUUUCUUUGUUCUUUCUCCACUCCCACUGCUUCACUUGACUAGUCU
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RFA_00588 [ FASTA input ] GGCUGGUCCGAAAGUAGUGGGUUAUCACAGAAAUUAUUACAGUUAGUUUCACUAACCUUUCUAAGUUCCACCCCACUGCUAACCUUGACUGGUCUU
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RFA_00653 [ FASTA input ] GUAAAAUAGAAAAACAGCUUUAAAGUGCCUUUUUUUGCAUUGCCACAUUAGAGCGGUCUGUUGAUA
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RFA_00654 [ FASTA input ] UUCAUGUCUUAAAGGAAGAAACAGCUUUCAAGUGCCUUUCUCCAGUUUUUCCAUGAGCGCAAGAUUAUUA
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RFA_00680 [ FASTA input ] AUCCAGUUGACGAGUCCCAAAUUGGACGAAACGCGCGUCAAACUGGAU
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RFA_00716 [ FASTA input ] ACUCCGUGACAAGUCUCGAAUAGGACGAAAUGUGCGUCCUAGAU
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RFA_00717 [ FASTA input ] AUCCAGCUGACGAGUCCCAAAUAAGACGAACGCGCGUCUGGAU
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RFA_00769 [ FASTA input ] UUGGUCUUGCACACAACGGUAAGCCAGUGGUAAUGUCAGUGCAAGAAGGAUAUUACCAUAGCA
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RFA_00770 [ FASTA input ] CUACUCUUGUACAGAAUGGUAAGCCAAGUGUCAAUAGGAGGUACAAGCAACCUAUUGCAUAUUA
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RFA_00773 [ FASTA input ] CUAGUCUUAUACACAAUGGUAAGCCAGUGGUAGUAAAGGUAUAAGAAAUUUGCUACUAUGUUA
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RFA_00779 [ FASTA input ] CUACUCUUGUACAGAAUGGUAAGCACGUGUGAUGGGAGGUACAAGCAACCCCAUUACAUAUUA
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RFA_00808 [ FASTA input ] CUUCCGAUGUAGGCCCGUAUUCUUCGCCUGUACCACGGGUCGGUUUUAGUACAGGCGUUUUCUU
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SPR_00032 [ FASTA input ] AGAGAUAUUAGUAAAAUAAUUACAUAACCUUGUCAAGGUUAAGUUAUAGACUUAAAUCUAUAUAUCUUACCA
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SPR_00137 [ FASTA input ] GUCCGGGUUGGGGUAGUGGACUAUCCUUCAGCCUUGUGGAGGCUGAGACGCGGGUUCAAUUCUCGCACCUGGACCCA
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SPR_00167 [ FASTA input ] AGAAAUAUGUCUGACAAAAGAGUUACAUUGAUAGUGUAAAUAAUAGAGGUUCAAACCCUCUUAUUUCUACCA
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SPR_00309 [ FASTA input ] CUCCGAUUAGCUCAAUUGGCUAGAGUACACCGUUUGGGGCGGUGGGGUUGAAGGUUCGAGUCCUUCAUUGGAGACCA
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[ reference structure ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((..((((.........))))..((.....))((((....))))(((((.......))))))))))))....
SPR_00320 [ FASTA input ] CAGAUAGAAGCCAAAAGGUCAGGCGCUUUCUUUGGGAGAAAGACCUAGUUAGUUCGAGUCUAUCCUAUCUGACCA
[ reference structure ] (((((((..(((.........))).(((((.......))))).....(.(((.......))).))))))))....
[ predicted structure ] (((((((..(((.........))).((((((.....))))))((.......))..((.....)))))))))....
SPR_00321 [ FASTA input ] CGAGGUGUAGCGCAGUCUGGUCAGCGCAUCUGUUUUGGGUACAGAGGGCCAUAGGUUCGAAUCCUGUCACCUUGACCA
[ reference structure ] (((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((..((((..........))))((((.....))))((((.((..............)))))))))))))....
SPR_00327 [ FASTA input ] UGGGGAUUAGCUUAGCUUGGCCUAAAGCUUCGGCCUUUGAAGUCGAGAUCAUUGGUUCAAAUCCAAUAUCCCCUGCCA
[ reference structure ] .((((((..((((...........))))((((((.......))))))...(((((.......))))))))))).....
[ predicted structure ] .((((((.(((((...........)))))(((((.......)))))....(((((.......))))))))))).....
SPR_00329 [ FASTA input ] AGUCCCAUGGGGUAGUGGCCAAUCCUGUUGCCUUCUGGGGGCAACGACCCAGGUUCGAAUCCUGGUGGGACUACCA
[ reference structure ] (((((((..(((...........)))((((((.......))))))...(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((.(((((........)))))(((((((.....)))))))...(((((.......))))))))))))....
SPR_00331 [ FASTA input ] UGGGGUAUCGCCAAGCGGUAAGGCACCGGAUUCUGAUUCCGGCAUUCCGAGGUUCGAAUCCUCGUACCCCAGCCA
[ reference structure ] (((((((..(((.........))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((..(((.........))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
SPR_00333 [ FASTA input ] UGGGGCGUGGCCAAGUGGUAAGGCAGCGGGUUUUGAUCCCGUUAUUCGGAGGUUCGAAUCCUUCCGUCCCAGCCA
[ reference structure ] (((((((..(((.........)))((((((.......))))))....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((.((((....)))((((.((((((.......))))))((((((....))))))))))))))))))....
SPR_00339 [ FASTA input ] GGUUCUAUGGUGUAGUGGUUAGCACUCUGGACUUUGAAUCCAGCGACCUGGGUUCGACUCCCGGUAGGACCUCCA
[ reference structure ] (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((.(((((........)))))((((...((((((((((....))))))))))...)))))))))))....
SPR_00352 [ FASTA input ] GCCCAUGUAGCUCAGUAGGAUAGAGCACGCGCCUUCUAAGCGUGAGGUCGGAAGUUCGAGCCUUCUCGUGGGCACCA
[ reference structure ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((.(((((.........)))(((((.........)))))(((((((....)))).))).)))))))))....
SPR_00353 [ FASTA input ] GCGCCCGUAGCUCAAUGGAUAGAGCGUUUGACUACGGAUCAAAAGGUUAGGGGUUCGACUCCCCUCGGGCGCGCCA
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[ predicted structure ] (((((((..((((........)))).((((((....).))))).....(((((.......))))))))))))....
SPR_00356 [ FASTA input ] GUCCUCUUAGUUAAAUGGAUAUAACGAGCCCCUUCUAAGGGCUAAUUGCAGGUUCGAUUCCUGCAGGGGACACCA
[ reference structure ] (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] ((((((...((((........)))).(((((.......)))))...((((((.......))))))))))))....
SPR_00357 [ FASTA input ] GCGCCCUUAGCUCAGUUGGAUAGAGCAACGACCUUCUAAGUCGUGGGCCGCAGGUUCGAAUCCUGCAGGGCGCGCCA
[ reference structure ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((..((((.(((......))).(((((.......))))))))).(((((.......))))))))))))....
SPR_00358 [ FASTA input ] GCGCCCGUAGCUCAGCUGGAUAGAGCGCUGCCCUCCGGAGGCAGAGGUCUCAGGUUCGAAUCCUGUCGGGCGCGCCA
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SPR_00359 [ FASTA input ] GGGUAUAUAACUCAGUGGAUUAGAGUUUAUGGCUACGAACCAUAAAGUCGGGGGUUCGAAUCCCUCUAUACUCACCA
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SPR_00360 [ FASTA input ] AUAUCUUUAAUUUAAUGGUAAAAUAUUAGAAUACGAAUCUAAUUAUAUAGGUUCAAAUCCUAUAAGAUAUUCCA
[ reference structure ] (((((((..((((.......))))((((((.......))))))...(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] ..........(((((((......)))))))....(((((((......)))))))..(((......)))......
SPR_00362 [ FASTA input ] GACAAAUGUUUUCAGGUCUUCUAAAUCUGUUUUGGAGAAAUCCGUUUGUUUCCA
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SPR_00363 [ FASTA input ] GGACGUUAAAUAGAUAAGCUAUGCCUAGUUACGGGCUGGGAAGAGAGUCGUCUUCCA
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[ predicted structure ] .........((((.....))))((((......))))..((((((......)))))).
SPR_00364 [ FASTA input ] AAAUAUGAAGCGAUUUAUUGCAAUUAGUUUCGACCUAAUCUUAGGUGAAAUUCACCCAUAUUUUCCA
[ reference structure ] (((((((..((((....)))).(((((.......)))))....((((.....)))))))))))....
[ predicted structure ] .........((((....)))).....(((((.(((((....))))))))))................
SPR_00365 [ FASTA input ] AUGGUAAUUAGUUUAAAUAAAAUUAAUGAUUUCGACUCAUUAGAUUAUGAUAAUAAUCAUAAUUACCAACCA
[ reference structure ] .(((((((..((((.....))))((((((.......))))))...(((((......))))))))))))....
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SPR_00366 [ FASTA input ] UGGUACUUAGUUUAAAAUAAAAUAAAUGAUUUCGACUCAUUAGAUUAUGAUUUAAUUCAUAAUUACCAACCA
[ reference structure ] (((((.(..((((......)))).(((((.......)))))....(((((......)))))).)))))....
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SPR_00367 [ FASTA input ] UGGUGAUUAGUUUAACUAAAAUUAAUGAUUUCGACUCAUUAGAUUAUGACAUAUCUCAUAAUCACCAACCA
[ reference structure ] (((((((..((((.....))))((((((.......))))))...(((((......))))))))))))....
[ predicted structure ] ((((((((((.....))))..(((((((.......))))))).((((((......))))))))))))....
SPR_00369 [ FASTA input ] GCUCGCGUGGCGUAAUGGCAACGCGUCUGACUUCUAAUCAGAAGAUUAUGGGUUCGACCCCCAUCGUGAGUGCCA
[ reference structure ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((.(((((...(....)))))).(((((((....))))).))(((((.......))))))))))))....
SPR_00370 [ FASTA input ] GCUUGCGUGGCGUAAUGGCAACGCGUCUGACUUCUAAUCAGAAGAUUAUGGGUUCGACCCCCAUCGUGAGUCCCA
[ reference structure ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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SPR_00373 [ FASTA input ] GACCCAGUGGCCUAAUGGAUAAGGCAUCAGCCUCCGGAGCUGGGGAUUGUGGGUUCGAGUCCCAUCUGGGUCGCCA
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SPR_00386 [ FASTA input ] GGAGGAAUACCCAAGUCUGGCUGAAGGGAUCGGUCUUGAAAACCGACAGGGUGUCAAAGCCCGCGGGGGUUCGAAUCCCUCUUCCUCCGCCA
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SPR_00391 [ FASTA input ] GGUGAGGUGUCCGAGUGGCUGAAGGAGCACGCCUGGAAAGUGUGUAUACGGCAACGUAUCGGGGGUUCGAAUCCCCCCCUCACCGCCA
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SPR_00395 [ FASTA input ] GGAUGGUUGACUGAGUGGUUUAAAGUGUGAUAUUUGAGCUAUCAUUAGUCUUUAUUGGCUACGUAGGUUCAAAUCCUACAUCAUCCGCCA
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SPR_00398 [ FASTA input ] GAAAUAUGUUGAUCAAGAAAAGCUGCUAACUUUUUCUUUAAUGGUUUAAUUCCAUUAUAUUUCUCCA
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[ predicted structure ] ((((((((.....)((((((((........)))))))).(((((.......))))))))))))....
SPR_00399 [ FASTA input ] AAAGGUAAUUAGGAAUAAAAUAAAGCUGCUAACUUUAUUUUGAGCAACUCAAAACUGUUCUACCUUUUCCA
[ reference structure ] (((((((..(..(..)..).(((((.......)))))......(.(...........).))))))))....
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SPR_00402 [ FASTA input ] GAGAGAGACAUAGAGGUUAUGAUGUUGGCUUGAAACCAAUAGUAGGGGGUUCGAUUCCUUCCUUUCUUACCA
[ reference structure ] (((((((.(((.......))).((((((.......))))))...(((((.......))))))))))))....
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SPR_00412 [ FASTA input ] GUUAAUGUGGCCCGAGUGGUUAAGGCGCUUCCCUGCUAAGGAAGUGGGCUCUGCCCGAGCAGGUUCGAAUCCUGUCAUUAACGCCA
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[ predicted structure ] ((((((((((((.....)))))((((((((((.......))))))).((((.....))))(........))))..)))))))....
SPR_00414 [ FASTA input ] GUCGAUAUGUCCGAGUGGUUAAGGAGACAGACUUGAAAUCUGUUGGGCUUCGCCCGCGCAGGUUCGAACCCUGCUGUCGACGCCA
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[ reference structure ] (((((((..(((..........)))((((((.......)))))).............(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] ((((((((((((....)))))).((((((((.......))))).(((....))))))(((((.......))))).))))))....
SPR_00417 [ FASTA input ] GUGGACGUGCCGGAGUGGUUAUCGGGCAUGACUAGAAAUCAUGUGGGCUUUGCCCGCGCAGGUUCGAAUCCUGCCGUCCACGCCA
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SPR_00426 [ FASTA input ] AAGAAAGAAGCAUUAAGUGGUUUGAUGCGGUUGGCUUGAAACCAACAUGUGAGGGUUCGAUUCCUUCCUUUCUUGCCA
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SPR_00434 [ FASTA input ] GCUGACUUAGCUCAGCAGGCAGAGCAACUGACUUGUAAUCAGUAGGUCGUAGGUUCGAUUCCUAUAGUCAGCACCA
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SPR_00436 [ FASTA input ] GCUGAUAUAGCUCAGUUGGUAGAGCGCACCCUUGGUAAGGGUGAGGUCGGCAGUUCGAAUCUGCCUAUCAGCACCA
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SPR_00437 [ FASTA input ] GCUGAUAUGGCUCAGUUGGUAGAGCGCACCCUUGGUAAGGGUGAGGUCCCAGUUCGACUCUGGGUAUCAGCACCA
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SPR_00438 [ FASTA input ] GCCCCUUUAACUCAGUGGUAGAGUAACGCCAUGGUAAGGCGUAAGUCAUCGGUUCAAAUCCGAUAAGGGGCUCCA
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SPR_00439 [ FASTA input ] GCCUGGUUAGCAUAAAAGUAAUGCAAUUGUUUUGUAAUCAAUAGAAGCAAGUGCGAUACUUGCACUGGGCUCCA
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SPR_00445 [ FASTA input ] GGGUCGGUGGUCUAGUCCGGUUAUGACGGCUCCUUCACACGGAGCAGGUCGGCGGUUGAACUCCGCCCCGACCCACCA
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SPR_00456 [ FASTA input ] GAUUCCGUAGCUCAGCUGGGAGAGCGCCACCUUGACAGGGUGGAGGUCGCUGGUUCGAGCCCAGUCGGAAUCACCA
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SPR_00458 [ FASTA input ] GAGAGAUUAGCUCAGUUGGUAGAGCAACCGUUUUACACACGGAAGGUUGGGUGUUCGAAUCACCCAUUUCUCACCA
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SPR_00459 [ FASTA input ] CAAUUUAAAGCUUAAUUAGUAAAGUAUUUCAUUUACAUUGAAAAGAAAUUUGUGCAAAUCAAUUUAAAUUGACCA
[ reference structure ] (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(.(((.......))).))))))))....
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SPR_00461 [ FASTA input ] ACAGAUUGUAGCUUAAUCACAAAGCAUCUGGCCUACACCCAGAAGAAUUCAUAAAAAUGAACACUUUGACCA
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SPR_00462 [ FASTA input ] CAAGAUAUAGCUUAAACAAAGCAUCCAGUUUACACCUAGAAGACUUCAUUCAUUAUGAAUAUCUUGACCA
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SPR_00476 [ FASTA input ] GACCUCGUGGCGCAACGGUAGCGCGUCUGACUCCAGAUCAGAAGGCUGCGUGUUCGAAUCACGUCGGGGUCACCA
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SPR_00533 [ FASTA input ] AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCGGUAGAUCGAAACUACUCUCUGCUACCA
[ reference structure ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((((((((.((....))))))))((((...........))))(((((.......))))))))))))....
SPR_00541 [ FASTA input ] GGAGGGGUAGCGAAGUGGCUAAACGCGGGUGGCUGUAACCCACUUCCUUACGGUUCGGGGGUUCGAAUCCCUCCCCCUCCACCA
[ reference structure ] (((((((..(((...........)))((((((.......))))))...........(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((.((.((((((((.....)).(((.......)))))))))))..(.....)(((((....)))))..)))))))....
SPR_00542 [ FASTA input ] GGAGGGGUAGCGAAGUGGCUAAACGCGGCGGACUGUAAAUCCGCUCCCUCAGGGUUCGGCAGUUCGAAUCUGCCCCCCUCCACCA
[ reference structure ] (((((((..(((...........)))((((((.......))))))............(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((((((......))))(((..((((((.......))))))((....))))).(((((.......))))))))))))....
SPR_00544 [ FASTA input ] GGUGGGGUUCCCGAGCGGCCAAAGGGAGCAGACUGUAAAUCUGCCGUCAUCGACUUCGAAGGUUCGAAUCCUUCCCCCACCACCA
[ reference structure ] (((((((..(((...........))).(((((.......))))).............(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((.((((...........))))(((((.......))))).((.....))...(((((.......))))))))))))....
SPR_00548 [ FASTA input ] GAGAUGGUGGCUGAGUGGUUAAAGCGGUAGACUGUAAAUCUAUUGGGUAUCCGUCGUCGGUUCGAGUCCGAUCCAUCUCACCA
[ reference structure ] (((((((..(((..........)))((((((.......))))))...........(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] ((((((((((((....)))))...(((((((.......)))))))((......))(((((.......))))))))))))....
SPR_00550 [ FASTA input ] GGAGGGAUUUUCAAUGUUGGUAGUUGGAGUUGAGCUGUAAACUCAAUGACUUAGGUCUUCAUAGGUUCAAUUCCUAUUCCCUUCACCA
[ reference structure ] (((((((..((((...........))))((((((.......)))))).............(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((..((((((.......))))))((((((.......))))))(((....)))...(((((.......))))))))))))....
SPR_00552 [ FASTA input ] GGCAGGGUGGCAGAAAGUUAAUGCACUAAAUUGUAAAUUUAUAAAUAAAGGUUUAAUUCCUUUUCUUGCCACCA
[ reference structure ] (((((((..(((.........)))..((((.......)))).....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] .....((((((((((((((..((((......)))))))))......(((((.......))))))).))))))).
SPR_00557 [ FASTA input ] CCGACCUUAGCUCAGUUGGUAGAGCGGAGGACUGUAGAUCCUUAGGUCACUGGUUCGAAUCCGGUAGGUCGGACCA
[ reference structure ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] ..(((((..((((........)))).(((((.......))))))))))..((((((((..((....))))))))))
SPR_00561 [ FASTA input ] CCGACCUUAGCUCAGUUGGUAGAGCGGAGGACUGUAGAUCCUUAGGUCGCUGGUUCGAAUCCGGCAGGUCGGACCA
[ reference structure ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] .((((((..((((........)))).(((((.......))))))))))).((((((((..((....))))))))))
SPR_00590 [ FASTA input ] GCCGGGGUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGGCGGGCUGCAGACCCGUUAGUUCCCGGGUUCGAAUCCCGGCCCCGGCUCCA
[ reference structure ] (((((((..(((...........))).(((((.......)))))......(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((.((((....))))...(((((((((.......)))))).))).(((((.......))))))))))))....
SPR_00593 [ FASTA input ] GGCGACAUGGCCGAGUGGUAAGGCAGAGGACUGCAAAUCCUUUUUUCCCCAGUUCAAAUCCGGGUGUCGCCUCCA
[ reference structure ] (((((((..(((.........))).(((((.......))))).....(((.(.......).))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((..(((.........)))((((((.......))))))....(((...........))))))))))....
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[ reference structure ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((..((((.......))))...(((((...........)))))((((.......)))).)))))))....
SPR_00598 [ FASTA input ] GCCGCGGUAGUAUAGCCUGGACUAGUAUGCGGGCCUGUCAAGCCCGUGACCCGGGUUCAAAUCCCGGCCGCGGCGCCA
[ reference structure ] (((((((..((((...........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((((((.........))))((.(((((((.......)))))))))(((((.......))))))))))))....
SPR_00610 [ FASTA input ] UUCUCGGUAGUAUAGUGGUUAGUAUACCCGCCUGUCACGCGGGUGACCCGGGUUCAUUUCCCGGCCGGGAAG
[ reference structure ] (((((((..((((........)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).
[ predicted structure ] (((((((((((......))))((.(((((((.......)))))))))(((((.......)))))))))))).
SPR_00620 [ FASTA input ] GCCCCCGUGGUGUAGCCAGGUCUAGCAUACGGGGUUCUCGUCCCCGUGACCCGGGUUCAAAUCCCGGCGGGGGCACCA
[ reference structure ] (((((((..((((...........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
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SPR_00629 [ FASTA input ] GAGAUAUUAGUAUAAAUUUUUUGUAUAUUUCUUUUUCGAAGAAAAGGUUUAUUAUCUUACCA
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[ predicted structure ] .........((((((.....)))))).((((((.....)))))).(((..........))).
SPR_00632 [ FASTA input ] UCCGAUGUAGUAUAACGGUUAGAACACCUGGCUUUCACCCAGGAGAUCCGGGUUCGAUUCCCGGUAUCGGAG
[ reference structure ] (((((((..((.(........).)).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).
[ predicted structure ] (((((((..((............)).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).
SPR_00633 [ FASTA input ] UCCGAUGUGGUAUAGUGGAUAGAACAAGCGGCUCUCACCCGCUAGACCCGGGUUCGAUCCCCGGCAUCGGAA
[ reference structure ] (((((((..((.(........).)).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).
[ predicted structure ] (((((((((...............))(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).
SPR_00721 [ FASTA input ] GCCGGCUUAGCUCAGUUGGUUAGAGCGCUAGAUUGUGGAUCUAGAGGUCCUCGGUUCGAGCCCGAGAGCUGGUACCA
[ reference structure ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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SPR_00722 [ FASTA input ] GCGGUUGUAGCUCAGUUGGUUAGAGCGCAGGUUUGUGGCACCUGAGGUCGGAGGUUCGAUCCCCCCCAACCGUACCA
[ reference structure ] (((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....((.((.......)).)))))))))....
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SPR_00750 [ FASTA input ] AGAAAUAUGUCUGAUAAAAGAGUUACUUUGAUAGAGUAAAUAAUAGGAGCUUAAACCCCCUUAUUUCUACCA
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SPR_00758 [ FASTA input ] GGGCCGGUGGCUCAGCCUGGUUAGAGCGGCGGGCUCUUAACCCGCAGGUCCGGGGUUCGAAUCCCCGCCGGCCCGCCA
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SPR_00760 [ FASTA input ] GGGCCCGUAGCUCAGCCUGGUAGAGCGGCGGGCUCUUAACCCGCGAGGGAGGAAGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGCGGGCCCGCCA
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SPR_00768 [ FASTA input ] GGGGUGUUAACUUAAGUUUAAAGUGUUAGAUUUUUAAUCUGGAAAUGGGUUGUCACAUCCUGCCA
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[ reference structure ] (((((((..((((........)))).((.((.......)).)).....(((((.......)))))))))))).
[ predicted structure ] ((((((((((.....)))).(((((.....)))))..(((....)))((((((.......)))))))))))).
SPR_00810 [ FASTA input ] GCCGAAGUGGCGAAAUCGGUAGACACAGUUGAUUCAAAAUCAACCGUAGAAAUACGUGCCGGUUCGAGUCCGGCCUUCGGCACCA
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SPR_00816 [ FASTA input ] GCCUUCGUGAUCGGAAUGGUAGAGAUCCUGGUCUUAGGAACCAGCUGCUGAAAGGCGGCGGUUCAAAUCCGCCCGAAGGCACCA
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SPR_00832 [ FASTA input ] GUUGUUAUAGCAUAAGAAGUGCAUUUGUUUUAAGCGUAAAAGAUAUGGGACAACUCCA
[ reference structure ] ((((((...((((.....)))).(((((.......)))))........))))))....
[ predicted structure ] .........((((.....))))............((((.....))))(((....))).
SPR_00867 [ FASTA input ] GCCGCCGUAGCUCAGCCUGGCAGAGCGCCGGACUCAUAAUCCGGAGGUCCCGGGUUCGAAUCCCGGCGGCGGCACCA
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SPR_00868 [ FASTA input ] GGGCCCGUAGCUCAGCCAGGUAGAGCGCCCGGCUCAUAACCGGGUGGUCGGGGGUUCAAAUCCCCCCGGGCCCACCA
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SPR_00882 [ FASTA input ] GGGCGUUUGGGGCAGUCGGUAGCCCGUGGGUCUCAUAAUCCCAAGGUCGCGAGUUCGAUCCUCGCAGUGCCCA
[ reference structure ] (((((((..((((........)))).((((.........)))).....(((((.......)))))))))))).
[ predicted structure ] (((((((((((((........))))..((((......))))))))..((((((.......))))).)))))).
SPR_00912 [ FASTA input ] GGGCCCGUCGUCUAGCCUGGCUAAGAUGCGGGGUACGGGACCCCGUGGUCCGGGGUUCAAAUCCCCGCGGGCCCACCA
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SPR_00913 [ FASTA input ] GGGGCCGUCGUCUAGCCUGGCUAGGAUGCCAGCCUGGGGCGCUGGUGGUCCCGGGUUCAAAUCCCGGCGGCCCCACCA
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[ predicted structure ] ((((((((((..(((.....)))(((((..((((((((((.......))))))))))))..)))))))))))))....
SPR_00932 [ FASTA input ] AGCCCCGUGGUGUAGCGGCCUAGCAUGCGGGGUUUUGGUCCCCGUGACCCCGGUUCGAAUCCGGGCGGGGCUACCA
[ reference structure ] (((((((..((((.........)))).(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((.(((......)))..(((((.((((......)))))))).)(((((.......))))))))))))....
SPR_00938 [ FASTA input ] UAUACUUUAGUUUAGGAAGAAUAUUUAUUUUUGGUGUAAAAGGGUUGUAGUAUAGCCA
[ reference structure ] ((((((...((((.....)))).(((((.......)))))........))))))....
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SPR_00943 [ FASTA input ] GGUCCUAUAGUGUAGUGGUUAUCACUUCGGACUUUGAAUCCGAAAACCCAGGUUCGAAUCCUGGUAGGACCA
[ reference structure ] (((((((..(((..........))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).
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SPR_01040 [ FASTA input ] GCCGCCGUAGCUCAGCGGUAGAGCGCCGGCCUCGUAAGCCGGUGGUCGCGGGUUCGAAUCCCGCCGGCGGCUCCA
[ reference structure ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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SPR_01051 [ FASTA input ] GGCCGCUUAGCACAGUGGCAGUGCACCACUCUCGUAAAGUGGGGGUCGCGAGUUCGAUUCUCGCAGUGGCCU
[ reference structure ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).
[ predicted structure ] (((((((..((((.......))))...(((((((.....))))))).(((((.......)))))))))))).
SPR_01088 [ FASTA input ] GGGGCCGUAGCUCAGCCAGGCAGAGCGGCGGGCUCCAGACCCGUAGGUCGGGGGUUCGAAUCCCCCCGGCCCCACCA
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SPR_01095 [ FASTA input ] AGGGGUAUAGCUCAGUUGGUAGAGCGGCGGUCUCCAAAACCGCAGGUCGGGGGUUCGAGCCCCUCUGCCCCUGCCA
[ reference structure ] (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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SPR_01103 [ FASTA input ] ACAGAUUUAAGUUAAGUUUAAACUCUUGGUUUUCAAAACCAAAAAUUUUACUCUGUACCA
[ reference structure ] (((((.(..((((.......)))).(((((.......))))).......).)))))....
[ predicted structure ] ..(((((((((.....)))))).))).((((.....))))....................
SPR_01106 [ FASTA input ] GGGGGCUUAGCUCAGUGGUAGAGCAUUGGAUUCCAAAUCCAGGGGUCGUAGGUUCAAUCCCUGCAGCUCUCA
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SPR_01117 [ FASTA input ] CGCGGGGUGGGGCAGCCUGGAGUGCCCGGGGGGCUCAUAACCCCCAGGUCCCCGGUUCAAAUCCGGGCCCCGCGUCCA
[ reference structure ] (((((((..((((..........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
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SPR_01143 [ FASTA input ] AGCACCGUAGCUCAGUGGGAGAGUGGGGGGCUCAUAACCCCCAGGUCCAUGGAUCGAAACCAUGCGGUGCUA
[ reference structure ] (((((((..((((.......)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).
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SRP_00312 [ FASTA input ] GCCCCUCACGUGGCGCUAUCUGACUGAACUCCCCCAGGGCCGGAAGUCAGCAAGGGUAGGUUGGCUCUGGCGGGUGCGUGGGGGGCGCUUGC
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SRP_00315 [ FASTA input ] GGAGCAACAGUUCUGCGUGAAGCGGGUCAGGGGAGGAAUCCAGCAGCCCUAAGCGAUUUGAAUUGUGUGCUCUUUUU
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SRP_00318 [ FASTA input ] GGAGCAACACUUGUGCGUGAAGUGGGUCAGGGGAGGAAUCCAGCAGCCCUAAGCGAUUUUCGGGUGUGUGCUCUUUUU
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SRP_00325 [ FASTA input ] GGCUCGGACUCAUGCGAUUACAACGCCCAAAUCUUGUCAGGACCGGAAGGUAGCAGCAAUAAGGGAUGCUUGUGGUAGGCGUGAACUCCGGGCU
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SRP_00341 [ FASTA input ] CCCGGGGCCUAUGCAAAAAAGGUUUUUCGAACCCCGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCGGUAGAUUAAUUCUUUUUGUGCCGUAGUGUUCCCGGGUUUU
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SRP_00342 [ FASTA input ] CCGGGGCCGCCCACGAAAUAUCCCCCAAACCCCGCUAGGUCCGGAAGGAAGCAACGGUAGGGGGACGCUUCGGUGCGCGAUCCGCCCCGG
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SRP_00350 [ FASTA input ] GCCUCCGCGCGGCGUUACCCGGGUGAACUCCCCCAGGUUAGGAAUAAAGCAAGGGUAGCUCGGCUCUGGCGGGUGUGCGGGGGUCUUGC
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SRP_00363 [ FASTA input ] UUCCAGCAUACAGCAAUAUUUUUAUUAGUAAAUUCGAUCAGGUCCGACAGGAAGCAAUCGUAGCUACAAAAAGUAUGUGUAUAGUAUGCUGGAAAAUU
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SRP_00365 [ FASTA input ] GGUAUGCAGGCAAAAACUCUGUAACUUGGUCAGGUCAGAAAUGAAGCAGCCACACCAGAAUCUUUUUGGGUUGCAUACCUAUU
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SRP_00383 [ FASTA input ] GUCGGGCGGACGGUGCUGUCGCCAACCCGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCGUAACGAAUUUUUAUCGGGUCGUUCCGGC
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TMR_00272 [ FASTA input ] GGGGAUGAAUUAGUUUAGAUAUUUAAGUAAUCCAUGAAAAUUCAUCAGAAUUUUGUAAUAUUGCUUAGAUAAAACCAUGGGCAGUACAUGGCAUCUCCACCA
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  • N/A - RNA 2D structure in Vienna format could not have been generated (most likely due to difficult to represent pseudoknot structure). Check secondary structure file for details.

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